SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing CA265_RS04670 FitnessBrowser__Pedo557:CA265_RS04670 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 1 hits to proteins with known functional sites (download)

6u7lA 2.75 angstrom crystal structure of galactarate dehydratase from escherichia coli. (see paper)
27% identity, 95% coverage: 6:524/545 of query aligns to 7:438/460 of 6u7lA

query
sites
6u7lA
I
 
I
K
 
K
I
 
V
N
 
H
H
 
D
A
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
V
L
 
A
V
 
I
A
 
I
L
 
V
Q
 
N
D
 
D
-
 
N
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
T
-
 
R
L
 
F
P
 
P
K
 
D
N
 
G
T
 
L
E
 
E
I
 
L
V
 
I
H
 
-
E
 
-
G
 
-
N
 
-
T
 
-
Y
 
-
V
 
-
T
 
-
V
 
-
D
 
E
E
 
H
I
 
I
P
 
P
A
 
Q
K
 
G
H
 
H
K
 
K
F
 
V
F
 
A
M
 
L
Q
 
L
D
 
D
M
 
I
K
 
P
A
 
A
G
 
N
D
 
G
E
 
E
V
 
I
M
 
I
M
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
E
L
 
V
V
 
I
G
 
G
K
 
Y
V
 
A
Q
 
V
F
 
R
D
 
A
V
 
I
K
 
P
A
 
R
G
 
G
M
 
S
R
 
W
M
 
I
N
 
D
V
 
-
E
 
E
N
 
S
T
 
M
K
 
V
H
 
V
A
 
L
A
 
P
E
 
E
P
 
A
F
 
P
A
 
P
Y
 
L
R
 
H
N
 
T
V
 
L
N
 
P
Y
 
L
K
 
A
W
 
T
E
 
K
A
 
V
P
 
P
D
 
E
-
 
P
V
 
L
S
 
P
K
 
P
Y
 
L
A
 
E
N
 
G
R
 
Y
S
 
T
F
 
F
N
 
E
G
 
G
Y
 
Y
H
 
R
R
 
N
K
 
A
N
 
D
G
 
G
E
 
S
V
 
V
G
 
G
T
 
T
A
 
K
N
 
N
Y
 
L
W
 
L
L
 
G
F
 
I
I
 
T
P
 
T
T
 
S
V
 
V
F
 
H
C
 
C
E
 
V
N
 
A
R
 
G
N
 
V
L
 
V
D
 
D
I
 
-
I
 
-
K
 
-
E
 
-
S
 
-
L
 
-
Y
 
-
S
 
-
E
 
-
L
 
-
G
 
-
Y
 
-
A
 
-
V
 
-
D
 
-
D
 
-
K
 
-
Y
 
-
K
 
-
S
 
-
Y
 
Y
T
 
V
H
 
V
K
 
K
L
 
I
V
 
I
Q
 
E
A
 
R
Y
 
-
E
 
-
N
 
-
G
 
-
E
 
-
D
 
-
I
 
-
H
 
-
N
 
-
I
 
-
S
 
D
F
 
L
E
 
L
P
 
P
K
 
K
V
 
-
D
 
-
K
 
-
A
 
-
S
 
-
R
 
-
T
 
-
F
 
Y
K
 
P
N
 
N
V
 
V
D
 
D
G
 
G
I
 
V
K
 
V
F
 
G
L
 
L
T
 
N
H
 
H
N
 
L
G
 
Y
G
 
G
C
 
C
G
 
G
G
 
-
T
 
-
R
 
-
Q
 
-
D
 
-
S
 
-
D
 
-
T
 
-
L
 
-
S
 
-
K
 
-
L
 
-
L
 
-
A
 
-
A
 
-
Y
 
-
A
 
-
H
 
-
H
 
-
P
 
-
N
 
-
V
 
-
A
 
A
G
 
P
I
 
A
T
 
A
V
 
V
L
 
V
S
 
P
L
 
I
G
 
R
C
 
T
Q
 
I
H
 
H
L
 
N
Q
 
-
V
 
-
E
 
-
D
 
-
F
 
-
K
 
-
R
 
-
D
 
-
L
 
-
F
 
I
A
 
S
L
 
L
D
 
N
P
 
P
D
 
N
F
 
F
D
 
G
K
 
G
P
 
E
L
 
V
L
 
M
I
 
V
F
 
I
E
 
-
Q
 
-
Q
 
G
K
 
K
A
 
H
Q
 
V
S
 
G
E
 
F
E
 
Q
E
 
S
L
 
M
I
 
V
Q
 
E
N
 
D
S
 
I
I
 
L
R
 
Q
S
 
I
T
 
A
F
 
E
E
 
R
G
 
H
L
 
L
M
 
Q
F
 
K
I
 
L
N
 
N
K
 
Q
Q
 
R
A
 
Q
R
 
R
A
 
E
A
 
T
A
 
C
P
 
P
L
 
A
S
 
S
K
 
E
M
 
L
C
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
M
K
x
Q
C
|
C
G
 
G
G
 
G
S
 
S
D
 
D
G
 
A
F
 
F
S
 
S
G
 
G
I
 
V
S
 
T
A
 
A
N
 
N
P
 
P
S
 
A
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
C
 
A
A
 
S
D
 
D
L
 
L
L
 
L
V
 
V
A
 
R
L
 
C
G
 
G
A
 
A
K
 
T
V
 
V
L
 
M
L
 
F
A
 
S
E
|
E
F
 
V
P
 
T
E
 
E
L
 
V
C
 
R
G
 
D
V
 
A
E
 
I
Q
 
H
E
 
L
M
 
L
I
 
T
D
 
P
R
 
R
S
 
A
V
 
V
D
 
N
Q
 
E
P
 
E
T
 
V
A
 
G
E
 
K
K
 
R
F
 
L
I
 
L
R
 
E
L
 
E
M
 
M
T
 
E
E
 
W
Y
 
Y
D
 
D
D
 
N
L
 
-
A
 
-
H
 
-
K
 
-
V
 
-
G
 
-
S
 
-
G
 
-
F
 
-
Y
 
Y
M
 
L
N
 
N
P
 
G
S
 
G
P
 
L
G
 
A
N
 
N
I
 
V
K
 
V
D
 
E
G
 
-
L
 
-
I
 
-
T
 
-
D
 
-
A
 
-
I
 
-
K
 
K
S
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
S
A
 
I
R
 
A
K
 
K
A
 
S
G
 
G
S
 
K
A
 
S
P
 
A
I
 
I
V
 
V
D
 
E
V
 
V
L
 
L
D
 
S
Y
 
P
T
 
G
E
 
Q
P
 
R
A
 
P
T
 
T
K
 
K
P
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
I
L
 
Y
V
 
A
C
 
A
T
 
T
P
 
P
G
x
A
N
 
S
D
|
D
V
 
F
E
 
V
A
 
C
T
 
G
T
 
T
G
 
Q
K
 
Q
A
 
V
A
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
I
T
 
T
L
 
V
I
 
Q
L
 
V
F
 
F
T
 
T
T
 
T
G
 
G
L
 
R
G
 
G
T
 
T
P
 
P
T
 
Y
G
 
G
N
 
L
P
 
M
V
 
A
C
 
V
P
 
P
T
 
V
I
 
I
K
 
K
V
 
M
A
 
A
T
 
T
N
 
R
S
 
T
I
 
E
L
 
L
A
 
A
K
 
N
R
 
R
M
 
W
S
 
F
D
 
D
I
 
L
I
 
M
D
 
D
I
 
I
D
 
N
T
 
A
G
 
G
A
 
T
V
 
I
I
 
A
N
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
E
T
 
T
I
 
I
N
 
E
E
 
E
M
 
V
G
 
G
E
 
W
D
 
K
I
 
L
L
 
F
E
 
H
Y
 
F
C
 
I
I
 
L
K
 
D
V
 
V
A
 
A
S
 
S
G
 
G
E
 
K
E
 
K

Query Sequence

>CA265_RS04670 FitnessBrowser__Pedo557:CA265_RS04670
MKKLVIKINHADNVLVALQDLPKNTEIVHEGNTYVTVDEIPAKHKFFMQDMKAGDEVMMY
GVLVGKVQFDVKAGMRMNVENTKHAAEPFAYRNVNYKWEAPDVSKYANRSFNGYHRKNGE
VGTANYWLFIPTVFCENRNLDIIKESLYSELGYAVDDKYKSYTHKLVQAYENGEDIHNIS
FEPKVDKASRTFKNVDGIKFLTHNGGCGGTRQDSDTLSKLLAAYAHHPNVAGITVLSLGC
QHLQVEDFKRDLFALDPDFDKPLLIFEQQKAQSEEELIQNSIRSTFEGLMFINKQARAAA
PLSKMCVGVKCGGSDGFSGISANPSVGYCADLLVALGAKVLLAEFPELCGVEQEMIDRSV
DQPTAEKFIRLMTEYDDLAHKVGSGFYMNPSPGNIKDGLITDAIKSAGAARKAGSAPIVD
VLDYTEPATKPGLSLVCTPGNDVEATTGKAAAGATLILFTTGLGTPTGNPVCPTIKVATN
SILAKRMSDIIDIDTGAVINGEKTINEMGEDILEYCIKVASGEEIPKAVQLNQDDFIPWK
RGVSL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory