SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing BWI76_RS13110 FitnessBrowser__Koxy:BWI76_RS13110 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6laaA Crystal structure of full-length cyp116b46 from tepidiphilus thermophilus (see paper)
28% identity, 87% coverage: 6:316/356 of query aligns to 441:719/753 of 6laaA

query
sites
6laaA
S
 
T
L
 
M
T
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
A
V
 
V
E
 
E
P
 
R
E
 
P
T
 
S
R
 
E
D
 
D
A
 
I
V
 
V
T
 
V
I
 
L
T
 
H
F
 
L
A
 
T
I
 
R
P
 
P
D
 
D
A
 
R
L
 
-
R
 
R
D
 
P
A
 
L
Y
 
P
A
 
R
F
 
W
R
 
S
P
 
P
G
 
G
Q
 
A
H
 
H
L
 
I
T
 
D
L
 
I
K
 
E
A
 
C
R
 
-
L
 
-
G
 
G
G
 
E
E
 
P
E
 
D
L
 
R
R
 
S
R
|
R
C
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
I
 
L
C
 
C
-
 
S
-
 
D
-
 
P
R
 
E
S
 
N
R
 
R
A
 
D
P
 
A
G
 
W
E
 
R
I
 
V
S
x
A
V
|
V
A
x
Q
V
 
R
-
x
D
K
 
P
A
 
A
I
x
S
D
x
R
G
|
G
G
|
G
R
 
-
F
 
-
S
|
S
R
 
R
Y
 
W
A
 
I
Q
 
H
S
 
E
D
 
E
I
 
V
Q
 
R
P
 
P
G
 
G
M
 
M
A
 
L
L
 
L
E
 
R
V
 
V
M
 
R
V
 
G
P
 
P
Q
 
R
G
 
N
H
 
S
F
 
F
G
 
R
Y
 
L
Q
 
D
P
 
E
R
 
H
A
 
A
G
 
P
R
 
R
R
 
-
A
 
-
D
 
-
Y
 
Y
L
 
L
A
 
F
I
 
L
A
 
A
A
 
G
G
 
G
S
x
I
G
 
G
I
 
I
T
|
T
P
 
P
M
 
I
M
 
M
A
 
T
I
 
M
V
 
-
D
 
-
A
 
A
T
 
A
L
 
R
A
 
A
C
 
K
E
 
E
T
 
L
D
 
G
S
 
T
R
 
D
F
 
Y
T
 
E
L
 
L
I
 
H
Y
 
Y
G
 
S
N
 
V
R
 
R
S
 
S
S
 
R
H
 
T
S
 
S
M
 
L
M
 
I
F
 
F
R
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
V
A
 
D
D
 
E
L
 
L
K
 
R
D
 
Q
R
 
I
Y
 
H
P
 
G
Q
 
D
R
 
R
L
 
L
Q
 
H
V
 
V
V
 
-
H
 
-
L
 
Y
F
 
V
S
 
S
Q
 
E
E
 
E
A
 
G
M
 
V
D
 
R
S
 
N
D
 
D
L
 
-
L
 
-
Q
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
K
 
-
L
 
-
R
 
-
E
 
-
L
 
L
A
 
A
G
 
A
H
 
L
L
 
I
L
 
R
D
 
R
F
 
A
S
 
S
R
 
A
F
 
G
D
 
T
H
 
Q
A
 
I
F
 
Y
I
 
A
C
 
C
G
 
G
P
 
P
A
 
Q
A
 
R
M
 
M
M
 
L
D
 
D
E
 
T
A
 
L
E
 
E
M
 
R
T
 
L
L
 
I
R
 
E
E
 
-
L
 
-
G
 
N
V
 
R
P
 
P
E
 
E
K
 
V
A
 
T
I
 
L
H
 
R
L
 
V
E
|
E
R
x
H
F
|
F
N
 
F
T
 
G
P
 
E
G
 
P
S
 
S
G
 
H
A
 
L
R
 
D
R
 
P
A
 
A
A
 
-
G
 
-
V
 
-
Q
 
K
A
 
E
E
 
R
G
 
P
R
 
F
S
 
Q
V
 
V
T
 
V
I
 
L
R
 
R
Q
 
N
D
 
S
G
 
G
R
 
-
D
 
-
R
 
L
T
 
T
I
 
V
A
 
E
L
 
V
S
 
P
A
 
A
E
 
-
D
 
D
D
 
K
S
 
T
I
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
V
A
 
L
L
 
R
R
 
A
Q
 
Y
G
 
N
A
 
I
D
 
E
L
 
V
P
 
Q
F
x
S
A
x
D
C
|
C
K
x
E
G
 
E
G
|
G
V
x
L
C
|
C
A
x
G
T
|
T
C
|
C
K
 
E
C
 
V
K
 
S
V
 
V
L
 
V
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V

Sites not aligning to the query:

2eixA The structure of physarum polycephalum cytochrome b5 reductase (see paper)
26% identity, 56% coverage: 39:237/356 of query aligns to 45:239/243 of 2eixA

query
sites
2eixA
G
 
G
Q
 
Q
H
|
H
L
 
M
T
 
S
L
 
V
K
 
K
A
 
A
R
 
T
L
 
V
G
 
D
G
 
G
E
 
K
E
 
E
L
 
I
R
 
Y
R
|
R
C
x
P
Y
|
Y
S
x
T
-
 
P
I
 
V
C
 
S
R
 
S
S
 
D
R
 
D
A
 
E
P
 
K
G
 
G
E
 
Y
I
 
F
S
 
D
V
 
L
A
x
I
V
x
I
K
 
K
A
 
V
I
x
Y
D
x
E
G
x
K
G
|
G
R
x
Q
F
x
M
S
|
S
R
 
Q
Y
 
Y
A
 
I
Q
 
D
S
 
H
D
 
-
I
 
L
Q
 
N
P
 
P
G
 
G
M
 
D
A
 
F
L
 
L
E
 
Q
V
 
V
M
 
R
V
 
G
P
 
P
Q
 
K
G
 
G
H
 
Q
F
 
F
G
 
D
Y
 
Y
Q
 
K
P
 
P
R
 
N
A
 
M
G
 
V
R
 
K
R
 
E
A
 
M
D
 
G
Y
 
-
L
 
-
A
 
M
I
 
I
A
 
A
A
 
G
G
 
G
S
x
T
G
 
G
I
 
I
T
|
T
P
|
P
M
 
M
M
 
L
A
 
Q
I
 
V
V
 
A
D
 
R
A
 
A
T
 
I
L
 
I
A
 
K
C
 
N
E
 
P
T
 
K
D
 
E
S
 
K
R
 
T
-
 
I
F
 
I
T
 
N
L
 
L
I
 
I
Y
 
F
G
 
A
N
 
N
R
 
V
S
 
N
S
 
E
H
 
D
S
 
D
M
 
I
M
 
L
F
 
L
R
 
R
Q
 
T
A
 
E
L
 
L
A
 
D
D
 
D
L
 
M
K
 
A
D
 
K
R
 
K
Y
 
Y
P
 
-
Q
 
S
R
 
N
L
 
F
Q
 
K
V
 
V
V
 
Y
H
 
Y
L
 
V
F
 
L
S
 
N
Q
 
N
E
 
P
A
 
P
M
 
A
D
 
G
S
 
W
D
 
T
L
 
G
L
 
G
Q
 
V
G
 
G
R
x
F
I
x
V
D
 
S
G
 
A
D
 
D
K
 
M
L
 
I
R
 
K
E
 
Q
L
 
-
A
 
-
G
 
-
H
 
H
L
 
F
L
 
S
D
 
P
F
 
P
S
 
S
R
 
S
F
 
D
D
 
I
H
 
K
A
 
V
F
 
M
I
 
M
C
|
C
G
 
G
P
 
P
A
 
P
A
x
M
M
|
M
M
 
N
D
x
K
E
x
A
A
x
M
E
 
Q
M
 
G
T
 
H
L
 
L
R
 
E
E
 
T
L
 
L
G
 
G
-
 
Y
V
 
T
P
 
P
E
 
E
K
 
Q

Sites not aligning to the query:

7fixR1 Photosystem I reaction center subunit PsaK (see paper)
46% identity, 22% coverage: 266:343/356 of query aligns to 8:84/97 of 7fixR1

query
sites
7fixR1
I
 
V
R
 
R
Q
 
P
D
 
D
G
 
G
R
 
S
D
 
E
R
 
T
T
 
T
I
 
I
A
 
D
L
 
V
S
 
P
A
 
-
E
 
E
D
 
D
D
 
E
S
 
Y
I
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
V
A
 
A
L
 
E
R
 
E
Q
 
Q
G
 
G
A
 
L
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
|
F
A
x
S
C
|
C
K
x
R
G
 
A
G
|
G
V
 
A
C
|
C
A
 
S
T
 
T
C
|
C
K
 
A
C
 
G
K
 
K
V
 
L
L
 
L
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
A
 
D
M
 
Q
A
 
S
A
 
D
N
 
Q
Y
 
S
S
 
F
L
 
L
E
 
D
A
 
D
D
 
D
E
 
Q
V
 
I
A
 
E
A
 
K
G
 
G
Y
 
F
V
 
V
L
|
L
S
 
T
C
|
C
Q
 
V
A
 
A
L
 
Y
P
 
P
T
 
R
S
 
S

6khi1 Supercomplex for cylic electron transport in cyanobacteria (see paper)
46% identity, 22% coverage: 266:343/356 of query aligns to 9:85/98 of 6khi1

query
sites
6khi1
I
 
V
R
 
R
Q
 
P
D
 
D
G
 
G
R
 
S
D
 
E
R
 
T
T
 
T
I
 
I
A
 
D
L
 
V
S
 
-
A
 
P
E
 
E
D
 
D
D
 
E
S
 
Y
I
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
V
A
 
A
L
 
E
R
 
E
Q
 
Q
G
 
G
A
 
L
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
|
F
A
x
S
C
|
C
K
x
R
G
 
A
G
|
G
V
x
A
C
|
C
A
 
S
T
 
T
C
|
C
K
 
A
C
 
G
K
 
K
V
 
L
L
 
L
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
A
 
D
M
 
Q
A
 
S
A
 
D
N
 
Q
Y
 
S
S
 
F
L
 
L
E
 
D
A
 
D
D
 
D
E
 
Q
V
 
I
A
 
E
A
 
K
G
 
G
Y
 
F
V
 
V
L
|
L
S
 
T
C
|
C
Q
 
V
A
 
A
L
 
Y
P
 
P
T
 
R
S
 
S

1ewyC Anabaena pcc7119 ferredoxin:ferredoxin-NADP+-reductase complex (see paper)
50% identity, 19% coverage: 280:347/356 of query aligns to 22:89/98 of 1ewyC

query
sites
1ewyC
E
 
D
D
 
D
D
 
E
S
 
Y
I
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
E
R
 
E
Q
 
Q
G
 
G
A
 
Y
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
|
F
A
x
S
C
|
C
K
x
R
G
 
A
G
|
G
V
x
A
C
|
C
A
 
S
T
 
T
C
|
C
K
 
A
C
 
G
K
 
K
V
 
L
L
 
V
R
 
S
G
 
G
E
 
T
V
 
V
A
 
D
M
 
Q
A
 
S
A
 
D
N
 
Q
Y
x
S
S
x
F
L
 
L
E
 
D
A
 
D
D
 
D
E
 
Q
V
 
I
A
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
L
|
L
S
 
T
C
|
C
Q
 
V
A
 
A
L
 
Y
P
 
P
T
 
T
S
 
S
G
 
D
D
 
V
V
 
V
I
 
I

1czpA Anabaena pcc7119 [2fe-2s] ferredoxin in the reduced and oxixized state at 1.17 a (see paper)
50% identity, 19% coverage: 280:347/356 of query aligns to 22:89/98 of 1czpA

query
sites
1czpA
E
 
D
D
 
D
D
 
E
S
 
Y
I
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
E
R
 
E
Q
 
Q
G
 
G
A
 
Y
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
|
F
A
x
S
C
|
C
K
x
R
G
 
A
G
|
G
V
x
A
C
|
C
A
 
S
T
 
T
C
|
C
K
 
A
C
 
G
K
 
K
V
 
L
L
 
V
R
 
S
G
 
G
E
 
T
V
 
V
A
 
D
M
 
Q
A
 
S
A
 
D
N
 
Q
Y
 
S
S
 
F
L
 
L
E
 
D
A
 
D
D
 
D
E
 
Q
V
 
I
A
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
S
 
T
C
|
C
Q
 
V
A
 
A
L
 
Y
P
 
P
T
 
T
S
 
S
G
 
D
D
 
V
V
 
V
I
 
I

3ab5A Crystal structure of the 2fe 2s ferredoxin from cyanidioschyzon merolae
43% identity, 23% coverage: 267:347/356 of query aligns to 9:88/97 of 3ab5A

query
sites
3ab5A
R
 
Q
Q
 
K
D
 
E
G
 
G
R
 
I
D
 
D
R
 
V
T
 
T
I
 
I
A
 
Q
L
 
-
S
 
C
A
 
A
E
 
G
D
 
D
D
 
Q
S
 
Y
I
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
E
R
 
E
Q
 
Q
G
 
G
A
 
V
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
x
Y
A
x
S
C
|
C
K
x
R
G
 
A
G
|
G
V
 
A
C
|
C
A
 
S
T
 
T
C
|
C
K
 
A
C
 
G
K
 
K
V
 
L
L
 
V
R
 
K
G
 
G
E
 
S
V
 
V
A
 
D
M
 
Q
A
 
S
A
 
D
N
 
Q
Y
 
S
S
 
F
L
 
L
E
 
D
A
 
E
D
 
D
E
 
Q
V
 
I
A
 
S
A
 
K
G
 
G
Y
 
F
V
 
I
L
|
L
S
 
T
C
|
C
Q
 
V
A
 
A
L
 
Y
P
 
P
T
 
T
S
 
S
G
 
D
D
 
C
V
 
V
I
 
I

P0A3C7 Ferredoxin-1; Ferredoxin I from Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (see paper)
50% identity, 19% coverage: 280:347/356 of query aligns to 23:90/99 of P0A3C7

query
sites
P0A3C7
E
 
D
D
 
D
D
 
E
S
 
Y
I
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
E
R
 
E
Q
 
Q
G
 
G
A
 
Y
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
 
F
A
 
S
C
 
C
K
x
R
G
 
A
G
 
G
V
 
A
C
 
C
A
 
S
T
|
T
C
 
C
K
 
A
C
 
G
K
 
K
V
 
L
L
 
V
R
 
S
G
 
G
E
 
T
V
 
V
A
 
D
M
 
Q
A
 
S
A
 
D
N
 
Q
Y
 
S
S
x
F
L
 
L
E
 
D
A
x
D
D
|
D
E
 
Q
V
 
I
A
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
S
 
T
C
 
C
Q
 
V
A
 
A
L
 
Y
P
 
P
T
 
T
S
 
S
G
 
D
D
 
V
V
 
V
I
 
I

Sites not aligning to the query:

7s3dX Structure of photosystem i with bound ferredoxin from synechococcus sp. Pcc 7335 acclimated to far-red light (see paper)
49% identity, 18% coverage: 279:343/356 of query aligns to 20:84/97 of 7s3dX

query
sites
7s3dX
A
 
A
E
 
D
D
 
D
D
 
E
S
 
Y
I
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
E
R
 
E
Q
 
Q
G
 
G
A
 
I
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
x
Y
A
x
S
C
|
C
K
x
R
G
 
A
G
|
G
V
 
A
C
|
C
A
 
S
T
 
T
C
|
C
K
 
A
C
 
G
K
 
K
V
 
L
L
 
T
R
 
E
G
 
G
E
 
T
V
 
V
A
 
D
M
 
Q
A
 
S
A
 
D
N
 
Q
Y
 
S
S
 
F
L
 
L
E
 
D
A
 
D
D
 
D
E
 
Q
V
 
I
A
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
S
 
T
C
|
C
Q
 
V
A
 
A
L
 
Y
P
 
P
T
 
T
S
 
S

6xtfD Crystal structure a thioredoxin reductase from gloeobacter violaceus bound to its electron donor (see paper)
52% identity, 18% coverage: 281:344/356 of query aligns to 21:84/96 of 6xtfD

query
sites
6xtfD
D
 
D
D
 
E
S
 
Y
I
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
E
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
A
 
L
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
|
F
A
x
S
C
|
C
K
x
R
G
 
A
G
|
G
V
 
A
C
|
C
A
 
S
T
 
T
C
|
C
K
 
A
C
 
G
K
 
K
V
 
M
L
 
V
R
 
S
G
 
G
E
 
T
V
 
I
A
 
D
M
 
Q
A
 
G
A
 
D
N
 
Q
Y
 
S
S
 
F
L
 
L
E
 
D
A
 
D
D
 
D
E
 
Q
V
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
L
|
L
S
 
T
C
|
C
Q
 
V
A
 
A
L
 
Y
P
 
P
T
 
T
S
 
S
G
 
N

3b2gA Leptolyngbya boryana ferredoxin (see paper)
45% identity, 21% coverage: 269:343/356 of query aligns to 12:85/98 of 3b2gA

query
sites
3b2gA
D
 
E
G
 
G
R
 
L
D
 
N
R
 
T
T
 
T
I
 
I
A
 
E
L
 
V
S
 
P
A
 
-
E
 
D
D
 
D
D
 
E
S
 
Y
I
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
E
R
 
E
Q
 
Q
G
 
G
A
 
I
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
x
Y
A
x
S
C
|
C
K
x
R
G
 
A
G
|
G
V
 
A
C
|
C
A
 
S
T
 
T
C
|
C
K
 
A
C
 
G
K
 
K
V
 
I
L
 
T
R
 
A
G
 
G
E
 
T
V
 
V
A
 
D
M
 
Q
A
 
S
A
 
D
N
 
Q
Y
 
S
S
 
F
L
 
L
E
 
D
A
 
D
D
 
D
E
 
Q
V
 
I
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
S
 
T
C
|
C
Q
 
V
A
 
A
L
 
Y
P
 
P
T
 
T
S
 
S

1rfkB Crystal structure of 2fe2s ferredoxin from thermophilic cyanobacterium mastigocladus laminosus (see paper)
44% identity, 22% coverage: 269:347/356 of query aligns to 12:89/97 of 1rfkB

query
sites
1rfkB
D
 
E
G
 
G
R
 
L
D
 
N
R
 
K
T
 
T
I
 
I
A
 
E
L
 
V
S
 
P
A
 
-
E
 
D
D
 
D
D
 
Q
S
 
Y
I
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
E
R
 
E
Q
 
A
G
 
G
A
 
I
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
x
Y
A
x
S
C
|
C
K
x
R
G
 
A
G
|
G
V
x
A
C
|
C
A
 
S
T
 
T
C
|
C
K
 
A
C
 
G
K
 
K
V
 
L
L
 
I
R
 
S
G
 
G
E
 
T
V
 
V
A
 
D
M
 
Q
A
 
S
A
 
D
N
 
Q
Y
 
S
S
 
F
L
 
L
E
 
D
A
 
D
D
 
D
E
 
Q
V
 
I
A
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
L
|
L
S
 
T
C
|
C
Q
 
V
A
 
A
L
 
Y
P
 
P
T
 
T
S
 
S
G
 
D
D
 
C
V
 
V
I
 
I

Q8IED5 Ferredoxin, apicoplast from Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (see paper)
36% identity, 24% coverage: 263:347/356 of query aligns to 100:183/194 of Q8IED5

query
sites
Q8IED5
S
 
N
V
 
I
T
 
T
I
 
L
R
 
R
Q
 
T
D
 
N
G
 
D
R
 
G
D
 
E
R
 
K
T
 
K
I
 
I
A
 
E
L
 
C
S
 
N
A
 
-
E
 
E
D
 
D
D
 
E
S
 
Y
I
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
S
L
 
E
R
 
R
Q
 
Q
G
 
N
A
 
V
D
 
E
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
A
 
S
C
|
C
K
 
R
G
 
G
G
 
G
V
 
S
C
|
C
A
 
S
T
 
T
C
|
C
K
 
A
C
 
A
K
 
K
V
 
L
L
 
V
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
A
 
D
M
 
N
A
 
D
A
 
D
N
 
Q
Y
 
S
S
 
Y
L
 
L
E
 
D
A
 
E
D
 
E
E
 
Q
V
 
I
A
 
K
A
 
K
G
 
K
Y
 
Y
V
 
I
L
 
L
S
 
L
C
|
C
Q
 
T
A
 
C
L
 
Y
P
 
P
T
 
K
S
 
S
G
 
D
D
 
C
V
 
V
I
 
I

1tvcA Fad and nadh binding domain of methane monooxygenase reductase from methylococcus capsulatus (bath) (see paper)
27% identity, 59% coverage: 36:244/356 of query aligns to 44:244/250 of 1tvcA

query
sites
1tvcA
F
 
F
R
 
E
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
H
x
F
L
 
M
T
 
D
L
 
L
K
 
T
A
 
-
R
 
-
L
 
I
G
 
P
G
 
G
E
 
T
E
 
D
L
 
V
R
 
S
R
|
R
C
x
S
Y
|
Y
S
|
S
I
 
P
C
 
A
R
 
N
S
 
L
R
 
P
A
 
N
P
 
P
-
 
E
G
 
G
E
 
R
I
 
L
S
 
E
V
 
F
A
x
L
V
x
I
K
x
R
A
x
V
I
x
L
D
 
P
G
 
E
G
 
G
R
|
R
F
|
F
S
 
S
R
 
D
Y
 
Y
A
 
L
Q
 
R
S
 
N
D
 
D
I
 
A
Q
 
R
P
 
V
G
 
G
M
 
Q
A
 
V
L
 
L
E
 
S
V
 
V
M
 
K
V
 
G
P
 
P
Q
 
L
G
 
G
H
x
V
F
 
F
G
 
G
Y
 
L
Q
 
K
P
 
E
R
 
R
A
 
-
G
 
G
R
 
M
R
 
A
A
 
P
D
 
R
Y
 
Y
L
 
F
A
 
-
I
 
V
A
 
A
A
 
G
G
 
G
S
 
T
G
|
G
I
 
L
T
 
A
P
 
P
M
 
V
M
 
V
A
 
S
I
 
M
V
 
V
D
 
R
A
 
Q
T
 
M
L
 
Q
A
 
E
C
 
W
E
 
T
T
 
A
D
 
P
S
 
N
R
 
E
F
 
T
T
 
R
L
 
I
I
 
Y
Y
 
F
G
 
G
N
 
V
R
x
N
S
 
T
S
 
E
H
 
P
S
x
E
M
 
L
M
 
F
F
 
Y
R
 
I
Q
 
D
A
 
E
L
 
L
A
 
K
D
 
S
L
 
L
K
 
-
D
 
E
R
 
R
Y
 
S
P
 
M
Q
 
R
R
 
N
L
 
L
Q
 
T
V
 
V
V
 
K
H
 
A
L
 
C
F
 
V
S
 
W
Q
 
H
E
 
P
A
x
S
M
x
G
D
 
D
S
 
W
D
 
E
L
 
G
L
 
E
Q
 
Q
G
 
G
R
 
S
I
 
-
D
 
P
G
 
I
D
 
D
K
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
-
A
 
-
G
 
-
H
 
-
L
 
-
L
 
-
D
 
D
F
 
L
S
 
E
R
 
S
F
 
S
D
 
D
-
 
A
-
 
N
-
 
P
H
 
D
A
 
I
F
 
Y
I
x
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
A
 
P
A
 
G
M
 
M
M
 
I
D
 
D
E
 
A
A
 
A
E
 
C
M
 
E
T
 
L
L
 
V
R
 
R
E
 
S
L
 
R
G
 
G
V
 
I
P
 
P
E
 
G
K
 
E
A
 
Q
I
 
V
H
 
F
L
 
F
E
|
E
R
 
K
F
|
F

Sites not aligning to the query:

7ylrA Ferredoxin
27% identity, 85% coverage: 36:336/356 of query aligns to 36:312/326 of 7ylrA

query
sites
7ylrA
F
 
F
R
 
A
P
 
A
G
 
G
Q
 
A
H
|
H
L
 
I
T
 
R
L
 
V
K
 
Q
A
 
V
R
 
S
L
 
L
-
 
P
G
 
D
G
 
G
E
 
R
E
 
T
L
 
D
R
 
W
R
|
R
C
x
H
Y
|
Y
S
|
S
I
 
L
C
 
I
R
 
N
-
 
F
-
 
A
-
 
T
-
 
A
-
 
R
-
 
N
-
 
A
S
 
T
R
 
N
A
 
A
P
 
P
G
 
T
E
 
E
I
 
Y
S
 
V
V
 
I
A
|
A
V
|
V
K
x
R
A
 
K
I
 
E
D
 
A
G
 
E
G
|
G
R
|
R
F
x
G
-
x
G
S
|
S
R
 
R
Y
 
F
A
 
M
Q
 
H
S
 
E
D
 
G
I
 
L
Q
 
N
P
 
E
G
 
G
M
 
D
A
 
T
L
 
L
E
 
A
V
 
I
M
 
E
V
 
A
P
 
P
Q
 
K
G
 
N
H
 
D
F
 
F
G
 
P
Y
 
L
Q
 
H
P
 
T
R
 
G
A
 
P
G
 
G
R
 
-
R
 
-
A
 
-
D
 
G
Y
 
S
L
 
V
A
 
L
I
 
V
A
 
A
A
 
G
G
 
G
S
x
I
G
 
G
I
 
V
T
|
T
P
 
P
M
 
L
M
 
-
A
 
-
I
 
-
V
 
-
D
 
-
A
 
A
T
 
T
L
 
M
A
 
A
C
 
A
E
 
R
T
 
R
D
 
R
S
 
A
R
 
E
-
 
G
-
 
A
-
 
P
F
 
V
T
 
R
L
 
M
I
 
H
Y
 
Y
G
 
A
N
 
G
R
 
R
S
 
S
S
 
R
H
 
E
S
 
L
M
 
M
M
 
A
F
 
F
R
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
L
A
 
P
D
 
E
L
 
L
K
 
Q
D
 
A
R
 
L
Y
 
L
P
 
G
Q
 
D
R
 
D
L
 
L
Q
 
R
V
 
V
V
 
-
H
 
H
L
 
A
F
 
D
S
 
A
Q
 
E
E
 
A
A
 
G
M
 
A
D
 
P
S
 
L
D
 
D
-
 
I
-
 
D
-
 
A
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
G
 
G
R
 
V
I
 
P
D
 
A
G
 
G
D
 
D
K
 
R
L
 
L
R
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
H
 
-
L
 
-
L
 
-
D
 
-
F
 
-
S
 
-
R
 
-
F
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
-
F
 
Y
I
 
V
C
 
C
G
 
G
P
 
P
A
 
K
A
 
V
M
 
M
M
 
L
D
 
D
E
 
A
A
 
V
E
 
L
M
 
A
T
 
R
L
 
T
R
 
Q
E
 
A
L
 
R
G
 
G
V
 
W
P
 
E
E
 
H
K
 
D
A
 
R
I
 
V
H
 
H
L
 
F
E
|
E
R
x
L
F
|
F
N
 
T
T
x
E
P
 
P
G
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
-
R
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
-
G
 
-
V
 
-
Q
 
V
A
 
A
E
 
E
G
 
G
R
 
D
-
 
Q
-
 
P
-
 
F
S
 
E
V
 
V
T
 
E
I
 
L
R
 
A
Q
 
Q
D
 
S
G
 
G
R
 
Q
D
 
R
R
 
F
T
 
T
I
 
V
A
 
P
L
 
A
S
 
G
A
 
-
E
 
-
D
 
-
D
 
Q
S
 
S
I
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
C
A
 
L
L
 
I
R
 
E
Q
 
H
G
 
G
A
 
C
D
 
D
L
 
P
P
 
M
F
|
F
A
x
D
C
|
C
K
|
K
G
x
R
G
|
G
V
x
E
C
|
C
A
x
G
T
x
V
C
|
C
K
 
A
C
 
V
K
 
P
V
 
V
L
 
L
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
I
A
 
D
M
 
H
A
 
-
A
 
R
N
 
D
Y
 
Y
S
 
V
L
 
L
E
 
T
A
 
A
D
 
R
E
 
E
V
 
K
A
 
A
A
 
Q
G
 
G
Y
 
N
V
 
V
L
 
M
S
x
Q

Sites not aligning to the query:

7y5eNN Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod (see paper)
42% identity, 26% coverage: 258:348/356 of query aligns to 11:91/99 of 7y5eNN

query
sites
7y5eNN
Q
 
E
A
 
A
E
 
E
G
 
G
R
 
I
S
 
D
V
 
V
T
 
T
I
 
I
R
 
D
Q
 
-
D
 
-
G
 
-
R
 
-
D
 
-
R
 
-
T
 
-
I
 
-
A
 
-
L
 
-
S
 
C
A
 
A
E
 
D
D
 
D
D
 
V
S
 
Y
I
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
E
R
 
E
Q
 
Q
G
 
G
A
 
V
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
x
Y
A
x
S
C
|
C
K
x
R
G
x
A
G
|
G
V
x
A
C
|
C
A
 
S
T
 
T
C
|
C
K
 
A
C
 
G
K
 
K
V
 
V
L
 
S
R
 
E
G
 
G
E
 
T
V
 
I
A
 
D
M
 
Q
A
 
S
A
 
D
N
 
Q
Y
 
S
S
 
F
L
 
L
E
 
D
A
 
D
D
 
D
E
 
Q
V
 
T
A
 
G
A
 
A
G
 
G
Y
 
F
V
 
V
L
 
L
S
 
T
C
|
C
Q
 
V
A
 
A
L
 
Y
P
 
P
T
 
T
S
 
S
G
 
D
D
 
C
V
 
T
I
 
I
V
 
L

P36060 NADH-cytochrome b5 reductase 2; Mitochondrial cytochrome b reductase; p34/p32; EC 1.6.2.2 from Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (Baker's yeast) (see 3 papers)
22% identity, 61% coverage: 7:223/356 of query aligns to 56:270/302 of P36060

query
sites
P36060
L
 
L
T
 
P
V
 
I
A
 
S
K
 
K
V
 
I
E
 
E
P
 
E
E
 
E
T
 
S
R
 
H
D
 
D
A
 
T
V
 
R
T
 
R
I
 
F
T
 
T
F
 
F
A
 
K
I
 
L
P
 
P
D
 
T
A
 
E
L
 
D
R
 
S
D
 
E
A
 
M
Y
 
G
A
 
L
F
 
V
R
 
L
P
 
A
G
 
S
Q
 
A
H
 
L
L
 
F
T
 
A
L
 
K
K
 
F
A
 
V
R
 
T
L
 
P
G
 
K
G
 
G
E
 
S
E
 
N
L
 
V
R
 
V
R
 
R
C
 
P
Y
 
Y
S
 
T
-
 
P
I
 
V
C
 
S
R
 
D
S
 
L
R
 
S
A
 
Q
P
 
K
G
 
G
E
 
H
I
 
F
S
 
Q
V
 
L
A
 
V
V
 
V
K
 
K
A
 
H
I
 
Y
D
 
E
G
 
G
G
 
G
R
 
K
F
 
M
S
 
T
R
 
S
Y
 
H
A
 
L
Q
 
F
S
 
G
D
 
-
I
 
L
Q
 
K
P
 
P
G
 
N
M
 
D
A
 
T
L
 
V
E
 
S
V
 
F
M
 
K
V
 
G
P
 
P
Q
 
I
G
 
M
H
 
K
F
 
W
G
 
K
Y
 
W
Q
 
Q
P
 
P
R
 
N
A
 
Q
G
 
F
R
 
K
R
 
S
A
 
I
D
 
T
Y
 
L
L
 
L
A
 
G
I
 
-
A
 
-
A
 
A
G
 
G
S
 
T
G
 
G
I
 
I
T
 
N
P
 
P
M
 
L
M
 
Y
A
 
Q
I
 
L
V
 
A
D
 
H
A
 
H
T
 
I
L
 
V
A
 
E
C
 
N
E
 
P
T
 
N
D
 
D
-
 
K
S
 
T
R
 
K
F
 
V
T
 
N
L
 
L
I
 
L
Y
 
Y
G
 
G
N
 
N
R
 
K
S
 
T
S
 
P
H
 
Q
S
 
D
M
 
I
M
 
L
F
 
L
R
 
R
Q
 
K
A
 
E
L
 
L
A
 
D
D
 
A
L
 
L
K
 
K
D
 
E
R
 
K
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
D
R
 
K
L
 
F
Q
 
N
V
 
V
V
 
T
H
 
Y
L
 
-
F
 
F
S
 
V
Q
 
D
E
 
D
A
 
K
M
 
Q
D
 
D
S
 
D
D
 
Q
L
 
D
L
 
F
Q
 
D
G
 
G
R
 
E
I
 
I
D
 
S
G
 
F
D
 
I
K
 
S
L
 
K
R
 
D
E
 
F
L
 
I
A
 
Q
G
 
E
H
 
H
L
 
V
L
 
P
D
 
G
F
 
P
S
 
K
R
 
E
F
 
S
D
 
T
H
 
H
A
 
L
F
 
F
I
 
V
C
 
C
G
 
G
P
 
P
A
 
P
A
 
P
M
 
F
M
 
M
D
 
N

Sites not aligning to the query:

7aktA Crpetf variant - a39g_a41v
45% identity, 24% coverage: 260:343/356 of query aligns to 11:94/107 of 7aktA

query
sites
7aktA
E
 
E
G
 
G
R
 
R
-
 
Y
S
 
K
V
 
V
T
 
T
I
 
L
R
 
K
Q
 
T
D
 
P
G
 
S
R
 
G
D
 
D
R
 
K
T
 
T
I
 
I
A
 
E
L
 
C
S
 
P
A
 
A
E
 
-
D
 
D
D
 
T
S
 
Y
I
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
E
R
 
E
Q
 
A
G
 
G
A
 
L
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
x
Y
A
x
S
C
|
C
K
x
R
G
 
G
G
|
G
V
 
V
C
|
C
A
 
S
T
 
S
C
|
C
K
 
A
C
 
G
K
 
K
V
 
V
L
 
A
R
 
A
G
 
G
E
 
T
V
 
V
A
 
D
M
 
Q
A
 
S
A
 
D
N
 
Q
Y
 
S
S
 
F
L
 
L
E
 
D
A
 
D
D
 
A
E
 
Q
V
 
M
A
 
G
A
 
N
G
 
G
Y
 
F
V
 
V
L
 
L
S
 
T
C
|
C
Q
 
V
A
 
A
L
 
Y
P
 
P
T
 
T
S
 
S

1iueA Crystal structure analysis of ferredoxin from plasmodium falciparum
36% identity, 24% coverage: 263:347/356 of query aligns to 4:87/98 of 1iueA

query
sites
1iueA
S
 
N
V
 
I
T
 
T
I
 
L
R
 
R
Q
 
T
D
 
N
G
 
D
R
 
G
D
 
E
R
 
K
T
 
K
I
 
I
A
 
E
L
 
C
S
 
N
A
 
-
E
 
E
D
 
D
D
 
E
S
 
Y
I
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
S
L
 
E
R
 
R
Q
 
Q
G
 
N
A
 
V
D
 
E
L
 
L
P
 
P
F
x
Y
A
x
S
C
|
C
K
x
R
G
 
G
G
|
G
V
 
S
C
|
C
A
 
S
T
 
T
C
|
C
K
 
A
C
 
A
K
 
K
V
 
L
L
 
V
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
A
 
D
M
 
N
A
 
D
A
 
D
N
 
Q
Y
 
S
S
 
Y
L
 
L
E
 
D
A
 
E
D
 
E
E
 
Q
V
 
I
A
 
K
A
 
K
G
 
K
Y
 
Y
V
 
I
L
|
L
S
 
L
C
|
C
Q
 
T
A
 
C
L
 
Y
P
 
P
T
 
K
S
 
S
G
 
D
D
 
C
V
 
V
I
 
I

3av8A Refined structure of plant-type [2fe-2s] ferredoxin i from aphanothece sacrum at 1.46 a resolution (see paper)
39% identity, 24% coverage: 264:349/356 of query aligns to 5:89/97 of 3av8A

query
sites
3av8A
V
 
V
T
 
T
I
 
L
R
 
K
Q
 
T
D
 
P
G
 
D
R
 
G
D
 
D
R
 
N
T
 
V
I
 
I
A
 
T
L
 
V
S
 
-
A
 
P
E
 
D
D
 
D
D
 
E
S
 
Y
I
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
V
A
 
A
L
 
E
R
 
E
Q
 
Q
G
 
G
A
 
L
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
x
Y
A
x
S
C
|
C
K
x
R
G
 
A
G
|
G
V
x
A
C
|
C
A
 
S
T
 
T
C
|
C
K
 
A
C
 
G
K
 
K
V
 
L
L
 
V
R
 
S
G
 
G
E
 
P
V
 
A
A
 
P
M
 
D
A
 
Q
A
 
S
N
 
D
Y
 
Q
S
 
S
-
 
F
L
 
L
E
 
D
A
 
D
D
 
D
E
 
Q
V
 
I
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
V
 
I
L
 
L
S
 
T
C
|
C
Q
 
V
A
 
A
L
 
Y
P
 
P
T
 
T
S
 
-
G
 
G
D
 
D
V
 
C
I
 
V
V
 
I
D
 
E

Query Sequence

>BWI76_RS13110 FitnessBrowser__Koxy:BWI76_RS13110
MTTFHSLTVAKVEPETRDAVTITFAIPDALRDAYAFRPGQHLTLKARLGGEELRRCYSIC
RSRAPGEISVAVKAIDGGRFSRYAQSDIQPGMALEVMVPQGHFGYQPRAGRRADYLAIAA
GSGITPMMAIVDATLACETDSRFTLIYGNRSSHSMMFRQALADLKDRYPQRLQVVHLFSQ
EAMDSDLLQGRIDGDKLRELAGHLLDFSRFDHAFICGPAAMMDEAEMTLRELGVPEKAIH
LERFNTPGSGARRAAGVQAEGRSVTIRQDGRDRTIALSAEDDSILDAALRQGADLPFACK
GGVCATCKCKVLRGEVAMAANYSLEADEVAAGYVLSCQALPTSGDVIVDFDARGMA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory