SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing CA265_RS24855 FitnessBrowser__Pedo557:CA265_RS24855 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 7 hits to proteins with known functional sites (download)

O33341 Putative glutamine amidotransferase Rv2859c; EC 2.4.2.- from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
39% identity, 69% coverage: 50:210/234 of query aligns to 127:280/308 of O33341

query
sites
O33341
I
 
L
V
 
V
L
 
I
T
 
T
G
 
G
G
 
G
E
 
Y
D
 
D
V
 
L
H
 
D
P
 
P
R
 
A
F
 
A
Y
 
Y
N
 
G
H
 
Q
P
 
-
E
 
-
Y
 
-
Y
 
E
P
 
P
Y
 
H
C
 
P
Y
 
A
E
 
T
D
 
D
D
 
H
I
 
P
D
 
R
E
 
P
K
 
G
R
 
R
D
 
D
E
 
A
F
 
W
E
 
E
F
 
F
K
 
A
V
 
L
L
 
L
T
 
R
Y
 
G
T
 
A
E
 
L
A
 
Q
H
 
R
S
 
G
V
 
M
P
 
P
V
 
V
L
 
L
G
 
G
I
 
I
C
 
C
R
 
R
G
 
G
M
 
T
Q
 
Q
V
 
V
G
 
L
N
 
N
V
 
V
F
 
A
F
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
-
 
H
-
 
Q
-
 
H
I
 
L
P
 
P
D
 
D
I
 
I
P
 
-
T
 
-
W
 
-
G
 
-
K
 
-
F
 
L
D
 
G
H
 
H
S
 
S
K
 
G
M
 
H
H
 
R
D
 
A
K
 
G
S
 
N
D
 
G
R
 
V
Y
 
F
H
 
T
E
 
R
I
 
L
M
 
P
V
 
V
N
 
H
P
 
T
S
 
A
S
 
S
W
 
G
-
 
T
-
 
R
L
 
L
N
 
A
Q
 
E
I
 
L
V
 
I
N
 
G
T
 
-
D
 
E
K
 
S
G
 
A
L
 
D
V
 
V
N
 
P
S
 
C
N
 
Y
H
 
H
H
 
H
Q
 
Q
S
 
A
T
 
I
D
 
D
K
 
Q
T
 
V
G
 
G
K
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
V
V
 
V
S
 
S
A
 
A
I
 
V
S
 
D
P
 
V
D
 
D
G
 
G
V
 
V
T
 
I
E
 
E
A
 
A
M
 
L
E
 
E
R
 
L
I
 
-
E
 
-
P
 
-
E
 
P
G
 
G
K
 
D
S
 
T
F
 
F
L
 
V
L
 
L
F
 
A
V
 
V
Q
 
Q
W
 
W
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
K

Sites not aligning to the query:

7d50B Spua mutant - h221n with glutamyl-thioester (see paper)
34% identity, 89% coverage: 1:209/234 of query aligns to 6:228/255 of 7d50B

query
sites
7d50B
M
 
M
S
 
S
D
 
R
K
 
L
I
 
P
I
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
D
 
A
C
 
C
S
 
T
K
 
K
-
 
Q
-
 
I
-
 
G
-
 
L
-
 
H
-
 
P
-
 
Y
-
 
H
-
 
I
-
 
A
F
 
G
D
 
D
I
 
K
Y
 
Y
R
 
L
D
 
R
W
 
A
V
 
V
L
 
V
S
 
N
Y
 
G
N
 
A
K
 
G
S
 
G
V
 
L
E
 
P
V
 
L
I
 
I
-
 
I
-
 
P
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
Y
 
E
K
 
S
L
 
I
N
 
D
N
 
Q
F
 
A
E
 
A
E
 
L
I
 
L
K
 
D
K
 
S
C
 
V
D
 
D
G
 
G
I
 
L
V
 
L
L
 
F
T
 
T
G
 
G
G
 
S
-
 
P
E
 
S
D
 
N
V
 
V
H
 
E
P
 
P
R
 
R
F
 
H
Y
 
Y
N
 
S
H
 
G
P
 
P
E
 
A
Y
 
S
Y
 
E
P
 
P
Y
 
G
C
 
T
Y
 
L
E
 
H
D
 
D
D
 
S
I
 
-
D
 
-
E
 
-
K
 
D
R
 
R
D
 
D
E
 
A
F
 
T
E
 
T
F
 
L
K
 
P
V
 
L
L
 
V
T
 
R
Y
 
A
T
 
A
E
 
I
A
 
D
H
 
A
S
 
G
V
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
L
G
 
G
I
 
I
C
 
C
R
 
R
G
 
G
M
 
F
Q
 
Q
V
 
E
G
 
M
N
 
N
V
 
V
F
 
A
F
 
F
G
 
G
G
 
G
T
 
S
L
 
L
I
 
H
P
 
Q
D
 
K
I
 
V
P
 
H
T
 
E
W
 
V
G
 
G
K
 
T
F
 
F
-
 
M
D
 
D
H
|
H
S
 
R
K
 
E
M
 
P
H
 
A
D
 
D
K
 
Q
S
 
P
-
 
L
-
 
E
-
 
V
-
 
Q
-
 
Y
D
 
A
R
 
P
Y
 
R
H
|
H
E
 
A
I
 
M
M
 
H
V
 
V
N
 
Q
P
 
P
S
 
G
S
 
G
W
 
V
L
 
L
N
 
A
Q
 
G
I
 
I
V
 
G
N
 
L
T
 
P
D
 
S
K
 
E
G
 
F
L
 
Q
V
 
V
N
 
N
S
|
S
N
 
I
H
|
H
H
 
G
Q
 
Q
S
 
G
T
 
V
D
 
D
K
 
R
T
 
L
G
 
A
K
 
P
G
 
G
L
 
L
V
 
R
V
 
V
S
 
E
A
 
A
I
 
L
S
 
A
P
 
P
D
 
D
G
 
G
V
 
L
T
 
V
E
|
E
A
 
A
M
 
-
E
 
-
R
 
-
I
 
I
E
 
S
P
 
V
E
 
E
G
 
G
-
 
A
K
 
K
S
 
A
F
 
F
L
 
A
L
 
L
F
 
G
V
 
V
Q
 
Q
W
 
W
H
 
N
P
 
P
E
 
E

7d53A Spua mutant - h221n with glu (see paper)
33% identity, 87% coverage: 6:209/234 of query aligns to 5:222/249 of 7d53A

query
sites
7d53A
I
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
D
 
A
C
 
C
S
 
T
K
 
K
-
 
Q
-
 
I
-
 
G
-
 
L
-
 
H
-
 
P
-
 
Y
-
 
H
-
 
I
-
 
A
F
 
G
D
 
D
I
 
K
Y
 
Y
R
 
L
D
 
R
W
 
A
V
 
V
L
 
V
S
 
N
Y
 
G
N
 
A
K
 
G
S
 
G
V
 
L
E
 
P
V
 
L
I
 
I
-
 
I
-
 
P
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
Y
 
E
K
 
S
L
 
I
N
 
D
N
 
Q
F
 
A
E
 
A
E
 
L
I
 
L
K
 
D
K
 
S
C
 
V
D
 
D
G
 
G
I
 
L
V
 
L
L
 
F
T
 
T
G
|
G
G
x
S
-
x
P
E
x
S
D
x
N
V
 
V
H
 
E
P
 
P
R
 
R
F
 
H
Y
 
Y
N
 
S
H
 
G
P
 
P
E
 
A
Y
 
S
Y
 
E
P
 
P
Y
 
G
C
 
T
Y
 
L
E
 
H
D
 
D
D
 
S
I
 
-
D
 
-
E
 
-
K
 
D
R
 
R
D
 
D
E
 
A
F
 
T
E
 
T
F
 
L
K
 
P
V
 
L
L
 
V
T
 
R
Y
 
A
T
 
A
E
 
I
A
 
D
H
 
A
S
 
G
V
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
L
G
 
G
I
 
I
C
|
C
R
|
R
G
 
G
M
 
F
Q
|
Q
V
 
E
G
 
M
N
 
N
V
 
V
F
 
A
F
 
F
G
 
G
G
 
G
T
 
S
L
 
L
I
 
H
P
 
Q
D
 
K
I
 
V
P
 
H
T
 
E
W
 
V
G
 
G
K
 
T
F
 
F
-
 
M
D
 
D
H
|
H
S
 
R
K
 
E
M
 
P
H
 
A
D
 
D
K
 
Q
S
 
P
-
 
L
-
 
E
-
 
V
-
 
Q
-
 
Y
D
 
A
R
 
P
Y
 
R
H
|
H
E
 
A
I
 
M
M
 
H
V
 
V
N
 
Q
P
 
P
S
 
G
S
 
G
W
 
V
L
 
L
N
 
A
Q
 
G
I
 
I
V
 
G
N
 
L
T
 
P
D
 
S
K
 
E
G
 
F
L
 
Q
V
 
V
N
 
N
S
|
S
N
x
I
H
|
H
H
x
G
Q
|
Q
S
 
G
T
 
V
D
 
D
K
 
R
T
 
L
G
 
A
K
 
P
G
 
G
L
 
L
V
 
R
V
 
V
S
 
E
A
 
A
I
 
L
S
 
A
P
 
P
D
 
D
G
 
G
V
 
L
T
 
V
E
|
E
A
 
A
M
 
-
E
 
-
R
 
-
I
 
I
E
 
S
P
 
V
E
 
E
G
 
G
-
 
A
K
 
K
S
 
A
F
 
F
L
 
A
L
 
L
F
 
G
V
 
V
Q
 
Q
W
 
W
H
 
N
P
 
P
E
 
E

3fijA Crystal structure of a uncharacterized protein lin1909
34% identity, 80% coverage: 42:228/234 of query aligns to 37:218/224 of 3fijA

query
sites
3fijA
E
 
Q
E
 
A
I
 
I
K
 
S
K
 
L
C
 
V
D
 
D
G
 
G
I
 
L
V
 
L
L
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
D
 
D
V
 
I
H
 
T
P
 
P
R
 
Q
F
 
L
Y
 
Y
-
 
L
N
 
E
H
 
E
P
 
P
E
 
S
-
 
Q
-
 
E
-
 
I
-
 
G
-
 
A
Y
 
Y
Y
 
F
P
 
P
Y
 
-
C
 
-
Y
 
-
E
 
-
D
 
-
D
 
-
I
 
-
D
 
-
E
 
-
K
 
P
R
 
R
D
 
D
E
 
S
F
 
Y
E
 
E
F
 
I
K
 
A
V
 
L
L
 
V
T
 
R
Y
 
A
T
 
A
E
 
L
A
 
D
H
 
A
S
 
G
V
 
K
P
 
P
V
 
I
L
 
F
G
 
A
I
 
I
C
 
C
R
 
R
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
V
 
L
G
 
V
N
 
N
V
 
V
F
 
A
F
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
I
 
Y
P
 
Q
D
 
D
I
 
I
P
 
S
T
 
Q
-
 
V
-
 
E
W
 
T
G
 
K
K
 
A
F
 
L
D
 
Q
H
|
H
S
 
L
K
 
Q
M
 
R
H
 
V
D
 
D
K
 
E
S
 
Q
D
 
L
R
 
G
Y
 
S
H
|
H
E
 
T
I
 
I
M
 
D
V
 
I
N
 
E
P
 
P
S
 
T
S
 
S
W
 
E
L
 
L
N
 
A
Q
 
K
I
 
-
V
 
H
N
 
H
T
 
P
D
 
N
K
 
K
G
 
K
L
 
L
V
 
V
N
 
N
S
|
S
N
 
L
H
|
H
H
 
H
Q
 
Q
S
 
F
T
 
I
D
 
K
K
 
K
T
 
L
G
 
A
K
 
P
G
 
S
L
 
F
V
 
K
V
 
V
S
 
T
A
 
A
I
 
R
S
 
T
P
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
M
T
 
I
E
|
E
A
 
A
M
 
V
E
 
E
R
 
G
I
 
-
E
 
-
P
 
D
E
 
N
G
 
L
K
 
P
S
 
S
F
 
W
L
 
Y
L
 
L
F
 
G
V
 
V
Q
 
Q
W
 
W
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
-
L
 
L
K
 
M
N
 
F
Q
 
Q
Q
 
T
G
 
D
P
 
P
F
 
E
S
 
S
K
 
E
N
 
Q
I
 
L
H
 
F
D
 
Q
A
 
A
F
 
L
I
 
V
N
 
D

7d4rB Spua native structure (see paper)
43% identity, 49% coverage: 96:209/234 of query aligns to 73:190/215 of 7d4rB

query
sites
7d4rB
S
 
G
V
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
L
G
 
G
I
 
I
C
 
C
R
 
R
G
 
G
M
 
F
Q
 
Q
V
 
E
G
 
M
N
 
N
V
 
V
F
 
A
F
 
F
G
 
G
G
 
G
T
 
S
L
 
L
I
 
H
P
 
Q
D
 
K
I
 
V
P
 
H
T
 
E
W
 
V
G
 
G
K
 
T
F
 
F
-
 
M
D
 
D
H
|
H
S
 
R
K
 
E
M
 
P
H
 
A
D
 
D
K
 
Q
S
 
P
D
 
L
R
 
E
Y
 
V
-
 
Q
-
 
Y
-
 
A
-
 
P
-
 
R
H
|
H
E
 
A
I
 
M
M
 
H
V
 
V
N
 
Q
P
 
P
S
 
G
S
 
G
W
 
V
L
 
L
N
 
A
Q
 
G
I
 
I
V
 
G
N
 
L
T
 
P
D
 
S
K
 
E
G
 
F
L
 
Q
V
 
V
N
 
N
S
|
S
N
 
I
H
|
H
H
 
G
Q
 
Q
S
 
G
T
 
V
D
 
D
K
 
R
T
 
L
G
 
A
K
 
P
G
 
G
L
 
L
V
 
R
V
 
V
S
 
E
A
 
A
I
 
L
S
 
A
P
 
P
D
 
D
G
 
G
V
 
L
T
 
V
E
|
E
A
 
A
M
 
-
E
 
-
R
 
-
I
 
I
E
 
S
P
 
V
E
 
E
G
 
G
-
 
A
K
 
K
S
 
A
F
 
F
L
 
A
L
 
L
F
 
G
V
 
V
Q
 
Q
W
 
W
H
 
H
P
 
P
E
 
E

6vtvB Crystal structure of puud gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase from e. Coli
28% identity, 80% coverage: 44:231/234 of query aligns to 57:243/252 of 6vtvB

query
sites
6vtvB
I
 
L
K
 
P
K
 
K
C
 
L
D
 
D
G
 
G
I
 
I
V
 
Y
L
 
L
T
 
P
G
 
G
G
 
S
-
 
P
E
 
S
D
 
N
V
 
V
H
 
Q
P
 
P
R
 
H
F
 
L
Y
 
Y
N
 
G
H
 
E
P
 
-
E
 
-
Y
 
-
Y
 
-
P
 
-
Y
 
N
C
 
G
Y
 
D
E
 
E
D
 
P
D
 
D
I
 
A
D
 
D
E
 
P
K
 
G
R
 
R
D
 
D
E
 
L
F
 
L
E
 
S
F
 
M
K
 
A
V
 
I
L
 
I
T
 
N
Y
 
A
T
 
A
E
 
L
A
 
E
H
 
R
S
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
F
G
 
A
I
 
I
C
 
C
R
 
R
G
 
G
M
 
L
Q
 
Q
V
 
E
G
 
L
N
 
V
V
 
V
F
 
A
F
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
S
L
 
L
-
 
H
-
 
R
-
 
K
-
 
L
-
 
C
-
 
E
I
 
Q
P
 
P
D
 
E
I
 
L
P
 
L
T
 
E
W
x
H
G
 
R
K
 
E
F
 
D
D
 
P
H
 
E
S
 
L
K
 
P
M
 
V
H
 
E
D
 
Q
K
 
Q
S
 
Y
D
 
A
R
 
P
Y
 
S
H
|
H
E
 
E
I
 
V
M
 
Q
V
 
V
N
 
E
P
 
E
S
 
G
S
 
G
W
 
L
L
 
L
N
 
S
Q
 
A
I
 
L
V
 
L
N
 
P
T
 
E
D
 
C
K
 
S
G
 
N
L
 
F
-
 
W
V
 
V
N
 
N
S
|
S
N
 
L
H
|
H
H
 
G
Q
 
Q
S
 
G
T
 
A
D
 
K
K
 
V
T
 
V
G
 
S
K
 
P
G
 
R
L
 
L
V
 
R
V
 
V
S
 
E
A
 
A
I
 
R
S
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
G
V
 
L
T
 
V
E
|
E
A
 
A
M
 
V
E
 
S
R
 
V
I
 
I
E
 
-
P
 
-
E
 
-
G
 
N
K
 
H
S
 
P
F
 
F
L
 
A
L
 
L
F
 
G
V
 
V
Q
 
Q
W
 
W
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
-
L
 
W
K
 
N
N
 
S
Q
 
S
Q
 
E
G
 
Y
P
 
A
F
 
L
S
 
S
K
 
R
N
 
I
I
 
L
H
 
F
D
 
E
A
 
G
F
 
F
I
 
I
N
 
T
S
 
A
I
 
C
R
 
Q

P76038 Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase PuuD; Gamma-Glu-GABA hydrolase; EC 3.5.1.94 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
28% identity, 80% coverage: 44:231/234 of query aligns to 59:245/254 of P76038

query
sites
P76038
I
 
L
K
 
P
K
 
K
C
 
L
D
 
D
G
 
G
I
 
I
V
 
Y
L
 
L
T
 
P
G
 
G
G
 
S
-
 
P
E
 
S
D
 
N
V
 
V
H
 
Q
P
 
P
R
 
H
F
 
L
Y
 
Y
N
 
G
H
 
E
P
 
-
E
 
-
Y
 
-
Y
 
-
P
 
-
Y
 
N
C
 
G
Y
 
D
E
 
E
D
 
P
D
 
D
I
 
A
D
 
D
E
 
P
K
 
G
R
 
R
D
 
D
E
 
L
F
 
L
E
 
S
F
 
M
K
 
A
V
 
I
L
 
I
T
 
N
Y
 
A
T
 
A
E
 
L
A
 
E
H
 
R
S
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
F
G
 
A
I
 
I
C
|
C
R
 
R
G
 
G
M
 
L
Q
 
Q
V
 
E
G
 
L
N
 
V
V
 
V
F
 
A
F
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
S
L
 
L
-
 
H
-
 
R
-
 
K
-
 
L
-
 
C
-
 
E
I
 
Q
P
 
P
D
 
E
I
 
L
P
 
L
T
 
E
W
 
H
G
 
R
K
 
E
F
 
D
D
 
P
H
 
E
S
 
L
K
 
P
M
 
V
H
 
E
D
 
Q
K
 
Q
S
 
Y
D
 
A
R
 
P
Y
 
S
H
 
H
E
 
E
I
 
V
M
 
Q
V
 
V
N
 
E
P
 
E
S
 
G
S
 
G
W
 
L
L
 
L
N
 
S
Q
 
A
I
 
L
V
 
L
N
 
P
T
 
E
D
 
C
K
 
S
G
 
N
L
 
F
-
 
W
V
 
V
N
 
N
S
 
S
N
 
L
H
 
H
H
 
G
Q
 
Q
S
 
G
T
 
A
D
 
K
K
 
V
T
 
V
G
 
S
K
 
P
G
 
R
L
 
L
V
 
R
V
 
V
S
 
E
A
 
A
I
 
R
S
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
G
V
 
L
T
 
V
E
 
E
A
 
A
M
 
V
E
 
S
R
 
V
I
 
I
E
 
-
P
 
-
E
 
-
G
 
N
K
 
H
S
 
P
F
 
F
L
 
A
L
 
L
F
 
G
V
 
V
Q
 
Q
W
 
W
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
-
L
 
W
K
 
N
N
 
S
Q
 
S
Q
 
E
G
 
Y
P
 
A
F
 
L
S
 
S
K
 
R
N
 
I
I
 
L
H
 
F
D
 
E
A
 
G
F
 
F
I
 
I
N
 
T
S
 
A
I
 
C
R
 
Q

Query Sequence

>CA265_RS24855 FitnessBrowser__Pedo557:CA265_RS24855
MSDKIIIGVSDCSKFDIYRDWVLSYNKSVEVIQLGYKLNNFEEIKKCDGIVLTGGEDVHP
RFYNHPEYYPYCYEDDIDEKRDEFEFKVLTYTEAHSVPVLGICRGMQVGNVFFGGTLIPD
IPTWGKFDHSKMHDKSDRYHEIMVNPSSWLNQIVNTDKGLVNSNHHQSTDKTGKGLVVSA
ISPDGVTEAMERIEPEGKSFLLFVQWHPERLKNQQGPFSKNIHDAFINSIRING

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory