SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Ac3H11_611 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_611 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6hyhA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with beta-d-fucofuranose (see paper)
59% identity, 90% coverage: 32:322/322 of query aligns to 2:291/304 of 6hyhA

query
sites
6hyhA
L
 
L
V
 
T
L
 
L
G
 
G
F
 
F
S
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
A
 
A
E
|
E
S
|
S
E
 
G
W
 
W
R
|
R
T
 
T
A
 
A
N
 
N
T
 
T
E
 
E
S
 
S
I
 
I
K
 
K
S
 
S
A
 
A
A
 
A
K
 
E
E
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
V
E
 
N
L
 
L
K
 
K
F
 
F
S
 
A
D
 
D
A
 
A
Q
 
N
Q
 
G
K
 
E
Q
 
Q
E
 
E
N
 
K
Q
 
Q
I
 
I
K
 
S
A
 
A
I
 
I
R
 
R
S
 
S
F
 
F
I
 
I
A
 
Q
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
F
 
F
S
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
V
E
 
R
S
 
T
G
 
G
W
 
W
E
x
D
P
 
A
V
 
V
L
 
L
R
 
Q
E
 
E
A
 
T
K
 
K
A
 
N
A
 
A
K
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
L
 
L
T
 
T
D
|
D
R
|
R
A
 
A
V
 
V
N
 
D
T
 
T
K
 
Q
D
|
D
T
 
T
S
 
D
L
 
V
Y
 
Y
V
 
K
T
 
T
F
 
F
M
 
I
G
 
G
S
 
A
D
 
D
F
|
F
V
 
I
E
 
E
E
 
E
G
 
G
R
 
R
K
 
R
A
 
A
G
 
G
R
 
Q
W
 
W
L
 
V
V
 
A
E
 
D
K
 
Q
M
 
Y
K
 
A
D
 
S
Q
 
A
K
 
T
G
 
G
E
 
P
V
 
V
N
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
Q
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
T
 
T
V
 
T
G
 
G
S
 
A
A
x
D
P
|
P
A
 
A
I
 
I
D
|
D
R
|
R
K
 
K
K
 
T
G
 
G
F
 
F
E
 
A
E
 
E
I
 
G
I
 
I
K
 
S
A
 
K
D
 
N
P
 
P
K
 
N
F
 
L
K
 
K
I
 
I
I
 
V
R
 
A
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
G
 
G
D
 
D
F
|
F
T
 
T
R
 
R
A
 
S
K
 
G
G
 
G
K
 
K
E
 
Q
V
 
V
M
 
M
E
 
E
A
 
A
F
 
F
L
 
L
K
 
K
A
 
S
E
 
T
G
 
-
K
 
P
K
 
Q
I
 
I
N
 
D
V
 
V
L
 
V
Y
 
F
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
M
Q
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
E
 
A
A
 
A
G
 
G
M
 
K
K
 
K
P
 
P
A
 
G
K
 
T
D
 
D
I
 
I
V
 
K
I
 
I
I
 
V
S
 
A
I
 
V
D
|
D
A
 
A
V
 
T
K
 
H
G
 
D
A
 
G
F
 
M
E
 
Q
A
 
A
M
 
L
I
 
A
A
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
F
N
 
N
V
 
Y
S
 
I
V
 
V
E
|
E
C
 
C
S
 
N
P
 
P
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
Q
 
E
L
 
L
M
 
M
A
 
D
A
 
L
V
 
A
K
 
K
D
 
K
I
 
V
K
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
E
A
 
P
V
 
V
P
 
P
K
 
E
R
 
R
I
 
V
V
 
V
T
 
T
E
 
P
E
 
D
G
x
E
I
 
A
F
 
F
P
 
D
M
 
Q
E
 
A
V
 
Q
A
 
A
A
 
K
K
 
A
E
 
A
M
 
L
P
 
P
N
 
N
R
 
R
K
 
Q
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

6hbmA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with alpha-l-arabinofuranose (see paper)
59% identity, 90% coverage: 32:322/322 of query aligns to 2:291/304 of 6hbmA

query
sites
6hbmA
L
 
L
V
 
T
L
 
L
G
 
G
F
 
F
S
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
A
 
A
E
|
E
S
|
S
E
 
G
W
 
W
R
 
R
T
 
T
A
 
A
N
 
N
T
 
T
E
 
E
S
 
S
I
 
I
K
 
K
S
 
S
A
 
A
A
 
A
K
 
E
E
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
V
E
 
N
L
 
L
K
 
K
F
 
F
S
 
A
D
 
D
A
 
A
Q
 
N
Q
 
G
K
 
E
Q
 
Q
E
 
E
N
 
K
Q
 
Q
I
 
I
K
 
S
A
 
A
I
 
I
R
 
R
S
 
S
F
 
F
I
 
I
A
 
Q
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
F
 
F
S
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
V
E
 
R
S
 
T
G
 
G
W
 
W
E
x
D
P
 
A
V
 
V
L
 
L
R
 
Q
E
 
E
A
 
T
K
 
K
A
 
N
A
 
A
K
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
L
 
L
T
 
T
D
|
D
R
|
R
A
 
A
V
 
V
N
 
D
T
 
T
K
 
Q
D
|
D
T
 
T
S
 
D
L
 
V
Y
 
Y
V
 
K
T
 
T
F
 
F
M
 
I
G
 
G
S
 
A
D
 
D
F
 
F
V
 
I
E
 
E
E
 
E
G
 
G
R
 
R
K
 
R
A
 
A
G
 
G
R
 
Q
W
 
W
L
 
V
V
 
A
E
 
D
K
 
Q
M
 
Y
K
 
A
D
 
S
Q
 
A
K
 
T
G
 
G
E
 
P
V
 
V
N
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
Q
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
T
 
T
V
 
T
G
 
G
S
 
A
A
 
D
P
 
P
A
 
A
I
 
I
D
 
D
R
|
R
K
 
K
K
 
T
G
 
G
F
 
F
E
 
A
E
 
E
I
 
G
I
 
I
K
 
S
A
 
K
D
 
N
P
 
P
K
 
N
F
 
L
K
 
K
I
 
I
I
 
V
R
 
A
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
G
 
G
D
 
D
F
 
F
T
 
T
R
 
R
A
 
S
K
 
G
G
 
G
K
 
K
E
 
Q
V
 
V
M
 
M
E
 
E
A
 
A
F
 
F
L
 
L
K
 
K
A
 
S
E
 
T
G
 
-
K
 
P
K
 
Q
I
 
I
N
 
D
V
 
V
L
 
V
Y
 
F
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
M
Q
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
E
 
A
A
 
A
G
 
G
M
 
K
K
 
K
P
 
P
A
 
G
K
 
T
D
 
D
I
 
I
V
 
K
I
 
I
I
 
V
S
 
A
I
 
V
D
|
D
A
 
A
V
 
T
K
 
H
G
 
D
A
 
G
F
 
M
E
 
Q
A
 
A
M
 
L
I
 
A
A
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
F
N
 
N
V
 
Y
S
 
I
V
 
V
E
|
E
C
 
C
S
 
N
P
 
P
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
Q
 
E
L
 
L
M
 
M
A
 
D
A
 
L
V
 
A
K
 
K
D
 
K
I
 
V
K
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
E
A
 
P
V
 
V
P
 
P
K
 
E
R
 
R
I
 
V
V
 
V
T
 
T
E
 
P
E
 
D
G
x
E
I
 
A
F
 
F
P
 
D
M
 
Q
E
 
A
V
 
Q
A
 
A
A
 
K
K
 
A
E
 
A
M
 
L
P
 
P
N
 
N
R
 
R
K
 
Q
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

6hbdA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with beta-d-galactofuranose (see paper)
59% identity, 90% coverage: 32:322/322 of query aligns to 3:292/305 of 6hbdA

query
sites
6hbdA
L
 
L
V
 
T
L
 
L
G
 
G
F
 
F
S
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
A
 
A
E
|
E
S
|
S
E
 
G
W
 
W
R
|
R
T
 
T
A
 
A
N
 
N
T
 
T
E
 
E
S
 
S
I
 
I
K
 
K
S
 
S
A
 
A
A
 
A
K
 
E
E
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
V
E
 
N
L
 
L
K
 
K
F
 
F
S
 
A
D
 
D
A
 
A
Q
 
N
Q
 
G
K
 
E
Q
 
Q
E
 
E
N
 
K
Q
 
Q
I
 
I
K
 
S
A
 
A
I
 
I
R
 
R
S
 
S
F
 
F
I
 
I
A
 
Q
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
F
 
F
S
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
V
E
 
R
S
 
T
G
 
G
W
 
W
E
x
D
P
 
A
V
 
V
L
 
L
R
 
Q
E
 
E
A
 
T
K
 
K
A
 
N
A
 
A
K
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
L
 
L
T
 
T
D
|
D
R
|
R
A
 
A
V
 
V
N
 
D
T
 
T
K
 
Q
D
|
D
T
 
T
S
 
D
L
 
V
Y
 
Y
V
 
K
T
 
T
F
 
F
M
 
I
G
 
G
S
 
A
D
 
D
F
|
F
V
 
I
E
 
E
E
 
E
G
 
G
R
 
R
K
 
R
A
 
A
G
 
G
R
 
Q
W
 
W
L
 
V
V
 
A
E
 
D
K
 
Q
M
 
Y
K
 
A
D
 
S
Q
 
A
K
 
T
G
 
G
E
 
P
V
 
V
N
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
Q
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
T
 
T
V
 
T
G
 
G
S
 
A
A
x
D
P
 
P
A
 
A
I
 
I
D
|
D
R
|
R
K
 
K
K
 
T
G
 
G
F
 
F
E
 
A
E
 
E
I
 
G
I
 
I
K
 
S
A
 
K
D
 
N
P
 
P
K
 
N
F
 
L
K
 
K
I
 
I
I
 
V
R
 
A
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
G
 
G
D
 
D
F
|
F
T
 
T
R
 
R
A
 
S
K
 
G
G
 
G
K
 
K
E
 
Q
V
 
V
M
 
M
E
 
E
A
 
A
F
 
F
L
 
L
K
 
K
A
 
S
E
 
T
G
 
-
K
 
P
K
 
Q
I
 
I
N
 
D
V
 
V
L
 
V
Y
 
F
A
 
A
H
 
Q
N
 
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
M
Q
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
E
 
A
A
 
A
G
 
G
M
 
K
K
 
K
P
 
P
A
 
G
K
 
T
D
 
D
I
 
I
V
 
K
I
 
I
I
 
V
S
 
A
I
 
V
D
|
D
A
 
A
V
 
T
K
 
H
G
 
D
A
 
G
F
 
M
E
 
Q
A
 
A
M
 
L
I
 
A
A
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
F
N
 
N
V
 
Y
S
 
I
V
 
V
E
|
E
C
 
C
S
 
N
P
 
P
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
Q
 
E
L
 
L
M
 
M
A
 
D
A
 
L
V
 
A
K
 
K
D
 
K
I
 
V
K
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
E
A
 
P
V
 
V
P
 
P
K
 
E
R
 
R
I
 
V
V
 
V
T
 
T
E
 
P
E
 
D
G
x
E
I
 
A
F
 
F
P
 
D
M
 
Q
E
 
A
V
 
Q
A
 
A
A
 
K
K
 
A
E
 
A
M
 
L
P
 
P
N
 
N
R
 
R
K
 
Q
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

5ocpA The periplasmic binding protein component of the arabinose abc transporter from shewanella sp. Ana-3 bound to alpha and beta-l- arabinofuranose
56% identity, 90% coverage: 33:321/322 of query aligns to 2:289/302 of 5ocpA

query
sites
5ocpA
V
 
T
L
 
V
G
 
G
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
A
 
S
E
|
E
S
|
S
E
 
G
W
|
W
R
|
R
T
 
T
A
 
S
N
 
F
T
 
S
E
 
E
S
 
A
I
 
V
K
 
K
S
 
A
A
 
E
A
 
A
K
 
K
E
 
Q
A
 
R
G
 
G
I
 
I
E
 
D
L
 
L
K
 
K
F
 
F
S
 
A
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
E
 
E
N
 
N
Q
 
Q
I
 
I
K
 
K
A
 
A
I
 
V
R
 
R
S
 
S
F
 
F
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
A
I
 
I
A
 
I
F
 
I
S
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
V
E
 
E
S
 
T
G
 
G
W
 
W
E
 
K
P
 
P
V
 
V
L
 
L
R
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
K
A
 
R
A
 
A
K
 
K
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
V
L
 
I
T
 
V
D
|
D
R
|
R
A
 
N
V
 
I
N
 
K
T
 
V
K
 
D
D
 
D
T
 
D
S
 
S
L
 
L
Y
 
F
V
 
L
T
 
T
F
 
R
M
 
I
G
 
A
S
 
S
D
 
D
F
 
F
V
 
S
E
 
E
E
 
E
G
 
G
R
 
R
K
 
K
A
 
I
G
 
G
R
 
Q
W
 
W
L
 
L
V
 
M
E
 
D
K
 
K
M
 
T
K
 
-
D
 
-
Q
 
-
K
 
Q
G
 
G
E
 
N
V
 
C
N
 
D
I
 
I
V
 
A
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
G
 
G
S
 
A
A
 
T
P
 
A
A
 
A
I
 
I
D
 
D
R
|
R
K
 
A
K
 
A
G
 
G
F
 
F
E
 
N
E
 
Q
I
 
V
I
 
I
K
 
A
A
 
N
D
 
Y
P
 
P
K
 
N
F
 
A
K
 
K
I
 
I
I
 
V
R
 
R
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
G
 
G
D
 
E
F
|
F
T
 
T
R
 
R
A
 
A
K
 
K
G
 
G
K
 
K
E
 
E
V
 
V
M
 
M
E
 
E
A
 
G
F
 
F
L
 
L
K
 
K
A
 
A
E
 
Q
-
 
N
G
 
G
K
 
Q
K
 
P
I
 
L
N
 
C
V
 
A
L
 
V
Y
 
W
A
 
S
H
 
H
N
|
N
D
 
D
D
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
V
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
E
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
M
 
L
K
 
K
P
 
P
A
 
G
K
 
K
D
 
D
I
 
I
V
 
L
I
 
I
I
 
V
S
 
S
I
 
V
D
|
D
A
 
G
V
 
V
K
 
P
G
 
D
A
 
Y
F
 
F
E
 
K
A
 
A
M
 
M
I
 
A
A
 
D
G
 
G
K
 
D
L
 
V
N
 
N
V
 
A
S
 
T
V
 
V
E
 
E
C
 
L
S
 
S
P
 
P
L
 
Y
L
 
L
-
 
G
G
 
G
P
 
P
Q
 
A
L
 
F
M
 
D
A
 
A
A
 
I
V
 
D
K
 
A
D
 
Y
I
 
L
K
 
K
A
 
G
G
 
N
K
 
K
A
 
D
V
 
Q
P
 
A
K
 
K
R
 
L
I
 
I
V
 
S
T
 
T
E
 
T
E
 
G
G
 
D
I
 
V
F
 
F
P
 
T
M
 
Q
E
 
E
V
 
T
A
 
A
A
 
A
K
 
A
E
 
E
M
 
Y
P
 
E
N
 
K
R
 
R
K
 
R

2vk2A Crystal structure of a galactofuranose binding protein (see paper)
55% identity, 90% coverage: 31:321/322 of query aligns to 1:292/296 of 2vk2A

query
sites
2vk2A
P
 
P
L
 
L
V
 
T
L
 
V
G
 
G
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
A
 
S
E
|
E
S
|
S
E
 
G
W
 
W
R
|
R
T
 
A
A
 
A
N
 
E
T
 
T
E
 
N
S
 
V
I
 
A
K
 
K
S
 
S
A
 
E
A
 
A
K
 
E
E
 
K
A
 
R
G
 
G
I
 
I
E
 
T
L
 
L
K
 
K
F
 
I
S
 
A
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
E
 
E
N
 
N
Q
 
Q
I
 
I
K
 
K
A
 
A
I
 
V
R
 
R
S
 
S
F
 
F
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
A
I
 
I
A
 
F
F
 
I
S
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
V
E
 
A
S
 
T
G
 
G
W
 
W
E
 
E
P
 
P
V
 
V
L
 
L
R
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
K
A
 
D
A
 
A
K
 
E
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
F
L
 
L
T
 
L
D
|
D
R
|
R
A
 
S
V
 
I
N
 
D
T
 
V
K
 
K
D
 
D
T
 
K
S
 
S
L
 
L
Y
 
Y
V
 
M
T
 
T
F
 
T
M
 
V
G
 
T
S
 
A
D
 
D
F
 
N
V
 
I
E
 
L
E
 
E
G
 
G
R
 
K
K
 
L
A
 
I
G
 
G
R
 
D
W
 
W
L
 
L
V
 
V
E
 
K
K
 
E
M
 
V
K
 
N
D
 
G
Q
 
K
K
 
P
G
 
-
E
 
-
V
 
C
N
 
N
I
 
V
V
 
V
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
G
 
G
S
 
A
A
 
S
P
 
V
A
 
A
I
 
I
D
 
D
R
|
R
K
 
K
K
 
K
G
 
G
F
 
F
E
 
A
E
 
E
I
 
A
I
 
I
K
 
K
A
 
N
D
 
A
P
 
P
K
 
N
F
 
I
K
 
K
I
 
I
I
 
I
R
 
R
S
 
S
Q
 
Q
T
 
S
G
 
G
D
 
D
F
|
F
T
 
T
R
 
R
A
 
S
K
 
K
G
 
G
K
 
K
E
 
E
V
 
V
M
 
M
E
 
E
A
 
S
F
 
F
L
 
I
K
 
K
A
 
A
E
 
E
-
 
N
-
 
N
G
 
G
K
 
K
K
 
N
I
 
I
N
 
C
V
 
M
L
 
V
Y
 
Y
A
 
A
H
 
H
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
E
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
M
 
L
K
 
K
P
 
P
A
 
G
K
 
K
D
 
D
I
 
I
V
 
L
I
 
T
I
 
G
S
 
S
I
 
I
D
|
D
A
 
G
V
 
V
K
 
P
G
 
D
A
 
I
F
 
Y
E
 
K
A
 
A
M
 
M
I
 
M
A
 
D
G
 
G
K
 
E
L
 
A
N
 
N
V
 
A
S
 
S
V
 
V
E
 
E
C
x
L
S
 
T
P
 
P
-
 
N
L
 
M
L
 
A
G
 
G
P
 
P
Q
 
A
L
 
F
M
 
D
A
 
A
A
 
L
V
 
E
K
 
K
D
 
Y
I
 
K
K
 
K
A
 
D
G
 
G
K
 
T
A
 
M
V
 
P
P
 
E
K
 
K
R
 
L
I
 
T
V
 
L
T
 
T
E
 
K
E
 
S
G
 
T
I
 
L
F
 
Y
P
 
L
M
 
P
E
 
D
V
 
T
A
 
A
A
 
K
K
 
E
E
 
E
M
 
L
P
 
E
N
 
K
R
 
K
K
 
K

P39325 Galactofuranose-binding protein YtfQ from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
55% identity, 90% coverage: 31:321/322 of query aligns to 23:314/318 of P39325

query
sites
P39325
P
 
P
L
 
L
V
 
T
L
 
V
G
 
G
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
A
 
S
E
|
E
S
|
S
E
x
G
W
|
W
R
|
R
T
 
A
A
 
A
N
 
E
T
 
T
E
 
N
S
 
V
I
 
A
K
 
K
S
 
S
A
 
E
A
 
A
K
 
E
E
 
K
A
 
R
G
 
G
I
 
I
E
 
T
L
 
L
K
 
K
F
 
I
S
 
A
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
E
 
E
N
 
N
Q
 
Q
I
 
I
K
 
K
A
 
A
I
 
V
R
 
R
S
 
S
F
 
F
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
A
I
 
I
A
 
F
F
 
I
S
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
V
E
 
A
S
 
T
G
 
G
W
 
W
E
 
E
P
 
P
V
 
V
L
 
L
R
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
K
A
 
D
A
 
A
K
 
E
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
F
L
 
L
T
 
L
D
|
D
R
|
R
A
 
S
V
 
I
N
 
D
T
 
V
K
 
K
D
 
D
T
 
K
S
 
S
L
 
L
Y
 
Y
V
 
M
T
 
T
F
 
T
M
 
V
G
 
T
S
 
A
D
 
D
F
 
N
V
 
I
E
 
L
E
 
E
G
 
G
R
 
K
K
 
L
A
 
I
G
 
G
R
 
D
W
 
W
L
 
L
V
 
V
E
 
K
K
 
E
M
 
V
K
 
N
D
 
G
Q
 
K
K
 
-
G
 
-
E
 
P
V
x
C
N
 
N
I
 
V
V
 
V
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
G
 
G
S
 
A
A
 
S
P
 
V
A
 
A
I
 
I
D
 
D
R
|
R
K
 
K
K
 
K
G
 
G
F
 
F
E
 
A
E
 
E
I
 
A
I
 
I
K
 
K
A
 
N
D
 
A
P
 
P
K
 
N
F
 
I
K
 
K
I
 
I
I
 
I
R
 
R
S
 
S
Q
 
Q
T
 
S
G
 
G
D
 
D
F
 
F
T
 
T
R
 
R
A
 
S
K
 
K
G
 
G
K
 
K
E
 
E
V
 
V
M
 
M
E
 
E
A
 
S
F
 
F
L
 
I
K
 
K
A
 
A
E
 
E
-
 
N
-
 
N
G
 
G
K
 
K
K
 
N
I
 
I
N
x
C
V
 
M
L
 
V
Y
 
Y
A
 
A
H
 
H
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
E
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
M
 
L
K
 
K
P
 
P
A
 
G
K
 
K
D
 
D
I
 
I
V
 
L
I
 
T
I
 
G
S
 
S
I
 
I
D
|
D
A
 
G
V
 
V
K
 
P
G
 
D
A
 
I
F
 
Y
E
 
K
A
 
A
M
 
M
I
 
M
A
 
D
G
 
G
K
 
E
L
 
A
N
 
N
V
 
A
S
 
S
V
 
V
E
 
E
C
 
L
S
 
T
P
 
P
-
 
N
L
 
M
L
 
A
G
 
G
P
 
P
Q
 
A
L
 
F
M
 
D
A
 
A
A
 
L
V
 
E
K
 
K
D
 
Y
I
 
K
K
 
K
A
 
D
G
 
G
K
 
T
A
 
M
V
 
P
P
 
E
K
 
K
R
 
L
I
 
T
V
 
L
T
 
T
E
 
K
E
 
S
G
 
T
I
 
L
F
 
Y
P
 
L
M
 
P
E
 
D
V
 
T
A
 
A
A
 
K
K
 
E
E
 
E
M
 
L
P
 
E
N
 
K
R
 
K
K
 
K

Sites not aligning to the query:

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
35% identity, 77% coverage: 57:304/322 of query aligns to 26:264/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
L
G
 
G
I
 
Y
E
 
K
L
 
I
K
 
I
F
 
V
S
 
E
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
Q
 
N
K
 
D
Q
 
S
E
 
S
N
 
K
Q
 
E
I
 
L
K
 
S
A
 
N
I
 
V
R
 
E
S
 
D
F
 
L
I
 
I
A
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
D
 
D
V
 
V
I
 
L
A
 
L
F
 
I
S
 
N
P
 
P
V
 
V
V
 
D
E
 
S
S
 
D
G
 
A
W
 
V
E
 
V
P
 
T
V
 
A
L
 
I
R
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
N
A
 
S
A
 
K
K
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
L
 
T
T
 
I
D
|
D
R
|
R
A
 
S
V
 
A
N
 
N
T
 
G
K
 
G
D
 
D
T
 
V
S
 
-
L
 
-
Y
 
-
V
 
V
T
 
C
F
 
H
M
 
I
G
 
A
S
 
S
D
 
D
F
 
N
V
 
V
E
 
K
E
 
G
G
 
G
R
 
E
K
 
M
A
 
A
G
 
A
R
 
E
W
 
F
L
 
I
V
 
A
E
 
K
K
 
A
M
 
L
K
 
K
D
 
-
Q
 
-
K
 
-
G
 
G
E
 
K
V
 
G
N
 
N
I
 
V
V
 
V
E
 
E
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
T
 
I
V
 
P
G
 
G
S
 
A
A
 
S
P
x
A
A
 
A
I
 
R
D
 
D
R
|
R
K
 
G
K
 
K
G
 
G
F
 
F
E
 
D
E
 
E
I
 
A
I
 
I
K
 
A
A
 
K
D
 
Y
P
 
P
K
 
D
F
 
I
K
 
K
I
 
I
I
 
V
R
 
A
S
 
K
Q
 
Q
T
 
A
G
 
A
D
 
D
F
|
F
T
 
D
R
 
R
A
 
S
K
 
K
G
 
G
K
 
L
E
 
S
V
 
V
M
 
M
E
 
E
A
 
N
F
 
I
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
E
 
Q
G
 
-
K
 
P
K
 
K
I
 
I
N
 
D
V
 
A
L
 
V
Y
 
F
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
K
A
 
A
I
 
I
E
 
E
E
 
A
A
 
A
G
 
N
M
 
R
K
 
Q
P
 
G
A
 
-
K
 
-
D
 
-
I
 
I
V
 
I
I
 
V
I
 
V
S
 
G
I
 
F
D
|
D
A
 
G
V
 
T
K
 
E
G
 
D
A
 
A
F
 
L
E
 
K
A
 
A
M
 
I
I
 
K
A
 
E
G
 
G
K
 
K
L
 
M
N
 
A
V
 
A
S
 
T
V
 
I
E
 
A
C
x
Q
S
 
Q
P
 
P
L
 
A
L
 
L
G
 
M
P
 
G
Q
 
S
L
 
L
M
 
G
A
 
V
A
 
E
V
 
M
K
 
A
D
 
D
-
 
K
I
 
Y
K
 
L
A
 
K
G
 
G
K
 
E
A
 
K
V
 
I
P
 
P
K
 
N
R
 
F
I
 
I
V
 
P
T
 
A
E
 
E

Sites not aligning to the query:

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
29% identity, 91% coverage: 25:316/322 of query aligns to 2:277/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
T
 
T
A
 
K
W
 
K
A
 
S
Q
 
A
K
 
K
P
 
D
L
 
L
V
 
K
L
 
L
G
 
G
F
 
V
S
 
S
Q
 
I
V
 
S
G
 
T
A
 
T
E
 
N
S
x
N
E
 
P
W
x
Y
R
x
F
T
 
V
A
 
A
N
 
M
T
 
K
E
 
D
S
 
G
I
 
I
K
 
D
S
 
K
A
 
Y
A
 
A
K
 
S
E
 
N
A
 
K
G
 
K
I
 
I
E
 
S
L
 
I
K
 
K
F
 
V
S
 
A
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
D
K
 
D
Q
 
A
E
 
A
N
 
R
Q
 
Q
I
 
A
K
 
D
A
 
D
I
 
V
R
 
Q
S
 
N
F
 
F
I
 
I
A
 
S
Q
 
Q
K
 
N
V
 
V
D
 
D
V
 
A
I
 
I
A
 
L
F
 
I
S
 
N
P
 
P
V
 
V
V
 
D
E
 
S
S
 
K
G
 
A
W
 
I
E
 
V
P
 
T
V
 
A
L
 
I
R
 
K
E
 
S
A
 
A
K
 
N
A
 
N
A
 
A
K
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
L
 
L
T
 
M
D
|
D
R
|
R
A
 
G
V
 
-
N
 
-
T
 
-
K
 
S
D
 
E
T
 
G
S
 
G
L
 
K
Y
 
V
V
 
L
T
 
T
F
 
T
M
 
V
G
 
A
S
 
S
D
 
D
F
 
N
V
 
V
E
 
A
E
 
A
G
 
G
R
 
K
K
 
M
A
 
A
G
 
A
R
 
D
W
 
Y
L
 
A
V
 
V
E
 
K
K
 
K
M
 
L
K
 
G
D
 
K
Q
 
K
K
 
-
G
 
-
E
 
-
V
 
A
N
 
K
I
 
A
V
 
F
E
 
E
L
 
L
Q
 
S
G
 
G
T
 
V
V
 
P
G
 
G
S
 
A
A
 
S
P
 
A
A
 
T
I
 
V
D
 
D
R
|
R
K
 
G
K
 
K
G
 
G
F
 
F
E
 
H
E
 
S
I
 
V
I
 
A
K
 
K
A
 
S
D
 
-
P
 
-
K
 
K
F
 
L
K
 
D
I
 
M
I
 
L
R
 
S
S
 
S
Q
 
Q
T
 
S
G
 
A
D
 
N
F
|
F
T
 
D
R
 
R
A
 
A
K
 
K
G
 
A
K
 
L
E
 
N
V
 
T
M
 
T
E
 
Q
A
 
N
F
 
M
L
 
I
K
 
Q
A
 
G
E
 
H
G
 
-
K
 
K
K
 
D
I
 
V
N
 
Q
V
 
I
L
 
I
Y
 
F
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
K
E
 
S
A
 
A
G
 
G
M
 
L
K
 
-
P
 
-
A
 
-
K
 
Q
D
 
N
I
 
V
V
 
L
I
 
I
I
 
V
S
 
G
I
 
I
D
|
D
A
 
G
V
 
Q
K
 
P
G
 
D
A
 
A
F
 
H
E
 
D
A
 
A
M
 
I
I
 
K
A
 
K
G
 
G
K
 
D
L
 
I
N
 
S
V
 
A
S
 
T
V
 
I
E
 
A
C
x
Q
S
 
Q
P
 
P
L
 
A
-
 
K
L
 
M
G
 
G
P
 
E
Q
 
I
L
 
A
M
 
I
A
 
Q
A
 
A
V
 
A
K
 
I
D
 
D
I
 
Y
K
 
Y
A
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
K
V
 
V
P
 
E
K
 
K
R
 
-
I
 
-
V
 
-
T
 
-
E
 
-
E
 
E
G
 
T
I
 
I
F
 
S
P
 
P
M
 
I
E
 
Y
V
 
L
A
 
V
A
 
T
K
 
K
E
 
D

2x7xA Fructose binding periplasmic domain of hybrid two component system bt1754 (see paper)
29% identity, 85% coverage: 34:307/322 of query aligns to 4:270/301 of 2x7xA

query
sites
2x7xA
L
 
I
G
 
G
F
 
V
S
 
A
Q
 
Q
V
 
C
G
 
S
A
 
D
E
x
D
S
 
S
E
x
W
W
x
R
R
 
H
T
 
K
A
 
M
N
 
N
T
 
D
E
 
E
S
 
I
I
 
L
K
 
R
S
 
E
A
 
A
A
 
M
K
 
F
E
 
Y
A
 
N
G
 
G
I
 
V
E
 
S
L
 
V
K
 
E
F
 
I
S
 
R
D
 
S
A
 
A
Q
 
G
Q
 
D
K
 
D
Q
 
N
E
 
S
N
 
K
Q
 
Q
I
 
A
K
 
E
A
 
D
I
 
V
R
 
H
S
 
Y
F
 
F
I
 
M
A
 
D
Q
 
E
K
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
L
I
 
L
A
 
I
F
 
I
S
 
S
P
 
A
V
 
N
V
 
E
E
 
A
S
 
A
G
 
P
W
 
M
E
 
T
P
 
P
V
 
I
L
 
V
R
 
E
E
 
E
A
 
A
K
 
Y
A
 
Q
A
 
K
K
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
L
 
L
T
 
V
D
|
D
R
|
R
A
 
K
V
 
I
N
 
L
T
 
S
K
 
D
D
 
K
T
 
-
S
 
-
L
 
-
Y
 
Y
V
 
T
T
 
A
F
 
Y
M
 
I
G
 
G
S
 
A
D
 
D
F
 
N
V
 
Y
E
 
E
E
 
I
G
 
G
R
 
R
K
 
S
A
 
V
G
 
G
R
 
N
W
 
Y
L
 
I
V
 
A
E
 
S
K
 
S
M
 
L
K
 
K
D
 
-
Q
 
-
K
 
-
G
 
G
E
 
K
V
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
E
L
 
L
Q
 
T
G
 
G
T
 
L
V
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
T
P
|
P
A
 
A
I
 
M
D
 
E
R
|
R
K
 
H
K
 
Q
G
 
G
F
 
F
E
 
M
E
 
A
I
 
A
I
 
I
K
 
S
A
 
K
D
 
F
P
 
P
K
 
D
F
 
I
K
 
K
I
 
L
I
 
I
R
 
D
S
 
K
Q
 
A
T
 
D
G
 
A
D
 
A
F
x
W
T
 
E
R
 
R
A
 
G
K
 
P
G
 
A
K
 
E
E
 
I
V
 
E
M
 
M
E
 
D
A
 
S
F
 
M
L
 
L
K
 
R
A
 
R
E
 
H
G
 
-
K
 
P
K
 
K
I
 
I
N
 
D
V
 
A
L
 
V
Y
 
Y
A
 
A
H
 
H
N
|
N
D
 
D
D
x
R
M
 
I
A
 
A
I
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
Y
Q
 
Q
A
 
A
I
 
A
E
 
K
E
 
M
A
 
A
G
 
G
M
 
R
K
 
E
P
 
-
A
 
-
K
 
K
D
 
E
I
 
M
V
 
I
I
 
F
I
 
V
S
 
G
I
 
I
D
|
D
A
 
A
V
 
L
K
 
P
G
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
N
A
 
G
F
 
L
E
 
E
A
 
L
M
 
V
I
 
L
A
 
D
G
 
S
K
 
V
L
 
L
N
 
D
V
 
A
S
 
T
V
 
F
E
 
-
C
 
I
S
 
Y
P
 
P
L
 
T
L
 
N
G
 
G
P
 
D
Q
 
K
L
 
V
M
 
L
A
 
Q
A
 
L
V
 
A
K
 
M
D
 
D
I
 
I
K
 
L
A
 
E
G
 
K
K
 
K
A
 
P
V
 
Y
P
 
P
K
 
K
R
 
E
I
 
T
V
 
V
T
 
M
E
 
N
E
 
T
G
 
A
I
 
V

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
29% identity, 85% coverage: 43:316/322 of query aligns to 45:305/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
S
 
S
E
 
S
W
 
F
R
 
I
T
 
T
A
 
A
N
 
G
T
 
K
E
 
E
S
 
G
I
 
M
K
 
D
S
 
A
A
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
D
A
 
N
G
 
N
I
 
I
E
 
E
L
 
L
K
 
I
F
 
W
S
 
N
D
 
S
A
 
A
Q
 
N
Q
 
L
K
 
D
Q
 
V
E
 
S
N
 
T
Q
 
Q
I
 
A
K
 
S
A
 
Q
I
 
V
R
 
D
S
 
S
F
 
M
I
 
I
A
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
A
I
 
I
A
 
I
F
 
V
S
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
Q
E
 
A
S
 
D
G
 
S
W
 
L
E
 
A
P
 
P
V
 
Q
L
 
V
R
 
A
E
 
S
A
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
K
K
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
L
V
 
V
L
 
P
T
 
V
D
x
N
R
 
A
A
 
A
V
 
L
N
 
D
T
 
S
K
 
K
D
 
D
T
 
I
S
 
A
L
 
G
Y
 
N
V
 
V
T
 
Q
F
 
-
M
 
-
G
 
-
S
 
P
D
 
D
F
 
D
V
 
V
E
 
A
E
 
A
G
 
G
R
 
A
K
 
Q
A
 
E
G
 
M
R
 
Q
W
 
M
L
 
M
V
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
K
 
G
D
 
-
Q
 
-
K
 
-
G
 
G
E
 
K
V
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
I
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
T
 
P
V
 
L
G
 
G
S
 
Q
A
 
S
P
 
G
A
 
E
I
 
L
D
 
D
R
|
R
K
 
S
K
 
K
G
 
G
F
 
I
E
 
E
E
 
Q
I
 
V
I
 
L
K
 
A
A
 
K
D
 
Y
P
 
P
K
 
D
F
 
I
K
 
K
I
 
V
I
 
L
R
 
A
S
 
K
Q
 
D
T
 
T
G
 
A
D
 
N
F
 
W
T
 
K
R
 
R
A
 
D
K
 
E
G
 
A
K
 
V
E
 
N
V
 
K
M
 
M
E
 
K
A
 
N
F
 
W
L
 
I
K
 
S
A
 
G
E
 
F
G
 
G
K
 
P
K
 
Q
I
 
I
N
 
D
V
 
G
L
 
V
Y
 
V
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
Q
 
Q
A
 
A
I
 
L
E
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
M
 
R
K
 
-
P
 
-
A
 
-
K
 
T
D
 
G
I
 
V
V
 
P
I
 
I
I
 
V
S
 
G
I
 
I
D
|
D
A
 
G
V
 
I
K
 
E
G
 
D
A
 
G
F
 
L
E
 
N
A
 
A
M
 
V
I
 
K
A
 
S
G
 
G
K
 
D
L
 
-
N
 
-
V
 
-
S
 
-
V
 
-
E
 
-
C
 
-
S
 
-
P
 
-
L
 
F
L
 
I
G
 
G
P
 
T
Q
 
S
L
 
L
M
x
Q
A
 
N
A
 
G
V
 
T
K
 
V
D
 
E
I
 
L
K
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
L
A
 
A
V
 
V
P
 
A
K
 
N
R
 
R
I
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
G
-
 
E
-
 
P
V
 
V
T
 
N
E
 
K
E
 
E
G
 
P
I
 
V
F
 
Y
P
 
I
M
 
M
E
 
P
V
 
A
A
 
I
A
 
T
K
 
K
E
 
D

Sites not aligning to the query:

4rsmA Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol (see paper)
29% identity, 85% coverage: 43:316/322 of query aligns to 13:273/315 of 4rsmA

query
sites
4rsmA
S
 
S
E
 
S
W
 
F
R
 
I
T
 
T
A
 
A
N
 
G
T
 
K
E
 
E
S
 
G
I
 
M
K
 
D
S
 
A
A
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
D
A
 
N
G
 
N
I
 
I
E
 
E
L
 
L
K
 
I
F
 
W
S
 
N
D
 
S
A
 
A
Q
 
N
Q
 
L
K
 
D
Q
 
V
E
 
S
N
 
T
Q
 
Q
I
 
A
K
 
S
A
 
Q
I
 
V
R
 
D
S
 
S
F
 
M
I
 
I
A
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
A
I
 
I
A
 
I
F
 
V
S
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
Q
E
 
A
S
 
D
G
 
S
W
 
L
E
 
A
P
 
P
V
 
Q
L
 
V
R
 
A
E
 
S
A
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
K
K
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
L
V
 
V
L
 
P
T
 
V
D
x
N
R
 
A
A
 
A
V
 
L
N
 
D
T
 
S
K
 
K
D
 
D
T
 
I
S
 
A
L
 
G
Y
 
N
V
 
V
T
 
Q
F
 
-
M
 
-
G
 
-
S
 
P
D
 
D
F
 
D
V
 
V
E
 
A
E
 
A
G
 
G
R
 
A
K
 
Q
A
 
E
G
 
M
R
 
Q
W
 
M
L
 
M
V
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
K
 
G
D
 
-
Q
 
-
K
 
-
G
 
G
E
 
K
V
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
I
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
T
 
P
V
 
L
G
 
G
S
 
Q
A
 
S
P
 
G
A
 
E
I
 
L
D
 
D
R
|
R
K
 
S
K
 
K
G
 
G
F
 
I
E
 
E
E
 
Q
I
 
V
I
 
L
K
 
A
A
 
K
D
 
Y
P
 
P
K
 
D
F
 
I
K
 
K
I
 
V
I
 
L
R
 
A
S
 
K
Q
 
D
T
 
T
G
 
A
D
 
N
F
x
W
T
 
K
R
 
R
A
 
D
K
 
E
G
 
A
K
 
V
E
 
N
V
 
K
M
 
M
E
 
K
A
 
N
F
 
W
L
 
I
K
 
S
A
 
G
E
 
F
G
 
G
K
 
P
K
 
Q
I
 
I
N
 
D
V
 
G
L
 
V
Y
 
V
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
Q
 
Q
A
 
A
I
 
L
E
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
M
 
R
K
 
-
P
 
-
A
 
-
K
 
T
D
 
G
I
 
V
V
 
P
I
 
I
I
 
V
S
 
G
I
 
I
D
|
D
A
 
G
V
 
I
K
 
E
G
 
D
A
 
G
F
 
L
E
 
N
A
 
A
M
 
-
I
 
-
A
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
N
 
-
V
 
-
S
 
-
V
 
V
E
 
K
C
 
S
S
 
G
P
 
D
L
 
F
L
 
I
G
 
G
P
 
T
Q
 
S
L
 
L
M
x
Q
A
 
N
A
 
G
V
 
T
K
 
V
D
 
E
I
 
L
K
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
L
A
 
A
V
 
V
P
 
A
K
 
N
R
 
R
I
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
G
-
 
E
-
 
P
V
 
V
T
 
N
E
 
K
E
 
E
G
 
P
I
 
V
F
 
Y
P
 
I
M
 
M
E
 
P
V
 
A
A
 
I
A
 
T
K
 
K
E
 
D

Sites not aligning to the query:

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
31% identity, 75% coverage: 33:274/322 of query aligns to 8:241/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
V
 
V
L
 
I
G
 
G
F
 
V
S
 
S
Q
 
-
V
 
I
G
 
S
A
 
N
E
 
L
S
x
D
E
 
E
W
 
F
R
 
L
T
 
T
A
 
Y
N
 
M
T
 
Q
E
 
D
S
 
A
I
 
M
K
 
K
S
 
E
-
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
N
E
 
Y
A
 
P
G
 
D
I
 
F
E
 
E
L
 
F
K
 
I
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
N
K
 
D
Q
 
S
E
 
T
N
 
Q
Q
 
Q
I
 
M
K
 
A
A
 
Q
I
 
V
R
 
E
S
 
N
F
 
F
I
 
I
A
 
S
Q
 
R
K
 
N
V
 
V
D
 
D
V
 
A
I
 
I
A
 
I
F
 
V
S
 
N
P
 
P
V
 
V
V
 
D
E
 
T
S
 
T
G
 
S
W
 
A
E
 
V
P
 
D
V
 
I
L
 
V
R
 
N
E
 
M
A
 
V
K
 
N
A
 
D
A
 
A
K
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
I
V
 
I
L
 
I
T
 
A
D
x
N
R
|
R
A
 
T
V
 
F
N
 
D
T
 
G
K
 
V
D
 
D
T
 
Q
S
 
A
L
 
-
Y
 
-
V
 
T
T
 
A
F
 
F
M
 
V
G
 
G
S
 
S
D
 
E
F
 
S
V
 
I
E
 
Q
E
 
S
G
 
G
R
 
L
K
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
L
W
 
Q
L
 
M
V
 
E
E
 
E
K
 
V
M
 
A
K
 
K
D
 
L
Q
 
L
K
 
N
G
 
N
E
 
E
V
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
A
E
 
I
L
 
M
Q
 
D
G
 
G
T
 
E
V
 
L
G
 
G
S
 
H
A
 
E
P
 
A
A
 
Q
I
 
I
D
 
M
R
|
R
K
 
T
K
 
E
G
 
G
F
 
N
E
 
K
E
 
Q
I
 
I
I
 
I
K
 
E
A
 
E
D
 
H
P
 
D
K
 
G
F
 
L
K
 
E
I
 
V
I
 
V
R
 
L
S
 
Q
Q
 
G
T
 
T
G
 
A
D
 
K
F
 
F
T
 
D
R
 
R
A
 
S
K
 
E
G
 
G
K
 
M
E
 
R
V
 
L
M
 
M
E
 
E
A
 
N
F
 
W
L
 
L
K
 
N
A
 
S
E
 
-
G
 
G
K
 
T
K
 
E
I
 
I
N
 
D
V
 
A
L
 
V
Y
 
V
A
 
A
H
 
N
N
|
N
D
 
D
D
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
L
A
 
A
I
 
L
E
 
E
E
 
A
A
 
V
G
 
G
M
 
-
K
 
-
P
 
K
A
x
L
K
 
D
D
 
D
I
x
V
V
 
I
I
 
V
I
 
A
S
 
G
I
 
I
D
|
D
A
 
A
V
 
T
K
 
P
G
 
A
A
 
A
F
 
L
E
 
E
A
 
A
M
 
M
I
 
K
A
 
E
G
 
G
K
 
K
L
 
L
N
 
D
V
 
V
S
 
T
V
 
V

Sites not aligning to the query:

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
31% identity, 75% coverage: 45:286/322 of query aligns to 15:250/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
W
|
W
R
x
F
T
 
V
A
 
V
N
 
L
T
 
A
E
 
E
S
 
T
I
 
A
K
 
K
S
 
Q
A
 
R
A
 
A
K
 
E
E
 
Q
A
 
L
G
 
G
I
 
Y
E
 
E
L
 
A
K
 
T
F
 
I
S
 
F
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
Q
 
N
K
 
D
Q
 
T
E
 
A
N
 
K
Q
 
E
I
 
S
K
 
A
A
 
H
I
 
F
R
 
D
S
 
A
F
 
I
I
 
I
A
 
A
Q
 
A
K
 
G
V
 
Y
D
 
D
V
 
A
I
 
I
A
 
I
F
 
F
S
 
N
P
 
P
V
 
T
V
 
D
E
 
A
S
 
D
G
 
G
W
 
S
E
 
I
P
 
A
V
 
N
L
 
V
R
 
K
E
 
R
A
 
A
K
 
K
A
 
E
A
 
A
K
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
F
L
 
C
T
 
V
D
|
D
R
|
R
A
 
G
V
 
I
N
 
N
T
 
A
K
 
R
D
 
-
T
 
-
S
 
G
L
 
L
Y
 
A
V
 
V
T
 
A
F
 
Q
M
 
I
G
 
Y
S
 
S
D
 
D
F
 
N
V
 
Y
E
 
Y
E
 
G
G
 
G
R
 
V
K
 
L
A
 
M
G
 
G
R
 
E
W
 
Y
L
 
F
V
 
V
-
 
K
-
 
F
-
 
L
-
 
K
E
 
E
K
 
K
M
 
Y
K
 
P
D
 
D
Q
 
A
K
 
K
G
 
-
E
 
E
V
 
I
N
 
P
I
 
Y
V
 
A
E
 
E
L
 
L
Q
 
L
G
 
G
T
 
I
V
 
L
G
 
S
S
 
A
A
 
Q
P
 
P
A
 
T
I
 
W
D
 
D
R
|
R
K
 
S
K
 
N
G
 
G
F
 
F
E
 
H
E
 
S
I
 
V
I
 
V
K
 
D
A
 
Q
D
 
Y
P
 
P
K
 
E
F
 
F
K
 
K
I
 
M
I
 
V
R
 
A
S
 
Q
Q
 
Q
T
 
S
G
 
A
D
 
E
F
|
F
T
 
D
R
 
R
A
 
D
K
 
T
G
 
A
K
 
Y
E
 
K
V
 
V
M
 
T
E
 
E
A
 
Q
F
 
I
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
E
 
H
G
 
-
K
 
P
K
 
E
I
 
I
N
 
K
V
 
A
L
 
I
Y
 
W
A
 
C
H
 
G
N
|
N
D
 
D
D
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
M
Q
 
K
A
 
A
I
 
C
E
 
E
E
 
A
A
 
A
G
 
G
M
 
R
K
 
-
P
 
-
A
 
-
K
 
T
D
 
D
I
 
I
V
 
Y
I
 
I
I
 
F
S
 
G
I
 
F
D
|
D
A
 
G
V
 
A
K
 
E
G
 
D
A
 
V
F
 
I
E
 
N
A
 
A
M
 
I
I
 
K
A
 
E
G
 
G
K
 
K
L
 
Q
N
 
I
V
 
V
S
 
A
V
 
-
E
 
-
C
 
-
S
 
T
P
 
I
L
 
M
L
x
Q
G
 
F
P
 
P
Q
 
K
L
 
L
M
 
M
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
29% identity, 76% coverage: 57:301/322 of query aligns to 28:261/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
A
 
A
K
 
T
E
 
E
A
 
L
G
 
G
I
 
Y
E
 
K
L
 
L
K
 
V
F
 
V
S
 
L
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
Q
 
N
K
 
D
Q
 
P
E
 
S
N
 
K
Q
 
E
I
 
L
K
 
S
A
 
N
I
 
V
R
 
E
S
 
D
F
 
L
I
 
T
A
 
V
Q
 
R
K
 
G
V
 
A
D
 
K
V
 
V
I
 
L
A
 
L
F
 
I
S
 
N
P
 
P
V
 
T
V
 
D
E
 
S
S
 
A
G
 
A
W
 
V
E
 
S
P
 
N
V
 
A
L
 
V
R
 
A
E
 
I
A
 
A
K
 
N
A
 
R
A
 
N
K
 
K
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
L
 
T
T
 
L
D
|
D
R
|
R
A
 
G
V
 
A
N
 
A
T
 
K
K
 
G
D
 
E
T
 
-
S
 
-
L
 
-
Y
 
V
V
 
V
T
 
S
F
 
H
M
 
I
G
 
A
S
 
S
D
 
D
F
 
N
V
 
V
E
 
A
E
 
G
G
 
G
R
 
K
K
 
M
A
 
A
G
 
G
R
 
D
W
 
F
L
 
I
V
 
A
E
 
Q
K
 
K
M
 
L
K
 
G
D
 
D
Q
 
G
K
 
-
G
 
-
E
 
-
V
 
A
N
 
K
I
 
V
V
 
I
E
 
Q
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
T
 
L
V
 
A
G
 
G
S
 
T
A
 
S
P
 
A
A
 
A
I
 
R
D
 
E
R
|
R
K
 
G
K
 
E
G
 
G
F
 
F
E
 
K
E
 
Q
I
 
A
I
 
I
K
 
E
A
 
A
D
 
H
P
 
-
K
 
K
F
 
F
K
 
D
I
 
V
I
 
L
R
 
A
S
 
S
Q
 
Q
T
 
P
G
 
A
D
 
D
F
|
F
T
 
D
R
 
R
A
 
T
K
 
K
G
 
G
K
 
L
E
 
N
V
 
V
M
 
T
E
 
E
A
 
N
F
 
L
L
 
L
K
 
A
A
 
S
E
 
K
G
 
G
K
 
-
K
 
S
I
 
V
N
 
Q
V
 
A
L
 
I
Y
 
F
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
Q
 
R
A
 
A
I
 
I
E
 
S
E
 
A
A
 
A
G
 
G
M
 
K
K
 
K
P
 
-
A
 
-
K
 
-
D
 
-
I
 
V
V
 
L
I
 
V
I
 
V
S
 
G
I
 
F
D
|
D
A
 
G
V
 
T
K
 
E
G
 
D
A
 
G
F
 
V
E
 
K
A
 
A
M
 
V
I
 
K
A
 
S
G
 
G
K
 
K
L
 
L
N
 
A
V
 
A
S
 
T
V
 
V
E
 
A
C
x
Q
S
 
Q
P
 
P
-
 
E
L
 
L
L
 
I
G
 
G
P
 
S
Q
 
L
L
 
G
M
 
V
A
 
E
A
 
T
V
 
A
K
 
D
D
 
K
I
 
I
K
 
L
A
 
K
G
 
G
K
 
E
A
 
K
V
 
V
P
 
D
K
 
A
R
 
K
I
 
I

Sites not aligning to the query:

5hkoA Crystal structure of abc transporter solute binding protein msmeg_3598 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with l-sorbitol
28% identity, 82% coverage: 43:307/322 of query aligns to 12:258/314 of 5hkoA

query
sites
5hkoA
S
 
S
E
 
S
W
 
F
R
 
I
T
 
T
A
x
E
N
 
G
T
 
K
E
 
E
S
 
G
I
 
M
K
 
D
S
 
T
A
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
A
A
 
N
G
 
N
I
 
I
E
 
E
L
 
L
K
 
V
F
 
W
S
 
N
D
 
S
A
 
A
Q
 
N
Q
 
N
K
x
D
Q
 
V
E
x
S
N
 
T
Q
 
Q
I
 
A
K
 
S
A
 
Q
I
 
V
R
 
D
S
 
S
F
 
L
I
 
I
A
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
A
I
 
I
A
 
I
F
 
V
S
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
Q
E
 
A
S
 
D
G
 
S
W
 
L
E
 
G
P
 
P
V
 
Q
L
 
V
R
 
A
E
 
S
A
 
A
K
 
K
A
 
S
A
 
K
K
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
L
V
 
L
L
 
A
T
 
V
D
x
N
R
x
A
A
 
A
V
 
L
N
 
E
T
 
T
K
 
P
D
 
D
T
 
L
S
 
A
L
 
G
Y
 
N
V
 
V
T
 
Q
F
 
-
M
 
-
G
 
-
S
 
P
D
 
D
F
 
D
V
 
V
E
 
A
E
 
A
G
 
G
R
 
A
K
 
Q
A
 
E
G
 
M
R
 
Q
W
 
M
L
 
M
V
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
K
 
G
D
 
-
Q
 
-
K
 
-
G
 
G
E
 
K
V
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
I
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
T
 
P
V
 
L
G
 
G
S
 
G
A
 
S
P
 
G
A
 
E
I
 
I
D
 
N
R
|
R
K
 
G
K
 
K
G
 
G
F
 
I
E
 
D
E
 
Q
I
 
V
I
 
L
K
 
A
A
 
K
D
 
Y
P
 
P
K
 
D
F
 
I
K
 
K
I
 
V
I
 
L
R
 
A
S
 
K
Q
 
D
T
 
T
G
 
A
D
 
N
F
x
W
T
 
K
R
 
R
A
 
D
K
 
E
G
 
A
K
 
V
E
 
N
V
 
K
M
 
M
E
 
K
A
 
N
F
 
W
L
 
I
K
 
S
A
 
S
E
 
F
G
 
G
K
 
P
K
 
Q
I
 
I
N
 
D
V
 
G
L
 
V
Y
 
V
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
Q
 
Q
A
 
A
I
 
L
E
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
M
 
R
K
 
T
P
 
G
A
 
-
K
 
-
D
 
-
I
 
V
V
 
P
I
 
I
I
 
V
S
 
G
I
 
I
D
|
D
A
 
G
V
 
I
K
x
E
G
 
D
A
 
G
F
 
L
E
 
N
A
 
A
M
 
-
I
 
-
A
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
N
 
-
V
 
-
S
 
-
V
 
V
E
 
K
C
 
S
S
 
G
P
 
D
L
 
F
L
 
I
G
 
G
P
 
T
Q
 
S
L
 
L
M
x
Q
A
 
N
A
 
G
V
 
T
K
 
V
D
 
E
I
 
L
K
 
S
A
 
A
G
 
G
K
 
L
A
 
A
V
 
V
P
 
A
K
 
D
R
 
A
I
 
L
V
 
V
T
 
K
E
 
G
E
 
E
G
 
D
I
 
V

Sites not aligning to the query:

A0QYB3 Xylitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
28% identity, 82% coverage: 43:307/322 of query aligns to 45:291/349 of A0QYB3

query
sites
A0QYB3
S
 
S
E
 
S
W
 
F
R
 
I
T
 
T
A
 
E
N
 
G
T
 
K
E
 
E
S
 
G
I
 
M
K
 
D
S
 
T
A
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
A
A
 
N
G
 
N
I
 
I
E
 
E
L
 
L
K
 
V
F
 
W
S
 
N
D
 
S
A
 
A
Q
 
N
Q
 
N
K
 
D
Q
 
V
E
 
S
N
 
T
Q
 
Q
I
 
A
K
 
S
A
 
Q
I
 
V
R
 
D
S
 
S
F
 
L
I
 
I
A
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
A
I
 
I
A
 
I
F
 
V
S
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
Q
E
 
A
S
 
D
G
 
S
W
 
L
E
 
G
P
 
P
V
 
Q
L
 
V
R
 
A
E
 
S
A
 
A
K
 
K
A
 
S
A
 
K
K
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
L
V
 
L
L
 
A
T
 
V
D
x
N
R
 
A
A
 
A
V
 
L
N
 
E
T
 
T
K
 
P
D
 
D
T
 
L
S
 
A
L
 
G
Y
 
N
V
 
V
T
 
Q
F
 
-
M
 
-
G
 
-
S
 
P
D
 
D
F
 
D
V
 
V
E
 
A
E
 
A
G
 
G
R
 
A
K
 
Q
A
 
E
G
 
M
R
 
Q
W
 
M
L
 
M
V
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
K
 
G
D
 
-
Q
 
-
K
 
-
G
 
G
E
 
K
V
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
I
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
T
 
P
V
 
L
G
 
G
S
 
G
A
 
S
P
 
G
A
 
E
I
 
I
D
 
N
R
|
R
K
 
G
K
 
K
G
 
G
F
 
I
E
 
D
E
 
Q
I
 
V
I
 
L
K
 
A
A
 
K
D
 
Y
P
 
P
K
 
D
F
 
I
K
 
K
I
 
V
I
 
L
R
 
A
S
 
K
Q
 
D
T
 
T
G
 
A
D
 
N
F
 
W
T
 
K
R
 
R
A
 
D
K
 
E
G
 
A
K
 
V
E
 
N
V
 
K
M
 
M
E
 
K
A
 
N
F
 
W
L
 
I
K
 
S
A
 
S
E
 
F
G
 
G
K
 
P
K
 
Q
I
 
I
N
 
D
V
 
G
L
 
V
Y
 
V
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
Q
 
Q
A
 
A
I
 
L
E
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
M
 
R
K
 
T
P
 
G
A
 
-
K
 
-
D
 
-
I
 
V
V
 
P
I
 
I
I
 
V
S
 
G
I
 
I
D
|
D
A
 
G
V
 
I
K
 
E
G
 
D
A
 
G
F
 
L
E
 
N
A
 
A
M
 
V
I
 
K
A
 
S
G
 
G
K
 
D
L
 
-
N
 
-
V
 
-
S
 
-
V
 
-
E
 
-
C
 
-
S
 
-
P
 
-
L
 
F
L
 
I
G
 
G
P
 
T
Q
 
S
L
 
L
M
x
Q
A
 
N
A
 
G
V
 
T
K
 
V
D
 
E
I
 
L
K
 
S
A
 
A
G
 
G
K
 
L
A
 
A
V
 
V
P
 
A
K
 
D
R
 
A
I
 
L
V
 
V
T
 
K
E
 
G
E
 
E
G
 
D
I
 
V

Sites not aligning to the query:

4rs3A Crystal structure of carbohydrate transporter a0qyb3 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with xylitol (see paper)
28% identity, 82% coverage: 43:307/322 of query aligns to 12:258/315 of 4rs3A

query
sites
4rs3A
S
 
S
E
 
S
W
 
F
R
 
I
T
 
T
A
x
E
N
 
G
T
 
K
E
 
E
S
 
G
I
 
M
K
 
D
S
 
T
A
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
A
A
 
N
G
 
N
I
 
I
E
 
E
L
 
L
K
 
V
F
 
W
S
 
N
D
 
S
A
 
A
Q
 
N
Q
 
N
K
 
D
Q
 
V
E
 
S
N
 
T
Q
 
Q
I
 
A
K
 
S
A
 
Q
I
 
V
R
 
D
S
 
S
F
 
L
I
 
I
A
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
A
I
 
I
A
 
I
F
 
V
S
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
Q
E
 
A
S
 
D
G
 
S
W
 
L
E
 
G
P
 
P
V
 
Q
L
 
V
R
 
A
E
 
S
A