SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing CCNA_01959 FitnessBrowser__Caulo:CCNA_01959 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2cjfA Type ii dehydroquinase inhibitor complex (see paper)
57% identity, 92% coverage: 4:138/146 of query aligns to 7:142/149 of 2cjfA

query
sites
2cjfA
P
 
P
I
 
I
H
 
M
V
 
I
L
 
L
S
 
N
G
 
G
P
 
P
N
|
N
L
|
L
N
 
N
L
|
L
L
|
L
G
 
G
T
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
E
 
E
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
K
 
S
D
 
D
T
 
T
L
 
L
D
 
A
D
 
D
V
 
V
R
 
E
T
 
A
R
 
L
C
 
C
E
 
V
A
 
K
R
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
A
R
 
H
G
 
G
V
 
G
S
 
T
V
 
V
V
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
H
 
H
E
 
E
G
 
G
V
 
E
L
 
L
I
 
V
D
 
D
W
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
E
A
 
A
R
 
R
E
 
L
S
 
N
A
 
H
S
 
C
A
 
G
L
 
I
V
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
G
x
A
Y
 
Y
G
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
N
T
 
T
L
 
C
S
 
D
-
 
G
I
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
V
E
 
E
C
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
P
 
I
A
 
H
A
 
Q
R
 
R
E
 
E
E
 
P
F
 
F
R
|
R
R
 
H
H
 
H
T
 
S
Y
 
Y
V
 
V
S
 
S
L
 
Q
A
 
R
A
 
A
T
 
D
G
 
G
I
 
V
V
 
V
S
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
A
 
V
A
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
E
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
E
 
E

2bt4A Type ii dehydroquinase inhibitor complex (see paper)
57% identity, 92% coverage: 4:138/146 of query aligns to 7:142/149 of 2bt4A

query
sites
2bt4A
P
 
P
I
 
I
H
 
M
V
 
I
L
 
L
S
 
N
G
 
G
P
 
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
|
L
L
 
L
G
 
G
T
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
E
 
E
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
K
 
S
D
 
D
T
 
T
L
 
L
D
 
A
D
 
D
V
 
V
R
 
E
T
 
A
R
 
L
C
 
C
E
 
V
A
 
K
R
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
A
R
 
H
G
 
G
V
 
G
S
 
T
V
 
V
V
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
H
 
H
E
 
E
G
 
G
V
 
E
L
 
L
I
 
V
D
 
D
W
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
E
A
 
A
R
 
R
E
 
L
S
 
N
A
 
H
S
 
C
A
 
G
L
 
I
V
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
G
x
A
Y
 
Y
G
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
N
T
 
T
L
 
C
S
 
D
-
 
G
I
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
V
E
 
E
C
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
P
 
I
A
 
H
A
 
Q
R
 
R
E
 
E
E
 
P
F
 
F
R
|
R
R
 
H
H
 
H
T
 
S
Y
 
Y
V
 
V
S
 
S
L
 
Q
A
 
R
A
 
A
T
 
D
G
 
G
I
 
V
V
 
V
S
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
A
 
V
A
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
E
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
E
 
E

1gu1A Crystal structure of type ii dehydroquinase from streptomyces coelicolor complexed with 2,3-anhydro-quinic acid (see paper)
57% identity, 92% coverage: 4:138/146 of query aligns to 7:142/149 of 1gu1A

query
sites
1gu1A
P
 
P
I
 
I
H
 
M
V
 
I
L
 
L
S
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
|
L
N
 
N
L
 
L
L
|
L
G
 
G
T
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
E
 
E
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
K
 
S
D
 
D
T
 
T
L
 
L
D
 
A
D
 
D
V
 
V
R
 
E
T
 
A
R
 
L
C
 
C
E
 
V
A
 
K
R
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
A
R
 
H
G
 
G
V
 
G
S
 
T
V
 
V
V
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
H
 
H
E
 
E
G
 
G
V
 
E
L
 
L
I
 
V
D
 
D
W
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
E
A
 
A
R
 
R
E
 
L
S
 
N
A
 
H
S
 
C
A
 
G
L
 
I
V
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
G
x
A
Y
 
Y
G
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
N
T
 
T
L
 
C
S
 
D
-
 
G
I
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
V
E
|
E
C
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
P
 
I
A
 
H
A
 
Q
R
|
R
E
 
E
E
 
P
F
 
F
R
|
R
R
 
H
H
 
H
T
 
S
Y
 
Y
V
 
V
S
 
S
L
 
Q
A
 
R
A
 
A
T
 
D
G
 
G
I
 
V
V
 
V
S
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
A
 
V
A
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
E
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
E
 
E

P15474 3-dehydroquinate dehydratase; 3-dehydroquinase; Type II DHQase; EC 4.2.1.10 from Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (see 2 papers)
57% identity, 92% coverage: 4:138/146 of query aligns to 9:144/157 of P15474

query
sites
P15474
P
 
P
I
 
I
H
 
M
V
 
I
L
 
L
S
 
N
G
 
G
P
 
P
N
 
N
L
 
L
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
T
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
E
 
E
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
K
 
S
D
 
D
T
 
T
L
 
L
D
 
A
D
 
D
V
 
V
R
 
E
T
 
A
R
 
L
C
 
C
E
 
V
A
 
K
R
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
A
R
 
H
G
 
G
V
 
G
S
 
T
V
 
V
V
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
H
 
H
E
 
E
G
 
G
V
 
E
L
 
L
I
 
V
D
 
D
W
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
E
A
 
A
R
 
R
E
 
L
S
 
N
A
 
H
S
 
C
A
 
G
L
 
I
V
 
V
I
 
I
N
 
N
P
 
P
A
 
A
G
 
A
Y
 
Y
G
 
S
H
 
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
N
T
 
T
L
 
C
S
 
D
-
 
G
I
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
V
E
 
E
C
 
V
H
 
H
L
 
I
S
 
S
N
 
N
P
 
I
A
 
H
A
 
Q
R
 
R
E
 
E
E
 
P
F
 
F
R
 
R
R
 
H
H
 
H
T
 
S
Y
 
Y
V
 
V
S
 
S
L
 
Q
A
 
R
A
 
A
T
 
D
G
 
G
I
 
V
V
 
V
S
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
A
 
V
A
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
E
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
E
 
E

Sites not aligning to the query:

1v1jA Crystal structure of type ii dehydroquintae dehydratase from streptomyces coelicolor in complex with 3-fluoro (see paper)
57% identity, 92% coverage: 4:138/146 of query aligns to 8:143/150 of 1v1jA

query
sites
1v1jA
P
 
P
I
 
I
H
 
M
V
 
I
L
 
L
S
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
T
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
E
 
E
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
K
 
S
D
 
D
T
 
T
L
 
L
D
 
A
D
 
D
V
 
V
R
 
E
T
 
A
R
 
L
C
 
C
E
 
V
A
 
K
R
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
A
R
 
H
G
 
G
V
 
G
S
 
T
V
 
V
V
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
H
 
H
E
 
E
G
 
G
V
 
E
L
 
L
I
 
V
D
 
D
W
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
E
A
 
A
R
 
R
E
 
L
S
 
N
A
 
H
S
 
C
A
 
G
L
 
I
V
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
G
x
A
Y
 
Y
G
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
N
T
 
T
L
 
C
S
 
D
-
 
G
I
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
V
E
|
E
C
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
P
 
I
A
 
H
A
 
Q
R
|
R
E
 
E
E
 
P
F
 
F
R
|
R
R
 
H
H
 
H
T
 
S
Y
 
Y
V
 
V
S
 
S
L
 
Q
A
 
R
A
 
A
T
 
D
G
 
G
I
 
V
V
 
V
S
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
A
 
V
A
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
E
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
E
 
E

1gtzA Structure of streptomyces coelicolor type ii dehydroquinase r23a mutant in complex with dehydroshikimate (see paper)
57% identity, 92% coverage: 4:138/146 of query aligns to 7:142/149 of 1gtzA

query
sites
1gtzA
P
 
P
I
 
I
H
 
M
V
 
I
L
 
L
S
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
T
 
Q
R
x
A
E
 
Q
P
 
P
E
 
E
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
K
 
S
D
 
D
T
 
T
L
 
L
D
 
A
D
 
D
V
 
V
R
 
E
T
 
A
R
 
L
C
 
C
E
 
V
A
 
K
R
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
A
R
 
H
G
 
G
V
 
G
S
 
T
V
 
V
V
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
H
 
H
E
 
E
G
 
G
V
 
E
L
 
L
I
 
V
D
 
D
W
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
E
A
 
A
R
 
R
E
 
L
S
 
N
A
 
H
S
 
C
A
 
G
L
 
I
V
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
G
x
A
Y
 
Y
G
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
N
T
 
T
L
 
C
S
 
D
-
 
G
I
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
V
E
|
E
C
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
P
 
I
A
 
H
A
 
Q
R
|
R
E
 
E
E
 
P
F
 
F
R
|
R
R
 
H
H
 
H
T
 
S
Y
 
Y
V
 
V
S
 
S
L
 
Q
A
 
R
A
 
A
T
 
D
G
 
G
I
 
V
V
 
V
S
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
A
 
V
A
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
E
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
E
 
E

8idrC Crystal structure of apo-form of dehydroquinate dehydratase from corynebacterium glutamicum (see paper)
55% identity, 90% coverage: 7:138/146 of query aligns to 6:137/147 of 8idrC

query
sites
8idrC
V
 
L
L
 
L
S
 
N
G
 
G
P
 
P
N
 
N
L
 
L
N
 
N
L
 
M
L
 
L
G
 
G
T
 
K
R
 
R
E
 
E
P
 
P
E
 
D
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
K
 
H
D
 
D
T
 
T
L
 
L
D
 
E
D
 
D
V
 
V
R
 
V
T
 
A
R
 
L
C
 
A
E
 
T
A
 
A
R
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
K
R
 
H
G
 
G
V
 
L
S
 
E
V
 
V
V
 
E
F
 
A
R
 
L
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
H
 
H
E
 
E
G
 
G
V
 
E
L
 
L
I
 
I
D
 
D
W
 
A
V
 
L
H
 
H
E
 
N
A
 
A
R
 
R
E
 
G
S
 
T
A
 
H
S
 
I
A
 
G
L
 
C
V
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
x
G
G
 
G
Y
 
L
G
 
T
H
 
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
V
K
 
K
T
 
A
L
 
S
S
 
E
I
 
L
P
 
P
V
 
T
I
 
V
E
 
E
C
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
P
 
P
A
 
H
A
 
A
R
 
R
E
 
E
E
 
E
F
 
F
R
 
R
R
 
H
H
 
H
T
 
S
Y
 
Y
V
 
I
S
 
S
L
 
L
A
 
A
A
 
A
T
 
V
G
 
S
I
 
V
V
 
I
S
 
A
G
 
G
F
 
A
G
 
G
A
 
I
A
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
E
 
R
L
 
F
A
 
A
I
 
V
E
 
D

8iduA Crystal structure of substrate bound-form dehydroquinate dehydratase from corynebacterium glutamicum (see paper)
54% identity, 92% coverage: 5:138/146 of query aligns to 4:137/145 of 8iduA

query
sites
8iduA
I
 
I
H
 
L
V
 
L
L
 
L
S
 
N
G
 
G
P
 
P
N
 
N
L
 
L
N
 
N
L
 
M
L
 
L
G
 
G
T
 
K
R
 
A
E
 
E
P
 
P
E
 
D
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
K
 
H
D
 
D
T
 
T
L
 
L
D
 
E
D
 
D
V
 
V
R
 
V
T
 
A
R
 
L
C
 
A
E
 
T
A
 
A
R
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
K
R
 
H
G
 
G
V
 
L
S
 
E
V
 
V
V
 
E
F
 
A
R
 
L
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
H
 
H
E
 
E
G
 
G
V
 
E
L
 
L
I
 
I
D
 
D
W
 
A
V
 
L
H
 
H
E
 
N
A
 
A
R
 
R
E
 
G
S
 
T
A
 
H
S
 
I
A
 
G
L
 
C
V
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
G
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
V
K
 
K
T
 
A
L
 
S
S
 
E
I
 
L
P
 
P
V
 
T
I
 
V
E
 
E
C
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
P
 
P
A
 
H
A
 
A
R
 
R
E
 
E
E
 
E
F
 
F
R
|
R
R
 
H
H
 
H
T
 
S
Y
 
Y
V
 
I
S
 
S
L
 
L
A
 
A
A
 
A
T
 
V
G
 
S
I
 
V
V
 
I
S
 
A
G
 
G
F
 
A
G
 
G
A
 
I
A
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
E
 
R
L
 
F
A
 
A
I
 
V
E
 
D

3n8kM Type ii dehydroquinase from mycobacterium tuberculosis complexed with citrazinic acid (see paper)
48% identity, 91% coverage: 5:137/146 of query aligns to 12:144/151 of 3n8kM

query
sites
3n8kM
I
 
V
H
 
N
V
 
V
L
 
I
S
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
E
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
K
 
G
D
 
T
T
 
T
L
 
H
D
 
D
D
 
E
V
 
L
R
 
V
T
 
A
R
 
L
C
 
I
E
 
E
A
 
R
R
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
E
R
 
L
G
 
G
V
 
L
S
 
K
V
 
A
V
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
D
H
 
S
E
 
E
G
 
A
V
 
Q
L
 
L
I
 
L
D
 
D
W
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
Q
A
 
A
R
 
A
E
 
D
S
 
A
A
 
A
S
 
E
A
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
G
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
T
 
E
L
 
L
S
 
S
I
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
C
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
P
 
V
A
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
E
 
E
F
 
F
R
|
R
R
 
R
H
 
H
T
 
S
Y
 
Y
V
 
L
S
 
S
L
 
P
A
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
G
I
 
V
V
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
I
 
L

4b6pA Structure of mycobacterium tuberculosis type ii dehydroquinase inhibited by (2s)-2-perfluorobenzyl-3-dehydroquinic acid (see paper)
48% identity, 91% coverage: 5:137/146 of query aligns to 3:135/142 of 4b6pA

query
sites
4b6pA
I
 
V
H
 
N
V
 
V
L
 
I
S
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
|
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
E
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
K
 
G
D
 
T
T
 
T
L
 
H
D
 
D
D
 
E
V
 
L
R
 
V
T
 
A
R
 
L
C
 
I
E
 
E
A
 
R
R
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
E
R
 
L
G
 
G
V
 
L
S
 
K
V
 
A
V
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
D
H
 
S
E
 
E
G
 
A
V
 
Q
L
 
L
I
 
L
D
 
D
W
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
Q
A
 
A
R
 
A
E
 
D
S
 
A
A
 
A
S
 
E
A
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
G
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
T
 
E
L
 
L
S
 
S
I
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
C
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
P
 
V
A
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
E
 
E
F
 
F
R
|
R
R
 
R
H
 
H
T
 
S
Y
 
Y
V
 
L
S
 
S
L
 
P
A
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
G
I
 
V
V
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
I
 
L

4cl0A Structure of the mycobacterium tuberculosis type ii dehydroquinase inhibited by a 3-dehydroquinic acid derivative
48% identity, 91% coverage: 5:137/146 of query aligns to 3:135/140 of 4cl0A

query
sites
4cl0A
I
 
V
H
 
N
V
 
V
L
 
I
S
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
E
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
K
 
G
D
 
T
T
 
T
L
 
H
D
 
D
D
 
E
V
 
L
R
 
V
T
 
A
R
 
L
C
 
I
E
 
E
A
 
R
R
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
E
R
 
L
G
 
G
V
 
L
S
 
K
V
 
A
V
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
D
H
 
S
E
 
E
G
 
A
V
 
Q
L
 
L
I
 
L
D
 
D
W
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
Q
A
 
A
R
 
A
E
 
D
S
 
A
A
 
A
S
 
E
A
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
G
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
T
 
E
L
 
L
S
 
S
I
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
C
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
P
 
V
A
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
E
 
E
F
 
F
R
|
R
R
 
R
H
 
H
T
 
S
Y
 
Y
V
 
L
S
 
S
L
 
P
A
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
G
I
 
V
V
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
I
 
L

4b6oA Structure of mycobacterium tuberculosis type ii dehydroquinase inhibited by (2s)-2-(4-methoxy)benzyl-3-dehydroquinic acid (see paper)
48% identity, 91% coverage: 5:137/146 of query aligns to 4:136/142 of 4b6oA

query
sites
4b6oA
I
 
V
H
 
N
V
 
V
L
 
I
S
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
E
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
K
 
G
D
 
T
T
 
T
L
 
H
D
 
D
D
 
E
V
 
L
R
 
V
T
 
A
R
 
L
C
 
I
E
 
E
A
 
R
R
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
E
R
 
L
G
 
G
V
 
L
S
 
K
V
 
A
V
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
D
H
 
S
E
 
E
G
 
A
V
 
Q
L
 
L
I
 
L
D
 
D
W
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
Q
A
 
A
R
 
A
E
 
D
S
 
A
A
 
A
S
 
E
A
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
G
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
T
 
E
L
 
L
S
 
S
I
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
C
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
P
 
V
A
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
E
 
E
F
 
F
R
|
R
R
 
R
H
 
H
T
 
S
Y
 
Y
V
 
L
S
 
S
L
 
P
A
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
G
I
 
V
V
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
I
 
L

3n59C Type ii dehydroquinase from mycobacterium tuberculosis complexed with 3-dehydroshikimate (see paper)
48% identity, 91% coverage: 5:137/146 of query aligns to 4:136/142 of 3n59C

query
sites
3n59C
I
 
V
H
 
N
V
 
V
L
 
I
S
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
E
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
K
 
G
D
 
T
T
 
T
L
 
H
D
 
D
D
 
E
V
 
L
R
 
V
T
 
A
R
 
L
C
 
I
E
 
E
A
 
R
R
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
E
R
 
L
G
 
G
V
 
L
S
 
K
V
 
A
V
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
D
H
 
S
E
 
E
G
 
A
V
 
Q
L
 
L
I
 
L
D
 
D
W
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
Q
A
 
A
R
 
A
E
 
D
S
 
A
A
 
A
S
 
E
A
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
G
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
T
 
E
L
 
L
S
 
S
I
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
C
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
P
 
V
A
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
E
 
E
F
 
F
R
|
R
R
 
R
H
 
H
T
 
S
Y
 
Y
V
 
L
S
 
S
L
 
P
A
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
G
I
 
V
V
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
I
 
L

3n76A Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase from mycobacterium tuberculosis in complex with compound 5 (see paper)
48% identity, 91% coverage: 5:137/146 of query aligns to 4:136/143 of 3n76A

query
sites
3n76A
I
 
V
H
 
N
V
 
V
L
 
I
S
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
x
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
E
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
K
 
G
D
 
T
T
 
T
L
 
H
D
 
D
D
 
E
V
 
L
R
 
V
T
 
A
R
 
L
C
 
I
E
 
E
A
 
R
R
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
E
R
 
L
G
 
G
V
 
L
S
 
K
V
 
A
V
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
D
H
 
S
E
 
E
G
 
A
V
 
Q
L
 
L
I
 
L
D
 
D
W
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
Q
A
 
A
R
 
A
E
 
D
S
 
A
A
 
A
S
 
E
A
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
G
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
T
 
E
L
 
L
S
 
S
I
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
C
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
P
 
V
A
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
E
 
E
F
 
F
R
|
R
R
 
R
H
 
H
T
 
S
Y
 
Y
V
 
L
S
 
S
L
 
P
A
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
G
I
 
V
V
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
I
 
L

4kiwA Design and structural analysis of aromatic inhibitors of type ii dehydroquinate dehydratase from mycobacterium tuberculosis - compound 49e [5-[(3-nitrobenzyl)amino]benzene-1,3-dicarboxylic acid] (see paper)
48% identity, 91% coverage: 5:137/146 of query aligns to 3:135/141 of 4kiwA

query
sites
4kiwA
I
 
V
H
 
N
V
 
V
L
 
I
S
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
|
L
N
 
G
L
x
R
L
|
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
E
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
K
 
G
D
 
T
T
 
T
L
 
H
D
 
D
D
 
E
V
 
L
R
 
V
T
 
A
R
 
L
C
 
I
E
 
E
A
 
R
R
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
E
R
 
L
G
 
G
V
 
L
S
 
K
V
 
A
V
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
D
H
 
S
E
 
E
G
 
A
V
 
Q
L
 
L
I
 
L
D
 
D
W
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
Q
A
 
A
R
 
A
E
 
D
S
 
A
A
 
A
S
 
E
A
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
G
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
T
 
E
L
 
L
S
 
S
I
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
C
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
P
x
V
A
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
E
 
E
F
 
F
R
|
R
R
 
R
H
 
H
T
 
S
Y
 
Y
V
 
L
S
 
S
L
 
P
A
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
G
I
 
V
V
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
I
 
L

4kiuA Design and structural analysis of aromatic inhibitors of type ii dehydroquinate dehydratase from mycobacterium tuberculosis - compound 49d [5-[(3-nitrobenzyl)oxy]benzene-1,3-dicarboxylic acid] (see paper)
48% identity, 91% coverage: 5:137/146 of query aligns to 3:135/141 of 4kiuA

query
sites
4kiuA
I
 
V
H
 
N
V
 
V
L
 
I
S
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
x
R
L
|
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
|
E
P
 
P
E
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
K
 
G
D
 
T
T
 
T
L
 
H
D
 
D
D
 
E
V
 
L
R
 
V
T
 
A
R
 
L
C
 
I
E
 
E
A
 
R
R
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
E
R
 
L
G
 
G
V
 
L
S
 
K
V
 
A
V
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
D
H
 
S
E
 
E
G
 
A
V
 
Q
L
 
L
I
 
L
D
 
D
W
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
Q
A
 
A
R
 
A
E
 
D
S
 
A
A
 
A
S
 
E
A
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
G
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
T
 
E
L
 
L
S
 
S
I
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
C
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
P
 
V
A
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
E
 
E
F
 
F
R
|
R
R
 
R
H
 
H
T
 
S
Y
 
Y
V
 
L
S
 
S
L
 
P
A
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
G
I
 
V
V
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
I
 
L

4ciwA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis type 2 dehydroquinase in complex with (1r,4r,5r)-1,4,5-trihydroxy-3-(2-hydroxy) ethylcyclohex-2-ene-1-carboxylic acid (see paper)
48% identity, 91% coverage: 5:137/146 of query aligns to 3:135/141 of 4ciwA

query
sites
4ciwA
I
 
V
H
 
N
V
 
V
L
 
I
S
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
E
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
K
 
G
D
 
T
T
 
T
L
 
H
D
 
D
D
 
E
V
 
L
R
 
V
T
 
A
R
 
L
C
 
I
E
 
E
A
 
R
R
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
E
R
 
L
G
 
G
V
 
L
S
 
K
V
 
A
V
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
D
H
 
S
E
 
E
G
 
A
V
 
Q
L
 
L
I
 
L
D
 
D
W
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
Q
A
 
A
R
 
A
E
 
D
S
 
A
A
 
A
S
 
E
A
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
G
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
T
 
E
L
 
L
S
 
S
I
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
C
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
P
 
V
A
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
E
 
E
F
 
F
R
|
R
R
 
R
H
 
H
T
 
S
Y
 
Y
V
 
L
S
 
S
L
 
P
A
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
G
I
 
V
V
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
I
 
L

3n87A Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase from mycobacterium tuberculosis in complex with inhibitor 3 (see paper)
48% identity, 91% coverage: 5:137/146 of query aligns to 3:135/141 of 3n87A

query
sites
3n87A
I
 
V
H
 
N
V
 
V
L
 
I
S
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
E
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
K
 
G
D
 
T
T
 
T
L
 
H
D
 
D
D
 
E
V
 
L
R
 
V
T
 
A
R
 
L
C
 
I
E
 
E
A
 
R
R
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
E
R
 
L
G
 
G
V
 
L
S
 
K
V
 
A
V
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
D
H
 
S
E
 
E
G
 
A
V
 
Q
L
 
L
I
 
L
D
 
D
W
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
Q
A
 
A
R
 
A
E
 
D
S
 
A
A
 
A
S
 
E
A
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
G
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
T
 
E
L
 
L
S
 
S
I
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
C
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
P
 
V
A
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
E
 
E
F
 
F
R
|
R
R
 
R
H
 
H
T
 
S
Y
 
Y
V
 
L
S
 
S
L
 
P
A
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
G
I
 
V
V
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
I
 
L

3n86A Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase from mycobacterium tuberculosis in complex with inhibitor 4 (see paper)
48% identity, 91% coverage: 5:137/146 of query aligns to 3:135/141 of 3n86A

query
sites
3n86A
I
 
V
H
 
N
V
 
V
L
 
I
S
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
x
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
|
E
P
 
P
E
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
K
 
G
D
 
T
T
 
T
L
 
H
D
 
D
D
 
E
V
 
L
R
 
V
T
 
A
R
 
L
C
 
I
E
 
E
A
 
R
R
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
E
R
 
L
G
 
G
V
 
L
S
 
K
V
 
A
V
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
D
H
 
S
E
 
E
G
 
A
V
 
Q
L
 
L
I
 
L
D
 
D
W
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
Q
A
 
A
R
 
A
E
 
D
S
 
A
A
 
A
S
 
E
A
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
G
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
|
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
T
x
E
L
 
L
S
 
S
I
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
C
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
P
 
V
A
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
E
 
E
F
 
F
R
|
R
R
 
R
H
 
H
T
 
S
Y
 
Y
V
 
L
S
 
S
L
 
P
A
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
G
I
 
V
V
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
I
 
L

2xb8A Structure of mycobacterium tuberculosis type ii dehydroquinase in complex with inhibitor compound (2r)-2-(4-methoxybenzyl)-3- dehydroquinic acid (see paper)
48% identity, 91% coverage: 5:137/146 of query aligns to 3:135/141 of 2xb8A

query
sites
2xb8A
I
 
V
H
 
N
V
 
V
L
 
I
S
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
|
L
N
 
G
L
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
E
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
K
 
G
D
 
T
T
 
T
L
 
H
D
 
D
D
 
E
V
 
L
R
 
V
T
 
A
R
 
L
C
 
I
E
 
E
A
 
R
R
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
E
R
 
L
G
 
G
V
 
L
S
 
K
V
 
A
V
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
D
H
 
S
E
 
E
G
 
A
V
 
Q
L
 
L
I
 
L
D
 
D
W
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
Q
A
 
A
R
 
A
E
 
D
S
 
A
A
 
A
S
 
E
A
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
G
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
T
 
E
L
 
L
S
 
S
I
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
C
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
P
x
V
A
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
E
 
E
F
 
F
R
|
R
R
 
R
H
 
H
T
 
S
Y
 
Y
V
 
L
S
 
S
L
 
P
A
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
G
I
 
V
V
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
I
 
L

Query Sequence

>CCNA_01959 FitnessBrowser__Caulo:CCNA_01959
MVKPIHVLSGPNLNLLGTREPEIYGKDTLDDVRTRCEARAASRGVSVVFRQSNHEGVLID
WVHEARESASALVINPAGYGHTSIALLDALKTLSIPVIECHLSNPAAREEFRRHTYVSLA
ATGIVSGFGAASYELAIEAAFGLIRA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory