SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing CA265_RS23135 FitnessBrowser__Pedo557:CA265_RS23135 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

7o12B Abc transporter nosdfy, amppnp-bound in gdn (see paper)
36% identity, 79% coverage: 5:244/302 of query aligns to 2:238/298 of 7o12B

query
sites
7o12B
A
 
A
I
 
V
E
 
E
T
 
I
V
 
Q
G
 
G
L
 
V
N
 
S
F
 
Q
N
 
R
F
x
Y
G
 
G
N
 
S
Q
 
M
V
 
T
I
x
V
V
 
L
K
 
H
D
 
D
L
 
L
S
 
N
L
 
L
Q
 
N
V
 
L
P
 
G
K
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
V
Y
 
L
G
 
G
F
 
L
L
 
F
G
 
G
P
 
H
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
S
I
 
M
K
 
K
I
 
L
L
 
I
L
 
L
N
 
G
L
 
L
L
 
L
K
 
S
S
 
P
P
 
S
S
 
E
D
 
G
Q
 
Q
V
 
V
F
 
K
I
 
V
F
 
L
G
 
G
K
 
R
E
 
A
I
 
P
N
 
N
S
 
D
N
 
P
R
 
Q
I
 
V
A
 
R
T
 
-
L
 
-
K
 
R
R
 
Q
I
 
L
G
 
G
A
 
Y
L
 
L
V
 
P
E
|
E
Q
 
N
P
 
V
A
 
T
I
 
F
Y
 
Y
G
 
P
H
 
Q
L
 
L
T
 
S
G
 
G
K
 
R
E
 
E
N
 
T
L
 
L
I
 
R
N
 
H
R
 
F
C
 
A
I
 
R
L
 
L
L
 
K
G
 
G
I
 
A
K
 
A
K
 
L
N
 
T
K
 
Q
A
 
V
D
 
D
E
 
E
M
 
L
L
 
L
A
 
E
L
 
Q
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
A
E
 
H
A
 
A
A
 
A
N
 
D
K
 
R
K
 
R
A
 
V
N
 
K
K
 
T
Y
 
Y
S
 
S
L
 
K
G
 
G
M
 
M
K
 
R
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
G
 
G
I
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
L
S
 
G
D
 
E
P
 
P
E
 
R
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
I
G
 
A
I
 
T
I
 
Q
E
 
D
I
 
L
R
 
-
N
 
Y
L
 
L
M
 
L
I
 
I
D
 
D
L
 
R
A
 
L
T
 
R
K
 
Q
H
 
R
Q
 
G
K
 
T
T
 
S
I
 
I
L
 
I
V
 
L
S
 
C
S
 
S
H
 
H
L
 
V
L
 
L
A
 
P
E
 
G
I
 
V
E
 
E
R
 
A
T
 
H
A
 
I
T
 
N
H
 
R
V
 
A
G
 
A
I
 
I
I
 
L
N
 
A
K
 
K
G
 
G
Q
 
C
L
 
L
L
 
Q
F
 
A
Q
 
V
G
 
G
T
 
S
I
 
L
N
 
S
E
 
Q
L
 
L
H
 
R
L
 
A
L
 
E
S
 
A
K
 
G
P
 
L
M
 
P
L
 
V
E
 
R
I
 
I
E
 
R
V
 
A
D
 
S
K
 
G
I
 
I
E
 
S
S
 
E
A
 
R
S
 
D
S
 
S
F
 
W
L
 
L
T
 
Q
K
 
R

7o17B Abc transporter nosdfy e154q, atp-bound in lipid nanodisc (see paper)
35% identity, 79% coverage: 5:244/302 of query aligns to 2:238/298 of 7o17B

query
sites
7o17B
A
 
A
I
 
V
E
 
E
T
 
I
V
 
Q
G
 
G
L
 
V
N
 
S
F
 
Q
N
 
R
F
x
Y
G
 
G
N
 
S
Q
 
M
V
 
T
I
x
V
V
 
L
K
 
H
D
 
D
L
 
L
S
 
N
L
 
L
Q
 
N
V
 
L
P
 
G
K
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
V
Y
 
L
G
 
G
F
 
L
L
 
F
G
 
G
P
 
H
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
S
I
 
M
K
 
K
I
 
L
L
 
I
L
 
L
N
 
G
L
 
L
L
 
L
K
 
S
S
 
P
P
 
S
S
 
E
D
 
G
Q
 
Q
V
 
V
F
 
K
I
 
V
F
 
L
G
 
G
K
 
R
E
 
A
I
 
P
N
 
N
S
 
D
N
 
P
R
 
Q
I
 
V
A
 
R
T
 
-
L
 
-
K
 
R
R
 
Q
I
 
L
G
 
G
A
 
Y
L
 
L
V
 
P
E
|
E
Q
 
N
P
 
V
A
 
T
I
 
F
Y
 
Y
G
 
P
H
 
Q
L
 
L
T
 
S
G
 
G
K
 
R
E
 
E
N
 
T
L
 
L
I
 
R
N
 
H
R
 
F
C
 
A
I
 
R
L
 
L
L
 
K
G
 
G
I
 
A
K
 
A
K
 
L
N
 
T
K
 
Q
A
 
V
D
 
D
E
 
E
M
 
L
L
 
L
A
 
E
L
 
Q
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
A
E
 
H
A
 
A
A
 
A
N
 
D
K
x
R
K
 
R
A
 
V
N
 
K
K
x
T
Y
 
Y
S
|
S
L
x
K
G
|
G
M
|
M
K
 
R
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
G
 
G
I
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
L
S
 
G
D
 
E
P
 
P
E
 
R
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
N
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
I
G
 
A
I
 
T
I
 
Q
E
 
D
I
 
L
R
 
-
N
 
Y
L
 
L
M
 
L
I
 
I
D
 
D
L
 
R
A
 
L
T
 
R
K
 
Q
H
 
R
Q
 
G
K
 
T
T
 
S
I
 
I
L
 
I
V
 
L
S
 
C
S
 
S
H
 
H
L
 
V
L
 
L
A
 
P
E
 
G
I
 
V
E
 
E
R
 
A
T
 
H
A
 
I
T
 
N
H
 
R
V
 
A
G
 
A
I
 
I
I
 
L
N
 
A
K
 
K
G
 
G
Q
 
C
L
 
L
L
 
Q
F
 
A
Q
 
V
G
 
G
T
 
S
I
 
L
N
 
S
E
 
Q
L
 
L
H
 
R
L
 
A
L
 
E
S
 
A
K
 
G
P
 
L
M
 
P
L
 
V
E
 
R
I
 
I
E
 
R
V
 
A
D
 
S
K
 
G
I
 
I
E
 
S
S
 
E
A
 
R
S
 
D
S
 
S
F
 
W
L
 
L
T
 
Q
K
 
R

4yerA Crystal structure of an abc transporter atp-binding protein (tm_1403) from thermotoga maritima msb8 at 2.35 a resolution
36% identity, 75% coverage: 14:238/302 of query aligns to 13:241/285 of 4yerA

query
sites
4yerA
N
 
K
F
|
F
G
 
G
N
 
D
Q
x
F
V
 
E
I
 
A
V
 
V
K
 
K
D
 
G
L
 
V
S
 
S
L
 
F
Q
 
S
V
 
V
P
 
K
K
 
K
G
 
G
S
 
E
I
 
I
Y
 
F
G
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
I
 
I
K
 
H
I
 
M
L
 
L
L
 
T
N
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
K
S
 
P
P
 
T
S
 
S
D
 
G
Q
 
K
V
 
A
F
 
W
I
 
V
F
 
A
G
 
G
K
 
H
E
 
D
I
 
V
N
 
L
S
 
K
N
 
E
R
 
P
I
 
R
A
 
E
T
 
V
L
 
R
K
 
R
R
 
K
I
 
I
G
 
G
A
 
I
L
 
V
V
 
F
E
 
Q
Q
 
D
P
 
Q
A
 
S
I
 
L
Y
 
D
G
 
R
H
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
A
K
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
M
I
 
Y
N
 
I
R
 
H
C
 
G
I
 
K
L
 
I
L
 
Y
G
 
G
I
 
Y
K
 
G
-
 
G
-
 
E
-
 
K
-
 
L
K
 
K
N
 
K
K
 
R
A
 
I
D
 
L
E
 
E
M
 
L
L
 
L
A
 
E
L
 
F
V
 
V
G
 
E
L
 
L
T
 
L
E
 
E
A
 
F
A
 
K
N
 
D
K
 
K
K
 
P
A
 
V
N
 
K
K
x
T
Y
x
F
S
|
S
L
 
G
G
 
G
M
 
M
K
 
A
Q
 
R
R
 
R
L
 
L
G
 
E
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
S
L
 
L
I
 
I
S
 
H
D
 
E
P
 
P
E
 
E
L
 
V
L
 
L
L
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
H
G
 
T
I
 
R
I
 
A
E
 
H
I
 
M
R
 
W
N
 
E
L
 
Y
M
 
I
I
 
S
D
 
K
L
 
M
A
 
K
T
 
K
K
 
E
H
 
H
Q
 
N
K
 
M
T
 
T
I
 
I
L
 
F
V
 
L
S
 
T
S
 
T
H
 
H
L
 
Y
L
 
M
A
 
D
E
 
E
I
 
A
E
 
E
R
 
Q
T
 
L
A
 
A
T
 
D
H
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
I
 
I
N
 
D
K
 
H
G
 
G
Q
 
K
L
 
I
L
 
I
F
 
A
Q
 
L
G
 
G
T
 
T
I
 
P
N
 
T
E
 
E
L
 
L
-
 
K
H
 
R
L
 
M
L
 
V
S
 
G
K
 
K
P
 
E
M
 
I
L
 
I
E
 
Y
I
 
V
E
 
R
V
 
-
D
 
D
K
 
F
I
 
I
E
 
E
S
 
S
A
 
C

6xjiC Pmtcd abc exporter at c1 symmetry (see paper)
33% identity, 66% coverage: 15:212/302 of query aligns to 10:199/290 of 6xjiC

query
sites
6xjiC
F
x
Y
G
 
G
N
 
S
Q
 
N
V
 
V
I
x
V
V
 
L
K
 
N
D
 
D
L
 
I
S
 
D
L
 
F
Q
 
D
V
 
F
P
 
G
K
 
D
G
 
S
S
 
R
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
F
 
L
L
 
I
G
 
G
P
 
K
N
|
N
G
|
G
A
 
V
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
V
I
 
M
K
 
K
I
 
V
L
 
M
L
 
-
N
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
-
S
 
-
P
 
-
S
 
N
D
 
G
Q
 
N
V
 
I
F
 
I
I
 
K
F
 
F
G
 
D
K
 
G
E
 
K
I
 
V
N
 
D
S
 
-
N
 
-
R
 
-
I
 
I
A
 
D
T
 
N
L
 
A
K
 
D
R
 
N
I
 
I
G
 
G
A
 
F
L
 
L
V
 
I
E
|
E
Q
 
H
P
 
P
A
 
K
I
 
L
Y
 
Y
G
 
D
H
 
N
L
 
K
T
 
S
G
 
G
K
 
L
E
 
Y
N
 
N
L
 
L
I
 
K
N
 
L
R
 
F
C
 
A
I
 
Q
L
 
V
L
 
L
G
 
G
I
 
K
K
 
G
K
 
F
N
 
D
K
 
K
A
 
A
-
 
Y
-
 
T
D
 
D
E
 
K
M
 
I
L
 
I
A
 
D
L
 
A
V
 
F
G
 
G
L
 
M
T
 
R
E
 
P
A
 
Y
A
 
I
N
 
K
K
|
K
K
 
K
A
 
V
N
 
K
K
|
K
Y
 
Y
S
|
S
L
 
M
G
 
G
M
 
M
K
 
K
Q
 
Q
R
 
K
L
 
L
G
 
A
I
 
I
A
 
A
Q
 
V
A
 
S
L
 
L
I
 
M
S
 
N
D
 
K
P
 
P
E
 
K
L
 
F
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
 
N
G
 
G
L
 
M
D
 
D
P
 
P
N
 
D
G
 
G
I
 
S
I
 
I
E
 
D
I
 
V
R
 
L
N
 
T
L
 
T
M
 
I
I
 
K
D
 
S
L
 
L
A
 
V
T
 
N
K
 
E
H
 
L
Q
 
D
K
 
M
T
 
R
I
 
I
L
 
L
V
 
I
S
 
S
S
 
S
H
 
H
L
 
K
L
 
L
A
 
E
E
 
D
I
 
I
E
 
E
R
 
L
T
 
I
A
 
C
T
 
D
H
 
R
V
 
A
G
 
V
I
 
F
I
 
L
N
 
R
K
 
D
G
 
G
Q
 
H
L
 
F
L
 
V

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
33% identity, 70% coverage: 14:225/302 of query aligns to 10:228/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
N
 
N
F
|
F
G
 
G
N
 
S
Q
 
L
V
 
E
I
x
V
V
 
L
K
 
K
D
 
G
L
 
V
S
 
T
L
 
L
Q
 
K
V
 
V
P
 
N
K
 
K
G
 
G
S
 
E
I
 
V
Y
 
V
G
 
V
F
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
I
 
L
K
 
R
I
 
-
L
 
C
L
 
I
N
 
N
L
 
L
L
 
L
K
 
E
S
 
E
P
 
P
S
 
T
D
 
K
-
 
G
Q
 
E
V
 
V
F
 
F
I
 
I
F
 
D
G
 
G
K
 
V
E
 
K
I
 
I
N
 
N
S
 
N
N
 
G
R
 
K
I
 
V
-
 
N
-
 
I
-
 
N
A
 
K
T
 
V
L
 
R
K
 
Q
R
 
K
I
 
V
G
 
G
A
 
M
L
 
V
V
 
F
E
 
Q
Q
 
H
P
 
F
A
 
N
I
 
L
Y
 
F
G
 
P
H
 
H
L
 
L
T
 
T
G
 
A
K
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
I
-
 
T
I
 
L
N
 
A
R
 
P
C
 
V
I
 
K
L
 
V
L
 
K
G
 
K
I
 
M
K
 
N
K
 
K
N
 
K
K
 
E
A
 
A
D
 
E
E
 
E
M
 
L
-
 
A
-
 
V
-
 
D
-
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
L
E
 
D
A
 
K
A
 
K
N
 
D
K
 
Q
K
 
Y
A
 
P
N
 
I
K
 
K
Y
 
L
S
 
S
L
 
G
G
 
G
M
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
G
 
A
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
A
S
 
M
D
 
Q
P
 
P
E
 
E
L
 
V
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
N
 
S
G
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
E
G
 
M
I
 
V
I
 
K
E
 
E
I
 
V
R
 
L
N
 
N
L
 
V
M
 
M
I
 
K
D
 
Q
L
 
L
A
 
A
T
 
N
K
 
E
H
 
G
Q
 
M
K
 
-
T
 
T
I
 
M
L
 
V
V
 
V
S
 
V
S
 
T
H
|
H
L
 
E
L
 
M
A
 
G
E
 
F
I
 
A
E
 
R
R
 
E
T
 
V
A
 
G
T
 
D
H
 
R
V
 
V
G
 
I
I
 
F
I
 
M
N
 
D
K
 
D
G
 
G
Q
 
V
L
 
I
L
 
V
F
 
E
Q
 
E
G
 
G
T
 
T
I
 
P
N
 
E
E
 
E
L
 
I
H
 
F
L
 
Y
L
 
R
S
 
A
K
 
K

6xjhC Pmtcd abc exporter without the basket domain at c2 symmetry (see paper)
33% identity, 66% coverage: 15:212/302 of query aligns to 10:199/219 of 6xjhC

query
sites
6xjhC
F
x
Y
G
 
G
N
 
S
Q
 
N
V
 
V
I
x
V
V
 
L
K
 
N
D
 
D
L
 
I
S
 
D
L
 
F
Q
 
D
V
 
F
P
 
G
K
 
D
G
 
S
S
 
R
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
F
 
L
L
 
I
G
 
G
P
 
K
N
|
N
G
|
G
A
 
V
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
V
I
 
M
K
 
K
I
 
V
L
 
M
L
 
-
N
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
-
S
 
-
P
 
-
S
 
N
D
 
G
Q
 
N
V
 
I
F
 
I
I
 
K
F
 
F
G
 
D
K
 
G
E
 
K
I
 
V
N
 
D
S
 
-
N
 
-
R
 
-
I
 
I
A
 
D
T
 
N
L
 
A
K
 
D
R
 
N
I
 
I
G
 
G
A
 
F
L
 
L
V
 
I
E
|
E
Q
 
H
P
 
P
A
 
K
I
 
L
Y
 
Y
G
 
D
H
 
N
L
 
K
T
 
S
G
 
G
K
 
L
E
 
Y
N
 
N
L
 
L
I
 
K
N
 
L
R
 
F
C
 
A
I
 
Q
L
 
V
L
 
L
G
 
G
I
 
K
K
 
G
K
 
F
N
 
D
K
 
K
A
 
A
-
 
Y
-
 
T
D
 
D
E
 
K
M
 
I
L
 
I
A
 
D
L
 
A
V
 
F
G
 
G
L
 
M
T
 
R
E
 
P
A
 
Y
A
 
I
N
 
K
K
|
K
K
 
K
A
 
V
N
 
K
K
|
K
Y
 
Y
S
|
S
L
 
M
G
 
G
M
 
M
K
 
K
Q
 
Q
R
 
K
L
 
L
G
 
A
I
 
I
A
 
A
Q
 
V
A
 
S
L
 
L
I
 
M
S
 
N
D
 
K
P
 
P
E
 
K
L
 
F
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
 
N
G
 
G
L
 
M
D
 
D
P
 
P
N
 
D
G
 
G
I
 
S
I
 
I
E
 
D
I
 
V
R
 
L
N
 
T
L
 
T
M
 
I
I
 
K
D
 
S
L
 
L
A
 
V
T
 
N
K
 
E
H
 
L
Q
 
D
K
 
M
T
 
R
I
 
I
L
 
L
V
 
I
S
 
S
S
 
S
H
 
H
L
 
K
L
 
L
A
 
E
E
 
D
I
 
I
E
 
E
R
 
L
T
 
I
A
 
C
T
 
D
H
 
R
V
 
A
G
 
V
I
 
F
I
 
L
N
 
R
K
 
D
G
 
G
Q
 
H
L
 
F
L
 
V

Q99758 Phospholipid-transporting ATPase ABCA3; ABC-C transporter; ATP-binding cassette sub-family A member 3; ATP-binding cassette transporter 3; ATP-binding cassette 3; Xenobiotic-transporting ATPase ABCA3; EC 7.6.2.1; EC 7.6.2.2 from Homo sapiens (Human) (see 15 papers)
33% identity, 66% coverage: 13:211/302 of query aligns to 539:741/1704 of Q99758

query
sites
Q99758
F
 
F
N
 
R
F
 
V
G
 
G
N
 
N
Q
 
K
-
 
D
-
 
R
V
 
A
I
 
A
V
 
V
K
 
R
D
 
D
L
 
L
S
 
N
L
 
L
Q
 
N
V
 
L
P
 
Y
K
 
E
G
 
G
S
 
Q
I
 
I
Y
 
T
G
 
V
F
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
T
I
 
L
K
 
S
I
 
M
L
|
L
L
 
T
N
 
G
L
 
L
L
 
F
K
 
P
S
 
P
P
 
T
S
 
S
D
 
G
Q
 
R
V
 
A
F
 
Y
I
 
I
F
 
S
G
 
G
K
 
Y
E
 
E
I
 
I
N
 
S
S
 
Q
N
 
D
R
 
M
I
 
V
A
 
Q
T
 
I
L
x
R
K
 
K
R
 
S
I
 
L
G
 
G
A
 
L
L
 
C
V
 
P
E
 
Q
Q
 
H
P
 
D
A
 
I
I
 
L
Y
 
F
G
 
D
H
 
N
L
 
L
T
 
T
G
 
V
K
 
A
E
 
E
N
 
H
L
 
L
I
 
Y
N
 
F
R
 
Y
C
 
A
I
 
Q
L
 
L
L
 
K
G
 
G
I
 
L
K
 
S
K
 
R
N
 
Q
K
 
K
A
 
C
D
 
P
E
 
E
-
 
E
-
 
V
-
 
K
-
 
Q
M
 
M
L
 
L
A
 
H
L
 
I
V
 
I
G
 
G
L
 
L
T
 
E
E
 
D
A
 
K
A
 
W
N
 
N
K
 
S
K
 
R
A
 
S
N
 
R
K
 
F
Y
 
L
S
 
S
L
 
G
G
 
G
M
 
M
K
 
R
Q
 
R
R
 
K
L
 
L
G
 
S
I
 
I
A
 
G
Q
 
I
A
 
A
L
 
L
I
 
I
S
 
A
D
 
G
P
 
S
E
 
K
L
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
x
S
G
 
G
L
 
M
D
 
D
P
 
A
N
 
I
G
 
S
I
 
R
I
 
R
E
 
A
I
 
I
R
 
W
N
 
D
L
 
L
M
 
L
I
 
-
D
 
-
L
 
Q
A
 
R
T
 
Q
K
 
K
H
 
S
Q
 
D
K
 
R
T
 
T
I
 
I
L
 
V
V
 
L
S
 
T
S
 
T
H
 
H
L
 
F
L
 
M
A
 
D
E
 
E
I
 
A
E
 
D
R
 
L
T
 
L
A
 
G
T
 
D
H
 
R
V
 
I
G
 
A
I
 
I
I
 
M
N
 
A
K
 
K
G
 
G
Q
 
E
L
 
L

Sites not aligning to the query:

7lkpA Structure of atp-free human abca4 (see paper)
33% identity, 66% coverage: 17:216/302 of query aligns to 745:946/1941 of 7lkpA

query
sites
7lkpA
N
 
N
Q
 
L
V
 
V
I
 
K
V
 
I
K
 
D
D
 
R
L
 
L
S
 
N
L
 
I
Q
 
T
V
 
F
P
 
Y
K
 
E
G
 
N
S
 
Q
I
 
I
Y
 
T
G
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
T
I
 
L
K
 
S
I
 
I
L
 
L
L
 
T
N
 
G
L
 
L
L
 
L
K
 
P
S
 
P
P
 
T
S
 
S
D
 
G
Q
 
T
V
 
V
F
 
L
I
 
V
F
 
G
G
 
G
K
 
R
E
 
D
I
 
I
N
 
E
S
 
T
N
 
S
R
 
L
I
 
D
A
 
A
T
 
V
L
 
R
K
 
Q
R
 
S
I
 
L
G
 
G
A
 
M
L
 
C
V
 
P
E
 
Q
Q
 
H
P
 
N
A
 
I
I
 
L
Y
 
F
G
x
H
H
 
H
L
 
L
T
 
T
G
 
V
K
 
A
E
 
E
N
 
H
L
 
M
I
 
L
N
 
F
R
 
Y
C
 
A
I
 
Q
L
 
L
L
 
K
G
 
G
I
 
K
K
 
S
K
 
Q
N
 
E
K
 
E
A
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
E
-
 
M
D
 
E
E
 
A
M
 
M
L
 
L
A
 
E
L
 
D
V
 
T
G
 
G
L
 
L
T
 
H
E
 
H
A
 
K
A
 
R
N
 
N
K
 
E
K
 
E
A
 
A
N
x
Q
K
 
D
Y
 
L
S
 
S
L
 
G
G
 
G
M
 
M
K
 
Q
Q
 
R
R
 
K
L
 
L
G
 
S
I
 
V
A
 
A
Q
 
I
A
 
A
L
 
F
I
 
V
S
 
G
D
 
D
P
 
A
E
 
K
L
 
V
L
 
V
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
 
S
G
 
G
L
 
V
D
 
D
P
 
P
N
 
Y
G
 
S
I
 
R
I
 
R
E
 
S
I
 
I
R
 
W
N
 
D
L
 
L
M
 
L
I
 
-
D
 
-
L
 
L
A
 
K
T
 
Y
K
 
R
H
 
S
Q
 
G
K
 
R
T
 
T
I
 
I
L
 
I
V
 
M
S
 
S
S
 
T
H
 
H
L
 
H
L
 
M
A
 
D
E
 
E
I
 
A
E
 
D
R
 
L
T
 
L
A
 
G
T
 
D
H
 
R
V
 
I
G
 
A
I
 
I
I
 
I
N
 
A
K
 
Q
G
 
G
Q
 
R
L
 
L
L
 
Y
F
 
C
Q
 
S
G
 
G
T
 
T

Sites not aligning to the query:

F1MWM0 Retinal-specific phospholipid-transporting ATPase ABCA4; ATP-binding cassette sub-family A member 4; RIM ABC transporter; RIM protein; RmP; Retinal-specific ATP-binding cassette transporter; EC 7.6.2.1 from Bos taurus (Bovine) (see 2 papers)
34% identity, 65% coverage: 21:216/302 of query aligns to 946:1143/2281 of F1MWM0

query
sites
F1MWM0
V
 
V
K
 
D
D
 
R
L
 
L
S
 
N
L
 
I
Q
 
T
V
 
F
P
 
Y
K
 
E
G
 
S
S
 
Q
I
 
I
Y
 
T
G
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
T
I
 
L
K
 
S
I
 
I
L
 
M
L
 
T
N
 
G
L
 
L
L
 
L
K
 
P
S
 
P
P
 
T
S
 
S
D
 
G
Q
 
T
V
 
V
F
 
L
I
 
V
F
 
G
G
 
G
K
 
K
E
 
D
I
 
I
N
 
E
S
 
T
N
 
N
R
 
L
I
 
D
A
 
A
T
 
I
L
 
R
K
 
Q
R
 
S
I
 
L
G
 
G
A
 
M
L
 
C
V
 
P
E
 
Q
Q
 
H
P
 
N
A
 
I
I
 
L
Y
 
F
G
 
H
H
 
H
L
 
L
T
 
T
G
 
V
K
 
A
E
 
E
N
 
H
L
 
I
I
 
L
N
 
F
R
 
Y
C
 
A
I
 
Q
L
 
L
L
 
K
G
 
G
I
 
R
K
 
S
K
 
W
N
 
D
K
 
K
A
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
E
-
 
M
D
 
E
E
 
A
M
 
M
L
 
L
A
 
E
L
 
D
V
 
T
G
 
G
L
 
L
T
 
H
E
 
H
A
 
K
A
 
R
N
 
N
K
 
E
K
 
E
A
 
A
N
 
Q
K
 
D
Y
 
L
S
 
S
L
 
G
G
 
G
M
 
V
K
 
Q
Q
 
R
R
 
K
L
 
L
G
 
S
I
 
V
A
 
A
Q
 
I
A
 
A
L
 
F
I
 
V
S
 
G
D
 
D
P
 
A
E
 
K
L
 
V
L
 
V
L
 
V
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
 
S
G
 
G
L
 
V
D
 
D
P
 
P
N
 
Y
G
 
S
I
 
R
I
 
R
E
 
S
I
 
I
R
 
W
N
 
D
L
 
L
M
 
L
I
 
-
D
 
-
L
 
L
A
 
K
T
 
Y
K
 
R
H
 
S
Q
 
G
K
 
R
T
 
T
I
 
I
L
 
I
V
 
M
S
 
S
S
 
T
H
 
H
L
 
H
L
 
M
A
 
D
E
 
E
I
 
A
E
 
D
R
 
I
T
 
L
A
 
G
T
 
D
H
 
R
V
 
I
G
 
A
I
 
I
I
 
I
N
 
S
K
 
Q
G
 
G
Q
 
R
L
 
L
L
 
Y
F
 
C
Q
 
S
G
 
G
T
 
T

Sites not aligning to the query:

7e7oA Cryo-em structure of human abca4 in nrpe-bound state (see paper)
33% identity, 66% coverage: 18:216/302 of query aligns to 822:1022/2003 of 7e7oA

query
sites
7e7oA
Q
 
K
V
 
I
I
 
A
V
 
V
K
 
D
D
 
R
L
 
L
S
 
N
L
 
I
Q
 
T
V
 
F
P
 
Y
K
 
E
G
 
N
S
 
Q
I
 
I
Y
 
T
G
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
T
I
 
L
K
 
S
I
 
I
L
 
L
L
 
T
N
 
G
L
 
L
L
 
L
K
 
P
S
 
P
P
 
T
S
 
S
D
 
G
Q
 
T
V
 
V
F
 
L
I
 
V
F
 
G
G
 
G
K
 
R
E
 
D
I
 
I
N
 
E
S
 
T
N
 
S
R
 
L
I
 
D
A
 
A
T
 
V
L
 
R
K
 
Q
R
 
S
I
 
L
G
 
G
A
 
M
L
 
C
V
 
P
E
 
Q
Q
 
H
P
 
N
A
 
I
I
 
L
Y
 
F
G
 
H
H
 
H
L
 
L
T
 
T
G
 
V
K
 
A
E
 
E
N
 
H
L
 
M
I
 
L
N
 
F
R
 
Y
C
 
A
I
 
Q
L
 
L
L
 
K
G
 
G
I
 
K
K
 
S
K
 
Q
N
 
E
K
 
E
A
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
E
-
 
M
D
 
E
E
 
A
M
 
M
L
 
L
A
 
E
L
 
D
V
 
T
G
 
G
L
 
L
T
 
H
E
 
H
A
 
K
A
 
R
N
 
N
K
 
E
K
 
E
A
 
A
N
 
Q
K
 
D
Y
 
L
S
 
S
L
 
G
G
 
G
M
 
M
K
 
Q
Q
 
R
R
 
K
L
 
L
G
 
S
I
 
V
A
 
A
Q
 
I
A
 
A
L
 
F
I
 
V
S
 
G
D
 
D
P
 
A
E
 
K
L
 
V
L
 
V
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
 
S
G
 
G
L
 
V
D
 
D
P
 
P
N
 
Y
G
 
S
I
 
R
I
 
R
E
 
S
I
 
I
R
 
W
N
 
D
L
 
L
M
 
L
I
 
-
D
 
-
L
 
L
A
 
K
T
 
Y
K
 
R
H
 
S
Q
 
G
K
 
R
T
 
T
I
 
I
L
 
I
V
 
M
S
 
S
S
 
T
H
 
H
L
 
H
L
 
M
A
 
D
E
 
E
I
 
A
E
 
D
R
 
L
T
 
L
A
 
G
T
 
D
H
 
R
V
 
I
G
 
A
I
 
I
I
 
I
N
 
A
K
 
Q
G
 
G
Q
 
R
L
 
L
L
 
Y
F
 
C
Q
 
S
G
 
G
T
 
T

Sites not aligning to the query:

7w02A Cryo-em structure of atp-bound abca3 (see paper)
33% identity, 66% coverage: 13:211/302 of query aligns to 504:706/1566 of 7w02A

query
sites
7w02A
F
|
F
N
 
R
F
 
V
G
 
G
N
 
N
Q
 
K
-
 
D
-
 
R
V
 
A
I
 
A
V
 
V
K
 
R
D
 
D
L
 
L
S
 
N
L
 
L
Q
 
N
V
 
L
P
 
Y
K
 
E
G
 
G
S
 
Q
I
 
I
Y
 
T
G
 
V
F
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
I
 
L
K
 
S
I
 
M
L
 
L
L
 
T
N
 
G
L
 
L
L
 
F
K
 
P
S
 
P
P
 
T
S
 
S
D
 
G
Q
 
R
V
 
A
F
 
Y
I
 
I
F
 
S
G
 
G
K
 
Y
E
 
E
I
 
I
N
 
S
S
 
Q
N
 
D
R
 
M
I
 
V
A
 
Q
T
 
I
L
 
R
K
 
K
R
 
S
I
 
L
G
 
G
A
 
L
L
 
C
V
 
P
E
x
Q
Q
 
H
P
 
D
A
 
I
I
 
L
Y
 
F
G
 
D
H
 
N
L
 
L
T
 
T
G
 
V
K
 
A
E
 
E
N
 
H
L
 
L
I
 
Y
N
 
F
R
 
Y
C
 
A
I
 
Q
L
 
L
L
 
K
G
 
G
I
 
L
K
 
S
K
 
R
N
 
Q
K
 
K
A
 
C
D
 
P
E
 
E
-
 
E
-
 
V
-
 
K
-
 
Q
M
 
M
L
 
L
A
 
H
L
 
I
V
 
I
G
 
G
L
 
L
T
 
E
E
 
D
A
 
K
A
 
W
N
 
N
K
 
S
K
 
R
A
 
S
N
 
R
K
 
F
Y
x
L
S
|
S
L
 
G
G
 
G
M
 
M
K
 
R
Q
 
R
R
 
K
L
 
L
G
 
S
I
 
I
A
 
G
Q
 
I
A
 
A
L
 
L
I
 
I
S
 
A
D
 
G
P
 
S
E
 
K
L
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
N
 
S
G
 
G
L
 
M
D
 
D
P
 
A
N
 
I
G
 
S
I
 
R
I
 
R
E
 
A
I
 
I
R
 
W
N
 
D
L
 
L
M
 
L
I
 
-
D
 
-
L
 
Q
A
 
R
T
 
Q
K
 
K
H
 
S
Q
 
D
K
 
R
T
 
T
I
 
I
L
 
V
V
 
L
S
 
T
S
 
T
H
 
H
L
 
F
L
 
M
A
 
D
E
 
E
I
 
A
E
 
D
R
 
L
T
 
L
A
 
G
T
 
D
H
 
R
V
 
I
G
 
A
I
 
I
I
 
M
N
 
A
K
 
K
G
 
G
Q
 
E
L
 
L

Sites not aligning to the query:

8f5bA Human abca4 structure in complex with amp-pnp
33% identity, 65% coverage: 21:216/302 of query aligns to 738:935/1924 of 8f5bA

query
sites
8f5bA
V
 
V
K
 
D
D
 
R
L
 
L
S
 
N
L
 
I
Q
 
T
V
 
F
P
 
Y
K
 
E
G
 
N
S
 
Q
I
 
I
Y
 
T
G
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
I
 
L
K
 
S
I
 
I
L
 
L
L
 
T
N
 
G
L
 
L
L
 
L
K
 
P
S
 
P
P
 
T
S
 
S
D
 
G
Q
 
T
V
 
V
F
 
L
I
 
V
F
 
G
G
 
G
K
 
R
E
 
D
I
 
I
N
 
E
S
 
T
N
 
S
R
 
L
I
 
D
A
 
A
T
 
V
L
 
R
K
 
Q
R
 
S
I
 
L
G
 
G
A
 
M
L
 
C
V
 
P
E
x
Q
Q
 
H
P
 
N
A
 
I
I
 
L
Y
 
F
G
 
H
H
 
H
L
 
L
T
 
T
G
 
V
K
 
A
E
 
E
N
 
H
L
 
M
I
 
L
N
 
F
R
 
Y
C
 
A
I
 
Q
L
 
L
L
 
K
G
 
G
I
 
K
K
 
S
K
 
Q
N
 
E
K
 
E
A
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
E
-
 
M
D
 
E
E
 
A
M
 
M
L
 
L
A
 
E
L
 
D
V
 
T
G
 
G
L
 
L
T
 
H
E
 
H
A
 
K
A
 
R
N
 
N
K
 
E
K
 
E
A
 
A
N
 
Q
K
x
D
Y
 
L
S
 
S
L
 
G
G
 
G
M
 
M
K
 
Q
Q
 
R
R
 
K
L
 
L
G
 
S
I
 
V
A
 
A
Q
 
I
A
 
A
L
 
F
I
 
V
S
 
G
D
 
D
P
 
A
E
 
K
L
 
V
L
 
V
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
 
S
G
 
G
L
 
V
D
 
D
P
 
P
N
 
Y
G
 
S
I
 
R
I
 
R
E
 
S
I
 
I
R
 
W
N
 
D
L
 
L
M
 
L
I
 
-
D
 
-
L
 
L
A
 
K
T
 
Y
K
 
R
H
 
S
Q
 
G
K
 
R
T
 
T
I
 
I
L
 
I
V
 
M
S
 
S
S
 
T
H
 
H
L
 
H
L
 
M
A
 
D
E
 
E
I
 
A
E
 
D
R
 
L
T
 
L
A
 
G
T
 
D
H
 
R
V
 
I
G
 
A
I
 
I
I
 
I
N
 
A
K
 
Q
G
 
G
Q
 
R
L
 
L
L
 
Y
F
 
C
Q
 
S
G
 
G
T
 
T

Sites not aligning to the query:

P78363 Retinal-specific phospholipid-transporting ATPase ABCA4; ATP-binding cassette sub-family A member 4; RIM ABC transporter; RIM proteinv; RmP; Retinal-specific ATP-binding cassette transporter; Stargardt disease protein; EC 7.6.2.1 from Homo sapiens (Human) (see 43 papers)
33% identity, 65% coverage: 21:216/302 of query aligns to 946:1143/2273 of P78363

query
sites
P78363
V
|
V
K
x
D
D
x
R
L
|
L
S
x
N
L
x
I
Q
x
T
V
x
F
P
x
Y
K
x
E
G
x
N
S
x
Q
I
|
I
Y
x
T
G
x
A
F
|
F
L
|
L
G
|
G
P
x
H
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
|
T
I
x
L
K
x
S
I
|
I
L
|
L
L
x
T
N
x
G
L
|
L
L
|
L
K
x
P
S
x
P
P
x
T
S
|
S
D
x
G
Q
x
T
V
|
V
F
x
L
I
x
V
F
x
G
G
|
G
K
x
R
E
x
D
I
|
I
N
x
E
S
x
T
N
x
S
R
x
L
I
x
D
A
|
A
T
x
V
L
x
R
K
x
Q
R
x
S
I
x
L
G
|
G
A
x
M
L
x
C
V
x
P
E
x
Q
Q
x
H
P
x
N
A
x
I
I
x
L
Y
x
F
G
x
H
H
|
H
L
|
L
T
|
T
G
x
V
K
x
A
E
|
E
N
x
H
L
x
M
I
x
L
N
x
F
R
x
Y
C
x
A
I
x
Q
L
|
L
L
x
K
G
|
G
I
x
K
K
x
S
K
x
Q
N
x
E
K
x
E
A
|
A
-
x
Q
-
x
L
-
x
E
-
x
M
D
x
E
E
x
A
M
|
M
L
|
L
A
x
E
L
x
D
V
x
T
G
|
G
L
|
L
T
x
H
E
x
H
A
x
K
A
x
R
N
|
N
K
x
E
K
x
E
A
|
A
N
x
Q
K
x
D
Y
x
L
S
|
S
L
x
G
G
|
G
M
|
M
K
x
Q
Q
x
R
R
x
K
L
|
L
G
x
S
I
x
V
A
|
A
Q
x
I
A
|
A
L
x
F
I
x
V
S
x
G
D
|
D
P
x
A
E
x
K
L
x
V
L
x
V
L
x
I
L
|
L
D
|
D
E
|
E
P
|
P
T
|
T
N
x
S
G
|
G
L
x
V
D
|
D
P
|
P
N
x
Y
G
x
S
I
x
R
I
x
R
E
x
S
I
|
I
R
x
W
N
x
D
L
|
L
M
x
L
I
 
-
D
 
-
L
|
L
A
x
K
T
x
Y
K
x
R
H
x
S
Q
x
G
K
x
R
T
|
T
I
|
I
L
x
I
V
x
M
S
|
S
S
x
T
H
|
H
L
x
H
L
x
M
A
x
D
E
|
E
I
x
A
E
x
D
R
x
L
T
x
L
A
x
G
T
x
D
H
x
R
V
x
I
G
x
A
I
|
I
I
|
I
N
x
A
K
x
Q
G
|
G
Q
x
R
L
|
L
L
x
Y
F
x
C
Q
x
S
G
|
G
T
|
T

Sites not aligning to the query:

P34358 ABC transporter ced-7; Cell death protein 7 from Caenorhabditis elegans (see 2 papers)
31% identity, 72% coverage: 3:220/302 of query aligns to 1376:1590/1704 of P34358

query
sites
P34358
N
 
N
Y
 
S
A
 
A
I
 
L
E
 
V
T
 
I
V
 
K
G
 
D
L
 
L
N
 
T
F
 
K
N
 
T
F
 
F
G
 
G
N
 
R
Q
 
F
V
 
T
I
 
A
V
 
V
K
 
N
D
 
E
L
 
L
S
 
C
L
 
L
Q
 
A
V
 
V
P
 
D
K
 
Q
G
 
K
S
 
E
I
 
C
Y
 
F
G
 
G
F
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
V
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
|
K
T
 
T
T
 
T
T
 
T
I
 
F
K
 
N
I
 
I
L
 
L
L
 
T
N
 
G
L
 
Q
L
 
S
K
 
F
S
 
A
P
 
S
S
 
S
D
 
G
Q
 
E
V
 
A
F
 
M
I
 
I
F
 
G
G
 
G
K
 
R
E
 
D
I
 
V
N
 
T
S
 
E
N
 
-
R
 
-
I
 
-
A
 
-
T
 
-
L
 
L
K
 
I
R
 
S
I
 
I
G
 
G
A
 
Y
L
 
C
V
 
P
E
 
Q
Q
 
F
P
 
D
A
 
A
I
 
L
Y
 
M
G
 
L
H
 
D
L
 
L
T
 
T
G
 
G
K
 
R
E
 
E
N
 
S
L
 
L
I
 
E
N
 
I
R
 
L
C
 
A
I
 
Q
L
 
M
L
 
H
G
 
G
I
 
F
K
 
E
-
 
N
-
 
Y
K
 
K
N
 
A
K
 
K
A
 
A
D
 
E
E
 
L
M
 
I
L
 
L
A
 
E
L
 
C
V
 
V
G
 
G
L
 
M
T
 
I
E
 
A
A
 
H
A
 
A
N
 
D
K
 
K
K
 
L
A
 
V
N
 
R
K
 
F
Y
 
Y
S
 
S
L
 
G
G
 
G
M
 
Q
K
 
K
Q
 
R
R
 
K
L
 
I
G
 
S
I
 
V
A
 
G
Q
 
V
A
 
A
L
 
L
I
 
L
S
 
A
D
 
P
P
 
T
E
 
Q
L
 
M
L
 
I
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
 
A
G
 
G
L
 
I
D
 
D
P
 
P
N
 
K
G
 
A
I
 
R
I
 
R
E
 
E
I
 
V
R
 
W
N
 
E
L
 
L
M
 
L
I
 
L
D
 
W
L
 
C
A
 
R
T
 
E
K
 
H
H
 
S
Q
 
N
K
 
S
T
 
A
I
 
L
L
 
M
V
 
L
S
 
T
S
 
S
H
 
H
L
 
S
L
 
M
A
 
D
E
 
E
I
 
C
E
 
E
R
 
A
T
 
L
A
 
C
T
 
S
H
 
R
V
 
I
G
 
A
I
 
V
I
 
L
N
 
N
K
 
R
G
 
G
Q
 
S
L
 
L
L
 
I
F
 
A
Q
 
I
G
 
G
T
 
S
I
 
S
N
 
Q
E
 
E
L
 
L

Sites not aligning to the query:

7m1qA Human abca4 structure in complex with n-ret-pe (see paper)
33% identity, 64% coverage: 24:216/302 of query aligns to 825:1019/1911 of 7m1qA

query
sites
7m1qA
L
 
L
S
 
N
L
 
I
Q
 
T
V
 
F
P
 
Y
K
 
E
G
 
N
S
 
Q
I
 
I
Y
 
T
G
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
T
I
 
L
K
 
S
I
 
I
L
 
L
L
 
T
N
 
G
L
 
L
L
 
L
K
 
P
S
 
P
P
 
T
S
 
S
D
 
G
Q
 
T
V
 
V
F
 
L
I
 
V
F
 
G
G
 
G
K
 
R
E
 
D
I
 
I
N
 
E
S
 
T
N
 
S
R
 
L
I
 
D
A
 
A
T
 
V
L
 
R
K
 
Q
R
 
S
I
 
L
G
 
G
A
 
M
L
 
C
V
 
P
E
 
Q
Q
 
H
P
 
N
A
 
I
I
 
L
Y
 
F
G
 
H
H
 
H
L
 
L
T
 
T
G
 
V
K
 
A
E
 
E
N
 
H
L
 
M
I
 
L
N
 
F
R
 
Y
C
 
A
I
 
Q
L
 
L
L
 
K
G
 
G
I
 
K
K
 
S
K
 
Q
N
 
E
K
 
E
A
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
E
-
 
M
D
 
E
E
 
A
M
 
M
L
 
L
A
 
E
L
 
D
V
 
T
G
 
G
L
 
L
T
 
H
E
 
H
A
 
K
A
 
R
N
 
N
K
 
E
K
 
E
A
 
A
N
 
Q
K
 
D
Y
 
L
S
 
S
L
 
G
G
 
G
M
 
M
K
 
Q
Q
 
R
R
 
K
L
 
L
G
 
S
I
 
V
A
 
A
Q
 
I
A
 
A
L
 
F
I
 
V
S
 
G
D
 
D
P
 
A
E
 
K
L
 
V
L
 
V
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
 
S
G
 
G
L
 
V
D
 
D
P
 
P
N
 
Y
G
 
S
I
 
R
I
 
R
E
 
S
I
 
I
R
 
W
N
 
D
L
 
L
M
 
L
I
 
-
D
 
-
L
 
L
A
 
K
T
 
Y
K
 
R
H
 
S
Q
 
G
K
 
R
T
 
T
I
 
I
L
 
I
V
 
M
S
 
S
S
 
T
H
 
H
L
 
H
L
 
M
A
 
D
E
 
E
I
 
A
E
 
D
R
 
L
T
 
L
A
 
G
T
 
D
H
 
R
V
 
I
G
 
A
I
 
I
I
 
I
N
 
A
K
 
Q
G
 
G
Q
 
R
L
 
L
L
 
Y
F
 
C
Q
 
S
G
 
G
T
 
T

Sites not aligning to the query:

7lkzA Structure of atp-bound human abca4 (see paper)
33% identity, 65% coverage: 21:216/302 of query aligns to 726:923/1920 of 7lkzA

query
sites
7lkzA
V
 
V
K
 
D
D
 
R
L
 
L
S
 
N
L
 
I
Q
 
T
V
 
F
P
 
Y
K
 
E
G
 
N
S
 
Q
I
 
I
Y
 
T
G
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
 
T
T
 
T
I
 
L
K
 
S
I
 
I
L
 
L
L
 
T
N
 
G
L
 
L
L
 
L
K
 
P
S
 
P
P
 
T
S
 
S
D
 
G
Q
 
T
V
 
V
F
 
L
I
 
V
F
 
G
G
 
G
K
 
R
E
 
D
I
 
I
N
 
E
S
 
T
N
 
S
R
 
L
I
 
D
A
 
A
T
 
V
L
 
R
K
 
Q
R
 
S
I
 
L
G
 
G
A
 
M
L
 
C
V
 
P
E
x
Q
Q
 
H
P
 
N
A
 
I
I
 
L
Y
 
F
G
 
H
H
 
H
L
 
L
T
 
T
G
 
V
K
 
A
E
 
E
N
 
H
L
 
M
I
 
L
N
 
F
R
 
Y
C
 
A
I
 
Q
L
 
L
L
 
K
G
 
G
I
 
K
K
 
S
K
 
Q
N
 
E
K
 
E
A
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
E
-
 
M
D
 
E
E
 
A
M
 
M
L
 
L
A
 
E
L
 
D
V
 
T
G
 
G
L
 
L
T
 
H
E
 
H
A
x
K
A
 
R
N
 
N
K
 
E
K
 
E
A
 
A
N
 
Q
K
x
D
Y
 
L
S
|
S
L
 
G
G
 
G
M
 
M
K
 
Q
Q
 
R
R
 
K
L
 
L
G
 
S
I
 
V
A
 
A
Q
 
I
A
 
A
L
 
F
I
 
V
S
 
G
D
 
D
P
 
A
E
 
K
L
 
V
L
 
V
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
N
 
S
G
 
G
L
 
V
D
 
D
P
 
P
N
 
Y
G
 
S
I
 
R
I
 
R
E
 
S
I
 
I
R
 
W
N
 
D
L
 
L
M
 
L
I
 
-
D
 
-
L
 
L
A
 
K
T
 
Y
K
 
R
H
 
S
Q
 
G
K
 
R
T
 
T
I
 
I
L
 
I
V
 
M
S
 
S
S
 
T
H
 
H
L
 
H
L
 
M
A
 
D
E
 
E
I
 
A
E
 
D
R
 
L
T
 
L
A
 
G
T
 
D
H
 
R
V
 
I
G
 
A
I
 
I
I
 
I
N
 
A
K
 
Q
G
 
G
Q
 
R
L
 
L
L
 
Y
F
 
C
Q
 
S
G
 
G
T
 
T

Sites not aligning to the query:

7e7qA Cryo-em structure of human abca4 in atp-bound state (see paper)
33% identity, 65% coverage: 21:216/302 of query aligns to 809:1006/1958 of 7e7qA

query
sites
7e7qA
V
 
V
K
 
D
D
 
R
L
 
L
S
 
N
L
 
I
Q
 
T
V
 
F
P
 
Y
K
 
E
G
 
N
S
 
Q
I
 
I
Y
 
T
G
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
I
 
L
K
 
S
I
 
I
L
 
L
L
 
T
N
 
G
L
 
L
L
 
L
K
 
P
S
 
P
P
 
T
S
 
S
D
 
G
Q
 
T
V
 
V
F
 
L
I
 
V
F
 
G
G
 
G
K
 
R
E
 
D
I
 
I
N
 
E
S
 
T
N
 
S
R
 
L
I
 
D
A
 
A
T
 
V
L
 
R
K
 
Q
R
 
S
I
 
L
G
 
G
A
 
M
L
 
C
V
 
P
E
x
Q
Q
 
H
P
 
N
A
 
I
I
 
L
Y
 
F
G
 
H
H
 
H
L
 
L
T
 
T
G
 
V
K
 
A
E
 
E
N
 
H
L
 
M
I
 
L
N
 
F
R
 
Y
C
 
A
I
 
Q
L
 
L
L
 
K
G
 
G
I
 
K
K
 
S
K
 
Q
N
 
E
K
 
E
A
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
E
-
 
M
D
 
E
E
 
A
M
 
M
L
 
L
A
 
E
L
 
D
V
 
T
G
 
G
L
 
L
T
 
H
E
 
H
A
 
K
A
 
R
N
 
N
K
 
E
K
 
E
A
 
A
N
 
Q
K
 
D
Y
 
L
S
|
S
L
 
G
G
|
G
M
 
M
K
 
Q
Q
 
R
R
 
K
L
 
L
G
 
S
I
 
V
A
 
A
Q
 
I
A
 
A
L
 
F
I
 
V
S
 
G
D
 
D
P
 
A
E
 
K
L
 
V
L
 
V
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
N
 
S
G
 
G
L
 
V
D
 
D
P
 
P
N
 
Y
G
 
S
I
 
R
I
 
R
E
 
S
I
 
I
R
 
W
N
 
D
L
 
L
M
 
L
I
 
-
D
 
-
L
 
L
A
 
K
T
 
Y
K
 
R
H
 
S
Q
 
G
K
 
R
T
 
T
I
 
I
L
 
I
V
 
M
S
 
S
S
 
T
H
 
H
L
 
H
L
 
M
A
 
D
E
 
E
I
 
A
E
 
D
R
 
L
T
 
L
A
 
G
T
 
D
H
 
R
V
 
I
G
 
A
I
 
I
I
 
I
N
 
A
K
 
Q
G
 
G
Q
 
R
L
 
L
L
 
Y
F
 
C
Q
 
S
G
 
G
T
 
T

Sites not aligning to the query:

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
30% identity, 83% coverage: 13:264/302 of query aligns to 11:265/343 of P30750

query
sites
P30750
F
 
F
N
 
H
F
 
Q
G
 
G
N
 
T
Q
 
R
V
 
T
I
 
I
-
 
Q
-
 
A
V
 
L
K
 
N
D
 
N
L
 
V
S
 
S
L
 
L
Q
 
H
V
 
V
P
 
P
K
 
A
G
 
G
S
 
Q
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
F
 
V
L
 
I
G
 
G
P
 
A
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
I
 
I
K
 
R
I
 
C
L
 
V
L
 
-
N
 
N
L
 
L
L
 
L
K
 
E
S
 
R
P
 
P
S
 
T
D
 
E
-
 
G
Q
 
S
V
 
V
F
 
L
I
 
V
F
 
D
G
 
G
K
 
Q
E
 
E
I
 
L
N
 
T
-
 
T
-
 
L
-
 
S
-
 
E
S
 
S
N
 
E
R
 
L
I
 
T
A
 
K
T
 
A
L
 
R
K
 
R
R
 
Q
I
 
I
G
 
G
A
 
M
L
 
I
V
 
F
E
 
Q
Q
 
H
P
 
-
A
 
-
I
 
-
Y
 
F
G
 
N
H
 
L
L
 
L
T
 
S
G
 
S
K
 
R
E
 
T
N
 
V
L
 
F
I
 
G
N
 
N
R
 
V
C
 
A
I
 
L
L
 
P
L
 
L
G
 
E
I
 
L
K
 
D
-
 
N
-
 
T
-
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
E
-
 
V
K
 
K
N
 
R
K
 
R
A
 
V
D
 
T
E
 
E
M
 
L
L
 
L
A
 
S
L
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
G
E
 
D
A
 
K
A
 
H
N
 
D
K
 
S
K
 
Y
A
 
P
N
 
S
K
 
N
Y
 
L
S
 
S
L
 
G
G
 
G
M
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
L
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
A
S
 
S
D
 
N
P
 
P
E
 
K
L
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
T
 
T
N
 
S
G
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
A
G
 
T
I
 
T
I
 
R
E
 
S
I
 
I
R
 
L
N
 
E
L
 
L
M
 
L
I
 
K
D
 
D
L
 
I
A
 
N
T
 
R
K
 
R
H
 
L
Q
 
G
K
 
L
T
 
T
I
 
I
L
 
L
V
 
L
S
 
I
S
 
T
H
 
H
L
 
E
L
 
M
A
 
D
E
 
V
I
 
V
E
 
K
R
 
R
T
 
I
A
 
C
T
 
D
H
 
C
V
 
V
G
 
A
I
 
V
I
 
I
N
 
S
K
 
N
G
 
G
Q
 
E
L
 
L
L
 
I
F
 
E
Q
 
Q
G
 
D
T
 
T
I
 
V
N
 
S
E
 
E
L
 
-
H
 
-
L
 
V
L
 
F
S
 
S
K
 
H
P
 
P
M
 
K
L
 
T
E
 
P
I
 
L
E
 
A
V
 
Q
D
 
K
K
 
F
I
 
I
E
 
Q
S
 
S
A
 
T
S
 
L
S
 
H
F
 
L
L
 
D
T
 
I
K
 
P
S
 
E
G
 
D
Y
 
Y
E
 
Q
I
 
-
A
 
-
A
 
-
K
 
-
T
 
-
D
 
E
R
 
R
V
 
L
I
 
Q
T
 
A
I
 
E
P
 
P
F
 
F
T
 
T
S
 
D
S
 
C

Sites not aligning to the query:

E9Q876 Glucosylceramide transporter ABCA12; ATP-binding cassette sub-family A member 12; EC 7.6.2.1 from Mus musculus (Mouse) (see 2 papers)
31% identity, 67% coverage: 15:216/302 of query aligns to 1355:1560/2595 of E9Q876

query
sites
E9Q876
F
 
Y
G
 
G
N
 
S
Q
 
K
V
 
T
I
 
A
V
 
V
K
 
E
D
 
N
L
 
L
S
 
N
L
 
L
Q
 
N
V
 
F
P
 
Y
K
 
E
G
 
G
S
 
H
I
 
I
Y
 
T
G
 
S
F
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
T
I
|
I
K
x
S
I
x
M
L
|
L
L
x
T
N
x
G
L
|
L
L
x
F
K
x
G
S
x
A
P
x
T
S
x
A
D
x
G
Q
x
T
V
x
I
F
|
F
I
x
V
F
x
Y
G
|
G
K
|
K
E
x
D
I
|
I
N
x
K
S
x
T
N
x
D
R
x
L
I
x
N
A
x
T
T
x
V
L
x
R
K
|
K
R
x
N
I
x
M
G
|
G
A
x
V
L
x
C
V
x
M
E
x
Q
Q
x
H
P
x
D
A
x
V
I
x
L
Y
x
F
G
x
S
H
x
Y
L
|
L
T
|
T
G
x
T
K
|
K
E
|
E
N
x
H
L
|
L
I
 
-
N
 
-
R
 
-
C
 
-
I
x
L
L
|
L
L
x
Y
G
|
G
I
x
S
K
x
I
K
|
K
-
x
V
-
x
P
-
x
H
-
x
W
-
x
T
-
x
K
-
x
T
-
x
Q
-
x
L
-
x
H
N
x
E
K
x
E
A
x
V
D
x
K
E
x
R
M
 
T
L
 
L
A
 
K
L
 
D
V
 
T
G
 
G
L
 
L
T
 
Y
E
 
S
A
 
H
A
 
R
N
 
H
K
 
K
K
 
R
A
 
V
N
 
G
K
 
T
Y
 
L
S
 
S
L
 
G
G
 
G
M
 
M
K
 
K
Q
 
R
R
 
K
L
 
L
G
 
S
I
 
I
A
 
S
Q
 
I
A
 
A
L
 
L
I
 
I
S
 
G
D
 
G
P
 
S
E
 
R
L
 
V
L
 
V
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
S
N
 
T
G
 
G
L
 
V
D
 
D
P
 
P
N
 
C
G
 
S
I
 
-
I
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
R
N
 
R
L
 
S
M
 
I
I
 
W
D
 
D
L
 
V
A
 
I
T
 
S
K
 
K
H
 
N
Q
 
K
-
 
T
-
 
A
K
 
R
T
 
T
I
 
I
L
 
I
V
 
L
S
 
S
S
 
T
H
 
H
L
 
H
L
 
L
A
 
D
E
 
E
I
 
A
E
 
E
R
 
V
T
 
L
A
 
S
T
 
D
H
 
R
V
 
I
G
 
A
I
 
F
I
 
L
N
 
E
K
 
Q
G
 
G
Q
 
G
L
 
L
L
 
R
F
 
C
Q
 
C
G
 
G
T
 
S

Sites not aligning to the query:

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
30% identity, 83% coverage: 13:264/302 of query aligns to 12:266/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
F
|
F
N
 
H
F
x
Q
G
 
G
N
 
T
Q
 
R
V
 
T
I
|
I
-
 
Q
-
 
A
V
 
L
K
 
N
D
 
N
L
 
V
S
 
S
L
 
L
Q
 
H
V
 
V
P
 
P
K
 
A
G
 
G
S
 
Q
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
F
 
V
L
 
I
G
 
G
P
 
A
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
I
 
I
K
 
R
I
 
C
L
 
V
L
 
-
N
 
N
L
 
L
L
 
L
K
 
E
S
 
R
P
 
P
S
 
T
D
 
E
-
 
G
Q
 
S
V
 
V
F
 
L
I
 
V
F
 
D
G
 
G
K
 
Q
E
 
E
I
 
L
N
 
T
-
 
T
-
 
L
-
 
S
-
 
E
S
 
S
N
 
E
R
 
L
I
 
T
A
 
K
T
 
A
L
 
R
K
 
R
R
 
Q
I
 
I
G
 
G
A
 
M
L
 
I
V
 
F
E
 
Q
Q
 
H
P
 
-
A
 
-
I
 
-
Y
 
F
G
 
N
H
 
L
L
 
L
T
 
S
G
 
S
K
 
R
E
 
T
N
 
V
L
 
F
I
 
G
N
 
N
R
 
V
C
 
A
I
 
L
L
 
P
L
 
L
G
 
E
I
 
L
K
 
D
-
 
N
-
 
T
-
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
E
-
 
V
K
 
K
N
 
R
K
 
R
A
 
V
D
 
T
E
 
E
M
 
L
L
 
L
A
 
S
L
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
G
E
 
D
A
 
K
A
 
H
N
 
D
K
 
S
K
 
Y
A
 
P
N
 
S
K
x
N
Y
 
L
S
|
S
L
 
G
G
 
G
M
x
Q
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
L
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
A
S
 
S
D
 
N
P
 
P
E
 
K
L
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
N
 
S
G
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
A
G
 
T
I
 
T
I
 
R
E
 
S
I
 
I
R
 
L
N
 
E
L
 
L
M
 
L
I
 
K
D
 
D
L
 
I
A
 
N
T
 
R
K
 
R
H
 
L
Q
 
G
K
 
L
T
 
T
I
 
I
L
 
L
V
 
L
S
 
I
S
 
T
H
|
H
L
 
E
L
 
M
A
 
D
E
 
V
I
 
V
E
 
K
R
 
R
T
 
I
A
 
C
T
 
D
H
 
C
V
 
V
G
 
A
I
 
V
I
 
I
N
 
S
K
 
N
G
 
G
Q
 
E
L
 
L
L
 
I
F
 
E
Q
 
Q
G
 
D
T
 
T
I
 
V
N
 
S
E
 
E
L
 
-
H
 
-
L
 
V
L
 
F
S
 
S
K
 
H
P
 
P
M
 
K
L
 
T
E
 
P
I
 
L
E
 
A
V
 
Q
D
 
K
K
 
F
I
 
I
E
 
Q
S
 
S
A
 
T
S
 
L
S
 
H
F
 
L
L
 
D
T
 
I
K
 
P
S
 
E
G
 
D
Y
 
Y
E
 
Q
I
 
-
A
 
-
A
 
-
K
 
-
T
 
-
D
 
E
R
 
R
V
 
L
I
 
Q
T
 
A
I
 
E
P
 
P
F
 
F
T
 
T
S
 
D
S
 
C

Query Sequence

>CA265_RS23135 FitnessBrowser__Pedo557:CA265_RS23135
MGNYAIETVGLNFNFGNQVIVKDLSLQVPKGSIYGFLGPNGAGKTTTIKILLNLLKSPSD
QVFIFGKEINSNRIATLKRIGALVEQPAIYGHLTGKENLINRCILLGIKKNKADEMLALV
GLTEAANKKANKYSLGMKQRLGIAQALISDPELLLLDEPTNGLDPNGIIEIRNLMIDLAT
KHQKTILVSSHLLAEIERTATHVGIINKGQLLFQGTINELHLLSKPMLEIEVDKIESASS
FLTKSGYEIAAKTDRVITIPFTSSQNSGELNTLLIQNGFTVSSLYQQRKDLENLFLDITK
TN

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory