SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing BWI76_RS01010 FitnessBrowser__Koxy:BWI76_RS01010 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4mchA Crystal structure of uridine phosphorylase from vibrio fischeri es114 complexed with 6-hydroxy-1-naphthoic acid, nysgrc target 029520.
46% identity, 87% coverage: 1:217/249 of query aligns to 6:221/243 of 4mchA

query
sites
4mchA
M
 
M
S
 
S
L
 
K
Q
 
Q
P
 
P
H
|
H
I
 
I
Q
 
C
L
 
V
S
 
D
K
 
E
E
 
N
M
 
Q
T
 
V
G
 
-
A
 
S
R
 
P
Y
 
Y
A
x
V
L
 
I
L
 
V
P
 
C
G
|
G
D
 
E
P
 
P
Q
 
D
R
|
R
V
 
V
D
 
N
R
|
R
I
 
I
A
 
V
N
 
E
F
x
L
L
 
M
D
 
D
N
 
N
P
 
V
Q
 
E
P
 
L
L
 
L
G
 
A
Q
 
E
N
 
N
R
|
R
E
 
E
F
 
Y
R
 
R
A
 
V
A
 
F
R
x
N
G
|
G
W
 
V
Y
 
Y
Q
 
K
G
 
G
V
 
T
E
 
T
I
 
I
L
 
T
V
 
I
L
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
A
P
 
P
F
 
S
T
 
M
A
 
I
I
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
R
 
K
Q
 
L
I
 
C
G
 
G
V
 
A
T
 
T
T
 
H
L
 
V
I
 
I
R
|
R
I
 
V
G
 
G
S
|
S
C
 
A
G
 
G
A
 
A
L
 
M
Q
 
Q
D
 
D
N
 
H
L
 
I
A
 
Q
L
 
L
G
 
G
D
 
E
V
 
L
I
 
I
I
 
V
A
 
A
H
 
E
A
 
G
A
 
A
V
 
V
M
 
R
D
 
D
D
 
E
G
 
G
T
 
G
S
 
S
R
 
K
T
 
A
Y
 
Y
A
 
I
P
 
S
A
 
S
G
 
A
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
C
 
Y
A
 
A
D
 
S
P
 
F
Q
 
A
L
 
L
T
 
L
W
 
K
E
 
E
L
 
I
M
 
S
A
 
H
Q
 
F
A
 
L
R
 
E
Q
 
N
M
 
Q
N
 
S
I
 
V
P
 
K
A
 
Y
A
 
Y
C
 
F
G
 
G
L
 
V
V
 
V
R
 
R
S
 
S
H
 
H
D
 
D
S
 
S
F
 
F
Y
 
Y
T
 
T
D
 
D
R
 
E
E
 
E
A
x
D
E
 
Q
L
 
L
D
 
C
A
 
Q
Q
 
Y
W
 
W
S
 
N
A
 
K
R
 
K
G
 
G
I
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
M
 
M
E
 
E
S
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
M
 
F
T
 
T
I
 
V
G
 
G
A
 
R
L
 
L
R
 
R
G
 
G
L
 
L
R
 
Q
T
 
V
A
 
A
S
 
S
L
 
I
L
 
L
N
 
N
V
 
N
V
|
V
V
|
V
A
 
L
H
x
Y
N
 
Q
G
 
E
C
 
G
L
 
V
D
 
N
S
 
Q
S
x
Y
I
 
V
N
 
N
D
 
D

Sites not aligning to the query:

1rxsB E. Coli uridine phosphorylase: 2'-deoxyuridine phosphate complex (see paper)
36% identity, 94% coverage: 6:239/249 of query aligns to 5:241/246 of 1rxsB

query
sites
1rxsB
H
|
H
I
 
L
Q
 
G
L
 
L
S
 
T
K
 
K
-
 
N
E
 
D
M
 
L
T
 
Q
G
 
G
A
 
A
R
 
T
Y
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
V
P
 
P
G
 
G
D
 
D
P
 
P
Q
 
D
R
|
R
V
 
V
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
N
 
A
F
 
L
L
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
Q
 
V
P
 
K
L
 
L
G
 
A
Q
 
S
N
 
H
R
|
R
E
|
E
F
 
F
R
 
T
A
 
T
A
 
W
R
 
R
G
 
A
W
 
E
Y
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
K
E
 
P
I
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
C
S
 
S
T
 
T
G
|
G
I
|
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
F
x
S
T
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
R
 
A
Q
 
Q
I
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
R
T
 
T
L
 
F
I
 
L
R
|
R
I
 
I
G
 
G
S
x
T
C
x
T
G
|
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
D
 
P
N
 
H
L
 
I
A
 
N
L
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
I
 
V
A
 
T
H
 
T
A
 
A
A
 
S
V
 
V
M
 
R
D
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
A
S
 
S
R
 
L
T
 
H
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
L
G
 
E
Y
 
F
P
 
P
A
 
A
C
 
V
A
 
A
D
 
D
P
 
F
Q
 
E
L
 
C
T
 
T
W
 
T
E
 
A
L
 
L
M
 
V
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
S
M
 
I
N
 
G
I
 
A
P
 
T
A
 
T
A
 
H
C
 
V
G
 
G
L
 
V
V
 
T
R
 
A
S
 
S
H
 
S
D
 
D
S
 
T
F
|
F
Y
 
Y
T
 
P
D
 
G
R
x
Q
E
 
E
A
 
-
E
x
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
T
-
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
R
-
 
V
-
 
V
-
x
R
-
x
H
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
M
-
 
E
Q
 
E
W
 
W
S
 
Q
A
 
A
R
 
M
G
 
G
I
 
V
L
 
M
G
 
N
A
 
Y
D
 
E
M
|
M
E
|
E
S
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
M
 
L
T
 
T
I
 
M
G
 
C
A
 
A
L
 
S
R
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
R
T
 
A
A
 
G
S
 
M
L
 
V
L
 
A
N
 
G
V
 
V
V
x
I
V
|
V
A
 
-
H
 
-
N
 
-
G
 
-
C
 
-
L
 
-
D
 
-
S
 
-
S
 
-
I
 
-
N
 
-
D
 
N
Y
x
R
V
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
E
 
E
A
 
I
L
 
P
C
 
M
Q
 
K
Q
 
Q
G
 
T
E
 
E
E
 
S
R
 
H
Q
 
A
I
 
V
T
 
K
L
 
I
A
 
V
L
 
V
R
 
E
A
 
A

1rxcA E. Coli uridine phosphorylase: 5-fluorouracil ribose-1-phosphate complex (see paper)
36% identity, 94% coverage: 6:239/249 of query aligns to 5:241/246 of 1rxcA

query
sites
1rxcA
H
|
H
I
 
L
Q
 
G
L
 
L
S
 
T
K
 
K
-
 
N
E
 
D
M
 
L
T
 
Q
G
 
G
A
 
A
R
 
T
Y
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
Q
 
D
R
|
R
V
 
V
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
N
 
A
F
 
L
L
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
Q
 
V
P
 
K
L
 
L
G
 
A
Q
 
S
N
 
H
R
|
R
E
|
E
F
 
F
R
 
T
A
 
T
A
 
W
R
 
R
G
 
A
W
 
E
Y
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
K
E
 
P
I
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
C
S
 
S
T
 
T
G
|
G
I
|
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
F
x
S
T
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
R
 
A
Q
 
Q
I
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
R
T
 
T
L
 
F
I
 
L
R
|
R
I
 
I
G
 
G
S
x
T
C
 
T
G
 
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
D
 
P
N
 
H
L
 
I
A
 
N
L
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
I
 
V
A
 
T
H
 
T
A
 
A
A
 
S
V
 
V
M
 
R
D
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
A
S
 
S
R
 
L
T
 
H
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
L
G
 
E
Y
 
F
P
 
P
A
 
A
C
 
V
A
 
A
D
 
D
P
 
F
Q
 
E
L
 
C
T
 
T
W
 
T
E
 
A
L
 
L
M
 
V
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
S
M
 
I
N
 
G
I
 
A
P
 
T
A
 
T
A
 
H
C
 
V
G
 
G
L
 
V
V
 
T
R
 
A
S
 
S
H
 
S
D
 
D
S
 
T
F
 
F
Y
 
Y
T
 
P
D
 
G
R
 
Q
E
 
E
A
 
-
E
x
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
T
-
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
R
-
 
V
-
 
V
-
 
R
-
 
H
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
M
-
 
E
Q
 
E
W
 
W
S
 
Q
A
 
A
R
 
M
G
 
G
I
 
V
L
 
M
G
 
N
A
 
Y
D
 
E
M
 
M
E
 
E
S
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
M
 
L
T
 
T
I
 
M
G
 
C
A
 
A
L
 
S
R
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
R
T
 
A
A
 
G
S
 
M
L
 
V
L
 
A
N
 
G
V
 
V
V
x
I
V
|
V
A
 
-
H
 
-
N
 
-
G
 
-
C
 
-
L
 
-
D
 
-
S
 
-
S
 
-
I
 
-
N
 
-
D
 
N
Y
x
R
V
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
E
 
E
A
 
I
L
 
P
C
 
N
Q
 
K
Q
 
Q
G
 
T
E
 
E
E
 
S
R
 
H
Q
 
A
I
 
V
T
 
K
L
 
I
A
 
V
L
 
V
R
 
E
A
 
A

4yjkA Crystal structure of c212s mutant of shewanella oneidensis mr-1 uridine phosphorylase (see paper)
40% identity, 80% coverage: 6:205/249 of query aligns to 5:218/245 of 4yjkA

query
sites
4yjkA
H
|
H
I
 
L
Q
 
G
L
 
L
S
 
T
K
 
K
E
 
A
M
 
M
-
 
L
T
 
D
G
 
G
A
 
A
R
 
T
Y
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
Q
 
E
R
|
R
V
 
V
D
 
K
R
 
R
I
 
I
A
 
A
N
 
E
F
 
L
L
 
M
D
 
D
N
 
N
P
 
A
Q
 
T
P
 
F
L
 
L
G
 
A
Q
 
S
N
 
H
R
|
R
E
 
E
F
 
Y
R
 
T
A
 
S
A
 
Y
R
 
L
G
 
A
W
 
Y
Y
 
A
Q
 
D
G
 
G
V
 
K
E
 
P
I
 
V
L
 
V
V
 
I
L
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
F
 
S
T
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
R
 
A
Q
 
Q
I
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
N
T
 
T
L
 
F
I
 
L
R
|
R
I
 
V
G
 
G
S
x
T
C
x
T
G
|
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
D
 
P
N
 
H
L
 
V
A
 
N
L
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
I
I
 
V
A
 
T
H
 
Q
A
 
A
A
 
S
V
 
V
M
 
R
D
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
A
S
 
S
R
 
L
T
 
H
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
M
G
 
E
Y
 
F
P
 
P
A
 
A
C
 
V
A
 
A
D
 
N
P
 
F
Q
 
E
L
 
C
T
 
T
W
 
T
E
 
A
L
 
M
M
 
V
A
 
A
Q
 
A
A
 
C
R
 
R
Q
 
D
M
 
A
N
 
G
I
 
V
P
 
E
A
 
P
A
 
H
C
 
I
G
 
G
L
 
V
V
 
T
R
 
A
S
 
S
H
 
S
D
 
D
S
 
T
F
|
F
Y
 
Y
-
 
P
-
 
G
-
x
Q
-
 
E
-
x
R
-
 
Y
-
 
D
-
 
T
-
 
V
-
 
T
-
 
G
-
 
R
-
 
V
T
 
T
D
 
R
R
 
R
E
 
F
A
 
A
E
 
G
L
 
S
D
 
M
A
 
K
Q
 
E
W
 
W
S
 
Q
A
 
D
R
 
M
G
 
G
I
 
V
L
 
L
G
 
N
A
 
Y
D
x
E
M
 
M
E
 
E
S
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
M
 
F
T
 
T
I
 
M
G
 
C
A
 
A
L
 
T
R
 
Q
G
 
G
L
 
W
R
 
R
T
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
V
L
 
A
N
 
G
V
 
V
V
x
I
V
|
V

Sites not aligning to the query:

2hwuA Crystal structure of the uridine phosphorylase from salmonella typhimurium in complex with uridine and phosphate ion at 2.91a resolution
39% identity, 80% coverage: 6:205/249 of query aligns to 8:221/253 of 2hwuA

query
sites
2hwuA
H
 
H
I
 
L
Q
 
G
L
 
L
S
 
T
K
 
K
-
 
N
E
 
D
M
 
L
T
 
Q
G
 
G
A
 
A
R
 
Q
Y
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
V
P
 
P
G
 
G
D
 
D
P
 
P
Q
 
E
R
|
R
V
 
V
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
N
 
A
F
 
L
L
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
Q
 
V
P
 
K
L
 
L
G
 
A
Q
 
S
N
 
H
R
|
R
E
 
E
F
 
F
R
 
T
A
 
S
A
 
W
R
 
R
G
 
A
W
 
E
Y
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
K
E
 
A
I
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
F
 
S
T
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
E
E
 
E
L
 
L
R
 
A
Q
 
Q
I
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
R
T
 
T
L
 
F
I
 
L
R
|
R
I
 
I
G
 
G
S
x
T
C
x
T
G
|
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
D
 
P
N
 
H
L
 
I
A
 
N
L
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
I
 
V
A
 
T
H
 
T
A
 
A
A
 
S
V
 
V
M
 
R
D
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
A
S
 
S
R
 
L
T
 
H
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
M
G
 
E
Y
 
F
P
 
P
A
 
A
C
 
V
A
 
A
D
 
D
P
 
F
Q
 
A
L
 
C
T
 
T
W
 
T
E
 
A
L
 
L
M
 
V
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
S
M
 
I
N
 
G
I
 
A
P
 
T
A
 
T
A
 
H
C
 
V
G
 
G
L
 
V
V
 
T
R
 
A
S
 
S
H
 
S
D
 
D
S
 
T
F
|
F
Y
 
Y
T
 
P
D
 
G
R
x
Q
E
 
E
A
 
-
E
x
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
T
-
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
R
-
 
V
-
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
M
-
 
E
Q
 
E
W
 
W
S
 
Q
A
 
A
R
 
M
G
 
G
I
 
V
L
 
M
G
 
N
A
 
Y
D
x
E
M
|
M
E
|
E
S
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
M
 
L
T
 
T
I
 
M
G
 
C
A
 
A
L
 
S
R
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
R
T
 
A
A
 
G
S
 
M
L
 
V
L
 
A
N
 
G
V
 
V
V
x
I
V
|
V

2hn9A Crystal structure of the uridine phosphorylase from salmonella typhimurium in complex with thymine and phosphate ion at 2.12a resolution
39% identity, 80% coverage: 6:205/249 of query aligns to 8:221/253 of 2hn9A

query
sites
2hn9A
H
 
H
I
 
L
Q
 
G
L
 
L
S
 
T
K
 
K
-
 
N
E
 
D
M
 
L
T
 
Q
G
 
G
A
 
A
R
 
Q
Y
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
V
P
 
P
G
 
G
D
 
D
P
 
P
Q
 
E
R
|
R
V
 
V
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
N
 
A
F
 
L
L
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
Q
 
V
P
 
K
L
 
L
G
 
A
Q
 
S
N
 
H
R
|
R
E
 
E
F
 
F
R
 
T
A
 
S
A
 
W
R
 
R
G
 
A
W
 
E
Y
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
K
E
 
A
I
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
F
 
S
T
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
E
E
 
E
L
 
L
R
 
A
Q
 
Q
I
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
R
T
 
T
L
 
F
I
 
L
R
|
R
I
 
I
G
 
G
S
 
T
C
 
T
G
|
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
D
 
P
N
 
H
L
 
I
A
 
N
L
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
I
 
V
A
 
T
H
 
T
A
 
A
A
 
S
V
 
V
M
 
R
D
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
A
S
 
S
R
 
L
T
 
H
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
M
G
 
E
Y
 
F
P
 
P
A
 
A
C
 
V
A
 
A
D
 
D
P
 
F
Q
 
A
L
 
C
T
 
T
W
 
T
E
 
A
L
 
L
M
 
V
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
S
M
 
I
N
 
G
I
 
A
P
 
T
A
 
T
A
 
H
C
 
V
G
 
G
L
 
V
V
 
T
R
 
A
S
 
S
H
 
S
D
 
D
S
 
T
F
|
F
Y
 
Y
T
 
P
D
 
G
R
x
Q
E
 
E
A
 
-
E
x
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
T
-
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
R
-
 
V
-
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
M
-
 
E
Q
 
E
W
 
W
S
 
Q
A
 
A
R
 
M
G
 
G
I
 
V
L
 
M
G
 
N
A
 
Y
D
 
E
M
 
M
E
 
E
S
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
M
 
L
T
 
T
I
 
M
G
 
C
A
 
A
L
 
S
R
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
R
T
 
A
A
 
G
S
 
M
L
 
V
L
 
A
N
 
G
V
 
V
V
x
I
V
|
V

1y1qC Crystal structure of the uridine phosphorylase from salmonella typhimurium in complex with uridine-5p-monophosphate and sulfate ion at 2.35a resolution
39% identity, 80% coverage: 6:205/249 of query aligns to 5:218/240 of 1y1qC

query
sites
1y1qC
H
 
H
I
 
L
Q
 
G
L
 
L
S
 
T
K
 
K
-
 
N
E
 
D
M
 
L
T
 
Q
G
 
G
A
 
A
R
 
Q
Y
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
V
P
 
P
G
 
G
D
 
D
P
 
P
Q
 
E
R
|
R
V
 
V
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
N
 
A
F
 
L
L
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
Q
 
V
P
 
K
L
 
L
G
 
A
Q
 
S
N
 
H
R
|
R
E
 
E
F
 
F
R
 
T
A
 
S
A
 
W
R
 
R
G
 
A
W
 
E
Y
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
K
E
 
A
I
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
F
 
S
T
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
E
E
 
E
L
 
L
R
 
A
Q
 
Q
I
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
R
T
 
T
L
 
F
I
 
L
R
|
R
I
 
I
G
 
G
S
x
T
C
x
T
G
|
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
D
 
P
N
 
H
L
 
I
A
 
N
L
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
I
 
V
A
 
T
H
 
T
A
 
A
A
 
S
V
 
V
M
 
R
D
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
A
S
 
S
R
 
L
T
 
H
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
M
G
 
E
Y
 
F
P
 
P
A
 
A
C
 
V
A
 
A
D
 
D
P
 
F
Q
 
A
L
 
C
T
 
T
W
 
T
E
 
A
L
 
L
M
 
V
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
S
M
 
I
N
 
G
I
 
A
P
 
T
A
 
T
A
 
H
C
 
V
G
 
G
L
 
V
V
 
T
R
 
A
S
 
S
H
 
S
D
 
D
S
 
T
F
|
F
Y
 
Y
T
 
P
D
 
G
R
x
Q
E
 
E
A
 
-
E
x
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
T
-
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
R
-
 
V
-
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
M
-
 
E
Q
 
E
W
 
W
S
 
Q
A
 
A
R
 
M
G
 
G
I
 
V
L
 
M
G
 
N
A
x
Y
D
x
E
M
|
M
E
 
E
S
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
M
 
L
T
 
T
I
 
M
G
 
C
A
 
A
L
 
S
R
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
R
T
 
A
A
 
G
S
 
M
L
 
V
L
 
A
N
 
G
V
 
V
V
x
I
V
|
V

1zl2B Crystal structure of the uridine phosphorylase from salmonella typhimurium in complex with 2,2'-anhydrouridine and phosphate ion at 1.85a resolution
39% identity, 80% coverage: 6:205/249 of query aligns to 5:218/242 of 1zl2B

query
sites
1zl2B
H
 
H
I
 
L
Q
 
G
L
 
L
S
 
T
K
 
K
-
 
N
E
 
D
M
 
L
T
 
Q
G
 
G
A
 
A
R
 
Q
Y
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
V
P
 
P
G
 
G
D
 
D
P
 
P
Q
 
E
R
|
R
V
 
V
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
N
 
A
F
 
L
L
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
Q
 
V
P
 
K
L
 
L
G
 
A
Q
 
S
N
 
H
R
|
R
E
 
E
F
 
F
R
 
T
A
 
S
A
 
W
R
 
R
G
 
A
W
 
E
Y
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
K
E
 
A
I
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
F
 
S
T
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
E
E
 
E
L
 
L
R
 
A
Q
 
Q
I
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
R
T
 
T
L
 
F
I
 
L
R
|
R
I
 
I
G
 
G
S
x
T
C
x
T
G
 
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
D
 
P
N
 
H
L
 
I
A
 
N
L
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
I
 
V
A
 
T
H
 
T
A
 
A
A
 
S
V
 
V
M
 
R
D
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
A
S
 
S
R
 
L
T
 
H
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
M
G
 
E
Y
 
F
P
 
P
A
 
A
C
 
V
A
 
A
D
 
D
P
 
F
Q
 
A
L
 
C
T
 
T
W
 
T
E
 
A
L
 
L
M
 
V
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
S
M
 
I
N
 
G
I
 
A
P
 
T
A
 
T
A
 
H
C
 
V
G
 
G
L
 
V
V
 
T
R
 
A
S
 
S
H
 
S
D
 
D
S
 
T
F
|
F
Y
 
Y
T
 
P
D
 
G
R
x
Q
E
 
E
A
 
-
E
x
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
T
-
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
R
-
 
V
-
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
M
-
 
E
Q
 
E
W
 
W
S
 
Q
A
 
A
R
 
M
G
 
G
I
 
V
L
 
M
G
 
N
A
 
Y
D
x
E
M
|
M
E
|
E
S
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
M
 
L
T
 
T
I
 
M
G
 
C
A
 
A
L
 
S
R
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
R
T
 
A
A
 
G
S
 
M
L
 
V
L
 
A
N
 
G
V
 
V
V
x
I
V
|
V

1y1rB Crystal structure of the uridine phosphorylase from salmonella typhimurium in complex with inhibitor and phosphate ion at 2.11a resolution
39% identity, 80% coverage: 6:205/249 of query aligns to 5:218/242 of 1y1rB

query
sites
1y1rB
H
|
H
I
 
L
Q
 
G
L
 
L
S
 
T
K
 
K
-
 
N
E
 
D
M
 
L
T
 
Q
G
 
G
A
 
A
R
 
Q
Y
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
Q
 
E
R
|
R
V
 
V
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
N
 
A
F
 
L
L
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
Q
 
V
P
 
K
L
 
L
G
 
A
Q
 
S
N
 
H
R
|
R
E
 
E
F
 
F
R
 
T
A
 
S
A
 
W
R
 
R
G
 
A
W
 
E
Y
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
K
E
 
A
I
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
|
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
F
 
S
T
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
R
 
A
Q
 
Q
I
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
R
T
 
T
L
 
F
I
 
L
R
|
R
I
 
I
G
 
G
S
x
T
C
x
T
G
|
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
D
 
P
N
 
H
L
 
I
A
 
N
L
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
I
 
V
A
 
T
H
 
T
A
 
A
A
 
S
V
 
V
M
 
R
D
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
A
S
 
S
R
 
L
T
 
H
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
M
G
 
E
Y
 
F
P
 
P
A
 
A
C
 
V
A
 
A
D
 
D
P
 
F
Q
 
A
L
 
C
T
 
T
W
 
T
E
 
A
L
 
L
M
 
V
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
S
M
 
I
N
 
G
I
 
A
P
 
T
A
 
T
A
 
H
C
 
V
G
 
G
L
 
V
V
 
T
R
 
A
S
 
S
H
 
S
D
 
D
S
 
T
F
|
F
Y
 
Y
T
 
P
D
 
G
R
x
Q
E
 
E
A
 
-
E
x
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
T
-
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
R
-
 
V
-
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
M
-
 
E
Q
 
E
W
 
W
S
 
Q
A
 
A
R
 
M
G
 
G
I
 
V
L
 
M
G
 
N
A
 
Y
D
x
E
M
|
M
E
|
E
S
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
M
 
L
T
 
T
I
 
M
G
 
C
A
 
A
L
 
S
R
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
R
T
 
A
A
 
G
S
 
M
L
 
V
L
 
A
N
 
G
V
 
V
V
x
I
V
|
V

Sites not aligning to the query:

1u1eA Structure of e. Coli uridine phosphorylase complexed to 5(phenylseleno)acyclouridine (psau) (see paper)
39% identity, 80% coverage: 6:205/249 of query aligns to 8:221/253 of 1u1eA

query
sites
1u1eA
H
|
H
I
 
L
Q
 
G
L
 
L
S
 
T
K
 
K
-
 
N
E
 
D
M
 
L
T
 
Q
G
 
G
A
 
A
R
 
T
Y
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
Q
 
D
R
|
R
V
 
V
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
N
 
A
F
 
L
L
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
Q
 
V
P
 
K
L
 
L
G
 
A
Q
 
S
N
 
H
R
|
R
E
 
E
F
 
F
R
 
T
A
 
T
A
 
W
R
 
R
G
 
A
W
 
E
Y
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
K
E
 
P
I
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
F
 
S
T
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
R
 
A
Q
 
Q
I
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
R
T
 
T
L
 
F
I
 
L
R
|
R
I
 
I
G
|
G
S
x
T
C
x
T
G
|
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
D
 
P
N
 
H
L
 
I
A
 
N
L
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
I
 
V
A
 
T
H
 
T
A
 
A
A
 
S
V
 
V
M
 
R
D
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
A
S
 
S
R
 
L
T
 
H
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
L
G
 
E
Y
 
F
P
 
P
A
 
A
C
 
V
A
 
A
D
 
D
P
 
F
Q
 
E
L
 
C
T
 
T
W
 
T
E
 
A
L
 
L
M
 
V
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
S
M
 
I
N
 
G
I
 
A
P
 
T
A
 
T
A
 
H
C
 
V
G
 
G
L
 
V
V
 
T
R
 
A
S
 
S
H
 
S
D
 
D
S
 
T
F
|
F
Y
 
Y
T
 
P
D
 
G
R
x
Q
E
 
E
A
 
-
E
x
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
T
-
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
R
-
 
V
-
 
V
-
 
R
-
 
H
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
M
-
 
E
Q
 
E
W
 
W
S
 
Q
A
 
A
R
 
M
G
 
G
I
 
V
L
 
M
G
 
N
A
 
Y
D
x
E
M
|
M
E
 
E
S
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
M
 
L
T
 
T
I
 
M
G
 
C
A
 
A
L
 
S
R
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
R
T
 
A
A
 
G
S
 
M
L
 
V
L
 
A
N
 
G
V
 
V
V
x
I
V
|
V

Sites not aligning to the query:

1u1dA Structure of e. Coli uridine phosphorylase complexed to 5- (phenylthio)acyclouridine (ptau) (see paper)
39% identity, 80% coverage: 6:205/249 of query aligns to 8:221/253 of 1u1dA

query
sites
1u1dA
H
|
H
I
 
L
Q
 
G
L
 
L
S
 
T
K
 
K
-
 
N
E
 
D
M
 
L
T
 
Q
G
 
G
A
 
A
R
 
T
Y
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
Q
 
D
R
|
R
V
 
V
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
N
 
A
F
 
L
L
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
Q
 
V
P
 
K
L
 
L
G
 
A
Q
 
S
N
 
H
R
|
R
E
 
E
F
 
F
R
 
T
A
 
T
A
 
W
R
 
R
G
 
A
W
 
E
Y
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
K
E
 
P
I
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
F
 
S
T
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
R
 
A
Q
 
Q
I
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
R
T
 
T
L
 
F
I
 
L
R
|
R
I
 
I
G
|
G
S
x
T
C
x
T
G
|
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
D
 
P
N
 
H
L
 
I
A
 
N
L
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
I
 
V
A
 
T
H
 
T
A
 
A
A
 
S
V
 
V
M
 
R
D
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
A
S
 
S
R
 
L
T
 
H
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
L
G
 
E
Y
 
F
P
 
P
A
 
A
C
 
V
A
 
A
D
 
D
P
 
F
Q
 
E
L
 
C
T
 
T
W
 
T
E
 
A
L
 
L
M
 
V
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
S
M
 
I
N
 
G
I
 
A
P
 
T
A
 
T
A
 
H
C
 
V
G
 
G
L
 
V
V
 
T
R
 
A
S
 
S
H
 
S
D
 
D
S
 
T
F
|
F
Y
 
Y
T
 
P
D
 
G
R
x
Q
E
 
E
A
 
-
E
x
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
T
-
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
R
-
 
V
-
 
V
-
 
R
-
 
H
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
M
-
 
E
Q
 
E
W
 
W
S
 
Q
A
 
A
R
 
M
G
 
G
I
 
V
L
 
M
G
 
N
A
 
Y
D
 
E
M
|
M
E
 
E
S
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
M
 
L
T
 
T
I
 
M
G
 
C
A
 
A
L
 
S
R
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
R
T
 
A
A
 
G
S
 
M
L
 
V
L
 
A
N
 
G
V
 
V
V
x
I
V
|
V

Sites not aligning to the query:

1u1cA Structure of e. Coli uridine phosphorylase complexed to 5- benzylacyclouridine (bau) (see paper)
39% identity, 80% coverage: 6:205/249 of query aligns to 8:221/253 of 1u1cA

query
sites
1u1cA
H
|
H
I
 
L
Q
 
G
L
 
L
S
 
T
K
 
K
-
 
N
E
 
D
M
 
L
T
 
Q
G
 
G
A
 
A
R
 
T
Y
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
Q
 
D
R
|
R
V
 
V
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
N
 
A
F
 
L
L
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
Q
 
V
P
 
K
L
 
L
G
 
A
Q
 
S
N
 
H
R
|
R
E
 
E
F
 
F
R
 
T
A
 
T
A
 
W
R
 
R
G
 
A
W
 
E
Y
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
K
E
 
P
I
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
F
 
S
T
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
R
 
A
Q
 
Q
I
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
R
T
 
T
L
 
F
I
 
L
R
|
R
I
 
I
G
|
G
S
x
T
C
x
T
G
|
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
D
 
P
N
 
H
L
 
I
A
 
N
L
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
I
 
V
A
 
T
H
 
T
A
 
A
A
 
S
V
 
V
M
 
R
D
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
A
S
 
S
R
 
L
T
 
H
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
L
G
 
E
Y
 
F
P
 
P
A
 
A
C
 
V
A
 
A
D
 
D
P
 
F
Q
 
E
L
 
C
T
 
T
W
 
T
E
 
A
L
 
L
M
 
V
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
S
M
 
I
N
 
G
I
 
A
P
 
T
A
 
T
A
 
H
C
 
V
G
 
G
L
 
V
V
 
T
R
 
A
S
 
S
H
 
S
D
 
D
S
 
T
F
|
F
Y
 
Y
T
 
P
D
 
G
R
x
Q
E
 
E
A
 
-
E
x
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
T
-
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
R
-
 
V
-
 
V
-
 
R
-
 
H
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
M
-
 
E
Q
 
E
W
 
W
S
 
Q
A
 
A
R
 
M
G
 
G
I
 
V
L
 
M
G
 
N
A
 
Y
D
x
E
M
 
M
E
|
E
S
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
M
 
L
T
 
T
I
 
M
G
 
C
A
 
A
L
 
S
R
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
R
T
 
A
A
 
G
S
 
M
L
 
V
L
 
A
N
 
G
V
 
V
V
x
I
V
|
V

Sites not aligning to the query:

P12758 Uridine phosphorylase; UPase; UrdPase; EC 2.4.2.3 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
39% identity, 80% coverage: 6:205/249 of query aligns to 8:221/253 of P12758

query
sites
P12758
H
 
H
I
 
L
Q
 
G
L
 
L
S
 
T
K
 
K
-
 
N
E
 
D
M
 
L
T
 
Q
G
 
G
A
 
A
R
 
T
Y
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
V
P
 
P
G
 
G
D
 
D
P
 
P
Q
 
D
R
 
R
V
 
V
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
N
 
A
F
 
L
L
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
Q
 
V
P
 
K
L
 
L
G
 
A
Q
 
S
N
 
H
R
 
R
E
 
E
F
 
F
R
 
T
A
 
T
A
 
W
R
 
R
G
 
A
W
 
E
Y
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
K
E
 
P
I
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
F
 
S
T
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
E
E
 
E
L
 
L
R
 
A
Q
 
Q
I
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
R
T
 
T
L
 
F
I
 
L
R
 
R
I
 
I
G
 
G
S
 
T
C
 
T
G
 
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
D
 
P
N
 
H
L
 
I
A
 
N
L
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
I
 
V
A
 
T
H
 
T
A
 
A
A
 
S
V
 
V
M
 
R
D
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
A
S
 
S
R
 
L
T
 
H
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
L
G
 
E
Y
 
F
P
 
P
A
 
A
C
 
V
A
 
A
D
 
D
P
 
F
Q
 
E
L
 
C
T
 
T
W
 
T
E
 
A
L
 
L
M
 
V
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
S
M
 
I
N
 
G
I
 
A
P
 
T
A
 
T
A
 
H
C
 
V
G
 
G
L
 
V
V
 
T
R
 
A
S
 
S
H
 
S
D
 
D
S
 
T
F
 
F
Y
 
Y
T
 
P
D
 
G
R
 
Q
E
 
E
A
 
-
E
 
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
T
-
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
R
-
 
V
-
 
V
-
 
R
-
 
H
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
M
-
 
E
Q
 
E
W
 
W
S
 
Q
A
 
A
R
 
M
G
 
G
I
 
V
L
 
M
G
 
N
A
 
Y
D
 
E
M
 
M
E
 
E
S
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
M
 
L
T
 
T
I
 
M
G
 
C
A
 
A
L
 
S
R
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
R
T
 
A
A
 
G
S
 
M
L
 
V
L
 
A
N
 
G
V
 
V
V
 
I
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1u1gA Structure of e. Coli uridine phosphorylase complexed to 5-(m- (benzyloxy)benzyl)barbituric acid (bbba) (see paper)
39% identity, 80% coverage: 6:205/249 of query aligns to 5:218/245 of 1u1gA

query
sites
1u1gA
H
|
H
I
 
L
Q
 
G
L
 
L
S
 
T
K
 
K
-
 
N
E
 
D
M
 
L
T
 
Q
G
 
G
A
 
A
R
 
T
Y
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
Q
 
D
R
|
R
V
 
V
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
N
 
A
F
 
L
L
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
Q
 
V
P
 
K
L
 
L
G
 
A
Q
 
S
N
 
H
R
|
R
E
 
E
F
 
F
R
 
T
A
 
T
A
 
W
R
 
R
G
 
A
W
 
E
Y
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
K
E
 
P
I
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
F
 
S
T
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
R
 
A
Q
 
Q
I
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
R
T
 
T
L
 
F
I
 
L
R
|
R
I
 
I
G
 
G
S
x
T
C
x
T
G
 
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
D
 
P
N
 
H
L
 
I
A
 
N
L
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
I
 
V
A
 
T
H
 
T
A
 
A
A
 
S
V
 
V
M
 
R
D
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
A
S
 
S
R
 
L
T
 
H
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
L
G
 
E
Y
 
F
P
 
P
A
 
A
C
 
V
A
 
A
D
 
D
P
 
F
Q
 
E
L
 
C
T
 
T
W
 
T
E
 
A
L
 
L
M
 
V
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
S
M
 
I
N
 
G
I
 
A
P
 
T
A
 
T
A
 
H
C
 
V
G
 
G
L
 
V
V
 
T
R
 
A
S
 
S
H
 
S
D
 
D
S
 
T
F
|
F
Y
 
Y
T
 
P
D
 
G
R
x
Q
E
 
E
A
 
-
E
x
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
T
-
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
R
-
 
V
-
 
V
-
 
R
-
 
H
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
M
-
 
E
Q
 
E
W
 
W
S
 
Q
A
 
A
R
 
M
G
 
G
I
 
V
L
 
M
G
 
N
A
 
Y
D
 
E
M
|
M
E
 
E
S
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
M
 
L
T
 
T
I
 
M
G
 
C
A
 
A
L
 
S
R
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
R
T
 
A
A
 
G
S
 
M
L
 
V
L
 
A
N
 
G
V
 
V
V
x
I
V
|
V

Sites not aligning to the query:

3kvvA Trapping of an oxocarbenium ion intermediate in up crystals (see paper)
39% identity, 80% coverage: 6:205/249 of query aligns to 5:218/243 of 3kvvA

query
sites
3kvvA
H
|
H
I
 
L
Q
 
G
L
 
L
S
 
T
K
 
K
-
 
N
E
 
D
M
 
L
T
 
Q
G
 
G
A
 
A
R
 
T
Y
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
Q
 
D
R
|
R
V
 
V
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
N
 
A
F
 
L
L
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
Q
 
V
P
 
K
L
 
L
G
 
A
Q
 
S
N
 
H
R
|
R
E
 
E
F
 
F
R
 
T
A
 
T
A
 
W
R
 
R
G
 
A
W
 
E
Y
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
K
E
 
P
I
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
F
 
S
T
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
R
 
A
Q
 
Q
I
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
R
T
 
T
L
 
F
I
 
L
R
|
R
I
 
I
G
|
G
S
x
T
C
x
T
G
|
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
D
 
P
N
 
H
L
 
I
A
 
N
L
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
I
 
V
A
 
T
H
 
T
A
 
A
A
 
S
V
 
V
M
 
R
D
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
A
S
 
S
R
 
L
T
 
H
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
L
G
 
E
Y
 
F
P
 
P
A
 
A
C
 
V
A
 
A
D
 
D
P
 
F
Q
 
E
L
 
C
T
 
T
W
 
T
E
 
A
L
 
L
M
 
V
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
S
M
 
I
N
 
G
I
 
A
P
 
T
A
 
T
A
 
H
C
 
V
G
 
G
L
 
V
V
 
T
R
 
A
S
 
S
H
 
S
D
 
D
S
 
T
F
|
F
Y
 
Y
T
 
P
D
 
G
R
x
Q
E
 
E
A
 
-
E
x
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
T
-
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
R
-
 
V
-
 
V
-
 
R
-
 
H
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
M
-
 
E
Q
 
E
W
 
W
S
 
Q
A
 
A
R
 
M
G
 
G
I
 
V
L
 
M
G
 
N
A
 
Y
D
x
E
M
|
M
E
|
E
S
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
M
 
L
T
 
T
I
 
M
G
 
C
A
 
A
L
 
S
R
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
R
T
 
A
A
 
G
S
 
M
L
 
V
L
 
A
N
 
G
V
 
V
V
x
I
V
|
V

Sites not aligning to the query:

1u1fA Structure of e. Coli uridine phosphorylase complexed to 5-(m- (benzyloxy)benzyl)acyclouridine (bbau) (see paper)
39% identity, 80% coverage: 6:205/249 of query aligns to 5:218/243 of 1u1fA

query
sites
1u1fA
H
|
H
I
 
L
Q
 
G
L
 
L
S
 
T
K
 
K
-
 
N
E
 
D
M
 
L
T
 
Q
G
 
G
A
 
A
R
 
T
Y
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
Q
 
D
R
|
R
V
 
V
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
N
 
A
F
 
L
L
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
Q
 
V
P
 
K
L
 
L
G
 
A
Q
 
S
N
 
H
R
|
R
E
 
E
F
 
F
R
 
T
A
 
T
A
 
W
R
 
R
G
 
A
W
 
E
Y
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
K
E
 
P
I
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
F
 
S
T
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
R
 
A
Q
 
Q
I
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
R
T
 
T
L
 
F
I
 
L
R
|
R
I
 
I
G
|
G
S
x
T
C
x
T
G
|
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
D
 
P
N
 
H
L
 
I
A
 
N
L
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
I
 
V
A
 
T
H
 
T
A
 
A
A
 
S
V
 
V
M
 
R
D
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
A
S
 
S
R
 
L
T
 
H
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
L
G
 
E
Y
 
F
P
 
P
A
 
A
C
 
V
A
 
A
D
 
D
P
 
F
Q
 
E
L
 
C
T
 
T
W
 
T
E
 
A
L
 
L
M
 
V
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
S
M
 
I
N
 
G
I
 
A
P
 
T
A
 
T
A
 
H
C
 
V
G
 
G
L
 
V
V
 
T
R
 
A
S
 
S
H
 
S
D
 
D
S
 
T
F
|
F
Y
 
Y
T
 
P
D
 
G
R
x
Q
E
 
E
A
 
-
E
x
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
T
-
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
R
-
 
V
-
 
V
-
 
R
-
 
H
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
M
-
 
E
Q
 
E
W
 
W
S
 
Q
A
 
A
R
 
M
G
 
G
I
 
V
L
 
M
G
 
N
A
 
Y
D
x
E
M
|
M
E
 
E
S
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
M
 
L
T
 
T
I
 
M
G
 
C
A
 
A
L
 
S
R
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
R
T
 
A
A
 
G
S
 
M
L
 
V
L
 
A
N
 
G
V
 
V
V
x
I
V
|
V

Sites not aligning to the query:

1tgyA Structure of e. Coli uridine phosphorylase complexed with uracil and ribose 1-phosphate
39% identity, 80% coverage: 6:205/249 of query aligns to 5:218/250 of 1tgyA

query
sites
1tgyA
H
|
H
I
 
L
Q
 
G
L
 
L
S
 
T
K
 
K
-
 
N
E
 
D
M
 
L
T
 
Q
G
 
G
A
 
A
R
 
T
Y
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
Q
 
D
R
|
R
V
 
V
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
N
 
A
F
 
L
L
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
Q
 
V
P
 
K
L
 
L
G
 
A
Q
 
S
N
 
H
R
|
R
E
 
E
F
 
F
R
 
T
A
 
T
A
 
W
R
 
R
G
 
A
W
 
E
Y
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
K
E
 
P
I
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
F
 
S
T
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
R
 
A
Q
 
Q
I
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
R
T
 
T
L
 
F
I
 
L
R
|
R
I
 
I
G
 
G
S
x
T
C
 
T
G
|
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
D
 
P
N
 
H
L
 
I
A
 
N
L
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
I
 
V
A
 
T
H
 
T
A
 
A
A
 
S
V
 
V
M
 
R
D
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
A
S
 
S
R
 
L
T
 
H
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
L
G
 
E
Y
 
F
P
 
P
A
 
A
C
 
V
A
 
A
D
 
D
P
 
F
Q
 
E
L
 
C
T
 
T
W
 
T
E
 
A
L
 
L
M
 
V
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
S
M
 
I
N
 
G
I
 
A
P
 
T
A
 
T
A
 
H
C
 
V
G
 
G
L
 
V
V
 
T
R
 
A
S
 
S
H
 
S
D
 
D
S
 
T
F
|
F
Y
 
Y
T
 
P
D
 
G
R
x
Q
E
 
E
A
 
-
E
x
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
T
-
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
R
-
 
V
-
 
V
-
 
R
-
 
H
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
M
-
 
E
Q
 
E
W
 
W
S
 
Q
A
 
A
R
 
M
G
 
G
I
 
V
L
 
M
G
 
N
A
 
Y
D
 
E
M
|
M
E
|
E
S
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
M
 
L
T
 
T
I
 
M
G
 
C
A
 
A
L
 
S
R
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
R
T
 
A
A
 
G
S
 
M
L
 
V
L
 
A
N
 
G
V
 
V
V
x
I
V
|
V

Sites not aligning to the query:

1rxcJ E. Coli uridine phosphorylase: 5-fluorouracil ribose-1-phosphate complex (see paper)
39% identity, 80% coverage: 6:205/249 of query aligns to 5:218/250 of 1rxcJ

query
sites
1rxcJ
H
|
H
I
 
L
Q
 
G
L
 
L
S
 
T
K
 
K
-
 
N
E
 
D
M
 
L
T
 
Q
G
 
G
A
 
A
R
 
T
Y
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
Q
 
D
R
|
R
V
 
V
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
N
 
A
F
 
L
L
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
Q
 
V
P
 
K
L
 
L
G
 
A
Q
 
S
N
 
H
R
|
R
E
|
E
F
 
F
R
 
T
A
 
T
A
 
W
R
 
R
G
 
A
W
 
E
Y
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
K
E
 
P
I
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
C
S
 
S
T
 
T
G
|
G
I
|
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
F
x
S
T
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
R
 
A
Q
 
Q
I
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
R
T
 
T
L
 
F
I
 
L
R
|
R
I
 
I
G
|
G
S
x
T
C
x
T
G
|
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
D
 
P
N
 
H
L
 
I
A
 
N
L
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
I
 
V
A
 
T
H
 
T
A
 
A
A
 
S
V
 
V
M
 
R
D
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
A
S
 
S
R
 
L
T
 
H
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
L
G
 
E
Y
 
F
P
 
P
A
 
A
C
 
V
A
 
A
D
 
D
P
 
F
Q
 
E
L
 
C
T
 
T
W
 
T
E
 
A
L
 
L
M
 
V
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
S
M
 
I
N
 
G
I
 
A
P
 
T
A
 
T
A
 
H
C
 
V
G
 
G
L
 
V
V
 
T
R
 
A
S
 
S
H
 
S
D
 
D
S
 
T
F
|
F
Y
 
Y
T
 
P
D
 
G
R
x
Q
E
 
E
A
 
-
E
x
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
T
-
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
R
-
 
V
-
 
V
-
 
R
-
 
H
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
M
-
 
E
Q
 
E
W
 
W
S
 
Q
A
 
A
R
 
M
G
 
G
I
 
V
L
 
M
G
 
N
A
 
Y
D
x
E
M
|
M
E
|
E
S
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
M
 
L
T
 
T
I
 
M
G
 
C
A
 
A
L
 
S
R
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
R
T
 
A
A
 
G
S
 
M
L
 
V
L
 
A
N
 
G
V
 
V
V
x
I
V
|
V

Sites not aligning to the query:

1rxcB E. Coli uridine phosphorylase: 5-fluorouracil ribose-1-phosphate complex (see paper)
39% identity, 80% coverage: 6:205/249 of query aligns to 5:218/250 of 1rxcB

query
sites
1rxcB
H
|
H
I
 
L
Q
 
G
L
 
L
S
 
T
K
 
K
-
 
N
E
 
D
M
 
L
T
 
Q
G
 
G
A
 
A
R
 
T
Y
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
Q
 
D
R
|
R
V
 
V
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
N
 
A
F
 
L
L
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
Q
 
V
P
 
K
L
 
L
G
 
A
Q
 
S
N
 
H
R
|
R
E
|
E
F
 
F
R
 
T
A
 
T
A
 
W
R
 
R
G
 
A
W
 
E
Y
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
K
E
 
P
I
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
C
S
 
S
T
 
T
G
|
G
I
|
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
F
x
S
T
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
R
 
A
Q
 
Q
I
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
R
T
 
T
L
 
F
I
 
L
R
|
R
I
 
I
G
 
G
S
x
T
C
x
T
G
|
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
D
 
P
N
 
H
L
 
I
A
 
N
L
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
I
 
V
A
 
T
H
 
T
A
 
A
A
 
S
V
 
V
M
 
R
D
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
A
S
 
S
R
 
L
T
 
H
Y
 
F