SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing BPHYT_RS22635 FitnessBrowser__BFirm:BPHYT_RS22635 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3na8A Crystal structure of a putative dihydrodipicolinate synthetase from pseudomonas aeruginosa
33% identity, 90% coverage: 6:276/301 of query aligns to 4:272/291 of 3na8A

query
sites
3na8A
E
 
H
G
 
G
V
 
I
L
 
I
P
 
G
A
 
Y
V
 
T
T
 
I
T
 
T
K
 
P
F
 
F
N
 
A
A
 
A
D
 
D
F
 
G
S
 
G
I
 
L
D
 
D
R
 
L
A
 
P
W
 
A
T
 
L
G
 
G
K
 
R
N
 
S
I
 
I
E
 
E
A
 
R
Q
 
L
I
 
I
D
 
D
A
 
G
G
 
G
V
 
V
D
 
H
G
 
A
I
 
I
I
 
A
V
 
P
C
 
L
G
 
G
S
|
S
L
 
T
G
 
G
E
 
E
A
 
G
S
 
A
T
 
Y
L
 
L
S
 
S
L
 
D
D
 
P
E
 
E
K
 
W
L
 
D
Q
 
E
V
 
V
L
 
V
D
 
D
I
 
F
A
 
T
V
 
L
E
 
K
A
 
T
S
 
V
R
 
A
G
 
H
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
T
L
 
I
L
 
V
T
 
S
I
 
V
A
 
S
E
 
D
N
 
L
S
 
T
T
 
T
L
 
A
D
 
K
A
 
T
C
 
V
R
 
R
Q
 
R
A
 
A
E
 
Q
A
 
F
G
 
A
S
 
E
R
 
S
H
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
E
G
 
A
Y
 
V
M
 
M
V
 
V
L
 
L
P
 
P
G
 
I
L
 
S
R
x
Y
Y
 
W
L
 
K
S
 
L
D
 
N
R
 
E
R
 
A
E
 
E
T
 
V
L
 
F
H
 
Q
H
 
H
F
 
Y
R
 
R
S
 
A
V
 
V
A
 
G
D
 
E
A
 
A
S
 
I
A
 
G
L
 
V
P
 
P
L
 
V
M
 
M
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
N
P
 
P
L
 
G
A
x
T
Y
 
S
G
 
G
V
 
I
D
 
D
M
 
M
T
 
S
P
 
V
D
 
E
M
 
L
F
 
I
A
 
L
E
 
R
I
 
I
A
x
V
D
 
R
E
 
E
-
x
V
K
x
D
K
 
N
I
x
V
V
 
T
A
 
M
I
 
V
K
|
K
E
 
E
S
 
S
C
 
T
G
 
G
D
 
D
V
 
I
R
 
Q
R
 
R
V
 
M
T
 
H
D
 
K
L
 
L
I
 
R
N
 
L
V
 
L
V
 
G
G
 
E
D
 
G
R
 
R
F
 
V
A
 
P
I
 
F
L
 
Y
C
 
N
G
 
G
V
 
C
D
 
N
N
 
P
L
 
L
A
 
A
M
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
F
L
 
V
M
 
A
G
 
G
A
 
A
H
 
K
G
 
G
W
 
W
V
x
C
A
 
S
G
 
A
L
 
A
V
 
P
C
 
N
A
 
L
F
 
I
P
 
P
R
 
T
E
 
L
T
 
N
V
 
G
A
 
Q
I
 
L
Y
 
Y
K
 
Q
L
 
A
L
 
V
K
 
L
A
 
D
G
 
G
R
 
D
I
 
L
E
 
E
E
 
K
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
Y
 
F
R
 
Y
W
 
R
F
 
Q
A
 
L
P
 
P
L
 
L
L
 
L
A
 
D
L
 
F
D
 
I
V
 
L
S
 
R
A
 
R
K
 
G
L
 
L
V
 
P
Q
 
T
N
 
T
I
 
I
K
 
K
L
 
-
A
 
-
E
 
-
A
 
A
I
 
G
V
 
L
G
 
G
L
 
L
G
 
S
T
 
G
E
 
L
P
 
E
V
 
V
R
 
G
P
 
A
P
 
P
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
V

5t25A Kinetic, spectral and structural characterization of the slow binding inhibitor acetopyruvate with dihydrodipicolinate synthase from escherichia coli.
27% identity, 96% coverage: 3:291/301 of query aligns to 1:290/293 of 5t25A

query
sites
5t25A
H
 
H
I
 
M
W
 
F
E
 
T
G
 
G
V
 
S
L
 
I
P
 
V
A
 
A
V
 
I
T
 
V
T
 
T
K
 
P
F
 
M
N
 
D
A
 
E
D
 
K
F
 
G
S
 
N
I
 
V
D
 
C
R
 
R
A
 
A
W
 
S
T
 
L
G
 
K
K
 
K
N
 
L
I
 
I
E
 
D
A
 
Y
Q
 
H
I
 
V
D
 
A
A
 
S
G
 
G
V
 
T
D
 
S
G
 
A
I
 
I
I
 
V
V
 
S
C
 
V
G
 
G
S
x
T
L
 
T
G
 
G
E
 
E
A
 
S
S
x
A
T
 
T
L
|
L
S
 
N
L
x
H
D
 
D
E
 
E
K
 
H
L
 
A
Q
 
D
V
 
V
L
 
V
D
 
M
I
 
M
A
 
T
V
 
L
E
 
D
A
 
L
S
 
A
R
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
I
L
 
A
T
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
A
N
|
N
S
 
A
T
 
T
L
 
A
D
x
E
A
 
A
C
 
I
R
 
S
Q
 
L
A
 
T
E
 
Q
A
 
R
G
 
F
S
 
N
R
 
D
H
 
S
G
 
G
A
 
I
A
 
V
G
 
G
Y
 
C
M
 
L
V
 
T
L
 
V
P
 
T
G
 
P
L
x
Y
R
x
Y
Y
 
N
L
 
R
S
 
P
D
 
S
R
 
Q
R
 
E
E
 
G
T
 
L
L
 
Y
H
 
Q
H
 
H
F
 
F
R
 
K
S
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
E
A
 
H
S
 
T
A
 
D
L
 
L
P
 
P
L
 
Q
M
 
I
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
L
 
S
A
x
R
Y
 
T
G
 
G
V
 
C
D
 
D
M
 
L
T
 
L
P
 
P
D
 
E
M
 
T
F
 
V
A
 
G
E
 
R
I
 
L
A
 
A
D
 
K
E
 
V
K
 
K
K
 
N
I
 
I
V
 
I
A
 
G
I
 
I
K
|
K
E
 
E
S
 
A
C
 
T
G
 
G
D
 
N
V
 
L
R
 
T
R
 
R
V
 
V
T
 
N
D
 
Q
L
 
I
I
 
K
N
 
E
V
 
L
V
 
V
G
 
S
D
 
D
R
 
D
F
 
F
A
 
V
I
 
L
L
 
L
C
 
S
G
 
G
V
 
D
D
 
D
N
 
A
L
 
S
A
 
A
M
 
L
E
 
D
A
 
F
I
 
M
L
 
Q
M
 
L
G
 
G
A
 
G
H
 
H
G
 
G
W
 
V
V
x
I
A
 
S
G
 
V
L
 
T
V
 
A
C
 
N
A
 
V
F
 
A
P
 
A
R
 
R
E
 
D
T
 
M
V
 
A
A
 
Q
I
 
M
Y
 
C
K
 
K
L
 
L
L
 
A
K
 
A
A
 
E
G
 
G
R
 
H
I
 
F
E
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
V
I
 
I
Y
 
N
R
 
Q
W
 
R
F
 
L
A
 
M
P
 
P
L
 
L
L
 
H
-
 
N
A
 
K
L
 
L
D
 
F
V
 
V
S
 
E
A
 
P
K
 
N
L
 
P
V
 
I
Q
 
P
N
 
-
I
 
V
K
 
K
L
 
W
A
 
A
E
 
C
A
 
K
I
 
E
V
 
L
G
 
G
L
 
L
-
 
V
G
 
A
T
 
T
E
 
D
P
 
T
V
 
L
R
 
R
P
 
L
P
 
P
R
 
M
L
 
T
P
 
P
L
 
I
A
 
T
G
 
D
D
 
S
E
 
G
R
 
R
K
 
E
A
 
T
V
 
V
E
 
R
A
 
A
L
 
A
I
 
L
R
 
K
K
 
H
S
 
A

2atsA Dihydrodipicolinate synthase co-crystallised with (s)-lysine
27% identity, 96% coverage: 4:291/301 of query aligns to 1:289/292 of 2atsA

query
sites
2atsA
I
 
M
W
 
F
E
 
T
G
 
G
V
 
S
L
 
I
P
 
V
A
 
A
V
 
I
T
 
V
T
 
T
K
 
P
F
 
M
N
 
D
A
 
E
D
 
K
F
 
G
S
 
N
I
 
V
D
 
C
R
 
R
A
 
A
W
 
S
T
 
L
G
 
K
K
 
K
N
 
L
I
 
I
E
 
D
A
 
Y
Q
 
H
I
 
V
D
 
A
A
 
S
G
 
G
V
 
T
D
 
S
G
 
A
I
 
I
I
 
V
V
 
S
C
 
V
G
 
G
S
x
T
L
 
T
G
 
G
E
 
E
A
 
S
S
x
A
T
 
T
L
|
L
S
 
N
L
x
H
D
 
D
E
 
E
K
x
H
L
 
A
Q
 
D
V
 
V
L
 
V
D
 
M
I
 
M
A
 
T
V
 
L
E
 
D
A
 
L
S
 
A
R
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
I
L
 
A
T
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
A
N
|
N
S
 
A
T
 
T
L
 
A
D
x
E
A
 
A
C
 
I
R
 
S
Q
 
L
A
 
T
E
 
Q
A
 
R
G
 
F
S
 
N
R
 
D
H
 
S
G
 
G
A
 
I
A
 
V
G
 
G
Y
 
C
M
 
L
V
 
T
L
 
V
P
 
T
G
 
P
L
x
Y
R
x
Y
Y
 
N
L
 
R
S
 
P
D
 
S
R
 
Q
R
 
E
E
 
G
T
 
L
L
 
Y
H
 
Q
H
 
H
F
 
F
R
 
K
S
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
E
A
 
H
S
 
T
A
 
D
L
 
L
P
 
P
L
 
Q
M
 
I
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
L
 
S
A
x
R
Y
 
T
G
 
G
V
 
C
D
 
D
M
 
L
T
 
L
P
 
P
D
 
E
M
 
T
F
 
V
A
 
G
E
 
R
I
 
L
A
 
A
D
 
K
E
 
V
K
 
K
K
 
N
I
 
I
V
 
I
A
 
G
I
 
I
K
|
K
E
 
E
S
 
A
C
 
T
G
 
G
D
 
N
V
 
L
R
 
T
R
 
R
V
 
V
T
 
N
D
 
Q
L
 
I
I
 
K
N
 
E
V
 
L
V
 
V
G
 
S
D
 
D
R
 
D
F
 
F
A
 
V
I
 
L
L
 
L
C
 
S
G
 
G
V
 
D
D
 
D
N
 
A
L
 
S
A
 
A
M
 
L
E
 
D
A
 
F
I
 
M
L
 
Q
M
 
L
G
 
G
A
 
G
H
 
H
G
 
G
W
 
V
V
x
I
A
 
S
G
 
V
L
 
T
V
 
A
C
 
N
A
 
V
F
 
A
P
 
A
R
 
R
E
 
D
T
 
M
V
 
A
A
 
Q
I
 
M
Y
 
C
K
 
K
L
 
L
L
 
A
K
 
A
A
 
E
G
 
G
R
 
H
I
 
F
E
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
V
I
 
I
Y
 
N
R
 
Q
W
 
R
F
 
L
A
 
M
P
 
P
L
 
L
L
 
H
-
 
N
A
 
K
L
 
L
D
 
F
V
 
V
S
 
E
A
 
P
K
 
N
L
 
P
V
 
I
Q
 
P
N
 
-
I
 
V
K
 
K
L
 
W
A
 
A
E
 
C
A
 
K
I
 
E
V
 
L
G
 
G
L
 
L
-
 
V
G
 
A
T
 
T
E
 
D
P
 
T
V
 
L
R
 
R
P
 
L
P
 
P
R
 
M
L
 
T
P
 
P
L
 
I
A
 
T
G
 
D
D
 
S
E
 
G
R
 
R
K
 
E
A
 
T
V
 
V
E
 
R
A
 
A
L
 
A
I
 
L
R
 
K
K
 
H
S
 
A

P0A6L2 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Escherichia coli (strain K12) (see 7 papers)
27% identity, 96% coverage: 4:291/301 of query aligns to 1:289/292 of P0A6L2

query
sites
P0A6L2
I
 
M
W
 
F
E
 
T
G
 
G
V
 
S
L
 
I
P
 
V
A
 
A
V
 
I
T
 
V
T
 
T
K
 
P
F
 
M
N
 
D
A
 
E
D
 
K
F
 
G
S
 
N
I
 
V
D
 
C
R
 
R
A
 
A
W
 
S
T
 
L
G
 
K
K
 
K
N
 
L
I
 
I
E
 
D
A
 
Y
Q
 
H
I
 
V
D
 
A
A
 
S
G
 
G
V
 
T
D
 
S
G
 
A
I
 
I
I
 
V
V
 
S
C
 
V
G
 
G
S
x
T
L
x
T
G
 
G
E
 
E
A
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
S
 
N
L
 
H
D
 
D
E
 
E
K
 
H
L
 
A
Q
 
D
V
 
V
L
 
V
D
 
M
I
 
M
A
 
T
V
 
L
E
 
D
A
 
L
S
 
A
R
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
I
L
 
A
T
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
A
N
 
N
S
 
A
T
 
T
L
 
A
D
 
E
A
 
A
C
 
I
R
 
S
Q
 
L
A
 
T
E
 
Q
A
 
R
G
 
F
S
 
N
R
 
D
H
 
S
G
 
G
A
 
I
A
 
V
G
 
G
Y
 
C
M
 
L
V
 
T
L
 
V
P
 
T
G
 
P
L
 
Y
R
x
Y
Y
 
N
L
 
R
S
 
P
D
 
S
R
 
Q
R
 
E
E
 
G
T
 
L
L
 
Y
H
 
Q
H
 
H
F
 
F
R
 
K
S
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
E
A
 
H
S
 
T
A
 
D
L
 
L
P
 
P
L
 
Q
M
 
I
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
L
 
S
A
x
R
Y
 
T
G
 
G
V
 
C
D
 
D
M
 
L
T
 
L
P
 
P
D
 
E
M
 
T
F
 
V
A
 
G
E
 
R
I
 
L
A
 
A
D
 
K
E
 
V
K
 
K
K
 
N
I
 
I
V
 
I
A
 
G
I
 
I
K
|
K
E
 
E
S
 
A
C
 
T
G
 
G
D
 
N
V
 
L
R
 
T
R
 
R
V
 
V
T
 
N
D
 
Q
L
 
I
I
 
K
N
 
E
V
 
L
V
 
V
G
 
S
D
 
D
R
 
D
F
 
F
A
 
V
I
 
L
L
 
L
C
 
S
G
 
G
V
 
D
D
 
D
N
 
A
L
 
S
A
 
A
M
 
L
E
 
D
A
 
F
I
 
M
L
 
Q
M
x
L
G
 
G
A
 
G
H
 
H
G
 
G
W
 
V
V
x
I
A
 
S
G
 
V
L
 
T
V
 
A
C
 
N
A
 
V
F
 
A
P
 
A
R
 
R
E
 
D
T
 
M
V
 
A
A
 
Q
I
 
M
Y
 
C
K
 
K
L
 
L
L
 
A
K
 
A
A
 
E
G
 
G
R
 
H
I
 
F
E
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
V
I
 
I
Y
 
N
R
 
Q
W
 
R
F
 
L
A
 
M
P
 
P
L
 
L
L
 
H
-
 
N
A
 
K
L
 
L
D
 
F
V
 
V
S
 
E
A
 
P
K
 
N
L
 
P
V
 
I
Q
 
P
N
 
-
I
 
V
K
 
K
L
 
W
A
 
A
E
 
C
A
 
K
I
 
E
V
 
L
G
 
G
L
 
L
-
 
V
G
 
A
T
 
T
E
 
D
P
 
T
V
 
L
R
 
R
P
 
L
P
 
P
R
 
M
L
 
T
P
 
P
L
 
I
A
 
T
G
 
D
D
 
S
E
 
G
R
 
R
K
 
E
A
 
T
V
 
V
E
 
R
A
 
A
L
 
A
I
 
L
R
 
K
K
 
H
S
 
A

3i7sA Dihydrodipicolinate synthase mutant - k161a - with the substrate pyruvate bound in the active site. (see paper)
27% identity, 96% coverage: 4:291/301 of query aligns to 1:289/292 of 3i7sA

query
sites
3i7sA
I
 
M
W
 
F
E
 
T
G
 
G
V
 
S
L
 
I
P
 
V
A
|
A
V
 
I
T
 
V
T
 
T
K
 
P
F
 
M
N
 
D
A
 
E
D
 
K
F
 
G
S
 
N
I
 
V
D
 
C
R
 
R
A
 
A
W
 
S
T
 
L
G
 
K
K
 
K
N
 
L
I
 
I
E
 
D
A
 
Y
Q
 
H
I
 
V
D
 
A
A
 
S
G
 
G
V
 
T
D
 
S
G
 
A
I
 
I
I
 
V
V
 
S
C
 
V
G
 
G
S
x
T
L
x
T
G
 
G
E
 
E
A
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
S
 
N
L
 
H
D
 
D
E
 
E
K
 
H
L
 
A
Q
 
D
V
 
V
L
 
V
D
 
M
I
 
M
A
 
T
V
 
L
E
 
D
A
 
L
S
 
A
R
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
I
L
 
A
T
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
A
N
 
N
S
 
A
T
 
T
L
 
A
D
 
E
A
 
A
C
 
I
R
 
S
Q
 
L
A
 
T
E
 
Q
A
 
R
G
 
F
S
 
N
R
 
D
H
 
S
G
 
G
A
 
I
A
 
V
G
 
G
Y
 
C
M
 
L
V
 
T
L
 
V
P
 
T
G
 
P
L
 
Y
R
x
Y
Y
 
N
L
 
R
S
 
P
D
 
S
R
 
Q
R
 
E
E
 
G
T
 
L
L
 
Y
H
 
Q
H
 
H
F
 
F
R
 
K
S
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
E
A
 
H
S
 
T
A
 
D
L
 
L
P
 
P
L
 
Q
M
 
I
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
L
 
S
A
x
R
Y
 
T
G
 
G
V
 
C
D
 
D
M
 
L
T
 
L
P
 
P
D
 
E
M
 
T
F
 
V
A
 
G
E
 
R
I
 
L
A
 
A
D
 
K
E
 
V
K
 
K
K
 
N
I
 
I
V
 
I
A
 
G
I
 
I
K
x
R
E
 
E
S
 
A
C
 
T
G
 
G
D
 
N
V
 
L
R
 
T
R
 
R
V
 
V
T
 
N
D
 
Q
L
 
I
I
 
K
N
 
E
V
 
L
V
 
V
G
 
S
D
 
D
R
 
D
F
 
F
A
 
V
I
 
L
L
 
L
C
 
S
G
 
G
V
 
D
D
 
D
N
 
A
L
 
S
A
 
A
M
 
L
E
 
D
A
 
F
I
 
M
L
 
Q
M
 
L
G
 
G
A
 
G
H
 
H
G
 
G
W
 
V
V
x
I
A
 
S
G
 
V
L
 
T
V
 
A
C
 
N
A
 
V
F
 
A
P
 
A
R
 
R
E
 
D
T
 
M
V
 
A
A
 
Q
I
 
M
Y
 
C
K
 
K
L
 
L
L
 
A
K
 
A
A
 
E
G
 
G
R
 
H
I
 
F
E
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
V
I
 
I
Y
 
N
R
 
Q
W
 
R
F
 
L
A
 
M
P
 
P
L
 
L
L
 
H
-
 
N
A
 
K
L
 
L
D
 
F
V
 
V
S
 
E
A
 
P
K
 
N
L
 
P
V
 
I
Q
 
P
N
 
-
I
 
V
K
 
K
L
 
W
A
 
A
E
 
C
A
 
K
I
 
E
V
 
L
G
 
G
L
 
L
-
 
V
G
 
A
T
 
T
E
 
D
P
 
T
V
 
L
R
 
R
P
 
L
P
 
P
R
 
M
L
 
T
P
 
P
L
 
I
A
 
T
G
 
D
D
 
S
E
 
G
R
 
R
K
 
E
A
 
T
V
 
V
E
 
R
A
 
A
L
 
A
I
 
L
R
 
K
K
 
H
S
 
A

4ptnA Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein in complex with magnesium cation coordinated l-glyceraldehyde (see paper)
29% identity, 93% coverage: 4:283/301 of query aligns to 2:286/298 of 4ptnA

query
sites
4ptnA
I
 
L
W
 
F
E
 
T
G
 
G
V
 
I
L
 
I
P
 
P
A
x
P
V
 
V
T
 
S
T
 
T
K
 
I
F
 
F
N
 
T
A
 
A
D
 
D
F
 
G
S
 
Q
I
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
P
W
 
G
T
 
T
G
 
A
K
 
A
N
 
L
I
 
I
E
 
D
A
 
D
Q
 
L
I
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
G
I
 
L
I
 
F
V
 
F
C
 
L
G
 
G
S
|
S
L
x
G
G
 
G
E
 
E
A
 
F
S
 
S
T
 
Q
L
 
L
S
 
G
L
 
A
D
 
E
E
 
E
K
 
R
L
 
K
Q
 
A
V
 
I
L
 
A
D
 
R
I
 
F
A
 
A
V
 
I
E
 
D
A
 
H
S
 
V
R
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
I
T
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
G
N
 
T
S
 
N
T
 
A
L
 
R
D
 
E
A
 
T
C
 
I
R
 
E
Q
 
L
A
 
S
E
 
Q
A
 
H
G
 
A
S
 
Q
R
 
Q
H
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
Y
 
I
M
 
V
V
 
V
L
 
I
P
 
N
G
 
P
L
 
Y
R
x
Y
Y
 
W
L
 
K
S
 
V
D
 
S
R
 
E
R
 
A
E
 
N
T
 
L
L
 
I
H
 
R
H
 
Y
F
 
F
R
 
E
S
 
Q
V
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
S
S
 
V
A
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
V
M
 
M
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
F
P
 
P
L
 
A
A
x
L
Y
 
T
G
 
G
V
 
Q
D
 
D
M
 
L
T
 
T
P
 
P
D
 
A
M
 
L
F
 
V
A
 
K
E
 
T
I
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
S
K
 
R
-
 
S
K
 
N
I
 
I
V
 
I
A
 
G
I
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
T
C
 
I
G
 
D
D
 
S
V
 
V
R
 
A
R
 
H
V
 
L
T
 
R
D
 
S
L
 
M
I
 
I
N
 
H
V
 
T
V
 
V
G
 
K
D
 
G
-
 
A
-
 
H
-
 
P
R
 
H
F
 
F
A
 
T
I
 
V
L
 
L
C
 
C
G
|
G
V
x
Y
D
 
D
N
 
D
L
 
H
A
 
L
M
 
F
E
 
N
A
 
T
I
 
L
L
 
L
M
 
L
G
 
G
A
 
G
H
 
D
G
 
G
W
 
A
V
x
I
A
 
S
G
x
A
L
 
S
V
 
G
C
 
N
A
 
F
F
 
A
P
 
P
R
 
Q
E
 
V
T
 
S
V
 
V
A
 
N
I
 
L
Y
 
L
K
 
K
L
 
A
L
 
W
K
 
R
A
 
D
G
 
G
R
 
D
I
 
V
E
 
A
E
 
K
A
 
A
R
 
A
A
 
G
I
 
Y
Y
 
H
R
 
Q
W
 
T
F
 
L
A
 
L
P
 
Q
L
 
I
L
 
P
A
 
Q
L
 
M
-
 
Y
D
 
Q
V
 
L
S
 
D
A
 
T
K
 
P
L
 
F
V
 
V
Q
 
N
N
 
V
I
 
I
K
 
K
L
 
-
A
 
-
E
 
E
A
 
A
I
 
I
V
 
V
G
 
L
L
 
C
G
 
G
-
 
R
-
 
P
-
 
V
T
 
S
E
 
T
P
 
H
V
 
V
R
 
L
P
 
P
P
 
P
R
 
A
L
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
-
G
 
D
D
 
E
E
 
P
R
 
R
K
 
K
A
 
A

4onvA Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein in complex with 2- keto-3-deoxy gluconate
29% identity, 93% coverage: 4:283/301 of query aligns to 2:286/298 of 4onvA

query
sites
4onvA
I
 
L
W
 
F
E
 
T
G
 
G
V
 
I
L
 
I
P
 
P
A
x
P
V
 
V
T
 
S
T
 
T
K
 
I
F
 
F
N
 
T
A
 
A
D
 
D
F
 
G
S
 
Q
I
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
P
W
 
G
T
 
T
G
 
A
K
 
A
N
 
L
I
 
I
E
 
D
A
 
D
Q
 
L
I
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
G
I
 
L
I
x
F
V
 
F
C
 
L
G
|
G
S
|
S
L
 
G
G
 
G
E
 
E
A
 
F
S
 
S
T
 
Q
L
 
L
S
 
G
L
 
A
D
 
E
E
 
E
K
 
R
L
 
K
Q
 
A
V
 
I
L
 
A
D
 
R
I
 
F
A
 
A
V
 
I
E
 
D
A
 
H
S
 
V
R
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
I
T
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
G
N
 
T
S
 
N
T
 
A
L
 
R
D
 
E
A
 
T
C
 
I
R
 
E
Q
 
L
A
 
S
E
 
Q
A
 
H
G
 
A
S
 
Q
R
 
Q
H
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
Y
 
I
M
 
V
V
 
V
L
 
I
P
 
N
G
 
P
L
 
Y
R
x
Y
Y
 
W
L
 
K
S
 
V
D
 
S
R
 
E
R
 
A
E
 
N
T
 
L
L
 
I
H
 
R
H
 
Y
F
 
F
R
 
E
S
 
Q
V
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
S
S
 
V
A
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
V
M
 
M
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
F
P
 
P
L
 
A
A
x
L
Y
 
T
G
 
G
V
 
Q
D
 
D
M
 
L
T
 
T
P
 
P
D
 
A
M
 
L
F
 
V
A
 
K
E
 
T
I
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
S
K
 
R
-
 
S
K
 
N
I
 
I
V
 
I
A
 
G
I
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
T
C
 
I
G
 
D
D
 
S
V
 
V
R
 
A
R
 
H
V
 
L
T
 
R
D
 
S
L
 
M
I
 
I
N
 
H
V
 
T
V
 
V
G
 
K
D
 
G
-
 
A
-
 
H
-
 
P
R
 
H
F
 
F
A
 
T
I
 
V
L
 
L
C
 
C
G
|
G
V
x
Y
D
 
D
N
 
D
L
 
H
A
 
L
M
 
F
E
 
N
A
 
T
I
 
L
L
 
L
M
 
L
G
 
G
A
 
G
H
 
D
G
 
G
W
 
A
V
x
I
A
x
S
G
 
A
L
 
S
V
 
G
C
 
N
A
 
F
F
 
A
P
 
P
R
 
Q
E
 
V
T
 
S
V
 
V
A
 
N
I
 
L
Y
 
L
K
 
K
L
 
A
L
 
W
K
 
R
A
 
D
G
 
G
R
 
D
I
 
V
E
 
A
E
 
K
A
 
A
R
 
A
A
 
G
I
 
Y
Y
 
H
R
 
Q
W
 
T
F
 
L
A
 
L
P
 
Q
L
 
I
L
 
P
A
 
Q
L
 
M
-
 
Y
D
 
Q
V
 
L
S
 
D
A
 
T
K
 
P
L
 
F
V
 
V
Q
 
N
N
 
V
I
 
I
K
 
K
L
 
-
A
 
-
E
 
E
A
 
A
I
 
I
V
 
V
G
 
L
L
 
C
G
 
G
-
 
R
-
 
P
-
 
V
T
 
S
E
 
T
P
 
H
V
 
V
R
 
L
P
 
P
P
 
P
R
 
A
L
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
-
G
 
D
D
 
E
E
 
P
R
 
R
K
 
K
A
 
A

4oe7D Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
29% identity, 93% coverage: 4:283/301 of query aligns to 2:286/298 of 4oe7D

query
sites
4oe7D
I
 
L
W
 
F
E
 
T
G
 
G
V
 
I
L
 
I
P
 
P
A
x
P
V
 
V
T
 
S
T
 
T
K
 
I
F
 
F
N
 
T
A
 
A
D
 
D
F
 
G
S
 
Q
I
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
P
W
 
G
T
 
T
G
 
A
K
 
A
N
 
L
I
 
I
E
 
D
A
 
D
Q
 
L
I
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
G
I
 
L
I
 
F
V
 
F
C
 
L
G
|
G
S
|
S
L
x
G
G
 
G
E
 
E
A
 
F
S
 
S
T
 
Q
L
 
L
S
 
G
L
 
A
D
 
E
E
 
E
K
 
R
L
 
K
Q
 
A
V
 
I
L
 
A
D
 
R
I
 
F
A
 
A
V
 
I
E
 
D
A
 
H
S
 
V
R
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
I
T
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
G
N
 
T
S
 
N
T
 
A
L
 
R
D
 
E
A
 
T
C
 
I
R
 
E
Q
 
L
A
 
S
E
 
Q
A
 
H
G
 
A
S
 
Q
R
 
Q
H
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
Y
 
I
M
 
V
V
 
V
L
 
I
P
 
N
G
 
P
L
 
Y
R
x
Y
Y
 
W
L
 
K
S
 
V
D
 
S
R
 
E
R
 
A
E
 
N
T
 
L
L
 
I
H
 
R
H
 
Y
F
 
F
R
 
E
S
 
Q
V
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
S
S
 
V
A
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
V
M
 
M
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
x
F
P
 
P
L
 
A
A
x
L
Y
 
T
G
 
G
V
 
Q
D
 
D
M
 
L
T
 
T
P
 
P
D
 
A
M
 
L
F
 
V
A
 
K
E
 
T
I
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
S
K
 
R
-
 
S
K
 
N
I
 
I
V
 
I
A
 
G
I
 
I
K
|
K
E
 
D
S
x
T
C
 
I
G
 
D
D
 
S
V
 
V
R
 
A
R
 
H
V
 
L
T
 
R
D
 
S
L
 
M
I
 
I
N
 
H
V
 
T
V
 
V
G
 
K
D
 
G
-
 
A
-
 
H
-
 
P
R
 
H
F
 
F
A
 
T
I
 
V
L
 
L
C
 
C
G
|
G
V
 
Y
D
 
D
N
 
D
L
 
H
A
 
L
M
 
F
E
 
N
A
 
T
I
 
L
L
 
L
M
 
L
G
 
G
A
 
G
H
 
D
G
 
G
W
 
A
V
x
I
A
 
S
G
 
A
L
 
S
V
 
G
C
 
N
A
 
F
F
 
A
P
 
P
R
 
Q
E
 
V
T
 
S
V
 
V
A
 
N
I
 
L
Y
 
L
K
 
K
L
 
A
L
 
W
K
 
R
A
 
D
G
 
G
R
 
D
I
 
V
E
 
A
E
 
K
A
 
A
R
 
A
A
 
G
I
 
Y
Y
 
H
R
 
Q
W
 
T
F
 
L
A
 
L
P
 
Q
L
 
I
L
 
P
A
 
Q
L
 
M
-
 
Y
D
 
Q
V
 
L
S
 
D
A
 
T
K
 
P
L
 
F
V
 
V
Q
 
N
N
 
V
I
 
I
K
 
K
L
 
-
A
 
-
E
 
E
A
 
A
I
 
I
V
 
V
G
 
L
L
 
C
G
 
G
-
 
R
-
 
P
-
 
V
T
 
S
E
 
T
P
 
H
V
 
V
R
 
L
P
 
P
P
 
P
R
 
A
L
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
-
G
 
D
D
 
E
E
 
P
R
 
R
K
 
K
A
 
A

4oe7B Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
29% identity, 93% coverage: 4:283/301 of query aligns to 2:286/298 of 4oe7B

query
sites
4oe7B
I
 
L
W
 
F
E
 
T
G
 
G
V
 
I
L
 
I
P
 
P
A
x
P
V
 
V
T
 
S
T
 
T
K
 
I
F
 
F
N
 
T
A
 
A
D
 
D
F
 
G
S
 
Q
I
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
P
W
 
G
T
 
T
G
 
A
K
 
A
N
 
L
I
 
I
E
 
D
A
 
D
Q
 
L
I
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
G
I
 
L
I
 
F
V
 
F
C
 
L
G
|
G
S
|
S
L
x
G
G
 
G
E
 
E
A
 
F
S
 
S
T
 
Q
L
 
L
S
 
G
L
 
A
D
 
E
E
 
E
K
 
R
L
 
K
Q
 
A
V
 
I
L
 
A
D
 
R
I
 
F
A
 
A
V
 
I
E
 
D
A
 
H
S
 
V
R
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
I
T
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
G
N
 
T
S
 
N
T
 
A
L
 
R
D
 
E
A
 
T
C
 
I
R
 
E
Q
 
L
A
 
S
E
 
Q
A
 
H
G
 
A
S
 
Q
R
 
Q
H
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
Y
 
I
M
 
V
V
 
V
L
 
I
P
 
N
G
 
P
L
 
Y
R
x
Y
Y
 
W
L
 
K
S
 
V
D
 
S
R
 
E
R
 
A
E
 
N
T
 
L
L
 
I
H
 
R
H
 
Y
F
 
F
R
 
E
S
 
Q
V
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
S
S
 
V
A
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
V
M
 
M
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
x
F
P
 
P
L
 
A
A
x
L
Y
 
T
G
 
G
V
 
Q
D
 
D
M
 
L
T
 
T
P
 
P
D
 
A
M
 
L
F
 
V
A
 
K
E
 
T
I
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
S
K
 
R
-
 
S
K
 
N
I
 
I
V
 
I
A
 
G
I
 
I
K
|
K
E
 
D
S
x
T
C
 
I
G
 
D
D
 
S
V
 
V
R
 
A
R
 
H
V
 
L
T
 
R
D
 
S
L
 
M
I
 
I
N
 
H
V
 
T
V
 
V
G
 
K
D
 
G
-
 
A
-
 
H
-
 
P
R
 
H
F
 
F
A
 
T
I
 
V
L
 
L
C
 
C
G
|
G
V
 
Y
D
 
D
N
 
D
L
 
H
A
 
L
M
 
F
E
 
N
A
 
T
I
 
L
L
 
L
M
 
L
G
 
G
A
 
G
H
 
D
G
 
G
W
 
A
V
x
I
A
 
S
G
 
A
L
 
S
V
 
G
C
 
N
A
 
F
F
 
A
P
 
P
R
 
Q
E
 
V
T
 
S
V
 
V
A
 
N
I
 
L
Y
 
L
K
 
K
L
 
A
L
 
W
K
 
R
A
 
D
G
 
G
R
 
D
I
 
V
E
 
A
E
 
K
A
 
A
R
 
A
A
 
G
I
 
Y
Y
 
H
R
 
Q
W
 
T
F
 
L
A
 
L
P
 
Q
L
 
I
L
 
P
A
 
Q
L
 
M
-
 
Y
D
 
Q
V
 
L
S
 
D
A
 
T
K
 
P
L
 
F
V
 
V
Q
 
N
N
 
V
I
 
I
K
 
K
L
 
-
A
 
-
E
 
E
A
 
A
I
 
I
V
 
V
G
 
L
L
 
C
G
 
G
-
 
R
-
 
P
-
 
V
T
 
S
E
 
T
P
 
H
V
 
V
R
 
L
P
 
P
P
 
P
R
 
A
L
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
-
G
 
D
D
 
E
E
 
P
R
 
R
K
 
K
A
 
A

4oe7A Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
29% identity, 93% coverage: 4:283/301 of query aligns to 2:286/298 of 4oe7A

query
sites
4oe7A
I
 
L
W
 
F
E
 
T
G
 
G
V
 
I
L
 
I
P
 
P
A
x
P
V
 
V
T
 
S
T
 
T
K
 
I
F
 
F
N
 
T
A
 
A
D
 
D
F
 
G
S
 
Q
I
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
P
W
 
G
T
 
T
G
 
A
K
 
A
N
 
L
I
 
I
E
 
D
A
 
D
Q
 
L
I
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
G
I
 
L
I
 
F
V
 
F
C
 
L
G
|
G
S
|
S
L
x
G
G
 
G
E
 
E
A
 
F
S
 
S
T
 
Q
L
 
L
S
 
G
L
 
A
D
 
E
E
 
E
K
 
R
L
 
K
Q
 
A
V
 
I
L
 
A
D
 
R
I
 
F
A
 
A
V
 
I
E
 
D
A
 
H
S
 
V
R
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
I
T
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
G
N
 
T
S
 
N
T
 
A
L
 
R
D
 
E
A
 
T
C
 
I
R
 
E
Q
 
L
A
 
S
E
 
Q
A
 
H
G
 
A
S
 
Q
R
 
Q
H
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
Y
 
I
M
 
V
V
 
V
L
 
I
P
 
N
G
 
P
L
 
Y
R
x
Y
Y
 
W
L
 
K
S
 
V
D
 
S
R
 
E
R
 
A
E
 
N
T
 
L
L
 
I
H
 
R
H
 
Y
F
 
F
R
 
E
S
 
Q
V
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
S
S
 
V
A
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
V
M
 
M
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
F
P
 
P
L
 
A
A
x
L
Y
 
T
G
 
G
V
 
Q
D
 
D
M
 
L
T
 
T
P
 
P
D
 
A
M
 
L
F
 
V
A
 
K
E
 
T
I
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
S
K
 
R
-
 
S
K
 
N
I
 
I
V
 
I
A
 
G
I
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
T
C
 
I
G
 
D
D
 
S
V
 
V
R
 
A
R
 
H
V
 
L
T
 
R
D
 
S
L
 
M
I
 
I
N
 
H
V
 
T
V
 
V
G
 
K
D
 
G
-
 
A
-
 
H
-
 
P
R
 
H
F
 
F
A
 
T
I
 
V
L
 
L
C
 
C
G
 
G
V
 
Y
D
 
D
N
 
D
L
 
H
A
 
L
M
 
F
E
 
N
A
 
T
I
 
L
L
 
L
M
 
L
G
 
G
A
 
G
H
 
D
G
 
G
W
 
A
V
x
I
A
 
S
G
 
A
L
 
S
V
 
G
C
 
N
A
 
F
F
 
A
P
 
P
R
 
Q
E
 
V
T
 
S
V
 
V
A
 
N
I
 
L
Y
 
L
K
 
K
L
 
A
L
 
W
K
 
R
A
 
D
G
 
G
R
 
D
I
 
V
E
 
A
E
 
K
A
 
A
R
 
A
A
 
G
I
 
Y
Y
 
H
R
 
Q
W
 
T
F
 
L
A
 
L
P
 
Q
L
 
I
L
 
P
A
 
Q
L
 
M
-
 
Y
D
 
Q
V
 
L
S
 
D
A
 
T
K
 
P
L
 
F
V
 
V
Q
 
N
N
 
V
I
 
I
K
 
K
L
 
-
A
 
-
E
 
E
A
 
A
I
 
I
V
 
V
G
 
L
L
 
C
G
 
G
-
 
R
-
 
P
-
 
V
T
 
S
E
 
T
P
 
H
V
 
V
R
 
L
P
 
P
P
 
P
R
 
A
L
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
-
G
 
D
D
 
E
E
 
P
R
 
R
K
 
K
A
 
A

3nevA Crystal structure of yage, a prophage protein from e. Coli k12 in complex with kdgal (see paper)
29% identity, 93% coverage: 4:283/301 of query aligns to 2:286/298 of 3nevA

query
sites
3nevA
I
 
L
W
 
F
E
 
T
G
 
G
V
 
I
L
 
I
P
 
P
A
x
P
V
 
V
T
 
S
T
 
T
K
 
I
F
 
F
N
 
T
A
 
A
D
 
D
F
 
G
S
 
Q
I
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
P
W
 
G
T
 
T
G
 
A
K
 
A
N
 
L
I
 
I
E
 
D
A
 
D
Q
 
L
I
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
G
I
 
L
I
 
F
V
 
F
C
 
L
G
|
G
S
|
S
L
x
G
G
 
G
E
 
E
A
 
F
S
 
S
T
 
Q
L
 
L
S
 
G
L
 
A
D
 
E
E
 
E
K
 
R
L
 
K
Q
 
A
V
 
I
L
 
A
D
 
R
I
 
F
A
 
A
V
 
I
E
 
D
A
 
H
S
 
V
R
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
I
T
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
G
N
 
T
S
 
N
T
 
A
L
 
R
D
 
E
A
 
T
C
 
I
R
 
E
Q
 
L
A
 
S
E
 
Q
A
 
H
G
 
A
S
 
Q
R
 
Q
H
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
Y
 
I
M
 
V
V
 
V
L
 
I
P
 
N
G
 
P
L
 
Y
R
x
Y
Y
 
W
L
 
K
S
 
V
D
 
S
R
 
E
R
 
A
E
 
N
T
 
L
L
 
I
H
 
R
H
 
Y
F
 
F
R
 
E
S
 
Q
V
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
S
S
 
V
A
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
V
M
 
M
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
x
F
P
 
P
L
 
A
A
x
L
Y
 
T
G
 
G
V
 
Q
D
 
D
M
 
L
T
 
T
P
 
P
D
 
A
M
 
L
F
 
V
A
 
K
E
 
T
I
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
S
K
 
R
-
 
S
K
 
N
I
 
I
V
 
I
A
 
G
I
 
I
K
|
K
E
 
D
S
x
T
C
 
I
G
 
D
D
 
S
V
 
V
R
 
A
R
 
H
V
 
L
T
 
R
D
 
S
L
 
M
I
 
I
N
 
H
V
 
T
V
 
V
G
 
K
D
 
G
-
 
A
-
 
H
-
 
P
R
 
H
F
 
F
A
 
T
I
 
V
L
 
L
C
 
C
G
|
G
V
 
Y
D
 
D
N
 
D
L
 
H
A
 
L
M
 
F
E
 
N
A
 
T
I
 
L
L
 
L
M
 
L
G
 
G
A
 
G
H
 
D
G
 
G
W
 
A
V
x
I
A
 
S
G
x
A
L
 
S
V
 
G
C
 
N
A
 
F
F
 
A
P
 
P
R
 
Q
E
 
V
T
 
S
V
 
V
A
 
N
I
 
L
Y
 
L
K
 
K
L
 
A
L
 
W
K
 
R
A
 
D
G
 
G
R
 
D
I
 
V
E
 
A
E
 
K
A
 
A
R
 
A
A
 
G
I
 
Y
Y
 
H
R
 
Q
W
 
T
F
 
L
A
 
L
P
 
Q
L
 
I
L
 
P
A
 
Q
L
 
M
-
 
Y
D
 
Q
V
 
L
S
 
D
A
 
T
K
 
P
L
 
F
V
 
V
Q
 
N
N
 
V
I
 
I
K
 
K
L
 
-
A
 
-
E
 
E
A
 
A
I
 
I
V
 
V
G
 
L
L
 
C
G
 
G
-
 
R
-
 
P
-
 
V
T
 
S
E
 
T
P
 
H
V
 
V
R
 
L
P
 
P
P
 
P
R
 
A
L
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
-
G
 
D
D
 
E
E
 
P
R
 
R
K
 
K
A
 
A

4dxvA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with mg and cl ions at 1.80 a resolution
30% identity, 92% coverage: 6:282/301 of query aligns to 3:279/291 of 4dxvA

query
sites
4dxvA
E
 
Q
G
 
G
V
 
S
L
 
I
P
 
V
A
 
A
V
 
I
T
 
V
T
 
T
K
 
P
F
 
M
N
 
L
A
 
K
D
 
D
F
 
G
S
 
G
I
 
V
D
 
D
R
 
W
A
 
K
W
 
S
T
 
L
G
 
E
K
 
K
N
 
L
I
 
V
E
 
E
A
 
W
Q
 
H
I
 
I
D
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
T
D
 
N
G
 
S
I
 
I
I
 
V
V
 
A
C
 
V
G
 
G
S
x
T
L
 
T
G
 
G
E
 
E
A
 
A
S
 
S
T
 
T
L
 
L
S
 
S
L
 
M
D
 
E
E
 
E
K
 
H
L
 
T
Q
 
Q
V
 
V
L
 
I
D
 
K
I
 
E
A
 
I
V
 
I
E
 
R
A
 
V
S
 
A
R
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
L
 
A
T
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
A
N
 
N
S
 
S
T
 
T
L
 
R
D
 
E
A
 
A
C
 
I
R
 
E
Q
 
L
A
 
T
E
 
K
A
 
A
G
 
A
S
 
K
R
 
D
H
 
L
G
 
G
A
 
A
-
 
D
A
 
A
G
 
A
Y
 
L
M
 
L
V
 
V
L
x
T
P
 
P
G
 
-
L
 
-
R
 
Y
Y
|
Y
L
 
N
S
 
K
D
 
P
R
 
T
R
 
Q
E
 
E
T
 
G
L
 
L
H
 
Y
-
 
Q
H
 
H
F
 
Y
R
 
K
S
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
E
A
 
A
S
 
V
A
 
E
L
 
L
P
 
P
L
 
L
M
 
I
I
 
L
Y
|
Y
N
|
N
N
x
V
P
|
P
L
 
G
A
x
R
Y
x
T
G
 
G
V
 
V
D
 
D
M
 
L
T
 
S
P
 
N
D
 
D
M
 
T
F
 
A
A
 
V
E
 
R
I
 
L
A
 
A
D
 
E
E
 
I
K
 
P
K
 
N
I
 
I
V
 
V
A
 
G
I
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
A
C
 
T
G
 
G
D
 
D
V
 
V
R
 
P
R
 
R
V
 
G
T
 
K
D
 
A
L
 
L
I
 
I
N
 
D
V
 
A
V
 
L
G
 
N
D
 
G
R
 
K
F
 
M
A
 
A
I
 
V
L
 
Y
C
 
S
G
 
G
V
 
D
D
 
D
N
 
E
L
 
T
A
 
A
M
 
W
E
 
E
A
 
L
I
 
M
L
 
L
M
 
L
G
 
G
A
 
A
H
 
D
G
 
G
W
 
N
V
x
I
A
 
S
G
 
V
L
 
T
V
 
A
C
 
N
A
 
I
F
 
A
P
 
P
R
 
K
E
 
A
T
 
M
V
 
S
A
 
E
I
 
V
Y
 
C
K
 
A
L
 
V
L
 
A
K
 
I
A
 
A
G
 
K
R
 
D
I
 
E
E
 
Q
E
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
T
I
 
L
Y
 
N
R
 
N
W
 
K
F
 
I
A
 
A
P
 
N
L
 
L
L
 
H
A
 
N
L
 
I
D
 
L
V
 
F
S
 
C
A
 
E
K
 
S
L
 
N
V
 
P
Q
 
I
N
 
P
I
 
V
K
 
K
L
 
W
A
 
A
E
 
L
A
 
H
I
 
E
V
 
M
G
 
G
L
 
L
G
 
I
T
 
D
E
 
T
P
 
G
V
 
I
R
 
R
P
 
L
P
 
P
R
 
L
L
 
T
P
 
P
L
 
L
A
 
A
G
 
E
D
 
Q
E
 
Y
R
 
R
K
 
E

3u8gA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with oxalic acid at 1.80 a resolution
30% identity, 92% coverage: 6:282/301 of query aligns to 3:279/291 of 3u8gA

query
sites
3u8gA
E
 
Q
G
 
G
V
 
S
L
 
I
P
 
V
A
|
A
V
 
I
T
 
V
T
 
T
K
 
P
F
 
M
N
 
L
A
 
K
D
 
D
F
 
G
S
 
G
I
 
V
D
 
D
R
 
W
A
 
K
W
 
S
T
 
L
G
 
E
K
 
K
N
 
L
I
 
V
E
 
E
A
 
W
Q
 
H
I
 
I
D
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
T
D
 
N
G
 
S
I
 
I
I
 
V
V
 
A
C
 
V
G
|
G
S
x
T
L
x
T
G
 
G
E
 
E
A
 
A
S
 
S
T
 
T
L
 
L
S
 
S
L
 
M
D
 
E
E
 
E
K
 
H
L
 
T
Q
 
Q
V
 
V
L
 
I
D
 
K
I
 
E
A
 
I
V
 
I
E
 
R
A
 
V
S
 
A
R
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
L
 
A
T
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
A
N
 
N
S
 
S
T
 
T
L
 
R
D
 
E
A
 
A
C
 
I
R
 
E
Q
 
L
A
 
T
E
 
K
A
 
A
G
 
A
S
 
K
R
 
D
H
 
L
G
 
G
A
 
A
-
 
D
A
 
A
G
 
A
Y
x
L
M
 
L
V
 
V
L
 
T
P
 
P
G
 
-
L
 
-
R
 
Y
Y
|
Y
L
 
N
S
 
K
D
 
P
R
 
T
R
 
Q
E
 
E
T
 
G
L
 
L
H
 
Y
-
 
Q
H
 
H
F
 
Y
R
 
K
S
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
E
A
 
A
S
 
V
A
 
E
L
 
L
P
 
P
L
 
L
M
 
I
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
L
 
G
A
x
R
Y
 
T
G
 
G
V
 
V
D
 
D
M
 
L
T
 
S
P
 
N
D
 
D
M
 
T
F
 
A
A
 
V
E
 
R
I
 
L
A
 
A
D
 
E
E
 
I
K
 
P
K
 
N
I
 
I
V
 
V
A
 
G
I
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
A
C
 
T
G
 
G
D
 
D
V
 
V
R
 
P
R
 
R
V
 
G
T
 
K
D
 
A
L
 
L
I
 
I
N
 
D
V
 
A
V
 
L
G
 
N
D
 
G
R
 
K
F
 
M
A
 
A
I
 
V
L
 
Y
C
 
S
G
 
G
V
 
D
D
 
D
N
 
E
L
 
T
A
 
A
M
 
W
E
 
E
A
 
L
I
 
M
L
 
L
M
 
L
G
 
G
A
 
A
H
 
D
G
 
G
W
 
N
V
x
I
A
 
S
G
 
V
L
 
T
V
 
A
C
 
N
A
 
I
F
 
A
P
 
P
R
 
K
E
 
A
T
 
M
V
 
S
A
 
E
I
 
V
Y
 
C
K
 
A
L
 
V
L
 
A
K
 
I
A
 
A
G
 
K
R
 
D
I
 
E
E
 
Q
E
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
T
I
 
L
Y
 
N
R
 
N
W
 
K
F
 
I
A
 
A
P
 
N
L
 
L
L
 
H
A
 
N
L
 
I
D
 
L
V
 
F
S
 
C
A
 
E
K
 
S
L
 
N
V
 
P
Q
 
I
N
 
P
I
 
V
K
 
K
L
 
W
A
 
A
E
 
L
A
 
H
I
 
E
V
 
M
G
 
G
L
 
L
G
 
I
T
 
D
E
 
T
P
 
G
V
 
I
R
 
R
P
 
L
P
 
P
R
 
L
L
 
T
P
 
P
L
 
L
A
 
A
G
 
E
D
 
Q
E
 
Y
R
 
R
K
 
E

3tdfA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 2-ketobutanoic acid at 1.99 a resolution
30% identity, 92% coverage: 6:282/301 of query aligns to 3:279/291 of 3tdfA

query
sites
3tdfA
E
 
Q
G
 
G
V
 
S
L
 
I
P
 
V
A
|
A
V
 
I
T
 
V
T
 
T
K
 
P
F
 
M
N
 
L
A
 
K
D
 
D
F
 
G
S
 
G
I
 
V
D
 
D
R
 
W
A
 
K
W
 
S
T
 
L
G
 
E
K
 
K
N
 
L
I
 
V
E
 
E
A
 
W
Q
 
H
I
 
I
D
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
T
D
 
N
G
 
S
I
 
I
I
 
V
V
 
A
C
 
V
G
 
G
S
x
T
L
x
T
G
 
G
E
 
E
A
 
A
S
 
S
T
 
T
L
 
L
S
 
S
L
 
M
D
 
E
E
 
E
K
 
H
L
 
T
Q
 
Q
V
 
V
L
 
I
D
 
K
I
 
E
A
 
I
V
 
I
E
 
R
A
 
V
S
 
A
R
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
L
 
A
T
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
A
N
 
N
S
 
S
T
 
T
L
 
R
D
 
E
A
 
A
C
 
I
R
 
E
Q
 
L
A
 
T
E
 
K
A
 
A
G
 
A
S
 
K
R
 
D
H
 
L
G
 
G
A
 
A
-
 
D
A
 
A
G
 
A
Y
 
L
M
 
L
V
 
V
L
 
T
P
 
P
G
 
-
L
 
-
R
 
Y
Y
|
Y
L
 
N
S
 
K
D
 
P
R
 
T
R
 
Q
E
 
E
T
 
G
L
 
L
H
 
Y
-
 
Q
H
 
H
F
 
Y
R
 
K
S
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
E
A
 
A
S
 
V
A
 
E
L
 
L
P
 
P
L
 
L
M
 
I
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
L
 
G
A
x
R
Y
 
T
G
 
G
V
 
V
D
 
D
M
 
L
T
 
S
P
 
N
D
 
D
M
 
T
F
 
A
A
 
V
E
 
R
I
 
L
A
 
A
D
 
E
E
 
I
K
 
P
K
 
N
I
 
I
V
 
V
A
 
G
I
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
A
C
 
T
G
 
G
D
 
D
V
 
V
R
 
P
R
 
R
V
 
G
T
 
K
D
 
A
L
 
L
I
 
I
N
 
D
V
 
A
V
 
L
G
 
N
D
 
G
R
 
K
F
 
M
A
 
A
I
 
V
L
 
Y
C
 
S
G
 
G
V
 
D
D
 
D
N
 
E
L
 
T
A
 
A
M
 
W
E
 
E
A
 
L
I
 
M
L
 
L
M
 
L
G
 
G
A
 
A
H
 
D
G
 
G
W
 
N
V
x
I
A
 
S
G
 
V
L
 
T
V
 
A
C
 
N
A
 
I
F
 
A
P
 
P
R
 
K
E
 
A
T
 
M
V
 
S
A
 
E
I
 
V
Y
 
C
K
 
A
L
 
V
L
 
A
K
 
I
A
 
A
G
 
K
R
 
D
I
 
E
E
 
Q
E
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
T
I
 
L
Y
 
N
R
 
N
W
 
K
F
 
I
A
 
A
P
 
N
L
 
L
L
 
H
A
 
N
L
 
I
D
 
L
V
 
F
S
 
C
A
 
E
K
 
S
L
 
N
V
 
P
Q
 
I
N
 
P
I
 
V
K
 
K
L
 
W
A
 
A
E
 
L
A
 
H
I
 
E
V
 
M
G
 
G
L
 
L
G
 
I
T
 
D
E
 
T
P
 
G
V
 
I
R
 
R
P
 
L
P
 
P
R
 
L
L
 
T
P
 
P
L
 
L
A
 
A
G
 
E
D
 
Q
E
 
Y
R
 
R
K
 
E

3tceA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 5-hydroxylysine at 2.6 a resolution
30% identity, 92% coverage: 6:282/301 of query aligns to 3:279/291 of 3tceA

query
sites
3tceA
E
 
Q
G
 
G
V
 
S
L
 
I
P
 
V
A
 
A
V
 
I
T
 
V
T
 
T
K
 
P
F
 
M
N
 
L
A
 
K
D
 
D
F
 
G
S
 
G
I
 
V
D
 
D
R
 
W
A
 
K
W
 
S
T
 
L
G
 
E
K
 
K
N
 
L
I
 
V
E
 
E
A
 
W
Q
 
H
I
 
I
D
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
T
D
 
N
G
 
S
I
 
I
I
 
V
V
 
A
C
 
V
G
 
G
S
x
T
L
 
T
G
 
G
E
 
E
A
 
A
S
|
S
T
 
T
L
|
L
S
 
S
L
 
M
D
 
E
E
 
E
K
x
H
L
 
T
Q
 
Q
V
 
V
L
 
I
D
 
K
I
 
E
A
 
I
V
 
I
E
 
R
A
 
V
S
 
A
R
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
L
 
A
T
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
A
N
 
N
S
 
S
T
 
T
L
 
R
D
 
E
A
 
A
C
 
I
R
 
E
Q
 
L
A
 
T
E
 
K
A
 
A
G
 
A
S
 
K
R
 
D
H
 
L
G
 
G
A
 
A
-
 
D
A
 
A
G
 
A
Y
 
L
M
 
L
V
 
V
L
 
T
P
 
P
G
 
-
L
 
-
R
x
Y
Y
|
Y
L
 
N
S
 
K
D
 
P
R
 
T
R
 
Q
E
 
E
T
 
G
L
 
L
H
 
Y
-
 
Q
H
 
H
F
 
Y
R
 
K
S
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
E
A
 
A
S
 
V
A
 
E
L
 
L
P
 
P
L
 
L
M
 
I
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
L
 
G
A
x
R
Y
 
T
G
 
G
V
 
V
D
 
D
M
 
L
T
 
S
P
 
N
D
 
D
M
 
T
F
 
A
A
 
V
E
 
R
I
 
L
A
 
A
D
 
E
E
 
I
K
 
P
K
 
N
I
 
I
V
 
V
A
 
G
I
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
A
C
 
T
G
 
G
D
 
D
V
 
V
R
 
P
R
 
R
V
 
G
T
 
K
D
 
A
L
 
L
I
 
I
N
 
D
V
 
A
V
 
L
G
 
N
D
 
G
R
 
K
F
 
M
A
 
A
I
 
V
L
 
Y
C
 
S
G
 
G
V
 
D
D
 
D
N
 
E
L
 
T
A
 
A
M
 
W
E
 
E
A
 
L
I
 
M
L
 
L
M
 
L
G
 
G
A
 
A
H
 
D
G
 
G
W
 
N
V
x
I
A
 
S
G
 
V
L
 
T
V
 
A
C
 
N
A
 
I
F
 
A
P
 
P
R
 
K
E
 
A
T
 
M
V
 
S
A
 
E
I
 
V
Y
 
C
K
 
A
L
 
V
L
 
A
K
 
I
A
 
A
G
 
K
R
 
D
I
 
E
E
 
Q
E
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
T
I
 
L
Y
 
N
R
 
N
W
 
K
F
 
I
A
 
A
P
 
N
L
 
L
L
 
H
A
 
N
L
 
I
D
 
L
V
 
F
S
 
C
A
 
E
K
 
S
L
 
N
V
 
P
Q
 
I
N
 
P
I
 
V
K
 
K
L
 
W
A
 
A
E
 
L
A
 
H
I
 
E
V
 
M
G
 
G
L
 
L
G
 
I
T
 
D
E
 
T
P
 
G
V
 
I
R
 
R
P
 
L
P
 
P
R
 
L
L
 
T
P
 
P
L
 
L
A
 
A
G
 
E
D
 
Q
E
 
Y
R
 
R
K
 
E

3rk8A Crystal structure of the chloride inhibited dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with pyruvate at 1.8 a resolution
30% identity, 92% coverage: 6:282/301 of query aligns to 3:279/291 of 3rk8A

query
sites
3rk8A
E
 
Q
G
 
G
V
 
S
L
 
I
P
 
V
A
 
A
V
 
I
T
 
V
T
 
T
K
 
P
F
 
M
N
 
L
A
 
K
D
 
D
F
 
G
S
 
G
I
 
V
D
 
D
R
 
W
A
 
K
W
 
S
T
 
L
G
 
E
K
 
K
N
 
L
I
 
V
E
 
E
A
 
W
Q
 
H
I
 
I
D
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
T
D
 
N
G
 
S
I
 
I
I
 
V
V
 
A
C
 
V
G
 
G
S
x
T
L
 
T
G
 
G
E
 
E
A
 
A
S
 
S
T
 
T
L
 
L
S
 
S
L
 
M
D
 
E
E
 
E
K
 
H
L
 
T
Q
 
Q
V
 
V
L
 
I
D
 
K
I
 
E
A
 
I
V
 
I
E
 
R
A
 
V
S
 
A
R
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
L
 
A
T
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
A
N
 
N
S
 
S
T
 
T
L
 
R
D
 
E
A
 
A
C
 
I
R
 
E
Q
 
L
A
 
T
E
 
K
A
 
A
G
 
A
S
 
K
R
 
D
H
 
L
G
 
G
A
 
A
-
 
D
A
 
A
G
 
A