SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing CA265_RS02635 FitnessBrowser__Pedo557:CA265_RS02635 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 11 hits to proteins with known functional sites (download)

2hcvA Crystal structure of l-rhamnose isomerase from pseudomonas stutzeri with metal ion (see paper)
52% identity, 99% coverage: 1:423/426 of query aligns to 1:421/421 of 2hcvA

query
sites
2hcvA
M
 
F
N
 
R
I
 
I
E
 
A
Q
 
Q
N
 
D
Q
 
V
I
 
V
E
 
A
K
 
R
H
 
E
N
 
N
D
 
D
S
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
S
 
-
H
 
-
Q
 
-
R
 
R
K
 
R
L
 
A
S
 
S
F
 
A
L
 
L
K
 
K
E
 
E
D
 
D
W
 
Y
A
 
E
H
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
N
-
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
I
E
 
E
S
 
A
V
 
V
I
 
T
Q
 
A
K
 
K
L
 
V
V
 
E
D
 
K
F
 
F
Q
 
F
I
 
V
A
 
A
I
 
V
P
 
P
S
 
S
W
 
W
A
 
G
L
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
A
 
P
I
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
-
E
 
E
P
 
P
R
 
R
T
 
G
I
 
I
E
 
F
E
 
D
K
 
K
I
 
L
E
 
D
D
 
D
V
 
C
G
 
A
L
 
V
L
 
I
H
 
Q
A
 
Q
L
 
L
N
 
T
G
 
R
A
 
A
S
 
T
G
 
P
A
 
N
I
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
I
 
K
P
 
A
Q
 
D
N
 
P
A
 
K
E
 
E
A
 
-
L
 
L
K
 
K
T
 
A
L
 
R
A
 
G
A
 
D
G
 
A
Y
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
Q
 
S
D
 
D
Q
 
A
K
 
P
G
 
G
A
 
Q
A
 
A
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
Q
 
S
N
 
H
V
 
T
N
 
N
K
 
A
D
 
A
I
 
T
R
 
R
K
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
L
E
 
E
V
 
C
I
 
I
K
 
E
H
 
I
G
 
G
I
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
D
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
 
W
L
 
I
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
C
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
L
 
S
N
 
N
F
 
F
R
 
T
K
 
R
A
 
A
F
 
F
E
 
E
N
 
R
T
 
Y
L
 
L
E
 
S
S
 
A
L
 
M
Q
 
A
E
 
E
I
 
I
Y
 
Y
S
 
K
A
 
G
L
 
L
P
 
P
E
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
K
M
 
L
F
 
F
V
 
S
E
|
E
Y
 
H
K
 
K
A
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
N
 
A
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
T
 
V
V
 
V
G
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
Q
 
T
S
 
N
L
 
Y
L
 
L
Y
 
I
A
 
A
S
 
Q
K
 
T
L
 
L
G
 
G
K
 
P
K
 
K
A
 
A
Y
 
Q
T
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
L
 
A
P
 
P
N
 
N
A
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Q
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
R
L
 
L
L
 
I
M
 
Q
E
 
F
G
 
G
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
K
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
I
 
V
F
 
F
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
-
 
D
-
 
A
E
 
E
G
 
A
M
 
R
D
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
F
N
 
H
H
 
P
A
 
A
K
 
H
D
 
-
L
 
-
G
 
-
W
 
-
M
 
M
I
 
I
D
|
D
A
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
V
 
V
K
 
T
D
 
D
P
 
P
L
 
I
E
 
E
D
 
S
L
 
L
L
 
I
Q
 
N
S
 
S
V
 
A
E
 
N
A
 
E
I
 
I
M
 
R
I
 
R
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
N
 
S
E
 
G
A
 
Y
Q
 
Q
N
 
E
N
 
D
N
 
N
D
 
D
V
 
A
A
 
L
K
 
M
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
I
 
T
L
 
L
Q
 
K
H
 
R
T
 
A
F
 
Y
R
 
R
S
 
T
D
 
D
L
 
V
R
 
E
A
 
P
L
 
I
V
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
R
R
 
R
A
 
T
G
 
G
A
 
G
A
 
A
L
 
V
S
 
D
P
 
P
I
 
V
A
 
A
L
 
T
Y
 
Y
R
 
R
G
 
A
L
 
S
E
 
G
V
 
Y
R
 
R
N
 
A
Q
 
R
L
 
V
V
 
A
N
 
A
H
 
E
R
 
R
G
 
P
N
 
A
T
 
S
V
 
V
A
 
A

3itvA Crystal structure of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase mutant s329k in complex with d-psicose (see paper)
52% identity, 99% coverage: 1:423/426 of query aligns to 1:421/421 of 3itvA

query
sites
3itvA
M
 
F
N
 
R
I
 
I
E
 
A
Q
 
Q
N
 
D
Q
 
V
I
 
V
E
 
A
K
 
R
H
 
E
N
 
N
D
 
D
S
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
S
 
-
H
 
-
Q
 
-
R
 
R
K
 
R
L
 
A
S
 
S
F
 
A
L
 
L
K
 
K
E
 
E
D
 
D
W
 
Y
A
 
E
H
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
N
-
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
I
E
 
E
S
 
A
V
 
V
I
 
T
Q
 
A
K
 
K
L
 
V
V
 
E
D
 
K
F
 
F
Q
 
F
I
 
V
A
 
A
I
 
V
P
 
P
S
 
S
W
|
W
A
 
G
L
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
A
 
P
I
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
-
E
 
E
P
 
P
R
 
R
T
 
G
I
 
I
E
 
F
E
 
D
K
 
K
I
 
L
E
 
D
D
 
D
V
 
C
G
 
A
L
 
V
L
 
I
H
 
Q
A
 
Q
L
 
L
N
 
T
G
 
R
A
 
A
S
 
T
G
 
P
A
 
N
I
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
I
 
K
P
 
A
Q
 
D
N
 
P
A
 
K
E
 
E
A
 
-
L
 
L
K
 
K
T
 
A
L
 
R
A
 
G
A
 
D
G
 
A
Y
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
Q
 
S
D
 
D
Q
 
A
K
 
P
G
 
G
A
 
Q
A
 
A
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
Q
 
S
N
 
H
V
 
T
N
 
N
K
 
A
D
 
A
I
 
T
R
 
R
K
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
L
E
 
E
V
 
C
I
 
I
K
 
E
H
 
I
G
 
G
I
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
D
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
L
 
I
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
C
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
L
 
S
N
 
N
F
 
F
R
 
T
K
 
R
A
 
A
F
 
F
E
 
E
N
 
R
T
 
Y
L
 
L
E
 
S
S
 
A
L
 
M
Q
 
A
E
 
E
I
 
I
Y
 
Y
S
 
K
A
 
G
L
 
L
P
 
P
E
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
K
M
 
L
F
 
F
V
 
S
E
|
E
Y
 
H
K
|
K
A
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
N
 
A
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
T
 
V
V
 
V
G
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
Q
 
T
S
 
N
L
 
Y
L
 
L
Y
 
I
A
 
A
S
 
Q
K
 
T
L
 
L
G
 
G
K
 
P
K
 
K
A
 
A
Y
 
Q
T
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
L
 
A
P
 
P
N
 
N
A
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Q
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
R
L
 
L
L
 
I
M
 
Q
E
 
F
G
 
G
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
K
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
I
 
V
F
 
F
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
-
 
D
-
 
A
E
 
E
G
 
A
M
 
R
D
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
F
N
 
H
H
 
P
A
 
A
K
 
H
D
 
-
L
 
-
G
 
-
W
 
-
M
 
M
I
 
I
D
|
D
A
 
Q
S
x
K
H
 
H
N
 
N
V
 
V
K
 
T
D
 
D
P
 
P
L
 
I
E
 
E
D
 
S
L
 
L
L
 
I
Q
 
N
S
 
S
V
 
A
E
 
N
A
 
E
I
 
I
M
 
R
I
 
R
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
N
 
S
E
 
G
A
 
Y
Q
 
Q
N
 
E
N
 
D
N
 
N
D
 
D
V
 
A
A
 
L
K
 
M
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
I
 
T
L
 
L
Q
 
K
H
 
R
T
 
A
F
 
Y
R
 
R
S
 
T
D
 
D
L
 
V
R
 
E
A
 
P
L
 
I
V
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
R
R
 
R
A
 
T
G
 
G
A
 
G
A
 
A
L
 
V
S
 
D
P
 
P
I
 
V
A
 
A
L
 
T
Y
 
Y
R
 
R
G
 
A
L
 
S
E
 
G
V
 
Y
R
 
R
N
 
A
Q
 
R
L
 
V
V
 
A
N
 
A
H
 
E
R
 
R
G
 
P
N
 
A
T
 
S
V
 
V
A
 
A

3itoA Crystal structure of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase mutant d327n in complex with d-psicose (see paper)
52% identity, 99% coverage: 1:423/426 of query aligns to 1:421/421 of 3itoA

query
sites
3itoA
M
 
F
N
 
R
I
 
I
E
 
A
Q
 
Q
N
 
D
Q
 
V
I
 
V
E
 
A
K
 
R
H
 
E
N
 
N
D
 
D
S
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
S
 
-
H
 
-
Q
 
-
R
 
R
K
 
R
L
 
A
S
 
S
F
 
A
L
 
L
K
 
K
E
 
E
D
 
D
W
 
Y
A
 
E
H
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
N
-
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
I
E
 
E
S
 
A
V
 
V
I
 
T
Q
 
A
K
 
K
L
 
V
V
 
E
D
 
K
F
 
F
Q
 
F
I
 
V
A
 
A
I
 
V
P
 
P
S
 
S
W
|
W
A
 
G
L
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
A
 
P
I
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
-
E
 
E
P
 
P
R
 
R
T
 
G
I
 
I
E
 
F
E
 
D
K
 
K
I
 
L
E
 
D
D
 
D
V
 
C
G
 
A
L
 
V
L
 
I
H
 
Q
A
 
Q
L
 
L
N
 
T
G
 
R
A
 
A
S
 
T
G
 
P
A
 
N
I
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
I
 
K
P
 
A
Q
 
D
N
 
P
A
 
K
E
 
E
A
 
-
L
 
L
K
 
K
T
 
A
L
 
R
A
 
G
A
 
D
G
 
A
Y
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
Q
 
S
D
 
D
Q
 
A
K
 
P
G
 
G
A
 
Q
A
 
A
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
Q
 
S
N
 
H
V
 
T
N
 
N
K
 
A
D
 
A
I
 
T
R
 
R
K
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
L
E
 
E
V
 
C
I
 
I
K
 
E
H
 
I
G
 
G
I
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
D
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
L
 
I
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
C
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
L
 
S
N
 
N
F
 
F
R
 
T
K
 
R
A
 
A
F
 
F
E
 
E
N
 
R
T
 
Y
L
 
L
E
 
S
S
 
A
L
 
M
Q
 
A
E
 
E
I
 
I
Y
 
Y
S
 
K
A
 
G
L
 
L
P
 
P
E
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
K
M
 
L
F
 
F
V
 
S
E
|
E
Y
 
H
K
|
K
A
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
N
 
A
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
T
 
V
V
 
V
G
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
Q
 
T
S
 
N
L
 
Y
L
 
L
Y
 
I
A
 
A
S
 
Q
K
 
T
L
 
L
G
 
G
K
 
P
K
 
K
A
 
A
Y
 
Q
T
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
L
 
A
P
 
P
N
 
N
A
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Q
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
R
L
 
L
L
 
I
M
 
Q
E
 
F
G
 
G
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
K
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
I
 
V
F
 
F
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
-
 
D
-
 
A
E
 
E
G
 
A
M
 
R
D
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
F
N
 
H
H
 
P
A
 
A
K
 
H
D
 
-
L
 
-
G
 
-
W
 
-
M
 
M
I
 
I
D
x
N
A
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
V
 
V
K
 
T
D
 
D
P
 
P
L
 
I
E
 
E
D
 
S
L
 
L
L
 
I
Q
 
N
S
 
S
V
 
A
E
 
N
A
 
E
I
 
I
M
 
R
I
 
R
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
N
 
S
E
 
G
A
 
Y
Q
 
Q
N
 
E
N
 
D
N
 
N
D
 
D
V
 
A
A
 
L
K
 
M
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
I
 
T
L
 
L
Q
 
K
H
 
R
T
 
A
F
 
Y
R
 
R
S
 
T
D
 
D
L
 
V
R
 
E
A
 
P
L
 
I
V
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
R
R
 
R
A
 
T
G
 
G
A
 
G
A
 
A
L
 
V
S
 
D
P
 
P
I
 
V
A
 
A
L
 
T
Y
 
Y
R
 
R
G
 
A
L
 
S
E
 
G
V
 
Y
R
 
R
N
 
A
Q
 
R
L
 
V
V
 
A
N
 
A
H
 
E
R
 
R
G
 
P
N
 
A
T
 
S
V
 
V
A
 
A

3itlA Crystal structure of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase mutant d327n in complex with l-rhamnulose (see paper)
52% identity, 99% coverage: 1:423/426 of query aligns to 1:421/421 of 3itlA

query
sites
3itlA
M
 
F
N
 
R
I
 
I
E
 
A
Q
 
Q
N
 
D
Q
 
V
I
 
V
E
 
A
K
 
R
H
 
E
N
 
N
D
 
D
S
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
S
 
-
H
 
-
Q
 
-
R
 
R
K
 
R
L
 
A
S
 
S
F
 
A
L
 
L
K
 
K
E
 
E
D
 
D
W
 
Y
A
 
E
H
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
N
-
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
I
E
 
E
S
 
A
V
 
V
I
 
T
Q
 
A
K
 
K
L
 
V
V
 
E
D
 
K
F
 
F
Q
 
F
I
 
V
A
 
A
I
 
V
P
 
P
S
 
S
W
 
W
A
 
G
L
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
A
 
P
I
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
-
E
 
E
P
 
P
R
 
R
T
 
G
I
 
I
E
 
F
E
 
D
K
 
K
I
 
L
E
 
D
D
 
D
V
 
C
G
 
A
L
 
V
L
 
I
H
 
Q
A
 
Q
L
 
L
N
 
T
G
 
R
A
 
A
S
 
T
G
 
P
A
 
N
I
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
I
 
K
P
 
A
Q
 
D
N
 
P
A
 
K
E
 
E
A
 
-
L
 
L
K
 
K
T
 
A
L
 
R
A
 
G
A
 
D
G
 
A
Y
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
Q
 
S
D
 
D
Q
 
A
K
 
P
G
 
G
A
 
Q
A
 
A
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
Q
 
S
N
 
H
V
 
T
N
 
N
K
 
A
D
 
A
I
 
T
R
 
R
K
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
L
E
 
E
V
 
C
I
 
I
K
 
E
H
 
I
G
 
G
I
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
D
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
L
 
I
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
C
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
L
 
S
N
 
N
F
 
F
R
 
T
K
 
R
A
 
A
F
 
F
E
 
E
N
 
R
T
 
Y
L
 
L
E
 
S
S
 
A
L
 
M
Q
 
A
E
 
E
I
 
I
Y
 
Y
S
 
K
A
 
G
L
 
L
P
 
P
E
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
K
M
 
L
F
 
F
V
 
S
E
|
E
Y
 
H
K
|
K
A
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
N
 
A
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
T
 
V
V
 
V
G
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
Q
 
T
S
 
N
L
 
Y
L
 
L
Y
 
I
A
 
A
S
 
Q
K
 
T
L
 
L
G
 
G
K
 
P
K
 
K
A
 
A
Y
 
Q
T
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
L
 
A
P
 
P
N
 
N
A
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Q
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
R
L
 
L
L
 
I
M
 
Q
E
 
F
G
 
G
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
K
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
I
 
V
F
 
F
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
-
 
D
-
 
A
E
 
E
G
 
A
M
 
R
D
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
F
N
 
H
H
 
P
A
 
A
K
 
H
D
 
-
L
 
-
G
 
-
W
 
-
M
 
M
I
 
I
D
x
N
A
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
V
 
V
K
 
T
D
 
D
P
 
P
L
 
I
E
 
E
D
 
S
L
 
L
L
 
I
Q
 
N
S
 
S
V
 
A
E
 
N
A
 
E
I
 
I
M
 
R
I
 
R
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
N
 
S
E
 
G
A
 
Y
Q
 
Q
N
 
E
N
 
D
N
 
N
D
 
D
V
 
A
A
 
L
K
 
M
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
I
 
T
L
 
L
Q
 
K
H
 
R
T
 
A
F
 
Y
R
 
R
S
 
T
D
 
D
L
 
V
R
 
E
A
 
P
L
 
I
V
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
R
R
 
R
A
 
T
G
 
G
A
 
G
A
 
A
L
 
V
S
 
D
P
 
P
I
 
V
A
 
A
L
 
T
Y
 
Y
R
 
R
G
 
A
L
 
S
E
 
G
V
 
Y
R
 
R
N
 
A
Q
 
R
L
 
V
V
 
A
N
 
A
H
 
E
R
 
R
G
 
P
N
 
A
T
 
S
V
 
V
A
 
A

3iudA Cu2+-bound form of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase (see paper)
52% identity, 98% coverage: 1:418/426 of query aligns to 1:416/419 of 3iudA

query
sites
3iudA
M
 
F
N
 
R
I
 
I
E
 
A
Q
 
Q
N
 
D
Q
 
V
I
 
V
E
 
A
K
 
R
H
 
E
N
 
N
D
 
D
S
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
S
 
-
H
 
-
Q
 
-
R
 
R
K
 
R
L
 
A
S
 
S
F
 
A
L
 
L
K
 
K
E
 
E
D
 
D
W
 
Y
A
 
E
H
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
N
-
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
I
E
 
E
S
 
A
V
 
V
I
 
T
Q
 
A
K
 
K
L
 
V
V
 
E
D
 
K
F
 
F
Q
 
F
I
 
V
A
 
A
I
 
V
P
 
P
S
 
S
W
 
W
A
 
G
L
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
A
 
P
I
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
-
E
 
E
P
 
P
R
 
R
T
 
G
I
 
I
E
 
F
E
 
D
K
 
K
I
 
L
E
 
D
D
 
D
V
 
C
G
 
A
L
 
V
L
 
I
H
 
Q
A
 
Q
L
 
L
N
 
T
G
 
R
A
 
A
S
 
T
G
 
P
A
 
N
I
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
I
 
K
P
 
A
Q
 
D
N
 
P
A
 
K
E
 
E
A
 
-
L
 
L
K
 
K
T
 
A
L
 
R
A
 
G
A
 
D
G
 
A
Y
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
Q
 
S
D
 
D
Q
 
A
K
 
P
G
 
G
A
 
Q
A
 
A
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
Q
 
S
N
 
H
V
 
T
N
 
N
K
 
A
D
 
A
I
 
T
R
 
R
K
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
L
E
 
E
V
 
C
I
 
I
K
 
E
H
 
I
G
 
G
I
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
D
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
 
W
L
 
I
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
C
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
L
 
S
N
 
N
F
 
F
R
 
T
K
 
R
A
 
A
F
 
F
E
 
E
N
 
R
T
 
Y
L
 
L
E
 
S
S
 
A
L
 
M
Q
 
A
E
 
E
I
 
I
Y
 
Y
S
 
K
A
 
G
L
 
L
P
 
P
E
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
K
M
 
L
F
 
F
V
 
S
E
|
E
Y
 
H
K
 
K
A
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
N
 
A
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
T
 
V
V
 
V
G
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
Q
 
T
S
 
N
L
 
Y
L
 
L
Y
 
I
A
 
A
S
 
Q
K
 
T
L
 
L
G
 
G
K
 
P
K
 
K
A
 
A
Y
 
Q
T
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
L
 
A
P
 
P
N
 
N
A
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Q
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
R
L
 
L
L
 
I
M
 
Q
E
 
F
G
 
G
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
K
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
I
 
V
F
 
F
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
-
 
D
-
 
A
E
 
E
G
 
A
M
 
R
D
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
F
N
 
H
H
 
P
A
 
A
K
 
H
D
 
-
L
 
-
G
 
-
W
 
-
M
 
M
I
 
I
D
|
D
A
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
V
 
V
K
 
T
D
 
D
P
 
P
L
 
I
E
 
E
D
 
S
L
 
L
L
 
I
Q
 
N
S
 
S
V
 
A
E
 
N
A
 
E
I
 
I
M
 
R
I
 
R
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
N
 
S
E
 
G
A
 
Y
Q
 
Q
N
 
E
N
 
D
N
 
N
D
 
D
V
 
A
A
 
L
K
 
M
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
I
 
T
L
 
L
Q
 
K
H
 
R
T
 
A
F
 
Y
R
 
R
S
 
T
D
 
D
L
 
V
R
 
E
A
 
P
L
 
I
V
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
R
R
 
R
A
 
T
G
 
G
A
 
G
A
 
A
L
 
V
S
 
D
P
 
P
I
 
V
A
 
A
L
 
T
Y
 
Y
R
 
R
G
 
A
L
 
S
E
 
G
V
 
Y
R
 
R
N
 
A
Q
 
R
L
 
V
V
 
A
N
 
A
H
 
E
R
 
R

2i57A Crystal structure of l-rhamnose isomerase from pseudomonas stutzeri in complex with d-allose (see paper)
52% identity, 98% coverage: 1:418/426 of query aligns to 1:416/419 of 2i57A

query
sites
2i57A
M
 
F
N
 
R
I
 
I
E
 
A
Q
 
Q
N
 
D
Q
 
V
I
 
V
E
 
A
K
 
R
H
 
E
N
 
N
D
 
D
S
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
S
 
-
H
 
-
Q
 
-
R
 
R
K
 
R
L
 
A
S
 
S
F
 
A
L
 
L
K
 
K
E
 
E
D
 
D
W
 
Y
A
 
E
H
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
N
-
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
I
E
 
E
S
 
A
V
 
V
I
 
T
Q
 
A
K
 
K
L
 
V
V
 
E
D
 
K
F
 
F
Q
 
F
I
 
V
A
 
A
I
 
V
P
 
P
S
 
S
W
|
W
A
 
G
L
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
A
 
P
I
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
-
E
 
E
P
 
P
R
 
R
T
 
G
I
 
I
E
 
F
E
 
D
K
 
K
I
 
L
E
 
D
D
 
D
V
 
C
G
 
A
L
 
V
L
 
I
H
 
Q
A
 
Q
L
 
L
N
 
T
G
 
R
A
 
A
S
 
T
G
 
P
A
 
N
I
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
I
 
K
P
 
A
Q
 
D
N
 
P
A
 
K
E
 
E
A
 
-
L
 
L
K
 
K
T
 
A
L
 
R
A
 
G
A
 
D
G
 
A
Y
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
Q
 
S
D
 
D
Q
 
A
K
 
P
G
 
G
A
 
Q
A
 
A
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
Q
 
S
N
 
H
V
 
T
N
 
N
K
 
A
D
 
A
I
 
T
R
 
R
K
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
L
E
 
E
V
 
C
I
 
I
K
 
E
H
 
I
G
 
G
I
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
D
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
L
 
I
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
C
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
L
 
S
N
 
N
F
 
F
R
 
T
K
 
R
A
 
A
F
 
F
E
 
E
N
 
R
T
 
Y
L
 
L
E
 
S
S
 
A
L
 
M
Q
 
A
E
 
E
I
 
I
Y
 
Y
S
 
K
A
 
G
L
 
L
P
 
P
E
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
K
M
 
L
F
 
F
V
 
S
E
|
E
Y
 
H
K
|
K
A
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
N
 
A
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
T
 
V
V
 
V
G
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
Q
 
T
S
 
N
L
 
Y
L
 
L
Y
 
I
A
 
A
S
 
Q
K
 
T
L
 
L
G
 
G
K
 
P
K
 
K
A
 
A
Y
 
Q
T
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
L
 
A
P
 
P
N
 
N
A
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Q
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
R
L
 
L
L
 
I
M
 
Q
E
 
F
G
 
G
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
K
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
I
 
V
F
 
F
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
-
 
D
-
 
A
E
 
E
G
 
A
M
 
R
D
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
F
N
 
H
H
 
P
A
 
A
K
 
H
D
 
-
L
 
-
G
 
-
W
 
-
M
 
M
I
 
I
D
|
D
A
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
V
 
V
K
 
T
D
 
D
P
 
P
L
 
I
E
 
E
D
 
S
L
 
L
L
 
I
Q
 
N
S
 
S
V
 
A
E
 
N
A
 
E
I
 
I
M
 
R
I
 
R
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
N
 
S
E
 
G
A
 
Y
Q
 
Q
N
 
E
N
 
D
N
 
N
D
 
D
V
 
A
A
 
L
K
 
M
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
I
 
T
L
 
L
Q
 
K
H
 
R
T
 
A
F
 
Y
R
 
R
S
 
T
D
 
D
L
 
V
R
 
E
A
 
P
L
 
I
V
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
R
R
 
R
A
 
T
G
 
G
A
 
G
A
 
A
L
 
V
S
 
D
P
 
P
I
 
V
A
 
A
L
 
T
Y
 
Y
R
 
R
G
 
A
L
 
S
E
 
G
V
 
Y
R
 
R
N
 
A
Q
 
R
L
 
V
V
 
A
N
 
A
H
 
E
R
 
R

3iuhA Co2+-bound form of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase (see paper)
52% identity, 98% coverage: 1:418/426 of query aligns to 1:416/417 of 3iuhA

query
sites
3iuhA
M
 
F
N
 
R
I
 
I
E
 
A
Q
 
Q
N
 
D
Q
 
V
I
 
V
E
 
A
K
 
R
H
 
E
N
 
N
D
 
D
S
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
S
 
-
H
 
-
Q
 
-
R
 
R
K
 
R
L
 
A
S
 
S
F
 
A
L
 
L
K
 
K
E
 
E
D
 
D
W
 
Y
A
 
E
H
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
N
-
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
I
E
 
E
S
 
A
V
 
V
I
 
T
Q
 
A
K
 
K
L
 
V
V
 
E
D
 
K
F
 
F
Q
 
F
I
 
V
A
 
A
I
 
V
P
 
P
S
 
S
W
 
W
A
 
G
L
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
A
 
P
I
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
-
E
 
E
P
 
P
R
 
R
T
 
G
I
 
I
E
 
F
E
 
D
K
 
K
I
 
L
E
 
D
D
 
D
V
 
C
G
 
A
L
 
V
L
 
I
H
 
Q
A
 
Q
L
 
L
N
 
T
G
 
R
A
 
A
S
 
T
G
 
P
A
 
N
I
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
I
 
K
P
 
A
Q
 
D
N
 
P
A
 
K
E
 
E
A
 
-
L
 
L
K
 
K
T
 
A
L
 
R
A
 
G
A
 
D
G
 
A
Y
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
Q
 
S
D
 
D
Q
 
A
K
 
P
G
 
G
A
 
Q
A
 
A
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
Q
 
S
N
 
H
V
 
T
N
 
N
K
 
A
D
 
A
I
 
T
R
 
R
K
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
L
E
 
E
V
 
C
I
 
I
K
 
E
H
 
I
G
 
G
I
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
D
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
 
W
L
 
I
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
C
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
L
 
S
N
 
N
F
 
F
R
 
T
K
 
R
A
 
A
F
 
F
E
 
E
N
 
R
T
 
Y
L
 
L
E
 
S
S
 
A
L
 
M
Q
 
A
E
 
E
I
 
I
Y
 
Y
S
 
K
A
 
G
L
 
L
P
 
P
E
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
K
M
 
L
F
 
F
V
 
S
E
|
E
Y
 
H
K
 
K
A
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
N
 
A
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
T
 
V
V
 
V
G
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
Q
 
T
S
 
N
L
 
Y
L
 
L
Y
 
I
A
 
A
S
 
Q
K
 
T
L
 
L
G
 
G
K
 
P
K
 
K
A
 
A
Y
 
Q
T
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
L
 
A
P
 
P
N
 
N
A
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Q
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
R
L
 
L
L
 
I
M
 
Q
E
 
F
G
 
G
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
|
D
L
 
L
T
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
K
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
I
 
V
F
 
F
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
-
 
D
-
 
A
E
 
E
G
 
A
M
 
R
D
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
F
N
 
H
H
 
P
A
 
A
K
 
H
D
 
-
L
 
-
G
 
-
W
 
-
M
 
M
I
 
I
D
|
D
A
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
V
 
V
K
 
T
D
 
D
P
 
P
L
 
I
E
 
E
D
 
S
L
 
L
L
 
I
Q
 
N
S
 
S
V
 
A
E
 
N
A
 
E
I
 
I
M
 
R
I
 
R
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
N
 
S
E
 
G
A
 
Y
Q
 
Q
N
 
E
N
 
D
N
 
N
D
 
D
V
 
A
A
 
L
K
 
M
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
I
 
T
L
 
L
Q
 
K
H
 
R
T
 
A
F
 
Y
R
 
R
S
 
T
D
 
D
L
 
V
R
 
E
A
 
P
L
 
I
V
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
R
R
 
R
A
 
T
G
 
G
A
 
G
A
 
A
L
 
V
S
 
D
P
 
P
I
 
V
A
 
A
L
 
T
Y
 
Y
R
 
R
G
 
A
L
 
S
E
 
G
V
 
Y
R
 
R
N
 
A
Q
 
R
L
 
V
V
 
A
N
 
A
H
 
E
R
 
R

4gjjB Crystal structure of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase mutant h101n in complex with d-allopyranose (see paper)
52% identity, 99% coverage: 1:423/426 of query aligns to 1:421/421 of 4gjjB

query
sites
4gjjB
M
 
F
N
 
R
I
 
I
E
 
A
Q
 
Q
N
 
D
Q
 
V
I
 
V
E
 
A
K
 
R
H
 
E
N
 
N
D
 
D
S
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
S
 
-
H
 
-
Q
 
-
R
 
R
K
 
R
L
 
A
S
 
S
F
 
A
L
 
L
K
 
K
E
 
E
D
 
D
W
 
Y
A
 
E
H
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
N
-
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
I
E
 
E
S
 
A
V
 
V
I
 
T
Q
 
A
K
 
K
L
 
V
V
 
E
D
 
K
F
 
F
Q
 
F
I
 
V
A
 
A
I
 
V
P
 
P
S
 
S
W
 
W
A
 
G
L
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
A
 
P
I
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
-
E
 
E
P
 
P
R
 
R
T
 
G
I
 
I
E
 
F
E
 
D
K
 
K
I
 
L
E
 
D
D
 
D
V
 
C
G
 
A
L
 
V
L
 
I
H
 
Q
A
 
Q
L
 
L
N
 
T
G
 
R
A
 
A
S
 
T
G
 
P
A
 
N
I
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
N
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
I
 
K
P
 
A
Q
 
D
N
 
P
A
 
K
E
 
E
A
 
-
L
 
L
K
 
K
T
 
A
L
 
R
A
 
G
A
 
D
G
 
A
Y
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
Q
 
S
D
 
D
Q
 
A
K
 
P
G
 
G
A
 
Q
A
 
A
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
Q
 
S
N
 
H
V
 
T
N
 
N
K
 
A
D
 
A
I
 
T
R
 
R
K
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
L
E
 
E
V
 
C
I
 
I
K
 
E
H
 
I
G
 
G
I
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
D
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
L
 
I
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
C
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
L
 
S
N
 
N
F
 
F
R
 
T
K
 
R
A
 
A
F
 
F
E
 
E
N
 
R
T
 
Y
L
 
L
E
 
S
S
 
A
L
 
M
Q
 
A
E
 
E
I
 
I
Y
 
Y
S
 
K
A
 
G
L
 
L
P
 
P
E
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
K
M
 
L
F
 
F
V
 
S
E
|
E
Y
 
H
K
|
K
A
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
N
 
A
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
T
 
V
V
 
V
G
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
Q
 
T
S
 
N
L
 
Y
L
 
L
Y
 
I
A
 
A
S
 
Q
K
 
T
L
 
L
G
 
G
K
 
P
K
 
K
A
 
A
Y
 
Q
T
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
L
 
A
P
 
P
N
 
N
A
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Q
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
R
L
 
L
L
 
I
M
 
Q
E
 
F
G
 
G
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
|
D
L
 
L
T
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
K
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
I
 
V
F
 
F
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
-
 
D
-
 
A
E
 
E
G
 
A
M
 
R
D
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
F
N
 
H
H
 
P
A
 
A
K
 
H
D
 
-
L
 
-
G
 
-
W
 
-
M
 
M
I
 
I
D
|
D
A
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
V
 
V
K
 
T
D
 
D
P
 
P
L
 
I
E
 
E
D
 
S
L
 
L
L
 
I
Q
 
N
S
 
S
V
 
A
E
 
N
A
 
E
I
 
I
M
 
R
I
 
R
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
N
 
S
E
 
G
A
 
Y
Q
 
Q
N
 
E
N
 
D
N
 
N
D
 
D
V
 
A
A
 
L
K
 
M
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
I
 
T
L
 
L
Q
 
K
H
 
R
T
 
A
F
 
Y
R
 
R
S
 
T
D
 
D
L
 
V
R
 
E
A
 
P
L
 
I
V
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
R
R
 
R
A
 
T
G
 
G
A
 
G
A
 
A
L
 
V
S
 
D
P
 
P
I
 
V
A
 
A
L
 
T
Y
 
Y
R
 
R
G
 
A
L
 
S
E
 
G
V
 
Y
R
 
R
N
 
A
Q
 
R
L
 
V
V
 
A
N
 
A
H
 
E
R
 
R
G
 
P
N
 
A
T
 
S
V
 
V
A
 
A

4gjiB Crystal structure of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase mutant h101n in complex with l-rhamnopyranose (see paper)
52% identity, 99% coverage: 1:423/426 of query aligns to 1:421/421 of 4gjiB

query
sites
4gjiB
M
 
F
N
x
R
I
 
I
E
 
A
Q
 
Q
N
 
D
Q
 
V
I
 
V
E
 
A
K
 
R
H
 
E
N
 
N
D
 
D
S
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
S
 
-
H
 
-
Q
 
-
R
 
R
K
 
R
L
 
A
S
 
S
F
 
A
L
 
L
K
 
K
E
 
E
D
 
D
W
 
Y
A
 
E
H
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
N
-
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
I
E
 
E
S
 
A
V
 
V
I
 
T
Q
 
A
K
 
K
L
 
V
V
 
E
D
 
K
F
 
F
Q
 
F
I
 
V
A
 
A
I
 
V
P
 
P
S
 
S
W
|
W
A
 
G
L
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
A
 
P
I
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
-
E
 
E
P
 
P
R
 
R
T
 
G
I
 
I
E
 
F
E
 
D
K
 
K
I
 
L
E
x
D
D
 
D
V
 
C
G
 
A
L
 
V
L
 
I
H
 
Q
A
 
Q
L
 
L
N
 
T
G
 
R
A
 
A
S
 
T
G
 
P
A
 
N
I
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
N
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
I
 
K
P
 
A
Q
 
D
N
 
P
A
 
K
E
 
E
A
 
-
L
 
L
K
 
K
T
 
A
L
 
R
A
 
G
A
 
D
G
 
A
Y
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
Q
 
S
D
 
D
Q
 
A
K
 
P
G
 
G
A
 
Q
A
 
A
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
Q
 
S
N
 
H
V
 
T
N
 
N
K
 
A
D
 
A
I
 
T
R
 
R
K
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
L
E
 
E
V
 
C
I
 
I
K
 
E
H
 
I
G
 
G
I
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
D
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
L
 
I
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
C
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
L
 
S
N
 
N
F
 
F
R
 
T
K
 
R
A
 
A
F
 
F
E
 
E
N
 
R
T
 
Y
L
 
L
E
 
S
S
 
A
L
 
M
Q
 
A
E
 
E
I
 
I
Y
 
Y
S
 
K
A
 
G
L
 
L
P
 
P
E
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
K
M
 
L
F
 
F
V
 
S
E
|
E
Y
 
H
K
|
K
A
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
N
 
A
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
T
 
V
V
 
V
G
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
Q
 
T
S
 
N
L
 
Y
L
 
L
Y
 
I
A
 
A
S
 
Q
K
 
T
L
 
L
G
 
G
K
 
P
K
 
K
A
 
A
Y
 
Q
T
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
L
 
A
P
 
P
N
 
N
A
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Q
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
R
L
 
L
L
 
I
M
 
Q
E
 
F
G
 
G
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
K
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
I
 
V
F
 
F
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
-
 
D
-
 
A
E
 
E
G
 
A
M
 
R
D
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
F
N
 
H
H
 
P
A
 
A
K
 
H
D
 
-
L
 
-
G
 
-
W
 
-
M
 
M
I
 
I
D
|
D
A
 
Q
S
|
S
H
 
H
N
 
N
V
 
V
K
 
T
D
 
D
P
 
P
L
 
I
E
 
E
D
 
S
L
 
L
L
 
I
Q
 
N
S
 
S
V
 
A
E
 
N
A
 
E
I
 
I
M
 
R
I
 
R
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
N
 
S
E
 
G
A
 
Y
Q
 
Q
N
 
E
N
 
D
N
 
N
D
 
D
V
 
A
A
 
L
K
 
M
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
I
 
T
L
 
L
Q
 
K
H
 
R
T
 
A
F
 
Y
R
 
R
S
 
T
D
 
D
L
 
V
R
 
E
A
 
P
L
 
I
V
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
R
R
 
R
A
 
T
G
 
G
A
 
G
A
 
A
L
 
V
S
 
D
P
 
P
I
 
V
A
 
A
L
 
T
Y
 
Y
R
 
R
G
 
A
L
 
S
E
 
G
V
 
Y
R
 
R
N
 
A
Q
x
R
L
 
V
V
 
A
N
 
A
H
x
E
R
 
R
G
 
P
N
 
A
T
 
S
V
 
V
A
 
A

3m0vC Crystal structure of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase mutant s329l in complex with l-rhamnose (see paper)
52% identity, 99% coverage: 1:423/426 of query aligns to 2:422/433 of 3m0vC

query
sites
3m0vC
M
 
F
N
 
R
I
 
I
E
 
A
Q
 
Q
N
 
D
Q
 
V
I
 
V
E
 
A
K
 
R
H
 
E
N
 
N
D
 
D
S
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
S
 
-
H
 
-
Q
 
-
R
 
R
K
 
R
L
 
A
S
 
S
F
 
A
L
 
L
K
 
K
E
 
E
D
 
D
W
 
Y
A
 
E
H
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
N
-
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
I
E
 
E
S
 
A
V
 
V
I
 
T
Q
 
A
K
 
K
L
 
V
V
 
E
D
 
K
F
 
F
Q
 
F
I
 
V
A
 
A
I
 
V
P
 
P
S
 
S
W
|
W
A
 
G
L
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
A
 
P
I
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
-
E
 
E
P
 
P
R
 
R
T
 
G
I
 
I
E
 
F
E
 
D
K
 
K
I
 
L
E
 
D
D
 
D
V
 
C
G
 
A
L
 
V
L
 
I
H
 
Q
A
 
Q
L
 
L
N
 
T
G
 
R
A
 
A
S
 
T
G
 
P
A
 
N
I
 
V
S
 
S
L
 
L
H
|
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
I
 
K
P
 
A
Q
 
D
N
 
P
A
 
K
E
 
E
A
 
-
L
 
L
K
 
K
T
 
A
L
 
R
A
 
G
A
 
D
G
 
A
Y
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
Q
 
S
D
 
D
Q
 
A
K
 
P
G
 
G
A
 
Q
A
 
A
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
Q
 
S
N
 
H
V
 
T
N
 
N
K
 
A
D
 
A
I
 
T
R
 
R
K
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
L
E
 
E
V
 
C
I
 
I
K
 
E
H
 
I
G
 
G
I
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
D
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
L
 
I
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
C
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
L
 
S
N
 
N
F
 
F
R
 
T
K
 
R
A
 
A
F
 
F
E
 
E
N
 
R
T
 
Y
L
 
L
E
 
S
S
 
A
L
 
M
Q
 
A
E
 
E
I
 
I
Y
 
Y
S
 
K
A
 
G
L
 
L
P
 
P
E
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
K
M
 
L
F
 
F
V
 
S
E
|
E
Y
 
H
K
|
K
A
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
N
 
A
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
T
 
V
V
 
V
G
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
Q
 
T
S
 
N
L
 
Y
L
 
L
Y
 
I
A
 
A
S
 
Q
K
 
T
L
 
L
G
 
G
K
 
P
K
 
K
A
 
A
Y
 
Q
T
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
L
 
A
P
 
P
N
 
N
A
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Q
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
R
L
 
L
L
 
I
M
 
Q
E
 
F
G
 
G
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
K
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
I
 
V
F
 
F
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
-
 
D
-
 
A
E
 
E
G
 
A
M
 
R
D
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
F
N
 
H
H
 
P
A
 
A
K
 
H
D
 
-
L
 
-
G
 
-
W
 
-
M
 
M
I
 
I
D
|
D
A
 
Q
S
 
L
H
 
H
N
 
N
V
 
V
K
 
T
D
 
D
P
 
P
L
 
I
E
 
E
D
 
S
L
 
L
L
 
I
Q
 
N
S
 
S
V
 
A
E
 
N
A
 
E
I
 
I
M
 
R
I
 
R
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
N
 
S
E
 
G
A
 
Y
Q
 
Q
N
 
E
N
 
D
N
 
N
D
 
D
V
 
A
A
 
L
K
 
M
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
I
 
T
L
 
L
Q
 
K
H
 
R
T
 
A
F
 
Y
R
 
R
S
 
T
D
 
D
L
 
V
R
 
E
A
 
P
L
 
I
V
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
R
R
 
R
A
 
T
G
 
G
A
 
G
A
 
A
L
 
V
S
 
D
P
 
P
I
 
V
A
 
A
L
 
T
Y
 
Y
R
 
R
G
 
A
L
 
S
E
 
G
V
 
Y
R
 
R
N
 
A
Q
 
R
L
 
V
V
 
A
N
 
A
H
 
E
R
 
R
G
 
P
N
 
A
T
 
S
V
 
V
A
 
A

3ktcA Crystal structure of putative sugar isomerase (yp_050048.1) from erwinia carotovora atroseptica scri1043 at 1.54 a resolution
26% identity, 57% coverage: 141:384/426 of query aligns to 90:327/330 of 3ktcA

query
sites
3ktcA
G
 
G
S
 
A
L
 
F
Q
 
T
N
 
N
V
 
P
N
 
D
K
 
P
D
 
A
I
 
A
R
 
R
K
 
A
Q
 
A
A
 
A
I
 
F
E
 
E
H
 
L
N
 
M
I
 
H
E
 
E
V
 
S
I
 
A
K
 
G
H
 
I
G
 
V
I
 
R
A
 
E
L
 
L
G
 
G
S
 
A
D
 
N
A
 
Y
L
 
V
T
 
K
V
 
V
W
 
W
L
 
P
A
 
G
-
 
Q
D
 
D
G
 
G
S
 
W
C
 
D
F
 
Y
P
 
P
G
 
F
Q
 
Q
L
 
V
N
 
S
F
 
H
R
 
K
K
 
N
A
 
L
F
 
W
E
 
K
N
 
L
T
 
A
L
 
V
E
 
D
S
 
G
L
 
M
Q
 
R
E
 
D
I
 
L
Y
 
A
S
 
G
A
 
A
L
 
N
P
 
P
E
 
-
D
 
D
W
 
V
K
 
K
M
 
F
F
 
A
V
 
I
E
|
E
Y
 
Y
K
|
K
A
 
P
F
 
R
E
 
E
P
 
P
N
 
R
F
 
V
Y
 
-
S
 
K
T
 
M
T
 
T
V
 
W
G
 
D
D
 
S
W
 
A
G
 
A
Q
 
R
S
 
T
L
 
L
L
 
L
Y
 
G
A
 
I
S
 
E
K
 
D
L
 
I
G
 
G
-
 
L
K
 
D
K
 
N
A
 
V
Y
 
G
T
 
V
L
 
L
V
 
L
D
|
D
L
 
F
G
 
G
H
|
H
H
 
A
L
 
L
P
 
Y
N
 
G
A
 
G
N
 
E
I
 
S
E
 
P
Q
 
A
I
 
D
V
 
S
A
 
A
L
 
Q
L
 
L
L
 
I
M
 
I
E
 
D
-
 
R
G
 
G
K
 
R
L
 
L
G
 
F
G
 
G
F
 
M
H
x
D
F
 
V
N
 
N
D
 
D
S
 
N
K
 
L
Y
 
R
G
 
G
-
 
W
D
|
D
D
 
D
D
|
D
L
 
L
T
 
V
A
 
V
G
 
G
S
 
T
I
 
V
K
 
H
P
 
M
Y
 
T
Q
 
E
L
 
I
F
 
F
L
 
E
I
 
F
F
 
F
N
 
Y
E
 
V
L
 
L
V
 
-
E
 
-
G
 
-
M
 
-
D
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
K
M
 
I
N
 
N
H
 
N
A
 
W
K
 
Q
D
 
G
L
 
V
G
 
-
W
 
W
M
 
Q
I
 
L
D
|
D
A
 
Q
S
 
F
H
 
P
N
 
F
V
 
R
K
 
E
D
 
N
P
 
H
L
 
V
E
 
E
D
 
A
L
 
A
L
 
Q
Q
 
L
S
 
S
V
 
I
E
 
R
A
 
F
I
 
L
M
 
K
I
 
H
A
 
I
Y
 
Y
A
 
R
Q
 
A
A
 
L
L
 
D
L
 
K
V
 
L
D
 
D
R
 
I
K
 
P
A
 
A
L
 
L
N
 
Q
E
 
A
A
 
A
Q
 
Q
N
 
E
N
 
A
N
 
Q
D
 
N
V
 
P
A
 
L
K
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
E
 
R
I
 
I
L
 
V
Q
 
Q
H
 
D
T
 
A
F
 
L
R
 
L
S
 
S
D
 
S
L
 
I

Query Sequence

>CA265_RS02635 FitnessBrowser__Pedo557:CA265_RS02635
MNIEQNQIEKHNDSLLTSHQRKLSFLKEDWAHVDLESVIQKLVDFQIAIPSWALGTGGTR
FGRFAITGGEPRTIEEKIEDVGLLHALNGASGAISLHIPWDIPQNAEALKTLAAGYGLKF
DAMNSNTFQDQKGAAHSYKFGSLQNVNKDIRKQAIEHNIEVIKHGIALGSDALTVWLADG
SCFPGQLNFRKAFENTLESLQEIYSALPEDWKMFVEYKAFEPNFYSTTVGDWGQSLLYAS
KLGKKAYTLVDLGHHLPNANIEQIVALLLMEGKLGGFHFNDSKYGDDDLTAGSIKPYQLF
LIFNELVEGMDAKGMNHAKDLGWMIDASHNVKDPLEDLLQSVEAIMIAYAQALLVDRKAL
NEAQNNNDVAKAQEILQHTFRSDLRALVAEARLRAGAALSPIALYRGLEVRNQLVNHRGN
TVATGL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory