SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing CA265_RS17845 FitnessBrowser__Pedo557:CA265_RS17845 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 15 hits to proteins with known functional sites (download)

6btmB Structure of alternative complex iii from flavobacterium johnsoniae (wild type) (see paper)
42% identity, 92% coverage: 71:1003/1010 of query aligns to 2:948/948 of 6btmB

query
sites
6btmB
A
x
G
P
 
P
V
 
V
H
 
H
K
 
K
S
 
S
I
 
I
P
 
P
Y
 
Y
L
 
V
V
 
L
K
 
Q
P
 
P
E
 
E
E
 
Q
V
 
I
T
 
I
P
 
P
G
 
G
I
 
V
P
 
A
N
 
D
Y
 
Y
Y
 
Y
-
 
A
T
 
T
S
 
T
S
 
V
F
 
F
N
 
D
G
 
G
-
 
F
-
 
D
-
 
F
Q
 
A
S
 
N
I
 
L
L
 
L
V
 
V
K
 
K
T
 
T
R
 
R
E
 
E
G
 
G
R
 
R
P
 
P
I
 
I
K
 
K
I
 
I
E
 
E
P
 
N
N
 
N
P
 
T
N
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
A
F
 
-
N
 
K
C
 
F
G
 
S
T
 
A
D
 
N
A
 
A
R
 
R
A
 
I
Q
 
H
A
 
A
S
 
S
V
 
I
L
 
L
D
 
G
L
 
L
Y
 
Y
D
 
D
V
 
S
S
 
M
K
 
R
L
 
L
K
 
K
A
 
E
P
 
P
A
 
K
L
 
L
V
 
-
K
 
-
D
 
D
G
 
G
K
 
K
V
 
-
E
 
-
E
 
N
T
 
S
T
 
S
W
 
W
A
 
S
K
 
A
I
 
V
D
 
D
S
 
L
F
 
K
V
 
I
K
 
K
G
 
S
E
 
S
L
 
L
A
 
A
K
 
D
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
G
 
K
G
 
G
K
 
G
K
 
Q
I
 
V
R
 
V
I
 
L
V
 
L
S
 
T
S
 
N
T
 
T
V
 
L
N
 
A
S
 
S
P
 
P
S
 
T
T
 
T
N
 
E
A
 
K
V
 
L
I
 
I
A
 
G
Q
 
E
F
 
F
I
 
I
A
 
A
K
 
K
Y
 
N
P
 
P
A
 
N
A
 
A
K
 
K
L
 
H
V
 
V
Q
 
V
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
V
 
V
S
 
S
Y
 
S
T
 
S
G
 
D
I
 
A
I
 
L
Q
 
D
A
 
A
N
 
F
Q
 
E
N
 
T
S
 
V
F
 
Y
G
 
G
K
 
E
A
 
R
V
 
A
L
 
L
P
 
V
K
 
D
Y
 
Y
N
 
D
F
 
F
D
 
S
K
 
K
A
 
A
D
 
S
L
 
L
I
 
I
V
 
V
S
 
S
F
 
V
S
 
G
A
 
A
D
 
D
F
 
F
L
 
L
G
 
G
T
 
D
W
 
W
I
 
-
S
 
Q
G
 
G
E
 
G
E
 
G
F
 
Y
T
 
D
A
 
A
Q
 
G
Y
 
Y
T
 
A
A
 
K
N
 
G
R
 
R
N
 
-
Y
 
-
K
 
-
S
 
I
L
 
P
E
 
Q
N
 
N
K
 
G
K
 
K
M
 
M
S
 
S
R
 
R
H
 
H
I
 
F
Q
 
Q
F
 
F
E
 
E
S
 
S
G
 
N
M
 
M
S
 
T
L
 
L
T
 
S
G
 
G
T
 
A
N
 
A
A
 
A
D
 
D
T
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
M
K
 
T
L
 
T
S
 
A
E
 
D
E
 
Q
G
 
K
P
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
V
A
 
Q
L
 
I
Y
 
Y
N
 
N
A
 
I
I
 
V
T
 
V
G
 
G
S
 
A
A
 
S
L
 
V
P
 
P
G
 
V
G
 
-
T
 
S
L
 
L
G
 
D
N
 
A
N
 
K
T
 
F
T
 
K
A
 
A
D
 
E
K
 
-
V
 
V
I
 
V
K
 
K
L
 
-
V
 
A
A
 
A
K
 
Q
E
 
Q
L
 
L
V
 
K
Q
 
A
A
 
A
K
 
G
G
 
T
K
 
K
G
 
G
L
 
I
V
 
L
V
 
V
C
 
S
G
 
G
S
 
I
N
 
E
D
 
D
V
 
K
S
 
N
T
 
A
Q
 
Q
I
 
L
L
 
L
V
 
V
N
 
L
A
 
A
I
 
I
N
 
N
A
 
Q
A
 
A
I
 
L
G
 
A
S
 
S
Y
 
-
G
 
-
T
 
E
T
 
A
I
 
F
D
 
S
L
 
T
D
 
A
N
 
G
P
 
T
C
 
R
Y
 
Q
L
 
I
Y
 
R
A
 
K
G
 
G
N
 
S
D
 
N
A
 
A
E
 
V
F
 
V
N
 
A
G
 
Q
L
 
L
V
 
I
A
 
K
E
 
D
M
 
M
S
 
N
R
 
A
G
 
G
E
 
S
V
 
V
G
 
H
A
 
T
V
 
L
L
 
I
F
 
M
L
 
S
N
 
G
S
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
D
 
T
A
 
L
A
 
A
N
 
D
A
 
S
K
 
A
A
 
S
F
 
F
T
 
V
D
 
S
A
 
G
L
 
L
A
 
K
K
 
K
V
 
V
P
 
K
A
 
T
K
 
S
I
 
V
S
 
A
F
 
F
S
 
S
D
 
L
R
 
K
A
 
E
D
 
D
E
 
E
T
 
T
A
 
A
T
 
A
A
 
V
C
 
S
D
 
T
A
 
I
I
 
A
A
 
A
I
 
A
N
 
A
H
 
P
N
 
H
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
S
 
S
W
 
W
G
 
G
D
 
D
A
 
V
N
 
E
A
 
I
Y
 
T
E
 
K
G
 
G
Y
 
T
Y
 
Y
S
 
S
I
 
L
V
 
T
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
I
 
I
N
 
R
P
 
P
V
 
I
F
 
F
N
 
D
S
 
T
R
 
K
Q
 
Q
A
 
F
E
 
Q
E
 
D
S
 
V
L
 
L
L
 
L
T
 
S
W
 
V
A
 
N
D
 
G
A
 
T
P
 
P
V
 
-
K
 
G
D
 
N
Y
 
F
Y
 
Y
Q
 
D
F
 
Y
V
 
L
R
 
K
S
 
A
N
 
N
W
 
S
E
 
G
A
 
A
K
 
I
M
 
I
L
 
-
P
 
-
A
 
-
V
 
A
G
 
G
L
 
S
K
 
S
W
 
W
E
 
N
E
 
K
V
 
V
L
 
L
E
 
H
K
 
D
G
 
G
-
 
I
-
 
F
V
 
V
V
 
V
T
 
G
A
 
S
T
 
A
A
 
A
K
 
L
T
 
A
A
 
G
G
 
G
A
 
S
Y
 
Y
S
 
D
F
 
F
T
 
A
Q
 
G
S
 
-
L
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
-
A
 
A
T
 
A
S
 
S
I
 
L
V
 
L
S
 
S
S
 
K
S
 
A
K
 
K
A
 
S
L
 
-
D
 
S
K
 
G
D
 
E
I
 
L
Q
 
E
L
 
L
Q
 
V
V
 
L
Y
 
Y
E
 
T
N
 
K
I
 
T
P
 
G
M
 
M
R
 
G
D
 
D
G
 
G
K
 
Q
N
 
H
A
 
A
N
 
N
N
 
N
A
 
P
F
 
W
L
 
L
Q
 
Q
E
 
E
L
 
F
P
 
P
D
 
D
P
 
P
V
 
I
S
 
T
K
 
R
V
 
V
T
 
S
W
 
W
D
 
D
N
 
N
Y
 
Y
V
 
V
A
 
T
L
 
V
A
 
S
P
 
N
K
 
A
F
 
D
A
 
A
E
 
K
K
 
K
L
 
F
K
 
N
V
 
L
K
 
S
E
 
N
F
 
E
D
 
I
V
 
V
V
 
A
-
 
N
-
 
G
-
 
G
-
 
L
-
 
N
-
 
G
-
 
S
-
 
Y
-
 
A
T
 
T
V
 
I
K
 
T
A
 
T
S
 
A
N
 
D
G
 
G
Y
 
N
S
 
K
V
 
L
D
 
E
-
 
N
L
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
I
I
 
V
Q
 
Q
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
V
Q
 
G
T
 
T
A
 
V
S
 
G
I
 
L
A
 
A
L
 
V
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
T
 
K
K
 
A
V
 
A
G
 
L
K
 
K
A
 
E
G
 
E
N
 
M
D
 
Q
V
 
V
G
 
G
K
 
I
N
 
N
A
 
A
F
 
Y
P
 
A
F
 
L
V
 
Y
S
 
K
F
 
-
I
 
-
N
 
-
G
 
-
T
 
N
F
 
F
Q
 
N
Y
 
S
A
 
V
T
 
Q
T
 
S
V
 
I
T
 
T
I
 
L
T
 
A
P
 
K
T
 
A
G
 
N
G
 
G
Y
 
E
Y
 
H
E
 
E
L
 
F
A
 
A
Q
 
C
T
 
V
Q
 
Q
T
 
G
H
 
Q
H
 
K
S
 
T
F
 
L
E
 
M
G
 
G
R
 
R
A
 
G
-
 
D
V
 
I
I
 
I
K
 
K
E
 
E
A
 
T
T
 
T
F
 
L
-
 
E
-
 
I
-
 
F
-
 
N
-
 
T
-
 
Q
-
 
D
-
 
A
K
 
K
E
 
H
Y
 
W
L
 
N
K
 
E
N
 
Q
P
 
P
G
 
M
A
 
V
G
 
S
-
 
L
-
 
D
N
 
H
E
 
Q
K
 
E
G
 
V
E
 
E
H
 
A
K
 
T
D
 
T
Y
 
V
D
 
D
L
 
L
W
 
W
D
 
E
Q
 
S
Y
 
F
E
 
D
K
 
R
P
 
T
-
 
T
G
 
G
N
 
H
N
 
H
W
 
F
V
 
N
M
 
L
A
 
S
I
 
I
D
 
D
L
 
L
N
 
N
A
 
A
C
 
C
T
 
T
G
 
G
C
 
C
G
 
G
S
 
A
C
 
C
I
 
V
V
 
I
A
 
A
C
 
C
N
 
H
V
 
A
E
 
E
N
 
N
N
 
N
I
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
V
G
 
G
R
 
K
D
 
A
E
 
E
V
 
V
R
 
R
R
 
R
R
 
S
R
 
R
E
 
D
M
 
M
H
 
H
W
 
W
I
 
L
R
 
R
I
 
I
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
Y
S
 
S
Y
 
S
E
 
E
-
 
S
T
 
T
K
 
F
D
 
E
G
 
G
D
 
D
V
 
N
T
 
E
R
 
R
E
 
K
K
 
E
E
 
G
I
 
I
A
 
A
K
 
G
L
 
L
E
 
S
D
 
S
L
 
S
-
 
L
-
 
S
-
 
T
-
 
F
-
 
N
-
 
E
-
 
M
-
 
E
-
 
K
-
 
P
-
 
G
D
 
D
H
 
N
V
 
P
S
 
Q
V
 
V
V
 
A
H
 
F
Q
 
Q
P
 
P
M
 
V
L
 
M
C
|
C
Q
|
Q
H
 
H
C
|
C
D
 
N
H
 
H
A
 
A
P
 
P
C
|
C
E
 
E
T
 
T
V
 
V
C
|
C
P
 
P
V
 
V
L
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
S
H
 
H
S
 
G
S
 
R
D
 
Q
G
 
G
L
 
Q
N
|
N
H
 
H
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
R
 
R
C
|
C
V
|
V
G
 
G
T
|
T
R
 
R
Y
 
Y
C
|
C
A
 
A
N
 
N
N
 
N
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
K
 
K
V
 
V
R
|
R
R
 
R
F
 
F
N
 
N
W
 
W
F
 
F
N
 
L
Y
 
Y
W
 
N
N
 
K
D
 
N
S
 
S
R
 
E
F
 
F
D
 
D
N
 
Y
Y
 
H
L
 
M
N
 
N
N
 
D
E
 
D
F
 
L
T
 
G
Q
 
R
L
 
M
V
 
V
L
 
L
N
 
N
P
 
P
D
 
D
V
 
V
T
 
N
T
 
V
R
 
R
S
 
S
R
 
R
G
 
G
V
 
V
M
|
M
E
 
E
K
 
K
C
 
C
S
 
S
M
 
F
C
 
C
I
 
I
Q
 
Q
R
 
S
I
 
T
Q
 
Q
G
 
A
G
 
V
K
 
I
L
 
L
Q
 
E
A
 
A
K
 
K
L
 
R
E
 
Q
K
 
G
R
 
R
P
 
V
L
 
V
K
 
G
D
 
K
G
 
D
D
 
E
I
 
F
K
 
N
-
 
N
-
 
A
M
 
C
A
 
A
C
 
C
Q
 
S
E
 
A
A
 
A
C
 
C
S
 
S
A
 
S
N
 
G
A
 
A
I
 
M
V
 
V
F
 
F
G
 
G
D
 
D
A
 
V
N
 
N
D
 
D
P
 
K
N
 
E
S
 
S
E
 
E
V
 
V
S
 
A
K
 
K
A
 
L
L
 
A
R
 
E
S
 
S
E
 
E
R
 
R
I
 
M
Y
 
Y
Y
 
H
V
 
L
L
 
L
E
 
E
E
 
H
I
 
V
N
 
G
V
 
T
K
 
K
P
 
P
G
 
N
I
 
V
G
 
F
Y
 
Y
M
 
H
T
 
V
K
 
K
I
 
V
R
 
R
N
 
N

Sites not aligning to the query:

6f0kB Alternative complex iii (see paper)
37% identity, 92% coverage: 72:1005/1010 of query aligns to 3:955/961 of 6f0kB

query
sites
6f0kB
P
 
P
V
 
V
H
 
E
K
 
K
S
 
I
I
 
L
P
 
P
Y
 
Y
L
 
V
V
 
R
K
 
Q
P
 
P
E
 
E
E
 
E
V
 
I
T
 
I
P
 
P
G
 
G
I
 
I
P
 
P
N
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
A
S
 
T
S
 
A
-
 
M
-
 
P
F
 
F
N
 
R
G
 
G
-
 
S
-
 
V
Q
 
R
S
 
P
I
 
L
L
 
L
V
 
V
K
 
E
T
 
S
R
 
H
E
 
E
G
 
G
R
 
R
P
 
P
I
 
T
K
 
K
I
 
I
E
 
E
P
 
G
N
 
N
P
 
P
N
 
D
A
 
H
G
 
P
Q
 
L
F
 
S
N
 
R
C
 
G
G
 
A
T
 
T
D
 
G
A
 
V
R
 
F
A
 
E
Q
 
Q
A
 
A
S
 
S
V
 
L
L
 
L
D
 
N
L
 
L
Y
 
Y
D
 
D
V
 
P
S
 
D
K
 
R
L
 
S
K
 
Q
A
 
Q
P
 
-
A
 
-
L
 
V
V
 
L
K
 
R
D
 
K
G
 
G
K
 
-
V
 
-
E
 
E
E
 
P
T
 
A
T
 
S
W
 
W
A
 
G
K
 
D
I
 
F
D
 
V
S
 
Q
F
 
F
V
 
A
K
 
R
G
 
S
E
 
-
L
 
-
A
 
L
K
 
A
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
G
 
G
G
 
T
K
 
K
K
 
R
I
 
L
R
 
A
I
 
V
V
 
L
S
 
C
S
 
E
T
 
P
V
 
S
N
 
S
S
 
S
P
 
P
S
 
T
T
 
L
N
 
A
A
 
A
V
 
L
I
 
R
A
 
R
Q
 
E
F
 
L
I
 
E
A
 
R
K
 
R
Y
 
Y
P
 
A
A
 
Q
A
 
V
K
 
R
L
 
W
V
 
V
Q
 
T
Y
 
Y
D
 
R
A
 
P
V
 
E
S
 
G
Y
 
D
T
 
D
G
 
H
I
 
E
I
 
A
Q
 
L
A
 
G
N
 
L
Q
 
Q
N
 
Q
S
 
A
F
 
F
G
 
G
K
 
R
A
 
P
V
 
V
L
 
R
P
 
A
K
 
R
Y
 
Y
N
 
R
F
 
F
D
 
S
K
 
E
A
 
A
D
 
R
L
 
V
I
 
I
V
 
V
S
 
S
F
 
L
S
 
D
A
 
A
D
 
D
F
 
F
L
 
L
G
 
G
-
 
P
T
 
T
W
 
D
I
 
R
S
 
N
G
 
F
E
 
V
E
 
E
F
 
N
T
 
T
A
 
R
Q
 
E
Y
 
F
T
 
A
A
 
A
N
 
S
R
 
R
N
 
R
Y
 
M
K
 
E
S
 
R
L
 
P
E
 
E
N
 
D
K
 
E
K
 
-
M
 
I
S
 
S
R
 
R
H
 
L
I
 
Y
Q
 
V
F
 
I
E
 
E
S
 
S
G
 
T
M
 
Y
S
 
T
L
 
V
T
 
T
G
 
G
T
 
G
N
 
M
A
 
A
D
 
D
T
 
H
R
 
R
V
 
L
P
 
R
V
 
L
K
 
R
L
 
A
S
 
G
E
 
D
E
 
-
G
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
-
I
 
I
A
 
P
L
 
A
Y
 
F
N
 
A
A
 
A
I
 
A
T
 
L
G
 
A
S
 
A
A
 
E
L
 
L
P
 
G
G
 
V
G
 
G
T
 
E
L
 
L
-
 
R
-
 
E
-
 
A
G
 
G
N
 
A
N
 
R
T
 
F
T
 
A
A
 
G
D
 
H
K
 
P
V
 
Y
I
 
V
K
 
V
L
 
E
V
 
I
A
 
A
K
 
R
E
 
D
L
 
L
V
 
R
Q
 
A
A
 
A
K
 
G
G
 
A
K
 
R
G
 
G
L
 
V
V
 
V
V
 
L
C
 
A
G
 
G
-
 
E
S
 
T
N
 
Q
D
 
P
V
 
P
S
 
A
T
 
V
Q
 
H
I
 
A
L
 
L
V
 
C
N
 
A
A
 
V
I
 
I
N
 
N
A
 
D
A
 
L
I
 
L
G
 
G
S
 
S
Y
 
L
G
 
G
T
 
R
T
 
T
I
 
V
-
 
I
-
 
L
-
 
H
D
 
A
L
 
L
D
 
D
N
 
E
P
 
P
C
 
A
Y
 
-
L
 
-
Y
 
-
A
 
T
G
 
A
N
 
Q
D
 
H
A
 
A
E
 
A
F
 
L
N
 
A
G
 
E
L
 
L
V
 
V
A
 
Q
E
 
A
M
 
M
S
 
Q
R
 
A
G
 
G
E
 
A
V
 
V
G
 
D
A
 
A
V
 
L
L
 
L
F
 
L
L
 
L
N
 
N
S
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
A
 
P
N
 
A
A
 
A
K
 
L
A
 
G
F
 
F
T
 
A
D
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
K
 
Q
V
 
V
P
 
P
A
 
E
K
 
V
I
 
I
S
 
H
F
 
L
S
 
G
D
 
L
R
 
H
A
 
V
D
 
D
E
 
E
T
 
T
A
 
A
T
 
R
A
 
R
C
 
S
D
 
T
A
 
W
I
 
H
A
 
L
I
 
P
N
 
S
H
 
T
N
 
H
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
S
 
A
W
 
W
G
 
G
D
 
D
A
 
G
N
 
R
A
 
A
Y
 
Y
E
 
D
G
 
G
Y
 
T
Y
 
L
S
 
S
I
 
V
V
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
L
I
 
I
N
 
A
P
 
P
V
 
L
F
 
Y
N
 
E
S
 
A
R
 
A
Q
 
H
A
 
S
E
 
P
-
 
L
E
 
E
S
 
V
L
 
L
L
 
A
T
 
L
W
 
L
A
 
A
D
 
T
A
 
G
P
 
E
V
 
E
K
 
Q
D
 
S
Y
 
A
Y
 
Y
Q
 
D
F
 
L
V
 
V
R
 
R
S
 
N
N
 
T
W
 
W
E
 
R
A
 
-
K
 
R
M
 
L
L
 
L
P
 
A
A
 
G
V
 
R
G
 
G
L
 
A
-
 
F
-
 
E
-
 
Q
K
 
A
W
 
W
E
 
Q
E
 
R
V
 
V
L
 
L
E
 
H
K
 
D
G
 
G
V
 
F
V
 
L
T
 
P
A
 
D
T
 
S
A
 
G
K
 
Y
T
 
P
A
 
-
G
 
-
A
 
-
Y
 
-
S
 
-
F
 
-
T
 
T
Q
 
V
S
 
S
L
 
L
A
 
R
Q
 
P
V
 
N
A
 
R
T
 
Q
S
 
A
I
 
L
V
 
A
S
 
D
S
 
W
S
 
P
K
 
Q
A
 
A
L
 
A
D
 
E
K
 
G
D
 
G
I
 
L
Q
 
E
L
 
V
Q
 
V
V
 
F
Y
 
R
E
 
L
N
 
D
I
 
P
P
 
T
M
 
V
R
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
S
N
 
F
A
 
A
N
 
N
N
 
N
A
 
A
F
 
W
L
 
A
Q
 
Q
E
 
E
L
 
L
P
 
P
D
 
D
P
 
P
V
 
I
S
 
T
K
 
K
V
 
I
T
 
V
W
 
W
D
 
D
N
 
N
Y
 
V
V
 
A
A
 
I
L
 
L
A
 
S
P
 
P
K
 
K
F
 
T
A
 
A
E
 
A
K
 
A
L
 
L
K
 
G
V
 
V
K
 
K
-
 
A
E
 
E
F
 
Y
-
 
H
-
 
K
-
 
G
-
 
V
-
 
Y
-
 
I
-
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
I
T
 
E
V
 
L
K
 
-
A
 
S
S
 
L
N
 
D
G
 
G
Y
 
R
S
 
A
V
 
V
D
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
V
L
 
W
I
 
V
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
Q
 
H
A
 
P
Q
 
D
Q
 
D
T
 
S
A
 
I
S
 
T
I
 
V
A
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
T
 
E
K
 
I
V
 
T
-
 
S
-
 
T
-
 
R
-
 
P
-
 
E
-
 
R
-
 
K
-
 
T
-
 
P
-
 
F
-
 
F
-
 
D
-
 
L
-
 
D
-
 
D
-
 
Y
-
 
T
-
 
D
-
 
I
-
 
Y
-
 
G
-
 
H
G
 
G
K
 
A
A
 
I
G
 
A
N
 
T
D
 
G
V
 
V
G
 
G
K
 
V
N
 
N
A
 
V
F
 
A
P
 
P
F
 
L
V
 
R
S
 
R
F
 
P
I
 
D
N
 
N
G
 
T
T
 
W
F
 
V
Q
 
A
Y
 
Y
A
 
G
T
 
A
T
 
Q
V
 
V
T
 
R
I
 
-
T
 
-
P
 
K
T
 
T
G
 
G
G
 
R
Y
 
T
Y
 
Y
E
 
K
L
 
I
A
 
V
Q
 
T
T
 
T
Q
 
Q
T
 
D
H
 
H
H
 
G
S
 
S
F
 
M
E
 
V
G
 
G
R
 
R
A
 
P
V
 
L
I
 
V
K
 
R
E
 
L
A
 
A
T
 
T
F
 
V
K
 
E
E
 
E
Y
 
F
L
 
R
K
 
K
N
 
N
P
 
P
G
 
D
A
 
F
G
 
A
N
 
K
E
 
E
-
 
A
K
 
E
G
 
P
E
 
P
H
 
L
K
 
E
D
 
G
Y
 
L
D
 
E
L
 
P
W
 
W
D
 
D
Q
 
Q
Y
 
Y
-
 
P
-
 
T
-
 
L
-
 
W
-
 
E
-
 
E
-
 
N
-
 
H
-
 
P
-
 
S
E
 
K
K
 
Q
P
 
P
G
 
A
-
 
F
-
 
Q
-
 
D
-
 
S
-
 
D
-
x
Y
-
 
Y
-
 
R
N
 
N
N
 
Q
W
 
W
V
 
A
M
 
M
A
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
N
 
N
A
 
A
C
|
C
T
|
T
G
|
G
C
|
C
G
x
N
S
x
A
C
|
C
I
 
I
V
 
V
A
 
A
C
|
C
N
 
D
V
 
S
E
 
E
N
 
N
N
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
M
V
 
V
G
 
G
R
 
K
D
 
N
E
 
E
V
 
V
R
 
G
R
 
R
R
 
G
R
 
R
E
 
E
M
 
M
H
 
H
W
|
W
I
 
L
R
 
R
I
|
I
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
F
S
 
-
Y
 
-
E
 
-
T
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
V
 
-
T
 
-
R
 
-
E
 
-
K
 
-
E
 
-
I
 
V
A
 
S
K
 
D
L
 
E
E
 
A
D
 
H
L
 
A
D
 
D
H
 
D
V
 
P
S
 
Q
V
 
I
V
 
V
H
 
V
Q
 
Q
P
 
P
M
 
V
L
 
P
C
|
C
Q
x
M
H
|
H
C
|
C
D
 
E
H
 
N
A
 
A
P
|
P
C
|
C
E
 
E
T
 
S
V
 
V
C
|
C
P
 
P
V
|
V
L
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
V
H
 
H
S
 
S
S
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
N
|
N
H
 
E
M
|
M
A
 
V
Y
 
Y
N
|
N
R
|
R
C
|
C
V
x
I
G
|
G
T
 
T
R
 
R
Y
 
Y
C
|
C
A
 
S
N
 
N
N
 
N
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
K
 
K
V
 
V
R
 
R
R
 
R
F
 
F
N
 
N
W
 
W
F
 
F
N
 
N
Y
 
W
W
 
V
N
 
K
D
 
T
S
 
L
R
 
P
F
 
I
D
 
Q
N
 
-
Y
 
-
L
 
-
N
 
-
N
 
-
E
 
-
F
 
-
T
 
V
Q
 
Q
L
 
M
V
 
A
L
 
Q
N
 
N
P
 
P
D
 
D
V
 
V
T
 
T
T
 
V
R
 
R
S
 
F
R
 
R
G
 
G
V
 
V
M
|
M
E
 
E
K
 
K
C
|
C
S
 
T
M
x
Y
C
|
C
I
 
V
Q
 
Q
R
 
R
I
 
I
Q
 
R
G
 
E
G
 
A
K
 
Q
L
x
R
Q
 
Q
A
 
A
K
x
N
L
 
I
E
 
E
K
 
K
R
 
R
P
 
P
L
 
L
K
 
R
D
 
D
G
 
G
D
 
E
I
 
V
K
 
K
M
 
T
A
|
A
C
|
C
Q
 
Q
E
 
Q
A
 
A
C
|
C
S
 
P
A
 
A
N
 
E
A
 
A
I
 
I
V
 
T
F
 
F
G
 
G
D
 
D
A
 
L
N
 
N
D
 
D
P
 
P
N
 
N
S
 
N
E
 
A
V
 
V
S
 
V
K
 
K
A
 
Q
L
 
R
R
 
Q
S
 
N
E
 
A
R
 
R
I
 
R
Y
 
Y
Y
 
E
V
 
M
L
 
L
E
 
A
E
 
A
I
 
L
N
 
N
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
R
I
 
T
G
 
S
Y
 
Y
M
 
L
T
 
A
K
 
R
I
 
I
R
 
T
N
 
N
T
 
P
D
 
N

6lodB Cryo-em structure of the air-oxidized photosynthetic alternative complex iii from roseiflexus castenholzii (see paper)
36% identity, 93% coverage: 68:1003/1010 of query aligns to 1:922/929 of 6lodB

query
sites
6lodB
C
 
C
Q
 
Q
T
 
F
A
 
A
-
 
L
-
 
K
-
 
Q
P
 
P
V
 
Q
H
 
E
K
 
K
S
 
I
I
 
V
P
 
P
Y
 
Y
L
 
V
V
 
R
K
 
Q
P
 
P
E
 
E
E
 
E
V
 
I
T
 
I
P
 
H
G
 
G
I
 
R
P
 
P
N
 
L
Y
 
F
Y
 
F
T
 
A
S
 
T
S
 
A
F
 
V
N
 
T
-
 
F
-
 
A
-
 
G
-
 
F
G
 
G
Q
 
V
S
 
G
I
 
L
L
 
L
V
 
V
K
 
E
T
 
S
R
 
H
E
 
E
G
 
G
R
 
R
P
 
P
I
 
T
K
 
K
I
 
I
E
 
E
P
 
G
N
 
N
P
 
P
N
 
D
A
 
H
G
 
P
Q
 
A
F
 
S
N
 
L
C
 
G
G
 
S
T
 
T
D
 
D
A
 
L
R
 
I
A
 
T
Q
 
Q
A
 
A
S
 
M
V
 
I
L
 
L
D
 
T
L
 
M
Y
 
Y
D
 
D
V
 
P
S
 
D
K
 
R
L
 
S
K
 
Q
A
 
A
P
 
P
A
 
T
L
 
-
V
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
N
K
 
A
V
 
G
E
 
Q
E
 
E
T
 
T
T
 
T
W
 
W
-
 
D
A
 
A
K
 
F
I
 
V
D
 
A
S
 
A
F
 
A
V
 
T
K
 
A
G
 
A
E
 
M
L
 
Q
A
 
A
K
 
Q
A
 
T
Q
 
A
A
 
K
G
 
Q
G
 
G
K
 
A
K
 
G
I
 
L
R
 
R
I
 
V
V
 
L
S
 
S
S
 
G
T
 
S
V
 
L
N
 
T
S
 
S
P
 
P
S
 
T
T
 
L
N
 
I
A
 
A
V
 
Q
I
 
K
A
 
Q
Q
 
Q
F
 
L
I
 
L
A
 
T
K
 
Q
Y
 
F
P
 
P
A
 
Q
A
 
A
K
 
K
L
 
W
V
 
Y
Q
 
E
Y
 
Y
D
 
E
A
 
P
V
 
V
S
 
G
Y
 
R
T
 
D
G
 
N
I
 
A
I
 
N
Q
 
A
A
 
G
N
 
A
Q
 
R
N
 
L
S
 
A
F
 
F
G
 
G
K
 
A
A
 
D
V
 
V
L
 
H
P
 
T
K
 
I
Y
 
Y
N
 
R
F
 
L
D
 
D
K
 
T
A
 
A
D
 
K
L
 
V
I
 
I
V
 
V
S
 
G
F
 
F
S
 
D
A
 
A
D
 
D
F
 
F
L
 
T
G
 
A
T
 
P
W
 
S
I
 
P
S
 
T
G
 
G
E
 
V
E
 
R
F
 
M
T
 
A
A
 
R
Q
 
Q
Y
 
L
T
 
A
A
 
D
N
 
G
R
 
R
N
 
R
Y
 
I
K
 
R
S
 
K
L
 
-
E
 
G
N
 
T
K
 
K
K
 
E
M
 
V
S
 
N
R
 
R
H
 
L
I
 
Y
Q
 
L
F
 
A
E
 
E
S
 
S
G
 
T
M
 
P
S
 
S
L
 
I
T
 
T
G
 
G
T
 
L
N
 
L
A
 
A
D
 
D
T
 
H
R
 
R
V
 
L
P
 
P
V
 
V
K
 
R
L
 
S
S
 
S
E
 
Q
-
 
I
-
 
E
-
 
H
-
 
L
-
 
V
-
 
R
E
 
A
G
 
L
P
 
A
A
 
T
L
 
L
I
 
V
A
 
G
L
 
V
Y
 
P
N
 
N
A
 
V
I
 
A
T
 
A
G
 
G
S
 
A
A
 
P
L
 
L
P
 
-
G
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
G
 
-
N
 
-
N
 
S
T
 
D
T
 
T
A
 
E
D
 
K
K
 
K
V
 
W
I
 
V
K
 
E
L
 
A
V
 
A
A
 
A
K
 
K
E
 
D
L
 
L
V
 
Q
Q
 
A
A
 
N
K
 
R
G
 
G
K
 
A
G
 
C
L
 
V
V
 
V
V
 
L
C
 
V
G
 
G
-
 
E
S
 
S
N
 
Q
D
 
P
V
 
P
S
 
V
T
 
V
Q
 
H
I
 
A
L
 
L
V
 
G
N
 
H
A
 
A
I
 
I
N
 
N
A
 
A
A
 
Q
I
 
L
G
 
G
S
 
N
Y
 
V
G
 
G
T
 
S
T
 
T
I
 
V
D
 
V
L
 
Y
D
 
T
N
 
E
P
 
P
C
 
V
Y
 
E
L
 
D
-
 
D
Y
 
P
A
 
S
G
 
G
N
 
G
D
 
I
A
 
A
E
 
A
F
 
L
N
 
S
G
 
A
L
 
L
V
 
T
A
 
Q
E
 
E
M
 
M
S
 
N
R
 
A
G
 
G
E
 
T
V
 
V
G
 
E
A
 
V
V
 
L
L
 
L
F
 
M
L
 
I
N
 
E
S
 
S
N
 
N
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
D
 
N
A
 
A
A
 
P
N
 
A
A
 
D
K
 
I
A
 
P
F
 
F
T
 
A
D
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
K
 
K
V
 
V
P
 
P
A
 
L
K
 
S
I
 
M
S
 
H
F
 
V
S
 
G
D
 
L
R
 
Y
A
 
R
D
 
D
E
 
E
T
 
T
A
 
A
T
 
Q
A
 
Q
C
 
S
D
 
V
A
 
W
I
 
H
A
 
I
I
 
N
N
 
G
H
 
A
N
 
H
Y
 
F
L
 
L
E
 
E
S
 
A
W
 
W
G
 
G
D
 
D
A
 
V
N
 
R
A
 
A
Y
 
F
E
 
D
G
 
G
Y
 
T
Y
 
T
S
 
T
I
 
I
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
T
 
L
I
 
I
N
 
A
P
 
P
V
 
L
F
 
Y
N
 
N
S
 
G
R
 
K
Q
 
S
A
 
A
E
 
I
E
 
E
S
 
V
L
 
L
L
 
N
T
 
V
W
 
L
A
 
L
D
 
G
A
 
K
P
 
P
V
 
Q
K
 
E
D
 
T
Y
 
G
Y
 
Y
Q
 
Q
F
 
T
V
 
L
R
 
T
S
 
A
N
 
Y
W
 
W
E
 
Q
A
 
T
K
 
Q
M
 
D
L
 
A
P
 
S
A
 
G
-
 
N
V
 
F
G
 
R
L
 
V
K
 
F
W
 
W
E
 
N
E
 
T
V
 
A
L
 
L
E
 
H
K
 
D
G
 
G
V
 
V
V
 
I
T
 
T
A
 
A
T
 
T
A
 
Q
K
 
A
T
 
R
A
 
S
G
 
R
A
 
Q
Y
 
V
S
 
T
F
 
L
T
 
Q
Q
 
Q
S
 
G
L
 
F
A
 
A
Q
 
D
V
 
A
A
 
A
T
 
-
S
 
-
I
 
-
V
 
-
S
 
-
S
 
-
S
 
P
K
 
P
A
 
A
L
 
P
D
 
T
K
 
Q
D
 
G
I
 
L
Q
 
E
L
 
I
Q
 
V
V
 
F
Y
 
R
E
 
P
N
 
D
I
 
P
P
 
S
M
 
L
R
 
W
D
 
D
G
 
G
K
 
A
N
 
F
A
 
A
N
 
N
N
 
N
A
 
A
F
 
W
L
 
L
Q
 
Q
E
 
E
L
 
T
P
 
P
D
 
K
P
 
P
V
 
Y
S
 
T
K
 
K
V
 
L
T
 
T
W
 
W
D
 
D
N
 
N
Y
 
V
V
 
A
A
 
L
L
 
M
A
 
S
P
 
V
K
 
R
F
 
T
A
 
A
E
 
N
K
 
A
L
 
L
K
 
G
V
 
L
K
 
K
E
 
N
F
 
G
D
 
D
V
 
V
V
 
V
T
 
R
V
 
L
K
 
-
A
 
T
S
 
Y
N
 
Q
G
 
G
Y
 
R
S
 
S
V
 
V
D
 
D
L
 
A
P
 
P
V
 
V
L
 
W
I
 
V
Q
 
Q
P
 
P
G
 
G
Q
 
H
A
 
A
Q
 
D
Q
 
D
T
 
S
A
 
V
S
 
T
I
 
V
A
 
H
L
 
F
G
 
G
Y
 
F
G
 
G
R
 
R
T
 
T
K
 
A
V
 
A
G
 
G
K
 
R
A
 
V
G
 
G
N
 
N
D
 
N
V
 
V
G
 
G
K
 
F
N
 
N
A
 
A
F
 
Y
P
 
R
F
 
L
V
 
R
S
 
T
F
 
-
I
 
-
N
 
S
G
 
A
T
 
T
F
 
P
Q
 
W
Y
 
F
A
 
G
T
 
V
T
 
G
V
 
L
T
 
E
I
 
V
T
 
A
P
 
K
T
 
V
G
 
G
G
 
E
Y
 
N
Y
 
Y
E
 
K
L
 
L
A
 
A
Q
 
S
T
 
T
Q
 
Q
T
 
G
H
 
H
H
 
F
S
 
L
F
 
M
E
 
E
G
 
G
R
 
R
A
 
K
-
 
K
-
 
D
V
 
L
I
 
V
K
 
R
E
 
Y
A
 
G
T
 
T
F
 
L
K
 
A
E
 
E
Y
 
Y
L
 
V
K
 
E
N
 
D
P
 
E
G
 
K
A
 
F
G
 
L
N
 
Q
E
 
V
K
 
E
G
 
K
E
 
E
H
 
-
K
 
E
D
 
P
Y
 
I
D
 
S
L
 
L
W
 
I
D
 
G
Q
 
E
Y
 
Y
E
 
E
K
 
Y
P
 
N
G
 
G
N
 
Y
N
 
K
W
 
W
V
 
G
M
 
M
A
 
S
I
 
I
D
 
D
L
 
L
N
 
N
A
 
V
C
|
C
T
x
N
G
x
S
C
|
C
G
x
N
S
x
A
C
|
C
I
 
V
V
 
V
A
 
A
C
|
C
N
 
Q
V
 
S
E
 
E
N
|
N
N
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
V
G
 
G
R
 
K
D
 
D
E
 
E
V
 
V
R
 
W
R
 
L
R
 
G
R
 
R
E
 
E
M
 
M
H
 
H
W
|
W
I
 
I
R
 
R
I
|
I
D
 
D
R
 
Q
Y
 
Y
Y
 
Y
S
 
-
Y
 
-
E
 
-
T
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
V
 
-
T
 
-
R
 
-
E
 
-
K
 
-
E
 
-
I
 
-
A
 
-
K
 
-
L
 
V
E
 
G
D
 
D
L
 
E
D
 
H
H
 
T
V
 
P
S
 
N
V
 
V
V
 
Y
H
 
N
Q
 
M
P
 
V
M
 
M
L
|
L
C
|
C
Q
|
Q
H
x
Q
C
|
C
D
 
E
H
 
H
A
 
A
P
|
P
C
|
C
E
 
E
T
 
I
V
|
V
C
|
C
P
|
P
V
 
V
L
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
V
H
 
H
S
 
D
S
 
A
D
 
E
G
 
G
L
 
L
N
|
N
H
 
N
M
 
M
A
 
V
Y
 
Y
N
|
N
R
|
R
C
|
C
V
|
V
G
|
G
T
|
T
R
 
K
Y
 
Y
C
|
C
A
 
S
N
 
N
N
 
N
C
|
C
P
 
P
Y
|
Y
K
 
K
V
|
V
R
|
R
R
 
R
F
 
F
N
 
N
W
 
F
F
 
L
N
 
Q
Y
 
Y
W
 
Q
N
 
D
-
 
V
-
 
P
-
 
Y
D
 
R
S
 
S
R
 
P
F
 
I
D
 
D
N
 
A
Y
 
S
L
 
T
N
 
E
N
 
N
E
 
D
-
 
S
-
 
I
-
 
P
F
 
V
T
 
L
Q
 
K
L
 
M
V
 
M
L
 
R
N
 
N
P
 
P
D
 
D
V
 
V
T
 
T
T
 
V
R
 
R
S
 
A
R
 
R
G
 
G
V
 
V
M
|
M
E
 
E
K
|
K
C
|
C
S
 
T
M
x
F
C
|
C
I
 
V
Q
 
Q
R
 
R
I
 
I
Q
 
N
G
 
E
G
 
A
K
x
R
L
x
I
Q
 
Q
A
 
A
K
x
R
L
 
T
E
 
E
K
 
N
R
 
R
P
 
R
L
 
I
K
 
A
D
 
D
G
 
G
D
 
E
I
 
I
K
 
M
M
x
T
A
 
A
C
|
C
Q
 
Q
E
 
Q
A
 
V
C
|
C
S
 
P
A
 
T
N
 
Q
A
 
A
I
|
I
V
 
V
F
 
F
G
 
G
D
 
D
A
 
L
N
 
N
D
 
D
P
 
P
N
 
Q
S
 
A
E
 
R
V
 
V
S
 
V
K
 
D
A
 
L
L
 
K
R
 
E
S
 
Q
E
 
P
R
 
L
I
 
K
Y
 
Y
Y
 
T
V
 
S
L
 
L
E
 
D
E
 
K
I
 
L
N
 
N
V
 
T
K
 
K
P
 
P
G
 
R
I
 
V
G
 
S
Y
 
Y
M
 
L
T
 
A
K
 
K
I
 
I
R
 
K
N
 
N

2vpyF Polysulfide reductase with bound quinone inhibitor, pentachlorophenol (pcp) (see paper)
29% identity, 24% coverage: 753:998/1010 of query aligns to 4:178/193 of 2vpyF

query
sites
2vpyF
W
 
Y
V
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
I
D
 
D
L
 
L
N
 
S
A
 
L
C
|
C
T
 
V
G
|
G
C
|
C
G
 
A
S
 
A
C
|
C
I
 
A
V
 
V
A
 
A
C
|
C
N
 
K
V
 
M
E
 
E
N
|
N
N
 
E
I
 
V
P
 
P
V
 
P
V
 
-
G
 
G
R
 
V
D
 
F
E
 
N
V
x
L
R
 
-
R
 
-
R
 
-
R
 
-
E
 
-
M
 
-
H
 
-
W
 
W
I
|
I
R
 
R
I
 
-
D
 
-
R
 
-
Y
 
-
Y
 
-
S
 
-
Y
 
-
E
 
-
T
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
V
 
-
T
 
-
R
 
-
E
 
E
K
 
R
E
 
E
I
 
V
A
 
G
K
 
E
L
 
Y
E
 
P
D
 
N
L
 
L
D
 
-
H
 
-
V
 
-
S
 
V
V
 
V
V
 
E
H
 
F
Q
 
R
P
|
P
M
 
E
L
x
Q
C
|
C
Q
x
L
H
 
H
C
|
C
D
 
E
H
 
N
A
 
P
P
|
P
C
|
C
E
 
V
T
 
P
V
 
V
C
|
C
P
|
P
V
 
T
L
 
G
A
 
A
T
 
S
V
 
Y
H
 
Q
S
 
T
S
 
K
D
 
D
G
 
G
L
 
L
N
x
V
H
 
L
M
 
V
A
 
D
Y
 
P
N
 
K
R
 
K
C
|
C
V
x
I
G
x
A
T
x
C
R
x
G
Y
 
A
C
|
C
A
 
I
N
 
A
N
 
A
C
|
C
P
|
P
Y
|
Y
K
 
-
V
 
-
R
 
-
R
 
-
F
 
-
N
 
-
W
 
-
F
 
-
N
 
-
Y
 
-
W
 
-
N
 
-
D
 
D
S
 
A
R
|
R
F
 
Y
D
 
-
N
 
-
Y
 
-
L
 
-
N
 
-
N
 
-
E
 
-
F
 
-
T
 
-
Q
 
-
L
 
-
V
 
-
L
 
L
N
 
H
P
 
P
D
 
-
V
 
-
T
 
-
T
 
-
R
 
-
S
 
-
R
 
A
G
 
G
V
 
Y
M
x
V
E
 
S
K
 
K
C
|
C
S
 
T
M
x
F
C
|
C
I
 
A
Q
 
H
R
 
R
I
 
L
Q
 
E
G
 
K
G
 
G
K
 
K
L
 
V
Q
x
P
A
|
A
K
 
-
L
 
-
E
 
-
K
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
I
 
-
K
 
-
M
 
-
A
 
-
C
|
C
Q
 
V
E
 
E
A
 
T
C
|
C
S
 
P
A
 
T
N
 
Y
A
x
C
I
x
R
V
 
T
F
 
F
G
 
G
D
 
D
A
 
L
N
 
E
D
 
D
P
 
P
N
 
E
S
 
S
E
 
P
V
 
V
S
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
K
-
 
A
S
 
A
E
 
E
R
 
R
I
 
V
Y
 
D
Y
 
V
V
 
L
L
 
R
E
 
P
E
 
E
I
 
Q
N
 
G
V
 
T
K
 
R
P
 
P
G
 
K
I
 
L
G
 
F
Y
 
Y
M
 
L

Sites not aligning to the query:

2vpwF Polysulfide reductase with bound menaquinone (see paper)
29% identity, 24% coverage: 753:998/1010 of query aligns to 4:178/193 of 2vpwF

query
sites
2vpwF
W
 
Y
V
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
I
D
 
D
L
 
L
N
 
S
A
 
L
C
|
C
T
 
V
G
|
G
C
|
C
G
 
A
S
 
A
C
|
C
I
 
A
V
 
V
A
 
A
C
|
C
N
 
K
V
 
M
E
 
E
N
|
N
N
 
E
I
 
V
P
 
P
V
 
P
V
 
-
G
 
G
R
 
V
D
 
F
E
 
N
V
x
L
R
 
-
R
 
-
R
 
-
R
 
-
E
 
-
M
 
-
H
 
-
W
 
W
I
|
I
R
 
R
I
 
-
D
 
-
R
 
-
Y
 
-
Y
 
-
S
 
-
Y
 
-
E
 
-
T
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
V
 
-
T
 
-
R
 
-
E
 
E
K
 
R
E
 
E
I
 
V
A
 
G
K
 
E
L
 
Y
E
 
P
D
 
N
L
 
L
D
 
-
H
 
-
V
 
-
S
 
V
V
 
V
V
 
E
H
 
F
Q
 
R
P
|
P
M
 
E
L
x
Q
C
|
C
Q
x
L
H
|
H
C
|
C
D
 
E
H
 
N
A
 
P
P
|
P
C
|
C
E
 
V
T
 
P
V
 
V
C
|
C
P
|
P
V
 
T
L
 
G
A
 
A
T
 
S
V
 
Y
H
 
Q
S
 
T
S
 
K
D
 
D
G
 
G
L
 
L
N
x
V
H
 
L
M
 
V
A
 
D
Y
 
P
N
 
K
R
 
K
C
|
C
V
x
I
G
x
A
T
x
C
R
x
G
Y
 
A
C
|
C
A
 
I
N
 
A
N
 
A
C
|
C
P
|
P
Y
|
Y
K
 
-
V
 
-
R
 
-
R
 
-
F
 
-
N
 
-
W
 
-
F
 
-
N
 
-
Y
 
-
W
 
-
N
 
-
D
 
D
S
 
A
R
|
R
F
 
Y
D
 
-
N
 
-
Y
 
-
L
 
-
N
 
-
N
 
-
E
 
-
F
 
-
T
 
-
Q
 
-
L
 
-
V
 
-
L
 
L
N
 
H
P
 
P
D
 
-
V
 
-
T
 
-
T
 
-
R
 
-
S
 
-
R
 
A
G
 
G
V
 
Y
M
x
V
E
 
S
K
 
K
C
|
C
S
 
T
M
x
F
C
|
C
I
 
A
Q
 
H
R
 
R
I
 
L
Q
 
E
G
 
K
G
 
G
K
 
K
L
 
V
Q
x
P
A
|
A
K
 
-
L
 
-
E
 
-
K
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
I
 
-
K
 
-
M
 
-
A
 
-
C
|
C
Q
 
V
E
 
E
A
 
T
C
|
C
S
 
P
A
 
T
N
 
Y
A
x
C
I
x
R
V
 
T
F
 
F
G
 
G
D
 
D
A
 
L
N
 
E
D
 
D
P
 
P
N
 
E
S
 
S
E
 
P
V
 
V
S
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
K
-
 
A
S
 
A
E
 
E
R
 
R
I
 
V
Y
 
D
Y
 
V
V
 
L
L
 
R
E
 
P
E
 
E
I
 
Q
N
 
G
V
 
T
K
 
R
P
 
P
G
 
K
I
 
L
G
 
F
Y
 
Y
M
 
L

Sites not aligning to the query:

6cz7B The arsenate respiratory reductase (arr) complex from shewanella sp. Ana-3 (see paper)
28% identity, 24% coverage: 755:998/1010 of query aligns to 5:225/234 of 6cz7B

query
sites
6cz7B
M
 
M
A
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
N
 
Q
A
 
K
C
|
C
T
x
V
G
|
G
C
|
C
G
|
G
S
 
G
C
|
C
I
 
S
V
 
L
A
 
A
C
|
C
N
 
K
V
 
T
E
 
E
N
|
N
N
 
N
I
 
T
P
 
-
V
 
-
V
 
-
G
 
-
R
 
-
D
 
-
E
 
-
V
 
-
R
 
-
R
 
-
R
 
N
R
 
D
E
 
G
M
 
I
H
 
H
W
 
W
I
 
-
R
 
-
I
 
-
D
 
-
R
 
-
Y
 
-
Y
 
-
S
 
-
Y
 
-
E
 
-
T
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
V
 
-
T
 
-
R
 
-
E
 
S
K
 
H
E
 
H
I
 
I
A
 
A
K
 
T
L
 
T
E
 
E
-
 
G
D
 
T
L
 
F
D
 
P
H
 
D
V
 
V
S
 
K
V
 
Y
V
 
T
H
x
Y
Q
 
I
P
|
P
M
 
T
L
 
L
C
|
C
Q
x
N
H
|
H
C
|
C
D
 
D
H
 
D
A
|
A
P
|
P
C
|
C
E
 
V
T
 
K
V
 
V
C
|
C
P
|
P
V
 
T
L
 
G
A
 
A
T
 
M
V
 
H
H
 
K
S
 
D
S
 
K
D
 
R
G
 
G
L
 
L
N
x
T
H
 
L
M
 
Q
A
 
N
Y
 
N
N
 
D
R
 
E
C
|
C
V
x
I
G
|
G
T
x
C
R
x
K
Y
 
K
C
|
C
A
 
M
N
 
N
N
 
A
C
|
C
P
 
P
Y
|
Y
K
 
G
V
|
V
R
x
I
R
 
S
F
 
F
N
 
N
W
 
A
-
 
A
-
 
T
-
 
P
F
 
H
N
 
R
Y
 
R
W
 
W
N
 
Q
D
 
D
S
 
D
R
 
S
F
 
-
D
 
E
N
 
V
Y
 
V
L
 
A
N
 
N
N
 
G
E
 
T
F
 
V
T
 
S
Q
 
P
L
 
L
V
 
M
L
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
R
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
T
-
 
A
-
 
T
-
 
P
-
 
N
-
 
E
N
 
N
P
 
P
D
 
E
-
 
R
-
 
G
-
 
D
-
 
T
-
 
Y
V
 
P
T
 
M
T
 
I
R
 
R
S
 
P
R
 
K
G
 
R
V
 
T
M
x
T
E
 
E
K
|
K
C
|
C
S
 
T
M
x
F
C
|
C
I
 
D
Q
 
H
R
 
R
I
 
L
Q
 
D
G
 
K
G
 
G
K
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
-
K
 
-
L
 
-
E
 
-
K
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
I
 
L
K
 
N
M
 
P
A
 
A
C
|
C
Q
 
V
E
 
D
A
 
A
C
|
C
S
x
P
A
 
S
N
 
E
A
 
A
I
x
R
V
 
V
F
 
I
G
 
G
D
 
D
A
 
L
N
 
D
D
 
D
P
 
P
N
 
Q
S
 
S
E
 
K
V
 
V
S
 
S
K
 
Q
A
 
L
L
 
I
R
 
K
S
 
L
E
 
H
R
 
K
I
 
P
Y
 
M
Y
 
Q
V
 
L
L
 
K
E
 
P
E
 
E
I
 
A
N
 
G
V
 
T
K
 
G
P
 
P
G
 
R
I
 
V
G
 
F
Y
 
Y
M
 
I

Q7WTT9 Arsenate respiratory reductase iron-sulfur subunit ArrB; Arsenate respiratory reductase small subunit; ARR small subunit from Shewanella sp. (strain ANA-3) (see paper)
28% identity, 24% coverage: 755:998/1010 of query aligns to 5:225/234 of Q7WTT9

query
sites
Q7WTT9
M
 
M
A
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
N
 
Q
A
 
K
C
|
C
T
 
V
G
 
G
C
|
C
G
 
G
S
 
G
C
|
C
I
 
S
V
 
L
A
 
A
C
|
C
N
 
K
V
 
T
E
 
E
N
 
N
N
 
N
I
 
T
P
 
-
V
 
-
V
 
-
G
 
-
R
 
-
D
 
-
E
 
-
V
 
-
R
 
-
R
 
-
R
 
N
R
 
D
E
 
G
M
 
I
H
 
H
W
 
W
I
 
-
R
 
-
I
 
-
D
 
-
R
 
-
Y
 
-
Y
 
-
S
 
-
Y
 
-
E
 
-
T
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
V
 
-
T
 
-
R
 
-
E
 
S
K
 
H
E
 
H
I
 
I
A
 
A
K
 
T
L
 
T
E
 
E
-
 
G
D
 
T
L
 
F
D
 
P
H
 
D
V
 
V
S
 
K
V
 
Y
V
 
T
H
 
Y
Q
 
I
P
 
P
M
 
T
L
 
L
C
|
C
Q
 
N
H
 
H
C
|
C
D
 
D
H
 
D
A
 
A
P
 
P
C
|
C
E
 
V
T
 
K
V
 
V
C
|
C
P
 
P
V
 
T
L
 
G
A
 
A
T
 
M
V
 
H
H
 
K
S
 
D
S
 
K
D
 
R
G
 
G
L
 
L
N
 
T
H
 
L
M
 
Q
A
 
N
Y
 
N
N
 
D
R
 
E
C
|
C
V
 
I
G
 
G
T
x
C
R
 
K
Y
 
K
C
|
C
A
 
M
N
 
N
N
 
A
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
K
 
G
V
 
V
R
 
I
R
 
S
F
 
F
N
 
N
W
 
A
-
 
A
-
 
T
-
 
P
F
 
H
N
 
R
Y
 
R
W
 
W
N
 
Q
D
 
D
S
 
D
R
 
S
F
 
-
D
 
E
N
 
V
Y
 
V
L
 
A
N
 
N
N
 
G
E
 
T
F
 
V
T
 
S
Q
 
P
L
 
L
V
 
M
L
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
R
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
T
-
 
A
-
 
T
-
 
P
-
 
N
-
 
E
N
 
N
P
 
P
D
 
E
-
 
R
-
 
G
-
 
D
-
 
T
-
 
Y
V
 
P
T
 
M
T
 
I
R
 
R
S
 
P
R
 
K
G
 
R
V
 
T
M
 
T
E
 
E
K
 
K
C
|
C
S
 
T
M
 
F
C
|
C
I
 
D
Q
 
H
R
 
R
I
 
L
Q
 
D
G
 
K
G
 
G
K
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
-
K
 
-
L
 
-
E
 
-
K
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
I
 
L
K
 
N
M
 
P
A
 
A
C
|
C
Q
 
V
E
 
D
A
 
A
C
|
C
S
 
P
A
 
S
N
 
E
A
 
A
I
 
R
V
 
V
F
 
I
G
 
G
D
 
D
A
 
L
N
 
D
D
 
D
P
 
P
N
 
Q
S
 
S
E
 
K
V
 
V
S
 
S
K
 
Q
A
 
L
L
 
I
R
 
K
S
 
L
E
 
H
R
 
K
I
 
P
Y
 
M
Y
 
Q
V
 
L
L
 
K
E
 
P
E
 
E
I
 
A
N
 
G
V
 
T
K
 
G
P
 
P
G
 
R
I
 
V
G
 
F
Y
 
Y
M
 
I

P18776 Anaerobic dimethyl sulfoxide reductase chain B; DMSO reductase iron-sulfur subunit from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
26% identity, 19% coverage: 757:948/1010 of query aligns to 9:152/205 of P18776

query
sites
P18776
I
 
I
D
 
D
L
 
S
N
 
S
A
 
R
C
 
C
T
 
T
G
 
G
C
 
C
G
 
K
S
 
T
C
 
C
I
 
E
V
 
L
A
 
A
C
 
C
N
 
-
V
 
-
E
 
-
N
 
-
N
 
-
I
 
-
P
 
-
V
 
-
V
 
-
G
 
-
R
 
K
D
 
D
E
 
Y
V
 
K
R
 
D
R
 
L
R
 
T
R
 
P
E
 
E
M
 
V
H
 
S
W
 
F
I
 
R
R
 
R
I
 
I
D
 
-
R
 
-
Y
 
-
Y
 
-
S
 
-
Y
 
Y
E
 
E
T
 
Y
K
 
A
D
 
G
G
 
G
D
 
D
V
 
W
T
 
Q
R
 
E
E
 
D
K
 
N
E
 
G
I
 
V
A
 
W
K
 
H
L
 
-
E
 
-
D
 
-
L
 
-
D
 
Q
H
 
N
V
 
V
S
 
F
V
 
A
V
 
Y
H
 
Y
Q
 
L
P
 
S
M
 
I
L
 
S
C
 
C
Q
 
N
H
 
H
C
 
C
D
 
E
H
 
D
A
 
P
P
 
A
C
 
C
E
 
T
T
 
K
V
 
V
C
 
C
P
 
P
V
 
S
L
 
G
A
 
A
T
 
M
V
 
H
H
 
K
S
 
R
S
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
F
N
 
V
H
 
V
M
 
V
A
 
D
Y
 
E
N
 
D
R
 
V
C
 
C
V
 
I
G
 
G
T
x
C
R
 
R
Y
 
Y
C
 
C
A
 
H
N
 
M
N
 
A
C
 
C
P
 
P
Y
 
Y
K
 
G
V
 
A
R
 
P
R
 
Q
F
 
Y
N
 
N
W
 
-
F
 
-
N
 
-
Y
 
-
W
 
-
N
 
-
D
 
-
S
 
-
R
 
-
F
 
-
D
 
-
N
 
-
Y
 
-
L
 
-
N
 
-
N
 
-
E
 
-
F
 
-
T
 
-
Q
 
-
L
 
-
V
 
-
L
 
-
N
 
-
P
 
-
D
 
-
V
 
-
T
 
-
T
 
-
R
 
E
S
 
T
R
 
K
G
 
G
V
 
H
M
 
M
E
 
T
K
 
K
C
 
C
S
 
D
M
 
G
C
 
C
I
 
Y
Q
 
D
R
 
R
I
 
V
Q
 
A
G
 
E
G
 
G
K
 
K
L
 
K
Q
 
P
A
 
I
K
 
C
L
 
V
E
 
E
K
 
S
R
 
C
P
 
P
L
 
L
K
 
R
D
 
A
G
 
L
D
 
D
I
 
F

Sites not aligning to the query:

2ivfB Ethylbenzene dehydrogenase from aromatoleum aromaticum (see paper)
23% identity, 25% coverage: 754:1001/1010 of query aligns to 5:261/337 of 2ivfB

query
sites
2ivfB
V
 
V
M
 
T
A
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
N
 
N
A
 
K
C
|
C
T
x
L
G
|
G
C
|
C
G
x
Q
S
 
T
C
|
C
I
 
T
V
 
V
A
 
A
C
|
C
-
 
K
N
 
N
V
 
I
E
x
W
N
 
T
N
 
K
I
 
R
P
 
P
V
 
G
V
 
T
G
 
-
R
 
-
D
 
-
E
 
-
V
 
-
R
 
-
R
 
-
R
 
-
R
 
E
E
 
H
M
 
M
H
 
R
W
|
W
I
x
N
R
 
N
I
x
V
D
 
T
R
 
T
Y
 
Y
-
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
Y
-
 
P
Y
 
R
S
 
D
Y
 
Y
E
 
E
T
 
R
K
 
K
D
 
G
G
 
G
D
 
G
V
 
F
T
 
L
R
 
R
-
 
G
E
 
E
K
 
P
E
 
Q
I
 
P
A
 
G
K
 
V
L
 
L
E
 
P
D
 
T
L
 
L
-
 
I
-
 
D
-
 
S
-
 
G
-
 
D
-
 
D
-
 
F
-
 
Q
-
 
F
D
 
N
H
 
H
V
 
K
S
 
E
V
 
V
V
 
F
H
 
Y
Q
 
E
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
Q
-
 
T
-
 
V
-
 
H
-
 
F
-
 
H
-
 
P
-
 
T
-
 
S
-
 
K
-
 
S
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
W
-
 
G
-
 
Y
-
 
N
-
 
W
-
 
D
-
 
E
-
 
D
-
 
Q
-
 
G
-
 
G
-
 
G
-
 
K
-
 
W
-
 
P
-
 
N
-
 
P
-
 
F
-
 
F
-
 
F
-
 
Y
-
 
L
P
 
A
M
 
R
L
x
M
C
|
C
Q
x
N
H
|
H
C
|
C
D
 
T
H
 
N
A
x
P
P
 
A
C
|
C
E
 
L
T
 
A
V
 
A
C
|
C
P
 
P
V
x
T
L
 
G
A
 
A
T
x
I
V
 
Y
H
 
K
S
 
R
S
 
E
D
 
D
-
 
N
G
 
G
L
 
I
N
x
V
H
 
L
M
 
V
A
 
D
Y
 
Q
N
 
E
R
 
R
C
|
C
V
x
K
G
|
G
T
x
H
R
|
R
Y
x
H
C
|
C
A
 
V
N
 
E
N
 
A
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
K
 
K
V
x
A
R
x
I
R
 
Y
F
 
F
N
 
N
W
 
-
F
 
-
N
 
-
Y
 
-
W
 
-
N
 
-
D
 
-
S
 
-
R
 
-
F
 
-
D
 
-
N
 
-
Y
 
-
L
 
-
N
 
-
N
 
-
E
 
-
F
 
-
T
 
-
Q
 
-
L
 
-
V
 
-
L
 
-
N
 
-
P
 
-
D
 
P
V
 
V
T
 
S
T
 
Q
R
 
T
S
|
S
R
 
-
G
 
-
V
 
-
M
 
-
E
 
E
K
|
K
C
|
C
S
x
I
M
x
L
C
|
C
I
 
Y
Q
 
P
R
 
R
I
 
I
Q
 
E
G
 
K
G
 
G
K
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
-
K
 
-
L
 
-
E
 
-
K
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
I
 
I
K
 
A
M
x
N
A
 
A
C
|
C
Q
 
N
E
 
R
A
 
Q
C
|
C
S
 
P
A
 
G
N
 
R
A
x
V
I
x
R
V
 
A
F
 
F
G
 
G
D
 
Y
A
 
L
N
 
D
D
 
D
P
 
T
N
 
T
S
 
S
E
 
H
V
 
V
S
 
H
K
 
K
A
 
L
L
 
V
R
 
K
S
 
K
E
 
W
R
 
K
I
 
V
Y
 
A
Y
 
L
V
 
P
L
 
L
E
 
H
-
 
A
E
 
E
I
 
Y
N
 
G
V
 
T
K
 
G
P
 
P
G
 
N
I
 
I
G
 
Y
Y
 
Y
M
 
V
T
 
P
K
 
P
I
 
M

1kqfB Formate dehydrogenase n from e. Coli (see paper)
25% identity, 21% coverage: 757:964/1010 of query aligns to 33:186/289 of 1kqfB

query
sites
1kqfB
I
 
I
D
 
D
L
 
V
N
 
S
A
 
T
C
|
C
T
x
I
G
|
G
C
|
C
G
x
K
S
 
A
C
|
C
I
 
Q
V
 
V
A
 
A
C
|
C
N
 
S
V
 
E
E
 
W
N
|
N
N
 
D
I
 
I
P
 
-
V
 
-
V
 
-
G
 
-
R
 
R
D
 
D
E
 
E
V
 
V
R
 
G
R
 
-
R
 
-
R
 
-
E
 
-
M
 
-
H
 
H
W
 
C
I
 
V
R
 
G
I
 
V
-
 
Y
D
 
D
R
 
N
Y
 
P
Y
 
A
S
 
D
Y
 
L
E
 
S
T
 
A
K
 
K
D
 
S
G
 
W
D
x
T
V
 
V
T
x
M
R
 
R
E
 
F
K
 
S
E
 
E
I
 
T
A
 
E
K
 
Q
L
 
N
E
 
G
D
 
K
L
 
L
D
 
E
H
 
W
V
 
L
S
 
I
V
 
-
V
 
-
H
 
-
Q
 
R
P
 
K
M
 
D
L
 
G
C
|
C
Q
x
M
H
|
H
C
|
C
D
 
E
H
 
D
A
x
P
P
 
G
C
|
C
E
 
L
T
 
K
V
 
A
C
|
C
P
|
P
V
 
S
L
 
A
-
 
G
A
 
A
T
x
I
V
 
I
H
 
Q
S
 
Y
S
 
A
D
 
N
G
 
G
L
 
I
N
x
V
H
 
D
M
 
F
A
 
Q
Y
 
S
N
 
E
R
 
N
C
|
C
V
x
I
G
|
G
T
x
C
R
x
G
Y
|
Y
C
|
C
A
 
I
N
 
A
N
 
G
C
|
C
P
 
P
Y
 
F
K
 
N
V
x
I
R
x
P
R
 
R
F
 
L
N
 
N
W
 
-
F
 
-
N
 
-
Y
 
-
W
 
-
N
 
-
D
 
-
S
 
-
R
 
K
F
 
E
D
 
D
N
 
N
Y
 
R
L
x
V
N
 
Y
N
 
-
E
 
-
F
 
-
T
 
-
Q
 
-
L
 
-
V
 
-
L
 
-
N
 
-
P
 
-
D
 
-
V
 
-
T
 
-
T
 
-
R
 
-
S
 
-
R
 
-
G
 
-
V
 
-
M
 
-
E
 
-
K
|
K
C
|
C
S
 
T
M
x
L
C
|
C
I
 
V
Q
 
D
R
 
R
I
 
V
Q
 
S
G
 
V
G
 
G
K
 
Q
L
 
-
Q
 
-
A
 
-
K
 
-
L
 
-
E
 
-
K
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
I
 
-
K
 
E
M
x
P
A
 
A
C
|
C
Q
 
V
E
 
K
A
 
T
C
|
C
S
x
P
A
 
T
N
 
G
A
 
A
I
|
I
V
 
H
F
 
F
G
 
G

Sites not aligning to the query:

P0AAJ3 Formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit; Anaerobic formate dehydrogenase iron-sulfur subunit; Formate dehydrogenase-N subunit beta; FDH-N subunit beta from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
25% identity, 21% coverage: 757:964/1010 of query aligns to 34:187/294 of P0AAJ3

query
sites
P0AAJ3
I
 
I
D
 
D
L
 
V
N
 
S
A
 
T
C
|
C
T
 
I
G
 
G
C
|
C
G
 
K
S
 
A
C
|
C
I
 
Q
V
 
V
A
 
A
C
|
C
N
 
S
V
 
E
E
 
W
N
 
N
N
 
D
I
 
I
P
 
-
V
 
-
V
 
-
G
 
-
R
 
R
D
 
D
E
 
E
V
 
V
R
 
G
R
 
-
R
 
-
R
 
-
E
 
-
M
 
-
H
 
H
W
 
C
I
 
V
R
 
G
I
 
V
-
 
Y
D
 
D
R
 
N
Y
 
P
Y
 
A
S
 
D
Y
 
L
E
 
S
T
 
A
K
 
K
D
 
S
G
 
W
D
 
T
V
 
V
T
 
M
R
 
R
E
 
F
K
 
S
E
 
E
I
 
T
A
 
E
K
 
Q
L
 
N
E
 
G
D
 
K
L
 
L
D
 
E
H
 
W
V
 
L
S
 
I
V
 
-
V
 
-
H
 
-
Q
 
R
P
 
K
M
 
D
L
 
G
C
|
C
Q
 
M
H
 
H
C
|
C
D
 
E
H
 
D
A
 
P
P
 
G
C
|
C
E
 
L
T
 
K
V
 
A
C
|
C
P
 
P
V
 
S
L
 
A
-
 
G
A
 
A
T
 
I
V
 
I
H
 
Q
S
 
Y
S
 
A
D
 
N
G
 
G
L
 
I
N
 
V
H
 
D
M
 
F
A
 
Q
Y
 
S
N
 
E
R
 
N
C
|
C
V
 
I
G
 
G
T
x
C
R
 
G
Y
 
Y
C
|
C
A
 
I
N
 
A
N
 
G
C
|
C
P
 
P
Y
 
F
K
 
N
V
 
I
R
 
P
R
 
R
F
 
L
N
 
N
W
 
-
F
 
-
N
 
-
Y
 
-
W
 
-
N
 
-
D
 
-
S
 
-
R
 
K
F
 
E
D
 
D
N
 
N
Y
 
R
L
 
V
N
 
Y
N
 
-
E
 
-
F
 
-
T
 
-
Q
 
-
L
 
-
V
 
-
L
 
-
N
 
-
P
 
-
D
 
-
V
 
-
T
 
-
T
 
-
R
 
-
S
 
-
R
 
-
G
 
-
V
 
-
M
 
-
E
 
-
K
 
K
C
|
C
S
 
T
M
 
L
C
|
C
I
 
V
Q
 
D
R
 
R
I
 
V
Q
 
S
G
 
V
G
 
G
K
 
Q
L
 
-
Q
 
-
A
 
-
K
 
-
L
 
-
E
 
-
K
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
I
 
-
K
 
E
M
 
P
A
 
A
C
|
C
Q
 
V
E
 
K
A
 
T
C
|
C
S
 
P
A
 
T
N
 
G
A
 
A
I
 
I
V
 
H
F
 
F
G
 
G

3egwB The crystal structure of the narghi mutant narh - c16a
26% identity, 12% coverage: 817:933/1010 of query aligns to 167:255/509 of 3egwB

query
sites
3egwB
A
 
A
K
 
M
L
 
Y
E
 
S
D
 
Q
L
 
F
D
 
E
H
 
N
V
 
T
S
 
F
V
 
M
V
 
M
H
 
Y
Q
 
L
P
|
P
M
 
R
L
 
L
C
|
C
Q
x
E
H
|
H
C
|
C
D
 
L
H
 
N
A
x
P
P
 
A
C
|
C
E
 
V
T
 
A
V
 
T
C
|
C
P
 
P
V
x
S
L
 
G
A
 
A
T
x
I
V
 
Y
-
 
K
H
 
R
S
 
E
S
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
I
N
 
V
H
 
L
M
 
I
A
 
D
Y
 
Q
N
 
D
R
 
K
C
|
C
V
x
R
G
|
G
T
x
W
R
|
R
Y
 
M
C
|
C
A
 
I
N
 
T
N
 
G
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
K
 
K
V
 
K
R
x
I
R
 
Y
F
 
F
N
 
N
W
 
W
F
 
-
N
 
-
Y
 
-
W
 
-
N
 
-
D
 
-
S
 
-
R
 
-
F
 
-
D
 
-
N
 
-
Y
 
-
L
 
-
N
 
-
N
 
-
E
 
-
F
 
-
T
 
-
Q
 
-
L
 
-
V
 
-
L
 
-
N
 
-
P
 
-
D
 
-
V
 
-
T
 
-
T
 
-
R
 
-
S
 
K
R
 
S
G
 
G
V
 
K
M
x
S
E
 
E
K
|
K
C
|
C
S
 
I
M
x
F
C
|
C
I
 
Y
Q
 
P
R
 
R
I
 
I
Q
 
E
G
 
A
G
 
G
K
 
Q

Sites not aligning to the query:

7z0sB Structure of the escherichia coli formate hydrogenlyase complex (anaerobic preparation, without formate dehydrogenase h) (see paper)
28% identity, 13% coverage: 751:884/1010 of query aligns to 2:100/170 of 7z0sB

query
sites
7z0sB
N
 
N
N
 
R
W
 
F
V
 
V
M
 
I
A
 
A
I
 
-
D
 
D
L
 
S
N
 
T
A
 
L
C
|
C
T
x
I
G
|
G
C
|
C
G
x
H
S
x
T
C
|
C
I
 
E
V
 
A
A
 
A
C
|
C
N
 
S
V
 
-
E
 
-
N
 
-
N
 
-
I
 
-
P
 
-
V
 
-
V
 
-
G
 
-
R
 
-
D
 
-
E
 
E
V
 
T
R
x
H
R
 
R
R
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
L
R
 
Q
E
 
S
M
 
M
H
 
P
W
x
R
I
x
L
R
 
R
I
 
V
D
 
-
R
 
-
Y
 
-
Y
 
-
S
 
-
Y
 
-
E
 
-
T
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
V
 
M
T
 
L
R
 
N
E
 
E
K
 
K
E
 
E
I
 
S
A
 
A
K
 
-
L
 
-
E
 
-
D
 
-
L
 
-
D
 
-
H
 
-
V
 
-
S
 
-
V
 
-
V
 
-
H
 
-
Q
 
-
P
|
P
M
 
Q
L
|
L
C
|
C
Q
x
H
H
|
H
C
|
C
D
 
E
H
 
D
A
 
A
P
 
P
C
|
C
E
 
A
T
 
V
V
 
V
C
|
C
P
|
P
V
 
V
L
 
N
A
 
A
T
 
-
V
x
I
H
 
T
S
 
R
S
 
V
D
 
D
G
 
G
L
 
A
N
x
V
H
 
Q
M
x
L
A
 
N
Y
 
E
N
 
S
R
 
L
C
|
C
V
|
V
G
 
S
T
x
C
R
x
K
Y
 
L
C
|
C
A
 
G
N
 
I
N
 
A
C
|
C
P
 
P
Y
 
F
K
 
G
V
 
A
R
x
I
R
 
E
F
 
F
N
 
S

Sites not aligning to the query:

P11349 Respiratory nitrate reductase 1 beta chain; Nitrate reductase A subunit beta; Quinol-nitrate oxidoreductase subunit beta; EC 1.7.5.1 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
26% identity, 12% coverage: 817:933/1010 of query aligns to 167:255/512 of P11349

query
sites
P11349
A
 
A
K
 
M
L
 
Y
E
 
S
D
 
Q
L
 
F
D
 
E
H
 
N
V
 
T
S
 
F
V
 
M
V
 
M
H
 
Y
Q
 
L
P
 
P
M
 
R
L
 
L
C
|
C
Q
 
E
H
 
H
C
|
C
D
 
L
H
 
N
A
 
P
P
 
A
C
|
C
E
 
V
T
 
A
V
 
T
C
|
C
P
 
P
V
 
S
L
 
G
A
 
A
T
 
I
V
 
Y
-
 
K
H
 
R
S
 
E
S
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
I
N
 
V
H
 
L
M
 
I
A
 
D
Y
 
Q
N
 
D
R
 
K
C
|
C
V
 
R
G
 
G
T
 
W
R
 
R
Y
 
M
C
|
C
A
 
I
N
 
T
N
 
G
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
K
 
K
V
 
K
R
 
I
R
 
Y
F
 
F
N
 
N
W
 
W
F
 
-
N
 
-
Y
 
-
W
 
-
N
 
-
D
 
-
S
 
-
R
 
-
F
 
-
D
 
-
N
 
-
Y
 
-
L
 
-
N
 
-
N
 
-
E
 
-
F
 
-
T
 
-
Q
 
-
L
 
-
V
 
-
L
 
-
N
 
-
P
 
-
D
 
-
V
 
-
T
 
-
T
 
-
R
 
-
S
 
K
R
 
S
G
 
G
V
 
K
M
 
S
E
 
E
K
 
K
C
|
C
S
 
I
M
 
F
C
|
C
I
 
Y
Q
 
P
R
 
R
I
 
I
Q
 
E
G
 
A
G
 
G
K
 
Q

Sites not aligning to the query:

4v4cB Pyrogallol hydroxytransferase small subunit (see paper)
20% identity, 26% coverage: 753:1010/1010 of query aligns to 4:201/274 of 4v4cB

query
sites
4v4cB
W
 
Y
V
 
Y
M
 
M
A
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
V
N
 
A
A
 
K
C
|
C
T
x
Q
G
x
D
C
|
C
G
x
N
S
x
N
C
|
C
I
 
F
V
 
M
A
 
G
C
|
C
N
 
M
V
 
D
E
 
E
N
 
H
N
 
E
I
 
L
P
 
N
V
 
E
V
 
W
G
 
P
R
 
G
D
 
Y
E
 
T
V
 
A
R
 
S
R
 
M
R
 
Q
R
 
R
E
 
G
M
 
H
H
 
R
W
 
W
I
 
M
R
 
N
I
 
I
D
 
E
R
 
R
Y
 
-
Y
 
-
S
 
-
Y
 
-
E
 
-
T
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
V
 
-
T
 
-
R
 
R
E
 
E
K
 
R
E
 
G
I
 
T
A
 
Y
K
 
P
L
 
R
E
 
N
D
 
D
L
x
I
D
x
N
H
 
Y
V
 
-
S
 
-
V
 
-
V
 
-
H
 
-
Q
 
R
P
 
P
M
 
T
L
 
P
C
|
C
Q
x
M
H
|
H
C
|
C
D
 
E
H
 
N
A
 
A
P
 
P
C
|
C
E
 
-
T
 
V
V
 
A
C
 
K
P
 
G
V
 
N
L
 
G
A
 
A
T
 
V
V
 
Y
H
 
Q
S
 
R
S
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
I
N
x
V
H
 
L
M
 
I
A
 
D
Y
 
P
N
 
E
R
 
K
C
 
A
V
 
K
G
 
G
T
 
K
R
 
K
Y
 
E
C
 
L
A
 
L
N
 
D
N
 
T
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
K
 
G
V
|
V
R
 
M
R
 
-
F
 
-
N
 
-
W
 
-
F
 
-
N
 
-
Y
 
Y
W
 
W
N
 
N
D
 
E
S
 
-
R
 
-
F
 
-
D
 
-
N
 
-
Y
 
-
L
 
-
N
 
-
N
 
-
E
 
-
F
 
-
T
 
-
Q
 
-
L
 
-
V
 
-
L
 
-
N
 
-
P
 
-
D
 
-
V
 
-
T
 
-
T
 
-
R
 
-
S
 
E
R
 
E
G
 
N
V
 
V
M
 
A
E
 
Q
K
 
K
C
|
C
S
 
T
M
|
M
C
|
C
I
 
A
Q
 
H
R
 
L
I
 
L
Q
 
D
G
 
D
G
 
E
K
 
S
L
 
W
Q
 
A
A
 
P
K
 
K
L
 
M
E
x
P
K
 
R
R
 
-
P
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
I
 
-
K
 
-
M
 
-
A
 
-
C
|
C
Q
 
A
E
 
H
A
 
N
C
|
C
S
 
G
A
 
-
N
 
-
A
x
S
I
 
F
V
|
V
F
x
Y
G
 
E
D
 
F
A
 
L
N
 
K
D
 
T
P
 
T
N
 
P
S
 
E
E
 
A
V
 
M
S
 
A
K
 
K
A
 
K
L
 
V
R
 
E
S
 
E
E
 
E
R
 
G
I
 
L
Y
 
E
Y
 
V
V
 
I
L
 
K
E
 
P
E
 
E
I
 
L
N
 
G
V
 
T
K
 
K
P
 
P
G
 
R
I
 
V
G
 
Y
Y
 
Y
M
 
K
T
 
N
K
 
L
I
 
Y
R
 
R
N
 
F
T
 
E
D
 
K
T
 
N
T
 
Y
V
 
V
Q
 
T
A
 
A

Query Sequence

>CA265_RS17845 FitnessBrowser__Pedo557:CA265_RS17845
MESNKKYWKGLEEYNNTPDFVKNNKNEFAEPLPIEDVLNEAGLSTVTPRRDFLKALGFGL
GAVTLAACQTAPVHKSIPYLVKPEEVTPGIPNYYTSSFNGQSILVKTREGRPIKIEPNPN
AGQFNCGTDARAQASVLDLYDVSKLKAPALVKDGKVEETTWAKIDSFVKGELAKAQAGGK
KIRIVSSTVNSPSTNAVIAQFIAKYPAAKLVQYDAVSYTGIIQANQNSFGKAVLPKYNFD
KADLIVSFSADFLGTWISGEEFTAQYTANRNYKSLENKKMSRHIQFESGMSLTGTNADTR
VPVKLSEEGPALIALYNAITGSALPGGTLGNNTTADKVIKLVAKELVQAKGKGLVVCGSN
DVSTQILVNAINAAIGSYGTTIDLDNPCYLYAGNDAEFNGLVAEMSRGEVGAVLFLNSNP
VYDAANAKAFTDALAKVPAKISFSDRADETATACDAIAINHNYLESWGDANAYEGYYSIV
QPTINPVFNSRQAEESLLTWADAPVKDYYQFVRSNWEAKMLPAVGLKWEEVLEKGVVTAT
AKTAGAYSFTQSLAQVATSIVSSSKALDKDIQLQVYENIPMRDGKNANNAFLQELPDPVS
KVTWDNYVALAPKFAEKLKVKEFDVVTVKASNGYSVDLPVLIQPGQAQQTASIALGYGRT
KVGKAGNDVGKNAFPFVSFINGTFQYATTVTITPTGGYYELAQTQTHHSFEGRAVIKEAT
FKEYLKNPGAGNEKGEHKDYDLWDQYEKPGNNWVMAIDLNACTGCGSCIVACNVENNIPV
VGRDEVRRRREMHWIRIDRYYSYETKDGDVTREKEIAKLEDLDHVSVVHQPMLCQHCDHA
PCETVCPVLATVHSSDGLNHMAYNRCVGTRYCANNCPYKVRRFNWFNYWNDSRFDNYLNN
EFTQLVLNPDVTTRSRGVMEKCSMCIQRIQGGKLQAKLEKRPLKDGDIKMACQEACSANA
IVFGDANDPNSEVSKALRSERIYYVLEEINVKPGIGYMTKIRNTDTTVQA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory