SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing BPHYT_RS19370 FitnessBrowser__BFirm:BPHYT_RS19370 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5t0wA Crystal structure of the ancestral amino acid-binding protein anccdt- 1, a precursor of cyclohexadienyl dehydratase
36% identity, 88% coverage: 34:265/265 of query aligns to 1:229/229 of 5t0wA

query
sites
5t0wA
S
 
S
R
 
T
L
 
L
D
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
M
A
 
K
R
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
R
 
R
A
 
V
C
 
G
T
 
T
T
x
D
G
 
A
D
 
D
Y
|
Y
K
 
K
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
F
 
F
Y
 
K
K
 
D
A
 
K
D
 
N
G
 
G
Q
 
Q
F
 
Y
E
 
T
G
 
G
I
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
L
T
 
A
E
 
K
S
 
A
L
 
L
A
 
A
K
 
K
S
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
T
 
V
E
 
E
Y
 
F
I
 
V
K
 
P
T
 
T
S
 
T
W
|
W
S
 
D
N
 
G
L
 
I
M
 
I
N
 
P
D
 
A
F
 
L
-
 
Q
V
 
T
A
 
G
K
 
K
C
 
F
D
 
D
V
 
I
G
 
V
V
 
M
G
x
S
G
|
G
V
x
M
S
x
T
P
 
I
T
 
T
L
 
P
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
K
 
K
R
 
K
A
 
V
F
 
D
F
 
F
T
 
S
Q
 
D
A
 
P
Y
 
Y
M
 
M
V
 
T
D
 
A
G
 
G
K
 
Q
T
 
T
P
 
I
I
 
L
V
 
V
R
 
K
C
 
K
D
 
D
D
 
N
V
 
A
N
 
D
K
 
K
Y
 
I
Q
 
K
T
 
S
V
 
F
A
 
E
Q
 
D
I
 
L
D
 
N
Q
 
K
P
 
P
A
 
D
T
 
V
R
 
K
V
 
V
I
 
A
V
 
V
N
x
Q
P
 
L
G
 
G
G
x
T
T
|
T
N
 
S
E
 
E
R
 
Q
F
 
A
A
 
A
K
 
K
Q
 
E
Y
 
F
F
 
L
P
 
P
H
 
K
A
 
A
N
 
K
L
 
I
T
 
R
V
 
T
Y
 
F
P
 
E
D
 
N
N
 
N
V
 
A
T
 
E
I
 
A
F
 
F
K
 
Q
Q
 
E
I
 
V
L
 
V
A
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
A
D
 
D
V
 
A
M
 
M
V
 
V
T
 
T
D
|
D
A
 
S
S
 
P
E
 
V
T
 
A
L
 
A
L
 
Y
Q
 
Y
Q
 
A
K
 
K
L
 
-
N
 
-
P
 
-
G
 
-
L
 
L
C
 
A
S
 
V
V
 
V
H
 
V
P
 
V
D
 
D
K
 
E
P
 
P
F
 
F
Q
 
T
Y
 
H
G
 
E
E
 
P
K
 
L
A
 
G
W
 
F
L
 
A
L
 
I
P
 
R
R
 
K
G
 
G
D
 
D
V
 
P
A
 
E
F
 
L
Q
 
L
Q
 
N
Y
 
W
V
 
V
D
 
N
Q
 
N
W
 
W
L
 
L
H
 
K
L
 
Q
A
 
M
R
 
K
A
 
K
T
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
K
I
 
L
S
 
Y
D
 
E
K
 
K
W
 
W
L
 
F
K
 
K

5kkwA Crystal structure of sar11_1068 bound to a sulfobetaine (3-(1- methylpiperidinium-1-yl)propane-1-sulfonate)
30% identity, 87% coverage: 34:263/265 of query aligns to 2:231/237 of 5kkwA

query
sites
5kkwA
S
 
S
R
 
K
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
I
 
I
L
 
L
A
 
S
R
 
S
G
 
G
T
 
E
L
 
L
R
 
K
A
 
V
C
 
G
T
 
T
T
 
T
G
 
G
D
 
D
Y
x
W
K
 
D
P
 
P
Y
 
M
S
 
A
F
 
M
Y
 
K
K
 
D
-
 
P
A
 
A
D
 
T
G
 
N
Q
 
K
F
 
Y
E
 
K
G
 
G
I
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
V
T
 
M
E
 
Q
S
 
E
L
 
L
A
 
A
K
 
K
S
 
D
L
 
M
G
 
G
V
 
V
K
 
K
T
 
I
E
 
T
Y
 
F
I
 
V
K
 
P
T
 
T
S
 
E
W
|
W
S
 
K
N
 
T
L
 
I
M
 
V
N
 
S
D
 
G
F
 
I
V
 
T
A
 
A
-
 
G
K
 
R
C
 
Y
D
 
D
V
 
I
G
 
S
V
 
T
G
 
S
G
 
-
V
|
V
S
x
T
P
 
K
T
 
T
L
 
P
E
 
K
R
|
R
Q
 
A
K
 
E
R
 
V
A
 
A
F
 
G
F
 
F
T
 
T
Q
 
D
A
 
S
Y
 
Y
M
 
Y
V
 
K
D
 
Y
G
 
G
K
 
T
T
 
V
P
 
P
I
 
L
V
 
V
R
 
L
C
 
K
D
 
K
D
 
N
V
 
L
N
 
K
K
 
K
Y
 
Y
Q
 
S
T
 
T
V
 
W
A
 
K
Q
 
S
I
 
L
D
 
N
Q
 
N
P
 
K
A
 
D
T
 
V
R
 
T
V
 
I
I
 
A
V
 
T
N
 
T
P
 
L
G
 
G
G
 
T
T
 
S
N
 
Q
E
 
E
R
 
E
F
 
K
A
 
A
K
 
K
Q
 
E
Y
 
F
F
 
F
P
 
P
H
 
L
A
 
S
N
 
K
L
 
L
T
 
Q
V
 
S
Y
 
V
P
 
E
D
 
S
N
 
P
V
 
A
T
 
R
I
 
D
F
 
F
K
 
Q
Q
 
E
I
 
V
L
 
L
A
 
A
G
 
G
K
 
R
A
 
A
D
 
D
V
 
G
M
 
N
V
 
I
T
 
T
D
 
S
A
 
S
S
 
T
E
 
E
T
 
A
L
 
N
L
 
K
Q
 
L
Q
 
V
K
 
V
L
 
K
N
 
Y
P
 
P
G
 
Q
L
 
L
C
 
A
S
 
I
V
 
V
H
 
-
P
 
P
D
 
D
K
 
-
P
 
-
F
 
-
Q
 
-
Y
 
-
G
 
G
E
 
E
K
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
A
-
 
F
-
 
L
A
 
A
W
 
M
L
 
M
L
 
V
P
 
S
R
 
K
G
 
N
D
 
D
V
 
Q
A
 
V
F
 
W
Q
 
N
Q
 
D
Y
 
Y
V
 
V
D
 
N
Q
 
E
W
 
W
L
 
I
H
 
K
L
 
S
A
 
K
R
 
K
A
 
S
T
 
S
G
 
G
E
 
F
Y
 
F
Q
 
N
A
 
K
I
 
L
S
 
L
D
 
A
K
 
K
W
 
Y

3k4uE Crystal structure of putative binding component of abc transporter from wolinella succinogenes dsm 1740 complexed with lysine
27% identity, 84% coverage: 42:264/265 of query aligns to 3:226/234 of 3k4uE

query
sites
3k4uE
R
 
R
G
 
G
T
 
E
L
 
L
R
 
R
A
 
V
C
 
G
T
 
L
T
x
E
G
 
P
D
 
G
Y
|
Y
K
 
L
P
 
P
Y
 
F
S
 
E
F
 
M
Y
 
K
K
 
D
A
 
K
D
 
K
G
 
G
Q
 
N
F
 
V
E
 
I
G
 
G
I
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
L
T
 
A
E
 
R
S
 
E
L
 
M
A
 
A
K
 
K
S
 
A
L
 
M
G
 
G
V
 
V
K
 
K
T
 
L
E
 
K
Y
 
L
I
 
V
K
 
P
T
 
T
S
 
S
W
|
W
S
 
D
N
 
G
L
 
L
M
 
I
N
 
P
D
 
G
F
 
L
V
 
V
A
 
T
-
 
E
K
 
K
C
 
F
D
 
D
V
 
I
G
 
I
V
 
I
G
 
S
G
|
G
V
 
M
S
x
T
P
 
I
T
 
S
L
 
Q
E
 
E
R
|
R
Q
 
N
K
 
L
R
 
R
A
 
V
F
 
N
F
 
F
T
 
V
Q
 
E
A
 
P
Y
 
Y
M
 
I
V
 
V
D
 
V
G
 
G
K
 
Q
T
 
S
P
 
L
I
 
L
V
 
V
R
 
K
C
 
K
D
 
G
D
 
L
V
 
E
N
 
K
K
 
G
Y
 
V
Q
 
K
T
 
S
V
 
Y
A
 
K
Q
 
D
I
 
L
D
 
D
Q
 
K
P
 
P
A
 
E
T
 
L
R
 
T
V
 
L
I
 
V
V
 
T
N
x
K
P
 
F
G
 
G
G
x
V
T
x
S
N
 
A
E
 
E
R
 
Y
F
 
A
A
 
A
K
 
K
Q
 
R
Y
 
L
F
 
F
P
 
K
H
 
N
A
 
A
N
 
K
L
 
L
T
 
K
V
 
T
Y
 
Y
P
 
D
D
 
T
N
x
E
V
 
A
T
 
E
I
 
A
F
 
V
K
 
Q
Q
 
E
I
 
V
L
 
L
A
 
N
G
 
G
K
 
K
A
 
A
D
 
D
V
 
M
M
 
F
V
 
I
T
 
F
D
|
D
A
 
L
-
 
P
-
 
F
S
 
N
E
 
V
T
 
A
L
 
F
L
 
M
Q
 
A
Q
 
Q
K
 
K
L
 
G
N
 
Q
P
 
G
G
 
Y
L
 
L
C
 
-
S
 
-
V
 
V
H
 
H
P
 
L
D
 
D
K
 
T
P
 
S
F
 
L
Q
 
T
Y
 
Y
G
 
E
E
 
P
K
 
L
A
 
G
W
 
W
L
 
A
L
 
I
P
 
K
R
 
K
G
 
G
D
 
D
V
 
P
A
 
D
F
 
F
Q
 
L
Q
 
N
Y
 
W
V
 
L
D
 
N
Q
 
H
W
 
F
L
 
L
H
 
A
L
 
Q
A
 
I
R
 
K
A
 
H
T
 
D
G
 
G
E
 
S
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
E
I
 
L
S
 
Y
D
 
E
K
 
R
W
 
W
L
 
F

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
27% identity, 84% coverage: 42:264/265 of query aligns to 3:225/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
R
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
R
 
R
A
 
V
C
 
G
T
 
T
T
x
E
G
 
A
D
 
T
Y
x
F
K
 
P
P
 
P
Y
 
F
S
 
G
F
 
F
Y
 
K
K
 
D
A
 
E
D
 
N
G
 
G
Q
 
K
F
 
L
E
 
V
G
 
G
I
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
L
T
 
A
E
 
K
S
 
A
L
 
I
A
 
A
K
 
K
S
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
T
 
V
E
 
E
Y
 
F
I
 
K
K
 
P
T
 
M
S
 
D
W
x
F
S
 
D
N
 
G
L
 
I
M
 
I
N
 
P
D
 
A
F
 
L
-
 
Q
V
 
S
A
 
G
K
 
K
C
 
I
D
 
D
V
 
V
G
 
V
V
 
I
G
x
A
G
|
G
V
x
M
S
x
T
P
 
I
T
 
T
L
 
E
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
K
 
K
R
 
Q
A
 
V
F
 
D
F
 
F
T
 
S
Q
 
D
A
 
P
Y
 
Y
M
 
F
V
 
E
D
 
A
G
 
G
K
 
Q
T
 
A
P
 
I
I
 
V
V
 
V
R
 
K
-
 
K
-
 
G
C
 
N
D
 
D
D
 
S
V
 
I
N
 
K
K
 
S
Y
 
L
Q
 
E
T
 
-
V
 
-
A
 
-
Q
 
-
I
 
-
D
 
D
Q
 
L
P
 
K
A
 
G
T
 
K
R
 
K
V
 
V
I
 
G
V
 
V
N
x
Q
P
 
L
G
 
G
G
x
S
T
|
T
N
 
S
E
 
E
R
 
Q
F
 
H
A
 
V
K
 
K
Q
 
K
Y
 
V
F
 
A
P
 
K
H
 
D
A
 
A
N
 
G
L
 
V
T
 
K
V
 
V
Y
 
K
P
 
K
-
 
F
D
 
D
N
 
N
V
 
F
T
 
S
-
 
E
I
 
A
F
 
F
K
 
Q
Q
 
E
I
 
L
L
 
K
A
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
V
D
 
D
V
 
A
M
 
V
V
 
V
T
 
T
D
|
D
A
 
N
S
 
A
E
 
V
T
 
A
L
 
L
L
 
A
Q
 
Y
Q
 
V
K
 
K
L
 
Q
N
 
N
P
 
P
G
 
N
L
 
A
C
 
G
S
 
V
V
 
K
H
 
I
P
 
V
D
 
G
K
 
E
P
 
T
F
 
F
Q
 
S
Y
 
G
G
 
E
E
 
P
K
 
Y
A
 
G
W
 
I
L
 
A
L
 
V
P
 
R
R
 
K
G
 
G
D
 
N
V
 
S
A
 
E
F
 
L
Q
 
L
Q
 
E
Y
 
K
V
 
I
D
 
N
Q
 
K
W
 
A
L
 
L
H
 
E
L
 
E
A
 
M
R
 
K
A
 
K
T
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
K
I
 
I
S
 
Y
D
 
E
K
 
K
W
 
W
L
 
F

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
26% identity, 84% coverage: 42:264/265 of query aligns to 3:223/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
R
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
R
 
R
A
 
V
C
 
G
T
 
T
T
x
E
G
 
A
D
 
T
Y
x
F
K
 
P
P
 
P
Y
 
F
S
 
G
F
 
F
Y
 
K
K
 
D
A
 
E
D
 
N
G
 
G
Q
 
K
F
 
L
E
 
V
G
 
G
I
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
L
T
 
A
E
 
K
S
 
A
L
 
I
A
 
A
K
 
K
S
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
T
 
V
E
 
E
Y
 
F
I
 
K
K
 
P
T
 
M
S
 
D
W
x
F
S
 
D
N
 
G
L
 
I
M
 
I
N
 
P
D
 
A
F
 
L
-
 
Q
V
 
S
A
 
G
K
 
K
C
 
I
D
 
D
V
 
V
G
 
V
V
 
I
G
 
A
G
|
G
V
x
M
S
x
T
P
 
I
T
 
T
L
 
E
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
K
 
K
R
 
Q
A
 
V
F
 
D
F
 
F
T
 
S
Q
 
D
A
 
P
Y
 
Y
M
 
F
V
 
E
D
 
A
G
 
G
K
 
Q
T
 
A
P
 
I
I
 
V
V
 
V
R
 
K
-
 
K
-
 
G
C
 
N
D
 
D
D
 
S
V
 
I
N
 
K
K
 
S
Y
 
L
Q
 
E
T
 
-
V
 
-
A
 
-
Q
 
-
I
 
-
D
 
D
Q
 
L
P
 
K
A
 
G
T
 
K
R
 
K
V
 
V
I
 
G
V
 
V
N
 
Q
P
 
L
G
 
G
G
x
S
T
|
T
N
 
S
E
 
E
R
 
Q
F
 
H
A
 
V
K
 
K
Q
 
K
Y
 
V
F
 
A
P
 
A
H
 
G
A
 
V
N
 
K
L
 
V
T
 
K
V
 
K
Y
 
F
P
 
D
D
 
N
N
 
F
V
 
S
T
 
E
I
 
A
F
 
F
K
 
Q
Q
 
E
I
 
L
L
 
K
A
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
V
D
 
D
V
 
A
M
 
V
V
 
V
T
 
T
D
|
D
A
 
N
S
 
A
E
 
V
T
 
A
L
 
L
L
 
A
Q
 
Y
Q
 
V
K
 
K
L
 
Q
N
 
N
P
 
P
G
 
N
L
 
A
C
 
G
S
 
V
V
 
K
H
 
I
P
 
V
D
 
G
K
 
E
P
 
T
F
 
F
Q
 
S
Y
 
G
G
 
E
E
 
P
K
 
Y
A
 
G
W
 
I
L
 
A
L
 
V
P
 
R
R
 
K
G
 
G
D
 
N
V
 
S
A
 
E
F
 
L
Q
 
L
Q
 
E
Y
 
K
V
 
I
D
 
N
Q
 
K
W
 
A
L
 
L
H
 
E
L
 
E
A
 
M
R
 
K
A
 
K
T
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
K
I
 
I
S
 
Y
D
 
E
K
 
K
W
 
W
L
 
F

4h5fA Crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l- arginine, form 1
28% identity, 86% coverage: 34:262/265 of query aligns to 2:233/240 of 4h5fA

query
sites
4h5fA
S
 
S
R
 
A
L
 
V
D
 
E
E
 
A
I
 
I
L
 
K
A
 
Q
R
 
K
G
 
G
T
 
K
L
 
L
R
 
V
A
 
V
C
 
A
T
 
T
T
x
S
G
 
P
D
|
D
Y
|
Y
K
 
A
P
 
P
Y
 
F
S
 
E
F
 
F
Y
 
Q
K
 
S
-
 
L
A
 
V
D
 
D
G
 
G
-
 
K
-
 
N
Q
 
Q
F
 
V
E
 
V
G
 
G
I
 
A
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
M
T
 
A
E
 
Q
S
 
A
L
 
I
A
 
A
K
 
D
S
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
T
 
L
E
 
E
Y
 
I
I
 
L
K
 
S
T
 
M
S
 
S
W
x
F
S
 
D
N
 
N
L
 
V
M
 
L
N
 
T
D
 
S
F
 
L
-
 
Q
V
 
T
A
 
G
K
 
K
C
 
A
D
 
D
V
 
L
G
 
A
V
 
V
G
x
A
G
|
G
V
x
I
S
|
S
P
 
A
T
 
T
L
 
D
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
K
 
E
R
 
V
A
 
F
F
 
D
F
 
F
T
 
S
Q
 
I
A
 
P
Y
 
Y
M
 
Y
V
 
E
D
 
N
G
 
K
K
 
I
T
 
S
P
 
F
I
 
L
V
 
V
R
 
H
C
 
K
D
 
A
D
 
D
V
 
V
N
 
E
K
 
K
Y
 
Y
Q
 
K
T
 
D
V
 
L
A
 
T
Q
 
S
I
 
L
D
 
E
Q
 
-
P
 
-
A
 
S
T
 
A
R
 
N
V
 
I
I
 
A
V
 
A
N
x
Q
P
 
K
G
 
G
G
x
T
T
 
V
N
 
P
E
 
E
R
 
S
F
 
M
A
 
V
K
 
K
Q
 
E
Y
 
Q
F
 
L
P
 
P
H
 
K
A
 
A
N
 
Q
L
 
L
T
 
T
V
 
S
Y
 
L
P
 
T
D
 
N
N
 
M
V
 
G
T
 
E
I
 
A
F
 
V
K
 
N
Q
 
E
I
 
L
L
 
Q
A
 
A
G
 
G
K
 
K
A
 
I
D
 
D
V
 
A
M
 
V
V
 
H
T
 
M
D
|
D
A
 
E
S
 
P
E
 
V
T
 
A
L
 
L
L
 
S
Q
 
Y
Q
 
A
K
 
A
L
 
K
N
 
N
P
 
A
G
 
G
L
 
L
C
 
A
S
 
V
V
 
A
H
 
T
P
 
V
D
 
S
K
 
L
P
 
K
F
 
M
Q
 
K
Y
 
D
G
 
G
E
 
D
-
 
A
K
 
N
A
 
A
W
 
V
L
 
A
L
 
L
P
 
R
R
 
K
G
 
N
D
 
S
V
 
D
A
 
D
F
 
L
Q
 
K
Q
 
E
Y
 
V
V
 
V
D
 
D
Q
 
K
W
 
V
L
 
I
H
 
Q
L
 
K
A
 
L
R
 
K
A
 
D
T
 
E
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
Q
 
Q
A
 
S
I
 
Y
S
 
L
D
 
E
K
 
K

6svfA Crystal structure of the p235gk mutant of argbp from t. Maritima (see paper)
25% identity, 86% coverage: 36:264/265 of query aligns to 3:227/229 of 6svfA

query
sites
6svfA
L
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
K
A
 
S
R
 
R
G
 
G
T
 
Y
L
 
L
R
 
L
A
 
V
C
 
G
T
 
L
T
 
S
G
 
A
D
 
D
Y
x
F
K
 
P
P
 
P
Y
 
F
S
 
E
F
 
F
Y
 
V
K
 
D
A
 
E
D
 
N
G
 
G
Q
 
N
F
 
I
E
 
V
G
 
G
I
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
L
T
 
A
E
 
K
S
 
E
L
 
I
A
 
A
K
 
R
S
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
E
T
 
L
E
 
K
Y
 
I
I
 
V
K
 
D
T
 
M
S
 
T
W
x
F
S
 
D
N
 
G
L
 
L
M
 
I
N
 
P
D
 
S
F
 
L
V
 
L
A
 
T
-
 
K
K
 
K
C
 
I
D
 
D
V
 
V
G
 
I
V
 
I
G
x
S
G
|
G
V
x
M
S
x
T
P
 
I
T
 
T
L
 
E
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
K
 
K
R
 
V
A
 
V
F
 
A
F
 
F
T
 
S
Q
 
D
A
 
P
Y
 
Y
M
 
F
V
 
D
D
 
A
G
 
G
K
 
Q
T
 
V
P
 
I
I
 
V
V
 
V
R
 
R
C
 
K
D
 
D
D
 
-
V
 
-
N
 
S
K
 
D
Y
 
F
Q
 
R
T
 
P
V
 
K
A
 
T
Q
 
Y
I
 
E
D
 
D
Q
 
L
P
 
V
A
 
G
T
 
K
R
 
T
V
 
V
I
 
A
V
 
V
N
x
Q
P
 
I
G
 
G
G
x
T
T
|
T
N
 
G
E
 
D
R
 
I
F
 
E
A
 
V
K
 
S
Q
 
K
Y
 
Y
F
 
-
P
 
D
H
 
G
A
 
I
N
 
K
L
 
V
T
 
V
V
 
R
Y
 
F
P
 
D
D
 
K
N
 
F
V
 
T
T
 
D
I
 
A
F
 
F
K
 
L
Q
 
E
I
 
L
L
 
K
A
 
R
G
 
G
K
 
R
A
 
A
D
 
D
V
 
A
M
 
V
V
 
V
T
 
L
D
|
D
A
 
S
S
 
A
E
 
T
T
 
A
L
 
R
L
 
A
Q
 
F
Q
 
V
K
 
A
L
 
K
N
 
N
P
 
P
G
 
D
L
 
L
C
 
V
-
 
I
S
 
S
V
 
S
H
 
G
P
 
V
D
 
L
K
 
S
P
 
S
F
 
E
Q
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
E
 
-
K
 
-
A
 
-
W
 
I
L
 
A
L
 
V
P
 
R
R
 
K
G
 
E
D
 
D
V
 
T
A
 
D
F
 
L
Q
 
L
Q
 
E
Y
 
F
V
 
I
D
 
N
Q
 
S
W
 
V
L
 
L
H
 
R
L
 
E
A
 
L
R
 
K
A
 
K
T
 
S
G
 
G
E
 
K
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
V
I
 
L
S
 
I
D
 
E
K
 
K
W
 
W
L
 
F

4ymxA Crystal structure of the substrate binding protein of an amino acid abc transporter (see paper)
26% identity, 84% coverage: 43:265/265 of query aligns to 1:223/224 of 4ymxA

query
sites
4ymxA
G
 
G
T
 
V
L
 
I
R
 
V
A
 
M
C
 
G
T
 
T
T
x
S
G
 
A
D
|
D
Y
x
F
K
 
P
P
 
P
Y
 
F
S
 
E
F
 
F
Y
 
H
K
 
K
A
 
V
D
 
E
G
 
G
-
 
G
-
 
K
-
 
D
Q
 
E
F
 
I
E
 
V
G
 
G
I
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
I
T
 
A
E
 
N
S
 
A
L
 
I
A
 
A
K
 
K
S
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
T
 
L
E
 
E
Y
 
I
I
 
K
K
 
D
T
 
M
S
 
D
W
x
F
S
 
K
N
 
G
L
 
L
M
 
I
N
 
P
D
 
A
F
 
L
V
 
Q
A
 
A
-
 
G
K
 
R
C
 
V
D
 
D
V
 
M
G
 
V
V
 
I
G
x
A
G
|
G
V
x
M
S
x
T
P
 
P
T
 
T
L
 
A
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
K
 
K
R
 
S
A
 
V
F
 
D
F
 
F
T
 
S
Q
 
D
A
 
L
Y
 
Y
-
 
Y
-
 
D
-
 
S
-
 
R
-
 
Q
-
 
V
-
 
V
M
 
V
V
 
V
D
 
K
G
 
N
K
 
D
T
 
S
P
 
P
I
 
I
V
 
S
R
 
K
C
 
F
D
 
D
D
 
D
V
 
L
N
 
-
K
 
K
Y
 
V
Q
 
K
T
 
T
V
 
I
A
 
A
Q
 
-
I
 
-
D
 
-
Q
 
-
P
 
-
A
 
-
T
 
-
R
 
-
V
 
-
I
 
-
V
 
V
N
x
Q
P
 
I
G
 
G
G
x
T
T
|
T
N
 
S
E
 
E
R
 
E
F
 
A
A
 
A
K
 
K
Q
 
K
Y
 
-
F
 
I
P
 
P
H
 
N
A
 
V
N
 
K
L
 
L
T
 
K
V
 
Q
Y
 
L
P
 
N
D
 
R
N
 
V
V
 
S
T
 
D
I
 
E
F
 
F
K
 
M
Q
 
D
I
 
L
L
 
Q
A
 
N
G
 
G
K
 
R
A
 
C
D
 
D
V
 
A
M
 
I
V
 
V
T
 
V
D
x
E
-
 
D
-
 
T
A
 
V
S
 
A
E
 
K
T
 
A
L
 
Y
L
 
L
Q
 
K
Q
 
E
K
 
Y
L
 
K
N
 
D
P
 
M
G
 
K
L
 
I
C
 
L
S
 
Y
V
 
M
H
 
D
P
 
E
D
 
I
K
 
N
P
 
N
F
 
V
Q
 
E
Y
 
N
G
 
G
E
 
S
K
 
-
A
 
A
W
 
V
L
 
A
L
 
V
P
 
A
R
 
K
G
 
G
D
 
N
V
 
K
A
 
S
F
 
L
Q
 
L
Q
 
D
Y
 
V
V
 
V
D
 
N
Q
 
E
W
 
V
L
 
I
H
 
K
L
 
E
A
 
L
R
 
K
A
 
Q
T
 
S
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
K
I
 
L
S
 
V
D
 
D
K
 
K
W
 
W
L
 
F
K
 
K

4i62A 1.05 angstrom crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein abpa from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l-arginine
24% identity, 87% coverage: 36:265/265 of query aligns to 1:232/237 of 4i62A

query
sites
4i62A
L
 
I
D
 
E
E
 
A
I
 
I
L
 
K
A
 
S
R
 
K
G
 
G
T
 
K
L
 
L
R
 
V
A
 
V
C
 
A
T
 
L
T
x
N
G
 
P
D
 
D
Y
x
F
K
 
A
P
 
P
Y
 
F
S
 
E
F
 
Y
Y
 
Q
K
 
K
A
 
V
-
 
V
D
 
D
G
 
G
-
 
K
-
 
N
Q
 
Q
F
 
I
E
 
V
G
 
G
I
 
S
D
 
D
I
 
I
D
 
E
M
 
L
T
 
A
E
 
K
S
 
A
L
 
I
A
 
A
K
 
T
S
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
E
T
 
L
E
 
E
Y
 
L
I
 
S
K
 
P
T
 
M
S
 
S
W
x
F
S
 
D
N
 
N
L
 
V
M
 
L
N
 
A
D
 
S
F
 
V
V
 
Q
A
 
S
-
 
G
K
 
K
C
 
A
D
 
D
V
 
L
G
 
A
V
 
I
G
x
S
G
|
G
V
|
V
S
|
S
P
 
K
T
 
T
L
 
D
E
 
E
R
|
R
Q
 
S
K
 
K
R
 
V
A
 
F
F
 
D
F
 
F
T
 
S
Q
 
T
A
 
P
Y
 
Y
M
 
Y
V
 
T
D
 
A
G
 
K
K
 
N
T
 
K
P
 
L
I
 
I
V
 
V
R
 
K
C
 
K
D
 
S
D
 
D
V
 
L
N
 
A
K
 
T
Y
 
Y
Q
 
Q
T
 
S
V
 
V
A
 
N
Q
 
D
I
 
L
D
 
A
Q
 
Q
P
 
-
A
 
-
T
 
K
R
 
K
V
 
V
I
 
G
V
 
A
N
x
Q
P
 
K
G
 
G
G
x
S
T
x
I
N
x
Q
E
 
E
R
 
T
F
 
M
A
 
A
K
 
K
Q
 
D
Y
 
L
F
 
L
P
 
Q
H
 
N
A
 
S
N
 
S
L
 
L
T
 
V
V
 
S
Y
 
L
P
 
P
D
 
K
N
 
N
V
 
G
T
 
N
I
 
L
F
 
I
K
 
T
Q
 
D
I
 
L
L
 
K
A
 
S
G
 
G
K
 
Q
A
 
V
D
 
D
V
 
A
M
 
V
V
 
I
T
 
F
D
x
E
A
 
E
S
 
P
E
 
V
T
 
A
L
 
K
L
 
G
Q
 
F
Q
 
V
K
 
E
L
 
N
N
 
N
P
 
P
G
 
D
L
 
L
C
 
A
S
 
I
V
 
A
H
 
D
P
 
L
D
 
N
K
 
F
P
 
E
F
 
K
Q
 
Q
Y
 
D
G
 
D
E
 
S
K
 
Y
A
 
A
W
 
V
L
 
A
L
 
M
P
 
K
R
 
K
G
 
D
D
 
S
V
 
K
A
 
E
F
 
L
Q
 
K
Q
 
E
Y
 
A
V
 
V
D
 
D
Q
 
K
W
 
T
L
 
I
H
 
Q
L
 
K
A
 
L
R
 
K
A
 
E
T
 
S
G
 
G
E
 
E
Y
 
L
Q
 
D
A
 
K
I
 
L
S
 
I
D
 
E
K
 
D
W
 
A
L
 
F
K
 
K

5l9oA Crystal structure of agrobacterium tumefaciens c58 strain pbp soca in complex with glucopine (see paper)
24% identity, 83% coverage: 44:264/265 of query aligns to 11:229/241 of 5l9oA

query
sites
5l9oA
T
 
T
L
 
I
R
 
S
A
 
V
C
 
G
T
 
T
T
 
M
G
 
G
D
 
D
Y
 
A
K
 
K
P
 
P
Y
 
Y
S
 
A
F
 
F
Y
 
T
K
 
T
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Q
 
N
F
 
F
E
 
T
G
 
G
I
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
E
M
 
L
T
 
F
E
 
L
S
 
N
L
 
V
A
 
A
K
 
G
S
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
F
K
 
K
T
 
K
E
 
E
-
 
Q
-
 
V
-
 
V
Y
 
F
I
 
T
K
 
G
T
 
Q
S
 
E
W
x
F
S
 
S
N
 
A
L
 
L
M
 
M
N
 
P
D
 
S
F
 
V
V
 
A
-
 
N
A
 
G
K
 
R
C
 
F
D
 
D
V
 
V
G
 
A
V
 
A
G
x
A
G
x
A
V
 
I
S
x
G
P
 
T
T
 
T
L
 
A
E
 
K
R
|
R
Q
 
K
K
 
E
R
 
T
A
 
V
F
 
D
F
 
F
T
 
S
Q
 
D
A
 
G
Y
 
Y
M
 
L
V
x
A
D
x
G
G
 
F
K
 
L
T
 
S
P
 
V
I
 
L
V
 
T
R
 
S
C
 
E
D
 
A
D
 
G
V
 
I
N
 
T
K
 
D
Y
 
A
Q
 
A
T
 
G
V
 
L
A
 
K
Q
 
-
I
 
-
D
 
-
Q
 
-
P
 
-
A
 
G
T
 
K
R
 
R
V
 
L
I
 
G
V
 
V
N
 
V
P
 
Q
G
 
G
G
x
T
T
x
L
N
x
Q
E
 
E
R
 
I
F
 
Y
A
 
A
K
 
E
Q
 
K
Y
 
N
F
 
F
P
 
A
H
 
G
A
 
T
N
 
D
L
 
L
T
 
V
V
 
K
Y
 
F
P
 
P
D
 
D
N
 
N
V
 
N
T
 
S
I
 
A
F
 
V
K
 
S
Q
 
A
I
 
L
L
 
N
A
 
N
G
 
G
K
 
T
A
 
V
D
 
D
V
 
A
M
 
H
V
 
F
T
 
L
D
|
D
A
 
F
S
 
E
E
 
A
T
 
A
L
 
K
L
 
D
Q
 
Y
Q
 
S
K
 
A
L
 
R
N
 
Y
P
 
P
G
 
A
L
 
L
C
 
-
S
 
K
V
 
I
H
 
A
P
 
V
D
 
N
K
 
I
P
 
P
F
x
S
Q
 
F
Y
 
D
G
x
A
E
 
P
K
 
A
A
 
G
W
 
F
L
 
V
L
 
I
P
 
R
R
 
K
G
 
G
D
 
N
V
 
D
A
 
A
F
 
L
Q
 
R
Q
 
N
Y
 
A
V
 
L
D
 
D
Q
 
K
W
 
G
L
 
L
H
 
K
L
 
E
A
 
A
R
 
M
A
 
Q
T
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
W
Q
 
K
A
 
K
I
 
L
S
 
H
D
 
E
K
 
K
W
 
W
L
 
F

5l9oB Crystal structure of agrobacterium tumefaciens c58 strain pbp soca in complex with glucopine (see paper)
24% identity, 83% coverage: 44:264/265 of query aligns to 12:230/243 of 5l9oB

query
sites
5l9oB
T
 
T
L
 
I
R
 
S
A
 
V
C
 
G
T
 
T
T
 
M
G
 
G
D
 
D
Y
 
A
K
 
K
P
 
P
Y
 
Y
S
 
A
F
 
F
Y
 
T
K
 
T
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Q
x
N
F
|
F
E
 
T
G
 
G
I
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
E
M
 
L
T
 
F
E
 
L
S
 
N
L
 
V
A
 
A
K
 
G
S
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
F
K
 
K
T
 
K
E
 
E
-
 
Q
-
 
V
-
 
V
Y
 
F
I
 
T
K
 
G
T
 
Q
S
 
E
W
x
F
S
 
S
N
 
A
L
 
L
M
 
M
N
 
P
D
 
S
F
 
V
V
 
A
-
 
N
A
 
G
K
 
R
C
 
F
D
 
D
V
 
V
G
 
A
V
 
A
G
x
A
G
x
A
V
 
I
S
x
G
P
 
T
T
 
T
L
 
A
E
 
K
R
|
R
Q
 
K
K
 
E
R
 
T
A
 
V
F
 
D
F
 
F
T
 
S
Q
 
D
A
 
G
Y
 
Y
M
 
L
V
x
A
D
x
G
G
 
F
K
 
L
T
 
S
P
 
V
I
 
L
V
 
T
R
 
S
C
 
E
D
 
A
D
 
G
V
 
I
N
 
T
K
 
D
Y
 
A
Q
 
A
T
 
G
V
 
L
A
 
K
Q
 
-
I
 
-
D
 
-
Q
 
-
P
 
-
A
 
G
T
 
K
R
 
R
V
 
L
I
 
G
V
 
V
N
 
V
P
 
Q
G
 
G
G
x
T
T
x
L
N
x
Q
E
 
E
R
 
I
F
 
Y
A
 
A
K
 
E
Q
 
K
Y
 
N
F
 
F
P
 
A
H
 
G
A
 
T
N
 
D
L
 
L
T
 
V
V
 
K
Y
 
F
P
 
P
D
 
D
N
 
N
V
 
N
T
 
S
I
 
A
F
 
V
K
 
S
Q
 
A
I
 
L
L
 
N
A
 
N
G
 
G
K
 
T
A
 
V
D
 
D
V
 
A
M
 
H
V
 
F
T
 
L
D
|
D
A
 
F
S
 
E
E
 
A
T
 
A
L
 
K
L
 
D
Q
 
Y
Q
 
S
K
 
A
L
 
R
N
 
Y
P
 
P
G
 
A
L
 
L
C
 
-
S
 
K
V
 
I
H
 
A
P
 
V
D
 
N
K
 
I
P
 
P
F
x
S
Q
 
F
Y
 
D
G
x
A
E
 
P
K
 
A
A
 
G
W
 
F
L
 
V
L
 
I
P
 
R
R
 
K
G
 
G
D
 
N
V
 
D
A
 
A
F
 
L
Q
 
R
Q
 
N
Y
 
A
V
 
L
D
 
D
Q
 
K
W
 
G
L
 
L
H
 
K
L
 
E
A
 
A
R
 
M
A
 
Q
T
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
W
Q
 
K
A
 
K
I
 
L
S
 
H
D
 
E
K
 
K
W
 
W
L
 
F

5lomB Crystal structure of the pbp soca from agrobacterium tumefaciens c58 in complex with dfg at 1.5 a resolution (see paper)
24% identity, 83% coverage: 44:264/265 of query aligns to 13:231/250 of 5lomB

query
sites
5lomB
T
 
T
L
 
I
R
 
S
A
 
V
C
 
G
T
 
T
T
 
M
G
 
G
D
 
D
Y
 
A
K
 
K
P
 
P
Y
 
Y
S
 
A
F
 
F
Y
 
T
K
 
T
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Q
 
N
F
 
F
E
 
T
G
 
G
I
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
E
M
 
L
T
 
F
E
 
L
S
 
N
L
 
V
A
 
A
K
 
G
S
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
F
K
 
K
T
 
K
E
 
E
-
 
Q
-
 
V
-
 
V
Y
 
F
I
 
T
K
 
G
T
 
Q
S
 
E
W
x
F
S
 
S
N
 
A
L
 
L
M
 
M
N
 
P
D
 
S
F
 
V
V
 
A
-
 
N
A
 
G
K
 
R
C
 
F
D
 
D
V
 
V
G
 
A
V
 
A
G
x
A
G
x
A
V
 
I
S
x
G
P
 
T
T
 
T
L
 
A
E
 
K
R
|
R
Q
 
K
K
 
E
R
 
T
A
 
V
F
 
D
F
 
F
T
 
S
Q
 
D
A
 
G
Y
 
Y
M
 
L
V
x
A
D
x
G
G
 
F
K
 
L
T
 
S
P
 
V
I
 
L
V
 
T
R
 
S
C
 
E
D
 
A
D
 
G
V
 
I
N
 
T
K
 
D
Y
 
A
Q
 
A
T
 
G
V
 
L
A
 
K
Q
 
-
I
 
-
D
 
-
Q
 
-
P
 
-
A
 
G
T
 
K
R
 
R
V
 
L
I
 
G
V
 
V
N
 
V
P
 
Q
G
 
G
G
x
T
T
x
L
N
x
Q
E
 
E
R
 
I
F
 
Y
A
 
A
K
 
E
Q
 
K
Y
 
N
F
 
F
P
 
A
H
 
G
A
 
T
N
 
D
L
 
L
T
 
V
V
 
K
Y
 
F
P
 
P
D
 
D
N
 
N
V
 
N
T
 
S
I
 
A
F
 
V
K
 
S
Q
 
A
I
 
L
L
 
N
A
 
N
G
 
G
K
 
T
A
 
V
D
 
D
V
 
A
M
 
H
V
 
F
T
 
L
D
|
D
A
 
F
S
 
E
E
 
A
T
 
A
L
 
K
L
 
D
Q
 
Y
Q
 
S
K
 
A
L
 
R
N
 
Y
P
 
P
G
 
A
L
 
L
C
 
-
S
 
K
V
 
I
H
 
A
P
 
V
D
 
N
K
 
I
P
 
P
F
x
S
Q
 
F
Y
 
D
G
x
A
E
 
P
K
 
A
A
 
G
W
 
F
L
 
V
L
 
I
P
 
R
R
 
K
G
 
G
D
 
N
V
 
D
A
 
A
F
 
L
Q
 
R
Q
 
N
Y
 
A
V
 
L
D
 
D
Q
 
K
W
 
G
L
 
L
H
 
K
L
 
E
A
 
A
R
 
M
A
 
Q
T
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
W
Q
 
K
A
 
K
I
 
L
S
 
H
D
 
E
K
 
K
W
 
W
L
 
F

7a99B Crystal structure of the phe57trp mutant of the arginine-bound form of domain 1 from tmargbp (see paper)
32% identity, 34% coverage: 36:126/265 of query aligns to 2:93/130 of 7a99B

query
sites
7a99B
L
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
K
A
 
S
R
 
R
G
 
G
T
 
Y
L
 
L
R
 
L
A
 
V
C
 
G
T
 
L
T
 
S
G
 
A
D
|
D
Y
x
F
K
 
P
P
 
P
Y
 
F
S
x
E
F
 
F
Y
 
V
K
 
D
A
 
E
D
 
N
G
 
G
Q
 
N
F
 
I
E
 
V
G
 
G
I
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
L
T
 
A
E
 
K
S
 
E
L
 
I
A
 
A
K
 
R
S
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
E
T
 
L
E
 
K
Y
 
I
I
 
V
K
 
D
T
 
M
S
 
T
W
|
W
S
 
D
N
 
G
L
 
L
M
 
I
N
 
P
D
 
S
F
 
L
V
 
L
A
 
T
-
 
K
K
 
K
C
 
I
D
 
D
V
 
V
G
 
I
V
 
I
G
x
S
G
|
G
V
x
M
S
x
T
P
 
I
T
 
T
L
 
E
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
K
 
K
R
 
V
A
 
V
F
 
A
F
 
F
T
 
S
Q
 
D
A
 
P
Y
 
Y
M
 
F

Sites not aligning to the query:

1hslA Refined 1.89 angstroms structure of the histidine-binding protein complexed with histidine and its relationship with many other active transport(slash)chemosensory receptors (see paper)
25% identity, 83% coverage: 45:264/265 of query aligns to 6:231/238 of 1hslA

query
sites
1hslA
L
 
I
R
 
R
A
 
I
C
 
G
T
 
T
T
 
D
G
 
P
D
 
T
Y
|
Y
K
 
A
P
 
P
Y
 
F
S
 
E
F
 
S
Y
 
K
K
 
N
A
 
A
D
 
Q
G
 
G
Q
 
E
F
 
L
E
 
V
G
 
G
I
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
L
T
 
A
E
 
K
S
 
E
L
 
L
A
 
C
K
 
K
S
 
R
L
 
I
G
 
N
V
 
T
K
 
Q
T
 
C
E
 
T
Y
 
F
I
 
V
K
 
E
T
 
N
S
 
P
W
x
L
S
 
D
N
 
A
L
 
L
M
 
I
N
 
P
D
 
S
F
 
L
V
 
K
A
 
A
-
 
K
K
 
K
C
 
I
D
 
D
V
 
A
G
 
I
V
 
M
G
x
S
G
x
S
V
x
L
S
|
S
P
 
I
T
 
T
L
 
E
E
 
K
R
|
R
Q
 
Q
K
 
Q
R
 
E
A
 
I
F
 
A
F
 
F
T
 
T
-
 
D
Q
 
K
A
 
L
Y
 
Y
M
 
A
V
 
A
D
 
D
G
 
S
K
 
R
T
 
L
P
 
V
I
 
V
V
 
A
R
 
K
C
 
N
D
 
S
D
 
D
V
 
I
N
 
Q
K
 
P
Y
 
-
Q
 
-
T
 
T
V
 
V
A
 
A
Q
 
S
I
 
L
D
 
-
Q
 
-
P
 
K
A
 
G
T
 
K
R
 
R
V
 
V
I
 
G
V
 
V
N
 
L
P
 
Q
G
 
G
G
x
T
T
|
T
N
 
Q
E
 
E
R
 
T
F
 
F
A
 
G
K
 
N
Q
 
E
Y
 
H
F
 
W
P
 
A
H
 
P
A
 
K
N
 
G
L
 
I
T
 
E
V
 
I
-
 
V
-
 
S
Y
 
Y
P
 
Q
D
 
G
N
 
Q
V
 
D
T
 
N
I
 
I
F
 
Y
K
 
S
Q
 
D
I
 
L
L
 
T
A
 
A
G
 
G
K
 
R
A
 
I
D
 
D
V
 
A
M
 
A
V
 
F
T
 
Q
D
|
D
-
 
E
-
 
V
-
 
A
A
 
A
S
 
S
E
 
E
T
 
G
L
 
F
L
 
L
Q
 
K
Q
 
Q
K
 
P
L
 
V
N
 
G
P
 
K
-
 
D
-
 
Y
-
 
K
-
 
F
G
 
G
L
 
G
C
 
P
S
 
A
V
 
V
H
 
K
P
 
D
D
 
E
K
 
K
P
 
L
F
 
F
Q
 
G
Y
 
V
G
 
G
E
 
-
K
 
T
A
 
G
W
 
M
L
 
G
L
 
L
P
 
R
R
 
K
G
 
E
D
 
D
V
 
N
A
 
E
F
 
L
Q
 
R
Q
 
E
Y
 
A
V
 
L
D
 
N
Q
 
K
W
 
A
L
 
F
H
 
A
L
 
E
A
 
M
R
 
R
A
 
A
T
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
Q
 
E
A
 
K
I
 
L
S
 
A
D
 
K
K
 
K
W
 
Y
L
 
F

P02910 Histidine-binding periplasmic protein; HBP from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 2 papers)
25% identity, 83% coverage: 45:264/265 of query aligns to 28:253/260 of P02910

query
sites
P02910
L
 
I
R
 
R
A
 
I
C
 
G
T
 
T
T
 
D
G
 
P
D
 
T
Y
 
Y
K
 
A
P
 
P
Y
 
F
S
x
E
F
 
S
Y
x
K
K
 
N
A
 
A
D
 
Q
G
 
G
Q
x
E
F
 
L
E
 
V
G
 
G
I
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
L
T
 
A
E
 
K
S
 
E
L
 
L
A
 
C
K
 
K
S
 
R
L
 
I
G
 
N
V
 
T
K
 
Q
T
 
C
E
 
T
Y
 
F
I
 
V
K
 
E
T
 
N
S
 
P
W
 
L
S
 
D
N
 
A
L
 
L
M
 
I
N
 
P
D
 
S
F
 
L
V
 
K
A
 
A
-
 
K
K
 
K
C
 
I
D
 
D
V
 
A
G
 
I
V
 
M
G
 
S
G
 
S
V
 
L
S
 
S
P
 
I
T
 
T
L
 
E
E
 
K
R
 
R
Q
 
Q
K
 
Q
R
 
E
A
 
I
F
 
A
F
 
F
T
 
T
-
 
D
Q
 
K
A
 
L
Y
 
Y
M
 
A
V
 
A
D
 
D
G
 
S
K
 
R
T
 
L
P
 
V
I
 
V
V
 
A
R
 
K
C
 
N
D
 
S
D
 
D
V
 
I
N
 
Q
K
 
P
Y
 
-
Q
 
-
T
 
T
V
 
V
A
 
A
Q
 
S
I
 
L
D
 
-
Q
 
-
P
 
K
A
 
G
T
 
K
R
 
R
V
 
V
I
 
G
V
 
V
N
 
L
P
 
Q
G
 
G
G
 
T
T
 
T
N
 
Q
E
 
E
R
 
T
F
 
F
A
 
G
K
 
N
Q
 
E
Y
 
H
F
 
W
P
 
A
H
 
P
A
 
K
N
 
G
L
 
I
T
 
E
V
 
I
-
 
V
-
 
S
Y
 
Y
P
 
Q
D
 
G
N
 
Q
V
 
D
T
 
N
I
 
I
F
 
Y
K
 
S
Q
x
D
I
 
L
L
 
T
A
 
A
G
 
G
K
x
R
A
 
I
D
|
D
V
 
A
M
 
A
V
 
F
T
 
Q
D
 
D
-
 
E
-
 
V
-
 
A
A
 
A
S
 
S
E
 
E
T
 
G
L
 
F
L
 
L
Q
 
K
Q
 
Q
K
 
P
L
 
V
N
 
G
P
 
K
-
 
D
-
 
Y
-
 
K
-
 
F
G
 
G
L
 
G
C
 
P
S
 
A
V
 
V
H
 
K
P
 
D
D
 
E
K
 
K
P
 
L
F
 
F
Q
 
G
Y
 
V
G
 
G
E
 
-
K
 
T
A
 
G
W
 
M
L
 
G
L
 
L
P
 
R
R
 
K
G
 
E
D
 
D
V
 
N
A
 
E
F
 
L
Q
 
R
Q
 
E
Y
 
A
V
 
L
D
 
N
Q
 
K
W
 
A
L
 
F
H
 
A
L
 
E
A
 
M
R
 
R
A
 
A
T
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
Q
 
E
A
 
K
I
 
L
S
 
A
D
 
K
K
 
K
W
 
Y
L
 
F

Sites not aligning to the query:

P0AEU0 Histidine-binding periplasmic protein; HBP from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
25% identity, 83% coverage: 44:264/265 of query aligns to 27:253/260 of P0AEU0

query
sites
P0AEU0
T
 
N
L
 
I
R
 
R
A
 
I
C
 
G
T
 
T
T
 
D
G
 
P
D
 
T
Y
 
Y
K
 
A
P
 
P
Y
 
F
S
 
E
F
 
S
Y
 
K
K
 
N
A
 
S
D
 
Q
G
 
G
Q
 
E
F
 
L
E
 
V
G
 
G
I
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
L
T
 
A
E
 
K
S
 
E
L
 
L
A
x
C
K
 
K
S
 
R
L
 
I
G
 
N
V
 
T
K
 
Q
T
x
C
E
 
T
Y
 
F
I
 
V
K
 
E
T
 
N
S
 
P
W
 
L
S
 
D
N
 
A
L
 
L
M
 
I
N
 
P
D
 
S
F
 
L
V
 
K
A
 
A
-
 
K
K
 
K
C
 
I
D
 
D
V
 
A
G
 
I
V
 
M
G
x
S
G
x
S
V
 
L
S
|
S
P
 
I
T
 
T
L
 
E
E
 
K
R
|
R
Q
 
Q
K
 
Q
R
 
E
A
 
I
F
 
A
F
 
F
T
 
T
-
 
D
Q
 
K
A
 
L
Y
 
Y
M
 
A
V
 
A
D
 
D
G
 
S
K
 
R
T
 
L
P
 
V
I
 
V
V
 
A
R
 
K
C
 
N
D
 
S
D
 
D
V
 
I
N
 
Q
K
 
P
Y
 
-
Q
 
-
T
 
T
V
 
V
A
 
E
Q
 
S
I
 
L
D
 
-
Q
 
-
P
 
K
A
 
G
T
 
K
R
 
R
V
 
V
I
 
G
V
 
V
N
 
L
P
 
Q
G
 
G
G
 
T
T
|
T
N
 
Q
E
 
E
R
 
T
F
 
F
A
 
G
K
 
N
Q
 
E
Y
 
H
F
 
W
P
 
A
H
 
P
A
 
K
N
 
G
L
 
I
T
 
E
V
 
I
-
 
V
-
 
S
Y
 
Y
P
 
Q
D
 
G
N
 
Q
V
 
D
T
 
N
I
 
I
F
 
Y
K
 
S
Q
 
D
I
 
L
L
 
T
A
 
A
G
 
G
K
 
R
A
 
I
D
 
D
V
 
A
M
 
A
V
 
F
T
 
Q
D
|
D
-
 
E
-
 
V
-
 
A
A
 
A
S
 
S
E
 
E
T
 
G
L
 
F
L
 
L
Q
 
K
Q
 
Q
K
 
P
L
 
V
N
 
G
P
 
K
-
 
D
-
 
Y
-
 
K
-
 
F
G
 
G
L
 
G
C
 
P
S
 
S
V
 
V
H
 
K
P
 
D
D
 
E
K
 
K
P
 
L
F
 
F
Q
 
G
Y
 
V
G
 
G
E
 
-
K
 
T
A
 
G
W
 
M
L
 
G
L
 
L
P
 
R
R
 
K
G
 
E
D
 
D
V
 
N
A
 
E
F
 
L
Q
 
R
Q
 
E
Y
 
A
V
 
L
D
 
N
Q
 
K
W
 
A
L
 
F
H
 
A
L
 
E
A
 
M
R
 
R
A
 
A
T
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
Q
 
E
A
 
K
I
 
L
S
 
A
D
 
K
K
 
K
W
 
Y
L
 
F

Sites not aligning to the query:

2ylnA Crystal structure of the l-cystine solute receptor of neisseria gonorrhoeae in the closed conformation (see paper)
28% identity, 68% coverage: 34:212/265 of query aligns to 5:179/240 of 2ylnA

query
sites
2ylnA
S
 
S
R
 
L
L
 
I
D
 
E
E
 
R
I
 
I
L
 
N
A
 
N
R
 
K
G
 
G
T
 
T
L
 
V
R
 
T
A
 
V
C
 
G
T
 
T
T
x
E
G
 
G
D
 
T
Y
|
Y
K
 
A
P
 
P
Y
 
F
S
 
T
F
 
Y
Y
 
H
K
 
D
A
 
K
D
 
D
G
 
G
Q
 
K
F
 
L
E
 
T
G
 
G
I
 
Y
D
 
D
I
 
V
D
 
E
M
 
V
T
 
T
E
 
R
S
 
A
L
 
V
A
 
A
K
 
E
S
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
T
 
V
E
 
E
Y
 
F
I
 
K
K
 
E
T
 
T
S
 
Q
W
|
W
S
 
D
N
 
S
L
 
M
M
 
M
N
 
A
D
 
G
F
 
L
V
 
K
A
 
A
-
 
G
K
 
R
C
 
F
D
 
D
V
 
V
-
 
V
-
 
A
-
x
N
G
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
L
V
 
T
S
 
S
P
 
P
T
 
-
L
 
-
E
 
E
R
|
R
Q
 
Q
K
 
A
R
 
T
A
 
F
F
 
D
F
 
K
T
 
S
Q
 
E
A
 
P
Y
 
Y
M
 
S
V
 
W
D
 
S
G
 
G
K
 
A
T
 
V
P
 
L
I
 
V
V
 
A
R
 
H
C
 
N
D
 
D
D
 
-
V
 
-
N
 
S
K
 
N
Y
 
I
Q
 
K
T
 
S
V
 
I
A
 
A
Q
 
D
I
 
I
D
 
K
-
 
G
-
 
V
Q
 
K
P
 
T
A
 
A
T
 
Q
R
x
S
V
 
L
I
 
T
V
x
S
N
|
N
P
 
Y
G
 
G
G
 
E
T
 
K
N
 
A
E
 
K
R
 
A
F
 
A
A
 
G
K
 
A
Q
 
Q
Y
 
L
F
 
V
P
 
P
H
 
V
A
 
D
N
x
G
L
|
L
T
 
A
V
 
-
Y
 
-
P
 
-
D
 
Q
N
 
S
V
 
L
T
 
T
I
 
L
F
 
I
K
 
E
Q
 
Q
I
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
K
K
 
R
A
 
A
D
 
D
V
 
A
M
 
T
V
 
L
T
x
N
D
 
D
A
 
E
S
 
L
E
 
A
T
 
V
L
 
L
L
 
D
Q
 
Y
Q
 
L
K
 
K
L
 
K
N
 
N
P
 
P

2y7iA Structural basis for high arginine specificity in salmonella typhimurium periplasmic binding protein stm4351. (see paper)
24% identity, 83% coverage: 44:264/265 of query aligns to 7:227/228 of 2y7iA

query
sites
2y7iA
T
 
T
L
 
L
R
x
H
A
 
F
C
 
G
T
 
T
T
 
S
G
 
A
D
 
T
Y
|
Y
K
 
A
P
 
P
Y
 
Y
S
x
E
F
 
F
Y
 
V
K
x
D
A
 
A
D
|
D
G
 
N
Q
 
K
F
 
I
E
 
V
G
 
G
I
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
V
T
 
A
E
 
N
S
 
A
L
 
V
A
 
C
K
 
K
S
 
E
L
 
M
G
 
Q
V
 
A
K
 
E
T
 
C
E
 
S
Y
 
F
I
 
T
K
 
N
T
 
Q
S
 
S
W
x
F
S
x
D
N
 
S
L
 
L
M
 
I
N
 
P
D
 
S
F
 
L
-
 
R
V
 
F
A
 
K
K
 
K
C
 
F
D
|
D
V
 
A
G
 
V
V
 
I
G
x
A
G
|
G
V
 
M
S
x
D
P
 
M
T
 
T
L
 
P
E
 
K
R
|
R
Q
 
E
K
 
Q
R
 
Q
A
 
V
F
 
S
F
 
F
T
 
S
Q
 
Q
A
 
P
Y
 
Y
M
 
Y
V
 
-
D
 
E
G
 
G
K
 
L
T
 
S
P
 
A
I
 
V
V
 
V
R
 
-
C
 
V
D
 
T
D
 
R
V
 
K
N
 
G
K
 
A
Y
 
Y
Q
 
H
T
 
T
V
 
F
A
 
A
Q
 
-
I
 
-
D
 
D
Q
 
L
P
 
K
A
 
G
T
 
K
R
 
K
V
 
V
I
 
G
V
 
L
N
x
E
P
 
N
G
 
G
G
x
T
T
|
T
N
 
H
E
 
Q
R
 
R
F
 
Y
A
 
L
K
 
Q
Q
 
D
Y
 
K
F
 
Q
P
 
Q
H
 
A
A
 
I
N
 
T
L
 
P
T
 
V
V
 
A
Y
 
Y
P
x
D
D
 
S
N
 
Y
V
 
L
T
 
N
I
 
A
F
 
F
K
 
T
Q
 
D
I
 
L
L
 
K
A
 
N
G
 
N
K
 
R
A
 
L
D
 
E
V
 
G
M
 
V
V
 
F
T
 
G
D
|
D
A
 
V
S
 
A
E
 
A
T
 
I
L
 
G
L
 
K
Q
 
W
Q
 
L
K
 
K
L
 
N
N
 
N
P
 
P
-
 
D
-
 
Y
G
 
A
L
 
I
C
 
M
S
 
D
V
 
E
H
 
R
P
 
A
D
 
S
K
 
D
P
 
P
F
 
D
Q
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
E
 
K
K
 
G
A
 
L
W
 
G
L
 
I
L
 
A
P
 
V
R
 
R
G
 
K
D
 
D
V
 
N
-
 
D
A
 
A
F
 
L
Q
 
L
Q
 
Q
Y
 
E
V
 
I
D
 
N
Q
 
A
W
 
A
L
 
L
H
 
D
L
 
K
A
 
V
R
 
K
A
 
A
T
 
S
G
 
P
E
 
E
Y
 
Y
Q
 
A
A
 
Q
I
 
M
S
 
Q
D
 
E
K
 
K
W
 
W
L
 
F

5itoA Structure of the periplasmic binding protein m117n-noct from a. Tumefaciens in complex with octopine (see paper)
21% identity, 83% coverage: 44:264/265 of query aligns to 4:249/255 of 5itoA

query
sites
5itoA
T
 
S
L
 
I
R
 
T
A
 
I
C
 
A
T
 
T
T
x
E
G
 
G
D
 
S
Y
|
Y
K
 
A
P
 
P
Y
 
Y
S
 
N
F
 
F
Y
 
K
K
 
D
A
 
A
D
 
G
G
 
G
Q
 
K
F
 
L
E
 
I
G
 
G
I
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
L
T
 
G
E
 
N
S
 
D
L
 
L
A
 
C
K
 
K
S
 
R
L
 
M
G
 
N
V
 
I
K
 
E
T
 
C
E
 
K
Y
 
F
I
 
V
K
 
E
T
 
Q
S
 
A
W
|
W
S
 
D
N
 
G
L
 
I
M
 
I
N
 
P
D
 
S
F
 
L
V
 
T
A
 
A
-
 
G
K
 
R
C
 
Y
D
 
D
V
 
A
G
 
I
V
 
M
G
x
A
G
x
A
V
 
M
S
x
G
P
 
I
T
 
Q
L
 
P
E
 
A
R
|
R
Q
 
E
K
 
K
R
 
V
A
 
I
F
 
A
F
 
F
T
 
S
Q
 
R
A
 
P
Y
 
Y
M
 
L
V
 
L
D
 
T
G
 
P
K
 
N
T
 
T
-
 
F
-
 
L
-
 
T
-
 
T
-
 
A
-
 
D
-
 
S
P
 
P
I
 
L
V
 
L
R
 
K
-
 
T
-
 
Q
-
 
V
-
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
P
C
 
L
D
 
D
D
 
N
V
 
I
N
 
T
K
 
P
Y
 
E
Q
 
Q
T
 
K
V
 
-
A
 
A
Q
 
E
I
 
L
D
 
D
Q
 
K
-
 
F
-
 
T
-
 
K
-
 
I
-
 
F
P
 
E
A
 
G
T
 
V
R
 
K
V
 
F
I
 
G
V
 
V
N
x
Q
P
 
A
G
 
G
G
x
T
T
x
S
N
x
H
E
 
E
R
 
A
F
 
F
A
 
M
K
 
K
Q
 
Q
Y
 
M
F
 
M
P
 
P
H
 
S
A
 
V
N
 
Q
L
 
I
T
 
S
V
 
T
Y
 
Y
P
 
D
D
 
T
N
 
I
V
 
D
T
 
N
I
 
V
F
 
V
K
 
M
Q
 
D
I
 
L
L
 
K
A
 
A
G
 
G
K
 
R
A
 
I
D
 
D
V
 
A
M
 
S
V
 
L
T
 
A
D
x
S
A
 
V
S
 
S
-
 
F
-
 
L
E
 
K
T
 
P
L
 
L
L
 
T
Q
 
D
Q
 
K
K
 
P
L
 
D
N
 
N
P
 
K
G
 
D
L
 
L
C
 
K
S
 
M
V
 
F
H
 
G
P
 
P
D
 
R
K
 
M
P
 
T
F
 
G
Q
 
G
-
 
L
Y
 
F
G
 
G
E
 
K
K
 
G
A
 
V
W
 
G
L
 
V
-
 
G
L
 
I
P
 
R
R
 
K
G
 
E
D
 
D
V
 
A
A
 
D
F
 
L
Q
 
K
Q
 
A
Y
 
L
V
 
F
D
 
D
Q
 
K
W
 
A
L
 
I
H
 
D
L
 
A
A
 
A
R
 
I
A
 
A
T
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
V
Q
 
Q
A
 
K
I
 
L
S
 
S
D
 
Q
K
 
Q
W
 
W
L
 
F

5otcA Structure of the periplasmic binding protein (pbp) noct from agrobacterium tumefaciens c58 in complex with noroctopinic acid. (see paper)
21% identity, 83% coverage: 44:264/265 of query aligns to 3:248/256 of 5otcA

query
sites
5otcA
T
 
S
L
 
I
R
 
T
A
 
I
C
 
A
T
 
T
T
x
E
G
 
G
D
 
S
Y
|
Y
K
 
A
P
 
P
Y
 
Y
S
 
N
F
 
F
Y
 
K
K
 
D
A
 
A
D
 
G
G
 
G
Q
 
K
F
 
L
E
 
I
G
 
G
I
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
L
T
 
G
E
 
N
S
 
D
L
 
L
A
 
C
K
 
K
S
 
R
L
 
M
G
 
N
V
 
I
K
 
E
T
 
C
E
 
K
Y
 
F
I
 
V
K
 
E
T
 
Q
S
 
A
W
|
W
S
 
D
N
 
G
L
 
I
M
 
I
N
 
P
D
 
S
F
 
L
V
 
T
A
 
A
-
 
G
K
 
R
C
 
Y
D
 
D
V
 
A
G
 
I
V
 
M
G
 
A
G
x
A
V
 
M
S
x
G
P
 
I
T
 
Q
L
 
P
E
 
A
R
|
R
Q
 
E
K
 
K
R
 
V
A
 
I
F
 
A
F
 
F
T
 
S
Q
 
R
A
 
P
Y
 
Y
M
 
L
V
 
L
D
 
T
G
 
P
K
 
M
T
 
T
-
 
F
-
 
L
-
 
T
-
 
T
-
 
A
-
 
D
-
 
S
P
 
P
I
 
L
V
 
L
R
 
K
-
 
T
-
 
Q
-
 
V
-
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
P
C
 
L
D
 
D
D
 
N
V
 
I
N
 
T
K
 
P
Y
 
E
Q
 
Q
T
 
K
V
 
-
A
 
A
Q
 
E
I
 
L
D
 
D
Q
 
K
-
 
F
-
 
T
-
 
K
-
 
I
-
 
F
P
 
E
A
 
G
T
 
V
R
 
K
V
 
F
I
 
G
V
 
V
N
x
Q
P
 
A
G
 
G
G
x
T
T
x
S
N
x
H
E
 
E
R
 
A
F