SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing BWI76_RS14855 FitnessBrowser__Koxy:BWI76_RS14855 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
35% identity, 86% coverage: 40:311/317 of query aligns to 3:273/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
I
 
I
G
 
G
L
 
L
M
 
V
V
 
I
Q
 
S
D
 
T
M
 
L
S
 
N
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
|
F
S
 
V
A
 
T
M
 
L
E
 
K
R
 
N
N
 
G
A
 
A
K
 
E
Q
 
E
A
 
K
A
 
A
A
 
K
K
 
E
I
 
L
G
 
G
A
 
Y
T
 
K
L
 
I
N
 
I
V
 
V
Q
 
E
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
V
 
N
D
 
D
L
 
S
A
 
S
N
 
K
Q
 
E
N
 
L
T
 
S
Q
 
N
I
 
V
D
 
E
A
 
D
F
 
L
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
D
 
D
L
 
V
I
 
L
I
 
L
I
 
I
S
 
N
A
 
P
V
 
V
D
 
D
E
 
S
S
 
D
G
 
A
I
 
V
E
 
V
P
 
T
A
 
A
I
 
I
Q
 
K
R
 
E
A
 
A
K
 
N
A
 
S
A
 
K
G
 
N
I
 
I
I
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
T
V
 
I
D
|
D
T
x
R
P
 
S
A
 
A
K
 
N
G
 
G
A
 
G
D
 
D
-
 
V
-
 
V
A
 
C
A
 
H
I
 
I
M
 
A
T
 
S
N
 
D
A
 
N
I
 
V
Q
 
K
A
 
G
G
 
G
E
 
E
T
 
M
S
 
A
C
 
A
E
 
E
Y
 
F
L
 
I
F
 
A
S
 
K
Q
 
A
M
 
L
G
 
K
G
 
G
K
 
K
G
 
G
K
 
N
V
 
V
L
 
V
L
 
E
V
 
L
D
 
E
G
 
G
T
 
I
P
 
P
-
 
G
I
 
A
Q
 
S
T
x
A
I
 
A
I
 
R
D
 
D
R
|
R
I
 
G
K
 
K
G
 
G
C
 
F
K
 
D
N
 
E
V
 
A
A
 
I
Q
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
A
Q
 
K
Q
 
Q
A
 
A
S
 
A
R
 
D
N
x
F
D
 
D
R
 
R
A
 
S
S
 
K
G
 
G
L
 
L
M
 
S
V
 
V
T
 
M
T
 
E
D
 
N
M
 
I
L
 
L
T
 
Q
A
 
A
N
 
Q
P
 
P
D
 
K
V
 
I
S
 
D
G
 
A
I
 
V
F
 
F
G
 
A
M
 
Q
N
|
N
D
 
D
P
 
E
S
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
L
 
K
A
 
A
V
 
I
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
G
 
N
K
 
R
A
 
Q
G
 
G
A
 
I
I
 
I
N
 
-
V
 
V
T
 
V
G
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
T
P
 
E
E
 
D
A
 
A
V
 
L
E
 
K
E
 
A
L
 
I
K
 
K
R
 
E
G
 
G
G
 
-
S
 
-
P
 
K
F
 
M
I
 
A
G
 
A
T
 
T
A
 
I
T
 
A
Q
|
Q
N
 
Q
P
 
P
G
 
A
E
 
L
M
 
M
V
 
G
R
 
S
Q
 
L
A
 
G
I
 
V
S
 
E
L
 
M
A
 
A
Q
 
D
D
 
K
M
 
Y
V
 
L
D
 
K
G
 
G
K
 
E
P
 
K
I
 
I
A
 
P
S
 
N
R
 
-
T
 
-
V
 
-
L
 
F
I
 
I
P
 
P
S
 
A
-
 
E
-
 
L
V
 
K
L
 
L
V
 
I
T
 
T
R
 
K
D
 
E
N
 
N
V
 
V

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
34% identity, 90% coverage: 32:317/317 of query aligns to 3:284/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
Q
 
K
E
 
K
S
 
S
K
 
A
K
 
K
I
 
D
A
 
L
R
 
K
I
 
L
G
 
G
L
 
V
M
 
S
V
 
I
Q
 
S
D
 
T
M
 
T
S
 
N
N
|
N
P
 
P
F
x
Y
F
|
F
S
 
V
A
 
A
M
 
M
E
 
K
R
 
D
N
 
G
A
 
I
K
 
D
Q
 
K
A
 
Y
A
 
A
A
 
S
K
 
N
I
 
K
G
 
K
A
 
I
T
 
S
L
 
I
N
 
K
V
 
V
Q
 
A
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
V
 
D
D
 
D
L
 
A
A
 
A
N
 
R
Q
 
Q
N
 
A
T
 
D
Q
 
D
I
 
V
D
 
Q
A
 
N
F
 
F
I
 
I
Q
 
S
Q
 
Q
K
 
N
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
I
 
L
I
 
I
S
 
N
A
 
P
V
 
V
D
 
D
E
 
S
S
 
K
G
 
A
I
 
I
E
 
V
P
 
T
A
 
A
I
 
I
Q
 
K
R
 
S
A
 
A
K
 
N
A
 
N
A
 
A
G
 
N
I
 
I
I
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
L
V
 
M
D
|
D
T
x
R
P
 
G
A
 
S
K
 
E
G
 
G
A
 
G
D
 
K
-
 
V
-
 
L
A
 
T
A
 
T
I
 
V
M
 
A
T
 
S
N
 
D
A
 
N
I
 
V
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
K
T
 
M
S
 
A
C
 
A
E
 
D
Y
 
Y
L
 
A
F
 
V
S
 
K
Q
 
K
M
 
L
G
 
G
G
 
K
K
 
K
G
 
A
K
 
K
V
 
A
L
 
F
L
 
E
V
 
L
D
 
S
G
 
G
T
 
V
P
 
P
-
 
G
I
 
A
Q
 
S
T
 
A
I
 
T
I
 
V
D
 
D
R
|
R
I
 
G
K
 
K
G
 
G
C
 
F
K
 
H
N
 
S
V
 
V
A
 
A
Q
 
K
K
 
S
Y
 
K
P
 
L
D
 
D
I
 
-
K
 
-
I
 
M
V
 
L
G
 
S
Q
 
S
Q
 
Q
A
 
S
S
 
A
R
 
N
N
x
F
D
 
D
R
 
R
A
 
A
S
 
K
G
 
A
L
 
L
M
 
N
V
 
T
T
 
T
T
 
Q
D
 
N
M
 
M
L
 
I
T
 
Q
A
 
G
N
 
H
P
 
K
D
 
D
V
 
V
S
 
Q
G
 
I
I
 
I
F
 
F
G
 
A
M
 
Q
N
|
N
D
 
D
P
 
E
S
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
A
L
 
Q
A
 
A
V
 
V
E
 
K
Q
 
S
A
 
A
G
 
G
K
 
L
A
 
Q
G
 
N
A
 
V
I
 
L
N
 
-
V
 
I
T
 
V
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
Q
P
 
P
E
 
D
A
 
A
V
 
H
E
 
D
E
 
A
L
 
I
K
 
K
R
 
K
G
 
G
G
 
-
S
 
-
P
 
D
F
 
I
I
 
S
G
 
A
T
 
T
A
 
I
T
 
A
Q
|
Q
N
 
Q
P
 
P
G
 
A
E
 
K
M
 
M
V
 
G
R
 
E
Q
 
I
A
 
A
I
 
I
S
 
Q
L
 
A
A
 
A
Q
 
I
D
 
D
M
 
Y
V
 
Y
D
 
K
G
 
G
K
 
K
P
 
K
I
 
V
A
 
E
S
 
K
R
 
E
T
 
T
V
 
I
L
 
S
I
 
-
P
 
P
S
 
I
V
 
Y
L
 
L
V
 
V
T
 
T
R
 
K
D
 
D
N
 
N
V
 
V
G
 
E
S
 
K
Y
 
Y
P
 
-
G
 
N
W
 
W

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
31% identity, 88% coverage: 39:317/317 of query aligns to 3:289/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
R
 
K
I
 
M
G
 
A
L
 
I
M
 
V
V
 
I
Q
 
S
D
 
T
M
 
L
S
 
N
N
|
N
P
 
P
F
x
W
F
|
F
S
 
V
A
 
V
M
 
L
E
 
A
R
 
E
N
 
T
A
 
A
K
 
K
Q
 
Q
A
 
R
A
 
A
A
 
E
K
 
Q
I
 
L
G
 
G
A
 
Y
T
 
E
L
 
A
N
 
T
V
 
I
Q
 
F
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
V
 
N
D
 
D
L
 
T
A
 
A
N
 
K
Q
 
E
N
 
S
T
 
A
Q
 
H
I
 
F
D
 
D
A
 
A
F
 
I
I
 
I
Q
 
A
Q
 
A
K
 
G
V
 
Y
D
 
D
L
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
F
S
 
N
A
 
P
V
 
T
D
 
D
E
 
A
S
 
D
G
 
G
I
 
S
E
 
I
P
 
A
A
 
N
I
 
V
Q
 
K
R
 
R
A
 
A
K
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
I
I
 
P
V
 
V
I
 
F
A
 
C
V
 
V
D
|
D
T
x
R
-
 
G
-
 
I
P
 
N
A
 
A
K
 
R
G
 
G
-
 
L
A
 
A
D
 
V
A
 
A
A
 
Q
I
 
I
M
 
Y
T
 
S
N
 
D
A
 
N
I
 
Y
Q
 
Y
A
 
G
G
 
G
E
 
V
T
 
L
S
 
M
C
 
G
E
 
E
Y
 
Y
L
 
F
F
 
V
S
 
K
Q
 
F
M
 
L
G
 
K
G
 
E
K
 
K
G
 
Y
-
 
P
-
 
D
-
 
A
-
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
P
K
 
Y
V
 
A
L
 
E
L
 
L
V
 
L
D
 
G
G
 
I
T
 
L
P
 
S
I
 
A
Q
 
Q
T
 
P
I
 
T
I
 
W
D
 
D
R
|
R
I
 
S
K
 
N
G
 
G
C
 
F
K
 
H
N
 
S
V
 
V
A
 
V
Q
 
D
K
 
Q
Y
 
Y
P
 
P
D
 
E
I
 
F
K
 
K
I
 
M
V
 
V
G
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
A
 
S
S
 
A
R
 
E
N
x
F
D
 
D
R
 
R
A
 
D
S
 
T
G
 
A
L
 
Y
M
 
K
V
 
V
T
 
T
T
 
E
D
 
Q
M
 
I
L
 
L
T
 
Q
A
 
A
N
 
H
P
 
P
D
 
E
V
 
I
S
 
K
G
 
A
I
 
I
F
 
W
G
 
C
M
 
G
N
|
N
D
 
D
P
 
A
S
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
M
L
 
K
A
 
A
V
 
C
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
R
A
 
T
G
 
D
A
 
-
I
 
I
N
 
Y
V
 
I
T
 
F
G
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
A
P
 
E
E
 
D
A
 
V
V
 
I
E
 
N
E
 
A
L
 
I
K
 
K
R
 
E
G
 
-
G
 
G
S
 
K
P
 
Q
F
 
I
I
 
V
G
 
A
T
 
T
A
 
I
T
 
M
Q
|
Q
N
 
F
P
 
P
G
 
K
E
 
L
M
 
M
V
 
A
R
 
R
Q
 
L
A
 
A
I
 
V
S
 
E
L
 
W
A
 
A
Q
 
D
D
 
Q
M
 
Y
V
 
L
D
 
R
G
 
G
K
 
E
P
 
R
I
 
S
A
 
F
S
 
P
R
 
E
T
 
I
V
 
V
L
 
P
I
 
V
P
 
T
S
 
V
V
 
E
L
 
L
V
 
V
T
 
T
R
 
R
D
 
E
N
 
N
V
 
I
G
 
D
S
 
K
Y
 
Y
P
 
T
G
 
A
W
 
Y

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
35% identity, 81% coverage: 39:296/317 of query aligns to 4:270/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
R
 
Q
I
 
I
G
 
A
L
 
L
M
 
L
V
 
M
Q
x
K
D
 
T
M
 
L
S
 
S
N
|
N
P
 
E
F
x
Y
F
 
F
S
 
I
A
 
S
M
 
M
E
 
R
R
 
Q
N
 
G
A
 
A
K
 
E
Q
 
E
A
 
T
A
 
A
A
 
K
K
 
Q
I
 
K
G
 
D
A
 
I
T
 
D
L
 
L
N
 
I
V
 
V
Q
 
Q
D
 
V
A
 
A
Q
 
E
V
 
K
D
 
E
L
 
D
A
 
S
N
 
T
Q
 
E
N
 
Q
T
 
L
-
 
V
-
 
G
Q
 
L
I
 
V
D
 
E
A
 
N
F
 
M
I
 
I
Q
 
A
Q
 
K
K
 
K
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
V
S
 
T
A
 
P
V
 
N
D
 
D
E
 
S
S
 
I
G
 
A
I
 
F
E
 
I
P
 
P
A
 
A
I
 
F
Q
 
Q
R
 
K
A
 
A
K
 
E
A
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
I
I
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
D
V
 
L
D
|
D
T
 
V
-
 
R
-
 
L
P
 
D
A
 
A
K
 
K
G
 
A
A
 
A
D
 
E
A
 
A
A
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
F
-
 
N
-
 
Y
I
 
V
M
 
G
T
 
V
N
 
D
A
 
N
I
 
F
Q
 
N
A
 
G
G
 
G
E
 
Y
T
 
L
S
 
E
C
 
A
E
 
K
Y
 
N
L
 
L
F
 
A
S
 
E
Q
 
A
M
 
I
G
 
G
G
 
K
K
 
K
G
 
G
K
 
N
V
 
V
L
 
A
L
 
I
V
 
L
D
 
E
G
 
G
T
 
I
P
 
P
-
 
G
I
 
V
Q
 
D
T
x
N
I
 
G
I
 
E
D
 
Q
R
|
R
I
 
K
K
 
G
G
 
G
C
 
A
K
 
L
N
 
K
V
 
A
A
 
F
Q
 
A
K
 
E
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
A
Q
 
S
Q
 
Q
A
 
S
S
 
A
R
 
N
N
x
W
D
 
E
R
 
T
A
 
E
S
 
Q
G
 
A
L
 
L
M
 
N
V
 
V
T
 
T
T
 
T
D
 
N
M
 
I
L
 
L
T
 
T
A
 
A
N
 
N
P
 
P
D
 
N
V
 
I
S
 
N
G
 
G
I
 
I
F
 
F
G
 
A
M
 
A
N
 
N
D
 
D
P
 
N
S
 
M
A
 
A
L
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
L
 
T
A
 
A
V
 
V
E
 
E
Q
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
K
I
 
V
N
 
L
V
 
V
T
 
S
G
 
G
V
 
Y
D
|
D
G
 
G
S
 
I
P
 
P
E
 
L
A
 
A
V
 
I
E
 
E
E
 
Y
L
 
V
K
 
K
R
 
Q
G
 
G
G
 
-
S
 
-
P
 
K
F
 
M
I
 
Q
G
 
N
T
 
T
A
 
I
T
 
D
Q
|
Q
N
 
L
P
 
P
G
 
K
E
 
K
M
 
Q
V
 
V
R
 
A
Q
 
I
A
 
A
I
 
I
S
 
E
L
 
H
A
 
A
Q
 
L
D
 
K
M
 
Q
V
 
I
D
 
N
G
 
K
K
 
Q
P
 
E
I
 
I
A
 
P
S
 
S

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
29% identity, 97% coverage: 4:311/317 of query aligns to 1:307/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
L
 
M
R
 
R
K
 
L
A
 
G
W
 
T
L
 
T
A
 
A
I
 
F
A
 
A
V
 
I
A
 
A
A
 
S
V
 
A
I
 
T
T
 
A
T
 
L
M
 
G
T
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
T
P
 
A
A
 
C
A
 
G
S
 
A
A
 
G
A
 
D
P
 
P
Q
 
A
E
 
A
S
 
N
K
 
S
K
 
D
I
 
T
A
 
T
R
 
R
I
 
I
G
 
G
L
 
V
M
 
T
V
 
V
Q
x
Y
D
 
D
M
 
M
S
 
S
N
 
S
P
 
-
F
 
F
F
 
I
S
 
T
A
 
A
M
 
G
E
 
K
R
 
E
N
 
G
A
 
M
K
 
D
Q
 
A
A
 
Y
A
 
A
A
 
K
K
 
D
I
 
N
G
 
N
A
 
I
T
 
E
L
 
L
N
 
I
V
 
W
Q
 
N
D
 
S
A
 
A
Q
 
N
V
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
S
N
 
T
Q
 
Q
N
 
A
T
 
S
Q
 
Q
I
 
V
D
 
D
A
 
S
F
 
M
I
 
I
Q
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
V
S
 
V
A
 
P
V
 
V
D
 
Q
E
 
A
S
 
D
G
 
S
I
 
L
E
 
A
P
 
P
A
 
Q
I
 
V
Q
 
A
R
 
S
A
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
P
V
 
L
I
 
V
A
 
P
V
 
V
D
x
N
T
 
A
P
 
A
A
 
L
K
 
D
G
 
S
A
 
K
D
 
D
A
 
I
A
 
A
-
 
G
-
 
N
I
 
V
M
 
Q
T
 
P
N
 
D
A
 
D
I
 
V
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
A
T
 
Q
S
 
E
C
 
M
E
 
Q
Y
 
M
L
 
M
F
 
A
S
 
D
Q
 
R
M
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
K
 
N
V
 
I
L
 
V
L
 
I
V
 
L
D
 
Q
G
 
G
T
 
P
P
 
L
I
 
G
Q
 
Q
T
 
S
-
 
G
I
 
E
I
 
L
D
 
D
R
|
R
I
 
S
K
 
K
G
 
G
C
 
I
K
 
E
N
 
Q
V
 
V
A
 
L
Q
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
L
G
 
A
Q
 
K
Q
 
D
A
 
T
S
 
A
R
 
N
N
 
W
D
 
K
R
 
R
A
 
D
S
 
E
G
 
A
L
 
V
M
 
N
V
 
K
T
 
M
T
 
K
D
 
N
M
 
W
L
 
I
T
 
S
A
 
G
-
 
F
N
 
G
P
 
P
D
 
Q
V
 
I
S
 
D
G
 
G
I
 
V
F
 
V
G
 
A
M
 
Q
N
|
N
D
 
D
P
 
D
S
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
L
 
Q
A
 
A
V
 
L
E
 
K
Q
 
E
A
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
T
G
 
G
A
 
-
I
 
V
N
 
P
V
 
I
T
 
V
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
I
P
 
E
E
 
D
A
 
G
V
 
L
E
 
N
E
 
A
L
 
V
K
 
K
R
 
S
G
 
G
G
 
-
S
 
-
P
 
D
F
 
F
I
 
I
G
 
G
T
 
T
A
 
S
T
 
L
Q
|
Q
N
 
N
P
 
G
G
 
T
E
 
V
M
 
E
V
 
L
R
 
A
Q
 
A
A
 
G
I
 
L
S
 
A
L
 
V
A
 
A
Q
 
N
D
 
R
M
 
L
V
 
A
D
 
K
G
 
G
K
 
E
P
 
P
I
 
V
A
 
N
S
 
K
R
 
E
T
 
P
V
 
V
L
 
Y
I
 
I
-
 
M
P
 
P
S
 
A
V
 
-
L
 
-
V
 
I
T
 
T
R
 
K
D
 
D
N
 
N
V
 
V

4rsmA Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol (see paper)
30% identity, 86% coverage: 39:311/317 of query aligns to 4:275/315 of 4rsmA

query
sites
4rsmA
R
 
R
I
 
I
G
 
G
L
 
V
M
 
T
V
 
V
Q
x
Y
D
 
D
M
 
M
S
 
S
N
 
S
P
 
-
F
 
F
F
 
I
S
 
T
A
 
A
M
 
G
E
 
K
R
 
E
N
 
G
A
 
M
K
 
D
Q
 
A
A
 
Y
A
 
A
A
 
K
K
 
D
I
 
N
G
 
N
A
 
I
T
 
E
L
 
L
N
 
I
V
 
W
Q
 
N
D
 
S
A
 
A
Q
 
N
V
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
S
N
 
T
Q
 
Q
N
 
A
T
 
S
Q
 
Q
I
 
V
D
 
D
A
 
S
F
 
M
I
 
I
Q
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
V
S
 
V
A
 
P
V
 
V
D
 
Q
E
 
A
S
 
D
G
 
S
I
 
L
E
 
A
P
 
P
A
 
Q
I
 
V
Q
 
A
R
 
S
A
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
P
V
 
L
I
 
V
A
 
P
V
 
V
D
x
N
T
 
A
P
 
A
A
 
L
K
 
D
G
 
S
A
 
K
D
 
D
A
 
I
A
 
A
-
 
G
-
 
N
I
 
V
M
 
Q
T
 
P
N
 
D
A
 
D
I
 
V
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
A
T
 
Q
S
 
E
C
 
M
E
 
Q
Y
 
M
L
 
M
F
 
A
S
 
D
Q
 
R
M
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
K
 
N
V
 
I
L
 
V
L
 
I
V
 
L
D
 
Q
G
 
G
T
 
P
P
 
L
I
 
G
Q
 
Q
T
 
S
-
 
G
I
 
E
I
 
L
D
 
D
R
|
R
I
 
S
K
 
K
G
 
G
C
 
I
K
 
E
N
 
Q
V
 
V
A
 
L
Q
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
L
G
 
A
Q
 
K
Q
 
D
A
 
T
S
 
A
R
 
N
N
x
W
D
 
K
R
 
R
A
 
D
S
 
E
G
 
A
L
 
V
M
 
N
V
 
K
T
 
M
T
 
K
D
 
N
M
 
W
L
 
I
T
 
S
A
 
G
-
 
F
N
 
G
P
 
P
D
 
Q
V
 
I
S
 
D
G
 
G
I
 
V
F
 
V
G
 
A
M
 
Q
N
|
N
D
 
D
P
 
D
S
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
L
 
Q
A
 
A
V
 
L
E
 
K
Q
 
E
A
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
T
G
 
G
A
 
-
I
 
V
N
 
P
V
 
I
T
 
V
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
I
P
 
E
E
 
D
A
 
G
V
 
L
E
 
N
E
 
A
L
 
V
K
 
K
R
 
S
G
 
G
G
 
-
S
 
-
P
 
D
F
 
F
I
 
I
G
 
G
T
 
T
A
 
S
T
 
L
Q
|
Q
N
 
N
P
 
G
G
 
T
E
 
V
M
 
E
V
 
L
R
 
A
Q
 
A
A
 
G
I
 
L
S
 
A
L
 
V
A
 
A
Q
 
N
D
 
R
M
 
L
V
 
A
D
 
K
G
 
G
K
 
E
P
 
P
I
 
V
A
 
N
S
 
K
R
 
E
T
 
P
V
 
V
L
 
Y
I
 
I
-
 
M
P
 
P
S
 
A
V
 
-
L
 
-
V
 
I
T
 
T
R
 
K
D
 
D
N
 
N
V
 
V

A0QYB3 Xylitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
29% identity, 90% coverage: 28:311/317 of query aligns to 28:307/349 of A0QYB3

query
sites
A0QYB3
S
 
T
A
 
A
A
 
A
P
 
N
Q
 
S
E
 
D
S
 
T
K
 
K
K
 
-
I
 
-
A
 
-
R
 
R
I
 
I
G
 
G
L
 
V
M
 
T
V
 
V
Q
x
Y
D
 
D
M
 
M
S
 
S
N
 
S
P
 
-
F
 
F
F
 
I
S
 
T
A
 
E
M
 
G
E
 
K
R
 
E
N
 
G
A
 
M
K
 
D
Q
 
T
A
 
Y
A
 
A
A
 
K
K
 
A
I
 
N
G
 
N
A
 
I
T
 
E
L
 
L
N
 
V
V
 
W
Q
 
N
D
 
S
A
 
A
Q
 
N
V
 
N
D
 
D
L
 
V
A
 
S
N
 
T
Q
 
Q
N
 
A
T
 
S
Q
 
Q
I
 
V
D
 
D
A
 
S
F
 
L
I
 
I
Q
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
V
S
 
V
A
 
P
V
 
V
D
 
Q
E
 
A
S
 
D
G
 
S
I
 
L
E
 
G
P
 
P
A
 
Q
I
 
V
Q
 
A
R
 
S
A
 
A
K
 
K
A
 
S
A
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
A
V
 
V
D
x
N
T
 
A
P
 
A
A
 
L
K
 
E
G
 
T
A
 
P
D
 
D
A
 
L
A
 
A
-
 
G
-
 
N
I
 
V
M
 
Q
T
 
P
N
 
D
A
 
D
I
 
V
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
A
T
 
Q
S
 
E
C
 
M
E
 
Q
Y
 
M
L
 
M
F
 
A
S
 
D
Q
 
R
M
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
K
 
N
V
 
I
L
 
V
L
 
I
V
 
L
D
 
Q
G
 
G
T
 
-
P
 
P
I
 
L
-
 
G
-
 
G
Q
 
S
T
 
G
I
 
E
I
 
I
D
 
N
R
|
R
I
 
G
K
 
K
G
 
G
C
 
I
K
 
D
N
 
Q
V
 
V
A
 
L
Q
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
L
G
 
A
Q
 
K
Q
 
D
A
 
T
S
 
A
R
 
N
N
 
W
D
 
K
R
 
R
A
 
D
S
 
E
G
 
A
L
 
V
M
 
N
V
 
K
T
 
M
T
 
K
D
 
N
M
 
W
L
 
I
T
 
S
A
 
S
-
 
F
N
 
G
P
 
P
D
 
Q
V
 
I
S
 
D
G
 
G
I
 
V
F
 
V
G
 
A
M
 
Q
N
|
N
D
 
D
P
 
D
S
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
L
 
Q
A
 
A
V
 
L
E
 
K
Q
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
R
A
 
T
G
 
G
A
 
-
I
 
V
N
 
P
V
 
I
T
 
V
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
I
P
 
E
E
 
D
A
 
G
V
 
L
E
 
N
E
 
A
L
 
V
K
 
K
R
 
S
G
 
G
G
 
-
S
 
-
P
 
D
F
 
F
I
 
I
G
 
G
T
 
T
A
 
S
T
 
L
Q
|
Q
N
 
N
P
 
G
G
 
T
E
 
V
M
 
E
V
 
L
R
 
S
Q
 
A
A
 
G
I
 
L
S
 
A
L
 
V
A
 
A
Q
 
D
D
 
A
M
 
L
V
 
V
D
 
K
G
 
G
K
 
E
P
 
D
I
 
V
A
 
K
S
 
T
R
 
D
T
 
P
V
 
V
L
 
Y
I
 
V
-
 
M
P
 
P
S
 
A
V
 
-
L
 
-
V
 
I
T
 
T
R
 
K
D
 
D
N
 
N
V
 
V

4rs3A Crystal structure of carbohydrate transporter a0qyb3 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with xylitol (see paper)
29% identity, 86% coverage: 39:311/317 of query aligns to 3:274/315 of 4rs3A

query
sites
4rs3A
R
 
R
I
 
I
G
 
G
L
 
V
M
 
T
V
 
V
Q
x
Y
D
 
D
M
 
M
S
 
S
N
 
S
P
 
-
F
 
F
F
 
I
S
 
T
A
x
E
M
 
G
E
 
K
R
 
E
N
 
G
A
 
M
K
 
D
Q
 
T
A
 
Y
A
 
A
A
 
K
K
 
A
I
 
N
G
 
N
A
 
I
T
 
E
L
 
L
N
 
V
V
 
W
Q
 
N
D
 
S
A
 
A
Q
 
N
V
 
N
D
 
D
L
 
V
A
 
S
N
 
T
Q
 
Q
N
 
A
T
 
S
Q
 
Q
I
 
V
D
 
D
A
 
S
F
 
L
I
 
I
Q
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
V
S
 
V
A
 
P
V
 
V
D
 
Q
E
 
A
S
 
D
G
 
S
I
 
L
E
 
G
P
 
P
A
 
Q
I
 
V
Q
 
A
R
 
S
A
 
A
K
 
K
A
 
S
A
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
A
V
 
V
D
x
N
T
 
A
P
 
A
A
 
L
K
 
E
G
 
T
A
 
P
D
 
D
A
 
L
A
 
A
-
 
G
-
 
N
I
 
V
M
 
Q
T
 
P
N
 
D
A
 
D
I
 
V
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
A
T
 
Q
S
 
E
C
 
M
E
 
Q
Y
 
M
L
 
M
F
 
A
S
 
D
Q
 
R
M
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
K
 
N
V
 
I
L
 
V
L
 
I
V
 
L
D
 
Q
G
 
G
T
 
-
P
 
P
I
 
L
-
 
G
-
 
G
Q
 
S
T
 
G
I
 
E
I
 
I
D
 
N
R
|
R
I
 
G
K
 
K
G
 
G
C
 
I
K
 
D
N
 
Q
V
 
V
A
 
L
Q
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
L
G
 
A
Q
 
K
Q
 
D
A
 
T
S
 
A
R
 
N
N
x
W
D
 
K
R
 
R
A
 
D
S
 
E
G
 
A
L
 
V
M
 
N
V
 
K
T
 
M
T
 
K
D
 
N
M
 
W
L
 
I
T
 
S
A
 
S
-
 
F
N
 
G
P
 
P
D
 
Q
V
 
I
S
 
D
G
 
G
I
 
V
F
 
V
G
 
A
M
 
Q
N
|
N
D
 
D
P
 
D
S
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
L
 
Q
A
 
A
V
 
L
E
 
K
Q
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
R
A
 
T
G
 
G
A
 
-
I
 
V
N
 
P
V
 
I
T
 
V
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
I
P
x
E
E
 
D
A
 
G
V
 
L
E
 
N
E
 
A
L
 
V
K
 
K
R
 
S
G
 
G
G
 
-
S
 
-
P
 
D
F
 
F
I
 
I
G
 
G
T
 
T
A
 
S
T
 
L
Q
|
Q
N
 
N
P
 
G
G
 
T
E
 
V
M
 
E
V
 
L
R
 
S
Q
 
A
A
 
G
I
 
L
S
 
A
L
 
V
A
 
A
Q
 
D
D
 
A
M
 
L
V
 
V
D
 
K
G
 
G
K
 
E
P
 
D
I
 
V
A
 
K
S
 
T
R
 
D
T
 
P
V
 
V
L
 
Y
I
 
V
-
 
M
P
 
P
S
 
A
V
 
-
L
 
-
V
 
I
T
 
T
R
 
K
D
 
D
N
 
N
V
 
V

5hkoA Crystal structure of abc transporter solute binding protein msmeg_3598 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with l-sorbitol
29% identity, 86% coverage: 39:311/317 of query aligns to 3:274/314 of 5hkoA

query
sites
5hkoA
R
 
R
I
 
I
G
 
G
L
 
V
M
 
T
V
|
V
Q
x
Y
D
 
D
M
 
M
S
 
S
N
 
S
P
 
-
F
 
F
F
 
I
S
 
T
A
x
E
M
 
G
E
 
K
R
 
E
N
 
G
A
 
M
K
 
D
Q
 
T
A
 
Y
A
 
A
A
 
K
K
 
A
I
 
N
G
 
N
A
 
I
T
 
E
L
 
L
N
 
V
V
 
W
Q
 
N
D
 
S
A
 
A
Q
 
N
V
 
N
D
|
D
L
 
V
A
x
S
N
 
T
Q
 
Q
N
 
A
T
 
S
Q
 
Q
I
 
V
D
 
D
A
 
S
F
 
L
I
 
I
Q
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
V
S
 
V
A
 
P
V
 
V
D
 
Q
E
 
A
S
 
D
G
 
S
I
 
L
E
 
G
P
 
P
A
 
Q
I
 
V
Q
 
A
R
 
S
A
 
A
K
 
K
A
 
S
A
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
A
V
 
V
D
x
N
T
x
A
P
 
A
A
 
L
K
 
E
G
 
T
A
 
P
D
 
D
A
 
L
A
 
A
-
 
G
-
 
N
I
 
V
M
 
Q
T
 
P
N
 
D
A
 
D
I
 
V
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
A
T
 
Q
S
 
E
C
 
M
E
 
Q
Y
 
M
L
 
M
F
 
A
S
 
D
Q
 
R
M
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
K
 
N
V
 
I
L
 
V
L
 
I
V
 
L
D
 
Q
G
 
G
T
 
-
P
 
P
I
 
L
-
 
G
-
 
G
Q
 
S
T
 
G
I
 
E
I
 
I
D
 
N
R
|
R
I
 
G
K
 
K
G
 
G
C
 
I
K
 
D
N
 
Q
V
 
V
A
 
L
Q
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
L
G
 
A
Q
 
K
Q
 
D
A
 
T
S
 
A
R
 
N
N
x
W
D
 
K
R
 
R
A
 
D
S
 
E
G
 
A
L
 
V
M
 
N
V
 
K
T
 
M
T
 
K
D
 
N
M
 
W
L
 
I
T
 
S
A
 
S
-
 
F
N
 
G
P
 
P
D
 
Q
V
 
I
S
 
D
G
 
G
I
 
V
F
 
V
G
 
A
M
 
Q
N
|
N
D
 
D
P
 
D
S
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
L
 
Q
A
 
A
V
 
L
E
 
K
Q
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
R
A
 
T
G
 
G
A
 
-
I
 
V
N
 
P
V
 
I
T
 
V
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
I
P
x
E
E
 
D
A
 
G
V
 
L
E
 
N
E
 
A
L
 
V
K
 
K
R
 
S
G
 
G
G
 
-
S
 
-
P
 
D
F
 
F
I
 
I
G
 
G
T
 
T
A
 
S
T
 
L
Q
|
Q
N
 
N
P
 
G
G
 
T
E
 
V
M
 
E
V
 
L
R
 
S
Q
 
A
A
 
G
I
 
L
S
 
A
L
 
V
A
 
A
Q
 
D
D
 
A
M
 
L
V
 
V
D
 
K
G
 
G
K
 
E
P
 
D
I
 
V
A
 
K
S
 
T
R
 
D
T
 
P
V
 
V
L
 
Y
I
 
V
-
 
M
P
 
P
S
 
A
V
 
-
L
 
-
V
 
I
T
 
T
R
 
K
D
 
D
N
 
N
V
 
V

4irxA Crystal structure of caulobacter myo-inositol binding protein bound to myo-inositol (see paper)
30% identity, 84% coverage: 46:311/317 of query aligns to 17:287/296 of 4irxA

query
sites
4irxA
D
 
D
M
 
L
S
 
S
N
x
Q
P
 
P
F
|
F
F
 
F
S
 
V
A
 
A
M
 
M
E
 
R
R
 
R
N
 
E
A
 
L
K
 
E
Q
 
D
A
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
K
I
 
L
G
 
G
A
 
V
T
 
K
L
 
V
N
 
Q
V
 
V
Q
 
L
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
V
 
N
D
 
N
L
 
S
A
 
S
N
 
K
Q
 
Q
N
 
I
T
 
S
Q
 
D
I
 
L
D
 
Q
A
 
A
F
 
A
I
 
A
Q
 
V
Q
 
Q
K
 
G
V
 
A
D
 
K
L
 
V
I
 
V
I
 
I
I
 
V
S
 
A
A
 
P
V
 
T
D
 
D
E
 
S
S
 
K
G
 
A
I
 
L
E
 
A
P
 
G
A
 
A
I
 
A
Q
 
D
R
 
D
A
 
L
K
 
V
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
V
I
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
S
V
 
V
D
|
D
T
x
R
P
 
N
A
 
I
K
 
A
G
 
G
A
 
G
D
 
K
A
 
T
A
 
A
I
 
V
M
 
P
T
 
H
-
 
V
-
 
G
-
 
A
N
 
D
A
 
N
I
 
V
Q
 
A
A
 
G
G
 
G
E
 
R
T
 
A
S
 
M
C
 
A
E
 
D
Y
 
W
L
 
V
F
 
V
S
 
K
Q
 
T
M
 
Y
G
 
P
G
 
A
K
 
G
G
 
A
K
 
R
V
 
V
L
 
V
L
 
V
V
 
I
D
 
T
G
x
N
T
x
D
P
 
P
-
 
G
I
 
S
Q
 
S
T
x
S
I
 
S
I
 
I
D
 
E
R
|
R
I
 
V
K
 
K
G
 
G
C
 
V
K
 
H
N
 
D
-
 
G
V
 
L
A
 
A
Q
 
A
K
 
G
Y
 
G
P
 
P
D
 
A
I
 
F
K
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
T
Q
 
E
Q
 
Q
A
 
T
S
 
A
R
 
N
N
x
S
D
 
K
R
 
R
A
 
D
S
 
Q
G
 
A
L
 
L
M
 
T
V
 
V
T
 
T
T
 
Q
D
 
N
M
 
I
L
 
L
T
 
T
A
 
S
N
 
M
-
 
R
-
 
D
-
 
T
-
 
P
P
 
P
D
 
D
V
 
V
S
 
-
G
 
-
I
 
I
F
 
L
G
 
C
M
 
L
N
|
N
D
 
D
P
 
D
S
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
V
 
L
L
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
R
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
-
 
L
K
 
D
A
 
S
G
 
A
A
 
K
I
 
V
N
 
K
V
 
V
T
 
I
G
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
A
S
 
I
P
 
P
E
 
E
A
 
A
V
 
L
E
 
A
E
 
R
L
 
I
K
 
K
R
 
A
G
 
G
G
 
-
S
 
-
P
 
E
F
 
M
I
 
V
G
 
A
T
 
T
A
 
V
T
 
E
Q
|
Q
N
 
N
P
 
P
G
 
G
E
 
L
M
 
Q
V
 
I
R
 
R
Q
 
T
A
 
A
I
 
L
S
 
R
L
 
Q
A
 
A
Q
 
V
D
 
D
M
 
K
V
 
I
D
 
K
G
 
S
K
 
G
P
 
A
I
 
-
A
 
A
S
 
L
R
 
K
T
 
S
V
 
V
L
 
S
I
 
L
P
 
K
S
 
P
V
 
V
L
 
L
V
 
I
T
 
T
R
 
S
D
 
G
N
 
N
V
 
L

5hqjA Crystal structure of abc transporter solute binding protein b1g1h7 from burkholderia graminis c4d1m, target efi-511179, in complex with d-arabinose
31% identity, 84% coverage: 50:314/317 of query aligns to 18:287/289 of 5hqjA

query
sites
5hqjA
P
 
P
F
|
F
F
 
F
S
 
D
A
 
D
M
 
C
E
 
N
R
 
K
N
 
G
A
 
A
K
 
K
Q
 
T
A
 
A
A
 
A
A
 
D
K
 
K
I
 
A
G
 
G
A
 
V
T
 
K
L
 
Y
N
 
Q
V
 
W
Q
 
-
D
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
-
D
 
-
L
 
V
A
 
V
N
 
P
Q
 
Q
N
 
N
T
 
T
Q
 
Q
-
 
G
-
 
S
-
 
T
-
 
Q
-
 
V
-
 
Q
-
 
I
I
 
I
D
 
E
A
 
D
F
 
L
I
 
I
Q
 
S
Q
 
R
K
 
H
V
 
V
D
 
D
L
 
G
I
 
I
I
 
A
I
 
I
S
 
S
A
 
V
V
 
N
D
 
E
E
 
P
S
 
K
G
 
S
I
 
V
E
 
E
P
 
S
A
 
V
I
 
M
Q
 
K
R
 
R
A
 
A
K
 
E
A
 
Q
A
 
S
G
 
G
I
 
I
I
 
K
V
 
V
I
 
L
A
 
T
V
 
Y
D
|
D
T
 
S
-
 
D
-
 
S
P
 
P
A
 
K
K
 
S
G
 
G
A
 
R
D
 
S
A
 
M
A
 
Y
I
 
I
M
 
G
T
 
T
N
 
N
A
 
N
I
 
E
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
E
 
A
T
 
T
S
 
M
C
 
A
E
 
E
Y
 
T
L
 
M
F
 
G
S
 
K
Q
 
A
M
 
L
G
 
N
G
 
G
K
 
Q
G
 
G
K
 
E
V
 
V
L
 
A
L
 
I
V
 
I
D
 
T
G
 
G
T
 
Q
-
 
L
P
 
G
I
 
A
Q
 
V
T
x
N
I
 
L
I
 
N
D
 
E
R
|
R
I
 
I
K
 
A
G
 
G
C
 
I
K
 
K
N
 
K
V
 
G
A
 
L
Q
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
G
I
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
V
G
 
E
Q
 
T
Q
 
Q
A
 
G
S
 
T
R
 
D
N
 
D
D
 
D
R
 
L
A
 
A
S
 
R
G
 
G
L
 
V
M
 
S
V
 
V
T
 
V
T
 
E
D
 
T
M
 
T
L
 
L
T
 
R
A
 
A
N
 
H
P
 
P
D
 
N
V
 
L
S
 
K
G
 
G
I
 
I
F
 
F
G
 
G
M
 
V
N
x
S
D
x
Q
P
 
V
S
 
G
-
 
G
-
 
P
A
 
A
L
 
V
G
 
A
A
 
K
V
 
V
L
 
L
A
 
N
V
 
T
E
 
R
Q
 
E
A
 
F
G
 
G
K
 
A
-
 
M
A
 
K
G
 
G
A
 
K
I
 
L
N
 
E
V
 
V
T
 
L
G
 
A
V
 
F
D
|
D
G
 
D
S
 
L
P
 
P
E
 
D
A
 
T
V
 
L
E
 
K
E
 
G
L
 
L
K
 
K
R
 
D
G
 
G
G
 
-
S
 
-
P
 
-
F
 
Y
I
 
I
-
 
Q
G
 
G
T
 
I
A
 
M
T
 
V
Q
|
Q
N
 
R
P
 
P
G
 
V
E
 
T
M
 
M
V
 
G
R
 
S
Q
 
L
A
 
A
I
 
V
S
 
D
L
 
H
A
 
L
Q
 
V
D
 
A
M
 
Q
V
 
I
D
 
Q
G
 
G
K
 
Q
P
 
E
I
 
G
A
 
Q
S
 
P
R
 
K
T
 
D
V
 
I
L
 
D
I
 
T
P
 
G
S
 
V
V
 
T
L
 
V
V
 
V
T
 
T
R
 
K
D
 
D
N
 
N
V
 
M
G
 
T
S
 
S
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
27% identity, 87% coverage: 40:315/317 of query aligns to 9:284/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
I
 
I
G
 
G
L
 
V
M
 
S
V
 
I
Q
 
S
D
 
N
M
 
L
S
 
-
N
x
D
P
 
E
F
 
F
F
 
L
S
 
T
A
 
Y
M
 
M
E
 
Q
R
 
D
N
 
A
A
 
M
K
 
K
Q
 
E
A
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
N
I
 
Y
-
 
P
G
 
D
A
 
F
T
 
E
L
 
F
N
 
I
V
 
F
Q
 
S
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
V
 
N
D
 
D
L
 
S
A
 
T
N
 
Q
Q
 
Q
N
 
M
T
 
A
Q
 
Q
I
 
V
D
 
E
A
 
N
F
 
F
I
 
I
Q
 
S
Q
 
R
K
 
N
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
V
S
 
N
A
 
P
V
 
V
D
 
D
E
 
T
S
 
T
G
 
S
I
 
A
E
 
V
P
 
D
A
 
I
I
 
V
Q
 
N
R
 
M
A
 
V
K
 
N
A
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
I
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
I
V
 
A
D
x
N
T
x
R
P
 
T
A
 
F
K
 
D
G
 
G
A
 
V
D
 
D
A
 
Q
A
 
A
-
 
T
-
 
A
-
 
F
I
 
V
M
 
G
T
 
S
N
 
E
A
 
S
I
 
I
Q
 
Q
A
 
S
G
 
G
E
 
L
T
 
L
S
 
Q
C
 
M
E
 
E
Y
 
E
L
 
V
F
 
A
S
 
K
Q
 
L
M
 
L
G
 
N
G
 
N
K
 
E
G
 
G
K
 
N
V
 
I
L
 
A
L
 
I
V
 
M
D
 
D
G
 
G
T
 
E
-
 
L
P
 
G
I
 
H
Q
 
E
T
 
A
I
 
Q
I
 
I
D
 
M
R
|
R
I
 
T
K
 
E
G
 
G
C
 
N
K
 
K
N
 
Q
V
 
I
A
 
I
Q
 
E
K
 
E
Y
 
H
P
 
D
D
 
G
I
 
L
K
 
E
I
 
V
V
 
V
G
 
L
Q
 
Q
Q
 
G
A
 
T
S
 
A
R
 
K
N
 
F
D
 
D
R
 
R
A
 
S
S
 
E
G
 
G
L
 
M
M
 
R
V
 
L
T
 
M
T
 
E
D
 
N
M
 
W
L
 
L
T
 
N
A
 
S
N
 
G
P
 
T
D
 
E
V
 
I
S
 
D
G
 
A
I
 
V
F
 
V
G
 
A
M
 
N
N
|
N
D
 
D
P
 
E
S
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
L
 
L
A
 
A
V
 
L
E
 
E
Q
 
A
A
 
V
G
 
G
K
 
K
A
x
L
G
 
D
A
 
D
I
x
V
N
 
I
V
 
V
T
 
A
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
A
S
 
T
P
 
P
E
 
A
A
 
A
V
 
L
E
 
E
E
 
A
L
 
M
K
 
K
R
 
E
G
 
G
G
 
K
S
 
L
P
 
D
F
 
V
I
 
-
G
 
-
T
 
T
A
 
V
T
 
F
Q
|
Q
N
 
D
P
 
A
G
 
K
E
 
G
M
 
Q
V
 
G
R
 
A
Q
 
T
A
 
S
I
 
V
S
 
K
L
 
V
A
 
A
Q
 
V
D
 
Q
M
 
A
V
 
A
D
 
N
G
 
G
K
 
E
P
 
D
I
 
V
A
 
-
S
 
-
R
 
E
T
 
D
V
 
A
L
 
M
I
 
I
P
 
P
S
 
Y
V
 
E
L
 
L
V
 
V
T
 
T
R
 
P
D
 
E
N
 
N
V
 
V
G
 
E
S
 
E
Y
 
Y
P
 
E

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
27% identity, 81% coverage: 40:297/317 of query aligns to 4:260/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
I
 
I
G
 
A
L
 
L
M
 
V
V
 
V
Q
 
S
D
 
T
M
 
L
S
 
N
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
 
F
S
 
V
A
 
S
M
 
L
E
 
K
R
 
D
N
 
G
A
 
A
K
 
Q
Q
 
K
A
 
E
A
 
A
A
 
D
K
 
K
I
 
L
G
 
G
A
 
Y
T
 
N
L
 
L
N
 
V
V
 
V
Q
 
L
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
V
 
N
D
 
N
L
 
P
A
 
A
N
 
K
Q
 
E
N
 
L
T
 
A
Q
 
N
I
 
V
D
 
Q
A
 
D
F
 
L
I
 
T
Q
 
V
Q
 
R
K
 
G
V
 
T
D
 
K
L
 
I
I
 
L
I
 
L
I
 
I
S
 
N
A
 
P
V
 
T
D
 
D
E
 
S
S
 
D
G
 
A
I
 
V
E
 
D
P
 
N
A
 
A
I
 
V
Q
 
K
R
 
M
A
 
A
K
 
N
A
 
Q
A
 
A
G
 
N
I
 
I
I
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
T
V
 
L
D
|
D
T
x
R
P
 
Q
A
 
A
K
 
T
G
 
K
A
 
G
D
 
E
-
 
V
-
 
V
A
 
S
A
 
H
I
 
I
M
 
A
T
 
S
N
 
D
A
 
N
I
 
V
Q
 
L
A
 
G
G
 
G
E
 
K
T
 
I
S
 
A
C
 
G
E
 
D
Y
 
Y
L
 
I
F
 
A
S
 
K
Q
 
K
M
 
A
G
 
G
G
 
E
K
 
G
G
 
A
K
 
K
V
 
V
L
 
I
L
 
E
V
 
L
D
 
Q
G
 
G
T
 
I
P
 
A
-
 
G
I
 
T
Q
 
S
T
 
A
I
 
A
I
 
R
D
 
E
R
|
R
I
 
G
K
 
E
G
 
G
C
 
F
K
 
Q
N
 
Q
-
 
A
-
 
V
V
 
A
A
 
A
Q
 
H
K
 
K
Y
 
F
P
 
-
D
 
-
I
 
-
K
 
N
I
 
V
V
 
L
G
 
A
Q
 
S
Q
 
Q
A
 
P
S
 
A
R
 
D
N
x
F
D
 
D
R
 
R
A
 
I
S
 
K
G
 
G
L
 
L
M
 
N
V
 
V
T
 
M
T
 
Q
D
 
N
M
 
L
L
 
L
T
 
T
A
 
A
N
 
H
P
 
P
D
 
D
V
 
V
S
 
Q
G
 
A
I
 
V
F
 
F
G
 
A
M
 
Q
N
|
N
D
 
D
P
 
E
S
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
L
 
R
A
 
A
V
 
L
E
 
Q
Q
 
T
A
 
A
G
 
G
K
 
K
A
 
S
G
 
D
A
 
V
I
 
M
N
 
-
V
 
V
T
 
V
G
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
T
P
 
P
E
 
D
A
 
G
V
 
E
E
 
K
E
 
A
L
 
V
K
 
N
R
 
D
G
 
G
G
 
-
S
 
-
P
 
K
F
 
L
I
 
A
G
 
A
T
 
T
A
 
I
T
 
A
Q
 
Q
N
 
L
P
 
P
G
 
D
E
 
Q
M
 
I
V
 
G
R
 
A
Q
 
K
A
 
G
I
 
V
S
 
E
L
 
T
A
 
A
Q
 
D
D
 
K
M
 
V
V
 
L
D
 
K
G
 
G
K
 
E
P
 
K
I
 
V
A
 
Q
S
 
A
R
 
K

4wutA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from agrobacterium vitis (avi_5133, target efi-511220) with bound d-fucose
27% identity, 86% coverage: 39:311/317 of query aligns to 2:280/290 of 4wutA

query
sites
4wutA
R
 
E
I
 
I
G
 
A
L
 
V
M
 
I
V
 
V
Q
x
K
D
 
T
M
 
V
S
 
N
N
 
S
P
 
T
F
 
F
F
x
W
S
 
Q
A
 
N
M
 
V
E
 
Q
R
 
K
N
 
G
A
 
A
K
 
D
Q
 
A
A
 
A
A
 
I
A
 
G
K
 
K
I
 
Q
G
 
K
A
 
A
-
 
H
T
 
T
L
 
I
N
 
T
V
 
F
Q
 
Q
D
 
G
-
 
P
-
 
A
A
 
A
Q
x
E
V
 
S
D
 
A
L
 
I
A
 
A
N
 
D
Q
 
Q
N
 
V
T
 
N
Q
 
M
I
 
V
D
 
E
A
 
N
F
 
A
I
 
V
Q
 
N
Q
 
R
K
 
K
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
I
 
L
I
 
L
S
 
A
A
 
P
V
 
S
D
 
D
E
 
P
S
 
D
G
 
A
I
 
L
E
 
V
P
 
P
A
 
A
I
 
V
Q
 
K
R
 
K
A
 
A
K
 
W
A
 
E
A
 
A
G
 
R
I
 
I
I
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
I
V
 
I
D
|
D
T
 
S
-
 
M
-
 
L
-
 
S
-
 
K
-
 
D
P
 
A
A
 
E
K
 
K
G
 
Y
A
 
Y
D
 
Q
A
 
A
A
 
F
I
 
L
M
 
A
T
 
T
N
 
D
A
 
N
I
 
K
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
E
T
 
L
S
 
A
C
 
A
E
 
K
Y
 
A
L
 
M
F
 
I
S
 
Q
Q
 
K
M
 
V
G
 
G
G
 
T
K
 
E
G
 
G
K
 
K
V
 
I
L
 
A
L
 
V
V
 
M
D
 
S
G
 
Y
T
 
V
P
 
A
-
 
G
I
 
A
Q
 
G
T
 
S
I
 
E
I
 
I
D
 
G
R
|
R
I
 
V
K
 
G
G
 
G
C
 
F
K
 
T
N
 
D
V
 
Y
A
 
I
Q
x
K
K
 
A
Y
 
N
P
x
S
D
 
K
I
 
L
K
 
Q
I
 
I
V
 
V
G
 
G
Q
 
P
Q
 
Y
A
 
Y
S
 
S
R
 
Q
N
 
S
D
 
Q
R
 
M
A
 
A
S
 
T
G
 
A
L
 
L
M
x
N
V
 
Q
T
 
T
T
 
T
D
|
D
M
 
V
L
 
L
T
 
A
A
 
A
N
 
N
P
 
A
D
 
D
V
 
L
S
 
K
G
 
G
I
 
I
F
 
F
G
 
G
M
 
A
N
|
N
D
 
E
P
 
P
S
 
T
A
 
A
L
 
I
G
 
G
A
 
M
V
 
G
L
 
R
A
 
A
V
 
I
E
 
K
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
K
I
 
L
N
 
V
V
 
A
T
 
I
G
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
N
P
 
Q
E
 
D
A
 
L
V
 
Q
E
 
E
E
 
F
L
 
V
K
 
K
R
 
D
G
 
G
G
 
-
S
 
-
P
 
T
F
 
L
I
 
E
G
 
A
T
 
T
A
 
V
T
 
V
Q
|
Q
N
 
G
P
 
S
G
 
Y
E
 
Q
M
 
M
V
 
G
R
 
E
Q
 
K
A
 
G
I
 
V
S
 
D
L
 
T
A
 
L
Q
 
L
D
 
K
M
 
L
V
 
L
D
 
S
G
 
K
K
 
E
P
 
K
I
 
V
A
 
-
S
 
E
R
 
K
T
 
F
V
 
I
L
 
D
I
 
T
P
 
G
S
 
V
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
R
 
K
D
 
Q
N
 
N
V
 
I

4ry9B Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
27% identity, 87% coverage: 39:314/317 of query aligns to 4:290/297 of 4ry9B

query
sites
4ry9B
R
 
K
I
 
I
G
 
G
L
 
V
M
 
S
V
 
M
Q
x
K
D
 
T
M
 
L
S
 
S
N
 
A
P
 
P
F
x
Y
F
|
F
S
 
A
A
 
A
M
 
Q
E
 
M
R
 
E
N
 
A
A
 
A
K
 
K
Q
 
A
A
 
R
A
 
G
A
 
K
K
 
E
I
 
L
G
 
G
A
 
Y
T
 
E
L
 
V
N
 
L
V
 
A
Q
 
T
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
V
 
G
D
 
K
L
 
L
A
 
Q
N
 
K
Q
 
Q
N
 
I
T
 
S
Q
 
D
I
 
V
D
 
E
A
 
D
F
 
L
I
 
V
Q
 
T
Q
 
R
K
 
G
V
 
V
D
 
K
L
 
L
I
 
L
I
 
I
I
 
I
S
 
N
A
 
P
V
 
A
D
|
D
E
x
S
S
 
E
G
 
G
I
 
L
E
 
V
P
 
N
A
 
A
I
 
V
Q
 
N
R
 
N
A
 
A
K
 
S
A
 
A
A
 
N
G
 
G
I
 
V
I
 
K
V
 
V
I
 
V
A
 
V
V
 
I
D
|
D
T
x
S
-
x
T
-
 
L
-
 
N
P
 
P
A
 
R
K
 
A
G
 
N
A
 
F
D
 
V
A
 
T
A
 
Q
I
 
V
M
 
Q
T
 
S
N
 
S
A
 
N
I
 
S
Q
 
I
A
 
N
G
 
G
E
 
A
T
 
L
S
 
V
C
 
G
E
 
H
Y
 
W
L
 
V
F
 
I
S
 
E
Q
 
E
M
 
V
G
 
G
G
 
N
K
 
K
G
 
S
-
 
L
K
 
K
V
 
I
L
 
A
L
 
L
V
 
L
D
 
S
G
 
G
-
 
E
-
 
K
-
 
G
T
x
N
P
|
P
I
 
V
-
 
G
-
 
Q
Q
 
E
T
x
R
I
 
R
I
 
L
D
 
G
R
 
V
I
 
L
K
 
S
G
 
G
C
 
I
K
 
I
N
 
E
V
 
A
A
 
Q
-
 
L
Q
 
R
K
 
K
Y
 
F
-
 
G
-
 
K
P
 
A
D
 
D
I
 
L
K
 
T
I
 
V
V
 
V
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
G
A
 
W
S
 
G
R
 
H
N
x
W
D
 
N
R
 
D
A
 
E
S
 
G
G
 
G
L
 
L
M
 
K
V
 
A
T
 
M
T
 
E
D
 
D
M
 
L
L
 
L
T
 
V
A
 
A
N
 
N
P
 
K
D
 
D
V
 
I
S
 
N
G
 
M
I
 
V
F
 
L
G
 
G
M
 
E
N
|
N
D
 
D
P
 
S
S
 
M
A
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
R
L
 
R
A
 
A
V
 
I
E
 
E
Q
 
S
A
 
A
G
 
G
K
 
R
A
 
T
G
 
G
A
 
I
I
 
L
N
 
L
V
 
V
T
 
A
G
 
A
V
 
A
D
|
D
G
 
A
S
 
Q
P
 
K
E
 
E
A
 
A
V
 
L
E
 
A
E
 
L
L
 
I
K
 
K
R
 
Q
G
 
G
G
 
-
S
 
-
P
 
K
F
 
Y
I
 
G
G
 
V
T
 
T
A
 
G
T
 
L
Q
 
N
N
 
D
P
 
P
G
 
A
E
 
L
M
 
V
V
 
A
R
 
R
Q
 
T
A
 
A
I
 
I
S
 
D
L
 
L
A
 
G
Q
 
V
D
 
K
M
 
V
V
 
V
D
 
K
G
 
G
-
 
E
-
 
V
K
 
K
P
 
D
I
 
V
A
 
P
S
 
K
R
 
Q
T
 
T
V
 
L
L
 
T
I
 
T
P
 
P
S
 
A
V
 
A
L
 
-
V
 
I
T
 
T
R
 
K
D
 
G
N
 
N
V
 
V
G
 
D
S
 
K
Y
 
F

4ry9A Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
27% identity, 87% coverage: 39:314/317 of query aligns to 4:290/297 of 4ry9A

query
sites
4ry9A
R
 
K
I
 
I
G
 
G
L
 
V
M
 
S
V
 
M
Q
x
K
D
 
T
M
 
L
S
 
S
N
 
A
P
 
P
F
x
Y
F
|
F
S
 
A
A
 
A
M
 
Q
E
 
M
R
 
E
N
 
A
A
 
A
K
 
K
Q
 
A
A
 
R
A
 
G
A
 
K
K
 
E
I
 
L
G
 
G
A
 
Y
T
 
E
L
 
V
N
 
L
V
 
A
Q
 
T
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
V
 
G
D
 
K
L
 
L
A
 
Q
N
 
K
Q
 
Q
N
 
I
T
 
S
Q
 
D
I
 
V
D
 
E
A
 
D
F
 
L
I
 
V
Q
 
T
Q
 
R
K
 
G
V
 
V
D
 
K
L
 
L
I
 
L
I
 
I
I
 
I
S
 
N
A
 
P
V
 
A
D
 
D
E
 
S
S
 
E
G
 
G
I
 
L
E
 
V
P
 
N
A
 
A
I
 
V
Q
 
N
R
 
N
A
 
A
K
 
S
A
 
A
A
 
N
G
 
G
I
 
V
I
 
K
V
 
V
I
 
V
A
 
V
V
 
I
D
|
D
T
x
S
-
 
T
-
 
L
-
 
N
P
 
P
A
 
R
K
 
A
G
 
N
A
 
F
D
 
V
A
 
T
A
 
Q
I
 
V
M
 
Q
T
 
S
N
 
S
A
 
N
I
 
S
Q
 
I
A
 
N
G
 
G
E
 
A
T
 
L
S
 
V
C
 
G
E
 
H
Y
 
W
L
 
V
F
 
I
S
 
E
Q
 
E
M
 
V
G
 
G
G
 
N
K
 
K
G
 
S
-
 
L
K
 
K
V
 
I
L
 
A
L
 
L
V
 
L
D
 
S
G
 
G
-
 
E
-
 
K
-
 
G
T
x
N
P
 
P
I
 
V
-
 
G
-
 
Q
Q
 
E
T
x
R
I
 
R
I
 
L
D
 
G
R
 
V
I
 
L
K
 
S
G
 
G
C
 
I
K
 
I
N
 
E
V
 
A
A
 
Q
-
 
L
Q
 
R
K
 
K
Y
 
F
-
 
G
-
 
K
P
 
A
D
 
D
I
 
L
K
 
T
I
 
V
V
 
V
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
G
A
 
W
S
 
G
R
 
H
N
x
W
D
 
N
R
 
D
A
 
E
S
 
G
G
 
G
L
 
L
M
 
K
V
 
A
T
 
M
T
 
E
D
 
D
M
 
L
L
 
L
T
 
V
A
 
A
N
 
N
P
 
K
D
 
D
V
 
I
S
 
N
G
 
M
I
 
V
F
 
L
G
 
G
M
 
E
N
|
N
D
 
D
P
 
S
S
 
M
A
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
R
L
 
R
A
 
A
V
 
I
E
 
E
Q
 
S
A
 
A
G
 
G
K
 
R
A
 
T
G
 
G
A
 
I
I
 
L
N
 
L
V
 
V
T
 
A
G
 
A
V
 
A
D
|
D
G
 
A
S
 
Q
P
 
K
E
 
E
A
 
A
V
 
L
E
 
A
E
 
L
L
 
I
K
 
K
R
 
Q
G
 
G
G
 
-
S
 
-
P
 
K
F
 
Y
I
 
G
G
 
V
T
 
T
A
 
G
T
 
L
Q
 
N
N
 
D
P
 
P
G
 
A
E
 
L
M
 
V
V
 
A
R
 
R
Q
 
T
A
 
A
I
 
I
S
 
D
L
 
L
A
 
G
Q
 
V
D
 
K
M
 
V
V
 
V
D
 
K
G
 
G
-
 
E
-
 
V
K
 
K
P
 
D
I
 
V
A
 
P
S
 
K
R
 
Q
T
 
T
V
 
L
L
 
T
I
 
T
P
 
P
S
 
A
V
 
A
L
 
-
V
 
I
T
 
T
R
 
K
D
 
G
N
 
N
V
 
V
G
 
D
S
 
K
Y
 
F

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
26% identity, 84% coverage: 40:305/317 of query aligns to 5:265/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
I
 
I
G
 
A
L
 
L
M
 
T
V
 
V
Q
 
S
D
 
T
M
 
L
S
 
D
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
|
F
S
 
V
A
 
S
M
 
L
E
 
K
R
 
D
N
 
G
A
 
A
K
 
Q
Q
 
K
A
 
K
A
 
A
A
 
T
K
 
E
I
 
L
G
 
G
A
 
Y
T
 
K
L
 
L
N
 
V
V
 
V
Q
 
L
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
V
 
N
D
 
D
L
 
P
A
 
S
N
 
K
Q
 
E
N
 
L
T
 
S
Q
 
N
I
 
V
D
 
E
A
 
D
F
 
L
I
 
T
Q
 
V
Q
 
R
K
 
G
V
 
A
D
 
K
L
 
V
I
 
L
I
 
L
I
 
I
S
 
N
A
 
P
V
 
T
D
 
D
E
 
S
S
 
A
G
 
A
I
 
V
E
 
S
P
 
N
A
 
A
I
 
V
Q
 
A
R
 
I
A
 
A
K
 
N
A
 
R
A
 
N
G
 
K
I
 
I
I
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
T
V
 
L
D
|
D
T
x
R
P
 
G
A
 
A
K
 
A
G
 
K
A
 
G
D
 
E
-
 
V
-
 
V
A
 
S
A
 
H
I
 
I
M
 
A
T
 
S
N
 
D
A
 
N
I
 
V
Q
 
A
A
 
G
G
 
G
E
 
K
T
 
M
S
 
A
C
 
G
E
 
D
Y
 
F
L
 
I
F
 
A
S
 
Q
Q
 
K
M
 
L
G
 
G
G
 
D
K
 
G
G
 
A
K
 
K
V
 
V
L
 
I
L
 
Q
V
 
L
D
 
E
G
 
G
T
 
L
P
 
A
-
 
G
I
 
T
Q
 
S
T
 
A
I
 
A
I
 
R
D
 
E
R
|
R
I
 
G
K
 
E
G
 
G
C
 
F
K
 
K
N
 
Q
V
 
A
A
 
I
Q
 
E
K
 
A
Y
 
H
P
 
K
D
 
-
I
 
F
K
 
D
I
 
V
V
 
L
G
 
A
Q
 
S
Q
 
Q
A
 
P
S
 
A
R
 
D
N
x
F
D
 
D
R
 
R
A
 
T
S
 
K
G
 
G
L
 
L
M
 
N
V
 
V
T
 
T
T
 
E
D
 
N
M
 
L
L
 
L
T
 
A
A
 
S
N
 
K
P
 
G
D
 
S
V
 
V
S
 
Q
G
 
A
I
 
I
F
 
F
G
 
A
M
 
Q
N
|
N
D
 
D
P
 
E
S
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
L
 
R
A
 
A
V
 
I
E
 
S
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
K
A
 
-
G
 
-
A
 
K
I
 
V
N
 
L
V
 
V
T
 
V
G
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
T
P
 
E
E
 
D
A
 
G
V
 
V
E
 
K
E
 
A
L
 
V
K
 
K
R
 
S
G
 
G
G
 
-
S
 
-
P
 
K
F
 
L
I
 
A
G
 
A
T
 
T
A
 
V
T
 
A
Q
|
Q
N
 
Q
P
 
P
G
 
E
E
 
L
M
 
I
V
 
G
R
 
S
Q
 
L
A
 
G
I
 
V
S
 
E
L
 
T
A
 
A
Q
 
D
D
 
K
M
 
I
V
 
L
D
 
K
G
 
G
K
 
E
P
 
K
I
 
V
A
 
D
S
 
A
R
 
K
T
 
-
V
 
-
L
 
-
I
 
I
P
 
P
S
 
V
V
 
A
L
 
L

5dkvA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein from agrobacterium vitis(avis_5339, target efi-511225) bound with alpha-d- tagatopyranose
30% identity, 84% coverage: 33:297/317 of query aligns to 3:278/303 of 5dkvA

query
sites
5dkvA
E
 
E
S
 
N
K
 
K
K
 
K
I
 
F
A
 
-
R
 
R
I
 
I
G
 
A
L
 
L
M
 
I
V
 
P
Q
 
G
D
 
L
M
 
T
S
 
T
N
x
D
P
 
A
F
|
F
F
 
Y
S
 
I
A
 
T
M
 
M
E
 
H
R
 
K
N
 
G
A
 
A
K
 
E
Q
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
Q
L
 
I
N
 
I
V
 
F
Q
 
Q
D
 
G
A
 
A
-
 
P
Q
 
D
V
 
F
D
 
N
L
 
P
A
 
V
N
 
T
Q
 
Q
N
 
V
T
 
P
Q
 
V
I
 
L
D
 
D
A
 
A
F
 
V
I
 
I
Q
 
A
Q
 
K
K
 
K
V
 
P
D
 
D
L
 
A
I
 
I
I
 
L
I
 
I
S
 
A
A
 
P
V
 
T
D
 
D
E
 
T
S
 
T
G
 
Q
I
 
L
E
 
V
P
 
Q
A
 
P
I
 
L
Q
 
K
R
 
K
A
 
A
K
 
A
A
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
I
 
P
V
 
M
I
 
I
A
 
T
V
 
V
D
|
D
T
 
T
P
 
F
A
 
I
K
 
G
G
 
T
A
 
G
D
 
D
-
 
Y
-
 
Q
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
G
-
 
D
-
 
G
-
 
D
-
 
F
-
 
P
-
 
L
A
 
S
A
 
Y
I
 
I
M
 
A
T
 
S
N
 
D
A
 
N
I
 
V
Q
 
L
A
 
G
G
 
G
E
 
E
T
 
I
S
 
A
C
 
A
E
 
R
Y
 
S
L
 
L
F
 
A
S
 
L
Q
 
A
M
 
I
G
 
G
G
 
D
K
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
V
L
 
Y
L
 
V
V
 
S
D
 
N
G
 
V
T
 
K
P
 
P
-
 
G
I
 
V
Q
 
S
T
|
T
I
 
T
I
 
D
D
 
Q
R
|
R
I
 
E
K
 
Q
G
 
G
C
 
F
K
 
K
N
 
S
V
 
E
A
 
M
Q
 
A
K
 
K
Y
 
H
P
 
P
D
 
G
I
 
I
K
 
T
I
 
V
V
 
L
G
 
E
Q
 
T
Q
 
Q
A
 
F
S
 
N
R
 
D
N
 
N
D
 
D
R
 
A
A
 
N
S
 
K
G
 
A
L
 
A
M
 
S
V
 
Q
T
 
L
T
 
Q
D
 
A
M
 
V
L
 
Y
T
 
A
A
 
R
N
 
N
P
 
P
D
 
D
V
 
L
S
 
A
G
 
G
I
 
V
F
 
F
G
 
G
M
 
A
N
|
N
D
x
L
P
 
F
S
 
S
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
S
V
 
A
L
 
N
A
 
G
V
 
V
E
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
A
 
S
G
 
G
A
 
T
I
 
I
N
 
K
V
 
V
T
 
V
G
 
A
V
 
F
D
|
D
G
 
A
S
 
P
P
 
G
E
 
S
A
 
V
V
 
V
E
 
D
E
 
N
L
 
L
K
 
K
R
 
S
G
 
G
G
 
L
S
 
I
P
 
D
F
 
F
I
 
-
G
 
-
T
 
A
A
 
I
T
 
A
Q
|
Q
N
 
H
P
 
P
G
 
A
E
 
E
M
 
I
V
 
G
R
 
Y
Q
 
Y
A
 
G
I
 
V
S
 
I
L
 
S
A
 
A
Q
 
Y
D
 
A
M
 
H
V
 
L
D
 
T
G
 
G
K
 
Q
P
 
S
I
 
I
A
 
P
S
 
T
R
 
K

2h3hA Crystal structure of the liganded form of thermotoga maritima glucose binding protein (see paper)
30% identity, 68% coverage: 49:262/317 of query aligns to 12:228/313 of 2h3hA

query
sites
2h3hA
N
 
H
P
 
P
F
 
Y
F
 
W
S
 
S
A
 
Q
M
 
V
E
 
E
R
 
Q
N
 
G
A
 
V
K
 
K
Q
 
A
A
 
A
A
 
G
A
 
K
K
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
V
T
 
D
L
 
T
N
 
K
V
 
F
Q
 
F
D
 
V
A
 
P
Q
 
Q
V
 
K
D
 
E
L
 
D
A
 
I
N
 
N
Q
 
A
N
 
Q
T
 
L
Q
 
Q
-
 
M
I
 
L
D
 
E
A
 
S
F
 
F
I
 
I
Q
 
A
Q
 
E
K
 
G
V
 
V
D
 
N
L
 
G
I
 
I
I
 
A
I
 
I
S
 
A
A
 
P
V
 
S
D
 
D
E
 
P
S
 
T
G
 
A
I
 
V
E
 
I
P
 
P
A
 
T
I
 
I
Q
 
K
R
 
K
A
 
A
K
 
L
A
 
E
A
 
M
G
 
G
I
 
I
I
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
T
V
 
L
D
|
D
T
 
T
-
 
D
-
 
S
P
 
P
A
 
D
K
 
S
G
 
G
A
 
R
D
 
Y
A
 
V
A
 
Y
I
 
I
M
 
G
T
 
T
N
 
D
A
 
N
I
 
Y
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
E
 
Y
T
 
T
S
 
A
C
 
G
E
 
L
Y
 
I
L
 
M
F
 
K
S
 
E
Q
 
L
M
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
V
L
 
V
L
 
I
V
 
G
D
 
T
G
 
G
T
 
S
-
 
L
P
 
T
I
 
A
Q
 
M
T
x
N
I
 
S
I
 
L
D
 
Q
R
|
R
I
 
I
K
 
Q
G
 
G
C
 
F
K
 
K
N
 
D
V
 
-
A
 
A
Q
 
I
K
 
K
Y
 
D
P
 
S
D
 
E
I
 
I
K
 
E
I
 
I
V
 
V
G
 
D
Q
 
I
Q
 
L
A
 
N
S
 
D
R
 
E
N
x
E
D
 
D
R
 
G
A
 
A
S
 
R
G
 
A
L
 
V
M
 
S
V
 
L
T
 
A
T
 
E
D
 
A
M
 
A
L
 
L
T
 
N
A
 
A
N
 
H
P
 
P
D
 
D
V
 
L
S
 
D
G
 
A
I
 
F
F
 
F
G
 
G
M
 
V
N
x
Y
D
x
A
P
 
Y
S
 
N
A
 
G
L
 
P
G
 
A
A
 
Q
V
 
A
L
 
L
A
 
V
V
 
V
E
 
K
Q
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
A
 
V
G
 
G
A
 
K
I
 
V
N
 
K
V
 
I
T
 
V
G
 
C
V
 
F
D
|
D
G
 
T
S
 
T
P
 
P
E
 
D
A
 
I
V
 
L
E
 
Q
E
 
Y
L
 
V
K
 
K
R
 
E
G
 
G

Sites not aligning to the query:

5ocpA The periplasmic binding protein component of the arabinose abc transporter from shewanella sp. Ana-3 bound to alpha and beta-l- arabinofuranose
33% identity, 69% coverage: 51:268/317 of query aligns to 18:248/302 of 5ocpA

query
sites
5ocpA
F
 
F
F
 
S
S
 
E
A
 
A
M
 
V
E
 
K
R
 
A
N
 
E
A
 
A
K
 
K
Q
 
Q
A
 
R
A
 
-
A
 
-
K
 
-
I
 
-
G
 
G
A
 
I
T
 
D
L
 
L
N
 
K
V
 
F
Q
 
A
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
V
 
Q
D
 
K
L
 
Q
A
 
E
N
 
N
Q
 
Q
N
 
I
T
 
K
Q
 
A
I
 
V
D
 
R
A
 
S
F
 
F
I
 
I
Q
 
A
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
I
S
 
A
A
 
P
V
 
V
D
 
V
E
 
E
S
 
T
G
 
G
I
 
W
E
 
K
P
 
P
A
 
V
I
 
L
Q
 
K
R
 
E
A
 
A
K
 
K
A
 
R
A
 
A
G
 
K
I
 
I
I
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
I
V
 
V
D
|
D
T
x
R
P
 
N
A
 
I
K
 
K
G
 
V
A
 
D
D
 
D
A
 
D
A
 
S
I
 
L
M
 
F
T
 
L
N
 
T
A
 
R
I
 
I
-
 
A
-
 
S
-
 
D
-
 
F
-
 
S
Q
 
E
A
 
E
G
 
G
E
 
R
T
 
K
S
 
I
C
 
G
E
 
Q
Y
 
W
L
 
L
F
 
M
S
 
D
Q
 
K
M
 
T
G
 
Q
G
 
G
K
 
N
G
 
C
K
 
D
V
 
I
L
 
A
L
 
E
V
 
L
D
 
Q
G
 
G
T
 
T
P
 
V
I
 
G
Q
 
A
T
 
T
-
 
A
I
 
A
I
 
I
D
 
D
R
|
R
I
 
A
K
 
A
G
 
G
C
 
F
K
 
N
N
 
Q
V
 
V
A
 
I
Q
 
A
K
 
N
Y
 
Y
P
 
P
D
 
N
I
 
A
K
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
R
Q
 
S
Q
 
Q
A
 
T
S
 
G
R
 
E
N
x
F
D
 
T
R
 
R
A
 
A
S
 
K
G
 
G
L
 
K
M
 
E
V
 
V
T
 
M
T
 
E
D
 
G
M
 
F
L
 
L
T
 
K
A
 
A
N
 
Q
P
 
N
D
 
G
-
 
Q
-
 
P
V
 
L
S
 
C
G
 
A
I
 
V
F
 
W
G
 
S
M
 
H
N
|
N
D
 
D
P
 
E
S
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
L
 
Q
A
 
A
V
 
I
E
 
K
Q
 
E
A
 
A
G
 
G
-
 
L
K
 
K
A
 
P
G
 
G
A
 
K
-
 
D
I
 
I
N
 
L
V
 
I
T
 
V
G
 
S
V
 
V
D
|
D
G
 
G
S
 
V
P
 
P
E
 
D
A
 
Y
V
 
F
E
 
K
E
 
A
L
 
M
K
 
A
R
 
D
G
 
G
G
 
D
-
 
V
-
 
N
-
 
A
-
 
T
-
 
V
-
 
E
-
 
L
S
 
S
P
 
P
F
 
Y
I
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>BWI76_RS14855 FitnessBrowser__Koxy:BWI76_RS14855
MTKLRKAWLAIAVAAVITTMTGLAPAASAAPQESKKIARIGLMVQDMSNPFFSAMERNAK
QAAAKIGATLNVQDAQVDLANQNTQIDAFIQQKVDLIIISAVDESGIEPAIQRAKAAGII
VIAVDTPAKGADAAIMTNAIQAGETSCEYLFSQMGGKGKVLLVDGTPIQTIIDRIKGCKN
VAQKYPDIKIVGQQASRNDRASGLMVTTDMLTANPDVSGIFGMNDPSALGAVLAVEQAGK
AGAINVTGVDGSPEAVEELKRGGSPFIGTATQNPGEMVRQAISLAQDMVDGKPIASRTVL
IPSVLVTRDNVGSYPGW

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory