SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing CCNA_00902 FitnessBrowser__Caulo:CCNA_00902 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4irxA Crystal structure of caulobacter myo-inositol binding protein bound to myo-inositol (see paper)
99% identity, 89% coverage: 35:325/326 of query aligns to 6:296/296 of 4irxA

query
sites
4irxA
G
 
G
A
 
S
E
 
H
A
 
M
E
 
E
V
 
V
V
 
V
V
 
V
S
 
S
F
 
F
N
 
N
D
 
D
L
 
L
S
 
S
Q
|
Q
P
 
P
F
|
F
F
 
F
V
 
V
A
 
A
M
 
M
R
 
R
R
 
R
E
 
E
L
 
L
E
 
E
D
 
D
E
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
N
 
N
N
 
N
S
 
S
S
 
S
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
V
V
 
V
I
 
I
V
 
V
A
 
A
P
 
P
T
 
T
D
 
D
S
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
A
D
 
D
D
 
D
L
 
L
V
 
V
E
 
E
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
A
 
A
V
 
V
I
 
I
S
 
S
V
 
V
D
|
D
R
|
R
N
 
N
I
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
V
 
V
P
 
P
H
 
H
V
 
V
G
 
G
A
 
A
D
 
D
N
 
N
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
A
 
A
M
 
M
A
 
A
D
 
D
W
 
W
V
 
V
V
 
V
K
 
K
T
 
T
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
G
 
G
A
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
T
N
|
N
D
|
D
P
 
P
G
 
G
S
 
S
S
 
S
S
|
S
S
 
S
I
 
I
E
 
E
R
|
R
V
 
V
K
 
K
G
 
G
V
 
V
H
 
H
D
 
D
G
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
A
F
 
F
K
 
K
I
 
I
V
 
V
T
 
T
E
 
E
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
N
 
N
S
|
S
K
 
K
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
T
 
T
Q
 
Q
N
 
N
I
 
I
L
 
L
T
 
T
S
 
S
M
 
M
R
 
R
D
 
D
T
 
T
P
 
P
P
 
P
D
 
D
V
 
V
I
 
I
L
 
L
C
 
C
L
 
L
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
V
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
D
S
 
S
A
 
A
K
 
K
V
 
V
K
 
K
V
 
V
I
 
I
G
 
G
F
 
F
D
|
D
A
 
A
I
 
I
P
 
P
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
I
 
I
K
 
K
A
 
A
G
 
G
E
 
E
M
 
M
V
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
E
Q
|
Q
N
 
N
P
 
P
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
I
 
I
R
 
R
T
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
D
 
D
K
 
K
I
 
I
K
 
K
S
 
S
G
 
G
A
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
S
V
 
V
S
 
S
L
 
L
K
 
K
P
 
P
V
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
S
 
S
G
 
G
N
 
N
L
 
L
T
 
T
E
 
E
A
 
A
S
 
S
R
 
R
I
 
I
G
 
G
E
 
E
M
 
M

4rxmA Crystal structure of periplasmic abc transporter solute binding protein a7jw62 from mannheimia haemolytica phl213, target efi-511105, in complex with myo-inositol
41% identity, 88% coverage: 40:325/326 of query aligns to 7:290/291 of 4rxmA

query
sites
4rxmA
V
 
V
V
 
V
V
 
F
S
 
S
F
 
L
N
 
P
D
 
N
L
 
L
S
 
S
Q
 
S
P
 
P
F
 
F
F
x
E
V
 
V
A
 
Q
M
 
L
R
 
Q
R
 
K
E
 
V
L
 
A
E
 
V
D
 
E
E
 
T
A
 
S
A
 
K
K
 
K
L
 
L
G
x
E
V
x
I
K
 
K
V
 
L
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
N
 
S
N
 
S
S
 
S
S
 
T
K
 
K
Q
 
Q
I
 
A
S
 
S
D
 
D
L
 
L
Q
 
E
A
 
N
A
 
A
A
 
I
V
 
T
Q
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
G
V
 
I
I
 
I
V
 
I
A
 
S
P
 
P
T
 
N
D
 
D
S
 
V
K
 
N
A
 
A
L
 
I
A
 
S
G
 
G
A
 
A
A
 
V
D
 
E
D
 
E
L
 
I
V
 
I
E
 
K
Q
 
E
G
 
K
V
 
I
A
 
P
V
 
A
I
 
A
S
 
T
V
 
L
D
|
D
R
|
R
N
 
K
I
 
V
A
 
E
G
 
S
G
 
S
K
 
K
T
 
-
A
 
P
V
 
V
P
 
P
H
 
H
V
 
F
G
 
G
A
 
A
D
 
N
N
 
N
V
 
Y
A
 
T
G
 
G
G
 
G
R
 
Q
A
 
E
M
 
V
A
 
A
D
 
K
W
 
A
V
 
V
V
 
K
K
 
A
T
 
K
Y
 
Y
P
 
P
A
 
N
G
 
G
A
 
A
R
 
K
V
 
I
V
 
I
V
 
L
I
 
L
T
 
T
N
 
G
D
 
Q
P
 
P
G
 
G
S
 
S
S
 
T
S
|
S
S
 
N
I
 
I
E
 
E
R
|
R
V
 
T
K
 
K
G
 
G
V
 
I
H
 
R
D
 
D
G
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
P
 
D
A
 
K
F
 
Y
K
 
K
I
 
I
V
 
V
T
 
V
E
 
D
Q
 
Q
T
 
T
A
 
G
N
 
N
S
x
W
K
 
L
R
 
R
D
 
S
Q
 
E
A
 
G
L
 
L
T
 
R
V
 
I
T
 
I
Q
 
E
N
 
S
I
 
V
L
 
L
T
 
P
S
 
T
M
 
L
R
 
K
D
 
E
T
 
K
P
 
-
P
 
P
D
 
E
V
 
V
I
 
I
L
 
I
C
 
S
L
 
A
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
I
E
 
E
A
 
A
V
 
L
R
 
R
A
 
S
A
 
Q
G
 
G
L
 
L
D
 
K
S
 
A
A
 
G
K
 
D
V
 
I
K
 
L
V
 
V
I
 
T
G
 
G
F
 
F
D
|
D
A
 
S
I
 
T
P
 
P
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
I
 
V
K
 
K
A
 
D
G
 
G
E
 
W
M
 
L
V
 
Y
A
 
L
T
 
T
V
 
A
E
 
D
Q
|
Q
N
 
R
P
 
P
G
 
S
L
 
F
Q
 
A
I
 
V
R
 
S
T
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
E
Q
 
Q
A
 
V
V
 
V
D
 
G
K
 
N
I
 
I
K
 
R
S
 
E
G
 
S
A
 
K
A
 
E
L
 
V
K
 
S
S
 
G
V
 
A
S
 
D
L
 
Y
K
 
P
P
 
P
V
 
K
L
 
I
I
 
I
T
 
L
S
 
K
G
 
D
N
 
N
L
 
L
T
 
Q
E
 
E
A
 
A
S
 
E
R
 
R
I
 
F
G
 
A
E
 
E
M
 
I

Sites not aligning to the query:

4rxmB Crystal structure of periplasmic abc transporter solute binding protein a7jw62 from mannheimia haemolytica phl213, target efi-511105, in complex with myo-inositol
41% identity, 88% coverage: 40:325/326 of query aligns to 5:288/288 of 4rxmB

query
sites
4rxmB
V
 
V
V
 
V
V
 
F
S
 
S
F
 
L
N
 
P
D
 
N
L
 
L
S
 
S
Q
 
S
P
 
P
F
 
F
F
x
E
V
 
V
A
 
Q
M
 
L
R
 
Q
R
 
K
E
 
V
L
 
A
E
 
V
D
 
E
E
 
T
A
 
S
A
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
E
V
 
I
K
 
K
V
 
L
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
N
 
S
N
 
S
S
 
S
S
 
T
K
 
K
Q
 
Q
I
 
A
S
 
S
D
 
D
L
 
L
Q
 
E
A
 
N
A
 
A
A
 
I
V
 
T
Q
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
G
V
 
I
I
 
I
V
 
I
A
 
S
P
 
P
T
 
N
D
 
D
S
 
V
K
 
N
A
 
A
L
 
I
A
 
S
G
 
G
A
 
A
A
 
V
D
 
E
D
 
E
L
 
I
V
 
I
E
 
K
Q
 
E
G
 
K
V
 
I
A
 
P
V
 
A
I
 
A
S
 
T
V
 
L
D
|
D
R
|
R
N
 
K
I
 
V
A
 
E
G
 
S
G
 
S
K
 
K
T
 
-
A
 
P
V
 
V
P
 
P
H
 
H
V
 
F
G
 
G
A
 
A
D
 
N
N
 
N
V
 
Y
A
 
T
G
 
G
G
 
G
R
 
Q
A
 
E
M
 
V
A
 
A
D
 
K
W
 
A
V
 
V
V
 
K
K
 
A
T
 
K
Y
 
Y
P
 
P
A
 
N
G
 
G
A
 
A
R
 
K
V
 
I
V
 
I
V
 
L
I
 
L
T
 
T
N
 
G
D
 
Q
P
 
P
G
 
G
S
 
S
S
 
T
S
|
S
S
 
N
I
 
I
E
 
E
R
|
R
V
 
T
K
 
K
G
 
G
V
 
I
H
 
R
D
 
D
G
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
P
 
D
A
 
K
F
 
Y
K
 
K
I
 
I
V
 
V
T
 
V
E
 
D
Q
 
Q
T
 
T
A
 
G
N
 
N
S
x
W
K
 
L
R
 
R
D
 
S
Q
 
E
A
 
G
L
 
L
T
 
R
V
 
I
T
 
I
Q
 
E
N
 
S
I
 
V
L
 
L
T
 
P
S
 
T
M
x
L
R
x
K
D
x
E
T
 
K
P
 
-
P
 
P
D
 
E
V
 
V
I
 
I
L
 
I
C
 
S
L
 
A
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
I
E
 
E
A
 
A
V
 
L
R
 
R
A
 
S
A
 
Q
G
 
G
L
 
L
D
 
K
S
 
A
A
 
G
K
 
D
V
 
I
K
 
L
V
 
V
I
 
T
G
 
G
F
 
F
D
|
D
A
 
S
I
 
T
P
 
P
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
I
 
V
K
 
K
A
 
D
G
 
G
E
 
W
M
 
L
V
 
Y
A
 
L
T
 
T
V
 
A
E
 
D
Q
|
Q
N
 
R
P
 
P
G
 
S
L
 
F
Q
 
A
I
 
V
R
 
S
T
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
E
Q
 
Q
A
 
V
V
 
V
D
 
G
K
 
N
I
 
I
K
 
R
S
 
E
G
 
S
A
 
K
A
 
E
L
 
V
K
 
S
S
 
G
V
 
A
S
 
D
L
 
Y
K
 
P
P
 
P
V
 
K
L
 
I
I
 
I
T
 
L
S
 
K
G
 
D
N
 
N
L
 
L
T
 
Q
E
 
E
A
 
A
S
 
E
R
 
R
I
 
F
G
 
A
E
 
E
M
 
I

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
36% identity, 79% coverage: 40:298/326 of query aligns to 5:254/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
V
 
I
V
 
A
V
 
L
S
 
T
F
 
V
N
 
S
D
 
T
L
 
L
S
 
D
Q
x
N
P
 
P
F
|
F
F
|
F
V
 
V
A
 
S
M
 
L
R
 
K
R
 
D
E
 
G
L
 
A
E
 
Q
D
 
K
E
 
K
A
 
A
A
 
T
K
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
K
 
K
V
 
L
Q
 
V
V
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
N
 
N
N
 
D
S
 
P
S
 
S
K
 
K
Q
 
E
I
 
L
S
 
S
D
 
N
L
 
V
Q
 
E
A
 
D
A
 
L
A
 
T
V
 
V
Q
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
V
V
 
L
I
 
L
V
 
I
A
 
N
P
 
P
T
 
T
D
 
D
S
 
S
K
 
A
A
 
A
L
 
V
A
 
S
G
 
N
A
 
A
A
 
V
D
 
A
D
 
I
L
 
A
V
 
N
E
 
R
Q
 
N
G
 
K
V
 
I
A
 
P
V
 
V
I
 
I
S
 
T
V
 
L
D
|
D
R
|
R
N
 
G
I
 
A
A
 
A
G
 
K
G
 
G
K
 
E
T
 
V
A
 
-
V
 
V
P
 
S
H
 
H
V
 
I
G
 
A
A
 
S
D
 
D
N
 
N
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
K
A
 
M
M
 
A
A
 
G
D
 
D
W
 
F
V
 
I
V
 
A
K
 
Q
T
 
K
Y
 
L
P
 
G
A
 
D
G
 
G
A
 
A
R
 
K
V
 
V
V
 
I
V
 
Q
I
 
L
T
 
E
N
 
G
D
 
L
P
 
A
G
 
G
S
 
T
S
 
S
S
 
A
S
 
A
I
 
R
E
 
E
R
|
R
V
 
G
K
 
E
G
 
G
V
 
F
H
 
K
D
 
Q
G
 
A
L
 
I
A
 
E
A
 
A
G
 
-
G
 
-
P
 
H
A
 
K
F
 
F
K
 
D
I
 
V
V
 
L
T
 
A
E
 
S
Q
 
Q
T
 
P
A
 
A
N
 
D
S
x
F
K
 
D
R
 
R
D
 
T
Q
 
K
A
 
G
L
 
L
T
 
N
V
 
V
T
 
T
Q
 
E
N
 
N
I
 
L
L
 
L
T
 
A
S
 
S
M
 
K
R
 
G
D
 
S
T
 
V
P
 
-
P
 
-
D
 
Q
V
 
A
I
 
I
L
 
F
C
 
A
L
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
E
M
 
M
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
L
E
 
R
A
 
A
V
 
I
R
 
S
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
-
D
 
-
S
 
-
A
 
K
K
 
K
V
 
V
K
 
L
V
 
V
I
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
A
 
G
I
 
T
P
 
E
E
 
D
A
 
G
L
 
V
A
 
K
R
 
A
I
 
V
K
 
K
A
 
S
G
 
G
E
 
K
M
 
L
V
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
A
Q
|
Q
N
 
Q
P
 
P
G
 
E
L
 
L
Q
 
-
I
 
I
R
 
G
T
 
S
A
 
L
L
 
G
R
 
V
Q
 
E
A
 
T
V
 
A
D
 
D
K
 
K
I
 
I
K
 
L
S
 
K
G
 
G

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
36% identity, 72% coverage: 47:282/326 of query aligns to 10:239/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
L
 
L
S
 
N
Q
x
N
P
 
P
F
|
F
F
|
F
V
 
V
A
 
T
M
 
L
R
 
K
R
 
N
E
 
G
L
 
A
E
 
E
D
 
E
E
 
K
A
 
A
A
 
K
K
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
K
 
K
V
 
I
Q
 
I
V
 
V
L
 
E
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
N
 
N
N
 
D
S
 
S
S
 
S
K
 
K
Q
 
E
I
 
L
S
 
S
D
 
N
L
 
V
Q
 
E
A
 
D
A
 
L
A
 
I
V
 
Q
Q
 
Q
G
 
K
A
 
V
K
 
D
V
 
V
V
 
L
I
 
L
V
 
I
A
 
N
P
 
P
T
 
V
D
 
D
S
 
S
K
 
D
A
 
A
L
 
V
A
 
V
G
 
T
A
 
A
A
 
I
D
 
K
D
 
E
L
 
A
V
 
N
E
 
S
Q
 
K
G
 
N
V
 
I
A
 
P
V
 
V
I
 
I
S
 
T
V
 
I
D
|
D
R
|
R
N
 
S
I
 
A
A
 
N
G
 
G
G
 
G
K
 
D
T
 
V
A
 
-
V
 
V
P
 
C
H
 
H
V
 
I
G
 
A
A
 
S
D
 
D
N
 
N
V
 
V
A
 
K
G
 
G
G
 
G
R
 
E
A
 
M
M
 
A
A
 
A
D
 
E
W
 
F
V
 
I
V
 
A
K
 
K
T
 
A
Y
 
L
P
 
K
A
 
G
G
 
K
A
 
G
R
 
N
V
 
V
V
 
V
V
 
E
I
 
L
T
 
E
N
 
G
D
 
I
P
 
P
G
 
G
S
 
A
S
 
S
S
x
A
S
 
A
I
 
R
E
 
D
R
|
R
V
 
G
K
 
K
G
 
G
V
 
F
H
 
D
D
 
E
G
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
K
G
 
-
G
 
Y
P
 
P
A
 
D
F
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
V
T
 
A
E
 
K
Q
 
Q
T
 
A
A
 
A
N
 
D
S
x
F
K
 
D
R
 
R
D
 
S
Q
 
K
A
 
G
L
 
L
T
 
S
V
 
V
T
 
M
Q
 
E
N
 
N
I
 
I
L
 
L
T
 
Q
S
 
A
M
 
Q
R
 
P
D
 
K
T
 
I
P
 
-
P
 
-
D
 
D
V
 
A
I
 
V
L
 
F
C
 
A
L
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
E
M
 
M
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
I
E
 
K
A
 
A
V
 
I
R
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
-
L
 
-
D
 
N
S
 
R
A
 
Q
K
 
G
V
 
I
K
 
I
V
 
V
I
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
A
 
G
I
 
T
P
 
E
E
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
K
R
 
A
I
 
I
K
 
K
A
 
E
G
 
G
E
 
K
M
 
M
V
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
I
E
 
A
Q
|
Q
N
 
Q
P
 
P
G
 
A
L
 
L

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
35% identity, 81% coverage: 47:310/326 of query aligns to 11:269/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
L
 
L
S
 
N
Q
x
N
P
 
P
F
|
F
F
 
F
V
 
V
A
 
S
M
 
L
R
 
K
R
 
D
E
 
G
L
 
A
E
 
Q
D
 
K
E
 
E
A
 
A
A
 
D
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
K
 
N
V
 
L
Q
 
V
V
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
N
 
N
N
 
N
S
 
P
S
 
A
K
 
K
Q
 
E
I
 
L
S
 
A
D
 
N
L
 
V
Q
 
Q
A
 
D
A
 
L
A
 
T
V
 
V
Q
 
R
G
 
G
A
 
T
K
 
K
V
 
I
V
 
L
I
 
L
V
 
I
A
 
N
P
 
P
T
 
T
D
 
D
S
 
S
K
 
D
A
 
A
L
 
V
A
 
D
G
 
N
A
 
A
A
 
V
D
 
K
D
 
M
L
 
A
V
 
N
E
 
Q
Q
 
A
G
 
N
V
 
I
A
 
P
V
 
V
I
 
I
S
 
T
V
 
L
D
|
D
R
|
R
N
 
Q
I
 
A
A
 
T
G
 
K
G
 
G
K
 
E
T
 
V
A
 
-
V
 
V
P
 
S
H
 
H
V
 
I
G
 
A
A
 
S
D
 
D
N
 
N
V
 
V
A
 
L
G
 
G
G
 
G
R
 
K
A
 
I
M
 
A
A
 
G
D
 
D
W
 
Y
V
 
I
V
 
A
K
 
K
T
 
K
Y
 
A
P
 
G
A
 
E
G
 
G
A
 
A
R
 
K
V
 
V
V
 
I
V
 
E
I
 
L
T
 
Q
N
 
G
D
 
I
P
 
A
G
 
G
S
 
T
S
 
S
S
 
A
S
 
A
I
 
R
E
 
E
R
|
R
V
 
G
K
 
E
G
 
G
V
 
F
H
 
Q
D
 
Q
G
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
-
G
 
-
P
 
H
A
 
K
F
 
F
K
 
N
I
 
V
V
 
L
T
 
A
E
 
S
Q
 
Q
T
 
P
A
 
A
N
 
D
S
x
F
K
 
D
R
 
R
D
 
I
Q
 
K
A
 
G
L
 
L
T
 
N
V
 
V
T
 
M
Q
 
Q
N
 
N
I
 
L
L
 
L
T
 
T
S
 
A
M
 
H
R
 
-
D
 
-
T
 
-
P
 
-
P
 
P
D
 
D
V
 
V
-
 
Q
-
 
A
I
 
V
L
 
F
C
 
A
L
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
E
M
 
M
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
L
E
 
R
A
 
A
V
 
L
R
 
Q
A
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
-
D
 
-
S
 
K
A
 
S
K
 
D
V
 
V
K
 
M
V
 
V
I
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
A
 
G
I
 
T
P
 
P
E
 
D
A
 
G
L
 
E
A
 
K
R
 
A
I
 
V
K
 
N
A
 
D
G
 
G
E
 
K
M
 
L
V
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
I
E
 
A
Q
 
Q
N
 
L
P
 
P
G
 
D
L
 
-
Q
 
Q
I
 
I
R
 
G
T
 
A
A
 
K
L
 
G
R
 
V
Q
 
E
A
 
T
V
 
A
D
 
D
K
 
K
I
 
V
K
 
L
S
 
K
G
 
G
A
 
E
A
 
K
L
 
V
K
 
Q
S
 
A
-
 
K
-
 
Y
-
 
P
V
 
V
S
 
D
L
 
L
K
 
K
P
 
L
V
 
V
L
 
V

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
32% identity, 85% coverage: 42:318/326 of query aligns to 13:281/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
V
 
V
S
 
S
F
 
I
N
 
S
D
 
T
L
 
T
S
 
N
Q
x
N
P
 
P
F
x
Y
F
|
F
V
 
V
A
 
A
M
 
M
R
 
K
R
 
D
E
 
G
L
 
I
E
 
D
D
 
K
E
 
Y
A
 
A
A
 
S
K
 
N
L
 
K
G
 
K
V
 
I
K
 
S
V
 
I
Q
 
K
V
 
V
L
 
A
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
N
 
D
N
 
D
S
 
A
S
 
A
K
 
R
Q
 
Q
I
 
A
S
 
D
D
 
D
L
 
V
Q
 
Q
A
 
N
A
 
F
A
 
I
V
 
S
Q
 
Q
G
 
N
A
 
V
K
 
D
V
 
A
V
 
I
I
 
L
V
 
I
A
 
N
P
 
P
T
 
V
D
 
D
S
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
V
G
 
T
A
 
A
A
 
I
D
 
K
D
 
S
L
 
A
V
 
N
E
 
N
Q
 
A
G
 
N
V
 
I
A
 
P
V
 
V
I
 
I
S
 
L
V
 
M
D
|
D
R
|
R
N
 
G
I
 
S
A
 
E
G
 
G
G
 
G
K
 
K
T
 
V
A
 
-
V
 
L
P
 
T
H
 
T
V
 
V
G
 
A
A
 
S
D
 
D
N
 
N
V
 
V
A
 
A
G
 
A
G
 
G
R
 
K
A
 
M
M
 
A
A
 
A
D
 
D
W
 
Y
V
 
A
V
 
V
K
 
K
T
 
K
Y
 
L
P
 
G
A
 
K
G
 
K
A
 
A
R
 
K
V
 
A
V
 
F
V
 
E
I
 
L
T
 
S
N
 
G
D
 
V
P
 
P
G
 
G
S
 
A
S
 
S
S
 
A
S
 
T
I
 
V
E
 
D
R
|
R
V
 
G
K
 
K
G
 
G
V
 
F
H
 
H
D
 
-
G
 
-
L
 
-
A
 
S
A
 
V
G
 
A
G
 
K
P
 
S
A
 
K
F
 
L
K
 
D
I
 
M
V
 
L
T
 
S
E
 
S
Q
 
Q
T
 
S
A
 
A
N
 
N
S
x
F
K
 
D
R
 
R
D
 
A
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
N
V
 
T
T
 
T
Q
 
Q
N
 
N
I
 
M
L
 
I
T
 
Q
S
 
G
M
 
H
R
 
K
D
 
D
T
 
V
P
 
Q
P
 
-
D
 
-
V
 
I
I
 
I
L
 
F
C
 
A
L
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
E
M
 
M
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
A
E
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
 
K
A
 
S
A
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
Q
S
 
N
A
 
-
K
 
-
V
 
V
K
 
L
V
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
I
D
|
D
A
 
G
I
 
Q
P
 
P
E
 
D
A
 
A
L
 
H
A
 
D
R
 
A
I
 
I
K
 
K
A
 
K
G
 
G
E
 
D
M
 
I
V
 
S
A
 
A
T
 
T
V
 
I
E
 
A
Q
|
Q
N
 
Q
P
 
P
G
 
A
L
 
K
Q
 
M
I
 
G
R
 
E
T
 
I
A
 
A
L
 
I
R
 
Q
Q
 
A
A
 
A
V
 
I
D
 
D
K
 
Y
I
 
Y
K
 
K
S
 
-
G
 
G
A
 
K
A
 
K
L
 
V
K
 
E
S
 
K
V
 
E
S
 
T
L
 
I
K
 
S
P
 
P
V
 
I
-
 
Y
L
 
L
I
 
V
T
 
T
S
 
K
G
 
D
N
 
N
L
 
V
T
 
E
E
 
K

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
29% identity, 85% coverage: 47:323/326 of query aligns to 11:290/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
L
 
L
S
 
N
Q
x
N
P
 
P
F
x
W
F
|
F
V
 
V
A
 
V
M
 
L
R
 
A
R
 
E
E
 
T
L
 
A
E
 
K
D
 
Q
E
 
R
A
 
A
A
 
E
K
 
Q
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
K
 
E
V
 
A
Q
 
T
V
 
I
L
 
F
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
N
 
N
N
 
D
S
 
T
S
 
A
K
 
K
Q
 
E
I
 
S
S
 
A
D
 
H
L
 
F
Q
 
D
A
 
A
A
 
I
A
 
I
V
 
A
Q
 
A
G
 
G
A
 
Y
K
 
D
V
 
A
V
 
I
I
 
I
V
 
F
A
 
N
P
 
P
T
 
T
D
 
D
S
 
A
K
 
D
A
 
G
L
 
S
A
 
I
G
 
A
A
 
N
A
 
V
D
 
K
D
 
R
L
 
A
V
 
K
E
 
E
Q
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
P
V
 
V
I
 
F
S
 
C
V
 
V
D
|
D
R
|
R
N
 
G
I
 
I
A
 
N
G
 
A
G
 
R
K
 
G
T
 
L
A
 
A
V
 
V
P
 
A
H
 
Q
V
 
I
G
 
Y
A
 
S
D
 
D
N
 
N
V
 
Y
A
 
Y
G
 
G
G
 
G
R
 
V
A
 
L
M
 
M
A
 
G
D
 
E
W
 
Y
V
 
F
V
 
V
K
 
K
-
 
F
-
 
L
-
 
K
-
 
E
T
 
K
Y
 
Y
P
 
P
A
 
D
G
 
A
A
 
K
R
 
E
V
 
I
V
 
P
-
 
Y
-
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
L
-
 
G
V
 
I
I
 
L
T
 
S
N
 
A
D
 
Q
P
 
P
G
 
-
S
 
-
S
 
-
S
 
-
S
 
T
I
 
W
E
 
D
R
|
R
V
 
S
K
 
N
G
 
G
V
 
F
H
 
H
D
 
-
G
 
S
L
 
V
A
 
V
A
 
D
G
 
Q
G
 
Y
P
 
P
A
 
E
F
 
F
K
 
K
I
 
M
V
 
V
T
 
A
E
 
Q
Q
 
Q
T
 
S
A
 
A
N
 
E
S
x
F
K
 
D
R
 
R
D
 
D
Q
 
T
A
 
A
L
 
Y
T
 
K
V
 
V
T
 
T
Q
 
E
N
 
Q
I
 
I
L
 
L
T
 
Q
S
 
A
M
 
H
R
 
-
D
 
-
T
 
-
P
 
-
P
 
P
D
 
E
V
 
I
-
 
K
-
 
A
I
 
I
L
 
W
C
 
C
L
 
G
N
|
N
D
 
D
D
 
A
M
 
M
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
M
E
 
K
A
 
A
V
 
C
R
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
-
D
 
-
S
 
R
A
 
T
K
 
D
V
 
I
K
 
Y
V
 
I
I
 
F
G
 
G
F
 
F
D
|
D
A
 
G
I
 
A
P
 
E
E
 
D
A
 
V
L
 
I
A
 
N
R
 
A
I
 
I
K
 
K
A
 
E
G
 
G
-
 
K
E
 
Q
M
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
I
E
 
M
Q
|
Q
N
 
F
P
 
P
G
 
K
L
 
L
Q
 
M
I
 
A
R
 
R
T
 
L
A
 
A
L
 
V
R
 
E
Q
 
W
A
 
A
V
 
D
D
 
Q
K
 
Y
I
 
L
K
 
R
S
 
G
G
 
E
A
 
R
A
 
S
L
 
F
K
 
P
S
 
E
V
 
I
S
 
V
L
 
-
K
 
-
P
 
P
V
 
V
-
 
T
-
 
V
-
 
E
L
 
L
I
 
V
T
 
T
S
 
R
G
 
E
N
 
N
L
 
I
T
 
D
E
 
K
A
 
Y
S
 
T
R
 
A
I
 
Y
G
 
G

1rpjA Crystal structure of d-allose binding protein from escherichia coli (see paper)
34% identity, 80% coverage: 38:298/326 of query aligns to 2:267/288 of 1rpjA

query
sites
1rpjA
A
 
A
E
 
E
V
 
Y
V
 
A
V
 
V
S
 
V
F
 
L
N
x
K
D
 
T
L
 
L
S
 
S
Q
x
N
P
 
P
F
|
F
F
 
W
V
 
V
A
 
D
M
 
M
R
 
K
R
 
K
E
 
G
L
 
I
E
 
E
D
 
D
E
 
E
A
 
A
A
 
K
K
 
T
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
S
V
 
V
Q
 
D
V
 
I
L
 
F
-
 
A
-
 
S
D
 
P
A
 
S
Q
x
E
N
 
G
N
 
D
S
 
F
S
 
Q
K
 
S
Q
 
Q
I
 
L
S
 
Q
D
 
L
L
 
F
Q
 
E
A
 
D
A
 
L
A
 
S
V
 
N
Q
 
K
G
 
N
A
 
Y
K
 
K
V
 
G
V
 
I
I
 
A
V
 
F
A
 
A
P
 
P
T
 
L
D
 
S
S
 
S
K
 
V
A
 
N
L
 
L
A
 
V
G
 
M
A
 
P
A
 
V
D
 
A
D
 
R
L
 
A
V
 
W
E
 
K
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
A
 
Y
V
 
L
I
 
V
S
 
N
V
 
L
D
|
D
R
 
E
N
 
K
I
 
I
-
 
D
-
 
M
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
A
 
A
G
 
G
G
 
G
K
 
N
T
 
V
A
 
E
V
 
A
P
 
-
H
 
F
V
 
V
G
 
T
A
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
V
A
 
A
G
 
V
G
 
G
R
 
A
A
 
K
M
 
G
A
 
A
D
 
S
W
 
F
V
 
I
V
 
I
K
 
D
T
 
K
Y
 
L
P
 
G
A
 
A
-
 
E
G
 
G
A
 
G
R
 
E
V
 
V
V
 
A
V
 
I
I
 
I
T
 
E
N
 
G
D
 
K
P
 
A
G
 
G
S
 
N
S
 
A
S
|
S
S
 
G
I
 
E
E
 
A
R
|
R
V
 
R
K
 
N
G
 
G
V
 
A
H
 
T
D
 
E
G
 
A
L
 
F
A
 
K
A
 
K
G
 
A
G
 
S
P
 
-
A
 
Q
F
 
I
K
 
K
I
 
L
V
 
V
T
 
A
E
 
S
Q
 
Q
T
 
P
A
 
A
N
 
D
S
x
W
K
 
D
R
 
R
D
 
I
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
D
V
 
V
T
 
A
Q
 
T
N
 
N
I
 
V
L
 
L
T
 
-
S
 
-
M
 
Q
R
 
R
D
 
N
T
 
P
P
 
N
P
 
I
D
 
K
V
 
A
I
 
I
L
 
Y
C
 
C
L
 
A
N
|
N
D
 
D
D
 
T
M
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
V
L
 
A
E
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
L
 
-
D
 
K
S
 
T
A
 
G
K
 
K
V
 
V
K
 
L
V
 
V
I
 
V
G
 
G
F
 
T
D
|
D
A
 
G
I
 
I
P
 
P
E
 
E
A
 
A
L
 
R
A
 
K
R
 
M
I
 
V
K
 
E
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
M
 
M
V
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
A
Q
|
Q
N
 
N
P
 
P
G
 
A
L
 
D
Q
 
I
I
 
G
R
 
A
T
 
T
A
 
G
L
 
L
R
 
K
Q
 
L
A
 
M
V
 
V
D
 
D
K
 
A
I
 
E
K
 
K
S
 
S
G
 
G

1gudA Hinge-bending motion of d-allose binding protein from escherichia coli: three open conformations (see paper)
34% identity, 80% coverage: 38:298/326 of query aligns to 2:267/288 of 1gudA

query
sites
1gudA
A
 
A
E
|
E
V
 
Y
V
 
A
V
 
V
S
 
V
F
 
L
N
 
K
D
 
T
L
 
L
S
 
S
Q
 
N
P
 
P
F
 
F
F
 
W
V
 
V
A
 
D
M
 
M
R
 
K
R
 
K
E
 
G
L
 
I
E
 
E
D
 
D
E
 
E
A
 
A
A
 
K
K
 
T
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
S
V
 
V
Q
x
D
V
 
I
L
 
F
-
 
A
-
 
S
D
 
P
A
 
S
Q
 
E
N
 
G
N
 
D
S
 
F
S
 
Q
K
 
S
Q
 
Q
I
 
L
S
 
Q
D
 
L
L
 
F
Q
 
E
A
 
D
A
 
L
A
 
S
V
 
N
Q
 
K
G
 
N
A
 
Y
K
 
K
V
 
G
V
 
I
I
 
A
V
 
F
A
 
A
P
 
P
T
 
L
D
 
S
S
 
S
K
 
V
A
 
N
L
 
L
A
 
V
G
 
M
A
 
P
A
 
V
D
 
A
D
 
R
L
 
A
V
 
W
E
 
K
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
A
 
Y
V
 
L
I
 
V
S
 
N
V
 
L
D
 
D
R
 
E
N
 
K
I
 
I
-
 
D
-
 
M
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
A
 
A
G
 
G
G
 
G
K
 
N
T
 
V
A
 
E
V
 
A
P
 
-
H
 
F
V
 
V
G
 
T
A
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
V
A
 
A
G
 
V
G
 
G
R
 
A
A
 
K
M
 
G
A
 
A
D
 
S
W
 
F
V
 
I
V
 
I
K
 
D
T
 
K
Y
 
L
P
 
G
A
 
A
-
 
E
G
 
G
A
 
G
R
 
E
V
 
V
V
 
A
V
 
I
I
 
I
T
 
E
N
 
G
D
 
K
P
 
A
G
 
G
S
 
N
S
 
A
S
 
S
S
 
G
I
 
E
E
 
A
R
 
R
V
 
R
K
 
N
G
 
G
V
 
A
H
 
T
D
 
E
G
 
A
L
 
F
A
 
K
A
 
K
G
 
A
G
 
S
P
 
-
A
 
Q
F
 
I
K
 
K
I
 
L
V
 
V
T
 
A
E
 
S
Q
 
Q
T
 
P
A
 
A
N
 
D
S
 
W
K
 
D
R
 
R
D
 
I
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
D
V
 
V
T
 
A
Q
 
T
N
 
N
I
 
V
L
 
L
T
 
-
S
 
-
M
 
Q
R
 
R
D
 
N
T
 
P
P
 
N
P
 
I
D
 
K
V
 
A
I
 
I
L
 
Y
C
 
C
L
 
A
N
 
N
D
 
D
D
 
T
M
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
V
L
 
A
E
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
L
 
-
D
 
K
S
 
T
A
 
G
K
 
K
V
 
V
K
 
L
V
 
V
I
 
V
G
 
G
F
 
T
D
 
D
A
 
G
I
 
I
P
 
P
E
 
E
A
 
A
L
 
R
A
 
K
R
 
M
I
 
V
K
 
E
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
M
 
M
V
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
A
Q
 
Q
N
 
N
P
 
P
G
 
A
L
 
D
Q
 
I
I
 
G
R
 
A
T
 
T
A
 
G
L
 
L
R
 
K
Q
 
L
A
 
M
V
 
V
D
 
D
K
 
A
I
 
E
K
 
K
S
 
S
G
 
G

8wlbA X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-psicose (see paper)
34% identity, 80% coverage: 38:298/326 of query aligns to 2:267/288 of 8wlbA

query
sites
8wlbA
A
 
A
E
 
E
V
 
Y
V
 
A
V
 
V
S
 
V
F
 
L
N
x
K
D
 
T
L
 
L
S
 
S
Q
x
N
P
 
P
F
|
F
F
x
W
V
 
V
A
 
D
M
 
M
R
 
K
R
 
K
E
 
G
L
 
I
E
 
E
D
 
D
E
 
E
A
 
A
A
 
K
K
 
T
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
S
V
 
V
Q
 
D
V
 
I
L
 
F
-
 
A
-
 
S
D
 
P
A
 
S
Q
 
E
N
 
G
N
 
D
S
 
F
S
 
Q
K
 
S
Q
 
Q
I
 
L
S
 
Q
D
 
L
L
 
F
Q
 
E
A
 
D
A
 
L
A
 
S
V
 
N
Q
 
K
G
 
K
A
 
Y
K
 
K
V
 
G
V
 
I
I
 
A
V
 
F
A
 
A
P
 
P
T
 
L
D
 
S
S
 
S
K
 
V
A
 
N
L
 
L
A
 
V
G
 
M
A
 
P
A
 
V
D
 
A
D
 
R
L
 
A
V
 
W
E
 
Q
Q
 
K
G
 
G
V
 
L
A
 
Y
V
 
L
I
 
V
S
 
N
V
 
L
D
|
D
R
x
E
N
 
K
I
 
I
-
 
D
-
 
M
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
A
 
A
G
 
G
G
 
G
K
 
N
T
 
V
A
 
E
V
 
-
P
 
G
H
 
F
V
 
V
G
 
T
A
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
V
A
 
A
G
 
V
G
 
G
R
 
A
A
 
K
M
 
G
A
 
A
D
 
D
W
 
F
V
 
I
V
 
I
K
 
N
T
 
K
Y
 
L
P
 
G
A
 
A
-
 
E
G
 
G
A
 
G
R
 
E
V
 
V
V
 
A
V
 
I
I
 
I
T
 
E
N
 
G
D
 
K
P
 
A
G
 
G
S
 
N
S
 
A
S
|
S
S
 
G
I
 
E
E
 
A
R
|
R
V
 
R
K
 
N
G
 
G
V
 
A
H
 
T
D
 
E
G
 
A
L
 
F
A
 
K
A
 
K
G
 
A
G
 
N
P
 
-
A
 
Q
F
 
I
K
 
K
I
 
L
V
 
V
T
 
A
E
 
S
Q
 
Q
T
 
P
A
 
A
N
 
D
S
 
W
K
 
D
R
 
R
D
 
I
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
D
V
 
V
T
 
A
Q
 
T
N
 
N
I
 
V
L
 
L
T
 
-
S
 
-
M
 
Q
R
 
R
D
 
N
T
 
P
P
 
N
P
 
L
D
 
K
V
 
A
I
 
F
L
 
Y
C
 
C
L
 
A
N
|
N
D
 
D
D
 
T
M
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
V
L
 
A
E
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
L
 
-
D
 
K
S
 
I
A
 
G
K
 
K
V
 
V
K
 
L
V
 
V
I
 
V
G
 
G
F
 
T
D
|
D
A
 
G
I
 
I
P
 
P
E
 
E
A
 
A
L
 
R
A
 
K
R
 
M
I
 
V
K
 
E
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
M
 
M
V
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
A
Q
|
Q
N
 
N
P
 
P
G
 
A
L
 
D
Q
 
I
I
 
G
R
 
A
T
 
T
A
 
G
L
 
L
R
 
K
Q
 
L
A
 
M
V
 
V
D
 
D
K
 
A
I
 
A
K
 
K
S
 
T
G
 
G

8wl9A X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-ribose (see paper)
34% identity, 80% coverage: 38:298/326 of query aligns to 2:267/288 of 8wl9A

query
sites
8wl9A
A
 
A
E
 
E
V
 
Y
V
 
A
V
 
V
S
 
V
F
 
L
N
 
K
D
 
T
L
 
L
S
 
S
Q
x
N
P
 
P
F
|
F
F
 
W
V
 
V
A
 
D
M
 
M
R
 
K
R
 
K
E
 
G
L
 
I
E
 
E
D
 
D
E
 
E
A
 
A
A
 
K
K
 
T
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
S
V
 
V
Q
 
D
V
 
I
L
 
F
-
 
A
-
 
S
D
 
P
A
 
S
Q
 
E
N
 
G
N
 
D
S
 
F
S
 
Q
K
 
S
Q
 
Q
I
 
L
S
 
Q
D
 
L
L
 
F
Q
 
E
A
 
D
A
 
L
A
 
S
V
 
N
Q
 
K
G
 
K
A
 
Y
K
 
K
V
 
G
V
 
I
I
 
A
V
 
F
A
 
A
P
 
P
T
 
L
D
 
S
S
 
S
K
 
V
A
 
N
L
 
L
A
 
V
G
 
M
A
 
P
A
 
V
D
 
A
D
 
R
L
 
A
V
 
W
E
 
Q
Q
 
K
G
 
G
V
 
L
A
 
Y
V
 
L
I
 
V
S
 
N
V
 
L
D
|
D
R
 
E
N
 
K
I
 
I
-
 
D
-
 
M
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
A
 
A
G
 
G
G
 
G
K
 
N
T
 
V
A
 
E
V
 
-
P
 
G
H
 
F
V
 
V
G
 
T
A
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
V
A
 
A
G
 
V
G
 
G
R
 
A
A
 
K
M
 
G
A
 
A
D
 
D
W
 
F
V
 
I
V
 
I
K
 
N
T
 
K
Y
 
L
P
 
G
A
 
A
-
 
E
G
 
G
A
 
G
R
 
E
V
 
V
V
 
A
V
 
I
I
 
I
T
 
E
N
 
G
D
 
K
P
 
A
G
 
G
S
 
N
S
 
A
S
 
S
S
 
G
I
 
E
E
 
A
R
|
R
V
 
R
K
 
N
G
 
G
V
 
A
H
 
T
D
 
E
G
 
A
L
 
F
A
 
K
A
 
K
G
 
A
G
 
N
P
 
-
A
 
Q
F
 
I
K
 
K
I
 
L
V
 
V
T
 
A
E
 
S
Q
 
Q
T
 
P
A
 
A
N
 
D
S
x
W
K
 
D
R
 
R
D
 
I
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
D
V
 
V
T
 
A
Q
 
T
N
 
N
I
 
V
L
 
L
T
 
-
S
 
-
M
 
Q
R
 
R
D
 
N
T
 
P
P
 
N
P
 
L
D
 
K
V
 
A
I
 
F
L
 
Y
C
 
C
L
 
A
N
|
N
D
 
D
D
 
T
M
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
V
L
 
A
E
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
L
 
-
D
 
K
S
 
I
A
 
G
K
 
K
V
 
V
K
 
L
V
 
V
I
 
V
G
 
G
F
 
T
D
|
D
A
 
G
I
 
I
P
 
P
E
 
E
A
 
A
L
 
R
A
 
K
R
 
M
I
 
V
K
 
E
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
M
 
M
V
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
A
Q
|
Q
N
 
N
P
 
P
G
 
A
L
 
D
Q
 
I
I
 
G
R
 
A
T
 
T
A
 
G
L
 
L
R
 
K
Q
 
L
A
 
M
V
 
V
D
 
D
K
 
A
I
 
A
K
 
K
S
 
T
G
 
G

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
32% identity, 76% coverage: 47:295/326 of query aligns to 12:263/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
L
 
L
S
 
S
Q
x
N
P
 
E
F
x
Y
F
 
F
V
 
I
A
 
S
M
 
M
R
 
R
R
 
Q
E
 
G
L
 
A
E
 
E
D
 
E
E
 
T
A
 
A
A
 
K
K
 
Q
-
 
K
-
 
D
L
 
I
G
 
D
V
 
L
K
 
I
V
 
V
Q
 
Q
V
 
V
L
 
A
D
 
E
A
 
K
Q
 
E
N
 
D
N
 
S
S
 
T
S
 
E
K
 
Q
Q
 
L
I
 
V
S
 
G
D
 
L
L
 
V
Q
 
E
A
 
N
A
 
M
A
 
I
V
 
A
Q
 
K
G
 
K
A
 
V
K
 
D
V
 
A
V
 
I
I
 
I
V
 
V
A
 
T
P
 
P
T
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
I
A
 
A
L
 
F
A
 
I
G
 
P
A
 
A
A
 
F
D
 
Q
D
 
K
L
 
A
V
 
E
E
 
K
Q
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
P
V
 
I
I
 
I
S
 
D
V
 
L
D
|
D
R
 
V
N
 
R
I
 
L
-
 
D
-
 
A
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
L
K
 
K
T
 
-
A
 
-
V
 
F
P
 
N
H
 
Y
V
 
V
G
 
G
A
 
V
D
 
D
N
 
N
V
 
F
A
 
N
G
 
G
G
 
G
R
 
Y
A
 
L
M
 
E
A
 
A
D
 
K
W
 
N
V
 
L
V
 
A
K
 
E
T
 
A
Y
 
I
P
 
G
A
 
K
G
 
K
A
 
G
R
 
N
V
 
V
V
 
A
V
 
I
I
 
L
T
 
E
N
 
G
D
 
I
P
 
P
G
 
G
S
 
V
S
 
D
S
x
N
S
 
G
I
 
E
E
 
Q
R
|
R
V
 
K
K
 
G
G
 
G
V
 
A
H
 
L
D
 
K
G
 
A
L
 
F
A
 
A
A
 
E
G
 
Y
G
 
-
P
 
P
A
 
D
F
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
V
T
 
A
E
 
S
Q
 
Q
T
 
S
A
 
A
N
 
N
S
x
W
K
 
E
R
 
T
D
 
E
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
T
 
N
V
 
V
T
 
T
Q
 
T
N
 
N
I
 
I
L
 
L
T
 
T
S
 
A
M
 
N
R
 
-
D
 
-
T
 
-
P
 
-
P
 
P
D
 
N
V
 
I
-
 
N
-
 
G
I
 
I
L
 
F
C
 
A
L
 
A
N
 
N
D
 
D
D
 
N
M
 
M
A
 
A
M
 
I
G
 
G
A
 
A
L
 
V
E
 
T
A
 
A
V
 
V
R
 
E
A
 
N
A
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
-
S
 
A
A
 
G
K
 
K
V
 
V
K
 
L
V
 
V
I
 
S
G
 
G
F
 
Y
D
|
D
A
 
G
I
 
I
P
 
P
E
 
L
A
 
A
L
 
I
A
 
E
R
 
Y
I
 
V
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
E
 
K
M
 
M
V
 
Q
A
 
N
T
 
T
V
 
I
E
 
D
Q
|
Q
N
 
L
P
 
P
G
 
K
L
 
K
Q
 
Q
I
 
V
R
 
A
T
 
I
A
 
A
L
 
I
R
 
E
Q
 
H
A
 
A
V
 
L
D
 
K
K
 
Q
I
 
I

Sites not aligning to the query:

4ry9B Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
28% identity, 84% coverage: 42:316/326 of query aligns to 7:287/297 of 4ry9B

query
sites
4ry9B
V
 
V
S
 
S
F
 
M
N
x
K
D
 
T
L
 
L
S
 
S
Q
 
A
P
 
P
F
x
Y
F
|
F
V
 
A
A
 
A
M
 
Q
R
 
M
R
 
E
E
 
A
L
 
A
E
 
K
D
 
A
E
 
R
A
 
G
A
 
K
K
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
K
 
E
V
 
V
Q
 
L
V
 
A
L
 
T
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
N
 
G
N
 
K
S
 
L
S
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
D
 
D
L
 
V
Q
 
E
A
 
D
A
 
L
A
 
V
V
 
T
Q
 
R
G
 
G
A
 
V
K
 
K
V
 
L
V
 
L
I
 
I
V
 
I
A
 
N
P
 
P
T
 
A
D
|
D
S
|
S
K
 
E
A
 
G
L
 
L
A
 
V
G
 
N
A
 
A
A
 
V
D
 
N
D
 
N
L
 
A
V
 
S
E
 
A
Q
 
N
G
 
G
V
 
V
A
 
K
V
 
V
I
 
V
S
 
V
V
 
I
D
|
D
R
x
S
N
x
T
I
 
L
A
 
N
G
 
P
G
 
R
K
 
A
T
 
N
A
 
F
V
 
V
P
 
T
H
 
Q
V
 
V
G
 
Q
A
 
S
D
 
S
N
 
N
V
 
S
A
 
I
G
 
N
G
 
G
R
 
A
A
 
L
M
 
V
A
 
G
D
 
H
W
 
W
V
 
V
V
 
I
K
 
E
T
 
E
Y
 
V
P
 
G
A
 
N
G
 
K
A
 
S
-
 
L
R
 
K
V
 
I
V
 
A
V
 
L
I
 
L
T
 
S
N
 
G
D
 
E
P
 
K
G
 
G
S
x
N
S
x
P
S
 
V
S
 
G
I
 
Q
E
 
E
R
|
R
V
 
R
K
 
L
G
 
G
V
 
V
H
 
L
D
 
S
G
 
G
L
 
I
-
 
I
-
 
E
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
R
A
 
K
A
 
F
G
 
G
G
 
K
P
 
A
A
 
D
F
 
L
K
 
T
I
 
V
V
 
V
T
 
G
E
 
Q
Q
 
G
T
 
W
A
 
G
N
 
H
S
x
W
K
 
N
R
 
D
D
 
E
Q
 
G
A
 
G
L
 
L
T
 
K
V
 
A
T
 
M
Q
 
E
N
 
D
I
 
L
L
 
L
T
 
V
S
 
A
M
 
N
R
 
K
D
 
D
T
 
I
P
 
-
P
 
-
D
 
N
V
 
M
I
 
V
L
 
L
C
 
G
L
 
E
N
|
N
D
 
D
D
 
S
M
 
M
A
 
V
M
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
R
E
 
R
A
 
A
V
 
I
R
 
E
A
 
S
A
 
A
G
 
G
L
 
-
D
 
R
S
 
T
A
 
G
K
 
I
V
 
L
K
 
L
V
 
V
I
 
A
G
 
A
F
 
A
D
|
D
A
 
A
I
 
Q
P
 
K
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
L
I
 
I
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
E
 
K
M
 
Y
V
 
G
A
 
V
T
 
T
V
 
G
E
 
L
Q
 
N
N
 
D
P
 
P
G
 
A
L
 
L
Q
 
V
I
 
A
R
 
R
T
 
T
A
 
A
L
 
I
R
 
D
Q
 
L
A
 
G
V
 
V
D
 
K
K
 
V
I
 
V
K
 
K
S
 
G
G
 
E
A
 
V
-
 
K
-
 
D
A
 
V
L
 
P
K
 
K
S
 
Q
V
 
T
S
 
L
L
 
T
K
 
T
P
 
P
V
 
A
L
 
A
I
 
I
T
 
T
S
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
V

4ry9A Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
28% identity, 84% coverage: 42:316/326 of query aligns to 7:287/297 of 4ry9A

query
sites
4ry9A
V
 
V
S
 
S
F
 
M
N
x
K
D
 
T
L
 
L
S
 
S
Q
 
A
P
 
P
F
x
Y
F
|
F
V
 
A
A
 
A
M
 
Q
R
 
M
R
 
E
E
 
A
L
 
A
E
 
K
D
 
A
E
 
R
A
 
G
A
 
K
K
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
K
 
E
V
 
V
Q
 
L
V
 
A
L
 
T
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
N
 
G
N
 
K
S
 
L
S
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
D
 
D
L
 
V
Q
 
E
A
 
D
A
 
L
A
 
V
V
 
T
Q
 
R
G
 
G
A
 
V
K
 
K
V
 
L
V
 
L
I
 
I
V
 
I
A
 
N
P
 
P
T
 
A
D
 
D
S
 
S
K
 
E
A
 
G
L
 
L
A
 
V
G
 
N
A
 
A
A
 
V
D
 
N
D
 
N
L
 
A
V
 
S
E
 
A
Q
 
N
G
 
G
V
 
V
A
 
K
V
 
V
I
 
V
S
 
V
V
 
I
D
|
D
R
x
S
N
 
T
I
 
L
A
 
N
G
 
P
G
 
R
K
 
A
T
 
N
A
 
F
V
 
V
P
 
T
H
 
Q
V
 
V
G
 
Q
A
 
S
D
 
S
N
 
N
V
 
S
A
 
I
G
 
N
G
 
G
R
 
A
A
 
L
M
 
V
A
 
G
D
 
H
W
 
W
V
 
V
V
 
I
K
 
E
T
 
E
Y
 
V
P
 
G
A
 
N
G
 
K
A
 
S
-
 
L
R
 
K
V
 
I
V
 
A
V
 
L
I
 
L
T
 
S
N
 
G
D
 
E
P
 
K
G
 
G
S
x
N
S
 
P
S
 
V
S
 
G
I
 
Q
E
 
E
R
|
R
V
 
R
K
 
L
G
 
G
V
 
V
H
 
L
D
 
S
G
 
G
L
 
I
-
 
I
-
 
E
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
R
A
 
K
A
 
F
G
 
G
G
 
K
P
 
A
A
 
D
F
 
L
K
 
T
I
 
V
V
 
V
T
 
G
E
 
Q
Q
 
G
T
 
W
A
 
G
N
 
H
S
x
W
K
 
N
R
 
D
D
 
E
Q
 
G
A
 
G
L
 
L
T
 
K
V
 
A
T
 
M
Q
 
E
N
 
D
I
 
L
L
 
L
T
 
V
S
 
A
M
 
N
R
 
K
D
 
D
T
 
I
P
 
-
P
 
-
D
 
N
V
 
M
I
 
V
L
 
L
C
 
G
L
 
E
N
|
N
D
 
D
D
 
S
M
 
M
A
 
V
M
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
R
E
 
R
A
 
A
V
 
I
R
 
E
A
 
S
A
 
A
G
 
G
L
 
-
D
 
R
S
 
T
A
 
G
K
 
I
V
 
L
K
 
L
V
 
V
I
 
A
G
 
A
F
 
A
D
|
D
A
 
A
I
 
Q
P
 
K
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
L
I
 
I
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
E
 
K
M
 
Y
V
 
G
A
 
V
T
 
T
V
 
G
E
 
L
Q
 
N
N
 
D
P
 
P
G
 
A
L
 
L
Q
 
V
I
 
A
R
 
R
T
 
T
A
 
A
L
 
I
R
 
D
Q
 
L
A
 
G
V
 
V
D
 
K
K
 
V
I
 
V
K
 
K
S
 
G
G
 
E
A
 
V
-
 
K
-
 
D
A
 
V
L
 
P
K
 
K
S
 
Q
V
 
T
S
 
L
L
 
T
K
 
T
P
 
P
V
 
A
L
 
A
I
 
I
T
 
T
S
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
V

6hyhA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with beta-d-fucofuranose (see paper)
30% identity, 67% coverage: 63:282/326 of query aligns to 27:249/304 of 6hyhA

query
sites
6hyhA
A
 
A
A
 
E
K
 
E
L
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
N
V
 
L
Q
 
K
V
 
F
L
 
A
D
 
D
A
 
A
Q
 
N
N
 
G
N
 
E
S
 
Q
S
 
E
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
D
 
A
L
 
I
Q
 
R
A
 
S
A
 
F
A
 
I
V
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
A
 
V
K
 
D
V
 
V
V
 
I
I
 
A
V
 
F
A
 
S
P
 
P
T
 
V
D
 
V
S
 
R
K
 
T
A
 
G
L
 
W
A
x
D
G
 
A
A
 
V
A
 
L
D
 
Q
D
 
E
L
 
T
V
 
K
E
 
N
Q
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
P
V
 
V
I
 
I
S
 
L
V
 
T
D
|
D
R
|
R
N
 
A
I
 
V
A
 
D
G
 
T
G
 
Q
K
x
D
T
 
T
A
 
D
V
 
V
-
 
Y
-
 
K
P
 
T
H
 
F
V
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
D
N
x
F
V
 
I
A
 
E
G
 
E
G
 
G
R
 
R
A
 
R
M
 
A
A
 
G
D
 
Q
W
 
W
V
 
V
V
 
A
K
 
D
T
 
Q
Y
 
Y
P
 
A
A
 
S
G
 
A
A
 
T
-
 
G
-
 
P
-
 
V
R
 
N
V
 
I
V
 
V
V
 
Q
I
 
L
T
 
E
N
 
G
D
 
T
P
 
T
G
 
G
S
 
A
S
x
D
S
x
P
S
 
A
I
 
I
E
x
D
R
|
R
V
 
K
K
 
T
G
 
G
V
 
F
H
 
A
D
 
E
G
 
G
L
 
I
A
 
S
A
 
K
G
 
-
G
 
N
P
 
P
A
 
N
F
 
L
K
 
K
I
 
I
V
 
V
T
 
A
E
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
G
N
 
D
S
x
F
K
 
T
R
 
R
D
 
S
Q
 
G
A
 
G
L
 
K
T
 
Q
V
 
V
T
 
M
Q
 
E
N
 
A
I
 
F
L
 
L
T
 
K
S
 
S
M
 
-
R
 
-
D
 
-
T
 
T
P
 
P
P
 
Q
-
 
I
D
 
D
V
 
V
I
 
V
L
 
F
C
 
A
L
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
G
M
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
M
E
 
E
A
 
A
V
 
I
R
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
K
D
 
K
-
 
P
S
 
G
A
 
T
K
 
D
V
 
I
K
 
K
V
 
I
I
 
V
G
 
A
F
 
V
D
|
D
A
 
A
I
 
T
P
 
H
E
 
D
A
 
G
L
 
M
A
 
Q
R
 
A
I
 
L
K
 
A
A
 
D
G
 
G
E
 
K
M
 
F
V
 
N
A
 
Y
T
 
I
V
 
V
E
|
E
Q
 
C
N
 
N
P
 
P
G
 
L
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6hbmA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with alpha-l-arabinofuranose (see paper)
30% identity, 67% coverage: 63:282/326 of query aligns to 27:249/304 of 6hbmA

query
sites
6hbmA
A
 
A
A
 
E
K
 
E
L
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
N
V
 
L
Q
 
K
V
 
F
L
 
A
D
 
D
A
 
A
Q
 
N
N
 
G
N
 
E
S
 
Q
S
 
E
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
D
 
A
L
 
I
Q
 
R
A
 
S
A
 
F
A
 
I
V
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
A
 
V
K
 
D
V
 
V
V
 
I
I
 
A
V
 
F
A
 
S
P
 
P
T
 
V
D
 
V
S
 
R
K
 
T
A
 
G
L
 
W
A
x
D
G
 
A
A
 
V
A
 
L
D
 
Q
D
 
E
L
 
T
V
 
K
E
 
N
Q
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
P
V
 
V
I
 
I
S
 
L
V
 
T
D
|
D
R
|
R
N
 
A
I
 
V
A
 
D
G
 
T
G
 
Q
K
x
D
T
 
T
A
 
D
V
 
V
-
 
Y
-
 
K
P
 
T
H
 
F
V
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
D
N
 
F
V
 
I
A
 
E
G
 
E
G
 
G
R
 
R
A
 
R
M
 
A
A
 
G
D
 
Q
W
 
W
V
 
V
V
 
A
K
 
D
T
 
Q
Y
 
Y
P
 
A
A
 
S
G
 
A
A
 
T
-
 
G
-
 
P
-
 
V
R
 
N
V
 
I
V
 
V
V
 
Q
I
 
L
T
 
E
N
 
G
D
 
T
P
 
T
G
 
G
S
 
A
S
 
D
S
 
P
S
 
A
I
 
I
E
 
D
R
|
R
V
 
K
K
 
T
G
 
G
V
 
F
H
 
A
D
 
E
G
 
G
L
 
I
A
 
S
A
 
K
G
 
-
G
 
N