SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing BPHYT_RS31655 FitnessBrowser__BFirm:BPHYT_RS31655 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

5odqB Heterodisulfide reductase / [nife]-hydrogenase complex from methanothermococcus thermolithotrophicus soaked with bromoethanesulfonate. (see paper)
22% identity, 54% coverage: 169:390/409 of query aligns to 2:239/291 of 5odqB

query
sites
5odqB
K
 
K
M
 
Y
L
 
A
M
 
F
L
 
F
E
 
L
G
|
G
C
|
C
V
 
I
Q
 
M
R
 
P
A
 
N
L
 
R
S
 
Y
P
 
A
N
 
G
T
 
V
N
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
T
A
 
R
R
 
T
V
 
V
L
 
M
D
 
E
R
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
V
S
 
E
I
 
L
V
 
V
N
 
D
A
 
M
E
 
T
R
 
G
A
 
A
D
 
S
C
|
C
C
|
C
G
 
P
A
 
A
T
 
P
D
x
G
-
 
V
Y
 
F
H
 
G
L
 
S
N
 
F
A
 
D
Q
 
Q
E
 
K
A
 
T
G
 
W
L
 
L
A
 
T
R
 
L
A
 
A
R
 
A
R
 
R
N
 
N
I
 
L
D
 
-
A
 
-
W
 
-
W
 
C
P
 
I
A
 
A
I
 
E
Q
 
E
A
 
M
G
 
G
A
 
V
E
 
D
A
 
-
I
 
I
V
 
V
Q
 
T
T
 
V
A
x
C
S
 
N
G
|
G
C
|
C
G
 
Y
A
 
G
F
 
S
V
 
L
K
 
F
E
 
E
Y
 
A
G
 
A
H
 
H
L
 
L
L
 
L
R
 
H
D
 
D
D
 
N
-
 
K
-
 
E
-
 
A
-
 
L
-
 
N
-
 
F
-
 
V
-
 
N
-
 
E
-
 
K
L
 
L
R
 
D
Y
 
K
A
 
V
S
 
G
K
 
K
A
 
E
Q
 
Y
R
 
K
V
 
G
S
 
N
E
 
V
L
 
K
A
 
V
R
 
R
D
 
H
I
 
F
V
 
A
E
 
E
V
 
L
L
 
I
A
 
Y
N
 
N
E
 
D
-
 
I
P
 
G
I
 
V
Q
 
D
P
 
K
I
 
I
Q
 
A
T
 
E
N
 
K
L
 
V
S
 
E
G
 
R
T
 
P
P
 
L
Q
 
N
Q
 
I
K
 
N
I
 
V
A
 
G
F
 
V
H
 
H
C
 
Y
P
x
G
C
|
C
T
x
H
L
 
F
-
 
L
-
 
K
-
 
P
Q
 
T
H
 
D
A
 
V
Q
 
K
K
 
H
L
 
L
G
 
G
G
 
S
A
 
A
-
 
E
-
 
R
-
 
P
-
 
V
-
 
M
V
 
L
E
 
D
A
 
E
V
 
I
L
 
V
Q
 
E
R
 
A
L
 
T
G
 
G
F
 
A
D
 
K
L
 
S
S
 
V
A
 
P
V
 
Y
P
 
A
D
 
D
A
 
K
H
 
M
L
 
M
C
|
C
C
|
C
G
 
G
S
 
A
A
x
G
G
 
G
T
 
G
Y
 
V
S
x
R
I
 
A
T
 
R
Q
 
E
P
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
S
K
 
L
K
 
D
L
 
M
R
 
T
S
 
N
N
 
E
K
 
K
L
 
I
D
 
E
A
 
N
L
 
M
E
 
I
S
 
K
G
 
A
K
 
G
P
 
A
D
 
D
L
 
C
I
 
T
V
 
V
T
 
N
A
 
V
N
x
C
I
 
P
G
x
F
C
|
C
Q
 
H
T
x
L
H
 
Q
L
 
F
D
 
D

5odhH Heterodisulfide reductase / [nife]-hydrogenase complex from methanothermococcus thermolithotrophicus soaked with heterodisulfide for 3.5 minutes (see paper)
22% identity, 54% coverage: 169:390/409 of query aligns to 2:239/291 of 5odhH

query
sites
5odhH
K
 
K
M
 
Y
L
 
A
M
 
F
L
 
F
E
 
L
G
|
G
C
|
C
V
 
I
Q
 
M
R
 
P
A
 
N
L
 
R
S
 
Y
P
 
A
N
 
G
T
 
V
N
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
T
A
 
R
R
 
T
V
 
V
L
 
M
D
 
E
R
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
V
S
 
E
I
 
L
V
 
V
N
 
D
A
 
M
E
 
T
R
 
G
A
 
A
D
 
S
C
|
C
C
|
C
G
 
P
A
|
A
T
x
P
D
x
G
-
 
V
Y
 
F
H
 
G
L
 
S
N
 
F
A
 
D
Q
 
Q
E
 
K
A
 
T
G
 
W
L
 
L
A
 
T
R
 
L
A
 
A
R
 
A
R
 
R
N
 
N
I
 
L
D
 
-
A
 
-
W
 
-
W
 
C
P
 
I
A
 
A
I
 
E
Q
 
E
A
 
M
G
 
G
A
 
V
E
 
D
A
 
-
I
 
I
V
 
V
Q
 
T
T
 
V
A
x
C
S
 
N
G
|
G
C
|
C
G
 
Y
A
 
G
F
 
S
V
 
L
K
 
F
E
 
E
Y
 
A
G
 
A
H
 
H
L
 
L
L
 
L
R
 
H
D
 
D
D
 
N
-
 
K
-
 
E
-
 
A
-
 
L
-
 
N
-
 
F
-
 
V
-
 
N
-
 
E
-
 
K
L
 
L
R
 
D
Y
 
K
A
 
V
S
 
G
K
 
K
A
 
E
Q
 
Y
R
 
K
V
 
G
S
 
N
E
 
V
L
 
K
A
 
V
R
 
R
D
 
H
I
 
F
V
 
A
E
 
E
V
 
L
L
 
I
A
 
Y
N
 
N
E
 
D
-
 
I
P
 
G
I
 
V
Q
 
D
P
 
K
I
 
I
Q
 
A
T
 
E
N
 
K
L
 
V
S
 
E
G
 
R
T
 
P
P
 
L
Q
 
N
Q
 
I
K
 
N
I
 
V
A
 
G
F
 
V
H
 
H
C
 
Y
P
 
G
C
|
C
T
x
H
L
 
F
-
 
L
-
 
K
-
 
P
Q
 
T
H
 
D
A
 
V
Q
 
K
K
 
H
L
 
L
G
 
G
G
 
S
A
 
A
-
 
E
-
 
R
-
 
P
-
 
V
-
 
M
V
 
L
E
 
D
A
 
E
V
 
I
L
 
V
Q
 
E
R
 
A
L
 
T
G
 
G
F
 
A
D
 
K
L
 
S
S
 
V
A
 
P
V
 
Y
P
 
A
D
 
D
A
 
K
H
 
M
L
 
M
C
|
C
C
|
C
G
 
G
S
 
A
A
x
G
G
|
G
T
 
G
Y
 
V
S
x
R
I
 
A
T
 
R
Q
 
E
P
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
S
K
 
L
K
 
D
L
 
M
R
 
T
S
 
N
N
 
E
K
 
K
L
 
I
D
 
E
A
 
N
L
 
M
E
 
I
S
 
K
G
 
A
K
 
G
P
 
A
D
 
D
L
 
C
I
 
T
V
 
V
T
 
N
A
 
V
N
x
C
I
 
P
G
x
F
C
|
C
Q
 
H
T
 
L
H
 
Q
L
 
F
D
 
D

Sites not aligning to the query:

5odhB Heterodisulfide reductase / [nife]-hydrogenase complex from methanothermococcus thermolithotrophicus soaked with heterodisulfide for 3.5 minutes (see paper)
22% identity, 54% coverage: 169:390/409 of query aligns to 2:239/291 of 5odhB

query
sites
5odhB
K
 
K
M
 
Y
L
 
A
M
 
F
L
 
F
E
 
L
G
|
G
C
|
C
V
x
I
Q
 
M
R
 
P
A
 
N
L
 
R
S
 
Y
P
 
A
N
 
G
T
 
V
N
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
T
A
 
R
R
 
T
V
 
V
L
 
M
D
 
E
R
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
V
S
 
E
I
 
L
V
 
V
N
 
D
A
 
M
E
 
T
R
 
G
A
 
A
D
 
S
C
|
C
C
|
C
G
 
P
A
 
A
T
x
P
D
x
G
-
 
V
Y
 
F
H
 
G
L
 
S
N
 
F
A
 
D
Q
 
Q
E
 
K
A
 
T
G
 
W
L
 
L
A
 
T
R
 
L
A
 
A
R
 
A
R
 
R
N
 
N
I
 
L
D
 
-
A
 
-
W
 
-
W
 
C
P
 
I
A
 
A
I
 
E
Q
 
E
A
 
M
G
 
G
A
 
V
E
 
D
A
 
-
I
 
I
V
 
V
Q
 
T
T
 
V
A
x
C
S
 
N
G
|
G
C
|
C
G
 
Y
A
 
G
F
 
S
V
 
L
K
 
F
E
 
E
Y
 
A
G
 
A
H
 
H
L
 
L
L
 
L
R
 
H
D
 
D
D
 
N
-
 
K
-
 
E
-
 
A
-
 
L
-
 
N
-
 
F
-
 
V
-
 
N
-
 
E
-
 
K
L
 
L
R
 
D
Y
 
K
A
 
V
S
 
G
K
 
K
A
 
E
Q
 
Y
R
 
K
V
 
G
S
 
N
E
 
V
L
 
K
A
 
V
R
 
R
D
 
H
I
 
F
V
 
A
E
 
E
V
 
L
L
 
I
A
 
Y
N
 
N
E
 
D
-
 
I
P
 
G
I
 
V
Q
 
D
P
 
K
I
 
I
Q
 
A
T
 
E
N
 
K
L
 
V
S
 
E
G
 
R
T
 
P
P
 
L
Q
 
N
Q
 
I
K
 
N
I
 
V
A
 
G
F
 
V
H
 
H
C
 
Y
P
x
G
C
|
C
T
x
H
L
 
F
-
 
L
-
 
K
-
 
P
Q
 
T
H
 
D
A
 
V
Q
 
K
K
 
H
L
 
L
G
 
G
G
 
S
A
 
A
-
 
E
-
 
R
-
 
P
-
 
V
-
 
M
V
 
L
E
 
D
A
 
E
V
 
I
L
 
V
Q
 
E
R
 
A
L
 
T
G
 
G
F
 
A
D
 
K
L
 
S
S
 
V
A
 
P
V
 
Y
P
 
A
D
 
D
A
 
K
H
 
M
L
 
M
C
|
C
C
|
C
G
 
G
S
 
A
A
 
G
G
 
G
T
 
G
Y
 
V
S
 
R
I
 
A
T
 
R
Q
 
E
P
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
S
K
 
L
K
 
D
L
 
M
R
 
T
S
 
N
N
 
E
K
 
K
L
 
I
D
 
E
A
 
N
L
 
M
E
 
I
S
 
K
G
 
A
K
 
G
P
 
A
D
 
D
L
 
C
I
 
T
V
 
V
T
 
N
A
 
V
N
x
C
I
 
P
G
x
F
C
|
C
Q
 
H
T
 
L
H
 
Q
L
 
F
D
 
D

5odcB Heterodisulfide reductase / [nife]-hydrogenase complex from methanothermococcus thermolithotrophicus at 2.3 a resolution (see paper)
22% identity, 54% coverage: 169:390/409 of query aligns to 2:239/291 of 5odcB

query
sites
5odcB
K
 
K
M
 
Y
L
 
A
M
 
F
L
 
F
E
 
L
G
|
G
C
|
C
V
x
I
Q
 
M
R
 
P
A
 
N
L
 
R
S
 
Y
P
 
A
N
 
G
T
 
V
N
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
T
A
 
R
R
 
T
V
 
V
L
 
M
D
 
E
R
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
V
S
 
E
I
 
L
V
 
V
N
 
D
A
 
M
E
 
T
R
 
G
A
 
A
D
 
S
C
|
C
C
|
C
G
 
P
A
 
A
T
 
P
D
 
G
-
 
V
Y
 
F
H
 
G
L
 
S
N
 
F
A
 
D
Q
 
Q
E
 
K
A
 
T
G
 
W
L
 
L
A
 
T
R
 
L
A
 
A
R
 
A
R
 
R
N
 
N
I
 
L
D
 
-
A
 
-
W
 
-
W
 
C
P
 
I
A
 
A
I
 
E
Q
 
E
A
 
M
G
 
G
A
 
V
E
 
D
A
 
-
I
 
I
V
 
V
Q
 
T
T
 
V
A
x
C
S
x
N
G
|
G
C
|
C
G
 
Y
A
 
G
F
 
S
V
 
L
K
 
F
E
 
E
Y
 
A
G
 
A
H
 
H
L
 
L
L
 
L
R
 
H
D
 
D
D
 
N
-
 
K
-
 
E
-
 
A
-
 
L
-
 
N
-
 
F
-
 
V
-
 
N
-
 
E
-
 
K
L
 
L
R
 
D
Y
 
K
A
 
V
S
 
G
K
 
K
A
 
E
Q
 
Y
R
 
K
V
 
G
S
 
N
E
 
V
L
 
K
A
 
V
R
 
R
D
 
H
I
 
F
V
 
A
E
 
E
V
 
L
L
 
I
A
 
Y
N
 
N
E
 
D
-
 
I
P
 
G
I
 
V
Q
 
D
P
 
K
I
 
I
Q
 
A
T
 
E
N
 
K
L
 
V
S
 
E
G
 
R
T
 
P
P
 
L
Q
 
N
Q
 
I
K
 
N
I
 
V
A
 
G
F
 
V
H
 
H
C
 
Y
P
x
G
C
|
C
T
 
H
L
 
F
-
 
L
-
 
K
-
 
P
Q
 
T
H
 
D
A
 
V
Q
 
K
K
 
H
L
 
L
G
 
G
G
 
S
A
 
A
-
 
E
-
 
R
-
 
P
-
 
V
-
 
M
V
 
L
E
 
D
A
 
E
V
 
I
L
 
V
Q
 
E
R
 
A
L
 
T
G
 
G
F
 
A
D
 
K
L
 
S
S
 
V
A
 
P
V
 
Y
P
 
A
D
 
D
A
 
K
H
 
M
L
 
M
C
|
C
C
|
C
G
 
G
S
 
A
A
x
G
G
 
G
T
 
G
Y
 
V
S
 
R
I
 
A
T
 
R
Q
 
E
P
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
S
K
 
L
K
 
D
L
 
M
R
 
T
S
 
N
N
 
E
K
 
K
L
 
I
D
 
E
A
 
N
L
 
M
E
 
I
S
 
K
G
 
A
K
 
G
P
 
A
D
 
D
L
 
C
I
 
T
V
 
V
T
 
N
A
 
V
N
x
C
I
 
P
G
x
F
C
|
C
Q
 
H
T
 
L
H
 
Q
L
 
F
D
 
D

Query Sequence

>BPHYT_RS31655 FitnessBrowser__BFirm:BPHYT_RS31655
MQTNLSDAAKTLSRADEAEQILRSCVHCGFCNATCPTYQLLGNELDGPRGRIYLIKQMLE
GEPVTQKTQMHLDRCLSCRNCETTCPSGVTYHALLDIGRAELERRIVRPALERLQRESLR
HVIPHRAVFGALLKTGQAMRPFLPTALGRKIPGRSARAKTRPEPRHSRKMLMLEGCVQRA
LSPNTNAAAARVLDRLGISIVNAERADCCGATDYHLNAQEAGLARARRNIDAWWPAIQAG
AEAIVQTASGCGAFVKEYGHLLRDDLRYASKAQRVSELARDIVEVLANEPIQPIQTNLSG
TPQQKIAFHCPCTLQHAQKLGGAVEAVLQRLGFDLSAVPDAHLCCGSAGTYSITQPELAK
KLRSNKLDALESGKPDLIVTANIGCQTHLDGAGRTPVRHWIELVEASLP

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory