SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing BWI76_RS19710 FitnessBrowser__Koxy:BWI76_RS19710 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 18 hits to proteins with known functional sites (download)

5l2aA Structure of cntnw n149s,f366a in an outward-facing state (see paper)
52% identity, 100% coverage: 1:416/416 of query aligns to 4:422/422 of 5l2aA

query
sites
5l2aA
M
 
M
D
 
V
I
 
V
M
 
L
R
 
H
S
 
S
L
 
L
L
 
L
G
 
G
M
 
M
V
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
A
I
 
I
A
 
A
F
 
V
A
 
L
L
 
L
S
 
S
V
 
T
N
 
D
K
 
R
K
 
K
R
 
A
I
 
I
S
 
N
I
 
I
R
 
R
T
 
T
V
 
V
G
 
A
A
 
G
A
 
A
L
 
F
L
 
L
L
 
I
Q
 
Q
I
 
V
V
 
A
I
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
L
M
 
V
L
 
L
Y
 
Y
F
 
V
P
 
P
P
 
Q
G
 
G
K
 
R
W
 
D
L
x
M
V
 
L
E
 
G
Q
x
E
A
 
A
A
 
S
L
 
K
G
x
T
V
 
I
H
 
S
K
 
N
V
 
V
M
 
I
S
 
A
Y
 
Y
S
 
G
D
 
N
A
 
N
G
 
G
S
 
V
A
 
D
F
 
F
I
 
L
F
 
F
G
 
G
S
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
S
P
 
E
K
 
K
M
 
M
D
 
F
V
 
E
L
 
V
F
 
F
D
 
G
G
 
G
A
 
G
G
 
G
F
 
F
I
 
V
F
 
F
A
 
A
F
 
L
R
 
R
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
M
I
 
I
I
 
V
F
 
F
V
 
F
T
 
S
A
 
S
L
 
L
I
 
M
S
 
A
L
 
V
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G
V
 
V
M
 
M
G
 
Q
L
 
L
L
 
L
I
 
I
R
 
K
I
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
G
I
 
F
F
 
L
Q
 
Q
K
 
K
A
 
M
L
 
L
N
 
G
I
 
T
S
 
S
K
 
K
I
 
A
E
 
E
S
 
S
F
 
M
V
 
S
A
 
A
V
 
A
T
 
A
T
 
S
I
 
I
F
 
F
L
 
V
G
 
G
Q
 
Q
N
 
T
E
 
E
I
 
A
P
 
P
A
 
L
I
 
V
V
 
V
K
 
R
P
 
P
F
 
Y
I
 
I
N
 
R
K
 
R
L
 
M
N
 
T
R
 
E
N
 
S
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
V
I
 
M
C
 
S
S
 
G
G
 
G
M
 
L
A
 
A
S
 
S
I
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
S
M
 
V
M
 
L
I
 
A
G
 
G
Y
 
Y
A
 
V
G
 
Q
M
 
M
G
 
G
V
 
V
P
 
P
I
 
L
D
 
P
Y
 
Y
L
 
L
L
 
I
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
x
F
M
 
M
A
 
A
I
 
A
P
 
P
G
 
G
G
 
G
I
 
L
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
K
M
 
L
L
 
L
S
 
V
P
 
P
A
 
E
T
 
T
E
 
E
A
 
R
S
 
T
Q
 
Q
V
 
N
T
 
D
F
 
A
D
 
E
N
 
V
L
 
L
S
 
A
F
 
E
S
 
N
E
 
E
-
 
D
T
 
E
P
 
K
P
 
P
K
 
T
S
 
N
V
 
V
I
 
I
E
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
G
A
 
A
M
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
A
K
 
Q
I
 
I
A
 
A
A
 
I
G
 
A
V
 
V
A
 
G
T
 
A
V
 
S
V
 
L
M
 
L
A
 
A
F
 
F
V
 
V
A
 
A
I
 
L
I
 
I
A
 
A
L
 
M
L
 
I
N
 
N
G
 
G
I
 
I
I
 
I
G
 
G
G
 
G
I
 
V
G
 
G
G
 
G
W
 
W
F
 
F
G
 
G
F
 
H
G
 
G
H
 
D
A
 
L
T
 
T
L
 
L
E
 
Q
G
 
A
I
 
I
F
 
L
G
 
G
F
 
W
L
 
L
L
 
F
A
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
W
 
W
I
 
V
M
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
P
W
 
W
S
 
S
D
 
E
A
 
A
T
 
G
L
 
I
A
 
A
G
 
G
S
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
L
 
V
A
 
V
I
 
I
N
 
N
E
 
E
F
 
F
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
L
 
S
N
 
E
F
 
F
S
 
V
P
 
K
Y
 
Y
L
 
L
-
 
K
-
 
P
Q
 
E
S
 
A
G
 
A
G
 
V
N
 
Q
L
 
L
D
 
S
V
 
D
K
 
T
T
 
T
V
 
K
A
 
A
I
 
I
I
 
I
S
 
S
F
 
F
A
 
A
L
 
L
C
 
C
G
 
G
F
 
A
A
 
A
N
 
N
F
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
I
G
 
A
V
 
V
V
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
G
F
 
L
S
 
S
A
 
I
I
 
M
S
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
R
A
 
R
P
 
K
E
 
D
I
 
V
A
 
A
Q
 
R
L
 
L
G
 
G
L
 
I
R
 
K
A
 
A
L
 
V
A
 
V
A
 
A
A
 
G
T
 
S
L
 
L
S
 
S
N
 
N
L
 
L
M
 
M
S
 
S
A
 
A
T
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
F
 
L
F
 
F
I
 
T
G
 
G
L
 
L
A
 
S

5l26A Structure of cntnw in an inward-facing substrate-bound state (see paper)
51% identity, 100% coverage: 1:416/416 of query aligns to 3:416/419 of 5l26A

query
sites
5l26A
M
 
M
D
 
V
I
 
V
M
 
L
R
 
H
S
 
S
L
 
L
L
 
L
G
 
G
M
 
M
V
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
A
I
 
I
A
 
A
F
 
V
A
 
L
L
 
L
S
 
S
V
 
T
N
 
D
K
 
R
K
 
K
R
 
A
I
 
I
S
 
N
I
 
I
R
 
R
T
 
T
V
 
V
G
 
A
A
 
G
A
 
A
L
 
F
L
 
L
L
 
I
Q
 
Q
I
 
V
V
 
A
I
x
L
G
 
G
G
 
A
V
 
L
M
 
V
L
 
L
Y
 
Y
F
 
V
P
 
P
P
 
Q
G
 
G
K
 
R
W
 
D
L
 
M
V
 
L
E
 
G
Q
 
E
A
 
A
A
 
S
L
 
K
G
x
T
V
x
I
H
 
S
K
 
N
V
 
V
M
 
I
S
 
A
Y
 
Y
S
 
G
D
 
N
A
 
N
G
 
G
S
 
V
A
 
D
F
 
F
I
 
L
F
 
F
G
 
G
S
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
S
P
 
E
K
 
K
M
 
M
D
 
F
V
 
E
L
 
V
F
 
F
D
 
G
G
 
G
A
 
G
G
 
G
F
 
F
I
 
V
F
 
F
A
 
A
F
 
L
R
 
R
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
M
I
 
I
I
 
V
F
 
F
V
 
F
T
 
S
A
 
S
L
 
L
I
 
M
S
 
A
L
 
V
L
 
L
Y
 
Y
Y
|
Y
L
x
I
G
 
G
V
 
V
M
 
M
G
 
Q
L
 
L
L
 
L
I
 
I
R
 
K
I
x
V
L
 
I
G
 
G
G
 
G
I
x
F
F
 
L
Q
 
Q
K
 
K
A
 
M
L
 
L
N
 
G
I
 
T
S
 
S
K
 
K
I
 
A
E
 
E
S
 
S
F
 
M
V
 
S
A
 
A
V
 
A
T
 
A
T
 
N
I
 
I
F
 
F
L
 
V
G
 
G
Q
|
Q
N
 
T
E
 
E
I
 
A
P
 
P
A
 
L
I
 
V
V
 
V
K
 
R
P
 
P
F
 
Y
I
 
I
N
 
R
K
 
R
L
 
M
N
 
T
R
 
E
N
 
S
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
V
I
 
M
C
 
S
S
 
G
G
 
G
M
 
L
A
 
A
S
 
S
I
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
S
M
 
V
M
 
L
I
 
A
G
 
G
Y
 
Y
A
 
V
G
 
Q
M
 
M
G
 
G
V
 
V
P
 
P
I
 
L
D
 
P
Y
 
Y
L
 
L
L
 
I
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
F
M
 
M
A
 
A
I
 
A
P
 
P
G
 
G
G
 
G
I
 
L
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
K
M
 
L
L
 
L
S
 
V
P
 
P
A
 
E
T
 
T
E
 
E
A
 
R
S
 
T
Q
 
Q
V
 
N
T
 
D
F
 
A
D
 
E
N
 
V
L
 
L
S
 
A
F
 
E
S
 
N
E
 
E
-
 
D
T
 
E
P
 
K
P
 
P
K
 
T
S
 
N
V
 
V
I
 
I
E
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
G
A
 
A
M
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
A
K
 
Q
I
 
I
A
 
A
A
 
I
G
 
A
V
 
V
A
 
G
T
 
A
V
 
S
V
 
L
M
 
L
A
 
A
F
 
F
V
 
V
A
 
A
I
 
L
I
 
I
A
 
A
L
 
M
L
 
I
N
 
N
G
 
G
I
 
I
I
 
I
G
 
G
G
 
G
I
 
V
G
 
-
G
 
-
W
 
-
F
 
-
G
 
-
F
 
G
G
 
G
H
 
D
A
 
L
T
 
T
L
 
L
E
 
Q
G
 
A
I
 
I
F
 
L
G
 
G
F
 
W
L
 
L
L
 
F
A
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
W
 
W
I
 
V
M
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
P
W
 
W
S
 
S
D
 
E
A
 
A
T
 
G
L
 
I
A
 
A
G
 
G
S
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
L
 
V
A
 
V
I
 
I
N
 
N
E
|
E
F
|
F
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
L
 
S
N
 
E
F
 
F
S
 
V
P
 
K
Y
 
Y
L
 
L
-
 
K
-
 
P
Q
 
E
S
 
A
G
 
A
G
 
V
N
 
Q
L
 
L
D
 
S
V
 
D
K
 
T
T
 
T
V
 
K
A
 
A
I
 
I
I
 
I
S
 
S
F
 
F
A
 
A
L
 
L
C
 
C
G
 
G
F
|
F
A
 
A
N
 
N
F
 
L
G
 
G
S
|
S
I
 
I
G
 
A
V
|
V
V
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
G
F
 
L
S
 
S
A
 
I
I
 
M
S
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
R
A
 
R
P
 
K
E
 
D
I
 
V
A
 
A
Q
 
R
L
 
L
G
 
G
L
 
I
R
 
K
A
 
A
L
 
V
A
 
V
A
 
A
A
 
G
T
 
S
L
 
L
S
 
S
N
 
N
L
 
L
M
 
M
S
 
S
A
 
A
T
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
F
 
L
F
 
F
I
 
T
G
 
G
L
 
L
A
 
S

4pd7A Structure of vccnt bound to zebularine (see paper)
52% identity, 98% coverage: 6:413/416 of query aligns to 5:404/404 of 4pd7A

query
sites
4pd7A
S
 
S
L
 
L
L
 
I
G
 
G
M
 
M
V
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
G
I
 
I
A
 
A
F
 
V
A
 
L
L
 
L
S
 
S
V
 
S
N
 
N
K
 
R
K
 
K
R
 
A
I
 
I
S
 
N
I
 
L
R
 
R
T
 
T
V
 
V
G
 
G
A
 
G
A
 
A
L
 
F
L
 
A
L
 
I
Q
 
Q
I
 
F
V
 
S
I
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
F
M
 
I
L
 
L
Y
 
Y
F
 
V
P
 
P
P
 
W
G
 
G
K
 
Q
W
 
E
L
 
L
V
 
L
E
 
R
Q
 
G
A
 
F
A
 
S
L
 
D
G
 
A
V
 
V
H
 
S
K
 
N
V
 
V
M
 
I
S
 
N
Y
 
Y
S
 
G
D
 
N
A
 
D
G
 
G
S
 
T
A
 
S
F
 
F
I
 
L
F
 
F
G
 
G
S
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
S
P
 
G
K
 
K
M
 
M
D
 
F
V
 
E
L
 
V
F
 
F
D
 
G
G
 
G
A
 
G
G
 
G
F
 
F
I
 
I
F
 
F
A
 
A
F
 
F
R
 
R
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
T
I
 
L
I
 
I
F
 
F
V
 
F
T
 
S
A
 
A
L
 
L
I
 
I
S
 
S
L
 
V
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
V
 
V
M
 
M
G
 
Q
L
 
W
L
 
V
I
 
I
R
 
R
I
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
G
F
 
L
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
G
I
 
T
S
 
S
K
 
R
I
 
A
E
 
E
S
 
S
F
 
M
V
 
S
A
 
A
V
 
A
T
 
A
T
 
N
I
 
I
F
 
F
L
 
V
G
 
G
Q
|
Q
N
 
T
E
 
E
I
 
A
P
 
P
A
 
L
I
 
V
V
 
V
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
V
N
 
P
K
 
K
L
 
M
N
 
T
R
 
Q
N
 
S
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
V
I
 
M
C
 
C
S
 
G
G
 
G
M
 
L
A
 
A
S
 
S
I
 
I
A
 
A
G
 
G
S
 
G
M
 
V
M
 
L
I
 
A
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
G
 
S
M
 
M
G
 
G
V
 
V
P
 
K
I
 
I
D
 
E
Y
 
Y
L
 
L
L
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
F
M
 
M
A
 
A
I
 
A
P
 
P
G
 
G
G
 
G
I
 
L
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
K
M
 
L
L
 
M
S
 
M
P
 
P
A
 
E
T
 
T
E
 
E
A
 
K
S
 
P
Q
 
Q
V
 
-
T
 
-
F
 
-
D
 
-
N
 
-
L
 
-
S
 
-
F
 
-
S
 
-
E
 
-
T
 
D
P
 
K
P
 
P
K
 
A
S
 
N
V
 
V
I
 
I
E
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
S
T
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
Q
I
 
L
A
 
A
A
 
L
G
 
N
V
 
V
A
 
G
T
 
A
V
 
M
V
 
L
M
 
I
A
 
A
F
 
F
V
 
I
A
 
G
I
 
L
I
 
I
A
 
A
L
 
L
L
 
I
N
 
N
G
 
G
I
 
M
I
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
W
 
W
F
 
F
G
 
G
F
 
M
G
 
P
H
 
E
A
 
L
T
 
K
L
 
L
E
 
E
G
 
M
I
 
L
F
 
L
G
 
G
F
 
W
L
 
L
L
 
F
A
 
A
P
 
P
L
 
L
A
 
A
W
 
F
I
 
L
M
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
P
W
 
W
S
 
N
D
 
E
A
 
A
T
 
T
L
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
E
L
 
F
I
 
I
G
 
G
Q
 
L
K
 
K
L
 
T
A
 
V
I
 
A
N
 
N
E
|
E
F
|
F
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
L
 
S
N
 
Q
F
 
F
S
 
A
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
Q
 
T
S
 
E
G
 
A
G
 
A
N
 
P
-
 
V
-
 
V
L
 
L
D
 
S
V
 
E
K
 
K
T
 
T
V
 
K
A
 
A
I
 
I
I
 
I
S
 
S
F
 
F
A
 
A
L
 
L
C
 
C
G
 
G
F
|
F
A
 
A
N
 
N
F
 
L
G
 
S
S
 
S
I
 
I
G
 
A
V
x
I
V
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
G
F
 
L
S
 
G
A
 
S
I
 
L
S
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
R
A
 
R
P
 
G
E
 
D
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
L
 
M
G
 
G
L
 
V
R
 
K
A
 
A
L
 
V
A
 
I
A
 
A
A
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
S
N
 
N
L
 
L
M
 
M
S
 
A
A
 
A
T
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
F
 
F
F
 
F
I
 
L

3tijA Crystal structure of a concentrative nucleoside transporter from vibrio cholerae (see paper)
52% identity, 98% coverage: 6:413/416 of query aligns to 5:404/404 of 3tijA

query
sites
3tijA
S
 
S
L
 
L
L
 
I
G
 
G
M
 
M
V
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
G
I
 
I
A
 
A
F
 
V
A
 
L
L
 
L
S
 
S
V
 
S
N
 
N
K
 
R
K
 
K
R
 
A
I
 
I
S
 
N
I
 
L
R
 
R
T
 
T
V
 
V
G
 
G
A
 
G
A
 
A
L
 
F
L
 
A
L
 
I
Q
 
Q
I
 
F
V
 
S
I
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
F
M
 
I
L
 
L
Y
 
Y
F
 
V
P
 
P
P
 
W
G
 
G
K
 
Q
W
 
E
L
 
L
V
 
L
E
 
R
Q
 
G
A
 
F
A
 
S
L
 
D
G
 
A
V
 
V
H
 
S
K
 
N
V
 
V
M
 
I
S
 
N
Y
 
Y
S
 
G
D
 
N
A
 
D
G
 
G
S
 
T
A
 
S
F
 
F
I
 
L
F
 
F
G
 
G
S
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
S
P
 
G
K
 
K
M
 
M
D
 
F
V
 
E
L
 
V
F
 
F
D
 
G
G
 
G
A
 
G
G
 
G
F
 
F
I
 
I
F
 
F
A
 
A
F
 
F
R
 
R
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
T
I
 
L
I
 
I
F
 
F
V
 
F
T
 
S
A
 
A
L
 
L
I
 
I
S
 
S
L
 
V
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
V
 
V
M
 
M
G
 
Q
L
 
W
L
 
V
I
 
I
R
 
R
I
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
G
F
 
L
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
G
I
 
T
S
 
S
K
 
R
I
 
A
E
 
E
S
 
S
F
 
M
V
 
S
A
 
A
V
 
A
T
 
A
T
x
N
I
 
I
F
 
F
L
x
V
G
|
G
Q
|
Q
N
 
T
E
 
E
I
 
A
P
 
P
A
 
L
I
 
V
V
 
V
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
V
N
 
P
K
 
K
L
 
M
N
 
T
R
 
Q
N
 
S
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
V
I
 
M
C
 
C
S
 
G
G
 
G
M
 
L
A
 
A
S
|
S
I
|
I
A
 
A
G
 
G
S
 
G
M
 
V
M
 
L
I
 
A
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
G
 
S
M
 
M
G
 
G
V
 
V
P
 
K
I
 
I
D
 
E
Y
 
Y
L
 
L
L
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
F
M
 
M
A
 
A
I
 
A
P
 
P
G
 
G
G
 
G
I
 
L
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
K
M
 
L
L
 
M
S
 
M
P
 
P
A
 
E
T
 
T
E
 
E
A
 
K
S
 
P
Q
 
Q
V
 
-
T
 
-
F
 
-
D
 
-
N
 
-
L
 
-
S
 
-
F
 
-
S
 
-
E
 
-
T
 
D
P
 
K
P
 
P
K
 
A
S
 
N
V
 
V
I
 
I
E
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
S
T
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
Q
I
 
L
A
 
A
A
 
L
G
 
N
V
 
V
A
 
G
T
 
A
V
 
M
V
 
L
M
 
I
A
 
A
F
 
F
V
 
I
A
 
G
I
 
L
I
 
I
A
 
A
L
 
L
L
 
I
N
 
N
G
 
G
I
 
M
I
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
W
 
W
F
 
F
G
 
G
F
 
M
G
 
P
H
 
E
A
 
L
T
 
K
L
 
L
E
 
E
G
 
M
I
 
L
F
 
L
G
 
G
F
 
W
L
 
L
L
 
F
A
 
A
P
 
P
L
 
L
A
 
A
W
 
F
I
 
L
M
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
P
W
 
W
S
 
N
D
 
E
A
 
A
T
 
T
L
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
E
L
 
F
I
 
I
G
 
G
Q
 
L
K
 
K
L
 
T
A
 
V
I
 
A
N
 
N
E
|
E
F
 
F
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
L
 
S
N
 
Q
F
 
F
S
 
A
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
Q
 
T
S
 
E
G
 
A
G
 
A
N
 
P
-
 
V
-
 
V
L
 
L
D
 
S
V
 
E
K
 
K
T
 
T
V
 
K
A
 
A
I
 
I
I
 
I
S
 
S
F
 
F
A
 
A
L
 
L
C
 
C
G
 
G
F
|
F
A
 
A
N
 
N
F
 
L
G
 
S
S
|
S
I
 
I
G
 
A
V
x
I
V
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
G
F
 
L
S
 
G
A
 
S
I
 
L
S
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
R
A
 
R
P
 
G
E
 
D
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
L
 
M
G
 
G
L
 
V
R
 
K
A
 
A
L
 
V
A
 
I
A
 
A
A
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
S
N
 
N
L
 
L
M
 
M
S
 
A
A
 
A
T
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
F
 
F
F
 
F
I
 
L

4pdaA Structure of vccnt-7c8c bound to cytidine (see paper)
52% identity, 98% coverage: 6:413/416 of query aligns to 5:404/404 of 4pdaA

query
sites
4pdaA
S
 
S
L
 
C
L
 
C
G
 
G
M
 
M
V
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
G
I
 
I
A
 
A
F
 
V
A
 
L
L
 
L
S
 
S
V
 
S
N
 
N
K
 
R
K
 
K
R
 
A
I
 
I
S
 
N
I
 
L
R
 
R
T
 
T
V
 
V
G
 
G
A
 
G
A
 
A
L
 
F
L
 
A
L
 
I
Q
 
Q
I
 
F
V
 
S
I
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
F
M
 
I
L
 
L
Y
 
Y
F
 
V
P
 
P
P
 
W
G
 
G
K
 
Q
W
 
E
L
 
L
V
 
L
E
 
R
Q
 
G
A
 
F
A
 
S
L
 
D
G
 
A
V
 
V
H
 
S
K
 
N
V
 
V
M
 
I
S
 
N
Y
 
Y
S
 
G
D
 
N
A
 
D
G
 
G
S
 
T
A
 
S
F
 
F
I
 
L
F
 
F
G
 
G
S
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
S
P
 
G
K
 
K
M
 
M
D
 
F
V
 
E
L
 
V
F
 
F
D
 
G
G
 
G
A
 
G
G
 
G
F
 
F
I
 
I
F
 
F
A
 
A
F
 
F
R
 
R
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
T
I
 
L
I
 
I
F
 
F
V
 
F
T
 
S
A
 
A
L
 
L
I
 
I
S
 
S
L
 
V
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
V
 
V
M
 
M
G
 
Q
L
 
W
L
 
V
I
 
I
R
 
R
I
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
G
F
 
L
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
G
I
 
T
S
 
S
K
 
R
I
 
A
E
 
E
S
 
S
F
 
M
V
 
S
A
 
A
V
 
A
T
 
A
T
 
N
I
 
I
F
 
F
L
 
V
G
 
G
Q
|
Q
N
 
T
E
 
E
I
 
A
P
 
P
A
 
L
I
 
V
V
 
V
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
V
N
 
P
K
 
K
L
 
M
N
 
T
R
 
Q
N
 
S
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
V
I
 
M
C
 
C
S
 
G
G
 
G
M
 
L
A
 
A
S
 
S
I
 
I
A
 
A
G
 
G
S
 
G
M
 
V
M
 
L
I
 
A
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
G
 
S
M
 
M
G
 
G
V
 
V
P
 
K
I
 
I
D
 
E
Y
 
Y
L
 
L
L
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
F
M
 
M
A
 
A
I
 
A
P
 
P
G
 
G
G
 
G
I
 
L
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
K
M
 
L
L
 
M
S
 
M
P
 
P
A
 
E
T
 
T
E
 
E
A
 
K
S
 
P
Q
 
Q
V
 
-
T
 
-
F
 
-
D
 
-
N
 
-
L
 
-
S
 
-
F
 
-
S
 
-
E
 
-
T
 
D
P
 
K
P
 
P
K
 
A
S
 
N
V
 
V
I
 
I
E
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
S
T
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
Q
I
 
L
A
 
A
A
 
L
G
 
N
V
 
V
A
 
G
T
 
A
V
 
M
V
 
L
M
 
I
A
 
A
F
 
F
V
 
I
A
 
G
I
 
L
I
 
I
A
 
A
L
 
L
L
 
I
N
 
N
G
 
G
I
 
M
I
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
W
 
W
F
 
F
G
 
G
F
 
M
G
 
P
H
 
E
A
 
L
T
 
K
L
 
L
E
 
E
G
 
M
I
 
L
F
 
L
G
 
G
F
 
W
L
 
L
L
 
F
A
 
A
P
 
P
L
 
L
A
 
A
W
 
F
I
 
L
M
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
P
W
 
W
S
 
N
D
 
E
A
 
A
T
 
T
L
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
E
L
 
F
I
 
I
G
 
G
Q
 
L
K
 
K
L
 
T
A
 
V
I
 
A
N
 
N
E
|
E
F
 
F
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
L
 
S
N
 
Q
F
 
F
S
 
A
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
Q
 
T
S
 
E
G
 
A
G
 
A
N
 
P
-
 
V
-
 
V
L
 
L
D
 
S
V
 
E
K
 
K
T
 
T
V
 
K
A
 
A
I
 
I
I
 
I
S
 
S
F
 
F
A
 
A
L
 
L
C
 
C
G
 
G
F
|
F
A
 
A
N
 
N
F
 
L
G
 
S
S
|
S
I
 
I
G
 
A
V
x
I
V
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
G
F
 
L
S
 
G
A
 
S
I
 
L
S
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
R
A
 
R
P
 
G
E
 
D
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
L
 
M
G
 
G
L
 
V
R
 
K
A
 
A
L
 
V
A
 
I
A
 
A
A
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
S
N
 
N
L
 
L
M
 
M
S
 
A
A
 
A
T
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
F
 
F
F
 
F
I
 
L

4pd9A Structure of vccnt-7c8c bound to adenosine (see paper)
52% identity, 98% coverage: 6:413/416 of query aligns to 5:404/404 of 4pd9A

query
sites
4pd9A
S
 
S
L
 
C
L
 
C
G
 
G
M
 
M
V
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
G
I
 
I
A
 
A
F
 
V
A
 
L
L
 
L
S
 
S
V
 
S
N
 
N
K
 
R
K
 
K
R
 
A
I
 
I
S
 
N
I
 
L
R
 
R
T
 
T
V
 
V
G
 
G
A
 
G
A
 
A
L
 
F
L
 
A
L
 
I
Q
 
Q
I
 
F
V
 
S
I
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
F
M
 
I
L
 
L
Y
 
Y
F
 
V
P
 
P
P
 
W
G
 
G
K
 
Q
W
 
E
L
 
L
V
 
L
E
 
R
Q
 
G
A
 
F
A
 
S
L
 
D
G
 
A
V
 
V
H
 
S
K
 
N
V
 
V
M
 
I
S
 
N
Y
 
Y
S
 
G
D
 
N
A
 
D
G
 
G
S
 
T
A
 
S
F
 
F
I
 
L
F
 
F
G
 
G
S
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
S
P
 
G
K
 
K
M
 
M
D
 
F
V
 
E
L
 
V
F
 
F
D
 
G
G
 
G
A
 
G
G
 
G
F
 
F
I
 
I
F
 
F
A
 
A
F
 
F
R
 
R
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
T
I
 
L
I
 
I
F
 
F
V
 
F
T
 
S
A
 
A
L
 
L
I
 
I
S
 
S
L
 
V
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
V
 
V
M
 
M
G
 
Q
L
 
W
L
 
V
I
 
I
R
 
R
I
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
G
F
 
L
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
G
I
 
T
S
 
S
K
 
R
I
 
A
E
 
E
S
 
S
F
 
M
V
 
S
A
 
A
V
 
A
T
 
A
T
 
N
I
 
I
F
 
F
L
 
V
G
 
G
Q
|
Q
N
 
T
E
 
E
I
 
A
P
 
P
A
 
L
I
 
V
V
 
V
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
V
N
 
P
K
 
K
L
 
M
N
 
T
R
 
Q
N
 
S
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
V
I
 
M
C
 
C
S
 
G
G
 
G
M
 
L
A
 
A
S
 
S
I
 
I
A
 
A
G
 
G
S
 
G
M
 
V
M
 
L
I
 
A
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
G
 
S
M
 
M
G
 
G
V
 
V
P
 
K
I
 
I
D
 
E
Y
 
Y
L
 
L
L
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
F
M
 
M
A
 
A
I
 
A
P
 
P
G
 
G
G
 
G
I
 
L
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
K
M
 
L
L
 
M
S
 
M
P
 
P
A
 
E
T
 
T
E
 
E
A
 
K
S
 
P
Q
 
Q
V
 
-
T
 
-
F
 
-
D
 
-
N
 
-
L
 
-
S
 
-
F
 
-
S
 
-
E
 
-
T
 
D
P
 
K
P
 
P
K
 
A
S
 
N
V
 
V
I
 
I
E
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
S
T
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
Q
I
 
L
A
 
A
A
 
L
G
 
N
V
 
V
A
 
G
T
 
A
V
 
M
V
 
L
M
 
I
A
 
A
F
 
F
V
 
I
A
 
G
I
 
L
I
 
I
A
 
A
L
 
L
L
 
I
N
 
N
G
 
G
I
 
M
I
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
W
 
W
F
 
F
G
 
G
F
 
M
G
 
P
H
 
E
A
 
L
T
 
K
L
 
L
E
 
E
G
 
M
I
 
L
F
 
L
G
 
G
F
 
W
L
 
L
L
 
F
A
 
A
P
 
P
L
 
L
A
 
A
W
 
F
I
 
L
M
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
P
W
 
W
S
 
N
D
 
E
A
 
A
T
 
T
L
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
E
L
 
F
I
 
I
G
 
G
Q
 
L
K
 
K
L
 
T
A
 
V
I
 
A
N
|
N
E
|
E
F
|
F
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
L
 
S
N
 
Q
F
 
F
S
 
A
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
Q
 
T
S
 
E
G
 
A
G
 
A
N
 
P
-
 
V
-
 
V
L
 
L
D
 
S
V
 
E
K
 
K
T
 
T
V
 
K
A
 
A
I
 
I
I
 
I
S
 
S
F
 
F
A
 
A
L
 
L
C
 
C
G
 
G
F
|
F
A
 
A
N
 
N
F
 
L
G
 
S
S
|
S
I
 
I
G
 
A
V
x
I
V
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
G
F
 
L
S
 
G
A
 
S
I
 
L
S
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
R
A
 
R
P
 
G
E
 
D
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
L
 
M
G
 
G
L
 
V
R
 
K
A
 
A
L
 
V
A
 
I
A
 
A
A
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
S
N
 
N
L
 
L
M
 
M
S
 
A
A
 
A
T
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
F
 
F
F
 
F
I
 
L

4pd8A Structure of vccnt-7c8c bound to pyrrolo-cytidine (see paper)
52% identity, 98% coverage: 6:413/416 of query aligns to 5:404/404 of 4pd8A

query
sites
4pd8A
S
 
S
L
 
C
L
 
C
G
 
G
M
 
M
V
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
G
I
 
I
A
 
A
F
 
V
A
 
L
L
 
L
S
 
S
V
 
S
N
 
N
K
 
R
K
 
K
R
 
A
I
 
I
S
 
N
I
 
L
R
 
R
T
 
T
V
 
V
G
 
G
A
 
G
A
 
A
L
 
F
L
 
A
L
 
I
Q
 
Q
I
 
F
V
 
S
I
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
F
M
 
I
L
 
L
Y
 
Y
F
 
V
P
 
P
P
 
W
G
 
G
K
 
Q
W
 
E
L
 
L
V
 
L
E
 
R
Q
 
G
A
 
F
A
 
S
L
 
D
G
 
A
V
 
V
H
 
S
K
 
N
V
 
V
M
 
I
S
 
N
Y
 
Y
S
 
G
D
 
N
A
 
D
G
 
G
S
 
T
A
 
S
F
 
F
I
 
L
F
 
F
G
 
G
S
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
S
P
 
G
K
 
K
M
 
M
D
 
F
V
 
E
L
 
V
F
 
F
D
 
G
G
 
G
A
 
G
G
 
G
F
 
F
I
 
I
F
 
F
A
 
A
F
 
F
R
 
R
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
T
I
 
L
I
 
I
F
 
F
V
 
F
T
 
S
A
 
A
L
 
L
I
 
I
S
 
S
L
 
V
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
V
 
V
M
 
M
G
 
Q
L
 
W
L
 
V
I
 
I
R
 
R
I
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
G
F
 
L
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
G
I
 
T
S
 
S
K
 
R
I
 
A
E
 
E
S
 
S
F
 
M
V
 
S
A
 
A
V
 
A
T
 
A
T
 
N
I
 
I
F
 
F
L
 
V
G
 
G
Q
|
Q
N
 
T
E
 
E
I
 
A
P
 
P
A
 
L
I
 
V
V
 
V
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
V
N
 
P
K
 
K
L
 
M
N
 
T
R
 
Q
N
 
S
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
V
I
 
M
C
 
C
S
 
G
G
 
G
M
 
L
A
 
A
S
 
S
I
 
I
A
|
A
G
 
G
S
 
G
M
 
V
M
 
L
I
 
A
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
G
 
S
M
 
M
G
 
G
V
 
V
P
 
K
I
 
I
D
 
E
Y
 
Y
L
 
L
L
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
F
M
 
M
A
 
A
I
 
A
P
 
P
G
 
G
G
 
G
I
 
L
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
K
M
 
L
L
 
M
S
 
M
P
 
P
A
 
E
T
 
T
E
 
E
A
 
K
S
 
P
Q
 
Q
V
 
-
T
 
-
F
 
-
D
 
-
N
 
-
L
 
-
S
 
-
F
 
-
S
 
-
E
 
-
T
 
D
P
 
K
P
 
P
K
 
A
S
 
N
V
 
V
I
 
I
E
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
S
T
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
Q
I
x
L
A
 
A
A
 
L
G
 
N
V
 
V
A
 
G
T
 
A
V
 
M
V
 
L
M
 
I
A
 
A
F
 
F
V
 
I
A
 
G
I
 
L
I
 
I
A
 
A
L
 
L
L
 
I
N
 
N
G
 
G
I
 
M
I
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
W
 
W
F
 
F
G
 
G
F
 
M
G
 
P
H
 
E
A
 
L
T
 
K
L
 
L
E
 
E
G
 
M
I
 
L
F
 
L
G
 
G
F
 
W
L
 
L
L
 
F
A
 
A
P
 
P
L
 
L
A
 
A
W
 
F
I
 
L
M
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
P
W
 
W
S
 
N
D
 
E
A
 
A
T
 
T
L
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
E
L
 
F
I
 
I
G
 
G
Q
 
L
K
 
K
L
 
T
A
 
V
I
 
A
N
 
N
E
|
E
F
 
F
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
L
 
S
N
 
Q
F
 
F
S
 
A
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
Q
 
T
S
 
E
G
 
A
G
 
A
N
 
P
-
 
V
-
 
V
L
 
L
D
 
S
V
 
E
K
 
K
T
 
T
V
 
K
A
 
A
I
 
I
I
 
I
S
 
S
F
 
F
A
 
A
L
 
L
C
 
C
G
 
G
F
|
F
A
 
A
N
 
N
F
 
L
G
 
S
S
|
S
I
 
I
G
 
A
V
x
I
V
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
G
F
 
L
S
 
G
A
 
S
I
 
L
S
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
R
A
 
R
P
 
G
E
 
D
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
L
 
M
G
 
G
L
 
V
R
 
K
A
 
A
L
 
V
A
 
I
A
 
A
A
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
S
N
 
N
L
 
L
M
 
M
S
 
A
A
 
A
T
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
F
 
F
F
 
F
I
 
L

4pb2A Structure of vccnt-7c8c bound to 5-fluorouridine (see paper)
52% identity, 98% coverage: 6:413/416 of query aligns to 5:404/404 of 4pb2A

query
sites
4pb2A
S
 
S
L
 
C
L
 
C
G
 
G
M
 
M
V
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
G
I
 
I
A
 
A
F
 
V
A
 
L
L
 
L
S
 
S
V
 
S
N
 
N
K
 
R
K
 
K
R
 
A
I
 
I
S
 
N
I
 
L
R
 
R
T
 
T
V
 
V
G
 
G
A
 
G
A
 
A
L
 
F
L
 
A
L
 
I
Q
 
Q
I
 
F
V
 
S
I
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
F
M
 
I
L
 
L
Y
 
Y
F
 
V
P
 
P
P
 
W
G
 
G
K
 
Q
W
 
E
L
 
L
V
 
L
E
 
R
Q
 
G
A
 
F
A
 
S
L
 
D
G
 
A
V
 
V
H
 
S
K
 
N
V
 
V
M
 
I
S
 
N
Y
 
Y
S
 
G
D
 
N
A
 
D
G
 
G
S
 
T
A
 
S
F
 
F
I
 
L
F
 
F
G
 
G
S
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
S
P
 
G
K
 
K
M
 
M
D
 
F
V
 
E
L
 
V
F
 
F
D
 
G
G
 
G
A
 
G
G
 
G
F
 
F
I
 
I
F
 
F
A
 
A
F
 
F
R
 
R
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
T
I
 
L
I
 
I
F
 
F
V
 
F
T
 
S
A
 
A
L
 
L
I
 
I
S
 
S
L
 
V
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
V
 
V
M
 
M
G
 
Q
L
 
W
L
 
V
I
 
I
R
 
R
I
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
G
F
 
L
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
G
I
 
T
S
 
S
K
 
R
I
 
A
E
 
E
S
 
S
F
 
M
V
 
S
A
 
A
V
 
A
T
 
A
T
 
N
I
 
I
F
 
F
L
 
V
G
 
G
Q
|
Q
N
 
T
E
 
E
I
 
A
P
 
P
A
 
L
I
 
V
V
 
V
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
V
N
 
P
K
 
K
L
 
M
N
 
T
R
 
Q
N
 
S
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
V
I
 
M
C
 
C
S
 
G
G
 
G
M
 
L
A
 
A
S
 
S
I
 
I
A
 
A
G
 
G
S
 
G
M
 
V
M
 
L
I
 
A
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
G
 
S
M
 
M
G
 
G
V
 
V
P
 
K
I
 
I
D
 
E
Y
 
Y
L
 
L
L
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
F
M
 
M
A
 
A
I
 
A
P
 
P
G
 
G
G
 
G
I
 
L
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
K
M
 
L
L
 
M
S
 
M
P
 
P
A
 
E
T
 
T
E
 
E
A
 
K
S
 
P
Q
 
Q
V
 
-
T
 
-
F
 
-
D
 
-
N
 
-
L
 
-
S
 
-
F
 
-
S
 
-
E
 
-
T
 
D
P
 
K
P
 
P
K
 
A
S
 
N
V
 
V
I
 
I
E
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
S
T
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
Q
I
 
L
A
 
A
A
 
L
G
 
N
V
 
V
A
 
G
T
 
A
V
 
M
V
 
L
M
 
I
A
 
A
F
 
F
V
 
I
A
 
G
I
 
L
I
 
I
A
 
A
L
 
L
L
 
I
N
 
N
G
 
G
I
 
M
I
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
W
 
W
F
 
F
G
 
G
F
 
M
G
 
P
H
 
E
A
 
L
T
 
K
L
 
L
E
 
E
G
 
M
I
 
L
F
 
L
G
 
G
F
 
W
L
 
L
L
 
F
A
 
A
P
 
P
L
 
L
A
 
A
W
 
F
I
 
L
M
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
P
W
 
W
S
 
N
D
 
E
A
 
A
T
 
T
L
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
E
L
 
F
I
 
I
G
 
G
Q
 
L
K
 
K
L
 
T
A
 
V
I
 
A
N
 
N
E
|
E
F
 
F
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
L
 
S
N
 
Q
F
 
F
S
 
A
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
Q
 
T
S
 
E
G
 
A
G
 
A
N
 
P
-
 
V
-
 
V
L
 
L
D
 
S
V
 
E
K
 
K
T
 
T
V
 
K
A
 
A
I
 
I
I
 
I
S
 
S
F
 
F
A
 
A
L
 
L
C
 
C
G
 
G
F
|
F
A
 
A
N
 
N
F
 
L
G
 
S
S
|
S
I
 
I
G
 
A
V
 
I
V
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
G
F
 
L
S
 
G
A
 
S
I
 
L
S
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
R
A
 
R
P
 
G
E
 
D
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
L
 
M
G
 
G
L
 
V
R
 
K
A
 
A
L
 
V
A
 
I
A
 
A
A
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
S
N
 
N
L
 
L
M
 
M
S
 
A
A
 
A
T
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
F
 
F
F
 
F
I
 
L

4pb1A Structure of vccnt-7c8c bound to ribavirin (see paper)
52% identity, 98% coverage: 6:413/416 of query aligns to 5:404/404 of 4pb1A

query
sites
4pb1A
S
 
S
L
 
C
L
 
C
G
 
G
M
 
M
V
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
G
I
 
I
A
 
A
F
 
V
A
 
L
L
 
L
S
 
S
V
 
S
N
 
N
K
 
R
K
 
K
R
 
A
I
 
I
S
 
N
I
 
L
R
 
R
T
 
T
V
 
V
G
 
G
A
 
G
A
 
A
L
 
F
L
 
A
L
 
I
Q
 
Q
I
 
F
V
 
S
I
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
F
M
 
I
L
 
L
Y
 
Y
F
 
V
P
 
P
P
 
W
G
 
G
K
 
Q
W
 
E
L
 
L
V
 
L
E
 
R
Q
 
G
A
 
F
A
 
S
L
 
D
G
 
A
V
 
V
H
 
S
K
 
N
V
 
V
M
 
I
S
 
N
Y
 
Y
S
 
G
D
 
N
A
 
D
G
 
G
S
 
T
A
 
S
F
 
F
I
 
L
F
 
F
G
 
G
S
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
S
P
 
G
K
 
K
M
 
M
D
 
F
V
 
E
L
 
V
F
 
F
D
 
G
G
 
G
A
 
G
G
 
G
F
 
F
I
 
I
F
 
F
A
 
A
F
 
F
R
 
R
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
T
I
 
L
I
 
I
F
 
F
V
 
F
T
 
S
A
 
A
L
 
L
I
 
I
S
 
S
L
 
V
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
V
 
V
M
 
M
G
 
Q
L
 
W
L
 
V
I
 
I
R
 
R
I
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
G
F
 
L
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
G
I
 
T
S
 
S
K
 
R
I
 
A
E
 
E
S
 
S
F
 
M
V
 
S
A
 
A
V
 
A
T
 
A
T
 
N
I
 
I
F
 
F
L
 
V
G
 
G
Q
 
Q
N
 
T
E
 
E
I
 
A
P
 
P
A
 
L
I
 
V
V
 
V
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
V
N
 
P
K
 
K
L
 
M
N
 
T
R
 
Q
N
 
S
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
V
I
 
M
C
 
C
S
 
G
G
 
G
M
 
L
A
 
A
S
 
S
I
 
I
A
 
A
G
 
G
S
 
G
M
 
V
M
 
L
I
 
A
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
G
 
S
M
 
M
G
 
G
V
 
V
P
 
K
I
 
I
D
 
E
Y
 
Y
L
 
L
L
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
F
M
 
M
A
 
A
I
 
A
P
 
P
G
 
G
G
 
G
I
 
L
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
K
M
 
L
L
 
M
S
 
M
P
 
P
A
 
E
T
 
T
E
 
E
A
 
K
S
 
P
Q
 
Q
V
 
-
T
 
-
F
 
-
D
 
-
N
 
-
L
 
-
S
 
-
F
 
-
S
 
-
E
 
-
T
 
D
P
 
K
P
 
P
K
 
A
S
 
N
V
 
V
I
 
I
E
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
S
T
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
Q
I
x
L
A
 
A
A
 
L
G
 
N
V
 
V
A
 
G
T
 
A
V
 
M
V
 
L
M
 
I
A
 
A
F
 
F
V
 
I
A
 
G
I
 
L
I
 
I
A
 
A
L
 
L
L
 
I
N
 
N
G
 
G
I
 
M
I
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
W
 
W
F
 
F
G
 
G
F
 
M
G
 
P
H
 
E
A
 
L
T
 
K
L
 
L
E
 
E
G
 
M
I
 
L
F
 
L
G
 
G
F
 
W
L
 
L
L
 
F
A
 
A
P
 
P
L
 
L
A
 
A
W
 
F
I
 
L
M
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
P
W
 
W
S
 
N
D
 
E
A
 
A
T
 
T
L
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
E
L
 
F
I
 
I
G
 
G
Q
 
L
K
 
K
L
 
T
A
 
V
I
 
A
N
|
N
E
|
E
F
|
F
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
L
 
S
N
 
Q
F
 
F
S
 
A
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
Q
 
T
S
 
E
G
 
A
G
 
A
N
 
P
-
 
V
-
 
V
L
 
L
D
 
S
V
 
E
K
 
K
T
 
T
V
 
K
A
 
A
I
 
I
I
 
I
S
 
S
F
 
F
A
 
A
L
 
L
C
 
C
G
 
G
F
|
F
A
 
A
N
 
N
F
 
L
G
 
S
S
 
S
I
 
I
G
 
A
V
 
I
V
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
G
F
 
L
S
 
G
A
 
S
I
 
L
S
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
R
A
 
R
P
 
G
E
 
D
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
L
 
M
G
 
G
L
 
V
R
 
K
A
 
A
L
 
V
A
 
I
A
 
A
A
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
S
N
 
N
L
 
L
M
 
M
S
 
A
A
 
A
T
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
F
 
F
F
 
F
I
 
L

4pd5A Crystal structure of vccnt-7c8c bound to gemcitabine (see paper)
52% identity, 98% coverage: 6:413/416 of query aligns to 4:403/403 of 4pd5A

query
sites
4pd5A
S
 
S
L
 
C
L
 
C
G
 
G
M
 
M
V
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
G
I
 
I
A
 
A
F
 
V
A
 
L
L
 
L
S
 
S
V
 
S
N
 
N
K
 
R
K
 
K
R
 
A
I
 
I
S
 
N
I
 
L
R
 
R
T
 
T
V
 
V
G
 
G
A
 
G
A
 
A
L
 
F
L
 
A
L
 
I
Q
 
Q
I
 
F
V
 
S
I
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
F
M
 
I
L
 
L
Y
 
Y
F
 
V
P
 
P
P
 
W
G
 
G
K
 
Q
W
 
E
L
 
L
V
 
L
E
 
R
Q
 
G
A
 
F
A
 
S
L
 
D
G
 
A
V
 
V
H
 
S
K
 
N
V
 
V
M
 
I
S
 
N
Y
 
Y
S
 
G
D
 
N
A
 
D
G
 
G
S
 
T
A
 
S
F
 
F
I
 
L
F
 
F
G
 
G
S
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
S
P
 
G
K
 
K
M
 
M
D
 
F
V
 
E
L
 
V
F
 
F
D
 
G
G
 
G
A
 
G
G
 
G
F
 
F
I
 
I
F
 
F
A
 
A
F
 
F
R
 
R
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
T
I
 
L
I
 
I
F
 
F
V
 
F
T
 
S
A
 
A
L
 
L
I
 
I
S
 
S
L
 
V
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
V
 
V
M
 
M
G
 
Q
L
 
W
L
 
V
I
 
I
R
 
R
I
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
G
F
 
L
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
G
I
 
T
S
 
S
K
 
R
I
 
A
E
 
E
S
 
S
F
 
M
V
 
S
A
 
A
V
 
A
T
 
A
T
 
N
I
 
I
F
 
F
L
 
V
G
 
G
Q
|
Q
N
 
T
E
 
E
I
 
A
P
 
P
A
 
L
I
 
V
V
 
V
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
V
N
 
P
K
 
K
L
 
M
N
 
T
R
 
Q
N
 
S
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
V
I
 
M
C
 
C
S
 
G
G
 
G
M
 
L
A
 
A
S
 
S
I
 
I
A
 
A
G
 
G
S
 
G
M
 
V
M
 
L
I
 
A
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
G
 
S
M
 
M
G
 
G
V
 
V
P
 
K
I
 
I
D
 
E
Y
 
Y
L
 
L
L
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
F
M
 
M
A
 
A
I
 
A
P
 
P
G
 
G
G
 
G
I
 
L
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
K
M
 
L
L
 
M
S
 
M
P
 
P
A
 
E
T
 
T
E
 
E
A
 
K
S
 
P
Q
 
Q
V
 
-
T
 
-
F
 
-
D
 
-
N
 
-
L
 
-
S
 
-
F
 
-
S
 
-
E
 
-
T
 
D
P
 
K
P
 
P
K
 
A
S
 
N
V
 
V
I
 
I
E
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
S
T
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
Q
I
 
L
A
 
A
A
 
L
G
 
N
V
 
V
A
 
G
T
 
A
V
 
M
V
 
L
M
 
I
A
 
A
F
 
F
V
 
I
A
 
G
I
 
L
I
 
I
A
 
A
L
 
L
L
 
I
N
 
N
G
 
G
I
 
M
I
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
W
 
W
F
 
F
G
 
G
F
 
M
G
 
P
H
 
E
A
 
L
T
 
K
L
 
L
E
 
E
G
 
M
I
 
L
F
 
L
G
 
G
F
 
W
L
 
L
L
 
F
A
 
A
P
 
P
L
 
L
A
 
A
W
 
F
I
 
L
M
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
P
W
 
W
S
 
N
D
 
E
A
 
A
T
 
T
L
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
E
L
 
F
I
 
I
G
 
G
Q
 
L
K
 
K
L
 
T
A
x
V
I
 
A
N
 
N
E
|
E
F
|
F
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
L
 
S
N
 
Q
F
 
F
S
 
A
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
Q
 
T
S
 
E
G
 
A
G
 
A
N
 
P
-
 
V
-
 
V
L
 
L
D
 
S
V
 
E
K
 
K
T
 
T
V
 
K
A
 
A
I
 
I
I
 
I
S
 
S
F
 
F
A
 
A
L
 
L
C
 
C
G
 
G
F
|
F
A
 
A
N
 
N
F
 
L
G
 
S
S
 
S
I
 
I
G
 
A
V
x
I
V
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
G
F
 
L
S
 
G
A
 
S
I
 
L
S
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
R
A
 
R
P
 
G
E
 
D
I
 
I
A
|
A
Q
 
R
L
 
M
G
 
G
L
 
V
R
 
K
A
 
A
L
 
V
A
 
I
A
 
A
A
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
S
N
 
N
L
 
L
M
 
M
S
 
A
A
 
A
T
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
F
 
F
F
 
F
I
 
L

8tz7A Cryo-em structure of bovine concentrative nucleoside transporter 3 in complex with molnupiravir, condition 1, int1-int1-int1 conformation (see paper)
33% identity, 97% coverage: 9:410/416 of query aligns to 123:527/533 of 8tz7A

query
sites
8tz7A
G
 
G
M
 
L
V
 
I
V
 
I
L
 
Y
L
 
T
A
 
S
I
 
L
A
 
T
F
 
F
A
 
L
L
 
F
S
 
S
V
 
K
N
 
H
K
 
P
K
 
T
R
 
K
I
 
V
S
x
Y
I
 
W
R
|
R
T
 
P
V
 
V
G
 
F
A
x
W
A
 
G
L
 
I
L
x
G
L
 
L
Q
 
Q
I
 
F
V
 
L
I
 
L
G
 
G
G
 
L
V
 
L
M
 
I
L
 
L
Y
 
R
F
 
T
P
 
E
P
 
P
G
 
G
-
 
F
-
 
M
-
 
A
-
 
F
K
 
D
W
 
W
L
 
L
V
 
G
E
 
K
Q
 
Q
A
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
V
H
 
Q
K
 
T
V
 
F
M
 
L
S
 
G
Y
 
Y
S
 
S
D
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
A
A
 
S
F
 
F
I
 
V
F
 
F
G
 
G
S
 
E
L
 
-
V
 
-
G
 
-
P
 
-
K
 
-
M
 
-
D
 
-
V
 
-
L
 
-
F
 
-
D
 
K
G
 
Y
A
 
T
G
 
D
F
 
H
I
 
F
F
 
F
A
 
A
F
 
F
R
 
K
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
I
I
 
V
I
 
I
F
 
F
V
 
F
T
 
S
A
 
T
L
 
V
I
 
M
S
 
S
L
 
M
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
V
 
L
M
 
M
G
 
Q
L
 
W
L
 
I
I
 
I
R
 
R
I
 
K
L
 
V
G
 
G
G
 
W
I
 
V
F
 
M
Q
 
L
K
 
V
A
 
T
L
 
M
N
 
G
I
 
T
S
 
S
K
 
P
I
 
V
E
 
E
S
 
S
F
 
V
V
 
V
A
 
A
V
 
S
T
 
G
T
 
N
I
 
I
F
 
F
L
 
I
G
 
G
Q
|
Q
N
 
T
E
 
E
I
 
S
P
 
P
A
 
L
I
 
L
V
 
V
K
 
R
P
 
P
F
 
Y
I
 
L
N
 
P
K
 
Y
L
 
V
N
 
T
R
 
K
N
 
S
E
 
E
L
 
L
F
 
H
T
 
A
A
 
I
I
 
M
C
 
T
S
 
A
G
 
G
M
 
F
A
 
S
S
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
S
 
S
M
 
V
M
 
L
I
 
G
G
 
A
Y
 
Y
A
 
I
G
 
S
M
 
F
G
 
G
V
 
V
P
 
S
I
 
S
D
 
S
Y
 
H
L
 
L
L
 
L
A
 
T
A
 
A
S
 
S
L
 
V
M
 
M
A
 
S
I
 
A
P
 
P
G
 
A
G
 
A
I
 
L
L
 
A
F
 
I
A
 
S
R
 
K
M
 
L
L
 
F
S
 
W
P
 
P
A
 
E
T
 
T
E
 
E
A
 
T
S
 
P
Q
 
K
V
 
I
T
 
N
F
 
L
D
 
K
N
 
N
-
 
A
L
 
M
S
 
K
F
 
M
S
 
E
E
 
S
T
 
G
P
 
D
P
 
S
K
 
R
S
 
N
V
 
L
I
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
T
S
 
Q
G
 
G
A
 
A
M
 
S
T
 
S
G
 
S
L
 
I
K
 
S
I
 
L
A
 
V
A
 
A
G
 
N
V
x
I
A
 
A
T
 
V
V
 
N
V
 
L
M
 
I
A
 
A
F
 
F
V
 
L
A
 
A
I
 
L
I
 
L
A
 
S
L
 
F
L
 
M
N
 
N
G
 
S
I
 
A
I
 
L
G
 
S
G
 
W
I
 
L
G
 
G
G
 
N
W
 
M
F
 
F
G
 
D
F
 
Y
G
 
P
H
 
Q
A
 
L
T
 
S
L
 
F
E
 
E
G
 
V
I
 
I
F
 
C
G
 
S
F
 
Y
L
 
V
L
 
F
A
 
M
P
 
P
L
 
F
A
 
A
W
 
F
I
 
M
M
 
M
G
 
G
V
 
V
D
 
D
W
 
W
S
 
Q
D
 
D
A
 
S
T
 
F
L
 
M
A
 
V
G
 
A
S
 
K
L
 
L
I
 
I
G
 
G
Q
 
Y
K
 
K
L
 
T
A
 
F
I
 
F
N
|
N
E
|
E
F
 
F
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
L
 
Q
N
 
Q
F
 
L
S
 
S
P
 
K
Y
 
L
L
 
I
-
 
S
-
 
L
-
 
R
Q
 
Q
S
 
V
G
 
G
G
 
G
-
 
P
-
 
K
-
 
F
-
 
V
-
 
D
-
 
G
-
 
V
-
 
Q
-
 
Q
N
 
Y
L
 
M
D
 
S
V
 
M
K
 
R
T
 
S
V
 
E
A
 
A
I
 
I
I
 
S
S
 
T
F
 
Y
A
 
A
L
 
L
C
 
C
G
 
G
F
 
F
A
 
A
N
 
N
F
 
F
G
 
G
S
 
S
I
 
L
G
 
G
V
 
I
V
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
G
F
 
L
S
 
T
A
 
S
I
 
M
S
 
A
P
 
P
Q
 
S
R
 
R
A
 
K
P
 
R
E
 
D
I
 
I
A
 
T
Q
 
A
L
 
G
G
 
A
L
 
M
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
I
A
 
A
A
 
G
T
 
T
L
 
I
S
 
A
N
 
C
L
 
F
M
 
L
S
 
T
A
 
A
T
 
C
I
 
I
A
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

8tz6A Cryo-em structure of bovine concentrative nucleoside transporter 3 in complex with psi-6206 (see paper)
33% identity, 97% coverage: 9:410/416 of query aligns to 123:527/533 of 8tz6A

query
sites
8tz6A
G
 
G
M
 
L
V
 
I
V
 
I
L
 
Y
L
 
T
A
 
S
I
 
L
A
 
T
F
 
F
A
 
L
L
 
F
S
 
S
V
 
K
N
 
H
K
 
P
K
 
T
R
 
K
I
 
V
S
x
Y
I
x
W
R
|
R
T
 
P
V
 
V
G
x
F
A
x
W
A
 
G
L
x
I
L
x
G
L
 
L
Q
 
Q
I
x
F
V
 
L
I
 
L
G
 
G
G
 
L
V
 
L
M
 
I
L
 
L
Y
 
R
F
 
T
P
 
E
P
 
P
G
 
G
-
 
F
-
 
M
-
 
A
-
 
F
K
 
D
W
 
W
L
 
L
V
 
G
E
 
K
Q
 
Q
A
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
V
H
 
Q
K
 
T
V
 
F
M
 
L
S
 
G
Y
 
Y
S
 
S
D
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
A
A
 
S
F
 
F
I
 
V
F
 
F
G
 
G
S
 
E
L
 
-
V
 
-
G
 
-
P
 
-
K
 
-
M
 
-
D
 
-
V
 
-
L
 
-
F
 
-
D
 
K
G
 
Y
A
 
T
G
 
D
F
 
H
I
 
F
F
 
F
A
 
A
F
 
F
R
 
K
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
I
I
 
V
I
 
I
F
 
F
V
 
F
T
 
S
A
 
T
L
 
V
I
 
M
S
 
S
L
 
M
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
V
 
L
M
 
M
G
 
Q
L
 
W
L
 
I
I
 
I
R
 
R
I
 
K
L
 
V
G
 
G
G
 
W
I
 
V