SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing BWI76_RS07665 FitnessBrowser__Koxy:BWI76_RS07665 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5ibqA Crystal structure of an abc solute binding protein from rhizobium etli cfn 42 (rhe_pf00037,target efi-511357) in complex with alpha-d-apiose
49% identity, 90% coverage: 28:307/311 of query aligns to 5:284/287 of 5ibqA

query
sites
5ibqA
I
 
I
M
 
A
I
 
I
M
 
I
V
 
T
N
 
P
S
 
A
L
 
H
D
 
D
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
Y
 
F
A
 
K
S
 
A
E
 
E
A
 
A
K
 
V
G
 
G
A
 
A
S
 
E
E
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
E
T
 
T
T
 
L
I
 
V
L
 
M
S
 
T
H
 
H
G
 
D
E
 
D
D
 
D
V
 
A
K
 
N
K
 
K
Q
 
Q
N
 
S
E
 
E
L
 
M
I
 
I
D
 
D
T
 
T
A
 
A
I
 
I
G
 
G
K
 
R
K
 
G
V
 
A
Q
 
K
G
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
L
D
 
D
N
 
N
A
 
A
D
 
G
S
 
A
T
 
D
A
 
A
S
 
S
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
V
E
 
K
K
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
S
V
 
F
L
 
L
I
 
I
N
x
D
R
|
R
E
 
E
I
 
I
P
 
N
V
 
A
D
 
T
D
 
G
I
 
V
A
 
A
L
 
V
E
 
A
Q
 
Q
I
 
I
T
 
V
H
 
S
N
 
N
N
 
N
F
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
G
 
A
S
 
Q
E
 
L
V
 
G
A
 
A
N
 
Q
V
 
E
F
 
F
V
 
V
E
 
K
K
 
L
M
 
M
A
 
G
E
 
E
K
 
K
G
 
G
K
 
N
Y
 
Y
A
 
V
E
 
E
L
 
L
T
 
V
C
 
G
N
 
K
L
 
E
A
 
S
D
|
D
N
 
T
N
|
N
C
 
A
V
 
G
T
 
I
R
|
R
S
 
S
K
 
Q
S
 
G
F
 
Y
H
 
H
Q
x
D
V
 
V
I
 
I
D
|
D
Q
x
D
Y
 
Y
P
 
P
D
 
E
M
 
M
V
 
K
S
 
S
V
 
V
A
 
A
K
 
K
Q
 
Q
D
 
S
A
 
A
K
 
N
G
x
W
T
 
S
L
 
Q
I
 
T
D
 
E
G
 
A
K
 
Y
R
 
S
I
 
K
M
 
M
D
 
E
S
 
T
I
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
H
 
N
P
 
P
D
 
D
V
 
I
K
 
K
G
 
G
V
 
V
I
 
I
C
 
S
G
 
G
N
|
N
G
 
D
P
 
T
V
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
A
 
A
N
 
G
R
 
R
N
 
K
D
 
D
V
 
V
V
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
D
 
D
E
 
V
R
 
R
D
 
D
A
 
S
V
 
I
K
 
K
A
 
S
G
 
G
T
 
G
L
 
I
Q
 
K
A
 
A
T
 
T
V
 
V
M
 
L
L
 
Q
Q
 
P
A
 
A
Q
 
Y
A
 
A
I
 
Q
A
 
A
A
 
Q
Q
 
L
G
 
A
V
 
V
T
 
E
D
 
Q
L
 
A
D
 
D
N
 
A
Y
 
Y
L
 
I
Q
 
K
K
 
N
G
 
K
E
 
T
K
 
T
P
 
P
A
 
K
K
 
E
Q
 
E
R
 
K
V
 
Q
M
 
L
F
 
M
R
 
D
G
 
C
I
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
N
Q
 
A
D
 
D
N
 
N
A
 
A
D
 
G
K
 
K
V
 
L
Q
 
E
D
 
T
F
 
F

4ry0A Crystal structure of ribose transporter solute binding protein rhe_pf00037 from rhizobium etli cfn 42, target efi-511357, in complex with d-ribose
49% identity, 90% coverage: 28:307/311 of query aligns to 5:284/287 of 4ry0A

query
sites
4ry0A
I
 
I
M
 
A
I
 
I
M
 
I
V
 
T
N
 
P
S
 
A
L
 
H
D
 
D
N
|
N
P
 
P
Y
 
F
Y
x
F
A
 
K
S
 
A
E
 
E
A
 
A
K
 
V
G
 
G
A
 
A
S
 
E
E
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
E
T
 
T
T
 
L
I
 
V
L
 
M
S
 
T
H
 
H
G
 
D
E
 
D
D
 
D
V
 
A
K
 
N
K
 
K
Q
 
Q
N
 
S
E
 
E
L
 
M
I
 
I
D
 
D
T
 
T
A
 
A
I
 
I
G
 
G
K
 
R
K
 
G
V
 
A
Q
 
K
G
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
L
D
 
D
N
 
N
A
 
A
D
 
G
S
 
A
T
 
D
A
 
A
S
 
S
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
V
E
 
K
K
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
S
V
 
F
L
 
L
I
 
I
N
x
D
R
|
R
E
 
E
I
 
I
P
 
N
V
 
A
D
 
T
D
 
G
I
 
V
A
 
A
L
 
V
E
 
A
Q
 
Q
I
 
I
T
 
V
H
 
S
N
 
N
N
 
N
F
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
G
 
A
S
 
Q
E
 
L
V
 
G
A
 
A
N
 
Q
V
 
E
F
 
F
V
 
V
E
 
K
K
 
L
M
 
M
A
 
G
E
 
E
K
 
K
G
 
G
K
 
N
Y
 
Y
A
 
V
E
 
E
L
 
L
T
 
V
C
 
G
N
 
K
L
 
E
A
 
S
D
|
D
N
 
T
N
 
N
C
 
A
V
 
G
T
 
I
R
|
R
S
 
S
K
 
Q
S
 
G
F
 
Y
H
 
H
Q
x
D
V
 
V
I
 
I
D
|
D
Q
x
D
Y
 
Y
P
 
P
D
 
E
M
 
M
V
 
K
S
 
S
V
 
V
A
 
A
K
 
K
Q
 
Q
D
 
S
A
 
A
K
 
N
G
x
W
T
 
S
L
 
Q
I
 
T
D
 
E
G
 
A
K
 
Y
R
 
S
I
 
K
M
 
M
D
 
E
S
 
T
I
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
H
 
N
P
 
P
D
 
D
V
 
I
K
 
K
G
 
G
V
 
V
I
 
I
C
 
S
G
 
G
N
|
N
G
 
D
P
 
T
V
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
A
 
A
N
 
G
R
 
R
N
 
K
D
 
D
V
 
V
V
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
D
 
D
E
 
V
R
 
R
D
 
D
A
 
S
V
 
I
K
 
K
A
 
S
G
 
G
T
 
G
L
 
I
Q
 
K
A
 
A
T
 
T
V
 
V
M
 
L
L
x
Q
Q
 
P
A
 
A
Q
 
Y
A
 
A
I
 
Q
A
 
A
A
 
Q
Q
 
L
G
 
A
V
 
V
T
 
E
D
 
Q
L
 
A
D
 
D
N
 
A
Y
 
Y
L
 
I
Q
 
K
K
 
N
G
 
K
E
 
T
K
 
T
P
 
P
A
 
K
K
 
E
Q
 
E
R
 
K
V
 
Q
M
 
L
F
 
M
R
 
D
G
 
C
I
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
N
Q
 
A
D
 
D
N
 
N
A
 
A
D
 
G
K
 
K
V
 
L
Q
 
E
D
 
T
F
 
F

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
35% identity, 92% coverage: 25:310/311 of query aligns to 1:292/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
K
 
K
G
 
G
T
 
K
I
 
M
M
 
A
I
 
I
M
 
V
V
 
I
N
 
S
S
 
T
L
 
L
D
 
N
N
|
N
P
 
P
Y
x
W
Y
x
F
A
 
V
S
 
V
E
 
L
A
 
A
K
 
E
G
 
T
A
 
A
S
 
K
E
 
Q
K
 
R
A
 
A
K
 
E
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
E
T
 
A
T
 
T
I
 
I
L
 
F
S
 
D
H
 
S
G
 
Q
E
 
N
D
 
D
V
 
T
K
 
A
K
 
K
Q
 
E
N
 
S
E
 
A
L
 
H
I
 
F
D
 
D
T
 
A
A
 
I
I
 
I
G
 
A
K
 
A
K
 
G
V
 
Y
Q
 
D
G
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
F
D
 
N
N
 
P
A
 
T
D
 
D
S
 
A
T
 
D
A
 
G
S
 
S
V
 
I
A
 
A
A
 
N
I
 
V
E
 
K
K
 
R
A
 
A
K
 
K
K
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
F
L
 
C
I
 
V
N
x
D
R
|
R
E
 
G
I
 
I
P
 
N
V
 
A
D
 
R
D
 
G
I
 
L
A
 
A
L
 
V
E
 
A
Q
 
Q
I
 
I
T
 
Y
H
 
S
N
 
D
N
 
N
F
 
Y
Q
 
Y
A
 
G
G
 
G
S
 
V
E
 
L
V
 
M
A
 
G
N
 
E
V
 
Y
F
 
F
V
 
V
E
 
K
K
 
F
M
 
L
A
 
K
E
 
E
K
 
K
G
 
Y
K
 
P
-
 
D
-
 
A
-
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
P
Y
 
Y
A
 
A
E
 
E
L
 
L
T
 
L
C
 
G
N
 
I
L
 
L
A
 
S
D
 
A
N
 
Q
N
 
P
C
 
T
V
 
W
T
 
D
R
|
R
S
 
S
K
 
N
S
 
G
F
 
F
H
 
H
Q
 
S
V
 
V
I
 
V
D
 
D
Q
 
Q
Y
 
Y
P
 
P
D
 
E
M
 
F
V
 
K
S
 
M
V
 
V
A
 
A
K
 
Q
Q
 
Q
D
 
S
A
 
A
K
 
E
G
x
F
T
 
D
L
 
R
I
 
D
D
 
T
G
 
A
K
 
Y
R
 
K
I
 
V
M
 
T
D
 
E
S
 
Q
I
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
E
V
 
I
K
 
K
G
 
A
V
 
I
I
 
W
C
 
C
G
 
G
N
|
N
G
 
D
P
 
A
V
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
M
A
 
K
A
 
A
L
 
C
K
 
E
A
 
A
A
 
A
N
 
G
R
 
R
N
 
T
D
 
D
V
 
I
V
 
Y
V
 
I
V
 
F
G
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
A
N
 
E
D
 
D
E
 
V
R
 
I
D
 
N
A
 
A
V
 
I
K
 
K
A
 
E
G
 
G
T
 
K
-
 
Q
L
 
I
Q
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
I
M
 
M
L
x
Q
Q
 
F
A
 
P
Q
 
K
A
 
L
I
 
M
A
 
A
A
 
R
Q
 
L
G
 
A
V
 
V
T
 
E
D
 
W
L
 
A
D
 
D
N
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
Q
 
-
K
 
R
G
 
G
E
 
E
K
 
R
P
 
S
A
 
F
K
 
P
Q
 
E
R
 
I
V
 
V
M
 
P
F
 
V
R
 
T
G
 
V
I
 
E
L
 
L
I
 
V
T
 
T
Q
 
R
D
 
E
N
 
N
A
 
I
D
 
D
K
 
K
V
 
Y
Q
 
T
D
 
A
F
 
Y
N
 
G
I
 
R
K
 
K

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
35% identity, 88% coverage: 27:300/311 of query aligns to 2:272/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
T
 
T
I
 
I
M
 
G
I
 
L
M
 
V
V
 
I
N
 
S
S
 
T
L
 
L
D
 
N
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
Y
x
F
A
 
V
S
 
T
E
 
L
A
 
K
K
 
N
G
 
G
A
 
A
S
 
E
E
 
E
K
 
K
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
K
T
 
I
T
 
I
I
 
V
L
 
E
S
 
D
H
 
S
G
 
Q
E
 
N
D
 
D
V
 
S
K
 
S
K
 
K
Q
 
E
N
 
L
E
 
S
L
 
N
I
 
V
D
 
E
T
 
D
A
 
L
I
 
I
G
 
Q
K
 
Q
K
 
K
V
 
V
Q
 
D
G
 
V
I
 
L
I
 
L
L
 
I
D
 
N
N
 
P
A
 
V
D
 
D
S
 
S
T
 
D
A
 
A
S
 
V
V
 
V
A
 
T
A
 
A
I
 
I
E
 
K
K
 
E
A
 
A
K
 
N
K
 
S
A
 
K
G
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
L
 
T
I
 
I
N
x
D
R
|
R
E
 
S
I
 
A
P
 
N
V
 
G
D
 
G
D
 
D
I
 
V
A
 
V
L
 
C
E
 
-
Q
 
H
I
 
I
T
 
A
H
 
S
N
 
D
N
 
N
F
 
V
Q
 
K
A
 
G
G
 
G
S
 
E
E
 
M
V
 
A
A
 
A
N
 
E
V
 
F
F
 
I
V
 
A
E
 
K
K
 
A
M
 
L
A
 
K
E
 
G
K
 
K
G
 
G
K
 
N
Y
 
V
A
 
V
E
 
E
L
 
L
T
 
E
C
 
G
N
 
I
L
 
P
A
 
G
D
 
A
N
 
S
N
x
A
C
 
A
V
 
R
T
 
D
R
|
R
S
 
G
K
 
K
S
 
G
F
 
F
H
 
D
Q
 
E
V
 
A
I
 
I
D
 
A
Q
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
I
V
 
K
S
 
I
V
 
V
A
 
A
K
 
K
Q
 
Q
D
 
A
A
 
A
K
 
D
G
x
F
T
 
D
L
 
R
I
 
S
D
 
K
G
 
G
K
 
L
R
 
S
I
 
V
M
 
M
D
 
E
S
 
N
I
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
H
 
Q
P
 
P
D
 
K
V
 
I
K
 
D
G
 
A
V
 
V
I
 
F
C
 
A
G
 
Q
N
|
N
G
 
D
P
 
E
V
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
K
A
 
A
L
 
I
K
 
E
A
 
A
A
 
A
N
 
N
R
 
R
N
 
Q
D
 
G
V
 
I
V
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
T
N
 
E
D
 
D
E
 
A
R
 
L
D
 
K
A
 
A
V
 
I
K
 
K
A
 
E
G
 
G
T
 
K
L
 
M
Q
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
I
M
 
A
L
x
Q
Q
 
Q
A
 
P
Q
 
A
A
 
L
I
 
M
A
 
G
A
 
S
Q
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
E
D
 
M
L
 
A
D
 
D
N
 
K
Y
 
Y
L
 
L
Q
 
-
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
K
-
 
I
-
 
P
-
 
N
-
 
F
-
 
I
P
 
P
A
 
A
K
 
E
Q
 
L
R
 
K
V
 
-
M
 
-
F
 
-
R
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
K
D
 
E
N
 
N

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
34% identity, 83% coverage: 25:283/311 of query aligns to 1:256/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
K
 
K
G
 
D
T
 
T
I
 
I
M
 
A
I
 
L
M
 
V
V
 
V
N
 
S
S
 
T
L
 
L
D
 
N
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
Y
 
F
A
 
V
S
 
S
E
 
L
A
 
K
K
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
Q
E
 
K
K
 
E
A
 
A
K
 
D
E
 
K
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
N
T
 
L
T
 
V
I
 
V
L
 
L
-
 
D
S
 
S
H
 
Q
G
 
N
E
 
N
D
 
P
V
 
A
K
 
K
K
 
E
Q
 
L
N
 
A
E
 
N
L
 
V
I
 
Q
D
 
D
-
 
L
T
 
T
A
 
V
I
 
R
G
 
G
K
 
T
K
 
K
V
 
I
Q
 
-
G
 
-
I
 
L
I
 
L
L
 
I
D
 
N
N
 
P
A
 
T
D
 
D
S
 
S
T
 
D
A
 
A
S
 
V
V
 
D
A
 
N
A
 
A
I
 
V
E
 
K
K
 
M
A
 
A
K
 
N
K
 
Q
A
 
A
G
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
L
 
T
I
 
L
N
x
D
R
|
R
E
 
Q
I
 
A
P
 
T
V
 
K
D
 
G
D
 
E
I
 
V
A
 
-
L
 
V
E
 
S
Q
 
H
I
 
I
T
 
A
H
 
S
N
 
D
N
 
N
F
 
V
Q
 
L
A
 
G
G
 
G
S
 
K
E
 
I
V
 
A
A
 
G
N
 
D
V
 
Y
F
 
I
V
 
A
E
 
K
K
 
K
M
 
A
A
 
G
E
 
E
K
 
G
G
 
A
K
 
K
Y
 
V
A
 
I
E
 
E
L
 
L
T
 
Q
C
 
G
N
 
I
L
 
A
A
 
G
D
 
T
N
 
S
N
 
A
C
 
A
V
 
R
T
 
E
R
|
R
S
 
G
K
 
E
S
 
G
F
 
F
H
 
Q
Q
 
Q
V
 
A
I
 
V
D
 
A
Q
 
A
Y
 
H
P
 
K
D
 
F
M
 
N
V
 
V
S
 
-
V
 
L
A
 
A
K
 
S
Q
 
Q
D
 
P
A
 
A
K
 
D
G
x
F
T
 
D
L
 
R
I
 
I
D
 
K
G
 
G
K
 
L
R
 
N
I
 
V
M
 
M
D
 
Q
S
 
N
I
 
L
L
 
L
Q
 
T
A
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
V
 
V
K
 
Q
G
 
A
V
 
V
I
 
F
C
 
A
G
 
Q
N
|
N
G
 
D
P
 
E
V
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
A
 
T
A
 
A
N
 
G
R
 
K
N
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
M
V
 
V
V
 
V
G
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
T
N
 
P
D
 
D
E
 
G
R
 
E
D
 
K
A
 
A
V
 
V
K
 
N
A
 
D
G
 
G
T
 
K
L
 
L
Q
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
I
M
 
A
L
 
Q
Q
 
L
A
 
P
Q
 
D
A
 
Q
I
 
I
A
 
G
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
V
 
V
T
 
E
D
 
T
L
 
A
D
 
D
N
 
K
Y
 
V
L
 
L
Q
 
-
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
K

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
30% identity, 88% coverage: 30:303/311 of query aligns to 13:281/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
I
 
V
M
 
S
V
 
I
N
 
S
S
 
T
L
 
T
D
 
N
N
|
N
P
 
P
Y
|
Y
Y
x
F
A
 
V
S
 
A
E
 
M
A
 
K
K
 
D
G
 
G
A
 
I
S
 
D
E
 
K
K
 
Y
A
 
A
K
 
S
E
 
N
L
 
K
G
 
K
Y
 
I
Q
 
S
T
 
I
T
 
K
I
 
V
L
 
A
S
 
D
H
 
A
G
 
Q
E
 
D
D
 
D
V
 
A
K
 
A
K
 
R
Q
 
Q
N
 
A
E
 
D
L
 
D
I
 
V
D
 
Q
T
 
N
A
 
F
I
 
I
G
 
S
K
 
Q
K
 
N
V
 
V
Q
 
D
G
 
A
I
 
I
I
 
L
L
 
I
D
 
N
N
 
P
A
 
V
D
 
D
S
 
S
T
 
K
A
 
A
S
 
I
V
 
V
A
 
T
A
 
A
I
 
I
E
 
K
K
 
S
A
 
A
K
 
N
K
 
N
A
 
A
G
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
L
 
L
I
 
M
N
x
D
R
|
R
E
 
G
I
 
S
P
 
E
V
 
G
D
 
G
D
 
K
I
 
V
A
 
-
L
 
L
E
 
T
Q
 
T
I
 
V
T
 
A
H
 
S
N
 
D
N
 
N
F
 
V
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
K
E
 
M
V
 
A
A
 
A
N
 
D
V
 
Y
F
 
A
V
 
V
E
 
K
K
 
K
M
 
L
A
 
G
E
 
K
K
 
K
G
 
A
K
 
K
Y
 
A
A
 
F
E
 
E
L
 
L
T
 
S
C
 
G
N
 
V
L
 
P
A
 
G
D
 
A
N
 
S
N
 
A
C
 
T
V
 
V
T
 
D
R
|
R
S
 
G
K
 
K
S
 
G
F
 
F
H
 
H
Q
 
S
V
 
V
I
 
A
D
 
K
Q
 
S
Y
 
K
P
 
L
D
 
D
M
 
M
V
 
L
S
 
S
V
 
-
A
 
-
K
 
S
Q
 
Q
D
 
S
A
 
A
K
 
N
G
x
F
T
 
D
L
 
R
I
 
A
D
 
K
G
 
A
K
 
L
R
 
N
I
 
T
M
 
T
D
 
Q
S
 
N
I
 
M
L
 
I
Q
 
Q
A
 
G
H
 
H
P
 
K
D
 
D
V
 
V
K
 
Q
G
 
I
V
 
I
I
 
F
C
 
A
G
 
Q
N
|
N
G
 
D
P
 
E
V
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
A
A
 
Q
A
 
A
L
 
V
K
 
K
A
 
S
A
 
A
N
 
G
R
 
L
N
 
Q
D
 
N
V
 
V
V
 
L
V
 
I
V
 
V
G
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
Q
N
 
P
D
 
D
E
 
A
R
 
H
D
 
D
A
 
A
V
 
I
K
 
K
A
 
K
G
 
G
T
 
D
L
 
I
Q
 
S
A
 
A
T
 
T
V
 
I
M
 
A
L
x
Q
Q
 
Q
A
 
P
Q
 
A
A
 
K
I
 
M
A
 
G
A
 
E
Q
 
I
G
 
A
V
 
I
T
 
Q
D
 
A
L
 
A
D
 
I
N
 
D
Y
 
Y
L
 
Y
Q
 
-
K
 
K
G
 
G
E
 
K
K
 
K
P
 
V
A
 
E
K
 
K
Q
 
E
R
 
T
V
 
I
M
 
S
F
 
-
R
 
P
G
 
I
I
 
Y
L
 
L
I
 
V
T
 
T
Q
 
K
D
 
D
N
 
N
A
 
V
D
 
E
K
 
K

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
32% identity, 83% coverage: 27:283/311 of query aligns to 4:256/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
T
 
T
I
 
I
M
 
A
I
 
L
M
 
T
V
 
V
N
 
S
S
 
T
L
 
L
D
 
D
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
Y
x
F
A
 
V
S
 
S
E
 
L
A
 
K
K
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
Q
E
 
K
K
 
K
A
 
A
K
 
T
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
K
T
 
L
T
 
V
I
 
V
L
 
L
S
 
D
H
 
S
G
 
Q
E
 
N
D
 
D
V
 
P
K
 
S
K
 
K
Q
 
E
N
 
L
E
 
S
L
 
N
I
 
V
D
 
E
-
 
D
-
 
L
T
 
T
A
 
V
I
 
R
G
 
G
K
 
A
K
 
K
V
 
V
Q
 
-
G
 
-
I
 
L
I
 
L
L
 
I
D
 
N
N
 
P
A
 
T
D
 
D
S
 
S
T
 
A
A
 
A
S
 
V
V
 
S
A
 
N
A
 
A
I
 
V
E
 
A
K
 
I
A
 
A
K
 
N
K
 
R
A
 
N
G
 
K
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
L
 
T
I
 
L
N
x
D
R
|
R
E
 
G
I
 
A
P
 
A
V
 
K
D
 
G
D
 
E
I
 
V
A
 
-
L
 
V
E
 
S
Q
 
H
I
 
I
T
 
A
H
 
S
N
 
D
N
 
N
F
 
V
Q
 
A
A
 
G
G
 
G
S
 
K
E
 
M
V
 
A
A
 
G
N
 
D
V
 
F
F
 
I
V
 
A
E
 
Q
K
 
K
M
 
L
A
 
G
E
 
D
K
 
G
G
 
A
K
 
K
Y
 
V
A
 
I
E
 
Q
L
 
L
T
 
E
C
 
G
N
 
L
L
 
A
A
 
G
D
 
T
N
 
S
N
 
A
C
 
A
V
 
R
T
 
E
R
|
R
S
 
G
K
 
E
S
 
G
F
 
F
H
 
K
Q
 
Q
V
 
A
I
 
I
D
 
E
Q
 
A
Y
 
H
P
 
K
D
 
F
M
 
D
V
 
V
S
 
-
V
 
L
A
 
A
K
 
S
Q
 
Q
D
 
P
A
 
A
K
 
D
G
x
F
T
 
D
L
 
R
I
 
T
D
 
K
G
 
G
K
 
L
R
 
N
I
 
V
M
 
T
D
 
E
S
 
N
I
 
L
L
 
L
Q
 
A
A
 
S
H
 
K
P
 
G
D
 
S
V
 
V
K
 
Q
G
 
A
V
 
I
I
 
F
C
 
A
G
 
Q
N
|
N
G
 
D
P
 
E
V
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
I
K
 
S
A
 
A
A
 
A
N
 
G
R
 
K
N
 
K
D
 
-
V
 
V
V
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
T
N
 
E
D
 
D
E
 
G
R
 
V
D
 
K
A
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
S
G
 
G
T
 
K
L
 
L
Q
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
V
M
 
A
L
x
Q
Q
 
Q
A
 
P
Q
 
E
A
 
L
I
 
I
A
 
G
A
 
S
Q
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
E
D
 
T
L
 
A
D
 
D
N
 
K
Y
 
I
L
 
L
Q
 
-
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
K

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
30% identity, 97% coverage: 1:302/311 of query aligns to 1:308/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
M
 
M
K
 
R
L
 
L
R
 
G
L
 
T
T
 
T
L
 
A
L
 
F
T
 
A
A
 
I
A
 
A
T
 
S
L
 
A
T
 
T
A
 
A
F
 
L
S
 
G
F
 
L
A
 
G
A
 
L
Q
 
T
A
 
A
A
 
C
E
 
G
K
 
A
G
 
G
-
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
A
-
 
N
-
 
S
-
 
D
T
 
T
I
 
T
M
 
R
I
 
I
M
 
G
V
 
V
N
 
T
S
 
V
L
x
Y
D
 
D
N
 
M
P
 
S
Y
 
S
Y
 
F
A
 
I
S
 
T
E
 
A
A
 
G
K
 
K
-
 
E
G
 
G
A
 
M
S
 
D
E
 
A
K
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
D
L
 
N
G
 
N
Y
 
I
Q
 
E
T
 
L
T
 
I
I
 
W
L
 
N
S
 
S
H
 
A
G
 
N
E
 
L
D
 
D
V
 
V
K
 
S
K
 
T
Q
 
Q
N
 
A
E
 
S
L
 
Q
I
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
M
I
 
I
G
 
N
K
 
Q
K
 
G
V
 
V
Q
 
D
G
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
V
D
 
V
-
 
P
-
 
V
N
 
Q
A
 
A
D
 
D
S
 
S
T
 
L
A
 
A
S
 
P
V
 
Q
A
 
V
A
 
A
I
 
S
E
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
-
A
 
-
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
L
V
 
V
L
 
P
I
 
V
N
|
N
R
 
A
E
 
A
I
 
L
P
 
D
V
 
S
D
 
K
D
 
D
I
 
I
A
 
A
L
 
-
E
 
G
Q
 
N
I
 
V
T
 
Q
H
 
P
N
 
D
N
 
D
F
 
V
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
A
E
 
Q
V
 
E
A
 
M
N
 
Q
V
 
M
F
 
M
V
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
A
 
G
E
 
G
K
 
K
G
 
G
K
 
N
Y
 
I
A
 
V
E
 
I
L
 
L
T
 
Q
C
 
G
N
 
P
L
 
L
A
 
G
D
 
Q
N
 
S
N
 
G
C
 
E
V
 
L
T
 
D
R
|
R
S
 
S
K
 
K
S
 
G
F
 
I
H
 
E
Q
 
Q
V
 
V
I
 
L
D
 
A
Q
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
I
V
 
K
S
 
V
V
 
L
A
 
A
K
 
K
Q
 
D
D
 
T
A
 
A
K
 
N
G
 
W
T
 
K
L
 
R
I
 
D
D
 
E
G
 
A
K
 
V
R
 
N
I
 
K
M
 
M
D
 
K
S
 
N
I
 
W
L
 
I
Q
 
S
A
 
G
H
 
F
-
 
G
P
 
P
D
 
Q
V
 
I
K
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
C
 
A
G
 
Q
N
|
N
G
 
D
P
 
D
V
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K
A
 
E
A
 
S
N
 
G
R
 
R
N
 
T
D
 
G
V
 
V
V
 
P
V
 
I
V
 
V
G
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
I
N
 
E
D
 
D
E
 
G
R
 
L
D
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
S
G
 
G
T
 
D
L
 
F
Q
 
I
A
 
G
T
 
T
V
 
S
M
 
L
L
x
Q
Q
 
N
A
 
G
Q
 
T
A
 
V
I
 
E
A
 
L
A
 
A
Q
 
A
G
 
G
V
 
L
T
 
A
D
 
-
L
 
V
D
 
A
N
 
N
Y
 
R
L
 
L
Q
 
A
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
-
P
 
P
A
 
V
K
 
N
Q
 
K
R
 
E
V
 
P
M
 
V
F
 
Y
R
 
I
G
 
M
I
 
P
L
 
A
I
 
I
T
 
T
Q
 
K
D
 
D
N
 
N
A
 
V
D
 
D

4rsmA Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol (see paper)
33% identity, 76% coverage: 66:302/311 of query aligns to 42:276/315 of 4rsmA

query
sites
4rsmA
D
 
D
V
 
V
K
 
S
K
 
T
Q
 
Q
N
 
A
E
 
S
L
 
Q
I
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
M
I
 
I
G
 
N
K
 
Q
K
 
G
V
 
V
Q
 
D
G
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
V
D
 
V
-
 
P
-
 
V
N
 
Q
A
 
A
D
 
D
S
 
S
T
 
L
A
 
A
S
 
P
V
 
Q
A
 
V
A
 
A
I
 
S
E
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
-
A
 
-
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
L
V
 
V
L
 
P
I
 
V
N
|
N
R
 
A
E
 
A
I
 
L
P
 
D
V
 
S
D
 
K
D
 
D
I
 
I
A
 
A
L
 
-
E
 
G
Q
 
N
I
 
V
T
 
Q
H
 
P
N
 
D
N
 
D
F
 
V
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
A
E
 
Q
V
 
E
A
 
M
N
 
Q
V
 
M
F
 
M
V
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
A
 
G
E
 
G
K
 
K
G
 
G
K
 
N
Y
 
I
A
 
V
E
 
I
L
 
L
T
 
Q
C
 
G
N
 
P
L
 
L
A
 
G
D
 
Q
N
 
S
N
 
G
C
 
E
V
 
L
T
 
D
R
|
R
S
 
S
K
 
K
S
 
G
F
 
I
H
 
E
Q
 
Q
V
 
V
I
 
L
D
 
A
Q
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
I
V
 
K
S
 
V
V
 
L
A
 
A
K
 
K
Q
 
D
D
 
T
A
 
A
K
 
N
G
x
W
T
 
K
L
 
R
I
 
D
D
 
E
G
 
A
K
 
V
R
 
N
I
 
K
M
 
M
D
 
K
S
 
N
I
 
W
L
 
I
Q
 
S
A
 
G
H
 
F
-
 
G
P
 
P
D
 
Q
V
 
I
K
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
C
 
A
G
 
Q
N
|
N
G
 
D
P
 
D
V
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K
A
 
E
A
 
S
N
 
G
R
 
R
N
 
T
D
 
G
V
 
V
V
 
P
V
 
I
V
 
V
G
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
I
N
 
E
D
 
D
E
 
G
R
 
L
D
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
S
G
 
G
T
 
D
L
 
F
Q
 
I
A
 
G
T
 
T
V
 
S
M
 
L
L
x
Q
Q
 
N
A
 
G
Q
 
T
A
 
V
I
 
E
A
 
L
A
 
A
Q
 
A
G
 
G
V
 
L
T
 
A
D
 
-
L
 
V
D
 
A
N
 
N
Y
 
R
L
 
L
Q
 
A
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
-
P
 
P
A
 
V
K
 
N
Q
 
K
R
 
E
V
 
P
M
 
V
F
 
Y
R
 
I
G
 
M
I
 
P
L
 
A
I
 
I
T
 
T
Q
 
K
D
 
D
N
 
N
A
 
V
D
 
D

Sites not aligning to the query:

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
30% identity, 76% coverage: 24:259/311 of query aligns to 1:244/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
E
 
D
K
 
K
G
 
P
T
 
Q
I
 
I
M
 
A
I
 
L
M
 
L
V
 
M
N
x
K
S
 
T
L
 
L
D
 
S
N
|
N
P
 
E
Y
|
Y
Y
 
F
A
 
I
S
 
S
E
 
M
A
 
R
K
 
Q
G
 
G
A
 
A
S
 
E
E
 
E
K
 
T
A
 
A
K
 
K
E
 
Q
L
 
K
G
 
D
Y
 
I
Q
 
D
T
 
L
T
 
I
I
 
V
-
 
Q
L
 
V
S
 
A
H
 
E
G
 
K
E
 
E
D
 
D
V
 
S
K
 
T
K
 
E
Q
 
Q
-
 
L
N
 
V
E
 
G
L
 
L
I
 
V
D
 
E
T
 
N
A
 
M
I
 
I
G
 
A
K
 
K
K
 
K
V
 
V
Q
 
D
G
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
V
D
 
T
N
 
P
A
 
N
D
 
D
S
 
S
T
 
I
A
 
A
S
 
F
V
 
I
A
 
P
A
 
A
I
 
F
E
 
Q
K
 
K
A
 
A
K
 
E
K
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
I
V
 
-
L
 
-
I
 
I
N
 
D
R
 
L
E
x
D
I
 
V
P
 
R
V
 
L
D
 
D
D
 
A
I
 
K
A
 
A
L
 
A
E
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
F
-
 
N
Q
 
Y
I
 
V
T
 
G
H
 
V
N
 
D
N
 
N
F
 
F
Q
 
N
A
 
G
G
 
G
S
 
Y
E
 
L
V
 
E
A
 
A
N
 
K
V
 
N
F
 
L
V
 
A
E
 
E
K
 
A
M
 
I
A
 
G
E
 
K
K
 
K
G
 
G
K
 
N
Y
 
V
A
 
A
E
 
I
L
 
L
T
 
E
C
 
G
N
 
I
L
 
P
A
 
G
D
 
V
N
 
D
N
|
N
C
 
G
V
 
E
T
 
Q
R
|
R
S
 
K
K
 
G
S
 
G
F
 
A
H
 
L
Q
 
K
V
 
A
I
 
F
D
 
A
Q
 
E
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
I
V
 
K
S
 
I
V
 
V
A
 
A
K
 
S
Q
 
Q
D
 
S
A
 
A
K
 
N
G
x
W
T
 
E
L
 
T
I
 
E
D
 
Q
G
 
A
K
 
L
R
 
N
I
 
V
M
 
T
D
 
T
S
 
N
I
 
I
L
 
L
Q
 
T
A
 
A
H
 
N
P
 
P
D
 
N
V
 
I
K
 
N
G
 
G
V
 
I
I
 
F
C
 
A
G
 
A
N
 
N
G
 
D
P
 
N
V
 
M
A
 
A
L
 
I
G
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
T
A
 
A
L
 
V
K
 
E
A
 
N
A
 
A
N
 
G
-
 
L
R
 
A
N
 
G
D
 
K
V
 
V
V
 
L
V
 
V
V
 
S
G
 
G
I
 
Y
D
|
D
G
 
G
S
 
I
N
 
P
D
 
L
E
 
A
R
 
I
D
 
E
A
 
Y
V
 
V
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
T
 
K
L
 
M
Q
 
Q
A
 
N
T
 
T
V
 
I

Sites not aligning to the query:

A0QYB3 Xylitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
29% identity, 93% coverage: 14:302/311 of query aligns to 21:308/349 of A0QYB3

query
sites
A0QYB3
T
 
T
A
 
A
F
 
C
S
 
G
F
 
A
A
 
G
A
 
D
Q
 
T
A
 
A
A
 
A
E
 
N
K
 
S
G
 
D
T
 
T
I
 
K
M
 
R
I
 
I
M
 
G
V
 
V
N
 
T
S
 
V
L
x
Y
D
 
D
N
 
M
P
 
S
Y
 
S
Y
 
F
A
 
I
S
 
T
E
 
E
A
 
G
K
 
K
-
 
E
G
 
G
A
 
M
S
 
D
E
 
T
K
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
A
L
 
N
G
 
N
Y
 
I
Q
 
E
T
 
L
T
 
V
I
 
W
L
 
N
S
 
S
H
 
A
G
 
N
E
 
N
D
 
D
V
 
V
K
 
S
K
 
T
Q
 
Q
N
 
A
E
 
S
L
 
Q
I
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
L
I
 
I
G
 
N
K
 
Q
K
 
G
V
 
V
Q
 
D
G
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
V
D
 
V
N
 
P
A
 
V
D
 
Q
S
 
A
T
 
D
A
 
S
S
 
L
V
 
G
A
 
P
A
 
Q
I
 
V
E
 
A
K
 
S
A
 
A
K
 
K
K
 
S
A
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
L
V
 
L
L
 
A
I
 
V
N
|
N
R
 
A
E
 
A
I
 
L
P
 
E
V
 
T
D
 
P
D
 
D
I
 
L
A
 
A
L
 
-
E
 
G
Q
 
N
I
 
V
T
 
Q
H
 
P
N
 
D
N
 
D
F
 
V
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
A
E
 
Q
V
 
E
A
 
M
N
 
Q
V
 
M
F
 
M
V
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
A
 
G
E
 
G
K
 
K
G
 
G
K
 
N
Y
 
I
A
 
V
E
 
I
L
 
L
T
 
Q
C
 
G
N
 
P
L
 
L
A
 
G
D
 
G
N
 
S
N
 
G
C
 
E
V
 
I
T
 
N
R
|
R
S
 
G
K
 
K
S
 
G
F
 
I
H
 
D
Q
 
Q
V
 
V
I
 
L
D
 
A
Q
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
I
V
 
K
S
 
V
V
 
L
A
 
A
K
 
K
Q
 
D
D
 
T
A
 
A
K
 
N
G
 
W
T
 
K
L
 
R
I
 
D
D
 
E
G
 
A
K
 
V
R
 
N
I
 
K
M
 
M
D
 
K
S
 
N
I
 
W
L
 
I
Q
 
S
A
 
S
H
 
F
-
 
G
P
 
P
D
 
Q
V
 
I
K
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
C
 
A
G
 
Q
N
|
N
G
 
D
P
 
D
V
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K
A
 
E
A
 
A
N
 
G
R
 
R
N
 
T
D
 
G
V
 
V
V
 
P
V
 
I
V
 
V
G
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
I
N
 
E
D
 
D
E
 
G
R
 
L
D
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
S
G
 
G
T
 
D
L
 
F
Q
 
I
A
 
G
T
 
T
V
 
S
M
 
L
L
x
Q
Q
 
N
A
 
G
Q
 
T
A
 
V
I
 
E
A
 
L
A
 
S
Q
 
A
G
 
G
V
 
L
T
 
A
D
 
V
L
 
A
D
 
D
N
 
-
Y
 
A
L
 
L
Q
 
V
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
D
P
 
-
A
 
V
K
 
K
Q
 
T
R
 
D
V
 
P
M
 
V
F
 
Y
R
 
V
G
 
M
I
 
P
L
 
A
I
 
I
T
 
T
Q
 
K
D
 
D
N
 
N
A
 
V
D
 
D

4wutA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from agrobacterium vitis (avi_5133, target efi-511220) with bound d-fucose
27% identity, 91% coverage: 26:309/311 of query aligns to 1:288/290 of 4wutA

query
sites
4wutA
G
 
G
T
 
E
I
 
I
M
 
A
I
 
V
M
 
I
V
 
V
N
x
K
S
 
T
L
 
V
D
 
N
N
 
S
P
 
T
Y
 
F
Y
x
W
A
 
Q
S
 
N
E
 
V
A
 
Q
K
 
K
G
 
G
A
 
A
-
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
I
-
 
G
S
 
K
E
 
Q
K
 
K
A
 
A
K
 
H
E
 
T
L
 
I
G
 
T
Y
 
F
Q
 
Q
T
 
G
T
 
P
I
 
A
L
 
A
S
x
E
H
 
S
G
 
A
E
 
-
D
 
-
V
 
I
K
 
A
K
 
D
Q
 
Q
N
 
V
E
 
N
L
 
M
I
 
V
D
 
E
T
 
N
A
 
A
I
 
V
G
 
N
K
 
R
K
 
K
V
 
V
Q
 
D
G
 
A
I
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
A
N
 
P
A
 
S
D
 
D
S
 
P
T
 
D
A
 
A
S
 
L
V
 
V
A
 
P
A
 
A
I
 
V
E
 
K
K
 
K
A
 
A
K
 
W
K
 
E
A
 
A
G
 
R
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
V
L
 
I
I
 
I
N
x
D
R
 
S
E
 
M
I
 
L
P
 
S
V
 
K
D
 
D
D
 
A
I
 
E
A
 
K
L
 
Y
E
 
Y
Q
 
Q
-
 
A
-
 
F
I
 
L
T
 
A
H
 
T
N
 
D
N
 
N
F
 
K
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
E
E
 
L
V
 
A
A
 
A
N
 
K
V
 
A
F
 
M
V
 
I
E
 
Q
K
 
K
M
 
V
A
 
G
E
 
T
K
 
E
G
 
G
K
 
K
Y
 
I
A
 
A
E
 
V
L
 
M
T
 
S
C
 
Y
N
 
V
L
 
A
A
 
G
D
 
A
N
 
G
N
 
S
C
 
E
V
 
I
T
 
G
R
|
R
S
 
V
K
 
G
S
 
G
F
 
F
H
 
T
Q
 
D
V
 
Y
I
 
I
D
x
K
Q
 
A
Y
 
N
P
x
S
D
 
K
M
 
L
V
 
Q
S
 
I
V
 
V
A
 
G
K
 
P
Q
 
Y
D
 
Y
A
 
S
K
 
Q
G
 
S
T
 
Q
L
 
M
I
 
A
D
 
T
G
 
A
K
 
L
R
x
N
I
 
Q
M
 
T
D
 
T
S
x
D
I
 
V
L
 
L
Q
 
A
A
 
A
H
 
N
P
 
A
D
 
D
V
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
I
 
F
C
 
G
G
 
A
N
|
N
G
 
E
P
 
P
V
 
T
A
 
A
L
 
I
G
 
G
A
 
M
I
 
G
A
 
R
A
 
A
L
 
I
K
 
K
A
 
Q
A
 
A
N
 
G
R
 
K
-
 
A
N
 
G
D
 
K
V
 
L
V
 
V
V
 
A
V
 
I
G
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
N
N
 
Q
D
 
D
E
 
L
R
 
Q
D
 
E
A
 
F
V
 
V
K
 
K
A
 
D
G
 
G
T
 
T
L
 
L
Q
 
E
A
 
A
T
 
T
V
 
V
M
 
V
L
x
Q
Q
 
G
A
 
S
Q
 
Y
A
 
Q
I
 
M
A
 
G
A
 
E
Q
 
K
G
 
G
V
 
V
T
 
D
D
 
T
L
 
L
D
 
L
N
 
K
Y
 
L
L
 
L
Q
 
S
K
 
K
G
 
-
E
 
E
K
 
K
P
 
V
A
 
-
K
 
-
Q
 
E
R
 
K
V
 
F
M
 
I
F
 
D
R
 
T
G
 
G
-
 
V
I
 
V
L
 
V
I
 
V
T
 
T
Q
 
K
D
 
Q
N
 
N
A
 
I
D
 
D
K
 
K
V
 
P
Q
 
E
D
 
A
F
 
K
N
 
N
I
 
V

5ocpA The periplasmic binding protein component of the arabinose abc transporter from shewanella sp. Ana-3 bound to alpha and beta-l- arabinofuranose
29% identity, 75% coverage: 68:301/311 of query aligns to 41:281/302 of 5ocpA

query
sites
5ocpA
K
 
K
K
 
Q
Q
 
E
N
 
N
E
 
Q
L
 
I
-
 
K
-
 
A
I
 
V
D
 
R
T
 
S
A
 
F
I
 
I
G
 
A
K
 
Q
K
 
G
V
 
V
Q
 
D
G
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
I
D
 
A
N
 
P
A
 
V
D
 
V
S
 
E
T
 
T
A
 
G
S
 
W
V
 
K
A
 
P
A
 
V
I
 
L
E
 
K
K
 
E
A
 
A
K
 
K
K
 
R
A
 
A
G
 
K
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
V
L
 
I
I
 
V
N
x
D
R
|
R
E
 
N
I
 
I
P
 
K
V
 
V
D
 
D
D
 
D
-
 
D
-
 
S
I
 
L
A
 
F
L
 
L
E
 
T
Q
 
R
I
 
I
T
 
A
H
 
S
N
 
D
N
 
F
F
 
S
Q
 
E
A
 
E
G
 
G
S
 
R
E
 
K
V
 
I
A
 
G
N
 
Q
V
 
W
F
 
L
V
 
M
E
 
D
K
 
K
M
 
T
A
 
Q
E
 
G
K
 
N
G
 
C
K
 
D
Y
 
I
A
 
A
E
 
E
L
 
L
T
 
Q
C
 
G
N
 
T
L
 
V
A
 
G
D
 
A
N
 
T
N
 
A
C
 
A
V
 
I
T
 
D
R
|
R
S
 
A
K
 
A
S
 
G
F
 
F
H
 
N
Q
 
Q
V
 
V
I
 
I
D
 
A
Q
 
N
Y
 
Y
P
 
P
D
 
N
M
 
A
V
 
K
S
 
I
V
 
V
A
 
R
K
 
S
Q
 
Q
D
 
T
A
 
G
K
 
E
G
x
F
T
 
T
L
 
R
I
 
A
D
 
K
G
 
G
K
 
K
R
 
E
I
 
V
M
 
M
D
 
E
S
 
G
I
 
F
L
 
L
Q
 
K
A
 
A
H
 
Q
-
 
N
-
 
G
P
 
Q
D
 
P
V
 
L
K
 
C
G
 
A
V
 
V
I
 
W
C
 
S
G
 
H
N
|
N
G
 
D
P
 
E
V
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
Q
A
 
A
L
 
I
K
 
K
A
 
E
A
 
A
N
 
G
R
 
L
-
 
K
-
 
P
-
 
G
N
 
K
D
 
D
V
 
I
V
 
L
V
 
I
V
 
V
G
 
S
I
 
V
D
|
D
G
 
G
S
 
V
N
 
P
D
 
D
E
 
Y
R
 
F
D
 
K
A
 
A
V
 
M
K
 
A
A
 
D
G
 
G
T
 
D
L
 
V
Q
 
N
A
 
A
T
 
T
V
 
V
M
 
E
L
 
L
Q
 
-
A
 
S
Q
 
P
A
 
Y
I
 
L
A
 
G
A
 
G
Q
 
P
G
 
A
V
 
F
T
 
D
D
 
A
L
 
I
D
 
D
N
 
A
Y
 
Y
L
 
L
Q
 
-
K
 
K
G
 
G
E
 
N
K
 
K
P
 
D
A
 
Q
K
 
A
Q
 
K
R
 
L
V
 
I
M
 
S
F
 
T
R
 
T
G
 
G
I
 
D
L
 
V
I
 
F
T
 
T
Q
 
Q
D
 
E
N
 
T
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4rs3A Crystal structure of carbohydrate transporter a0qyb3 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with xylitol (see paper)
28% identity, 89% coverage: 27:302/311 of query aligns to 1:275/315 of 4rs3A

query
sites
4rs3A
T
 
T
I
 
K
M
 
R
I
 
I
M
 
G
V
 
V
N
 
T
S
 
V
L
x
Y
D
 
D
N
 
M
P
 
S
Y
 
S
Y
 
F
A
 
I
S
 
T
E
|
E
A
 
G
K
 
K
-
 
E
G
 
G
A
 
M
S
 
D
E
 
T
K
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
A
L
 
N
G
 
N
Y
 
I
Q
 
E
T
 
L
T
 
V
I
 
W
L
 
N
S
 
S
H
 
A
G
 
N
E
 
N
D
 
D
V
 
V
K
 
S
K
 
T
Q
 
Q
N
 
A
E
 
S
L
 
Q
I
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
L
I
 
I
G
 
N
K
 
Q
K
 
G
V
 
V
Q
 
D
G
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
V
D
 
V
N
 
P
A
 
V
D
 
Q
S
 
A
T
 
D
A
 
S
S
 
L
V
 
G
A
 
P
A
 
Q
I
 
V
E
 
A
K
 
S
A
 
A
K
 
K
K
 
S
A
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
L
V
 
L
L
 
A
I
 
V
N
|
N
R
 
A
E
 
A
I
 
L
P
 
E
V
 
T
D
 
P
D
 
D
I
 
L
A
 
A
L
 
-
E
 
G
Q
 
N
I
 
V
T
 
Q
H
 
P
N
 
D
N
 
D
F
 
V
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
A
E
 
Q
V
 
E
A
 
M
N
 
Q
V
 
M
F
 
M
V
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
A
 
G
E
 
G
K
 
K
G
 
G
K
 
N
Y
 
I
A
 
V
E
 
I
L
 
L
T
 
Q
C
 
G
N
 
P
L
 
L
A
 
G
D
 
G
N
 
S
N
 
G
C
 
E
V
 
I
T
 
N
R
|
R
S
 
G
K
 
K
S
 
G
F
 
I
H
 
D
Q
 
Q
V
 
V
I
 
L
D
 
A
Q
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
I
V
 
K
S
 
V
V
 
L
A
 
A
K
 
K
Q
 
D
D
 
T
A
 
A
K
 
N
G
x
W
T
 
K
L
 
R
I
 
D
D
 
E
G
 
A
K
 
V
R
 
N
I
 
K
M
 
M
D
 
K
S
 
N
I
 
W
L
 
I
Q
 
S
A
 
S
H
 
F
-
 
G
P
 
P
D
 
Q
V
 
I
K
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
C
 
A
G
 
Q
N
|
N
G
 
D
P
 
D
V
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K
A
 
E
A
 
A
N
 
G
R
 
R
N
 
T
D
 
G
V
 
V
V
 
P
V
 
I
V
 
V
G
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
I
N
x
E
D
 
D
E
 
G
R
 
L
D
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
S
G
 
G
T
 
D
L
 
F
Q
 
I
A
 
G
T
 
T
V
 
S
M
 
L
L
x
Q
Q
 
N
A
 
G
Q
 
T
A
 
V
I
 
E
A
 
L
A
 
S
Q
 
A
G
 
G
V
 
L
T
 
A
D
 
V
L
 
A
D
 
D
N
 
-
Y
 
A
L
 
L
Q
 
V
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
D
P
 
-
A
 
V
K
 
K
Q
 
T
R
 
D
V
 
P
M
 
V
F
 
Y
R
 
V
G
 
M
I
 
P
L
 
A
I
 
I
T
 
T
Q
 
K
D
 
D
N
 
N
A
 
V
D
 
D

5hkoA Crystal structure of abc transporter solute binding protein msmeg_3598 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with l-sorbitol
28% identity, 89% coverage: 27:302/311 of query aligns to 1:275/314 of 5hkoA

query
sites
5hkoA
T
 
T
I
 
K
M
 
R
I
 
I
M
 
G
V
 
V
N
 
T
S
x
V
L
x
Y
D
 
D
N
 
M
P
 
S
Y
 
S
Y
 
F
A
 
I
S
 
T
E
|
E
A
 
G
K
 
K
-
 
E
G
 
G
A
 
M
S
 
D
E
 
T
K
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
A
L
 
N
G
 
N
Y
 
I
Q
 
E
T
 
L
T
 
V
I
 
W
L
 
N
S
 
S
H
 
A
G
 
N
E
 
N
D
|
D
V
 
V
K
x
S
K
 
T
Q
 
Q
N
 
A
E
 
S
L
 
Q
I
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
L
I
 
I
G
 
N
K
 
Q
K
 
G
V
 
V
Q
 
D
G
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
V
D
 
V
N
 
P
A
 
V
D
 
Q
S
 
A
T
 
D
A
 
S
S
 
L
V
 
G
A
 
P
A
 
Q
I
 
V
E
 
A
K
 
S
A
 
A
K
 
K
K
 
S
A
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
L
V
 
L
L
 
A
I
 
V
N
|
N
R
x
A
E
 
A
I
 
L
P
 
E
V
 
T
D
 
P
D
 
D
I
 
L
A
 
A
L
 
-
E
 
G
Q
 
N
I
 
V
T
 
Q
H
 
P
N
 
D
N
 
D
F
 
V
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
A
E
 
Q
V
 
E
A
 
M
N
 
Q
V
 
M
F
 
M
V
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
A
 
G
E
 
G
K
 
K
G
 
G
K
 
N
Y
 
I
A
 
V
E
 
I
L
 
L
T
 
Q
C
 
G
N
 
P
L
 
L
A
 
G
D
 
G
N
 
S
N
 
G
C
 
E
V
 
I
T
 
N
R
|
R
S
 
G
K
 
K
S
 
G
F
 
I
H
 
D
Q
 
Q
V
 
V
I
 
L
D
 
A
Q
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
I
V
 
K
S
 
V
V
 
L
A
 
A
K
 
K
Q
 
D
D
 
T
A
 
A
K
 
N
G
x
W
T
 
K
L
 
R
I
 
D
D
 
E
G
 
A
K
 
V
R
 
N
I
 
K
M
 
M
D
 
K
S
 
N
I
 
W
L
 
I
Q
 
S
A
 
S
H
 
F
-
 
G
P
 
P
D
 
Q
V
 
I
K
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
C
 
A
G
 
Q
N
|
N
G
 
D
P
 
D
V
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K
A
 
E
A
 
A
N
 
G
R
 
R
N
 
T
D
 
G
V
 
V
V
 
P
V
 
I
V
 
V
G
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
I
N
x
E
D
 
D
E
 
G
R
 
L
D
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
S
G
 
G
T
 
D
L
 
F
Q
 
I
A
 
G
T
 
T
V
 
S
M
 
L
L
x
Q
Q
 
N
A
 
G
Q
 
T
A
 
V
I
 
E
A
 
L
A
 
S
Q
 
A
G
 
G
V
 
L
T
 
A
D
 
V
L
 
A
D
 
D
N
 
-
Y
 
A
L
 
L
Q
 
V
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
D
P
 
-
A
 
V
K
 
K
Q
 
T
R
 
D
V
 
P
M
 
V
F
 
Y
R
 
V
G
 
M
I
 
P
L
 
A
I
 
I
T
 
T
Q
 
K
D
 
D
N
 
N
A
 
V
D
 
D

2x7xA Fructose binding periplasmic domain of hybrid two component system bt1754 (see paper)
30% identity, 60% coverage: 55:241/311 of query aligns to 31:217/301 of 2x7xA

query
sites
2x7xA
G
 
G
Y
 
V
Q
 
S
T
 
V
T
 
E
I
 
I
L
 
R
S
 
S
H
 
A
G
 
G
E
 
D
D
 
D
V
 
N
K
 
S
K
 
K
Q
 
Q
N
 
A
E
 
E
L
 
D
I
 
V
D
 
H
T
 
Y
A
 
F
I
 
M
G
 
D
K
 
E
K
 
G
V
 
V
Q
 
D
G
 
L
I
 
L
I
 
I
L
 
I
D
 
S
N
 
A
A
 
N
D
 
E
S
 
A
T
 
A
A
 
P
S
 
M
V
 
T
A
 
P
A
 
I
I
 
V
E
 
E
K
 
E
A
 
A
K
 
Y
K
 
Q
A
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
L
 
L
I
 
V
N
x
D
R
|
R
E
 
K
I
 
I
P
 
-
V
 
L
D
 
S
D
 
D
I
 
K
A
 
Y
L
 
T
E
 
A
Q
 
Y
I
 
I
T
 
G
H
 
A
N
 
D
N
 
N
F
 
Y
Q
 
E
A
 
I
G
 
G
S
 
R
E
 
S
V
 
V
A
 
G
N
 
N
V
 
Y
F
 
I
V
 
A
E
 
S
K
 
S
M
 
L
A
 
K
E
 
G
K
 
K
G
 
G
K
 
N
Y
 
I
A
 
V
E
 
E
L
 
L
T
 
T
C
 
G
N
 
L
L
 
S
A
 
G
D
 
S
N
 
T
N
x
P
C
 
A
V
 
M
T
 
E
R
|
R
S
 
H
K
 
Q
S
 
G
F
 
F
H
 
M
Q
 
A
V
 
A
I
 
I
D
 
S
Q
 
K
Y
 
F
P
 
P
D
 
D
M
 
I
V
 
K
S
 
L
V
 
I
A
 
D
K
 
K
Q
 
A
D
 
D
A
 
A
K
 
A
G
x
W
T
 
E
L
 
R
I
 
G
D
 
P
G
 
A
K
 
E
R
 
I
I
 
E
M
 
M
D
 
D
S
 
S
I
 
M
L
 
L
Q
 
R
A
 
R
H
 
H
P
 
P
D
 
K
V
 
I
K
 
D
G
 
A
V
 
V
I
 
Y
C
 
A
G
 
H
N
|
N
G
 
D
P
x
R
V
 
I
A
 
A
L
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
Y
A
 
Q
A
 
A
L
 
A
K
 
K
A
 
M
A
 
A
N
 
G
R
 
R
N
 
E
-
 
K
D
 
E
V
 
M
V
 
I
V
 
F
V
 
V
G
 
G
I
 
I
D
|
D

Sites not aligning to the query:

2h3hA Crystal structure of the liganded form of thermotoga maritima glucose binding protein (see paper)
30% identity, 72% coverage: 37:259/311 of query aligns to 12:234/313 of 2h3hA

query
sites
2h3hA
N
 
H
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
W
A
 
S
S
 
Q
E
 
V
A
 
E
K
 
Q
G
 
G
A
 
V
S
 
K
E
 
A
K
 
A
A
 
G
K
 
K
E
 
A
L
 
L
G
 
G
Y
 
V
Q
 
D
T
 
T
T
 
K
I
 
F
L
 
F
-
 
V
S
 
P
H
 
Q
G
 
K
E
 
E
D
 
D
V
 
I
K
 
N
K
 
A
Q
 
Q
N
 
L
E
 
Q
L
 
M
I
 
L
D
 
E
T
 
S
A
 
F
I
 
I
G
 
A
K
 
E
K
 
G
V
 
V
Q
 
N
G
 
G
I
 
I
I
 
A
L
 
I
D
 
A
N
 
P
A
 
S
D
 
D
S
 
P
T
 
T
A
 
A
S
 
V
V
 
I
A
 
P
A
 
T
I
 
I
E
 
K
K
 
K
A
 
A
K
 
L
K
 
E
A
 
M
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
V
L
 
T
I
 
L
N
x
D
R
 
T
E
 
D
I
 
S
P
 
P
V
 
-
D
 
D
D
 
S
I
 
G
A
 
R
L
 
Y
E
 
V
Q
 
Y
I
 
I
T
 
G
H
 
T
N
 
D
N
 
N
F
 
Y
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
S
 
Y
E
 
T
V
 
A
A
 
G
N
 
L
V
 
I
F
 
M
V
 
K
E
 
E
K
 
L
M
 
L
A
 
G
E
 
G
K
 
K
G
 
G
K
 
K
Y
 
V
A
 
V
E
 
I
L
 
G
T
 
T
C
 
G
N
 
S
L
 
L
A
 
T
D
 
A
N
 
M
N
|
N
C
 
S
V
 
L
T
 
Q
R
|
R
S
 
I
K
 
Q
S
 
G
F
 
F
H
 
K
Q
 
D
V
 
A
I
 
I
-
 
K
D
 
D
Q
 
S
Y
 
E
P
 
I
D
 
E
M
 
I
V
 
V
S
 
D
V
 
I
A
 
L
K
 
N
Q
 
D
D
 
E
A
x
E
K
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
I
 
-
D
 
D
G
 
G
K
 
A
R
 
R
-
 
A
-
 
V
-
 
S
I
 
L
M
 
A
D
 
E
S
 
A
I
 
A
L
 
L
Q
 
N
A
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
V
 
L
K
 
D
-
 
A
-
 
F
-
 
F
G
 
G
V
 
V
I
x
Y
C
x
A
G
 
Y
N
 
N
G
 
G
P
 
P
V
 
A
A
 
Q
L
 
-
G
 
-
A
 
A
I
 
L
A
 
V
A
 
V
L
 
K
K
 
N
A
 
A
A
 
G
N
 
K
R
 
V
N
 
G
D
 
K
V
 
V
V
 
K
V
 
I
V
 
V
G
 
C
I
 
F
D
|
D
G
 
T
S
 
T
N
 
P
D
 
D
E
 
I
R
 
L
D
 
Q
A
 
Y
V
 
V
K
 
K
A
 
E
G
 
G
T
 
V
L
 
I
Q
 
Q
A
 
A
T
 
T
V
 
M

Sites not aligning to the query:

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
27% identity, 77% coverage: 66:305/311 of query aligns to 47:284/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
D
 
D
V
 
S
K
 
T
K
 
Q
Q
 
Q
N
 
M
E
 
A
L
 
Q
I
 
V
D
 
E
T
 
N
A
 
F
I
 
I
G
 
S
K
 
R
K
 
N
V
 
V
Q
 
D
G
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
V
D
 
N
N
 
P
A
 
V
D
 
D
S
 
T
T
 
T
A
 
S
S
 
A
V
 
V
A
 
D
A
 
I
I
 
V
E
 
N
K
 
M
A
 
V
K
 
N
K
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
I
V
 
I
L
 
I
I
 
A
N
|
N
R
|
R
E
 
T
I
 
F
P
 
D
V
 
G
D
 
V
D
 
D
I
 
Q
A
 
A
L
 
T
E
 
A
Q
 
F
I
 
V
T
 
G
H
 
S
N
 
E
N
 
S
F
 
I
Q
 
Q
A
 
S
G
 
G
-
 
L
-
 
L
-
 
Q
-
 
M
S
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
A
N
 
K
V
 
L
F
 
-
V
 
-
E
 
-
K
 
-
M
 
L
A
 
N
E
 
N
K
 
E
G
 
G
K
 
N
Y
 
I
A
 
A
E
 
I
L
 
M
T
 
D
C
 
G
N
 
E
L
 
L
A
 
G
D
 
H
N
 
E
N
 
A
C
 
Q
V
 
I
T
 
M
R
|
R
S
 
T
K
 
E
S
 
G
F
 
N
H
 
K
Q
 
Q
V
 
I
I
 
I
D
 
E
Q
 
E
Y
 
H
P
 
D
D
 
G
M
 
L
V
 
E
S
 
V
V
 
V
A
 
L
K
 
Q
Q
 
G
D
 
T
A
 
A
K
 
K
G
 
F
T
 
D
L
 
R
I
 
S
D
 
E
G
 
G
K
 
M
R
 
R
I
 
L
M
 
M
D
 
E
S
 
N
I
 
W
L
 
L
Q
 
N
A
 
S
H
 
G
P
 
T
D
 
E
V
 
I
K
 
D
G
 
A
V
 
V
I
 
V
C
 
A
G
 
N
N
|
N
G
 
D
P
 
E
V
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
L
A
 
A
L
 
L
K
 
E
A
 
A
A
 
V
N
 
G
R
 
K
-
x
L
N
 
D
D
 
D
V
|
V
V
 
I
V
 
V
V
 
A
G
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
A
S
 
T
N
 
P
D
 
A
E
 
A
R
 
L
D
 
E
A
 
A
V
 
M
K
 
K
A
 
E
G
 
G
T
 
K
L
 
L
Q
 
D
A
 
V
T
 
T
V
 
V
M
 
F
L
x
Q
Q
 
D
A
 
A
Q
 
K
A
 
-
I
 
-
A
 
-
A
 
G
Q
 
Q
G
 
G
V
 
A
T
 
T
D
 
S
L
 
V
D
 
K
N
 
V
Y
 
A
L
 
V
Q
 
Q
K
 
A
G
 
A
E
 
N
K
 
G
P
 
E
A
 
D
K
 
V
Q
 
E
R
 
D
V
 
A
M
 
M
F
 
I
R
 
P
G
 
Y
I
 
E
L
 
L
I
 
V
T
 
T
Q
 
P
D
 
E
N
 
N
A
 
V
D
 
E
K
 
E
V
 
Y
Q
 
E

Sites not aligning to the query:

1rpjA Crystal structure of d-allose binding protein from escherichia coli (see paper)
27% identity, 86% coverage: 30:298/311 of query aligns to 6:288/288 of 1rpjA

query
sites
1rpjA
I
 
V
M
 
V
V
 
L
N
x
K
S
 
T
L
 
L
D
 
S
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
Y
 
W
A
 
V
S
 
D
E
 
M
A
 
K
K
 
K
G
 
G
A
 
I
S
 
E
E
 
D
K
 
E
A
 
A
K
 
K
E
 
T
L
 
L
G
 
G
Y
 
V
Q
 
S
T
 
V
T
 
D
I
 
I
L
 
F
S
 
A
H
 
S
G
 
P
E
 
S
-
x
E
-
 
G
D
 
D
V
 
F
K
 
Q
K
 
S
Q
 
Q
N
 
L
E
 
Q
L
 
L
I
 
F
D
 
E
T
 
D
A
 
L
I
 
S
G
 
N
K
 
K
K
 
N
V
 
Y
Q
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
A
L
 
F
D
 
A
N
 
P
A
 
L
D
 
S
S
 
S
T
 
V
A
 
N
S
 
L
V
 
V
A
 
M
A
 
P
I
 
V
E
 
A
K
 
R
A
 
A
K
 
W
K
 
K
A
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
Y
V
 
L
V
 
V
L
 
N
I
 
L
N
x
D
R
 
E
E
 
K
I
 
I
P
 
D
V
 
M
D
 
D
D
 
N
I
 
L
A
 
K
-
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
L
 
V
E
 
E
Q
 
A
-
 
F
I
 
V
T
 
T
H
 
T
N
 
D
N
 
N
F
 
V
Q
 
A
A
 
V
G
 
G
S
 
A
E
 
K
V
 
G
A
 
A
N
 
S
V
 
F
F
 
I
V
 
I
E
 
D
K
 
K
M
 
L
-
 
G
A
 
A
E
 
E
K
 
G
G
 
G
K
 
E
Y
 
V
A
 
A
E
 
I
L
 
I
T
 
E
C
 
G
N
 
K
L
 
A
A
 
G
D
 
N
N
 
A
N
x
S
C
 
G
V
 
E
T
 
A
R
|
R
S
 
R
K
 
N
S
 
G
F
 
A
H
 
T
Q
 
E
V
 
A
I
 
F
D
 
K
Q
 
K
Y
 
A
P
 
S
D
 
Q
M
 
I
V
 
K
S
 
L
V
 
V
A
 
A
K
 
S
Q
 
Q
D
 
P
A
 
A
K
 
D
G
x
W
T
 
D
L
 
R
I
 
I
D
 
K
G
 
A
K
 
L
R
 
D
I
 
V
M
 
A
D
 
T
S
 
N
I
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
R
H
 
N
P
 
P
D
 
N
V
 
I
K
 
K
G
 
A
V
 
I
I
 
Y
C
 
C
G
 
A
N
|
N
G
 
D
P
 
T
V
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
-
 
V
A
 
A
I
 
Q
A
 
A
A
 
V
L
 
A
K
 
N
A
 
A
A
 
G
N
 
K
R
 
T
N
 
G
D
 
K
V
 
V
V
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
I
 
T
D
|
D
G
 
G
S
 
I
N
 
P
D
 
E
E
 
A
R
 
R
D
 
K
A
 
M
V
 
V
K
 
E
A
 
A
G
 
G
T
 
Q
L
 
M
Q
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
M
 
A
L
x
Q
Q
 
N
A
 
P
Q
 
A
A
 
D
I
 
I
A
 
G
A
 
A
Q
 
T
G
 
G
V
 
L
T
 
K
D
 
L
L
 
M
D
 
V
N
 
D
Y
 
A
L
 
E
Q
 
K
K
 
S
G
 
G
E
 
K
K
 
V
-
 
I
P
 
P
A
 
L
K
 
D
Q
 
K
R
 
A
V
 
P
M
 
E
F
 
F
R
 
K
-
 
L
-
 
V
-
 
D
G
 
S
I
 
I
L
 
L
I
 
V
T
 
T
Q
 
Q

1gudA Hinge-bending motion of d-allose binding protein from escherichia coli: three open conformations (see paper)
27% identity, 86% coverage: 30:298/311 of query aligns to 6:288/288 of 1gudA

query
sites
1gudA
I
 
V
M
 
V
V
 
L
N
 
K
S
 
T
L
 
L
D
 
S
N
 
N
P
 
P
Y
 
F
Y
 
W
A
 
V
S
 
D
E
 
M
A
 
K
K
 
K
G
 
G
A
 
I
S
 
E
E
 
D
K
 
E
A
 
A
K
 
K
E
 
T
L
 
L
G
 
G
Y
 
V
Q
 
S
T
 
V
T
x
D
I
 
I
L
 
F
S
 
A
H
 
S
G
 
P
E
 
S
-
 
E
-
 
G
D
 
D
V
 
F
K
 
Q
K
 
S
Q
 
Q
N
 
L
E
 
Q
L
 
L
I
 
F
D
 
E
T
 
D
A
 
L
I
 
S
G
 
N
K
 
K
K
 
N
V
 
Y
Q
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
A
L
 
F
D
 
A
N
 
P
A
 
L
D
 
S
S
 
S
T
 
V
A
 
N
S
 
L
V
 
V
A
 
M
A
 
P
I
 
V
E
 
A
K
 
R
A
 
A
K
 
W
K
 
K
A
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
Y
V
 
L
V
 
V
L
 
N
I
 
L
N
 
D
R
 
E
E
 
K
I
 
I
P
 
D
V
 
M
D
 
D
D
 
N
I
 
L
A
 
K
-
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
L
 
V
E
 
E
Q
 
A
-
 
F
I
 
V
T
 
T
H
 
T
N
 
D
N
 
N
F
 
V
Q
 
A
A
 
V
G
 
G
S
 
A
E
 
K
V
 
G
A
 
A
N
 
S
V
 
F
F
 
I
V
 
I
E
 
D
K
 
K
M
 
L
-
 
G
A
 
A
E
 
E
K
 
G
G
 
G
K
 
E
Y
 
V
A
 
A
E
 
I
L
 
I
T
 
E
C
 
G
N
 
K
L
 
A
A
 
G
D
 
N
N
 
A
N
 
S
C
 
G
V
 
E
T
 
A
R
 
R
S
 
R
K
 
N
S
 
G
F
 
A
H
 
T
Q
 
E
V
 
A
I
 
F
D
 
K
Q
 
K
Y
 
A
P
 
S
D
 
Q
M
 
I
V
 
K
S
 
L
V
 
V
A
 
A
K
 
S
Q
 
Q
D
 
P
A
 
A
K
 
D
G
 
W
T
 
D
L
 
R
I
 
I
D
 
K
G
 
A
K
 
L
R
 
D
I
 
V
M
 
A
D
 
T
S
 
N
I
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
R
H
 
N
P
 
P
D
 
N
V
 
I
K
 
K
G
 
A
V
 
I
I
 
Y
C
 
C
G
 
A
N
 
N
G
 
D
P
 
T
V
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
-
 
V
A
 
A
I
 
Q
A
 
A
A
 
V
L
 
A
K
 
N
A
 
A
A
 
G
N
 
K
R
 
T
N
 
G
D
 
K
V
 
V
V
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
I
 
T
D
 
D
G
 
G
S
 
I
N
 
P
D
 
E
E
 
A
R
 
R
D
 
K
A
 
M
V
 
V
K
 
E
A
 
A
G
 
G
T
 
Q
L
 
M
Q
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
M
 
A
L
 
Q
Q
 
N
A
 
P
Q
 
A
A
 
D
I
 
I
A
 
G
A
 
A
Q
 
T
G
 
G
V
 
L
T
 
K
D
 
L
L
 
M
D
 
V
N
 
D
Y
 
A
L
 
E
Q
 
K
K
 
S
G
 
G
E
 
K
K
 
V
-
 
I
P
 
P
A
 
L
K
 
D
Q
 
K
R
 
A
V
 
P
M
 
E
F
 
F
R
 
K
-
 
L
-
 
V
-
 
D
G
 
S
I
 
I
L
 
L
I
 
V
T
 
T
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>BWI76_RS07665 FitnessBrowser__Koxy:BWI76_RS07665
MKLRLTLLTAATLTAFSFAAQAAEKGTIMIMVNSLDNPYYASEAKGASEKAKELGYQTTI
LSHGEDVKKQNELIDTAIGKKVQGIILDNADSTASVAAIEKAKKAGIPVVLINREIPVDD
IALEQITHNNFQAGSEVANVFVEKMAEKGKYAELTCNLADNNCVTRSKSFHQVIDQYPDM
VSVAKQDAKGTLIDGKRIMDSILQAHPDVKGVICGNGPVALGAIAALKAANRNDVVVVGI
DGSNDERDAVKAGTLQATVMLQAQAIAAQGVTDLDNYLQKGEKPAKQRVMFRGILITQDN
ADKVQDFNIKS

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory