SitesBLAST

SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing CA265_RS03130 FitnessBrowser__Pedo557:CA265_RS03130 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1t47A Structure of fe2-hppd bound to ntbc (see paper)
53% identity, 95% coverage: 15:371/376 of query aligns to 1:361/362 of 1t47A

query
sites
1t47A

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binding fe (ii) ion: H172 (= H181), H255 (= H264), E334 (= E344)
binding 2-{hydroxy[2-nitro-4-(trifluoromethyl)phenyl]methylene}cyclohexane-1,3-dione: H172 (= H181), S215 (= S224), P228 (= P237), H255 (= H264), F321 (= F331), E334 (= E344), F344 (= F354), G345 (= G355), N348 (= N358), F349 (= F359), L352 (= L362)

5ec3A Structural insight into the catalyitc mechanism of human 4- hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
48% identity, 94% coverage: 25:376/376 of query aligns to 14:373/376 of 5ec3A

query
sites
5ec3A

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binding cobalt (ii) ion: H175 (= H181), H258 (= H264), E341 (= E344)

P32755 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase; 4-hydroxyphenylpyruvic acid oxidase; 4HPPD; HPD; HPPDase; F Alloantigen; F protein; EC 1.13.11.27 from Rattus norvegicus (Rat) (see 2 papers)
47% identity, 94% coverage: 25:376/376 of query aligns to 22:381/393 of P32755

query
sites
P32755

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H183 (= H181) binding
H266 (= H264) binding
E349 (= E344) binding

Sites not aligning to the query:

1 modified: Initiator methionine, Removed
2 modified: N-acetylthreonine

8im2A Crystal structure of human hppd complexed with ntbc (see paper)
48% identity, 93% coverage: 25:375/376 of query aligns to 16:374/374 of 8im2A

query
sites
8im2A

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8im3A Crystal structure of human hppd complexed with compound a10 (see paper)
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8im3A

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binding [1,3-diethyl-2,2-bis(oxidanylidene)-2$l^{6},1,3-benzothiadiazol-5-yl]-(1-methyl-5-oxidanyl-pyrazol-4-yl)methanone: H177 (= H181), P233 (= P237), Q245 (= Q249), F330 (= F331), F341 (= F342), E343 (= E344), F353 (= F354), G354 (= G355), N357 (= N358), F358 (= F359), L361 (= L362)
binding cobalt (ii) ion: H177 (= H181), H260 (= H264), E343 (= E344)

Q02110 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase; 4-hydroxyphenylpyruvic acid oxidase; 4HPPD; HPD; HPPDase; EC 1.13.11.27 from Sus scrofa (Pig) (see paper)
45% identity, 94% coverage: 25:376/376 of query aligns to 22:381/393 of Q02110

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Q02110

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2 modified: N-acetylthreonine

1sqiA Structural basis for inhibitor selectivity revealed by crystal structures of plant and mammalian 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenases (see paper)
43% identity, 90% coverage: 25:361/376 of query aligns to 15:343/343 of 1sqiA

query
sites
1sqiA

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1sqiB Structural basis for inhibitor selectivity revealed by crystal structures of plant and mammalian 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenases (see paper)
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1sqiB

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7x8iA Crystal structure of athppd-shikonin complex (see paper)
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7x8iA

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7x64A Crystal structure of athppd-y18027 complex (see paper)
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7x64A

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binding 1,5-dimethyl-6-(2-oxidanyl-6-oxidanylidene-cyclohexen-1-yl)carbonyl-3-(phenylmethyl)quinazoline-2,4-dione: H186 (= H181), S218 (= S224), P231 (= P237), R241 (≠ K246), Q244 (= Q249), H259 (= H264), F332 (= F331), F363 (vs. gap), G364 (vs. gap), N367 (= N358), F368 (= F359)
binding cobalt (ii) ion: H186 (= H181), H259 (= H264), E345 (= E344)

7x5sA Crystal structure of athppd-y14157 complex
35% identity, 91% coverage: 24:367/376 of query aligns to 15:376/380 of 7x5sA

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binding 2-methyl-4-(2-nitro-4-piperidin-1-yl-phenyl)carbonyl-5-phenyl-1H-pyrazol-3-one: H186 (= H181), P231 (= P237), H259 (= H264), F332 (= F331), F343 (= F342), F363 (vs. gap), K365 (vs. gap), N367 (= N358), F368 (= F359)
binding cobalt (ii) ion: H186 (= H181), H259 (= H264), E345 (= E344)

7ezqA Complex structure of athppd with inhibitor y15832
35% identity, 91% coverage: 24:367/376 of query aligns to 15:376/382 of 7ezqA

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7ezqA

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binding 6-(1,3-dimethyl-5-oxidanyl-pyrazol-4-yl)carbonyl-1,5-dimethyl-3-(2-methylphenyl)quinazoline-2,4-dione: H186 (= H181), P231 (= P237), Q244 (= Q249), H259 (= H264), F332 (= F331), E345 (= E344), F363 (vs. gap), G364 (vs. gap), N367 (= N358), F368 (= F359), L371 (= L362)
binding cobalt (ii) ion: H186 (= H181), H259 (= H264), E345 (= E344)

P93836 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase; 4-hydroxyphenylpyruvic acid oxidase; 4HPPD; HPD; HPPDase; EC 1.13.11.27 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
34% identity, 96% coverage: 6:367/376 of query aligns to 29:432/445 of P93836

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P93836

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E394 (= E344) binding

7x8hA Crystal structure of athppd-(+)-usnic acid complex (see paper)
34% identity, 91% coverage: 24:367/376 of query aligns to 15:378/386 of 7x8hA

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sites
7x8hA

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8h6bA Crystal structure of athppd complexed with yh20702
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8h6bA

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binding N-(1-methyl-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)-1-pentyl-pyrrolo[2,3-b]pyridine-4-carboxamide: H186 (= H181), P233 (= P237), H261 (= H264), F334 (= F331), E347 (= E344), F365 (vs. gap), F370 (= F359)

7x5rA Crystal structure of athppd-lancotrione complex
35% identity, 91% coverage: 24:367/376 of query aligns to 15:377/386 of 7x5rA

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7x5rA

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binding cobalt (ii) ion: H186 (= H181), H260 (= H264), E346 (= E344)

7wj8A Complex structure of athppd-pyq1
35% identity, 91% coverage: 24:367/376 of query aligns to 15:377/383 of 7wj8A

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sites
7wj8A

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7vo8A Structure of athppd complexed with lsy-1
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7vo8A

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binding cobalt (ii) ion: H186 (= H181), H260 (= H264), E346 (= E344)

8hzaA Crystal structure of athppd-yh20326 complex
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8hzaA

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8hz7A Crystal structure of athppd-y181135 complex
35% identity, 91% coverage: 24:367/376 of query aligns to 15:377/382 of 8hz7A

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sites
8hz7A

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binding 3-butyl-5-methyl-6-[(2-methyl-3-oxidanylidene-1H-pyrazol-4-yl)carbonyl]-1,2,3-benzotriazin-4-one: H186 (= H181), P232 (= P237), H260 (= H264), F333 (= F331), E346 (= E344), F364 (vs. gap), G365 (vs. gap), K366 (vs. gap), F369 (= F359)

Query Sequence

>CA265_RS03130 FitnessBrowser__Pedo557:CA265_RS03130
METQTFAEKISKAPDFLPINGTDYIEFYVGNAKQAAHYYKTAFGFQSLAYAGPETGVRDR
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PAEGKKKSQIEEYLEYYEGEGVQHIAVATKDIVKTVKELKARGVEFLSAPPEAYYDMMPQ
RVGKIDEEIALLESLGILVDCDEEGYLLQIFTKPVEDRPTLFFEVIQRKGAQSFGAGNFK
ALFESLEREQELRGNL

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SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory