SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing BPHYT_RS22745 FitnessBrowser__BFirm:BPHYT_RS22745 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
33% identity, 82% coverage: 38:311/334 of query aligns to 3:269/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
V
 
I
G
 
G
L
 
L
I
 
V
T
 
I
K
 
S
T
 
T
D
 
L
T
 
N
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
|
F
V
 
V
K
 
T
M
 
L
K
 
K
Q
 
N
G
 
G
A
 
A
E
 
E
A
 
E
A
 
K
A
 
A
S
 
K
K
 
E
D
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
K
L
 
I
I
 
I
T
 
V
A
 
E
A
 
D
G
 
S
K
 
Q
F
 
-
D
 
-
G
 
N
D
 
D
N
 
S
A
 
S
S
 
K
Q
 
E
V
 
L
T
 
S
A
 
N
I
 
V
E
 
E
N
 
D
M
 
L
M
 
I
T
 
Q
A
 
Q
G
 
K
A
 
V
K
 
D
A
 
V
I
 
L
L
 
L
I
 
I
T
 
N
P
 
P
S
 
V
D
 
D
T
 
S
K
 
D
A
 
A
I
 
V
V
 
V
P
 
T
S
 
A
I
 
I
K
 
K
K
 
E
A
 
A
R
 
N
A
 
S
A
 
K
G
 
N
V
 
I
M
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
T
L
 
I
D
|
D
T
x
R
P
 
S
T
 
A
D
 
N
P
 
G
Q
 
G
D
 
D
A
 
V
T
 
V
D
 
-
A
 
C
L
 
H
F
 
I
A
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
F
 
V
K
 
K
A
 
G
G
 
G
V
 
E
L
 
M
I
 
A
G
 
A
K
 
E
Y
 
F
A
 
I
K
 
A
A
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
K
G
 
G
K
 
K
P
 
-
A
 
G
K
 
N
I
 
V
A
 
V
T
 
E
L
 
L
D
 
E
L
 
G
A
 
I
P
 
P
G
 
G
V
 
A
S
 
S
V
x
A
G
 
A
V
 
R
L
 
D
R
|
R
H
 
G
N
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
D
E
 
E
G
 
A
F
 
I
G
 
A
V
 
-
K
 
K
E
 
Y
G
 
P
D
 
D
P
 
I
S
 
K
V
 
I
V
 
V
C
 
A
S
 
K
Q
 
Q
D
 
A
T
 
A
R
 
D
G
x
F
D
 
D
Q
 
R
A
 
S
K
 
K
G
 
G
Q
 
L
T
 
S
A
 
V
M
 
M
E
 
E
N
 
N
C
 
I
L
 
L
Q
 
Q
K
 
A
S
 
Q
P
 
P
D
 
K
I
 
I
N
 
D
V
 
A
V
 
V
Y
 
F
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
E
 
D
P
 
E
A
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
I
R
 
K
A
 
A
L
 
I
K
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
N
K
 
R
D
 
-
K
 
Q
S
 
G
V
 
I
M
 
I
I
 
V
V
 
V
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
T
C
 
E
E
 
D
G
 
A
V
 
L
R
 
K
N
 
A
V
 
I
K
 
K
A
 
E
G
 
G
A
 
K
I
 
M
A
 
A
A
 
A
T
 
T
S
 
I
Q
 
A
Q
|
Q
Y
 
Q
P
 
P
L
 
A
K
 
L
M
 
M
A
 
G
S
 
S
L
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
E
A
 
M
G
 
A
V
 
D
E
 
K
Y
 
Y
A
 
L
K
 
K
T
 
-
G
 
G
K
 
E
K
 
K
V
 
I
S
 
P
G
 
N
Y
 
F
Q
 
I
D
 
P
T
 
A
G
 
E
V
 
L
T
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
34% identity, 82% coverage: 38:311/334 of query aligns to 11:275/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
V
 
L
G
 
G
L
 
V
I
 
S
T
 
I
K
 
S
T
 
T
D
 
T
T
 
N
N
|
N
P
 
P
F
x
Y
F
|
F
V
 
V
K
 
A
M
 
M
K
 
K
Q
 
D
G
 
G
A
 
I
E
 
D
A
 
K
A
 
Y
A
 
A
S
 
S
K
 
N
D
 
K
G
 
K
A
 
I
K
 
S
L
 
I
I
 
K
T
 
V
A
 
A
A
 
D
G
 
A
K
 
Q
F
 
D
D
 
D
G
 
A
D
 
-
N
 
-
A
 
A
S
 
R
Q
 
Q
V
 
A
T
 
D
A
 
D
I
 
V
E
 
Q
N
 
N
M
 
F
M
 
I
T
 
S
A
 
Q
G
 
N
A
 
V
K
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
L
I
 
I
T
 
N
P
 
P
S
 
V
D
 
D
T
 
S
K
 
K
A
 
A
I
 
I
V
 
V
P
 
T
S
 
A
I
 
I
K
 
K
K
 
S
A
 
A
R
 
N
A
 
N
A
 
A
G
 
N
V
 
I
M
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
L
L
 
M
D
|
D
T
x
R
P
 
G
T
 
S
D
 
E
P
 
G
Q
 
G
D
 
K
A
 
V
T
 
L
D
 
T
A
 
T
L
 
V
F
 
-
A
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
F
 
V
K
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
K
L
 
M
I
 
A
G
 
A
K
 
D
Y
 
Y
A
 
A
K
 
V
A
 
K
A
 
K
L
 
L
N
 
-
G
 
G
K
 
K
P
 
K
A
 
A
K
 
K
I
 
A
A
 
F
T
 
E
L
 
L
D
 
S
L
 
G
A
 
V
P
 
P
G
 
G
V
 
A
S
 
S
V
 
A
G
 
T
V
 
V
L
 
D
R
|
R
H
 
G
N
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
-
E
 
-
G
 
-
F
 
H
G
 
S
V
 
V
K
 
A
E
 
K
G
 
S
D
 
K
P
 
L
S
 
D
V
 
M
V
 
L
C
 
S
S
 
S
Q
 
Q
D
 
S
T
 
A
R
 
N
G
x
F
D
 
D
Q
 
R
A
 
A
K
 
K
G
 
A
Q
 
L
T
 
N
A
 
T
M
 
T
E
 
Q
N
 
N
C
 
M
L
 
I
Q
 
Q
K
 
G
S
 
H
P
 
K
D
 
D
I
 
V
N
 
Q
V
 
I
V
 
I
Y
 
F
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
E
 
D
P
 
E
A
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
A
R
 
Q
A
 
A
L
 
V
K
 
K
A
 
S
A
 
A
G
 
G
K
 
L
D
 
-
K
 
Q
S
 
N
V
 
V
M
 
L
I
 
I
V
 
V
S
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
G
 
Q
C
 
P
E
 
D
G
 
A
V
 
H
R
 
D
N
 
A
V
 
I
K
 
K
A
 
K
G
 
G
A
 
D
I
 
I
A
 
S
A
 
A
T
 
T
S
 
I
Q
 
A
Q
|
Q
Y
 
Q
P
 
P
L
 
A
K
 
K
M
 
M
A
 
G
S
 
E
L
 
I
G
 
A
V
 
I
T
 
Q
A
 
A
G
 
A
V
 
I
E
 
D
Y
 
Y
A
 
Y
K
 
K
T
 
-
G
 
G
K
 
K
K
 
K
V
 
V
S
 
E
G
 
K
Y
 
E
Q
 
T
D
 
I
T
 
S
G
 
P
V
 
I
T
 
Y
L
 
L
I
 
V
T
 
T

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
31% identity, 76% coverage: 34:286/334 of query aligns to 1:256/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
D
 
D
Q
 
K
P
 
P
V
 
Q
V
 
I
G
 
A
L
 
L
I
 
L
T
 
M
K
|
K
T
 
T
D
 
L
T
 
S
N
|
N
P
 
E
F
x
Y
F
 
F
V
 
I
K
 
S
M
 
M
K
 
R
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
E
 
E
A
 
E
A
 
T
A
 
A
S
 
K
K
 
Q
D
 
K
G
 
D
A
 
I
K
 
D
L
 
L
I
 
I
T
 
V
A
 
Q
A
 
V
G
 
A
K
 
E
F
 
K
D
 
E
G
 
D
D
 
S
N
 
T
A
 
E
S
 
Q
Q
 
L
V
 
V
T
 
G
A
 
L
I
 
V
E
 
E
N
 
N
M
 
M
M
 
I
T
 
A
A
 
K
G
 
K
A
 
V
K
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
S
 
N
D
 
D
T
 
S
K
 
I
A
 
A
I
 
F
V
 
I
P
 
P
S
 
A
I
 
F
K
 
Q
K
 
K
A
 
A
R
 
E
A
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
I
M
 
P
V
 
I
V
 
I
A
 
D
L
 
L
D
|
D
T
 
V
P
 
R
T
 
L
D
 
D
P
 
A
Q
 
K
D
 
A
A
 
A
T
 
E
D
 
A
A
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
F
-
 
N
L
 
Y
F
 
V
A
 
G
T
 
V
D
 
D
N
 
N
F
 
F
K
 
N
A
 
G
G
 
G
V
 
Y
L
 
L
I
 
E
G
 
A
K
 
K
Y
 
N
A
 
L
K
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
I
N
 
-
G
 
G
K
 
K
P
 
K
A
 
G
K
 
N
I
 
V
A
 
A
T
 
I
L
 
L
D
 
E
L
 
G
A
 
I
P
 
P
G
 
G
V
 
V
S
 
D
V
x
N
G
 
G
V
 
E
L
 
Q
R
|
R
H
 
K
N
 
G
G
 
G
F
 
A
L
 
L
E
 
K
G
 
A
F
 
F
G
 
A
V
 
-
K
 
E
E
 
Y
G
 
P
D
 
D
P
 
I
S
 
K
V
 
I
V
 
V
C
 
A
S
 
S
Q
 
Q
D
 
S
T
 
A
R
 
N
G
x
W
D
 
E
Q
 
T
A
 
E
K
 
Q
G
 
A
Q
 
L
T
 
N
A
 
V
M
 
T
E
 
T
N
 
N
C
 
I
L
 
L
Q
 
T
K
 
A
S
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
I
N
 
N
V
 
G
V
 
I
Y
 
F
T
 
A
I
 
A
N
 
N
E
 
D
P
 
N
A
 
M
A
 
A
A
 
I
G
 
G
A
 
A
Y
 
V
R
 
T
A
 
A
L
 
V
K
 
E
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
L
D
 
A
K
 
G
S
 
K
V
 
V
M
 
L
I
 
V
V
 
S
S
 
G
I
 
Y
D
|
D
G
 
G
G
 
I
C
 
P
E
 
L
G
 
A
V
 
I
R
 
E
N
 
Y
V
 
V
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
A
 
K
I
 
M
A
 
Q
A
 
N
T
 
T
S
 
I
Q
 
D
Q
|
Q
Y
 
L
P
 
P
L
 
K
K
 
K
M
 
Q
A
 
V
S
 
A
L
 
I
G
 
A
V
 
I

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
33% identity, 79% coverage: 38:300/334 of query aligns to 4:258/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
V
 
I
G
 
A
L
 
L
I
 
V
T
 
V
K
 
S
T
 
T
D
 
L
T
 
N
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
 
F
V
 
V
K
 
S
M
 
L
K
 
K
Q
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
A
 
K
A
 
E
A
 
A
S
 
D
K
 
K
D
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
N
L
 
L
I
 
V
T
 
V
A
 
-
A
 
-
G
 
-
K
 
-
F
 
L
D
 
D
G
 
S
D
 
Q
N
 
N
-
 
N
-
 
P
A
 
A
S
 
K
Q
 
E
V
 
L
T
 
A
A
 
N
I
 
V
E
 
Q
N
 
D
M
 
L
M
 
T
T
 
V
A
 
R
G
 
G
A
 
T
K
 
K
A
 
I
I
 
L
L
 
L
I
 
I
T
 
N
P
 
P
S
 
T
D
 
D
T
 
S
K
 
D
A
 
A
I
 
V
V
 
D
P
 
N
S
 
A
I
 
V
K
 
K
K
 
M
A
 
A
R
 
N
A
 
Q
A
 
A
G
 
N
V
 
I
M
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
T
L
 
L
D
|
D
T
x
R
P
 
Q
T
 
A
D
 
T
P
 
K
Q
 
G
D
 
E
A
 
V
T
 
V
D
 
S
A
 
H
L
 
I
F
 
-
A
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
F
 
V
K
 
L
A
 
G
G
 
G
V
 
K
L
 
I
I
 
A
G
 
G
K
 
D
Y
 
Y
-
 
I
A
 
A
K
 
K
A
 
K
A
 
A
L
 
-
N
 
-
G
 
G
K
 
E
P
 
G
A
 
A
K
 
K
I
 
V
A
 
I
T
 
E
L
 
L
D
 
Q
L
 
G
A
 
I
P
 
A
G
 
G
V
 
T
S
 
S
V
 
A
G
 
A
V
 
R
L
 
E
R
|
R
H
 
G
N
 
E
G
 
G
F
 
F
L
 
Q
E
 
Q
G
 
A
F
 
V
G
 
A
V
 
A
K
 
H
E
 
K
G
 
F
D
 
N
P
 
-
S
 
-
V
 
V
V
 
L
C
 
A
S
 
S
Q
 
Q
D
 
P
T
 
A
R
 
D
G
x
F
D
 
D
Q
 
R
A
 
I
K
 
K
G
 
G
Q
 
L
T
 
N
A
 
V
M
 
M
E
 
Q
N
 
N
C
 
L
L
 
L
Q
 
T
K
 
A
S
 
H
P
 
P
D
 
D
I
 
V
N
 
Q
V
 
A
V
 
V
Y
 
F
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
E
 
D
P
 
E
A
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
A
 
T
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
-
K
 
S
S
 
D
V
 
V
M
 
M
I
 
V
V
 
V
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
T
C
 
P
E
 
D
G
 
G
V
 
E
R
 
K
N
 
A
V
 
V
K
 
N
A
 
D
G
 
G
A
 
K
I
 
L
A
 
A
A
 
A
T
 
T
S
 
I
Q
 
A
Q
 
Q
Y
 
L
P
 
P
L
 
D
K
 
Q
M
 
I
A
 
G
S
 
A
L
 
K
G
 
G
V
 
V
T
 
E
A
 
T
G
 
A
V
 
D
E
 
K
Y
 
V
A
 
L
K
 
K
T
 
-
G
 
G
K
 
E
K
 
K
V
 
V
S
 
Q

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
31% identity, 83% coverage: 35:312/334 of query aligns to 2:270/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
Q
 
Q
P
 
E
V
 
T
V
 
I
G
 
A
L
 
L
I
 
T
T
 
V
K
 
S
T
 
T
D
 
L
T
 
D
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
|
F
V
 
V
K
 
S
M
 
L
K
 
K
Q
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
A
 
K
A
 
K
A
 
A
S
 
T
K
 
E
D
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
K
L
 
L
I
 
V
T
 
V
A
 
L
A
 
D
G
 
S
K
 
Q
F
 
-
D
 
-
G
 
N
D
 
D
N
 
P
A
 
S
S
 
K
Q
 
E
V
 
L
T
 
S
A
 
N
I
 
V
E
 
E
N
 
D
M
 
L
M
 
T
T
 
V
A
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
A
 
V
I
 
L
L
 
L
I
 
I
T
 
N
P
 
P
S
 
T
D
 
D
T
 
S
K
 
A
A
 
A
I
 
V
V
 
S
P
 
N
S
 
A
I
 
V
K
 
A
K
 
I
A
 
A
R
 
N
A
 
R
A
 
N
G
 
K
V
 
I
M
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
T
L
 
L
D
|
D
T
x
R
P
 
G
T
 
A
D
 
A
P
 
K
Q
 
G
D
 
E
A
 
V
T
 
V
D
 
S
A
 
H
L
 
I
F
 
-
A
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
F
 
V
K
 
A
A
 
G
G
 
G
V
 
K
L
 
M
I
 
A
G
 
G
K
 
D
Y
 
F
A
 
I
K
 
A
A
 
Q
A
 
K
L
 
L
N
 
-
G
 
G
K
 
D
P
 
G
A
 
A
K
 
K
I
 
V
A
 
I
T
 
Q
L
 
L
D
 
E
L
 
G
A
 
L
P
 
A
G
 
G
V
 
T
S
 
S
V
 
A
G
 
A
V
 
R
L
 
E
R
|
R
H
 
G
N
 
E
G
 
G
F
 
F
L
 
K
E
 
Q
G
 
A
F
 
I
G
 
E
V
 
A
K
 
H
E
 
K
G
 
F
D
 
D
P
 
-
S
 
-
V
 
V
V
 
L
C
 
A
S
 
S
Q
 
Q
D
 
P
T
 
A
R
 
D
G
x
F
D
 
D
Q
 
R
A
 
T
K
 
K
G
 
G
Q
 
L
T
 
N
A
 
V
M
 
T
E
 
E
N
 
N
C
 
L
L
 
L
Q
 
A
K
 
S
S
 
K
P
 
G
D
 
S
I
 
V
N
 
Q
V
 
A
V
 
I
Y
 
F
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
E
 
D
P
 
E
A
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
I
K
 
S
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
-
K
 
-
S
 
K
V
 
V
M
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
T
C
 
E
E
 
D
G
 
G
V
 
V
R
 
K
N
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
S
G
 
G
A
 
K
I
 
L
A
 
A
A
 
A
T
 
T
S
 
V
Q
 
A
Q
|
Q
Y
 
Q
P
 
P
L
 
E
K
 
L
M
 
I
A
 
G
S
 
S
L
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
E
A
 
T
G
 
A
V
 
D
E
 
K
Y
 
I
A
 
L
K
 
K
T
 
-
G
 
G
K
 
E
K
 
K
V
 
V
S
 
D
G
 
A
Y
 
K
Q
 
I
D
 
P
T
 
V
G
 
A
V
 
L
T
 
K
L
 
V
I
 
V
T
 
T
D
 
E

1rpjA Crystal structure of d-allose binding protein from escherichia coli (see paper)
29% identity, 78% coverage: 40:299/334 of query aligns to 6:270/288 of 1rpjA

query
sites
1rpjA
L
 
V
I
 
V
T
 
L
K
|
K
T
 
T
D
 
L
T
 
S
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
 
W
V
 
V
K
 
D
M
 
M
K
 
K
Q
 
K
G
 
G
A
 
I
E
 
E
A
 
D
A
 
E
A
 
A
S
 
K
K
 
T
D
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
S
L
 
V
I
 
D
T
 
I
A
 
F
A
 
A
G
 
S
K
 
P
F
 
S
D
x
E
G
 
G
D
 
D
N
 
F
A
 
Q
S
 
S
Q
 
Q
V
 
L
T
 
Q
A
 
L
I
 
F
E
 
E
N
 
D
M
 
L
M
 
S
T
 
N
A
 
K
G
 
N
A
 
Y
K
 
K
A
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
F
T
 
A
P
 
P
S
 
L
D
 
S
T
 
S
K
 
V
A
 
N
I
 
L
V
 
V
P
 
M
S
 
P
I
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
A
R
 
W
A
 
K
A
 
K
G
 
G
V
 
I
M
 
Y
V
 
L
V
 
V
A
 
N
L
 
L
D
|
D
T
 
E
P
 
K
T
 
I
D
 
D
P
 
M
Q
 
D
D
 
N
A
 
L
-
 
K
-
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
T
 
V
D
 
E
A
 
A
L
 
F
F
 
V
A
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
F
 
V
K
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
A
L
 
K
I
 
G
G
 
A
K
 
S
Y
 
F
A
 
I
K
 
I
A
 
D
A
 
K
L
 
L
N
 
G
G
 
A
K
 
E
P
 
G
A
 
G
K
 
E
I
 
V
A
 
A
T
 
I
L
 
I
D
 
E
L
 
G
A
 
K
P
 
A
G
 
G
V
 
N
S
 
A
V
x
S
G
 
G
V
 
E
L
 
A
R
|
R
H
 
R
N
 
N
G
 
G
F
 
A
L
 
T
E
 
E
G
 
A
F
 
F
G
 
K
V
 
-
K
 
K
E
 
A
G
 
S
D
 
Q
P
 
I
S
 
K
V
 
L
V
 
V
C
 
A
S
 
S
Q
 
Q
D
 
P
T
 
A
R
 
D
G
x
W
D
 
D
Q
 
R
A
 
I
K
 
K
G
 
A
Q
 
L
T
 
D
A
 
V
M
 
A
E
 
T
N
 
N
C
 
V
L
 
L
Q
 
Q
K
 
R
S
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
I
N
 
K
V
 
A
V
 
I
Y
 
Y
T
 
C
I
 
A
N
|
N
E
 
D
P
 
T
A
 
M
A
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
V
Y
 
A
R
 
Q
A
 
A
L
 
V
K
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
T
K
 
G
S
 
K
V
 
V
M
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
I
 
T
D
|
D
G
 
G
G
 
I
C
 
P
E
 
E
G
 
A
V
 
R
R
 
K
N
 
M
V
 
V
K
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
Q
I
 
M
A
 
T
A
 
A
T
 
T
S
 
V
Q
 
A
Q
|
Q
Y
 
N
P
 
P
L
 
A
K
 
D
M
 
I
A
 
G
S
 
A
L
 
T
G
 
G
V
 
L
T
 
K
A
 
L
G
 
M
V
 
V
E
 
D
Y
 
A
A
 
E
K
 
K
T
 
S
G
 
G
K
 
K
K
 
V
V
 
I

1gudA Hinge-bending motion of d-allose binding protein from escherichia coli: three open conformations (see paper)
29% identity, 78% coverage: 40:299/334 of query aligns to 6:270/288 of 1gudA

query
sites
1gudA
L
 
V
I
 
V
T
 
L
K
 
K
T
 
T
D
 
L
T
 
S
N
 
N
P
 
P
F
 
F
F
 
W
V
 
V
K
 
D
M
 
M
K
 
K
Q
 
K
G
 
G
A
 
I
E
 
E
A
 
D
A
 
E
A
 
A
S
 
K
K
 
T
D
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
S
L
 
V
I
x
D
T
 
I
A
 
F
A
 
A
G
 
S
K
 
P
F
 
S
D
 
E
G
 
G
D
 
D
N
 
F
A
 
Q
S
 
S
Q
 
Q
V
 
L
T
 
Q
A
 
L
I
 
F
E
 
E
N
 
D
M
 
L
M
 
S
T
 
N
A
 
K
G
 
N
A
 
Y
K
 
K
A
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
F
T
 
A
P
 
P
S
 
L
D
 
S
T
 
S
K
 
V
A
 
N
I
 
L
V
 
V
P
 
M
S
 
P
I
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
A
R
 
W
A
 
K
A
 
K
G
 
G
V
 
I
M
 
Y
V
 
L
V
 
V
A
 
N
L
 
L
D
 
D
T
 
E
P
 
K
T
 
I
D
 
D
P
 
M
Q
 
D
D
 
N
A
 
L
-
 
K
-
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
T
 
V
D
 
E
A
 
A
L
 
F
F
 
V
A
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
F
 
V
K
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
A
L
 
K
I
 
G
G
 
A
K
 
S
Y
 
F
A
 
I
K
 
I
A
 
D
A
 
K
L
 
L
N
 
G
G
 
A
K
 
E
P
 
G
A
 
G
K
 
E
I
 
V
A
 
A
T
 
I
L
 
I
D
 
E
L
 
G
A
 
K
P
 
A
G
 
G
V
 
N
S
 
A
V
 
S
G
 
G
V
 
E
L
 
A
R
 
R
H
 
R
N
 
N
G
 
G
F
 
A
L
 
T
E
 
E
G
 
A
F
 
F
G
 
K
V
 
-
K
 
K
E
 
A
G
 
S
D
 
Q
P
 
I
S
 
K
V
 
L
V
 
V
C
 
A
S
 
S
Q
 
Q
D
 
P
T
 
A
R
 
D
G
 
W
D
 
D
Q
 
R
A
 
I
K
 
K
G
 
A
Q
 
L
T
 
D
A
 
V
M
 
A
E
 
T
N
 
N
C
 
V
L
 
L
Q
 
Q
K
 
R
S
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
I
N
 
K
V
 
A
V
 
I
Y
 
Y
T
 
C
I
 
A
N
 
N
E
 
D
P
 
T
A
 
M
A
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
V
Y
 
A
R
 
Q
A
 
A
L
 
V
K
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
T
K
 
G
S
 
K
V
 
V
M
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
I
 
T
D
 
D
G
 
G
G
 
I
C
 
P
E
 
E
G
 
A
V
 
R
R
 
K
N
 
M
V
 
V
K
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
Q
I
 
M
A
 
T
A
 
A
T
 
T
S
 
V
Q
 
A
Q
 
Q
Y
 
N
P
 
P
L
 
A
K
 
D
M
 
I
A
 
G
S
 
A
L
 
T
G
 
G
V
 
L
T
 
K
A
 
L
G
 
M
V
 
V
E
 
D
Y
 
A
A
 
E
K
 
K
T
 
S
G
 
G
K
 
K
K
 
V
V
 
I

Sites not aligning to the query:

8wlbA X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-psicose (see paper)
30% identity, 78% coverage: 40:299/334 of query aligns to 6:270/288 of 8wlbA

query
sites
8wlbA
L
 
V
I
 
V
T
 
L
K
|
K
T
 
T
D
 
L
T
 
S
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
x
W
V
 
V
K
 
D
M
 
M
K
 
K
Q
 
K
G
 
G
A
 
I
E
 
E
A
 
D
A
 
E
A
 
A
S
 
K
K
 
T
D
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
S
L
 
V
I
 
D
T
 
I
A
 
F
A
 
A
G
 
S
K
 
P
F
 
S
D
 
E
G
 
G
D
 
D
N
 
F
A
 
Q
S
 
S
Q
 
Q
V
 
L
T
 
Q
A
 
L
I
 
F
E
 
E
N
 
D
M
 
L
M
 
S
T
 
N
A
 
K
G
 
K
A
 
Y
K
 
K
A
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
F
T
 
A
P
 
P
S
 
L
D
 
S
T
 
S
K
 
V
A
 
N
I
 
L
V
 
V
P
 
M
S
 
P
I
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
A
R
 
W
A
 
Q
A
 
K
G
 
G
V
 
L
M
 
Y
V
 
L
V
 
V
A
 
N
L
 
L
D
|
D
T
x
E
P
 
K
T
 
I
D
 
D
P
 
M
Q
 
D
D
 
N
A
 
L
T
 
K
D
 
K
A
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
-
 
V
-
 
E
-
 
G
L
 
F
F
 
V
A
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
F
 
V
K
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
A
L
 
K
I
 
G
G
 
A
K
 
D
Y
 
F
A
 
I
K
 
I
A
 
N
A
 
K
L
 
L
N
 
G
G
 
A
K
 
E
P
 
G
A
 
G
K
 
E
I
 
V
A
 
A
T
 
I
L
 
I
D
 
E
L
 
G
A
 
K
P
 
A
G
 
G
V
 
N
S
 
A
V
x
S
G
 
G
V
 
E
L
 
A
R
|
R
H
 
R
N
 
N
G
 
G
F
 
A
L
 
T
E
 
E
G
 
A
F
 
F
G
 
K
V
 
-
K
 
K
E
 
A
G
 
N
D
 
Q
P
 
I
S
 
K
V
 
L
V
 
V
C
 
A
S
 
S
Q
 
Q
D
 
P
T
 
A
R
 
D
G
 
W
D
 
D
Q
 
R
A
 
I
K
 
K
G
 
A
Q
 
L
T
 
D
A
 
V
M
 
A
E
 
T
N
 
N
C
 
V
L
 
L
Q
 
Q
K
 
R
S
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
L
N
 
K
V
 
A
V
 
F
Y
 
Y
T
 
C
I
 
A
N
|
N
E
 
D
P
 
T
A
 
M
A
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
V
Y
 
A
R
 
Q
A
 
A
L
 
V
K
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
I
K
 
G
S
 
K
V
 
V
M
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
I
 
T
D
|
D
G
 
G
G
 
I
C
 
P
E
 
E
G
 
A
V
 
R
R
 
K
N
 
M
V
 
V
K
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
Q
I
 
M
A
 
T
A
 
A
T
 
T
S
 
V
Q
 
A
Q
|
Q
Y
 
N
P
 
P
L
 
A
K
 
D
M
 
I
A
 
G
S
 
A
L
 
T
G
 
G
V
 
L
T
 
K
A
 
L
G
 
M
V
 
V
E
 
D
Y
 
A
A
 
A
K
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
K
K
 
V
V
 
I

8wl9A X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-ribose (see paper)
30% identity, 78% coverage: 40:299/334 of query aligns to 6:270/288 of 8wl9A

query
sites
8wl9A
L
 
V
I
 
V
T
 
L
K
 
K
T
 
T
D
 
L
T
 
S
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
 
W
V
 
V
K
 
D
M
 
M
K
 
K
Q
 
K
G
 
G
A
 
I
E
 
E
A
 
D
A
 
E
A
 
A
S
 
K
K
 
T
D
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
S
L
 
V
I
 
D
T
 
I
A
 
F
A
 
A
G
 
S
K
 
P
F
 
S
D
 
E
G
 
G
D
 
D
N
 
F
A
 
Q
S
 
S
Q
 
Q
V
 
L
T
 
Q
A
 
L
I
 
F
E
 
E
N
 
D
M
 
L
M
 
S
T
 
N
A
 
K
G
 
K
A
 
Y
K
 
K
A
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
F
T
 
A
P
 
P
S
 
L
D
 
S
T
 
S
K
 
V
A
 
N
I
 
L
V
 
V
P
 
M
S
 
P
I
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
A
R
 
W
A
 
Q
A
 
K
G
 
G
V
 
L
M
 
Y
V
 
L
V
 
V
A
 
N
L
 
L
D
|
D
T
 
E
P
 
K
T
 
I
D
 
D
P
 
M
Q
 
D
D
 
N
A
 
L
T
 
K
D
 
K
A
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
-
 
V
-
 
E
-
 
G
L
 
F
F
 
V
A
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
F
 
V
K
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
A
L
 
K
I
 
G
G
 
A
K
 
D
Y
 
F
A
 
I
K
 
I
A
 
N
A
 
K
L
 
L
N
 
G
G
 
A
K
 
E
P
 
G
A
 
G
K
 
E
I
 
V
A
 
A
T
 
I
L
 
I
D
 
E
L
 
G
A
 
K
P
 
A
G
 
G
V
 
N
S
 
A
V
 
S
G
 
G
V
 
E
L
 
A
R
|
R
H
 
R
N
 
N
G
 
G
F
 
A
L
 
T
E
 
E
G
 
A
F
 
F
G
 
K
V
 
-
K
 
K
E
 
A
G
 
N
D
 
Q
P
 
I
S
 
K
V
 
L
V
 
V
C
 
A
S
 
S
Q
 
Q
D
 
P
T
 
A
R
 
D
G
x
W
D
 
D
Q
 
R
A
 
I
K
 
K
G
 
A
Q
 
L
T
 
D
A
 
V
M
 
A
E
 
T
N
 
N
C
 
V
L
 
L
Q
 
Q
K
 
R
S
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
L
N
 
K
V
 
A
V
 
F
Y
 
Y
T
 
C
I
 
A
N
|
N
E
 
D
P
 
T
A
 
M
A
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
V
Y
 
A
R
 
Q
A
 
A
L
 
V
K
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
I
K
 
G
S
 
K
V
 
V
M
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
I
 
T
D
|
D
G
 
G
G
 
I
C
 
P
E
 
E
G
 
A
V
 
R
R
 
K
N
 
M
V
 
V
K
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
Q
I
 
M
A
 
T
A
 
A
T
 
T
S
 
V
Q
 
A
Q
|
Q
Y
 
N
P
 
P
L
 
A
K
 
D
M
 
I
A
 
G
S
 
A
L
 
T
G
 
G
V
 
L
T
 
K
A
 
L
G
 
M
V
 
V
E
 
D
Y
 
A
A
 
A
K
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
K
K
 
V
V
 
I

4wutA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from agrobacterium vitis (avi_5133, target efi-511220) with bound d-fucose
32% identity, 84% coverage: 38:316/334 of query aligns to 3:285/290 of 4wutA

query
sites
4wutA
V
 
I
G
 
A
L
 
V
I
 
I
T
 
V
K
|
K
T
 
T
D
 
V
T
 
N
N
 
S
P
 
T
F
 
F
F
x
W
V
 
Q
K
 
N
M
 
V
K
 
Q
Q
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
I
S
 
G
K
 
K
D
 
Q
G
 
K
A
 
A
K
 
H
L
 
T
I
 
I
T
 
T
A
 
F
A
 
Q
G
 
G
-
 
P
K
 
A
F
 
A
D
x
E
G
 
S
D
 
A
N
 
I
A
 
A
S
 
D
Q
 
Q
V
 
V
T
 
N
A
 
M
I
 
V
E
 
E
N
 
N
M
 
A
M
 
V
T
 
N
A
 
R
G
 
K
A
 
V
K
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
L
I
 
L
T
 
A
P
 
P
S
 
S
D
 
D
T
 
P
K
 
D
A
 
A
I
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
A
I
 
V
K
 
K
K
 
K
A
 
A
R
 
W
A
 
E
A
 
A
G
 
R
V
 
I
M
 
P
V
 
V
V
 
V
A
 
I
L
 
I
D
|
D
T
 
S
-
 
M
-
 
L
P
 
S
T
 
K
D
 
D
P
 
A
Q
 
E
D
 
K
A
 
Y
T
 
Y
D
 
Q
A
 
A
L
 
F
F
 
L
A
 
A
T
 
T
D
 
D
N
 
N
F
 
K
K
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
E
L
 
L
I
 
A
G
 
-
K
 
-
Y
 
-
A
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
M
L
 
I
N
 
Q
-
 
K
-
 
V
G
 
G
K
 
T
P
 
E
A
 
G
K
 
K
I
 
I
A
 
A
T
 
V
L
 
M
D
 
S
L
 
Y
A
 
V
P
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
G
V
 
S
G
 
E
V
 
I
L
 
G
R
|
R
H
 
V
N
 
G
G
 
G
F
 
F
L
 
T
E
 
D
G
 
-
F
 
Y
G
 
I
V
x
K
K
 
A
E
 
N
G
x
S
D
 
K
P
 
L
S
 
Q
V
 
I
V
 
V
C
 
G
S
 
P
Q
 
Y
D
 
Y
T
 
S
R
 
Q
G
 
S
D
 
Q
Q
 
M
A
 
A
K
 
T
G
 
A
Q
 
L
T
x
N
A
 
Q
M
 
T
E
 
T
N
x
D
C
 
V
L
 
L
Q
 
A
K
 
A
S
 
N
P
 
A
D
 
D
I
 
L
N
 
K
V
 
G
V
 
I
Y
 
F
T
 
G
I
 
A
N
|
N
E
 
E
P
 
P
A
 
T
A
 
A
A
 
I
G
 
G
A
 
M
Y
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
K
 
K
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
A
K
 
G
S
 
K
V
 
L
M
 
V
I
 
A
V
 
I
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
N
C
 
Q
E
 
D
G
 
L
V
 
Q
R
 
E
N
 
F
V
 
V
K
 
K
A
 
D
G
 
G
A
 
T
I
 
L
A
 
E
A
 
A
T
 
T
S
 
V
Q
 
V
Q
|
Q
Y
 
G
P
 
S
L
 
Y
K
 
Q
M
 
M
A
 
G
S
 
E
L
 
K
G
 
G
V
 
V
T
 
D
A
 
T
G
 
L
V
 
L
E
 
K
Y
 
L
A
 
L
K
 
-
T
 
S
G
 
K
K
 
E
K
 
K
V
 
V
S
 
E
G
 
K
Y
 
F
Q
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
T
 
V
L
 
V
I
 
V
T
 
T
-
 
K
-
 
Q
-
 
N
-
 
I
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
E
A
 
A

4ry9B Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
28% identity, 77% coverage: 38:294/334 of query aligns to 5:265/297 of 4ry9B

query
sites
4ry9B
V
 
I
G
 
G
L
 
V
I
 
S
T
 
M
K
|
K
T
 
T
D
 
L
T
 
S
N
 
A
P
 
P
F
x
Y
F
|
F
V
 
A
K
 
A
M
 
Q
K
 
M
Q
 
E
G
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
A
A
 
R
A
 
G
S
 
K
K
 
E
D
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
E
L
 
V
I
 
L
T
 
A
-
 
T
-
 
D
A
 
A
A
 
Q
G
 
G
K
 
K
F
 
L
D
 
Q
G
 
-
D
 
-
N
 
-
A
 
-
S
 
K
Q
 
Q
V
 
I
T
 
S
A
 
D
I
 
V
E
 
E
N
 
D
M
 
L
M
 
V
T
 
T
A
 
R
G
 
G
A
 
V
K
 
K
A
 
L
I
 
L
L
 
I
I
 
I
T
 
N
P
 
P
S
 
A
D
|
D
T
x
S
K
 
E
A
 
G
I
 
L
V
 
V
P
 
N
S
 
A
I
 
V
K
 
N
K
 
N
A
 
A
R
 
S
A
 
A
A
 
N
G
 
G
V
 
V
M
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
I
D
|
D
T
x
S
P
x
T
T
 
L
D
 
N
P
 
P
Q
 
R
D
 
A
A
 
N
T
 
F
D
 
V
A
 
T
L
 
Q
F
 
V
A
 
Q
T
 
S
D
 
S
N
 
N
F
 
S
K
 
I
A
 
N
G
 
G
V
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
G
K
 
H
Y
 
W
A
 
V
K
 
I
A
 
E
A
 
E
L
 
V
N
 
G
G
 
N
K
 
K
P
 
S
A
 
L
K
 
K
I
 
I
A
 
A
T
 
L
L
 
L
D
 
S
L
 
G
A
 
E
P
 
K
G
 
G
V
x
N
S
x
P
V
 
V
G
 
G
V
 
Q
L
 
E
R
|
R
H
 
R
N
 
L
G
 
G
F
 
V
L
 
L
E
 
S
G
 
G
-
 
I
-
 
I
-
 
E
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
R
-
 
K
F
 
F
G
 
G
V
 
-
K
 
-
E
 
K
G
 
A
D
 
D
P
 
L
S
 
T
V
 
V
V
 
V
C
 
G
S
 
Q
Q
 
G
D
 
W
T
 
G
R
 
H
G
x
W
D
 
N
Q
 
D
A
 
E
K
 
G
G
 
G
Q
 
L
T
 
K
A
 
A
M
 
M
E
 
E
N
 
D
C
 
L
L
 
L
Q
 
V
K
 
A
S
 
N
P
 
K
D
 
D
I
 
I
N
 
N
V
 
M
V
 
V
Y
 
L
T
 
G
I
 
E
N
|
N
E
 
D
P
 
S
A
 
M
A
 
V
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
R
R
 
R
A
 
A
L
 
I
K
 
E
A
 
S
A
 
A
G
 
G
K
 
R
D
 
T
K
 
G
S
 
I
V
 
L
M
 
L
I
 
V
V
 
A
S
 
A
I
 
A
D
|
D
G
 
A
G
 
Q
C
 
K
E
 
E
G
 
A
V
 
L
R
 
A
N
 
L
V
 
I
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
A
 
K
I
 
Y
A
 
G
A
 
V
T
 
T
S
 
G
Q
 
L
Q
 
N
Y
 
D
P
 
P
L
 
A
K
 
L
M
 
V
A
 
A
S
 
R
L
 
T
G
 
A
V
 
I
T
 
D
A
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
K
Y
 
V
A
 
V
K
 
K

4ry9A Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
28% identity, 77% coverage: 38:294/334 of query aligns to 5:265/297 of 4ry9A

query
sites
4ry9A
V
 
I
G
 
G
L
 
V
I
 
S
T
 
M
K
|
K
T
 
T
D
 
L
T
 
S
N
 
A
P
 
P
F
x
Y
F
|
F
V
 
A
K
 
A
M
 
Q
K
 
M
Q
 
E
G
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
A
A
 
R
A
 
G
S
 
K
K
 
E
D
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
E
L
 
V
I
 
L
T
 
A
-
 
T
-
 
D
A
 
A
A
 
Q
G
 
G
K
 
K
F
 
L
D
 
Q
G
 
-
D
 
-
N
 
-
A
 
-
S
 
K
Q
 
Q
V
 
I
T
 
S
A
 
D
I
 
V
E
 
E
N
 
D
M
 
L
M
 
V
T
 
T
A
 
R
G
 
G
A
 
V
K
 
K
A
 
L
I
 
L
L
 
I
I
 
I
T
 
N
P
 
P
S
 
A
D
 
D
T
 
S
K
 
E
A
 
G
I
 
L
V
 
V
P
 
N
S
 
A
I
 
V
K
 
N
K
 
N
A
 
A
R
 
S
A
 
A
A
 
N
G
 
G
V
 
V
M
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
I
D
|
D
T
x
S
P
 
T
T
 
L
D
 
N
P
 
P
Q
 
R
D
 
A
A
 
N
T
 
F
D
 
V
A
 
T
L
 
Q
F
 
V
A
 
Q
T
 
S
D
 
S
N
 
N
F
 
S
K
 
I
A
 
N
G
 
G
V
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
G
K
 
H
Y
 
W
A
 
V
K
 
I
A
 
E
A
 
E
L
 
V
N
 
G
G
 
N
K
 
K
P
 
S
A
 
L
K
 
K
I
 
I
A
 
A
T
 
L
L
 
L
D
 
S
L
 
G
A
 
E
P
 
K
G
 
G
V
x
N
S
 
P
V
 
V
G
 
G
V
 
Q
L
 
E
R
|
R
H
 
R
N
 
L
G
 
G
F
 
V
L
 
L
E
 
S
G
 
G
-
 
I
-
 
I
-
 
E
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
R
-
 
K
F
 
F
G
 
G
V
 
-
K
 
-
E
 
K
G
 
A
D
 
D
P
 
L
S
 
T
V
 
V
V
 
V
C
 
G
S
 
Q
Q
 
G
D
 
W
T
 
G
R
 
H
G
x
W
D
 
N
Q
 
D
A
 
E
K
 
G
G
 
G
Q
 
L
T
 
K
A
 
A
M
 
M
E
 
E
N
 
D
C
 
L
L
 
L
Q
 
V
K
 
A
S
 
N
P
 
K
D
 
D
I
 
I
N
 
N
V
 
M
V
 
V
Y
 
L
T
 
G
I
 
E
N
|
N
E
 
D
P
 
S
A
 
M
A
 
V
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
R
R
 
R
A
 
A
L
 
I
K
 
E
A
 
S
A
 
A
G
 
G
K
 
R
D
 
T
K
 
G
S
 
I
V
 
L
M
 
L
I
 
V
V
 
A
S
 
A
I
 
A
D
|
D
G
 
A
G
 
Q
C
 
K
E
 
E
G
 
A
V
 
L
R
 
A
N
 
L
V
 
I
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
A
 
K
I
 
Y
A
 
G
A
 
V
T
 
T
S
 
G
Q
 
L
Q
 
N
Y
 
D
P
 
P
L
 
A
K
 
L
M
 
V
A
 
A
S
 
R
L
 
T
G
 
A
V
 
I
T
 
D
A
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
K
Y
 
V
A
 
V
K
 
K

2h3hA Crystal structure of the liganded form of thermotoga maritima glucose binding protein (see paper)
31% identity, 89% coverage: 38:333/334 of query aligns to 4:307/313 of 2h3hA

query
sites
2h3hA
V
 
I
G
 
G
L
 
V
I
 
I
T
 
G
K
|
K
T
 
S
D
 
-
T
 
V
N
 
H
P
 
P
F
 
Y
F
 
W
V
 
S
K
 
Q
M
 
V
K
 
E
Q
 
Q
G
 
G
A
 
V
E
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
G
S
 
K
K
 
A
D
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
D
L
 
T
I
 
K
T
 
F
A
 
F
A
 
V
G
 
P
K
 
Q
F
 
K
D
 
E
G
 
D
D
 
I
N
 
N
A
 
A
S
 
-
Q
 
Q
V
 
L
T
 
Q
A
 
M
I
 
L
E
 
E
N
 
S
M
 
F
M
 
I
T
 
A
A
 
E
G
 
G
A
 
V
K
 
N
A
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
I
T
 
A
P
 
P
S
 
S
D
 
D
T
 
P
K
 
T
A
 
A
I
 
V
V
 
I
P
 
P
S
 
T
I
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
A
R
 
L
A
 
E
A
 
M
G
 
G
V
 
I
M
 
P
V
 
V
V
 
V
A
 
T
L
 
L
D
|
D
T
 
T
P
 
D
T
 
S
D
 
-
P
 
P
Q
 
D
D
 
S
A
 
G
T
 
R
D
 
Y
A
 
V
L
 
Y
F
 
I
A
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
F
 
Y
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
Y
L
 
T
I
 
A
G
 
G
K
 
L
Y
 
I
A
 
M
K
 
K
A
 
E
A
 
L
L
 
L
N
 
G
G
 
G
K
 
K
-
 
G
P
 
K
A
 
V
K
 
V
I
 
I
A
 
G
T
 
T
L
 
G
D
 
S
L
 
L
A
 
T
P
 
A
G
 
M
V
x
N
S
 
S
V
 
L
G
 
Q
V
 
-
L
 
-
R
|
R
H
 
I
N
 
Q
G
 
G
F
 
F
L
 
K
E
 
D
G
 
-
F
 
-
G
 
A
V
 
I
K
 
K
E
 
D
G
 
S
D
 
E
P
 
I
S
 
E
V
 
I
V
 
V
C
 
D
S
 
I
Q
 
L
D
 
N
T
 
D
R
 
E
G
x
E
D
 
D
Q
 
G
A
 
A
K
 
R
G
 
A
Q
 
V
T
 
S
A
 
L
M
 
A
E
 
E
N
 
A
C
 
A
L
 
L
Q
 
N
K
 
A
S
 
H
P
 
P
D
 
D
I
 
L
N
 
D
V
 
A
-
 
F
-
 
F
-
 
G
V
 
V
Y
|
Y
T
x
A
I
 
Y
N
 
N
E
 
G
P
 
P
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
G
 
-
A
 
-
Y
 
-
R
 
L
A
 
V
L
 
V
K
 
K
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
V
K
 
G
S
 
K
V
 
V
M
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
C
I
 
F
D
|
D
G
 
T
G
 
T
C
 
P
E
 
D
G
 
I
V
 
L
R
 
Q
N
 
Y
V
 
V
K
 
K
A
 
E
G
 
G
A
 
V
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
T
 
T
S
 
M
Q
 
G
Q
|
Q
Y
 
R
P
 
P
L
 
Y
K
 
M
M
 
M
A
 
G
S
 
Y
L
 
L
G
 
S
V
 
V
T
 
T
A
 
V
-
 
L
-
 
Y
-
 
L
-
 
M
-
 
N
-
 
K
-
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
Q
-
 
N
-
 
T
-
 
L
-
 
M
-
 
M
-
 
L
-
 
P
Y
 
K
A
 
V
K
 
K
T
 
V
G
 
D
K
 
G
K
 
K
V
 
V
S
 
D
G
 
Y
Y
 
V
Q
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
T
 
D
L
 
V
I
 
V
T
 
T
D
 
P
K
 
E
P
 
N
M
 
L
A
 
D
G
 
E
I
 
Y
D
 
L
S
 
K
K
 
K
D
 
M
T
 
E
K
 
E
F
 
L
G
 
G
L
 
I
D
 
P
N
 
I
C
 
K
W
 
F
G
 
G
N
 
S

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
27% identity, 82% coverage: 38:311/334 of query aligns to 4:279/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
V
 
M
G
 
A
L
 
I
I
 
V
T
 
I
K
 
S
T
 
T
D
 
L
T
 
N
N
|
N
P
 
P
F
x
W
F
|
F
V
 
V
K
 
V
M
 
L
K
 
A
Q
 
E
G
 
T
A
 
A
E
 
K
A
 
Q
A
 
R
A
 
A
S
 
E
K
 
Q
D
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
E
L
 
-
I
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
A
G
 
T
K
 
I
F
 
F
D
 
D
G
 
S
D
 
Q
N
 
N
-
 
D
-
 
T
A
 
A
S
 
K
Q
 
E
V
 
S
T
 
A
A
 
H
I
 
F
E
 
D
N
 
A
M
 
I
M
 
I
T
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
Y
K
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
F
T
 
N
P
 
P
S
 
T
D
 
D
T
 
A
K
 
D
A
 
G
I
 
S
V
 
I
P
 
A
S
 
N
I
 
V
K
 
K
K
 
R
A
 
A
R
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
M
 
P
V
 
V
V
 
F
A
 
C
L
 
V
D
|
D
T
x
R
P
 
G
T
 
I
D
 
N
P
 
A
Q
 
R
D
 
G
A
 
L
T
 
A
D
 
V
A
 
A
L
 
Q
F
 
I
A
 
Y
T
 
S
D
 
D
N
 
N
F
 
Y
K
 
Y
A
 
G
G
 
G
V
 
V
L
 
L
I
 
M
G
 
G
K
 
E
Y
 
Y
A
 
F
K
 
V
A
 
K
A
 
F
L
 
L
N
 
K
G
 
E
K
 
K
P
 
Y
A
 
P
K
 
D
I
 
A
A
 
K
T
 
E
L
 
I
D
 
P
L
 
Y
A
 
A
P
 
E
G
 
-
V
 
-
S
 
L
V
 
L
G
 
G
V
 
I
L
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
Q
-
 
P
-
 
T
-
 
W
-
 
D
R
|
R
H
 
S
N
 
N
G
 
G
F
 
F
L
 
-
E
 
-
G
 
-
F
 
H
G
 
S
V
 
V
K
 
V
E
 
D
G
 
Q
D
 
Y
P
 
P
S
 
E
-
 
F
-
 
K
V
 
M
V
 
V
C
 
A
S
 
Q
Q
 
Q
D
 
S
T
 
A
R
 
E
G
x
F
D
 
D
Q
 
R
A
 
D
K
 
T
G
 
A
Q
 
Y
T
 
K
A
 
V
M
 
T
E
 
E
N
 
Q
C
 
I
L
 
L
Q
 
Q
K
 
A
S
 
H
P
 
P
D
 
E
I
 
I
N
 
K
V
 
A
V
 
I
Y
 
W
T
 
C
I
 
G
N
|
N
E
 
D
P
 
A
A
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
M
R
 
K
A
 
A
L
 
C
K
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
R
D
 
-
K
 
T
S
 
D
V
 
I
M
 
Y
I
 
I
V
 
F
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
A
C
 
E
E
 
D
G
 
V
V
 
I
R
 
N
N
 
A
V
 
I
K
 
K
A
 
E
G
 
G
-
 
K
A
 
Q
I
 
I
A
 
V
A
 
A
T
 
T
S
 
I
Q
 
M
Q
|
Q
Y
 
F
P
 
P
L
 
K
K
 
L
M
 
M
A
 
A
S
 
R
L
 
L
G
 
A
V
 
V
T
 
E
A
 
W
G
 
A
V
 
D
E
 
Q
Y
 
Y
A
 
L
K
 
R
T
 
G
G
 
E
K
 
R
K
 
S
V
 
F
S
 
P
G
 
E
Y
 
I
Q
 
V
D
 
P
T
 
V
G
 
T
V
 
V
T
 
E
L
 
L
I
 
V
T
 
T

3ksmA Crystal structure of abc-type sugar transport system, periplasmic component from hahella chejuensis
27% identity, 83% coverage: 36:312/334 of query aligns to 1:276/276 of 3ksmA

query
sites
3ksmA
P
 
P
V
 
K
V
 
L
G
 
L
L
 
L
I
 
V
T
 
L
K
|
K
T
 
G
D
 
D
T
 
S
N
 
N
P
 
A
F
x
Y
F
 
W
V
 
R
K
 
Q
M
 
V
K
 
Y
Q
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
A
 
K
A
 
A
A
 
A
S
 
D
K
 
E
D
 
A
G
 
G
A
 
V
K
 
T
L
 
L
I
 
L
T
 
H
A
 
R
A
 
S
G
 
T
K
 
K
F
 
D
D
 
D
G
 
G
D
 
D
N
 
I
A
 
A
S
 
G
Q
 
Q
V
 
I
T
 
Q
A
 
I
I
 
L
E
 
S
-
 
Y
N
 
H
M
 
L
M
 
S
T
 
Q
A
 
A
G
 
P
A
 
P
K
 
D
A
 
A
I
 
L
L
 
I
I
 
L
T
 
A
P
 
P
S
 
N
D
 
S
T
 
A
K
 
E
A
 
D
I
 
L
V
 
T
P
 
P
S
 
S
I
 
V
K
 
A
K
 
Q
A
 
Y
R
 
R
A
 
A
A
 
R
G
 
N
V
 
I
M
 
P
V
 
V
V
 
L
A
 
V
L
 
V
D
|
D
T
 
S
P
 
D
T
 
L
D
 
-
P
 
A
Q
 
G
D
 
D
A
 
A
T
 
H
D
 
Q
A
 
G
L
 
L
F
 
V
A
 
A
T
 
T
D
 
D
N
 
N
F
 
Y
-
 
A
K
 
A
A
 
G
G
 
Q
V
 
L
L
 
A
I
 
A
G
 
R
K
 
A
Y
 
L
A
 
L
K
 
A
A
 
T
A
 
L
L
 
D
N
 
L
G
 
S
K
 
K
P
 
E
A
 
R
K
 
N
I
 
I
A
 
A
T
 
L
L
 
L
D
 
R
L
|
L
A
 
R
P
 
A
G
 
G
V
x
N
S
 
A
V
x
S
G
 
T
V
 
D
L
 
Q
R
|
R
H
 
E
N
 
Q
G
 
G
F
 
F
L
 
L
E
 
D
G
 
V
F
 
L
G
 
R
V
 
-
K
 
K
E
 
H
G
 
D
D
 
K
P
 
I
S
 
R
V
 
I
V
 
I
C
 
A
S
 
A
Q
 
P
D
 
Y
T
 
A
R
 
G
G
 
D
D
 
D
Q
 
R
A
 
G
K
 
A
G
 
A
Q
 
R
T
 
S
A
 
E
M
 
M
E
 
L
N
 
R
C
 
L
L
 
L
Q
 
K
K
 
E
S
 
T
P
 
P
D
 
T
I
 
I
N
 
D
V
 
G
V
 
L
Y
 
F
T
 
T
I
 
P
N
|
N
E
 
E
P
 
S
A
 
T
A
 
T
A
 
I
G
 
G
A
 
A
Y
 
L
R
 
V
A
 
A
L
 
I
K
 
R
A
 
Q
A
 
S
G
 
G
K
 
M
D
 
S
K
 
K
S
 
Q
V
 
F
M
 
G
I
 
F
V
 
I
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
Q
G
 
T
C
 
E
E
 
E
G
 
L
V
 
E
R
 
A
N
 
A
V
 
M
K
 
Y
A
 
A
G
 
G
A
 
E
I
 
I
A
 
S
A
 
N
T
 
L
S
 
V
Q
 
V
Q
|
Q
Y
 
N
P
 
P
L
 
E
K
 
Y
M
 
M
A
 
G
S
 
Y
L
 
L
G
 
A
V
 
V
T
 
Q
A
 
R
G
 
A
V
 
L
E
 
D
Y
 
L
A
 
V
K
 
R
T
 
-
G
 
G
K
 
K
K
 
P
V
 
I
S
 
P
G
 
A
Y
 
F
Q
 
T
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
T
 
R
L
 
L
I
 
L
T
 
Q
D
 
E

3c6qC Apo and ligand-bound form of a thermophilic glucose/xylose binding protein
31% identity, 87% coverage: 38:327/334 of query aligns to 4:301/305 of 3c6qC

query
sites
3c6qC
V
 
I
G
 
G
L
 
V
I
 
I
T
 
G
K
|
K
T
 
S
D
 
-
T
 
V
N
 
H
P
 
P
F
 
Y
F
x
W
V
 
S
K
 
Q
M
 
V
K
 
E
Q
 
Q
G
 
G
A
 
V
E
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
G
S
 
K
K
 
A
D
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
D
L
 
T
I
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
-
G
 
-
K
 
K
F
 
F
-
 
F
-
 
V
-
 
P
-
 
Q
D
 
K
G
 
C
D
 
D
N
 
I
A
 
N
S
 
A
Q
 
Q
V
 
L
T
 
Q
A
 
M
I
 
L
E
 
E
N
 
S
M
 
F
M
 
I
T
 
A
A
 
E
G
 
G
A
 
V
K
 
N
A
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
I
T
 
A
P
 
P
S
 
S
D
 
D
T
 
P
K
 
T
A
 
A
I
 
V
V
 
I
P
 
P
S
 
T
I
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
A
R
 
L
A
 
E
A
 
M
G
 
G
V
 
I
M
 
P
V
 
V
V
 
V
A
 
T
L
 
L
D
|
D
T
 
T
P
 
D
T
 
S
D
 
-
P
 
P
Q
 
D
D
 
S
A
 
G
T
 
R
D
 
Y
A
 
V
L
 
Y
F
 
I
A
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
F
 
Y
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
Y
L
 
T
I
 
A
G
 
G
K
 
L
Y
 
I
A
 
M
K
 
K
A
 
E
A
 
L
L
 
L
N
 
G
G
 
G
K
 
K
-
 
G
P
 
K
A
 
V
K
 
V
I
 
I
A
 
G
T
 
T
L
 
G
D
 
S
L
 
L
A
 
T
P
 
A
G
 
M
V
x
N
S
 
S
V
 
L
G
 
Q
V
 
-
L
 
-
R
|
R
H
 
I
N
 
Q
G
 
G
F
 
F
L
 
K
E
 
D
G
 
-
F
 
-
G
 
A
V
 
I
K
 
K
E
 
D
G
 
S
D
 
E
P
 
I
S
 
E
V
 
I
V
 
V
C
 
D
S
 
I
Q
 
L
D
 
N
T
 
D
R
 
C
G
x
E
D
 
D
Q
 
G
A
 
A
K
 
R
G
 
A
Q
 
V
T
 
S
A
 
L
M
 
A
E
 
E
N
 
A
C
 
A
L
 
L
Q
 
N
K
 
A
S
 
H
P
 
P
D
 
D
I
 
L
N
 
D
V
 
A
-
 
F
-
 
F
-
 
G
V
 
V
Y
|
Y
T
x
A
I
 
Y
N
 
N
E
 
G
P
 
P
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
G
 
-
A
 
-
Y
 
-
R
 
L
A
 
V
L
 
V
K
 
K
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
V
K
 
G
S
 
K
V
 
V
M
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
C
I
 
F
D
|
D
G
 
T
G
 
T
C
 
P
E
 
D
G
 
I
V
 
L
R
 
Q
N
 
Y
V
 
V
K
 
K
A
 
E
G
 
G
A
 
V
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
T
 
T
S
 
M
Q
 
G
Q
|
Q
Y
 
R
P
 
P
L
 
Y
K
 
M
M
 
M
A
 
G
S
 
Y
L
 
L
G
 
S
V
 
V
T
 
T
A
 
V
-
 
L
-
 
Y
-
 
L
-
 
M
-
 
N
-
 
K
-
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
Q
-
 
N
-
 
T
-
 
L
-
 
M
-
 
M
-
 
L
-
 
P
Y
 
K
A
 
V
K
 
K
T
 
V
G
 
D
K
 
G
K
 
K
V
 
V
S
 
D
G
 
Y
Y
 
V
Q
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
T
 
D
L
 
V
I
 
V
T
 
T
D
 
P
K
 
E
P
 
N
M
 
L
A
 
D
G
 
E
I
 
Y
D
 
L
S
 
K
K
 
K
D
 
M
T
 
E
K
 
E
F
 
L
G
 
G
L
 
I

5ibqA Crystal structure of an abc solute binding protein from rhizobium etli cfn 42 (rhe_pf00037,target efi-511357) in complex with alpha-d-apiose
29% identity, 78% coverage: 37:295/334 of query aligns to 4:257/287 of 5ibqA

query
sites
5ibqA
V
 
L
V
 
I
G
 
A
L
 
I
I
 
I
T
 
T
K
 
P
T
 
A
D
 
H
T
 
D
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
 
F
V
 
K
K
 
A
M
 
E
K
 
A
Q
 
V
G
 
G
A
 
A
E
 
E
A
 
A
A
 
K
A
 
A
S
 
K
K
 
E
D
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
E
L
 
T
I
 
L
T
 
V
A
 
M
A
 
T
G
 
-
K
 
-
F
 
H
D
 
D
G
 
D
D
 
D
N
 
A
A
 
N
S
 
K
Q
 
Q
V
 
S
T
 
E
A
 
M
I
 
I
E
 
D
N
 
T
M
 
A
M
 
I
T
 
G
A
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
A
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
L
T
 
D
P
 
N
S
 
A
D
 
G
T
 
A
K
 
D
A
 
A
I
 
S
V
 
V
P
 
A
S
 
A
I
 
V
K
 
K
K
 
K
A
 
A
R
 
K
A
 
D