SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing BPHYT_RS08530 FitnessBrowser__BFirm:BPHYT_RS08530 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

2x65B Crystal structure of t. Maritima gdp-mannose pyrophosphorylase in complex with mannose-1-phosphate. (see paper)
30% identity, 69% coverage: 26:303/405 of query aligns to 2:245/334 of 2x65B

query
sites
2x65B
V
 
M
Q
 
K
P
 
A
V
 
L
I
 
I
F
 
L
A
 
A
D
 
G
G
 
G
L
x
S
G
 
G
A
x
E
R
|
R
S
 
F
W
 
W
P
 
P
L
 
L
S
 
S
R
 
T
E
 
P
R
 
E
N
 
T
P
 
P
K
 
K
R
 
Q
S
 
F
V
 
L
D
 
K
R
 
L
M
 
F
G
 
G
D
 
N
A
 
K
S
 
S
L
 
L
L
 
M
E
 
R
S
 
W
T
 
T
L
 
F
R
 
E
T
 
R
T
 
V
L
 
L
S
 
E
R
 
E
L
 
M
D
 
D
A
 
-
S
 
-
F
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
H
 
-
V
 
-
T
 
-
P
 
-
A
 
-
S
 
-
S
 
-
P
 
P
R
 
K
S
 
D
I
 
V
A
 
-
A
 
-
P
 
-
L
 
I
M
 
V
V
 
V
C
 
T
C
 
H
E
 
K
D
 
D
L
 
Y
H
 
V
R
 
E
Q
 
R
S
 
T
R
 
K
E
 
K
P
 
E
L
 
L
E
 
P
R
 
E
L
 
L
A
 
P
R
 
D
S
 
E
G
 
N
R
 
-
S
 
-
V
 
-
R
 
-
M
 
I
V
 
I
L
 
A
Q
 
E
P
 
P
I
 
M
A
 
K
R
 
K
D
 
N
T
 
T
A
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
C
T
 
F
I
 
I
A
 
G
A
 
T
L
 
K
A
 
L
A
 
A
R
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
E
 
D
G
 
D
D
 
D
D
 
E
P
 
P
L
 
V
I
 
L
V
 
V
A
 
-
L
 
L
P
 
P
A
 
A
D
 
D
H
|
H
P
 
R
I
 
I
A
 
P
D
 
D
H
 
T
V
 
K
A
 
K
F
 
F
G
 
W
V
 
K
A
 
T
L
 
V
A
 
K
E
 
K
A
 
A
L
 
L
E
 
D
H
 
A
-
 
L
A
 
E
T
 
K
H
 
Y
G
 
D
A
 
G
L
 
L
V
 
F
A
 
T
L
 
F
G
 
G
V
 
I
P
 
V
P
 
P
R
 
T
R
 
R
A
 
P
E
 
E
T
 
T
G
 
G
F
x
Y
G
|
G
Y
 
Y
I
 
I
R
 
E
T
 
I
G
 
G
A
 
E
A
 
E
L
 
L
G
 
E
K
 
E
R
 
G
G
 
V
A
 
H
R
 
K
V
 
V
I
 
A
E
 
Q
R
 
-
F
 
F
V
 
R
E
|
E
K
|
K
P
 
P
D
 
D
P
 
L
E
 
E
L
 
T
A
 
A
E
 
K
R
 
K
Y
 
F
A
 
V
A
 
E
L
 
S
G
 
G
N
 
R
Y
 
F
W
 
L
W
 
W
N
|
N
S
|
S
G
 
G
L
 
M
F
 
F
V
 
L
V
 
W
R
 
K
A
 
A
S
 
R
V
 
E
W
 
F
L
 
I
A
 
E
A
 
E
I
 
V
A
 
K
L
 
V
C
 
C
H
 
E
P
 
P
A
 
S
I
 
I
A
 
Y
E
 
E
A
 
N
C
 
L
A
 
K
A
 
D
A
 
V
F
 
D
E
 
P
R
 
R
A
 
-
T
 
-
V
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
G
 
-
T
 
N
L
 
F
H
 
E
V
 
E
A
 
L
R
 
K
D
 
K
Q
 
A
L
 
Y
A
 
E
L
 
K
C
 
V
P
 
P
S
 
S
R
 
I
S
 
S
I
 
V
D
|
D
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
M
 
M
E
 
E
R
 
K

Sites not aligning to the query:

2x65A Crystal structure of t. Maritima gdp-mannose pyrophosphorylase in complex with mannose-1-phosphate. (see paper)
30% identity, 69% coverage: 26:303/405 of query aligns to 2:245/334 of 2x65A

query
sites
2x65A
V
 
M
Q
 
K
P
 
A
V
 
L
I
 
I
F
 
L
A
 
A
D
 
G
G
 
G
L
 
S
G
 
G
A
 
E
R
 
R
S
 
F
W
 
W
P
 
P
L
 
L
S
 
S
R
 
T
E
 
P
R
 
E
N
 
T
P
 
P
K
 
K
R
 
Q
S
 
F
V
 
L
D
 
K
R
 
L
M
 
F
G
 
G
D
 
N
A
 
K
S
 
S
L
 
L
L
 
M
E
 
R
S
 
W
T
 
T
L
 
F
R
 
E
T
 
R
T
 
V
L
 
L
S
 
E
R
 
E
L
 
M
D
 
D
A
 
-
S
 
-
F
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
H
 
-
V
 
-
T
 
-
P
 
-
A
 
-
S
 
-
S
 
-
P
 
P
R
 
K
S
 
D
I
 
V
A
 
-
A
 
-
P
 
-
L
 
I
M
 
V
V
 
V
C
 
T
C
 
H
E
 
K
D
 
D
L
 
Y
H
 
V
R
 
E
Q
 
R
S
 
T
R
 
K
E
 
K
P
 
E
L
 
L
E
 
P
R
 
E
L
 
L
A
 
P
R
 
D
S
 
E
G
 
N
R
 
-
S
 
-
V
 
-
R
 
-
M
 
I
V
 
I
L
 
A
Q
 
E
P
 
P
I
 
M
A
 
K
R
 
K
D
 
N
T
 
T
A
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
C
T
 
F
I
 
I
A
 
G
A
 
T
L
 
K
A
 
L
A
 
A
R
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
E
 
D
G
 
D
D
 
D
D
 
E
P
 
P
L
 
V
I
 
L
V
 
V
A
 
-
L
 
L
P
 
P
A
 
A
D
 
D
H
|
H
P
 
R
I
 
I
A
 
P
D
 
D
H
 
T
V
 
K
A
 
K
F
 
F
G
 
W
V
 
K
A
 
T
L
 
V
A
 
K
E
 
K
A
 
A
L
 
L
E
 
D
H
 
A
-
 
L
A
 
E
T
 
K
H
 
Y
G
 
D
A
 
G
L
 
L
V
 
F
A
 
T
L
 
F
G
 
G
V
 
I
P
 
V
P
 
P
R
 
T
R
 
R
A
 
P
E
 
E
T
 
T
G
 
G
F
x
Y
G
|
G
Y
 
Y
I
 
I
R
 
E
T
 
I
G
 
G
A
 
E
A
 
E
L
 
L
G
 
E
K
 
E
R
 
G
G
 
V
A
 
H
R
 
K
V
 
V
I
 
A
E
 
Q
R
 
-
F
 
F
V
 
R
E
|
E
K
|
K
P
 
P
D
 
D
P
 
L
E
 
E
L
 
T
A
 
A
E
 
K
R
 
K
Y
 
F
A
 
V
A
 
E
L
 
S
G
 
G
N
 
R
Y
 
F
W
 
L
W
 
W
N
|
N
S
|
S
G
 
G
L
 
M
F
 
F
V
 
L
V
 
W
R
 
K
A
 
A
S
 
R
V
 
E
W
 
F
L
 
I
A
 
E
A
 
E
I
 
V
A
 
K
L
 
V
C
 
C
H
 
E
P
 
P
A
 
S
I
 
I
A
 
Y
E
 
E
A
 
N
C
 
L
A
 
K
A
 
D
A
 
V
F
 
D
E
 
P
R
 
R
A
 
-
T
 
-
V
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
G
 
-
T
 
N
L
 
F
H
 
E
V
 
E
A
 
L
R
 
K
D
 
K
Q
 
A
L
 
Y
A
 
E
L
 
K
C
 
V
P
 
P
S
 
S
R
 
I
S
 
S
I
 
V
D
|
D
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
M
 
M
E
 
E
R
 
K

2x60A Crystal structure of t. Maritima gdp-mannose pyrophosphorylase in complex with gtp. (see paper)
30% identity, 69% coverage: 26:303/405 of query aligns to 2:245/333 of 2x60A

query
sites
2x60A
V
 
M
Q
 
K
P
 
A
V
 
L
I
 
I
F
x
L
A
|
A
D
x
G
G
|
G
L
 
S
G
|
G
A
x
E
R
|
R
S
 
F
W
 
W
P
 
P
L
 
L
S
 
S
R
 
T
E
 
P
R
 
E
N
 
T
P
 
P
K
|
K
R
 
Q
S
 
F
V
 
L
D
 
K
R
 
L
M
 
F
G
 
G
D
 
N
A
 
K
S
 
S
L
 
L
L
 
M
E
 
R
S
 
W
T
 
T
L
 
F
R
 
E
T
 
R
T
 
V
L
 
L
S
 
E
R
 
E
L
 
M
D
 
D
A
 
-
S
 
-
F
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
H
 
-
V
 
-
T
 
-
P
 
-
A
 
-
S
 
-
S
 
-
P
 
P
R
 
K
S
 
D
I
 
V
A
 
-
A
 
-
P
 
-
L
 
I
M
 
V
V
|
V
C
 
T
C
 
H
E
 
K
D
 
D
L
 
Y
H
 
V
R
 
E
Q
 
R
S
 
T
R
 
K
E
 
K
P
 
E
L
 
L
E
 
P
R
 
E
L
 
L
A
 
P
R
 
D
S
 
E
G
 
N
R
 
-
S
 
-
V
 
-
R
 
-
M
 
I
V
 
I
L
 
A
Q
x
E
P
 
P
I
 
M
A
 
K
R
 
K
D
x
N
T
 
T
A
 
A
P
 
P
A
|
A
L
 
C
T
 
F
I
 
I
A
 
G
A
 
T
L
 
K
A
 
L
A
 
A
R
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
E
 
D
G
 
D
D
 
D
D
 
E
P
 
P
L
 
V
I
 
L
V
 
V
A
 
-
L
 
L
P
 
P
A
|
A
D
 
D
H
 
H
P
 
R
I
 
I
A
 
P
D
 
D
H
 
T
V
 
K
A
 
K
F
 
F
G
 
W
V
 
K
A
 
T
L
 
V
A
 
K
E
 
K
A
 
A
L
 
L
E
 
D
H
 
A
-
 
L
A
 
E
T
 
K
H
 
Y
G
 
D
A
 
G
L
 
L
V
 
F
A
 
T
L
 
F
G
 
G
V
 
I
P
 
V
P
 
P
R
 
T
R
 
R
A
 
P
E
 
E
T
 
T
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
R
 
E
T
 
I
G
 
G
A
 
E
A
 
E
L
 
L
G
 
E
K
 
E
R
 
G
G
 
V
A
 
H
R
 
K
V
 
V
I
 
A
E
 
Q
R
 
-
F
 
F
V
 
R
E
 
E
K
 
K
P
 
P
D
 
D
P
 
L
E
 
E
L
 
T
A
 
A
E
 
K
R
 
K
Y
 
F
A
 
V
A
 
E
L
 
S
G
 
G
N
 
R
Y
 
F
W
 
L
W
 
W
N
 
N
S
 
S
G
 
G
L
 
M
F
 
F
V
 
L
V
 
W
R
 
K
A
 
A
S
 
R
V
 
E
W
 
F
L
 
I
A
 
E
A
 
E
I
 
V
A
 
K
L
 
V
C
 
C
H
 
E
P
 
P
A
 
S
I
 
I
A
 
Y
E
 
E
A
 
N
C
 
L
A
 
K
A
 
D
A
 
V
F
 
D
E
 
P
R
 
R
A
 
-
T
 
-
V
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
G
 
-
T
 
N
L
 
F
H
 
E
V
 
E
A
 
L
R
 
K
D
 
K
Q
 
A
L
 
Y
A
 
E
L
 
K
C
 
V
P
 
P
S
 
S
R
 
I
S
 
S
I
 
V
D
 
D
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
M
 
M
E
 
E
R
 
K

2x5zA Crystal structure of t. Maritima gdp-mannose pyrophosphorylase in complex with gdp-mannose. (see paper)
30% identity, 69% coverage: 26:303/405 of query aligns to 2:245/333 of 2x5zA

query
sites
2x5zA
V
 
M
Q
 
K
P
 
A
V
 
L
I
 
I
F
x
L
A
 
A
D
x
G
G
|
G
L
 
S
G
 
G
A
 
E
R
 
R
S
 
F
W
 
W
P
 
P
L
 
L
S
 
S
R
 
T
E
 
P
R
 
E
N
 
T
P
 
P
K
 
K
R
 
Q
S
 
F
V
 
L
D
 
K
R
 
L
M
 
F
G
 
G
D
 
N
A
 
K
S
 
S
L
 
L
L
 
M
E
 
R
S
 
W
T
 
T
L
 
F
R
 
E
T
 
R
T
 
V
L
 
L
S
 
E
R
 
E
L
 
M
D
 
D
A
 
-
S
 
-
F
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
H
 
-
V
 
-
T
 
-
P
 
-
A
 
-
S
 
-
S
 
-
P
 
P
R
 
K
S
 
D
I
 
V
A
 
-
A
 
-
P
 
-
L
 
I
M
 
V
V
|
V
C
 
T
C
 
H
E
 
K
D
 
D
L
 
Y
H
 
V
R
 
E
Q
 
R
S
 
T
R
 
K
E
 
K
P
 
E
L
 
L
E
 
P
R
 
E
L
 
L
A
 
P
R
 
D
S
 
E
G
 
N
R
 
-
S
 
-
V
 
-
R
 
-
M
 
I
V
 
I
L
 
A
Q
x
E
P
 
P
I
 
M
A
x
K
R
 
K
D
x
N
T
 
T
A
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
C
T
 
F
I
 
I
A
 
G
A
 
T
L
 
K
A
 
L
A
 
A
R
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
E
 
D
G
 
D
D
 
D
D
 
E
P
 
P
L
 
V
I
 
L
V
 
V
A
 
-
L
 
L
P
|
P
A
 
A
D
|
D
H
|
H
P
 
R
I
 
I
A
 
P
D
 
D
H
 
T
V
 
K
A
 
K
F
 
F
G
 
W
V
 
K
A
 
T
L
 
V
A
 
K
E
 
K
A
 
A
L
 
L
E
 
D
H
 
A
-
 
L
A
 
E
T
 
K
H
 
Y
G
 
D
A
 
G
L
 
L
V
 
F
A
 
T
L
 
F
G
 
G
V
 
I
P
 
V
P
 
P
R
 
T
R
 
R
A
 
P
E
 
E
T
 
T
G
 
G
F
x
Y
G
|
G
Y
 
Y
I
 
I
R
 
E
T
 
I
G
 
G
A
 
E
A
 
E
L
 
L
G
 
E
K
 
E
R
 
G
G
 
V
A
 
H
R
 
K
V
 
V
I
 
A
E
 
Q
R
 
-
F
 
F
V
 
R
E
|
E
K
|
K
P
 
P
D
 
D
P
 
L
E
 
E
L
 
T
A
 
A
E
 
K
R
 
K
Y
 
F
A
 
V
A
 
E
L
 
S
G
 
G
N
 
R
Y
 
F
W
 
L
W
 
W
N
|
N
S
|
S
G
 
G
L
 
M
F
 
F
V
 
L
V
 
W
R
 
K
A
 
A
S
 
R
V
 
E
W
 
F
L
 
I
A
 
E
A
 
E
I
 
V
A
 
K
L
 
V
C
 
C
H
 
E
P
 
P
A
 
S
I
 
I
A
 
Y
E
 
E
A
 
N
C
 
L
A
 
K
A
 
D
A
 
V
F
 
D
E
 
P
R
 
R
A
 
-
T
 
-
V
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
G
 
-
T
 
N
L
 
F
H
 
E
V
 
E
A
 
L
R
 
K
D
 
K
Q
 
A
L
 
Y
A
 
E
L
 
K
C
 
V
P
 
P
S
 
S
R
 
I
S
 
S
I
 
V
D
|
D
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
M
 
M
E
 
E
R
 
K

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>BPHYT_RS08530 FitnessBrowser__BFirm:BPHYT_RS08530
MNRIVEPGNPLASTRDVSETATRLSVQPVIFADGLGARSWPLSRERNPKRSVDRMGDASL
LESTLRTTLSRLDASFVAAHHVTPASSPRSIAAPLMVCCEDLHRQSREPLERLARSGRSV
RMVLQPIARDTAPALTIAALAARAAAVEGDDPLIVALPADHPIADHVAFGVALAEALEHA
THGALVALGVPPRRAETGFGYIRTGAALGKRGARVIERFVEKPDPELAERYAALGNYWWN
SGLFVVRASVWLAAIALCHPAIAEACAAAFERATVDGDGTLHVARDQLALCPSRSIDYAV
MERVGSDARVAGVTVPFVAGRAQACAWDSVIRVARGEECFMLAEENPSTYAPPGVTHRLA
NTGRTPREMIEVQSGGHLGEDDIVRFEDPFGRNLESAHARKRTSG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory