SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing CA265_RS10470 FitnessBrowser__Pedo557:CA265_RS10470 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

2a9gD Structure of c406a arginine deiminase in complex with l-arginine (see paper)
27% identity, 98% coverage: 9:481/481 of query aligns to 2:405/406 of 2a9gD

query
sites
2a9gD
K
 
K
V
 
L
S
 
G
V
 
V
N
 
H
T
 
S
E
 
E
I
 
A
G
 
G
R
 
K
L
 
L
R
 
R
K
 
K
L
 
V
L
 
M
I
 
V
H
 
C
S
 
S
P
 
P
D
 
G
S
 
L
G
 
A
L
 
H
G
 
Q
K
 
R
V
 
L
V
 
T
P
 
P
S
 
S
K
 
N
A
 
C
Q
 
D
D
 
E
W
 
L
L
|
L
F
 
F
E
 
D
D
 
D
I
 
V
V
 
I
H
 
W
L
 
V
D
 
N
T
 
Q
I
 
A
R
 
K
K
 
R
G
 
D
E
 
H
Y
 
F
D
 
D
Y
 
F
Y
 
V
I
 
T
K
 
K
L
 
M
L
 
R
M
 
E
Y
 
R
F
 
G
L
 
I
D
 
D
P
 
-
D
 
-
K
 
-
I
 
-
K
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
S
 
-
D
 
-
I
 
-
D
 
-
S
 
-
E
 
-
A
 
-
S
 
-
N
 
-
R
 
-
N
 
-
F
 
-
Y
 
-
K
 
-
P
 
-
N
 
-
H
 
-
P
 
-
D
 
-
F
 
-
H
 
-
N
 
-
S
 
-
K
 
-
S
 
-
V
 
V
I
 
L
E
 
E
I
 
M
Q
 
H
N
 
N
L
 
L
L
 
L
S
 
T
E
 
E
M
 
T
L
 
I
E
 
Q
N
 
N
-
 
P
E
 
E
S
 
A
I
 
L
R
 
K
-
 
W
-
 
I
-
 
L
-
 
D
K
 
R
K
 
K
L
 
I
V
 
T
A
 
A
A
 
D
V
 
S
C
 
V
A
 
G
I
 
L
E
 
-
G
 
G
C
 
L
T
 
T
Y
 
S
K
 
E
V
 
L
Q
 
R
L
 
S
A
 
W
L
 
L
T
 
E
N
 
S
T
 
L
D
 
E
P
 
P
K
 
R
Q
 
K
L
 
L
A
 
A
E
 
E
I
 
Y
F
 
L
I
 
I
S
 
G
G
 
G
T
 
V
L
 
A
A
 
A
D
 
D
D
 
D
-
 
L
-
 
P
-
 
A
-
 
S
-
 
E
-
 
G
-
 
A
-
 
N
-
 
I
-
 
L
-
 
K
-
 
M
-
 
Y
-
 
R
-
 
E
-
 
Y
-
 
L
-
 
G
-
 
H
-
 
S
T
 
S
M
 
F
I
 
L
F
 
L
A
 
P
P
 
P
I
 
L
P
 
P
N
|
N
L
 
T
I
 
Q
F
|
F
T
 
T
R
 
R
D
|
D
V
 
T
G
 
T
T
 
C
T
 
W
I
 
I
N
 
Y
N
 
G
H
 
G
I
 
V
L
 
T
L
 
L
N
 
N
K
 
P
P
 
M
A
 
Y
K
 
W
K
 
P
A
 
A
R
|
R
V
 
R
R
 
Q
E
 
E
T
 
T
L
 
L
L
 
L
M
 
T
R
 
T
Y
 
A
I
 
I
F
 
Y
F
 
K
N
 
F
H
 
H
P
 
P
L
 
-
F
 
-
E
 
-
D
 
E
Y
 
F
R
 
A
N
 
N
N
 
A
I
 
E
L
 
F
E
 
E
I
 
I
P
 
-
D
 
-
V
 
-
T
 
-
M
 
-
H
 
-
F
 
W
L
 
Y
R
 
G
P
 
D
G
 
P
D
 
D
E
 
K
P
 
D
A
 
H
F
 
G
S
 
S
T
 
S
T
 
T
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
G
D
 
D
V
 
V
M
 
M
M
 
P
V
 
I
S
 
G
P
 
N
N
 
G
H
 
V
V
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
G
C
 
M
S
 
G
E
 
E
R
 
R
T
 
S
S
 
S
E
 
R
H
 
Q
G
 
A
A
 
I
N
 
G
E
 
Q
A
 
V
I
 
A
K
 
Q
L
 
S
L
 
L
F
 
F
D
 
A
Q
 
K
D
 
G
V
 
A
V
 
A
E
 
E
K
 
R
V
 
V
T
 
I
V
 
V
V
 
A
K
 
G
I
 
L
P
 
P
S
 
K
K
 
S
R
 
R
D
 
A
Y
 
A
M
 
M
H
|
H
L
 
L
D
|
D
T
 
T
V
 
V
F
 
F
T
 
S
Q
 
F
V
 
C
K
 
D
R
 
R
N
 
D
T
 
L
W
 
V
V
 
T
I
 
V
L
 
F
N
 
P
S
 
E
I
 
V
A
 
V
H
 
K
S
 
-
P
 
-
K
 
-
Y
 
-
N
 
-
P
 
-
Y
 
-
E
 
E
P
 
I
I
 
V
N
 
P
F
 
F
L
 
S
K
 
L
E
 
R
P
 
P
E
 
-
K
 
-
L
 
-
E
 
-
A
 
-
T
 
-
T
 
-
A
 
-
I
 
-
Q
 
-
F
 
-
T
 
-
K
 
-
A
 
-
N
 
D
P
 
P
S
 
S
E
 
S
P
 
P
-
 
Y
-
 
G
K
 
M
H
 
N
F
 
I
K
 
R
H
 
R
V
 
E
E
 
E
A
 
K
L
 
T
L
 
F
N
 
L
D
 
E
I
 
V
S
 
V
Q
 
A
N
 
E
D
 
S
L
 
L
K
 
-
S
 
G
T
 
L
E
 
K
P
 
K
T
 
L
Q
 
R
I
 
V
I
 
V
Y
 
E
S
 
T
G
 
G
N
 
G
N
 
-
Q
 
-
F
 
-
P
 
-
Y
 
-
D
 
-
S
 
-
R
 
R
E
 
E
Q
 
Q
W
 
W
T
 
D
D
 
D
S
 
G
C
 
N
N
 
N
L
 
V
L
 
V
A
 
C
I
 
L
K
 
E
D
 
P
G
 
G
V
 
V
V
 
V
L
 
V
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
R
 
R
N
 
N
D
 
T
K
 
Y
T
 
T
V
 
N
E
 
T
A
 
L
F
 
L
K
 
R
T
 
K
A
 
A
G
 
G
F
 
V
D
 
E
V
 
V
V
 
I
D
 
T
V
 
I
K
 
S
D
 
-
L
 
-
I
 
-
Q
 
-
D
 
-
L
 
-
E
 
-
S
 
-
G
 
-
K
 
-
V
 
-
N
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
-
I
 
-
T
 
-
D
 
-
T
 
-
L
 
-
I
 
-
L
 
-
M
 
-
P
 
-
S
 
A
A
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
G
R
 
R
A
x
G
R
|
R
G
 
G
G
 
G
F
 
G
H
 
H
C
x
A
M
 
M
S
 
T
L
 
C
P
 
P
I
 
I
L
 
V
R
 
R
D
 
D
N
 
P
I
 
I

1s9rA Crystal structure of arginine deiminase covalently linked with a reaction intermediate (see paper)
24% identity, 98% coverage: 10:481/481 of query aligns to 10:407/409 of 1s9rA

query
sites
1s9rA
V
 
I
S
 
H
V
 
V
N
 
Y
T
 
S
E
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
E
L
 
L
R
 
E
K
 
S
L
 
V
L
 
L
I
 
V
H
 
H
S
 
E
P
 
P
D
 
G
S
 
R
G
 
E
L
 
I
G
 
D
K
 
Y
V
 
I
V
 
T
P
 
P
S
 
A
K
 
R
A
 
L
Q
 
D
D
 
E
W
 
L
L
|
L
F
 
F
E
 
S
D
 
A
I
 
I
V
 
L
H
 
E
L
 
S
D
 
H
T
 
D
I
 
A
R
 
R
K
 
K
G
 
E
E
 
H
Y
 
K
D
 
Q
Y
 
F
Y
 
V
I
 
A
K
 
E
L
 
L
L
 
-
M
 
-
Y
 
-
F
 
-
L
 
-
D
 
-
P
 
-
D
 
-
K
 
-
I
 
-
K
 
-
G
 
-
K
 
K
L
 
A
S
 
N
D
 
D
I
 
I
D
 
N
S
 
-
E
 
-
A
 
-
S
 
-
N
 
-
R
 
-
N
 
-
F
 
-
Y
 
-
K
 
-
P
 
-
N
 
-
H
 
-
P
 
-
D
 
-
F
 
-
H
 
-
N
 
-
S
 
-
K
 
-
S
 
-
V
 
V
I
 
V
E
 
E
I
 
L
Q
 
I
N
 
D
L
 
L
L
 
V
S
 
A
E
 
E
M
 
T
-
 
Y
-
 
D
L
 
L
E
 
A
N
 
S
E
 
Q
S
 
E
I
 
A
R
 
K
K
 
D
K
 
K
L
 
L
V
 
I
A
 
E
A
 
E
-
 
F
-
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
S
-
 
E
-
 
P
V
 
V
C
 
L
A
 
S
I
 
E
E
 
E
G
 
H
C
 
K
T
 
V
Y
 
V
K
 
V
V
 
R
Q
 
N
L
 
F
A
 
L
L
 
K
T
 
A
N
 
K
T
 
K
D
 
T
P
 
S
K
 
R
Q
 
E
L
 
L
A
 
V
E
 
E
I
 
I
F
 
M
I
 
M
S
 
A
G
 
G
T
 
I
L
 
T
-
 
K
-
 
Y
-
 
D
-
 
L
-
 
G
-
 
I
-
 
E
A
 
A
D
 
D
D
 
H
T
 
E
M
 
L
I
 
I
F
 
V
A
 
D
P
 
P
I
 
M
P
 
P
N
|
N
L
 
L
I
 
Y
F
|
F
T
 
T
R
|
R
D
|
D
V
 
P
G
 
F
T
 
A
T
 
S
I
 
V
N
 
G
N
 
N
H
 
G
I
 
V
L
 
T
L
 
I
N
 
H
K
 
Y
P
 
M
A
 
R
K
 
Y
K
 
K
A
 
V
R
|
R
V
 
Q
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
L
 
F
M
 
S
R
 
R
Y
 
F
I
 
V
F
 
F
F
 
S
N
 
N
H
 
H
P
 
P
L
 
-
F
 
-
E
 
-
D
 
-
Y
 
-
R
 
-
N
 
-
N
 
-
I
 
-
L
 
-
E
 
K
I
 
L
P
 
I
D
 
N
V
 
T
T
 
P
M
 
W
H
 
Y
F
 
Y
L
 
-
R
 
-
P
 
-
G
 
-
D
 
-
E
 
D
P
 
P
A
 
S
F
 
L
S
 
K
T
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
E
G
 
G
G
 
G
D
 
D
V
 
V
M
 
F
M
 
I
V
 
Y
S
 
N
P
 
N
N
 
D
H
 
T
V
 
L
L
 
V
I
 
V
G
 
G
C
 
V
S
 
S
E
 
E
R
|
R
T
 
T
S
 
D
E
 
L
H
 
Q
G
 
T
A
 
V
N
 
T
E
 
L
A
 
L
I
 
A
K
 
K
L
 
N
L
 
I
F
 
V
D
 
A
Q
 
N
D
 
K
V
 
E
V
 
C
E
 
E
-
 
F
-
 
K
K
 
R
V
 
I
T
 
V
V
 
A
V
 
I
K
 
N
I
 
V
P
 
P
S
 
K
K
 
W
R
 
T
D
 
N
Y
 
L
M
|
M
H
|
H
L
 
L
D
|
D
T
 
T
V
 
W
F
 
L
T
 
T
Q
 
M
V
 
L
K
 
D
R
 
K
N
 
D
T
 
K
W
 
F
V
 
-
I
 
L
L
 
Y
N
 
S
S
 
P
I
 
I
A
 
A
H
 
N
S
 
D
P
 
V
-
 
F
K
 
K
Y
 
F
N
 
W
P
 
D
Y
 
Y
E
 
D
P
 
L
I
 
V
N
 
N
F
 
G
L
 
G
K
 
A
E
 
E
P
 
P
E
 
Q
K
 
P
L
 
V
E
 
E
A
 
N
T
 
G
T
 
L
A
 
P
I
 
L
Q
 
-
F
 
-
T
 
-
K
 
-
A
 
-
N
 
-
P
 
-
S
 
-
E
 
-
P
 
-
K
 
-
H
 
-
F
 
-
K
 
-
H
 
-
V
 
-
E
 
E
A
 
G
L
 
L
L
 
L
N
 
Q
D
 
S
I
 
I
S
 
I
Q
 
-
N
 
-
D
 
-
L
 
-
K
 
-
S
 
N
T
 
K
E
 
K
P
 
P
T
 
V
Q
 
L
I
 
I
I
 
P
Y
 
I
S
 
A
G
 
G
N
 
E
N
 
G
Q
 
A
F
 
S
P
 
Q
Y
 
M
D
 
E
-
 
I
S
 
E
R
 
R
E
 
E
Q
 
T
W
 
H
T
 
F
D
 
D
S
 
G
C
 
T
N
 
N
L
 
Y
L
 
L
A
 
A
I
 
I
K
 
R
D
 
P
G
 
G
V
 
V
V
 
V
L
 
I
G
 
G
Y
 
Y
D
 
S
R
 
R
N
 
N
D
 
E
K
 
K
T
 
T
V
 
N
E
 
A
A
 
A
F
 
L
K
 
E
T
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
I
D
 
K
V
 
V
V
 
L
D
 
P
V
 
F
K
 
H
D
 
-
L
 
-
I
 
-
Q
 
-
D
 
-
L
 
-
E
 
-
S
 
-
G
 
-
K
 
-
V
 
-
N
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
-
I
 
-
T
 
-
D
 
-
T
 
-
L
 
-
I
 
-
L
 
-
M
 
-
P
 
-
S
 
G
A
 
N
E
 
Q
L
 
L
S
 
S
R
 
L
A
x
G
R
x
M
G
 
G
G
 
N
F
 
A
H
 
R
C
|
C
M
 
M
S
 
S
L
 
M
P
 
P
I
 
L
L
 
S
R
 
R
D
 
K
N
 
D
I
 
V

1lxyA Crystal structure of arginine deiminase covalently linked with l- citrulline (see paper)
24% identity, 98% coverage: 10:481/481 of query aligns to 10:407/409 of 1lxyA

query
sites
1lxyA
V
 
I
S
 
H
V
 
V
N
 
Y
T
 
S
E
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
E
L
 
L
R
 
E
K
 
S
L
 
V
L
 
L
I
 
V
H
 
H
S
 
E
P
 
P
D
 
G
S
 
R
G
 
E
L
 
I
G
 
D
K
 
Y
V
 
I
V
 
T
P
 
P
S
 
A
K
 
R
A
 
L
Q
 
D
D
 
E
W
 
L
L
|
L
F
 
F
E
 
S
D
 
A
I
 
I
V
 
L
H
 
E
L
 
S
D
 
H
T
 
D
I
 
A
R
 
R
K
 
K
G
 
E
E
 
H
Y
 
K
D
 
Q
Y
 
F
Y
 
V
I
 
A
K
 
E
L
 
L
L
 
-
M
 
-
Y
 
-
F
 
-
L
 
-
D
 
-
P
 
-
D
 
-
K
 
-
I
 
-
K
 
-
G
 
-
K
 
K
L
 
A
S
 
N
D
 
D
I
 
I
D
 
N
S
 
-
E
 
-
A
 
-
S
 
-
N
 
-
R
 
-
N
 
-
F
 
-
Y
 
-
K
 
-
P
 
-
N
 
-
H
 
-
P
 
-
D
 
-
F
 
-
H
 
-
N
 
-
S
 
-
K
 
-
S
 
-
V
 
V
I
 
V
E
 
E
I
 
L
Q
 
I
N
 
D
L
 
L
L
 
V
S
 
A
E
 
E
M
 
T
-
 
Y
-
 
D
L
 
L
E
 
A
N
 
S
E
 
Q
S
 
E
I
 
A
R
 
K
K
 
D
K
 
K
L
 
L
V
 
I
A
 
E
A
 
E
-
 
F
-
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
S
-
 
E
-
 
P
V
 
V
C
 
L
A
 
S
I
 
E
E
 
E
G
 
H
C
 
K
T
 
V
Y
 
V
K
 
V
V
 
R
Q
 
N
L
 
F
A
 
L
L
 
K
T
 
A
N
 
K
T
 
K
D
 
T
P
 
S
K
 
R
Q
 
E
L
 
L
A
 
V
E
 
E
I
 
I
F
 
M
I
 
M
S
 
A
G
 
G
T
 
I
L
 
T
-
 
K
-
 
Y
-
 
D
-
 
L
-
 
G
-
 
I
-
 
E
A
 
A
D
 
D
D
 
H
T
 
E
M
 
L
I
 
I
F
 
V
A
 
D
P
 
P
I
 
M
P
 
P
N
|
N
L
 
L
I
 
Y
F
|
F
T
 
T
R
 
R
D
|
D
V
 
P
G
 
F
T
 
A
T
 
S
I
 
V
N
 
G
N
 
N
H
 
G
I
 
V
L
 
T
L
 
I
N
 
H
K
 
Y
P
 
M
A
 
R
K
 
Y
K
 
K
A
 
V
R
|
R
V
 
Q
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
L
 
F
M
 
S
R
 
R
Y
 
F
I
 
V
F
 
F
F
 
S
N
 
N
H
 
H
P
 
P
L
 
-
F
 
-
E
 
-
D
 
-
Y
 
-
R
 
-
N
 
-
N
 
-
I
 
-
L
 
-
E
 
K
I
 
L
P
 
I
D
 
N
V
 
T
T
 
P
M
 
W
H
 
Y
F
 
Y
L
 
-
R
 
-
P
 
-
G
 
-
D
 
-
E
 
D
P
 
P
A
 
S
F
 
L
S
 
K
T
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
E
G
 
G
G
 
G
D
 
D
V
 
V
M
 
F
M
 
I
V
 
Y
S
 
N
P
 
N
N
 
D
H
 
T
V
 
L
L
 
V
I
 
V
G
 
G
C
 
V
S
 
S
E
 
E
R
|
R
T
 
T
S
 
D
E
 
L
H
 
Q
G
 
T
A
 
V
N
 
T
E
 
L
A
 
L
I
 
A
K
 
K
L
 
N
L
 
I
F
 
V
D
 
A
Q
 
N
D
 
K
V
 
E
V
 
C
E
 
E
-
 
F
-
 
K
K
 
R
V
 
I
T
 
V
V
 
A
V
 
I
K
 
N
I
 
V
P
 
P
S
 
K
K
 
W
R
 
T
D
 
N
Y
 
L
M
|
M
H
|
H
L
 
L
D
|
D
T
 
T
V
 
W
F
 
L
T
 
T
Q
 
M
V
 
L
K
 
D
R
 
K
N
 
D
T
 
K
W
 
F
V
 
-
I
 
L
L
 
Y
N
 
S
S
 
P
I
 
I
A
 
A
H
 
N
S
 
D
P
 
V
-
 
F
K
 
K
Y
 
F
N
 
W
P
 
D
Y
 
Y
E
 
D
P
 
L
I
 
V
N
 
N
F
 
G
L
 
G
K
 
A
E
 
E
P
 
P
E
 
Q
K
 
P
L
 
V
E
 
E
A
 
N
T
 
G
T
 
L
A
 
P
I
 
L
Q
 
-
F
 
-
T
 
-
K
 
-
A
 
-
N
 
-
P
 
-
S
 
-
E
 
-
P
 
-
K
 
-
H
 
-
F
 
-
K
 
-
H
 
-
V
 
-
E
 
E
A
 
G
L
 
L
L
 
L
N
 
Q
D
 
S
I
 
I
S
 
I
Q
 
-
N
 
-
D
 
-
L
 
-
K
 
-
S
 
N
T
 
K
E
 
K
P
 
P
T
 
V
Q
 
L
I
 
I
I
 
P
Y
 
I
S
 
A
G
 
G
N
 
E
N
 
G
Q
 
A
F
 
S
P
 
Q
Y
 
M
D
 
E
-
 
I
S
 
E
R
 
R
E
 
E
Q
 
T
W
 
H
T
 
F
D
 
D
S
 
G
C
 
T
N
 
N
L
 
Y
L
 
L
A
 
A
I
 
I
K
 
R
D
 
P
G
 
G
V
 
V
V
 
V
L
 
I
G
 
G
Y
 
Y
D
 
S
R
 
R
N
 
N
D
 
E
K
 
K
T
 
T
V
 
N
E
 
A
A
 
A
F
 
L
K
 
E
T
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
I
D
 
K
V
 
V
V
 
L
D
 
P
V
 
F
K
 
H
D
 
-
L
 
-
I
 
-
Q
 
-
D
 
-
L
 
-
E
 
-
S
 
-
G
 
-
K
 
-
V
 
-
N
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
-
I
 
-
T
 
-
D
 
-
T
 
-
L
 
-
I
 
-
L
 
-
M
 
-
P
 
-
S
 
G
A
 
N
E
 
Q
L
 
L
S
 
S
R
 
L
A
x
G
R
x
M
G
 
G
G
 
N
F
 
A
H
 
R
C
|
C
M
 
M
S
 
S
L
 
M
P
 
P
I
 
L
L
 
S
R
 
R
D
 
K
N
 
D
I
 
V

Query Sequence

>CA265_RS10470 FitnessBrowser__Pedo557:CA265_RS10470
MSEQNPNFKVSVNTEIGRLRKLLIHSPDSGLGKVVPSKAQDWLFEDIVHLDTIRKGEYDY
YIKLLMYFLDPDKIKGKLSDIDSEASNRNFYKPNHPDFHNSKSVIEIQNLLSEMLENESI
RKKLVAAVCAIEGCTYKVQLALTNTDPKQLAEIFISGTLADDTMIFAPIPNLIFTRDVGT
TINNHILLNKPAKKARVRETLLMRYIFFNHPLFEDYRNNILEIPDVTMHFLRPGDEPAFS
TTLEGGDVMMVSPNHVLIGCSERTSEHGANEAIKLLFDQDVVEKVTVVKIPSKRDYMHLD
TVFTQVKRNTWVILNSIAHSPKYNPYEPINFLKEPEKLEATTAIQFTKANPSEPKHFKHV
EALLNDISQNDLKSTEPTQIIYSGNNQFPYDSREQWTDSCNLLAIKDGVVLGYDRNDKTV
EAFKTAGFDVVDVKDLIQDLESGKVNVETITDTLILMPSAELSRARGGFHCMSLPILRDN
I

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory