SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Ac3H11_519 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_519 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 8 hits to proteins with known functional sites (download)

P48636 Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase; AMP nucleosidase; PaLOG; EC 3.2.2.n1; EC 3.2.2.4 from Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (see paper)
56% identity, 88% coverage: 7:180/197 of query aligns to 5:178/195 of P48636

query
sites
P48636
S
 
S
V
 
V
C
 
C
V
 
V
Y
 
F
C
 
C
G
 
G
S
 
A
R
 
S
P
 
P
G
 
G
E
 
A
N
 
S
P
 
P
A
 
V
F
 
Y
A
 
Q
E
 
E
A
 
A
A
 
A
T
 
V
A
 
A
V
 
L
G
 
G
T
 
R
W
 
H
I
 
L
G
 
A
R
 
E
H
 
R
G
 
G
G
 
L
Q
 
T
L
 
L
V
 
V
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
G
 
G
R
 
A
S
 
V
G
 
G
L
 
L
M
 
M
G
 
G
T
 
T
V
 
V
A
 
A
E
 
D
A
 
A
T
 
A
R
 
L
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
E
V
 
V
V
 
I
G
 
G
V
 
I
I
 
I
P
 
P
Q
 
Q
A
 
S
L
 
L
V
 
Q
D
 
E
K
 
A
E
|
E
L
 
I
A
 
G
N
 
H
R
 
K
A
 
G
C
 
L
D
 
T
E
 
R
L
 
L
H
 
E
I
 
V
V
 
V
Q
 
D
T
 
G
M
|
M
H
 
H
E
 
A
R
|
R
K
|
K
A
 
A
M
 
R
M
 
M
A
 
A
E
 
E
R
 
L
S
 
A
D
 
D
A
 
A
F
 
F
I
 
I
A
 
A
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
|
G
I
x
L
G
|
G
T
|
T
F
x
L
E
|
E
E
|
E
L
 
L
F
 
F
E
|
E
V
 
V
W
 
W
T
 
T
W
 
W
R
 
G
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
H
 
H
D
 
A
K
 
K
P
 
P
L
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
L
N
 
E
V
 
V
A
 
N
G
 
G
Y
 
F
Y
 
Y
D
 
D
G
 
P
L
 
L
T
 
L
G
 
T
F
 
F
L
 
L
N
 
D
H
 
H
S
 
L
V
 
V
A
 
D
S
 
E
G
 
R
F
 
F
M
 
V
G
 
R
E
 
A
W
 
E
Q
 
H
M
 
R
G
 
G
L
 
M
L
 
L
H
 
Q
A
 
R
S
 
G
A
 
A
D
 
S
A
 
P
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
D
T
 
A
L
 
L

5zbkA Crystal structure of type-i log from pseudomonas aeruginosa pao1 in complex with amp (see paper)
56% identity, 88% coverage: 7:180/197 of query aligns to 4:177/182 of 5zbkA

query
sites
5zbkA
S
 
S
V
 
V
C
 
C
V
 
V
Y
 
F
C
 
C
G
 
G
S
x
A
R
 
S
P
 
P
G
 
G
E
 
A
N
 
S
P
 
P
A
 
V
F
 
Y
A
 
Q
E
 
E
A
 
A
A
 
A
T
 
V
A
 
A
V
 
L
G
 
G
T
 
R
W
 
H
I
 
L
G
 
A
R
 
E
H
 
R
G
 
G
G
 
L
Q
 
T
L
 
L
V
 
V
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
G
 
G
R
 
A
S
 
V
G
 
G
L
 
L
M
 
M
G
 
G
T
 
T
V
 
V
A
 
A
E
 
D
A
 
A
T
 
A
R
 
L
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
E
V
 
V
V
 
I
G
 
G
V
 
I
I
 
I
P
 
P
Q
 
Q
A
 
S
L
 
L
V
 
Q
D
 
E
K
 
A
E
|
E
L
 
I
A
 
G
N
 
H
R
 
K
A
 
G
C
 
L
D
 
T
E
 
R
L
 
L
H
 
E
I
 
V
V
 
V
Q
 
D
T
 
G
M
|
M
H
 
H
E
 
A
R
|
R
K
|
K
A
 
A
M
 
R
M
 
M
A
 
A
E
 
E
R
 
L
S
 
A
D
 
D
A
 
A
F
 
F
I
 
I
A
 
A
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
|
G
I
 
L
G
|
G
T
|
T
F
 
L
E
 
E
E
 
A
L
 
L
F
 
F
E
 
E
V
 
V
W
 
W
T
 
T
W
 
W
R
 
G
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
H
 
H
D
 
A
K
 
K
P
 
P
L
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
L
N
 
E
V
 
V
A
 
N
G
 
G
Y
 
F
Y
 
Y
D
 
D
G
 
P
L
 
L
T
 
L
G
 
T
F
 
F
L
 
L
N
 
D
H
 
H
S
 
L
V
 
V
A
 
D
S
 
E
G
 
R
F
 
F
M
 
V
G
 
R
E
 
A
W
 
E
Q
 
H
M
 
R
G
 
G
L
 
M
L
 
L
H
 
Q
A
 
R
S
 
G
A
 
A
D
 
S
A
 
P
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
D
T
 
A
L
 
L

Q5ZC82 Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase LOG; Protein LONELY GUY; EC 3.2.2.n1 from Oryza sativa subsp. japonica (Rice) (see paper)
47% identity, 88% coverage: 8:180/197 of query aligns to 38:210/242 of Q5ZC82

query
sites
Q5ZC82
V
 
I
C
 
C
V
 
V
Y
 
Y
C
 
C
G
 
G
S
 
S
R
 
A
P
 
K
G
 
G
E
 
R
N
 
K
P
 
A
A
 
S
F
 
Y
A
 
Q
E
 
D
A
 
A
A
 
A
T
 
V
A
 
E
V
 
L
G
 
G
T
 
K
W
 
E
I
 
L
G
 
V
R
 
E
H
 
R
G
 
G
G
 
I
Q
 
D
L
 
L
V
 
V
Y
 
Y
G
|
G
G
 
G
G
 
G
R
 
S
S
 
I
G
 
G
L
 
L
M
 
M
G
 
G
T
 
L
V
 
V
A
 
S
E
 
H
A
 
A
T
 
V
R
 
H
Q
 
D
A
 
G
G
 
G
G
 
R
R
 
H
V
 
V
V
 
I
G
 
G
V
 
V
I
 
I
P
 
P
Q
 
K
A
 
S
L
 
L
V
 
M
D
 
P
K
 
R
E
 
E
L
 
V
A
 
T
N
 
G
R
 
E
A
 
P
C
 
V
D
 
G
E
 
E
L
 
V
H
 
R
I
 
A
V
 
V
Q
 
S
T
 
G
M
 
M
H
 
H
E
 
E
R
 
R
K
 
K
A
 
A
M
 
E
M
 
M
A
 
A
E
 
R
R
 
F
S
 
A
D
 
D
A
 
A
F
 
F
I
 
I
A
 
A
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
I
 
Y
G
 
G
T
 
T
F
 
L
E
 
E
E
 
E
L
 
L
F
 
L
E
 
E
V
 
V
W
 
I
T
 
T
W
 
W
R
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
Y
 
I
H
 
H
D
 
K
K
 
K
P
 
P
L
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
L
N
 
N
V
 
V
A
 
D
G
 
G
Y
 
F
Y
 
Y
D
 
D
G
 
P
L
 
F
T
 
L
G
 
S
F
 
F
L
 
I
N
 
D
H
 
M
S
 
A
V
 
V
A
 
S
S
 
E
G
 
G
F
 
F
M
 
I
G
 
A
E
 
E
W
 
D
Q
 
A
M
 
R
G
 
R
L
 
I
L
 
I
H
 
I
A
 
S
S
 
A
A
 
P
D
 
T
A
 
A
E
 
R
A
 
E
L
 
L
L
 
V
R
 
L
T
 
K
L
 
L

O05306 Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase; Protein LONELY GUY homolog; LOG homolog; EC 3.2.2.n1 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
44% identity, 90% coverage: 6:183/197 of query aligns to 11:187/187 of O05306

query
sites
O05306
F
 
W
S
 
T
V
 
V
C
 
A
V
 
V
Y
 
Y
C
 
C
G
 
A
S
 
A
R
 
S
P
 
P
G
 
-
E
 
T
N
 
H
P
 
A
A
 
E
F
 
L
A
 
L
E
 
E
A
 
L
A
 
A
T
 
A
A
 
E
V
 
V
G
 
G
T
 
A
W
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
G
H
 
R
G
 
G
G
 
W
Q
 
T
L
 
L
V
 
V
Y
 
W
G
 
G
G
 
G
G
 
G
R
 
H
S
 
V
G
 
S
L
 
A
M
|
M
G
 
G
T
 
A
V
 
V
A
 
A
E
 
S
A
 
A
T
 
A
R
 
R
Q
 
A
A
 
C
G
 
G
G
 
G
R
 
W
V
 
T
V
 
V
G
 
G
V
 
V
I
 
I
P
 
P
Q
x
K
A
 
M
L
 
L
V
 
V
D
 
Y
K
 
R
E
|
E
L
 
L
A
 
A
N
 
D
R
 
H
A
 
D
C
 
A
D
 
D
E
 
E
L
 
L
H
 
I
I
 
V
V
 
T
Q
 
D
T
 
T
M
 
M
H
 
W
E
 
E
R
|
R
K
 
K
A
 
Q
M
 
I
M
 
M
A
 
E
E
 
D
R
 
R
S
 
S
D
 
D
A
 
A
F
 
F
I
 
I
A
 
V
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
I
 
V
G
 
G
T
|
T
F
 
L
E
x
D
E
|
E
L
 
L
F
 
F
E
 
D
V
 
A
W
 
W
T
 
T
W
 
D
R
 
G
Q
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
T
H
 
H
D
 
D
K
 
K
P
 
P
L
 
I
G
 
V
L
 
M
L
 
V
N
 
D
V
 
P
A
 
W
G
 
G
Y
 
H
Y
 
F
D
 
D
G
 
G
L
 
L
T
 
R
G
 
A
F
 
W
L
 
L
N
 
N
H
 
G
S
 
L
V
 
L
A
 
D
S
 
T
G
 
G
F
 
Y
M
 
V
G
 
S
E
 
P
W
 
T
Q
 
A
M
 
M
G
 
E
L
 
R
L
 
L
H
 
V
A
 
V
S
 
V
A
 
D
D
 
N
A
 
V
E
 
K
A
 
D
L
 
A
L
 
L
R
 
R
T
 
A
L
 
C
V
 
A
Q
 
P
S
 
S

7w2iA Crystal structure of log (rv1205) from mycobacterium tuberculosis (see paper)
44% identity, 90% coverage: 6:183/197 of query aligns to 7:183/183 of 7w2iA

query
sites
7w2iA
F
 
W
S
 
T
V
 
V
C
 
A
V
 
V
Y
 
Y
C
 
C
G
 
A
S
 
A
R
 
S
P
 
P
G
 
-
E
 
T
N
 
H
P
 
A
A
 
E
F
 
L
A
 
L
E
 
E
A
 
L
A
 
A
T
 
A
A
 
E
V
 
V
G
 
G
T
 
A
W
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
G
H
 
R
G
 
G
G
 
W
Q
 
T
L
 
L
V
 
V
Y
 
W
G
 
G
G
 
G
G
 
G
R
 
H
S
 
V
G
 
S
L
 
A
M
 
M
G
 
G
T
 
A
V
 
V
A
 
A
E
 
S
A
 
A
T
 
A
R
 
R
Q
 
A
A
 
C
G
 
G
G
 
G
R
 
W
V
 
T
V
 
V
G
 
G
V
 
V
I
 
I
P
 
P
Q
 
K
A
 
M
L
 
L
V
 
V
D
 
Y
K
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
A
N
 
D
R
 
H
A
 
D
C
 
A
D
 
D
E
 
E
L
 
L
H
 
I
I
 
V
V
 
T
Q
 
D
T
 
T
M
 
M
H
 
W
E
 
E
R
 
R
K
 
K
A
 
Q
M
 
I
M
 
M
A
 
E
E
 
D
R
 
R
S
 
S
D
 
D
A
 
A
F
 
F
I
 
I
A
 
V
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
I
 
V
G
 
G
T
 
T
F
 
L
E
 
D
E
 
E
L
 
L
F
 
F
E
x
D
V
 
A
W
 
W
T
 
T
W
x
D
R
 
G
Q
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
T
H
 
H
D
 
D
K
 
K
P
 
P
L
 
I
G
 
V
L
 
M
L
 
V
N
 
D
V
 
P
A
 
W
G
 
G
Y
 
H
Y
 
F
D
 
D
G
 
G
L
 
L
T
 
R
G
 
A
F
 
W
L
 
L
N
 
N
H
 
G
S
 
L
V
 
L
A
 
D
S
 
T
G
 
G
F
 
Y
M
 
V
G
 
S
E
 
P
W
 
T
Q
 
A
M
 
M
G
 
E
L
 
R
L
 
L
H
 
V
A
 
V
S
 
V
A
 
D
D
 
N
A
 
V
E
 
K
A
 
D
L
 
A
L
 
L
R
 
R
T
 
A
L
 
C
V
 
A
Q
 
P
S
 
S

5zblD Crystal structure of type-i log from corynebacterium glutamicum in complex with amp (see paper)
44% identity, 88% coverage: 8:180/197 of query aligns to 5:176/181 of 5zblD

query
sites
5zblD
V
 
V
C
 
T
V
 
V
Y
 
F
C
 
T
G
 
G
S
|
S
R
 
A
P
 
L
G
 
G
E
 
S
N
 
S
P
 
S
A
 
L
F
 
Y
A
 
T
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
T
 
Q
A
 
T
V
 
L
G
 
A
T
 
K
W
 
T
I
 
A
G
 
V
R
 
D
H
 
R
G
 
G
G
 
I
Q
 
D
L
 
L
V
 
V
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
G
 
G
R
 
K
S
 
V
G
 
G
L
 
L
M
|
M
G
 
G
T
 
I
V
 
V
A
 
A
E
 
D
A
 
A
T
 
F
R
 
L
Q
 
E
A
 
S
G
 
G
G
 
G
R
 
E
V
 
A
V
 
F
G
 
G
V
 
V
I
 
I
P
 
T
Q
 
E
A
 
S
L
 
L
V
 
M
D
 
-
K
 
K
E
 
G
L
 
L
A
 
G
N
 
H
R
 
E
A
 
K
C
 
L
D
 
T
E
 
E
L
 
L
H
 
E
I
 
I
V
 
V
Q
 
P
T
 
D
M
 
M
H
 
H
E
 
I
R
|
R
K
|
K
A
 
R
M
 
R
M
 
M
A
 
A
E
 
E
R
 
L
S
 
G
D
 
D
A
 
G
F
 
F
I
 
I
A
 
A
L
 
M
P
 
P
G
 
G
G
|
G
I
 
A
G
|
G
T
|
T
F
 
L
E
|
E
E
|
E
L
 
L
F
 
F
E
 
E
V
 
V
W
 
W
T
 
T
W
 
W
R
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
Y
 
I
H
 
H
D
 
Q
K
 
K
P
 
P
L
 
V
G
 
A
L
 
L
L
 
Y
N
 
D
V
 
V
A
 
D
G
 
G
Y
 
F
Y
 
W
D
 
Q
G
 
P
L
 
L
T
 
L
G
 
E
F
 
M
L
 
L
N
 
E
H
 
Q
S
 
M
V
 
T
A
 
Q
S
 
R
G
 
G
F
 
F
M
 
I
G
 
K
E
 
R
W
 
D
Q
 
F
M
 
F
G
 
E
L
 
C
L
 
L
H
 
I
A
 
V
S
 
E
A
 
S
D
 
D
A
 
P
E
 
H
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
K
T
 
A
L
 
M

5ajuA Crystal structure of ligand-free phosphoribohydroxylase lonely guy from claviceps purpurea in complex with phosphoribose (see paper)
41% identity, 90% coverage: 4:180/197 of query aligns to 1:200/217 of 5ajuA

query
sites
5ajuA
P
 
P
A
 
R
F
 
A
S
 
K
V
 
I
C
 
C
V
 
V
Y
 
F
C
 
C
G
 
G
S
|
S
R
 
S
P
 
G
G
 
G
E
 
A
N
 
S
P
 
P
A
 
A
F
 
H
A
 
M
E
 
E
A
 
A
A
 
A
T
 
R
A
 
Q
V
 
L
G
 
G
T
 
R
W
 
V
I
 
M
G
 
A
R
 
E
H
 
N
G
 
N
G
 
I
Q
 
D
L
 
L
V
 
V
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
G
 
G
R
 
T
S
 
V
G
 
G
L
 
L
M
 
M
G
 
G
T
 
E
V
 
V
A
 
A
E
 
R
A
 
T
T
 
V
R
 
C
Q
 
S
A
 
I
G
 
N
G
 
G
-
 
P
-
 
E
R
 
S
V
 
V
V
 
H
G
 
G
V
 
I
I
 
I
P
 
P
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
V
 
V
D
 
R
K
 
Y
E
 
E
-
 
R
-
 
D
-
 
G
L
 
T
A
 
Y
N
 
Q
R
 
T
A
 
V
C
 
K
D
 
D
E
 
N
L
 
K
H
 
Q
I
 
V
V
 
V
Q
 
P
T
 
T
-
 
E
-
 
T
-
 
V
-
 
Y
-
 
G
-
 
R
-
 
T
-
 
T
-
 
V
-
 
V
-
 
K
-
 
D
M
 
M
H
 
H
E
 
T
R
|
R
K
 
K
A
 
K
M
 
M
M
 
M
A
 
A
E
 
E
R
 
E
-
 
V
-
 
I
-
 
S
-
 
G
-
 
G
-
 
P
S
 
G
D
 
S
A
 
G
F
 
F
I
 
I
A
 
G
L
 
L
P
 
S
G
 
G
G
|
G
I
x
Y
G
|
G
T
|
T
F
 
M
E
 
E
E
|
E
L
 
V
F
 
F
E
 
E
V
 
V
W
 
I
T
 
T
W
 
W
R
 
N
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
Y
 
I
H
 
H
D
 
T
K
 
K
P
 
G
L
 
I
G
 
C
L
 
L
L
 
L
N
 
N
V
 
V
A
 
E
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
W
D
 
D
G
 
G
L
 
I
T
 
L
G
 
Q
F
 
W
L
 
I
N
 
N
H
 
M
S
 
A
V
 
A
A
 
A
S
 
Q
G
 
G
F
 
F
M
 
V
G
 
Q
E
 
P
W
 
G
Q
 
N
M
 
E
G
 
T
L
 
I
L
 
V
H
 
V
A
 
S
S
 
A
A
 
G
D
 
D
A
 
A
E
 
E
A
 
G
L
 
A
L
 
V
R
 
R
T
 
A
L
 
L

3sbxA Crystal structure of a putative uncharacterized protein from mycobacterium marinum bound to adenosine 5'-monophosphate amp (see paper)
46% identity, 78% coverage: 6:159/197 of query aligns to 2:154/177 of 3sbxA

query
sites
3sbxA
F
 
W
S
 
T
V
 
V
C
 
A
V
 
V
Y
 
Y
C
 
C
G
 
A
S
 
A
R
 
A
P
 
P
G
 
-
E
 
T
N
 
H
P
 
P
A
 
E
F
 
L
A
 
L
E
 
E
A
 
L
A
 
A
T
 
G
A
 
A
V
 
V
G
 
G
T
 
A
W
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
A
H
 
R
G
 
G
G
 
W
Q
 
T
L
 
L
V
 
V
Y
 
W
G
 
G
G
 
G
G
 
G
R
 
H
S
 
V
G
 
S
L
 
A
M
 
M
G
 
G
T
 
A
V
 
V
A
 
S
E
 
S
A
 
A
T
 
A
R
 
R
Q
 
A
A
 
H
G
 
G
G
 
G
R
 
W
V
 
T
V
 
V
G
 
G
V
 
V
I
 
I
P
 
P
Q
 
K
A
 
M
L
 
L
V
 
V
D
 
H
K
 
R
E
|
E
L
 
L
A
 
A
N
 
D
R
 
H
A
 
D
C
 
A
D
 
D
E
 
E
L
 
L
H
 
V
I
 
V
V
 
T
Q
 
E
T
 
T
M
|
M
H
 
W
E
 
E
R
|
R
K
|
K
A
 
Q
M
 
V
M
 
M
A
 
E
E
 
D
R
 
R
S
 
A
D
 
N
A
 
A
F
 
F
I
 
I
A
 
T
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
|
G
I
 
V
G
|
G
T
|
T
F
 
L
E
x
D
E
|
E
L
 
L
F
 
L
E
 
D
V
 
V
W
 
W
T
 
T
W
 
E
R
 
G
Q
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
M
H
 
H
D
 
D
K
 
K
P
 
S
L
 
I
G
 
V
L
 
V
L
 
L
N
 
D
V
 
P
A
 
W
G
 
G
Y
 
H
Y
 
F
D
 
D
G
 
G
L
 
L
T
 
R
G
 
A
F
 
W
L
 
L
N
 
S
H
 
E
S
 
L
V
 
A
A
 
D
S
 
T
G
 
G
F
 
Y
M
 
V

Query Sequence

>Ac3H11_519 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_519
MAEPAFSVCVYCGSRPGENPAFAEAATAVGTWIGRHGGQLVYGGGRSGLMGTVAEATRQA
GGRVVGVIPQALVDKELANRACDELHIVQTMHERKAMMAERSDAFIALPGGIGTFEELFE
VWTWRQLGYHDKPLGLLNVAGYYDGLTGFLNHSVASGFMGEWQMGLLHASADAEALLRTL
VQSAGPDHAPVPLRDVI

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory