SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing BWI76_RS06695 FitnessBrowser__Koxy:BWI76_RS06695 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2zyoA Crystal structure of cyclo/maltodextrin-binding protein complexed with maltotetraose (see paper)
38% identity, 92% coverage: 29:406/410 of query aligns to 8:384/385 of 2zyoA

query
sites
2zyoA
Q
 
K
L
 
L
N
 
V
V
 
V
W
 
W
E
 
E
D
 
N
I
 
A
K
 
-
K
 
-
S
 
D
D
 
D
G
 
G
I
 
V
-
 
Q
-
 
L
-
 
N
-
 
N
-
 
T
K
 
K
A
 
K
A
 
W
V
 
A
N
 
G
D
 
E
F
 
F
E
 
T
K
 
K
Q
 
K
F
 
T
N
 
G
V
 
I
K
 
Q
V
 
V
N
 
E
V
 
V
Q
 
V
E
 
P
M
 
V
P
 
A
Y
 
L
A
 
L
Q
 
K
Q
 
Q
L
 
Q
E
 
E
K
 
K
L
 
L
R
 
T
L
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
A
 
A
G
 
G
I
 
K
G
 
G
P
 
A
D
 
D
V
 
L
L
 
V
V
 
T
I
 
W
P
 
P
N
 
H
D
 
D
Q
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
E
A
 
A
V
 
V
V
 
T
Q
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
Q
P
 
P
L
 
I
T
 
Q
L
 
V
D
 
D
Q
 
N
A
 
S
K
 
V
Q
 
K
E
 
N
A
 
Q
F
 
F
T
 
D
P
 
D
A
 
V
S
 
A
I
 
M
N
 
K
A
 
A
F
 
L
H
 
T
M
 
Y
D
 
G
N
 
G
V
 
K
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
V
 
L
P
 
P
K
 
K
A
 
A
V
 
I
E
|
E
T
 
S
L
 
V
V
 
A
L
 
L
I
 
I
Y
 
Y
N
 
N
K
 
K
D
 
K
L
 
L
I
 
M
D
 
G
K
 
Q
P
 
V
L
 
P
D
 
A
S
 
T
L
 
Y
Q
 
D
A
 
E
W
 
L
F
 
F
D
 
Q
Y
 
Y
S
 
A
K
 
K
K
 
A
Q
 
N
R
 
N
-
 
K
-
 
P
E
 
D
E
 
E
G
 
Q
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
L
 
V
L
 
L
A
 
F
K
 
E
F
 
A
D
 
N
Q
x
N
I
 
F
Y
|
Y
Y
|
Y
S
 
T
W
 
Y
G
 
F
A
 
L
I
 
F
G
 
A
P
 
A
M
 
K
G
 
G
G
 
A
Y
 
A
I
 
V
F
 
F
G
 
K
K
 
E
N
 
Q
D
 
D
K
 
-
G
 
G
G
 
T
F
 
L
N
 
D
P
 
P
Q
 
N
D
 
E
V
 
I
G
 
G
L
 
L
N
 
N
K
 
S
P
 
P
G
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
Q
A
 
G
V
 
M
T
 
N
F
 
E
L
 
V
K
 
Q
K
 
K
F
 
W
Y
 
F
T
 
T
D
 
E
K
 
A
V
 
R
F
 
L
P
 
P
A
 
Q
G
 
S
I
 
L
L
 
K
G
 
A
D
 
D
N
 
-
G
 
-
L
 
-
N
 
-
A
 
T
I
 
V
D
 
N
S
 
G
L
 
L
F
 
F
T
 
K
E
 
S
K
 
G
K
 
K
A
 
V
A
 
A
A
 
A
V
 
V
I
 
I
N
 
N
G
 
G
P
 
P
W
|
W
A
 
A
F
 
I
Q
 
K
P
 
D
Y
 
Y
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
I
 
I
H
 
N
Y
 
V
G
 
G
V
 
V
A
 
A
P
 
P
L
 
L
P
 
P
T
 
K
L
 
I
P
 
-
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
D
M
 
A
S
 
Q
S
 
T
F
 
F
L
 
I
G
 
G
V
 
V
K
 
K
G
 
G
Y
 
W
V
 
Y
V
 
L
S
 
S
T
 
A
W
 
Y
S
 
S
K
 
K
D
 
Y
K
 
P
A
 
K
L
 
Y
A
 
A
Q
 
T
Q
 
E
F
 
L
I
 
M
E
 
Q
F
 
F
I
 
L
N
 
T
Q
 
S
P
 
K
Q
 
E
Y
 
A
V
 
L
K
 
A
A
 
S
R
 
R
Y
 
F
V
 
K
A
 
E
T
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
I
P
 
P
P
 
P
L
 
Q
K
 
K
A
 
E
M
 
L
I
 
L
D
 
N
D
 
D
P
 
P
L
 
M
I
 
I
K
 
K
N
 
N
D
 
N
E
 
P
K
 
V
A
 
V
S
 
N
A
 
G
V
 
F
A
 
A
V
 
K
Q
 
Q
S
 
A
A
 
S
R
 
K
A
 
G
T
 
V
A
 
P
M
 
M
P
 
P
G
 
S
I
 
I
P
 
P
E
 
E
M
 
M
G
 
G
E
 
V
V
 
V
W
|
W
G
 
E
P
 
P
A
 
I
N
|
N
A
 
N
A
 
A
L
 
H
E
 
T
L
 
F
S
 
V
L
 
A
T
 
Q
G
 
G
K
 
K
Q
 
Q
E
 
T
P
 
P
K
 
E
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
D
 
N
N
 
D
A
 
A
E
 
V
K
 
K
Q
 
I
I
 
M
K
 
K
M
 
E
Q
 
K
I
 
I
E
 
Q
A
 
T
M
 
M
Q
 
K

5tu0A 1.9 angstrom resolution crystal structure of maltose-binding periplasmic protein male from listeria monocytogenes in complex with maltose
39% identity, 88% coverage: 41:402/410 of query aligns to 13:379/385 of 5tu0A

query
sites
5tu0A
G
 
G
I
 
Y
K
 
K
A
 
D
A
 
Y
V
 
V
N
 
N
-
 
K
-
 
I
-
 
K
-
 
G
D
 
D
F
 
F
E
 
E
K
 
K
Q
 
D
F
 
N
N
 
D
V
 
V
K
 
K
V
 
V
N
 
K
V
 
V
Q
 
V
E
 
E
M
 
K
P
 
D
Y
 
M
A
 
F
Q
 
E
Q
 
T
L
 
L
E
 
E
K
 
A
L
 
L
R
 
P
L
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
A
 
A
G
 
G
I
 
T
G
 
A
P
 
P
D
 
D
V
 
V
L
 
M
V
 
M
I
 
S
P
 
A
N
 
F
D
 
D
Q
 
R
L
 
I
G
 
G
G
 
S
A
 
L
V
 
G
V
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
L
 
H
L
 
L
S
 
A
P
 
E
L
 
V
T
 
K
L
 
L
D
 
-
Q
 
-
A
 
G
K
 
N
Q
 
K
E
 
D
A
 
D
F
 
Y
T
 
D
P
 
E
A
 
K
S
 
D
I
 
Q
N
 
K
A
 
Q
F
 
V
H
 
T
M
 
I
D
 
D
N
 
D
V
 
K
L
 
I
Y
 
Y
G
 
G
V
 
A
P
 
P
K
 
A
A
 
I
V
 
I
E
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
V
L
 
L
I
 
Y
Y
 
Y
N
 
N
K
 
K
D
 
D
L
 
L
I
 
L
D
 
D
K
 
K
P
 
A
L
 
P
D
 
A
S
 
T
L
 
F
Q
 
K
A
 
D
W
 
L
F
 
E
D
 
T
Y
 
L
S
 
S
K
 
K
K
 
D
Q
 
S
R
 
R
-
 
F
-
 
A
-
 
F
-
 
T
-
 
S
E
 
E
E
 
K
G
 
G
K
 
K
-
 
N
Y
 
T
G
 
G
L
 
F
L
 
L
A
 
A
K
 
K
F
 
W
D
 
T
Q
 
D
I
 
F
Y
 
Y
Y
 
F
S
 
S
W
 
Y
G
 
G
A
 
L
I
 
L
G
 
A
P
 
G
M
 
Y
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
V
F
 
F
G
 
G
K
 
D
N
 
E
D
 
-
K
 
-
G
 
-
G
 
G
F
 
T
N
 
N
P
 
P
Q
 
K
D
 
D
V
 
I
G
 
G
L
 
L
N
 
N
K
 
N
P
 
K
G
 
G
A
 
S
V
 
V
E
 
E
A
 
G
V
 
I
T
 
T
F
 
Y
L
 
A
K
 
T
K
 
K
F
 
W
Y
 
F
T
 
Q
D
 
D
K
 
-
V
 
V
F
 
W
P
 
P
A
 
K
G
 
G
I
 
M
L
 
Q
G
 
D
D
 
N
N
 
K
G
 
S
L
 
A
N
 
D
A
 
D
-
 
F
I
 
I
D
 
Q
S
 
D
L
 
Q
F
 
F
T
 
V
E
 
K
K
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
A
V
 
I
I
 
L
N
 
G
G
 
G
P
 
P
W
 
W
A
 
S
F
 
A
Q
 
A
P
 
N
Y
 
Y
E
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
K
I
 
I
H
 
N
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
A
P
 
K
L
 
I
P
 
P
T
 
T
L
 
L
P
 
N
D
 
N
G
 
G
K
 
K
P
 
E
M
 
Y
S
 
S
S
 
P
F
 
F
L
 
A
G
 
G
V
 
G
K
 
K
G
 
G
Y
 
W
V
 
V
V
 
V
S
 
S
T
 
N
W
 
Y
S
 
S
K
|
K
D
x
N
K
|
K
A
x
D
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
K
F
 
W
I
 
L
E
 
D
F
 
Y
I
 
V
N
 
T
Q
 
N
P
 
Q
Q
 
K
Y
 
N
V
 
Q
K
 
E
A
 
T
R
 
L
Y
 
Y
V
 
D
A
 
M
T
 
T
G
 
N
E
 
E
I
 
V
P
 
P
P
 
A
L
 
N
K
 
L
A
 
K
M
 
A
I
 
R
D
 
D
D
 
T
P
 
A
L
 
K
I
 
S
K
 
K
N
 
N
D
 
D
E
 
E
K
 
L
A
 
T
S
 
N
A
 
A
V
 
V
A
 
I
V
 
E
Q
 
Q
S
 
Y
A
 
K
R
 
N
A
 
A
T
 
Q
A
 
P
M
 
M
P
 
P
G
 
N
I
 
I
P
 
P
E
 
E
M
 
M
G
 
S
E
 
E
V
 
V
W
 
W
G
 
T
P
 
G
A
 
A
N
 
E
A
 
N
A
 
L
L
 
K
E
 
F
L
 
D
S
 
A
L
 
A
T
 
S
G
 
G
K
 
S
Q
 
K
E
 
T
P
 
P
K
 
Q
A
 
P
A
 
S
L
 
A
D
 
D
N
 
D
A
 
A
E
 
V
K
 
K
Q
 
V
I
 
I
K
 
E
M
 
D
Q
 
N
I
 
V

6dtuA Maltotetraose bound t. Maritima male1 (see paper)
33% identity, 92% coverage: 29:404/410 of query aligns to 4:375/375 of 6dtuA

query
sites
6dtuA
Q
 
K
L
 
L
N
 
T
V
 
I
W
 
W
E
 
C
D
x
S
I
 
E
K
|
K
K
 
Q
S
 
V
D
 
D
G
 
I
I
 
L
K
 
Q
A
 
K
A
 
L
V
 
G
N
 
E
D
 
E
F
 
F
E
 
K
K
 
A
Q
 
K
F
 
Y
N
 
G
V
 
V
K
 
E
V
 
V
N
 
E
V
 
V
Q
 
Q
E
 
Y
M
 
V
P
 
N
Y
x
F
A
x
Q
Q
 
D
Q
 
I
L
 
K
E
 
S
K
 
K
L
 
F
R
 
L
L
 
T
D
 
A
G
 
A
P
 
P
A
 
E
G
 
G
I
 
Q
G
 
G
P
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
V
 
V
I
 
G
P
 
A
N
 
H
D
|
D
Q
x
W
L
 
V
G
 
G
G
 
E
A
 
L
V
 
A
V
 
V
Q
 
N
G
 
G
L
 
L
L
 
I
S
 
E
P
 
P
L
 
I
T
 
P
L
 
-
D
 
N
Q
 
F
A
 
S
K
 
D
Q
 
L
E
 
K
A
 
N
F
 
F
T
 
Y
P
 
E
A
 
T
S
 
A
I
 
L
N
 
N
A
 
A
F
 
F
H
 
S
M
 
Y
D
 
G
N
 
G
V
 
K
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
V
 
I
P
 
P
K
 
Y
A
 
A
V
 
M
E
|
E
T
 
A
L
 
I
V
 
A
L
 
L
I
 
I
Y
 
Y
N
 
N
K
 
K
D
 
D
L
 
Y
I
 
V
D
 
P
K
 
E
P
 
P
L
 
P
D
 
K
S
 
T
L
 
M
Q
 
D
A
 
E
W
 
L
F
 
I
D
 
E
Y
 
I
S
 
A
K
 
K
K
 
Q
Q
 
I
R
 
D
E
 
E
E
 
E
-
 
F
-
 
G
G
 
G
K
 
E
Y
 
V
-
 
R
G
 
G
L
 
F
L
 
I
A
 
T
K
 
S
F
 
A
D
 
A
Q
x
E
I
 
F
Y
|
Y
Y
|
Y
S
 
I
W
 
A
G
 
P
A
 
F
I
 
I
G
 
F
P
 
G
M
 
Y
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
V
F
 
F
G
 
K
K
 
Q
N
 
T
D
 
E
K
 
K
G
 
G
G
 
-
F
 
L
N
 
D
P
 
V
Q
 
N
D
 
D
V
 
I
G
 
G
L
 
L
N
 
A
K
 
N
P
 
E
G
 
G
A
 
A
V
 
I
E
 
K
A
 
G
V
 
V
T
 
K
F
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
R
F
 
L
Y
 
V
T
 
D
D
 
E
K
 
-
V
 
-
F
 
-
P
 
-
A
 
-
G
 
G
I
 
I
L
 
L
G
 
D
-
 
P
D
 
S
N
 
D
G
 
N
L
x
Y
N
 
Q
A
 
I
I
 
M
D
 
D
S
 
S
L
 
M
F
 
F
T
 
R
E
 
E
K
 
G
K
 
Q
A
 
A
A
 
A
A
 
M
V
 
I
I
 
I
N
 
N
G
 
G
P
 
P
W
|
W
A
 
A
F
 
I
Q
 
K
P
 
A
Y
 
Y
E
 
K
A
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
H
 
D
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
A
P
 
P
L
 
I
P
 
P
T
 
D
L
 
L
P
 
E
D
 
P
G
 
G
K
 
V
P
 
P
M
 
A
S
 
R
S
 
P
F
 
F
L
 
V
G
 
G
V
 
V
K
 
Q
G
 
G
Y
 
F
V
 
M
V
 
V
S
 
N
T
 
A
W
 
K
S
 
S
K
 
P
D
 
N
K
 
K
A
 
L
L
 
L
A
 
A
Q
 
I
Q
 
E
F
 
F
I
 
L
-
 
T
E
 
S
F
 
F
I
 
I
N
 
A
Q
 
K
P
 
K
Q
 
E
Y
 
T
V
 
M
K
 
Y
A
 
R
R
 
I
Y
 
Y
V
 
L
A
 
G
T
 
D
G
 
P
E
x
R
I
 
L
P
 
P
P
 
S
L
 
R
K
 
K
A
 
D
M
 
V
I
 
L
D
 
E
D
 
-
P
 
-
L
 
L
I
 
V
K
 
K
N
 
D
D
 
N
E
 
P
K
 
D
A
 
V
S
 
V
A
 
G
V
 
F
A
 
T
V
 
L
Q
 
S
S
 
A
A
 
A
R
 
N
A
 
G
T
 
I
A
 
P
M
 
M
P
 
P
G
 
N
I
 
V
P
 
P
E
 
Q
M
 
M
G
 
A
E
 
A
V
 
V
W
|
W
G
 
A
P
 
A
A
 
M
N
 
N
A
 
D
A
 
A
L
 
L
E
 
N
L
 
L
S
 
V
L
 
V
T
 
N
G
 
G
K
 
K
Q
 
A
E
 
T
P
 
V
K
 
E
A
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
K
N
 
N
A
 
A
E
 
V
K
 
E
Q
 
R
I
 
I
K
 
K
M
 
A
Q
 
Q
I
 
I
E
 
Q
A
 
S

6dtsA Maltotetraose bound t. Maritima male2 (see paper)
32% identity, 91% coverage: 29:403/410 of query aligns to 2:372/379 of 6dtsA

query
sites
6dtsA
Q
 
K
L
 
L
N
 
T
V
 
I
W
 
W
E
 
C
D
x
S
I
x
E
K
|
K
K
 
Q
S
 
V
D
 
D
G
 
I
I
 
L
K
 
Q
A
 
K
A
 
L
V
 
G
N
 
E
D
 
E
F
 
F
E
 
K
K
 
A
Q
 
K
F
 
Y
N
 
G
V
 
I
K
 
P
V
 
V
N
 
E
V
 
V
Q
 
Q
E
 
Y
M
 
V
P
 
D
Y
x
F
A
 
G
Q
 
S
Q
 
I
L
x
K
E
 
S
K
 
K
L
 
F
R
 
L
L
 
T
D
 
A
G
 
A
P
 
P
A
 
Q
G
 
G
I
 
Q
G
 
G
P
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
V
 
V
I
 
G
P
 
A
N
 
H
D
|
D
Q
x
W
L
 
V
G
 
G
G
 
E
A
 
L
V
 
A
V
 
V
Q
 
N
G
 
G
L
 
L
L
 
I
S
 
E
P
 
P
L
 
I
T
 
P
L
 
-
D
 
N
Q
 
F
A
 
S
K
 
D
Q
 
L
E
 
K
A
 
N
F
 
F
T
 
Y
P
 
D
A
 
T
S
 
A
I
 
L
N
 
K
A
 
A
F
 
F
H
 
S
M
 
Y
D
 
G
N
 
G
V
 
K
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
P
 
P
K
 
Y
A
 
A
V
 
M
E
|
E
T
 
A
L
 
V
V
 
A
L
 
L
I
 
I
Y
 
Y
N
 
N
K
 
K
D
 
D
L
 
Y
I
 
V
D
 
D
K
 
S
P
 
V
L
 
P
D
 
K
S
 
T
L
 
M
Q
 
D
A
 
E
W
 
L
F
 
I
D
 
E
Y
 
K
S
 
A
K
 
K
K
 
Q
Q
 
I
R
 
D
E
 
E
E
 
E
-
 
Y
-
 
G
G
 
G
K
 
E
Y
 
V
-
 
R
G
 
G
L
 
F
L
 
I
A
 
Y
K
 
D
F
 
V
D
 
A
Q
x
N
I
 
F
Y
|
Y
Y
x
F
S
 
S
W
 
A
G
 
P
A
 
F
I
 
I
G
 
L
P
 
G
M
 
Y
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
V
F
 
F
G
 
-
K
 
K
N
 
E
D
 
T
K
 
P
G
 
Q
G
 
G
F
 
L
N
 
D
P
 
V
Q
 
T
D
 
D
V
 
I
G
 
G
L
 
L
N
 
A
K
 
N
P
 
E
G
 
G
A
 
A
V
 
V
E
 
K
A
 
G
V
 
A
T
 
K
F
 
L
L
 
I
K
 
K
K
 
R
F
 
M
Y
 
I
T
 
D
D
 
E
K
 
G
V
 
V
F
 
L
P
 
T
A
 
P
G
 
G
I
 
-
L
 
-
G
 
-
D
 
D
N
 
N
G
 
-
L
 
Y
N
 
G
A
 
T
I
 
M
D
 
D
S
 
S
L
 
M
F
 
F
T
 
K
E
 
E
K
 
G
K
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
M
V
 
I
I
 
I
N
 
N
G
 
G
P
 
L
W
|
W
A
 
A
F
 
I
Q
 
K
P
 
S
Y
 
Y
E
 
K
A
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
H
 
N
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
A
P
 
P
L
 
I
P
 
P
T
 
E
L
 
L
P
 
E
D
 
P
G
 
G
K
 
V
P
 
P
M
 
A
S
 
K
S
 
P
F
 
F
L
 
V
G
 
G
V
 
V
K
 
Q
G
 
G
Y
 
F
V
 
M
V
 
I
S
 
N
T
 
A
W
 
K
S
 
S
K
 
P
D
 
N
K
 
K
A
 
V
L
 
I
A
 
A
Q
 
M
Q
 
E
F
 
F
I
 
L
-
 
T
E
 
N
F
 
F
I
 
I
N
 
A
Q
 
R
P
 
K
Q
 
E
Y
 
T
V
 
M
K
 
Y
A
 
K
R
 
I
Y
 
Y
V
 
L
A
 
A
T
 
D
G
 
P
E
x
R
I
 
L
P
 
P
P
 
A
L
 
R
K
 
K
A
 
D
M
 
V
I
 
L
D
 
E
D
 
-
P
 
-
L
 
L
I
 
V
K
 
K
N
 
D
D
 
N
E
 
P
K
 
D
A
 
V
S
 
V
A
 
A
V
 
F
A
 
T
V
 
Q
Q
 
S
S
 
A
A
 
S
R
 
M
A
 
G
T
 
T
A
 
P
M
 
M
P
 
P
G
 
N
I
 
V
P
 
P
E
 
E
M
 
M
G
 
A
E
 
P
V
 
V
W
|
W
G
 
S
P
 
A
A
 
M
N
 
G
A
 
D
A
 
A
L
 
L
E
 
S
L
 
I
S
 
I
L
 
I
T
 
N
G
 
G
K
 
Q
Q
 
A
E
 
S
P
 
V
K
 
E
A
 
D
A
 
A
L
 
L
D
 
K
N
 
E
A
 
A
E
 
V
K
 
E
Q
 
K
I
 
I
K
 
K
M
 
A
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E

P59213 Maltooligosaccharide ABC transporter solute-binding lipoprotein; Maltodextrin-binding protein; Solute-binding protein MalX from Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (see paper)
32% identity, 97% coverage: 5:403/410 of query aligns to 16:418/423 of P59213

query
sites
P59213
T
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
S
L
 
L
I
 
L
L
 
L
T
 
-
T
 
-
L
 
V
A
 
A
A
 
C
G
 
G
Q
 
S
L
 
K
V
 
T
S
 
A
L
 
D
Q
 
K
A
 
P
H
 
A
A
 
D
A
 
S
G
 
G
-
 
S
-
 
S
-
 
E
-
 
V
-
 
K
Q
 
E
L
 
L
N
 
T
V
 
V
W
 
Y
E
 
V
D
 
D
I
 
E
K
 
G
K
x
Y
S
 
K
D
 
S
G
 
Y
I
 
I
K
 
E
A
 
E
A
 
V
V
 
A
N
 
K
D
 
A
F
 
Y
E
 
E
K
 
K
Q
 
E
F
 
A
N
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
N
 
T
V
 
L
Q
 
K
E
 
T
M
 
G
P
x
D
Y
 
A
A
 
L
Q
 
G
Q
 
G
L
 
L
E
x
D
K
 
K
L
 
L
R
 
S
L
 
L
D
 
D
G
 
N
P
 
Q
A
 
S
G
 
G
I
 
N
G
 
V
P
 
P
D
 
D
V
 
V
L
 
M
V
 
M
I
 
A
P
 
P
N
 
Y
D
|
D
Q
x
R
L
 
V
G
 
G
G
 
S
A
 
L
V
 
G
V
 
S
Q
 
D
G
 
G
L
 
Q
L
 
L
S
 
S
P
 
E
L
 
V
T
 
K
L
 
L
-
 
S
D
 
D
Q
 
G
A
 
A
K
 
K
Q
 
T
E
 
D
A
 
D
F
 
T
T
 
T
P
 
K
A
 
S
S
 
L
I
 
V
N
 
T
A
 
A
F
 
-
H
 
-
M
 
A
D
 
N
N
 
G
V
 
K
L
 
V
Y
 
Y
G
 
G
V
 
A
P
 
P
K
 
A
A
 
V
V
 
I
E
|
E
T
 
S
L
 
L
V
 
V
L
 
M
I
 
Y
Y
 
Y
N
 
N
K
 
K
D
 
D
L
 
L
I
 
V
-
 
K
D
 
D
K
 
A
P
 
P
-
 
K
-
 
T
-
 
F
-
 
A
-
 
D
L
 
L
D
 
E
S
 
N
L
 
L
Q
 
A
A
 
K
W
 
D
F
 
S
D
 
K
Y
 
Y
S
 
A
K
 
F
K
 
A
Q
 
G
R
 
E
E
 
D
E
 
G
G
 
K
K
 
T
Y
 
T
G
 
A
L
 
F
L
 
L
A
 
A
K
x
D
F
 
W
D
 
T
Q
x
N
I
 
F
Y
 
Y
Y
 
Y
S
 
T
W
 
Y
G
 
G
A
 
L
I
 
L
G
 
A
P
 
G
M
 
N
G
 
G
G
 
A
Y
 
Y
I
 
V
F
 
F
G
 
G
K
 
Q
N
 
N
D
 
-
K
 
-
G
 
-
G
 
G
F
 
K
N
 
D
P
 
A
Q
 
K
D
 
D
V
 
I
G
 
G
L
 
L
N
 
A
K
 
N
P
 
D
G
 
G
A
 
S
V
 
I
E
 
V
A
 
G
V
 
I
T
 
N
F
 
Y
L
 
A
K
 
K
K
 
S
F
 
W
Y
 
Y
T
 
-
D
 
-
K
 
E
V
 
K
F
 
W
P
 
P
A
 
K
G
 
G
I
 
M
L
 
Q
G
 
D
D
 
T
N
x
E
G
|
G
L
x
A
-
x
G
N
 
N
A
 
L
I
 
I
D
 
Q
S
 
T
L
 
Q
F
 
F
T
 
Q
E
 
E
K
 
G
K
 
K
A
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
I
 
I
N
 
D
G
 
G
P
 
P
W
|
W
A
 
K
F
 
A
Q
 
Q
P
 
A
Y
 
F
E
 
K
A
 
D
A
 
A
G
 
K
I
 
V
H
 
N
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
A
P
 
T
L
 
I
P
 
P
T
 
T
L
 
L
P
 
P
D
 
N
G
 
G
K
 
K
P
 
E
M
 
Y
S
 
A
S
 
A
F
 
F
L
 
G
G
 
G
V
 
G
K
|
K
G
 
A
Y
 
W
V
 
V
V
 
I
S
 
P
T
 
Q
W
 
A
S
 
V
K
 
K
D
 
N
K
 
L
A
 
E
L
 
A
A
 
S
Q
 
Q
Q
 
K
F
 
F
I
 
V
E
 
D
F
 
F
I
 
L
N
 
V
Q
 
A
P
 
T
Q
 
E
Y
 
Q
V
 
Q
K
 
K
A
 
V
R
 
L
Y
 
Y
V
 
D
A
 
K
T
 
T
G
 
N
E
 
E
I
 
I
P
 
P
P
 
A
L
 
N
K
 
T
A
 
E
M
 
A
I
 
R
D
 
S
D
 
Y
P
 
A
L
 
E
I
 
G
K
 
K
N
 
N
D
 
D
E
 
E
K
 
L
A
 
T
S
 
T
A
 
A
V
 
V
A
 
I
V
 
K
Q
 
Q
S
 
F
A
 
K
R
 
N
A
 
T
T
 
Q
A
 
P
M
 
L
P
 
P
G
 
N
I
 
I
P
 
S
E
 
Q
M
 
M
G
 
S
E
 
A
V
 
V
W
 
W
G
 
D
P
 
P
A
 
A
N
 
K
A
 
N
A
 
M
L
 
L
E
 
F
L
 
D
S
 
A
L
 
V
T
 
S
G
 
G
K
 
Q
Q
 
K
E
 
D
P
 
A
K
 
K
A
 
T
A
 
A
L
 
A
D
 
N
N
 
D
A
 
A
E
 
V
K
 
T
Q
 
L
I
 
I
K
 
K
M
 
E
Q
 
T
I
 
I
E
 
K

2xd3A The crystal structure of malx from streptococcus pneumoniae in complex with maltopentaose. (see paper)
33% identity, 90% coverage: 29:399/410 of query aligns to 1:372/375 of 2xd3A

query
sites
2xd3A
Q
 
E
L
 
L
N
 
T
V
 
V
W
 
Y
E
 
V
D
 
D
I
 
E
K
 
G
K
 
Y
S
 
K
D
 
S
G
 
Y
I
 
I
K
 
E
A
 
E
A
 
V
V
 
A
N
 
K
D
 
A
F
 
Y
E
 
E
K
 
K
Q
 
E
F
 
A
N
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
N
 
T
V
 
L
Q
 
K
E
 
T
M
 
G
P
 
D
Y
 
A
A
x
L
Q
 
G
Q
 
G
L
 
L
E
x
D
K
 
K
L
 
L
R
 
S
L
 
L
D
 
D
G
 
N
P
 
Q
A
 
N
G
 
G
I
 
N
G
 
V
P
 
P
D
 
D
V
 
V
L
 
M
V
 
M
I
 
A
P
|
P
N
 
Y
D
|
D
Q
x
R
L
 
V
G
 
G
G
 
S
A
 
L
V
 
G
V
 
S
Q
 
D
G
 
G
L
 
Q
L
 
L
S
 
S
P
 
E
L
 
V
T
 
K
L
 
L
-
 
S
D
 
D
Q
 
G
A
 
A
K
 
K
Q
 
T
E
 
D
A
 
D
F
 
T
T
 
T
P
 
K
A
 
S
S
 
L
I
 
V
N
 
T
A
 
A
F
 
-
H
 
-
M
 
A
D
 
N
N
 
G
V
 
K
L
 
V
Y
 
Y
G
 
G
V
 
A
P
 
P
K
 
A
A
 
V
V
 
I
E
|
E
T
 
S
L
 
L
V
 
V
L
 
M
I
 
Y
Y
 
Y
N
 
N
K
 
K
D
 
D
L
 
L
I
 
V
-
 
K
D
 
D
K
 
A
P
 
P
-
 
K
-
 
T
-
 
F
-
 
A
-
 
D
L
 
L
D
 
E
S
 
N
L
 
L
Q
 
A
A
 
K
W
 
D
F
 
S
D
 
K
Y
 
Y
S
 
A
K
 
F
K
 
A
Q
 
G
R
 
E
E
 
D
E
 
G
G
 
K
K
 
T
Y
 
T
G
 
A
L
 
F
L
 
L
A
 
A
K
x
D
F
 
W
D
 
T
Q
x
N
I
 
F
Y
|
Y
Y
 
Y
S
 
T
W
 
Y
G
 
G
A
 
L
I
 
L
G
 
A
P
 
G
M
 
N
G
 
G
G
 
A
Y
 
Y
I
 
V
F
 
F
G
 
G
K
 
Q
N
 
N
D
 
-
K
 
-
G
 
-
G
 
G
F
 
K
N
 
D
P
 
A
Q
 
K
D
 
D
V
 
I
G
 
G
L
 
L
N
 
A
K
 
N
P
 
D
G
 
G
A
 
S
V
 
I
E
 
V
A
 
G
V
 
I
T
 
N
F
 
Y
L
 
A
K
 
K
K
 
S
F
 
W
Y
 
Y
T
 
-
D
 
-
K
 
E
V
 
K
F
 
W
P
 
P
A
 
K
G
 
G
I
 
M
L
 
Q
G
 
D
D
 
T
N
x
E
G
|
G
L
 
A
-
x
G
N
 
N
A
 
L
I
 
I
D
 
Q
S
 
T
L
 
Q
F
 
F
T
 
Q
E
 
E
K
 
G
K
 
K
A
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
I
 
I
N
 
D
G
 
G
P
 
P
W
|
W
A
 
K
F
 
A
Q
 
Q
P
 
A
Y
 
F
E
 
K
A
 
D
A
 
A
G
 
K
I
 
V
H
 
N
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
A
P
 
T
L
 
I
P
 
P
T
 
T
L
 
L
P
 
P
D
 
N
G
 
G
K
 
K
P
 
E
M
 
Y
S
 
A
S
 
A
F
 
F
L
 
G
G
 
G
V
 
G
K
|
K
G
 
A
Y
 
W
V
 
V
V
 
I
S
 
P
T
 
Q
W
 
A
S
 
V
K
 
K
D
 
N
K
 
L
A
 
E
L
 
A
A
 
S
Q
 
Q
Q
 
K
F
 
F
I
 
V
E
 
D
F
 
F
I
 
L
N
 
V
Q
 
A
P
 
T
Q
 
E
Y
 
Q
V
 
Q
K
 
K
A
 
V
R
 
L
Y
 
Y
V
 
D
A
 
K
T
 
T
G
 
N
E
 
E
I
 
I
P
 
P
P
 
A
L
 
N
K
 
T
A
 
E
M
 
A
I
 
R
D
 
S
D
 
Y
P
 
A
L
 
E
I
 
G
K
 
K
N
 
N
D
 
D
E
 
E
K
 
L
A
 
T
S
 
T
A
 
A
V
 
V
A
 
I
V
 
K
Q
 
Q
S
 
F
A
 
K
R
 
N
A
 
T
T
 
Q
A
 
P
M
 
L
P
 
P
G
 
N
I
 
I
P
 
S
E
 
Q
M
 
M
G
 
S
E
 
A
V
 
V
W
|
W
G
 
D
P
 
P
A
 
A
N
 
K
A
 
N
A
 
M
L
 
L
E
 
F
L
 
D
S
 
A
L
 
V
T
 
S
G
 
G
K
 
Q
Q
 
K
E
 
D
P
 
A
K
 
K
A
 
T
A
 
A
L
 
A
D
 
N
N
 
D
A
 
A
E
 
V
K
 
T
Q
 
L
I
 
I
K
 
K

4hw8A 2.25 angstrom structure of the extracellular solute-binding protein from staphylococcus aureus in complex with maltose.
32% identity, 92% coverage: 29:406/410 of query aligns to 6:375/376 of 4hw8A

query
sites
4hw8A
Q
 
Q
L
 
L
N
 
T
V
 
M
W
 
W
E
 
V
D
 
D
I
 
G
K
 
D
K
 
K
S
 
Q
D
 
M
G
 
A
I
 
F
K
 
Y
A
 
K
A
 
K
V
 
I
N
 
T
D
 
D
-
 
Q
F
 
Y
E
 
T
K
 
K
Q
 
K
F
 
T
N
 
G
V
 
I
K
 
K
V
 
V
N
 
K
V
 
L
Q
 
V
E
 
N
M
 
I
P
 
G
Y
 
Q
A
 
N
Q
 
D
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
K
 
N
L
 
I
R
 
S
L
 
L
D
 
D
G
 
A
P
 
P
A
 
A
G
 
G
I
 
K
G
 
G
P
 
P
D
 
D
V
 
I
L
 
F
V
 
F
I
 
L
P
 
A
N
 
H
D
 
D
Q
 
N
L
 
T
G
 
G
G
 
S
A
 
A
V
 
Y
V
 
L
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
L
 
A
S
 
A
P
 
E
L
 
I
T
 
K
L
 
L
D
 
S
Q
 
K
A
 
D
K
 
E
Q
 
L
E
 
K
A
 
G
F
 
F
T
 
N
P
 
K
A
 
Q
S
 
A
I
 
L
N
 
K
A
 
A
F
 
M
H
 
N
M
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
K
L
 
Q
Y
 
L
G
 
A
V
 
L
P
 
P
K
 
A
A
 
I
V
 
V
E
|
E
T
 
T
L
 
T
V
 
A
L
 
L
I
 
F
Y
 
Y
N
 
N
K
 
K
D
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
K
K
 
N
P
 
A
L
 
P
D
 
Q
S
 
T
L
 
L
Q
 
E
-
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
A
-
 
N
-
 
A
A
 
A
W
 
K
F
 
L
D
 
T
Y
 
D
S
 
S
K
 
K
K
 
K
Q
 
K
R
 
Q
E
 
-
E
 
-
G
 
-
K
 
-
Y
 
Y
G
 
G
L
 
M
L
 
L
A
 
F
K
 
D
F
 
A
D
 
K
Q
x
N
I
 
F
Y
 
Y
Y
 
F
S
 
N
W
 
Y
G
 
P
A
 
F
I
 
L
G
 
F
P
 
G
M
 
N
G
 
D
G
 
D
Y
 
Y
I
 
I
F
 
F
G
 
K
K
 
K
N
 
N
D
 
G
K
 
-
G
 
S
G
 
E
F
 
Y
N
 
D
P
 
I
Q
 
H
D
 
Q
V
 
L
G
 
G
L
 
L
N
 
N
K
 
S
P
 
K
G
 
H
A
 
V
V
 
V
E
 
K
A
 
N
V
 
A
T
 
E
F
 
R
L
 
L
K
 
Q
K
 
K
F
 
W
Y
 
Y
T
 
D
D
 
K
K
 
G
V
 
Y
F
 
L
P
 
P
A
 
K
G
 
A
I
 
A
L
 
T
G
 
H
D
 
D
N
 
-
G
 
-
L
 
-
N
 
-
A
 
V
I
 
M
D
 
I
S
 
G
L
 
L
F
 
F
T
 
K
E
 
E
K
 
G
K
 
K
A
 
V
A
 
G
A
 
Q
V
 
F
I
 
V
N
 
T
G
 
G
P
 
P
W
|
W
A
 
N
F
 
I
Q
 
N
P
 
E
Y
 
Y
-
 
Q
E
 
E
A
 
T
A
 
F
G
 
G
I
 
K
H
 
D
Y
 
L
G
 
G
V
 
V
A
 
T
P
 
T
L
 
L
P
 
P
T
 
T
L
 
-
P
 
D
D
 
G
G
 
G
K
 
K
P
 
P
M
 
M
S
 
K
S
 
P
F
 
F
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
R
G
 
G
Y
 
W
V
 
Y
V
 
L
S
 
S
T
 
E
W
 
Y
S
 
S
K
 
K
D
 
H
K
 
K
A
 
Y
L
 
W
A
 
A
Q
 
K
Q
 
D
F
 
L
I
 
M
E
 
L
F
 
Y
I
 
I
N
 
T
Q
 
S
P
 
K
Q
 
D
Y
 
T
V
 
L
K
 
Q
A
 
-
R
 
K
Y
 
Y
V
 
-
A
 
-
T
 
T
G
 
D
E
 
E
I
 
M
P
 
S
P
 
E
L
 
I
K
 
T
A
 
G
M
 
R
I
 
V
D
 
D
-
 
V
-
 
K
-
 
S
-
 
S
D
 
N
P
 
P
L
 
N
I
 
L
K
 
K
N
 
V
D
 
F
E
 
E
K
 
K
A
 
-
S
 
-
A
 
-
V
 
-
A
 
-
V
 
-
Q
 
Q
S
 
A
A
 
R
R
 
H
A
 
A
T
 
E
A
 
P
M
|
M
P
 
P
G
 
N
I
 
I
P
 
P
E
 
E
M
 
M
G
 
R
E
 
Q
V
 
V
W
|
W
G
 
E
P
 
P
-
 
M
A
 
G
N
 
N
A
 
A
A
 
S
L
 
I
E
 
F
L
 
I
S
 
S
L
 
-
T
 
N
G
 
G
K
 
K
Q
 
N
E
 
-
P
 
P
K
 
K
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
D
 
D
N
 
E
A
 
A
E
 
T
K
 
N
Q
 
D
I
 
I
K
 
T
M
 
Q
Q
 
N
I
 
I
E
 
K
A
 
I
M
 
L
Q
 
H

5az7A Crystal structure of mbp-tom20 fusion protein with a 4-residue spacer in the connector helix (see paper)
30% identity, 91% coverage: 28:399/410 of query aligns to 5:369/434 of 5az7A

query
sites
5az7A
G
 
G
Q
 
K
L
 
L
N
 
V
V
 
I
W
 
W
E
 
I
D
 
N
I
 
G
K
x
D
K
|
K
S
 
G
-
 
Y
D
 
N
G
 
G
I
 
L
K
 
A
A
 
E
A
 
V
V
 
G
N
 
K
D
 
K
F
 
F
E
 
E
K
 
K
Q
 
D
F
 
T
N
 
G
V
 
I
K
 
K
V
 
V
N
 
T
V
 
V
Q
 
E
E
 
H
M
 
P
P
 
D
Y
 
K
A
 
L
Q
 
E
Q
 
-
L
 
-
E
 
E
K
 
K
L
 
F
R
 
P
L
 
Q
D
 
V
G
 
A
P
 
A
A
 
T
G
 
G
I
 
D
G
 
G
P
 
P
D
 
D
V
 
I
L
 
I
V
 
F
I
x
W
P
 
A
N
 
H
D
|
D
Q
x
R
L
 
F
G
 
G
G
 
G
A
 
Y
V
 
A
V
 
Q
Q
 
S
G
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
A
P
 
E
L
 
I
T
 
T
L
 
P
D
 
D
Q
 
K
A
 
A
K
 
F
Q
 
Q
E
 
D
A
 
K
F
 
L
T
 
Y
P
 
P
A
 
F
S
 
T
I
 
W
N
 
D
A
 
A
F
 
V
H
 
R
M
 
Y
D
 
N
N
 
G
V
 
K
L
 
L
Y
 
I
G
 
A
V
 
Y
P
 
P
K
 
I
A
 
A
V
 
V
E
|
E
T
 
A
L
 
L
V
 
S
L
 
L
I
 
I
Y
 
Y
N
 
N
K
 
K
D
 
D
L
 
L
I
 
L
D
 
P
K
 
N
P
 
P
L
 
P
D
 
K
S
 
T
L
 
W
Q
 
E
A
 
E
W
 
I
F
 
P
D
 
A
Y
 
L
S
 
D
K
 
K
K
 
E
Q
 
L
R
 
K
E
 
A
E
 
K
G
 
G
K
 
K
Y
 
S
G
 
A
L
 
L
L
 
M
A
 
F
K
 
N
F
 
L
D
 
Q
Q
x
E
I
x
P
Y
|
Y
Y
 
F
S
 
T
W
 
W
G
 
P
A
 
L
I
 
I
G
 
A
P
 
A
M
 
D
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
A
F
 
F
G
 
-
K
 
K
N
 
Y
D
 
E
K
 
N
G
 
G
G
 
K
F
 
Y
N
 
D
P
 
I
Q
 
K
D
 
D
V
 
V
G
 
G
L
 
V
N
 
D
K
 
N
P
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
K
E
 
A
A
 
G
V
 
L
T
 
T
F
 
F
L
 
L
K
 
V
K
 
D
F
 
L
Y
 
I
T
 
K
D
 
N
K
 
K
V
 
H
F
 
M
P
 
N
A
 
A
G
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
D
 
D
N
 
T
G
 
D
L
 
Y
N
 
S
A
 
I
I
 
A
D
 
E
S
 
A
L
 
A
F
 
F
T
 
N
E
 
K
K
 
G
K
 
E
A
 
T
A
 
A
A
 
M
V
 
T
I
 
I
N
 
N
G
 
G
P
 
P
W
 
W
A
 
A
F
 
W
Q
 
S
P
 
N
Y
 
I
E
 
D
A
 
T
A
 
S
G
 
K
I
 
V
H
 
N
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
T
P
 
V
L
 
L
P
 
P
T
 
T
L
 
F
P
 
-
D
 
K
G
 
G
K
 
Q
P
 
P
M
 
S
S
 
K
S
 
P
F
 
F
L
 
V
G
 
G
V
 
V
K
 
L
G
 
S
Y
 
A
V
 
G
V
 
I
S
 
N
T
 
A
W
 
A
S
 
S
K
 
P
D
 
N
K
 
K
A
 
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
K
Q
 
E
F
 
F
I
 
L
E
 
E
-
 
N
F
 
Y
I
 
L
N
 
L
Q
 
T
P
 
D
Q
 
E
Y
 
G
V
 
L
K
 
E
A
 
-
R
 
-
Y
 
-
V
 
-
A
 
A
T
 
V
G
 
N
E
 
K
I
 
D
P
 
K
P
 
P
L
 
L
K
 
G
A
 
A
M
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
K
-
 
S
I
 
Y
D
 
E
D
 
E
P
 
E
L
 
L
I
 
V
K
 
K
N
 
-
D
 
D
E
 
P
K
 
R
A
 
I
S
 
A
A
 
A
V
 
T
A
 
M
V
 
E
Q
 
N
S
 
A
A
 
Q
R
 
K
A
 
G
T
 
E
A
 
I
M
 
M
P
 
P
G
 
N
I
 
I
P
 
P
E
 
Q
M
 
M
G
 
S
E
 
A
V
 
F
W
|
W
G
 
Y
P
 
A
A
 
V
N
 
R
A
 
T
A
 
A
L
 
V
E
 
I
L
 
N
S
 
A
L
 
A
T
 
S
G
 
G
K
 
R
Q
 
Q
E
 
T
P
 
V
K
 
D
A
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
K
N
 
D
A
 
A
E
 
Q
K
 
T
Q
 
R
I
 
I
K
 
K

6k7fA Crystal structure of mbpholo-tim21 fusion protein with a 17-residue helical linker (see paper)
30% identity, 90% coverage: 28:398/410 of query aligns to 6:369/499 of 6k7fA

query
sites
6k7fA
G
 
G
Q
 
K
L
 
L
N
 
V
V
 
I
W
 
W
E
 
I
D
 
N
I
 
G
K
x
D
K
|
K
S
 
G
-
 
Y
D
 
N
G
 
G
I
 
L
K
 
A
A
 
E
A
 
V
V
 
G
N
 
K
D
 
K
F
 
F
E
 
E
K
 
K
Q
 
D
F
 
T
N
 
G
V
 
I
K
 
K
V
 
V
N
 
T
V
 
V
Q
 
E
E
 
H
M
 
P
P
 
D
Y
 
K
A
 
L
Q
 
E
Q
 
-
L
 
-
E
 
E
K
 
K
L
 
F
R
 
P
L
 
Q
D
 
V
G
 
A
P
 
A
A
 
T
G
 
G
I
 
D
G
 
G
P
 
P
D
 
D
V
 
I
L
 
I
V
 
F
I
x
W
P
 
A
N
 
H
D
|
D
Q
x
R
L
 
F
G
 
G
G
 
G
A
 
Y
V
 
A
V
 
Q
Q
 
S
G
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
A
P
 
E
L
 
I
T
 
T
L
 
P
D
 
D
Q
 
K
A
 
A
K
 
F
Q
 
Q
E
 
D
A
 
K
F
 
L
T
 
Y
P
 
P
A
 
F
S
 
T
I
 
W
N
 
D
A
 
A
F
 
V
H
 
R
M
 
Y
D
 
N
N
 
G
V
 
K
L
 
L
Y
 
I
G
 
A
V
 
Y
P
 
P
K
 
I
A
 
A
V
 
V
E
|
E
T
 
A
L
 
L
V
 
S
L
 
L
I
 
I
Y
 
Y
N
 
N
K
 
K
D
 
D
L
 
L
I
 
L
D
 
P
K
 
N
P
 
P
L
 
P
D
 
K
S
 
T
L
 
W
Q
 
E
A
 
E
W
 
I
F
 
P
D
 
A
Y
 
L
S
 
D
K
 
K
K
 
E
Q
 
L
R
 
K
E
 
A
E
 
K
G
 
G
K
 
K
Y
 
S
G
 
A
L
 
L
L
 
M
A
 
F
K
 
N
F
 
L
D
 
Q
Q
x
E
I
x
P
Y
|
Y
Y
 
F
S
 
T
W
 
W
G
 
P
A
 
L
I
 
I
G
 
A
P
 
A
M
 
D
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
A
F
 
F
G
 
-
K
 
K
N
 
Y
D
 
E
K
 
N
G
 
G
G
 
K
F
 
Y
N
 
D
P
 
I
Q
 
K
D
 
D
V
 
V
G
 
G
L
 
V
N
 
D
K
 
N
P
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
K
E
 
A
A
 
G
V
 
L
T
 
T
F
 
F
L
 
L
K
 
V
K
 
D
F
 
L
Y
 
I
T
 
K
D
 
N
K
 
K
V
 
H
F
 
M
P
 
N
A
 
A
G
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
D
 
D
N
 
T
G
 
D
L
 
Y
N
 
S
A
 
I
I
 
A
D
 
E
S
 
A
L
 
A
F
 
F
T
 
N
E
 
K
K
 
G
K
 
E
A
 
T
A
 
A
A
 
M
V
 
T
I
 
I
N
 
N
G
 
G
P
 
P
W
|
W
A
 
A
F
 
W
Q
 
S
P
 
N
Y
 
I
E
 
D
A
 
T
A
 
S
G
 
K
I
 
V
H
 
N
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
T
P
 
V
L
 
L
P
 
P
T
 
T
L
 
F
P
 
K
D
 
-
G
 
G
K
 
Q
P
 
P
M
 
S
S
 
K
S
 
P
F
 
F
L
 
V
G
 
G
V
 
V
K
 
L
G
 
S
Y
 
A
V
 
G
V
 
I
S
 
N
T
 
A
W
 
A
S
 
S
K
 
P
D
 
N
K
 
K
A
 
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
K
Q
 
E
F
 
F
I
 
L
E
 
E
-
 
N
F
 
Y
I
 
L
N
 
L
Q
 
T
P
 
D
Q
 
E
Y
 
G
V
 
L
K
 
E
A
 
-
R
 
-
Y
 
-
V
 
-
A
 
A
T
 
V
G
 
N
E
 
K
I
 
D
P
 
K
P
 
P
L
 
L
K
 
G
A
 
A
M
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
K
-
 
S
I
 
Y
D
 
E
D
 
E
P
 
E
L
 
L
I
 
V
K
 
K
N
 
-
D
 
D
E
 
P
K
 
R
A
 
I
S
 
A
A
 
A
V
 
T
A
 
M
V
 
E
Q
 
N
S
 
A
A
 
Q
R
 
K
A
 
G
T
 
E
A
 
I
M
 
M
P
 
P
G
 
N
I
 
I
P
 
P
E
 
Q
M
 
M
G
 
S
E
 
A
V
 
F
W
|
W
G
 
Y
P
 
A
A
 
V
N
 
R
A
 
T
A
 
A
L
 
V
E
 
I
L
 
N
S
 
A
L
 
A
T
 
S
G
 
G
K
 
R
Q
 
Q
E
 
T
P
 
V
K
 
D
A
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
K
N
 
D
A
 
A
E
 
Q
K
 
T
Q
 
R
I
 
I

5azaA Crystal structure of mbp-saglb fusion protein with a 20-residue spacer in the connector helix (see paper)
30% identity, 90% coverage: 28:398/410 of query aligns to 5:368/836 of 5azaA

query
sites
5azaA
G
 
G
Q
 
K
L
 
L
N
 
V
V
 
I
W
 
W
E
 
I
D
 
N
I
 
G
K
x
D
K
|
K
S
 
G
-
 
Y
D
 
N
G
 
G
I
 
L
K
 
A
A
 
E
A
 
V
V
 
G
N
 
K
D
 
K
F
 
F
E
 
E
K
 
K
Q
 
D
F
 
T
N
 
G
V
 
I
K
 
K
V
 
V
N
 
T
V
 
V
Q
 
E
E
 
H
M
 
P
P
 
D
Y
 
K
A
 
L
Q
 
E
Q
 
-
L
 
-
E
 
E
K
 
K
L
 
F
R
 
P
L
 
Q
D
 
V
G
 
A
P
 
A
A
 
T
G
 
G
I
 
D
G
 
G
P
 
P
D
 
D
V
 
I
L
 
I
V
 
F
I
x
W
P
 
A
N
 
H
D
|
D
Q
x
R
L
 
F
G
 
G
G
 
G
A
 
Y
V
 
A
V
 
Q
Q
 
S
G
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
A
P
 
E
L
 
I
T
 
T
L
 
P
D
 
D
Q
 
K
A
 
A
K
 
F
Q
 
Q
E
 
D
A
 
K
F
 
L
T
 
Y
P
 
P
A
 
F
S
 
T
I
 
W
N
 
D
A
 
A
F
 
V
H
 
R
M
 
Y
D
 
N
N
 
G
V
 
K
L
 
L
Y
 
I
G
 
A
V
 
Y
P
 
P
K
 
I
A
 
A
V
 
V
E
|
E
T
 
A
L
 
L
V
 
S
L
 
L
I
 
I
Y
 
Y
N
 
N
K
 
K
D
 
D
L
 
L
I
 
L
D
 
P
K
 
N
P
 
P
L
 
P
D
 
K
S
 
T
L
 
W
Q
 
E
A
 
E
W
 
I
F
 
P
D
 
A
Y
 
L
S
 
D
K
 
K
K
 
E
Q
 
L
R
 
K
E
 
A
E
 
K
G
 
G
K
 
K
Y
 
S
G
 
A
L
 
L
L
 
M
A
 
F
K
 
N
F
 
L
D
 
Q
Q
x
E
I
x
P
Y
|
Y
Y
 
F
S
 
T
W
 
W
G
 
P
A
 
L
I
 
I
G
 
A
P
 
A
M
 
D
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
A
F
 
F
G
 
-
K
 
K
N
 
Y
D
 
E
K
 
N
G
 
G
G
 
K
F
 
Y
N
 
D
P
 
I
Q
 
K
D
 
D
V
 
V
G
 
G
L
 
V
N
 
D
K
 
N
P
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
K
E
 
A
A
 
G
V
 
L
T
 
T
F
 
F
L
 
L
K
 
V
K
 
D
F
 
L
Y
 
I
T
 
K
D
 
N
K
 
K
V
 
H
F
 
M
P
 
N
A
 
A
G
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
D
 
D
N
 
T
G
 
D
L
 
Y
N
 
S
A
 
I
I
 
A
D
 
E
S
 
A
L
 
A
F
 
F
T
 
N
E
 
K
K
 
G
K
 
E
A
 
T
A
 
A
A
 
M
V
 
T
I
 
I
N
 
N
G
 
G
P
 
P
W
|
W
A
 
A
F
 
W
Q
 
S
P
 
N
Y
 
I
E
 
D
A
 
T
A
 
S
G
 
K
I
 
V
H
 
N
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
T
P
 
V
L
 
L
P
 
P
T
 
T
L
 
F
P
 
-
D
 
K
G
 
G
K
 
Q
P
 
P
M
 
S
S
 
K
S
 
P
F
 
F
L
 
V
G
 
G
V
 
V
K
 
L
G
 
S
Y
 
A
V
 
G
V
 
I
S
 
N
T
 
A
W
 
A
S
 
S
K
 
P
D
 
N
K
 
K
A
 
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
K
Q
 
E
F
 
F
I
 
L
E
 
E
-
 
N
F
 
Y
I
 
L
N
 
L
Q
 
T
P
 
D
Q
 
E
Y
 
G
V
 
L
K
 
E
A
 
-
R
 
-
Y
 
-
V
 
-
A
 
A
T
 
V
G
 
N
E
 
K
I
 
D
P
 
K
P
 
P
L
 
L
K
 
G
A
 
A
M
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
K
-
 
S
I
 
Y
D
 
E
D
 
E
P
 
E
L
 
L
I
 
V
K
 
K
N
 
-
D
 
D
E
 
P
K
 
R
A
 
I
S
 
A
A
 
A
V
 
T
A
 
M
V
 
E
Q
 
N
S
 
A
A
 
Q
R
 
K
A
 
G
T
 
E
A
 
I
M
 
M
P
 
P
G
 
N
I
 
I
P
 
P
E
 
Q
M
 
M
G
 
S
E
 
A
V
 
F
W
|
W
G
 
Y
P
 
A
A
 
V
N
 
R
A
 
T
A
 
A
L
 
V
E
 
I
L
 
N
S
 
A
L
 
A
T
 
S
G
 
G
K
 
R
Q
 
Q
E
 
T
P
 
V
K
 
D
A
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
K
N
 
D
A
 
A
E
 
Q
K
 
T
Q
 
R
I
 
I

Sites not aligning to the query:

4b3nA Crystal structure of rhesus trim5alpha pry/spry domain (see paper)
30% identity, 91% coverage: 28:402/410 of query aligns to 1:368/557 of 4b3nA

query
sites
4b3nA
G
 
G
Q
 
K
L
 
L
N
 
V
V
 
I
W
 
W
E
 
I
D
 
N
I
 
G
K
 
D
K
|
K
S
 
G
-
 
Y
D
 
N
G
 
G
I
 
L
K
 
A
A
 
E
A
 
V
V
 
G
N
 
K
D
 
K
F
 
F
E
 
E
K
 
K
Q
 
D
F
 
T
N
 
G
V
 
I
K
 
K
V
 
V
N
 
T
V
 
V
Q
 
E
E
 
H
M
 
P
P
 
D
Y
 
K
A
 
L
Q
 
E
Q
 
-
L
 
-
E
 
E
K
 
K
L
 
F
R
 
P
L
 
Q
D
 
V
G
 
A
P
 
A
A
 
T
G
 
G
I
 
D
G
 
G
P
 
P
D
 
D
V
 
I
L
 
I
V
 
F
I
x
W
P
 
A
N
 
H
D
|
D
Q
x
R
L
 
F
G
 
G
G
 
G
A
 
Y
V
 
A
V
 
Q
Q
 
S
G
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
A
P
 
E
L
 
I
T
 
T
L
 
P
D
 
D
Q
 
K
A
 
A
K
 
F
Q
 
Q
E
 
D
A
 
K
F
 
L
T
 
Y
P
 
P
A
 
F
S
 
T
I
 
W
N
 
D
A
 
A
F
 
V
H
 
R
M
 
Y
D
 
N
N
 
G
V
 
K
L
 
L
Y
 
I
G
 
A
V
 
Y
P
 
P
K
 
I
A
 
A
V
 
V
E
|
E
T
 
A
L
 
L
V
 
S
L
 
L
I
 
I
Y
 
Y
N
 
N
K
 
K
D
 
D
L
 
L
I
 
L
D
 
P
K
 
N
P
 
P
L
 
P
D
 
K
S
 
T
L
 
W
Q
 
E
A
 
E
W
 
I
F
 
P
D
 
A
Y
 
L
S
 
D
K
 
K
K
 
E
Q
 
L
R
 
K
E
 
A
E
 
K
G
 
G
K
 
K
Y
 
S
G
 
A
L
 
L
L
 
M
A
 
F
K
 
N
F
 
L
D
 
Q
Q
x
E
I
 
P
Y
|
Y
Y
 
F
S
 
T
W
 
W
G
 
P
A
 
L
I
 
I
G
 
A
P
 
A
M
 
D
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
A
F
 
F
G
 
-
K
 
K
N
 
Y
D
 
E
K
 
N
G
 
G
G
 
K
F
 
Y
N
 
D
P
 
I
Q
 
K
D
 
D
V
 
V
G
 
G
L
 
V
N
 
D
K
 
N
P
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
K
E
 
A
A
 
G
V
 
L
T
 
T
F
 
F
L
 
L
K
 
V
K
 
D
F
 
L
Y
 
I
T
 
K
D
 
N
K
 
K
V
 
H
F
 
M
P
 
N
A
 
A
G
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
D
 
D
N
 
T
G
 
D
L
 
Y
N
 
S
A
 
I
I
 
A
D
 
E
S
 
A
L
 
A
F
 
F
T
 
N
E
 
K
K
 
G
K
 
E
A
 
T
A
 
A
A
 
M
V
 
T
I
 
I
N
 
N
G
 
G
P
 
P
W
|
W
A
 
A
F
 
W
Q
 
S
P
 
N
Y
 
I
E
 
D
A
 
T
A
 
S
G
 
K
I
 
V
H
 
N
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
T
P
 
V
L
 
L
P
 
P
T
 
T
L
 
F
P
 
-
D
 
K
G
 
G
K
 
Q
P
 
P
M
 
S
S
 
K
S
 
P
F
 
F
L
 
V
G
 
G
V
 
V
K
 
L
G
 
S
Y
 
A
V
 
G
V
 
I
S
 
D
T
 
A
W
 
A
S
 
S
K
 
P
D
 
N
K
 
K
A
 
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
K
Q
 
E
F
 
F
I
 
L
E
 
E
F
 
-
I
 
-
N
 
-
Q
 
-
P
 
-
Q
 
-
Y
 
-
V
 
-
K
 
-
A
 
-
R
 
N
Y
 
Y
V
 
L
A
 
L
T
 
T
G
 
D
E
 
E
I
 
-
P
 
-
P
 
G
L
 
L
K
 
E
A
 
A
M
 
V
-
 
N
I
 
K
D
 
D
D
 
K
P
 
P
L
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
K
-
 
S
-
 
Y
-
 
E
-
 
E
-
 
E
I
 
L
K
 
A
N
 
K
D
 
D
E
 
P
K
 
R
A
 
I
S
 
A
A
 
A
V
 
T
A
 
M
V
 
E
Q
 
N
S
 
A
A
 
Q
R
 
K
A
 
G
T
 
E
A
 
I
M
 
M
P
 
P
G
 
N
I
 
I
P
 
P
E
 
Q
M
 
M
G
 
S
E
 
A
V
 
F
W
|
W
G
 
Y
P
 
A
A
 
V
N
 
R
A
 
T
A
 
A
L
 
V
E
 
I
L
 
N
S
 
A
L
 
A
T
 
S
G
 
G
K
 
R
Q
 
Q
E
 
T
P
 
V
K
 
D
A
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
K
N
 
D
A
 
A
E
 
Q
K
 
T
Q
 
R
I
 
I
K
 
T
M
 
R
Q
 
R
I
 
V

5z0rB Structural insight into the zika virus capsid encapsulating the viral genome (see paper)
30% identity, 91% coverage: 28:401/410 of query aligns to 6:372/445 of 5z0rB

query
sites
5z0rB
G
 
G
Q
 
K
L
 
L
N
 
V
V
 
I
W
 
W
E
 
I
D
 
N
I
 
G
K
x
D
K
|
K
S
 
G
-
 
Y
D
 
N
G
 
G
I
 
L
K
 
A
A
 
E
A
 
V
V
 
G
N
 
K
D
 
K
F
 
F
E
 
E
K
 
K
Q
 
D
F
 
T
N
 
G
V
 
I
K
 
K
V
 
V
N
 
T
V
 
V
Q
 
E
E
 
H
M
 
P
P
 
D
Y
 
K
A
 
L
Q
 
E
Q
 
-
L
 
-
E
 
E
K
 
K
L
 
F
R
 
P
L
 
Q
D
 
V
G
 
A
P
 
A
A
 
T
G
 
G
I
 
D
G
 
G
P
 
P
D
 
D
V
 
I
L
 
I
V
 
F
I
x
W
P
 
A
N
 
H
D
|
D
Q
x
R
L
 
F
G
 
G
G
 
G
A
 
Y
V
 
A
V
 
Q
Q
 
S
G
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
A
P
 
E
L
 
I
T
 
T
L
 
P
D
 
D
Q
 
K
A
 
A
K
 
F
Q
 
Q
E
 
D
A
 
K
F
 
L
T
 
Y
P
 
P
A
 
F
S
 
T
I
 
W
N
 
D
A
 
A
F
 
V
H
 
R
M
 
Y
D
 
N
N
 
G
V
 
K
L
 
L
Y
 
I
G
 
A
V
 
Y
P
 
P
K
 
I
A
 
A
V
 
V
E
|
E
T
 
A
L
 
L
V
 
S
L
 
L
I
 
I
Y
 
Y
N
 
N
K
 
K
D
 
D
L
 
L
I
 
L
D
 
P
K
 
N
P
 
P
L
 
P
D
 
K
S
 
T
L
 
W
Q
 
E
A
 
E
W
 
I
F
 
P
D
 
A
Y
 
L
S
 
D
K
 
K
K
 
E
Q
 
L
R
 
K
E
 
A
E
 
K
G
 
G
K
 
K
Y
 
S
G
 
A
L
 
L
L
 
M
A
 
F
K
 
N
F
 
L
D
 
Q
Q
x
E
I
 
P
Y
|
Y
Y
 
F
S
 
T
W
 
W
G
 
P
A
 
L
I
 
I
G
 
A
P
 
A
M
 
D
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
A
F
 
F
G
 
-
K
 
K
N
 
Y
D
 
E
K
 
N
G
 
G
G
 
K
F
 
Y
N
 
D
P
 
I
Q
 
K
D
 
D
V
 
V
G
 
G
L
 
V
N
 
D
K
 
N
P
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
K
E
 
A
A
 
G
V
 
L
T
 
T
F
 
F
L
 
L
K
 
V
K
 
D
F
 
L
Y
 
I
T
 
K
D
 
N
K
 
K
V
 
H
F
 
M
P
 
N
A
 
A
G
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
D
 
D
N
 
T
G
 
D
L
 
Y
N
 
S
A
 
I
I
 
A
D
 
E
S
 
A
L
 
A
F
 
F
T
 
N
E
 
K
K
 
G
K
 
E
A
 
T
A
 
A
A
 
M
V
 
T
I
 
I
N
 
N
G
 
G
P
 
P
W
 
W
A
 
A
F
 
W
Q
 
S
P
 
N
Y
 
I
E
 
D
A
 
T
A
 
S
G
 
K
I
 
V
H
 
N
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
T
P
 
V
L
 
L
P
 
P
T
 
T
L
 
F
P
 
-
D
 
K
G
 
G
K
 
Q
P
 
P
M
 
S
S
 
K
S
 
P
F
 
F
L
 
V
G
 
G
V
 
V
K
 
L
G
 
S
Y
 
A
V
 
G
V
 
I
S
 
D
T
 
A
W
 
A
S
 
S
K
 
P
D
 
N
K
 
K
A
 
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
K
Q
 
E
F
 
F
I
 
L
E
 
E
F
 
-
I
 
-
N
 
-
Q
 
-
P
 
-
Q
 
-
Y
 
-
V
 
-
K
 
-
A
 
-
R
 
N
Y
 
Y
V
 
L
A
 
L
T
 
T
G
 
D
E
 
E
I
 
-
P
 
-
P
 
G
L
 
L
K
 
E
A
 
A
M
 
V
-
 
N
I
 
K
D
 
D
D
 
K
P
 
P
L
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
K
-
 
S
-
 
Y
-
 
E
-
 
E
-
 
E
I
 
L
K
 
A
N
 
K
D
 
D
E
 
P
K
 
R
A
 
I
S
 
A
A
 
A
V
 
T
A
 
M
V
 
E
Q
 
N
S
 
A
A
 
Q
R
 
K
A
 
G
T
 
E
A
 
I
M
 
M
P
 
P
G
 
N
I
 
I
P
 
P
E
 
Q
M
 
M
G
 
S
E
 
A
V
 
F
W
|
W
G
 
Y
P
 
A
A
 
V
N
 
R
A
 
T
A
 
A
L
 
V
E
 
I
L
 
N
S
 
A
L
 
A
T
 
S
G