SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing BPHYT_RS29250 FitnessBrowser__BFirm:BPHYT_RS29250 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1o5kA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (tm1521) from thermotoga maritima at 1.80 a resolution
32% identity, 94% coverage: 3:292/307 of query aligns to 2:288/295 of 1o5kA

query
sites
1o5kA
I
 
M
F
 
F
S
 
R
G
 
G
I
 
V
W
 
G
V
 
T
P
 
A
L
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
K
D
 
N
G
 
G
A
 
E
V
 
L
D
 
D
H
 
L
A
 
E
A
 
S
L
 
Y
R
 
E
A
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
Y
Y
 
Q
T
 
L
G
 
E
A
 
N
G
 
G
I
 
V
A
 
N
G
 
A
L
 
L
V
 
I
A
 
V
L
 
L
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
S
A
 
P
A
 
T
L
 
V
D
 
N
A
 
E
A
 
D
E
 
E
Q
 
R
D
 
E
A
 
K
V
 
L
L
 
V
A
 
S
T
 
R
I
 
T
L
 
L
D
x
E
E
 
I
A
 
V
Q
 
-
S
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
D
|
D
G
 
G
Q
 
K
A
 
-
L
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
V
G
 
G
V
 
A
S
 
G
G
 
T
N
 
N
H
 
S
T
 
T
A
 
E
S
 
K
M
 
T
R
 
L
V
 
K
R
 
L
I
 
V
G
 
K
Q
 
Q
L
 
A
N
 
E
A
 
K
L
 
L
P
 
G
L
 
A
A
 
N
G
 
G
V
 
V
L
 
L
M
 
V
A
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
I
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
I
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
Y
M
 
K
A
 
Y
L
 
I
A
 
S
D
 
E
A
 
R
S
 
T
E
 
D
K
 
L
P
 
G
V
 
I
V
 
V
L
 
V
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
N
L
 
V
E
 
L
L
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
A
L
 
A
A
 
R
L
 
I
A
 
A
T
 
A
H
 
D
P
 
L
R
 
K
-
 
N
-
 
V
-
 
V
-
 
G
I
 
I
Q
x
K
A
 
E
V
 
A
K
 
N
D
 
P
C
 
D
A
 
I
G
 
D
S
 
Q
L
 
I
D
 
D
T
 
R
T
 
T
L
 
V
A
 
S
L
 
L
I
 
T
R
 
K
D
 
Q
A
 
A
R
 
R
-
 
S
-
 
D
L
 
F
Q
 
M
V
 
V
L
 
W
A
 
S
G
 
G
E
 
N
D
 
D
I
 
D
N
 
R
I
 
T
F
 
F
N
 
Y
T
 
L
L
 
L
C
 
C
L
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
D
G
 
G
A
 
V
I
|
I
A
 
S
A
 
V
S
 
V
A
 
S
H
 
N
V
 
V
R
 
A
P
 
P
E
 
K
R
 
Q
F
 
M
V
 
V
E
 
E
M
 
L
Y
 
C
R
 
A
A
 
E
L
 
Y
A
 
F
A
 
S
G
 
G
R
 
N
L
 
L
A
 
E
D
 
K
G
 
S
R
 
R
R
 
E
I
 
V
F
 
H
H
 
R
A
 
K
L
 
L
A
 
R
P
 
P
L
 
L
I
 
M
E
 
K
A
 
A
L
 
L
F
 
F
V
 
V
E
 
E
P
 
T
N
 
N
P
 
P
A
 
I
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
A
L
 
A
L
 
L
A
 
N
A
 
L
Q
 
M
G
 
G
L
 
F
I
 
I
R
 
E
D
 
N
E
 
E
L
 
L
R
 
R
M
 
L
P
 
P
M
 
L
T
 
V
R
 
P
A
 
A
S
 
S
G
 
E
A
 
K
L
 
T
I
 
V
E
 
E
R
 
L
L
 
L
E
 
R
G
 
N
L
 
V

Q9X1K9 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) (see paper)
32% identity, 94% coverage: 3:292/307 of query aligns to 1:287/294 of Q9X1K9

query
sites
Q9X1K9
I
 
M
F
 
F
S
 
R
G
 
G
I
 
V
W
 
G
V
 
T
P
 
A
L
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
K
D
 
N
G
 
G
A
 
E
V
 
L
D
 
D
H
 
L
A
 
E
A
 
S
L
 
Y
R
 
E
A
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
Y
Y
 
Q
T
 
L
G
 
E
A
 
N
G
 
G
I
 
V
A
 
N
G
 
A
L
 
L
V
 
I
A
 
V
L
 
L
G
 
G
T
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
S
A
 
P
A
 
T
L
 
V
D
 
N
A
 
E
A
 
D
E
 
E
Q
 
R
D
 
E
A
 
K
V
 
L
L
 
V
A
 
S
T
 
R
I
 
T
L
 
L
D
 
E
E
 
I
A
 
V
Q
 
-
S
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
D
G
 
G
Q
 
K
A
 
-
L
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
V
G
 
G
V
 
A
S
 
G
G
 
T
N
 
N
H
 
S
T
 
T
A
 
E
S
 
K
M
 
T
R
 
L
V
 
K
R
 
L
I
 
V
G
 
K
Q
 
Q
L
 
A
N
 
E
A
 
K
L
 
L
P
 
G
L
 
A
A
 
N
G
 
G
V
 
V
L
 
L
M
 
V
A
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
I
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
I
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
Y
M
 
K
A
 
Y
L
 
I
A
 
S
D
 
E
A
 
R
S
 
T
E
 
D
K
 
L
P
 
G
V
 
I
V
 
V
L
 
V
Y
 
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
 
R
T
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
N
L
 
V
E
 
L
L
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
A
L
 
A
A
 
R
L
 
I
A
 
A
T
 
A
H
 
D
P
 
L
R
 
K
-
 
N
-
 
V
-
 
V
-
 
G
I
 
I
Q
 
K
A
 
E
V
 
A
K
 
N
D
 
P
C
x
D
A
x
I
G
x
D
S
 
Q
L
 
I
D
 
D
T
 
R
T
 
T
L
 
V
A
 
S
L
 
L
I
 
T
R
 
K
D
 
Q
A
 
A
R
 
R
-
 
S
-
 
D
L
 
F
Q
 
M
V
 
V
L
 
W
A
 
S
G
 
G
E
 
N
D
 
D
I
 
D
N
 
R
I
 
T
F
 
F
N
 
Y
T
 
L
L
 
L
C
 
C
L
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
D
G
 
G
A
 
V
I
 
I
A
 
S
A
 
V
S
 
V
A
 
S
H
 
N
V
 
V
R
 
A
P
 
P
E
 
K
R
 
Q
F
 
M
V
 
V
E
 
E
M
 
L
Y
 
C
R
 
A
A
 
E
L
 
Y
A
 
F
A
 
S
G
 
G
R
 
N
L
 
L
A
 
E
D
 
K
G
 
S
R
 
R
R
 
E
I
 
V
F
 
H
H
 
R
A
 
K
L
 
L
A
 
R
P
 
P
L
 
L
I
 
M
E
 
K
A
 
A
L
 
L
F
 
F
V
 
V
E
 
E
P
 
T
N
 
N
P
 
P
A
 
I
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
A
L
 
A
L
 
L
A
 
N
A
 
L
Q
 
M
G
 
G
L
 
F
I
 
I
R
 
E
D
 
N
E
 
E
L
 
L
R
 
R
M
 
L
P
 
P
M
 
L
T
 
V
R
 
P
A
 
A
S
 
S
G
 
E
A
 
K
L
 
T
I
 
V
E
 
E
R
 
L
L
 
L
E
 
R
G
 
N
L
 
V

2atsA Dihydrodipicolinate synthase co-crystallised with (s)-lysine
36% identity, 90% coverage: 3:279/307 of query aligns to 1:272/292 of 2atsA

query
sites
2atsA
I
 
M
F
 
F
S
 
T
G
 
G
I
 
S
W
 
I
V
 
V
P
 
A
L
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
A
 
D
D
 
E
-
 
K
G
 
G
A
 
N
V
 
V
D
 
C
H
 
R
A
 
A
A
 
S
L
 
L
R
 
K
A
 
K
L
 
L
V
 
I
R
 
D
R
 
Y
Y
 
H
T
 
V
G
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
T
A
 
S
G
 
A
L
 
I
V
 
V
A
 
S
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
S
A
|
A
A
 
T
L
|
L
D
 
N
A
x
H
A
 
D
E
 
E
Q
x
H
D
 
A
A
 
D
V
 
V
L
 
V
A
 
M
T
 
M
I
 
T
L
 
L
D
 
D
E
 
L
A
 
A
Q
 
-
S
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
D
G
 
G
Q
 
R
A
 
-
L
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
S
 
G
G
 
A
N
|
N
H
 
A
T
 
T
A
 
A
S
x
E
M
 
A
R
 
I
V
 
S
R
 
L
I
 
T
G
 
Q
Q
 
R
L
 
F
N
 
N
A
 
D
L
 
S
P
 
G
L
 
I
A
 
V
G
 
G
V
 
C
L
 
L
M
 
T
A
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
I
 
N
R
 
R
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
I
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
F
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
A
 
H
S
 
T
E
 
D
K
 
L
P
 
P
V
 
Q
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
S
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
C
R
 
D
L
 
L
E
 
L
L
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
V
L
 
G
A
 
R
L
 
L
A
 
A
T
 
K
H
 
V
P
 
K
R
 
N
I
 
I
Q
 
I
A
 
G
V
 
I
K
|
K
D
 
E
C
 
A
A
 
T
G
 
G
S
 
N
L
 
L
-
 
T
-
 
R
-
 
V
D
 
N
T
 
Q
T
 
I
L
 
K
A
 
E
L
 
L
I
 
V
R
 
S
D
 
D
A
 
-
R
 
D
L
 
F
Q
 
V
V
 
L
L
 
L
A
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
I
 
A
N
 
S
I
 
A
F
 
L
N
 
D
T
 
F
L
 
M
C
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
H
G
 
G
A
 
V
I
|
I
A
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
V
 
V
R
 
A
P
 
A
E
 
R
R
 
D
F
 
M
V
 
A
E
 
Q
M
 
M
Y
 
C
R
 
K
A
 
L
L
 
A
A
 
A
A
 
E
G
 
G
R
 
H
L
 
F
A
 
A
D
 
E
G
 
A
R
 
R
R
 
V
I
 
I
F
 
N
H
 
Q
A
 
R
L
 
L
A
 
M
P
 
P
L
 
L
I
 
H
E
 
N
A
 
K
L
 
L
F
 
F
V
 
V
E
 
E
P
 
P
N
 
N
P
 
P
A
 
I
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
W
L
 
A
L
 
C
A
 
K
A
 
E
Q
 
L
G
 
G
L
 
L
I
 
V
-
 
A
R
 
T
D
 
D
E
 
T
L
 
L
R
 
R
M
 
L
P
 
P
M
 
M
T
 
T

P0A6L2 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Escherichia coli (strain K12) (see 7 papers)
36% identity, 90% coverage: 3:279/307 of query aligns to 1:272/292 of P0A6L2

query
sites
P0A6L2
I
 
M
F
 
F
S
 
T
G
 
G
I
 
S
W
 
I
V
 
V
P
 
A
L
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
A
 
D
D
 
E
-
 
K
G
 
G
A
 
N
V
 
V
D
 
C
H
 
R
A
 
A
A
 
S
L
 
L
R
 
K
A
 
K
L
 
L
V
 
I
R
 
D
R
 
Y
Y
 
H
T
 
V
G
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
T
A
 
S
G
 
A
L
 
I
V
 
V
A
 
S
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
P
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
D
 
N
A
 
H
A
 
D
E
 
E
Q
 
H
D
 
A
A
 
D
V
 
V
L
 
V
A
 
M
T
 
M
I
 
T
L
 
L
D
 
D
E
 
L
A
 
A
Q
 
-
S
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
D
G
 
G
Q
 
R
A
 
-
L
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
S
 
G
G
 
A
N
 
N
H
 
A
T
 
T
A
 
A
S
 
E
M
 
A
R
 
I
V
 
S
R
 
L
I
 
T
G
 
Q
Q
 
R
L
 
F
N
 
N
A
 
D
L
 
S
P
 
G
L
 
I
A
 
V
G
 
G
V
 
C
L
 
L
M
 
T
A
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
I
 
N
R
 
R
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
I
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
F
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
A
 
H
S
 
T
E
 
D
K
 
L
P
 
P
V
 
Q
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
S
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
C
R
 
D
L
 
L
E
 
L
L
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
V
L
 
G
A
 
R
L
 
L
A
 
A
T
 
K
H
 
V
P
 
K
R
 
N
I
 
I
Q
 
I
A
 
G
V
 
I
K
|
K
D
 
E
C
 
A
A
 
T
G
 
G
S
 
N
L
 
L
-
 
T
-
 
R
-
 
V
D
 
N
T
 
Q
T
 
I
L
 
K
A
 
E
L
 
L
I
 
V
R
 
S
D
 
D
A
 
-
R
 
D
L
 
F
Q
 
V
V
 
L
L
 
L
A
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
I
 
A
N
 
S
I
 
A
F
 
L
N
 
D
T
 
F
L
 
M
C
 
Q
L
|
L
G
 
G
G
 
G
S
 
H
G
 
G
A
 
V
I
|
I
A
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
V
 
V
R
 
A
P
 
A
E
 
R
R
 
D
F
 
M
V
 
A
E
 
Q
M
 
M
Y
 
C
R
 
K
A
 
L
L
 
A
A
 
A
A
 
E
G
 
G
R
 
H
L
 
F
A
 
A
D
 
E
G
 
A
R
 
R
R
 
V
I
 
I
F
 
N
H
 
Q
A
 
R
L
 
L
A
 
M
P
 
P
L
 
L
I
 
H
E
 
N
A
 
K
L
 
L
F
 
F
V
 
V
E
 
E
P
 
P
N
 
N
P
 
P
A
 
I
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
W
L
 
A
L
 
C
A
 
K
A
 
E
Q
 
L
G
 
G
L
 
L
I
 
V
-
 
A
R
 
T
D
 
D
E
 
T
L
 
L
R
 
R
M
 
L
P
 
P
M
 
M
T
 
T

5t25A Kinetic, spectral and structural characterization of the slow binding inhibitor acetopyruvate with dihydrodipicolinate synthase from escherichia coli.
36% identity, 90% coverage: 3:279/307 of query aligns to 2:273/293 of 5t25A

query
sites
5t25A
I
 
M
F
 
F
S
 
T
G
 
G
I
 
S
W
 
I
V
 
V
P
 
A
L
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
A
 
D
D
 
E
-
 
K
G
 
G
A
 
N
V
 
V
D
 
C
H
 
R
A
 
A
A
 
S
L
 
L
R
 
K
A
 
K
L
 
L
V
 
I
R
 
D
R
 
Y
Y
 
H
T
 
V
G
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
T
A
 
S
G
 
A
L
 
I
V
 
V
A
 
S
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
S
A
|
A
A
 
T
L
|
L
D
 
N
A
x
H
A
 
D
E
 
E
Q
 
H
D
 
A
A
 
D
V
 
V
L
 
V
A
 
M
T
 
M
I
 
T
L
 
L
D
 
D
E
 
L
A
 
A
Q
 
-
S
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
D
G
 
G
Q
 
R
A
 
-
L
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
S
 
G
G
 
A
N
|
N
H
 
A
T
 
T
A
 
A
S
x
E
M
 
A
R
 
I
V
 
S
R
 
L
I
 
T
G
 
Q
Q
 
R
L
 
F
N
 
N
A
 
D
L
 
S
P
 
G
L
 
I
A
 
V
G
 
G
V
 
C
L
 
L
M
 
T
A
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
I
 
N
R
 
R
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
I
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
F
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
A
 
H
S
 
T
E
 
D
K
 
L
P
 
P
V
 
Q
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
S
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
C
R
 
D
L
 
L
E
 
L
L
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
V
L
 
G
A
 
R
L
 
L
A
 
A
T
 
K
H
 
V
P
 
K
R
 
N
I
 
I
Q
 
I
A
 
G
V
 
I
K
|
K
D
 
E
C
 
A
A
 
T
G
 
G
S
 
N
L
 
L
-
 
T
-
 
R
-
 
V
D
 
N
T
 
Q
T
 
I
L
 
K
A
 
E
L
 
L
I
 
V
R
 
S
D
 
D
A
 
-
R
 
D
L
 
F
Q
 
V
V
 
L
L
 
L
A
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
I
 
A
N
 
S
I
 
A
F
 
L
N
 
D
T
 
F
L
 
M
C
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
H
G
 
G
A
 
V
I
|
I
A
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
V
 
V
R
 
A
P
 
A
E
 
R
R
 
D
F
 
M
V
 
A
E
 
Q
M
 
M
Y
 
C
R
 
K
A
 
L
L
 
A
A
 
A
A
 
E
G
 
G
R
 
H
L
 
F
A
 
A
D
 
E
G
 
A
R
 
R
R
 
V
I
 
I
F
 
N
H
 
Q
A
 
R
L
 
L
A
 
M
P
 
P
L
 
L
I
 
H
E
 
N
A
 
K
L
 
L
F
 
F
V
 
V
E
 
E
P
 
P
N
 
N
P
 
P
A
 
I
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
W
L
 
A
L
 
C
A
 
K
A
 
E
Q
 
L
G
 
G
L
 
L
I
 
V
-
 
A
R
 
T
D
 
D
E
 
T
L
 
L
R
 
R
M
 
L
P
 
P
M
 
M
T
 
T

3i7sA Dihydrodipicolinate synthase mutant - k161a - with the substrate pyruvate bound in the active site. (see paper)
36% identity, 90% coverage: 3:279/307 of query aligns to 1:272/292 of 3i7sA

query
sites
3i7sA
I
 
M
F
 
F
S
 
T
G
 
G
I
 
S
W
 
I
V
 
V
P
x
A
L
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
A
 
D
D
 
E
-
 
K
G
 
G
A
 
N
V
 
V
D
 
C
H
 
R
A
 
A
A
 
S
L
 
L
R
 
K
A
 
K
L
 
L
V
 
I
R
 
D
R
 
Y
Y
 
H
T
 
V
G
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
T
A
 
S
G
 
A
L
 
I
V
 
V
A
 
S
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
P
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
D
 
N
A
 
H
A
 
D
E
 
E
Q
 
H
D
 
A
A
 
D
V
 
V
L
 
V
A
 
M
T
 
M
I
 
T
L
 
L
D
 
D
E
 
L
A
 
A
Q
 
-
S
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
D
G
 
G
Q
 
R
A
 
-
L
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
S
 
G
G
 
A
N
 
N
H
 
A
T
 
T
A
 
A
S
 
E
M
 
A
R
 
I
V
 
S
R
 
L
I
 
T
G
 
Q
Q
 
R
L
 
F
N
 
N
A
 
D
L
 
S
P
 
G
L
 
I
A
 
V
G
 
G
V
 
C
L
 
L
M
 
T
A
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
I
 
N
R
 
R
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
I
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
F
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
A
 
H
S
 
T
E
 
D
K
 
L
P
 
P
V
 
Q
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
S
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
C
R
 
D
L
 
L
E
 
L
L
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
V
L
 
G
A
 
R
L
 
L
A
 
A
T
 
K
H
 
V
P
 
K
R
 
N
I
 
I
Q
 
I
A
 
G
V
 
I
K
x
R
D
 
E
C
 
A
A
 
T
G
 
G
S
 
N
L
 
L
-
 
T
-
 
R
-
 
V
D
 
N
T
 
Q
T
 
I
L
 
K
A
 
E
L
 
L
I
 
V
R
 
S
D
 
D
A
 
-
R
 
D
L
 
F
Q
 
V
V
 
L
L
 
L
A
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
I
 
A
N
 
S
I
 
A
F
 
L
N
 
D
T
 
F
L
 
M
C
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
H
G
 
G
A
 
V
I
|
I
A
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
V
 
V
R
 
A
P
 
A
E
 
R
R
 
D
F
 
M
V
 
A
E
 
Q
M
 
M
Y
 
C
R
 
K
A
 
L
L
 
A
A
 
A
A
 
E
G
 
G
R
 
H
L
 
F
A
 
A
D
 
E
G
 
A
R
 
R
R
 
V
I
 
I
F
 
N
H
 
Q
A
 
R
L
 
L
A
 
M
P
 
P
L
 
L
I
 
H
E
 
N
A
 
K
L
 
L
F
 
F
V
 
V
E
 
E
P
 
P
N
 
N
P
 
P
A
 
I
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
W
L
 
A
L
 
C
A
 
K
A
 
E
Q
 
L
G
 
G
L
 
L
I
 
V
-
 
A
R
 
T
D
 
D
E
 
T
L
 
L
R
 
R
M
 
L
P
 
P
M
 
M
T
 
T

Q5HG25 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Staphylococcus aureus (strain COL) (see paper)
33% identity, 90% coverage: 3:278/307 of query aligns to 4:271/295 of Q5HG25

query
sites
Q5HG25
I
 
L
F
 
F
S
 
E
G
 
G
I
 
V
W
 
G
V
 
V
P
 
A
L
 
L
I
 
T
T
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
T
D
 
N
G
 
N
A
 
K
V
 
V
D
 
N
H
 
I
A
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
T
L
 
H
V
 
V
R
 
N
R
 
F
Y
 
L
T
 
L
G
 
E
A
 
N
G
 
N
I
 
A
A
 
Q
G
 
A
L
 
I
V
 
I
A
 
V
L
 
N
G
 
G
T
 
T
T
|
T
G
 
A
E
 
E
P
 
S
A
 
P
A
 
T
L
 
L
D
 
T
A
 
T
A
 
D
E
 
E
Q
 
K
D
 
E
A
 
R
V
 
I
L
 
L
A
 
K
T
 
T
I
 
V
L
 
I
D
 
D
E
 
L
A
 
V
Q
 
D
S
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
G
 
-
Q
 
K
A
 
R
L
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
S
 
G
G
 
T
N
 
N
H
 
D
T
 
T
-
 
E
A
 
K
S
 
S
M
 
I
R
 
Q
V
 
A
R
 
S
I
 
I
G
 
-
Q
 
Q
L
 
A
N
 
K
A
 
A
L
 
L
P
 
G
L
 
A
A
 
D
G
 
A
V
 
I
L
 
M
M
 
L
A
 
I
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
I
 
N
R
 
K
P
 
T
S
 
N
Q
 
Q
A
 
R
G
 
G
I
 
L
V
 
V
A
 
K
H
 
H
F
 
F
M
 
E
A
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
D
A
 
A
S
 
V
E
 
K
K
 
L
P
 
P
V
 
V
V
 
V
L
 
L
Y
 
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
S
R
 
R
T
 
T
G
 
N
V
 
M
R
 
T
L
 
I
E
 
E
L
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
V
L
 
E
A
 
I
L
 
L
A
 
S
T
 
Q
H
 
H
P
 
P
R
 
Y
I
 
I
Q
 
V
A
 
A
V
 
L
K
|
K
D
 
D
C
 
A
A
 
T
G
 
N
S
 
D
-
 
F
-
 
E
-
 
Y
L
 
L
D
 
E
T
 
E
T
 
V
L
 
K
A
 
K
L
 
R
I
 
I
R
 
D
D
 
T
A
 
N
R
 
S
L
 
F
Q
 
A
V
 
L
L
 
Y
A
 
S
G
 
G
E
 
N
D
 
D
I
 
D
N
 
N
I
 
V
F
 
V
N
 
E
T
 
Y
L
 
Y
C
 
Q
L
 
R
G
 
G
G
 
G
S
 
Q
G
 
G
A
 
V
I
 
I
A
 
S
A
 
V
S
 
I
A
 
A
H
 
N
V
 
V
R
 
I
P
 
P
E
 
K
R
 
E
F
 
F
V
 
Q
E
 
A
M
 
L
Y
 
Y
R
 
D
A
 
A
L
 
Q
A
 
Q
A
 
S
G
 
G
R
 
-
L
 
-
A
 
L
D
 
D
G
 
I
R
 
Q
R
 
D
I
 
Q
F
 
F
H
 
K
A
 
P
L
 
I
A
 
G
P
 
T
L
 
L
I
 
L
E
 
S
A
 
A
L
 
L
F
 
S
V
 
V
E
 
D
P
 
I
N
 
N
P
 
P
A
 
I
P
 
P
V
 
I
K
 
K
A
 
A
L
 
L
L
 
T
A
 
S
A
 
Y
Q
 
L
G
 
G
L
 
F
I
 
G
R
 
N
D
 
Y
E
 
E
L
 
L
R
 
R
M
 
L
P
 
P
M
 
L

3di1B Crystal structure of the staphylococcus aureus dihydrodipicolinate synthase-pyruvate complex (see paper)
33% identity, 90% coverage: 3:278/307 of query aligns to 4:271/291 of 3di1B

query
sites
3di1B
I
 
L
F
 
F
S
 
E
G
 
G
I
 
V
W
 
G
V
 
V
P
x
A
L
 
L
I
 
T
T
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
T
D
 
N
G
 
N
A
 
K
V
 
V
D
 
N
H
 
I
A
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
T
L
 
H
V
 
V
R
 
N
R
 
F
Y
 
L
T
 
L
G
 
E
A
 
N
G
 
N
I
 
A
A
 
Q
G
 
A
L
 
I
V
 
I
A
 
V
L
 
N
G
|
G
T
|
T
T
|
T
G
 
A
E
 
E
P
 
S
A
 
P
A
 
T
L
 
L
D
 
T
A
 
T
A
 
D
E
 
E
Q
 
K
D
 
E
A
 
R
V
 
I
L
 
L
A
 
K
T
 
T
I
 
V
L
 
I
D
 
D
E
 
L
A
 
V
Q
 
D
S
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
G
 
-
Q
 
K
A
 
R
L
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
S
 
G
G
 
T
N
 
N
H
 
D
T
 
T
-
 
E
A
 
K
S
 
S
M
 
I
R
 
Q
V
 
A
R
 
S
I
 
I
G
 
-
Q
 
Q
L
 
A
N
 
K
A
 
A
L
 
L
P
 
G
L
 
A
A
 
D
G
 
A
V
 
I
L
 
M
M
 
L
A
 
I
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
I
 
N
R
 
K
P
 
T
S
 
N
Q
 
Q
A
 
R
G
 
G
I
 
L
V
 
V
A
 
K
H
 
H
F
 
F
M
 
E
A
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
D
A
 
A
S
 
V
E
 
K
K
 
L
P
 
P
V
 
V
V
 
V
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
S
R
|
R
T
 
T
G
 
N
V
 
M
R
 
T
L
 
I
E
 
E
L
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
V
L
 
E
A
 
I
L
 
L
A
 
S
T
 
Q
H
 
H
P
 
P
R
 
Y
I
 
I
Q
 
V
A
 
A
V
 
L
K
|
K
D
 
D
C
 
A
A
 
T
G
 
N
S
 
D
-
 
F
-
 
E
-
 
Y
L
 
L
D
 
E
T
 
E
T
 
V
L
 
K
A
 
K
L
 
R
I
 
I
R
 
D
D
 
T
A
 
N
R
 
S
L
 
F
Q
 
A
V
 
L
L
 
Y
A
 
S
G
 
G
E
 
N
D
 
D
I
 
D
N
 
N
I
 
V
F
 
V
N
 
E
T
 
Y
L
 
Y
C
 
Q
L
 
R
G
 
G
G
 
G
S
 
Q
G
 
G
A
 
V
I
|
I
A
 
S
A
 
V
S
 
I
A
 
A
H
 
N
V
 
V
R
 
I
P
 
P
E
 
K
R
 
E
F
 
F
V
 
Q
E
 
A
M
 
L
Y
 
Y
R
 
D
A
 
A
L
 
Q
A
 
Q
A
 
S
G
 
G
R
 
-
L
 
-
A
 
L
D
 
D
G
 
I
R
 
Q
R
 
D
I
 
Q
F
 
F
H
 
K
A
 
P
L
 
I
A
 
G
P
 
T
L
 
L
I
 
L
E
 
S
A
 
A
L
 
L
F
 
S
V
 
V
E
 
D
P
 
I
N
 
N
P
 
P
A
 
I
P
 
P
V
 
I
K
 
K
A
 
A
L
 
L
L
 
T
A
 
S
A
 
Y
Q
 
L
G
 
G
L
 
F
I
 
G
R
 
N
D
 
Y
E
 
E
L
 
L
R
 
R
M
 
L
P
 
P
M
 
L

Q07607 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; Protein MosA; EC 4.3.3.7 from Rhizobium meliloti (Ensifer meliloti) (Sinorhizobium meliloti) (see paper)
32% identity, 94% coverage: 3:290/307 of query aligns to 1:282/292 of Q07607

query
sites
Q07607
I
 
M
F
 
F
S
 
E
G
 
G
I
 
S
W
 
I
V
 
T
P
 
A
L
 
L
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
A
D
 
D
G
 
D
A
 
R
V
 
I
D
 
D
H
 
E
A
 
V
A
 
A
L
 
L
R
 
H
A
 
D
L
 
L
V
 
V
R
 
E
R
 
W
Y
 
Q
T
 
I
G
 
E
A
 
E
G
 
G
I
 
S
A
 
F
G
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
P
L
 
C
G
 
G
T
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
S
A
 
P
A
 
T
L
 
L
D
 
S
A
 
K
A
 
S
E
 
E
Q
 
H
D
 
E
A
 
Q
V
 
V
L
 
V
A
 
E
T
 
I
I
 
T
L
 
I
D
 
K
E
 
T
A
 
A
Q
 
N
S
 
G
A
 
R
A
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
G
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
G
G
 
S
N
 
N
H
 
S
T
 
T
A
 
A
S
 
E
M
 
A
R
 
I
V
 
A
R
 
F
I
 
V
G
 
R
Q
 
H
L
 
A
N
 
Q
A
 
N
L
 
A
P
 
G
L
 
A
A
 
D
G
 
G
V
 
V
L
 
L
M
 
I
A
 
V
A
 
S
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
I
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
I
 
I
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
F
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
D
D
 
A
A
 
A
S
 
S
E
 
T
K
 
I
P
 
P
V
 
I
V
 
I
L
 
V
Y
 
Y
D
 
N
I
 
I
P
 
P
Y
 
G
R
 
R
T
 
S
G
 
A
V
 
I
R
 
E
L
 
I
E
 
H
L
 
V
D
 
E
T
 
T
L
 
L
L
 
A
A
 
R
L
 
I
A
 
F
T
 
E
H
 
D
-
 
C
P
 
P
R
 
N
I
 
V
Q
 
K
A
 
G
V
 
V
K
|
K
D
 
D
C
 
A
A
 
T
G
 
G
S
 
N
L
 
L
-
 
L
-
 
R
D
 
P
T
 
S
T
 
L
L
 
E
A
 
R
L
 
M
I
 
A
R
 
C
D
 
G
A
 
E
R
 
D
L
 
F
Q
 
N
V
 
L
L
 
L
A
 
T
G
 
G
E
 
E
D
 
D
I
 
G
N
 
T
I
 
A
F
 
L
N
 
G
T
 
Y
L
 
M
C
 
A
L
 
H
G
 
G
G
 
G
S
 
H
G
 
G
A
 
C
I
 
I
A
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
V
 
V
R
 
A
P
 
P
E
 
A
R
 
L
F
 
C
V
 
A
E
 
D
M
 
F
Y
 
Q
R
 
Q
A
 
A
L
 
C
A
 
L
A
 
N
G
 
G
R
 
D
L
 
F
A
 
A
D
 
A
G
 
A
R
 
L
R
 
K
I
 
L
F
 
Q
H
 
D
A
 
R
L
 
L
A
 
M
P
 
P
L
 
L
I
 
H
E
 
R
A
 
A
L
 
L
F
 
F
V
 
L
E
 
E
P
 
T
N
 
N
P
 
P
A
 
A
P
 
G
V
 
A
K
 
K
A
 
Y
L
 
A
L
 
L
A
 
Q
A
 
R
Q
 
L
G
 
G
L
 
R
I
 
M
R
 
R
D
 
G
E
 
D
L
 
L
R
 
R
M
 
L
P
 
P
M
 
L
T
 
V
R
 
T
A
 
I
S
 
S
G
 
P
A
 
S
L
 
F
I
 
Q
E
 
E
R
 
E
L
 
I
E
 
D

4dxvA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with mg and cl ions at 1.80 a resolution
33% identity, 90% coverage: 4:279/307 of query aligns to 2:271/291 of 4dxvA

query
sites
4dxvA
F
 
I
S
 
Q
G
 
G
I
 
S
W
 
I
V
 
V
P
 
A
L
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
-
 
M
F
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
G
V
 
V
D
 
D
H
 
W
A
 
K
A
 
S
L
 
L
R
 
E
A
 
K
L
 
L
V
 
V
R
 
E
R
 
W
Y
 
H
T
 
I
G
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
A
 
N
G
 
S
L
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
A
A
 
S
A
 
T
L
 
L
D
 
S
A
 
M
A
 
E
E
 
E
Q
 
H
D
 
T
A
 
Q
V
 
V
L
 
I
A
 
K
T
 
E
I
 
I
L
 
I
D
 
R
E
 
V
A
 
A
Q
 
N
S
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
G
 
-
Q
 
K
A
 
R
L
 
I
P
 
P
V
 
I
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
S
 
G
G
 
A
N
 
N
H
 
S
T
 
T
A
 
R
S
 
E
M
 
A
R
 
I
V
 
E
R
 
L
I
 
T
G
 
K
Q
 
A
L
 
A
N
 
K
A
 
D
L
 
L
P
 
G
L
 
A
A
 
D
G
 
A
V
 
A
L
 
L
M
 
L
A
 
V
A
x
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
I
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
I
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
Y
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
A
 
A
S
 
V
E
 
E
K
 
L
P
 
P
V
 
L
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
D
x
N
I
x
V
P
|
P
Y
 
G
R
|
R
T
|
T
G
 
G
V
 
V
R
 
D
L
 
L
E
 
S
L
 
N
D
 
D
T
 
T
L
 
A
L
 
V
A
 
R
L
 
L
A
 
A
T
 
E
H
 
I
P
 
P
R
 
N
I
 
I
Q
 
V
A
 
G
V
 
I
K
|
K
D
 
D
C
 
A
A
 
T
G
 
G
S
 
D
L
 
V
D
 
P
T
 
R
T
 
G
L
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
I
R
 
D
-
 
A
-
 
L
D
 
N
A
 
G
R
 
K
L
 
M
Q
 
A
V
 
V
L
 
Y
A
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
I
 
E
N
 
T
I
 
A
F
 
W
N
 
E
T
 
L
L
 
M
C
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
S
 
D
G
 
G
A
 
N
I
|
I
A
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
V
 
I
R
 
A
P
 
P
E
 
K
R
 
A
F
 
M
V
 
S
E
 
E
M
 
V
Y
 
C
R
 
A
A
 
V
L
 
A
A
 
I
A
 
A
G
 
K
R
 
D
L
 
E
A
 
Q
D
 
Q
G
 
A
R
 
K
R
 
T
I
 
L
F
 
N
H
 
N
A
 
K
L
 
I
A
 
A
P
 
N
L
 
L
I
 
H
E
 
N
A
 
I
L
 
L
F
 
F
V
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
I
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
W
L
 
A
L
 
L
A
 
H
A
 
E
Q
 
M
G
 
G
L
 
L
I
 
I
R
 
D
D
 
T
E
 
G
L
 
I
R
 
R
M
 
L
P
 
P
M
 
L
T
 
T

3u8gA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with oxalic acid at 1.80 a resolution
33% identity, 90% coverage: 4:279/307 of query aligns to 2:271/291 of 3u8gA

query
sites
3u8gA
F
 
I
S
 
Q
G
 
G
I
 
S
W
 
I
V
 
V
P
x
A
L
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
-
 
M
F
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
G
V
 
V
D
 
D
H
 
W
A
 
K
A
 
S
L
 
L
R
 
E
A
 
K
L
 
L
V
 
V
R
 
E
R
 
W
Y
 
H
T
 
I
G
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
A
 
N
G
 
S
L
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
V
G
|
G
T
|
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
P
 
A
A
 
S
A
 
T
L
 
L
D
 
S
A
 
M
A
 
E
E
 
E
Q
 
H
D
 
T
A
 
Q
V
 
V
L
 
I
A
 
K
T
 
E
I
 
I
L
 
I
D
 
R
E
 
V
A
 
A
Q
 
N
S
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
G
 
-
Q
 
K
A
 
R
L
 
I
P
 
P
V
 
I
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
S
 
G
G
 
A
N
 
N
H
 
S
T
 
T
A
 
R
S
 
E
M
 
A
R
 
I
V
 
E
R
 
L
I
 
T
G
 
K
Q
 
A
L
 
A
N
 
K
A
 
D
L
 
L
P
 
G
L
 
A
A
 
D
G
 
A
V
 
A
L
|
L
M
 
L
A
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
I
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
I
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
Y
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
A
 
A
S
 
V
E
 
E
K
 
L
P
 
P
V
 
L
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
D
L
 
L
E
 
S
L
 
N
D
 
D
T
 
T
L
 
A
L
 
V
A
 
R
L
 
L
A
 
A
T
 
E
H
 
I
P
 
P
R
 
N
I
 
I
Q
 
V
A
 
G
V
 
I
K
|
K
D
 
D
C
 
A
A
 
T
G
 
G
S
 
D
L
 
V
D
 
P
T
 
R
T
 
G
L
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
I
R
 
D
-
 
A
-
 
L
D
 
N
A
 
G
R
 
K
L
 
M
Q
 
A
V
 
V
L
 
Y
A
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
I
 
E
N
 
T
I
 
A
F
 
W
N
 
E
T
 
L
L
 
M
C
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
S
 
D
G
 
G
A
 
N
I
|
I
A
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
V
 
I
R
 
A
P
 
P
E
 
K
R
 
A
F
 
M
V
 
S
E
 
E
M
 
V
Y
 
C
R
 
A
A
 
V
L
 
A
A
 
I
A
 
A
G
 
K
R
 
D
L
 
E
A
 
Q
D
 
Q
G
 
A
R
 
K
R
 
T
I
 
L
F
 
N
H
 
N
A
 
K
L
 
I
A
 
A
P
 
N
L
 
L
I
 
H
E
 
N
A
 
I
L
 
L
F
 
F
V
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
I
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
W
L
 
A
L
 
L
A
 
H
A
 
E
Q
 
M
G
 
G
L
 
L
I
 
I
R
 
D
D
 
T
E
 
G
L
 
I
R
 
R
M
 
L
P
 
P
M
 
L
T
 
T

3tdfA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 2-ketobutanoic acid at 1.99 a resolution
33% identity, 90% coverage: 4:279/307 of query aligns to 2:271/291 of 3tdfA

query
sites
3tdfA
F
 
I
S
 
Q
G
 
G
I
 
S
W
 
I
V
 
V
P
x
A
L
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
-
 
M
F
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
G
V
 
V
D
 
D
H
 
W
A
 
K
A
 
S
L
 
L
R
 
E
A
 
K
L
 
L
V
 
V
R
 
E
R
 
W
Y
 
H
T
 
I
G
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
A
 
N
G
 
S
L
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
P
 
A
A
 
S
A
 
T
L
 
L
D
 
S
A
 
M
A
 
E
E
 
E
Q
 
H
D
 
T
A
 
Q
V
 
V
L
 
I
A
 
K
T
 
E
I
 
I
L
 
I
D
 
R
E
 
V
A
 
A
Q
 
N
S
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
G
 
-
Q
 
K
A
 
R
L
 
I
P
 
P
V
 
I
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
S
 
G
G
 
A
N
 
N
H
 
S
T
 
T
A
 
R
S
 
E
M
 
A
R
 
I
V
 
E
R
 
L
I
 
T
G
 
K
Q
 
A
L
 
A
N
 
K
A
 
D
L
 
L
P
 
G
L
 
A
A
 
D
G
 
A
V
 
A
L
 
L
M
 
L
A
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
I
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
I
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
Y
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
A
 
A
S
 
V
E
 
E
K
 
L
P
 
P
V
 
L
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
D
L
 
L
E
 
S
L
 
N
D
 
D
T
 
T
L
 
A
L
 
V
A
 
R
L
 
L
A
 
A
T
 
E
H
 
I
P
 
P
R
 
N
I
 
I
Q
 
V
A
 
G
V
 
I
K
|
K
D
 
D
C
 
A
A
 
T
G
 
G
S
 
D
L
 
V
D
 
P
T
 
R
T
 
G
L
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
I
R
 
D
-
 
A
-
 
L
D
 
N
A
 
G
R
 
K
L
 
M
Q
 
A
V
 
V
L
 
Y
A
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
I
 
E
N
 
T
I
 
A
F
 
W
N
 
E
T
 
L
L
 
M
C
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
S
 
D
G
 
G
A
 
N
I
|
I
A
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
V
 
I
R
 
A
P
 
P
E
 
K
R
 
A
F
 
M
V
 
S
E
 
E
M
 
V
Y
 
C
R
 
A
A
 
V
L
 
A
A
 
I
A
 
A
G
 
K
R
 
D
L
 
E
A
 
Q
D
 
Q
G
 
A
R
 
K
R
 
T
I
 
L
F
 
N
H
 
N
A
 
K
L
 
I
A
 
A
P
 
N
L
 
L
I
 
H
E
 
N
A
 
I
L
 
L
F
 
F
V
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
I
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
W
L
 
A
L
 
L
A
 
H
A
 
E
Q
 
M
G
 
G
L
 
L
I
 
I
R
 
D
D
 
T
E
 
G
L
 
I
R
 
R
M
 
L
P
 
P
M
 
L
T
 
T

3tceA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 5-hydroxylysine at 2.6 a resolution
33% identity, 90% coverage: 4:279/307 of query aligns to 2:271/291 of 3tceA

query
sites
3tceA
F
 
I
S
 
Q
G
 
G
I
 
S
W
 
I
V
 
V
P
 
A
L
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
-
 
M
F
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
G
V
 
V
D
 
D
H
 
W
A
 
K
A
 
S
L
 
L
R
 
E
A
 
K
L
 
L
V
 
V
R
 
E
R
 
W
Y
 
H
T
 
I
G
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
A
 
N
G
 
S
L
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
A
A
x
S
A
 
T
L
|
L
D
 
S
A
 
M
A
 
E
E
 
E
Q
x
H
D
 
T
A
 
Q
V
 
V
L
 
I
A
 
K
T
 
E
I
 
I
L
 
I
D
 
R
E
 
V
A
 
A
Q
 
N
S
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
G
 
-
Q
 
K
A
 
R
L
 
I
P
 
P
V
 
I
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
S
 
G
G
 
A
N
 
N
H
 
S
T
 
T
A
 
R
S
 
E
M
 
A
R
 
I
V
 
E
R
 
L
I
 
T
G
 
K
Q
 
A
L
 
A
N
 
K
A
 
D
L
 
L
P
 
G
L
 
A
A
 
D
G
 
A
V
 
A
L
 
L
M
 
L
A
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
I
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
I
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
Y
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
A
 
A
S
 
V
E
 
E
K
 
L
P
 
P
V
 
L
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
D
L
 
L
E
 
S
L
 
N
D
 
D
T
 
T
L
 
A
L
 
V
A
 
R
L
 
L
A
 
A
T
 
E
H
 
I
P
 
P
R
 
N
I
 
I
Q
 
V
A
 
G
V
 
I
K
|
K
D
 
D
C
 
A
A
 
T
G
 
G
S
 
D
L
 
V
D
 
P
T
 
R
T
 
G
L
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
I
R
 
D
-
 
A
-
 
L
D
 
N
A
 
G
R
 
K
L
 
M
Q
 
A
V
 
V
L
 
Y
A
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
I
 
E
N
 
T
I
 
A
F
 
W
N
 
E
T
 
L
L
 
M
C
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
S
 
D
G
 
G
A
 
N
I
|
I
A
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
V
 
I
R
 
A
P
 
P
E
 
K
R
 
A
F
 
M
V
 
S
E
 
E
M
 
V
Y
 
C
R
 
A
A
 
V
L
 
A
A
 
I
A
 
A
G
 
K
R
 
D
L
 
E
A
 
Q
D
 
Q
G
 
A
R
 
K
R
 
T
I
 
L
F
 
N
H
 
N
A
 
K
L
 
I
A
 
A
P
 
N
L
 
L
I
 
H
E
 
N
A
 
I
L
 
L
F
 
F
V
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
I
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
W
L
 
A
L
 
L
A
 
H
A
 
E
Q
 
M
G
 
G
L
 
L
I
 
I
R
 
D
D
 
T
E
 
G
L
 
I
R
 
R
M
 
L
P
 
P
M
 
L
T
 
T

3rk8A Crystal structure of the chloride inhibited dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with pyruvate at 1.8 a resolution
33% identity, 90% coverage: 4:279/307 of query aligns to 2:271/291 of 3rk8A

query
sites
3rk8A
F
 
I
S
 
Q
G
 
G
I
 
S
W
 
I
V
 
V
P
 
A
L
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
-
 
M
F
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
G
V
 
V
D
 
D
H
 
W
A
 
K
A
 
S
L
 
L
R
 
E
A
 
K
L
 
L
V
 
V
R
 
E
R
 
W
Y
 
H
T
 
I
G
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
A
 
N
G
 
S
L
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
A
A
 
S
A
 
T
L
 
L
D
 
S
A
 
M
A
 
E
E
 
E
Q
 
H
D
 
T
A
 
Q
V
 
V
L
 
I
A
 
K
T
 
E
I
 
I
L
 
I
D
 
R
E
 
V
A
 
A
Q
 
N
S
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
G
 
-
Q
 
K
A
 
R
L
 
I
P
 
P
V
 
I
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
S
 
G
G
 
A
N
 
N
H
 
S
T
 
T
A
 
R
S
 
E
M
 
A
R
 
I
V
 
E
R
 
L
I
 
T
G
 
K
Q
 
A
L
 
A
N
 
K
A
 
D
L
 
L
P
 
G
L
 
A
A
 
D
G
 
A
V
 
A
L
 
L
M
 
L
A
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
I
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
I
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
Y
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
A
 
A
S
 
V
E
 
E
K
 
L
P
 
P
V
 
L
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
D
L
 
L
E
 
S
L
 
N
D
 
D
T
 
T
L
 
A
L
 
V
A
 
R
L
 
L
A
 
A
T
 
E
H
 
I
P
 
P
R
 
N
I
 
I
Q
 
V
A
 
G
V
 
I
K
|
K
D
 
D
C
 
A
A
 
T
G
 
G
S
 
D
L
 
V
D
 
P
T
 
R
T
 
G
L
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
I
R
 
D
-
 
A
-
 
L
D
 
N
A
 
G
R
 
K
L
 
M
Q
 
A
V
 
V
L
 
Y
A
 
S
G
|
G
E
 
D
D
 
D
I
 
E
N
 
T
I
 
A
F
 
W
N
 
E
T
 
L
L
 
M
C
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
S
 
D
G
 
G
A
 
N
I
|
I
A
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
V
 
I
R
 
A
P
 
P
E
 
K
R
 
A
F
 
M
V
 
S
E
 
E
M
 
V
Y
 
C
R
 
A
A
 
V
L
 
A
A
 
I
A
 
A
G
 
K
R
 
D
L
 
E
A
 
Q
D
 
Q
G
 
A
R
 
K
R
 
T
I
 
L
F
 
N
H
 
N
A
 
K
L
 
I
A
 
A
P
 
N
L
 
L
I
 
H
E
 
N
A
 
I
L
 
L
F
|
F
V
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
I
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
W
L
 
A
L
 
L
A
 
H
A
 
E
Q
 
M
G
 
G
L
 
L
I
 
I
R
 
D
D
 
T
E
 
G
L
 
I
R
 
R
M
 
L
P
 
P
M
 
L
T
 
T

3pueB Crystal structure of the complex of dhydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with lysine at 2.6a resolution
33% identity, 90% coverage: 4:279/307 of query aligns to 2:271/291 of 3pueB

query
sites
3pueB
F
 
I
S
 
Q
G
 
G
I
 
S
W
 
I
V
 
V
P
 
A
L
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
-
 
M
F
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
G
V
 
V
D
 
D
H
 
W
A
 
K
A
 
S
L
 
L
R
 
E
A
 
K
L
 
L
V
 
V
R
 
E
R
 
W
Y
 
H
T
 
I
G
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
A
 
N
G
 
S
L
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
A
A
 
S
A
 
T
L
 
L
D
 
S
A
 
M
A
 
E
E
 
E
Q
 
H
D
 
T
A
 
Q
V
 
V
L
 
I
A
 
K
T
 
E
I
 
I
L
 
I
D
 
R
E
 
V
A
 
A
Q
 
N
S
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
G
 
-
Q
 
K
A
 
R
L
 
I
P
 
P
V
 
I
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
S
 
G
G
 
A
N
 
N
H
 
S
T
 
T
A
 
R
S
 
E
M
 
A
R
 
I
V
 
E
R
 
L
I
 
T
G
 
K
Q
 
A
L
 
A
N
 
K
A
 
D
L
 
L
P
 
G
L
 
A
A
 
D
G
 
A
V
 
A
L
 
L
M
 
L
A
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
I
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
I
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
Y
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
A
 
A
S
 
V
E
 
E
K
 
L
P
 
P
V
 
L
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
D
L
 
L
E
 
S
L
 
N
D
 
D
T
 
T
L
 
A
L
 
V
A
 
R
L
 
L
A
 
A
T
 
E
H
 
I
P
 
P
R
 
N
I
 
I
Q
 
V
A
 
G
V
 
I
K
|
K
D
 
D
C
 
A
A
 
T
G
 
G
S
 
D
L
 
V
D
 
P
T
 
R
T
 
G
L
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
I
R
 
D
-
 
A
-
 
L
D
 
N
A
 
G
R
 
K
L
 
M
Q
 
A
V
 
V
L
 
Y
A
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
I
 
E
N
 
T
I
 
A
F
 
W
N
 
E
T
 
L
L
 
M
C
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
S
 
D
G
 
G
A
 
N
I
|
I
A
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
V
 
I
R
 
A
P
 
P
E
 
K
R
 
A
F
 
M
V
 
S
E
 
E
M
 
V
Y
 
C
R
 
A
A
 
V
L
 
A
A
 
I
A
 
A
G
 
K
R
 
D
L
 
E
A
 
Q
D
 
Q
G
 
A
R
 
K
R
 
T
I
 
L
F
 
N
H
 
N
A
 
K
L
 
I
A
 
A
P
 
N
L
 
L
I
 
H
E
 
N
A
 
I
L
 
L
F
|
F
V
 
C
E
 
E
P
 
S
N
|
N
P
 
P
A
 
I
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
W
L
 
A
L
 
L
A
 
H
A
 
E
Q
 
M
G
 
G
L
 
L
I
 
I
R
 
D
D
 
T
E
 
G
L
 
I
R
 
R
M
 
L
P
 
P
M
 
L
T
 
T

7kg2A Dihydrodipicolinate synthase (dhdps) from c.Jejuni, h59k mutant with pyruvate bound in the active site and l-histidine bound at the allosteric site
29% identity, 96% coverage: 2:297/307 of query aligns to 2:292/296 of 7kg2A

query
sites
7kg2A
S
 
N
I
 
I
F
 
I
S
 
I
G
 
G
I
 
A
W
 
M
V
 
T
P
 
A
L
 
L
I
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
K
D
 
N
G
 
G
A
 
K
V
 
V
D
 
D
H
 
E
A
 
Q
A
 
S
L
 
Y
R
 
A
A
 
R
L
 
L
V
 
I
R
 
K
R
 
R
Y
 
Q
T
 
I
G
 
E
A
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
D
G
 
A
L
 
V
V
 
V
A
 
P
L
 
V
G
 
G
T
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
P
x
S
A
|
A
A
 
T
L
|
L
D
 
T
A
 
H
A
 
E
E
 
E
Q
x
K
D
 
R
A
 
T
V
 
C
L
 
I
A
 
E
T
 
I
I
 
A
L
 
V
D
 
E
E
 
T
A
 
C
Q
 
K
S
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
G
 
G
Q
 
T
A
 
K
L
 
V
P
 
K
V
 
V
V
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
G
G
 
S
N
|
N
-
 
A
-
 
T
H
 
H
T
x
E
A
 
A
S
 
V
M
 
G
R
 
L
V
 
A
R
 
K
I
 
F
G
 
A
Q
 
K
L
 
E
N
 
H
A
 
G
L
 
A
P
 
D
L
 
-
A
 
-
G
 
G
V
 
I
L
 
L
M
 
S
A
 
V
A
 
A
P
 
P
Y
|
Y
Y
 
Y
I
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
Q
G
 
G
I
 
L
V
 
Y
A
 
E
H
 
H
F
 
Y
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
Q
A
 
S
S
 
V
E
 
D
K
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
L
L
 
L
Y
 
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
 
R
T
 
T
G
 
G
V
 
C
R
 
E
L
 
I
E
 
S
L
 
T
D
 
D
T
 
T
L
 
I
L
 
I
A
 
K
L
 
L
A
 
F
T
 
R
H
 
D
-
 
C
P
 
E
R
 
N
I
 
I
Q
 
Y
A
 
G
V
 
V
K
 
K
D
 
E
C
 
A
A
 
S
G
 
G
S
 
N
L
 
I
D
 
D
T
 
K
T
 
C
L
 
V
A
 
D
L
 
L
I
 
L
-
 
A
R
 
H
D
 
E
A
 
P
R
 
R
L
 
M
Q
 
M
V
 
L
L
 
I
A
 
S
G
 
G
E
 
E
D
 
D
I
 
A
N
 
I
I
 
N
F
 
Y
N
 
P
T
 
I
L
 
L
C
 
S
L
 
N
G
 
G
G
 
G
S
 
K
G
 
G
A
 
V
I
 
I
A
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
S
H
 
N
V
 
L
R
 
L
P
 
P
E
 
D
R
 
M
F
 
I
V
 
S
E
 
A
M
 
L
Y
 
T
R
 
H
A
 
F
L
 
A
A
 
L
A
 
D
G
 
E
R
 
N
L
 
Y
A
 
K
D
 
E
G
 
A
R
 
K
R
 
K
I
 
I
F
 
N
H
 
D
A
 
E
L
 
L
A
 
Y
P
 
N
L
 
I
I
 
N
E
 
K
A
 
I
L
 
L
F
 
F
V
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
I
P
 
P
V
 
I
K
 
K
A
 
T
L
 
A
L
 
M
A
 
Y
A
 
L
Q
 
A
G
 
G
L
 
L
I
 
I
R
 
E
D
 
S
-
 
L
E
 
E
L
 
F
R
 
R
M
 
L
P
 
P
M
 
L
T
 
C
R
 
S
A
 
P
S
 
S
G
 
K
A
 
E
L
 
N
I
 
F
E
 
A
R
 
K
L
 
I
E
 
E
G
 
E
L
 
V
A
 
M
E
 
K
R
 
K
E
 
Y
R
 
K

4fhaA Structure of dihydrodipicolinate synthase from streptococcus pneumoniae,bound to pyruvate and lysine
33% identity, 92% coverage: 7:289/307 of query aligns to 10:286/307 of 4fhaA

query
sites
4fhaA
I
 
I
W
 
I
V
 
T
P
 
A
L
 
F
I
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
-
 
H
A
 
E
D
 
D
G
 
G
A
 
S
V
 
I
D
 
N
H
 
F
A
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
P
A
 
A
L
 
L
V
 
I
R
 
E
R
 
H
Y
 
L
T
 
L
G
 
A
A
 
H
G
 
H
I
 
T
A
 
D
G
 
G
L
 
I
V
 
L
A
 
L
L
 
A
G
 
G
T
 
T
T
 
T
G
 
A
E
 
E
P
x
S
A
x
P
A
 
T
L
|
L
D
 
T
A
x
H
A
 
D
E
 
E
Q
x
E
D
 
L
A
 
E
V
 
L
L
 
F
A
 
A
T
 
-
I
 
-
L
 
-
D
 
-
E
 
-
A
 
-
Q
 
-
S
 
-
A
 
A
A
 
V
H
 
Q
L
 
K
A
 
V
R
 
V
D
 
N
G
 
G
Q
 
R
A
 
-
L
 
V
P
 
P
V
 
L
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
G
G
 
T
N
 
N
H
 
D
T
 
T
A
 
R
S
 
D
M
 
S
R
 
I
V
 
E
R
 
F
I
 
V
G
 
K
Q
 
E
L
 
V
N
 
A
A
 
E
L
 
F
P
 
G
-
 
G
L
 
F
A
 
A
G
 
A
V
 
G
L
 
L
M
 
A
A
 
I
A
 
V
P
 
P
Y
|
Y
Y
 
Y
I
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
I
 
M
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
F
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
D
A
 
A
S
 
S
E
 
D
K
 
L
P
 
P
V
 
I
V
 
I
L
 
I
Y
 
Y
D
 
N
I
 
I
P
 
P
Y
 
G
R
 
R
T
 
V
G
 
V
V
 
V
R
 
E
L
 
L
E
 
T
L
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
M
L
 
L
A
 
R
L
 
L
A
 
A
T
 
D
H
 
H
P
 
P
R
 
N
I
 
I
Q
 
I
A
 
G
V
 
V
K
 
K
D
 
E
C
 
C
A
 
T
G
 
-
S
 
S
L
 
L
D
 
A
T
 
N
T
 
M
L
 
A
A
 
Y
L
 
L
I
 
I
-
 
E
-
 
H
R
 
K
D
 
P
A
 
E
R
 
E
L
 
F
Q
 
L
V
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
D
 
D
I
 
G
N
 
D
I
 
A
F
 
F
N
 
H
T
 
A
L
 
M
C
 
N
L
 
L
G
 
G
G
 
A
S
 
D
G
 
G
A
 
V
I
 
I
A
 
S
A
 
V
S
 
A
A
 
S
H
 
H
V
 
T
R
 
N
P
 
G
E
 
D
R
 
E
F
 
M
V
 
H
E
 
E
M
 
M
Y
 
F
R
 
T
A
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
E
G
 
S
R
 
D
L
 
M
A
 
K
D
 
K
G
 
A
R
 
A
R
 
A
I
 
I
F
 
Q
H
 
R
A
 
K
L
 
F
A
 
I
P
 
P
L
 
K
I
 
V
E
 
N
A
 
A
L
 
L
F
 
F
V
 
S
E
 
Y
P
 
P
N
 
S
P
 
P
A
 
A
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
A
L
 
I
L
 
L
A
 
N
A
 
Y
Q
 
M
G
 
G
L
 
F
I
 
E
R
 
A
D
 
G
E
 
P
L
 
T
R
 
R
M
 
L
P
 
P
M
 
L
T
 
V
R
 
P
A
 
A
S
 
P
G
 
E
A
 
E
L
 
D
I
 
V
E
 
K
R
 
R
L
 
I

4m19A Dihydrodipicolinate synthase from c. Jejuni with pyruvate bound to the active site and lysine bound to allosteric site (see paper)
29% identity, 96% coverage: 2:297/307 of query aligns to 2:292/296 of 4m19A

query
sites
4m19A
S
 
N
I
 
I
F
 
I
S
 
I
G
 
G
I
 
A
W
 
M
V
 
T
P
 
A
L
 
L
I
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
K
D
 
N
G
 
G
A
 
K
V
 
V
D
 
D
H
 
E
A
 
Q
A
 
S
L
 
Y
R
 
A
A
 
R
L
 
L
V
 
I
R
 
K
R
 
R
Y
 
Q
T
 
I
G
 
E
A
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
D
G
 
A
L
 
V
V
 
V
A
 
P
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
P
x
S
A
|
A
A
 
T
L
|
L
D
 
T
A
x
H
A
 
E
E
 
E
Q
x
H
D
 
R
A
 
T
V
 
C
L
 
I
A
 
E
T
 
I
I
 
A
L
 
V
D
 
E
E
 
T
A
 
C
Q
 
K
S
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
G
 
G
Q
 
T
A
 
K
L
 
V
P
 
K
V
 
V
V
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
G
G
 
S
N
|
N
-
 
A
-
 
T
H
 
H
T
x
E
A
 
A
S
 
V
M
 
G
R
 
L
V
 
A
R
 
K
I
 
F
G
 
A
Q
 
K
L
 
E
N
 
H
A
 
G
L
 
A
P
 
D
L
 
-
A
 
-
G
 
G
V
 
I
L
 
L
M
 
S
A
 
V
A
 
A
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
I
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
Q
G
 
G
I
 
L
V
 
Y
A
 
E
H
 
H
F
 
Y
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
Q
A
 
S
S
 
V
E
 
D
K
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
L
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
C
R
 
E
L
 
I
E
 
S
L
 
T
D
 
D
T
 
T
L
 
I
L
 
I
A
 
K
L
 
L
A
 
F
T
 
R
H
 
D
-
 
C
P
 
E
R
 
N
I
 
I
Q
 
Y
A
 
G
V
 
V
K
|
K
D
 
E
C
 
A
A
 
S
G
 
G
S
 
N
L
 
I
D
 
D
T
 
K
T
 
C
L
 
V
A
 
D
L
 
L
I
 
L
-
 
A
R
 
H
D
 
E
A
 
P
R
 
R
L
 
M
Q
 
M
V
 
L
L
 
I
A
 
S
G
 
G
E
 
E
D
 
D
I
 
A
N
 
I
I
 
N
F
 
Y
N
 
P
T
 
I
L
 
L
C
 
S
L
 
N
G
 
G
G
 
G
S
 
K
G
 
G
A
 
V
I
|
I
A
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
S
H
 
N
V
 
L
R
 
L
P
 
P
E
 
D
R
 
M
F
 
I
V
 
S
E
 
A
M
 
L
Y
 
T
R
 
H
A
 
F
L
 
A
A
 
L
A
 
D
G
 
E
R
 
N
L
 
Y
A
 
K
D
 
E
G
 
A
R
 
K
R
 
K
I
 
I
F
 
N
H
 
D
A
 
E
L
 
L
A
 
Y
P
 
N
L
 
I
I
 
N
E
 
K
A
 
I
L
 
L
F
 
F
V
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
I
P
 
P
V
 
I
K
 
K
A
 
T
L
 
A
L
 
M
A
 
Y
A
 
L
Q
 
A
G
 
G
L
 
L
I
 
I
R
 
E
D
 
S
-
 
L
E
 
E
L
 
F
R
 
R
M
 
L
P
 
P
M
 
L
T
 
C
R
 
S
A
 
P
S
 
S
G
 
K
A
 
E
L
 
N
I
 
F
E
 
A
R
 
K
L
 
I
E
 
E
G
 
E
L
 
V
A
 
M
E
 
K
R
 
K
E
 
Y
R
 
K

5ktlA Dihydrodipicolinate synthase from the industrial and evolutionarily important cyanobacteria anabaena variabilis. (see paper)
31% identity, 95% coverage: 4:295/307 of query aligns to 5:291/295 of 5ktlA

query
sites
5ktlA
F
 
F
S
 
G
G
 
T
I
 
V
W
 
L
V
 
T
P
 
A
L
 
M
I
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
-
 
K
A
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
S
V
 
V
D
 
N
H
 
Y
A
 
A
A
 
V
L
 
A
R
 
A
A
 
E
L
 
L
V
 
A
R
 
A
R
 
H
Y
 
L
T
 
V
G
 
D
A
 
N
G
 
G
I
 
T
A
 
D
G
 
T
L
 
L
V
 
V
A
 
V
L
 
C
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
P
x
S
A
 
P
A
 
T
L
|
L
D
 
S
A
 
W
A
 
D
E
 
E
Q
x
E
D
 
Y
A
 
N
V
 
L
L
 
F
A
 
V
T
x
E
I
 
V
L
 
L
D
 
-
E
 
-
A
 
-
Q
|
Q
S
 
T
A
 
V
A
 
A
H
 
G
L
 
K
A
 
A
R
 
K
D
 
-
G
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
-
V
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
C
S
 
G
G
 
S
N
 
N
H
 
S
T
 
T
A
 
K
S
 
E
M
 
A
R
 
I
V
 
A
R
 
A
I
 
T
G
 
Q
Q
 
K
L
 
A
N
 
A
A
 
K
L
 
I
P
 
G
L
 
V
A
 
H
G
 
G
V
 
T
L
 
L
M
 
Q
A
 
V
A
 
V
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
I
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
P
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
I
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
F
M
 
Q
A
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
Q
A
 
A
S
 
C
-
 
P
E
 
D
K
 
L
P
 
P
V
 
L
V
 
L
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
Q
R
 
N
L
 
L
E
 
S
L
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
V
L
 
V
A
 
R
L
 
L
A
 
A
T
 
E
H
 
I
P
 
D
R
 
N
I
 
I
Q
 
I
A
 
G
V
 
V
K
|
K
D
 
E
C
 
A
A
 
S
G
 
G
S
 
N
L
 
L
D
 
D
T
 
Q
T
 
A
L
 
G
A
 
E
L
 
I
I
 
R
R
 
R
D
 
S
A
 
T
-
 
P
-
 
K
R
 
E
L
 
F
Q
 
Q
V
 
I
L
 
Y
A
 
A
G
 
G
E
 
D
D
 
D
I
 
S
N
 
L
I
 
T
F
 
L
N
 
P
T
 
L
L
 
L
C
 
A
L
 
I
G
 
G
G
 
A
S
 
K
G
 
G
A
 
V
I
x
V
A
 
S
A
 
V
S
 
A
A
 
S
H
 
H
V
 
L
R
 
V
P
 
G
E
 
N
R
 
Q
F
 
L
V
 
Q
E
 
Q
M
 
M
Y
 
I
R
 
Q
A
 
A
L
 
F
A
 
N
A
 
S
G
 
G
R
 
Q
L
 
V
A
 
T
D
 
V
G
 
A
R
 
S
R
 
D
I
 
I
F
 
H
H
 
L
A
 
R
L
 
L
A
 
L
P
 
P
L
 
L
I
 
F
E
 
K
A
 
A
L
 
L
F
 
F
V
 
I
E
 
T
P
 
T
N
 
N
P
 
P
A
 
I
P
 
P
V
 
I
K
 
K
A
 
Q
L
 
A
L
 
L
A
 
K
A
 
L
Q
 
Q
G
 
G
L
 
W
I
 
E
R
 
V
D
 
G
E
 
S
L
 
T
R
 
R
M
 
P
P
 
P
M
 
L
T
 
S
R
 
D
A
 
A
S
 
D
G
 
A
A
 
E
L
 
V
I
 
S
E
 
Q
R
 
K
L
 
L
E
 
E
G
 
A
L
 
V
A
 
M
E
 
K
R
 
H

6u01B Dihydrodipicolinate synthase (dhdps) from c.Jejuni, n84d mutant with pyruvate bound in the active site (see paper)
28% identity, 96% coverage: 2:297/307 of query aligns to 2:292/296 of 6u01B

query
sites
6u01B
S
 
N
I
 
I
F
 
I
S
 
I
G
 
G
I
 
A
W
 
M
V
 
T
P
 
A
L
 
L
I
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
K
D
 
N
G
 
G
A
 
K
V
 
V
D
 
D
H
 
E
A
 
Q
A
 
S
L
 
Y
R
 
A
A
 
R
L
 
L
V
 
I
R
 
K
R
 
R
Y
 
Q
T
 
I
G
 
E
A
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
D
G
 
A
L
 
V
V
 
V
A
 
P
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
D
 
T
A
 
H
A
 
E
E
 
E
Q
 
H
D
 
R
A
 
T
V
 
C
L
 
I
A
 
E
T
 
I
I
 
A
L
 
V
D
 
E
E
 
T
A
 
C
Q
 
K
S
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
G
 
G
Q
 
T
A
 
K
L
 
V
P
 
K
V
 
V
V
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
G
G
 
S
N
 
D
-
 
A
-
 
T
H
 
H
T
 
E
A
 
A
S
 
V
M
 
G
R
 
L
V
 
A
R
 
K
I
 
F
G
 
A
Q
 
K
L
 
E
N
 
H
A
 
G
L
 
A
P
 
D
L
 
-
A
 
-
G
 
G
V
 
I
L
 
L
M
 
S
A
 
V
A
 
A
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
I
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
Q
G
 
G
I
 
L
V
 
Y
A
 
E
H
 
H
F
 
Y
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
Q
A
 
S
S
 
V
E
 
D
K
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
L
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
C
R
 
E
L
 
I
E
 
S
L
 
T
D
 
D
T
 
T
L
 
I
L
 
I
A
 
K
L
 
L
A
 
F
T
 
R
H
 
D
-
 
C
P
 
E
R
 
N
I
 
I
Q
 
Y
A
 
G
V
 
V
K
|
K
D
 
E
C
 
A
A
 
S
G
 
G
S
 
N
L
 
I
D
 
D
T
 
K
T
 
C
L
 
V
A
 
D
L
 
L
I
 
L
-
 
A
R
 
H
D
 
E
A
 
P
R
 
R
L
 
M
Q
 
M
V
 
L
L
 
I
A
x
S
G
 
G
E
|
E
D
|
D
I
 
A
N
 
I
I
x
N
F
 
Y
N
 
P
T
 
I
L
 
L
C
 
S
L
 
N
G
 
G
G
 
G
S
 
K
G
 
G
A
 
V
I
|
I
A
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
S
H
 
N
V
 
L
R
 
L
P
 
P
E
 
D
R
 
M
F
 
I
V
 
S
E
 
A
M
 
L
Y
 
T
R
 
H
A
 
F
L
 
A
A
 
L
A
 
D
G
 
E
R
 
N
L
 
Y
A
 
K
D
 
E
G
 
A
R
 
K
R
 
K
I
 
I
F
 
N
H
 
D
A
 
E
L
 
L
A
 
Y
P
 
N
L
 
I
I
 
N
E
 
K
A
 
I
L
 
L
F
 
F
V
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
I
P
 
P
V
 
I
K
 
K
A
 
T
L
 
A
L
 
M
A
 
Y
A
 
L
Q
 
A
G
 
G
L
 
L
I
 
I
R
 
E
D
 
S
-
 
L
E
 
E
L
 
F
R
 
R
M
 
L
P
 
P
M
 
L
T
 
C
R
 
S
A
 
P
S
 
S
G
 
K
A
 
E
L
 
N
I
 
F
E
 
A
R
 
K
L
 
I
E
 
E
G
 
E
L
 
V
A
 
M
E
 
K
R
 
K
E
 
Y
R
 
K

Query Sequence

>BPHYT_RS29250 FitnessBrowser__BFirm:BPHYT_RS29250
MSIFSGIWVPLITPFADGAVDHAALRALVRRYTGAGIAGLVALGTTGEPAALDAAEQDAV
LATILDEAQSAAHLARDGQALPVVAGVSGNHTASMRVRIGQLNALPLAGVLMAAPYYIRP
SQAGIVAHFMALADASEKPVVLYDIPYRTGVRLELDTLLALATHPRIQAVKDCAGSLDTT
LALIRDARLQVLAGEDINIFNTLCLGGSGAIAASAHVRPERFVEMYRALAAGRLADGRRI
FHALAPLIEALFVEPNPAPVKALLAAQGLIRDELRMPMTRASGALIERLEGLAERERSEP
QETEVMV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory