SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Ac3H11_610 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_610 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3uugA Crystal structure of the periplasmic sugar binding protein chve (see paper)
79% identity, 92% coverage: 28:356/356 of query aligns to 1:329/329 of 3uugA

query
sites
3uugA
D
 
D
K
 
K
G
 
G
A
 
S
I
 
V
G
 
G
I
 
I
S
 
A
M
 
M
P
 
P
T
 
T
K
 
K
S
 
S
S
 
S
A
 
A
R
|
R
W
 
W
I
 
I
A
 
D
D
 
D
G
 
G
D
 
N
N
 
N
M
 
I
V
 
V
K
 
K
V
 
Q
L
 
L
K
 
Q
E
 
E
R
 
A
G
 
G
Y
 
Y
K
 
K
T
 
T
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
I
P
 
P
N
 
N
Q
 
Q
L
 
L
A
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
V
T
 
T
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
A
S
 
S
I
 
I
D
 
D
G
 
G
T
 
T
T
 
T
L
 
L
S
 
S
K
 
D
A
 
V
L
 
L
Q
 
K
N
 
Q
A
 
A
A
 
G
D
 
E
K
 
Q
G
 
G
V
 
I
K
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
K
 
R
G
 
N
S
 
S
K
 
G
N
 
D
V
 
V
D
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
F
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
T
 
T
S
 
S
I
 
I
V
 
T
D
 
D
K
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
Q
 
D
G
 
G
K
 
K
G
 
G
P
 
P
F
 
F
N
 
N
I
 
I
E
 
E
L
 
L
F
 
F
G
 
G
G
 
G
S
 
S
P
 
P
D
 
D
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
F
 
F
F
 
F
F
 
F
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
A
 
A
M
 
M
S
 
S
V
 
V
L
 
L
Q
 
K
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
D
 
D
S
 
S
G
 
G
K
 
K
L
 
L
V
 
V
V
 
V
R
 
K
S
 
S
K
 
G
Q
 
Q
T
 
M
G
 
G
M
 
M
N
 
D
K
 
K
V
 
V
G
 
G
T
 
T
L
 
L
R
 
R
W
|
W
D
 
D
G
 
P
S
 
A
V
 
T
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
R
 
R
M
 
M
D
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
L
S
 
S
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
G
 
T
K
 
D
D
 
A
K
 
K
V
 
V
H
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
L
S
 
S
P
 
P
Y
|
Y
D
 
D
G
 
G
I
 
L
S
 
S
I
 
I
G
 
G
I
 
I
L
 
I
S
 
S
S
 
S
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
C
 
G
T
 
T
A
 
K
Q
 
D
Q
 
Q
P
 
P
C
 
L
P
 
P
V
 
V
V
 
V
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
E
 
E
V
 
V
P
 
P
S
 
S
I
 
V
K
 
K
S
 
S
I
 
I
L
 
I
K
 
A
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
S
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
I
F
 
F
K
|
K
D
 
D
T
 
T
R
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
T
A
 
V
N
 
N
M
 
M
V
 
V
D
 
N
A
 
A
V
 
V
L
 
M
T
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
P
 
P
E
 
E
I
 
V
N
 
N
D
 
D
T
 
T
K
 
K
T
 
T
Y
 
Y
N
 
E
N
 
N
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
K
 
K
P
 
P
V
 
V
A
 
A
V
 
V
D
 
T
S
 
K
S
 
E
N
 
N
W
 
Y
N
 
K
A
 
Q
V
 
V
L
 
L
V
 
V
G
 
D
S
 
G
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
K
 
K
E
 
E
S
 
D
Q
 
Q
I
 
L
K
 
K

3urmA Crystal structure of the periplasmic sugar binding protein chve (see paper)
79% identity, 92% coverage: 28:356/356 of query aligns to 1:329/329 of 3urmA

query
sites
3urmA
D
 
D
K
 
K
G
 
G
A
 
S
I
 
V
G
 
G
I
 
I
S
 
A
M
 
M
P
 
P
T
 
T
K
 
K
S
 
S
S
 
S
A
 
A
R
|
R
W
 
W
I
 
I
A
 
D
D
 
D
G
 
G
D
 
N
N
 
N
M
 
I
V
 
V
K
 
K
V
 
Q
L
 
L
K
 
Q
E
 
E
R
 
A
G
 
G
Y
 
Y
K
 
K
T
 
T
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
I
P
 
P
N
 
N
Q
 
Q
L
 
L
A
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
V
T
 
T
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
A
S
 
S
I
 
I
D
 
D
G
 
G
T
 
T
T
 
T
L
 
L
S
 
S
K
 
D
A
 
V
L
 
L
Q
 
K
N
 
Q
A
 
A
A
 
G
D
 
E
K
 
Q
G
 
G
V
 
I
K
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
K
 
R
G
 
N
S
 
S
K
 
G
N
 
D
V
 
V
D
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
F
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
T
 
T
S
 
S
I
 
I
V
 
T
D
 
D
K
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
Q
 
D
G
 
G
K
 
K
G
 
G
P
 
P
F
 
F
N
 
N
I
 
I
E
 
E
L
 
L
F
 
F
G
 
G
G
 
G
S
 
S
P
 
P
D
 
D
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
F
 
F
F
 
F
F
 
F
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
A
 
A
M
 
M
S
 
S
V
 
V
L
 
L
Q
 
K
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
D
 
D
S
 
S
G
 
G
K
 
K
L
 
L
V
 
V
V
 
V
R
 
K
S
 
S
K
 
G
Q
 
Q
T
 
M
G
 
G
M
 
M
N
 
D
K
 
K
V
 
V
G
 
G
T
 
T
L
 
L
R
 
R
W
|
W
D
 
D
G
 
P
S
 
A
V
 
T
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
R
 
R
M
 
M
D
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
L
S
 
S
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
G
 
T
K
 
D
D
 
A
K
 
K
V
 
V
H
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
L
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
I
 
L
S
 
S
I
 
I
G
 
G
I
 
I
L
 
I
S
 
S
S
 
S
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
C
 
G
T
 
T
A
 
K
Q
 
D
Q
 
Q
P
 
P
C
 
L
P
 
P
V
 
V
V
 
V
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
E
 
E
V
 
V
P
 
P
S
 
S
I
 
V
K
 
K
S
 
S
I
 
I
L
 
I
K
 
A
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
S
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
I
F
 
F
K
|
K
D
 
D
T
 
T
R
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
T
A
 
V
N
 
N
M
 
M
V
 
V
D
 
N
A
 
A
V
 
V
L
 
M
T
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
P
 
P
E
 
E
I
 
V
N
 
N
D
 
D
T
 
T
K
 
K
T
 
T
Y
 
Y
N
 
E
N
 
N
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
K
 
K
P
 
P
V
 
V
A
 
A
V
 
V
D
 
T
S
 
K
S
 
E
N
 
N
W
 
Y
N
 
K
A
 
Q
V
 
V
L
 
L
V
 
V
G
 
D
S
 
G
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
K
 
K
E
 
E
S
 
D
Q
 
Q
I
 
L
K
 
K

4wwhA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from mycobacterium smegmatis (msmeg_1704, target efi- 510967) with bound d-galactose
67% identity, 92% coverage: 29:356/356 of query aligns to 2:329/329 of 4wwhA

query
sites
4wwhA
K
 
K
G
 
G
A
 
T
I
 
V
G
 
G
I
 
I
S
 
A
M
 
M
P
 
P
T
 
T
K
 
K
S
 
S
S
 
S
A
 
E
R
|
R
W
 
W
I
 
V
A
 
A
D
 
D
G
 
G
D
 
Q
N
 
N
M
 
M
V
 
V
K
 
D
V
 
Q
L
 
F
K
 
K
E
 
A
R
 
F
G
 
G
Y
 
Y
K
 
D
T
 
T
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
Y
 
Y
A
 
G
D
 
D
D
 
D
D
 
V
I
 
V
P
 
Q
N
 
N
Q
 
Q
L
 
V
A
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
I
T
 
T
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
V
 
L
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
A
S
 
P
I
 
I
D
 
D
G
 
G
T
 
S
T
 
S
L
 
L
S
 
T
K
 
N
A
 
T
L
 
L
Q
 
Q
N
 
H
A
 
A
A
 
A
D
 
D
K
 
L
G
 
K
V
 
I
K
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
S
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
K
 
K
G
 
G
S
 
T
K
 
P
N
 
N
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
T
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
T
 
N
S
 
Y
I
 
I
V
 
V
D
 
D
K
 
T
L
 
L
G
 
G
L
 
V
K
 
A
Q
 
D
G
 
G
K
 
K
G
 
G
P
 
P
F
 
F
N
 
N
I
 
L
E
 
E
L
 
L
F
 
F
G
 
A
G
 
G
S
 
S
P
 
P
D
 
D
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
F
 
T
F
 
Y
F
 
F
Y
 
F
D
 
Q
G
 
G
A
 
A
M
 
M
S
 
S
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
D
 
D
S
 
S
G
 
G
K
 
K
L
 
L
V
 
V
V
 
V
R
 
K
S
 
S
K
 
G
Q
 
Q
T
 
T
G
 
T
M
 
F
N
 
D
K
 
Q
V
 
I
G
 
A
T
 
T
L
 
L
R
 
R
W
|
W
D
 
D
G
 
G
S
 
G
V
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
S
R
 
R
M
 
M
D
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
L
S
 
S
A
 
Q
Y
 
A
Y
 
Y
G
 
T
K
 
S
D
 
G
K
 
R
V
 
V
H
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
L
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
I
 
I
S
 
S
I
 
R
G
 
G
I
 
V
L
 
I
S
 
S
S
 
A
L
 
L
K
 
K
G
 
S
V
 
A
G
 
G
Y
 
Y
C
 
G
T
 
N
A
 
A
Q
 
A
Q
 
K
P
 
P
C
 
L
P
 
P
V
 
I
V
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
E
 
E
V
 
L
P
 
A
S
 
S
I
 
V
K
 
K
S
 
S
I
 
I
L
 
V
K
 
A
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
S
 
T
S
 
Q
T
 
T
V
 
V
F
 
F
K
|
K
D
 
D
T
 
T
R
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
A
K
 
K
V
 
A
A
 
A
A
 
V
N
 
Q
M
 
E
V
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
L
T
 
T
G
 
G
K
 
G
Q
 
T
P
 
P
E
 
Q
I
 
V
N
 
N
D
 
D
T
 
T
K
 
E
T
 
T
Y
 
Y
N
 
D
N
 
N
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
K
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
S
V
 
V
D
 
D
S
 
K
S
 
S
N
 
N
W
 
Y
N
 
K
A
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
I
G
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
K
 
T
E
 
E
S
 
T
Q
 
Q
I
 
V
K
 
Q

4ys6A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from clostridium phytofermentans (cphy_1585, target efi- 511156) with bound beta-d-glucose
49% identity, 91% coverage: 32:356/356 of query aligns to 3:324/324 of 4ys6A

query
sites
4ys6A
I
 
V
G
 
G
I
 
V
S
 
A
M
 
M
P
 
P
T
 
T
K
 
K
S
 
D
S
 
L
A
 
Q
R
|
R
W
|
W
I
 
N
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
D
 
S
N
 
N
M
 
M
V
 
E
K
 
K
V
 
Q
L
 
L
K
 
K
E
 
D
R
 
A
G
 
G
Y
 
Y
K
 
E
T
 
V
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
D
 
S
D
 
N
D
 
D
I
 
V
P
 
Q
N
 
T
Q
 
Q
L
 
V
A
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
I
T
 
S
K
 
N
G
 
G
A
 
C
K
 
K
V
 
L
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
A
S
 
S
I
 
I
D
 
E
G
 
G
T
 
D
T
 
S
L
 
L
S
 
G
K
 
T
A
 
V
L
 
L
Q
 
A
N
 
Q
A
 
A
A
 
K
D
 
K
K
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
S
V
 
V
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
K
 
M
G
 
N
S
 
S
K
 
D
N
 
A
V
 
V
D
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
Y
Q
 
M
V
 
V
G
 
G
V
 
T
L
 
K
Q
 
Q
A
 
G
T
 
E
S
 
Y
I
 
I
V
 
K
D
 
E
K
 
K
L
 
L
G
 
N
L
 
L
K
 
E
Q
 
T
G
 
A
K
 
K
G
 
G
P
 
P
F
 
F
N
 
N
I
 
L
E
 
E
L
 
I
F
 
F
G
 
T
G
 
G
S
 
D
P
 
P
D
 
G
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
F
 
R
F
 
F
F
 
F
Y
 
Y
D
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
M
S
 
D
V
 
V
L
 
L
Q
 
K
P
 
P
Y
 
Y
I
 
V
D
 
D
S
 
G
G
 
G
K
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
V
R
 
K
S
 
S
K
 
G
Q
 
S
T
 
V
G
 
A
M
 
F
N
 
E
K
 
K
V
 
V
G
 
A
T
 
T
L
 
A
R
 
G
W
|
W
D
 
S
G
 
T
S
 
E
V
 
T
A
 
A
Q
 
Q
A
 
N
R
 
R
M
 
M
D
 
D
N
 
A
L
 
I
L
 
I
S
 
A
A
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
G
 
A
K
 
D
-
 
G
D
 
T
K
 
K
V
 
L
H
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
L
S
 
C
P
 
S
Y
x
N
D
 
D
G
 
S
I
 
T
S
 
A
I
 
L
G
 
G
I
 
V
L
 
T
S
 
N
S
 
A
L
 
L
K
 
T
G
 
A
V
 
-
G
 
-
Y
 
-
C
 
-
T
 
S
A
 
Y
Q
 
K
Q
 
G
P
 
E
C
 
W
P
 
P
V
 
I
V
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
C
E
 
D
V
 
I
P
 
A
S
 
N
I
 
V
K
 
K
S
 
N
I
 
M
L
 
L
K
 
D
G
 
G
E
 
K
Q
 
Q
S
 
S
S
 
M
T
 
S
V
 
I
F
 
F
K
|
K
D
 
D
T
 
T
R
 
R
E
 
T
L
 
L
A
 
A
K
 
S
V
 
Q
A
 
V
A
 
V
N
 
K
M
 
M
V
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
I
L
 
M
T
 
K
G
 
G
K
 
G
Q
 
E
P
 
A
E
 
P
I
 
V
N
 
N
D
 
D
T
 
T
K
 
K
T
 
S
Y
 
Y
N
 
D
N
 
N
G
 
G
V
 
N
K
 
G
V
 
I
V
 
V
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
L
 
C
K
 
E
P
 
P
V
 
V
A
 
F
V
 
A
D
 
D
S
 
A
S
 
T
N
 
N
W
 
Y
N
 
K
A
 
E
V
 
L
L
 
L
V
 
I
G
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
K
 
T
E
 
E
S
 
D
Q
 
Q
I
 
L
K
 
K

4rxuA Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein caur_1924 from chloroflexus aurantiacus, target efi-511158, in complex with d-glucose
37% identity, 91% coverage: 31:353/356 of query aligns to 5:334/340 of 4rxuA

query
sites
4rxuA
A
 
A
I
 
V
G
 
G
I
 
I
S
 
V
M
 
L
P
 
P
T
 
T
K
 
K
S
 
D
S
x
E
A
 
P
R
|
R
W
 
W
I
 
I
A
 
Q
D
 
D
G
 
E
D
 
T
N
 
R
M
 
F
V
 
R
K
 
E
V
 
A
L
 
L
K
 
Q
E
 
Q
R
 
A
G
 
G
Y
 
Y
K
 
Q
T
 
V
D
 
E
L
 
I
Q
 
L
Y
 
F
A
 
S
D
 
Q
D
 
G
D
 
S
I
 
S
P
 
A
N
 
K
Q
 
E
L
 
K
A
 
E
Q
 
N
I
 
V
E
 
E
N
 
A
M
 
L
I
 
I
T
 
A
K
 
K
G
 
G
A
 
I
K
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
I
I
 
I
A
 
C
S
 
P
I
 
H
D
 
D
G
 
G
T
 
T
T
 
A
L
 
A
S
 
A
K
 
A
A
 
A
L
 
A
Q
 
E
N
 
A
A
 
A
A
 
R
D
 
A
K
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
S
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
K
 
R
G
 
E
S
 
T
K
 
D
N
 
A
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
V
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
S
F
 
I
Q
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
A
L
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
T
 
Q
S
 
Y
I
 
L
V
 
V
D
 
D
K
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
Q
 
H
G
 
A
K
 
S
G
 
G
P
 
T
F
 
G
N
 
N
-
 
P
I
 
L
E
 
Y
L
 
L
F
 
Y
G
 
A
G
 
G
S
 
A
P
 
A
D
 
S
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
F
 
F
F
 
L
F
 
F
Y
 
F
D
 
E
G
 
G
A
 
A
M
 
W
S
 
K
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
P
 
P
Y
 
K
I
 
I
D
 
A
S
 
D
G
 
G
K
 
T
L
 
F
V
 
V
V
 
I
R
 
K
S
 
N
K
 
S
Q
 
S
T
 
E
G
 
A
M
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
N
 
N
K
 
K
V
 
L
G
 
D
T
 
L
L
 
T
R
 
R
-
 
D
-
 
E
-
 
M
-
 
A
-
 
K
-
 
I
-
 
I
-
 
G
-
 
Q
-
 
V
-
 
T
-
 
T
-
 
N
W
|
W
D
 
D
G
 
F
S
 
N
V
 
T
A
 
A
Q
 
K
A
 
N
R
 
L
M
 
A
D
 
E
N
 
A
L
 
N
L
 
L
S
 
T
A
 
A
Y
 
A
Y
 
T
G
 
A
K
 
A
D
 
D
K
 
K
V
 
G
H
 
K
A
 
V
-
 
Y
V
 
I
L
 
L
S
 
A
P
 
P
Y
x
N
D
 
D
G
 
G
I
 
T
S
 
A
I
 
R
G
 
A
I
 
I
L
 
A
S
 
D
S
 
A
L
 
F
K
 
A
G
 
A
V
 
D
G
 
K
Y
 
D
C
 
V
T
 
T
A
 
E
Q
 
Y
Q
 
-
P
 
-
C
 
-
P
 
-
V
 
F
V
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
E
 
E
V
 
K
P
 
A
S
 
S
I
 
V
K
 
Q
S
 
Y
I
 
I
L
 
I
K
 
D
G
 
G
E
 
R
Q
 
Q
S
 
S
S
 
M
T
 
T
V
 
V
F
 
F
K
|
K
D
 
D
T
 
V
R
 
R
E
 
T
L
 
L
A
 
V
K
 
Q
V
 
D
A
 
A
A
 
I
N
 
K
M
 
A
V
 
A
D
 
V
A
 
A
V
 
L
L
 
L
T
 
Q
G
 
D
K
 
Q
Q
 
Q
P
 
P
E
 
E
I
 
A
N
 
R
D
 
-
T
 
-
K
 
G
T
 
T
Y
 
Y
N
 
N
N
 
N
G
 
G
V
 
K
K
 
K
V
 
D
V
 
V
P
 
P
S
 
A
Y
 
I
L
 
Q
L
 
S
K
 
P
P
 
V
V
 
V
A
 
T
V
 
V
D
 
T
S
 
R
S
 
D
N
 
N
W
 
V
N
 
R
A
 
A
V
 
A
L
 
L
V
 
I
G
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
K
 
S
E
 
A
S
 
S

3ma0A Closed liganded crystal structure of xylose binding protein from escherichia coli (see paper)
38% identity, 91% coverage: 32:355/356 of query aligns to 5:307/313 of 3ma0A

query
sites
3ma0A
I
 
I
G
 
G
I
 
M
S
 
A
M
 
I
P
 
D
T
 
D
K
 
L
S
 
R
S
x
L
A
 
E
R
|
R
W
 
W
I
 
Q
A
 
K
D
 
D
G
 
R
D
 
D
N
 
I
M
 
F
V
 
V
K
 
K
V
 
K
L
 
A
K
 
E
E
 
S
R
 
L
G
 
G
Y
 
A
K
 
K
T
 
V
D
 
F
L
 
V
Q
 
Q
Y
 
S
A
 
A
D
 
N
D
 
G
D
 
N
I
 
E
P
 
E
N
 
T
Q
 
Q
L
 
M
A
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
I
T
 
N
K
 
R
G
 
G
A
 
V
K
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
I
S
 
P
I
 
Y
D
 
N
G
 
G
T
 
Q
T
 
V
L
 
L
S
 
S
K
 
N
A
 
V
L
 
V
Q
 
K
N
 
E
A
 
A
A
 
K
D
 
Q
K
 
E
G
 
G
V
 
I
K
 
K
V
 
V
I
 
L
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
M
I
 
I
K
 
N
G
 
D
S
 
A
K
 
-
N
 
D
V
 
I
D
 
D
Y
 
F
Y
 
Y
A
 
I
T
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
E
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
E
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
T
 
K
S
 
A
I
 
L
V
 
V
D
 
D
K
 
I
L
 
-
G
 
-
L
 
V
K
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
-
G
 
-
P
 
-
F
 
-
N
 
N
I
 
Y
E
 
F
L
 
L
F
 
M
G
 
G
G
 
G
S
 
S
P
 
P
D
 
V
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
F
 
K
F
 
L
F
 
F
Y
 
R
D
 
A
G
 
G
A
 
Q
M
 
M
S
 
K
V
 
V
L
 
L
Q
 
K
P
 
P
Y
 
Y
I
 
V
D
 
D
S
 
S
G
 
G
K
 
K
L
 
I
V
 
K
V
 
V
R
 
V
S
 
G
K
 
D
Q
 
Q
T
 
W
G
 
-
M
 
-
N
 
-
K
 
-
V
 
-
G
 
-
T
 
V
L
 
D
R
 
G
W
|
W
D
 
L
G
 
P
S
 
E
V
 
N
A
 
A
Q
 
L
A
 
K
R
 
I
M
 
M
D
 
E
N
 
N
L
 
A
L
 
L
S
 
T
A
 
A
Y
 
-
Y
 
-
G
 
N
K
 
N
D
 
N
K
 
K
V
 
I
H
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
V
S
 
A
P
 
S
Y
x
N
D
 
D
G
 
A
I
 
T
S
 
A
I
 
G
G
 
G
I
 
A
L
 
I
S
 
Q
S
 
A
L
 
L
K
 
S
G
 
A
V
 
Q
G
 
G
Y
 
L
C
 
S
T
 
G
A
 
K
Q
 
-
Q
 
-
P
 
-
C
 
-
P
 
V
V
 
A
V
 
I
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
E
 
D
V
 
L
P
 
A
S
 
G
I
 
I
K
 
K
S
 
R
I
 
I
L
 
A
K
 
A
G
 
G
E
 
T
Q
 
Q
S
 
T
S
 
M
T
 
T
V
 
V
F
 
Y
K
|
K
D
 
P
T
 
I
R
 
T
E
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
N
V
 
T
A
 
A
A
 
A
N
 
E
M
 
I
V
 
A
D
 
V
A
 
E
V
 
L
L
 
G
T
 
N
G
 
G
K
 
Q
Q
 
E
P
 
P
E
 
K
I
 
A
N
 
-
D
 
D
T
 
T
K
 
-
T
 
T
Y
 
L
N
 
N
N
 
N
G
 
G
V
 
L
K
 
K
V
 
D
V
 
V
P
 
P
S
 
S
Y
 
R
L
 
L
L
 
L
K
 
T
P
 
P
V
 
I
A
 
D
V
 
V
D
 
N
S
 
K
S
 
N
N
 
N
W
 
I
N
 
K
A
 
D
V
 
T
L
 
V
V
 
I
G
 
K
S
 
D
G
 
G
Y
 
F
Y
 
H
K
 
K
E
 
E
S
 
S
Q
 
E
I
 
L

4ywhA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z (asuc_0499, target efi-511068) with bound d-xylose
37% identity, 91% coverage: 32:355/356 of query aligns to 6:308/310 of 4ywhA

query
sites
4ywhA
I
 
I
G
 
G
I
 
M
S
 
S
M
 
I
P
 
D
T
 
D
K
 
L
S
 
R
S
x
L
A
 
E
R
|
R
W
 
W
I
 
Q
A
 
K
D
 
D
G
 
R
D
 
D
N
 
I
M
 
F
V
 
V
K
 
K
V
 
K
L
 
A
K
 
E
E
 
S
R
 
L
G
 
G
Y
 
A
K
 
K
T
 
V
D
 
L
L
 
V
Q
 
Q
Y
 
S
A
 
A
D
 
N
D
 
G
D
 
D
I
 
D
P
 
S
N
 
A
Q
 
Q
L
 
I
A
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
L
T
 
N
K
 
K
G
 
N
A
 
V
K
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
I
S
 
P
I
 
H
D
 
N
G
 
G
T
 
D
T
 
V
L
 
L
S
 
S
K
 
N
A
 
V
L
 
I
Q
 
S
N
 
E
A
 
A
A
 
K
D
 
K
K
 
E
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
I
 
L
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
K
 
N
G
 
N
S
 
A
K
 
-
N
 
D
V
 
L
D
 
D
Y
 
F
Y
 
Y
A
 
V
T
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
E
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
E
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
T
 
D
S
 
A
I
 
I
V
 
I
D
 
-
K
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
Q
 
K
G
 
E
K
 
K
G
 
P
P
 
E
F
 
G
N
 
N
I
 
Y
E
 
F
L
 
L
F
 
M
G
 
G
G
 
G
S
 
S
P
 
P
D
 
V
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
F
 
K
F
 
L
F
 
F
Y
 
R
D
 
K
G
 
G
A
 
Q
M
 
M
S
 
K
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
P
 
P
Y
 
L
I
 
I
D
 
D
S
 
S
G
 
G
K
 
K
L
 
I
V
 
K
V
 
V
R
 
V
S
 
G
K
 
D
Q
 
Q
T
 
W
G
 
-
M
 
-
N
 
-
K
 
-
V
 
-
G
 
-
T
 
V
L
 
D
R
 
S
W
|
W
D
 
L
G
 
A
S
 
E
V
 
K
A
 
A
Q
 
L
A
 
Q
R
 
I
M
 
M
D
 
E
N
 
N
L
 
A
L
 
L
S
 
T
A
 
A
Y
 
-
Y
 
-
G
 
N
K
 
K
D
 
N
K
 
N
V
 
I
H
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
V
S
 
A
P
 
S
Y
x
N
D
 
D
G
 
A
I
 
T
S
 
A
I
 
G
G
 
G
I
 
A
L
 
I
S
 
Q
S
 
A
L
 
L
K
 
S
G
 
A
V
 
Q
G
 
G
Y
 
L
C
 
S
T
 
G
A
 
K
Q
 
-
Q
 
-
P
 
-
C
 
-
P
 
V
V
 
A
V
 
I
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
E
 
D
V
 
L
P
 
A
S
 
A
I
 
I
K
 
K
S
 
R
I
 
I
L
 
V
K
 
E
G
 
G
E
 
T
Q
 
Q
S
 
T
S
 
M
T
 
T
V
 
V
F
 
Y
K
|
K
D
 
P
T
 
I
R
 
T
E
 
N
L
 
L
A
 
A
K
 
D
V
 
K
A
 
A
A
 
A
N
 
E
M
 
L
V
 
-
D
 
-
A
 
S
V
 
V
L
 
A
T
 
L
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
P
 
E
E
 
K
I
 
L
N
 
E
D
 
P
T
 
N
K
 
A
T
 
K
Y
 
L
N
 
N
N
 
N
G
 
G
V
 
L
K
 
K
V
 
E
V
 
V
P
 
D
S
 
A
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
K
 
D
P
 
P
V
 
I
A
 
V
V
 
V
D
 
T
S
 
K
S
 
D
N
 
N
W
 
I
N
 
D
A
 
S
V
 
T
L
 
V
V
 
I
G
 
K
S
 
D
G
 
G
Y
 
F
Y
 
H
K
 
S
E
 
K
S
 
E
Q
 
A
I
 
V

6ruxA P46, an immunodominant surface protein from mycoplasma hyopneumoniae (see paper)
28% identity, 87% coverage: 31:339/356 of query aligns to 12:368/373 of 6ruxA

query
sites
6ruxA
A
 
S
I
 
I
G
 
R
I
 
I
S
 
A
M
 
L
P
 
T
T
 
D
K
 
P
S
 
D
S
 
N
A
 
P
R
 
R
W
 
W
I
 
I
A
 
S
D
 
A
G
 
Q
D
 
K
N
 
D
M
 
I
V
 
I
K
 
S
V
 
Y
L
 
V
K
 
D
E
 
E
R
 
T
G
 
E
Y
 
A
K
 
A
T
 
T
D
 
S
L
 
T
Q
 
I
Y
 
T
A
 
K
D
 
N
D
 
Q
D
 
D
I
 
A
P
 
Q
N
 
N
Q
 
N
L
 
W
A
 
L
Q
 
T
I
 
Q
E
 
Q
N
 
A
M
 
N
I
 
L
T
 
S
K
 
P
G
 
A
A
 
P
K
 
K
V
 
G
L
 
F
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
P
I
 
E
D
 
N
G
 
G
T
 
S
T
 
G
L
 
V
S
 
G
K
 
T
A
 
A
L
 
V
Q
 
N
N
 
T
A
 
I
A
 
A
D
 
D
K
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
P
V
 
I
I
 
V
A
 
A
Y
 
Y
D
 
D
R
 
R
L
 
L
I
 
I
K
 
T
G
 
G
S
 
S
K
 
D
N
 
K
V
 
Y
D
 
D
Y
 
W
Y
 
Y
A
 
V
T
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
E
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
E
L
 
L
Q
 
Q
A
 
G
T
 
L
S
 
S
I
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
L
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
D
-
 
G
-
 
A
-
 
F
-
 
D
-
 
S
V
 
I
D
 
D
K
 
Q
L
 
M
G
 
N
-
 
E
-
 
Y
L
 
L
K
 
K
Q
 
S
G
 
H
K
 
M
G
 
P
P
 
Q
F
 
E
N
 
T
I
 
I
E
 
S
L
 
F
F
 
Y
-
 
T
-
 
I
G
 
A
G
 
G
S
 
S
P
 
Q
D
 
D
D
|
D
N
 
N
N
 
N
A
 
S
F
 
Q
F
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
D
 
N
G
 
G
A
 
A
M
 
M
S
 
K
V
 
V
L
 
L
Q
 
K
P
 
E
Y
 
L
I
 
M
-
 
K
D
 
N
S
 
S
G
 
Q
K
 
N
L
 
K
V
 
I
V
 
I
R
 
D
S
 
L
K
 
S
Q
 
P
T
 
E
G
 
G
M
 
E
N
 
N
K
 
A
V
 
V
G
 
Y
T
 
V
L
 
P
R
 
G
W
|
W
D
 
N
G
 
Y
S
 
G
V
 
T
A
 
A
Q
 
G
A
 
Q
R
 
R
M
 
I
D
 
Q
N
 
S
L
 
F
L
 
L
S
 
T
A
 
I
Y
 
N
Y
 
K
-
 
D
-
 
P
-
 
A
G
 
G
K
 
G
D
 
N
K
 
K
V
 
I
H
 
K
A
 
A
V
 
V
-
 
G
-
 
S
-
 
K
-
 
P
-
 
A
-
 
S
-
 
I
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
F
L
 
L
S
 
A
P
 
P
Y
x
N
D
 
D
G
 
G
I
 
M
S
 
A
I
 
E
G
 
Q
I
 
A
L
 
I
S
 
T
S
 
K
L
 
L
K
 
K
G
 
L
V
 
E
G
 
G
Y
 
F
C
 
D
T
 
T
A
 
Q
Q
 
K
Q
 
-
P
 
-
C
 
-
P
 
I
V
 
F
V
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
Y
E
 
N
V
 
D
P
 
K
S
 
A
I
 
K
K
 
T
S
 
F
I
 
I
L
 
K
K
 
D
G
 
G
E
 
D
Q
 
Q
S
 
N
S
 
M
T
 
T
V
 
I
F
 
Y
K
 
K
D
 
P
T
 
D
R
 
K
E
 
V
L
 
L
A
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
A
A
 
V
N
 
E
M
 
V
-
 
L
-
 
R
-
 
V
-
 
L
-
 
I
-
 
A
-
 
K
-
 
K
-
 
N
-
 
K
-
 
A
-
 
S
-
 
R
-
 
S
-
 
E
V
 
V
D
 
E
A
 
N
V
 
E
L
 
L
T
 
K
G
 
A
K
 
K
Q
 
L
P
 
P
E
 
N
I
 
I
N
 
S
-
 
F
-
 
K
-
 
Y
D
 
D
T
 
N
K
 
Q
T
 
T
Y
 
Y
N
 
K
N
 
V
G
 
Q
V
 
G
K
 
K
V
 
N
V
 
I
P
 
N
S
 
T
Y
 
I
L
 
L
L
 
V
K
 
S
P
 
P
V
 
V
A
 
I
V
 
V
D
 
T
S
 
K
S
 
A
N
 
N

6s3tA P46, an immunodominant surface protein from mycoplasma hyopneumoniae (see paper)
28% identity, 87% coverage: 31:339/356 of query aligns to 14:370/374 of 6s3tA

query
sites
6s3tA
A
 
S
I
 
I
G
 
R
I
 
I
S
 
A
M
 
L
P
 
T
T
x
D
K
 
P
S
 
D
S
 
N
A
 
P
R
 
R
W
|
W
I
 
I
A
 
S
D
 
A
G
 
Q
D
 
K
N
 
D
M
 
I
V
 
I
K
 
S
V
 
Y
L
 
V
K
 
D
E
 
E
R
 
T
G
 
E
Y
 
A
K
 
A
T
 
T
D
 
S
L
 
T
Q
 
I
Y
 
T
A
 
K
D
 
N
D
 
Q
D
 
D
I
 
A
P
 
Q
N
 
N
Q
 
N
L
 
W
A
 
L
Q
 
T
I
 
Q
E
 
Q
N
 
A
M
 
N
I
 
L
T
 
S
K
 
P
G
 
A
A
 
P
K
 
K
V
 
G
L
 
F
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
P
I
 
E
D
 
N
G
 
G
T
 
S
T
 
G
L
 
V
S
 
G
K
 
T
A
 
A
L
 
V
Q
 
N
N
 
T
A
 
I
A
 
A
D
 
D
K
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
P
V
 
I
I
 
V
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
K
 
T
G
 
G
S
 
S
K
 
D
N
 
K
V
 
Y
D
 
D
Y
 
W
Y
 
Y
A
 
V
T
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
E
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
E
L
 
L
Q
 
Q
A
 
G
T
 
L
S
 
S
I
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
L
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
D
-
 
G
-
 
A
-
 
F
-
 
D
-
 
S
V
 
I
D
 
D
K
 
Q
L
 
M
G
 
N
-
 
E
-
 
Y
L
 
L
K
 
K
Q
 
S
G
 
H
K
 
M
G
 
P
P
 
Q
F
 
E
N
 
T
I
 
I
E
 
S
L
 
F
F
 
Y
-
 
T
-
 
I
G
 
A
G
 
G
S
 
S
P
 
Q
D
 
D
D
|
D
N
 
N
N
 
N
A
 
S
F
 
Q
F
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
D
 
N
G
 
G
A
 
A
M
 
M
S
 
K
V
 
V
L
 
L
Q
 
K
P
 
E
Y
 
L
I
 
M
-
 
K
D
 
N
S
 
S
G
 
Q
K
 
N
L
 
K
V
 
I
V
 
I
R
 
D
S
 
L
K
 
S
Q
 
P
T
 
E
G
 
G
M
 
E
N
 
N
K
 
A
V
 
V
G
 
Y
T
 
V
L
 
P
R
 
G
W
 
W
D
 
N
G
 
Y
S
 
G
V
 
T
A
 
A
Q
 
G
A
 
Q
R
 
R
M
 
I
D
 
Q
N
 
S
L
 
F
L
 
L
S
 
T
A
 
I
Y
 
N
Y
 
K
-
 
D
-
 
P
-
 
A
G
 
G
K
 
G
D
 
N
K
 
K
V
 
I
H
 
K
A
 
A
V
 
V
-
 
G
-
 
S
-
 
K
-
 
P
-
 
A
-
 
S
-
 
I
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
F
L
 
L
S
 
A
P
 
P
Y
 
N
D
 
D
G
 
G
I
 
M
S
 
A
I
 
E
G
 
Q
I
 
A
L
 
I
S
 
T
S
 
K
L
 
L
K
 
K
G
 
L
V
 
E
G
 
G
Y
 
F
C
 
D
T
 
T
A
 
Q
Q
 
K
Q
 
I
P
 
-
C
 
-
P
 
-
V
 
F
V
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
Y
E
 
N
V
 
D
P
 
K
S
 
A
I
 
K
K
 
T
S
 
F
I
 
I
L
 
K
K
 
D
G
 
G
E
 
D
Q
 
Q
S
 
N
S
 
M
T
 
T
V
 
I
F
 
Y
K
|
K
D
 
P
T
 
D
R
 
K
E
 
V
L
 
L
A
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
A
A
 
V
N
 
E
M
 
V
-
 
L
-
 
R
-
 
V
-
 
L
-
 
I
-
 
A
-
 
K
-
 
K
-
 
N
-
 
K
-
 
A
-
 
S
-
 
R
-
 
S
-
 
E
V
 
V
D
 
E
A
 
N
V
 
E
L
 
L
T
 
K
G
 
A
K
 
K
Q
 
L
P
 
P
E
 
N
I
 
I
N
 
S
-
 
F
-
 
K
-
 
Y
D
 
D
T
 
N
K
 
Q
T
 
T
Y
 
Y
N
 
K
N
 
V
G
 
Q
V
 
G
K
 
K
V
 
N
V
 
I
P
 
N
S
 
T
Y
 
I
L
 
L
L
 
V
K
 
S
P
 
P
V
 
V
A
 
I
V
 
V
D
 
T
S
 
K
S
 
A
N
 
N

8fxuA Thermoanaerobacter thermosaccharolyticum periplasmic glucose-binding protein glucose complex: badan conjugate attached at f17c (see paper)
27% identity, 67% coverage: 72:310/356 of query aligns to 45:279/310 of 8fxuA

query
sites
8fxuA
P
 
P
N
 
T
Q
 
Q
L
 
N
A
 
D
Q
 
Q
I
 
V
E
 
D
N
 
L
M
 
F
I
 
I
T
 
T
K
 
K
G
 
K
A
 
M
K
 
N
V
 
A
L
 
L
V
 
A
I
 
I
A
 
N
S
 
P
I
 
V
D
 
D
G
 
R
T
 
T
T
 
A
L
 
A
S
 
G
K
 
T
A
 
I
L
 
I
Q
 
D
N
 
K
A
 
A
A
 
K
D
 
Q
K
 
A
G
 
N
V
 
I
K
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
F
Y
 
F
D
x
N
R
|
R
-
 
E
-
 
P
L
 
L
I
 
P
K
 
E
G
 
D
S
 
M
K
 
K
N
 
K
V
 
W
D
 
D
-
 
K
-
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
V
T
 
G
F
 
A
D
 
K
N
 
A
F
 
E
Q
 
Q
V
 
S
G
 
G
V
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
G
T
 
Q
S
 
I
I
 
M
V
 
A
D
 
D
K
 
Y
L
 
W
G
 
K
L
 
A
-
 
H
-
 
P
-
 
E
-
 
A
-
x
D
K
 
K
Q
x
N
G
 
H
K
x
D
G
 
G
P
x
V
F
 
M
N
x
Q
I
 
Y
E
 
V
L
 
M
F
 
L
G
 
M
G
 
G
S
 
Q
P
 
P
D
 
G
D
 
H
N
 
Q
N
x
D
A
 
A
F
 
I
F
 
L
F
x
R
Y
 
T
D
 
Q
G
 
Y
A
 
S
M
 
I
S
 
Q
V
 
T
L
 
V
Q
 
K
P
 
-
Y
 
-
I
 
-
D
 
D
S
 
A
G
 
G
K
 
I
L
 
K
V
 
V
V
 
Q
R
 
E
S
 
L
K
 
A
Q
 
K
T
 
D
G
 
Y
M
 
A
N
 
N
K
 
-
V
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
R
 
-
W
|
W
D
 
D
G
 
R
S
 
V
V
 
T
A
 
A
Q
 
H
A
 
D
R
 
K
M
 
M
D
 
A
N
 
A
L
 
W
L
 
L
S
 
S
A
 
S
Y
 
F
Y
 
-
G
 
-
K
 
G
D
 
D
K
 
K
V
 
I
H
x
E
A
 
A
V
 
V
L
 
F
S
 
A
P
 
N
Y
x
N
D
 
D
G
 
D
I
 
M
S
 
A
I
 
L
G
 
G
I
 
A
L
 
I
S
 
E
S
 
A
L
 
L
K
 
K
G
 
S
V
 
A
G
 
G
Y
 
Y
C
 
F
T
 
T
A
 
G
Q
 
K
Q
 
Y
P
 
-
C
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
V
S
 
-
G
 
G
Q
 
V
D
|
D
A
|
A
E
x
T
V
 
A
P
 
P
S
 
G
I
 
I
K
 
Q
S
 
A
I
 
I
L
 
K
K
 
D
G
 
G
E
 
T
Q
 
L
S
 
L
S
 
G
T
 
T
V
 
V
F
 
L
K
x
N
D
 
D
T
 
A
R
 
K
E
 
N
L
 
Q
A
 
A
K
 
K
V
 
A
A
 
T
A
 
F
N
 
N
M
 
I
V
 
A
D
 
Y
A
 
E
V
 
L
L
 
A
T
 
Q
G
 
G
K
 
I
Q
 
T
P
 
P

Sites not aligning to the query:

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
24% identity, 78% coverage: 32:309/356 of query aligns to 3:256/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
I
 
I
G
 
G
I
 
L
S
 
V
M
 
I
P
 
S
T
 
T
K
 
L
S
 
N
S
x
N
A
 
P
R
x
F
W
x
F
I
 
V
A
 
T
D
 
L
G
 
K
D
 
N
N
 
G
M
 
A
V
 
E
K
 
E
V
 
K
L
 
A
K
 
K
E
 
E
R
 
L
G
 
G
Y
 
Y
K
 
K
T
 
I
D
 
I
L
 
V
Q
 
E
Y
 
D
A
 
S
D
 
Q
D
 
N
D
 
D
I
 
S
P
 
S
N
 
K
Q
 
E
L
 
L
A
 
S
Q
 
N
I
 
V
E
 
E
N
 
D
M
 
L
I
 
I
T
 
Q
K
 
Q
G
 
K
A
 
V
K
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
L
I
 
I
A
 
N
S
 
P
I
 
V
D
 
D
G
 
S
T
 
D
T
 
A
L
 
V
S
 
V
K
 
T
A
 
A
L
 
I
Q
 
K
N
 
E
A
 
A
A
 
N
D
 
S
K
 
K
G
 
N
V
 
I
K
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
T
Y
 
I
D
|
D
R
|
R
L
 
S
I
 
A
K
 
N
G
 
G
S
 
G
K
 
D
N
 
V
V
 
V
D
 
C
Y
 
H
Y
 
I
A
 
A
T
 
S
F
 
-
D
 
D
N
 
N
F
 
V
Q
 
K
V
 
G
G
 
G
V
 
E
L
 
M
Q
 
A
A
 
A
T
 
E
S
 
F
I
 
I
V
 
A
D
 
K
K
 
A
L
 
L
G
 
-
L
 
-
K
 
-
Q
 
K
G
 
G
K
 
K
G
 
G
P
 
-
F
 
-
N
 
N
I
 
V
E
 
V
L
 
E
F
 
L
G
 
E
G
 
G
S
 
I
P
 
P
D
 
G
D
 
A
N
 
S
N
x
A
A
 
A
F
 
R
F
 
D
F
x
R
Y
 
G
D
 
K
G
 
G
A
 
F
M
 
D
S
 
E
V
 
A
L
 
I
Q
 
A
P
 
K
Y
 
Y
I
 
P
D
 
D
S
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
I
V
 
K
V
 
I
R
 
V
S
 
A
K
 
K
Q
 
Q
T
 
A
G
 
A
M
 
-
N
 
-
K
 
-
V
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
R
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
R
S
 
S
V
 
K
A
 
G
Q
 
L
A
 
S
R
 
V
M
 
M
D
 
E
N
 
N
L
 
I
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
Y
 
-
Y
 
-
G
 
-
K
 
Q
D
 
P
K
 
K
V
 
I
H
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
F
S
 
A
P
 
Q
Y
x
N
D
 
D
G
 
E
I
 
M
S
 
A
I
 
L
G
 
G
I
 
A
L
 
I
S
 
K
S
 
A
L
 
I
K
 
E
G
 
-
V
 
-
G
 
-
Y
 
-
C
 
-
T
 
A
A
 
A
Q
 
N
Q
 
R
P
 
Q
C
 
G
P
 
I
V
 
I
V
 
V
S
 
V
G
 
G
Q
 
F
D
|
D
A
 
G
E
 
T
V
 
E
P
 
D
S
 
A
I
 
L
K
 
K
S
 
A
I
 
I
L
 
K
K
 
E
G
 
G
E
 
K
Q
 
M
S
 
A
S
 
A
T
 
T
V
 
I
F
 
A
K
x
Q
D
 
Q
T
 
P
R
 
A
E
 
L
L
 
M
A
 
G
K
 
S
V
 
L
A
 
G
A
 
V
N
 
E
M
 
M
V
 
A
D
 
D
A
 
K
V
 
Y
L
 
L
T
 
K
G
 
G
K
 
E
Q
 
K

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
23% identity, 63% coverage: 67:291/356 of query aligns to 44:246/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
A
 
A
D
 
Q
D
 
N
D
 
D
I
 
S
P
 
T
N
 
Q
Q
 
Q
L
 
M
A
 
A
Q
 
Q
I
 
V
E
 
E
N
 
N
M
 
F
I
 
I
T
 
S
K
 
R
G
 
N
A
 
V
K
 
D
V
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
V
A
 
N
S
 
P
I
 
V
D
 
D
G
 
T
T
 
T
T
 
S
L
 
A
S
 
V
K
 
D
A
 
I
L
 
V
Q
 
N
N
 
M
A
 
V
A
 
N
D
 
D
K
 
A
G
 
G
V
 
I
K
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
I
Y
 
A
D
x
N
R
|
R
L
 
T
I
 
F
K
 
D
G
 
G
S
 
V
K
 
D
N
 
Q
V
 
A
D
 
T
Y
 
A
Y
 
F
A
 
V
T
 
G
F
 
S
D
 
E
N
 
S
F
 
I
Q
 
Q
V
 
S
G
 
G
V
 
L
L
 
L
Q
 
Q
A
 
M
T
 
E
S
 
E
I
 
V
V
 
A
D
 
-
K
 
K
L
 
L
G
 
L
L
 
N
K
 
N
Q
 
E
G
 
G
K
 
-
G
 
-
P
 
-
F
 
-
N
 
N
I
 
I
E
 
A
L
 
I
F
 
M
G
 
D
G
 
G
S
 
E
P
 
L
D
 
G
D
 
H
N
 
E
N
 
A
A
 
Q
F
 
I
F
 
M
F
x
R
Y
 
T
D
 
E
G
 
G
A
 
N
M
 
K
S
 
Q
V
 
I
L
 
I
Q
 
E
P
 
E
Y
 
H
I
 
-
D
 
D
S
 
G
G
 
L
K
 
E
L
 
V
V
 
V
V
 
L
R
 
Q
S
 
-
K
 
-
Q
 
-
T
 
-
G
 
-
M
 
-
N
 
-
K
 
-
V
 
-
G
 
G
T
 
T
L
 
A
R
 
K
W
 
F
D
 
D
G
 
R
S
 
S
V
 
E
A
 
G
Q
 
M
A
 
R
R
 
L
M
 
M
D
 
E
N
 
N
L
 
W
L
 
L
S
 
N
A
 
S
Y
 
-
Y
 
-
G
 
-
K
 
G
D
 
T
K
 
E
V
 
I
H
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
V
S
 
A
P
 
N
Y
x
N
D
 
D
G
 
E
I
 
M
S
 
A
I
 
L
G
 
G
I
 
A
L
 
I
S
 
L
S
 
A
L
 
L
K
 
E
G
 
A
V
 
V
G
 
G
Y
 
K
C
x
L
T
 
-
A
 
-
Q
 
-
Q
 
-
P
 
D
C
 
D
P
x
V
V
 
I
V
 
V
S
 
A
G
 
G
Q
 
I
D
|
D
A
 
A
E
 
T
V
 
P
P
 
A
S
 
A
I
 
L
K
 
E
S
 
A
I
 
M
L
 
K
K
 
E
G
 
G
E
 
K
Q
 
L
S
 
D
S
 
V
T
 
T
V
 
V
F
 
F
K
x
Q
D
 
D
T
 
A
R
 
K

Sites not aligning to the query:

4ry9B Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
23% identity, 79% coverage: 32:312/356 of query aligns to 5:271/297 of 4ry9B

query
sites
4ry9B
I
 
I
G
 
G
I
 
V
S
 
S
M
 
M
P
x
K
T
 
T
K
 
L
S
 
S
S
 
A
A
 
P
R
x
Y
W
x
F
I
 
A
A
 
A
D
 
Q
G
 
M
D
 
E
N
 
A
M
 
A
V
 
K
K
 
A
V
 
R
L
 
G
K
 
K
E
 
E
R
 
L
G
 
G
Y
 
Y
K
 
E
T
 
V
D
 
L
L
 
A
Q
 
T
Y
 
D
A
 
A
D
 
Q
D
 
G
D
 
K
I
 
L
P
 
Q
N
 
K
Q
 
Q
L
 
I
A
 
S
Q
 
D
I
 
V
E
 
E
N
 
D
M
 
L
I
 
V
T
 
T
K
 
R
G
 
G
A
 
V
K
 
K
V
 
L
L
 
L
V
 
I
I
 
I
A
 
N
S
 
P
I
 
A
D
|
D
G
x
S
T
 
E
T
 
G
L
 
L
S
 
V
K
 
N
A
 
A
L
 
V
Q
 
N
N
 
N
A
 
A
A
 
S
D
 
A
K
 
N
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
I
 
V
A
 
V
Y
 
I
D
|
D
R
x
S
L
x
T
I
 
L
K
 
N
G
 
P
S
 
R
K
 
A
N
 
N
V
 
F
D
 
V
Y
 
T
Y
 
Q
A
 
V
T
 
Q
F
 
S
D
 
S
N
 
N
F
 
S
Q
 
I
V
 
N
G
 
G
V
 
A
L
 
L
Q
 
V
A
 
G
T
 
H
S
 
W
I
 
V
V
 
I
D
 
E
K
 
E
L
 
V
G
 
G
L
 
N
K
 
K
Q
 
S
G
 
-
K
 
-
G
 
-
P
 
-
F
 
L
N
 
K
I
 
I
E
 
A
L
 
L
F
 
L
G
 
S
G
 
G
S
 
E
P
 
K
D
 
G
D
x
N
N
x
P
N
 
-
A
 
-
F
 
-
F
 
V
F
 
G
Y
 
Q
D
 
E
G
x
R
A
 
R
M
 
L
S
 
G
V
 
V
L
 
L
Q
 
S
P
 
G
Y
 
I
I
 
I
D
 
E
S
 
A
G
 
Q
K
 
L
L
 
R
V
 
K
V
 
F
R
 
G
S
 
K
K
 
A
Q
 
D
T
 
L
G
 
T
M
 
V
N
 
V
K
 
G
V
 
Q
G
 
G
T
 
W
L
 
G
R
 
H
W
|
W
D
 
N
G
 
D
S
 
E
V
 
G
A
 
G
Q
 
L
A
 
K
R
 
A
M
 
M
D
 
E
N
 
D
L
 
L
L
 
L
S
 
V
A
 
A
Y
 
-
Y
 
-
G
 
N
K
 
K
D
 
D
K
 
-
V
 
I
H
 
N
A
 
M
V
 
V
L
 
L
S
 
G
P
 
E
Y
x
N
D
 
D
G
 
S
I
 
M
S
 
V
I
 
L
G
 
G
I
 
A
L
 
R
S
 
R
S
 
A
L
 
I
K
 
E
G
 
S
V
 
A
G
 
G
Y
 
-
C
 
-
T
 
-
A
 
-
Q
 
R
Q
 
T
P
 
G
C
 
I
P
 
L
V
 
L
V
 
V
S
 
A
G
 
A
Q
 
A
D
|
D
A
 
A
E
 
Q
V
 
K
P
 
E
S
 
A
I
 
L
K
 
A
S
 
L
I
 
I
L
 
K
K
 
Q
G
 
G
E
 
K
Q
 
Y
S
 
G
S
 
V
T
 
T
V
 
G
F
 
L
K
 
N
D
 
D
T
 
P
R
 
A
E
 
L
L
 
V
A
 
A
K
 
R
V
 
T
A
 
A
A
 
I
N
 
D
M
 
L
V
 
G
D
 
V
A
 
K
V
 
V
L
 
V
T
 
K
G
 
G
K
 
E
Q
 
V
P
 
K
E
 
D
I
 
V

4ry9A Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
23% identity, 79% coverage: 32:312/356 of query aligns to 5:271/297 of 4ry9A

query
sites
4ry9A
I
 
I
G
 
G
I
 
V
S
 
S
M
 
M
P
x
K
T
 
T
K
 
L
S
 
S
S
 
A
A
 
P
R
x
Y
W
x
F
I
 
A
A
 
A
D
 
Q
G
 
M
D
 
E
N
 
A
M
 
A
V
 
K
K
 
A
V
 
R
L
 
G
K
 
K
E
 
E
R
 
L
G
 
G
Y
 
Y
K
 
E
T
 
V
D
 
L
L
 
A
Q
 
T
Y
 
D
A
 
A
D
 
Q
D
 
G
D
 
K
I
 
L
P
 
Q
N
 
K
Q
 
Q
L
 
I
A
 
S
Q
 
D
I
 
V
E
 
E
N
 
D
M
 
L
I
 
V
T
 
T
K
 
R
G
 
G
A
 
V
K
 
K
V
 
L
L
 
L
V
 
I
I
 
I
A
 
N
S
 
P
I
 
A
D
 
D
G
 
S
T
 
E
T
 
G
L
 
L
S
 
V
K
 
N
A
 
A
L
 
V
Q
 
N
N
 
N
A
 
A
A
 
S
D
 
A
K
 
N
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
I
 
V
A
 
V
Y
 
I
D
|
D
R
x
S
L
 
T
I
 
L
K
 
N
G
 
P
S
 
R
K
 
A
N
 
N
V
 
F
D
 
V
Y
 
T
Y
 
Q
A
 
V
T
 
Q
F
 
S
D
 
S
N
 
N
F
 
S
Q
 
I
V
 
N
G
 
G
V
 
A
L
 
L
Q
 
V
A
 
G
T
 
H
S
 
W
I
 
V
V
 
I
D
 
E
K
 
E
L
 
V
G
 
G
L
 
N
K
 
K
Q
 
S
G
 
-
K
 
-
G
 
-
P
 
-
F
 
L
N
 
K
I
 
I
E
 
A
L
 
L
F
 
L
G
 
S
G
 
G
S
 
E
P
 
K
D
 
G
D
x
N
N
 
P
N
 
-
A
 
-
F
 
-
F
 
V
F
 
G
Y
 
Q
D
 
E
G
x
R
A
 
R
M
 
L
S
 
G
V
 
V
L
 
L
Q
 
S
P
 
G
Y
 
I
I
 
I
D
 
E
S
 
A
G
 
Q
K
 
L
L
 
R
V
 
K
V
 
F
R
 
G
S
 
K
K
 
A
Q
 
D
T
 
L
G
 
T
M
 
V
N
 
V
K
 
G
V
 
Q
G
 
G
T
 
W
L
 
G
R
 
H
W
|
W
D
 
N
G
 
D
S
 
E
V
 
G
A
 
G
Q
 
L
A
 
K
R
 
A
M
 
M
D
 
E
N
 
D
L
 
L
L
 
L
S
 
V
A
 
A
Y
 
-
Y
 
-
G
 
N
K
 
K
D
 
D
K
 
-
V
 
I
H
 
N
A
 
M
V
 
V
L
 
L
S
 
G
P
 
E
Y
x
N
D
 
D
G
 
S
I
 
M
S
 
V
I
 
L
G
 
G
I
 
A
L
 
R
S
 
R
S
 
A
L
 
I
K
 
E
G
 
S
V
 
A
G
 
G
Y
 
-
C
 
-
T
 
-
A
 
-
Q
 
R
Q
 
T
P
 
G
C
 
I
P
 
L
V
 
L
V
 
V
S
 
A
G
 
A
Q
 
A
D
|
D
A
 
A
E
 
Q
V
 
K
P
 
E
S
 
A
I
 
L
K
 
A
S
 
L
I
 
I
L
 
K
K
 
Q
G
 
G
E
 
K
Q
 
Y
S
 
G
S
 
V
T
 
T
V
 
G
F
 
L
K
 
N
D
 
D
T
 
P
R
 
A
E
 
L
L
 
V
A
 
A
K
 
R
V
 
T
A
 
A
A
 
I
N
 
D
M
 
L
V
 
G
D
 
V
A
 
K
V
 
V
L
 
V
T
 
K
G
 
G
K
 
E
Q
 
V
P
 
K
E
 
D
I
 
V

5ibqA Crystal structure of an abc solute binding protein from rhizobium etli cfn 42 (rhe_pf00037,target efi-511357) in complex with alpha-d-apiose
24% identity, 78% coverage: 32:308/356 of query aligns to 5:258/287 of 5ibqA

query
sites
5ibqA
I
 
I
G
 
A
I
 
I
S
 
I
M
 
T
P
 
P
T
 
A
K
 
H
S
 
D
S
x
N
A
 
P
R
x
F
W
 
F
I
 
K
A
 
A
D
 
E
G
 
A
D
 
V
N
 
G
M
 
A
V
 
E
K
 
A
V
 
K
L
 
A
K
 
K
E
 
E
R
 
L
G
 
G
Y
 
Y
K
 
E
T
 
T
D
 
L
L
 
V
Q
 
M
Y
 
T
A
 
H
D
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
A
P
 
N
N
 
K
Q
 
Q
L
 
S
A
 
E
Q
 
M
I
 
I
E
 
D
N
 
T
M
 
A
I
 
I
T
 
G
K
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
L
A
 
D
S
 
N
I
 
A
D
 
G
G
 
A
T
 
D
T
 
A
L
 
S
S
 
V
K
 
A
A
 
A
L
 
V
Q
 
K
N
 
K
A
 
A
A
 
K
D
 
D
K
 
A
G
 
G
V
 
I
K
 
P
V
 
S
I
 
F
A
 
L
Y
 
I
D
|
D
R
|
R
L
 
E
I
 
I
K
 
N
G
 
A
S
 
T
K
 
G
N
 
V
V
 
A
D
 
V
Y
 
A
Y
 
Q
A
 
I
T
 
V
F
 
S
D
 
N
N
 
N
F
 
Y
Q
 
Q
V
 
G
G
 
A
V
 
Q
L
 
L
Q
 
G
A
 
A
T
 
Q
S
 
E
I
 
F
V
 
V
D
 
K
K
 
L
L
 
M
G
 
G
L
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
E
K
 
K
G
 
G
P
 
N
F
 
Y
N
 
-
I
 
V
E
 
E
L
 
L
F
 
V
G
 
-
G
 
G
S
 
K
P
 
E
D
 
S
D
|
D
N
 
T
N
|
N
A
 
A
F
 
G
F
 
I
F
x
R
Y
 
S
D
 
Q
G
 
G
A
 
Y
M
 
H
S
x
D
V
 
V
L
 
I
Q
x
D
P
x
D
Y
 
Y
I
 
P
D
 
E
S
 
M
G
 
K
K
 
S
L
 
V
V
 
A
V
 
K
R
 
Q
S
 
S
K
 
A
Q
 
-
T
 
-
G
 
-
M
 
-
N
 
-
K
 
-
V
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
R
 
N
W
|
W
D
 
S
G
 
Q
S
 
T
V
 
E
A
 
A
Q
 
Y
A
 
S
R
 
K
M
 
M
D
 
E
N
 
T
L
 
I
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
Y
 
-
Y
 
-
G
 
-
K
 
N
D
 
P
K
 
D
V
 
I
H
 
K
A
 
G
V
 
V
L
 
I
S
 
S
P
 
G
Y
x
N
D
 
D
G
 
T
I
 
M
S
 
A
I
 
M
G
 
G
I
 
A
L
 
I
S
 
A
S
 
A
L
 
L
K
 
Q
G
 
A
V
 
A
G
 
G
Y
 
-
C
 
-
T
 
-
A
 
-
Q
 
-
Q
 
R
P
 
K
C
 
D
P
 
V
V
 
I
V
 
V
S
 
V
G
 
G
Q
 
F
D
|
D
A
 
G
E
 
S
V
 
N
P
 
D
S
 
V
I
 
R
K
 
D
S
 
S
I
 
I
L
 
K
K
 
S
G
 
G
E
 
G
Q
 
I
S
 
K
S
 
A
T
 
T
V
 
V
F
 
L
K
 
Q
D
 
P
T
 
A
R
 
Y
E
 
A
L
 
Q
A
 
A
K
 
Q
V
 
L
A
 
A
A
 
V
N
 
E
M
 
Q
V
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
Y
L
 
I
T
 
K
G
 
N
K
 
K

4ry0A Crystal structure of ribose transporter solute binding protein rhe_pf00037 from rhizobium etli cfn 42, target efi-511357, in complex with d-ribose
24% identity, 78% coverage: 32:308/356 of query aligns to 5:258/287 of 4ry0A

query
sites
4ry0A
I
 
I
G
 
A
I
 
I
S
 
I
M
 
T
P
 
P
T
 
A
K
 
H
S
 
D
S
x
N
A
 
P
R
 
F
W
x
F
I
 
K
A
 
A
D
 
E
G
 
A
D
 
V
N
 
G
M
 
A
V
 
E
K
 
A
V
 
K
L
 
A
K
 
K
E
 
E
R
 
L
G
 
G
Y
 
Y
K
 
E
T
 
T
D
 
L
L
 
V
Q
 
M
Y
 
T
A
 
H
D
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
A
P
 
N
N
 
K
Q
 
Q
L
 
S
A
 
E
Q
 
M
I
 
I
E
 
D
N
 
T
M
 
A
I
 
I
T
 
G
K
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
L
A
 
D
S
 
N
I
 
A
D
 
G
G
 
A
T
 
D
T
 
A
L
 
S
S
 
V
K
 
A
A
 
A
L
 
V
Q
 
K
N
 
K
A
 
A
A
 
K
D
 
D
K
 
A
G
 
G
V
 
I
K
 
P
V
 
S
I
 
F
A
 
L
Y
 
I
D
|
D
R
|
R
L
 
E
I
 
I
K
 
N
G
 
A
S
 
T
K
 
G
N
 
V
V
 
A
D
 
V
Y
 
A
Y
 
Q
A
 
I
T
 
V
F
 
S
D
 
N
N
 
N
F
 
Y
Q
 
Q
V
 
G
G
 
A
V
 
Q
L
 
L
Q
 
G
A
 
A
T
 
Q
S
 
E
I
 
F
V
 
V
D
 
K
K
 
L
L
 
M
G
 
G
L
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
E
K
 
K
G
 
G
P
 
N
F
 
Y
N
 
-
I
 
V
E
 
E
L
 
L
F
 
V
G
 
-
G
 
G
S
 
K
P
 
E
D
 
S
D
|
D
N
 
T
N
 
N
A
 
A
F
 
G
F
 
I
F
x
R
Y
 
S
D
 
Q
G
 
G
A
 
Y
M
 
H
S
x
D
V
 
V
L
 
I
Q
x
D
P
x
D
Y
 
Y
I
 
P
D
 
E
S
 
M
G
 
K
K
 
S
L
 
V
V
 
A
V
 
K
R
 
Q
S
 
S
K
 
A
Q
 
-
T
 
-
G
 
-
M
 
-
N
 
-
K
 
-
V
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
R
 
N
W
|
W
D
 
S
G
 
Q
S
 
T
V
 
E
A
 
A
Q
 
Y
A
 
S
R
 
K
M
 
M
D
 
E
N
 
T
L
 
I
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
Y
 
-
Y
 
-
G
 
-
K
 
N
D
 
P
K
 
D
V
 
I
H
 
K
A
 
G
V
 
V
L
 
I
S
 
S
P
 
G
Y
x
N
D
 
D
G
 
T
I
 
M
S
 
A
I
 
M
G
 
G
I
 
A
L
 
I
S
 
A
S
 
A
L
 
L
K
 
Q
G
 
A
V
 
A
G
 
G
Y
 
-
C
 
-
T
 
-
A
 
-
Q
 
-
Q
 
R
P
 
K
C
 
D
P
 
V
V
 
I
V
 
V
S
 
V
G
 
G
Q
 
F
D
|
D
A
 
G
E
 
S
V
 
N
P
 
D
S
 
V
I
 
R
K
 
D
S
 
S
I
 
I
L
 
K
K
 
S
G
 
G
E
 
G
Q
 
I
S
 
K
S
 
A
T
 
T
V
 
V
F
 
L
K
x
Q
D
 
P
T
 
A
R
 
Y
E
 
A
L
 
Q
A
 
A
K
 
Q
V
 
L
A
 
A
A
 
V
N
 
E
M
 
Q
V
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
Y
L
 
I
T
 
K
G
 
N
K
 
K

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
25% identity, 70% coverage: 4:253/356 of query aligns to 9:239/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
A
 
A
I
 
I
F
 
A
K
 
S
A
 
A
V
 
T
L
 
A
A
 
L
S
 
G
M
 
L
A
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
A
I
 
C
G
 
G
A
 
A
T
 
G
S
 
D
V
 
P
A
 
A
S
 
A
A
 
N
Q
 
S
D
 
D
K
 
T
G
 
T
A
 
R
I
 
I
G
 
G
I
 
V
S
 
T
M
 
V
P
x
Y
T
 
D
K
 
M
S
 
S
S
 
S
A
 
-
R
 
-
W
 
F
I
 
I
A
 
T
D
 
A
G
 
G
-
 
K
D
 
E
N
 
G
M
 
M
V
 
D
K
 
A
V
 
Y
L
 
A
K
 
K
E
 
D
R
 
N
G
 
N
Y
 
I
K
 
E
T
 
L
D
 
I
L
 
W
Q
 
N
Y
 
S
A
 
A
D
 
N
D
 
L
D
 
D
I
 
V
P
 
S
N
 
T
Q
 
Q
L
 
A
A
 
S
Q
 
Q
I
 
V
E
 
D
N
 
S
M
 
M
I
 
I
T
 
N
K
 
Q
G
 
G
A
 
V
K
 
D
V
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
V
A
 
V
S
 
P
I
 
V
D
 
Q
G
 
A
T
 
D
T
 
S
L
 
L
S
 
A
K
 
P
A
 
Q
L
 
V
Q
 
A
N
 
S
A
 
A
A
 
K
D
 
A
K
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
P
V
 
L
I
 
V
A
 
P
Y
 
V
D
x
N
R
 
A
L
 
A
I
 
L
K
 
D
G
 
-
S
 
S
K
 
K
N
 
D
V
 
I
D
 
A
Y
 
G
Y
 
N
A
 
V
T
 
Q
F
 
P
D
 
D
N
 
D
F
 
V
Q
 
A
V
 
A
G
 
G
V
 
A
L
 
Q
Q
 
E
A
 
M
T
 
Q
S
 
M
I
 
M
V
 
A
D
 
D
K
 
R
L
 
L
G
 
G
L
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
G
K
 
K
G
 
G
P
 
-
F
 
-
N
 
N
I
 
I
E
 
V
L
 
I
F
 
L
G
 
Q
G
 
G
S
 
P
P
 
L
D
 
G
D
 
Q
N
 
S
N
 
G
A
 
E
F
 
L
F
 
D
F
x
R
Y
 
S
D
 
K
G
 
G
A
 
I
M
 
E
S
 
Q
V
 
V
L
 
L
Q
 
A
P
 
K
Y
 
Y
I
 
P
D
 
D
S
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
I
V
 
K
V
 
V
R
 
L
S
 
A
K
 
K
Q
 
D
T
 
T
G
 
A
M
 
-
N
 
-
K
 
-
V
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
R
 
N
W
 
W
D
 
K
G
 
R
S
 
D
V
 
E
A
 
A
Q
 
V
A
 
N
R
 
K
M
 
M
D
 
K
N
 
N
L
 
W
L
 
I
S
 
S
A
 
G
Y
 
F
Y
 
-
G
 
-
K
 
G
D
 
P
K
 
Q
V
 
I
H
 
D
A
 
G
V
 
V
L
 
V
S
 
A
P
 
Q
Y
x
N
D
 
D
G
 
D
I
 
M
S
 
G
I
 
L
G
 
G
I
 
A
L
 
L
S
 
Q
S
 
A
L
 
L
K
 
K
G
 
E
V
 
S
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4z0nA Crystal structure of a periplasmic solute binding protein (ipr025997) from streptobacillus moniliformis dsm-12112 (smon_0317, target efi- 511281) with bound d-galactose
24% identity, 74% coverage: 49:310/356 of query aligns to 21:277/307 of 4z0nA

query
sites
4z0nA
D
 
N
N
 
D
M
 
M
V
 
I
K
 
Q
V
 
I
L
 
A
K
 
K
E
 
E
R
 
K
G
 
-
Y
 
-
K
 
Y
T
 
P
D
 
N
L
 
I
Q
 
E
Y
 
L
A
 
L
D
 
N
D
 
N
D
 
D
I
 
S
P
 
Q
N
 
N
Q
 
S
L
x
Q
A
x
S
-
 
I
-
 
L
-
 
N
-
 
D
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
V
M
 
L
I
 
I
T
 
N
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
N
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
N
S
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
P
T
 
T
T
 
A
L
 
G
S
 
Q
K
 
S
A
 
V
L
 
I
Q
 
D
N
 
K
A
 
A
A
 
K
D
 
A
K
 
A
G
 
N
V
 
I
K
 
P
V
 
I
I
 
I
A
x
L
Y
 
F
D
x
N
R
x
K
L
 
-
I
 
-
K
 
-
G
 
-
S
 
D
K
 
P
N
 
G
V
|
V
D
 
D
Y
 
A
Y
 
L
A
 
N
T
 
S
F
 
Y
D
 
D
N
 
K
F
 
A
-
 
W
-
x
Y
-
 
V
-
x
G
-
 
T
-
 
T
-
 
P
-
 
K
Q
 
D
V
 
S
G
 
G
V
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
G
T
 
-
S
 
Q
I
 
V
V
 
I
D
 
E
K
 
K
L
 
A
G
 
W
L
 
L
K
 
A
Q
 
N
G
 
P
K
 
A
G
 
Y
P
x
D
F
 
L
N
|
N
-
 
G
-
x
D
-
 
G
-
x
V
-
 
I
-
x
Q
-
 
Y
I
 
V
E
 
M
L
 
L
F
 
F
G
 
G
-
 
E
-
 
P
G
 
G
S
x
Q
P
 
P
D
|
D
D
 
-
N
 
-
N
 
-
A
 
-
F
 
-
F
 
-
F
 
-
Y
 
A
D
 
E
G
 
A
A
x
R
M
 
T
S
 
K
V
 
Y
L
 
S
Q
 
I
P
 
E
Y
 
Y
I
 
L
D
 
N
S
 
E
G
 
K
K
 
G
L
 
I
V
 
-
V
 
-
R
 
-
S
 
-
K
 
K
Q
 
T
T
 
E
G
 
E
M
 
L
N
 
H
K
 
K
V
 
-
G
 
D
T
 
I
L
 
A
R
 
N
W
|
W
D
 
D
G
 
A
S
 
A
V
 
Q
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
R
 
K
M
|
M
D
 
D
N
 
A
L
 
W
L
 
L
S
 
S
A
 
G
Y
 
-
Y
 
P
G
 
N
K
 
A
D
 
N
K
 
K
V
 
I
H
x
E
A
 
V
V
 
V
L
 
I
S
 
A
P
 
N
Y
x
N
D
 
D
G
 
G
I
 
M
S
 
A
I
 
L
G
 
G
I
 
A
L
 
V
S
 
E
S
|
S
L
 
I
K
 
K
G
 
A
V
 
V
G
 
-
Y
 
-
C
 
-
T
 
-
A
 
-
Q
 
K
Q
 
K
P
 
E
C
 
L
P
 
P
V
 
V
V
 
F
S
 
-
G
 
G
Q
 
V
D
|
D
A
 
A
E
 
I
V
 
Q
P
 
E
S
 
A
I
 
L
K
 
T
S
 
L
I
 
I
L
 
E
K
 
K
G
 
G
E
 
E
Q
 
M
S
 
V
S
 
G
T
 
T
V
 
V
F
 
L
K
x
Q
D
 
D
T
 
A
R
 
T
E
 
G
L
 
Q
A
 
A
K
 
R
V
 
A
A
 
I
A
 
L
N
 
E
M
 
L
V
 
A
D
 
N
A
 
N
V
 
I
L
 
A
T
 
N
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3ga5A X-ray structure of glucose/galactose receptor from salmonella typhimurium in complex with (2r)-glyceryl-beta-d-galactopyranoside (see paper)
25% identity, 67% coverage: 69:308/356 of query aligns to 41:274/305 of 3ga5A

query
sites
3ga5A
D
 
N
D
 
D
I
 
Q
P
 
S
N
 
K
Q
 
Q
L
 
N
A
 
D
Q
 
Q
I
 
I
E
 
D
N
 
V
M
 
L
I
 
L
T
 
A
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
V
 
A
L
 
L
V
 
A
I
 
I
A
 
N
S
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
P
T
 
A
T
 
A
L
 
A
S
 
G
K
 
T
A
 
V
L
 
I
Q
 
E
N
 
K
A
 
A
A
 
R
D
 
G
K
 
Q
G
 
N
V
 
V
K
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
F
Y
 
F
D
x
N
-
x
K
-
 
E
-
 
P
-
 
S
R
 
R
L
 
K
I
 
A
K
 
L
G
 
D
S
 
S
K
 
Y
N
 
D
V
 
K
D
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
V
T
 
G
F
x
T
D
 
D
N
 
S
F
 
K
Q
 
E
V
 
S
G
 
G
V
 
V
L
 
I
Q
 
Q
A
 
G
T
 
D
S
 
L
I
 
I
V
 
A
D
 
K
K
 
H
L
 
W
G
 
Q
L
 
A
K
 
N
Q
 
Q
G
 
G
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
K
x
D
G
 
G
P
x
K
F
 
I
N
x
Q
I
 
Y
E
 
V
L
 
L
F
 
L
G
 
K
G
 
G
S
 
E
P
 
P
-
 
G
-
x
H
D
 
P
D
|
D
N
 
A
N
 
E
A
 
A
F
x
R
F
 
T
F
 
T
Y
 
Y
D
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
-
S
 
-
V
 
V
L
 
V
Q
 
K
P
 
E
Y
 
L
I
 
N
D
 
D
S
 
K
G
 
G
K
 
-
L
 
-
V
 
-
V
 
I
R
 
Q
S
 
T
K
 
E
Q
 
Q
T
 
L
G
 
A
M
 
L
N
 
D
K
 
-
V
 
-
G
 
-
T
 
T
L
 
A
R
 
M
W
|
W
D
 
D
G
 
T
S
 
A
V
 
Q
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
R
 
K
M
 
M
D
 
D
N
 
A
L
 
W
L
 
L
S
 
S
A
 
G
Y
 
P
Y
 
N
G
 
A
K
 
-
D
 
N
K
 
K
V
 
I
H
x
E
A
 
V
V
 
V
L
 
I
S
 
A
P
 
N
Y
x
N
D
 
D
G
 
A
I
 
M
S
 
A
I
 
M
G
 
G
I
 
A
L
 
V
S
 
E
S
 
A
L
 
L
K
 
K
G
 
-
V
 
-
G
 
-
Y
 
-
C
 
A
T
 
H
A
 
N
Q
 
K
Q
 
S
P
 
S
C
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
F
S
 
-
G
 
G
Q
 
V
D
|
D
A
 
A
E
 
L
V
 
P
P
 
E
S
 
A
I
 
L
K
 
A
S
 
L
I
 
V
L
 
K
K
 
S
G
 
G
E
 
A
Q
 
M
S
 
A
S
 
G
T
 
T
V
 
V
F
 
L
K
x
N
D
 
D
T
 
A
R
 
N
E
 
N
L
x
Q
A
 
A
K
 
K
V
 
A
A
 
T
A
 
F
N
 
D
M
 
L
V
 
A
D
 
K
A
 
N
V
 
L
L
 
A
T
 
E
G
 
G
K
 
K

Sites not aligning to the query:

P23905 D-galactose/methyl-galactoside binding periplasmic protein MglB; D-galactose-binding periplasmic protein; GBP; D-galactose/D-glucose-binding protein; GGBP from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 2 papers)
25% identity, 67% coverage: 69:308/356 of query aligns to 66:299/332 of P23905

query
sites
P23905
D
 
N
D
 
D
I
 
Q
P
 
S
N
 
K
Q
 
Q
L
 
N
A
 
D
Q
 
Q
I
 
I
E
 
D
N
 
V
M
 
L
I
 
L
T
 
A
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
V
 
A
L
 
L
V
 
A
I
 
I
A
 
N
S
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
P
T
 
A
T
 
A
L
 
A
S
 
G
K
 
T
A
 
V
L
 
I
Q
 
E
N
 
K
A
 
A
A
 
R
D
 
G
K
 
Q
G
 
N
V
 
V
K
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
F
Y
 
F
D
x
N
-
 
K
-
 
E
-
 
P
-
 
S
R
 
R
L
 
K
I
 
A
K
 
L
G
 
D
S
 
S
K
 
Y
N
 
D
V
 
K
D
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
V
T
 
G
F
 
T
D
 
D
N
 
S
F
 
K
Q
 
E
V
 
S
G
 
G
V
 
V
L
 
I
Q
 
Q
A
 
G
T
 
D
S
 
L
I
 
I
V
 
A
D
 
K
K
 
H
L
 
W
G
 
Q
L
 
A
K
 
N
Q
 
Q
G
 
G
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
K
x
D
G
 
G
P
x
K
F
 
I
N
x
Q
I
 
Y
E
 
V
L
 
L
F
 
L
G
 
K
G
 
G
S
 
E
P
 
P
-
 
G
-
x
H
D
 
P
D
|
D
N
 
A
N
 
E
A
 
A
F
x
R
F
 
T
F
 
T
Y
 
Y
D
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
-
S
 
-
V
 
V
L
 
V
Q
 
K
P
 
E
Y
 
L
I
 
N
D
 
D
S
 
K
G
 
G
K
 
-
L
 
-
V
 
-
V
 
I
R
 
Q
S
 
T
K
 
E
Q
 
Q
T
 
L
G
 
A
M
 
L
N
 
D
K
 
-
V
 
-
G
 
-
T
 
T
L
 
A
R
 
M
W
 
W
D
 
D
G
 
T
S
 
A
V
 
Q
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
R
 
K
M
 
M
D
 
D
N
 
A
L
 
W
L
 
L
S
 
S
A
 
G
Y
 
P
Y
 
N
G
 
A
K
 
-
D
 
N
K
 
K
V
 
I
H
x
E
A
 
V
V
 
V
L
 
I
S
 
A
P
 
N
Y
x
N
D
 
D
G
 
A
I
 
M
S
 
A
I
 
M
G
 
G
I
 
A
L
 
V
S
 
E
S
 
A
L
 
L
K
 
K
G
 
-
V
 
-
G
 
-
Y
 
-
C
 
A
T
 
H
A
 
N
Q
 
K
Q
 
S
P
 
S
C
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
F
S
 
-
G
 
G
Q
 
V
D
|
D
A
 
A
E
 
L
V
 
P
P
 
E
S
 
A
I
 
L
K
 
A
S
 
L
I
 
V
L
 
K
K
 
S
G
 
G
E
 
A
Q
 
M
S
 
A
S
 
G
T
 
T
V
 
V
F
 
L
K
x
N
D
 
D
T
 
A
R
 
N
E
 
N
L
 
Q
A
 
A
K
 
K
V
 
A
A
 
T
A
 
F
N
 
D
M
 
L
V
 
A
D
 
K
A
 
N
V
 
L
L
 
A
T
 
E
G
 
G
K
 
K

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>Ac3H11_610 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_610
MKRAIFKAVLASMALTAIGATSVASAQDKGAIGISMPTKSSARWIADGDNMVKVLKERGY
KTDLQYADDDIPNQLAQIENMITKGAKVLVIASIDGTTLSKALQNAADKGVKVIAYDRLI
KGSKNVDYYATFDNFQVGVLQATSIVDKLGLKQGKGPFNIELFGGSPDDNNAFFFYDGAM
SVLQPYIDSGKLVVRSKQTGMNKVGTLRWDGSVAQARMDNLLSAYYGKDKVHAVLSPYDG
ISIGILSSLKGVGYCTAQQPCPVVSGQDAEVPSIKSILKGEQSSTVFKDTRELAKVAANM
VDAVLTGKQPEINDTKTYNNGVKVVPSYLLKPVAVDSSNWNAVLVGSGYYKESQIK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory