SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing CA265_RS10640 CA265_RS10640 methylcrotonoyl-CoA carboxylase to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3u9sF Crystal structure of p. Aeruginosa 3-methylcrotonyl-coa carboxylase (mcc) 750 kd holoenzyme, coa complex (see paper)
47% identity, 97% coverage: 4:531/542 of query aligns to 16:527/537 of 3u9sF

query
sites
3u9sF
E
 
E
F
 
F
N
 
A
K
 
A
N
 
N
E
 
A
D
 
A
V
 
T
N
 
M
K
 
L
Q
 
E
L
 
Q
V
 
V
Y
 
N
E
 
A
L
 
L
K
 
R
T
 
T
R
 
L
L
 
L
K
 
G
K
 
R
I
 
I
Y
 
H
L
 
E
G
 
G
G
 
G
G
 
G
E
 
S
K
 
A
N
 
A
A
 
Q
A
 
A
K
x
R
Q
 
H
K
 
S
E
 
A
K
x
R
G
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
V
R
 
R
E
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
N
Y
 
R
L
 
L
I
 
L
D
 
D
K
 
P
D
 
G
S
 
S
N
 
P
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
L
G
 
S
A
 
A
F
 
L
T
 
A
A
 
A
D
 
H
G
 
E
M
 
V
Y
 
Y
A
 
G
E
 
E
Q
 
E
G
 
-
G
 
-
C
 
V
P
 
A
S
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
I
V
 
V
C
 
A
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
R
V
 
V
S
 
E
G
 
G
R
 
V
Q
 
E
C
 
C
M
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
G
N
 
N
D
 
D
A
 
A
T
 
T
V
 
V
K
|
K
A
x
G
G
 
G
A
x
T
W
 
Y
F
 
Y
P
 
P
M
 
L
T
 
T
A
 
V
K
 
K
K
 
K
N
 
H
L
 
L
R
 
R
A
 
A
Q
 
Q
E
 
A
I
 
I
A
 
A
M
 
L
E
 
E
N
 
N
R
 
R
L
 
L
P
 
P
V
 
C
I
 
I
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
D
 
D
S
 
S
A
 
G
G
|
G
V
x
A
Y
x
N
L
|
L
P
|
P
M
 
R
Q
 
Q
D
 
D
E
 
E
I
 
V
F
 
F
P
 
P
D
 
D
K
 
R
E
 
E
H
 
H
F
 
F
G
 
G
R
 
R
M
 
I
F
 
F
R
 
F
N
 
N
N
 
Q
A
 
A
I
 
N
M
 
M
S
 
S
S
 
A
E
 
R
G
 
G
I
 
I
V
 
P
Q
 
Q
I
 
I
S
 
A
A
 
V
I
 
V
M
 
M
G
 
G
A
 
S
C
 
C
V
x
T
A
|
A
G
|
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
L
 
V
P
 
P
I
 
A
M
 
M
S
 
S
D
 
D
E
 
E
A
 
T
M
 
V
I
 
M
V
 
V
D
 
R
K
 
E
T
 
Q
G
 
A
S
 
T
V
 
I
F
 
F
L
 
L
A
 
A
G
 
G
S
 
P
Y
x
P
L
|
L
V
 
V
K
 
K
S
 
A
A
 
A
I
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
V
V
 
V
D
 
S
N
 
A
E
 
E
T
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
A
T
 
D
T
 
V
H
 
H
C
 
C
E
 
K
I
 
V
S
 
S
G
 
G
V
 
V
T
 
A
D
 
D
Y
 
H
K
 
Y
H
 
A
L
 
E
N
 
D
D
 
D
Q
 
D
A
 
H
C
 
A
L
 
L
D
 
A
S
 
I
I
 
A
R
 
R
N
 
R
I
 
C
M
 
V
S
 
A
M
 
N
L
 
L
G
 
N
A
 
W
P
 
R
Q
 
K
N
 
Q
A
 
G
G
 
Q
F
 
L
D
 
Q
R
 
C
I
 
R
K
 
A
P
 
P
A
 
R
K
 
A
P
 
P
K
 
L
E
 
Y
K
 
P
E
 
A
E
 
E
E
 
E
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
I
 
V
L
 
I
P
 
P
E
 
A
N
 
D
R
 
S
D
 
K
K
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
E
 
D
I
 
V
M
 
R
D
 
E
I
 
V
I
 
I
N
 
A
R
 
R
L
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
G
S
 
S
E
 
E
F
 
F
E
 
D
E
 
E
Y
 
F
K
 
K
K
 
A
G
 
L
Y
 
F
G
 
G
Q
 
T
S
 
T
I
 
L
V
 
V
C
 
C
G
 
G
L
 
F
G
 
A
R
 
H
I
 
L
D
 
H
G
 
G
W
 
Y
A
 
P
V
 
I
G
 
A
I
 
I
V
 
L
A
 
A
N
 
N
Q
 
N
R
 
-
K
 
-
V
 
-
V
 
-
K
 
-
S
 
-
K
 
-
K
 
-
G
 
-
E
 
-
M
 
-
Q
 
-
F
 
-
G
 
-
G
 
G
V
 
I
I
 
L
Y
 
F
S
 
A
D
 
E
S
 
A
A
 
A
D
 
Q
K
 
K
A
 
G
T
 
A
R
 
H
F
 
F
I
 
I
M
 
E
N
 
L
C
 
A
N
 
C
Q
 
Q
K
 
R
K
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
L
F
 
F
L
 
L
Q
 
Q
D
 
N
V
 
I
T
|
T
G
|
G
F
|
F
M
 
M
V
 
V
G
 
G
S
 
Q
R
 
K
S
 
Y
E
 
E
H
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
I
I
 
A
K
 
K
D
 
H
G
 
G
A
 
A
K
 
K
M
 
L
V
 
V
N
 
T
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
C
S
 
A
V
 
R
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
T
 
T
I
 
V
V
 
L
L
 
I
G
 
G
N
 
G
S
 
S
Y
 
F
G
|
G
A
|
A
G
|
G
N
 
N
Y
 
Y
A
 
G
M
 
M
C
 
C
G
 
G
K
 
R
A
 
A
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
R
 
R
L
 
F
I
 
L
Y
 
W
A
 
M
W
 
W
P
 
P
T
 
N
A
 
A
K
 
R
I
 
I
A
 
G
V
 
V
M
|
M
G
|
G
G
 
G
S
 
E
Q
|
Q
A
 
A
A
 
A
K
 
G
T
x
V
L
|
L
L
 
A
Q
 
Q
I
x
V
Q
 
K
E
 
R
A
 
E
S
 
Q
L
 
A
K
 
E
A
 
R
K
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
Q
I
 
L
T
 
G
P
 
V
E
 
E
K
 
E
E
 
E
A
 
A
E
 
K
L
 
I
L
 
K
K
 
A
E
 
P
I
 
I
T
 
L
D
 
E
R
 
Q
Y
 
Y
D
 
E
S
 
H
Q
 
Q
T
 
G
T
 
H
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
S
A
 
S
S
 
A
R
 
R
L
 
L
W
 
W
V
 
D
D
 
D
G
 
G
I
 
V
I
 
I
D
 
D
P
 
P
L
 
A
E
 
Q
T
 
T
R
 
R
K
 
E
V
 
V
I
 
L
S
 
A
M
 
L
G
 
A
I
 
L
E
 
S
A
 
A
A
 
A
N
 
L
Q
 
N
S
 
A
P
 
P
I
 
I

8f3dA 3-methylcrotonyl-coa carboxylase in filament, beta-subunit centered (see paper)
43% identity, 95% coverage: 15:530/542 of query aligns to 40:566/566 of 8f3dA

query
sites
8f3dA
L
 
L
V
 
V
Y
 
E
E
 
Q
L
 
L
K
 
R
T
 
A
R
 
R
L
 
V
K
 
R
K
 
Y
I
 
V
Y
 
Q
L
 
A
G
 
G
G
 
G
-
 
V
-
 
V
G
 
P
E
 
E
K
 
E
N
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
V
-
 
S
-
 
I
-
 
S
-
 
S
-
 
I
-
 
E
-
 
A
-
 
D
-
 
D
-
 
R
-
 
V
-
 
R
-
 
K
-
 
L
Q
 
H
K
 
L
E
 
S
K
 
R
G
 
G
K
 
K
L
 
M
L
 
L
A
 
A
R
 
R
E
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
E
Y
 
R
L
 
L
I
 
I
D
 
D
K
 
P
D
 
G
S
 
T
N
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
L
G
 
S
A
 
Q
F
 
L
T
 
A
A
 
G
D
 
W
G
 
D
M
 
L
Y
 
Y
-
 
W
-
 
D
-
 
D
-
 
K
-
 
K
A
 
K
E
 
E
Q
 
Y
G
 
E
G
 
R
C
 
C
P
 
Y
S
 
S
A
 
G
G
 
G
V
 
I
V
 
V
C
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
L
V
 
V
S
 
N
G
 
G
R
 
V
Q
 
R
C
 
C
M
 
M
I
 
L
V
 
V
A
 
A
N
 
N
D
 
D
A
 
A
T
 
T
V
 
V
K
 
K
A
 
G
G
 
G
A
 
T
W
 
Y
F
 
Y
P
 
P
M
 
I
T
 
T
A
 
V
K
 
K
K
 
K
N
 
H
L
 
L
R
 
R
A
 
A
Q
 
Q
E
 
K
I
 
I
A
 
A
M
 
E
E
 
Q
N
 
N
R
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
C
I
 
I
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
D
 
D
S
 
S
A
 
G
G
 
G
V
 
A
Y
 
N
L
 
L
P
 
S
M
 
R
Q
 
Q
D
 
D
E
 
D
I
 
V
F
 
F
P
 
P
D
 
D
K
 
E
E
 
Q
H
 
H
F
 
F
G
 
G
R
 
R
M
 
I
F
 
F
R
 
Y
N
 
N
N
 
E
A
 
A
I
 
Q
M
 
M
S
 
S
S
 
I
E
 
K
G
 
S
I
 
I
V
 
S
Q
 
Q
I
 
I
S
 
A
A
 
V
I
 
V
M
 
M
G
 
G
A
 
S
C
 
C
V
 
T
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
L
 
V
P
 
P
I
 
A
M
 
M
S
 
A
D
 
D
E
 
E
A
 
N
M
 
I
I
 
I
V
 
V
D
 
A
K
 
R
T
 
N
G
 
G
S
 
T
V
 
I
F
 
F
L
 
L
A
 
G
G
 
G
S
 
P
Y
 
P
L
 
L
V
 
V
K
 
L
S
 
A
A
 
A
I
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
K
V
 
V
D
 
S
N
 
S
E
 
E
T
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
A
T
 
D
T
 
V
H
 
H
C
 
C
E
 
R
I
 
I
S
 
S
G
 
G
V
 
V
T
 
G
D
 
D
Y
 
H
K
 
Y
H
 
A
L
 
T
N
 
D
D
 
D
Q
 
L
A
 
H
C
 
A
L
 
L
D
 
Y
S
 
L
I
 
A
R
 
R
N
 
R
I
 
A
M
 
V
S
 
A
M
 
N
L
 
L
G
 
N
A
 
L
P
 
K
Q
 
E
N
 
H
-
 
N
-
 
E
-
 
A
A
 
R
G
 
N
F
 
P
D
 
T
R
 
D
I
 
V
K
 
K
P
 
P
A
 
V
K
 
P
P
 
P
K
 
L
E
 
Y
K
 
D
E
 
P
E
 
R
E
 
E
L
 
L
Y
 
G
G
 
G
I
 
F
L
 
I
P
 
P
E
 
D
-
 
M
-
 
L
-
 
S
N
 
D
R
 
V
D
 
V
K
 
K
P
 
S
Y
 
F
E
 
D
I
 
V
M
 
R
D
 
A
I
 
I
I
 
I
N
 
A
R
 
R
L
 
I
V
 
V
D
 
D
G
 
G
S
 
S
E
 
R
F
 
F
E
 
D
E
 
E
Y
 
F
K
 
K
K
 
A
G
 
L
Y
 
Y
G
 
G
Q
 
N
S
 
T
I
 
L
V
 
V
C
 
C
G
 
G
L
 
F
G
 
A
R
 
R
I
 
I
D
 
E
G
 
G
W
 
M
A
 
Q
V
 
V
G
 
G
I
 
I
V
 
I
A
 
A
N
 
N
Q
 
Q
R
 
-
K
 
-
V
 
-
V
 
-
K
 
-
S
 
-
K
 
-
K
 
-
G
 
-
E
 
-
M
 
-
Q
 
-
F
 
-
G
 
-
G
 
G
V
 
I
I
 
L
Y
 
Y
S
 
S
D
 
E
S
 
S
A
 
A
D
 
L
K
 
K
A
 
G
T
 
A
R
 
H
F
 
F
I
 
I
M
 
G
N
 
L
C
 
C
N
 
T
Q
 
Q
K
 
R
K
 
N
I
 
V
P
 
P
L
 
L
V
 
L
F
 
F
L
 
L
Q
 
Q
D
 
N
V
 
I
T
 
T
G
 
G
F
|
F
M
|
M
V
 
V
G
 
G
S
 
K
R
 
K
S
 
Y
E
 
E
H
 
E
G
 
G
G
 
G
I
 
I
I
 
A
K
 
R
D
 
N
G
 
G
A
 
A
K
 
R
M
 
L
V
 
V
N
 
M
A
 
A
V
 
V
A
 
S
N
 
S
S
 
A
V
 
P
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
V
T
 
T
I
 
V
V
 
L
L
 
I
G
 
G
N
 
G
S
 
S
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
A
 
G
M
 
M
C
 
C
G
 
G
K
 
R
A
 
A
Y
 
F
D
 
E
P
 
P
R
 
R
L
 
F
I
 
L
Y
 
F
A
 
M
W
 
W
P
 
P
T
 
N
A
 
A
K
 
R
I
 
I
A
 
S
V
 
V
M
|
M
G
 
G
G
 
G
S
 
T
Q
|
Q
A
 
A
A
 
A
K
 
-
T
 
T
L
 
V
L
 
L
Q
 
T
I
 
L
Q
 
T
E
 
N
A
 
R
S
 
N
L
 
L
K
 
K
A
 
N
K
 
A
G
 
S
E
 
E
V
 
A
I
 
-
T
 
-
P
 
-
E
 
-
K
 
E
E
 
I
A
 
A
E
 
A
L
 
F
L
 
K
K
 
D
E
 
K
I
 
V
T
 
K
D
 
K
R
 
K
Y
 
Y
D
 
E
S
 
K
Q
 
E
T
 
G
T
 
S
P
 
C
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
S
A
 
T
S
 
A
R
 
R
L
 
L
W
 
W
V
 
D
D
 
D
G
 
G
I
 
V
I
 
I
D
 
A
P
 
P
L
 
E
E
 
D
T
 
T
R
 
R
K
 
V
V
 
V
I
 
V
S
 
A
M
 
E
G
 
A
I
 
L
E
 
R
A
 
A
A
 
T
N
 
R
Q
 
L
S
 
A
P
 
P

1vrgA Crystal structure of propionyl-coa carboxylase, beta subunit (tm0716) from thermotoga maritima at 2.30 a resolution
36% identity, 94% coverage: 16:524/542 of query aligns to 7:496/515 of 1vrgA

query
sites
1vrgA
V
 
I
Y
 
E
E
 
E
L
 
L
K
 
K
T
 
K
R
 
I
L
 
E
K
 
K
K
 
E
I
 
I
Y
 
E
L
 
Q
G
 
G
G
 
G
G
 
G
E
 
P
K
 
E
N
 
K
A
 
V
A
 
E
K
 
K
Q
 
Q
K
 
H
E
 
R
K
 
A
G
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
T
A
 
A
R
 
W
E
 
E
R
 
R
I
 
L
A
 
E
Y
 
L
L
 
L
I
 
L
D
 
D
K
 
P
D
 
G
S
 
T
N
 
-
F
 
F
L
 
V
E
 
E
V
 
I
G
 
D
A
 
K
F
 
F
-
 
V
-
 
E
-
 
H
-
 
R
-
 
N
T
 
T
A
 
Y
D
 
F
G
 
G
M
 
L
Y
 
-
A
 
-
E
 
D
Q
 
K
G
 
V
G
 
K
C
 
L
P
 
P
S
 
R
A
 
D
G
 
G
V
 
V
V
 
I
C
 
T
G
 
G
I
 
V
G
 
G
Y
 
E
V
 
I
S
 
N
G
 
G
R
 
R
Q
 
K
C
 
V
M
 
A
I
 
V
V
 
F
A
 
S
N
 
Q
D
 
D
A
 
F
T
 
T
V
 
V
K
 
M
A
 
G
G
 
G
A
 
S
W
 
L
F
 
G
P
 
E
M
 
M
T
 
H
A
 
A
K
 
K
K
 
K
N
 
I
L
 
V
R
 
K
A
 
L
Q
 
L
E
 
D
I
 
L
A
 
A
M
 
L
E
 
K
N
 
M
R
 
G
L
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
Y
 
G
L
 
I
V
 
N
D
 
D
S
 
S
A
 
G
G
 
G
V
x
A
Y
 
R
L
 
I
P
 
-
M
 
-
Q
 
-
D
 
Q
E
 
E
I
 
G
F
 
V
P
 
D
D
 
A
K
 
L
E
 
A
H
 
G
F
 
Y
G
 
G
R
 
E
M
 
I
F
 
F
R
 
L
N
 
R
N
 
N
A
 
T
I
 
L
M
 
A
S
 
S
S
 
-
E
 
-
G
 
G
I
 
V
V
 
V
-
 
P
Q
 
Q
I
 
I
S
 
T
A
 
V
I
 
I
M
 
A
G
 
G
A
 
P
C
 
C
V
 
A
A
x
G
G
|
G
G
 
A
A
 
V
Y
 
Y
L
 
S
P
 
P
I
 
A
M
 
L
S
 
T
D
 
D
E
 
F
A
 
I
M
 
V
I
 
M
V
 
V
D
 
D
K
 
Q
T
 
T
G
 
A
S
 
R
V
 
M
F
 
F
L
 
I
A
 
T
G
|
G
S
x
P
Y
x
N
L
x
V
V
 
I
K
 
K
S
 
A
A
 
V
I
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
E
V
 
I
D
 
S
N
 
Q
E
 
E
T
 
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
A
T
 
M
T
 
V
H
 
H
C
 
N
E
 
Q
I
 
K
S
 
S
G
 
G
V
 
N
T
 
A
D
 
H
Y
 
F
K
 
L
H
 
A
L
 
D
N
 
N
D
 
D
Q
 
E
A
 
K
C
 
A
L
 
M
D
 
S
S
 
L
I
 
V
R
 
R
N
 
T
I
 
L
M
 
L
S
 
S
M
 
Y
L
 
L
G
 
P
A
 
S
P
 
-
Q
 
N
N
 
N
A
 
A
G
 
E
F
 
E
D
 
P
R
 
P
I
 
V
K
 
E
-
 
D
P
 
P
A
 
D
K
 
T
P
 
S
K
 
L
E
 
E
K
 
T
E
 
P
E
 
E
E
 
D
L
 
I
Y
 
L
G
 
D
I
 
I
L
 
L
P
 
P
E
 
D
N
 
N
R
 
P
D
 
N
K
 
K
P
 
G
Y
 
Y
E
 
D
I
 
V
M
 
R
D
 
D
I
 
V
I
 
I
N
 
K
R
 
R
L
 
V
V
 
V
D
 
D
G
 
H
S
 
G
E
 
E
F
 
F
E
 
F
E
 
E
Y
 
V
K
 
Q
K
 
P
G
 
Y
Y
 
F
G
 
A
Q
 
K
S
 
N
I
 
I
V
 
V
C
 
I
G
 
G
L
 
F
G
 
A
R
 
R
I
 
I
D
 
Q
G
 
G
W
 
K
A
 
T
V
 
V
G
 
G
I
 
I
V
 
V
A
 
A
N
 
N
Q
 
Q
R
 
P
K
 
S
V
 
V
V
 
L
K
 
-
S
 
-
K
 
-
K
 
-
G
 
-
E
 
-
M
 
-
Q
 
-
F
 
-
G
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
L
Y
 
D
S
 
I
D
 
D
S
 
S
A
 
S
D
 
D
K
 
K
A
 
A
T
 
A
R
 
R
F
 
F
I
 
I
M
 
R
N
 
F
C
 
L
N
 
D
Q
 
A
K
 
F
K
 
N
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
L
F
 
T
L
 
F
Q
 
V
D
 
D
V
 
T
T
 
P
G
 
G
F
x
Y
M
 
L
V
 
P
G
 
G
S
 
V
R
 
A
S
 
Q
E
 
E
H
 
H
G
 
G
G
 
G
I
 
I
I
 
I
K
 
R
D
 
H
G
 
G
A
 
A
K
 
K
M
 
L
V
 
L
N
 
Y
A
 
A
V
 
Y
A
 
S
N
 
E
S
 
A
V
 
T
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
I
T
 
T
I
 
V
V
 
I
L
 
L
G
 
R
N
 
K
S
 
A
Y
 
Y
G
 
G
A
x
G
G
x
A
N
 
Y
Y
 
I
A
 
A
M
 
M
C
 
G
G
 
S
K
 
K
A
 
H
Y
 
L
D
 
G
P
 
A
R
 
D
L
 
M
I
 
V
Y
 
L
A
 
A
W
 
W
P
 
P
T
 
S
A
 
A
K
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
V
M
 
M
G
 
G
G
 
P
S
 
E
Q
 
G
A
 
A
A
 
A
K
 
N
T
 
I
L
 
I
L
 
F
Q
 
-
I
 
-
Q
 
-
E
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
K
 
-
A
 
-
K
 
K
G
 
R
E
 
E
V
 
I
I
 
E
T
 
A
P
 
S
E
 
S
K
 
N
E
 
P
A
 
E
E
 
E
L
 
T
L
 
R
K
 
R
E
 
K
I
 
L
T
 
I
D
 
E
R
 
E
Y
 
Y
D
 
K
S
 
Q
Q
 
Q
-
 
F
T
 
A
T
 
N
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
I
A
 
A
A
 
A
S
 
S
R
 
R
L
 
G
W
 
Y
V
 
V
D
 
D
G
 
M
I
 
V
I
 
I
D
 
D
P
 
P
L
 
R
E
 
E
T
 
T
R
 
R
K
 
K
V
 
Y
I
 
I
S
 
M
M
 
R
G
 
A
I
 
L
E
 
E

6ybpA Propionyl-coa carboxylase of methylorubrum extorquens with bound coa
36% identity, 93% coverage: 18:523/542 of query aligns to 3:486/506 of 6ybpA

query
sites
6ybpA
E
 
K
L
 
L
K
 
E
T
 
E
R
 
R
L
 
R
K
 
A
K
 
Q
I
 
A
Y
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
E
 
E
K
 
K
N
x
R
A
 
L
A
 
E
K
 
A
Q
 
Q
K
 
H
E
 
K
K
 
R
G
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
T
A
 
A
R
 
R
E
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
E
Y
 
L
L
 
L
I
 
L
D
 
D
K
 
H
D
 
G
S
 
S
N
 
-
F
 
F
L
 
E
E
 
E
V
 
F
G
 
D
A
 
M
F
 
F
-
 
V
-
 
Q
-
 
H
-
 
R
-
 
S
T
 
T
A
 
D
D
 
F
G
 
G
M
 
M
Y
 
-
A
 
-
E
 
E
Q
 
K
G
 
Q
G
 
K
C
 
I
P
 
P
S
 
G
A
 
D
G
 
G
V
 
V
V
 
V
C
 
T
G
 
G
I
 
W
G
 
G
Y
 
T
V
 
V
S
 
N
G
 
G
R
 
R
Q
 
T
C
 
V
M
 
F
I
 
L
V
 
F
A
 
S
N
 
K
D
 
D
A
 
F
T
 
T
V
 
V
K
x
F
A
 
G
G
 
G
A
 
S
W
 
L
F
 
S
P
 
E
M
 
A
T
 
H
A
 
A
K
 
A
K
 
K
N
 
I
L
 
V
R
 
K
A
 
V
Q
 
Q
E
 
D
I
 
M
A
 
A
M
 
L
E
 
K
N
 
M
R
 
R
L
 
A
P
 
P
V
 
I
I
 
I
Y
 
G
L
 
I
V
 
F
D
 
D
S
 
A
A
x
G
G
 
G
V
x
A
Y
 
R
L
 
I
P
 
-
M
 
-
Q
 
-
D
 
Q
E
 
E
I
 
G
F
 
V
P
 
A
D
 
A
K
 
L
E
 
G
H
 
G
F
 
Y
G
 
G
R
 
E
M
 
V
F
 
F
R
 
R
N
 
R
N
 
N
A
 
-
I
 
V
M
 
A
S
 
A
S
 
S
E
 
G
G
 
V
I
 
I
V
 
P
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
A
 
V
I
 
I
M
 
M
G
 
G
A
 
P
C
 
C
V
 
A
A
x
G
G
|
G
G
 
D
A
 
V
Y
 
Y
L
 
S
P
 
P
I
 
A
M
 
M
S
 
T
D
 
D
E
 
F
A
 
I
M
 
F
I
 
M
V
 
V
D
 
R
K
 
D
T
 
T
G
 
S
S
 
Y
V
 
M
F
 
F
L
 
V
A
x
T
G
 
G
S
 
P
Y
 
D
L
 
V
V
 
V
K
 
K
S
 
T
A
x
V
I
 
T
G
 
N
E
 
E
E
 
V
V
 
V
D
 
T
N
 
A
E
 
E
T
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
A
T
 
K
T
 
V
H
 
H
C
 
T
E
 
S
I
 
K
S
 
S
G
 
S
V
 
I
T
 
A
D
 
D
Y
 
G
K
 
S
H
 
F
L
 
E
N
 
N
D
 
D
Q
 
V
A
 
E
C
 
A
L
 
I
D
 
L
S
 
Q
I
 
I
R
 
R
N
 
R
I
 
L
M
 
L
S
 
D
M
 
F
L
 
L
-
 
P
-
 
A
-
 
N
-
 
N
-
 
I
-
 
E
G
 
G
A
 
V
P
 
P
Q
 
E
N
 
I
A
 
E
G
 
S
F
 
F
D
 
D
R
 
D
I
 
V
K
 
N
P
 
-
A
 
-
K
 
-
P
 
-
K
 
-
E
 
R
K
 
L
E
 
D
E
 
K
E
 
S
L
 
L
Y
 
D
G
 
T
I
 
L
L
 
I
P
 
P
E
 
D
N
 
N
R
 
P
D
 
N
K
 
K
P
 
P
Y
 
Y
E
 
D
I
 
M
M
 
G
D
 
E
I
 
L
I
 
I
N
 
R
R
 
R
L
 
V
V
 
V
D
 
D
G
 
E
S
 
G
E
 
D
F
 
F
E
 
F
E
 
E
Y
 
I
K
 
Q
K
 
A
G
 
A
Y
 
Y
G
 
A
Q
 
R
S
 
N
I
 
I
V
 
I
C
 
T
G
 
G
L
 
F
G
 
G
R
 
R
I
 
V
D
 
E
G
 
G
W
 
R
A
 
T
V
 
V
G
 
G
I
 
F
V
 
V
A
 
A
N
 
N
Q
 
Q
R
 
P
K
 
L
V
 
V
V
 
L
K
 
-
S
 
-
K
 
-
K
 
-
G
 
-
E
 
-
M
 
-
Q
 
-
F
 
-
G
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
L
Y
 
D
S
 
S
D
 
D
S
 
A
A
 
S
D
 
R
K
 
K
A
 
A
T
 
A
R
 
R
F
 
F
I
 
V
M
 
R
N
 
F
C
 
C
N
 
N
Q
 
A
K
 
F
K
 
S
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
V
F
 
T
L
 
F
Q
 
V
D
 
D
V
 
V
T
x
P
G
 
G
F
|
F
M
 
L
V
 
P
G
 
G
S
 
T
R
 
A
S
 
Q
E
 
E
H
 
Y
G
 
G
G
 
G
I
 
L
I
 
I
K
 
K
D
 
H
G
 
G
A
 
A
K
 
K
M
 
L
V
 
L
N
 
F
A
 
A
V
 
Y
A
 
S
N
 
Q
S
 
A
V
 
T
V
 
V
P
 
P
K
 
L
F
 
V
T
 
T
I
 
I
V
 
I
L
 
T
G
 
R
N
 
K
S
 
A
Y
 
F
G
 
G
A
x
G
G
x
A
N
 
Y
Y
 
D
A
 
V
M
 
M
C
 
A
G
 
S
K
 
K
A
 
H
Y
 
V
D
 
G
P
 
A
R
 
D
L
 
L
I
 
N
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
P
 
P
T
 
T
A
 
A
K
 
Q
I
 
I
A
 
A
V
 
V
M
 
M
G
 
G
G
 
A
S
 
K
Q
 
G
A
 
A
A
 
V
K
 
E
T
x
I
L
 
I
L
 
F
Q
 
-
I
 
-
Q
 
-
E
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
K
 
-
A
 
-
K
x
R
G
 
A
E
 
E
V
 
I
I
 
G
T
 
D
P
 
A
E
 
D
K
 
K
E
 
I
A
 
A
E
 
E
L
 
R
L
 
T
K
 
K
E
 
E
I
 
Y
T
 
E
D
 
D
R
 
R
Y
 
F
D
 
-
S
 
-
Q
 
-
T
 
L
T
 
S
P
 
P
Y
 
F
Y
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
E
R
 
R
L
 
G
W
 
Y
V
 
I
D
 
D
G
 
E
I
 
V
I
 
I
D
 
M
P
 
P
L
 
H
E
 
S
T
 
T
R
 
R
K
 
K
V
 
R
I
 
I
S
 
A
M
 
R
G
 
A
I
 
L

1on3E Transcarboxylase 12s crystal structure: hexamer assembly and substrate binding to a multienzyme core (with methylmalonyl-coenzyme a and methylmalonic acid bound) (see paper)
36% identity, 94% coverage: 16:524/542 of query aligns to 13:501/520 of 1on3E

query
sites
1on3E
V
 
V
Y
 
E
E
 
Q
L
 
L
K
 
A
T
 
E
R
 
Q
L
 
R
K
 
Q
K
 
V
I
 
I
Y
 
E
L
 
A
G
 
G
G
 
G
G
 
G
E
 
E
K
 
R
N
x
R
A
 
V
A
 
E
K
 
K
Q
 
Q
K
 
H
E
 
S
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
L
 
Q
L
 
T
A
 
A
R
 
R
E
 
E
R
 
R
I
 
L
A
 
N
Y
 
N
L
 
L
I
 
L
D
 
D
K
 
P
D
 
H
S
 
S
N
 
-
F
 
F
L
 
D
E
 
E
V
 
V
G
 
G
A
 
A
F
 
F
-
 
R
-
 
K
-
 
H
-
 
R
-
 
T
T
 
T
A
 
L
D
 
F
G
 
G
M
 
M
Y
 
-
A
 
-
E
 
D
Q
 
K
G
 
A
G
 
V
C
 
V
P
 
P
S
 
A
A
 
D
G
 
G
V
 
V
V
 
V
C
 
T
G
 
G
I
 
R
G
 
G
Y
 
T
V
 
I
S
 
L
G
 
G
R
 
R
Q
 
P
C
 
V
M
 
H
I
 
A
V
 
A
A
 
S
N
 
Q
D
 
D
A
x
F
T
 
T
V
 
V
K
x
M
A
x
G
G
 
G
A
x
S
W
 
A
F
 
G
P
 
E
M
 
T
T
 
Q
A
 
S
K
 
T
K
 
K
N
 
V
L
 
V
R
 
E
A
 
T
Q
 
M
E
 
E
I
 
Q
A
 
A
M
 
L
E
 
L
N
 
T
R
 
G
L
 
T
P
 
P
V
 
F
I
 
L
Y
 
F
L
 
F
V
 
Y
D
 
D
S
 
S
A
x
G
G
|
G
V
x
A
Y
x
R
L
x
I
P
 
-
M
 
-
Q
 
-
D
x
Q
E
 
E
I
 
G
F
 
I
P
 
D
D
 
S
K
 
L
E
 
S
H
 
G
F
 
Y
G
 
G
R
 
K
M
 
M
F
 
F
R
 
F
N
 
A
N
 
N
A
 
V
I
 
K
M
 
L
S
 
S
S
 
-
E
 
-
G
 
G
I
 
V
V
 
V
-
 
P
Q
 
Q
I
 
I
S
 
A
A
 
I
I
 
I
M
 
A
G
 
G
A
x
P
C
 
C
V
x
A
A
x
G
G
|
G
G
 
A
A
 
S
Y
 
Y
L
 
S
P
 
P
I
 
A
M
 
L
S
 
T
D
 
D
E
 
-
A
 
F
M
 
I
I
 
I
V
 
M
D
 
T
K
 
K
T
 
K
G
 
A
S
 
H
V
 
M
F
 
F
L
x
I
A
x
T
G
|
G
S
 
P
Y
 
Q
L
x
V
V
 
I
K
 
K
S
 
S
A
 
V
I
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
D
V
 
V
D
 
T
N
 
A
E
 
D
T
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
A
T
 
E
T
 
A
H
 
H
C
 
M
E
 
A
I
 
I
S
 
S
G
 
G
V
 
N
T
 
I
D
 
H
Y
 
F
K
 
V
H
 
A
L
 
E
N
 
D
D
 
D
Q
 
D
A
 
A
C
 
A
L
 
E
D
 
L
S
 
I
I
 
A
R
 
K
N
 
K
I
 
L
M
 
L
S
 
S
M
 
F
L
 
L
G
 
-
A
 
-
P
 
P
Q
 
Q
N
 
N
-
 
N
-
 
T
-
 
E
-
 
E
A
 
A
G
 
S
F
 
F
D
 
-
R
 
-
I
 
V
K
 
N
P
 
P
A
 
N
K
 
N
P
 
D
K
 
V
E
 
S
K
 
P
E
 
N
E
 
T
E
 
E
L
 
L
Y
 
R
G
 
D
I
 
I
L
 
V
P
 
P
E
 
I
N
 
D
R
 
G
D
 
K
K
 
K
P
 
G
Y
 
Y
E
 
D
I
 
V
M
 
R
D
 
D
I
 
V
I
 
I
N
 
A
R
 
K
L
 
I
V
 
V
D
 
D
G
 
W
S
 
G
E
 
D
F
 
Y
E
 
L
E
 
E
Y
 
V
K
 
K
K
 
A
G
 
G
Y
 
Y
G
 
A
Q
 
T
S
 
N
I
 
L
V
 
V
C
 
T
G
 
A
L
 
F
G
 
A
R
 
R
I
 
V
D
 
N
G
 
G
W
 
R
A
 
S
V
 
V
G
 
G
I
 
I
V
 
V
A
 
A
N
 
N
Q
 
Q
R
 
P
K
 
S
V
 
V
V
 
M
K
 
S
S
 
-
K
 
-
K
 
-
G
 
-
E
 
-
M
 
-
Q
 
-
F
 
-
G
 
-
G
 
G
V
 
C
I
 
L
Y
 
D
S
 
I
D
 
N
S
 
A
A
 
S
D
 
D
K
 
K
A
 
A
T
 
A
R
 
E
F
 
F
I
 
V
M
 
N
N
 
F
C
 
C
N
 
D
Q
 
S
K
 
F
K
 
N
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
V
F
 
Q
L
 
L
Q
 
V
D
 
D
V
 
V
T
 
P
G
 
G
F
|
F
M
 
L
V
 
P
G
 
G
S
 
V
R
 
Q
S
 
Q
E
 
E
H
 
Y
G
 
G
G
 
G
I
 
I
I
 
I
K
 
R
D
 
H
G
 
G
A
 
A
K
 
K
M
 
M
V
 
L
N
 
Y
A
 
A
V
 
Y
A
 
S
N
 
E
S
 
A
V
 
T
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
I
T
 
T
I
 
V
V
 
V
L
 
L
G
 
R
N
 
K
S
 
A
Y
 
Y
G
|
G
A
x
G
G
x
S
N
 
Y
Y
 
L
A
 
A
M
 
M
C
 
C
G
 
N
K
 
R
A
 
D
Y
 
L
D
 
G
P
 
A
R
 
D
L
 
A
I
 
V
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
P
 
P
T
 
S
A
 
A
K
 
E
I
 
I
A
 
A
V
|
V
M
|
M
G
 
G
G
 
A
S
 
E
Q
 
G
A
 
A
A
 
A
K
 
N
T
 
V
L
 
I
L
 
F
Q
 
R
I
 
K
Q
 
E
E
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
I
K
 
K
A
 
A
K
 
A
G
 
D
E
 
D
V
 
-
I
 
-
T
 
-
P
 
P
E
 
D
K
 
A
-
 
M
E
 
R
A
 
A
E
 
E
L
 
K
L
 
I
K
 
E
E
 
E
I
 
Y
T
 
Q
D
 
N
R
 
A
Y
 
F
D
 
N
S
 
-
Q
 
-
T
 
-
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
A
R
 
R
L
 
G
W
 
Q
V
 
V
D
 
D
G
 
D
I
 
V
I
 
I
D
 
D
P
 
P
L
 
A
E
 
D
T
 
T
R
 
R
K
 
R
V
 
K
I
 
I
S
 
A
M
 
S
G
 
A
I
 
L
E
 
E

Q168G2 Propionyl-CoA carboxylase beta chain; EC 6.4.1.3 from Roseobacter denitrificans (strain ATCC 33942 / OCh 114) (Erythrobacter sp. (strain OCh 114)) (Roseobacter denitrificans) (see paper)
33% identity, 97% coverage: 13:537/542 of query aligns to 2:508/510 of Q168G2

query
sites
Q168G2
K
 
K
Q
 
D
L
 
I
V
 
L
Y
 
E
E
 
Q
L
 
L
K
 
E
T
 
D
R
 
R
L
 
R
K
 
A
K
 
A
I
 
A
Y
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
K
 
K
N
 
R
A
 
I
A
 
D
K
 
A
Q
 
Q
K
 
H
E
 
G
K
 
R
G
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
T
A
 
A
R
 
R
E
 
E
R
 
R
I
 
V
A
 
D
Y
 
L
L
 
L
I
 
L
D
 
D
K
 
E
D
 
G
S
 
S
N
 
-
F
 
F
L
 
E
E
 
E
V
 
F
G
 
D
A
 
M
F
 
F
T
 
V
A
 
T
D
 
H
G
 
R
M
 
C
-
 
T
-
 
D
Y
 
F
A
 
N
E
 
M
Q
 
Q
G
 
D
G
 
Q
C
 
K
P
 
P
S
 
A
A
 
G
-
 
D
G
 
G
V
 
V
V
 
V
C
 
T
G
 
G
I
 
W
G
|
G
Y
 
T
V
 
I
S
 
N
G
 
G
R
 
R
Q
 
V
C
 
V
M
 
Y
I
 
V
V
 
F
A
 
S
N
 
Q
D
 
D
A
 
F
T
 
T
V
 
V
K
 
L
A
 
G
G
 
G
A
 
S
W
 
V
F
 
S
P
 
E
M
 
T
T
 
H
A
 
S
K
 
K
K
 
K
N
 
I
L
 
C
R
 
K
A
 
I
Q
 
M
E
 
D
I
 
M
A
 
A
M
 
M
E
 
Q
N
 
N
R
 
G
L
x
A
P
 
P
V
 
V
I
 
I
Y
 
G
L
 
I
V
 
N
D
 
D
S
 
S
A
 
G
G
 
G
V
 
A
Y
 
R
L
 
I
P
 
-
M
 
-
Q
 
-
D
 
Q
E
 
E
I
 
G
F
 
V
P
 
D
D
 
S
K
 
L
E
 
A
H
 
G
F
 
Y
G
 
G
R
 
E
M
 
V
F
 
F
R
 
Q
N
 
R
N
 
N
A
 
-
I
 
I
M
 
M
S
 
A
S
 
S
E
 
G
G
 
V
I
 
V
V
 
P
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
A
 
M
I
 
I
M
 
M
G
 
G
A
 
P
C
 
C
V
 
A
A
 
G
G
 
G
G
 
A
A
 
V
Y
 
Y
L
 
S
P
 
P
I
 
A
M
 
M
S
 
T
D
 
D
E
 
F
A
 
I
M
 
F
I
 
M
V
 
V
D
 
K
K
 
D
T
 
S
G
 
S
S
 
Y
V
 
M
F
 
F
L
 
V
A
 
T
G
 
G
S
 
P
Y
 
D
L
 
V
V
 
V
K
 
K
S
 
T
A
 
V
I
 
T
G
 
N
E
 
E
E
 
Q
V
 
V
D
 
S
N
 
A
E
 
E
T
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
A
T
 
T
T
 
T
H
 
H
C
 
T
E
 
R
I
 
K
S
 
S
G
 
S
V
 
V
T
 
A
D
 
D
Y
 
A
K
 
A
H
 
F
L
 
E
N
 
N
D
 
D
Q
 
V
A
 
E
C
 
A
L
 
L
D
 
A
S
 
E
I
 
V
R
 
R
N
 
R
I
 
L
M
 
V
S
 
D
M
 
F
L
 
L
G
 
-
A
 
-
P
 
P
Q
 
L
N
 
N
A
 
-
G
 
-
F
 
-
D
 
N
R
 
R
I
 
E
K
 
K
P
 
P
A
 
P
-
 
V
-
 
R
-
 
P
-
 
F
-
 
F
-
 
D
K
 
D
P
 
P
K
 
D
E
 
R
K
 
I
E
 
E
E
 
P
E
 
S
L
 
L
Y
 
D
G
 
T
I
 
L
L
 
V
P
 
P
E
 
D
N
 
N
R
 
P
D
 
N
K
 
T
P
 
P
Y
 
Y
E
 
D
I
 
M
M
 
K
D
 
E
I
 
L
I
 
I
N
 
H
R
 
K
L
 
L
V
 
A
D
 
D
G
 
E
S
 
G
E
 
D
F
 
F
E
 
Y
E
 
E
Y
 
I
K
 
Q
K
 
E
G
 
E
Y
 
F
G
 
A
Q
 
K
S
 
N
I
 
I
V
 
I
C
 
T
G
 
G
L
 
F
G
 
I
R
 
R
I
 
L
D
 
E
G
 
G
W
 
R
A
 
T
V
 
V
G
 
G
I
 
V
V
 
V
A
 
A
N
 
N
Q
 
Q
R
 
P
K
 
L
V
 
V
V
 
L
K
 
-
S
 
-
K
 
-
K
 
-
G
 
-
E
 
-
M
 
-
Q
 
-
F
 
-
G
 
A
G
 
G
V
 
C
I
 
L
Y
 
D
S
 
I
D
 
D
S
 
S
A
 
S
D
 
R
K
 
K
A
 
A
T
 
A
R
 
R
F
 
F
I
 
V
M
 
R
N
 
F
C
 
C
N
 
D
Q
 
A
K
 
F
K
 
E
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
L
F
 
T
L
 
L
Q
 
I
D
 
D
V
 
V
T
 
P
G
 
G
F
 
F
M
 
L
V
 
P
G
 
G
S
 
T
R
 
S
S
 
Q
E
 
E
H
 
Y
G
 
G
G
 
G
I
 
V
I
 
I
K
 
K
D
 
H
G
 
G
A
 
A
K
 
K
M
 
L
V
 
L
N
 
Y
A
 
A
V
 
Y
A
 
G
N
 
E
S
 
A
V
 
T
V
 
V
P
 
P
K
 
M
F
 
V
T
 
T
I
 
V
V
 
I
L
 
T
G
 
R
N
 
K
S
 
A
Y
 
Y
G
 
G
A
 
G
G
 
A
N
 
Y
Y
 
V
A
 
V
M
 
M
C
 
S
G
 
S
K
 
K
A
 
H
Y
 
L
D
 
R
P
 
A
R
 
D
L
 
F
I
 
N
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
P
 
P
T
 
T
A
 
A
K
 
E
I
 
V
A
 
A
V
 
V
M
 
M
G
 
G
G
 
A
S
 
K
Q
 
G
A
 
A
A
 
T
K
 
E
T
 
I
L
 
I
L
 
-
Q
 
-
I
 
-
Q
 
-
E
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
K
 
-
A
 
H
K
 
R
G
 
G
E
 
D
V
 
L
I
 
G
T
 
D
P
 
P
E
 
E
K
 
K
E
 
I
A
 
A
E
 
Q
L
 
H
L
 
T
K
 
A
E
 
D
I
 
Y
T
 
E
D
 
E
R
 
R
Y
 
F
D
 
-
S
 
-
Q
 
-
T
 
A
T
 
N
P
 
P
Y
 
F
Y
 
V
A
 
A
A
 
S
S
 
E
R
 
R
L
 
G
W
 
F
V
 
V
D
 
D
G
 
E
I
 
V
I
 
I
D
 
Q
P
 
P
L
 
R
E
 
S
T
 
T
R
 
R
K
 
K
V
 
R
I
 
V
S
 
A
M
 
R
G
 
A
I
 
F
E
 
A
A
 
S
A
 
L
N
 
R
-
 
N
-
 
K
-
 
S
-
 
V
Q
 
Q
S
 
M
P
 
P
I
 
W
T
 
K
K
 
K
K
 
H
F
 
D
N
 
N
V
 
I

3n6rB Crystal structure of the holoenzyme of propionyl-coa carboxylase (pcc) (see paper)
34% identity, 96% coverage: 18:537/542 of query aligns to 3:504/506 of 3n6rB

query
sites
3n6rB
E
 
Q
L
 
L
K
 
E
T
 
D
R
 
R
L
 
R
K
 
A
K
 
A
I
 
A
Y
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
K
 
K
N
 
R
A
 
I
A
 
D
K
 
A
Q
 
Q
K
 
H
E
 
G
K
 
R
G
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
T
A
 
A
R
 
R
E
 
E
R
 
R
I
 
V
A
 
D
Y
 
L
L
 
L
I
 
L
D
 
D
K
 
E
D
 
G
S
 
S
N
 
-
F
 
F
L
 
E
E
 
E
V
 
F
G
 
D
A
 
M
F
 
F
T
 
V
A
 
T
D
 
H
G
 
R
M
 
C
-
 
T
-
 
D
Y
 
F
A
 
N
E
 
M
Q
 
Q
G
 
D
G
 
Q
C
 
K
P
 
P
S
 
A
A
 
G
-
 
D
G
 
G
V
 
V
V
 
V
C
 
T
G
 
G
I
 
W
G
 
G
Y
 
T
V
 
I
S
 
N
G
 
G
R
 
R
Q
 
V
C
 
V
M
 
Y
I
 
V
V
 
F
A
 
S
N
 
Q
D
 
D
A
 
F
T
 
T
V
 
V
K
 
L
A
 
G
G
 
G
A
 
S
W
 
V
F
 
S
P
 
E
M
 
T
T
 
H
A
 
S
K
 
K
K
 
K
N
 
I
L
 
C
R
 
K
A
 
I
Q
 
M
E
 
D
I
 
M
A
 
A
M
 
M
E
 
Q
N
 
N
R
 
G
L
 
A
P
 
P
V
 
V
I
 
I
Y
 
G
L
 
I
V
 
N
D
 
D
S
 
S
A
 
G
G
 
G
V
x
A
Y
 
R
L
 
I
P
 
-
M
 
-
Q
 
-
D
 
Q
E
 
E
I
 
G
F
 
V
P
 
D
D
 
S
K
 
L
E
 
A
H
 
G
F
 
Y
G
 
G
R
 
E
M
 
V
F
 
F
R
 
Q
N
 
R
N
 
N
A
 
-
I
 
I
M
 
M
S
 
A
S
 
S
E
 
G
G
 
V
I
 
V
V
 
P
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
A
 
M
I
 
I
M
 
M
G
 
G
A
 
P
C
 
C
V
 
A
A
x
G
G
|
G
G
 
A
A
 
V
Y
 
Y
L
 
S
P
 
P
I
 
A
M
 
M
S
 
T
D
 
D
E
 
F
A
 
I
M
 
F
I
 
M
V
 
V
D
 
K
K
 
D
T
 
S
G
 
S
S
 
Y
V
 
M
F
 
F
L
 
V
A
x
T
G
 
G
S
 
P
Y
 
D
L
 
V
V
 
V
K
 
K
S
 
T
A
x
V
I
 
T
G
 
N
E
 
E
E
 
Q
V
 
V
D
 
S
N
 
A
E
 
E
T
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
A
T
 
T
T
 
T
H
 
H
C
 
T
E
 
R
I
 
K
S
 
S
G
 
S
V
 
V
T
 
A
D
 
D
Y
 
A
K
 
A
H
 
F
L
 
E
N
 
N
D
 
D
Q
 
V
A
 
E
C
 
A
L
 
L
D
 
A
S
 
E
I
 
V
R
 
R
N
 
R
I
 
L
M
 
V
S
 
D
M
 
F
L
 
L
G
 
-
A
 
-
P
 
P
Q
 
L
N
 
N
A
 
-
G
 
-
F
 
-
D
 
N
R
 
R
I
 
E
K
 
K
P
 
P
A
 
P
-
 
V
-
 
R
-
 
P
-
 
F
-
 
F
-
 
D
K
 
D
P
 
P
K
 
D
E
 
R
K
 
I
E
 
E
E
 
P
E
 
S
L
 
L
Y
 
D
G
 
T
I
 
L
L
 
V
P
 
P
E
 
D
N
 
N
R
 
P
D
 
N
K
 
T
P
 
P
Y
 
Y
E
 
D
I
 
M
M
 
K
D
 
E
I
 
L
I
 
I
N
 
H
R
 
K
L
 
L
V
 
A
D
 
D
G
 
E
S
 
G
E
 
D
F
 
F
E
 
Y
E
 
E
Y
 
I
K
 
Q
K
 
E
G
 
E
Y
 
F
G
 
A
Q
 
K
S
 
N
I
 
I
V
 
I
C
 
T
G
 
G
L
 
F
G
 
I
R
 
R
I
 
L
D
 
E
G
 
G
W
 
R
A
 
T
V
 
V
G
 
G
I
 
V
V
 
V
A
 
A
N
 
N
Q
 
Q
R
 
P
K
 
L
V
 
V
V
 
L
K
 
-
S
 
-
K
 
-
K
 
-
G
 
-
E
 
-
M
 
-
Q
 
-
F
 
-
G
 
A
G
 
G
V
 
C
I
 
L
Y
 
D
S
 
I
D
 
D
S
 
S
A
 
S
D
 
R
K
 
K
A
 
A
T
 
A
R
 
R
F
 
F
I
 
V
M
 
R
N
 
F
C
 
C
N
 
D
Q
 
A
K
 
F
K
 
E
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
L
F
 
T
L
 
L
Q
 
I
D
 
D
V
 
V
T
 
P
G
|
G
F
|
F
M
 
L
V
x
P
G
 
G
S
 
T
R
 
S
S
 
Q
E
 
E
H
 
Y
G
 
G
G
 
G
I
 
V
I
 
I
K
 
K
D
 
H
G
 
G
A
 
A
K
 
K
M
 
L
V
 
L
N
 
Y
A
 
A
V
 
Y
A
 
G
N
 
E
S
 
A
V
 
T
V
 
V
P
 
P
K
 
M
F
 
V
T
 
T
I
 
V
V
 
I
L
 
T
G
 
R
N
 
K
S
 
A
Y
 
Y
G
 
G
A
x
G
G
x
A
N
 
Y
Y
 
V
A
 
V
M
 
M
C
 
S
G
 
S
K
 
K
A
 
H
Y
 
L
D
 
R
P
 
A
R
 
D
L
 
F
I
 
N
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
P
 
P
T
 
T
A
 
A
K
 
E
I
 
V
A
 
A
V
 
V
M
 
M
G
 
G
G
 
A
S
 
K
Q
 
G
A
 
A
A
 
T
K
 
E
T
 
I
L
 
I
L
 
-
Q
 
-
I
 
-
Q
 
-
E
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
K
 
-
A
 
H
K
 
R
G
 
G
E
 
D
V
 
L
I
 
G
T
 
D
P
 
P
E
 
E
K
 
K
E
 
I
A
 
A
E
 
Q
L
 
H
L
 
T
K
 
A
E
 
D
I
 
Y
T
 
E
D
 
E
R
 
R
Y
 
F
D
 
-
S
 
-
Q
 
-
T
 
A
T
 
N
P
 
P
Y
 
F
Y
 
V
A
 
A
A
 
S
S
 
E
R
 
R
L
 
G
W
 
F
V
 
V
D
 
D
G
 
E
I
 
V
I
 
I
D
 
Q
P
 
P
L
 
R
E
 
S
T
 
T
R
 
R
K
 
K
V
 
R
I
 
V
S
 
A
M
 
R
G
 
A
I
 
F
E
 
A
A
 
S
A
 
L
N
 
R
-
 
N
-
 
K
-
 
S
-
 
V
Q
 
Q
S
 
M
P
 
P
I
 
W
T
 
K
K
 
K
K
 
H
F
 
D
N
 
N
V
 
I

3ib9A Propionyl-coa carboxylase beta subunit, d422l (see paper)
33% identity, 93% coverage: 18:523/542 of query aligns to 11:501/521 of 3ib9A

query
sites
3ib9A
E
 
D
L
 
L
K
 
R
T
 
R
R
 
R
L
 
I
K
 
E
K
 
E
I
 
A
Y
 
T
L
 
H
G
 
A
G
 
G
G
 
S
E
 
A
K
 
R
N
 
A
A
 
V
A
 
E
K
 
K
Q
 
Q
K
 
H
E
 
A
K
|
K
G
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
T
A
 
A
R
 
R
E
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
D
Y
 
L
L
 
L
I
 
L
D
 
D
K
 
E
D
 
G
S
 
S
N
 
-
F
 
F
L
 
V
E
 
E
V
 
L
G
 
D
A
 
E
F
 
F
-
 
A
-
 
R
-
 
H
-
 
R
-
 
S
T
 
T
A
 
N
D
 
F
G
 
G
M
 
L
Y
 
D
A
 
A
E
 
N
Q
 
R
G
 
-
G
 
-
C
 
-
P
 
P
S
 
Y
A
 
G
-
 
D
G
 
G
V
 
V
V
 
V
C
 
T
G
 
G
I
 
Y
G
 
G
Y
 
T
V
 
V
S
 
D
G
 
G
R
 
R
Q
 
P
C
 
V
M
 
A
I
 
V
V
 
F
A
 
S
N
 
Q
D
 
D
A
x
F
T
 
T
V
 
V
K
 
F
A
 
G
G
 
G
A
 
A
W
 
L
F
 
G
P
 
E
M
 
V
T
 
Y
A
 
G
K
 
Q
K
 
K
N
 
I
L
 
V
R
 
K
A
 
V
Q
 
M
E
 
D
I
 
F
A
 
A
M
 
L
E
 
K
N
 
T
R
 
G
L
 
C
P
 
P
V
 
V
I
 
V
Y
 
G
L
 
I
V
 
N
D
 
D
S
 
S
A
 
G
G
 
G
V
x
A
Y
 
R
L
 
I
P
 
-
M
 
-
Q
 
-
D
 
Q
E
 
E
I
 
G
F
 
V
P
 
A
D
 
S
K
 
L
E
 
G
H
 
A
F
 
Y
G
 
G
R
 
E
M
 
I
F
 
F
R
 
R
N
 
R
N
 
N
A
 
T
I
 
-
M
 
H
S
 
A
S
 
S
E
 
G
G
 
V
I
 
I
V
 
P
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
A
 
L
I
 
V
M
 
V
G
 
G
A
x
P
C
 
C
V
 
A
A
x
G
G
|
G
G
 
A
A
 
V
Y
 
Y
L
 
S
P
 
P
I
 
A
M
 
I
S
 
T
D
 
D
E
 
F
A
 
T
M
 
V
I
 
M
V
 
V
D
 
D
K
 
Q
T
 
T
G
 
S
S
x
H
V
 
M
F
|
F
L
 
I
A
 
T
G
 
G
S
 
P
Y
 
D
L
 
V
V
 
I
K
 
K
S
 
T
A
 
V
I
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
D
V
 
V
D
 
G
N
x
F
E
 
E
T
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
A
T
 
R
T
 
T
H
 
H
C
 
N
E
 
S
I
 
T
S
 
S
G
 
G
V
 
V
T
 
A
D
 
H
Y
 
H
K
 
M
H
 
A
L
 
G
N
 
D
D
 
E
Q
 
K
A
 
D
C
 
A
L
 
V
D
 
E
S
 
Y
I
 
V
R
 
K
N
 
Q
I
 
L
M
 
L
S
 
S
M
 
Y
L
 
L
G
 
-
A
 
-
P
 
P
Q
 
S
N
 
N
A
 
N
G
 
L
F
 
S
D
 
E
R
 
-
I
 
-
K
 
P
P
 
P
A
 
A
K
 
F
P
 
P
K
 
E
E
 
E
-
 
A
-
 
D
-
 
L
-
 
A
-
 
V
-
 
T
-
 
D
K
 
E
E
 
D
E
 
A
E
 
E
L
 
L
Y
 
D
G
 
T
I
 
I
L
 
V
P
 
P
E
 
D
N
 
S
R
 
A
D
 
N
K
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
E
 
D
I
 
M
M
 
H
D
 
S
I
 
V
I
 
I
N
 
E
R
 
H
L
 
V
V
 
L
D
 
D
G
 
D
S
 
A
E
 
E
F
 
F
E
 
F
E
 
E
Y
 
T
K
 
Q
K
 
P
G
 
L
Y
 
F
G
 
A
Q
 
P
S
 
N
I
 
I
V
 
L
C
 
T
G
 
G
L
 
F
G
 
G
R
 
R
I
 
V
D
 
E
G
 
G
W
 
R
A
 
P
V
 
V
G
 
G
I
 
I
V
 
V
A
 
A
N
 
N
Q
 
Q
R
 
-
K
 
-
V
 
-
V
 
-
K
 
-
S
 
-
K
 
-
K
 
-
G
 
-
E
 
P
M
 
M
Q
 
Q
F
 
F
G
 
A
G
 
G
V
 
C
I
 
L
Y
 
D
S
 
I
D
 
T
S
 
A
A
 
S
D
 
E
K
 
K
A
 
A
T
 
A
R
 
R
F
 
F
I
 
V
M
 
R
N
 
T
C
 
C
N
 
D
Q
 
A
K
 
F
K
 
N
I
 
V
P
 
P
L
 
V
V
 
L
F
 
T
L
 
F
Q
 
V
D
 
D
V
 
V
T
 
P
G
 
G
F
|
F
M
 
L
V
 
P
G
 
G
S
 
V
R
 
D
S
 
Q
E
 
E
H
 
H
G
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
I
K
 
R
D
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
M
 
L
V
 
I
N
 
F
A
 
A
V
 
Y
A
 
A
N
 
E
S
 
A
V
 
T
V
 
V
P
 
P
K
 
L
F
 
I
T
 
T
I
 
V
V
 
I
L
 
T
G
 
R
N
 
K
S
 
A
Y
 
F
G
 
G
A
x
G
G
x
A
N
 
Y
Y
 
L
A
 
V
M
 
M
C
 
G
G
 
S
K
 
K
A
 
H
Y
 
L
D
 
G
P
 
A
R
 
D
L
 
L
I
 
N
Y
 
L
A
 
A
W
 
W
P
 
P
T
 
T
A
 
A
K
 
Q
I
 
I
A
 
A
V
 
V
M
 
M
G
 
G
G
 
A
S
 
Q
Q
 
G
A
 
A
A
 
V
K
 
N
T
 
I
L
 
L
L
 
-
Q
 
-
I
 
-
Q
 
H
E
 
R
A
 
R
S
 
T
L
 
I
K
 
A
A
 
D
K
 
A
G
 
G
E
 
D
V
 
-
I
 
-
T
 
-
P
 
-
E
 
D
K
 
A
E
 
E
A
 
A
E
 
T
L
 
R
L
 
A
K
 
R
E
 
L
I
 
I
T
 
Q
D
 
E
R
 
Y
Y
 
E
D
 
D
S
 
A
Q
 
L
T
 
L
T
 
N
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
T
A
 
A
A
 
A
S
 
E
R
 
R
L
 
G
W
 
Y
V
 
V
D
 
D
G
 
A
I
 
V
I
 
I
D
 
M
P
 
P
L
 
S
E
 
D
T
 
T
R
 
R
K
 
R
V
 
H
I
 
I
S
 
V
M
 
R
G
 
G
I
 
L

1xnyA Biotin and propionyl-coa bound to acyl-coa carboxylase beta subunit from s. Coelicolor (pccb) (see paper)
33% identity, 93% coverage: 18:523/542 of query aligns to 11:501/521 of 1xnyA

query
sites
1xnyA
E
 
D
L
 
L
K
 
R
T
 
R
R
 
R
L
 
I
K
 
E
K
 
E
I
 
A
Y
 
T
L
 
H
G
 
A
G
 
G
G
 
S
E
 
A
K
 
R
N
 
A
A
 
V
A
 
E
K
 
K
Q
 
Q
K
 
H
E
 
A
K
 
K
G
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
T
A
 
A
R
 
R
E
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
D
Y
 
L
L
 
L
I
 
L
D
 
D
K
 
E
D
 
G
S
 
S
N
 
-
F
 
F
L
 
V
E
 
E
V
 
L
G
 
D
A
 
E
F
 
F
-
 
A
-
 
R
-
 
H
-
 
R
-
 
S
T
 
T
A
 
N
D
 
F
G
 
G
M
 
L
Y
 
D
A
 
A
E
x
N
Q
 
R
G
 
-
G
 
-
C
 
-
P
 
P
S
 
Y
A
 
G
-
 
D
G
 
G
V
 
V
V
 
V
C
 
T
G
 
G
I
 
Y
G
 
G
Y
 
T
V
 
V
S
 
D
G
 
G
R
 
R
Q
 
P
C
 
V
M
 
A
I
 
V
V
 
F
A
 
S
N
 
Q
D
 
D
A
 
F
T
 
T
V
 
V
K
x
F
A
x
G
G
 
G
A
|
A
W
 
L
F
 
G
P
 
E
M
 
V
T
 
Y
A
 
G
K
 
Q
K
 
K
N
 
I
L
 
V
R
 
K
A
 
V
Q
 
M
E
 
D
I
 
F
A
 
A
M
 
L
E
 
K
N
 
T
R
 
G
L
 
C
P
 
P
V
 
V
I
 
V
Y
 
G
L
 
I
V
 
N
D
 
D
S
 
S
A
x
G
G
|
G
V
x
A
Y
x
R
L
x
I
P
 
-
M
 
-
Q
 
-
D
x
Q
E
 
E
I
 
G
F
 
V
P
 
A
D
 
S
K
x
L
E
 
G
H
 
A
F
x
Y
G
 
G
R
 
E
M
 
I
F
 
F
R
 
R
N
 
R
N
 
N
A
 
T
I
 
-
M
 
H
S
 
A
S
 
S
E
 
G
G
 
V
I
 
I
V
 
P
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
A
 
L
I
 
V
M
 
V
G
 
G
A
 
P
C
 
C
V
 
A
A
x
G
G
|
G
G
 
A
A
 
V
Y
 
Y
L
 
S
P
 
P
I
 
A
M
 
I
S
 
T
D
 
D
E
 
F
A
 
T
M
 
V
I
 
M
V
 
V
D
 
D
K
 
Q
T
 
T
G
 
S
S
 
H
V
 
M
F
 
F
L
x
I
A
x
T
G
 
G
S
 
P
Y
 
D
L
x
V
V
 
I
K
 
K
S
 
T
A
 
V
I
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
D
V
 
V
D
 
G
N
 
F
E
 
E
T
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
A
T
 
R
T
 
T
H
 
H
C
 
N
E
 
S
I
 
T
S
 
S
G
 
G
V
 
V
T
 
A
D
 
H
Y
 
H
K
 
M
H
 
A
L
 
G
N
 
D
D
 
E
Q
 
K
A
 
D
C
 
A
L
 
V
D
 
E
S
 
Y
I
 
V
R
 
K
N
 
Q
I
 
L
M
 
L
S
 
S
M
 
Y
L
 
L
G
 
-
A
 
-
P
 
P
Q
 
S
N
 
N
A
 
N
G
 
L
F
 
S
D
 
E
R
 
-
I
 
-
K
 
P
P
 
P
A
 
A
K
 
F
P
 
P
K
 
E
E
 
E
-
 
A
-
 
D
-
 
L
-
 
A
-
 
V
-
 
T
-
 
D
K
 
E
E
 
D
E
 
A
E
 
E
L
 
L
Y
 
D
G
 
T
I
 
I
L
 
V
P
 
P
E
 
D
N
 
S
R
 
A
D
 
N
K
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
E
 
D
I
 
M
M
 
H
D
 
S
I
 
V
I
 
I
N
 
E
R
 
H
L
 
V
V
 
L
D
 
D
G
 
D
S
 
A
E
 
E
F
 
F
E
 
F
E
 
E
Y
 
T
K
 
Q
K
 
P
G
 
L
Y
 
F
G
 
A
Q
 
P
S
 
N
I
 
I
V
 
L
C
 
T
G
 
G
L
 
F
G
 
G
R
 
R
I
 
V
D
 
E
G
 
G
W
 
R
A
 
P
V
 
V
G
 
G
I
 
I
V
 
V
A
 
A
N
 
N
Q
 
Q
R
 
-
K
 
-
V
 
-
V
 
-
K
 
-
S
 
-
K
 
-
K
 
-
G
 
-
E
 
P
M
 
M
Q
 
Q
F
 
F
G
 
A
G
 
G
V
 
C
I
 
L
Y
 
D
S
 
I
D
 
T
S
 
A
A
 
S
D
 
E
K
 
K
A
 
A
T
 
A
R
 
R
F
 
F
I
 
V
M
 
R
N
 
T
C
 
C
N
 
D
Q
 
A
K
 
F
K
 
N
I
 
V
P
 
P
L
 
V
V
 
L
F
 
T
L
 
F
Q
 
V
D
 
D
V
 
V
T
x
P
G
|
G
F
|
F
M
 
L
V
x
P
G
 
G
S
 
V
R
 
D
S
 
Q
E
 
E
H
 
H
G
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
I
K
 
R
D
 
R
G