SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing BWI76_RS06705 BWI76_RS06705 binding-protein-dependent transport system inner membrane protein to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

P94530 Arabinooligosaccharides transport system permease protein AraQ from Bacillus subtilis (strain 168) (see paper)
34% identity, 95% coverage: 14:283/283 of query aligns to 12:281/281 of P94530

query
sites
P94530
R
 
R
L
 
I
S
 
A
L
 
L
T
 
T
W
 
-
L
 
L
V
 
F
V
 
F
I
 
M
F
 
M
V
 
L
S
 
S
T
 
L
M
 
L
I
 
Y
I
 
L
Y
 
F
P
 
P
L
 
I
V
 
F
W
 
C
T
 
L
V
 
L
G
 
L
A
 
G
S
 
S
L
 
L
N
 
K
A
 
P
G
 
S
N
 
S
S
 
E
L
 
L
L
 
L
S
 
R
T
 
V
-
 
G
-
 
L
-
 
N
-
 
L
S
 
D
I
 
I
I
 
D
P
 
P
E
 
K
N
 
V
L
 
M
S
 
S
F
 
F
Q
 
D
H
 
N
Y
 
Y
A
 
T
D
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
N
G
 
G
N
 
G
V
 
S
N
 
I
Y
 
Y
L
 
F
T
 
K
W
 
W
Y
 
F
W
 
F
N
 
N
S
 
S
M
 
L
K
 
V
I
 
L
S
 
G
F
 
L
M
 
F
T
 
T
M
 
T
V
 
V
L
 
L
T
 
T
L
 
L
I
 
F
S
 
F
V
 
S
S
 
S
F
 
M
T
 
I
A
 
G
Y
 
Y
A
 
G
F
 
L
S
 
A
R
 
V
F
 
Y
R
 
D
F
 
F
K
 
K
G
 
G
R
 
R
Q
 
N
N
 
I
G
 
I
L
 
F
M
 
V
L
 
L
F
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
I
Q
 
M
M
 
M
I
 
V
P
 
P
Q
 
L
F
 
E
S
 
V
A
 
M
L
 
M
I
 
L
A
 
P
I
 
L
F
 
F
V
 
K
L
 
L
S
 
T
Q
 
V
L
 
G
L
 
L
G
 
H
L
 
L
I
 
I
N
 
D
S
 
S
H
 
Y
L
 
T
A
 
G
L
 
V
V
 
I
L
 
L
I
 
P
Y
 
F
V
 
I
G
 
-
G
 
-
M
 
V
I
 
S
P
 
P
M
 
V
N
 
A
T
 
V
W
 
F
L
 
F
M
 
F
K
 
R
G
 
Q
Y
 
Y
L
 
A
D
 
L
A
 
G
I
 
L
P
 
P
K
 
R
D
 
D
L
 
L
D
 
L
E
 
D
S
 
S
A
 
A
R
 
R
M
 
M
D
|
D
G
 
G
A
 
C
S
 
T
S
 
E
F
 
F
R
 
G
I
 
I
F
 
F
F
 
F
E
 
R
I
 
I
I
 
M
M
 
A
P
 
P
L
 
L
S
 
M
K
 
K
P
 
P
I
 
A
L
 
F
A
 
G
V
 
A
V
 
M
A
 
I
L
 
I
F
 
L
S
 
Q
F
 
S
T
 
L
G
 
N
P
 
S
L
 
W
G
 
N
D
 
N
F
 
F
I
 
L
L
 
W
S
 
P
S
 
L
T
 
I
I
 
V
L
 
L
R
 
R
T
 
S
P
 
K
D
 
E
K
 
M
Y
 
F
T
 
T
L
 
L
P
 
P
I
 
I
G
 
G
L
 
L
Y
 
S
N
 
S
L
 
L
V
 
L
A
 
S
Q
 
P
K
 
Y
M
 
-
G
 
G
A
 
N
S
 
N
Y
 
Y
T
 
D
T
 
M
Y
 
L
A
 
I
A
 
S
G
 
G
A
 
S
V
 
V
L
 
F
I
 
A
A
 
I
V
 
L
P
 
P
V
 
V
A
 
I
I
 
I
L
 
I
Y
 
F
L
 
L
A
 
F
L
 
F
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
V
 
I
S
 
S
G
 
G
L
 
L
T
 
T
S
 
V
G
 
G
S
 
G
T
 
V
K
 
K
G
 
G

P68183 Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalG from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
33% identity, 98% coverage: 8:283/283 of query aligns to 7:296/296 of P68183

query
sites
P68183
K
 
K
R
 
S
E
 
Q
K
 
K
W
 
-
I
 
A
R
 
R
L
 
L
S
 
F
L
 
I
T
 
T
W
 
H
L
 
L
V
 
L
V
 
L
I
 
L
F
 
L
V
 
F
S
 
I
T
 
A
M
 
A
I
 
I
I
 
M
Y
 
F
P
 
P
L
 
L
V
 
L
W
 
M
T
 
V
V
 
V
G
 
A
A
 
I
S
 
S
L
 
L
N
 
R
A
 
Q
G
 
G
N
 
N
S
 
-
L
 
F
L
 
A
S
 
T
T
 
G
S
 
S
I
 
L
I
 
I
P
 
P
E
 
E
N
 
Q
L
 
I
S
 
S
F
 
W
Q
 
D
H
 
H
Y
 
W
-
 
K
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
F
-
 
S
A
 
V
D
 
E
L
 
Q
F
 
A
N
 
D
G
 
G
N
 
R
V
 
I
N
 
T
-
 
P
-
 
P
-
 
P
-
 
F
-
 
P
Y
 
V
L
 
L
T
 
L
W
 
W
Y
 
L
W
 
W
N
 
N
S
 
S
M
 
V
K
 
K
I
 
V
S
 
A
F
 
G
M
 
I
T
 
S
M
 
A
V
 
I
L
 
G
T
 
I
L
 
V
I
 
A
S
 
L
V
 
S
S
 
T
F
 
T
T
 
C
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
F
 
F
S
 
A
R
 
R
F
 
M
R
 
R
F
 
F
K
 
P
G
 
G
R
 
K
Q
 
A
N
 
T
G
 
L
L
 
L
M
 
K
L
 
G
F
 
M
L
 
L
L
 
I
L
 
F
Q
 
Q
M
 
M
I
 
F
P
 
P
Q
 
A
F
 
V
S
 
L
A
 
S
L
 
L
I
 
V
A
 
A
I
 
L
F
 
Y
V
 
A
L
 
L
S
 
F
Q
 
D
L
 
R
L
 
L
G
 
G
L
 
E
-
 
Y
-
 
I
-
 
P
-
 
F
-
 
I
-
 
G
I
 
L
N
 
N
S
 
T
H
 
H
L
 
G
A
 
G
L
 
V
V
 
I
L
 
F
I
 
A
Y
 
Y
V
 
L
G
 
G
G
 
G
M
 
-
I
 
I
P
 
A
M
 
L
N
 
H
T
 
V
W
 
W
L
 
T
M
 
I
K
 
K
G
 
G
Y
 
Y
L
 
F
D
 
E
A
 
T
I
 
I
P
 
D
K
 
S
D
 
S
L
 
L
D
 
E
E
|
E
S
 
A
A
|
A
R
 
A
M
 
L
D
 
D
G
|
G
A
 
A
S
 
T
S
 
P
F
 
W
R
 
Q
I
 
A
F
 
F
F
 
R
E
 
L
I
 
V
I
 
L
M
 
L
P
|
P
L
 
L
S
 
S
K
 
V
P
 
P
I
 
I
L
 
L
A
 
A
V
 
V
V
 
V
A
 
F
L
 
I
F
 
L
S
 
S
F
 
F
T
 
I
G
 
A
P
 
A
L
 
I
G
 
T
D
 
E
F
 
V
I
 
P
L
 
V
S
 
A
S
 
S
T
 
L
I
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
D
P
 
V
D
 
N
K
 
S
Y
 
Y
T
 
T
L
 
L
P
 
A
I
 
V
G
 
G
L
 
M
Y
 
Q
N
 
Q
L
 
Y
V
 
L
A
 
-
Q
 
N
K
 
P
M
 
Q
G
 
N
A
 
Y
S
 
L
Y
 
W
T
 
G
T
 
D
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
G
 
A
A
 
A
V
 
V
L
 
M
I
 
S
A
 
A
V
 
L
P
 
P
V
 
I
A
 
T
I
 
I
L
 
V
Y
 
F
L
 
L
A
 
L
L
 
A
Q
 
Q
K
 
R
Y
 
W
F
 
L
V
 
V
S
 
N
G
 
G
L
 
L
T
 
T
S
 
A
G
 
G
S
 
G
T
 
V
K
 
K
G
 
G

4ki0F Crystal structure of the maltose-binding protein/maltose transporter complex in an outward-facing conformation bound to maltohexaose (see paper)
35% identity, 30% coverage: 155:239/283 of query aligns to 357:452/490 of 4ki0F

query
sites
4ki0F
M
 
L
I
 
I
P
 
I
M
 
V
N
|
N
T
 
T
W
 
W
L
 
L
-
x
G
-
 
Y
-
 
P
-
x
Y
-
 
M
-
 
M
-
 
I
-
 
L
M
 
C
K
 
M
G
 
G
Y
 
L
L
 
L
D
 
K
A
 
A
I
 
I
P
 
P
K
 
D
D
 
D
L
 
L
D
 
Y
E
 
E
S
 
A
A
 
S
R
 
A
M
 
M
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
G
S
 
P
F
 
F
R
 
Q
I
 
N
F
 
F
F
 
F
E
 
K
I
 
I
I
 
T
M
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
L
K
 
I
P
 
K
I
 
P
L
 
L
A
 
T
V
 
P
V
 
L
A
 
M
L
 
I
F
 
A
S
|
S
F
 
F
T
 
A
G
 
F
P
x
N
L
 
F
G
 
N
D
 
N
F
 
F
I
 
V
L
 
L
S
 
I
S
 
Q
T
 
L
I
 
L
L
 
T
R
 
N
-
 
G
T
 
G
P
 
P
D
 
D
K
 
R
Y
 
L
-
 
G
-
 
T
T
 
T
L
 
T
P
 
P
I
 
A
G
 
G
L
 
Y
Y
 
T
N
 
D
L
 
L
V
 
L

Sites not aligning to the query:

P02916 Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalF from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
35% identity, 30% coverage: 155:239/283 of query aligns to 372:467/514 of P02916

query
sites
P02916
M
x
L
I
 
I
P
 
I
M
 
V
N
|
N
T
 
T
W
 
W
L
 
L
-
x
G
-
 
Y
-
 
P
-
 
Y
-
 
M
-
 
M
-
 
I
-
 
L
M
 
C
K
 
M
G
 
G
Y
 
L
L
 
L
D
 
K
A
 
A
I
 
I
P
 
P
K
 
D
D
 
D
L
 
L
D
 
Y
E
|
E
S
 
A
A
x
S
R
 
A
M
 
M
D
 
D
G
|
G
A
 
A
S
 
G
S
 
P
F
 
F
R
 
Q
I
 
N
F
 
F
F
 
F
E
 
K
I
 
I
I
 
T
M
 
L
P
|
P
L
 
L
S
 
L
K
 
I
P
 
K
I
 
P
L
 
L
A
 
T
V
 
P
V
 
L
A
 
M
L
 
I
F
 
A
S
 
S
F
 
F
T
 
A
G
 
F
P
 
N
L
 
F
G
 
N
D
 
N
F
 
F
I
 
V
L
 
L
S
 
I
S
 
Q
T
 
L
I
 
L
L
 
T
R
 
N
-
 
G
T
 
G
P
 
P
D
 
D
K
 
R
Y
 
L
-
 
G
-
 
T
T
 
T
L
 
T
P
 
P
I
 
A
G
 
G
L
 
Y
Y
 
T
N
 
D
L
 
L
V
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>BWI76_RS06705 BWI76_RS06705 binding-protein-dependent transport system inner membrane protein
MAKSPSIKREKWIRLSLTWLVVIFVSTMIIYPLVWTVGASLNAGNSLLSTSIIPENLSFQ
HYADLFNGNVNYLTWYWNSMKISFMTMVLTLISVSFTAYAFSRFRFKGRQNGLMLFLLLQ
MIPQFSALIAIFVLSQLLGLINSHLALVLIYVGGMIPMNTWLMKGYLDAIPKDLDESARM
DGASSFRIFFEIIMPLSKPILAVVALFSFTGPLGDFILSSTILRTPDKYTLPIGLYNLVA
QKMGASYTTYAAGAVLIAVPVAILYLALQKYFVSGLTSGSTKG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory