SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing CCNA_00619 FitnessBrowser__Caulo:CCNA_00619 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

1ynhB Crystal structure of n-succinylarginine dihydrolase, astb, bound to substrate and product, an enzyme from the arginine catabolic pathway of escherichia coli (see paper)
48% identity, 99% coverage: 4:426/426 of query aligns to 4:435/440 of 1ynhB

query
sites
1ynhB
E
 
E
I
 
V
N
 
N
F
 
F
D
 
D
G
 
G
L
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
L
T
 
T
H
 
H
N
 
H
Y
 
Y
A
 
A
G
|
G
L
 
L
S
|
S
L
 
F
G
 
G
N
|
N
I
 
E
A
 
A
S
|
S
H
 
T
S
 
R
N
 
H
A
 
R
G
 
F
A
 
Q
V
 
V
S
 
S
S
 
N
P
 
P
R
 
R
A
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
K
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
T
 
L
K
 
K
M
 
M
R
 
K
T
 
A
L
 
L
L
 
A
D
 
D
L
 
A
G
 
G
L
 
F
T
 
P
Q
 
Q
G
 
A
F
 
V
L
 
I
P
 
P
P
 
P
P
 
H
P
 
E
R
 
R
P
 
P
A
 
F
A
 
I
H
 
P
V
 
V
L
 
L
R
 
R
R
 
Q
L
 
L
G
 
G
F
 
F
K
 
S
G
 
G
S
 
S
D
 
D
Q
 
E
A
 
Q
V
 
V
L
 
L
A
 
E
Q
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
R
E
 
Q
D
 
A
L
 
P
D
 
H
L
 
W
L
 
L
R
 
S
A
 
S
A
 
V
S
 
S
S
 
S
A
 
A
S
 
S
S
 
P
M
 
M
W
|
W
T
 
V
A
 
A
N
 
N
A
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
I
L
 
A
A
 
P
A
 
S
P
 
A
D
 
D
T
 
T
A
 
L
D
 
D
G
 
G
R
 
K
V
 
V
H
 
H
L
 
L
V
 
T
T
 
V
A
 
A
N
 
N
L
 
L
G
 
N
T
 
N
M
 
K
L
 
F
H
|
H
R
|
R
S
 
S
L
 
L
E
 
E
A
 
A
D
 
P
D
 
V
T
 
T
Y
 
E
A
 
S
T
 
L
L
 
L
R
 
K
R
 
A
V
 
I
F
 
F
S
 
N
G
 
D
-
 
E
E
 
E
A
 
K
F
 
F
A
 
S
V
 
V
H
 
H
A
 
S
P
 
A
L
 
L
P
 
P
F
 
Q
A
 
V
A
 
A
H
 
L
L
 
L
G
 
G
D
 
D
E
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
A
N
 
N
H
 
H
M
 
N
R
 
R
L
 
L
A
 
G
A
 
G
N
 
H
H
 
Y
G
 
G
A
 
E
R
 
P
G
 
G
V
 
M
N
 
Q
V
 
L
F
 
F
V
 
V
H
 
Y
G
 
G
A
 
R
P
 
E
R
 
E
G
 
G
G
 
N
-
 
D
-
 
T
-
 
R
-
 
P
-
 
S
R
 
R
F
 
Y
P
 
P
E
 
A
R
|
R
Q
 
Q
A
 
T
L
 
R
R
 
E
A
 
A
S
 
S
Q
 
E
A
 
A
A
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
A
 
N
G
 
Q
V
 
V
Q
 
N
P
 
P
-
 
Q
T
 
Q
A
 
V
L
 
I
F
 
F
A
 
A
M
 
Q
Q
 
Q
S
 
N
A
 
P
E
 
D
A
 
V
I
 
I
K
 
D
A
 
Q
G
 
G
A
 
V
F
 
F
H
 
H
N
 
N
D
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
V
 
V
A
 
S
N
 
N
A
 
R
N
 
Q
V
 
V
L
 
L
L
 
F
A
 
C
H
 
H
P
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
F
 
F
A
 
A
T
 
R
R
 
Q
P
 
S
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
A
 
A
E
 
N
L
 
L
S
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
V
P
 
N
G
 
G
L
 
F
V
 
M
V
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
V
-
 
P
-
 
A
R
 
T
D
 
Q
L
 
V
S
 
S
L
 
V
E
 
S
D
 
D
A
 
T
V
 
V
A
 
S
S
 
T
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
N
 
N
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
V
 
L
S
 
S
L
 
R
P
 
D
D
 
D
G
 
G
Y
 
S
M
 
M
A
 
M
L
 
L
I
 
V
V
 
L
P
 
P
V
 
Q
E
 
E
A
 
C
R
 
R
D
 
E
N
 
H
A
 
A
A
 
G
A
 
V
W
 
W
R
 
G
E
 
Y
I
 
L
Q
 
N
T
 
E
I
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
D
 
D
N
 
N
P
 
P
V
 
I
T
 
S
K
 
E
V
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
F
D
 
D
L
 
L
R
 
R
Q
 
E
S
 
S
M
 
M
S
 
A
N
|
N
G
|
G
G
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
A
C
|
C
L
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
R
V
 
V
P
 
V
V
 
L
A
 
T
A
 
E
A
 
E
A
 
E
R
 
R
D
 
R
Q
 
A
I
 
V
N
 
N
P
 
P
A
 
A
F
 
V
L
 
M
L
 
M
D
 
N
H
 
D
A
 
T
R
 
L
L
 
F
D
 
N
R
 
A
L
 
L
T
 
N
R
 
D
L
 
W
V
 
V
E
 
D
T
 
R
W
 
Y
W
 
Y
P
 
R
R
 
D
A
 
R
I
 
L
A
 
T
P
 
A
S
 
A
D
 
D
L
 
L
T
 
A
D
 
D
P
 
P
A
 
Q
L
 
L
W
 
L
E
 
R
A
 
E
A
 
G
M
 
R
V
 
E
A
 
A
H
 
L
A
 
D
A
 
V
L
 
L
E
 
S
T
 
Q
F
 
L
L
 
L
T
 
N
A
 
L
P
 
G
T
 
S
V
 
V

P76216 N-succinylarginine dihydrolase; EC 3.5.3.23 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
48% identity, 99% coverage: 4:426/426 of query aligns to 5:436/447 of P76216

query
sites
P76216
E
 
E
I
 
V
N
 
N
F
 
F
D
 
D
G
 
G
L
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
L
T
 
T
H
 
H
N
 
H
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
S
L
 
F
G
 
G
N
 
N
I
 
E
A
 
A
S
 
S
H
 
T
S
 
R
N
 
H
A
 
R
G
 
F
A
 
Q
V
 
V
S
 
S
S
 
N
P
 
P
R
 
R
A
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
K
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
T
 
L
K
 
K
M
 
M
R
 
K
T
 
A
L
 
L
L
 
A
D
 
D
L
 
A
G
 
G
L
 
F
T
 
P
Q
 
Q
G
 
A
F
 
V
L
 
I
P
 
P
P
 
P
P
 
H
P
 
E
R
 
R
P
 
P
A
 
F
A
 
I
H
 
P
V
 
V
L
 
L
R
 
R
R
 
Q
L
 
L
G
 
G
F
 
F
K
 
S
G
 
G
S
 
S
D
 
D
Q
 
E
A
 
Q
V
 
V
L
 
L
A
 
E
Q
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
R
E
 
Q
D
 
A
L
 
P
D
 
H
L
 
W
L
 
L
R
 
S
A
 
S
A
 
V
S
 
S
S
 
S
A
 
A
S
 
S
S
 
P
M
 
M
W
 
W
T
 
V
A
 
A
N
 
N
A
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
I
L
 
A
A
 
P
A
 
S
P
 
A
D
 
D
T
 
T
A
 
L
D
 
D
G
 
G
R
 
K
V
 
V
H
 
H
L
 
L
V
 
T
T
 
V
A
 
A
N
 
N
L
 
L
G
 
N
T
 
N
M
 
K
L
 
F
H
 
H
R
 
R
S
 
S
L
 
L
E
 
E
A
 
A
D
 
P
D
 
V
T
 
T
Y
 
E
A
 
S
T
 
L
L
 
L
R
 
K
R
 
A
V
 
I
F
 
F
S
 
N
G
 
D
-
 
E
E
 
E
A
 
K
F
 
F
A
 
S
V
 
V
H
 
H
A
 
S
P
 
A
L
 
L
P
 
P
F
 
Q
A
 
V
A
 
A
H
 
L
L
 
L
G
 
G
D
 
D
E
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
A
N
 
N
H
 
H
M
 
N
R
 
R
L
 
L
A
 
G
A
 
G
N
 
H
H
 
Y
G
 
G
A
 
E
R
 
P
G
 
G
V
 
M
N
 
Q
V
 
L
F
 
F
V
 
V
H
 
Y
G
 
G
A
 
R
P
 
E
R
 
E
G
 
G
G
 
N
-
 
D
-
 
T
-
 
R
-
 
P
-
 
S
R
 
R
F
 
Y
P
 
P
E
 
A
R
 
R
Q
 
Q
A
 
T
L
 
R
R
 
E
A
 
A
S
 
S
Q
 
E
A
 
A
A
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
A
 
N
G
 
Q
V
 
V
Q
 
N
P
 
P
-
 
Q
T
 
Q
A
 
V
L
 
I
F
 
F
A
 
A
M
 
Q
Q
 
Q
S
 
N
A
 
P
E
 
D
A
 
V
I
 
I
K
 
D
A
 
Q
G
 
G
A
 
V
F
 
F
H
 
H
N
 
N
D
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
V
 
V
A
 
S
N
 
N
A
 
R
N
 
Q
V
 
V
L
 
L
L
 
F
A
 
C
H
 
H
P
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
F
 
F
A
 
A
T
 
R
R
 
Q
P
 
S
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
A
 
A
E
 
N
L
 
L
S
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
V
P
 
N
G
 
G
L
 
F
V
 
M
V
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
V
-
 
P
-
 
A
R
 
T
D
 
Q
L
 
V
S
 
S
L
 
V
E
 
S
D
 
D
A
 
T
V
 
V
A
 
S
S
 
T
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
N
 
N
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
V
 
L
S
 
S
L
 
R
P
 
D
D
 
D
G
 
G
Y
 
S
M
 
M
A
 
M
L
 
L
I
 
V
V
 
L
P
 
P
V
 
Q
E
 
E
A
 
C
R
 
R
D
 
E
N
 
H
A
 
A
A
 
G
A
 
V
W
 
W
R
 
G
E
 
Y
I
 
L
Q
 
N
T
 
E
I
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
D
 
D
N
 
N
P
 
P
V
 
I
T
 
S
K
 
E
V
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
F
D
 
D
L
 
L
R
 
R
Q
 
E
S
 
S
M
 
M
S
 
A
N
 
N
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
A
C
|
C
L
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
R
V
 
V
P
 
V
V
 
L
A
 
T
A
 
E
A
 
E
A
 
E
R
 
R
D
 
R
Q
 
A
I
 
V
N
 
N
P
 
P
A
 
A
F
 
V
L
 
M
L
 
M
D
 
N
H
 
D
A
 
T
R
 
L
L
 
F
D
 
N
R
 
A
L
 
L
T
 
N
R
 
D
L
 
W
V
 
V
E
 
D
T
 
R
W
 
Y
W
 
Y
P
 
R
R
 
D
A
 
R
I
 
L
A
 
T
P
 
A
S
 
A
D
 
D
L
 
L
T
 
A
D
 
D
P
 
P
A
 
Q
L
 
L
W
 
L
E
 
R
A
 
E
A
 
G
M
 
R
V
 
E
A
 
A
H
 
L
A
 
D
A
 
V
L
 
L
E
 
S
T
 
Q
F
 
L
L
 
L
T
 
N
A
 
L
P
 
G
T
 
S
V
 
V

1yniA Crystal structure of n-succinylarginine dihydrolase, astb, bound to substrate and product, an enzyme from the arginine catabolic pathway of escherichia coli (see paper)
47% identity, 99% coverage: 4:426/426 of query aligns to 4:435/440 of 1yniA

query
sites
1yniA
E
 
E
I
 
V
N
 
N
F
 
F
D
 
D
G
 
G
L
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
L
T
 
T
H
 
H
N
 
H
Y
 
Y
A
|
A
G
|
G
L
 
L
S
|
S
L
 
F
G
 
G
N
|
N
I
 
E
A
 
A
S
|
S
H
 
T
S
 
R
N
 
H
A
 
R
G
 
F
A
 
Q
V
 
V
S
 
S
S
 
N
P
 
P
R
 
R
A
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
K
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
T
 
L
K
 
K
M
 
M
R
 
K
T
 
A
L
 
L
L
 
A
D
 
D
L
 
A
G
 
G
L
 
F
T
 
P
Q
 
Q
G
 
A
F
 
V
L
 
I
P
 
P
P
 
P
P
 
H
P
 
E
R
 
R
P
 
P
A
 
F
A
 
I
H
 
P
V
 
V
L
 
L
R
 
R
R
 
Q
L
 
L
G
 
G
F
 
F
K
 
S
G
 
G
S
 
S
D
 
D
Q
 
E
A
 
Q
V
 
V
L
 
L
A
 
E
Q
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
R
E
 
Q
D
 
A
L
 
P
D
 
H
L
 
W
L
 
L
R
 
S
A
 
S
A
 
V
S
 
S
S
 
S
A
 
A
S
 
S
S
 
P
M
 
M
W
|
W
T
 
V
A
 
A
N
|
N
A
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
I
L
 
A
A
 
P
A
 
S
P
 
A
D
 
D
T
 
T
A
 
L
D
 
D
G
 
G
R
 
K
V
 
V
H
 
H
L
 
L
V
 
T
T
 
V
A
 
A
N
 
N
L
 
L
G
 
N
T
 
N
M
 
K
L
 
F
H
 
H
R
|
R
S
 
S
L
 
L
E
 
E
A
 
A
D
 
P
D
 
V
T
 
T
Y
 
E
A
 
S
T
 
L
L
 
L
R
 
K
R
 
A
V
 
I
F
 
F
S
 
N
G
 
D
-
 
E
E
 
E
A
 
K
F
 
F
A
 
S
V
 
V
H
 
H
A
 
S
P
 
A
L
 
L
P
 
P
F
 
Q
A
 
V
A
 
A
H
 
L
L
 
L
G
 
G
D
 
D
E
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
A
N
 
N
H
 
H
M
 
N
R
 
R
L
 
L
A
 
G
A
 
G
N
 
H
H
 
Y
G
 
G
A
 
E
R
 
P
G
 
G
V
 
M
N
 
Q
V
 
L
F
 
F
V
 
V
H
 
Y
G
 
G
A
 
R
P
 
E
R
 
E
G
 
G
G
 
N
-
 
D
-
 
T
-
 
R
-
 
P
-
 
S
R
 
R
F
 
Y
P
 
P
E
 
A
R
|
R
Q
 
Q
A
 
T
L
 
R
R
 
E
A
 
A
S
 
S
Q
 
E
A
 
A
A
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
A
 
N
G
 
Q
V
 
V
Q
 
N
P
 
P
-
 
Q
T
 
Q
A
 
V
L
 
I
F
 
F
A
 
A
M
 
Q
Q
 
Q
S
 
N
A
 
P
E
 
D
A
 
V
I
 
I
K
 
D
A
 
Q
G
 
G
A
 
V
F
 
F
H
|
H
N
 
N
D
|
D
V
 
V
V
 
I
A
 
A
V
 
V
A
 
S
N
 
N
A
 
R
N
 
Q
V
 
V
L
 
L
L
 
F
A
 
C
H
 
H
P
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
F
 
F
A
 
A
T
 
R
R
 
Q
P
 
S
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
A
 
A
E
 
N
L
 
L
S
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
V
P
 
N
G
 
G
L
 
F
V
 
M
V
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
V
-
 
P
-
 
A
R
 
T
D
 
Q
L
 
V
S
 
S
L
 
V
E
 
S
D
 
D
A
 
T
V
 
V
A
 
S
S
 
T
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
N
 
N
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
V
 
L
S
 
S
L
 
R
P
 
D
D
 
D
G
 
G
Y
 
S
M
 
M
A
 
M
L
 
L
I
 
V
V
 
L
P
 
P
V
 
Q
E
 
E
A
 
C
R
 
R
D
 
E
N
 
H
A
 
A
A
 
G
A
 
V
W
 
W
R
 
G
E
 
Y
I
 
L
Q
 
N
T
 
E
I
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
D
 
D
N
 
N
P
 
P
V
 
I
T
 
S
K
 
E
V
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
F
D
 
D
L
 
L
R
 
R
Q
 
E
S
 
S
M
 
M
S
 
A
N
|
N
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
A
C
x
S
L
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
R
V
 
V
P
 
V
V
 
L
A
 
T
A
 
E
A
 
E
A
 
E
R
 
R
D
 
R
Q
 
A
I
 
V
N
 
N
P
 
P
A
 
A
F
 
V
L
 
M
L
 
M
D
 
N
H
 
D
A
 
T
R
 
L
L
 
F
D
 
N
R
 
A
L
 
L
T
 
N
R
 
D
L
 
W
V
 
V
E
 
D
T
 
R
W
 
Y
W
 
Y
P
 
R
R
 
D
A
 
R
I
 
L
A
 
T
P
 
A
S
 
A
D
 
D
L
 
L
T
 
A
D
 
D
P
 
P
A
 
Q
L
 
L
W
 
L
E
 
R
A
 
E
A
 
G
M
 
R
V
 
E
A
 
A
H
 
L
A
 
D
A
 
V
L
 
L
E
 
S
T
 
Q
F
 
L
L
 
L
T
 
N
A
 
L
P
 
G
T
 
S
V
 
V

Query Sequence

>CCNA_00619 FitnessBrowser__Caulo:CCNA_00619
MTLEINFDGLIGPTHNYAGLSLGNIASHSNAGAVSSPRAAALQGLTKMRTLLDLGLTQGF
LPPPPRPAAHVLRRLGFKGSDQAVLAQVADEDLDLLRAASSASSMWTANAATVLAAPDTA
DGRVHLVTANLGTMLHRSLEADDTYATLRRVFSGEAFAVHAPLPFAAHLGDEGAANHMRL
AANHGARGVNVFVHGAPRGGRFPERQALRASQAAARLAGVQPTALFAMQSAEAIKAGAFH
NDVVAVANANVLLAHPQAFATRPDLLAELSARLPGLVVIETRDLSLEDAVASYLFNSQLV
SLPDGYMALIVPVEARDNAAAWREIQTILAADNPVTKVKVVDLRQSMSNGGGPACLRLRV
PVAAAARDQINPAFLLDHARLDRLTRLVETWWPRAIAPSDLTDPALWEAAMVAHAALETF
LTAPTV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory