SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing BPHYT_RS27785 BPHYT_RS27785 hypothetical protein to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

5ys3A 1.8 angstrom crystal structure of succinate-acetate permease from citrobacter koseri (see paper)
48% identity, 92% coverage: 4:187/201 of query aligns to 1:188/188 of 5ys3A

query
sites
5ys3A
K
 
K
A
 
L
P
 
A
N
 
N
P
 
P
A
 
A
S
 
P
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
M
G
 
G
F
 
F
A
 
G
L
 
M
T
 
T
T
 
T
W
 
I
L
 
L
L
 
L
S
 
N
M
 
L
I
 
H
N
 
N
A
 
A
G
 
G
W
 
F
F
 
F
N
 
A
G
 
L
E
 
D
S
 
-
M
 
-
G
 
G
M
 
I
V
 
I
L
 
L
A
 
A
V
 
M
A
 
G
F
 
I
A
 
F
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
T
 
I
A
 
A
Q
 
Q
M
 
I
I
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
L
M
 
L
E
 
E
I
 
Y
P
 
K
R
 
K
G
 
G
N
 
N
A
 
T
F
 
F
G
 
G
A
 
L
T
 
T
A
 
A
F
 
F
L
 
T
S
 
S
Y
 
Y
G
 
G
A
 
S
F
 
F
W
 
W
W
 
L
S
 
T
L
 
L
A
 
V
L
 
A
F
 
I
V
 
L
L
 
L
F
 
M
-
 
P
-
 
K
-
 
M
-
 
G
L
 
L
H
 
T
G
 
E
N
 
A
V
 
P
P
 
N
A
 
A
A
 
Q
F
 
F
I
 
L
G
 
G
W
 
A
Y
 
Y
L
 
L
F
 
G
L
 
L
W
 
W
G
|
G
M
 
V
F
 
F
T
 
T
L
 
L
Y
 
F
M
 
M
W
 
F
V
 
F
A
 
G
T
 
T
W
 
L
R
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
L
 
F
V
 
V
F
 
F
L
 
L
S
 
S
L
 
L
W
 
T
L
 
V
T
 
L
F
 
F
F
x
A
V
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
F
S
 
G
E
 
N
W
x
I
T
 
A
G
 
G
L
 
N
A
 
E
W
 
A
L
 
V
H
 
I
H
 
H
A
 
V
G
 
A
G
 
G
Y
 
W
L
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
V
T
 
C
A
 
G
L
 
A
L
 
S
A
 
A
F
 
I
Y
 
Y
L
 
L
S
 
A
A
 
M
A
 
G
E
 
E
I
 
V
I
 
L
N
 
N
E
 
E
T
 
Q
H
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
T
V
 
I
L
 
L
P
 
P
V
 
I
G
 
G
A
 
E
A
 
A
S
 
H
-
 
L
-
 
V
P
 
P
R
 
R

5ys8A 2.8 angstrom crystal structure of succinate-acetate permease from citrobacter koseri (see paper)
48% identity, 89% coverage: 7:184/201 of query aligns to 3:182/182 of 5ys8A

query
sites
5ys8A
N
 
N
P
 
P
A
 
A
S
 
P
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
M
G
 
G
F
 
F
A
 
G
L
 
M
T
 
T
T
|
T
W
 
I
L
 
L
L
 
L
S
 
N
M
 
L
I
 
H
N
 
N
A
 
A
G
 
G
W
 
F
F
 
F
N
 
A
G
 
L
E
 
D
S
 
-
M
 
-
G
 
G
M
 
I
V
 
I
L
 
L
A
 
A
V
 
M
A
 
G
F
 
I
A
 
F
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
T
 
I
A
 
A
Q
 
Q
M
 
I
I
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
L
M
 
L
E
 
E
I
 
Y
P
 
K
R
 
K
G
 
G
N
 
N
A
 
T
F
|
F
G
 
G
A
 
L
T
 
T
A
 
A
F
|
F
L
 
T
S
 
S
Y
 
Y
G
 
G
A
 
S
F
|
F
W
|
W
W
 
L
S
 
T
L
 
L
A
 
V
L
 
A
F
 
I
V
 
L
L
 
L
F
 
M
-
 
P
-
 
K
-
 
M
-
 
G
L
 
L
H
 
T
G
 
E
N
 
A
V
 
P
P
 
N
A
 
A
A
 
Q
F
 
F
I
 
L
G
 
G
W
 
A
Y
 
Y
L
 
L
F
 
G
L
 
L
W
 
W
G
 
G
M
 
V
F
 
F
T
 
T
L
 
L
Y
 
F
M
 
M
W
 
F
V
 
F
A
 
G
T
 
T
W
 
L
R
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
L
 
F
V
 
V
F
|
F
L
 
L
S
 
S
L
 
L
W
 
T
L
 
V
T
 
L
F
|
F
F
 
A
V
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
F
S
 
G
E
 
N
W
 
I
T
 
A
G
 
G
L
 
N
A
 
E
W
 
A
L
 
V
H
 
I
H
 
H
A
 
V
G
 
A
G
 
G
Y
 
W
L
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
V
T
 
C
A
 
G
L
 
A
L
 
S
A
 
A
F
 
I
Y
 
Y
L
 
L
S
 
A
A
 
M
A
 
G
E
 
E
I
 
V
I
 
L
N
 
N
E
 
E
T
 
Q
H
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
T
V
 
I
L
 
L
P
 
P
V
 
I
G
 
G
A
 
E
A
 
A

P0AC98 Succinate-acetate/proton symporter SatP; Succinate-acetate transporter protein from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
46% identity, 91% coverage: 2:184/201 of query aligns to 3:187/188 of P0AC98

query
sites
P0AC98
N
 
N
I
 
T
K
 
K
A
 
L
P
 
A
N
 
N
P
 
P
A
 
A
S
 
P
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
M
G
 
G
F
 
F
A
 
G
L
 
M
T
 
T
T
 
T
W
 
I
L
 
L
L
 
L
S
 
N
M
 
L
I
 
H
N
 
N
A
 
V
G
 
G
W
 
Y
F
 
F
N
 
A
G
 
L
E
 
D
S
 
-
M
 
-
G
 
G
M
 
I
V
 
I
L
 
L
A
 
A
V
 
M
A
 
G
F
 
I
A
 
F
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
T
 
I
A
 
A
Q
 
Q
M
 
I
I
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
L
M
 
L
E
 
E
I
 
Y
P
 
K
R
 
K
G
 
G
N
 
N
A
 
T
F
 
F
G
 
G
A
 
L
T
 
T
A
 
A
F
 
F
L
 
T
S
 
S
Y
 
Y
G
 
G
A
 
S
F
 
F
W
 
W
W
 
L
S
 
T
L
 
L
A
 
V
L
 
A
F
 
I
V
 
L
L
 
L
F
 
M
-
 
P
-
 
K
-
 
L
-
 
G
L
 
L
H
 
T
G
 
D
N
 
A
V
 
P
P
 
N
A
 
A
A
 
Q
F
 
F
I
 
L
G
 
G
W
 
V
Y
 
Y
L
 
L
F
 
G
L
 
L
W
 
W
G
 
G
M
 
V
F
 
F
T
 
T
L
 
L
Y
 
F
M
 
M
W
 
F
V
 
F
A
 
G
T
 
T
W
 
L
R
 
K
A
 
G
A
 
A
R
 
R
A
 
V
L
 
L
Q
 
Q
L
 
F
V
 
V
F
 
F
L
 
F
S
 
S
L
|
L
W
 
T
L
 
V
T
 
L
F
 
F
F
 
A
V
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
I
S
 
G
E
 
N
W
 
I
T
 
A
G
 
G
L
 
N
A
 
A
W
 
A
L
 
I
H
 
I
H
 
H
A
 
F
G
 
A
G
 
G
Y
 
W
L
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
I
T
 
C
A
 
G
L
 
A
L
 
S
A
|
A
F
 
I
Y
 
Y
L
 
L
S
 
A
A
 
M
A
 
G
E
 
E
I
 
V
I
 
L
N
 
N
E
 
E
T
 
Q
H
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
T
V
 
V
L
 
L
P
 
P
V
 
I
G
 
G
A
 
E
A
 
S

P41943 Glyoxylate pathway regulator from Yarrowia lipolytica (strain CLIB 122 / E 150) (Yeast) (Candida lipolytica) (see paper)
35% identity, 91% coverage: 7:189/201 of query aligns to 79:268/270 of P41943

query
sites
P41943
N
 
N
P
 
P
A
 
A
S
 
P
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
S
G
 
A
F
 
F
A
 
A
L
 
L
T
 
T
T
 
T
W
 
L
L
 
V
L
 
F
S
 
S
M
 
L
I
 
C
N
 
T
A
 
V
G
 
Q
W
 
A
F
 
R
N
 
G
G
 
V
E
 
P
S
 
N
M
 
P
G
 
S
M
 
I
V
 
A
L
 
V
A
 
G
V
 
L
A
 
A
F
 
L
A
 
F
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
T
 
V
A
 
C
Q
 
Q
M
 
F
I
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
M
M
 
W
E
 
E
I
 
F
P
 
V
R
 
Q
G
 
E
N
 
N
A
 
T
F
 
F
G
 
G
A
 
A
T
 
A
A
 
A
F
 
L
L
 
T
S
 
S
Y
 
Y
G
 
G
A
 
G
F
 
F
W
 
W
W
 
M
S
 
S
L
 
W
A
 
A
L
 
A
F
 
I
V
 
E
L
 
M
F
 
N
L
 
A
H
 
F
G
 
G
-
 
I
-
 
K
-
 
D
-
 
S
-
 
Y
N
 
N
V
 
D
P
 
P
A
 
I
A
 
E
F
 
V
-
 
Q
-
 
N
-
 
A
I
 
V
G
 
G
W
 
I
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
L
 
G
W
 
W
G
 
F
M
 
I
F
 
F
T
 
T
L
 
L
Y
 
M
M
 
L
W
 
T
V
 
L
A
 
C
T
 
T
W
 
L
R
 
K
A
 
S
A
 
T
R
 
V
A
 
A
L
 
F
Q
 
F
L
 
G
V
 
L
F
 
F
L
 
F
S
 
M
L
 
L
W
 
M
L
 
M
T
 
T
F
 
F
F
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
C
S
 
A
E
 
N
W
 
V
T
 
T
G
 
-
L
 
-
A
 
-
W
 
-
L
 
Q
H
 
H
H
 
H
-
 
G
-
 
T
-
 
A
-
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
Y
 
W
L
 
L
G
 
G
L
 
I
V
 
I
T
 
T
A
 
A
L
 
F
L
 
F
A
 
G
F
 
F
Y
 
Y
L
 
N
S
 
A
A
 
Y
A
 
A
E
 
G
I
 
L
I
 
A
N
 
N
E
 
P
T
 
G
H
 
N
G
 
S
R
 
Y
V
 
I
V
 
V
L
 
-
P
 
P
V
 
V
G
 
P
A
 
L
A
 
D
S
 
M
P
 
P
R
 
F
I
 
V
E
 
K

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>BPHYT_RS27785 BPHYT_RS27785 hypothetical protein
MNIKAPNPASLGLAGFALTTWLLSMINAGWFNGESMGMVLAVAFAYGGTAQMIAGLMEIP
RGNAFGATAFLSYGAFWWSLALFVLFLHGNVPAAFIGWYLFLWGMFTLYMWVATWRAARA
LQLVFLSLWLTFFVLAASEWTGLAWLHHAGGYLGLVTALLAFYLSAAEIINETHGRVVLP
VGAASPRIEVALTVDEELRRA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory