SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Dsui_0323 Dsui_0323 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6yswA E. Coli anaerobic trifunctional enzyme subunit-alpha in complex with coenzyme a
34% identity, 98% coverage: 14:642/645 of query aligns to 4:665/707 of 6yswA

query
sites
6yswA
W
 
F
H
 
T
L
 
L
T
 
N
R
 
V
E
 
R
A
 
L
D
 
D
G
 
N
L
 
I
A
 
A
W
 
V
L
 
I
S
 
T
L
 
I
D
 
D
K
 
V
A
 
P
G
 
G
E
|
E
S
 
K
A
x
M
N
 
N
S
x
T
L
 
L
S
 
K
K
 
A
A
 
E
V
 
F
M
 
A
A
 
S
E
 
Q
L
 
V
S
 
R
G
 
A
V
 
I
L
 
I
D
 
K
E
 
Q
L
 
L
-
 
R
D
 
E
R
 
N
Q
 
K
P
 
E
P
 
L
K
 
R
A
 
G
L
 
V
I
 
V
I
 
F
R
 
V
S
 
S
A
 
A
K
 
K
S
 
P
A
 
D
G
 
N
F
 
F
I
 
I
A
|
A
G
 
G
A
|
A
D
|
D
I
|
I
S
x
N
E
 
M
F
x
I
D
 
G
Q
 
N
L
 
C
D
 
K
S
 
T
P
 
A
E
 
Q
A
 
E
A
 
A
K
 
E
A
 
A
M
 
L
V
x
A
A
 
R
R
 
Q
G
 
G
W
x
Q
E
 
Q
L
 
L
F
 
M
N
 
A
R
 
E
L
 
I
A
 
H
A
 
A
V
 
L
P
 
P
Y
 
I
P
 
Q
T
 
V
L
 
I
A
 
A
L
 
A
V
 
I
R
 
H
G
 
G
H
 
A
C
 
C
L
 
L
G
 
G
G
|
G
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
C
R
 
H
T
 
G
L
 
R
L
 
V
V
 
C
V
 
T
D
 
D
E
 
D
P
 
P
G
 
K
T
 
T
K
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
L
P
|
P
E
|
E
V
 
V
M
 
Q
L
|
L
G
 
G
I
 
L
F
 
L
P
 
P
G
|
G
W
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
T
L
 
Q
R
 
R
L
 
L
P
 
P
R
 
R
R
 
L
V
 
I
G
 
G
P
 
V
A
 
S
V
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
E
L
 
M
M
 
I
L
 
L
A
 
T
G
 
G
K
 
K
T
 
Q
V
 
L
D
 
R
A
 
A
K
 
K
K
 
Q
A
 
A
K
 
L
R
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
V
D
 
D
E
 
D
C
 
V
V
 
V
P
 
P
P
 
H
R
 
S
V
 
I
M
 
L
E
 
L
S
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
V
Q
 
E
L
 
L
A
 
A
L
 
K
N
 
K
P
 
E
-
 
R
P
 
P
S
 
S
R
 
S
K
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
L
 
V
L
 
R
Q
 
E
R
 
R
L
 
I
F
 
L
L
 
A
G
 
G
P
 
P
L
 
L
-
 
G
R
 
R
G
 
A
V
 
L
V
 
L
A
 
F
G
 
K
Q
 
M
A
 
V
R
 
G
K
 
K
Q
 
K
V
 
T
A
 
E
K
 
H
R
 
K
A
 
T
R
 
Q
P
 
G
E
 
-
H
 
N
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
P
 
T
Y
 
E
A
 
R
I
 
I
I
 
L
D
 
E
L
 
V
-
 
V
-
 
E
-
 
T
-
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
Q
-
 
G
-
 
T
W
 
S
A
 
S
K
 
G
Y
 
Y
D
|
D
G
 
A
N
 
E
A
 
A
L
 
R
A
 
A
A
 
F
P
 
G
E
 
E
I
 
L
T
 
A
D
 
-
R
 
-
I
 
-
V
 
-
R
 
M
S
 
T
A
 
P
T
 
Q
A
 
S
R
 
Q
N
 
A
L
 
L
V
 
R
R
 
S
V
 
I
F
|
F
H
x
F
L
 
A
Q
 
S
E
x
T
R
 
D
L
 
V
K
|
K
A
 
-
F
 
-
G
 
-
K
 
K
D
 
D
S
 
P
A
 
G
F
 
S
V
 
D
A
 
A
-
 
P
-
 
P
-
 
A
-
 
P
-
 
L
K
 
N
R
 
S
V
 
V
H
 
G
V
 
I
V
 
L
G
 
G
A
 
G
G
 
G
V
 
L
M
 
M
G
 
G
G
 
G
D
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
Y
W
 
V
C
 
T
A
 
A
G
 
C
R
 
K
-
 
A
G
 
G
L
 
I
T
 
P
V
 
V
T
 
R
L
 
I
Q
 
K
D
 
D
Q
 
I
N
 
N
V
 
P
E
 
Q
R
 
G
I
 
I
A
 
N
P
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
R
 
Y
A
 
S
H
 
W
A
 
D
G
 
Q
F
 
L
A
 
E
R
 
G
R
 
K
I
 
V
R
 
R
D
 
R
K
 
R
L
 
H
Q
 
L
L
 
K
R
 
A
A
 
S
V
 
E
M
 
R
D
 
D
R
 
K
L
 
Q
I
 
L
P
 
A
D
 
L
P
 
I
E
 
S
G
 
G
-
 
T
-
 
T
-
 
D
-
 
Y
H
 
R
G
 
G
A
 
F
A
 
A
H
 
H
A
 
R
D
 
D
V
 
L
V
 
I
I
 
I
E
 
E
A
 
A
I
 
V
F
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
E
A
 
L
K
 
K
H
 
Q
S
 
Q
L
 
M
L
 
V
K
 
A
G
 
E
L
 
V
E
 
E
A
 
Q
R
 
N
M
 
C
K
 
A
P
 
A
D
 
H
A
 
T
V
 
I
L
 
F
A
 
A
T
 
S
N
 
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
L
 
L
K
 
P
L
 
I
E
 
G
D
 
D
I
 
I
R
 
A
T
 
A
V
 
H
L
 
A
Q
 
T
R
 
R
P
 
P
E
 
E
R
 
Q
L
 
V
V
 
I
G
 
G
I
 
L
H
|
H
F
 
F
F
 
F
N
 
S
P
 
P
V
 
V
A
 
E
K
 
K
M
 
M
P
 
P
L
 
L
V
 
V
E
|
E
V
 
I
V
 
I
T
 
P
A
 
H
A
 
A
G
 
G
G
 
T
D
 
S
A
 
A
E
 
Q
V
 
T
T
 
I
R
 
A
Q
 
T
A
 
T
C
 
V
A
 
K
F
 
L
V
 
A
R
 
K
G
 
K
I
 
Q
D
 
G
K
 
K
L
 
T
P
 
P
L
 
I
P
 
V
V
 
V
Q
 
R
S
 
D
A
 
K
P
 
A
G
 
G
F
 
F
L
 
Y
V
 
V
N
|
N
A
 
R
V
 
I
L
 
L
G
 
A
P
 
P
Y
 
Y
L
 
I
L
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
I
R
 
R
C
 
M
V
 
L
D
 
T
E
 
Q
G
 
G
I
 
E
A
 
R
P
 
V
E
 
E
T
 
H
V
 
I
D
 
D
E
 
A
A
 
A
A
 
L
L
 
V
A
 
K
F
 
F
G
 
G
M
 
F
P
 
P
M
 
V
G
 
G
P
 
P
I
 
I
E
 
Q
L
 
L
A
 
L
D
 
D
T
 
E
V
 
V
G
 
G
L
 
I
D
 
D
I
 
T
A
 
G
-
 
T
-
 
K
-
 
I
M
 
I
A
 
P
A
 
V
G
 
L
K
 
E
A
 
A
L
 
A
A
 
Y
G
 
G
N
 
E
G
 
R
T
 
F
E
 
S
P
 
A
P
 
P
K
 
A
C
 
N
L
 
V
V
 
V
Q
 
S
R
 
S
F
 
I
E
 
L
R
 
N
G
 
D
D
 
D
L
 
R
-
 
K
G
 
G
R
 
R
K
 
K
S
 
N
G
 
G
K
 
R
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
A
 
L
Y
 
Y
P
 
-
A
 
G
G
 
Q
K
 
K
I
 
G
Q
 
R
K
 
K
G
 
S
A
 
K
A
 
K
G
 
Q
A
 
V
V
 
D
P
 
P
A
 
A
-
 
I
-
 
Y
-
 
P
-
 
L
-
 
I
-
 
G
-
 
T
-
 
Q
-
 
G
-
 
Q
-
 
G
-
 
R
-
 
I
-
 
S
-
 
A
-
 
P
G
 
Q
L
 
V
A
 
A
E
 
E
R
 
R
L
 
C
V
 
V
Q
 
M
P
 
L
L
 
M
L
 
L
Q
 
N
R
 
E
T
 
A
Q
 
V
Q
 
R
L
 
C
V
 
V
D
 
D
A
 
E
G
 
Q
V
 
V
V
 
I
A
 
R
D
 
S
A
 
V
E
 
R
L
 
D
A
 
G
D
 
D
A
 
I
G
 
G
V
 
A
I
 
V
F
 
F
G
 
G
T
 
I
G
 
G
F
 
F
A
 
P
P
 
P
F
 
F
T
 
L
G
 
G
G
 
G
P
 
P
L
 
F
N
 
R
Y
 
Y
A
 
I
R
 
D
S
 
S

P40939 Trifunctional enzyme subunit alpha, mitochondrial; 78 kDa gastrin-binding protein; Monolysocardiolipin acyltransferase; TP-alpha; EC 2.3.1.-; EC 4.2.1.17; EC 1.1.1.211 from Homo sapiens (Human) (see 5 papers)
30% identity, 98% coverage: 9:639/645 of query aligns to 36:720/763 of P40939

query
sites
P40939
L
 
L
T
 
T
Q
 
R
Q
 
T
H
 
H
W
 
I
H
 
N
L
 
Y
T
 
G
R
 
V
E
 
K
A
 
G
D
 
D
G
 
-
L
 
V
A
 
A
W
 
V
L
 
V
S
 
R
L
 
I
D
 
N
K
 
S
A
 
P
G
 
N
E
 
S
S
 
K
A
 
V
N
 
N
S
 
T
L
 
L
S
 
S
K
 
K
A
 
E
V
 
L
M
 
H
A
 
S
E
 
E
L
 
F
S
 
S
G
 
E
V
 
V
L
 
M
D
 
N
E
 
E
L
 
I
-
 
W
-
 
A
D
 
S
R
 
D
Q
 
Q
P
 
I
P
 
R
K
 
S
A
 
A
L
 
V
I
 
L
I
 
I
R
 
-
S
 
S
A
 
S
K
 
K
S
 
P
A
 
G
G
 
C
F
 
F
I
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
I
S
 
N
E
 
M
F
 
L
D
 
A
Q
 
A
L
 
C
D
 
K
S
 
T
P
 
L
E
 
Q
A
 
E
A
 
V
K
 
T
A
 
Q
M
 
L
V
 
S
A
 
Q
R
 
E
G
 
A
W
 
Q
E
 
R
L
 
I
F
 
V
N
 
E
R
 
K
L
 
L
A
 
E
A
 
K
V
 
S
P
 
T
Y
 
K
P
 
P
T
 
I
L
 
V
A
 
A
L
 
A
V
 
I
R
 
N
G
 
G
H
 
S
C
 
C
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
L
E
 
E
L
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
S
C
 
C
R
 
Q
T
 
Y
L
 
R
L
 
I
V
 
A
V
 
T
D
 
K
E
 
D
P
 
R
G
 
K
T
 
T
K
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
T
P
 
P
E
 
E
V
 
V
M
 
L
L
 
L
G
 
G
I
 
A
F
 
L
P
 
P
G
 
G
W
 
A
G
 
G
G
 
G
M
 
T
L
 
Q
R
 
R
L
 
L
P
 
P
R
 
K
R
 
M
V
 
V
G
 
G
P
 
V
A
 
P
V
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
M
M
 
M
L
 
L
A
 
T
G
 
G
K
 
R
T
 
S
V
 
I
D
 
R
A
 
A
K
 
D
K
 
R
A
 
A
K
 
K
R
 
K
L
 
M
G
 
G
L
 
L
A
 
V
D
 
D
E
 
Q
C
 
L
V
 
V
P
 
E
P
 
P
-
 
L
-
 
G
-
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
P
-
 
P
-
 
E
-
 
E
-
 
R
-
 
T
-
 
I
R
 
E
V
 
Y
M
 
L
E
 
E
S
 
E
A
 
V
A
 
A
R
 
I
Q
 
T
L
 
F
A
 
A
L
 
K
N
 
G
P
 
L
P
 
A
S
 
D
R
 
K
K
 
K
P
 
I
L
 
S
P
 
P
L
 
K
L
 
R
Q
 
D
R
 
K
L
 
G
F
 
L
L
 
V
G
 
E
P
 
K
L
 
L
R
 
T
G
 
A
-
 
Y
-
 
A
-
 
M
-
 
T
-
 
I
-
 
P
V
 
F
V
 
V
A
 
R
G
 
Q
Q
 
Q
A
x
V
R
 
Y
K
 
K
Q
 
K
V
 
V
A
 
E
K
 
E
R
 
K
A
 
V
R
 
R
P
 
K
E
 
Q
H
 
T
-
 
K
-
 
G
-
 
L
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
P
 
P
Y
 
L
A
 
K
I
 
I
I
|
I
D
 
D
L
 
V
W
 
V
A
 
K
K
 
T
-
 
G
-
 
I
-
 
E
-
 
Q
-
 
G
Y
 
S
D
 
D
G
 
A
N
 
G
A
 
Y
L
 
L
A
 
C
A
 
E
P
 
S
E
 
Q
I
 
K
T
 
F
D
 
G
R
 
E
I
 
L
V
 
V
R
 
M
S
 
T
A
 
K
T
 
E
A
 
S
R
 
K
N
 
A
L
 
L
V
 
M
R
 
G
V
x
L
F
 
Y
H
 
H
L
 
G
Q
 
Q
E
 
V
R
 
L
L
 
C
K
 
K
A
 
K
-
 
N
-
 
K
F
 
F
G
 
G
K
 
A
D
 
P
S
 
Q
A
 
K
F
 
D
V
 
V
A
 
-
K
 
K
R
 
H
V
 
L
H
 
A
V
 
I
V
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
V
 
L
M
 
M
G
 
G
G
 
A
D
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
Q
W
 
V
C
 
S
A
 
V
G
 
D
R
 
K
G
 
G
L
 
L
T
 
K
V
 
T
T
 
I
L
 
L
Q
 
K
D
 
D
Q
 
A
N
 
T
V
 
L
E
 
T
R
 
A
I
 
L
A
 
D
P
 
R
A
 
G
I
 
Q
K
 
Q
R
 
Q
A
 
V
H
 
F
A
 
K
G
 
G
F
 
L
A
 
N
R
 
D
R
 
K
I
 
V
R
 
K
D
 
K
K
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
T
-
 
S
L
 
F
Q
 
E
L
 
R
R
 
D
A
 
S
V
 
I
M
 
F
D
 
S
R
 
N
L
 
L
I
 
T
P
 
G
D
 
Q
P
 
L
E
 
D
G
 
Y
H
 
Q
G
 
G
A
 
F
A
 
E
H
 
K
A
 
A
D
 
D
V
 
M
V
 
V
I
 
I
E
 
E
A
 
A
I
 
V
F
 
F
E
 
E
N
 
D
L
 
L
E
 
S
A
 
L
K
 
K
H
 
H
S
 
R
L
 
V
L
 
L
K
 
K
G
 
E
L
 
V
E
 
E
A
 
A
R
 
V
M
 
I
K
 
P
P
 
D
D
 
H
A
 
C
V
 
I
L
 
F
A
 
A
T
 
S
N
 
N
T
 
T
S
 
S
S
 
A
L
 
L
K
 
P
L
 
I
E
 
S
D
 
E
I
 
I
R
 
A
T
 
A
V
 
V
L
 
S
Q
 
K
R
 
R
P
 
P
E
 
E
R
 
K
L
 
V
V
 
I
G
 
G
I
 
M
H
 
H
F
 
Y
F
 
F
N
 
S
P
 
P
V
 
V
A
 
D
K
 
K
M
 
M
P
 
Q
L
 
L
V
 
L
E
|
E
V
 
I
V
 
I
T
 
T
A
 
T
A
 
E
G
 
K
G
 
T
D
 
S
A
 
K
E
 
D
V
 
T
T
 
S
R
 
A
Q
 
S
A
 
A
C
 
V
A
 
A
F
 
V
V
 
G
R
 
L
G
 
K
I
 
Q
D
 
G
K
 
K
L
 
V
P
 
I
L
 
I
P
 
V
V
 
V
Q
 
K
S
 
D
A
 
G
P
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
Y
V
 
T
N
 
T
A
 
R
V
 
C
L
 
L
G
 
A
P
 
P
Y
 
M
L
 
M
L
 
S
E
 
E
A
 
V
M
 
I
R
 
R
C
 
I
V
 
L
D
 
Q
E
 
E
G
 
G
I
 
V
A
 
D
P
 
P
E
 
K
T
 
K
V
 
L
D
 
D
E
 
S
A
 
L
A
 
T
L
 
T
A
 
S
F
 
F
G
 
G
M
 
F
P
 
P
M
 
V
G
 
G
P
 
A
I
 
A
E
 
T
L
 
L
A
 
V
D
 
D
T
 
E
V
 
V
G
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
V
A
 
A
M
 
K
A
 
H
A
 
V
G
 
A
K
 
E
A
 
D
L
 
L
A
 
G
-
 
K
-
 
V
-
 
F
-
 
G
-
 
E
-
 
R
-
 
F
G
 
G
N
 
G
G
 
G
T
 
N
E
 
-
P
 
-
P
 
P
K
 
E
C
 
L
L
 
L
V
 
T
Q
 
Q
R
 
M
F
 
V
E
 
S
R
 
K
G
 
G
D
 
F
L
 
L
G
 
G
R
 
R
K
 
K
S
 
S
G
 
G
K
 
K
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
A
 
I
Y
 
Y
P
 
Q
A
 
E
G
 
G
K
 
V
I
 
K
Q
 
R
K
 
K
G
 
D
A
 
L
A
 
N
G
 
S
A
 
D
V
 
M
P
 
D
A
 
S
G
 
I
L
 
L
A
 
A
E
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
L
-
 
P
-
 
P
-
 
K
-
 
S
-
 
E
-
 
V
-
 
S
-
 
S
-
 
D
-
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
Q
-
 
F
R
 
R
L
 
L
V
 
V
Q
 
T
P
 
R
L
 
F
L
 
V
Q
 
N
R
 
E
T
 
A
Q
 
V
Q
 
M
L
 
C
V
 
L
D
 
Q
A
 
E
G
 
G
V
 
I
V
 
L
A
 
A
D
 
T
A
 
P
E
 
A
L
 
E
A
 
G
D
 
D
A
 
I
G
 
G
V
 
A
I
 
V
F
 
F
G
 
G
T
 
L
G
 
G
F
 
F
A
 
P
P
 
P
F
 
C
T
 
L
G
 
G
G
 
G
P
 
P
L
 
F
N
 
R
Y
 
F

6tnmA E. Coli aerobic trifunctional enzyme subunit-alpha (see paper)
32% identity, 97% coverage: 15:639/645 of query aligns to 9:674/719 of 6tnmA

query
sites
6tnmA
H
 
Y
L
 
L
T
 
D
R
 
W
E
 
L
A
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
I
A
 
A
W
 
E
L
 
L
S
 
V
L
 
F
D
 
D
K
 
A
A
 
P
G
 
G
E
 
-
S
 
S
A
 
V
N
 
N
S
 
K
L
 
L
S
 
D
K
 
T
A
 
A
V
 
T
M
 
V
A
 
A
E
 
S
L
 
L
S
 
G
G
 
E
V
 
A
L
 
I
D
 
G
E
 
V
L
 
L
D
 
E
R
 
Q
Q
 
Q
P
 
S
P
 
D
-
 
L
K
 
K
A
 
G
L
 
L
I
 
L
I
 
L
R
 
R
S
 
S
A
 
N
K
 
K
S
 
A
A
 
A
G
 
-
F
 
F
I
 
I
A
 
V
G
 
G
A
|
A
D
 
D
I
 
I
S
 
T
E
 
E
F
|
F
D
 
L
Q
 
S
L
 
L
D
 
F
-
 
L
-
 
V
S
 
P
P
 
E
E
 
E
A
 
Q
A
 
L
K
 
S
A
 
Q
M
 
W
V
 
L
A
 
H
R
 
F
G
 
A
W
 
N
E
 
S
L
 
V
F
 
F
N
 
N
R
 
R
L
 
L
A
 
E
A
 
D
V
 
L
P
 
P
Y
 
V
P
 
P
T
 
T
L
 
I
A
 
A
L
 
A
V
 
V
R
 
N
G
 
G
H
 
Y
C
 
A
L
 
L
G
 
G
G
|
G
G
 
G
L
 
C
E
|
E
L
 
C
A
 
V
L
 
L
A
 
A
C
 
T
R
 
D
T
 
Y
L
 
R
L
 
L
V
 
A
V
 
T
D
 
-
E
 
-
P
 
P
G
 
D
T
 
L
K
 
R
L
 
I
G
 
G
L
 
L
P
|
P
E
|
E
V
 
T
M
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
F
 
M
P
 
P
G
|
G
W
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
S
L
 
V
R
 
R
L
 
M
P
 
P
R
 
R
R
 
M
V
 
L
G
 
G
P
 
A
A
 
D
V
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
E
L
 
I
M
 
I
L
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
D
V
 
V
D
 
G
A
 
A
K
 
D
K
 
Q
A
 
A
K
 
L
R
 
K
L
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
V
D
 
D
E
 
G
C
 
V
V
 
V
P
 
K
P
 
A
R
 
E
V
 
K
M
 
L
E
 
V
S
 
E
A
 
G
A
 
A
R
 
K
Q
 
A
L
 
V
-
 
L
-
 
R
-
 
Q
A
 
A
L
 
I
N
 
N
P
 
G
P
 
D
-
 
L
-
 
D
-
 
W
S
 
K
R
 
A
K
 
K
P
 
R
L
 
Q
P
 
P
L
 
K
L
 
L
Q
 
E
R
 
P
L
 
L
F
 
K
L
 
L
G
 
S
P
 
K
L
 
I
R
 
E
G
 
A
V
 
T
V
 
M
A
 
S
G
 
F
Q
 
T
A
 
I
R
 
A
K
 
K
Q
 
G
V
 
M
A
 
V
K
 
A
R
 
Q
A
 
T
R
 
A
P
 
G
E
 
K
H
 
H
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
P
 
P
Y
 
I
A
 
T
-
 
A
-
 
V
-
 
K
I
 
T
I
 
I
D
 
E
L
 
A
W
 
A
A
 
A
K
 
R
Y
 
F
D
 
G
G
 
R
N
 
E
A
 
E
L
 
A
A
 
L
A
x
N
P
 
L
E
 
E
I
 
N
T
 
K
D
 
S
R
 
F
I
 
V
-
 
P
-
 
L
V
 
A
R
 
H
S
 
T
A
 
N
T
 
E
A
 
A
R
 
R
N
 
A
L
 
L
V
 
V
R
 
G
V
 
I
F
 
F
-
 
L
-
 
N
-
 
D
-
 
Q
H
 
Y
L
 
V
Q
 
K
E
 
G
R
 
K
L
 
A
K
 
K
A
 
K
F
 
L
G
 
T
K
 
K
D
 
D
S
 
V
A
 
E
F
 
-
V
 
T
A
 
P
K
 
K
R
 
Q
V
 
A
H
 
A
V
 
V
V
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
V
 
I
M
 
M
G
 
G
G
 
G
D
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
Y
W
 
Q
C
 
S
A
 
A
G
 
W
R
 
K
G
 
G
L
 
V
T
 
P
V
 
V
T
 
V
L
 
M
Q
 
K
D
|
D
Q
x
I
N
 
N
V
 
D
E
 
K
R
 
S
I
 
L
A
 
T
P
 
L
A
 
G
I
 
M
K
 
T
R
 
E
A
 
A
H
 
A
A
 
K
G
 
L
F
 
L
A
 
N
R
 
K
R
 
Q
I
 
L
R
 
E
-
 
R
-
 
G
-
 
K
-
 
I
D
 
D
K
 
G
L
 
L
Q
 
K
L
 
L
R
 
A
A
 
G
V
 
V
M
 
I
D
 
S
R
 
T
L
 
I
I
 
H
P
 
P
D
 
T
P
 
L
E
 
D
G
 
Y
H
 
A
G
 
G
A
 
F
A
 
D
H
 
R
A
 
V
D
 
D
V
 
I
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
A
I
x
V
F
x
V
E
 
E
N
 
N
L
 
P
E
 
K
A
x
V
K
 
K
H
 
K
S
 
A
L
 
V
L
 
L
K
 
A
G
 
E
L
 
T
E
 
E
A
 
Q
R
 
K
M
 
V
K
 
R
P
 
Q
D
 
D
A
 
T
V
 
V
L
 
L
A
 
A
T
 
S
N
 
N
T
 
T
S
|
S
S
 
T
L
 
I
K
 
P
L
 
I
E
 
S
D
 
E
I
 
L
R
 
A
T
 
N
V
 
A
L
 
L
Q
 
E
R
 
R
P
 
P
E
 
E
R
 
N
L
 
F
V
 
C
G
 
G
I
 
M
H
|
H
F
 
F
F
 
F
N
 
N
P
 
P
V
 
V
A
 
H
K
 
R
M
 
M
P
 
P
L
 
L
V
 
V
E
|
E
V
 
I
V
 
I
T
 
R
A
 
G
A
 
E
G
 
K
G
 
S
D
 
S
A
 
D
E
 
E
V
 
T
T
 
I
R
 
A
Q
 
K
A
 
V
C
 
V
A
 
A
F
 
W
V
 
A
R
 
S
G
 
K
I
 
M
D
 
G
K
 
K
L
 
T
P
 
P
L
 
I
P
 
V
V
 
V
Q
 
N
S
 
D
A
 
C
P
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
F
V
 
V
N
|
N
A
 
R
V
 
V
L
 
L
G
 
F
P
 
P
Y
 
Y
L
 
F
L
 
A
E
 
G
A
 
F
M
 
S
R
 
Q
C
 
L
V
 
L
D
 
R
E
 
D
G
 
G
I
 
A
A
 
D
P
 
F
E
 
R
T
 
K
V
 
I
D
 
D
E
 
K
A
 
V
-
 
M
A
 
E
L
 
K
A
 
Q
F
 
F
G
 
G
M
 
W
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
I
 
A
E
 
Y
L
 
L
A
 
L
D
 
D
T
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
I
D
 
D
I
 
T
A
 
A
M
 
H
A
 
H
A
 
A
G
 
Q
K
 
A
A
 
V
L
 
M
A
 
A
G
 
A
N
 
G
-
 
F
-
 
P
-
 
Q
-
 
R
-
 
M
G
 
Q
T
 
K
E
 
D
P
 
Y
P
 
R
K
 
D
C
 
A
L
 
I
V
 
D
Q
 
A
R
 
L
F
 
F
E
 
D
R
 
A
G
 
N
D
 
R
L
 
F
G
 
G
R
 
Q
K
|
K
S
 
N
G
 
G
K
 
L
G
 
G
F
 
F
Y
 
W
A
 
R
Y
 
Y
-
 
K
-
 
E
-
 
D
P
 
S
A
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
P
Q
 
K
K
 
K
G
 
E
A
 
E
A
 
D
G
 
A
A
 
A
V
 
V
P
 
E
A
 
D
G
 
L
L
 
L
A
 
A
E
 
E
-
 
V
-
 
S
-
 
Q
-
 
P
-
 
K
-
 
R
-
 
D
-
 
F
-
 
S
-
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
I
-
 
A
R
 
R
L
 
M
V
 
M
Q
 
I
P
 
P
L
 
M
L
 
V
Q
 
N
R
 
E
T
 
V
Q
 
V
Q
 
R
L
 
C
V
 
L
D
 
E
A
 
E
G
 
G
V
 
I
V
 
I
A
 
A
D
 
T
A
 
P
E
 
A
L
 
E
A
 
A
D
 
D
A
 
M
G
 
A
V
 
L
I
 
V
F
 
Y
G
 
G
T
 
L
G
 
G
F
 
F
A
 
P
P
 
P
F
 
F
T
 
H
G
 
G
G
 
G
P
 
A
L
 
F
N
 
R
Y
 
W

P21177 Fatty acid oxidation complex subunit alpha; EC 4.2.1.17; EC 5.1.2.3; EC 5.3.3.8; EC 1.1.1.35 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
32% identity, 97% coverage: 15:639/645 of query aligns to 9:674/729 of P21177

query
sites
P21177
H
 
Y
L
 
L
T
 
D
R
 
W
E
 
L
A
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
I
A
 
A
W
 
E
L
 
L
S
 
V
L
 
F
D
 
D
K
 
A
A
 
P
G
 
G
E
 
-
S
 
S
A
 
V
N
 
N
S
 
K
L
 
L
S
 
D
K
 
T
A
 
A
V
 
T
M
 
V
A
 
A
E
 
S
L
 
L
S
 
G
G
 
E
V
 
A
L
 
I
D
 
G
E
 
V
L
 
L
D
 
E
R
 
Q
Q
 
Q
P
 
S
P
 
D
-
 
L
K
 
K
A
 
G
L
 
L
I
 
L
I
 
L
R
 
R
S
 
S
A
 
N
K
 
K
S
 
A
A
 
A
G
 
-
F
 
F
I
 
I
A
 
V
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
I
S
 
T
E
 
E
F
 
F
D
 
L
Q
 
S
L
 
L
D
 
F
-
 
L
-
 
V
S
 
P
P
 
E
E
 
E
A
 
Q
A
 
L
K
 
S
A
 
Q
M
 
W
V
 
L
A
 
H
R
 
F
G
 
A
W
 
N
E
 
S
L
 
V
F
 
F
N
 
N
R
 
R
L
 
L
A
 
E
A
 
D
V
 
L
P
 
P
Y
 
V
P
 
P
T
 
T
L
 
I
A
 
A
L
 
A
V
 
V
R
 
N
G
 
G
H
 
Y
C
 
A
L
 
L
G
 
G
G
|
G
G
 
G
L
 
C
E
 
E
L
 
C
A
 
V
L
 
L
A
 
A
C
 
T
R
 
D
T
 
Y
L
 
R
L
 
L
V
 
A
V
 
T
D
 
-
E
 
-
P
 
P
G
 
D
T
 
L
K
 
R
L
 
I
G
 
G
L
 
L
P
 
P
E
 
E
V
 
T
M
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
F
 
M
P
 
P
G
 
G
W
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
S
L
 
V
R
 
R
L
 
M
P
 
P
R
 
R
R
 
M
V
 
L
G
 
G
P
 
A
A
 
D
V
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
E
L
 
I
M
 
I
L
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
D
V
 
V
D
 
G
A
 
A
K
 
D
K
 
Q
A
 
A
K
 
L
R
 
K
L
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
V
D
 
D
E
 
G
C
 
V
V
 
V
P
 
K
P
 
A
R
 
E
V
 
K
M
 
L
E
 
V
S
 
E
A
 
G
A
 
A
R
 
K
Q
 
A
L
 
V
-
 
L
-
 
R
-
 
Q
A
 
A
L
 
I
N
 
N
P
 
G
P
 
D
-
 
L
-
 
D
-
 
W
S
 
K
R
 
A
K
 
K
P
 
R
L
 
Q
P
 
P
L
 
K
L
 
L
Q
 
E
R
 
P
L
 
L
F
 
K
L
 
L
G
 
S
P
 
K
L
 
I
R
 
E
G
 
A
V
 
T
V
 
M
A
 
S
G
 
F
Q
 
T
A
 
I
R
 
A
K
 
K
Q
 
G
V
 
M
A
 
V
K
 
A
R
 
Q
A
 
T
R
 
A
P
 
G
E
 
K
H
 
H
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
P
 
P
Y
 
I
A
 
T
-
 
A
-
 
V
-
 
K
I
 
T
I
 
I
D
 
E
L
 
A
W
 
A
A
 
A
K
 
R
Y
 
F
D
 
G
G
 
R
N
 
E
A
 
E
L
 
A
A
 
L
A
 
N
P
 
L
E
 
E
I
 
N
T
 
K
D
 
S
R
 
F
I
 
V
-
 
P
-
 
L
V
 
A
R
 
H
S
 
T
A
 
N
T
 
E
A
 
A
R
 
R
N
 
A
L
 
L
V
 
V
R
 
G
V
 
I
F
 
F
-
 
L
-
 
N
-
 
D
-
 
Q
H
 
Y
L
 
V
Q
 
K
E
 
G
R
 
K
L
 
A
K
 
K
A
 
K
F
 
L
G
 
T
K
 
K
D
 
D
S
 
V
A
 
E
F
 
-
V
 
T
A
 
P
K
 
K
R
 
Q
V
 
A
H
 
A
V
 
V
V
 
L
G
 
G
A
 
A
G
|
G
V
 
I
M
 
M
G
 
G
G
 
G
D
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
Y
W
 
Q
C
 
S
A
 
A
G
 
W
R
 
K
G
 
G
L
 
V
T
 
P
V
 
V
T
 
V
L
 
M
Q
 
K
D
 
D
Q
 
I
N
 
N
V
 
D
E
 
K
R
 
S
I
 
L
A
 
T
P
 
L
A
 
G
I
 
M
K
 
T
R
 
E
A
 
A
H
 
A
A
 
K
G
 
L
F
 
L
A
 
N
R
 
K
R
 
Q
I
 
L
R
 
E
-
 
R
-
 
G
-
 
K
-
 
I
D
 
D
K
 
G
L
 
L
Q
 
K
L
 
L
R
 
A
A
 
G
V
 
V
M
 
I
D
 
S
R
 
T
L
 
I
I
 
H
P
 
P
D
 
T
P
 
L
E
 
D
G
 
Y
H
 
A
G
 
G
A
 
F
A
 
D
H
 
R
A
 
V
D
 
D
V
 
I
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
A
I
 
V
F
 
V
E
 
E
N
 
N
L
 
P
E
 
K
A
 
V
K
 
K
H
 
K
S
 
A
L
 
V
L
 
L
K
 
A
G
 
E
L
 
T
E
 
E
A
 
Q
R
 
K
M
 
V
K
 
R
P
 
Q
D
 
D
A
 
T
V
 
V
L
 
L
A
 
A
T
 
S
N
 
N
T
 
T
S
 
S
S
 
T
L
 
I
K
 
P
L
 
I
E
 
S
D
 
E
I
 
L
R
 
A
T
 
N
V
 
A
L
 
L
Q
 
E
R
 
R
P
 
P
E
 
E
R
 
N
L
 
F
V
 
C
G
 
G
I
 
M
H
|
H
F
 
F
F
 
F
N
 
N
P
 
P
V
 
V
A
 
H
K
 
R
M
 
M
P
 
P
L
 
L
V
 
V
E
 
E
V
 
I
V
 
I
T
 
R
A
 
G
A
 
E
G
 
K
G
 
S
D
 
S
A
 
D
E
 
E
V
 
T
T
 
I
R
 
A
Q
 
K
A
 
V
C
 
V
A
 
A
F
 
W
V
 
A
R
 
S
G
 
K
I
 
M
D
 
G
K
 
K
L
 
T
P
 
P
L
 
I
P
 
V
V
 
V
Q
 
N
S
 
D
A
 
C
P
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
F
V
 
V
N
 
N
A
 
R
V
 
V
L
 
L
G
 
F
P
 
P
Y
 
Y
L
 
F
L
 
A
E
 
G
A
 
F
M
 
S
R
 
Q
C
 
L
V
 
L
D
 
R
E
 
D
G
 
G
I
 
A
A
 
D
P
 
F
E
 
R
T
 
K
V
 
I
D
 
D
E
 
K
A
 
V
-
 
M
A
 
E
L
 
K
A
 
Q
F
 
F
G
 
G
M
 
W
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
I
 
A
E
 
Y
L
 
L
A
 
L
D
 
D
T
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
I
D
 
D
I
 
T
A
 
A
M
 
H
A
 
H
A
 
A
G
 
Q
K
 
A
A
 
V
L
 
M
A
 
A
G
 
A
N
 
G
-
 
F
-
 
P
-
 
Q
-
 
R
-
 
M
G
 
Q
T
 
K
E
 
D
P
 
Y
P
 
R
K
 
D
C
 
A
L
 
I
V
 
D
Q
 
A
R
 
L
F
 
F
E
 
D
R
 
A
G
 
N
D
 
R
L
 
F
G
 
G
R
 
Q
K
 
K
S
 
N
G
 
G
K
 
L
G
 
G
F
 
F
Y
 
W
A
 
R
Y
 
Y
-
 
K
-
 
E
-
 
D
P
 
S
A
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
P
Q
 
K
K
 
K
G
 
E
A
 
E
A
 
D
G
 
A
A
 
A
V
 
V
P
 
E
A
 
D
G
 
L
L
 
L
A
 
A
E
 
E
-
 
V
-
 
S
-
 
Q
-
 
P
-
 
K
-
 
R
-
 
D
-
 
F
-
 
S
-
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
I
-
 
A
R
 
R
L
 
M
V
 
M
Q
 
I
P
 
P
L
 
M
L
 
V
Q
 
N
R
 
E
T
 
V
Q
 
V
Q
 
R
L
 
C
V
 
L
D
 
E
A
 
E
G
 
G
V
 
I
V
 
I
A
 
A
D
 
T
A
 
P
E
 
A
L
 
E
A
 
A
D
 
D
A
 
M
G
 
A
V
 
L
I
 
V
F
 
Y
G
 
G
T
 
L
G
 
G
F
 
F
A
 
P
P
 
P
F
 
F
T
 
H
G
 
G
G
 
G
P
 
A
L
 
F
N
 
R
Y
 
W

1wdlA Fatty acid beta-oxidation multienzyme complex from pseudomonas fragi, form ii (native4) (see paper)
32% identity, 96% coverage: 22:642/645 of query aligns to 16:677/715 of 1wdlA

query
sites
1wdlA
G
 
G
L
 
I
A
 
V
W
 
E
L
 
L
S
 
K
L
 
F
D
 
D
K
 
L
A
 
K
G
 
G
E
 
E
S
 
S
A
 
V
N
 
N
S
 
K
L
 
F
S
 
N
K
 
R
A
 
L
V
 
T
M
 
L
A
 
N
E
 
E
L
 
L
S
 
R
G
 
Q
V
 
A
L
 
V
D
 
D
E
 
A
L
 
I
D
 
K
R
 
A
Q
 
D
P
 
A
P
 
S
-
 
V
K
 
K
A
 
G
L
 
V
I
 
I
I
 
V
R
 
S
S
 
S
A
 
G
K
 
K
S
 
D
A
 
V
G
 
-
F
 
F
I
 
I
A
 
V
G
 
G
A
|
A
D
 
D
I
 
I
S
 
T
E
 
E
F
 
F
-
 
V
D
 
E
Q
 
N
L
 
F
D
 
K
S
 
L
P
 
P
E
 
D
A
 
A
A
 
E
K
 
-
A
 
-
M
 
L
V
 
I
A
 
A
R
 
G
G
x
N
W
 
L
E
 
E
-
 
A
-
x
N
-
 
K
L
 
I
F
 
F
N
 
S
R
 
D
L
 
F
A
 
E
A
 
D
V
 
L
P
 
N
Y
 
V
P
 
P
T
 
T
L
 
V
A
 
A
L
 
A
V
 
I
R
 
N
G
 
G
H
 
I
C
 
A
L
 
L
G
 
G
G
|
G
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
M
A
 
C
L
 
L
A
 
A
C
 
A
R
 
D
T
 
F
L
 
R
L
 
V
V
 
M
V
 
A
D
 
D
E
 
-
P
 
-
G
 
S
T
 
A
K
 
K
L
 
I
G
 
G
L
 
L
P
|
P
E
|
E
V
 
V
M
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
P
|
P
G
|
G
W
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
T
L
 
V
R
 
R
L
 
L
P
 
P
R
 
R
R
 
L
V
 
I
G
 
G
P
 
V
A
 
D
V
 
N
A
 
A
L
 
V
D
 
E
L
 
W
M
 
I
L
 
A
A
 
S
G
 
G
K
 
K
T
 
E
V
 
N
D
 
R
A
 
A
K
 
E
K
 
D
A
 
A
K
 
L
R
 
K
L
 
V
G
 
S
L
 
A
A
 
V
D
 
D
E
 
A
C
 
V
V
 
V
P
 
T
P
 
A
R
 
D
V
 
K
M
 
L
E
 
G
S
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
L
Q
 
D
L
 
L
A
 
I
L
 
K
N
 
R
P
 
A
P
 
I
S
 
S
-
 
G
-
 
E
-
 
L
-
 
D
-
 
Y
-
 
K
R
 
A
K
 
K
P
 
R
L
 
Q
P
 
P
L
 
K
L
 
L
Q
 
E
R
 
K
L
 
L
F
 
K
L
 
L
G
 
N
P
 
A
L
 
I
R
 
E
G
 
Q
V
 
M
V
 
M
A
 
A
G
 
F
Q
 
E
-
 
T
A
 
A
R
 
K
K
 
G
Q
 
F
V
 
V
A
 
A
K
 
G
R
 
Q
A
 
A
R
 
G
P
 
P
E
 
-
H
 
N
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
P
 
P
Y
 
V
-
 
E
A
 
A
I
 
I
I
 
K
D
 
T
L
 
I
W
 
Q
A
 
K
K
 
A
Y
 
A
D
 
N
G
 
F
N
 
G
A
 
R
L
 
D
A
 
K
A
 
A
P
 
L
E
 
E
I
 
V
T
 
E
D
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
F
-
 
A
R
 
K
I
 
L
V
 
A
R
 
K
S
 
T
A
 
S
T
 
A
A
 
S
R
 
N
N
 
C
L
 
L
V
 
I
R
 
G
V
 
L
F
 
F
H
 
L
L
 
N
Q
 
D
E
 
Q
R
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
K
F
 
K
G
 
A
K
 
K
D
 
V
S
 
Y
A
 
D
F
 
K
V
 
I
A
 
A
K
 
K
R
 
D
V
 
V
H
 
K
-
 
Q
-
 
A
-
 
A
V
 
V
V
 
L
G
|
G
A
|
A
G
 
G
V
x
I
M
|
M
G
 
G
G
 
G
D
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
Y
W
 
Q
C
 
S
A
 
A
G
 
S
R
 
K
G
 
G
L
 
T
T
 
P
V
 
I
T
 
L
L
 
M
Q
 
K
D
|
D
Q
x
I
N
 
N
V
 
E
E
 
H
R
 
G
I
 
I
A
 
E
P
 
Q
A
 
G
I
 
L
K
 
A
R
 
E
A
 
A
H
 
A
A
 
K
G
 
L
F
 
L
A
 
V
R
 
G
R
 
R
I
 
V
R
 
-
D
 
D
K
 
K
-
 
G
-
 
R
-
 
M
-
 
T
-
 
P
L
 
A
Q
 
K
L
 
M
R
 
A
A
 
E
V
 
V
M
 
L
D
 
N
R
 
G
L
 
I
I
 
R
P
 
P
D
 
T
P
 
L
E
 
S
G
 
Y
H
 
G
G
 
D
A
 
F
A
 
G
H
 
N
A
 
V
D
 
D
V
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
|
A
I
x
V
F
x
V
E
|
E
N
 
N
L
 
P
E
 
K
A
 
V
K
|
K
H
 
Q
S
 
A
L
x
V
L
 
L
K
 
A
G
 
E
L
 
V
E
 
E
A
 
N
R
 
H
M
 
V
K
 
R
P
 
E
D
 
D
A
 
A
V
 
I
L
 
L
A
 
A
T
 
S
N
|
N
T
|
T
S
|
S
S
 
T
L
 
I
K
 
S
L
 
I
E
 
S
D
 
L
I
 
L
R
 
A
T
 
K
V
 
A
L
 
L
Q
 
K
R
 
R
P
 
P
E
 
E
R
 
N
L
 
F
V
 
V
G
 
G
I
 
M
H
|
H
F
 
F
F
 
F
N
 
N
P
 
P
V
 
V
A
 
H
K
 
M
M
 
M
P
 
P
L
 
L
V
 
V
E
|
E
V
 
V
V
 
I
T
 
R
A
 
G
A
 
E
G
 
K
G
 
S
D
 
S
A
 
D
E
 
L
V
 
A
T
 
V
R
 
A
Q
 
T
A
 
T
C
 
V
A
 
A
F
 
Y
V
 
A
R
 
K
G
 
K
I
 
M
D
 
G
K
 
K
L
 
N
P
 
P
L
 
I
P
 
V
V
 
V
Q
 
N
S
 
D
A
 
C
P
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
L
V
 
V
N
|
N
A
 
R
V
 
V
L
 
L
G
 
F
P
 
P
Y
 
Y
L
 
F
L
 
G
E
 
G
A
 
F
M
 
A
R
 
K
C
 
L
V
 
V
D
 
S
E
 
A
G
 
G
I
 
V
A
 
D
P
 
F
E
 
V
T
 
R
V
 
I
D
 
D
E
 
K
A
 
V
A
 
M
L
 
E
A
 
K
F
 
F
G
 
G
M
 
W
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
I
 
A
E
 
Y
L
 
L
A
 
M
D
 
D
T
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
I
D
 
D
I
 
T
A
 
G
M
 
H
A
 
-
A
 
H
G
 
G
K
 
R
A
 
D
L
 
V
A
 
M
G
 
A
N
 
E
G
 
G
T
 
F
E
 
-
P
 
P
P
 
D
K
 
R
C
 
M
L
 
K
V
 
D
Q
 
D
R
 
R
-
 
R
-
 
S
-
 
A
-
 
I
-
 
D
-
 
A
-
 
L
F
 
Y
E
 
E
R
 
A
G
 
K
D
 
R
L
 
L
G
 
G
R
 
Q
K
 
K
S
 
N
G
 
G
K
 
K
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
P
 
E
A
 
A
-
 
D
-
 
K
-
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
Q
Q
 
K
K
 
K
G
 
L
A
 
V
A
 
D
G
 
S
A
 
S
V
 
V
-
 
L
-
 
E
-
 
V
-
 
L
-
 
K
P
 
P
A
 
I
G
 
V
L
 
Y
A
 
E
E
 
Q
R
 
R
-
 
D
-
 
V
-
 
T
-
 
D
-
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
I
-
 
N
-
 
W
L
 
M
V
 
M
Q
 
I
P
 
P
L
 
L
L
 
C
Q
 
L
R
 
E
T
 
T
Q
 
V
Q
 
R
L
 
C
V
 
L
D
 
E
A
 
D
G
 
G
V
 
I
V
 
V
A
 
E
D
 
T
A
 
A
E
 
A
L
 
E
A
 
A
D
 
D
A
 
M
G
 
G
V
 
L
I
 
V
F
 
Y
G
 
G
T
 
I
G
 
G
F
 
F
A
 
P
P
 
L
F
 
F
T
 
R
G
 
G
G
 
G
P
 
A
L
 
L
N
 
R
Y
 
Y
A
 
I
R
 
D
S
 
S

P28793 Fatty acid oxidation complex subunit alpha; EC 4.2.1.17; EC 5.1.2.3; EC 5.3.3.8; EC 1.1.1.35 from Pseudomonas fragi (see paper)
32% identity, 96% coverage: 22:642/645 of query aligns to 16:677/715 of P28793

query
sites
P28793
G
 
G
L
 
I
A
 
V
W
 
E
L
 
L
S
 
K
L
 
F
D
 
D
K
 
L
A
 
K
G
 
G
E
 
E
S
 
S
A
 
V
N
 
N
S
 
K
L
 
F
S
 
N
K
 
R
A
 
L
V
 
T
M
 
L
A
 
N
E
 
E
L
 
L
S
 
R
G
 
Q
V
 
A
L
 
V
D
 
D
E
 
A
L
 
I
D
 
K
R
 
A
Q
 
D
P
 
A
P
 
S
-
 
V
K
 
K
A
 
G
L
 
V
I
 
I
I
 
V
R
 
S
S
 
S
A
 
G
K
 
K
S
 
D
A
 
V
G
 
-
F
 
F
I
 
I
A
 
V
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
I
S
 
T
E
 
E
F
 
F
-
 
V
D
 
E
Q
 
N
L
 
F
D
 
K
S
 
L
P
 
P
E
 
D
A
 
A
A
 
E
K
 
-
A
 
-
M
 
L
V
 
I
A
 
A
R
 
G
G
 
N
W
 
L
E
 
E
-
 
A
-
 
N
-
 
K
L
 
I
F
 
F
N
 
S
R
 
D
L
 
F
A
 
E
A
 
D
V
 
L
P
 
N
Y
 
V
P
 
P
T
 
T
L
 
V
A
 
A
L
 
A
V
 
I
R
 
N
G
 
G
H
 
I
C
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
L
E
 
E
L
 
M
A
 
C
L
 
L
A
 
A
C
 
A
R
 
D
T
 
F
L
 
R
L
 
V
V
 
M
V
 
A
D
 
D
E
 
-
P
 
-
G
 
S
T
 
A
K
 
K
L
 
I
G
 
G
L
 
L
P
 
P
E
 
E
V
 
V
M
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
P
 
P
G
 
G
W
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
T
L
 
V
R
 
R
L
 
L
P
 
P
R
 
R
R
 
L
V
 
I
G
 
G
P
 
V
A
 
D
V
 
N
A
 
A
L
 
V
D
 
E
L
 
W
M
 
I
L
 
A
A
 
S
G
 
G
K
 
K
T
 
E
V
 
N
D
 
R
A
 
A
K
 
E
K
 
D
A
 
A
K
 
L
R
 
K
L
 
V
G
 
S
L
 
A
A
 
V
D
 
D
E
 
A
C
 
V
V
 
V
P
 
T
P
 
A
R
 
D
V
 
K
M
 
L
E
 
G
S
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
L
Q
 
D
L
 
L
A
 
I
L
 
K
N
 
R
P
 
A
P
 
I
S
 
S
-
 
G
-
 
E
-
 
L
-
 
D
-
 
Y
-
 
K
R
 
A
K
 
K
P
 
R
L
 
Q
P
 
P
L
 
K
L
 
L
Q
 
E
R
 
K
L
 
L
F
 
K
L
 
L
G
 
N
P
 
A
L
 
I
R
 
E
G
 
Q
V
 
M
V
 
M
A
 
A
G
 
F
Q
 
E
-
 
T
A
 
A
R
 
K
K
 
G
Q
 
F
V
 
V
A
 
A
K
 
G
R
 
Q
A
 
A
R
 
G
P
 
P
E
 
-
H
 
N
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
P
 
P
Y
 
V
-
 
E
A
 
A
I
 
I
I
 
K
D
 
T
L
 
I
W
 
Q
A
 
K
K
 
A
Y
 
A
D
 
N
G
 
F
N
 
G
A
 
R
L
 
D
A
 
K
A
 
A
P
 
L
E
 
E
I
 
V
T
 
E
D
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
F
-
 
A
R
 
K
I
 
L
V
 
A
R
 
K
S
 
T
A
 
S
T
 
A
A
 
S
R
 
N
N
 
C
L
 
L
V
 
I
R
 
G
V
 
L
F
 
F
H
 
L
L
 
N
Q
x
D
E
 
Q
R
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
K
F
 
K
G
 
A
K
 
K
D
 
V
S
 
Y
A
 
D
F
 
K
V
 
I
A
 
A
K
 
K
R
 
D
V
 
V
H
 
K
-
 
Q
-
 
A
-
 
A
V
 
V
V
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
V
 
I
M
|
M
G
 
G
G
 
G
D
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
Y
W
 
Q
C
 
S
A
 
A
G
 
S
R
 
K
G
 
G
L
 
T
T
 
P
V
 
I
T
 
L
L
 
M
Q
 
K
D
|
D
Q
 
I
N
 
N
V
 
E
E
 
H
R
 
G
I
 
I
A
 
E
P
 
Q
A
 
G
I
 
L
K
 
A
R
 
E
A
 
A
H
 
A
A
 
K
G
 
L
F
 
L
A
 
V
R
 
G
R
 
R
I
 
V
R
 
-
D
 
D
K
 
K
-
 
G
-
 
R
-
 
M
-
 
T
-
 
P
L
 
A
Q
 
K
L
 
M
R
 
A
A
 
E
V
 
V
M
 
L
D
 
N
R
 
G
L
 
I
I
 
R
P
 
P
D
 
T
P
 
L
E
 
S
G
 
Y
H
 
G
G
 
D
A
 
F
A
 
G
H
 
N
A
 
V
D
 
D
V
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
A
I
x
V
F
x
V
E
|
E
N
 
N
L
 
P
E
 
K
A
 
V
K
|
K
H
 
Q
S
 
A
L
 
V
L
 
L
K
 
A
G
 
E
L
 
V
E
 
E
A
 
N
R
 
H
M
 
V
K
 
R
P
 
E
D
 
D
A
 
A
V
 
I
L
 
L
A
 
A
T
 
S
N
 
N
T
 
T
S
|
S
S
 
T
L
 
I
K
 
S
L
 
I
E
 
S
D
 
L
I
 
L
R
 
A
T
 
K
V
 
A
L
 
L
Q
 
K
R
 
R
P
 
P
E
 
E
R
 
N
L
 
F
V
 
V
G
 
G
I
 
M
H
 
H
F
 
F
F
 
F
N
|
N
P
 
P
V
 
V
A
 
H
K
 
M
M
 
M
P
 
P
L
 
L
V
 
V
E
 
E
V
 
V
V
 
I
T
 
R
A
 
G
A
 
E
G
 
K
G
 
S
D
 
S
A
 
D
E
 
L
V
 
A
T
 
V
R
 
A
Q
 
T
A
 
T
C
 
V
A
 
A
F
 
Y
V
 
A
R
 
K
G
 
K
I
 
M
D
 
G
K
 
K
L
 
N
P
 
P
L
 
I
P
 
V
V
 
V
Q
 
N
S
 
D
A
 
C
P
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
L
V
 
V
N
|
N
A
 
R
V
 
V
L
 
L
G
 
F
P
 
P
Y
 
Y
L
 
F
L
 
G
E
 
G
A
 
F
M
 
A
R
 
K
C
 
L
V
 
V
D
 
S
E
 
A
G
 
G
I
 
V
A
 
D
P
 
F
E
 
V
T
 
R
V
 
I
D
 
D
E
 
K
A
 
V
A
 
M
L
 
E
A
 
K
F
 
F
G
 
G
M
 
W
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
I
 
A
E
 
Y
L
 
L
A
 
M
D
 
D
T
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
I
D
 
D
I
 
T
A
 
G
M
 
H
A
 
-
A
 
H
G
 
G
K
 
R
A
 
D
L
 
V
A
 
M
G
 
A
N
 
E
G
 
G
T
 
F
E
 
-
P
 
P
P
 
D
K
 
R
C
 
M
L
 
K
V
 
D
Q
 
D
R
 
R
-
 
R
-
 
S
-
 
A
-
 
I
-
 
D
-
 
A
-
 
L
F
 
Y
E
 
E
R
 
A
G
 
K
D
 
R
L
 
L
G
 
G
R
 
Q
K
 
K
S
 
N
G
 
G
K
 
K
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
P
 
E
A
 
A
-
 
D
-
 
K
-
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
Q
Q
 
K
K
 
K
G
 
L
A
 
V
A
 
D
G
 
S
A
 
S
V
 
V
-
 
L
-
 
E
-
 
V
-
 
L
-
 
K
P
 
P
A
 
I
G
 
V
L
 
Y
A
 
E
E
 
Q
R
 
R
-
 
D
-
 
V
-
 
T
-
 
D
-
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
I
-
 
N
-
 
W
L
 
M
V
 
M
Q
 
I
P
 
P
L
 
L
L
 
C
Q
 
L
R
 
E
T
 
T
Q
 
V
Q
 
R
L
 
C
V
 
L
D
 
E
A
 
D
G
 
G
V
 
I
V
 
V
A
 
E
D
 
T
A
 
A
E
 
A
L
 
E
A
 
A
D
 
D
A
 
M
G
 
G
V
 
L
I
 
V
F
x
Y
G
 
G
T
 
I
G
 
G
F
 
F
A
 
P
P
 
L
F
 
F
T
 
R
G
 
G
G
 
G
P
 
A
L
 
L
N
 
R
Y
 
Y
A
 
I
R
 
D
S
 
S

1wdmA Fatty acid beta-oxidation multienzyme complex from pseudomonas fragi, form i (native3) (see paper)
32% identity, 96% coverage: 22:642/645 of query aligns to 16:669/707 of 1wdmA

query
sites
1wdmA
G
 
G
L
 
I
A
 
V
W
 
E
L
 
L
S
 
K
L
 
F
D
 
D
K
 
L
A
 
K
G
 
G
E
 
E
S
 
S
A
 
V
N
 
N
S
 
K
L
 
F
S
 
N
K
 
R
A
 
L
V
 
T
M
 
L
A
 
N
E
 
E
L
 
L
S
 
R
G
 
Q
V
 
A
L
 
V
D
 
D
E
 
A
L
 
I
D
 
K
R
 
A
Q
 
D
P
 
A
P
 
S
-
 
V
K
 
K
A
 
G
L
 
V
I
 
I
I
 
V
R
 
S
S
 
S
A
 
G
K
 
K
S
 
D
A
 
V
G
 
-
F
 
F
I
 
I
A
 
V
G
 
G
A
|
A
D
 
D
I
 
I
S
 
T
E
 
E
F
 
F
-
 
V
D
 
E
Q
 
N
L
 
F
D
 
K
S
 
L
P
 
P
E
 
D
A
 
A
A
 
E
K
 
-
A
 
-
M
 
L
V
 
I
A
 
A
R
 
G
G
x
N
W
 
L
E
 
E
-
 
A
-
x
N
-
 
K
L
 
I
F
 
F
N
 
S
R
 
D
L
 
F
A
 
E
A
 
D
V
 
L
P
 
N
Y
 
V
P
 
P
T
 
T
L
 
V
A
 
A
L
 
A
V
 
I
R
 
N
G
 
G
H
 
I
C
 
A
L
 
L
G
 
G
G
|
G
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
M
A
 
C
L
 
L
A
 
A
C
 
A
R
 
D
T
 
F
L
 
R
L
 
V
V
 
M
V
 
A
D
 
D
E
 
-
P
 
-
G
 
S
T
 
A
K
 
K
L
 
I
G
 
G
L
 
L
P
|
P
E
|
E
V
 
V
M
x
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
P
|
P
G
|
G
W
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
T
L
 
V
R
 
R
L
 
L
P
 
P
R
 
R
R
 
L
V
 
I
G
 
G
P
 
V
A
 
D
V
 
N
A
 
A
L
 
V
D
 
E
L
 
W
M
 
I
L
 
A
A
 
S
G
 
G
K
 
K
T
 
E
V
 
N
D
 
R
A
 
A
K
 
E
K
 
D
A
 
A
K
 
L
R
 
K
L
 
V
G
 
S
L
 
A
A
 
V
D
 
D
E
 
A
C
 
V
V
 
V
P
 
T
P
 
A
R
 
D
V
 
K
M
 
L
E
 
G
S
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
L
Q
 
D
L
 
L
A
 
I
L
 
K
N
 
R
P
 
A
P
 
I
S
 
S
-
 
G
-
 
E
-
 
L
-
 
D
-
 
Y
-
 
K
R
 
A
K
 
K
P
 
R
L
 
Q
P
 
P
L
 
K
L
 
L
Q
 
E
R
 
K
L
 
L
F
 
K
L
 
L
G
 
N
P
 
A
L
 
I
R
 
E
G
 
Q
V
 
M
V
 
M
A
 
A
G
 
F
Q
 
E
-
 
T
A
 
A
R
 
K
K
 
G
Q
 
F
V
 
V
A
 
A
K
 
G
R
 
Q
A
 
A
R
 
G
P
 
P
E
 
-
H
 
N
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
P
 
P
Y
 
V
-
 
E
A
 
A
I
 
I
I
 
K
D
 
T
L
 
I
W
 
Q
A
 
K
K
 
A
Y
 
A
D
 
N
G
 
F
N
 
G
A
 
R
L
 
D
A
 
K
A
 
A
P
 
L
E
 
E
I
 
V
T
 
E
D
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
F
-
 
A
R
 
K
I
 
L
V
 
A
R
 
K
S
 
T
A
 
S
T
 
A
A
 
S
R
 
N
N
 
C
L
 
L
V
 
I
R
 
G
V
 
L
F
 
F
H
 
L
L
 
N
Q
x
D
E
 
Q
R
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
K
F
 
K
G
 
A
K
 
K
D
 
V
S
 
Y
A
 
D
F
 
K
V
 
I
A
 
A
K
 
K
R
 
D
V
 
V
H
 
K
-
 
Q
-
 
A
-
 
A
V
 
V
V
 
L
G
|
G
A
|
A
G
 
G
V
x
I
M
|
M
G
 
G
G
 
G
D
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
Y
W
 
Q
C
 
S
A
 
A
G
 
S
R
 
K
G
 
G
L
 
T
T
 
P
V
 
I
T
 
L
L
 
M
Q
x
K
D
|
D
Q
x
I
N
 
N
V
 
E
E
 
H
R
 
G
I
 
I
A
 
E
P
 
Q
A
 
G
I
 
L
K
 
A
R
 
E
A
 
A
H
 
A
A
 
K
G
 
L
F
 
L
A
 
V
R
 
G
R
 
R
I
 
V
R
 
-
D
 
D
K
 
K
-
 
G
-
 
R
-
 
M
-
 
T
-
 
P
L
 
A
Q
 
K
L
 
M
R
 
A
A
 
E
V
 
V
M
 
L
D
 
N
R
 
G
L
 
I
I
 
R
P
 
P
D
 
T
P
 
L
E
 
S
G
 
Y
H
 
G
G
 
D
A
 
F
A
 
G
H
 
N
A
 
V
D
 
D
V
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
|
A
I
x
V
F
 
V
E
|
E
N
 
N
L
 
P
E
 
K
A
 
V
K
|
K
H
 
Q
S
 
A
L
 
V
L
 
L
K
 
A
G
 
E
L
 
V
E
 
E
A
 
N
R
 
H
M
 
V
K
 
R
P
 
E
D
 
D
A
 
A
V
 
I
L
 
L
A
 
A
T
 
S
N
|
N
T
|
T
S
|
S
S
 
T
L
 
I
K
 
S
L
 
I
E
 
S
D
 
L
I
 
L
R
 
A
T
 
K
V
 
A
L
 
L
Q
 
K
R
 
R
P
 
P
E
 
E
R
 
N
L
 
F
V
 
V
G
 
G
I
 
M
H
|
H
F
|
F
F
 
F
N
|
N
P
 
P
V
 
V
A
 
H
K
 
M
M
|
M
P
 
P
L
 
L
V
 
V
E
|
E
V
 
V
V
 
I
T
 
R
A
 
G
A
 
E
G
 
K
G
 
S
D
 
S
A
 
D
E
 
L
V
 
A
T
 
V
R
 
A
Q
 
T
A
 
T
C
 
V
A
 
A
F
 
Y
V
 
A
R
 
K
G
 
K
I
 
M
D
 
G
K
 
K
L
 
N
P
 
P
L
 
I
P
 
V
V
 
V
Q
 
N
S
 
D
A
 
C
P
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
L
V
 
V
N
|
N
A
 
R
V
 
V
L
 
L
G
 
F
P
 
P
Y
 
Y
L
 
F
L
 
G
E
 
G
A
 
F
M
 
A
R
 
K
C
 
L
V
 
V
D
 
S
E
 
A
G
 
G
I
 
V
A
 
D
P
 
F
E
 
V
T
 
R
V
 
I
D
 
D
E
 
K
A
 
V
A
 
M
L
 
E
A
 
K
F
 
F
G
 
G
M
 
W
P
|
P
M
|
M
G
 
G
P
 
P
I
 
A
E
 
Y
L
 
L
A
 
M
D
 
D
T
 
V
V
|
V
G
 
G
L
 
I
D
 
D
I
 
T
A
 
G
M
 
H
A
 
H
A
 
G
G
 
R
K
 
D
A
 
V
L
 
M
A
 
A
G
 
E
N
 
G
G
 
F
T
 
P
E
 
D
P
 
R
P
 
M
K
 
K
-
 
D
-
 
D
-
 
R
-
 
R
-
 
S
C
 
A
L
 
I
V
 
D
Q
 
A
R
 
L
F
 
Y
E
 
E
R
 
A
G
 
K
D
 
R
L
 
L
G
 
G
R
 
Q
K
 
K
S
 
N
G
 
G
K
 
K
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
P
 
K
A
 
-
G
 
-
K
 
K
I
 
L
Q
 
V
K
 
D
G
 
S
A
 
S
A
 
V
G
 
L
A
 
E
V
 
V
-
 
L
-
 
K
P
 
P
A
 
I
G
 
V
L
 
Y
A
 
E
E
 
Q
R
 
R
-
 
D
-