SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing BPHYT_RS25790 FitnessBrowser__BFirm:BPHYT_RS25790 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P04983 Ribose import ATP-binding protein RbsA; EC 7.5.2.7 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
35% identity, 96% coverage: 1:481/500 of query aligns to 5:477/501 of P04983

query
sites
P04983
M
 
L
Q
 
Q
V
 
L
V
 
K
G
 
G
V
 
I
H
 
D
K
 
K
R
 
A
F
 
F
T
 
P
G
 
G
V
 
V
H
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
S
G
 
G
V
 
A
S
 
A
L
 
L
S
 
N
F
 
V
E
 
Y
R
 
P
G
 
G
Q
 
R
I
 
V
Y
 
M
H
 
A
L
 
L
L
 
V
G
 
G
E
 
E
N
 
N
G
 
G
C
 
A
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
M
I
 
M
K
 
K
I
 
V
I
 
L
S
 
T
G
 
G
A
 
I
Q
 
Y
P
 
T
P
 
R
D
 
D
E
 
A
G
 
G
E
 
T
L
 
L
V
 
L
I
 
W
E
 
L
G
 
G
V
 
K
R
 
E
H
 
T
A
 
T
R
 
F
L
 
T
S
 
G
A
 
P
L
 
K
E
 
S
S
 
S
L
 
Q
A
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
G
T
 
I
V
 
I
Y
 
H
Q
 
Q
D
 
E
L
 
L
S
 
N
L
 
L
L
 
I
P
 
P
N
 
Q
M
 
L
N
 
T
V
 
I
A
 
A
E
 
E
N
 
N
V
 
I
A
 
F
L
 
L
T
 
G
S
 
R
E
 
E
L
 
F
A
 
V
T
 
N
H
 
R
Q
 
F
G
 
G
K
 
K
L
 
I
A
 
-
R
 
-
T
 
-
F
 
-
D
 
D
R
 
W
R
 
K
E
 
T
L
 
M
A
 
Y
R
 
A
T
 
E
A
 
A
A
 
D
R
 
K
A
 
L
L
 
L
E
 
A
A
 
K
V
 
L
G
 
-
L
 
-
P
 
-
G
 
-
N
 
N
A
 
L
E
 
R
F
 
F
Q
 
K
A
 
S
-
 
D
T
 
K
L
 
L
I
 
V
E
 
G
Q
 
D
L
 
L
P
 
S
L
 
I
A
 
G
T
 
D
R
 
Q
Q
 
Q
L
 
M
V
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
K
A
 
V
I
 
L
A
 
S
S
 
F
E
 
E
A
 
S
K
 
K
F
 
V
V
 
I
I
 
I
M
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
D
S
 
A
L
 
L
T
 
T
Q
 
D
K
 
T
E
 
E
V
 
T
D
 
E
N
 
S
L
 
L
I
 
F
A
 
R
V
 
V
L
 
I
A
 
R
N
 
E
L
 
L
R
 
K
A
 
S
Q
 
Q
G
 
G
V
 
R
T
 
G
V
 
I
L
 
V
F
 
Y
V
 
I
S
 
S
H
 
H
K
 
R
L
 
M
D
 
K
E
 
E
C
 
I
Y
 
F
A
 
E
I
 
I
G
 
C
G
 
D
E
 
D
V
 
V
I
 
T
V
 
V
L
 
F
R
 
R
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
K
 
F
M
 
I
A
 
A
Q
 
E
G
 
R
P
 
E
I
 
V
A
 
A
Q
 
S
F
 
L
T
 
T
K
 
E
A
 
D
Q
 
S
I
 
L
S
 
I
E
 
E
L
 
M
M
 
M
T
 
V
G
 
G
R
 
R
H
 
K
L
 
L
S
 
E
N
 
D
E
 
Q
R
 
Y
Y
 
P
R
 
H
E
 
L
G
 
D
A
 
K
H
 
A
E
 
P
P
 
G
N
 
D
I
 
I
V
 
R
L
 
L
E
 
K
V
 
V
R
 
D
G
 
N
Y
 
L
T
 
C
R
 
G
A
 
P
G
 
G
Q
 
-
F
 
V
S
 
N
D
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
F
G
 
T
L
 
L
H
 
R
G
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
L
G
 
G
I
 
V
T
 
S
G
 
G
L
 
L
L
 
M
D
 
G
S
 
A
G
 
G
R
 
R
N
 
T
E
 
E
L
 
L
A
 
M
R
 
K
A
 
V
L
 
L
A
 
Y
G
 
G
V
 
A
A
 
L
P
 
P
A
 
R
Q
 
T
S
 
S
G
 
G
Q
 
Y
V
 
V
R
 
T
L
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
H
S
 
E
I
 
V
S
 
V
L
 
T
R
 
R
T
 
S
P
 
P
S
 
Q
D
 
D
A
 
G
K
 
L
N
 
A
H
 
N
R
 
G
I
 
I
G
 
V
Y
 
Y
V
 
I
P
 
S
E
 
E
D
 
D
R
 
R
L
 
K
N
 
R
E
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
V
L
 
L
D
 
G
K
 
M
P
 
S
I
 
V
R
 
K
D
 
E
N
 
N
V
 
M
I
 
S
T
 
L
A
 
T
M
 
A
I
 
L
S
 
R
S
 
Y
L
 
F
R
 
S
D
 
R
R
 
A
F
 
G
G
 
G
Q
 
S
I
 
L
D
 
K
R
 
H
V
 
A
R
 
D
A
 
E
Q
 
Q
A
 
Q
L
 
A
A
 
V
E
 
S
Q
 
D
T
 
F
V
 
I
K
 
R
D
 
L
L
 
F
Q
 
N
I
 
V
A
 
K
T
 
T
P
 
P
G
 
S
V
 
M
D
 
E
K
 
Q
P
 
A
V
 
I
Q
 
G
S
 
L
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
N
 
N
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
K
V
 
V
L
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
W
 
G
L
 
L
A
 
M
I
 
T
D
 
R
P
 
P
R
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
I
L
 
L
H
 
D
G
 
E
P
 
P
T
 
T
V
 
R
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
G
 
G
S
 
A
K
 
K
D
 
K
I
 
E
I
 
I
Y
 
Y
R
 
Q
I
 
L
M
 
I
Q
 
N
R
 
Q
L
 
F
S
 
K
Q
 
A
R
 
D
G
 
G
I
 
L
G
 
S
I
 
I
I
 
I
L
 
L
I
 
V
S
 
S
D
 
S
D
 
E
L
 
M
P
 
P
E
 
E
L
 
V
L
 
L
Q
 
G
N
 
M
C
 
S
D
 
D
R
 
R
I
 
I
L
 
I
M
 
V
M
 
M
K
 
H
K
 
E
G
 
G
R
 
H
V
 
L
A
 
S
S
 
G
E
 
E
Y
 
F

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
31% identity, 47% coverage: 1:235/500 of query aligns to 3:228/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
M
 
I
Q
 
R
V
 
I
V
 
R
G
 
N
V
 
L
H
 
H
K
 
K
R
 
W
F
|
F
T
 
G
G
 
P
V
x
L
H
 
H
A
x
V
L
 
L
R
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
H
L
 
L
S
 
E
F
 
V
E
 
A
R
 
P
G
 
G
Q
 
E
I
 
K
Y
 
L
H
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
E
 
P
N
x
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
K
 
R
I
 
T
I
 
I
S
 
N
G
 
R
A
 
L
Q
 
E
P
 
D
P
 
F
D
 
Q
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
V
V
 
V
I
 
V
E
 
D
G
 
G
V
 
L
R
 
S
H
 
V
A
 
K
R
 
D
L
 
D
S
 
R
A
 
A
L
 
L
E
 
R
S
 
E
L
 
I
A
 
R
A
 
R
G
 
E
I
 
V
E
 
G
T
 
M
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
D
 
Q
L
 
F
S
 
N
L
 
L
L
 
F
P
 
P
N
 
H
M
 
M
N
 
T
V
 
V
A
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
T
L
 
L
T
 
A
S
 
P
E
 
-
L
 
-
A
 
-
T
 
-
H
 
-
Q
 
-
G
 
-
K
 
M
L
 
R
A
 
V
R
 
R
T
 
R
F
 
W
D
 
P
R
 
R
R
 
E
E
 
K
L
 
A
A
 
E
R
 
K
T
 
K
A
 
A
A
 
L
R
 
E
A
 
L
L
 
L
E
 
E
A
 
R
V
 
V
G
 
G
L
 
I
P
 
L
G
 
D
N
 
Q
A
 
A
E
 
R
F
 
K
Q
 
Y
A
 
P
T
 
A
L
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
Q
L
 
L
P
 
S
L
 
G
A
 
G
T
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
A
 
A
S
 
M
E
 
E
A
 
P
K
 
K
F
 
I
V
 
M
I
 
L
M
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
S
S
 
A
L
 
L
T
 
D
Q
 
P
K
 
E
E
 
M
V
 
V
D
 
G
N
 
E
L
 
V
I
 
L
A
 
D
V
 
V
L
 
M
A
 
R
N
 
D
L
 
L
R
 
A
A
 
Q
Q
 
G
G
 
G
V
 
M
T
 
T
V
 
M
L
 
V
F
 
V
V
 
V
S
 
T
H
 
H
K
 
E
L
 
M
D
 
G
E
 
F
C
 
A
Y
 
R
A
 
E
I
 
V
G
 
A
G
 
D
E
 
R
V
 
V
I
 
V
V
 
F
L
 
M
R
 
D
D
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
I
M
 
V
A
 
E
Q
 
E
G
 
G
-
 
R
P
 
P
I
 
E
A
 
E
Q
 
I
F
 
F
T
 
T
K
 
R
A
 
P
Q
 
K

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
28% identity, 47% coverage: 1:235/500 of query aligns to 1:230/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
M
 
L
Q
 
Q
V
 
M
V
 
I
G
 
D
V
 
V
H
 
H
-
 
Q
-
 
L
-
 
K
K
 
K
R
 
S
F
|
F
T
 
G
G
 
S
V
 
L
H
 
E
A
x
V
L
 
L
R
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
N
L
 
V
S
 
H
F
 
I
E
 
R
R
 
E
G
 
G
Q
 
E
I
 
V
Y
 
V
H
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
E
x
P
N
x
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
I
 
L
K
 
R
I
 
C
I
 
L
S
 
N
G
 
L
A
 
L
Q
 
E
P
 
D
P
 
F
D
 
D
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
I
I
 
I
E
 
D
G
 
G
V
 
I
R
 
N
-
 
L
H
 
K
A
 
A
R
 
K
L
 
D
S
 
T
A
 
N
L
 
L
E
 
N
S
 
K
L
 
V
A
 
R
A
 
E
G
 
E
I
 
V
E
 
G
T
 
M
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
D
 
R
L
 
F
S
 
N
L
 
L
L
 
F
P
 
P
N
 
H
M
 
M
N
 
T
V
 
V
A
 
L
E
 
N
N
 
N
V
 
I
A
 
T
L
 
L
T
 
A
S
 
P
E
 
-
L
 
-
A
 
-
T
 
-
H
 
-
Q
 
-
G
 
-
K
 
M
L
 
K
A
 
V
R
 
R
T
 
K
F
 
W
D
 
P
R
 
R
R
 
E
E
 
K
L
 
A
A
 
E
R
 
A
T
 
K
A
 
A
A
 
M
R
 
E
A
 
L
L
 
L
E
 
D
A
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
P
 
K
G
 
D
N
 
K
A
 
A
E
x
H
F
 
-
Q
 
-
A
 
-
T
 
A
L
x
Y
I
 
P
E
 
D
Q
 
S
L
 
L
P
 
S
L
 
G
A
 
G
T
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
A
 
A
S
 
M
E
 
E
A
 
P
K
 
K
F
 
I
V
 
M
I
 
L
M
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
T
 
S
S
 
A
L
 
L
T
 
D
Q
 
P
K
 
E
E
 
M
V
 
V
D
 
G
N
 
E
L
 
V
I
 
L
A
 
S
V
 
V
L
 
M
A
 
K
N
 
Q
L
 
L
R
 
A
A
 
N
Q
 
E
G
 
G
V
 
M
T
 
T
V
 
M
L
 
V
F
 
V
V
 
V
S
 
T
H
 
H
K
 
E
L
 
M
D
 
G
E
 
F
C
 
A
Y
 
R
A
 
E
I
 
V
G
 
G
G
 
D
E
 
R
V
 
V
I
 
L
V
 
F
L
 
M
R
 
D
D
 
G
G
 
G
Q
 
Y
K
 
I
M
 
I
A
 
E
Q
 
E
G
 
G
-
 
K
P
 
P
I
 
E
A
 
D
Q
 
L
F
 
F
T
 
D
K
 
R
A
 
P
Q
 
Q

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
28% identity, 47% coverage: 1:235/500 of query aligns to 1:230/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
M
 
L
Q
 
Q
V
 
M
V
 
I
G
 
D
V
 
V
H
 
H
-
 
Q
-
 
L
-
 
K
K
 
K
R
 
S
F
|
F
T
 
G
G
 
S
V
 
L
H
 
E
A
x
V
L
 
L
R
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
N
L
 
V
S
 
H
F
 
I
E
 
R
R
 
E
G
 
G
Q
 
E
I
 
V
Y
 
V
H
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
E
x
P
N
x
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
I
 
L
K
x
R
I
 
C
I
 
L
S
 
N
G
 
L
A
 
L
Q
 
E
P
 
D
P
 
F
D
 
D
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
I
I
 
I
E
 
D
G
 
G
V
 
I
R
 
N
-
 
L
H
 
K
A
 
A
R
 
K
L
 
D
S
 
T
A
 
N
L
 
L
E
 
N
S
 
K
L
 
V
A
 
R
A
 
E
G
 
E
I
 
V
E
 
G
T
 
M
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
D
 
R
L
 
F
S
 
N
L
 
L
L
 
F
P
 
P
N
 
H
M
 
M
N
 
T
V
 
V
A
 
L
E
 
N
N
 
N
V
 
I
A
 
T
L
 
L
T
 
A
S
 
P
E
 
-
L
 
-
A
 
-
T
 
-
H
 
-
Q
 
-
G
 
-
K
 
M
L
 
K
A
 
V
R
 
R
T
 
K
F
 
W
D
 
P
R
 
R
R
 
E
E
 
K
L
 
A
A
 
E
R
 
A
T
 
K
A
 
A
A
 
M
R
 
E
A
 
L
L
 
L
E
 
D
A
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
P
 
K
G
 
D
N
 
K
A
 
A
E
x
H
F
 
-
Q
 
-
A
 
-
T
 
A
L
x
Y
I
 
P
E
 
D
Q
 
S
L
 
L
P
 
S
L
 
G
A
 
G
T
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
A
 
A
S
 
M
E
 
E
A
 
P
K
 
K
F
 
I
V
 
M
I
 
L
M
 
F
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
S
S
 
A
L
 
L
T
 
D
Q
 
P
K
 
E
E
 
M
V
 
V
D
 
G
N
 
E
L
 
V
I
 
L
A
 
S
V
 
V
L
 
M
A
 
K
N
 
Q
L
 
L
R
 
A
A
 
N
Q
 
E
G
 
G
V
 
M
T
 
T
V
 
M
L
 
V
F
 
V
V
 
V
S
 
T
H
 
H
K
 
E
L
 
M
D
 
G
E
 
F
C
 
A
Y
 
R
A
 
E
I
 
V
G
 
G
G
 
D
E
 
R
V
 
V
I
 
L
V
 
F
L
 
M
R
 
D
D
 
G
G
 
G
Q
 
Y
K
 
I
M
 
I
A
 
E
Q
 
E
G
 
G
-
 
K
P
 
P
I
 
E
A
 
D
Q
 
L
F
 
F
T
 
D
K
 
R
A
 
P
Q
 
Q

2olkA Abc protein artp in complex with adp-beta-s
28% identity, 47% coverage: 1:235/500 of query aligns to 1:230/242 of 2olkA

query
sites
2olkA
M
 
L
Q
 
Q
V
 
M
V
 
I
G
 
D
V
 
V
H
 
H
-
 
Q
-
 
L
-
 
K
K
 
K
R
 
S
F
|
F
T
 
G
G
 
S
V
x
L
H
 
E
A
x
V
L
 
L
R
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
N
L
 
V
S
 
H
F
 
I
E
 
R
R
 
E
G
 
G
Q
 
E
I
 
V
Y
 
V
H
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
E
 
P
N
x
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
I
 
L
K
 
R
I
 
C
I
 
L
S
 
N
G
 
L
A
 
L
Q
 
E
P
 
D
P
 
F
D
 
D
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
I
I
 
I
E
 
D
G
 
G
V
 
I
R
 
N
-
 
L
H
 
K
A
 
A
R
 
K
L
 
D
S
 
T
A
 
N
L
 
L
E
 
N
S
 
K
L
 
V
A
 
R
A
 
E
G
 
E
I
 
V
E
 
G
T
 
M
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
D
 
R
L
 
F
S
 
N
L
 
L
L
 
F
P
 
P
N
 
H
M
 
M
N
 
T
V
 
V
A
 
L
E
 
N
N
 
N
V
 
I
A
 
T
L
 
L
T
 
A
S
 
P
E
 
-
L
 
-
A
 
-
T
 
-
H
 
-
Q
 
-
G
 
-
K
 
M
L
 
K
A
 
V
R
 
R
T
 
K
F
 
W
D
 
P
R
 
R
R
 
E
E
 
K
L
 
A
A
 
E
R
 
A
T
 
K
A
 
A
A
 
M
R
 
E
A
 
L
L
 
L
E
 
D
A
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
P
 
K
G
 
D
N
 
K
A
 
A
E
 
H
F
 
-
Q
 
-
A
 
-
T
 
A
L
 
Y
I
 
P
E
 
D
Q
 
S
L
 
L
P
 
S
L
 
G
A
 
G
T
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
A
 
A
S
 
M
E
 
E
A
 
P
K
 
K
F
 
I
V
 
M
I
 
L
M
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
S
S
 
A
L
 
L
T
 
D
Q
 
P
K
 
E
E
 
M
V
 
V
D
 
G
N
 
E
L
 
V
I
 
L
A
 
S
V
 
V
L
 
M
A
 
K
N
 
Q
L
 
L
R
 
A
A
 
N
Q
 
E
G
 
G
V
 
M
T
 
T
V
 
M
L
 
V
F
 
V
V
 
V
S
 
T
H
 
H
K
 
E
L
 
M
D
 
G
E
 
F
C
 
A
Y
 
R
A
 
E
I
 
V
G
 
G
G
 
D
E
 
R
V
 
V
I
 
L
V
 
F
L
 
M
R
 
D
D
 
G
G
 
G
Q
 
Y
K
 
I
M
 
I
A
 
E
Q
 
E
G
 
G
-
 
K
P
 
P
I
 
E
A
 
D
Q
 
L
F
 
F
T
 
D
K
 
R
A
 
P
Q
 
Q

2oljA Abc protein artp in complex with adp/mg2+
28% identity, 47% coverage: 1:235/500 of query aligns to 1:230/242 of 2oljA

query
sites
2oljA
M
 
L
Q
 
Q
V
 
M
V
 
I
G
 
D
V
 
V
H
 
H
-
 
Q
-
 
L
-
 
K
K
 
K
R
 
S
F
|
F
T
 
G
G
 
S
V
 
L
H
 
E
A
x
V
L
 
L
R
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
N
L
 
V
S
 
H
F
 
I
E
 
R
R
 
E
G
 
G
Q
 
E
I
 
V
Y
 
V
H
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
E
 
P
N
x
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
I
 
L
K
 
R
I
 
C
I
 
L
S
 
N
G
 
L
A
 
L
Q
 
E
P
 
D
P
 
F
D
 
D
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
I
I
 
I
E
 
D
G
 
G
V
 
I
R
 
N
-
 
L
H
 
K
A
 
A
R
 
K
L
 
D
S
 
T
A
 
N
L
 
L
E
 
N
S
 
K
L
 
V
A
 
R
A
 
E
G
 
E
I
 
V
E
 
G
T
 
M
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
D
 
R
L
 
F
S
 
N
L
 
L
L
 
F
P
 
P
N
 
H
M
 
M
N
 
T
V
 
V
A
 
L
E
 
N
N
 
N
V
 
I
A
 
T
L
 
L
T
 
A
S
 
P
E
 
-
L
 
-
A
 
-
T
 
-
H
 
-
Q
 
-
G
 
-
K
 
M
L
 
K
A
 
V
R
 
R
T
 
K
F
 
W
D
 
P
R
 
R
R
 
E
E
 
K
L
 
A
A
 
E
R
 
A
T
 
K
A
 
A
A
 
M
R
 
E
A
 
L
L
 
L
E
 
D
A
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
P
 
K
G
 
D
N
 
K
A
 
A
E
x
H
F
 
-
Q
 
-
A
 
-
T
 
A
L
x
Y
I
 
P
E
 
D
Q
 
S
L
 
L
P
 
S
L
 
G
A
 
G
T
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
A
 
A
S
 
M
E
 
E
A
 
P
K
 
K
F
 
I
V
 
M
I
 
L
M
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
S
S
 
A
L
 
L
T
 
D
Q
 
P
K
 
E
E
 
M
V
 
V
D
 
G
N
 
E
L
 
V
I
 
L
A
 
S
V
 
V
L
 
M
A
 
K
N
 
Q
L
 
L
R
 
A
A
 
N
Q
 
E
G
 
G
V
 
M
T
 
T
V
 
M
L
 
V
F
 
V
V
 
V
S
 
T
H
 
H
K
 
E
L
 
M
D
 
G
E
 
F
C
 
A
Y
 
R
A
 
E
I
 
V
G
 
G
G
 
D
E
 
R
V
 
V
I
 
L
V
 
F
L
 
M
R
 
D
D
 
G
G
 
G
Q
 
Y
K
 
I
M
 
I
A
 
E
Q
 
E
G
 
G
-
 
K
P
 
P
I
 
E
A
 
D
Q
 
L
F
 
F
T
 
D
K
 
R
A
 
P
Q
 
Q

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
28% identity, 49% coverage: 6:252/500 of query aligns to 7:234/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
V
 
V
H
 
Y
K
 
K
R
 
N
F
|
F
T
 
G
G
 
S
V
x
L
H
 
E
A
x
V
L
 
L
R
 
K
G
 
G
V
 
V
S
 
T
L
 
L
S
 
K
F
 
V
E
 
N
R
 
K
G
 
G
Q
 
E
I
 
V
Y
 
V
H
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
E
 
P
N
x
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
L
K
 
R
I
 
C
I
 
I
S
 
N
G
 
L
A
 
L
Q
x
E
P
 
E
P
 
P
D
 
T
E
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
V
V
 
F
I
 
I
E
 
D
G
 
G
V
 
V
R
 
K
-
 
I
-
 
N
H
 
N
A
 
G
R
 
K
L
 
V
S
 
N
A
 
-
L
 
I
E
 
N
S
 
K
L
 
V
A
 
R
A
 
Q
G
 
K
I
 
V
E
 
G
T
 
M
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
D
 
H
L
 
F
S
 
N
L
 
L
L
 
F
P
 
P
N
 
H
M
 
L
N
 
T
V
 
A
A
 
I
E
 
E
N
 
N
V
 
I
A
 
T
L
 
L
T
 
A
S
 
P
E
 
-
L
 
-
A
 
-
T
 
-
H
 
-
Q
 
-
G
 
-
K
 
V
L
 
K
A
 
V
R
 
K
T
 
K
F
 
M
D
 
N
R
 
K
R
 
K
E
 
E
L
 
A
A
 
E
R
 
E
T
 
L
A
 
A
A
 
V
R
 
D
A
 
L
L
 
L
E
 
A
A
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
P
 
L
G
 
D
N
 
K
A
 
K
E
 
D
F
 
-
Q
 
-
A
 
-
T
 
-
L
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
Q
L
 
Y
P
 
P
L
 
I
-
 
K
-
 
L
-
 
S
-
 
G
A
 
G
T
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
L
 
R
V
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
A
 
A
S
 
M
E
 
Q
A
 
P
K
 
E
F
 
V
V
 
M
I
 
L
M
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
T
 
S
S
 
A
L
 
L
T
 
D
Q
 
P
K
 
E
E
 
M
V
 
V
D
 
K
N
 
E
L
 
V
I
 
L
A
 
N
V
 
V
L
 
M
A
 
K
N
 
Q
L
 
L
R
 
A
A
 
N
Q
 
E
G
 
G
V
 
M
T
 
T
V
 
M
L
 
V
F
 
V
V
 
V
S
 
T
H
|
H
K
 
E
L
 
M
D
 
G
E
 
F
C
 
A
Y
 
R
A
 
E
I
 
V
G
 
G
G
 
D
E
 
R
V
 
V
I
 
I
V
 
F
L
 
M
R
 
D
D
 
D
G
 
G
Q
 
V
K
 
I
M
 
V
A
 
E
Q
 
E
G
 
G
-
 
T
P
 
P
I
 
E
A
 
E
Q
 
I
F
 
F
T
 
Y
K
 
R
A
 
A
Q
 
K
I
 
-
S
 
-
E
 
-
L
 
-
M
 
-
T
 
-
G
 
-
R
 
-
H
 
-
L
 
-
S
 
-
N
 
N
E
 
E
R
 
R
Y
 
T
R
 
R
E
 
E

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
27% identity, 44% coverage: 1:221/500 of query aligns to 18:225/378 of P69874

query
sites
P69874
M
 
V
Q
 
Q
V
 
L
V
 
A
G
 
G
V
 
I
H
 
R
K
 
K
R
x
C
F
|
F
T
 
D
G
 
G
V
 
K
H
 
E
A
 
V
L
 
I
R
 
P
G
 
Q
V
 
L
S
 
D
L
 
L
S
 
T
F
 
I
E
 
N
R
 
N
G
 
G
Q
 
E
I
x
F
Y
 
L
H
 
T
L
 
L
L
 
L
G
 
G
E
 
P
N
 
S
G
 
G
C
|
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
V
I
x
L
K
 
R
I
 
L
I
 
I
S
 
A
G
 
G
A
 
L
Q
 
E
P
 
T
P
 
V
D
 
D
E
 
S
G
 
G
E
 
R
L
 
I
V
 
M
I
x
L
E
 
D
G
 
-
V
 
-
R
 
-
H
 
N
A
 
E
R
 
D
L
 
I
S
 
T
A
 
H
L
 
V
E
 
P
S
 
A
L
 
E
A
 
N
A
 
R
G
 
Y
I
 
V
E
 
N
T
 
T
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
D
 
S
L
 
Y
S
 
A
L
 
L
L
 
F
P
 
P
N
 
H
M
 
M
N
 
T
V
 
V
A
 
F
E
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
F
T
 
G
S
 
L
E
 
R
L
 
M
A
 
Q
T
 
-
H
 
-
Q
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
T
 
-
F
 
-
D
 
-
R
 
K
R
 
T
E
 
P
L
 
A
A
 
A
R
 
E
T
 
I
A
 
T
A
 
P
R
 
R
A
 
V
L
 
M
E
 
E
A
 
A
V
 
L
G
 
R
L
 
M
P
x
V
G
 
Q
N
 
L
A
 
E
E
 
T
F
 
F
Q
 
A
A
 
Q
T
 
R
L
 
K
I
 
P
E
 
H
Q
 
Q
L
 
L
P
 
S
L
 
G
A
 
G
T
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
V
A
 
V
S
 
N
E
 
K
A
 
P
K
 
R
F
 
L
V
 
L
I
 
L
M
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
T
 
L
T
 
S
S
 
A
L
 
L
T
 
D
-
 
Y
-
 
K
-
 
L
Q
 
R
K
 
K
E
 
Q
V
 
M
D
 
Q
N
 
N
L
 
E
I
 
L
A
 
K
V
 
A
L
 
L
A
 
Q
N
 
-
L
 
-
R
 
R
A
 
K
Q
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
T
V
 
F
L
 
V
F
 
F
V
 
V
S
 
T
H
 
H
K
 
D
L
 
Q
D
 
E
E
 
E
C
 
A
Y
 
L
A
 
T
I
 
M
G
 
S
G
 
D
E
 
R
V
 
I
I
 
V
V
 
V
L
 
M
R
 
R
D
 
D
G
 
G
Q
 
R

Sites not aligning to the query:

6z4wA Ftse structure from streptococcus pneumoniae in complex with adp (space group p 1) (see paper)
30% identity, 43% coverage: 6:221/500 of query aligns to 10:216/230 of 6z4wA

query
sites
6z4wA
V
 
V
H
 
K
K
 
K
R
x
Y
F
 
D
T
x
N
G
 
G
V
x
T
H
 
T
A
|
A
L
 
L
R
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
V
S
 
S
F
 
V
E
 
Q
R
 
P
G
 
G
Q
 
E
I
 
F
Y
 
A
H
 
Y
L
 
I
L
 
V
G
 
G
E
 
P
N
x
S
G
|
G
C
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
I
 
I
K
 
R
I
 
S
I
 
L
S
 
Y
G
 
R
A
 
E
Q
 
V
P
 
K
P
 
I
D
 
D
E
 
K
G
 
G
E
 
S
L
 
L
V
 
S
I
 
V
E
 
A
G
 
G
V
 
F
R
 
N
H
 
L
A
 
V
R
 
K
L
 
I
S
 
K
A
 
K
L
 
K
E
 
D
S
 
V
-
 
P
-
 
L
L
 
L
A
 
R
A
 
R
G
 
S
I
 
V
E
 
G
T
 
V
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
D
 
D
L
 
Y
S
 
K
L
 
L
L
 
L
P
 
P
N
 
K
M
 
K
N
 
T
V
 
V
A
 
Y
E
 
E
N
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
Y
T
 
A
S
 
M
E
 
E
L
 
V
A
 
I
T
 
G
H
 
E
Q
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
T
 
-
F
 
-
D
 
N
R
 
R
R
 
R
E
 
N
L
 
I
A
 
K
R
 
R
T
 
R
A
 
V
A
 
M
R
 
E
A
 
V
L
 
L
E
 
D
A
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
P
 
K
G
 
H
N
 
K
A
 
V
E
 
R
F
 
-
Q
 
-
A
 
-
T
 
S
L
 
F
I
 
P
E
 
N
Q
 
E
L
 
L
P
 
S
L
 
G
A
 
G
T
 
E
R
 
Q
Q
 
Q
L
 
R
V
 
I
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
I
A
 
V
S
 
N
E
 
N
A
 
P
K
 
K
F
 
V
V
 
L
I
 
I
M
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
G
S
 
N
L
 
L
T
 
D
Q
 
P
K
 
D
E
 
N
V
 
S
D
 
W
N
 
E
L
 
I
I
 
M
A
 
N
V
 
L
L
 
L
A
 
E
N
 
R
L
 
I
R
 
N
A
 
L
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
T
 
T
V
 
I
L
 
L
F
 
M
V
 
A
S
 
T
H
 
H
K
 
N
L
 
S
D
 
Q
E
 
I
C
 
V
Y
 
N
A
 
T
I
 
L
G
 
R
G
 
H
E
 
R
V
 
V
I
 
I
V
 
A
L
 
I
R
 
E
D
 
N
G
 
G
Q
 
R

2d62A Crystal structure of multiple sugar binding transport atp- binding protein
29% identity, 44% coverage: 1:221/500 of query aligns to 7:220/375 of 2d62A

query
sites
2d62A
M
 
V
Q
 
K
V
 
L
V
 
I
G
 
N
V
 
I
H
 
W
K
 
K
R
 
R
F
 
F
T
 
G
G
 
D
V
 
V
H
 
T
A
 
A
L
 
V
R
 
K
G
 
D
V
 
L
S
 
S
L
 
L
S
 
E
F
 
I
E
 
K
R
 
D
G
 
G
Q
 
E
I
 
F
Y
 
L
H
 
V
L
 
L
L
 
L
G
 
G
E
x
P
N
x
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
L
K
 
R
I
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
A
 
L
Q
 
E
P
 
E
P
 
P
D
 
T
E
 
R
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
V
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
D
V
 
N
R
 
L
H
 
V
A
 
A
R
 
D
L
 
P
S
 
E
A
 
K
-
 
G
-
 
V
-
 
F
L
 
V
E
 
P
S
 
P
L
 
K
A
 
E
A
 
R
G
 
D
I
 
V
E
 
A
T
 
M
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
D
 
S
L
 
Y
S
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
N
 
H
M
 
M
N
 
T
V
 
V
A
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
F
T
 
P
S
 
L
E
 
K
L
 
L
A
 
-
T
 
-
H
 
-
Q
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
R
T
 
K
F
 
V
D
 
P
R
 
K
R
 
Q
E
 
E
L
 
I
A
 
D
R
 
K
T
 
R
A
 
V
A
 
R
R
 
E
A
 
V
L
 
A
E
 
E
A
 
M
V
 
L
G
 
G
L
 
L
P
 
-
G
 
-
N
 
-
A
 
T
E
 
E
F
 
L
Q
 
L
A
 
N
T
 
R
L
 
K
I
 
P
E
 
R
Q
 
E
L
 
L
P
 
S
L
 
G
A
 
G
T
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
I
A
 
I
S
 
R
E
 
R
A
 
P
K
 
K
F
 
V
V
 
F
I
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
T
 
S
S
 
N
L
 
L
T
 
D
Q
 
A
K
 
K
E
 
L
V
 
R
D
 
V
N
 
K
L
 
M
I
 
R
A
 
A
V
 
E
L
 
L
A
 
K
N
 
K
L
 
L
R
 
Q
A
 
R
Q
 
Q
-
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
T
V
 
T
L
 
I
F
 
Y
V
 
V
S
 
T
H
 
H
K
 
D
L
 
Q
D
 
V
E
 
E
C
 
A
Y
 
M
A
 
T
I
 
M
G
 
G
G
 
D
E
 
R
V
 
I
I
 
A
V
 
V
L
 
M
R
 
N
D
 
K
G
 
G
Q
 
E

6z67B Ftse structure of streptococcus pneumoniae in complex with amppnp at 2.4 a resolution (see paper)
30% identity, 43% coverage: 6:221/500 of query aligns to 10:216/229 of 6z67B

query
sites
6z67B
V
 
V
H
 
K
K
 
K
R
x
Y
F
 
D
T
 
N
G
|
G
V
x
T
H
 
T
A
|
A
L
 
L
R
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
V
S
 
S
F
 
V
E
 
Q
R
 
P
G
 
G
Q
 
E
I
 
F
Y
 
A
H
 
Y
L
 
I
L
 
V
G
 
G
E
 
P
N
x
S
G
|
G
C
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
I
 
I
K
 
R
I
 
S
I
 
L
S
 
Y
G
 
R
A
 
E
Q
 
V
P
 
K
P
 
I
D
 
D
E
 
K
G
 
G
E
 
S
L
 
L
V
 
S
I
 
V
E
 
A
G
 
G
V
 
F
R
 
N
H
 
L
A
 
V
R
 
K
L
 
I
S
 
K
A
 
K
L
 
K
E
 
D
S
 
V
-
 
P
-
 
L
L
 
L
A
 
R
A
 
R
G
 
S
I
 
V
E
 
G
T
 
V
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
D
 
D
L
 
Y
S
 
K
L
 
L
L
 
L
P
 
P
N
 
K
M
 
K
N
 
T
V
 
V
A
 
Y
E
 
E
N
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
Y
T
 
A
S
 
M
E
 
E
L
 
V
A
 
I
T
 
G
H
 
E
Q
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
T
 
-
F
 
-
D
 
N
R
 
R
R
 
R
E
 
N
L
 
I
A
 
K
R
 
R
T
 
R
A
 
V
A
 
M
R
 
E
A
 
V
L
 
L
E
 
D
A
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
P
 
K
G
 
H
N
 
K
A
 
V
E
 
R
F
 
-
Q
 
-
A
 
-
T
 
S
L
 
F
I
 
P
E
 
N
Q
 
E
L
 
L
P
 
S
L
 
G
A
 
G
T
 
E
R
 
Q
Q
 
Q
L
 
R
V
 
I
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
I
A
 
V
S
 
N
E
 
N
A
 
P
K
 
K
F
 
V
V
 
L
I
 
I
M
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
G
S
 
N
L
 
L
T
 
D
Q
 
P
K
 
D
E
 
N
V
 
S
D
 
W
N
 
E
L
 
I
I
 
M
A
 
N
V
 
L
L
 
L
A
 
E
N
 
R
L
 
I
R
 
N
A
 
L
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
T
 
T
V
 
I
L
 
L
F
 
M
V
 
A
S
 
T
H
|
H
K
 
N
L
 
S
D
 
Q
E
 
I
C
 
V
Y
 
N
A
 
T
I
 
L
G
 
R
G
 
H
E
 
R
V
 
V
I
 
I
V
 
A
L
 
I
R
 
E
D
 
N
G
 
G
Q
 
R

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp- binding cassette of an abc transporter (see paper)
30% identity, 44% coverage: 8:226/500 of query aligns to 12:232/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
K
 
K
R
 
Y
F
|
F
T
 
G
G
 
E
V
x
F
H
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
D
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
S
 
S
F
 
V
E
 
N
R
 
K
G
 
G
Q
 
D
I
 
V
Y
 
T
H
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
E
 
P
N
|
N
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
K
 
N
I
 
V
I
 
I
S
 
T
G
 
G
A
 
F
Q
 
L
P
 
K
P
 
A
D
 
D
E
 
E
G
 
G
E
 
R
L
 
V
V
 
Y
I
 
F
E
 
E
G
 
N
V
 
K
R
 
D
H
 
I
A
 
T
R
 
N
L
 
K
S
 
E
A
 
P
L
 
A
E
 
E
S
 
L
L
 
Y
A
 
H
A
 
Y
G
 
G
I
 
I
E
 
V
T
 
R
V
 
T
Y
 
F
Q
 
Q
D
 
T
L
 
P
S
 
Q
L
 
P
L
 
L
P
 
K
N
 
E
M
 
M
N
 
T
V
 
V
A
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
L
A
 
-
L
 
L
T
 
I
S
 
G
E
 
E
L
 
I
A
 
C
T
 
P
H
 
G
Q
 
E
G
 
S
K
 
P
L
 
L
A
 
N
R
 
S
T
 
L
F
 
F
D
 
Y
R
 
K
R
 
K
-
 
W
-
 
I
-
 
P
-
 
K
-
 
E
-
 
E
E
 
E
L
 
M
A
 
V
R
 
E
T
 
K
A
 
A
A
 
F
R
 
K
A
 
I
L
 
L
E
 
E
A
 
F
V
 
L
G
 
K
L
 
L
P
 
S
G
 
H
N
 
L
A
 
Y
E
 
D
F
 
R
Q
 
K
A
 
A
T
 
G
L
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
E
L
 
L
P
 
S
L
 
G
A
 
G
T
 
Q
R
 
M
Q
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
L
A
 
M
S
 
T
E
 
N
A
 
P
K
 
K
F
 
M
V
 
I
I
 
V
M
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
I
T
 
A
S
 
G
L
 
V
T
 
A
Q
 
P
K
 
G
E
 
L
V
 
A
D
 
H
N
 
D
L
 
I
I
 
F
A
 
N
V
 
H
L
 
V
A
 
L
N
 
E
L
 
L
R
 
K
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
T
 
T
V
 
F
L
 
L
F
 
I
V
 
I
S
 
E
H
 
H
K
 
R
L
 
L
D
 
D
E
 
I
C
 
V
Y
 
L
A
 
N
I
 
Y
G
 
I
G
 
D
E
 
H
V
 
L
I
 
Y
V
 
V
L
 
M
R
 
F
D
 
N
G
 
G
Q
 
Q
K
 
I
M
 
I
A
 
A
Q
 
E
G
 
G

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
30% identity, 45% coverage: 7:230/500 of query aligns to 12:227/343 of P30750

query
sites
P30750
H
 
H
K
 
Q
R
 
G
F
 
T
T
 
R
G
 
T
V
 
I
H
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
N
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
H
F
 
V
E
 
P
R
 
A
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
Y
 
Y
H
 
G
L
 
V
L
 
I
G
 
G
E
 
A
N
x
S
G
|
G
C
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
K
 
R
I
 
C
I
 
V
S
 
N
G
 
L
A
 
L
Q
 
E
P
 
R
P
 
P
D
 
T
E
 
E
G
 
G
E
 
S
L
 
V
V
 
L
I
 
V
E
 
D
G
 
G
V
 
Q
R
 
E
H
 
L
A
 
T
R
 
T
L
 
L
S
 
S
A
 
E
L
 
S
E
 
E
S
 
L
L
 
T
A
 
K
A
 
A
-
 
R
-
 
R
G
 
Q
I
 
I
E
 
G
T
 
M
V
 
I
Y
 
F
Q
 
Q
D
 
H
L
 
F
S
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
S
N
 
S
M
 
R
N
 
T
V
 
V
A
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
T
 
P
S
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
-
T
 
-
H
 
-
Q
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
T
 
-
F
 
-
D
 
D
R
 
N
R
 
T
E
 
P
L
 
K
A
 
D
R
 
E
T
 
V
A
 
K
A
 
R
R
 
R
A
 
V
L
 
T
E
 
E
A
 
L
V
 
L
G
 
S
L
 
L
P
 
V
G
 
G
N
 
L
A
 
G
E
 
D
F
 
K
Q
 
H
A
 
D
T
 
S
L
 
Y
I
 
P
E
 
S
Q
 
N
L
 
L
P
 
S
L
 
G
A
 
G
T
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
A
 
A
S
 
S
E
 
N
A
 
P
K
 
K
F
 
V
V
 
L
I
 
L
M
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
T
 
T
T
 
S
S
 
A
L
 
L
T
 
D
Q
 
P
K
 
A
E
 
T
V
 
T
D
 
R
N
 
S
L
 
I
I
 
L
A
 
E
V
 
L
L
 
L
A
 
K
N
 
D
L
 
I
-
 
N
R
 
R
A
 
R
Q
 
L
G
 
G
V
 
L
T
 
T
V
 
I
L
 
L
F
 
L
V
 
I
S
 
T
H
 
H
K
 
E
L
 
M
D
 
D
E
 
V
C
 
V
Y
 
K
A
 
R
I
 
I
G
 
C
G
 
D
E
 
C
V
 
V
I
 
A
V
 
V
L
 
I
R
 
S
D
 
N
G
 
G
Q
 
E
K
 
L
M
 
I
A
 
E
Q
 
Q
G
 
D
P
 
T
I
 
V
A
 
S
Q
 
E

Sites not aligning to the query:

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
30% identity, 44% coverage: 8:226/500 of query aligns to 12:232/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
K
 
K
R
 
Y
F
|
F
T
 
G
G
 
E
V
x
F
H
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
D
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
S
 
S
F
 
V
E
 
C
R
 
K
G
 
G
Q
 
D
I
 
V
Y
 
T
H
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
E
 
P
N
|
N
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
K
 
N
I
 
V
I
 
I
S
 
T
G
 
G
A
 
F
Q
 
L
P
 
K
P
 
A
D
 
D
E
 
E
G
 
G
E
 
R
L
 
V
V
 
Y
I
 
F
E
 
E
G
 
N
V
 
K
R
 
D
H
 
I
A
 
T
R
 
N
L
 
K
S
 
E
A
 
P
L
 
A
E
 
E
S
 
L
L
 
Y
A
 
H
A
 
Y
G
 
G
I
 
I
E
 
V
T
 
R
V
 
T
Y
 
F
Q
 
Q
D
 
T
L
 
P
S
 
Q
L
 
P
L
 
L
P
 
K
N
 
E
M
 
M
N
 
T
V
 
V
A
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
L
A
 
-
L
 
L
T
 
I
S
 
G
E
 
E
L
 
I
A
 
N
T
 
P
H
 
G
Q
 
E
G
 
S
K
 
P
L
 
L
A
 
N
R
 
S
T
 
L
F
 
F
D
 
Y
R
 
K
R
 
K
-
 
W
-
 
I
-
 
P
-
 
K
-
 
E
-
 
E
E
 
E
L
 
M
A
 
V
R
 
E
T
 
K
A
 
A
A
 
F
R
 
K
A
 
I
L
 
L
E
 
E
A
 
F
V
 
L
G
 
K
L
 
L
P
 
S
G
 
H
N
 
L
A
 
Y
E
 
D
F
 
R
Q
 
K
A
 
A
T
 
G
L
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
E
L
 
L
P
 
S
L
 
G
A
 
G
T
 
Q
R
 
M
Q
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
L
A
 
M
S
 
T
E
 
N
A
 
P
K
 
K
F
 
M
V
 
I
I
 
V
M
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
I
T
 
A
S
 
G
L
 
V
T
 
A
Q
 
P
K
 
G
E
 
L
V
 
A
D
 
H
N
 
D
L
 
I
I
 
F
A
 
N
V
 
H
L
 
V
A
 
L
N
 
E
L
 
L
R
 
K
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
T
 
T
V
 
F
L
 
L
F
 
I
V
 
I
S
 
E
H
 
H
K
 
R
L
 
L
D
 
D
E
 
I
C
 
V
Y
 
L
A
 
N
I
 
Y
G
 
I
G
 
D
E
 
H
V
 
L
I
 
Y
V
 
V
L
 
M
R
 
F
D
 
N
G
 
G
Q
 
Q
K
 
I
M
 
I
A
 
A
Q
 
E
G
 
G

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
30% identity, 45% coverage: 7:230/500 of query aligns to 13:228/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
H
 
H
K
x
Q
R
 
G
F
 
T
T
 
R
G
 
T
V
 
I
H
 
Q
A
|
A
L
 
L
R
 
N
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
H
F
 
V
E
 
P
R
 
A
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
Y
 
Y
H
 
G
L
 
V
L
 
I
G
 
G
E
 
A
N
 
S
G
|
G
C
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
K
 
R
I
 
C
I
 
V
S
 
N
G
 
L
A
 
L
Q
 
E
P
 
R
P
 
P
D
 
T
E
 
E
G
 
G
E
 
S
L
 
V
V
 
L
I
 
V
E
 
D
G
 
G
V
 
Q
R
 
E
H
 
L
A
 
T
R
 
T
L
 
L
S
 
S
A
 
E
L
 
S
E
 
E
S
 
L
L
 
T
A
 
K
A
 
A
-
 
R
-
 
R
G
 
Q
I
 
I
E
 
G
T
 
M
V
 
I
Y
 
F
Q
 
Q
D
 
H
L
 
F
S
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
S
N
 
S
M
 
R
N
 
T
V
 
V
A
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
T
 
P
S
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
-
T
 
-
H
 
-
Q
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
T
 
-
F
 
-
D
 
D
R
 
N
R
 
T
E
 
P
L
 
K
A
 
D
R
 
E
T
 
V
A
 
K
A
 
R
R
 
R
A
 
V
L
 
T
E
 
E
A
 
L
V
 
L
G
 
S
L
 
L
P
 
V
G
 
G
N
 
L
A
 
G
E
 
D
F
 
K
Q
 
H
A
 
D
T
 
S
L
 
Y
I
 
P
E
 
S
Q
 
N
L
 
L
P
 
S
L
 
G
A
 
G
T
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
A
 
A
S
 
S
E
 
N
A
 
P
K
 
K
F
 
V
V
 
L
I
 
L
M
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
T
 
S
S
 
A
L
 
L
T
 
D
Q
 
P
K
 
A
E
 
T
V
 
T
D
 
R
N
 
S
L
 
I
I
 
L
A
 
E
V
 
L
L
 
L
A
 
K
N
 
D
L
 
I
-
 
N
R
 
R
A
 
R
Q
 
L
G
 
G
V
 
L
T
 
T
V
 
I
L
 
L
F
 
L
V
 
I
S
 
T
H
 
H
K
 
E
L
 
M
D
 
D
E
 
V
C
 
V
Y
 
K
A
 
R
I
 
I
G
 
C
G
 
D
E
 
C
V
 
V
I
 
A
V
 
V
L
 
I
R
 
S
D
 
N
G
 
G
Q
 
E
K
 
L
M
 
I
A
 
E
Q
 
Q
G
 
D
P
 
T
I
 
V
A
 
S
Q
 
E

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
30% identity, 45% coverage: 7:230/500 of query aligns to 13:228/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
H
 
H
K
x
Q
R
 
G
F
 
T
T
 
R
G
 
T
V
 
I
H
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
N
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
H
F
 
V
E
 
P
R
 
A
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
Y
 
Y
H
 
G
L
 
V
L
 
I
G
 
G
E
 
A
N
x
S
G
|
G
C
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
K
 
R
I
 
C
I
 
V
S
 
N
G
 
L
A
 
L
Q
 
E
P
 
R
P
 
P
D
 
T
E
 
E
G
 
G
E
 
S
L
 
V
V
 
L
I
 
V
E
 
D
G
 
G
V
 
Q
R
 
E
H
 
L
A
 
T
R
 
T
L
 
L
S
 
S
A
 
E
L
 
S
E
 
E
S
 
L
L
 
T
A
 
K
A
 
A
-
 
R
-
 
R
G
 
Q
I
 
I
E
 
G
T
 
M
V
 
I
Y
 
F
Q
 
Q
D
 
H
L
 
F
S
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
S
N
 
S
M
 
R
N
 
T
V
 
V
A
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
T
 
P
S
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
-
T
 
-
H
 
-
Q
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
T
 
-
F
 
-
D
 
D
R
 
N
R
 
T
E
 
P
L
 
K
A
 
D
R
 
E
T
 
V
A
 
K
A
 
R
R
 
R
A
 
V
L
 
T
E
 
E
A
 
L
V
 
L
G
 
S
L
 
L
P
 
V
G
 
G
N
 
L
A
 
G
E
 
D
F
 
K
Q
 
H
A
 
D
T
 
S
L
 
Y
I
 
P
E
 
S
Q
 
N
L
 
L
P
 
S
L
 
G
A
 
G
T
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
A
 
A
S
 
S
E
 
N
A
 
P
K
 
K
F
 
V
V
 
L
I
 
L
M
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
T
 
S
S
 
A
L
 
L
T
 
D
Q
 
P
K
 
A
E
 
T
V
 
T
D
 
R
N
 
S
L
 
I
I
 
L
A
 
E
V
 
L
L
 
L
A
 
K
N
 
D
L
 
I
-
 
N
R
 
R
A
 
R
Q
 
L
G
 
G
V
 
L
T
 
T
V
 
I
L
 
L
F
 
L
V
 
I
S
 
T
H
 
H
K
 
E
L
 
M
D
 
D
E
 
V
C
 
V
Y
 
K
A
 
R
I
 
I
G
 
C
G
 
D
E
 
C
V
 
V
I
 
A
V
 
V
L
 
I
R
 
S
D
 
N
G
 
G
Q
 
E
K
 
L
M
 
I
A
 
E
Q
 
Q
G
 
D
P
 
T
I
 
V
A
 
S
Q
 
E

Sites not aligning to the query:

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
30% identity, 45% coverage: 7:230/500 of query aligns to 13:228/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
H
 
H
K
x
Q
R
 
G
F
 
T
T
 
R
G
 
T
V
x
I
H
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
N
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
H
F
 
V
E
 
P
R
 
A
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
Y
 
Y
H
 
G
L
 
V
L
 
I
G
 
G
E
 
A
N
x
S
G
|
G
C
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
K
 
R
I
 
C
I
 
V
S
 
N
G
 
L
A
 
L
Q
 
E
P
 
R
P
 
P
D
 
T
E
 
E
G
 
G
E
 
S
L
 
V
V
 
L
I
 
V
E
 
D
G
 
G
V
 
Q
R
 
E
H
 
L
A
 
T
R
 
T
L
 
L
S
 
S
A
 
E
L
 
S
E
 
E
S
 
L
L
 
T
A
 
K
A
 
A
-
 
R
-
 
R
G
 
Q
I
 
I
E
 
G
T
 
M
V
 
I
Y
 
F
Q
 
Q
D
 
H
L
 
F
S
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
S
N
 
S
M
 
R
N
 
T
V
 
V
A
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
T
 
P
S
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
-
T
 
-
H
 
-
Q
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
T
 
-
F
 
-
D
 
D
R
 
N
R
 
T
E
 
P
L
 
K
A
 
D
R
 
E
T
 
V
A
 
K
A
 
R
R
 
R
A
 
V
L
 
T
E
 
E
A
 
L
V
 
L
G
 
S
L
 
L
P
 
V
G
 
G
N
 
L
A
 
G
E
 
D
F
 
K
Q
 
H
A
 
D
T
 
S
L
 
Y
I
 
P
E
 
S
Q
x
N
L
|
L
P
x
S
L
x
G
A
x
G
T
x
Q
R
 
K
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
A
 
A
S
 
S
E
 
N
A
 
P
K
 
K
F
 
V
V
 
L
I
 
L
M
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
T
 
S
S
 
A
L
 
L
T
 
D
Q
 
P
K
 
A
E
 
T
V
 
T
D
 
R
N
 
S
L
 
I
I
 
L
A
 
E
V
 
L
L
 
L
A
 
K
N
 
D
L
 
I
-
 
N
R
 
R
A
 
R
Q
 
L
G
 
G
V
 
L
T
 
T
V
 
I
L
 
L
F
 
L
V
 
I
S
 
T
H
|
H
K
 
E
L
 
M
D
 
D
E
 
V
C
 
V
Y
 
K
A
 
R
I
 
I
G
 
C
G
 
D
E
 
C
V
 
V
I
 
A
V
 
V
L
 
I
R
 
S
D
 
N
G
 
G
Q
 
E
K
 
L
M
 
I
A
 
E
Q
 
Q
G
 
D
P
 
T
I
 
V
A
 
S
Q
 
E

Sites not aligning to the query:

7d0aB Acinetobacter mlafedb complex in adp-vanadate trapped vclose conformation (see paper)
30% identity, 49% coverage: 19:264/500 of query aligns to 23:263/263 of 7d0aB

query
sites
7d0aB
V
 
I
S
 
S
L
 
L
S
 
N
F
 
I
E
 
R
R
 
R
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
Y
 
T
H
 
A
L
 
I
L
 
M
G
 
G
E
 
P
N
x
S
G
|
G
C
x
T
G
|
G
K
|
K
S
 
T
T
 
T
L
 
L
I
 
L
K
 
R
I
 
L
I
 
I
S
 
G
G
 
G
A
 
Q
Q
x
L
P
 
V
P
 
P
D
 
D
E
 
Q
G
 
G
E
 
E
L
 
V
V
 
L
I
 
L
E
 
D
G
 
G
V
 
K
R
 
D
H
 
I
A
 
A
R
 
Q
L
 
M
S
 
S
A
 
R
L
 
Q
E
 
E
S
 
L
L
 
F
A
 
A
-
 
A
-
 
R
A
 
A
G
 
R
I
 
M
E
 
G
T
 
M
V
 
L
Y
 
F
Q
 
Q
D
 
S
L
 
G
S
 
A
L
 
L
L
 
F
P
 
T
N
 
D
M
 
M
N
 
S
V
 
V
A
 
Y
E
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
F
T
 
P
S
 
I
E
 
R
L
 
A
A
 
H
T
 
T
H
 
-
Q
 
-
G
 
-
K
 
K
L
 
L
A
 
S
R
 
E
T
 
N
F
 
L
D
 
-
R
 
-
R
 
-
E
 
-
L
 
I
A
 
A
R
 
E
T
 
L
A
 
V
A
 
A
R
 
L
A
 
K
L
 
L
E
 
E
A
 
S
V
 
V
G
 
G
L
 
L
P
 
R
G
 
G
N
 
T
A
 
E
E
 
Q
F
 
L
Q
 
M
A
 
P
T
 
T
L
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
x
E
L
 
L
P
x
S
L
 
G
A
x
G
T
x
M
R
 
N
Q
 
R
L
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
I
A
 
A
S
 
L
E
 
D
A
 
P
K
 
D
F
 
L
V
 
I
I
 
M
M
 
Y
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
T
 
A
S
 
G
L
 
Q
T
 
D
Q
 
P
K
 
I
E
 
V
V
 
K
D
 
G
N
 
V
L
 
L
I
 
T
A
 
R
V
 
L
L
 
I
A
 
R
N
 
S
L
 
L
R
 
R
-
 
E
A
 
A
Q
 
L
G
 
D
V
 
L
T
 
T
V
 
T
L
 
I
F
 
I
V
 
V
S
 
S
H
 
H
K
 
D
L
 
V
D
 
P
E
 
E
C
 
T
Y
 
L
A
 
S
I
 
I
G
 
A
G
 
D
E
 
Y
V
 
I
I
 
Y
V
 
V
L
 
V
R
 
A
D
 
E
G
 
G
Q
 
K
K
 
I
M
 
Q
A
 
G
Q
 
E
G
 
G
P
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
E
I
 
L
A
 
Q
Q
 
A
F
 
Y
T
 
A
K
 
S
A
 
P
Q
 
F
I
 
V
S
 
K
E
 
Q
L
 
F
M
 
L
T
 
T
G
 
G
R
 
S
H
 
A
L
 
E
S
 
G
N
 
P
E
 
V
R
 
E
Y
 
Y
R
 
-
E
 
Q
G
 
F
A
 
S
H
 
H
E
 
Q
P
 
A
N
 
Y
I
 
L
V
 
D
L
 
N
E
 
E
V
 
V
R
 
R

Sites not aligning to the query:

7d08B Acinetobacter mlafedb complex in atp-bound vtrans1 conformation (see paper)
30% identity, 49% coverage: 19:264/500 of query aligns to 23:263/263 of 7d08B

query
sites
7d08B
V
 
I
S