SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing BWI76_RS03740 BWI76_RS03740 hypothetical protein to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 8 hits to proteins with known functional sites (download)

Q5U925 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase activator; EC 3.-.-.- from Clostridioides difficile (Peptoclostridium difficile) (see paper)
41% identity, 95% coverage: 4:246/255 of query aligns to 3:250/266 of Q5U925

query
sites
Q5U925
T
 
T
V
 
M
G
 
G
I
 
L
D
 
D
S
 
I
G
 
G
S
|
S
T
|
T
A
|
A
T
x
S
K
|
K
G
 
G
I
 
V
L
 
I
L
 
L
A
 
K
D
 
N
G
 
G
-
 
E
-
 
D
-
 
I
V
 
V
I
 
A
Q
 
S
R
 
E
R
 
T
F
 
I
L
 
S
C
 
S
P
 
G
T
 
T
P
 
G
F
 
T
R
 
T
P
 
G
A
 
P
D
 
S
A
 
R
I
 
V
V
 
L
E
 
E
A
 
K
W
 
L
E
 
Y
T
 
G
L
 
-
R
 
K
A
 
T
G
 
G
L
 
L
S
 
A
E
 
R
R
 
E
P
 
D
F
 
I
-
 
K
-
 
K
L
 
V
T
 
V
L
 
V
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
Q
 
M
L
 
N
V
 
Y
D
 
S
F
 
D
A
 
A
D
 
D
K
 
K
Q
 
Q
V
 
I
T
 
S
E
 
E
I
 
L
S
 
S
C
 
C
H
 
H
G
 
A
L
 
R
G
 
G
A
 
V
R
 
N
L
 
F
L
 
I
A
 
I
P
 
P
Q
 
E
T
 
T
R
 
R
T
 
T
V
 
I
I
 
I
D
 
D
I
 
I
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
D
|
D
S
 
A
K
 
K
V
 
V
I
 
L
Q
 
K
L
 
L
D
 
D
D
 
N
A
 
N
G
 
G
N
 
R
L
 
L
T
 
L
D
 
N
F
 
F
L
 
L
M
 
M
N
 
N
D
 
D
K
 
K
C
|
C
A
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
T
G
 
G
R
 
R
F
 
F
L
 
L
E
x
D
V
 
V
I
 
M
S
 
A
R
 
K
T
 
I
L
 
I
G
 
E
A
 
V
S
 
D
V
 
V
D
 
S
Q
 
E
L
 
L
D
 
G
S
 
S
I
 
I
T
 
S
E
 
M
G
 
N
V
 
S
E
 
Q
P
 
N
H
 
E
-
 
V
A
 
S
I
 
I
T
 
S
S
 
S
M
 
T
C
|
C
T
 
T
V
 
V
F
 
F
A
 
A
E
 
E
S
 
S
E
 
E
V
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
H
R
 
L
S
 
S
A
 
E
G
 
N
V
 
A
P
 
K
P
 
I
E
 
E
A
 
D
I
 
I
L
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
I
I
 
H
N
 
T
A
 
S
M
 
V
A
 
A
R
 
K
R
 
R
S
 
V
A
 
S
N
 
S
F
 
L
I
 
V
G
 
K
R
 
R
L
 
I
S
 
G
A
 
V
Q
 
Q
G
 
R
P
 
N
L
 
V
L
 
V
F
 
M
T
 
V
G
 
G
G
|
G
V
 
V
S
 
A
R
 
R
C
 
N
A
 
S
A
 
G
F
 
I
A
 
V
R
 
R
R
 
A
L
 
M
E
 
A
E
 
R
H
 
E
V
 
I
G
 
N
M
 
T
A
 
E
V
 
I
Q
 
I
T
 
V
H
 
P
P
 
D
D
 
I
A
 
P
Q
|
Q
F
 
L
A
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
L
 
L

4ehuA Activator of the 2-hydroxyisocaproyl-coa dehydratase from clostridium difficile with bound adpnp (see paper)
41% identity, 95% coverage: 4:246/255 of query aligns to 3:250/268 of 4ehuA

query
sites
4ehuA
T
 
T
V
 
M
G
 
G
I
 
L
D
 
D
S
 
I
G
|
G
S
|
S
T
|
T
A
|
A
T
 
S
K
|
K
G
 
G
I
 
V
L
 
I
L
 
L
A
 
K
D
 
N
G
 
G
-
 
E
-
 
D
-
 
I
V
 
V
I
 
A
Q
 
S
R
 
E
R
 
T
F
 
I
L
 
S
C
 
S
P
 
G
T
 
T
P
 
G
F
 
T
R
 
T
P
 
G
A
 
P
D
 
S
A
 
R
I
 
V
V
 
L
E
 
E
A
 
K
W
 
L
E
 
Y
T
 
G
L
 
-
R
 
K
A
 
T
G
 
G
L
 
L
S
 
A
E
 
R
R
 
E
P
 
D
F
 
I
-
 
K
-
 
K
L
 
V
T
 
V
L
 
V
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
Q
 
M
L
 
N
V
 
Y
D
 
S
F
 
D
A
 
A
D
 
D
K
 
K
Q
 
Q
V
 
I
T
 
S
E
 
E
I
 
L
S
 
S
C
 
C
H
 
H
G
 
A
L
 
R
G
 
G
A
 
V
R
 
N
L
 
F
L
 
I
A
 
I
P
 
P
Q
 
E
T
 
T
R
 
R
T
 
T
V
 
I
I
 
I
D
 
D
I
 
I
G
|
G
G
|
G
Q
|
Q
D
 
D
S
 
A
K
 
K
V
 
V
I
 
L
Q
 
K
L
 
L
D
 
D
D
 
N
A
 
N
G
 
G
N
 
R
L
 
L
T
 
L
D
 
N
F
 
F
L
 
L
M
 
M
N
 
N
D
 
D
K
 
K
C
|
C
A
|
A
A
 
A
G
 
G
T
 
T
G
|
G
R
 
R
F
 
F
L
 
L
E
x
D
V
 
V
I
 
M
S
 
A
R
 
K
T
 
I
L
 
I
G
 
E
A
 
V
S
 
D
V
 
V
D
x
S
Q
 
E
L
 
L
D
 
G
S
 
S
I
 
I
T
x
S
E
 
M
G
 
N
V
 
S
E
 
Q
P
 
N
H
 
E
-
 
V
A
 
S
I
 
I
T
 
S
S
 
S
M
 
T
C
|
C
T
|
T
V
 
V
F
 
F
A
 
A
E
 
E
S
 
S
E
 
E
V
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
H
R
 
L
S
 
S
A
 
E
G
 
N
V
 
A
P
 
K
P
 
I
E
 
E
A
 
D
I
 
I
L
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
I
I
 
H
N
 
T
A
 
S
M
 
V
A
 
A
R
 
K
R
 
R
S
 
V
A
 
S
N
 
S
F
 
L
I
 
V
G
 
K
R
 
R
L
 
I
S
 
G
A
 
V
Q
 
Q
G
 
R
P
 
N
L
 
V
L
 
V
F
 
M
T
 
V
G
|
G
G
|
G
V
 
V
S
 
A
R
|
R
C
x
N
A
 
S
A
 
G
F
 
I
A
 
V
R
|
R
R
 
A
L
 
M
E
 
A
E
 
R
H
 
E
V
 
I
G
 
N
M
 
T
A
 
E
V
 
I
Q
 
I
T
 
V
H
 
P
P
 
D
D
 
I
A
 
P
Q
|
Q
F
 
L
A
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
L
 
L

4ehtA Activator of the 2-hydroxyisocaproyl-coa dehydratase from clostridium difficile with bound adp (see paper)
41% identity, 95% coverage: 4:246/255 of query aligns to 3:250/268 of 4ehtA

query
sites
4ehtA
T
 
T
V
 
M
G
 
G
I
 
L
D
 
D
S
 
I
G
|
G
S
 
S
T
|
T
A
|
A
T
 
S
K
|
K
G
 
G
I
 
V
L
 
I
L
 
L
A
 
K
D
 
N
G
 
G
-
 
E
-
 
D
-
 
I
V
 
V
I
 
A
Q
 
S
R
 
E
R
 
T
F
 
I
L
 
S
C
 
S
P
 
G
T
 
T
P
 
G
F
 
T
R
 
T
P
 
G
A
 
P
D
 
S
A
 
R
I
 
V
V
 
L
E
 
E
A
 
K
W
 
L
E
 
Y
T
 
G
L
 
-
R
 
K
A
 
T
G
 
G
L
 
L
S
 
A
E
 
R
R
 
E
P
 
D
F
 
I
-
 
K
-
 
K
L
 
V
T
 
V
L
 
V
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
Q
 
M
L
 
N
V
 
Y
D
 
S
F
 
D
A
 
A
D
 
D
K
 
K
Q
 
Q
V
 
I
T
 
S
E
 
E
I
 
L
S
|
S
C
 
C
H
 
H
G
 
A
L
 
R
G
 
G
A
 
V
R
 
N
L
 
F
L
 
I
A
 
I
P
 
P
Q
 
E
T
 
T
R
 
R
T
 
T
V
 
I
I
 
I
D
 
D
I
 
I
G
|
G
G
|
G
Q
 
Q
D
 
D
S
 
A
K
 
K
V
 
V
I
 
L
Q
 
K
L
 
L
D
 
D
D
 
N
A
 
N
G
 
G
N
 
R
L
|
L
T
 
L
D
 
N
F
 
F
L
 
L
M
 
M
N
 
N
D
 
D
K
 
K
C
|
C
A
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
T
G
 
G
R
 
R
F
 
F
L
 
L
E
x
D
V
 
V
I
 
M
S
 
A
R
 
K
T
 
I
L
 
I
G
 
E
A
 
V
S
 
D
V
|
V
D
 
S
Q
 
E
L
 
L
D
 
G
S
 
S
I
 
I
T
x
S
E
 
M
G
 
N
V
 
S
E
 
Q
P
 
N
H
 
E
-
 
V
A
 
S
I
 
I
T
 
S
S
 
S
M
 
T
C
|
C
T
|
T
V
 
V
F
 
F
A
 
A
E
 
E
S
 
S
E
 
E
V
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
H
R
 
L
S
 
S
A
 
E
G
 
N
V
 
A
P
 
K
P
 
I
E
 
E
A
 
D
I
 
I
L
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
I
I
 
H
N
 
T
A
 
S
M
 
V
A
 
A
R
 
K
R
 
R
S
 
V
A
 
S
N
 
S
F
 
L
I
 
V
G
 
K
R
 
R
L
 
I
S
 
G
A
 
V
Q
 
Q
G
 
R
P
 
N
L
 
V
L
 
V
F
 
M
T
 
V
G
 
G
G
|
G
V
 
V
S
 
A
R
|
R
C
 
N
A
 
S
A
 
G
F
 
I
A
 
V
R
|
R
R
 
A
L
 
M
E
 
A
E
 
R
H
 
E
V
 
I
G
 
N
M
 
T
A
 
E
V
 
I
Q
 
I
T
 
V
H
 
P
P
 
D
D
 
I
A
 
P
Q
|
Q
F
 
L
A
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
L
 
L

P11568 (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activating ATPase; (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activase; (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase, component A; ATP-coupled electron transfer protein HgdC; Activator of (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase; EC 3.6.1.- from Acidaminococcus fermentans (strain ATCC 25085 / DSM 20731 / CCUG 9996 / CIP 106432 / VR4) (see 2 papers)
43% identity, 94% coverage: 4:243/255 of query aligns to 5:249/260 of P11568

query
sites
P11568
T
 
T
V
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
D
S
 
V
G
 
G
S
|
S
T
|
T
A
|
A
T
x
S
K
|
K
G
 
C
I
 
I
L
 
I
L
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
-
 
K
-
 
E
V
 
I
I
 
V
Q
 
A
R
 
K
R
 
S
F
 
L
L
 
V
C
 
A
-
 
V
-
 
G
P
 
T
T
 
G
P
 
T
F
 
S
R
 
G
P
 
P
A
 
A
D
 
R
A
 
S
I
 
I
V
 
S
E
 
E
A
 
V
W
 
L
E
 
E
T
 
N
L
 
A
R
 
H
A
 
M
G
 
K
L
 
K
S
 
E
E
 
D
R
 
M
P
 
A
F
 
F
L
 
T
T
 
L
L
 
A
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
Q
 
N
-
 
S
L
 
L
V
 
E
D
 
G
F
 
I
A
 
A
D
 
D
K
 
K
Q
 
Q
V
 
M
T
 
S
E
 
E
I
 
L
S
 
S
C
 
C
H
 
H
G
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
R
 
S
L
 
F
L
 
I
A
 
W
P
 
P
Q
 
N
T
 
V
R
 
H
T
 
T
V
 
V
I
 
I
D
 
D
I
 
I
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
S
 
V
K
 
K
V
 
V
I
 
I
Q
 
H
L
 
V
D
 
E
D
 
N
A
 
-
G
 
G
N
 
T
L
 
M
T
 
T
D
 
N
F
 
F
L
 
Q
M
 
M
N
 
N
D
 
D
K
 
K
C
|
C
A
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
T
G
 
G
R
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
D
V
 
V
I
 
M
S
 
A
R
 
N
T
 
I
L
 
L
G
 
E
A
 
V
S
 
K
V
 
V
D
 
S
Q
 
D
L
 
L
D
 
A
S
 
E
I
 
L
-
 
G
T
 
A
E
 
K
G
 
S
V
 
T
E
 
K
P
 
R
H
 
V
A
 
A
I
 
I
T
 
S
S
 
S
M
 
T
C
|
C
T
 
T
V
 
V
F
 
F
A
 
A
E
 
E
S
 
S
E
 
E
V
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
Q
R
 
L
S
 
S
A
 
K
G
 
G
V
 
T
P
 
D
P
 
K
E
 
I
A
 
D
I
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
I
I
 
H
N
 
R
A
 
S
M
 
V
A
 
A
R
 
S
R
 
R
S
 
V
A
 
I
N
 
G
F
 
L
I
 
A
G
 
N
R
 
R
L
 
V
S
 
G
A
 
I
Q
 
V
G
 
K
P
 
D
L
 
V
L
 
V
F
 
M
T
 
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
S
 
A
R
x
Q
C
 
N
A
 
Y
A
 
G
F
 
V
A
 
R
R
 
G
R
 
A
L
 
L
E
 
E
E
 
E
H
 
G
V
 
L
G
 
G
M
 
V
A
 
E
V
 
I
Q
 
K
T
 
T
H
 
S
P
 
P
D
 
L
A
 
A
Q
|
Q
F
 
Y
A
 
N
G
 
G
A
 
A
I
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1huxA Crystal structure of the acidaminococcus fermentans (r)-2- hydroxyglutaryl-coa dehydratase component a (see paper)
43% identity, 94% coverage: 4:243/255 of query aligns to 4:248/259 of 1huxA

query
sites
1huxA
T
 
T
V
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
D
S
 
V
G
|
G
S
|
S
T
|
T
A
 
A
T
 
S
K
|
K
G
 
C
I
 
I
L
 
I
L
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
-
 
K
-
 
E
V
 
I
I
 
V
Q
 
A
R
 
K
R
 
S
F
 
L
L
 
V
C
 
A
-
 
V
-
 
G
P
 
T
T
 
G
P
 
T
F
 
S
R
 
G
P
 
P
A
 
A
D
 
R
A
 
S
I
 
I
V
 
S
E
 
E
A
 
V
W
 
L
E
 
E
T
 
N
L
 
A
R
 
H
A
 
M
G
 
K
L
 
K
S
 
E
E
 
D
R
 
M
P
 
A
F
 
F
L
 
T
T
 
L
L
 
A
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
Q
 
N
-
 
S
L
 
L
V
 
E
D
 
G
F
 
I
A
 
A
D
 
D
K
 
K
Q
 
Q
V
 
M
T
 
S
E
 
E
I
 
L
S
 
S
C
 
C
H
 
H
G
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
R
 
S
L
 
F
L
 
I
A
 
W
P
 
P
Q
 
N
T
 
V
R
 
H
T
 
T
V
 
V
I
 
I
D
 
D
I
 
I
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
S
 
V
K
 
K
V
 
V
I
 
I
Q
 
H
L
 
V
D
 
E
D
 
N
A
 
-
G
 
G
N
 
T
L
 
M
T
 
T
D
 
N
F
 
F
L
 
Q
M
 
M
N
 
N
D
 
D
K
 
K
C
|
C
A
|
A
A
 
A
G
 
G
T
 
T
G
 
G
R
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
D
V
 
V
I
 
M
S
 
A
R
 
N
T
 
I
L
 
L
G
 
E
A
 
V
S
 
K
V
 
V
D
x
S
Q
 
D
L
 
L
D
 
A
S
 
E
I
 
L
-
 
G
T
 
A
E
 
K
G
 
S
V
 
T
E
 
K
P
 
R
H
 
V
A
 
A
I
 
I
T
 
S
S
 
S
M
 
T
C
|
C
T
|
T
V
 
V
F
 
F
A
 
A
E
 
E
S
 
S
E
 
E
V
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
Q
R
 
L
S
 
S
A
 
K
G
 
G
V
 
T
P
 
D
P
 
K
E
 
I
A
 
D
I
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
I
I
 
H
N
 
R
A
 
S
M
 
V
A
 
A
R
 
S
R
 
R
S
 
V
A
 
I
N
 
G
F
 
L
I
 
A
G
 
N
R
 
R
L
 
V
S
 
G
A
 
I
Q
 
V
G
 
K
P
 
D
L
 
V
L
 
V
F
 
M
T
 
T
G
 
G
G
|
G
V
|
V
S
 
A
R
x
Q
C
 
N
A
 
Y
A
 
G
F
 
V
A
 
R
R
 
G
R
 
A
L
 
L
E
 
E
E
 
E
H
 
G
V
 
L
G
 
G
M
 
V
A
 
E
V
 
I
Q
 
K
T
 
T
H
 
S
P
 
P
D
 
L
A
 
A
Q
|
Q
F
 
Y
A
 
N
G
 
G
A
 
A
I
 
L
G
 
G

7yzqE Mgadp-alf4-bound dccp:dccp-r complex (see paper)
41% identity, 95% coverage: 6:247/255 of query aligns to 4:239/243 of 7yzqE

query
sites
7yzqE
G
 
G
I
 
L
D
 
D
S
 
L
G
|
G
S
|
S
T
|
T
A
x
N
T
 
S
K
|
K
G
 
L
I
 
V
L
 
I
L
 
I
A
 
K
D
 
E
G
 
D
V
 
G
I
 
S
Q
 
Y
R
 
T
R
 
F
F
 
K
L
 
V
C
 
V
P
 
P
T
 
T
P
 
R
F
 
Y
R
 
E
P
 
P
A
 
-
D
 
-
A
 
-
I
 
-
V
 
V
E
 
K
A
 
A
W
 
G
E
 
E
T
 
L
L
 
L
R
 
L
A
 
K
G
 
N
L
 
T
S
 
G
E
 
E
R
 
I
P
 
R
F
 
N
L
 
L
T
 
V
L
 
V
T
 
T
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
R
 
R
Q
 
V
L
 
A
V
 
F
D
 
N
F
 
-
A
 
R
D
 
G
K
 
K
Q
 
V
V
 
V
T
 
T
E
 
E
I
 
I
S
 
T
C
 
C
H
 
Q
G
 
A
L
 
R
G
 
G
A
 
C
R
 
H
L
 
E
L
 
L
A
 
F
P
 
P
Q
 
E
T
 
V
R
 
D
T
 
Y
V
 
I
I
 
L
D
 
D
I
 
L
G
|
G
G
|
G
Q
|
Q
D
|
D
S
 
A
K
|
K
V
 
I
I
 
I
Q
 
K
L
 
K
D
 
D
D
 
G
A
 
Q
G
 
G
N
 
R
L
 
V
T
 
V
D
 
N
F
 
F
L
 
L
M
 
M
N
 
N
D
 
D
K
 
K
C
|
C
A
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
T
G
|
G
R
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
I
I
 
I
S
 
L
R
 
T
T
 
A
L
 
I
G
 
G
A
 
D
S
 
D
V
 
Y
D
 
R
Q
 
D
L
 
E
D
 
D
S
 
L
I
 
I
T
 
N
E
 
E
G
 
E
V
 
-
E
 
N
P
 
A
H
 
V
A
 
P
I
 
I
T
 
N
S
 
S
M
 
M
C
|
C
T
 
T
V
|
V
F
 
F
A
 
A
E
 
E
S
 
S
E
 
E
V
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
R
 
L
S
 
A
A
 
R
G
 
G
V
 
T
P
 
S
P
 
K
E
 
R
A
 
A
I
 
V
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
L
I
 
F
N
 
K
A
 
T
M
 
T
A
 
A
R
 
K
R
 
R
S
 
L
A
 
A
N
 
K
F
 
F
I
 
A
G
 
E
R
 
S
L
 
L
S
 
G
A
 
K
Q
 
P
G
 
R
P
 
K
L
 
L
L
 
I
F
 
F
T
 
T
G
 
G
G
|
G
V
x
G
S
 
A
R
 
K
C
x
Y
A
 
P
A
 
A
F
 
L
A
 
R
R
 
L
R
 
F
L
 
L
E
 
Q
E
 
K
H
 
E
V
 
M
G
 
G
M
 
V
A
 
E
V
 
V
Q
 
V
T
 
V
H
 
P
P
 
P
D
 
E
A
 
P
Q
 
S
F
 
V
A
 
T
G
 
A
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
I

7yzmE Mgadpnp-bound dccp:dccp-r complex (see paper)
41% identity, 95% coverage: 6:247/255 of query aligns to 4:239/243 of 7yzmE

query
sites
7yzmE
G
 
G
I
 
L
D
 
D
S
 
L
G
|
G
S
|
S
T
|
T
A
x
N
T
 
S
K
|
K
G
 
L
I
 
V
L
 
I
L
 
I
A
 
K
D
 
E
G
 
D
V
 
G
I
 
S
Q
 
Y
R
 
T
R
 
F
F
 
K
L
 
V
C
 
V
P
 
P
T
 
T
P
 
R
F
 
Y
R
 
E
P
 
P
A
 
-
D
 
-
A
 
-
I
 
-
V
 
V
E
 
K
A
 
A
W
 
G
E
 
E
T
 
L
L
 
L
R
 
L
A
 
K
G
 
N
L
 
T
S
 
G
E
 
E
R
 
I
P
 
R
F
 
N
L
 
L
T
 
V
L
 
V
T
 
T
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
R
 
R
Q
 
V
L
 
A
V
 
F
D
 
N
F
 
-
A
 
R
D
 
G
K
 
K
Q
 
V
V
 
V
T
 
T
E
 
E
I
 
I
S
 
T
C
 
C
H
 
Q
G
 
A
L
 
R
G
 
G
A
 
C
R
 
H
L
 
E
L
 
L
A
 
F
P
 
P
Q
 
E
T
 
V
R
 
D
T
 
Y
V
 
I
I
 
L
D
 
D
I
 
L
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
D
 
D
S
 
A
K
 
K
V
 
I
I
 
I
Q
 
K
L
 
K
D
 
D
D
 
G
A
 
Q
G
 
G
N
 
R
L
 
V
T
 
V
D
 
N
F
 
F
L
 
L
M
 
M
N
 
N
D
 
D
K
 
K
C
|
C
A
|
A
A
 
A
G
 
G
T
|
T
G
|
G
R
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
I
I
 
I
S
 
L
R
 
T
T
 
A
L
 
I
G
 
G
A
 
D
S
 
D
V
 
Y
D
 
R
Q
 
D
L
 
E
D
 
D
S
 
L
I
 
I
T
 
N
E
 
E
G
 
E
V
 
-
E
 
N
P
 
A
H
 
V
A
 
P
I
 
I
T
 
N
S
 
S
M
 
M
C
|
C
T
 
T
V
|
V
F
|
F
A
 
A
E
 
E
S
 
S
E
 
E
V
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
R
 
L
S
 
A
A
 
R
G
 
G
V
 
T
P
 
S
P
 
K
E
 
R
A
 
A
I
 
V
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
L
I
 
F
N
 
K
A
 
T
M
 
T
A
 
A
R
 
K
R
|
R
S
x
L
A
 
A
N
 
K
F
 
F
I
 
A
G
 
E
R
 
S
L
 
L
S
 
G
A
 
K
Q
 
P
G
 
R
P
 
K
L
 
L
L
 
I
F
 
F
T
 
T
G
 
G
G
|
G
V
 
G
S
 
A
R
x
K
C
x
Y
A
 
P
A
 
A
F
 
L
A
 
R
R
 
L
R
 
F
L
 
L
E
 
Q
E
 
K
H
 
E
V
 
M
G
 
G
M
 
V
A
 
E
V
 
V
Q
 
V
T
 
V
H
 
P
P
 
P
D
 
E
A
 
P
Q
 
S
F
 
V
A
 
T
G
 
A
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
I

7yylE Nucleotide-free dccp:dccp-r complex (see paper)
41% identity, 95% coverage: 6:247/255 of query aligns to 4:239/243 of 7yylE

query
sites
7yylE
G
 
G
I
 
L
D
 
D
S
 
L
G
 
G
S
 
S
T
 
T
A
 
N
T
 
S
K
 
K
G
 
L
I
 
V
L
 
I
L
 
I
A
 
K
D
 
E
G
 
D
V
 
G
I
 
S
Q
 
Y
R
 
T
R
 
F
F
 
K
L
 
V
C
 
V
P
 
P
T
 
T
P
 
R
F
 
Y
R
 
E
P
 
P
A
 
-
D
 
-
A
 
-
I
 
-
V
 
V
E
 
K
A
 
A
W
 
G
E
 
E
T
 
L
L
 
L
R
 
L
A
 
K
G
 
N
L
 
T
S
 
G
E
 
E
R
 
I
P
 
R
F
 
N
L
 
L
T
 
V
L
 
V
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
Q
 
V
L
 
A
V
 
F
D
 
N
F
 
-
A
 
R
D
 
G
K
 
K
Q
 
V
V
 
V
T
 
T
E
 
E
I
 
I
S
 
T
C
 
C
H
 
Q
G
 
A
L
 
R
G
 
G
A
 
C
R
 
H
L
 
E
L
 
L
A
 
F
P
 
P
Q
 
E
T
 
V
R
 
D
T
 
Y
V
 
I
I
 
L
D
 
D
I
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
S
 
A
K
 
K
V
 
I
I
 
I
Q
 
K
L
 
K
D
 
D
D
 
G
A
 
Q
G
 
G
N
 
R
L
 
V
T
 
V
D
 
N
F
 
F
L
 
L
M
 
M
N
 
N
D
 
D
K
 
K
C
|
C
A
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
T
G
 
G
R
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
I
I
 
I
S
 
L
R
 
T
T
 
A
L
 
I
G
 
G
A
 
D
S
 
D
V
 
Y
D
 
R
Q
 
D
L
 
E
D
 
D
S
 
L
I
 
I
T
 
N
E
 
E
G
 
E
V
 
-
E
 
N
P
 
A
H
 
V
A
 
P
I
 
I
T
 
N
S
 
S
M
 
M
C
|
C
T
 
T
V
 
V
F
 
F
A
 
A
E
 
E
S
 
S
E
 
E
V
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
R
 
L
S
 
A
A
 
R
G
 
G
V
 
T
P
 
S
P
 
K
E
 
R
A
 
A
I
 
V
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
L
I
 
F
N
 
K
A
 
T
M
 
T
A
 
A
R
 
K
R
 
R
S
 
L
A
 
A
N
 
K
F
 
F
I
 
A
G
 
E
R
 
S
L
 
L
S
 
G
A
 
K
Q
 
P
G
 
R
P
 
K
L
 
L
L
 
I
F
 
F
T
 
T
G
 
G
G
 
G
V
 
G
S
 
A
R
 
K
C
 
Y
A
 
P
A
 
A
F
 
L
A
 
R
R
 
L
R
 
F
L
 
L
E
 
Q
E
 
K
H
 
E
V
 
M
G
 
G
M
 
V
A
 
E
V
 
V
Q
 
V
T
 
V
H
 
P
P
 
P
D
 
E
A
 
P
Q
 
S
F
 
V
A
 
T
G
 
A
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
I

Query Sequence

>BWI76_RS03740 BWI76_RS03740 hypothetical protein
MTVTVGIDSGSTATKGILLADGVIQRRFLCPTPFRPADAIVEAWETLRAGLSERPFLTLT
GYGRQLVDFADKQVTEISCHGLGARLLAPQTRTVIDIGGQDSKVIQLDDAGNLTDFLMND
KCAAGTGRFLEVISRTLGASVDQLDSITEGVEPHAITSMCTVFAESEVISLRSAGVPPEA
ILAGVINAMARRSANFIGRLSAQGPLLFTGGVSRCAAFARRLEEHVGMAVQTHPDAQFAG
AIGAALIGLRQRSRR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory