SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Dsui_2086 FitnessBrowser__PS:Dsui_2086 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

Q47945 Alcohol dehydrogenase (quinone), cytochrome c subunit; ADH; Alcohol dehydrogenase (quinone), subunit II; Cytochrome c-553; Cytochrome c553; Ethanol:Q2 reductase; G3-ADH subunit II; Quinohemoprotein-cytochrome c complex; Ubiquinol oxidase; EC 1.1.5.5 from Gluconobacter oxydans (strain 621H) (Gluconobacter suboxydans) (see paper)
42% identity, 59% coverage: 20:430/696 of query aligns to 18:434/478 of Q47945

query
sites
Q47945
W
|
W
R
x
K
S
x
L
A
|
A
A
|
A
A
|
A
T
x
I
F
x
G
L
|
L
L
x
M
S
x
A
A
x
V
L
 
-
A
 
-
A
x
S
A
x
F
G
|
G
L
x
A
G
x
A
R
x
H
A
|
A
E
x
Q
A
 
D
A
 
A
D
 
D
A
 
E
G
 
A
Q
 
L
I
 
I
A
 
K
R
 
R
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
L
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
S
D
 
D
C
 
C
V
 
I
A
 
A
C
 
C
H
 
H
T
 
T
A
 
A
E
 
L
G
 
H
G
 
G
K
 
Q
S
 
P
M
 
Y
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
L
E
 
E
L
 
I
A
 
K
T
 
S
P
 
P
F
 
I
G
 
G
V
 
T
L
 
I
F
 
Y
S
 
S
T
 
T
N
 
N
I
 
I
T
 
T
P
 
P
D
 
D
K
 
P
E
 
E
T
 
H
G
 
G
I
 
I
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
T
 
T
F
 
L
A
 
E
Q
 
D
F
 
F
D
 
T
R
 
K
A
 
A
M
 
L
R
 
R
K
 
K
G
 
G
V
 
I
A
 
R
A
 
K
D
 
D
G
 
G
H
 
A
N
 
T
L
 
V
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
M
 
M
P
 
P
Y
 
Y
P
 
P
S
 
E
Y
 
F
A
 
A
K
 
R
M
 
L
T
 
S
G
 
D
E
 
D
D
 
D
M
 
I
Q
 
R
A
 
A
L
 
M
Y
 
Y
A
 
A
Y
 
F
L
 
F
M
 
M
Q
 
H
G
 
G
L
 
V
A
 
K
P
 
P
V
 
V
K
 
A
Q
 
L
A
 
Q
N
 
N
K
 
K
P
 
A
T
 
P
A
 
D
M
 
I
R
 
S
W
 
W
P
 
P
F
 
L
N
 
S
Q
 
M
R
 
R
W
 
W
G
 
P
L
 
L
S
 
G
L
 
M
W
 
W
N
 
R
W
 
A
A
 
M
F
 
F
L
 
V
D
 
P
A
 
S
-
 
M
T
 
T
P
 
P
F
 
G
Q
 
V
P
 
D
D
 
K
A
 
S
G
 
I
K
 
S
D
 
D
A
 
P
T
 
E
W
 
V
N
 
A
R
 
R
G
 
G
A
 
E
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
Q
 
N
G
 
G
L
 
P
G
 
G
H
 
H
C
 
C
G
 
G
A
 
E
C
 
C
H
 
H
T
 
T
P
 
P
R
 
R
G
 
G
I
 
F
A
 
G
F
 
M
Q
 
Q
E
 
V
K
 
K
A
 
A
M
 
Y
S
 
G
D
 
T
A
 
A
G
 
G
S
 
-
K
 
-
G
 
G
K
 
N
H
 
A
F
 
Y
L
 
L
A
 
A
G
 
G
E
 
G
T
 
A
-
 
P
V
 
I
E
 
D
S
 
N
W
 
W
R
 
I
A
 
A
L
 
P
S
 
S
L
 
L
R
 
R
-
 
S
-
 
N
-
 
S
-
 
D
-
 
T
-
 
G
-
 
L
G
 
G
L
 
R
W
 
W
T
 
S
V
 
E
E
 
D
D
 
D
T
 
I
A
 
V
L
 
T
F
 
F
L
 
L
K
 
K
T
 
S
G
 
G
Q
 
R
N
 
I
R
 
D
F
 
H
A
 
S
T
 
A
A
 
V
S
 
F
G
 
G
N
 
G
M
 
M
A
 
A
E
 
D
V
 
V
I
 
V
H
 
A
H
 
Y
S
 
S
T
 
T
Q
 
Q
H
 
H
V
 
W
K
 
S
D
 
D
E
 
D
D
 
D
L
 
L
V
 
R
A
 
A
I
 
T
A
 
A
T
 
K
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
S
 
S
L
 
M
P
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
H
 
-
E
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
-
P
 
P
S
 
A
V
 
V
P
 
P
R
 
E
S
 
G
E
 
K
V
 
N
A
 
L
G
 
G
K
 
Q
V
 
D
P
 
D
G
 
G
N
 
Q
L
 
T
F
 
T
S
 
A
-
 
L
-
 
L
-
 
N
-
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
Q
-
 
G
S
 
N
R
 
A
G
 
G
G
 
A
L
 
E
A
 
V
Y
 
Y
V
 
L
Q
 
H
F
 
N
C
 
C
G
 
A
D
 
I
C
 
C
H
 
H
R
 
M
Q
 
N
D
 
D
G
 
G
N
 
T
G
 
G
V
 
V
S
 
N
K
 
R
I
 
M
F
 
F
P
 
P
P
 
P
L
 
L
A
 
A
G
 
G
N
 
N
P
 
P
A
 
V
V
 
V
T
 
I
A
 
T
K
 
D
D
 
D
P
 
P
A
 
T
T
 
S
L
 
L
L
 
A
H
 
N
I
 
V
T
 
V
L
 
A
T
 
F
G
 
G
W
 
G
K
 
I
T
 
L
A
 
P
S
 
P
T
 
T
A
 
N
A
 
S
H
 
A
P
 
P
R
 
S
V
 
A
F
 
V
T
 
A
M
 
M
P
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
K
-
 
N
R
 
H
L
 
L
N
 
S
D
 
D
Q
 
Q
E
 
E
L
 
M
A
 
A
E
 
D
L
 
V
I
 
V
T
 
N
F
 
F
V
 
M
R
 
R
S
 
K
S
 
G
W
 
W
G
 
G
N
 
N
G
 
N
G
 
A
E
 
P
-
 
G
A
 
T
V
 
V
T
 
S
A
 
A
S
 
S
Q
 
D
V
 
I
K
 
Q
K
 
K
M
 
L
R
 
R

Sites not aligning to the query:

8gy2B Cryo-em structure of membrane-bound alcohol dehydrogenase from gluconobacter oxydans
43% identity, 56% coverage: 43:430/696 of query aligns to 1:396/433 of 8gy2B

query
sites
8gy2B
A
 
A
D
 
D
A
 
E
G
 
A
Q
 
L
I
 
I
A
 
K
R
 
R
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
L
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
S
D
 
D
C
|
C
V
 
I
A
 
A
C
|
C
H
|
H
T
 
T
A
 
A
E
 
L
G
 
H
G
 
G
K
 
Q
S
 
P
M
 
Y
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
x
L
E
 
E
L
 
I
A
 
K
T
 
S
P
|
P
F
 
I
G
 
G
V
 
T
L
 
I
F
 
Y
S
 
S
T
|
T
N
 
N
I
|
I
T
 
T
P
 
P
D
 
D
K
 
P
E
 
E
T
 
H
G
 
G
I
 
I
G
 
G
N
 
N
Y
|
Y
T
 
T
F
 
L
A
 
E
Q
 
D
F
 
F
D
 
T
R
 
K
A
 
A
M
x
L
R
 
R
K
 
K
G
 
G
V
 
I
A
x
R
A
 
K
D
 
D
G
 
G
H
 
A
N
 
T
L
x
V
Y
|
Y
P
|
P
A
 
A
M
|
M
P
 
P
Y
 
Y
P
 
P
S
 
E
Y
x
F
A
 
A
K
 
R
M
 
L
T
 
S
G
 
D
E
 
D
D
 
D
M
 
I
Q
 
R
A
 
A
L
 
M
Y
 
Y
A
 
A
Y
 
F
L
 
F
M
 
M
Q
 
H
G
 
G
L
 
V
A
 
K
P
 
P
V
 
V
K
 
A
Q
 
L
A
 
Q
N
 
N
K
 
K
P
 
A
T
 
P
A
 
D
M
 
I
R
 
S
W
 
W
P
 
P
F
 
L
N
 
S
Q
 
M
R
|
R
W
 
W
G
 
P
L
|
L
S
 
G
L
 
M
W
|
W
N
 
R
W
 
A
A
 
M
F
 
F
L
 
V
D
 
P
A
 
S
-
 
M
T
 
T
P
 
P
F
 
G
Q
 
V
P
 
D
D
 
K
A
 
S
G
 
I
K
 
S
D
 
D
A
 
P
T
 
E
W
 
V
N
 
A
R
 
R
G
 
G
A
 
E
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
Q
 
N
G
 
G
L
 
P
G
 
G
H
|
H
C
|
C
G
 
G
A
x
E
C
|
C
H
|
H
T
 
T
P
 
P
R
|
R
G
 
G
I
 
F
A
 
G
F
 
M
Q
 
Q
E
 
V
K
 
K
A
 
A
M
 
Y
S
 
G
D
 
T
A
 
A
G
 
G
S
 
-
K
 
-
G
 
G
K
 
N
H
 
A
F
 
Y
L
 
L
A
 
A
-
 
G
G
 
G
E
 
A
T
 
P
V
x
I
E
 
D
S
 
N
W
 
W
R
x
I
A
|
A
L
x
P
S
 
S
L
|
L
R
 
R
-
 
S
-
 
N
-
 
S
-
 
D
-
 
T
-
 
G
-
 
L
G
 
G
L
 
R
W
|
W
T
 
S
V
 
E
E
 
D
D
 
D
T
 
I
A
 
V
L
 
T
F
|
F
L
 
L
K
 
K
T
 
S
G
 
G
Q
 
R
N
 
I
R
 
D
F
 
H
A
 
S
T
x
A
A
x
V
S
x
F
G
 
G
N
 
G
M
|
M
A
 
A
E
x
D
V
 
V
I
 
V
H
 
A
H
 
Y
S
 
S
T
 
T
Q
 
Q
H
 
H
V
 
W
K
 
S
D
 
D
E
 
D
D
 
D
L
 
L
V
 
R
A
 
A
I
 
T
A
 
A
T
 
K
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
S
 
S
L
 
M
P
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
H
 
-
E
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
-
P
 
P
S
 
A
V
 
V
P
 
P
R
 
E
S
 
G
E
 
K
V
 
N
A
 
L
G
 
G
K
 
Q
V
 
D
P
 
D
G
 
G
N
 
Q
L
 
T
F
 
T
S
 
A
-
 
L
-
 
L
-
 
N
-
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
Q
-
 
G
S
 
N
R
 
A
G
 
G
G
 
A
L
 
E
A
 
V
Y
 
Y
V
 
L
Q
 
H
F
x
N
C
|
C
G
 
A
D
 
I
C
|
C
H
|
H
R
 
M
Q
 
N
D
 
D
G
 
G
N
 
T
G
 
G
V
 
V
S
 
N
K
 
R
I
x
M
F
|
F
P
|
P
P
 
P
L
|
L
A
 
A
G
 
G
N
 
N
P
|
P
A
 
V
V
 
V
T
 
I
A
 
T
K
 
D
D
 
D
P
 
P
A
 
T
T
 
S
L
 
L
L
 
A
H
 
N
I
 
V
T
 
V
L
 
A
T
 
F
G
 
G
W
x
G
K
 
I
T
 
L
A
 
P
S
 
P
T
 
T
A
 
N
A
 
S
H
 
A
P
 
P
R
x
S
V
 
A
F
x
V
T
 
A
M
|
M
P
 
P
G
 
G
F
|
F
A
 
K
-
 
N
R
 
H
L
 
L
N
 
S
D
 
D
Q
 
Q
E
 
E
L
 
M
A
 
A
E
 
D
L
 
V
I
 
V
T
 
N
F
 
F
V
x
M
R
 
R
S
 
K
S
 
G
W
 
W
G
 
G
N
 
N
G
 
N
G
 
A
E
 
P
-
 
G
A
 
T
V
 
V
T
 
S
A
 
A
S
 
S
Q
 
D
V
 
I
K
 
Q
K
 
K
M
 
L
R
 
R

Sites not aligning to the query:

7w2jC Cryo-em structure of membrane-bound fructose dehydrogenase from gluconobacter japonicus
38% identity, 55% coverage: 48:431/696 of query aligns to 1:387/418 of 7w2jC

query
sites
7w2jC
I
 
I
A
 
S
R
 
R
G
 
G
E
 
H
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
R
 
I
L
 
A
G
 
A
D
 
D
C
|
C
V
 
A
A
 
A
C
|
C
H
|
H
T
 
T
-
 
N
A
 
G
E
 
R
G
 
D
G
 
G
K
 
Q
S
 
F
M
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
Y
E
 
A
L
 
I
A
 
S
T
 
S
P
 
P
F
 
M
G
 
G
V
 
N
L
 
I
F
 
Y
S
 
S
T
|
T
N
 
N
I
|
I
T
 
T
P
 
P
D
 
S
K
 
K
E
 
T
T
 
H
G
 
G
I
 
I
G
 
G
N
 
N
Y
|
Y
T
 
T
F
 
L
A
 
E
Q
 
Q
F
 
F
D
 
S
R
 
K
A
 
A
M
 
L
R
 
R
K
 
H
G
 
G
V
 
I
A
 
R
A
 
A
D
 
D
G
 
G
H
 
A
N
 
Q
L
|
L
Y
|
Y
P
 
P
A
|
A
M
|
M
P
 
P
Y
 
Y
P
 
D
S
 
A
Y
 
Y
A
 
N
K
 
R
M
 
L
T
 
T
G
 
D
E
 
E
D
 
D
M
 
V
Q
 
K
A
 
S
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
L
 
I
M
 
M
Q
 
T
G
 
E
L
 
V
A
 
K
P
 
P
V
 
V
K
 
D
Q
 
A
A
 
P
N
 
S
K
 
P
P
 
K
T
 
T
A
 
Q
M
 
L
R
 
P
W
 
F
P
 
P
F
 
F
N
 
S
Q
 
I
R
|
R
W
 
A
G
 
S
L
 
L
S
 
G
L
 
I
W
 
W
N
 
K
W
 
I
A
 
A
F
 
A
-
 
R
L
 
I
D
 
E
A
 
G
T
 
K
P
 
P
F
 
Y
Q
 
V
P
 
F
D
 
D
A
 
H
G
 
T
K
 
H
D
 
N
A
 
D
T
 
D
W
 
W
N
 
N
R
 
R
G
 
G
A
 
R
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
Q
 
D
G
 
E
L
 
L
G
 
A
H
|
H
C
|
C
G
 
G
A
 
E
C
|
C
H
|
H
T
 
T
P
 
P
R
 
R
G
 
N
I
 
F
A
 
L
F
 
L
Q
 
A
E
 
P
K
 
N
A
 
Q
M
 
S
S
 
A
D
 
-
A
 
-
G
 
-
S
 
-
K
 
-
G
 
-
K
 
-
H
 
-
F
 
Y
L
 
L
A
 
A
G
 
G
E
 
A
T
 
D
V
 
I
E
 
G
S
 
S
W
 
W
R
 
R
A
|
A
L
x
P
S
 
N
L
 
I
R
 
T
-
 
N
-
 
A
-
 
P
-
 
Q
-
 
S
-
 
G
-
 
I
G
 
G
L
 
S
W
 
W
T
 
S
V
 
D
E
 
Q
D
 
D
T
 
L
A
 
F
L
 
Q
F
 
Y
L
 
L
K
 
K
T
 
T
G
 
G
Q
 
K
N
 
T
R
 
A
F
 
H
A
 
A
T
x
R
A
 
A
S
 
A
G
 
G
N
x
P
M
|
M
A
 
A
E
 
E
V
 
A
I
 
I
H
 
E
H
 
H
S
 
S
T
 
L
Q
 
Q
H
 
Y
V
 
L
K
 
P
D
 
D
E
 
A
D
 
D
L
 
I
V
 
S
A
 
A
I
 
I
A
 
V
T
 
T
Y
 
Y
L
 
L
K
 
R
S
 
S
L
 
V
P
 
P
P
 
A
G
 
K
E
 
A
H
 
E
E
 
S
L
 
-
P
 
-
A
 
G
P
 
Q
S
 
T
V
 
V
P
 
A
R
 
N
S
 
F
E
 
E
V
 
H
A
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
P
P
 
S
G
 
S
N
 
Y
L
 
S
F
 
V
S
 
T
S
 
T
R
 
D
G
 
G
G
 
A
L
 
A
A
 
L
Y
 
Y
V
 
E
Q
 
A
F
x
V
C
|
C
G
 
A
D
 
S
C
|
C
H
|
H
R
 
Q
Q
 
S
D
 
D
G
 
G
N
 
K
G
 
G
V
 
S
S
 
K
K
 
D
-
 
G
I
x
Y
F
x
Y
P
|
P
P
 
S
L
|
L
A
 
V
G
 
G
N
|
N
P
x
T
A
x
T
V
 
T
T
 
G
A
 
Q
K
 
L
D
 
N
P
 
P
A
 
N
T
x
D
L
 
L
L
 
I
H
 
A
I
 
S
T
x
I
L
 
L
T
 
Y
G
 
G
W
x
V
K
 
D
T
x
R
A
 
-
S
 
T
T
 
T
A
 
D
A
 
N
H
 
H
P
 
E
R
 
-
V
 
-
F
x
I
T
 
L
M
|
M
P
|
P
G
 
A
F
|
F
A
 
G
-
 
P
-
 
D
-
 
S
-
 
L
-
 
V
-
 
Q
R
 
P
L
 
L
N
 
T
D
 
D
Q
 
E
E
 
Q
L
 
I
A
 
A
E
 
T
L
 
I
I
 
A
T
 
D
F
 
Y
V
 
V
R
 
L
S
 
S
S
 
H
W
 
F
G
 
G
N
 
N
G
 
A
G
 
Q
E
 
A
A
 
T
V
 
V
T
 
S
A
 
A
S
 
D
Q
 
A
V
 
V
K
 
K
K
 
Q
M
 
V
R
 
R
A
 
A

8jejC Cryo-em structure of na-dithionite reduced membrane-bound fructose dehydrogenase from gluconobacter japonicus
38% identity, 55% coverage: 48:431/696 of query aligns to 1:401/413 of 8jejC

query
sites
8jejC
I
 
I
A
 
S
R
 
R
G
 
G
E
 
H
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
R
 
I
L
 
A
G
 
A
D
 
D
C
|
C
V
 
A
A
 
A
C
|
C
H
|
H
T
 
T
-
 
N
A
 
G
E
 
R
G
 
D
G
 
G
K
 
Q
S
 
F
M
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
Y
E
 
A
L
 
I
A
 
S
T
 
S
P
 
P
F
x
M
G
 
G
V
 
N
L
 
I
F
 
Y
S
 
S
T
|
T
N
 
N
I
|
I
T
 
T
P
 
P
D
 
S
K
 
K
E
 
T
T
 
H
G
 
G
I
 
I
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
T
 
T
F
 
L
A
 
E
Q
 
Q
F
|
F
D
 
S
R
 
K
A
 
A
M
x
L
R
 
R
K
 
H
G
 
G
V
 
I
A
 
R
A
 
A
D
 
D
G
 
G
H
 
A
N
 
Q
L
|
L
Y
|
Y
P
|
P
A
 
A
M
|
M
P
|
P
Y
 
Y
P
 
D
S
 
A
Y
|
Y
A
 
N
K
 
R
M
 
L
T
 
T
G
 
D
E
 
E
D
 
D
M
 
V
Q
 
K
A
 
S
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
L
 
I
M
 
M
Q
 
T
G
 
E
L
 
V
A
 
K
P
 
P
V
 
V
K
 
D
Q
 
A
A
 
P
N
 
S
K
 
P
P
 
K
T
 
T
A
 
Q
M
 
L
R
 
P
W
 
F
P
 
P
F
 
F
N
 
S
Q
 
I
R
|
R
W
 
A
G
x
S
L
 
L
S
 
G
L
 
I
W
|
W
N
 
K
W
 
I
A
 
A
F
 
A
-
 
R
L
 
I
D
 
E
A
 
G
T
 
K
P
 
P
F
 
Y
Q
 
V
P
 
F
D
 
D
A
 
H
G
 
T
K
 
H
D
 
N
A
 
D
T
 
D
W
 
W
N
 
N
R
 
R
G
 
G
A
 
R
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
Q
 
D
G
 
E
L
 
L
G
 
A
H
 
H
C
|
C
G
 
G
A
 
E
C
|
C
H
|
H
T
 
T
P
 
P
R
 
R
G
 
N
I
 
F
A
 
L
F
x
L
Q
 
A
E
 
P
K
 
N
A
 
Q
M
 
S
S
 
A
D
 
-
A
 
-
G
 
-
S
 
-
K
 
-
G
 
-
K
 
-
H
 
-
F
 
Y
L
 
L
A
 
A
G
 
G
E
 
A
T
 
D
V
x
I
E
 
G
S
 
S
W
|
W
R
 
R
A
|
A
L
x
P
S
 
N
L
x
I
R
 
T
-
 
N
-
 
A
-
 
P
-
 
Q
-
 
S
-
 
G
-
 
I
G
 
G
L
 
S
W
|
W
T
 
S
V
 
D
E
 
Q
D
 
D
T
 
L
A
 
F
L
 
Q
F
x
Y
L
 
L
K
 
K
T
 
T
G
 
G
Q
 
K
N
 
T
R
 
A
F
 
H
A
 
A
T
x
R
A
 
A
S
 
A
G
 
G
N
 
P
M
|
M
A
 
A
E
 
E
V
 
A
I
 
I
H
 
E
H
 
H
S
 
S
T
 
L
Q
 
Q
H
 
Y
V
 
L
K
 
P
D
 
D
E
 
A
D
 
D
L
 
I
V
 
S
A
 
A
I
 
I
A
 
V
T
 
T
Y
 
Y
L
 
L
K
 
R
S
 
S
L
 
V
P
 
P
P
 
A
G
 
K
E
 
A
H
 
E
E
 
S
L
 
-
P
 
-
A
 
G
P
 
Q
S
 
T
V
 
V
P
 
A
R
 
N
S
 
F
E
 
E
V
 
H
A
 
A
G
 
G
K
 
R
-
 
P
-
 
S
-
 
S
-
 
Y
V
 
S
P
 
V
G
 
A
N
 
N
L
 
A
F
 
N
S
 
S
S
 
R
R
 
R
-
 
S
-
 
N
-
 
S
-
 
T
-
 
L
-
 
T
-
 
K
-
 
T
-
 
T
-
 
D
G
 
G
G
 
A
L
 
A
A
 
L
Y
 
Y
V
 
E
Q
 
A
F
x
V
C
|
C
G
 
A
D
 
S
C
|
C
H
|
H
R
 
Q
Q
 
S
D
 
D
G
 
G
N
 
K
G
 
G
V
 
S
S
 
K
K
 
D
-
 
G
I
 
Y
F
x
Y
P
|
P
P
 
S
L
|
L
A
 
V
G
 
G
N
 
N
P
x
T
A
x
T
V
 
T
T
 
G
A
 
Q
K
 
L
D
 
N
P
 
P
A
 
N
T
x
D
L
 
L
L
 
I
H
 
A
I
 
S
T
x
I
L
 
L
T
 
Y
G
 
G
W
x
V
K
 
D
T
x
R
A
 
-
S
 
T
T
 
T
A
 
D
A
 
N
H
 
H
P
 
E
R
 
-
V
 
-
F
x
I
T
 
L
M
|
M
P
 
P
G
 
A
F
|
F
A
 
G
-
 
P
-
 
D
-
 
S
-
 
L
-
 
V
-
 
Q
R
 
P
L
 
L
N
 
T
D
 
D
Q
 
E
E
 
Q
L
 
I
A
 
A
E
 
T
L
x
I
I
 
A
T
 
D
F
 
Y
V
 
V
R
 
L
S
 
S
S
 
H
W
 
F
G
 
G
N
 
N
G
 
A
G
 
Q
E
 
A
A
 
T
V
 
V
T
 
S
A
 
A
S
 
D
Q
 
A
V
 
V
K
 
K
K
 
Q
M
 
V
R
 
R
A
 
A

Sites not aligning to the query:

8gy3A Cryo-em structure of membrane-bound aldehyde dehydrogenase from gluconobacter oxydans
34% identity, 54% coverage: 40:413/696 of query aligns to 33:410/440 of 8gy3A

query
sites
8gy3A
A
 
A
E
 
S
A
 
S
A
 
F
D
 
S
A
 
A
G
 
D
Q
 
A
I
 
I
A
 
S
R
 
R
G
 
G
E
 
E
Y
 
I
L
 
V
A
 
A
R
 
N
L
 
G
G
 
G
D
x
Y
C
|
C
V
 
A
A
x
E
C
|
C
H
|
H
T
 
T
A
 
R
E
 
V
G
 
D
G
 
G
K
 
K
-
 
P
-
 
G
-
 
P
S
 
E
M
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
D
R
 
F
E
 
K
L
 
M
A
 
A
T
|
T
P
 
P
F
|
F
G
 
G
V
 
D
L
 
I
F
 
F
S
 
S
T
x
S
N
 
N
I
|
I
T
 
T
P
 
P
D
 
D
K
 
E
E
 
E
T
 
W
G
 
G
I
 
I
G
 
G
N
 
N
Y
x
W
T
 
S
F
 
L
A
 
A
Q
 
A
F
|
F
D
 
K
R
 
R
A
 
A
M
 
M
R
 
N
K
 
K
G
 
G
V
 
I
A
 
A
A
 
R
D
 
D
G
 
G
H
 
S
N
 
Q
L
|
L
Y
|
Y
P
|
P
A
 
A
M
x
F
P
 
P
Y
 
F
P
 
D
S
 
H
Y
x
F
A
 
T
K
 
K
M
 
V
T
 
S
G
 
D
E
 
Q
D
 
D
M
 
V
Q
 
S
A
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
M
 
M
Q
 
T
G
 
R
L
 
P
A
 
A
P
 
-
V
 
V
K
 
H
Q
 
L
A
 
K
N
 
P
K
 
R
P
 
D
T
 
N
A
 
T
M
 
V
R
 
P
W
 
F
P
 
P
F
x
I
N
 
N
Q
 
I
R
|
R
W
 
L
-
 
I
G
|
G
L
x
Q
S
 
G
L
x
F
W
|
W
N
 
K
W
 
L
A
 
L
F
 
F
L
 
F
D
 
T
A
 
P
T
 
G
P
 
R
F
 
Y
Q
 
Q
P
 
N
D
 
D
A
 
P
G
 
K
K
 
H
D
 
D
A
 
A
T
 
Q
W
 
W
N
 
N
R
 
R
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
V
 
A
Q
 
E
G
 
G
L
 
N
G
 
E
H
|
H
C
|
C
G
 
G
A
 
A
C
|
C
H
|
H
T
 
T
P
 
P
R
|
R
G
 
N
I
 
L
A
x
L
F
 
G
Q
 
A
E
 
E
K
 
K
A
 
M
M
 
S
S
 
S
D
 
-
A
 
-
G
 
-
S
 
-
K
 
-
G
 
-
K
 
-
H
 
-
F
 
V
L
 
Y
A
 
D
G
 
G
E
 
A
T
 
V
V
 
I
E
 
D
S
 
G
W
 
W
R
 
I
A
|
A
L
x
P
S
 
P
L
|
L
R
 
N
G
 
D
-
 
H
-
 
N
-
 
P
-
 
T
-
 
P
-
 
V
L
 
V
W
|
W
T
 
T
V
 
E
E
 
D
D
 
E
T
 
L
A
 
F
L
 
Q
F
x
Y
L
|
L
K
 
R
T
 
F
G
 
G
Q
 
V
N
 
A
R
 
P
F
 
L
-
 
H
A
x
G
T
x
S
A
 
A
S
 
A
G
 
G
N
 
P
M
|
M
A
 
S
E
 
P
V
 
V
I
 
P
H
 
H
H
 
R
S
 
F
T
 
L
Q
 
S
H
 
K
V
 
I
K
 
P
D
 
E
E
 
E
D
 
D
L
 
V
V
 
H
A
 
A
I
 
I
A
 
A
T
 
H
Y
 
Y
L
x
Y
K
 
A
S
 
D
L
 
V
P
 
D
P
 
K
G
 
A
E
 
A
H
 
Q
E
 
R
L
 
S
P
 
S
A
 
G
-
 
D
-
 
Q
P
 
A
S
 
A
V
 
I
P
 
T
R
 
R
S
 
A
-
 
M
E
 
Q
V
 
M
A
 
S
G
 
G
K
 
R
-
 
D
V
 
L
P
 
T
G
 
G
N
 
P
L
 
Q
F
 
P
S
 
L
S
 
D
R
 
E
G
 
D
G
 
A
L
 
R
A
 
L
Y
 
Y
V
 
Q
Q
 
G
F
 
A
C
|
C
G
 
G
D
 
A
C
|
C
H
|
H
R
 
Y
Q
 
N
D
 
S
G
 
G
N
 
P
G
 
N
V
 
P
S
 
V
K
 
L
I
 
G
F
 
R
P
|
P
P
 
E
L
|
L
A
 
A
G
 
L
N
|
N
P
x
N
A
 
A
V
 
L
T
 
W
A
 
L
K
 
D
D
 
E
P
 
P
A
 
N
T
 
N
L
 
L
L
 
Y
H
 
Q
I
x
V
T
 
M
L
 
L
T
 
H
G
 
G
W
x
I
K
 
T
T
 
A
A
 
E
S
 
E
T
x
G
A
x
Q
A
 
D
H
 
H
P
 
-
R
 
-
V
 
-
F
x
I
T
 
S
M
|
M
P
 
P
G
 
S
F
|
F
-
 
Y
A
 
S
R
 
G
L
 
L
N
 
S
D
 
D
Q
 
H
E
 
D
L
 
M
A
 
A
E
 
R
L
 
I
I
 
A
T
 
A
F
 
Y
V
 
L
R
 
R
S
 
R
S
 
T

D3RVD4 Thiosulfate dehydrogenase; Tetrathionate synthase; EC 1.8.2.2 from Allochromatium vinosum (strain ATCC 17899 / DSM 180 / NBRC 103801 / NCIMB 10441 / D) (Chromatium vinosum) (see 2 papers)
43% identity, 32% coverage: 461:684/696 of query aligns to 50:270/270 of D3RVD4

query
sites
D3RVD4
E
 
E
Q
 
S
L
 
I
V
 
V
R
 
R
G
 
G
M
 
R
R
 
R
L
 
Y
H
 
L
L
 
S
E
 
D
T
 
T
K
 
P
D
 
A
L
 
Q
L
 
L
P
 
P
N
 
D
H
 
F
V
 
V
G
 
G
D
 
N
Q
 
G
L
 
L
N
 
A
C
 
C
T
 
R
S
 
H
C
 
C
H
 
H
L
 
P
-
 
G
-
 
R
-
 
D
-
 
G
N
 
E
A
 
V
G
 
G
T
 
T
V
 
E
A
 
A
D
 
N
G
 
A
S
 
A
P
 
P
F
 
F
V
 
V
G
 
G
V
 
V
S
 
V
A
 
G
F
 
R
F
 
F
P
 
P
S
 
Q
Y
 
Y
A
 
S
P
 
A
R
 
R
A
 
H
G
 
G
R
 
R
I
 
L
I
 
I
T
 
T
L
 
L
E
 
E
D
 
Q
R
 
R
I
 
I
N
 
G
G
 
D
C
|
C
F
 
F
K
 
E
R
 
R
S
 
S
M
 
L
N
 
N
G
 
G
K
 
R
P
 
A
L
 
L
P
 
A
V
 
L
E
 
D
S
 
H
A
 
P
D
 
A
M
 
L
K
 
I
A
 
D
M
 
M
V
 
L
A
 
A
Y
 
Y
F
 
M
D
 
S
W
 
W
M
 
L
K
 
S
G
 
Q
A
 
G
T
 
V
K
 
P
P
 
V
E
 
G
D
 
A
K
 
V
V
 
V
P
 
A
G
 
G
R
 
H
G
 
G
I
 
I
G
 
P
K
 
T
I
 
L
D
 
T
R
 
L
S
 
E
L
 
R
K
 
E
P
 
P
D
 
D
S
 
G
D
 
V
N
 
H
G
 
G
K
 
E
K
 
A
I
 
L
Y
 
Y
A
 
Q
E
 
A
Q
 
R
C
 
C
A
 
L
V
 
A
C
 
C
H
 
H
G
 
G
E
 
A
N
 
D
G
 
G
E
 
S
G
 
G
L
 
T
K
 
L
S
 
D
A
 
A
D
 
D
G
 
G
K
 
R
M
 
Y
V
 
L
Y
 
F
P
 
P
P
 
P
L
 
L
W
 
W
G
 
G
D
 
P
E
 
R
S
 
S
F
 
F
N
 
N
I
 
T
G
 
G
A
 
A
G
 
G
M
 
M
A
 
N
R
 
R
T
 
Q
Y
 
A
T
 
T
A
 
A
A
 
A
A
 
G
F
 
F
V
 
I
K
 
K
R
 
H
N
 
K
M
 
M
P
 
P
I
 
L
G
 
G
F
 
-
H
 
-
G
 
-
K
 
-
F
 
-
P
 
-
L
 
-
G
 
A
Q
 
D
G
 
D
G
 
S
L
 
L
S
 
S
D
 
D
Q
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
W
D
 
D
V
 
V
A
 
A
E
 
G
Y
 
F
F
 
V
S
 
L
H
 
T
Q
 
H
P
 
P
R
 
R
P
 
P
D
 
L
F
 
F
P
 
Q
E
 
E
K
 
P
V
 
T
K
 
G
D
 
D

Sites not aligning to the query:

4v2kA Crystal structure of the thiosulfate dehydrogenase tsda in complex with thiosulfate (see paper)
43% identity, 31% coverage: 461:678/696 of query aligns to 20:234/235 of 4v2kA

query
sites
4v2kA
E
 
E
Q
 
S
L
 
I
V
 
V
R
 
R
G
 
G
M
 
R
R
 
R
L
 
Y
H
 
L
L
 
S
E
 
D
T
 
T
K
 
P
D
 
A
L
 
Q
L
 
L
P
 
P
N
 
D
H
 
F
V
 
V
G
 
G
D
 
N
Q
 
G
L
 
L
N
 
A
C
|
C
T
 
R
S
x
H
C
|
C
H
|
H
L
x
P
-
 
G
-
 
R
-
 
D
-
 
G
N
 
E
A
 
V
G
 
G
T
 
T
V
 
E
A
 
A
D
 
N
G
 
A
S
 
A
P
 
P
F
|
F
V
 
V
G
 
G
V
 
V
S
 
V
A
 
G
F
 
R
F
 
F
P
 
P
S
 
Q
Y
 
Y
A
 
S
P
 
A
R
|
R
A
 
H
G
 
G
R
 
R
I
 
L
I
 
I
T
 
T
L
 
L
E
 
E
D
 
Q
R
|
R
I
 
I
N
 
G
G
 
D
C
|
C
F
|
F
K
 
E
R
|
R
S
|
S
M
x
L
N
 
N
G
 
G
K
 
R
P
 
A
L
 
L
P
 
A
V
 
L
E
 
D
S
 
H
A
 
P
D
 
A
M
 
L
K
 
I
A
 
D
M
 
M
V
 
L
A
 
A
Y
 
Y
F
 
M
D
 
S
W
 
W
M
 
L
K
 
S
G
 
Q
A
 
G
T
 
V
K
 
P
P
 
V
E
 
G
D
 
A
K
 
V
V
 
V
P
 
A
G
 
G
R
 
H
G
|
G
I
|
I
G
 
P
K
 
T
I
 
L
D
 
T
R
 
L
S
 
E
L
 
R
K
 
E
P
 
P
D
 
D
S
 
G
D
 
V
N
 
H
G
 
G
K
 
E
K
 
A
I
 
L
Y
 
Y
A
 
Q
E
 
A
Q
x
R
C
|
C
A
 
L
V
 
A
C
|
C
H
|
H
G
 
G
E
 
A
N
 
D
G
 
G
E
 
S
G
 
G
L
 
T
K
 
L
S
 
D
A
 
A
D
 
D
G
 
G
K
 
R
M
 
Y
V
 
L
Y
x
F
P
|
P
P
|
P
L
|
L
W
 
W
G
 
G
D
 
P
E
 
R
S
 
S
F
|
F
N
 
N
I
 
T
G
 
G
A
|
A
G
|
G
M
 
M
A
 
N
R
 
R
T
 
Q
Y
 
A
T
 
T
A
 
A
A
 
A
A
 
G
F
|
F
V
 
I
K
 
K
R
 
H
N
 
K
M
|
M
P
|
P
I
x
L
G
 
G
F
 
-
H
 
-
G
 
-
K
 
-
F
 
-
P
 
-
L
 
-
G
 
A
Q
 
D
G
 
D
G
 
S
L
 
L
S
 
S
D
 
D
Q
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
W
D
 
D
V
 
V
A
 
A
E
 
G
Y
 
F
F
 
V
S
 
L
H
 
T
Q
 
H
P
 
P
R
 
R
P
 
P
D
 
L
F
 
F

4wqaA Thiosulfate dehydrogenase (tsda) from allochromatium vinosum - tetrathionate co-crystallization (see paper)
42% identity, 31% coverage: 461:678/696 of query aligns to 19:227/227 of 4wqaA

query
sites
4wqaA
E
 
E
Q
 
S
L
 
I
V
 
V
R
 
R
G
 
G
M
 
R
R
 
R
L
 
Y
H
 
L
L
 
S
E
 
D
T
 
T
K
 
P
D
 
A
L
 
Q
L
 
L
P
 
P
N
 
D
H
 
F
V
 
V
G
 
G
D
 
N
Q
 
G
L
 
L
N
 
A
C
|
C
T
 
R
S
x
H
C
|
C
H
|
H
L
 
P
-
 
G
-
 
R
-
 
D
-
 
G
N
 
E
A
 
V
G
 
G
T
 
T
V
 
E
A
 
A
D
 
N
G
 
A
S
 
A
P
 
P
F
|
F
V
 
V
G
 
G
V
 
V
S
 
V
A
 
G
F
 
R
F
 
F
P
 
P
S
 
Q
Y
 
Y
A
 
S
P
 
A
R
|
R
A
 
H
G
 
G
R
 
R
I
 
L
I
 
I
T
 
T
L
 
L
E
 
E
D
 
Q
R
|
R
I
 
I
N
 
G
G
 
D
C
|
C
F
|
F
K
 
E
R
|
R
S
|
S
M
x
L
N
 
N
G
 
G
K
 
R
P
 
A
L
 
L
P
 
A
V
 
L
E
 
D
S
 
H
A
 
P
D
 
A
M
 
L
K
 
I
A
 
D
M
 
M
V
 
L
A
 
A
Y
 
Y
F
 
M
D
 
S
W
 
W
M
 
L
K
 
S
G
 
Q
A
 
G
T
 
V
K
 
P
P
 
V
E
 
G
D
 
A
K
 
V
V
 
V
P
 
A
G
 
G
R
 
H
G
|
G
I
|
I
G
 
P
K
 
T
I
 
L
D
 
T
R
 
L
S
 
E
L
 
R
K
 
E
P
 
P
D
 
D
S
 
G
D
 
V
N
 
H
G
 
G
K
 
E
K
 
A
I
 
L
Y
 
Y
A
 
Q
E
 
A
Q
x
R
C
|
C
A
 
L
V
 
A
C
|
C
H
|
H
G
 
G
E
 
A
N
 
D
G
 
G
E
 
S
G
 
G
L
 
T
K
 
L
S
 
D
A
 
A
D
 
D
G
 
G
K
 
R
M
 
Y
V
 
L
Y
x
F
P
|
P
P
|
P
L
|
L
W
 
W
G
 
G
D
 
P
E
 
R
S
 
S
F
|
F
N
 
N
I
 
T
G
 
G
A
|
A
G
|
G
M
 
M
A
 
N
R
 
R
T
 
Q
Y
 
A
T
 
T
A
 
A
A
 
A
A
 
G
F
|
F
V
 
I
K
 
K
R
 
H
N
x
K
M
|
M
P
 
-
I
 
-
G
 
-
F
 
-
H
 
-
G
 
-
K
 
-
F
 
-
P
 
-
L
 
-
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
G
 
S
L
 
L
S
 
S
D
 
D
Q
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
W
D
 
D
V
 
V
A
 
A
E
 
G
Y
 
F
F
 
V
S
 
L
H
 
T
Q
 
H
P
 
P
R
 
R
P
 
P
D
 
L
F
 
F

5lo9A Thiosulfate dehydrogenase (tsdba) from marichromatium purpuratum - "as isolated" form (see paper)
33% identity, 49% coverage: 338:680/696 of query aligns to 121:436/471 of 5lo9A

query
sites
5lo9A
C
|
C
G
 
V
D
x
R
C
|
C
H
|
H
R
 
G
Q
 
P
D
 
G
G
 
G
N
 
V
G
 
G
V
 
A
S
 
G
K
 
A
I
 
V
F
|
F
P
|
P
P
 
P
L
|
L
A
 
A
G
 
G
N
 
Q
P
 
P
A
 
Y
V
 
-
T
 
-
A
 
-
K
 
-
D
 
-
P
 
-
A
 
-
T
 
S
L
x
Y
L
 
L
H
 
L
I
 
A
T
x
Q
L
 
L
T
 
Q
G
 
A
W
|
W
K
 
G
T
 
T
A
 
G
S
 
R
T
x
R
A
 
H
A
 
G
H
x
E
P
 
P
R
 
M
V
 
A
F
 
L
T
x
M
M
 
G
P
 
A
G
 
V
F
 
A
A
 
G
R
 
R
L
 
L
N
 
D
D
 
A
Q
 
D
E
 
E
L
 
Q
A
 
R
E
 
A
L
 
L
I
 
A
T
 
A
F
 
Y
V
 
F
R
 
A
S
 
T
S
 
R
W
 
-
G
 
-
N
 
-
G
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
-
V
 
-
T
 
-
A
 
-
S
 
-
Q
 
-
V
 
-
K
 
P
K
 
L
M
 
A
R
 
R
A
 
A
E
 
E
V
 
A
V
 
A
K
 
-
Q
 
-
D
 
-
P
 
-
K
 
-
A
 
-
I
 
-
D
 
-
N
 
-
S
 
S
K
 
R
F
 
F
E
 
T
T
 
P
P
 
P
R
 
S
L
 
R
A
 
D
D
 
A
M
 
L
L
 
P
A
 
E
K
 
G
P
 
P
N
 
L
A
 
G
E
 
E
Q
 
M
L
 
V
V
 
R
R
 
L
G
 
G
M
 
A
R
 
R
L
 
L
-
 
F
-
x
R
H
 
H
L
 
T
E
 
N
T
 
T
K
 
D
D
 
P
L
 
R
L
 
S
P
 
A
N
 
P
H
 
H
V
 
V
G
 
G
D
 
N
Q
 
D
L
x
Q
N
 
T
C
|
C
T
x
A
S
x
G
C
|
C
H
|
H
L
 
L
N
 
D
A
 
N
G
 
G
T
 
R
V
 
R
A
 
A
D
 
D
G
 
A
S
 
S
P
 
P
F
x
M
V
 
W
G
 
A
V
x
A
S
 
W
A
 
V
F
 
A
F
x
Y
P
 
P
S
 
A
Y
 
Y
A
 
R
P
 
G
R
 
K
A
 
N
G
 
Q
R
 
R
I
 
V
I
 
D
T
 
T
L
 
M
E
 
A
D
 
E
R
|
R
I
 
I
N
 
Q
G
 
G
C
|
C
F
|
F
K
 
R
R
 
Y
S
|
S
M
|
M
N
 
N
-
 
A
-
 
Q
-
 
D
-
 
S
-
 
V
-
 
S
G
 
G
K
 
Q
P
 
V
L
 
P
P
 
E
V
 
T
E
 
N
S
 
G
A
 
L
D
 
V
M
 
L
K
 
D
A
 
A
M
 
L
V
 
Q
A
 
S
Y
 
Y
F
 
I
D
 
F
W
 
W
M
 
L
-
 
A
K
 
T
G
 
G
A
 
A
T
 
P
K
 
T
P
 
G
E
 
D
D
 
T
K
 
A
V
 
M
P
 
S
G
 
G
R
|
R
G
 
G
I
x
Y
G
 
P
K
 
R
I
 
L
D
 
Q
R
 
P
S
 
P
L
 
A
K
 
E
P
 
G
-
 
F
D
 
D
S
 
R
D
 
T
N
 
R
G
 
G
K
 
A
K
 
A
I
 
L
Y
 
Y
A
 
A
E
 
E
Q
x
H
C
|
C
A
 
A
V
 
L
C
|
C
H
|
H
G
 
G
E
 
A
N
 
E
G
 
G
E
 
E
G
 
G
L
 
L
K
 
L
S
 
-
A
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
E
M
 
V
V
 
V
Y
x
F
P
|
P
P
 
P
L
|
L
W
 
W
G
 
G
D
 
P
E
 
R
S
 
S
F
x
Y
N
 
N
I
 
W
G
 
G
A
 
A
G
 
G
M
 
M
A
 
H
R
 
R
T
 
V
Y
 
D
T
 
T
A
 
A
A
 
A
A
 
A
F
|
F
V
x
I
K
 
A
R
 
A
N
 
N
M
|
M
P
|
P
I
 
L
G
 
-
F
 
-
H
 
-
G
 
-
K
 
-
F
 
-
P
 
-
L
 
L
G
 
D
Q
 
T
G
 
V
G
 
R
L
 
L
S
 
T
D
 
P
Q
 
Q
E
 
E
A
 
A
L
 
W
D
 
D
V
 
V
A
 
A
E
 
A
Y
 
Y
F
 
I
S
 
N
H
 
A
Q
 
H
P
 
E
R
 
R
P
 
P
D
 
Q
F
 
D
P
 
P
E
 
R

Sites not aligning to the query:

4ax3D Structure of three-domain heme-cu nitrite reductase from ralstonia pickettii at 1.6 a resolution (see paper)
38% identity, 14% coverage: 338:432/696 of query aligns to 363:457/457 of 4ax3D

query
sites
4ax3D
C
|
C
G
 
S
D
 
V
C
|
C
H
|
H
R
 
Q
Q
 
G
D
 
N
G
 
G
N
 
A
G
 
G
V
 
L
S
 
P
K
 
G
I
 
V
F
 
F
P
|
P
P
|
P
L
|
L
A
 
A
G
 
K
N
x
S
P
 
D
A
x
F
V
 
L
T
 
A
A
 
A
K
 
-
D
 
D
P
 
P
A
 
K
T
 
R
L
 
A
L
 
M
H
 
N
I
 
I
T
 
V
L
 
L
T
 
H
G
 
G
W
 
L
K
x
N
-
x
G
T
 
K
A
 
I
S
 
K
T
 
V
A
 
N
A
 
G
H
 
Q
P
 
E
R
 
Y
V
 
D
F
x
S
T
 
V
M
|
M
P
 
P
G
 
P
F
x
M
A
 
T
R
 
Q
L
 
L
N
 
N
D
 
D
Q
 
D
E
 
E
L
 
V
A
 
A
E
 
N
L
 
I
I
 
L
T
 
T
F
 
Y
V
 
V
R
 
L
S
 
N
S
 
S
W
 
W
G
 
D
N
 
N
G
 
P
G
 
G
E
 
G
A
 
R
V
 
V
T
 
S
A
 
A
S
 
E
Q
 
D
V
 
V
K
 
K
K
 
K
M
 
V
R
 
R
A
 
A
E
 
Q

Sites not aligning to the query:

5oboA Crystal structure of nitrite bound d97n mutant of three-domain heme-cu nitrite reductase from ralstonia pickettii
38% identity, 14% coverage: 338:432/696 of query aligns to 361:455/456 of 5oboA

query
sites
5oboA
C
|
C
G
 
S
D
 
V
C
|
C
H
|
H
R
 
Q
Q
 
G
D
 
N
G
 
G
N
 
A
G
 
G
V
 
L
S
 
P
K
 
G
I
 
V
F
 
F
P
|
P
P
|
P
L
|
L
A
 
A
G
 
K
N
x
S
P
 
D
A
x
F
V
 
L
T
 
A
A
 
A
K
 
-
D
 
D
P
 
P
A
 
K
T
 
R
L
 
A
L
 
M
H
 
N
I
|
I
T
 
V
L
 
L
T
 
H
G
 
G
W
 
L
K
x
N
-
x
G
T
 
K
A
 
I
S
 
K
T
 
V
A
 
N
A
 
G
H
 
Q
P
 
E
R
 
Y
V
 
D
F
x
S
T
 
V
M
|
M
P
 
P
G
 
P
F
x
M
A
 
T
R
 
Q
L
 
L
N
 
N
D
 
D
Q
 
D
E
 
E
L
 
V
A
 
A
E
 
N
L
 
I
I
 
L
T
 
T
F
 
Y
V
 
V
R
 
L
S
 
N
S
 
S
W
 
W
G
 
D
N
 
N
G
 
P
G
 
G
E
 
G
A
 
R
V
 
V
T
 
S
A
 
A
S
 
E
Q
 
D
V
 
V
K
 
K
K
 
K
M
 
V
R
 
R
A
 
A
E
 
Q

Sites not aligning to the query:

6fjaA Crystal structure of t2d three-domain heme-cu nitrite reductase from ralstonia pickettii
38% identity, 14% coverage: 338:432/696 of query aligns to 360:454/455 of 6fjaA

query
sites
6fjaA
C
|
C
G
 
S
D
 
V
C
|
C
H
|
H
R
 
Q
Q
 
G
D
 
N
G
 
G
N
 
A
G
 
G
V
 
L
S
 
P
K
 
G
I
 
V
F
 
F
P
|
P
P
|
P
L
|
L
A
 
A
G
 
K
N
 
S
P
 
D
A
x
F
V
 
L
T
 
A
A
 
A
K
 
-
D
 
D
P
 
P
A
 
K
T
 
R
L
 
A
L
 
M
H
 
N
I
 
I
T
 
V
L
 
L
T
 
H
G
 
G
W
 
L
K
x
N
-
x
G
T
 
K
A
 
I
S
 
K
T
 
V
A
 
N
A
 
G
H
 
Q
P
 
E
R
x
Y
V
 
D
F
x
S
T
 
V
M
|
M
P
 
P
G
 
P
F
x
M
A
 
T
R
 
Q
L
 
L
N
 
N
D
 
D
Q
 
D
E
 
E
L
 
V
A
 
A
E
 
N
L
 
I
I
 
L
T
 
T
F
 
Y
V
 
V
R
 
L
S
 
N
S
 
S
W
 
W
G
 
D
N
 
N
G
 
P
G
 
G
E
 
G
A
 
R
V
 
V
T
 
S
A
 
A
S
 
E
Q
 
D
V
 
V
K
 
K
K
 
K
M
 
V
R
 
R
A
 
A
E
 
Q

Sites not aligning to the query:

1r0qA Characterization of the conversion of the malformed, recombinant cytochrome rc552 to a 2-formyl-4-vinyl (spirographis) heme (see paper)
34% identity, 15% coverage: 330:432/696 of query aligns to 3:113/130 of 1r0qA

query
sites
1r0qA
G
 
G
G
 
A
L
 
K
A
 
I
Y
 
Y
V
 
A
Q
 
Q
F
 
-
C
 
C
G
 
A
D
 
G
C
|
C
H
|
H
R
 
Q
Q
 
Q
D
 
N
G
 
G
N
 
Q
G
 
G
V
 
I
S
 
P
K
 
G
I
 
A
F
 
F
P
|
P
P
 
P
L
|
L
A
 
A
G
 
G
N
x
H
P
 
V
A
 
A
-
 
E
V
 
I
T
 
L
A
 
A
K
 
K
D
 
E
P
 
G
A
 
G
T
 
R
-
 
E
-
x
Y
L
 
L
L
 
I
H
 
L
I
x
V
T
 
L
L
 
L
T
 
Y
G
 
G
W
 
L
K
x
Q
-
x
G
T
 
Q
A
 
I
S
 
E
T
 
V
A
 
K
A
 
G
H
 
M
P
 
K
R
 
Y
V
 
N
F
x
G
T
 
V
M
|
M
P
 
S
G
 
S
F
 
F
A
 
A
R
 
Q
L
 
L
N
 
K
D
 
D
Q
 
E
E
 
E
L
 
I
A
 
A
E
 
A
L
 
V
I
 
L
T
 
N
F
 
H
V
 
I
R
 
A
S
 
T
S
 
A
W
 
W
G
 
G
N
 
D
-
 
A
-
 
K
-
 
K
-
 
V
-
 
K
G
 
G
G
 
F
E
 
K
A
 
P
V
 
F
T
 
T
A
 
A
S
 
E
Q
 
E
V
 
V
K
 
K
K
 
K
M
 
L
R
 
R
A
 
A
E
 
K

Sites not aligning to the query:

1qyzA Characterization of the malformed, recombinant cytochrome rc552 (see paper)
34% identity, 15% coverage: 330:432/696 of query aligns to 3:113/130 of 1qyzA

query
sites
1qyzA
G
 
G
G
 
A
L
 
K
A
 
I
Y
|
Y
V
 
A
Q
 
Q
F
 
-
C
|
C
G
 
A
D
 
G
C
|
C
H
|
H
R
 
Q
Q
 
Q
D
 
N
G
 
G
N
 
Q
G
 
G
V
 
I
S
 
P
K
 
G
I
 
A
F
 
F
P
|
P
P
 
P
L
 
L
A
 
A
G
 
G
N
x
H
P
 
V
A
 
A
-
 
E
V
 
I
T
 
L
A
 
A
K
 
K
D
 
E
P
 
G
A
 
G
T
 
R
-
 
E
-
x
Y
L
 
L
L
 
I
H
 
L
I
 
V
T
 
L
L
 
L
T
 
Y
G
 
G
W
 
L
K
x
Q
-
x
G
T
 
Q
A
 
I
S
 
E
T
 
V
A
 
K
A
 
G
H
 
M
P
 
K
R
 
Y
V
 
N
F
x
G
T
 
V
M
|
M
P
 
S
G
 
S
F
|
F
A
 
A
R
 
Q
L
 
L
N
 
K
D
 
D
Q
 
E
E
 
E
L
 
I
A
 
A
E
 
A
L
 
V
I
 
L
T
 
N
F
 
H
V
 
I
R
 
A
S
 
T
S
 
A
W
 
W
G
 
G
N
 
D
-
 
A
-
 
K
-
 
K
-
 
V
-
 
K
G
 
G
G
 
F
E
 
K
A
 
P
V
 
F
T
 
T
A
 
A
S
 
E
Q
 
E
V
 
V
K
 
K
K
 
K
M
 
L
R
 
R
A
 
A
E
 
K

Sites not aligning to the query:

1dt1A Thermus thermophilus cytochrome c552 synthesized by escherichia coli (see paper)
34% identity, 15% coverage: 330:432/696 of query aligns to 2:112/129 of 1dt1A

query
sites
1dt1A
G
 
G
G
 
A
L
 
K
A
 
I
Y
 
Y
V
 
A
Q
 
Q
F
 
-
C
|
C
G
 
A
D
 
G
C
|
C
H
|
H
R
 
Q
Q
 
Q
D
 
N
G
 
G
N
 
Q
G
 
G
V
 
I
S
 
P
K
 
G
I
 
A
F
 
F
P
|
P
P
 
P
L
 
L
A
 
A
G
 
G
N
x
H
P
 
V
A
 
A
-
 
E
V
 
I
T
 
L
A
 
A
K
 
K
D
 
E
P
 
G
A
 
G
T
 
R
-
 
E
-
x
Y
L
 
L
L
 
I
H
 
L
I
x
V
T
 
L
L
 
L
T
 
Y
G
 
G
W
 
L
K
x
Q
-
x
G
T
 
Q
A
 
I
S
 
E
T
 
V
A
 
K
A
 
G
H
 
M
P
 
K
R
 
Y
V
 
N
F
x
G
T
 
V
M
|
M
P
 
S
G
 
S
F
|
F
A
 
A
R
 
Q
L
 
L
N
 
K
D
 
D
Q
 
E
E
 
E
L
 
I
A
 
A
E
 
A
L
 
V
I
 
L
T
 
N
F
 
H
V
 
I
R
 
A
S
 
T
S
 
A
W
 
W
G
 
G
N
 
D
-
 
A
-
 
K
-
 
K
-
 
V
-
 
K
G
 
G
G
 
F
E
 
K
A
 
P
V
 
F
T
 
T
A
 
A
S
 
E
Q
 
E
V
 
V
K
 
K
K
 
K
M
 
L
R
 
R
A
 
A
E
 
K

Sites not aligning to the query:

1c52A Thermus thermophilus cytochrome-c552: a new highly thermostable cytochromE-C structure obtained by mad phasing (see paper)
34% identity, 15% coverage: 330:432/696 of query aligns to 4:114/131 of 1c52A

query
sites
1c52A
G
 
G
G
 
A
L
 
K
A
 
I
Y
 
Y
V
 
A
Q
 
Q
F
 
-
C
|
C
G
 
A
D
 
G
C
|
C
H
|
H
R
 
Q
Q
 
Q
D
 
N
G
 
G
N
 
Q
G
 
G
V
 
I
S
 
P
K
 
G
I
 
A
F
|
F
P
|
P
P
 
P
L
|
L
A
 
A
G
 
G
N
x
H
P
 
V
A
 
A
-
 
E
V
 
I
T
 
L
A
 
A
K
 
K
D
 
E
P
 
G
A
 
G
T
 
R
-
 
E
-
x
Y
L
 
L
L
 
I
H
 
L
I
 
V
T
 
L
L
 
L
T
 
Y
G
 
G
W
x
L
K
x
Q
-
x
G
T
 
Q
A
 
I
S
 
E
T
 
V
A
 
K
A
 
G
H
 
M
P
 
K
R
 
Y
V
 
N
F
x
G
T
 
V
M
|
M
P
 
S
G
 
S
F
|
F
A
 
A
R
 
Q
L
 
L
N
 
K
D
 
D
Q
 
E
E
 
E
L
 
I
A
 
A
E
 
A
L
 
V
I
 
L
T
 
N
F
 
H
V
 
I
R
 
A
S
 
T
S
 
A
W
 
W
G
 
G
N
 
D
-
 
A
-
 
K
-
 
K
-
 
V
-
 
K
G
 
G
G
 
F
E
 
K
A
 
P
V
 
F
T
 
T
A
 
A
S
 
E
Q
 
E
V
 
V
K
 
K
K
 
K
M
 
L
R
 
R
A
 
A
E
 
K

Sites not aligning to the query:

2zooA Crystal structure of nitrite reductase from pseudoalteromonas haloplanktis tac125
31% identity, 15% coverage: 330:430/696 of query aligns to 339:438/438 of 2zooA

query
sites
2zooA
G
 
G
G
 
Q
L
 
R
A
 
V
Y
 
Y
V
 
E
Q
 
A
F
 
N
C
|
C
G
 
M
D
 
A
C
|
C
H
|
H
R
 
Q
Q
 
A
D
 
N
G
 
G
N
 
E
G
 
G
V
 
I
S
 
P
K
 
G
I
 
A
F
|
F
P
|
P
P
|
P
L
|
L
A
 
A
G
 
K
N
x
S
P
 
D
A
x
Y
V
 
L
T
 
N
A
 
-
K
 
N
D
 
N
P
 
P
A
 
L
T
 
L
L
 
G
L
 
V
H
 
N
I
 
A
T
x
I
L
 
I
T
 
K
G
 
G
W
x
L
K
x
S
T
x
G
A
 
P
S
x
I
T
 
K
A
x
V
A
 
N
H
 
N
P
 
V
R
 
N
V
x
Y
F
x
N
T
x
G
M
x
V
P
x
M
G
 
P
F
 
A
A
 
M
R
 
N
L
 
L
N
 
N
D
 
D
Q
 
E
E