SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing CA265_RS00205 FitnessBrowser__Pedo557:CA265_RS00205 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 15 hits to proteins with known functional sites (download)

5vo3A Crystal structure of dape in complex with the products (succinic acid and diaminopimelic acid) (see paper)
22% identity, 95% coverage: 16:364/366 of query aligns to 3:378/380 of 5vo3A

query
sites
5vo3A
N
 
N
H
 
A
L
 
M
Y
 
K
Q
 
E
E
 
K
S
 
V
L
 
V
E
 
S
L
 
L
L
 
A
S
 
Q
S
 
D
L
 
L
I
 
I
S
 
R
I
 
R
P
 
P
S
 
S
I
 
I
S
 
S
-
 
P
-
 
N
-
 
D
-
 
E
G
 
G
D
 
C
E
 
Q
M
 
Q
L
 
I
T
 
I
A
 
A
D
 
E
Q
 
R
I
 
L
E
 
E
T
 
K
F
 
L
L
 
G
N
 
F
L
 
Q
Q
 
I
G
 
E
I
 
W
N
 
M
T
 
P
F
 
F
R
 
N
K
 
D
H
 
T
N
 
L
N
 
N
I
 
L
W
 
W
C
 
A
Y
 
K
N
 
H
K
 
-
Y
 
-
M
 
-
D
 
G
A
 
T
S
 
S
K
 
E
P
 
P
T
 
V
I
 
I
L
 
A
L
 
F
N
 
A
S
 
G
H
|
H
H
 
T
D
 
D
T
 
V
V
 
V
R
 
P
P
 
T
N
 
G
E
 
D
-
 
E
-
 
N
Q
 
Q
Y
 
W
T
 
S
R
 
S
D
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
S
P
 
A
I
 
E
I
 
I
E
 
I
E
 
D
E
 
G
K
 
M
I
 
L
Y
 
Y
G
 
G
L
 
R
G
 
G
S
 
A
N
 
A
D
|
D
A
 
M
G
 
K
G
 
G
P
 
S
L
 
L
V
 
A
A
 
A
L
 
M
-
 
I
T
 
V
A
 
A
T
 
A
F
 
E
L
 
E
Y
 
Y
F
 
V
F
 
K
E
 
A
R
 
N
K
 
P
D
 
N
L
 
H
S
 
K
F
 
G
N
 
T
L
 
I
C
 
A
L
 
L
A
 
L
A
 
I
T
 
T
A
 
S
E
 
D
E
|
E
E
|
E
T
x
A
S
 
T
G
 
A
E
 
K
L
 
D
G
 
G
-
 
T
-
 
I
-
 
H
-
 
V
I
 
V
R
 
E
S
 
T
I
 
L
L
 
M
P
 
A
D
 
R
L
 
D
K
 
E
E
 
K
I
 
I
S
 
T
F
 
Y
A
 
C
I
 
M
V
 
V
G
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
S
-
 
S
-
 
A
-
 
K
-
 
N
-
 
L
G
 
G
M
 
D
H
 
V
M
 
V
A
 
K
I
 
N
A
 
G
E
x
R
K
 
R
G
 
G
S
|
S
M
 
I
V
 
T
I
 
G
D
 
N
C
 
L
V
 
Y
S
 
I
K
 
Q
G
 
G
R
 
I
S
 
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
V
A
 
A
R
 
Y
E
 
P
E
 
H
-
 
L
G
 
A
D
 
E
N
 
N
A
 
P
I
 
I
Y
 
H
H
 
K
A
 
A
L
 
A
K
 
L
D
 
F
I
 
L
D
 
Q
W
 
E
F
 
L
K
 
T
S
 
T
Y
 
Y
L
 
Q
F
 
W
P
 
D
I
 
K
M
 
G
D
 
N
D
 
E
Q
 
F
P
 
F
Q
 
P
P
 
P
V
 
T
K
 
S
M
 
L
T
 
Q
V
 
I
T
 
A
E
 
N
I
 
I
R
 
H
A
 
A
G
 
G
I
 
T
-
 
G
Q
 
S
H
 
N
N
 
N
I
 
V
V
 
I
P
 
P
A
 
A
E
 
E
C
 
L
S
 
Y
F
 
I
T
 
Q
V
 
F
D
 
N
I
 
L
R
|
R
F
 
Y
D
 
C
H
 
T
N
 
E
Y
 
V
N
 
T
E
 
D
R
 
E
E
 
I
I
 
I
V
 
K
N
 
Q
T
 
K
I
 
V
I
 
A
N
 
E
H
 
M
T
 
L
S
 
E
C
 
K
H
 
H
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
Y
-
 
R
-
 
I
-
 
E
-
 
W
-
 
N
F
 
L
T
x
S
V
 
G
R
 
K
P
 
P
N
 
F
V
 
L
L
 
T
K
 
K
P
 
P
S
 
G
-
 
K
F
 
L
I
 
L
D
 
D
M
 
S
L
 
I
H
 
T
P
 
S
V
 
A
V
 
I
V
 
E
S
 
E
G
 
T
L
 
I
S
 
G
L
 
I
G
 
T
R
 
P
K
 
K
T
 
A
Y
 
E
L
 
T
S
 
G
P
 
G
T
x
G
S
x
T
S
 
S
D
 
D
Q
 
G
G
 
R
W
 
F
L
 
I
D
 
A
M
 
L
P
 
M
S
 
G
-
 
A
-
 
E
-
 
V
V
 
V
K
 
E
M
 
F
G
 
G
P
 
P
G
 
L
N
 
N
S
 
S
A
 
T
R
 
-
S
 
I
H
|
H
T
 
K
A
 
V
D
 
N
E
 
E
F
 
C
I
 
V
G
 
S
I
 
V
E
 
E
E
 
D
I
 
L
E
 
G
E
 
K
G
 
C
I
 
G
D
 
E
I
 
I
Y
 
Y
I
 
H
S
 
K
L
 
M
L
 
L
E
 
V
G
 
N
L
 
L

P44514 Succinyl-diaminopimelate desuccinylase; SDAP desuccinylase; N-succinyl-LL-2,6-diaminoheptanedioate amidohydrolase; EC 3.5.1.18 from Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (see 3 papers)
22% identity, 95% coverage: 18:364/366 of query aligns to 1:374/377 of P44514

query
sites
P44514
L
 
M
Y
 
K
Q
 
E
E
 
K
S
 
V
L
 
V
E
 
S
L
 
L
L
 
A
S
 
Q
S
 
D
L
 
L
I
 
I
S
 
R
I
 
R
P
 
P
S
 
S
I
 
I
S
 
S
-
 
P
-
 
N
-
 
D
-
 
E
G
 
G
D
 
C
E
 
Q
M
 
Q
L
 
I
T
 
I
A
 
A
D
 
E
Q
 
R
I
 
L
E
 
E
T
 
K
F
 
L
L
 
G
N
 
F
L
 
Q
Q
 
I
G
 
E
I
 
W
N
 
M
T
 
P
F
 
F
R
 
N
K
 
D
H
 
T
N
 
L
N
 
N
I
 
L
W
 
W
C
 
A
Y
 
K
N
 
H
K
 
-
Y
 
-
M
 
-
D
 
G
A
 
T
S
 
S
K
 
E
P
 
P
T
 
V
I
 
I
L
 
A
L
 
F
N
 
A
S
 
G
H
|
H
H
 
T
D
 
D
T
 
V
V
 
V
R
 
P
P
 
T
N
 
G
E
 
D
-
 
E
-
 
N
Q
 
Q
Y
 
W
T
 
S
R
 
S
D
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
S
P
 
A
I
 
E
I
 
I
E
 
I
E
 
D
E
 
G
K
 
M
I
 
L
Y
 
Y
G
 
G
L
 
R
G
 
G
S
 
A
N
 
A
D
|
D
A
 
M
G
 
K
G
 
G
P
 
S
L
 
L
V
 
A
A
 
A
L
 
M
-
 
I
T
 
V
A
 
A
T
 
A
F
 
E
L
 
E
Y
 
Y
F
 
V
F
 
K
E
 
A
R
 
N
K
 
P
D
 
N
L
 
H
S
 
K
F
 
G
N
 
T
L
 
I
C
 
A
L
 
L
A
 
L
A
 
I
T
 
T
A
 
S
E
 
D
E
|
E
E
|
E
T
 
A
S
 
T
G
 
A
E
 
K
L
 
D
G
 
G
-
 
T
-
 
I
-
 
H
-
 
V
I
 
V
R
 
E
S
 
T
I
 
L
L
 
M
P
 
A
D
 
R
L
 
D
K
 
E
E
 
K
I
 
I
S
 
T
F
 
Y
A
 
C
I
 
M
V
 
V
G
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
S
-
 
S
-
 
A
-
 
K
-
 
N
-
 
L
G
 
G
M
 
D
H
 
V
M
 
V
A
 
K
I
 
N
A
 
G
E
 
R
K
 
R
G
 
G
S
 
S
M
 
I
V
 
T
I
 
G
D
 
N
C
 
L
V
 
Y
S
 
I
K
 
Q
G
 
G
R
 
I
S
 
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
V
A
 
A
R
 
Y
E
 
P
E
 
H
-
 
L
G
 
A
D
 
E
N
 
N
A
 
P
I
 
I
Y
 
H
H
 
K
A
 
A
L
 
A
K
 
L
D
 
F
I
 
L
D
 
Q
W
 
E
F
 
L
K
 
T
S
 
T
Y
 
Y
L
 
Q
F
 
W
P
 
D
I
 
K
M
 
G
D
 
N
D
 
E
Q
 
F
P
 
F
Q
 
P
P
 
P
V
 
T
K
 
S
M
 
L
T
 
Q
V
 
I
T
 
A
E
 
N
I
 
I
R
 
H
A
 
A
G
 
G
I
 
T
-
 
G
Q
 
S
H
 
N
N
 
N
I
 
V
V
 
I
P
 
P
A
 
A
E
 
E
C
 
L
S
 
Y
F
 
I
T
 
Q
V
 
F
D
 
N
I
 
L
R
 
R
F
 
Y
D
 
C
H
 
T
N
 
E
Y
 
V
N
 
T
E
 
D
R
 
E
E
 
I
I
 
I
V
 
K
N
 
Q
T
 
K
I
 
V
I
 
A
N
 
E
H
 
M
T
 
L
S
 
E
C
 
K
H
 
H
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
Y
-
 
R
-
 
I
-
 
E
-
 
W
-
 
N
F
 
L
T
 
S
V
 
G
R
 
K
P
 
P
N
 
F
V
 
L
L
 
T
K
 
K
P
 
P
S
 
G
-
 
K
F
 
L
I
 
L
D
 
D
M
 
S
L
 
I
H
 
T
P
 
S
V
 
A
V
 
I
V
 
E
S
 
E
G
 
T
L
 
I
S
 
G
L
 
I
G
 
T
R
 
P
K
 
K
T
 
A
Y
 
E
L
 
T
S
 
G
P
 
G
T
 
G
S
 
T
S
 
S
D
 
D
Q
 
G
G
 
R
W
 
F
L
 
I
D
 
A
M
 
L
P
 
M
S
 
G
-
 
A
-
 
E
-
 
V
V
 
V
K
 
E
M
 
F
G
 
G
P
 
P
G
 
L
N
 
N
S
 
S
A
 
T
R
 
-
S
 
I
H
|
H
T
 
K
A
 
V
D
 
N
E
 
E
F
 
C
I
 
V
G
 
S
I
 
V
E
 
E
E
 
D
I
 
L
E
 
G
E
 
K
G
 
C
I
 
G
D
 
E
I
 
I
Y
 
Y
I
 
H
S
 
K
L
 
M
L
 
L
E
 
V
G
 
N
L
 
L

7rsfA Acetylornithine deacetylase from escherichia coli
27% identity, 88% coverage: 23:345/366 of query aligns to 6:358/380 of 7rsfA

query
sites
7rsfA
L
 
I
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
S
 
R
S
 
A
L
 
L
I
 
I
S
 
A
I
 
T
P
 
P
S
 
S
I
 
I
S
 
S
G
 
A
D
 
T
E
 
E
-
 
E
-
 
A
-
 
L
-
 
D
-
 
Q
-
 
S
-
 
N
-
 
A
-
 
D
-
 
L
-
 
I
M
 
T
L
 
L
T
 
L
A
 
A
D
 
D
Q
 
W
I
 
F
E
 
K
T
 
D
F
 
L
-
 
G
-
 
F
-
 
N
L
 
V
N
 
E
L
 
V
Q
 
Q
G
 
P
I
 
V
N
 
P
T
 
G
F
 
T
R
 
R
K
 
N
H
 
K
N
 
F
N
 
N
I
 
M
W
 
L
C
 
A
Y
 
S
N
 
T
K
 
G
Y
 
Q
M
 
G
D
 
A
A
 
G
S
 
G
K
 
-
P
 
-
T
 
-
I
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
A
S
 
G
H
|
H
H
 
T
D
 
D
T
 
T
V
 
V
R
 
P
P
 
F
N
 
D
E
 
D
-
 
G
Q
 
R
Y
 
W
T
 
T
R
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
F
S
 
T
P
 
L
I
 
T
I
 
E
E
 
H
E
 
D
E
 
G
K
 
K
I
 
L
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
T
N
 
A
D
|
D
A
 
M
G
 
K
G
 
G
P
 
-
L
 
F
V
 
F
A
 
A
L
 
F
T
 
I
A
 
L
T
 
D
F
 
A
L
 
L
Y
 
R
F
 
D
F
 
V
E
 
D
R
 
V
K
 
T
D
 
K
L
 
L
S
 
K
F
 
K
N
 
P
L
 
L
C
 
Y
L
 
I
A
 
L
A
 
A
T
 
T
A
 
A
E
 
D
E
 
E
E
 
E
T
 
T
S
 
S
G
 
-
E
 
M
L
 
A
G
 
G
I
 
A
R
 
R
-
 
Y
-
 
F
-
 
A
-
 
E
-
 
T
-
 
T
S
 
A
I
 
L
L
 
R
P
 
P
D
 
D
L
 
C
K
 
-
E
 
-
I
 
-
S
 
-
F
 
-
A
 
A
I
 
I
V
 
I
G
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
T
G
 
S
M
 
L
H
 
Q
M
 
P
A
 
V
I
 
R
A
 
A
E
 
H
K
 
K
G
 
G
S
 
H
M
 
I
V
 
S
I
 
N
D
 
A
C
 
I
V
 
R
S
 
I
K
 
Q
G
 
G
R
 
Q
S
 
S
G
 
G
H
 
H
A
 
S
-
 
S
-
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
R
-
 
G
-
 
V
-
 
N
A
 
A
R
 
I
E
 
E
E
 
L
G
 
M
D
 
H
N
 
D
A
 
A
I
 
I
Y
 
G
H
 
H
A
 
I
L
 
L
K
 
Q
D
 
L
I
 
R
D
 
D
W
 
N
F
 
L
K
 
K
S
 
E
Y
 
R
L
 
Y
F
 
H
P
 
Y
I
 
E
M
 
A
D
 
F
D
 
T
Q
 
V
P
 
P
Q
 
Y
P
 
P
V
 
T
K
 
-
M
 
L
T
 
N
V
 
L
T
 
G
E
 
H
I
 
I
R
 
H
A
 
G
G
 
G
I
 
D
Q
 
A
H
 
S
N
 
N
I
 
R
V
 
I
P
 
C
A
 
A
E
 
W
C
 
C
S
 
E
F
 
L
T
 
H
V
 
M
D
 
D
I
 
I
R
 
R
F
 
P
D
 
L
H
 
P
N
 
G
Y
 
M
N
 
T
E
 
L
R
 
N
E
 
E
I
 
L
V
 
-
N
 
N
T
 
G
I
 
L
I
 
L
N
 
N
H
 
D
T
 
A
S
 
L
C
 
A
H
 
P
F
 
V
T
 
S
V
 
E
R
 
R
-
 
W
P
 
P
N
 
G
V
 
R
L
 
L
K
 
T
P
 
-
S
 
-
F
 
-
I
 
V
D
 
D
M
 
E
L
 
L
H
 
H
P
 
P
-
 
P
-
 
I
-
 
P
-
 
G
-
 
Y
-
 
E
-
 
C
-
 
P
-
 
P
-
 
N
-
 
H
-
 
Q
-
 
L
V
 
V
V
 
E
V
 
V
S
 
V
G
 
E
L
 
K
S
 
L
L
 
L
G
 
G
R
 
A
K
 
K
T
 
T
Y
 
E
L
 
V
S
 
V
P
 
N
T
 
Y
S
 
C
S
 
T
D
 
E
Q
 
A
G
 
P
W
 
F
L
 
I
D
 
Q
-
 
T
-
 
L
M
 
C
P
 
P
S
 
T
V
 
L
K
 
V
M
 
L
G
 
G
P
 
P
G
 
G
N
 
S
S
 
I
A
 
N
R
 
Q
S
 
A
H
 
H
T
 
Q
A
 
P
D
 
D
E
 
E
F
 
Y
I
 
L

7lgpB Dape enzyme from shigella flexneri
24% identity, 65% coverage: 23:261/366 of query aligns to 8:260/377 of 7lgpB

query
sites
7lgpB
L
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
T
S
 
Q
S
 
Q
L
 
L
I
 
I
S
 
R
I
 
R
P
 
P
S
 
S
I
 
L
S
 
S
G
 
P
D
 
D
E
 
D
M
 
-
L
 
-
T
 
A
A
 
G
D
 
C
Q
 
Q
I
 
A
E
 
L
T
 
L
F
 
I
L
 
E
N
 
R
L
 
L
Q
 
Q
G
 
A
I
 
I
N
 
G
-
 
F
-
 
T
-
 
V
-
 
E
-
 
R
-
 
M
T
 
D
F
 
F
R
 
A
K
 
D
H
 
T
N
 
Q
N
 
N
I
 
F
W
 
W
C
 
A
Y
 
W
N
 
R
K
 
-
Y
 
-
M
 
-
D
 
-
A
 
G
S
 
Q
K
 
G
P
 
E
T
 
T
I
 
L
L
 
A
L
 
F
N
 
A
S
 
G
H
|
H
H
 
T
D
 
D
T
 
V
V
 
V
R
 
P
P
 
P
N
 
G
E
 
D
-
 
A
-
 
D
Q
 
R
Y
 
W
T
 
I
R
 
N
D
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
E
P
 
P
I
 
T
I
 
I
E
 
R
E
 
D
E
 
G
K
 
M
I
 
L
Y
 
F
G
 
G
L
 
R
G
 
G
S
 
A
N
 
A
D
|
D
A
 
M
G
 
K
G
 
G
P
 
S
L
 
L
V
 
A
A
 
A
L
 
M
-
 
V
T
 
V
A
 
A
T
 
A
F
 
E
L
 
R
Y
 
F
F
 
V
F
 
A
E
 
Q
R
 
H
K
 
P
D
 
N
L
 
H
S
 
T
F
 
G
N
 
R
L
 
L
C
 
A
L
 
F
A
 
L
A
 
I
T
 
T
A
 
S
E
 
D
E
 
E
E
 
E
T
 
A
S
 
S
G
 
A
E
 
H
L
 
N
G
 
G
-
 
T
-
 
V
-
 
K
-
 
V
I
 
V
R
 
E
S
 
A
I
 
L
L
 
M
P
 
A
D
 
R
L
 
N
K
 
E
E
 
R
I
 
L
S
 
D
F
 
Y
A
 
C
I
 
L
V
 
V
G
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
S
G
 
S
M
 
I
H
 
E
M
 
V
A
 
V
-
 
G
-
 
D
-
 
V
-
 
V
-
 
K
I
 
N
A
 
G
E
 
R
K
 
R
G
 
G
S
 
S
M
 
L
V
 
T
I
 
C
D
 
N
C
 
L
V
 
T
S
 
I
K
 
H
G
 
G
R
 
V
S
 
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
V
A
 
A
R
 
Y
E
 
P
E
 
H
-
 
L
G
 
A
D
 
D
N
 
N
A
 
P
I
 
V
Y
 
H
H
 
R
A
 
A
-
 
A
-
 
P
-
 
F
-
 
L
-
 
N
-
 
E
L
 
L
K
 
V
D
 
A
I
 
I
D
 
E
W
 
W
F
 
D
K
 
Q
-
 
G
S
 
N
Y
 
E
L
 
F
F
 
F
P
 
P
I
 
-
M
 
-
D
 
-
D
 
-
Q
 
-
P
 
-
Q
 
-
P
 
A
V
 
T
K
 
S
M
 
M
T
 
Q
V
 
I
T
 
A
E
 
N
I
 
I
R
 
Q
A
 
A
G
 
G
I
 
T
-
 
G
Q
 
S
H
 
N
N
 
N
I
 
V
V
 
I
P
 
P
A
 
G
E
 
E
C
 
L
S
 
F
F
 
V
T
 
Q
V
 
F
D
 
N
I
 
F
R
 
R
F
 
F

5xoyA Crystal structure of lysk from thermus thermophilus in complex with lysine (see paper)
24% identity, 94% coverage: 21:364/366 of query aligns to 2:337/341 of 5xoyA

query
sites
5xoyA
E
 
D
S
 
P
L
 
V
E
 
E
L
 
F
L
 
L
S
 
K
S
 
G
L
 
A
I
 
L
S
 
E
I
 
I
P
 
P
S
 
S
I
 
P
S
 
S
G
 
G
D
 
K
E
 
E
M
 
R
L
 
L
T
 
V
A
 
A
D
 
E
Q
 
Y
I
 
L
E
 
A
T
 
E
F
 
G
L
 
M
N
 
Q
L
 
K
Q
 
L
G
 
G
I
 
L
N
 
K
T
 
G
F
 
F
R
 
V
K
 
D
H
 
E
N
 
A
N
 
D
I
 
-
W
 
-
C
 
N
Y
 
A
N
 
R
K
 
G
Y
 
Q
M
 
V
D
 
G
A
 
E
S
 
G
K
 
P
P
 
V
T
 
Q
I
 
V
L
 
V
L
 
L
N
 
L
S
 
G
H
 
H
H
 
I
D
 
D
T
 
T
V
 
V
R
 
-
P
 
P
N
 
G
E
 
Q
Q
 
I
Y
 
P
T
 
V
R
 
R
D
 
-
P
 
-
F
 
-
S
 
-
P
 
-
I
 
-
I
 
L
E
 
E
E
 
G
E
 
G
K
 
R
I
 
L
Y
 
F
G
 
G
L
 
R
G
 
G
S
 
A
N
 
V
D
 
D
A
 
A
G
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
F
V
 
V
A
 
A
L
 
M
T
 
I
A
 
F
T
 
A
F
 
A
L
 
A
Y
 
G
F
 
L
F
 
S
E
 
E
R
 
E
K
 
A
D
 
R
L
 
K
S
 
R
F
 
L
N
 
T
L
 
V
C
 
H
L
 
L
A
 
V
A
 
G
T
 
A
A
 
T
E
 
E
E
|
E
E
 
E
T
 
A
S
 
P
G
 
S
E
x
S
L
 
K
G
 
G
I
 
A
R
 
R
S
 
F
I
 
V
L
 
A
P
 
P
D
 
R
L
 
L
K
 
K
E
 
P
I
 
-
S
 
H
F
 
Y
A
 
A
I
 
V
V
 
I
G
 
G
E
 
E
P
 
P
T
 
S
G
 
G
M
 
W
H
 
E
-
 
G
M
 
I
A
 
T
I
 
L
A
 
G
E
 
Y
K
 
K
G
 
G
S
 
R
M
 
L
V
 
L
I
 
V
D
 
K
C
 
-
V
 
-
S
 
-
K
 
-
G
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
-
H
 
-
A
 
-
A
 
A
R
 
R
E
 
R
E
 
E
G
 
K
D
 
D
N
 
H
A
 
E
I
 
P
Y
 
N
H
 
A
A
 
A
L
 
E
K
 
E
D
 
L
I
 
I
D
 
S
W
 
Y
F
 
F
-
 
V
-
 
A
-
 
I
K
 
K
S
 
A
Y
 
W
L
 
A
F
 
-
P
 
E
I
 
A
M
 
M
D
 
N
D
 
V
Q
 
G
P
 
Q
Q
 
R
P
 
P
V
 
F
K
 
D
M
 
Q
T
 
V
V
 
Q
T
 
Y
E
 
T
I
 
L
R
 
R
A
 
D
G
 
F
I
 
R
Q
 
V
H
 
H
N
 
P
I
 
R
V
 
Q
P
 
V
A
 
A
E
 
E
C
 
M
S
 
F
F
 
F
T
 
-
V
 
-
D
 
D
I
 
L
R
|
R
F
 
L
D
 
P
H
 
P
N
 
R
Y
 
L
N
 
P
E
 
P
R
 
E
E
 
E
I
 
A
V
 
I
N
 
R
T
 
H
I
 
L
I
 
T
N
 
A
H
 
Y
T
 
A
-
 
P
-
 
P
-
 
T
-
 
I
S
 
E
C
 
L
H
 
E
F
 
F
T
 
F
V
 
G
R
 
R
P
 
E
N
 
V
V
 
P
L
 
Y
K
 
Q
-
 
G
-
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
T
P
 
P
S
 
L
F
 
T
I
 
R
D
 
A
M
 
F
L
 
R
H
 
Q
P
 
A
V
 
I
V
 
R
V
 
K
S
 
A
G
 
G
L
 
-
S
 
-
L
 
-
G
 
G
R
 
R
K
 
P
T
 
V
Y
 
F
-
 
K
L
 
L
S
 
K
P
 
T
T
 
G
S
x
T
S
 
S
D
 
D
Q
 
M
G
 
N
W
 
V
L
 
L
-
 
A
-
 
P
-
 
H
-
 
W
D
 
P
M
 
V
P
 
P
S
 
M
V
 
V
K
 
A
M
 
Y
G
 
G
P
 
P
G
 
G
N
 
D
S
 
S
A
 
T
R
 
L
S
 
D
H
 
H
T
 
T
A
 
P
D
 
Y
E
 
E
F
 
H
I
 
V
G
 
E
I
 
V
E
 
A
E
 
E
I
 
F
E
 
L
E
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
E
I
 
V
Y
 
L
I
 
R
S
 
G
L
 
A
L
 
L
E
 
E
G
 
A
L
 
L

4o23A Crystal structure of mono-zinc form of succinyl diaminopimelate desuccinylase from neisseria meningitidis mc58 (see paper)
22% identity, 94% coverage: 21:364/366 of query aligns to 4:374/376 of 4o23A

query
sites
4o23A
E
 
Q
S
 
S
L
 
L
E
 
E
L
 
L
L
 
A
S
 
K
S
 
E
L
 
L
I
 
I
S
 
S
I
 
R
P
 
P
S
 
S
I
 
V
S
 
T
G
 
P
D
 
D
E
 
D
M
 
R
L
 
D
T
 
C
A
 
Q
D
 
K
Q
 
L
I
 
L
E
 
A
T
 
E
F
 
R
L
 
L
N
 
H
L
 
K
Q
 
I
G
 
G
I
 
F
N
 
A
T
 
A
-
 
E
-
 
E
-
 
L
-
 
H
F
 
F
R
 
G
K
 
D
H
 
T
N
 
K
N
 
N
I
 
I
W
 
W
C
 
L
Y
 
R
N
 
R
K
 
-
Y
 
-
M
 
-
D
 
G
A
 
T
S
 
K
K
 
A
P
 
P
T
 
V
I
 
V
L
 
C
L
 
F
N
 
A
S
 
G
H
|
H
H
 
T
D
 
D
T
 
V
V
 
V
-
 
P
-
 
T
R
 
G
P
 
P
N
 
V
E
 
E
Q
 
K
Y
 
W
T
 
D
R
 
S
D
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
E
P
 
P
I
 
A
I
 
E
E
 
R
E
 
D
E
 
G
K
 
R
I
 
L
Y
 
Y
G
 
G
L
 
R
G
 
G
S
 
A
N
 
A
D
|
D
A
 
M
G
 
K
G
 
T
P
 
S
L
 
I
V
 
A
A
 
C
-
 
F
L
 
V
T
 
T
A
 
A
T
 
C
F
 
E
L
 
R
Y
 
F
F
 
V
F
 
A
E
 
K
R
 
H
K
 
P
D
 
N
L
 
H
S
 
Q
F
 
G
N
 
S
L
 
I
C
 
A
L
 
L
A
 
L
A
 
I
T
 
T
A
 
S
E
 
D
E
 
E
E
 
E
T
 
G
S
 
D
G
 
A
E
 
L
L
 
D
G
 
G
I
 
T
R
 
T
S
 
K
I
 
V
L
 
V
P
 
D
D
 
V
L
 
L
K
 
K
E
 
A
-
 
R
-
 
D
-
 
E
-
 
L
I
 
I
S
 
D
F
 
Y
A
 
C
I
 
I
V
 
V
G
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
T
-
 
A
-
 
V
-
 
D
-
 
K
-
 
L
G
 
G
M
 
D
H
 
M
M
 
I
A
 
K
I
 
N
A
 
G
E
 
R
K
 
R
G
 
G
S
 
S
M
 
L
V
 
S
I
 
G
D
 
N
C
 
L
V
 
T
S
 
V
K
 
K
G
 
G
R
 
K
S
 
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
I
A
 
A
R
 
Y
E
 
P
E
 
-
G
 
-
D
 
-
N
 
-
A
 
-
I
 
-
Y
 
H
H
 
L
A
 
A
L
 
I
K
 
N
D
 
P
I
 
V
D
 
H
W
 
T
F
 
F
K
 
A
S
 
P
Y
 
A
L
 
L
F
 
L
-
 
E
-
 
L
-
 
T
-
 
Q
P
 
E
I
 
V
M
 
W
D
 
D
D
 
E
Q
 
G
P
 
N
Q
 
E
-
 
Y
-
 
F
-
 
P
P
 
P
V
 
T
K
 
S
M
 
F
T
 
Q
V
 
I
T
 
S
E
 
N
I
 
I
R
 
N
A
 
G
G
 
G
I
 
T
-
 
G
Q
 
A
H
 
T
N
 
N
I
 
V
V
 
I
P
 
P
A
 
G
E
 
E
C
 
L
S
 
N
F
 
V
T
 
K
V
 
F
D
 
N
I
 
F
R
 
R
F
 
F
D
 
S
H
 
T
N
 
E
Y
 
S
N
 
T
E
 
E
-
 
A
-
 
G
-
 
L
R
 
K
E
 
Q
I
 
R
V
 
V
N
 
H
T
 
A
I
 
I
I
 
L
N
 
D
H
 
K
T
 
H
S
 
G
C
 
V
H
 
Q
F
 
Y
T
 
D
V
 
L
R
 
Q
P
 
W
N
 
S
V
 
C
L
 
S
K
 
G
P
 
Q
S
 
P
F
 
F
I
 
L
-
 
T
-
 
Q
-
 
A
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
T
D
 
D
M
 
V
L
 
A
H
 
R
P
 
A
V
 
A
V
 
I
V
 
A
S
 
E
G
 
T
L
 
C
S
 
G
L
 
I
G
 
E
R
 
A
K
 
E
T
 
L
Y
 
S
L
 
T
S
 
T
P
 
G
T
 
G
S
 
T
S
 
S
D
 
D
Q
 
G
G
 
R
W
 
F
L
 
I
D
 
K
M
 
A
P
 
I
S
 
A
-
 
Q
-
 
E
-
 
L
V
 
I
K
 
E
M
 
L
G
 
G
P
 
P
G
 
S
N
 
N
S
 
-
A
 
A
R
 
T
S
 
I
H
 
H
T
 
Q
A
 
I
D
 
N
E
 
E
F
 
N
I
 
V
G
 
R
I
 
L
E
 
N
E
 
D
I
 
I
E
 
P
E
 
K
G
 
L
I
 
S
D
 
A
I
 
V
Y
 
Y
I
 
E
S
 
G
L
 
I
L
 
L
E
 
A
G
 
R
L
 
L

4pqaA Crystal structure of succinyl-diaminopimelate desuccinylase from neisseria meningitidis mc58 in complex with the inhibitor captopril (see paper)
22% identity, 94% coverage: 21:364/366 of query aligns to 4:374/375 of 4pqaA

query
sites
4pqaA
E
 
Q
S
 
S
L
 
L
E
 
E
L
 
L
L
 
A
S
 
K
S
 
E
L
 
L
I
 
I
S
 
S
I
 
R
P
 
P
S
 
S
I
 
V
S
 
T
G
 
P
D
 
D
E
 
D
M
 
R
L
 
D
T
 
C
A
 
Q
D
 
K
Q
 
L
I
 
L
E
 
A
T
 
E
F
 
R
L
 
L
N
 
H
L
 
K
Q
 
I
G
 
G
I
 
F
N
 
A
T
 
A
-
 
E
-
 
E
-
 
L
-
 
H
F
 
F
R
 
G
K
 
D
H
 
T
N
 
K
N
 
N
I
 
I
W
 
W
C
 
L
Y
 
R
N
 
R
K
 
-
Y
 
-
M
 
-
D
 
G
A
 
T
S
 
K
K
 
A
P
 
P
T
 
V
I
 
V
L
 
C
L
 
F
N
 
A
S
 
G
H
|
H
H
 
T
D
 
D
T
 
V
V
 
V
-
 
P
-
 
T
R
 
G
P
 
P
N
 
V
E
 
E
Q
 
K
Y
 
W
T
 
D
R
 
S
D
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
E
P
 
P
I
 
A
I
 
E
E
 
R
E
 
D
E
 
G
K
 
R
I
 
L
Y
 
Y
G
 
G
L
 
R
G
 
G
S
 
A
N
 
A
D
|
D
A
 
M
G
 
K
G
 
T
P
 
S
L
 
I
V
 
A
A
 
C
-
 
F
L
 
V
T
 
T
A
 
A
T
 
C
F
 
E
L
 
R
Y
 
F
F
 
V
F
 
A
E
 
K
R
 
H
K
 
P
D
 
N
L
 
H
S
 
Q
F
 
G
N
 
S
L
 
I
C
 
A
L
 
L
A
 
L
A
 
I
T
 
T
A
 
S
E
 
D
E
|
E
E
|
E
T
 
G
S
 
D
G
 
A
E
 
L
L
 
D
G
 
G
I
 
T
R
 
T
S
 
K
I
 
V
L
 
V
P
 
D
D
 
V
L
 
L
K
 
K
E
 
A
-
 
R
-
 
D
-
 
E
-
 
L
I
 
I
S
 
D
F
 
Y
A
 
C
I
 
I
V
 
V
G
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
T
-
 
A
-
 
V
-
 
D
-
 
K
-
 
L
G
 
G
M
 
D
H
 
M
M
 
I
A
 
K
I
 
N
A
 
G
E
 
R
K
 
R
G
 
G
S
 
S
M
 
L
V
 
S
I
 
G
D
 
N
C
 
L
V
 
T
S
 
V
K
 
K
G
 
G
R
 
K
S
 
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
I
A
 
A
R
 
Y
E
 
P
E
 
-
G
 
-
D
 
-
N
 
-
A
 
-
I
 
-
Y
 
H
H
 
L
A
 
A
L
 
I
K
 
N
D
 
P
I
 
V
D
 
H
W
 
T
F
 
F
K
 
A
S
 
P
Y
 
A
L
 
L
F
 
L
-
 
E
-
 
L
-
 
T
-
 
Q
P
 
E
I
 
V
M
 
W
D
 
D
D
 
E
Q
 
G
P
 
N
Q
 
E
-
 
Y
-
 
F
-
 
P
P
 
P
V
 
T
K
 
S
M
 
F
T
 
Q
V
 
I
T
 
S
E
 
N
I
 
I
R
 
N
A
 
G
G
 
G
I
 
T
-
 
G
Q
 
A
H
 
T
N
 
N
I
 
V
V
 
I
P
 
P
A
 
G
E
 
E
C
 
L
S
 
N
F
 
V
T
 
K
V
 
F
D
 
N
I
 
F
R
 
R
F
 
F
D
 
S
H
 
T
N
 
E
Y
 
S
N
 
T
E
 
E
-
 
A
-
 
G
-
 
L
R
 
K
E
 
Q
I
 
R
V
 
V
N
 
H
T
 
A
I
 
I
I
 
L
N
 
D
H
 
K
T
 
H
S
 
G
C
 
V
H
 
Q
F
 
Y
T
 
D
V
 
L
R
 
Q
P
 
W
N
 
S
V
 
C
L
 
S
K
 
G
P
 
Q
S
 
P
F
 
F
I
 
L
-
 
T
-
 
Q
-
 
A
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
T
D
 
D
M
 
V
L
 
A
H
 
R
P
 
A
V
 
A
V
 
I
V
 
A
S
 
E
G
 
T
L
 
C
S
 
G
L
 
I
G
 
E
R
 
A
K
 
E
T
 
L
Y
 
S
L
 
T
S
 
T
P
 
G
T
x
G
S
 
T
S
 
S
D
 
D
Q
 
G
G
 
R
W
 
F
L
 
I
D
 
K
M
 
A
P
 
I
S
 
A
-
 
Q
-
 
E
-
 
L
V
 
I
K
 
E
M
 
L
G
 
G
P
 
P
G
 
S
N
 
N
S
 
-
A
 
A
R
 
T
S
x
I
H
|
H
T
 
Q
A
 
I
D
 
N
E
 
E
F
 
N
I
 
V
G
 
R
I
 
L
E
 
N
E
 
D
I
 
I
E
 
P
E
 
K
G
 
L
I
 
S
D
 
A
I
 
V
Y
 
Y
I
 
E
S
 
G
L
 
I
L
 
L
E
 
A
G
 
R
L
 
L

7uoiA Crystallographic structure of dape from enterococcus faecium
24% identity, 93% coverage: 20:361/366 of query aligns to 8:378/383 of 7uoiA

query
sites
7uoiA
Q
 
E
E
 
E
S
 
K
L
 
I
E
 
A
L
 
I
L
 
L
S
 
Q
S
 
E
L
 
I
I
 
I
S
 
R
I
 
I
P
 
K
S
 
S
I
 
V
S
 
N
G
 
G
D
 
N
E
 
E
M
 
G
L
 
E
T
 
V
A
 
A
D
 
A
Q
 
Y
I
 
L
E
 
N
T
 
K
F
 
L
L
 
L
N
 
A
L
 
R
Q
 
H
G
 
D
I
 
I
N
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
V
T
 
S
F
 
Y
R
 
R
-
 
D
-
 
G
K
 
R
H
 
D
N
 
N
N
 
L
I
 
I
W
 
A
C
 
R
Y
 
Y
N
 
Q
K
 
K
Y
 
-
M
 
-
D
 
G
A
 
Q
S
 
S
K
 
G
P
 
K
T
 
V
I
 
L
L
 
G
L
 
L
N
 
S
S
 
G
H
|
H
H
 
M
D
 
D
T
 
V
V
 
V
R
 
A
P
 
A
N
 
G
E
 
D
Q
 
E
-
 
S
-
 
S
Y
 
W
T
 
T
R
 
Y
D
 
A
P
 
P
F
 
F
S
 
A
P
 
A
I
 
E
I
 
I
E
 
H
E
 
G
E
 
N
K
 
R
I
 
L
Y
 
Y
G
 
G
L
 
R
G
 
G
S
 
A
N
 
T
D
|
D
A
 
M
G
 
K
G
 
S
P
 
G
L
 
L
V
 
A
A
 
A
L
 
M
T
 
V
A
 
I
T
 
A
F
 
M
L
 
I
Y
 
E
F
 
L
F
 
K
E
 
E
R
 
S
-
 
G
K
 
K
D
 
P
L
 
F
S
 
N
F
 
G
N
 
T
L
 
V
C
 
K
L
 
L
A
 
L
A
 
A
T
 
T
A
 
V
E
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
V
S
 
G
G
 
E
-
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
E
E
 
Q
L
 
L
G
 
T
I
 
K
R
 
A
S
 
G
I
 
Y
L
 
V
P
 
D
D
 
D
L
 
L
K
 
D
E
 
A
I
 
L
S
 
-
F
 
-
A
 
-
I
 
I
V
 
I
G
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
T
G
 
N
M
 
Y
H
 
S
M
 
L
A
 
M
I
 
Y
A
 
T
E
 
H
K
 
M
G
 
G
S
 
S
M
 
I
V
 
N
I
 
Y
D
 
T
C
 
V
V
 
T
S
 
S
K
 
H
G
 
G
R
 
K
S
 
E
G
 
A
H
 
H
A
 
S
A
 
S
R
 
M
-
 
P
E
 
D
E
 
Q
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
A
 
A
I
 
I
Y
 
N
H
 
H
A
 
L
L
 
N
K
 
E
D
 
F
I
 
I
D
 
T
W
 
K
F
 
A
K
 
N
S
 
A
Y
 
E
L
 
M
F
 
N
P
 
H
I
 
L
M
 
A
D
 
E
D
 
T
Q
 
I
P
 
E
Q
 
N
P
 
P
V
 
V
K
 
L
-
 
G
-
 
K
-
 
T
-
 
I
M
 
H
T
 
N
V
 
V
T
 
T
E
 
L
I
 
I
R
 
S
A
 
G
G
 
G
I
 
N
Q
 
Q
H
 
V
N
 
N
I
 
S
V
 
I
P
 
P
A
 
S
E
 
H
C
 
A
S
 
Q
F
 
L
T
 
Q
V
 
G
D
 
N
I
 
I
R
 
R
F
 
S
D
 
I
H
 
P
N
 
E
Y
 
Y
-
 
P
N
 
N
E
 
D
R
 
K
-
 
I
-
 
I
-
 
A
-
 
L
-
 
L
-
 
Q
E
 
S
I
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
E
I
 
L
I
 
N
N
 
Q
H
 
E
T
 
T
S
 
D
C
 
Y
H
 
H
F
 
L
T
 
E
V
 
L
R
 
M
P
 
I
N
 
D
V
 
Y
L
 
N
K
 
K
-
 
I
P
 
P
S
 
V
F
 
K
I
 
A
D
 
D
M
 
P
L
 
D
H
 
S
P
 
P
V
 
L
V
 
I
V
 
H
S
 
S
G
 
I
L
 
Q
S
 
Q
-
 
Q
-
 
F
-
 
S
-
 
Q
-
 
P
-
 
L
-
 
P
-
 
L
L
 
V
G
 
G
R
 
A
K
 
A
T
 
A
Y
 
T
L
 
T
S
 
D
P
 
A
T
 
A
S
 
E
S
 
F
D
 
T
Q
 
K
G
 
A
W
 
N
L
 
H
D
 
S
M
 
F
P
 
D
S
 
F
V
 
V
K
 
V
M
 
F
G
 
G
P
 
P
G
 
G
N
 
V
S
 
V
A
 
T
R
 
L
S
 
P
H
 
H
T
 
Q
A
 
V
D
 
D
E
 
E
F
 
Y
I
 
V
G
 
E
I
 
I
E
 
D
E
 
N
I
 
Y
E
 
L
E
 
D
G
 
M
I
 
I
D
 
E
I
 
K
Y
 
Y
I
 
Q
S
 
G
L
 
I
L
 
I

7t1qA Crystal structure of the succinyl-diaminopimelate desuccinylase (dape) from acinetobacter baumannii in complex with succinic acid
21% identity, 84% coverage: 58:364/366 of query aligns to 45:374/377 of 7t1qA

query
sites
7t1qA
F
 
F
R
 
G
K
 
D
H
 
V
N
 
D
N
 
N
I
 
L
W
 
W
C
 
A
Y
 
R
N
 
R
K
 
-
Y
 
-
M
 
-
D
 
G
A
 
T
S
 
E
K
 
G
P
 
P
T
 
V
I
 
F
L
 
C
L
 
F
N
 
A
S
 
G
H
|
H
H
 
T
D
 
D
T
 
V
V
 
V
R
 
P
P
 
T
N
 
G
-
 
R
-
 
L
E
 
D
Q
 
A
Y
 
W
T
 
N
R
 
S
D
 
D
P
 
P
F
 
F
S
 
A
P
 
P
I
 
E
I
 
I
E
 
R
E
 
D
E
 
G
K
 
K
I
 
L
Y
 
Y
G
 
G
L
 
R
G
 
G
S
 
S
N
 
A
D
|
D
A
 
M
G
 
K
G
 
T
P
 
A
L
 
L
V
 
A
A
 
A
L
 
M
-
 
V
T
 
V
A
 
A
T
 
S
F
 
E
L
 
R
Y
 
F
F
 
V
F
 
A
E
 
K
R
 
H
K
 
P
D
 
N
L
 
H
S
 
K
F
 
G
N
 
S
L
 
I
C
 
A
L
 
F
A
 
L
A
 
I
T
 
T
A
 
S
E
 
D
E
 
E
E
|
E
T
 
G
S
 
P
G
 
A
E
 
V
L
 
N
G
 
G
I
 
T
R
 
V
S
 
K
I
 
V
L
 
I
P
 
E
D
 
T
L
 
L
-
 
E
-
 
K
-
 
R
-
 
N
K
 
E
E
 
K
I
 
I
S
 
T
F
 
W
A
 
C
I
 
L
V
 
V
G
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
S
G
 
S
M
 
T
H
 
H
-
 
K
-
 
L
-
 
G
-
 
D
-
 
I
M
 
V
A
 
K
I
 
N
A
 
G
E
 
R
K
 
R
G
 
G
S
 
S
M
 
L
V
 
N
I
 
A
D
 
V
C
 
L
V
 
K
S
 
V
K
 
Q
G
 
G
R
 
K
S
 
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
V
A
 
A
R
 
Y
E
 
P
E
 
H
-
 
L
G
 
A
D
 
R
N
 
N
A
 
P
I
 
I
Y
 
H
H
 
E
A
 
A
L
 
S
K
 
P
D
 
A
I
 
L
D
 
A
W
 
E
F
 
L
K
 
C
S
 
Q
Y
 
T
L
 
V
F
 
W
P
 
D
I
 
N
M
 
G
D
 
N
D
 
E
Q
 
Y
P
 
F
Q
 
P
P
 
A
V
 
T
K
 
S
M
 
F
T
 
Q
V
 
I
T
 
S
E
 
N
I
 
I
R
 
H
A
 
A
G
 
G
I
 
T
-
 
G
Q
 
A
H
 
T
N
 
N
I
 
V
V
 
I
P
 
P
A
 
G
E
 
A
C
 
L
S
 
E
F
 
V
T
 
T
V
 
F
D
 
N
I
 
F
R
 
R
F
 
Y
D
 
S
H
 
T
N
 
E
Y
 
V
N
 
T
E
 
A
R
 
E
E
 
Q
I
 
L
-
 
K
-
 
Q
-
 
R
V
 
V
N
 
H
T
 
E
I
 
I
I
 
L
N
 
D
H
 
K
T
 
H
S
 
G
C
 
L
H
 
Q
F
 
Y
T
 
E
V
 
I
R
 
V
P
 
W
N
 
N
V
 
L
L
 
S
K
 
G
P
 
L
S
 
P
F
 
F
I
 
L
D
 
T
M
 
P
L
 
V
H
 
G
P
 
E
V
 
L
V
 
V
V
 
N
S
 
A
G
 
A
L
 
Q
S
 
T
L
 
A
-
 
I
-
 
L
-
 
N
-
 
V
-
 
T
G
 
G
R
 
T
K
 
E
T
 
T
Y
 
E
L
 
L
S
 
S
P
 
T
T
 
S
-
 
G
S
 
G
S
 
T
D
 
S
Q
 
D
G
 
G
W
 
R
L
 
F
D
 
I
M
 
A
P
 
P
S
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
Q
-
 
V
V
 
L
K
 
E
M
 
L
G
 
G
P
 
V
G
 
L
N
 
N
S
 
-
A
 
A
R
 
T
S
 
I
H
|
H
T
 
Q
A
 
I
D
 
N
E
 
E
F
 
H
I
 
V
G
 
D
I
 
V
E
 
H
E
 
D
I
 
L
E
 
D
E
 
P
G
 
L
I
 
T
D
 
D
I
 
I
Y
 
Y
I
 
E
S
 
Q
L
 
I
L
 
L
E
 
E
G
 
N
L
 
L

7m6uB Crystal structure of a circular permutation and computationally designed pro-enzyme of carboxypeptidase g2 (see paper)
28% identity, 51% coverage: 78:264/366 of query aligns to 17:202/392 of 7m6uB

query
sites
7m6uB
I
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
M
S
 
S
H
|
H
H
 
M
D
 
D
T
 
T
V
 
V
R
 
Y
P
 
L
N
 
K
E
 
G
Q
 
I
Y
 
L
T
 
A
R
 
K
D
 
A
P
 
P
F
 
F
S
 
R
P
 
-
I
 
-
I
 
V
E
 
E
E
 
G
E
 
D
K
 
K
I
 
A
Y
 
Y
G
 
G
L
 
P
G
 
G
-
 
I
S
 
A
N
x
D
D
 
D
A
 
K
G
 
G
G
 
G
P
 
N
L
 
A
V
 
V
A
 
I
L
 
L
-
 
H
T
 
T
A
 
L
T
 
K
F
 
L
L
 
L
Y
 
K
F
 
E
F
 
Y
E
 
G
R
 
V
K
 
R
D
 
D
L
 
Y
S
 
G
F
 
T
N
 
I
L
 
T
C
 
V
L
 
L
A
 
F
A
 
N
T
 
T
A
 
D
E
 
E
E
|
E
E
 
-
T
 
-
S
 
A
G
 
G
E
 
S
L
 
F
G
 
G
I
 
S
R
 
R
S
 
D
I
 
L
L
 
I
P
 
Q
D
 
E
L
 
E
K
 
A
E
 
K
I
 
L
S
 
A
-
 
D
F
 
Y
A
 
V
I
 
L
V
 
S
G
 
F
E
|
E
P
 
P
T
 
T
G
 
S
M
 
A
-
 
G
-
 
D
-
 
E
H
 
K
M
 
L
A
 
S
I
 
L
A
 
G
E
 
T
K
 
S
G
 
G
S
 
I
M
 
A
V
 
Y
I
 
V
D
 
Q
C
 
V
V
 
N
S
 
I
K
 
T
G
 
G
R
 
K
S
 
A
G
 
S
H
 
H
A
 
A
-
 
G
-
 
A
A
 
A
R
 
P
E
 
E
E
 
L
G
 
G
D
 
V
N
 
N
A
 
A
I
 
L
Y
 
V
H
 
E
A
 
A
-
 
S
-
 
D
-
 
L
-
 
V
L
 
L
K
 
R
D
 
T
I
 
M
D
 
N
W
 
-
F
 
-
K
 
-
S
 
-
Y
 
-
L
 
-
F
 
-
P
 
-
I
 
-
M
 
I
D
 
D
D
 
D
Q
 
K
P
 
A
Q
 
K
P
 
N
V
 
L
K
 
R
M
 
F
T
 
N
V
 
W
T
 
T
E
 
I
I
 
A
R
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
N
Q
 
V
H
 
S
N
 
N
I
 
I
V
 
I
P
 
P
A
 
A
E
 
S
C
 
A
S
 
T
F
 
L
T
 
N
V
 
A
D
 
D
I
 
V
R
 
R
F
 
Y
D
 
A
H
 
R
N
 
N

Sites not aligning to the query:

1cg2A Carboxypeptidase g2 (see paper)
28% identity, 51% coverage: 78:264/366 of query aligns to 82:267/389 of 1cg2A

query
sites
1cg2A
I
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
M
S
 
S
H
|
H
H
 
M
D
 
D
T
 
T
V
 
V
R
 
Y
P
 
L
N
 
K
E
 
G
Q
 
I
Y
 
L
T
 
A
R
 
K
D
 
A
P
 
P
F
 
F
S
 
R
P
 
-
I
 
-
I
 
V
E
 
E
E
 
G
E
 
D
K
 
K
I
 
A
Y
 
Y
G
 
G
L
 
P
G
 
G
-
 
I
S
 
A
N
x
D
D
 
D
A
 
K
G
 
G
G
 
G
P
 
N
L
 
A
V
 
V
A
 
I
L
 
L
-
 
H
T
 
T
A
 
L
T
 
K
F
 
L
L
 
L
Y
 
K
F
 
E
F
 
Y
E
 
G
R
 
V
K
 
R
D
 
D
L
 
Y
S
 
G
F
 
T
N
 
I
L
 
T
C
 
V
L
 
L
A
 
F
A
 
N
T
 
T
A
 
D
E
|
E
E
|
E
E
 
K
T
 
-
S
 
-
G
 
G
E
 
S
L
 
F
G
 
G
I
 
S
R
 
R
S
 
D
I
 
L
L
 
I
P
 
Q
D
 
E
L
 
E
K
 
A
E
 
K
I
 
L
S
 
A
-
 
D
F
 
Y
A
 
V
I
 
L
V
 
S
G
 
F
E
|
E
P
 
P
T
 
T
G
 
S
M
 
A
-
 
G
-
 
D
-
 
E
H
 
K
M
 
L
A
 
S
I
 
L
A
 
G
E
 
T
K
 
S
G
 
G
S
 
I
M
 
A
V
 
Y
I
 
V
D
 
Q
C
 
V
V
 
N
S
 
I
K
 
T
G
 
G
R
 
K
S
 
A
G
 
S
H
 
H
A
 
A
-
 
G
-
 
A
A
 
A
R
 
P
E
 
E
E
 
L
G
 
G
D
 
V
N
 
N
A
 
A
I
 
L
Y
 
V
H
 
E
A
 
A
-
 
S
-
 
D
-
 
L
-
 
V
L
 
L
K
 
R
D
 
T
I
 
M
D
 
N
W
 
-
F
 
-
K
 
-
S
 
-
Y
 
-
L
 
-
F
 
-
P
 
-
I
 
-
M
 
I
D
 
D
D
 
D
Q
 
K
P
 
A
Q
 
K
P
 
N
V
 
L
K
 
R
M
 
F
T
 
N
V
 
W
T
 
T
E
 
I
I
 
A
R
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
N
Q
 
V
H
 
S
N
 
N
I
 
I
V
 
I
P
 
P
A
 
A
E
 
S
C
 
A
S
 
T
F
 
L
T
 
N
V
 
A
D
 
D
I
 
V
R
 
R
F
 
Y
D
 
A
H
 
R
N
 
N

Sites not aligning to the query:

P06621 Carboxypeptidase G2; CPDG2; Folate hydrolase G2; Glutamate carboxypeptidase; Pteroylmonoglutamic acid hydrolase G2; Glucarpidase; EC 3.4.17.11 from Pseudomonas sp. (strain RS-16) (see paper)
28% identity, 51% coverage: 78:264/366 of query aligns to 107:292/415 of P06621

query
sites
P06621
I
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
M
S
 
S
H
|
H
H
 
M
D
 
D
T
 
T
V
 
V
R
 
Y
P
 
L
N
 
K
E
 
G
Q
 
I
Y
 
L
T
 
A
R
 
K
D
 
A
P
 
P
F
 
F
S
 
R
P
 
-
I
 
-
I
 
V
E
 
E
E
 
G
E
 
D
K
 
K
I
 
A
Y
 
Y
G
 
G
L
 
P
G
 
G
-
 
I
S
 
A
N
x
D
D
 
D
A
 
K
G
 
G
G
 
G
P
 
N
L
 
A
V
 
V
A
 
I
L
 
L
-
 
H
T
 
T
A
 
L
T
 
K
F
 
L
L
 
L
Y
 
K
F
 
E
F
 
Y
E
 
G
R
 
V
K
 
R
D
 
D
L
 
Y
S
 
G
F
 
T
N
 
I
L
 
T
C
 
V
L
 
L
A
 
F
A
 
N
T
 
T
A
 
D
E
|
E
E
|
E
E
 
K
T
 
-
S
 
-
G
 
G
E
 
S
L
 
F
G
 
G
I
 
S
R
 
R
S
 
D
I
 
L
L
 
I
P
 
Q
D
 
E
L
 
E
K
 
A
E
 
K
I
 
L
S
 
A
-
 
D
F
 
Y
A
 
V
I
 
L
V
 
S
G
 
F
E
|
E
P
 
P
T
 
T
G
 
S
M
 
A
-
 
G
-
 
D
-
 
E
H
 
K
M
 
L
A
 
S
I
 
L
A
 
G
E
 
T
K
 
S
G
 
G
S
 
I
M
 
A
V
 
Y
I
 
V
D
 
Q
C
 
V
V
 
N
S
 
I
K
 
T
G
 
G
R
 
K
S
 
A
G
 
S
H
 
H
A
 
A
-
 
G
-
 
A
A
 
A
R
 
P
E
 
E
E
 
L
G
 
G
D
 
V
N
 
N
A
 
A
I
 
L
Y
 
V
H
 
E
A
 
A
-
 
S
-
 
D
-
 
L
-
 
V
L
 
L
K
 
R
D
 
T
I
 
M
D
 
N
W
 
-
F
 
-
K
 
-
S
 
-
Y
 
-
L
 
-
F
 
-
P
 
-
I
 
-
M
 
I
D
 
D
D
 
D
Q
 
K
P
 
A
Q
 
K
P
 
N
V
 
L
K
 
R
M
 
F
T
 
N
V
 
W
T
 
T
E
 
I
I
 
A
R
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
N
Q
 
V
H
 
S
N
 
N
I
 
I
V
 
I
P
 
P
A
 
A
E
 
S
C
 
A
S
 
T
F
 
L
T
 
N
V
 
A
D
 
D
I
 
V
R
 
R
F
 
Y
D
 
A
H
 
R
N
 
N

Sites not aligning to the query:

4h2kA Crystal structure of the catalytic domain of succinyl-diaminopimelate desuccinylase from haemophilus influenzae (see paper)
25% identity, 50% coverage: 16:197/366 of query aligns to 1:182/258 of 4h2kA

query
sites
4h2kA
N
 
N
H
 
A
L
 
M
Y
 
K
Q
 
E
E
 
K
S
 
V
L
 
V
E
 
S
L
 
L
L
 
A
S
 
Q
S
 
D
L
 
L
I
 
I
S
 
R
I
 
R
P
 
P
S
 
S
I
 
I
S
 
S
-
 
P
-
 
N
-
 
D
-
 
E
G
 
G
D
 
C
E
 
Q
M
 
Q
L
 
I
T
 
I
A
 
A
D
 
E
Q
 
R
I
 
L
E
 
E
T
 
K
F
 
L
L
 
G
N
 
F
L
 
Q
Q
 
I
G
 
E
I
 
W
N
 
M
T
 
P
F
 
F
R
 
N
K
 
D
H
 
T
N
 
L
N
 
N
I
 
L
W
 
W
C
 
A
Y
 
K
N
 
H
K
 
-
Y
 
-
M
 
-
D
 
G
A
 
T
S
 
S
K
 
E
P
 
P
T
 
V
I
 
I
L
 
A
L
 
F
N
 
A
S
 
G
H
|
H
H
 
T
D
 
D
T
 
V
V
 
V
R
 
P
P
 
T
N
 
G
E
 
D
-
 
E
-
 
N
Q
 
Q
Y
 
W
T
 
S
R
 
S
D
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
S
P
 
A
I
 
E
I
 
I
E
 
I
E
 
D
E
 
G
K
 
M
I
 
L
Y
 
Y
G
 
G
L
 
R
G
 
G
S
 
A
N
 
A
D
|
D
A
 
M
G
 
K
G
 
G
P
 
S
L
 
L
V
 
A
A
 
A
L
 
M
-
 
I
T
 
V
A
 
A
T
 
A
F
 
E
L
 
E
Y
 
Y
F
 
V
F
 
K
E
 
A
R
 
N
K
 
P
D
 
N
L
 
H
S
 
K
F
 
G
N
 
T
L
 
I
C
 
A
L
 
L
A
 
L
A
 
I
T
 
T
A
 
S
E
 
D
E
 
E
E
|
E
T
 
A
S
 
T
G
 
A
E
 
K
L
 
D
G
 
G
-
 
T
-
 
I
-
 
H
-
 
V
I
 
V
R
 
E
S
 
T
I
 
L
L
 
M
P
 
A
D
 
R
L
 
D
K
 
E
E
 
K
I
 
I
S
 
T
F
 
Y
A
 
C
I
 
M
V
 
V
G
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
S
G
 
-
M
 
-
H
 
-
M
 
-
A
 
-
I
 
-
A
 
-
E
 
-
K
 
S
G
 
A
S
 
K
M
 
N
V
 
L
I
 
G
D
 
D
C
 
V
V
 
V
S
 
K
K
 
N
G
 
G
R
 
R
S
 
R
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4mmoA The crystal structure of a m20 family metallo-carboxypeptidase sso-cp2 from sulfolobus solfataricus
31% identity, 35% coverage: 21:148/366 of query aligns to 3:138/437 of 4mmoA

query
sites
4mmoA
E
 
E
S
 
E
L
 
L
E
 
Y
L
 
T
L
 
L
S
 
I
S
 
E
L
 
F
I
 
L
S
 
K
I
 
K
P
 
P
S
 
S
I
 
I
S
 
S
G
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
G
-
 
I
D
 
D
E
 
E
M
 
-
L
 
-
T
 
T
A
 
A
D
 
N
Q
 
Y
I
 
L
-
 
K
E
 
E
T
 
T
F
 
V
L
 
E
N
 
K
L
 
L
Q
 
L
G
 
G
I
 
V
-
 
K
-
 
A
N
 
N
T
 
L
F
 
E
R
 
K
K
 
T
H
 
K
N
 
G
N
 
H
I
 
P
W
 
V
C
 
V
Y
 
Y
N
 
A
K
 
E
Y
 
I
M
 
N
D
 
V
A
 
N
S
 
A
K
 
K
P
 
K
T
 
T
I
 
L
L
 
L
L
 
I
N
 
Y
S
 
N
H
|
H
H
 
Y
D
 
D
T
 
V
-
 
Q
-
 
P
V
 
V
R
 
D
P
 
P
N
 
I
E
 
S
Q
 
E
Y
 
W
T
 
K
R
 
R
D
 
A
P
 
P
F
 
F
S
 
S
P
 
A
I
 
T
I
 
I
E
 
E
E
 
N
E
 
D
K
 
R
I
 
I
Y
 
Y
G
 
A
L
 
R
G
 
G
S
 
A
N
 
S
D
|
D
A
 
N
G
 
K
G
 
G
P
 
T
L
 
L
V
 
M
A
 
A
L
 
R
T
 
L
A
 
F
T
 
A
F
 
I
L
 
K
Y
 
H
F
 
L
F
 
L
E
 
D
R
 
K
K
 
N
D
 
E
L
 
L
S
 
N
F
 
V
N
 
N
L
 
V
C
 
K
L
 
L
A
 
L
A
 
Y
T
 
E
A
 
G
E
 
E
E
 
E
E
 
E

Sites not aligning to the query:

Q8P8J5 N-acetyl-L-citrulline deacetylase; ACDase; Acetylcitrulline deacetylase; EC 3.5.1.- from Xanthomonas campestris pv. campestris (strain ATCC 33913 / DSM 3586 / NCPPB 528 / LMG 568 / P 25) (see paper)
20% identity, 95% coverage: 15:363/366 of query aligns to 1:364/366 of Q8P8J5

query
sites
Q8P8J5
L
 
M
N
 
T
H
 
D
L
 
L
Y
 
L
Q
 
A
E
 
S
S
 
T
L
 
L
E
 
E
L
 
H
L
 
L
S
 
E
S
 
T
L
 
L
I
 
V
S
 
S
I
 
F
P
 
D
S
 
T
I
 
R
S
 
N
G
 
P
D
 
P
E
 
R
M
 
A
L
 
I
T
 
A
A
 
A
D
 
E
Q
 
G
-
 
G
I
 
I
E
 
F
T
 
D
F
 
Y
L
 
L
N
 
R
L
 
A
Q
 
Q
-
 
L
-
 
P
G
 
G
I
 
F
N
 
Q
T
 
V
F
 
E
R
 
V
K
 
I
H
 
D
N
 
H
N
 
G
I
 
D
W
 
G
C
 
A
Y
 
V
N
 
S
K
 
L
Y
 
Y
M
 
A
D
 
V
A
 
R
S
 
G
K
 
T
P
 
P
T
 
K
I
 
Y
L
 
L
L
 
F
N
 
N
S
 
V
H
|
H
H
 
L
D
 
D
T
 
T
V
 
V
R
 
P
P
 
D
N
 
S
E
 
P
Q
 
H
Y
 
W
T
 
S
R
 
A
D
 
D
P
 
P
F
 
H
S
 
V
P
 
M
I
 
R
I
 
R
E
 
T
E
 
E
E
 
D
K
 
R
I
 
V
Y
 
I
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
V
N
 
C
D
|
D
A
 
I
G
 
K
G
 
G
P
 
A
L
 
A
V
 
A
A
 
A
L
 
L
T
 
V
A
 
A
T
 
A
F
 
A
L
 
N
Y
 
A
F
 
G
F
 
D
E
 
G
R
 
D
K
 
A
D
 
A
L
 
F
S
 
L
F
 
F
N
 
-
L
 
-
C
 
-
L
 
-
A
 
-
A
 
-
T
 
S
A
 
S
E
 
D
E
 
E
E
 
E
T
 
A
S
 
N
G
 
D
E
 
P
L
 
R
G
 
C
I
 
I
R
 
A
S
 
A
I
 
F
L
 
L
P
 
A
D
 
R
L
 
G
K
 
L
E
 
P
I
 
Y
S
 
D
F
 
A
A
 
V
I
 
L
V
 
V
G
 
A
E
|
E
P
 
P
T
 
T
G
 
M
M
 
S
H
 
E
M
 
A
A
 
V
I
 
L
A
 
A
E
 
H
K
 
R
G
 
G
S
 
I
M
 
S
V
 
S
I
 
V
D
 
L
C
 
M
V
 
R
S
 
F
K
 
A
G
 
G
R
 
R
S
 
A
G
 
G
H
 
H
A
 
A
A
 
S
-
 
G
-
 
K
R
 
Q
E
 
D
E
 
P
G
 
A
D
 
A
N
 
S
A
 
A
I
 
L
Y
 
H
H
 
Q
A
 
A
L
 
M
-
 
R
-
 
W
-
 
G
-
 
G
K
 
K
D
 
A
I
 
L
D
 
D
W
 
H
F
 
V
K
 
E
S
 
S
Y
 
L
L
 
A
F
 
H
P
 
A
I
 
R
M
 
F
D
 
G
D
 
G
Q
 
L
P
 
-
Q
 
T
P
 
G
V
 
L
K
 
R
M
 
F
T
 
N
V
 
I
T
 
G
E
 
R
I
 
V
R
 
D
A
 
G
G
 
G
I
 
I
Q
 
K
H
 
A
N
 
N
I
 
M
V
 
I
P
 
A
A
 
P
E
 
A
C
 
A
S
 
E
F
 
L
T
 
R
V
 
F
D
 
G
I
 
F
R
 
R
F
 
P
D
 
L
H
 
P
N
 
S
Y
 
M
N
 
D
E
 
V
R
 
D
E
 
G
I
 
L
V
 
L
N
 
A
T
 
T
I
 
F
I
 
A
N
 
G
H
 
F
-
 
A
-
 
D
-
 
P
T
 
A
S
 
A
C
 
A
H
 
H
F
 
F
-
 
E
-
 
E
T
 
T
V
 
F
R
 
R
P
 
G
N
 
P
V
 
S
L
 
L
K
 
P
P
 
S
S
 
G
F
 
D
I
 
I
D
 
A
M
 
R
L
 
A
H
 
E
P
 
E
V
 
R
V
 
R
V
 
L
S
 
A
G
 
A
L
 
R
S
 
D
L
 
V
G
 
A
R
 
D
K
 
A
T
 
L
Y
 
D
L
 
L
S
 
P
P
 
I
T
 
G
S
 
N
S
 
A
D
 
V
Q
 
D
G
 
F
W
 
W
L
 
T
D
 
E
M
 
A
P
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
S
-
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
Y
-
 
T
S
 
A
V
 
L
K
 
V
M
 
Y
G
 
G
P
 
P
G
 
G
N
 
D
S
 
I
A
 
A
R
 
Q
S
 
A
H
 
H
T
 
T
A
 
A
D
 
D
E
 
E
F
 
F
I
 
V
G
 
T
I
 
L
E
 
A
E
 
Q
I
 
L
E
 
Q
E
 
R
G
 
Y
I
 
V
D
 
E
I
 
S
Y
 
V
I
 
N
S
 
R
L
 
I
L
 
I
E
 
N
G
 
G

Query Sequence

>CA265_RS00205 FitnessBrowser__Pedo557:CA265_RS00205
MNTISKIKLTEGPDLNHLYQESLELLSSLISIPSISGDEMLTADQIETFLNLQGINTFRK
HNNIWCYNKYMDASKPTILLNSHHDTVRPNEQYTRDPFSPIIEEEKIYGLGSNDAGGPLV
ALTATFLYFFERKDLSFNLCLAATAEEETSGELGIRSILPDLKEISFAIVGEPTGMHMAI
AEKGSMVIDCVSKGRSGHAAREEGDNAIYHALKDIDWFKSYLFPIMDDQPQPVKMTVTEI
RAGIQHNIVPAECSFTVDIRFDHNYNEREIVNTIINHTSCHFTVRPNVLKPSFIDMLHPV
VVSGLSLGRKTYLSPTSSDQGWLDMPSVKMGPGNSARSHTADEFIGIEEIEEGIDIYISL
LEGLKL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory