SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing BWI76_RS09125 FitnessBrowser__Koxy:BWI76_RS09125 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 6 hits to proteins with known functional sites (download)

P16552 Raffinose permease; Raf permease from Escherichia coli (see paper)
38% identity, 94% coverage: 24:414/414 of query aligns to 27:423/425 of P16552

query
sites
P16552
S
 
A
S
 
T
T
 
C
M
 
F
A
 
P
F
 
F
F
 
L
V
 
P
I
x
V
W
 
W
T
 
L
T
 
S
Q
 
D
H
 
V
L
 
V
G
 
G
I
 
L
S
 
S
A
 
K
T
 
T
K
 
D
T
 
T
G
 
G
L
 
I
L
 
V
Y
 
F
S
 
S
V
 
C
N
 
L
A
 
S
F
 
L
I
 
F
A
 
A
L
 
I
L
 
S
M
 
F
Q
 
Q
P
 
P
F
 
L
F
 
L
G
 
G
F
 
V
I
 
I
S
 
S
D
 
D
K
 
R
F
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
K
 
K
R
 
N
L
 
L
I
 
I
W
 
W
I
 
S
L
 
I
V
 
S
A
 
L
M
 
L
L
 
L
L
 
V
P
 
F
V
 
F
G
 
A
P
 
P
F
 
F
F
 
F
I
 
L
Y
 
Y
L
 
V
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
L
 
L
L
 
L
V
 
H
H
 
L
S
 
N
F
 
I
W
 
W
L
 
A
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
Y
 
F
L
 
I
G
 
G
I
 
F
I
 
V
F
 
F
N
 
S
S
 
A
G
 
G
C
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
D
 
E
S
 
A
Y
 
Y
I
 
I
D
 
E
K
 
R
I
 
V
S
 
S
R
 
R
R
x
S
Y
x
S
Q
 
G
F
 
F
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
R
 
K
V
 
A
R
 
R
M
 
M
W
 
F
G
 
G
S
 
C
L
 
L
G
 
G
W
 
W
A
 
A
A
 
L
A
 
C
A
 
A
W
 
T
I
 
M
V
 
A
G
 
G
K
 
I
Y
 
L
I
 
F
D
 
N
S
 
V
N
 
D
P
 
P
N
 
S
L
 
L
A
 
V
F
 
F
W
 
W
L
 
M
A
 
G
S
 
S
V
 
G
A
 
G
I
 
A
V
 
L
I
 
L
A
 
L
A
 
L
I
 
L
C
 
L
F
 
L
M
 
Y
L
 
L
T
 
A
K
 
R
I
 
P
E
 
S
L
 
T
T
 
S
E
 
Q
A
 
T
E
 
A
M
 
M
-
 
V
-
 
M
-
 
N
-
 
A
-
 
L
-
 
G
Q
 
A
K
 
N
S
 
S
S
 
S
A
 
L
L
 
I
K
 
S
V
 
T
S
 
R
H
 
M
A
 
V
L
 
F
E
 
S
L
 
L
A
 
F
K
 
R
N
 
M
G
 
R
Q
 
Q
F
 
M
W
 
W
M
 
M
L
 
F
L
 
V
V
 
L
F
 
Y
T
 
T
L
 
I
F
 
G
V
 
V
T
 
A
Q
 
C
I
 
V
Y
 
Y
D
 
D
T
 
V
Y
 
F
D
 
D
Q
 
Q
Q
 
Q
F
 
F
A
 
A
Q
 
I
Y
 
F
F
 
F
S
 
R
L
 
S
Q
 
F
F
 
F
S
 
D
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
E
 
A
G
 
G
N
 
I
R
 
K
W
 
A
Y
 
F
G
 
G
I
 
F
L
 
A
A
 
T
S
 
T
I
 
A
-
 
G
Q
 
E
V
 
I
C
 
C
G
 
N
E
 
A
T
 
I
L
 
I
F
 
M
L
 
F
C
 
C
L
 
-
M
 
T
P
 
P
W
 
W
F
 
I
V
 
I
N
 
N
R
 
R
T
 
I
G
 
G
A
 
A
K
 
K
W
 
N
A
 
T
L
 
L
I
 
L
I
 
V
A
 
A
G
 
G
L
 
G
I
 
I
M
 
M
S
 
T
V
 
I
R
 
R
I
 
I
V
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
I
 
F
P
 
A
L
 
T
G
 
T
P
 
M
V
 
T
W
 
E
I
 
V
G
 
V
A
 
I
V
 
L
K
 
K
M
 
M
M
 
L
H
 
H
A
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
V
P
 
P
L
 
F
I
 
L
L
 
L
V
 
V
S
 
G
V
 
A
F
 
F
K
 
K
F
 
Y
I
 
I
A
 
T
A
 
G
N
 
V
F
 
F
D
 
D
N
 
T
K
 
R
L
 
L
S
 
S
S
 
A
T
 
T
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
L
 
I
V
 
G
L
 
F
-
 
Q
F
 
F
V
 
S
A
 
K
S
 
Q
I
 
L
A
 
A
T
 
A
A
 
I
I
 
L
Y
 
L
S
 
S
P
 
T
L
 
F
A
 
A
G
 
G
Y
 
H
L
 
L
Y
 
Y
D
 
D
T
 
R
I
 
M
G
 
G
F
 
F
A
 
Q
H
 
N
T
 
T
Y
 
Y
Y
 
F
I
 
V
L
 
L
G
|
G
G
 
M
I
|
I
A
 
V
G
 
L
L
 
T
F
 
V
T
 
T
L
 
V
I
 
I
S
 
S
V
 
A
F
 
F
T
 
T
L
 
L
R
 
S
D
 
S
N
 
S
R
 
P
E
 
G
P
 
I
T
 
V
A
 
H
P
 
P
G
 
-
A
 
S
A
 
V
P
 
E
G
 
K
A
 
A
G
 
P
V
 
V
A
 
A
Q
 
H
S
 
S
H
 
E

2y5yA Crystal structure of lacy in complex with an affinity inactivator (see paper)
41% identity, 88% coverage: 29:393/414 of query aligns to 26:383/386 of 2y5yA

query
sites
2y5yA
F
 
F
F
 
F
V
 
P
I
 
I
W
 
W
T
 
L
T
 
H
Q
 
D
H
 
I
L
 
N
G
 
H
I
 
I
S
 
S
A
 
K
T
 
S
K
 
D
T
 
T
G
 
G
L
 
I
L
 
I
Y
 
F
S
 
A
V
 
A
N
 
I
A
 
S
F
 
L
I
 
F
A
 
S
L
 
L
L
 
L
M
 
F
Q
 
Q
P
 
P
F
 
L
F
 
F
G
 
G
F
 
L
I
 
L
S
 
S
D
 
D
K
 
K
F
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
R
K
 
K
R
 
Y
L
 
L
I
 
L
W
 
W
I
 
I
L
 
I
V
 
T
A
 
G
M
 
M
L
 
L
L
 
V
P
 
M
V
 
F
G
 
A
P
 
P
F
 
F
F
 
F
I
 
I
Y
 
F
L
 
I
Y
 
F
A
 
G
P
 
P
L
 
L
L
 
L
V
 
Q
H
 
Y
S
 
N
F
 
I
W
 
L
L
 
V
G
 
G
A
 
S
L
 
I
L
 
V
G
 
G
G
 
G
V
 
I
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
I
 
F
I
 
S
F
 
F
N
 
N
S
 
A
G
 
G
C
|
C
G
 
P
V
 
A
I
 
V
D
 
E
S
 
A
Y
 
F
I
 
I
D
 
E
K
 
K
I
 
V
S
 
S
R
 
R
R
 
R
Y
 
S
Q
 
N
F
 
F
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
A
R
 
R
M
 
M
W
 
F
G
 
G
S
 
A
L
 
V
G
 
G
W
|
W
A
 
A
A
 
L
A
 
V
A
 
A
W
 
S
I
 
I
V
 
V
G
 
G
K
 
I
Y
 
M
I
 
F
D
 
T
S
 
I
N
 
N
P
 
N
N
 
Q
L
 
F
A
 
V
F
 
F
W
 
W
L
 
L
A
 
G
S
 
S
V
 
G
A
 
M
I
 
A
V
 
L
I
 
I
A
 
L
A
 
A
I
 
V
C
 
L
F
 
L
M
 
F
L
 
F
T
 
A
K
 
K
I
 
-
E
 
-
L
 
-
T
 
-
E
 
-
A
 
-
E
 
-
M
 
-
Q
 
A
K
 
N
S
 
H
S
 
S
A
 
A
L
 
F
K
 
S
V
 
L
S
 
K
H
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
F
K
 
R
N
 
Q
G
 
P
Q
 
K
F
 
L
W
 
W
M
 
F
L
 
L
L
 
S
V
 
L
F
 
Y
T
 
V
L
 
I
F
 
G
V
 
V
T
 
S
Q
 
S
I
 
T
Y
 
Y
D
 
D
T
 
V
Y
 
F
D
 
D
Q
 
Q
Q
 
Q
F
 
F
A
 
A
Q
 
N
Y
 
F
F
 
F
S
 
T
L
 
S
Q
 
F
F
 
F
S
 
A
T
 
T
P
 
G
E
 
E
E
 
Q
G
 
G
N
 
T
R
 
R
W
 
V
Y
 
F
G
 
G
I
 
Y
L
 
V
A
 
T
S
 
T
I
 
M
Q
 
-
V
 
-
C
 
-
G
 
G
E
|
E
T
 
L
L
 
L
F
 
N
L
 
A
C
 
S
L
 
I
M
 
M
-
 
F
-
 
F
-
 
A
P
 
P
W
 
L
F
 
I
V
 
I
N
 
N
R
 
R
T
 
I
G
 
G
A
 
G
K
 
K
W
 
N
A
 
A
L
 
L
I
 
L
I
 
L
A
 
A
G
 
G
L
 
T
I
 
I
M
 
M
S
 
S
V
 
V
R
 
R
I
 
I
V
 
I
G
 
G
S
 
S
A
 
S
I
 
F
P
 
A
L
 
T
G
 
S
P
 
A
V
 
L
W
 
E
I
 
V
G
 
V
A
 
I
V
 
L
K
 
K
M
 
T
M
 
L
H
 
H
A
 
M
L
 
F
E
 
E
K
 
V
P
 
P
L
 
F
I
 
L
L
 
L
V
 
V
S
 
G
V
 
S
F
 
F
K
 
K
F
 
Y
I
 
I
A
 
T
A
 
S
N
 
Q
F
 
F
D
 
E
N
 
V
K
 
R
L
 
F
S
 
S
S
 
A
T
 
T
V
 
I
Y
 
Y
L
 
L
L
 
V
V
 
A
L
 
F
-
 
A
F
 
F
V
 
F
A
 
K
S
 
Q
I
 
L
A
 
A
T
 
M
A
 
I
I
 
F
Y
 
M
S
 
S
P
 
V
L
 
L
A
 
A
G
 
G
Y
 
N
L
 
M
Y
 
Y
D
 
E
T
 
S
I
 
I
G
 
G
F
 
F
A
 
Q
H
 
G
T
 
A
Y
 
Y
Y
 
L
I
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
L
I
 
V
A
 
A
G
 
L
L
 
G
F
 
F
T
 
T
L
 
L
I
 
I
S
 
S
V
 
V
F
 
F
T
 
T
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P02920 Lactose permease; Lactose-proton symport from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
40% identity, 88% coverage: 29:393/414 of query aligns to 29:400/417 of P02920

query
sites
P02920
F
 
F
F
 
F
V
 
P
I
 
I
W
 
W
T
 
L
T
 
H
Q
 
D
H
 
I
L
 
N
G
 
H
I
 
I
S
 
S
A
 
K
T
 
S
K
 
D
T
 
T
G
 
G
L
 
I
L
 
I
Y
 
F
S
 
A
V
 
A
N
 
I
A
 
S
F
 
L
I
 
F
A
 
S
L
 
L
L
 
L
M
 
F
Q
 
Q
P
 
P
F
 
L
F
 
F
G
 
G
F
x
L
I
 
L
S
 
S
D
 
D
K
 
K
F
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
R
K
 
K
R
 
Y
L
 
L
I
 
L
W
 
W
I
 
I
L
 
I
V
 
T
A
 
G
M
 
M
L
 
L
L
 
V
P
 
M
V
 
F
G
 
A
P
 
P
F
 
F
F
 
F
I
 
I
Y
 
F
L
 
I
Y
 
F
A
x
G
P
 
P
L
 
L
L
 
L
V
 
Q
H
 
Y
S
 
N
F
 
I
W
 
L
L
 
V
G
 
G
A
 
S
L
 
I
L
 
V
G
 
G
G
 
G
V
 
I
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
I
 
F
I
 
C
F
 
F
N
 
N
S
 
A
G
 
G
C
x
A
G
 
P
V
 
A
I
 
V
D
 
E
S
 
A
Y
 
F
I
 
I
D
 
E
K
 
K
I
 
V
S
 
S
R
 
R
R
 
R
Y
 
S
Q
 
N
F
 
F
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
A
R
 
R
M
 
M
W
 
F
G
 
G
S
 
C
L
 
V
G
 
G
W
 
W
A
 
A
A
 
L
A
 
C
A
 
A
W
 
S
I
 
I
V
 
V
G
 
G
K
 
I
Y
 
M
I
 
F
D
 
T
S
 
I
N
 
N
P
 
N
N
 
Q
L
 
F
A
 
V
F
 
F
W
 
W
L
 
L
A
 
G
S
 
S
V
 
G
A
 
C
I
 
A
V
 
L
I
 
I
A
 
L
A
 
A
I
 
V
C
 
L
F
 
L
M
 
F
L
 
F
T
 
A
K
 
K
I
 
T
E
 
D
-
 
A
-
 
P
-
 
S
-
 
S
-
 
A
-
 
T
L
 
V
T
 
A
E
 
N
A
 
A
E
 
V
M
 
G
Q
 
A
K
 
N
S
 
H
S
 
S
A
 
A
L
 
F
K
 
S
V
 
L
S
 
K
H
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
F
K
 
R
N
 
Q
G
 
P
Q
 
K
F
 
L
W
 
W
M
 
F
L
 
L
L
 
S
V
 
L
F
 
Y
T
 
V
L
 
I
F
 
G
V
 
V
T
 
S
Q
 
C
I
 
T
Y
 
Y
D
|
D
T
 
V
Y
 
F
D
 
D
Q
 
Q
Q
 
Q
F
 
F
A
 
A
Q
 
N
Y
 
F
F
 
F
S
 
T
L
 
S
Q
 
F
F
 
F
S
 
A
T
 
T
P
 
G
E
 
E
E
 
Q
G
 
G
N
 
T
R
 
R
W
 
V
Y
 
F
G
 
G
I
 
Y
L
x
V
A
 
T
S
 
T
I
 
M
Q
 
-
V
 
-
C
 
-
G
 
G
E
 
E
T
 
L
L
 
L
F
 
N
L
 
A
C
 
S
L
 
I
M
 
M
-
 
F
-
 
F
-
x
A
P
 
P
W
 
L
F
 
I
V
 
I
N
 
N
R
 
R
T
 
I
G
 
G
A
 
G
K
 
K
W
 
N
A
 
A
L
 
L
I
 
L
I
 
L
A
 
A
G
 
G
L
 
T
I
 
I
M
 
M
S
 
S
V
 
V
R
 
R
I
 
I
V
 
I
G
 
G
S
 
S
A
 
S
I
 
F
P
 
A
L
 
T
G
 
S
P
 
A
V
 
L
W
 
E
I
 
V
G
 
V
A
 
I
V
 
L
K
 
K
M
 
T
M
 
L
H
 
H
A
 
M
L
 
F
E
 
E
K
 
V
P
 
P
L
 
F
I
 
L
L
 
L
V
 
V
S
 
G
V
 
C
F
 
F
K
 
K
F
 
Y
I
 
I
A
 
T
A
 
S
N
 
Q
F
 
F
D
 
E
N
 
V
K
 
R
L
 
F
S
 
S
S
 
A
T
 
T
V
 
I
Y
 
Y
L
 
L
L
 
V
V
 
C
L
 
F
-
x
C
F
 
F
V
 
F
A
x
K
S
 
Q
I
 
L
A
 
A
T
 
M
A
 
I
I
 
F
Y
 
M
S
 
S
P
x
V
L
 
L
A
 
A
G
 
G
Y
 
N
L
 
M
Y
 
Y
D
 
E
T
 
S
I
 
I
G
 
G
F
 
F
A
 
Q
H
 
G
T
 
A
Y
 
Y
Y
 
L
I
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
L
I
 
V
A
 
A
G
 
L
L
 
G
F
 
F
T
 
T
L
 
L
I
 
I
S
 
S
V
 
V
F
 
F
T
 
T
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6vbgB Lactose permease complex with thiodigalactoside and nanobody 9043 (see paper)
40% identity, 88% coverage: 29:393/414 of query aligns to 29:388/397 of 6vbgB

query
sites
6vbgB
F
 
F
F
 
F
V
 
P
I
 
I
W
 
W
T
 
L
T
 
H
Q
 
D
H
 
I
L
 
N
G
 
H
I
 
I
S
 
S
A
 
K
T
 
S
K
 
D
T
 
T
G
 
W
L
 
I
L
 
I
Y
 
F
S
 
A
V
 
A
N
 
I
A
 
S
F
 
L
I
 
F
A
 
S
L
 
L
L
 
L
M
 
F
Q
 
Q
P
 
P
F
 
L
F
 
F
G
 
G
F
 
L
I
 
L
S
 
S
D
 
D
K
 
K
F
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
R
K
 
K
R
 
Y
L
 
L
I
 
L
W
 
W
I
 
I
L
 
I
V
 
T
A
 
G
M
 
M
L
 
L
L
 
V
P
 
M
V
 
F
G
 
A
P
 
P
F
 
F
F
 
F
I
 
I
Y
 
F
L
 
I
Y
 
F
A
 
G
P
 
P
L
 
L
L
 
L
V
 
Q
H
 
Y
S
 
N
F
 
I
W
 
L
L
 
V
G
 
G
A
 
S
L
 
I
L
 
V
G
 
G
G
 
G
V
 
I
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
I
 
F
I
 
C
F
 
F
N
 
N
S
 
A
G
 
G
C
 
A
G
 
P
V
 
A
I
 
V
D
x
E
S
 
A
Y
 
F
I
 
I
D
 
E
K
 
K
I
 
V
S
 
S
R
 
R
R
 
R
Y
 
S
Q
 
N
F
 
F
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
A
R
|
R
M
 
M
W
 
F
G
 
G
S
x
C
L
 
V
G
 
G
W
|
W
A
 
A
A
 
L
A
 
C
A
 
A
W
 
S
I
 
I
V
 
V
G
 
G
K
 
I
Y
 
M
I
 
F
D
 
T
S
 
I
N
 
N
P
 
N
N
 
Q
L
 
F
A
 
V
F
 
F
W
 
W
L
 
L
A
 
G
S
 
S
V
 
G
A
 
C
I
 
A
V
 
L
I
 
I
A
 
L
A
 
A
I
 
V
C
 
L
F
 
L
M
 
F
L
 
F
T
 
A
K
 
K
I
 
T
E
 
D
L
 
-
T
 
-
E
 
-
A
 
-
E
 
-
M
 
-
Q
 
A
K
 
N
S
 
H
S
 
S
A
 
A
L
 
F
K
 
S
V
 
L
S
 
K
H
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
F
K
 
R
N
 
Q
G
 
P
Q
 
K
F
 
L
W
 
W
M
 
F
L
 
L
L
 
S
V
 
L
F
 
Y
T
 
V
L
 
I
F
 
G
V
 
V
T
 
S
Q
 
C
I
 
T
Y
 
Y
D
 
D
T
 
V
Y
 
F
D
 
D
Q
 
Q
Q
 
Q
F
 
F
A
 
A
Q
 
N
Y
 
F
F
 
F
S
 
T
L
 
S
Q
 
F
F
 
F
S
 
A
T
 
T
P
 
G
E
 
E
E
 
Q
G
 
G
N
 
T
R
 
R
-
 
V
-
 
F
W
 
W
Y
 
Y
G
 
-
I
 
-
L
 
-
A
 
-
S
 
-
I
 
V
Q
 
T
V
 
T
C
 
M
G
 
G
E
|
E
T
 
L
L
 
L
F
x
N
L
 
A
C
 
S
L
 
I
M
 
M
-
 
F
-
 
F
-
 
A
P
 
P
W
 
L
F
 
I
V
 
I
N
 
N
R
 
R
T
 
I
G
 
G
A
 
G
K
 
K
W
 
N
A
 
A
L
 
L
I
 
L
I
 
L
A
 
A
G
 
G
L
 
T
I
 
I
M
 
M
S
 
S
V
 
V
R
 
R
I
 
I
V
 
I
G
 
G
S
 
S
A
 
S
I
 
F
P
 
A
L
 
T
G
 
S
P
 
A
V
 
L
W
 
E
I
 
V
G
 
V
A
 
I
V
 
L
K
 
K
M
 
T
M
 
L
H
|
H
A
 
M
L
 
F
E
 
E
K
 
V
P
 
P
L
 
F
I
 
L
L
|
L
V
 
V
S
 
G
V
 
C
F
 
F
K
 
K
F
 
Y
I
 
I
A
 
T
A
 
S
N
 
Q
F
 
F
D
 
E
N
 
V
K
 
R
L
 
F
S
 
S
S
 
A
T
 
T
V
 
I
Y
 
Y
L
 
L
L
 
V
V
 
C
L
 
F
-
 
C
F
 
F
V
 
F
A
 
K
S
 
Q
I
 
L
A
 
A
T
 
M
A
 
I
I
 
F
Y
 
M
S
 
S
P
 
V
L
 
L
A
 
A
G
 
G
Y
 
N
L
 
M
Y
 
Y
D
 
E
T
 
S
I
 
I
G
 
G
F
 
F
A
 
Q
H
 
G
T
 
A
Y
 
Y
Y
 
L
I
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
L
I
 
V
A
 
A
G
 
L
L
 
G
F
 
F
T
 
T
L
 
L
I
 
I
S
 
S
V
 
V
F
 
F
T
 
T
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4zyrA Crystal structure of e. Coli lactose permease g46w/g262w bound to p- nitrophenyl alpha-d-galactopyranoside (alpha-npg) (see paper)
40% identity, 88% coverage: 29:393/414 of query aligns to 24:379/387 of 4zyrA

query
sites
4zyrA
F
 
F
F
 
F
V
 
P
I
 
I
W
 
W
T
 
L
T
 
H
Q
 
D
H
 
I
L
 
N
G
 
H
I
 
I
S
 
S
A
 
K
T
 
S
K
 
D
T
 
T
G
 
W
L
 
I
L
 
I
Y
 
F
S
 
A
V
 
A
N
 
I
A
 
S
F
 
L
I
 
F
A
 
S
L
 
L
L
 
L
M
 
F
Q
 
Q
P
 
P
F
 
L
F
 
F
G
 
G
F
 
L
I
 
L
S
 
S
D
 
D
K
 
K
F
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
R
K
 
K
R
 
Y
L
 
L
I
 
L
W
 
W
I
 
I
L
 
I
V
 
T
A
 
G
M
 
M
L
 
L
L
 
V
P
 
M
V
 
F
G
 
A
P
 
P
F
 
F
F
 
F
I
 
I
Y
 
F
L
 
I
Y
 
F
A
 
G
P
 
P
L
 
L
L
 
L
V
 
Q
H
 
Y
S
 
N
F
 
I
W
 
L
L
 
V
G
 
G
A
 
S
L
 
I
L
 
V
G
 
G
G
 
G
V
 
I
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
I
 
F
I
 
C
F
 
F
N
 
N
S
 
A
G
 
G
C
 
A
G
 
P
V
 
A
I
 
V
D
 
E
S
 
A
Y
 
F
I
 
I
D
 
E
K
 
K
I
 
V
S
 
S
R
 
R
R
 
R
Y
 
S
Q
 
N
F
 
F
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
A
R
|
R
M
 
M
W
 
F
G
 
G
S
x
C
L
 
V
G
 
G
W
|
W
A
 
A
A
 
L
A
 
C
A
 
A
W
 
S
I
 
I
V
 
V
G
 
G
K
 
I
Y
 
M
I
 
F
D
 
T
S
 
I
N
 
N
P
 
N
N
 
Q
L
 
F
A
 
V
F
 
F
W
 
W
L
 
L
A
 
G
S
 
S
-
 
G
V
 
C
A
 
A
I
 
L
V
 
I
I
 
L
A
 
A
A
 
V
I
 
L
C
 
L
F
 
F
M
 
-
L
 
-
T
 
-
K
 
-
I
 
-
E
 
-
L
 
-
T
 
-
E
 
-
A
 
-
E
 
-
M
 
F
Q
 
A
K
 
K
S
 
T
S
 
D
A
 
A
L
 
F
K
 
S
V
 
L
S
 
K
H
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
F
K
 
R
N
 
Q
G
 
P
Q
 
K
F
 
L
W
 
W
M
 
F
L
 
L
L
 
S
V
 
L
F
 
Y
T
 
V
L
 
I
F
 
G
V
 
V
T
 
S
Q
 
C
I
 
T
Y
 
Y
D
 
D
T
 
V
Y
 
F
D
 
D
Q
 
Q
Q
 
Q
F
 
F
A
 
A
Q
 
N
Y
 
F
F
 
F
S
 
T
L
 
S
Q
 
F
F
 
F
S
 
A
T
 
T
P
 
G
E
 
E
E
 
Q
G
 
G
N
 
T
R
 
R
-
 
V
-
 
F
W
 
W
Y
 
Y
G
 
-
I
 
-
L
 
-
A
 
-
S
 
-
I
 
V
Q
 
T
V
 
T
C
 
M
G
 
G
E
|
E
T
 
L
L
 
L
F
 
N
L
 
A
C
 
S
L
 
I
M
 
M
-
 
F
-
 
F
-
 
A
P
 
P
W
 
L
F
 
I
V
 
I
N
 
N
R
 
R
T
 
I
G
 
G
A
 
G
K
 
K
W
 
N
A
 
A
L
 
L
I
 
L
I
 
L
A
 
A
G
 
G
L
 
T
I
 
I
M
 
M
S
 
S
V
 
V
R
 
R
I
 
I
V
 
I
G
 
G
S
 
S
A
 
S
I
 
F
P
 
A
L
 
T
G
 
S
P
 
A
V
 
L
W
 
E
I
 
V
G
 
V
A
 
I
V
 
L
K
 
K
M
 
T
M
 
L
H
|
H
A
 
M
L
 
F
E
 
E
K
 
V
P
 
P
L
 
F
I
 
L
L
 
L
V
 
V
S
 
G
V
 
C
F
 
F
K
 
K
F
 
Y
I
 
I
A
 
T
A
 
S
N
 
Q
F
 
F
D
 
E
N
 
V
K
 
R
L
 
F
S
 
S
S
 
A
T
 
T
V
 
I
Y
 
Y
L
 
L
L
 
V
V
 
C
L
 
F
-
 
C
F
 
F
V
 
F
A
 
K
S
 
Q
I
 
L
A
 
A
T
 
M
A
 
I
I
 
F
Y
 
M
S
 
S
P
 
V
L
 
L
A
 
A
G
 
G
Y
 
N
L
 
M
Y
 
Y
D
 
E
T
 
S
I
 
I
G
 
G
F
 
F
A
 
Q
H
 
G
T
 
A
Y
 
Y
Y
 
L
I
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
L
I
 
V
A
 
A
G
 
L
L
 
G
F
 
F
T
 
T
L
 
L
I
 
I
S
 
S
V
 
V
F
 
F
T
 
T
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P96517 Melibiose permease; Melibiose transporter MelY from Enterobacter cloacae subsp. cloacae (strain ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCTC 10005 / WDCM 00083 / NCDC 279-56) (see 2 papers)
39% identity, 91% coverage: 24:398/414 of query aligns to 29:410/425 of P96517

query
sites
P96517
S
 
A
S
 
T
T
 
C
M
 
F
A
 
P
F
 
F
F
 
L
V
 
P
I
 
I
W
 
W
T
 
L
T
 
S
Q
 
D
H
 
I
L
 
I
G
 
G
I
 
L
S
 
N
A
 
K
T
 
T
K
 
H
T
 
T
G
 
G
L
 
I
L
 
V
Y
 
F
S
 
S
V
 
C
N
 
I
A
 
S
F
 
L
I
 
S
A
 
A
L
 
I
L
 
A
M
 
F
Q
 
Q
P
 
P
F
 
V
F
 
L
G
 
G
F
 
V
I
 
I
S
 
S
D
 
D
K
 
K
F
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
K
 
K
R
 
H
L
 
L
I
 
L
W
 
W
I
 
I
L
 
I
V
 
S
A
 
V
M
x
L
L
 
L
L
 
F
P
x
L
V
 
F
G
 
A
P
 
P
F
 
F
F
 
F
I
 
L
Y
 
Y
L
 
V
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
L
 
L
L
 
L
V
 
K
H
 
T
S
 
N
F
 
I
W
 
W
L
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
S
G
 
G
G
 
G
V
 
L
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G
I
 
F
I
 
V
F
 
F
N
 
S
S
 
A
G
 
G
C
 
S
G
 
G
V
 
A
I
 
I
D
 
E
S
 
A
Y
 
Y
I
 
I
D
 
E
K
 
R
I
 
V
S
 
S
R
 
R
R
 
N
Y
 
S
Q
 
A
F
 
F
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
R
 
K
V
 
A
R
 
R
M
 
M
W
 
F
G
 
G
S
 
C
L
 
L
G
 
G
W
 
W
A
 
G
A
 
L
A
 
C
A
 
A
W
 
S
I
 
T
V
 
G
G
 
G
K
 
I
Y
 
L
I
 
F
D
 
G
S
 
I
N
 
D
P
 
P
N
 
S
L
 
Y
A
 
V
F
 
F
W
 
W
L
 
M
A
 
G
S
 
S
V
 
A
A
 
A
I
x
A
V
 
L
I
 
L
A
 
L
A
 
M
I
 
L
C
 
L
F
 
L
M
 
V
L
 
V
T
 
A
K
 
K
-
 
P
-
 
K
-
 
P
-
 
N
-
 
Q
-
 
T
I
 
A
E
 
Q
L
 
V
T
 
M
E
 
N
A
 
A
E
 
L
M
 
G
Q
 
A
K
 
N
S
 
Q
S
 
P
A
 
Q
L
 
I
K
 
T
V
 
A
S
 
K
H
 
K
A
 
V
L
 
F
E
 
N
L
 
L
A
 
F
K
 
R
N
 
Q
G
 
R
Q
 
R
F
 
M
W
 
W
M
 
M
L
 
F
L
 
I
V
 
L
F
 
Y
T
 
V
L
 
I
F
 
G
V
 
V
T
 
A
Q
 
C
I
 
V
Y
 
Y
D
 
D
T
 
V
Y
 
F
D
 
D
Q
 
Q
Q
 
Q
F
 
F
A
 
A
Q
 
T
Y
 
F
F
 
F
S
 
K
L
 
T
Q
 
F
F
 
F
S
 
A
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
E
 
E
G
 
G
N
 
T
R
 
R
W
 
A
Y
 
F
G
 
G
I
 
F
L
 
A
A
 
T
S
 
T
I
 
A
-
 
G
Q
 
E
V
 
I
C
 
C
G
 
N
E
 
A
T
 
I
L
 
I
F
 
M
L
 
F
C
 
C
L
 
-
M
 
S
P
 
P
W
 
W
F
 
I
V
 
I
N
 
N
R
 
R
T
 
I
G
 
G
A
 
A
K
 
K
W
 
N
A
 
T
L
 
L
I
 
L
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
I
 
I
M
 
M
S
 
A
V
 
T
R
 
R
I
 
I
V
 
I
G
 
G
S
 
S
A
 
S
I
 
F
P
 
A
L
 
T
G
 
T
P
 
A
V
 
V
W
 
E
I
 
V
G
 
I
A
 
A
V
 
L
K
 
K
M
 
M
M
 
L
H
 
H
A
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
V
P
 
P
L
 
F
I
 
L
L
 
L
V
 
V
S
 
G
V
 
A
F
 
F
K
 
K
F
 
Y
I
 
I
A
 
T
A
 
G
N
 
V
F
 
F
D
 
D
N
 
T
K
 
R
L
 
L
S
 
S
S
 
A
T
 
T
V
 
I
Y
 
Y
L
 
L
L
 
I
V
 
G
L
 
F
F
 
Q
V
 
F
A
 
A
S
 
K
I
 
Q
A
 
S
T
 
A
A
|
A
I
 
I
Y
 
F
-
 
L
S
 
S
P
 
A
L
 
F
A
 
A
G
 
G
Y
 
N
L
 
M
Y
 
Y
D
 
D
T
 
R
I
 
I
G
 
G
F
 
F
A
 
Q
H
 
E
T
 
T
Y
 
Y
Y
 
L
I
 
M
L
 
L
G
 
G
G
 
C
I
 
F
A
 
V
G
 
L
L
 
A
F
 
I
T
 
T
L
 
V
I
 
V
S
 
S
V
 
A
F
 
F
T
 
T
L
 
L
R
 
S
D
 
S
N
 
R
R
 
Q
E
 
E

Query Sequence

>BWI76_RS09125 FitnessBrowser__Koxy:BWI76_RS09125
MITPGKRNYILLSLFDFLYLFAWSSTMAFFVIWTTQHLGISATKTGLLYSVNAFIALLMQ
PFFGFISDKFGLKKRLIWILVAMLLPVGPFFIYLYAPLLVHSFWLGALLGGVYLGIIFNS
GCGVIDSYIDKISRRYQFEYGRVRMWGSLGWAAAAWIVGKYIDSNPNLAFWLASVAIVIA
AICFMLTKIELTEAEMQKSSALKVSHALELAKNGQFWMLLVFTLFVTQIYDTYDQQFAQY
FSLQFSTPEEGNRWYGILASIQVCGETLFLCLMPWFVNRTGAKWALIIAGLIMSVRIVGS
AIPLGPVWIGAVKMMHALEKPLILVSVFKFIAANFDNKLSSTVYLLVLFVASIATAIYSP
LAGYLYDTIGFAHTYYILGGIAGLFTLISVFTLRDNREPTAPGAAPGAGVAQSH

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory