SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing BPHYT_RS11800 BPHYT_RS11800 acetate permease to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

P07117 Sodium/proline symporter; Proline carrier; Proline permease; Propionate transporter from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
24% identity, 91% coverage: 23:501/528 of query aligns to 18:470/502 of P07117

query
sites
P07117
L
 
M
V
 
I
L
 
L
T
 
I
G
 
G
W
 
F
S
 
I
A
 
A
R
 
W
R
 
R
S
 
S
-
 
T
R
 
K
G
 
N
T
 
F
S
 
D
G
 
D
F
 
Y
F
 
I
V
 
L
A
 
G
G
 
G
R
 
R
N
 
S
L
 
L
S
 
G
P
 
P
F
 
F
Q
 
V
N
 
T
G
 
A
L
 
L
A
 
S
L
 
A
A
 
G
G
 
A
D
 
S
F
 
D
M
 
M
S
 
S
A
 
G
G
 
W
S
 
L
F
 
L
L
 
M
G
 
G
V
 
L
T
 
P
G
 
G
L
 
A
V
 
V
S
 
F
L
 
L
F
 
S
G
 
G
F
 
I
D
 
S
G
 
E
I
 
S
V
 
W
Y
 
I
Q
 
A
V
 
I
G
 
G
F
 
L
I
 
T
A
 
L
G
 
G
-
 
A
W
 
W
I
 
I
M
 
N
I
 
W
M
 
K
L
 
L
I
 
V
V
 
A
A
 
G
-
 
R
-
 
L
-
 
R
-
 
V
E
 
H
P
 
T
V
 
E
R
 
Y
N
 
N
C
 
N
G
 
N
K
 
A
Y
 
L
T
 
T
L
 
L
S
 
P
D
 
D
V
 
Y
V
 
F
A
 
T
L
 
G
R
 
R
L
 
F
-
 
E
-
 
D
R
 
K
S
 
S
R
 
R
G
 
I
V
 
L
R
 
R
A
 
I
A
 
I
T
 
S
S
 
A
V
 
L
S
 
V
S
 
I
L
 
L
I
 
L
T
 
F
S
 
F
L
 
T
A
 
I
Y
 
Y
L
 
C
L
 
A
A
 
S
Q
 
G
L
 
I
V
 
V
G
 
A
G
 
G
G
 
A
A
 
R
L
 
L
A
 
F
S
 
E
L
 
S
L
 
T
L
 
F
P
 
G
I
 
M
G
 
S
T
 
Y
N
 
E
A
 
T
A
 
A
I
 
L
V
 
W
L
 
A
I
 
G
G
 
A
I
 
A
L
 
A
M
 
T
I
 
I
A
 
L
Y
 
Y
V
 
T
L
 
F
F
 
I
G
 
G
G
 
G
M
 
F
V
 
L
A
 
A
A
 
V
T
 
S
Y
 
W
V
 
T
Q
 
D
I
 
T
V
 
V
K
 
Q
A
 
A
V
 
S
L
 
L
V
 
M
W
 
I
T
 
F
A
 
A
-
 
L
-
 
I
-
 
L
G
 
T
A
 
P
V
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
I
L
 
I
A
 
S
L
 
V
A
 
G
H
 
G
F
 
F
S
 
G
F
 
-
D
 
D
V
 
S
G
 
L
A
 
E
L
 
V
F
 
I
N
 
K
K
 
Q
A
 
K
R
 
S
L
 
I
S
 
E
S
 
N
L
 
V
H
 
-
P
 
-
A
 
-
Q
 
-
Y
 
-
F
 
-
V
 
-
P
 
-
G
 
-
G
 
-
Y
 
-
F
 
-
K
 
-
D
 
D
P
 
M
L
 
L
D
 
K
T
 
G
L
 
L
S
 
N
L
 
F
T
 
V
-
 
A
-
 
I
-
 
I
-
 
S
-
 
L
L
 
M
A
 
G
L
 
W
A
 
G
L
 
L
G
 
G
T
 
Y
A
 
F
G
 
G
L
 
Q
P
 
P
H
 
H
V
 
I
M
 
L
T
 
A
R
|
R
F
 
F
Y
 
M
T
 
A
V
 
A
P
 
D
S
 
S
A
 
H
V
 
H
A
 
S
A
 
I
R
 
V
K
 
H
S
 
A
A
 
R
K
 
R
I
 
I
G
 
S
L
 
M
I
 
T
V
 
W
M
 
M
T
 
I
S
 
L
F
x
C
A
 
L
V
 
A
M
 
G
M
 
A
I
 
V
L
 
A
L
 
V
G
 
G
F
 
F
S
 
F
A
 
G
T
 
I
A
 
A
I
 
Y
V
 
F
G
 
N
-
 
D
-
 
H
P
 
P
A
 
A
A
 
L
I
 
A
L
 
G
A
 
A
T
 
V
H
 
N
S
 
Q
S
 
N
G
 
A
N
 
E
S
 
R
A
 
V
I
 
F
T
 
I
L
 
E
L
 
L
A
 
A
T
 
Q
T
 
I
L
 
L
G
 
F
G
 
N
G
 
P
A
 
W
G
 
-
S
 
-
A
 
I
G
 
A
G
 
G
E
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
S
A
 
A
C
 
I
V
 
L
S
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
-
F
 
-
A
 
-
T
 
-
I
 
-
L
 
M
A
 
S
V
 
T
V
 
L
S
 
S
G
x
C
I
 
Q
M
 
L
I
 
L
S
 
V
S
x
C
A
 
S
S
 
S
T
 
A
I
 
I
S
 
T
H
 
E
D
 
D
I
 
L
F
 
Y
G
 
-
Q
 
K
L
 
A
F
 
F
S
 
L
A
 
R
S
 
K
R
 
H
D
 
A
K
 
S
E
 
Q
R
 
K
R
 
E
Q
 
L
V
 
V
V
 
W
I
 
V
A
 
G
K
x
R
I
 
V
A
 
M
T
 
V
I
 
L
V
 
V
F
 
V
G
 
A
I
 
L
A
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
A
L
 
L
A
 
A
L
 
A
L
 
N
V
 
P
K
 
E
T
 
N
F
 
-
N
 
R
V
 
V
A
 
L
F
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
S
L
 
Y
A
 
A
F
 
W
A
 
A
I
 
G
A
 
F
A
 
G
S
 
A
A
 
A
N
 
F
L
 
G
P
 
P
V
 
V
I
 
V
L
 
L
F
 
F
S
 
S
M
 
V
Y
 
M
W
 
W
R
 
S
R
 
R
F
 
M
T
 
T
D
 
R
R
 
N
G
 
G
A
 
A
V
 
L
A
 
A
A
 
G
V
 
M
L
 
I
A
 
I
G
 
G
T
 
A
L
 
L
S
 
T
S
 
V
I
 
I
G
 
V
L
 
W
V
 
K
L
 
Q
L
 
F
G
 
G
P
 
-
A
 
-
V
 
-
I
 
-
G
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
I
 
-
I
 
-
F
 
-
K
 
-
D
 
-
S
 
-
T
 
-
P
 
-
P
 
-
F
 
-
W
 
W
L
 
L
S
 
-
N
 
-
P
 
-
G
 
G
L
 
L
F
 
Y
S
 
E
I
 
I
P
 
I
V
 
P
G
 
G
F
 
F
I
 
I
A
 
F
G
 
G
W
 
S
I
 
I
G
 
G
S
 
I
V
 
V
T
 
V
T
 
F
S
 
S

Q9GZV3 High affinity choline transporter 1; hCHT1; Hemicholinium-3-sensitive choline transporter; CHT; Solute carrier family 5 member 7 from Homo sapiens (Human) (see 5 papers)
22% identity, 74% coverage: 12:404/528 of query aligns to 8:401/580 of Q9GZV3

query
sites
Q9GZV3
I
 
L
I
 
I
A
 
A
F
 
I
V
 
I
G
 
V
F
 
F
I
 
Y
G
 
L
L
 
L
S
 
I
L
 
L
V
 
L
L
 
V
T
 
G
G
 
I
W
 
W
S
 
A
A
 
A
R
 
W
R
 
R
S
 
T
R
 
K
G
 
N
T
 
S
-
 
G
-
 
S
-
 
A
-
 
E
-
 
E
-
 
R
-
 
S
S
 
E
G
 
A
F
 
I
F
 
I
V
 
V
A
 
G
G
 
G
R
 
R
N
x
D
L
 
I
S
 
G
P
 
L
F
 
L
Q
 
V
N
 
G
G
 
G
L
 
F
A
 
T
L
 
M
A
 
T
G
 
A
D
 
T
F
 
W
M
 
V
S
 
G
A
x
G
G
 
G
S
 
Y
F
 
I
L
 
N
G
 
G
V
 
T
T
 
A
G
 
E
L
 
A
V
 
V
S
 
Y
L
 
V
F
 
P
G
 
G
F
 
Y
D
 
-
G
 
G
I
 
L
V
 
A
Y
 
W
-
 
A
-
 
Q
-
 
A
Q
 
P
V
x
I
G
 
G
F
 
Y
I
 
S
A
 
L
G
 
S
W
 
L
I
 
I
M
 
L
I
 
G
M
 
G
L
 
L
I
 
F
V
 
F
A
 
A
E
 
K
P
|
P
V
 
M
R
 
R
N
 
S
C
 
K
G
 
G
K
x
Y
Y
 
V
T
 
T
L
 
M
S
 
L
D
 
D
V
 
P
V
 
F
A
 
Q
L
 
-
R
 
Q
L
 
I
R
 
Y
S
 
G
R
 
K
G
 
R
V
 
M
R
 
G
A
 
G
A
 
L
T
 
L
S
 
F
V
 
I
S
 
P
S
 
A
L
 
L
I
 
M
T
 
G
S
 
E
L
 
M
A
 
F
Y
 
W
L
 
A
L
 
A
A
 
A
Q
 
I
L
 
F
V
 
S
G
 
A
G
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
T
A
 
I
S
 
S
L
 
V
L
 
I
L
 
I
P
 
D
I
 
V
G
 
D
T
 
M
N
 
H
A
 
I
A
 
S
I
 
V
V
 
I
L
 
I
I
 
S
G
 
A
I
 
L
L
 
I
M
 
A
I
 
T
A
 
L
Y
|
Y
V
 
T
L
 
L
F
 
V
G
 
G
G
 
G
M
 
L
V
 
Y
A
 
S
A
 
V
T
 
A
Y
 
Y
V
 
T
Q
 
D
I
 
V
V
 
V
K
 
Q
A
 
L
V
 
F
L
 
C
V
 
I
W
 
F
T
 
V
A
 
G
G
 
L
A
 
W
V
 
I
L
 
S
V
 
V
L
 
P
L
 
F
A
 
A
L
 
L
A
 
S
H
 
H
F
 
P
S
 
A
F
 
V
-
 
A
D
 
D
V
 
I
G
 
G
-
 
F
-
 
T
-
 
A
-
 
V
-
 
H
A
 
A
L
 
K
F
 
Y
N
 
Q
K
 
K
A
 
P
R
 
W
L
 
L
S
 
G
S
 
T
L
 
V
H
 
D
P
 
S
A
 
S
Q
 
E
Y
 
V
F
 
Y
V
 
-
P
 
-
G
 
-
G
 
-
Y
 
-
F
 
-
K
 
-
D
 
S
P
 
W
L
 
L
D
 
D
T
 
S
L
 
F
S
 
-
L
 
-
T
 
-
L
 
L
A
 
L
L
 
L
A
 
M
L
 
L
G
 
G
T
 
G
A
 
I
G
 
P
L
 
W
P
 
Q
H
 
A
V
 
Y
M
 
F
T
 
Q
R
 
R
F
 
V
Y
 
L
T
 
S
V
 
S
P
 
S
S
 
S
A
 
A
V
 
T
A
 
Y
A
 
A
R
 
Q
K
 
V
-
 
L
-
 
S
-
 
F
S
 
L
A
 
A
K
 
A
I
 
F
G
 
G
L
 
C
I
 
L
V
 
V
M
 
M
T
 
A
S
 
I
F
 
P
A
 
A
V
 
I
M
 
L
M
x
I
I
 
G
L
 
A
L
 
I
G
 
G
F
 
-
S
 
A
A
 
S
T
 
T
A
 
D
I
 
W
V
 
N
G
 
Q
P
 
T
A
 
A
A
 
Y
I
 
G
L
 
L
A
 
P
T
 
D
H
 
P
S
 
K
S
 
T
G
 
T
N
 
E
S
 
E
A
 
A
I
 
D
T
 
M
L
 
I
L
 
L
A
 
P
T
 
I
T
 
V
L
 
L
G
 
Q
G
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
E
 
-
L
 
-
L
 
-
L
 
Y
A
 
L
C
 
C
V
 
P
S
 
V
A
 
Y
I
 
I
A
 
S
F
 
F
A
 
F
T
 
G
I
 
L
L
 
G
A
 
A
V
 
V
V
 
S
S
 
A
G
 
A
I
x
V
M
 
M
I
 
S
S
 
S
S
 
A
A
 
D
S
 
S
T
 
S
I
 
I
-
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
S
-
 
S
-
 
M
-
 
F
S
 
A
H
x
R
D
 
N
I
 
I
F
 
Y
G
 
-
Q
 
Q
L
 
L
F
 
S
S
 
F
A
 
R
S
 
Q
R
 
N
D
 
A
K
 
S
E
 
D
R
 
K
R
 
E
Q
 
I
V
 
V
V
 
W
I
 
V
A
 
M
K
 
R
I
 
I
A
 
T
T
 
V
I
 
F
V
 
V
F
 
F
G
 
G
I
 
A
A
 
S
A
 
A
M
 
T
G
 
A
L
 
M
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
T
K
 
K
T
 
T

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>BPHYT_RS11800 BPHYT_RS11800 acetate permease
MNNLISHGGLRIIAFVGFIGLSLVLTGWSARRSRGTSGFFVAGRNLSPFQNGLALAGDFM
SAGSFLGVTGLVSLFGFDGIVYQVGFIAGWIMIMLIVAEPVRNCGKYTLSDVVALRLRSR
GVRAATSVSSLITSLAYLLAQLVGGGALASLLLPIGTNAAIVLIGILMIAYVLFGGMVAA
TYVQIVKAVLVWTAGAVLVLLALAHFSFDVGALFNKARLSSLHPAQYFVPGGYFKDPLDT
LSLTLALALGTAGLPHVMTRFYTVPSAVAARKSAKIGLIVMTSFAVMMILLGFSATAIVG
PAAILATHSSGNSAITLLATTLGGGAGSAGGELLLACVSAIAFATILAVVSGIMISSAST
ISHDIFGQLFSASRDKERRQVVIAKIATIVFGIAAMGLALLVKTFNVAFLVGLAFAIAAS
ANLPVILFSMYWRRFTDRGAVAAVLAGTLSSIGLVLLGPAVIGAKGIIFKDSTPPFWLSN
PGLFSIPVGFIAGWIGSVTTSQNAADTSFDAQQLRMLSGLGAEAASEH

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory