SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Dsui_3029 FitnessBrowser__PS:Dsui_3029 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5xf9B Crystal structure of NAD+-reducing [nife]-hydrogenase in the air- oxidized state (see paper)
54% identity, 97% coverage: 4:234/237 of query aligns to 2:231/234 of 5xf9B

query
sites
5xf9B
T
 
S
K
 
E
K
 
T
F
 
F
L
 
T
L
 
L
D
 
D
G
 
E
K
 
E
P
 
S
V
 
I
V
 
P
F
 
F
Q
 
V
D
 
P
G
 
G
Q
 
Q
T
 
T
I
 
V
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
L
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
H
 
R
Y
 
Y
I
 
I
P
 
P
H
 
H
L
 
L
C
|
C
W
 
W
H
 
H
P
 
P
D
 
E
F
 
M
P
 
G
A
 
N
H
 
H
G
|
G
S
 
S
C
|
C
K
x
R
L
 
L
C
|
C
I
 
V
V
 
V
K
 
E
V
 
A
G
 
N
G
 
G
R
 
R
H
 
I
V
 
Q
S
 
A
S
 
S
C
|
C
A
 
A
M
 
L
P
 
P
A
 
A
K
 
Q
E
 
P
G
 
G
M
 
L
E
 
Q
V
 
V
E
 
V
S
 
S
N
 
K
T
 
S
P
 
E
E
 
T
M
 
L
N
 
T
G
 
R
E
 
V
R
 
R
R
 
R
A
 
T
L
 
L
L
 
L
Q
 
E
M
 
M
L
 
L
F
|
F
V
 
A
E
 
E
G
 
G
N
 
N
H
|
H
F
|
F
C
|
C
P
 
P
S
 
G
C
|
C
E
 
E
K
 
K
S
|
S
G
 
G
N
 
D
C
|
C
Q
 
L
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
D
 
A
L
 
H
E
 
G
M
 
M
L
 
T
S
 
A
A
 
S
H
 
H
F
 
F
N
 
D
H
 
P
F
 
F
Y
 
Y
P
 
P
N
 
Q
R
 
R
P
 
R
V
 
I
D
 
D
A
 
A
S
 
S
H
 
H
P
 
P
D
 
D
V
 
L
L
 
W
L
 
L
D
 
D
F
 
P
N
 
N
R
 
R
C
|
C
I
|
I
F
x
L
C
|
C
E
x
G
L
 
L
C
|
C
V
 
V
R
 
R
A
 
A
S
 
S
R
 
L
D
 
-
I
 
A
D
 
E
G
 
G
K
 
K
N
 
E
I
 
A
F
 
L
A
 
V
L
 
I
T
 
G
D
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
I
H
 
A
K
 
S
H
 
R
L
|
L
V
 
L
V
 
A
N
 
T
A
 
S
E
 
A
S
 
S
G
 
G
R
 
R
L
 
L
A
 
G
D
 
D
T
 
T
D
 
A
F
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
T
D
 
D
R
 
R
A
 
A
A
 
A
N
 
R
I
 
I
C
|
C
P
 
P
V
 
V
G
|
G
V
x
A
I
 
L
L
 
N
H
 
F
K
 
K
R
 
A
Q
 
A
G
 
G
F
 
F
A
 
T
R
 
T
P
 
P
I
 
I
G
 
G
E
 
K
R
 
R
D
 
R
Y
 
F
D
 
D
A
 
H
K
 
R
P
 
P
I
 
P
S
 
E
V
 
A
V
 
M
A
 
S
M
 
D
E
 
K
E
 
E

7t30A Structure of electron bifurcating ni-fe hydrogenase complex hydabcsl in fmn/NAD(h) bound state (see paper)
35% identity, 84% coverage: 7:206/237 of query aligns to 6:207/666 of 7t30A

query
sites
7t30A
F
 
L
L
 
T
L
 
I
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
V
V
 
C
V
 
K
F
 
G
Q
 
V
D
 
Q
G
 
G
Q
 
D
T
 
T
I
 
I
L
 
L
E
 
D
A
 
V
A
 
A
R
 
N
Q
 
K
A
 
N
G
 
D
H
 
V
Y
 
Y
I
 
I
P
 
P
H
 
T
L
 
L
C
|
C
W
 
Y
H
 
Q
P
 
K
D
 
G
F
 
L
P
 
T
A
 
P
H
 
I
G
|
G
S
 
A
C
|
C
K
x
R
L
 
M
C
|
C
I
 
V
V
 
V
K
 
Q
V
 
L
G
 
E
G
 
G
-
 
N
-
 
P
R
 
K
H
 
M
V
 
L
S
 
P
S
 
S
C
|
C
A
 
T
M
 
T
P
 
P
A
 
A
K
 
Q
E
 
D
G
 
G
M
 
M
E
 
V
V
 
V
E
 
V
S
 
T
N
 
K
T
 
N
P
 
E
E
 
K
M
 
L
N
 
K
G
 
D
E
 
Y
R
 
R
R
 
R
A
 
Q
L
 
I
L
 
L
Q
 
E
M
 
L
L
 
L
F
|
F
V
 
A
E
 
G
G
 
R
N
 
N
H
|
H
F
|
F
C
|
C
P
 
M
S
 
Y
C
|
C
E
 
S
K
x
Q
S
 
S
G
 
G
N
 
D
C
|
C
Q
 
E
L
 
L
Q
 
Q
A
 
R
L
 
L
A
 
A
Y
 
I
D
 
E
L
 
H
E
 
E
M
 
M
L
 
D
S
 
S
A
 
V
H
 
R
F
 
F
N
 
P
H
 
Y
F
 
L
Y
 
Y
P
 
E
N
 
D
R
 
F
P
 
E
V
 
V
D
 
D
A
 
A
S
 
T
H
 
D
P
 
P
D
 
N
V
x
L
L
 
M
L
 
M
D
 
D
F
 
H
N
 
N
R
|
R
C
|
C
I
 
V
F
x
L
C
|
C
E
x
Q
L
 
R
C
|
C
V
 
I
R
 
R
A
 
T
S
x
C
R
 
S
D
 
E
I
 
I
D
 
V
G
 
G
K
 
A
N
 
H
I
 
T
F
 
L
A
 
D
L
 
L
T
 
E
D
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
W
H
 
Q
K
 
A
H
 
K
L
 
V
V
 
I
V
 
A
N
 
D
A
 
L
E
 
-
S
 
G
G
 
K
R
 
R
L
 
L
A
 
R
D
 
E
T
 
S
D
 
D
F
 
T
A
x
C
A
x
V
S
x
N
D
x
C
R
x
G
A
|
A
-
x
C
A
 
A
N
 
Q
I
 
S
C
|
C
P
|
P
V
x
T
G
|
G
V
x
T
I
|
I

Sites not aligning to the query:

7p8na Tmhydabc- t. Maritima hydrogenase with bridge closed (see paper)
30% identity, 95% coverage: 6:231/237 of query aligns to 2:225/642 of 7p8na

query
sites
7p8na
K
 
K
F
 
I
L
 
Y
L
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
R
P
 
E
V
 
V
V
 
I
F
 
I
Q
 
N
D
 
D
G
 
N
Q
 
E
-
 
R
T
 
N
I
 
L
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
L
R
 
K
Q
 
N
A
 
V
G
 
G
H
 
I
Y
 
E
I
 
I
P
 
P
H
x
N
L
 
L
C
|
C
W
 
Y
H
 
L
P
 
S
D
 
E
F
 
A
P
 
S
A
 
I
H
x
Y
G
|
G
S
 
A
C
|
C
K
x
R
L
 
M
C
|
C
I
 
L
V
 
V
K
 
E
V
 
I
G
 
N
G
 
G
R
 
Q
H
 
I
V
 
T
S
 
T
S
 
S
C
|
C
A
 
T
M
 
L
P
 
K
A
 
P
K
 
Y
E
 
E
G
 
G
M
 
M
E
 
K
V
 
V
E
 
K
S
 
T
N
 
N
T
 
T
P
 
P
E
 
E
M
 
I
N
 
Y
G
 
E
E
 
M
R
 
R
R
 
R
A
 
N
L
 
I
L
 
L
Q
 
E
M
 
L
L
 
I
F
 
L
V
 
A
E
 
T
G
x
H
N
 
N
H
 
R
F
x
D
C
|
C
P
 
T
S
 
T
C
|
C
E
 
D
K
 
R
S
 
N
G
 
G
N
 
S
C
|
C
Q
 
K
L
 
L
Q
|
Q
A
 
K
L
 
Y
A
 
A
Y
 
E
D
 
D
L
 
F
E
 
G
M
 
I
L
 
R
S
 
K
A
 
I
H
 
R
F
 
F
N
 
E
H
 
A
F
 
L
Y
 
K
P
 
K
N
 
E
R
 
H
P
 
V
V
 
R
D
 
D
A
 
E
S
 
S
H
 
A
P
 
P
D
 
-
V
 
V
L
 
V
L
 
R
D
 
D
F
 
T
N
 
S
R
 
K
C
|
C
I
|
I
F
x
L
C
|
C
E
x
G
L
x
D
C
|
C
V
 
V
R
 
R
A
 
V
S
x
C
R
 
E
D
 
E
I
 
I
D
 
Q
G
 
G
K
 
V
N
 
G
I
x
V
F
 
I
A
 
E
L
 
F
T
 
A
D
 
K
R
 
R
G
 
G
I
 
F
H
 
-
K
 
E
H
 
S
L
 
V
V
 
V
V
 
T
N
 
T
A
 
A
E
 
F
S
 
D
G
 
T
R
 
P
L
 
L
A
 
I
D
 
E
T
 
T
D
 
E
F
x
C
A
x
V
A
x
L
S
x
C
D
x
G
R
 
Q
A
x
C
A
 
V
N
 
A
I
 
Y
C
|
C
P
|
P
V
x
T
G
 
G
V
x
A
I
 
-
L
|
L
H
 
S
K
 
I
R
 
R
Q
 
N
G
 
D
F
 
I
A
 
D
R
 
K
P
 
L
I
 
I
G
 
E
E
 
A
R
 
L
D
 
E
Y
 
S
D
 
D
A
 
K
K
 
I
P
 
V
I
 
I
S
 
G
V
 
M
V
 
I
A
 
A

Sites not aligning to the query:

8a5eA Cryo-em structure of the electron bifurcating fe-fe hydrogenase hydabc complex from acetobacterium woodii in the reduced state (see paper)
31% identity, 86% coverage: 7:209/237 of query aligns to 6:209/583 of 8a5eA

query
sites
8a5eA
F
 
F
L
 
K
L
 
I
D
 
N
G
 
G
K
 
Q
P
 
E
V
 
M
V
 
I
F
 
V
Q
 
P
D
 
E
G
 
G
Q
 
T
T
 
T
I
 
I
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
M
A
 
N
G
 
N
H
 
I
Y
 
D
I
 
I
P
 
P
H
x
T
L
 
L
C
|
C
W
 
Y
H
 
L
P
 
K
D
 
D
F
 
I
P
 
N
A
 
E
H
 
I
G
|
G
S
 
A
C
|
C
K
 
R
L
 
M
C
|
C
I
 
L
V
 
V
K
 
E
V
 
I
G
 
A
G
 
G
R
 
A
H
 
R
V
 
A
-
 
L
-
 
Q
S
 
A
S
 
A
C
|
C
A
 
V
M
 
Y
P
 
P
A
 
V
K
 
A
E
 
N
G
 
G
M
 
I
E
 
E
V
 
V
E
 
L
S
 
T
N
 
N
T
 
S
P
 
P
E
 
K
M
 
V
N
 
R
G
 
E
E
 
A
R
 
R
R
 
R
A
 
V
L
 
N
L
 
L
Q
 
E
M
 
L
L
 
I
F
 
L
V
 
S
E
 
N
G
x
H
N
|
N
H
 
R
F
 
E
C
|
C
P
 
T
S
 
T
C
|
C
E
 
I
K
 
R
S
|
S
G
 
E
N
 
N
C
|
C
Q
 
E
L
 
L
Q
 
Q
A
 
T
L
 
L
A
 
A
Y
 
T
D
 
D
L
 
L
E
 
G
M
 
V
L
 
S
S
 
D
A
 
I
H
 
P
F
 
F
N
 
E
H
 
G
F
 
E
Y
 
K
P
 
S
N
 
G
R
 
K
P
 
L
V
 
I
D
 
D
A
 
D
S
 
L
H
 
S
P
 
T
D
 
S
V
 
V
L
 
V
L
 
R
D
 
D
F
 
E
N
 
S
R
 
K
C
|
C
I
 
I
F
 
L
C
|
C
E
x
K
L
 
R
C
|
C
V
 
V
R
 
S
A
 
V
S
x
C
R
 
R
D
 
D
I
 
V
D
 
Q
G
 
S
K
 
V
N
 
A
I
x
V
F
 
L
A
 
G
L
 
T
T
 
V
D
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
F
H
 
T
K
 
S
H
 
Q
L
 
V
-
 
Q
-
 
P
V
 
V
V
 
F
N
 
N
A
 
K
E
 
S
S
 
-
G
 
-
R
 
-
L
 
L
A
 
A
D
 
D
T
 
V
D
 
G
F
x
C
A
 
I
A
 
N
S
x
C
D
x
G
R
 
Q
A
x
C
A
 
I
N
 
I
I
 
N
C
|
C
P
|
P
V
|
V
G
 
G
V
 
A
I
 
L
L
 
K
H
 
E
K
 
K

Sites not aligning to the query:

8a6tA Cryo-em structure of the electron bifurcating fe-fe hydrogenase hydabc complex from thermoanaerobacter kivui in the reduced state (see paper)
32% identity, 86% coverage: 7:209/237 of query aligns to 6:207/571 of 8a6tA

query
sites
8a6tA
F
 
L
L
 
T
L
 
I
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
Q
V
 
V
V
 
Q
F
 
V
Q
 
E
D
 
K
G
 
G
Q
 
T
T
 
T
I
 
I
L
 
K
E
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
E
Q
 
K
A
 
L
G
 
G
H
 
I
Y
 
E
I
 
I
P
 
P
H
 
G
L
 
L
C
|
C
W
x
D
H
 
D
P
 
N
D
 
D
F
 
L
P
 
K
A
 
P
H
 
F
G
 
G
S
 
A
C
|
C
K
x
R
L
 
L
C
|
C
I
 
V
V
 
V
K
 
E
-
 
D
V
 
A
G
 
R
G
 
G
R
 
N
H
 
L
V
 
V
S
 
A
S
 
S
C
|
C
A
 
H
M
 
T
P
 
P
A
 
V
K
 
R
E
 
E
G
 
G
M
 
M
E
 
V
V
 
V
E
 
K
S
 
T
N
 
N
T
 
S
P
 
P
E
 
K
M
 
V
N
 
L
G
 
K
E
 
A
R
 
R
R
 
R
A
 
V
L
 
I
L
 
L
Q
 
E
M
 
L
L
 
L
F
 
L
V
 
S
E
 
S
G
x
H
N
 
N
H
 
A
F
 
D
C
|
C
P
 
F
S
 
E
C
|
C
E
 
D
K
 
K
S
 
N
G
 
L
N
 
H
C
|
C
Q
 
K
L
 
L
Q
 
Q
A
 
K
L
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
D
 
E
L
 
L
E
 
N
M
 
I
L
 
R
S
 
N
A
 
I
H
 
R
F
 
F
N
 
K
H
 
G
F
 
E
Y
 
K
P
 
R
N
 
N
R
 
Y
P
 
E
V
 
I
D
 
K
A
 
D
S
 
N
H
 
G
P
 
P
D
 
-
V
 
I
L
 
Y
L
 
Y
D
 
D
F
 
P
N
 
N
R
 
K
C
|
C
I
 
I
F
 
L
C
|
C
E
x
G
L
x
K
C
|
C
V
 
V
R
 
R
A
 
I
S
x
C
R
 
E
D
 
E
I
 
V
D
 
Q
G
 
H
K
 
I
N
 
C
I
 
A
F
 
I
A
 
D
L
 
F
T
 
A
D
 
S
R
 
R
G
 
G
I
 
F
H
 
K
K
 
A
H
 
Y
L
 
I
V
 
S
V
 
T
N
 
P
A
 
F
E
 
E
S
 
K
G
 
P
R
 
-
L
 
L
A
 
L
D
 
E
T
 
S
D
 
D
F
x
C
A
 
I
A
 
F
S
x
C
D
 
G
R
 
Q
A
x
C
A
 
V
N
 
R
I
 
V
C
|
C
P
 
P
V
 
T
G
|
G
V
 
A
I
 
L
L
 
A
H
 
E
K
 
K

Sites not aligning to the query:

7zm7A Cryoem structure of mitochondrial complex i from chaetomium thermophilum (inhibited by ddm) (see paper)
30% identity, 89% coverage: 6:216/237 of query aligns to 4:215/711 of 7zm7A

query
sites
7zm7A
K
 
E
F
 
L
L
 
T
L
 
I
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
K
V
 
V
V
 
S
F
 
I
Q
 
E
D
 
A
G
 
G
Q
 
S
T
 
A
I
 
L
L
 
I
E
 
Q
A
 
A
A
 
C
R
 
E
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
H
 
V
Y
 
V
I
 
V
P
 
P
H
x
R
L
 
Y
C
|
C
W
x
Y
H
 
H
P
 
E
D
 
K
F
 
L
P
 
A
A
 
I
H
 
A
G
|
G
S
 
N
C
|
C
K
x
R
L
 
M
C
|
C
I
 
L
V
 
V
K
 
E
V
 
V
-
 
E
-
 
R
G
 
S
G
 
P
R
 
K
H
 
P
V
 
V
S
 
A
S
 
S
C
|
C
A
 
A
M
 
W
P
 
P
A
 
V
K
 
Q
E
 
A
G
 
G
M
 
M
E
 
V
V
 
V
E
 
K
S
 
T
N
 
N
T
 
S
P
 
P
E
 
L
M
 
T
N
 
H
G
 
K
E
 
A
R
 
R
R
 
E
A
 
G
L
 
V
L
 
M
Q
 
E
M
 
F
L
 
L
F
 
L
V
 
A
E
 
N
G
x
H
N
 
P
H
 
L
F
x
D
C
|
C
P
 
P
S
 
I
C
|
C
E
 
D
K
x
Q
S
x
G
G
 
G
N
 
E
C
|
C
Q
 
D
L
 
L
Q
|
Q
A
 
D
L
 
Q
A
 
S
Y
 
M
D
 
R
L
 
Y
E
 
G
M
 
A
L
 
D
S
 
R
A
 
G
H
 
R
F
 
F
N
 
H
H
 
E
F
 
I
Y
 
G
P
 
G
N
 
K
R
 
R
P
 
A
V
 
V
D
 
E
A
 
D
S
 
K
H
 
N
-
 
I
-
 
G
P
 
P
D
 
L
V
 
I
L
 
K
L
 
T
D
 
S
F
 
M
N
 
N
R
 
R
C
|
C
I
|
I
F
 
H
C
|
C
E
x
T
L
 
R
C
|
C
V
 
V
R
 
R
A
 
F
S
 
M
R
 
N
D
 
D
I
 
I
D
 
A
G
 
G
K
 
A
N
 
P
I
 
E
F
 
L
A
 
G
L
 
S
T
 
T
D
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
N
H
 
D
K
 
L
H
 
Q
L
x
I
V
 
G
V
 
T
N
 
Y
A
 
L
E
 
E
S
 
K
G
 
-
R
 
-
L
 
-
A
 
-
D
 
N
T
 
L
D
 
D
F
 
S
A
 
E
A
 
L
S
 
S
D
 
G
R
 
N
A
 
V
A
 
I
N
 
D
I
 
L
C
|
C
P
 
P
V
|
V
G
 
G
V
 
A
I
x
L
L
 
T
H
 
S
K
 
K
R
 
P
Q
 
Y
G
 
A
F
 
F
-
 
R
A
 
A
R
 
R
P
 
P

7arcG Cryo-em structure of polytomella complex-i (peripheral arm) (see paper)
28% identity, 89% coverage: 2:213/237 of query aligns to 3:212/682 of 7arcG

query
sites
7arcG
S
 
A
D
 
D
T
 
K
K
 
M
K
 
E
F
 
V
L
 
F
L
 
V
D
 
N
G
 
G
K
 
E
P
 
A
V
 
V
V
 
V
F
 
V
Q
 
P
D
 
K
G
 
N
Q
 
F
T
 
T
I
 
V
L
 
L
E
 
Q
A
 
A
A
 
C
R
 
D
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
H
 
V
Y
 
D
I
 
V
P
 
P
H
x
R
L
 
F
C
|
C
W
x
Y
H
 
H
P
 
Q
D
 
R
F
 
L
P
 
S
A
 
I
H
 
A
G
|
G
S
 
N
C
|
C
K
x
R
L
 
M
C
|
C
I
 
L
V
 
V
K
 
E
V
 
I
-
 
E
-
 
K
G
 
A
G
 
P
R
 
K
H
 
P
V
 
V
S
 
A
S
 
S
C
|
C
A
 
A
M
 
F
P
 
P
A
 
A
K
 
G
E
 
P
G
 
G
M
 
M
E
 
K
V
 
I
E
 
K
S
 
T
N
 
D
T
 
T
P
 
P
E
 
V
M
 
I
N
 
K
G
 
K
E
 
A
R
 
R
R
 
E
A
 
G
L
 
V
L
 
M
Q
 
E
M
 
F
L
 
L
F
 
L
V
 
I
E
 
N
G
x
H
N
 
P
H
 
L
F
x
D
C
|
C
P
 
P
S
 
I
C
|
C
E
 
D
K
x
Q
S
 
G
G
 
G
N
 
E
C
|
C
Q
 
D
L
 
L
Q
|
Q
A
 
D
L
 
Q
A
 
A
Y
 
M
D
 
I
L
 
F
E
 
G
M
 
S
L
 
D
S
 
R
A
 
S
H
 
R
F
 
F
N
 
I
H
 
E
F
 
Y
Y
 
K
P
 
R
N
 
A
R
 
V
P
 
A
V
 
D
D
 
K
A
 
N
S
 
L
H
 
G
P
 
P
D
 
L
V
 
I
L
 
K
L
 
T
D
 
S
F
 
M
N
 
N
R
 
R
C
|
C
I
|
I
F
 
H
C
|
C
E
 
T
L
 
R
C
|
C
V
 
V
R
 
R
A
 
F
S
 
T
R
 
H
D
 
E
I
 
V
D
 
A
G
 
G
K
 
T
N
 
S
I
 
E
F
 
L
A
 
G
L
 
I
T
 
T
D
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
R
H
 
D
K
 
S
H
 
E
L
 
V
V
 
G
V
 
T
N
 
Y
A
 
I
E
 
E
S
 
-
G
 
-
R
 
K
L
 
L
A
 
H
D
 
S
T
 
S
D
 
E
F
 
L
A
 
-
A
 
-
S
 
S
D
 
G
R
 
N
A
 
V
A
 
I
N
 
D
I
 
L
C
|
C
P
 
P
V
|
V
G
 
G
V
x
A
I
x
L
L
 
L
H
 
S
K
 
K
R
 
P
Q
 
Y
G
 
A
F
 
F

Sites not aligning to the query:

6x89S1 radiata mitochondrial complex I* (see paper)
30% identity, 89% coverage: 3:213/237 of query aligns to 17:225/688 of 6x89S1

query
sites
6x89S1
D
 
D
T
 
A
K
 
I
K
 
E
F
 
V
L
 
F
L
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
Y
P
 
P
V
 
V
V
 
K
F
 
I
Q
 
P
D
 
K
G
 
G
Q
 
M
T
 
T
I
 
V
L
 
L
E
 
Q
A
 
A
A
 
C
R
 
E
Q
 
V
A
 
A
G
 
G
H
 
V
Y
 
D
I
 
I
P
 
P
H
 
R
L
 
F
C
|
C
W
 
Y
H
 
H
P
 
S
D
 
R
F
 
L
P
 
S
A
 
I
H
 
A
G
|
G
S
 
N
C
|
C
K
x
R
L
 
M
C
|
C
I
 
L
V
 
V
K
 
E
V
 
V
-
 
E
-
 
K
G
 
S
G
 
P
R
 
K
H
 
P
V
 
V
S
 
A
S
 
S
C
|
C
A
 
A
M
 
M
P
 
P
A
 
A
K
 
L
E
 
P
G
 
G
M
 
M
E
 
K
V
 
I
E
 
K
S
 
T
N
 
D
T
 
T
P
 
P
E
 
V
M
 
A
N
 
K
G
 
K
E
 
A
R
 
R
R
 
E
A
 
G
L
 
V
L
 
M
Q
 
E
M
 
F
L
 
L
F
 
L
V
 
M
E
 
N
G
x
H
N
 
P
H
 
L
F
 
D
C
|
C
P
 
P
S
 
I
C
|
C
E
 
D
K
 
Q
S
 
G
G
 
G
N
 
E
C
|
C
Q
 
D
L
|
L
Q
 
Q
A
 
D
L
 
Q
A
 
S
Y
 
M
D
 
A
L
 
F
E
 
G
M
 
S
L
 
D
S
 
R
A
 
G
H
 
R
F
 
F
N
 
T
H
 
E
F
 
V
Y
 
K
P
 
R
N
 
S
R
 
V
P
 
V
V
 
D
D
 
K
A
 
N
S
 
L
H
 
G
P
 
P
D
 
L
V
 
V
L
 
K
L
 
T
D
 
V
F
 
M
N
 
T
R
|
R
C
|
C
I
|
I
F
x
Q
C
|
C
E
 
T
L
 
R
C
|
C
V
 
V
R
 
R
A
 
F
S
 
A
R
 
T
D
 
E
I
 
V
D
 
A
G
 
G
K
 
V
N
 
Q
I
 
D
F
 
L
A
 
G
L
 
M
T
 
L
D
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
S
H
 
G
K
 
E
H
 
E
L
 
I
V
 
G
V
 
T
N
 
Y
A
 
V
E
 
E
S
 
-
G
 
-
R
 
K
L
 
L
A
 
L
D
 
T
T
 
S
D
 
E
F
 
L
A
 
-
A
 
-
S
 
S
D
 
G
R
 
N
A
 
V
A
 
I
N
 
D
I
 
I
C
|
C
P
|
P
V
|
V
G
|
G
V
 
A
I
 
L
L
 
T
H
 
S
K
 
K
R
 
P
Q
 
F
G
 
A
F
 
F

Sites not aligning to the query:

8eszS1 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 (see paper)
30% identity, 89% coverage: 6:216/237 of query aligns to 5:218/683 of 8eszS1

query
sites
8eszS1
K
 
E
F
 
V
L
 
F
L
 
V
D
 
D
G
 
D
K
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
Q
F
 
V
Q
 
V
D
 
P
G
 
G
Q
 
T
T
 
T
I
 
V
L
 
L
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
R
 
A
Q
 
Q
A
 
I
G
 
G
H
 
V
Y
 
E
I
 
I
P
 
P
H
 
R
L
 
F
C
|
C
W
x
Y
H
 
H
P
 
E
D
 
R
F
 
L
P
 
A
A
 
V
H
x
A
G
|
G
S
 
N
C
|
C
K
x
R
L
 
M
C
|
C
I
 
L
V
 
V
K
 
E
V
 
V
-
 
E
-
 
K
G
 
S
G
 
P
R
 
K
H
 
P
V
 
V
S
 
A
S
 
A
C
|
C
A
 
A
M
 
M
P
 
P
A
 
V
K
 
M
E
 
K
G
 
G
M
 
W
E
 
R
V
 
I
E
 
K
S
 
T
N
 
N
T
 
S
P
 
D
E
 
L
M
 
T
N
 
R
G
 
K
E
 
A
R
 
R
R
 
E
A
 
G
L
 
V
L
 
M
Q
 
E
M
 
F
L
 
L
F
 
L
V
 
M
E
 
N
G
x
H
N
 
P
H
 
L
F
x
D
C
|
C
P
 
P
S
 
I
C
|
C
E
 
D
K
 
Q
S
 
G
G
 
G
N
 
E
C
|
C
Q
 
D
L
 
L
Q
|
Q
A
 
D
L
 
Q
A
 
A
Y
 
M
D
 
A
L
 
F
E
 
G
M
 
S
L
 
D
S
 
R
A
 
S
H
 
R
F
 
F
N
 
T
-
 
D
-
 
I
H
 
N
F
 
Y
Y
 
T
P
 
G
N
 
K
R
 
R
P
 
A
V
 
V
D
 
E
A
 
D
S
 
K
H
 
D
-
 
I
-
 
G
P
 
P
D
 
L
V
 
V
L
 
K
L
 
T
D
 
I
F
 
M
N
 
T
R
 
R
C
|
C
I
|
I
F
x
H
C
|
C
E
x
T
L
x
R
C
|
C
V
 
V
R
 
R
A
 
F
S
 
A
R
 
S
D
 
E
I
 
I
D
 
A
G
 
G
K
 
V
N
 
D
I
 
D
F
 
L
A
 
G
L
 
T
T
 
T
D
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
N
H
 
D
K
 
M
H
 
Q
L
x
I
V
 
G
V
 
T
N
 
Y
A
 
V
E
 
E
S
 
K
G
 
L
R
 
F
L
 
L
A
 
T
D
 
E
T
 
L
D
 
-
F
 
-
A
 
-
A
 
-
S
 
S
D
 
G
R
 
N
A
 
V
A
 
I
N
 
D
I
 
L
C
|
C
P
|
P
V
|
V
G
 
G
V
 
A
I
 
L
L
 
T
H
 
N
K
 
K
R
 
P
Q
 
Y
G
 
S
F
 
F
-
 
V
A
 
A
R
 
R
P
 
P

Q91VD9 NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial; Complex I-75kD; CI-75kD; EC 7.1.1.2 from Mus musculus (Mouse) (see paper)
28% identity, 94% coverage: 2:224/237 of query aligns to 29:250/727 of Q91VD9

query
sites
Q91VD9
S
 
S
D
 
N
T
 
L
K
 
I
K
 
E
F
 
V
L
 
F
L
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
Q
P
 
S
V
 
V
V
 
M
F
 
V
Q
 
E
D
 
P
G
 
G
Q
 
T
T
 
T
I
 
V
L
 
L
E
 
Q
A
 
A
A
 
C
R
 
E
Q
 
K
A
 
V
G
 
G
H
 
M
Y
 
Q
I
 
I
P
 
P
H
 
R
L
 
F
C
|
C
W
 
Y
H
 
H
P
 
E
D
 
R
F
 
L
P
 
S
A
 
V
H
 
A
G
 
G
S
 
N
C
|
C
K
 
R
L
 
M
C
|
C
I
 
L
V
 
V
K
 
E
V
 
I
-
 
E
-
 
K
G
 
A
G
 
P
R
 
K
H
 
V
V
 
V
S
 
A
S
 
A
C
|
C
A
 
A
M
 
M
P
 
P
A
 
V
K
 
M
E
 
K
G
 
G
M
 
W
E
 
N
V
 
I
E
 
L
S
 
T
N
 
N
T
 
S
P
 
E
E
 
K
M
 
S
N
 
K
G
 
K
E
 
A
R
 
R
R
 
E
A
 
G
L
 
V
L
 
M
Q
 
E
M
 
F
L
 
L
F
 
L
V
 
A
E
 
N
G
x
H
N
 
P
H
 
L
F
 
D
C
|
C
P
 
P
S
 
I
C
|
C
E
 
D
K
 
Q
S
 
G
G
 
G
N
 
E
C
|
C
Q
 
D
L
 
L
Q
 
Q
A
 
D
L
 
Q
A
 
S
Y
 
M
D
 
-
L
 
-
E
 
-
M
 
M
L
 
F
S
 
G
A
 
S
H
 
D
F
 
R
N
 
S
H
 
R
F
 
F
Y
 
L
P
 
E
-
 
G
N
 
K
R
 
R
P
 
A
V
 
V
D
 
E
A
 
D
S
 
K
H
 
N
-
 
I
-
 
G
P
 
P
D
 
L
V
 
V
L
 
K
L
 
T
D
 
I
F
 
M
N
 
T
R
 
R
C
|
C
I
 
I
F
 
Q
C
|
C
E
 
T
L
 
R
C
|
C
V
 
I
R
 
R
A
 
F
S
 
A
R
 
S
D
 
E
I
 
I
D
 
A
G
 
G
K
 
V
N
 
D
I
 
D
F
 
L
A
 
G
L
 
T
T
 
T
D
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
N
H
 
D
K
 
M
H
 
Q
L
 
V
V
 
G
V
 
T
N
 
Y
A
 
I
E
 
E
S
 
K
G
 
M
R
 
F
L
 
M
A
 
S
D
 
E
T
 
L
D
 
-
F
 
-
A
 
-
A
 
-
S
 
S
D
 
G
R
 
N
A
 
V
A
 
I
N
 
D
I
 
I
C
|
C
P
 
P
V
 
V
G
 
G
V
 
A
I
 
L
L
 
T
H
 
S
K
 
K
R
 
P
Q
 
Y
G
 
A
F
 
F
-
 
T
A
 
A
R
 
R
P
 
P
I
 
W
G
 
E
E
 
T
R
 
R
D
 
K
Y
 
T
D
 
E
A
 
S

7qsoG Bovine complex i in lipid nanodisc, state 3 (slack) (see paper)
28% identity, 94% coverage: 2:224/237 of query aligns to 2:223/700 of 7qsoG

query
sites
7qsoG
S
 
S
D
 
N
T
 
L
K
 
I
K
 
E
F
 
V
L
 
F
L
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
Q
P
 
S
V
 
V
V
 
M
F
 
V
Q
 
E
D
 
P
G
 
G
Q
 
T
T
 
T
I
 
V
L
 
L
E
 
Q
A
 
A
A
 
C
R
 
E
Q
 
K
A
 
V
G
 
G
H
 
M
Y
 
Q
I
 
I
P
 
P
H
x
R
L
 
F
C
|
C
W
x
Y
H
 
H
P
 
E
D
 
R
F
 
L
P
 
S
A
 
V
H
 
A
G
|
G
S
 
N
C
|
C
K
x
R
L
 
M
C
|
C
I
 
L
V
 
V
K
 
E
V
 
I
-
 
E
-
 
K
G
 
A
G
 
P
R
 
K
H
 
V
V
 
V
S
 
A
S
 
A
C
|
C
A
 
A
M
 
M
P
 
P
A
 
V
K
 
M
E
 
K
G
 
G
M
 
W
E
 
N
V
 
I
E
 
L
S
 
T
N
 
N
T
 
S
P
 
E
E
 
K
M
 
T
N
 
K
G
 
K
E
 
A
R
 
R
R
 
E
A
 
G
L
 
V
L
 
M
Q
 
E
M
 
F
L
 
L
F
 
L
V
 
A
E
 
N
G
x
H
N
 
P
H
 
L
F
x
D
C
|
C
P
 
P
S
 
I
C
|
C
E
 
D
K
x
Q
S
x
G
G
 
G
N
 
E
C
|
C
Q
 
D
L
 
L
Q
|
Q
A
 
D
L
 
Q
A
 
S
Y
 
M
D
 
-
L
 
-
E
 
-
M
 
M
L
 
F
S
 
G
A
 
S
H
 
D
F
 
R
N
 
S
H
 
R
F
 
F
Y
 
L
P
 
E
-
 
G
N
 
K
R
 
R
P
 
A
V
 
V
D
 
E
A
 
D
S
 
K
H
 
N
-
 
I
-
 
G
P
 
P
D
 
L
V
 
V
L
 
K
L
 
T
D
 
I
F
 
M
N
 
T
R
 
R
C
|
C
I
|
I
F
x
Q
C
|
C
E
x
T
L
x
R
C
|
C
V
 
I
R
 
R
A
 
F
S
 
A
R
 
S
D
 
E
I
 
I
D
 
A
G
 
G
K
 
V
N
 
D
I
 
D
F
 
L
A
 
G
L
 
T
T
 
T
D
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
N
H
 
D
K
 
M
H
 
Q
L
 
V
V
 
G
V
 
T
N
 
Y
A
 
I
E
 
E
S
 
K
G
 
M
R
 
F
L
 
M
A
 
S
D
 
E
T
 
L
D
 
-
F
 
-
A
 
-
A
 
-
S
 
S
D
 
G
R
 
N
A
 
I
A
 
I
N
 
D
I
 
I
C
|
C
P
|
P
V
|
V
G
|
G
V
x
A
I
 
L
L
 
T
H
 
S
K
 
K
R
 
P
Q
 
Y
G
 
A
F
 
F
-
 
T
A
 
A
R
 
R
P
 
P
I
 
W
G
 
E
E
 
T
R
 
R
D
 
K
Y
 
T
D
 
E
A
 
S

8bedG Cryo-em structure of the arabidopsis thaliana i+iii2 supercomplex (ci peripheral tip) (see paper)
29% identity, 89% coverage: 3:213/237 of query aligns to 16:224/687 of 8bedG

query
sites
8bedG
D
 
D
T
 
A
K
 
I
K
 
E
F
 
V
L
 
F
L
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
Y
P
 
A
V
 
V
V
 
K
F
 
V
Q
 
P
D
 
K
G
 
G
Q
 
F
T
 
T
I
 
V
L
 
L
E
 
Q
A
 
A
A
 
C
R
 
E
Q
 
V
A
 
A
G
 
G
H
 
V
Y
 
D
I
 
I
P
 
P
H
x
R
L
 
F
C
|
C
W
x
Y
H
 
H
P
 
S
D
 
R
F
 
L
P
 
S
A
 
I
H
 
A
G
|
G
S
 
N
C
|
C
K
x
R
L
 
M
C
|
C
I
 
L
V
 
V
K
 
E
V
 
V
-
 
E
-
 
K
G
 
S
G
 
P
R
 
K
H
 
P
V
 
V
S
 
A
S
 
S
C
|
C
A
 
A
M
 
M
P
 
P
A
 
A
K
 
L
E
 
P
G
 
G
M
 
M
E
 
K
V
 
I
E
 
K
S
 
T
N
 
D
T
 
T
P
 
P
E
 
I
M
 
A
N
 
K
G
 
K
E
 
A
R
 
R
R
 
E
A
 
G
L
 
V
L
 
M
Q
 
E
M
 
F
L
 
L
F
 
L
V
 
M
E
 
N
G
x
H
N
 
P
H
 
L
F
x
D
C
|
C
P
 
P
S
x
I
C
|
C
E
 
D
K
x
Q
S
x
G
G
 
G
N
 
E
C
|
C
Q
 
D
L
|
L
Q
|
Q
A
 
D
L
 
Q
A
 
S
Y
 
M
D
 
A
L
 
F
E
 
G
M
 
S
L
 
D
S
 
R
A
 
G
H
 
R
F
 
F
N
 
T
H
 
E
F
 
M
Y
 
K
P
 
R
N
 
S
R
 
V
P
 
V
V
 
D
D
 
K
A
 
N
S
 
L
H
 
G
P
 
P
D
 
L
V
 
V
L
 
K
L
 
T
D
 
V
F
 
M
N
 
T
R
 
R
C
|
C
I
|
I
F
x
Q
C
|
C
E
x
T
L
 
R
C
|
C
V
 
V
R
 
R
A
 
F
S
 
A
R
 
S
D
 
E
I
 
V
D
 
A
G
 
G
K
 
V
N
 
Q
I
 
D
F
 
L
A
 
G
L
 
I
T
 
L
D
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
S
H
 
G
K
 
E
H
 
E
L
x
I
V
 
G
V
 
T
N
 
Y
A
 
V
E
 
E
S
 
-
G
 
-
R
 
K
L
 
L
A
 
M
D
 
T
T
 
S
D
 
E
F
 
L
A
 
-
A
 
-
S
 
S
D
 
G
R
 
N
A
 
V
A
 
I
N
 
D
I
 
I
C
|
C
P
 
P
V
|
V
G
 
G
V
x
A
I
x
L
L
 
T
H
 
S
K
 
K
R
 
P
Q
 
F
G
 
A
F
|
F

Sites not aligning to the query:

7b0nG 3.7-angstrom structure of Yarrowia lipolytica complex I with an R121M mutation in NUCM. (see paper)
28% identity, 89% coverage: 6:216/237 of query aligns to 4:215/694 of 7b0nG

query
sites
7b0nG
K
 
E
F
 
L
L
 
T
L
 
I
D
 
D
G
 
G
K
 
H
P
 
K
V
 
V
V
 
S
F
 
I
Q
 
E
D
 
A
G
 
G
Q
 
S
T
 
A
I
 
L
L
 
I
E
 
Q
A
 
A
A
 
C
R
 
E
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
H
 
V
Y
 
T
I
 
V
P
 
P
H
 
R
L
 
Y
C
|
C
W
 
Y
H
 
H
P
 
D
D
 
K
F
 
L
P
 
A
A
 
I
H
 
A
G
|
G
S
 
N
C
|
C
K
x
R
L
 
M
C
|
C
I
 
L
V
 
V
K
 
D
V
 
V
-
 
E
-
 
R
G
 
A
G
 
P
R
 
K
H
 
P
V
 
V
S
 
A
S
 
S
C
|
C
A
 
A
M
 
Y
P
 
P
A
 
V
K
 
A
E
 
P
G
 
G
M
 
M
E
 
V
V
 
V
E
 
R
S
 
T
N
 
D
T
 
T
P
 
E
E
 
R
M
 
V
N
 
K
G
 
Q
E
 
A
R
 
R
R
 
E
A
 
N
L
 
V
L
 
M
Q
 
E
M
 
M
L
 
M
F
 
L
V
 
Q
E
 
N
G
x
H
N
 
P
H
 
L
F
 
D
C
|
C
P
 
P
S
 
V
C
|
C
E
 
D
K
 
Q
S
 
G
G
 
G
N
 
E
C
|
C
Q
 
D
L
 
L
Q
|
Q
A
 
D
L
 
Q
A
 
S
Y
 
M
D
 
R
L
 
Y
E
 
G
M
 
R
L
 
D
S
 
R
A
 
G
H
 
R
F
 
F
N
 
T
H
 
E
F
 
I
Y
 
T
P
 
G
N
 
K
R
 
R
P
 
S
V
 
T
D
 
E
A
 
D
S
 
K
H
 
N
-
 
I
-
 
G
P
 
P
D
 
L
V
 
V
L
 
K
L
 
T
D
 
S
F
 
M
N
 
N
R
 
R
C
|
C
I
 
I
F
x
H
C
|
C
E
x
T
L
 
R
C
|
C
V
 
V
R
 
R
A
 
F
S
 
A
R
 
N
D
 
D
I
 
I
D
 
A
G
 
G
K
 
A
N
 
P
I
 
E
F
 
L
A
 
G
L
 
S
T
 
S
D
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
N
H
 
D
K
 
M
H
 
Q
L
 
I
V
 
G
V
 
T
N
 
Y
A
 
L
E
 
E
S
 
K
G
 
-
R
 
-
L
 
-
A
 
-
D
 
N
T
 
L
D
 
N
F
 
T
A
 
E
A
 
L
S
 
S
D
 
G
R
 
N
A
 
V
A
 
I
N
 
D
I
 
L
C
|
C
P
 
P
V
|
V
G
 
G
V
 
A
I
 
L
L
 
T
H
 
N
K
 
K
R
 
P
Q
 
Y
G
 
A
F
 
F
-
 
R
A
 
A
R
 
R
P
 
P

7a23C Plant mitochondrial respiratory complex i (see paper)
29% identity, 89% coverage: 3:213/237 of query aligns to 23:231/693 of 7a23C

query
sites
7a23C
D
 
D
T
 
A
K
 
I
K
 
E
F
 
V
L
 
F
L
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
Y
P
 
A
V
 
V
V
 
K
F
 
V
Q
 
P
D
 
K
G
 
G
Q
 
F
T
 
T
I
 
V
L
 
L
E
 
Q
A
 
A
A
 
C
R
 
E
Q
 
V
A
 
A
G
 
G
H
 
V
Y
 
D
I
 
I
P
 
P
H
x
R
L
 
F
C
|
C
W
x
Y
H
 
H
P
 
S
D
 
R
F
 
L
P
 
S
A
 
I
H
 
A
G
 
G
S
 
N
C
|
C
K
 
R
L
 
M
C
|
C
I
 
L
V
 
V
K
 
E
V
 
V
-
 
E
-
 
K
G
 
S
G
 
P
R
 
K
H
 
P
V
 
V
S
 
A
S
 
S
C
|
C
A
 
A
M
 
M
P
 
P
A
 
A
K
 
L
E
 
P
G
 
G
M
 
M
E
 
K
V
 
I
E
 
K
S
 
T
N
 
D
T
 
T
P
 
P
E
 
I
M
 
A
N
 
K
G
 
K
E
 
A
R
 
R
R
 
E
A
 
G
L
 
V
L
 
M
Q
 
E
M
 
F
L
 
L
F
 
L
V
 
M
E
 
N
G
x
H
N
 
P
H
 
L
F
x
D
C
|
C
P
 
P
S
 
I
C
|
C
E
 
D
K
 
Q
S
x
G
G
 
G
N
 
E
C
|
C
Q
 
D
L
|
L
Q
|
Q
A
 
D
L
 
Q
A
 
S
Y
 
M
D
 
A
L
 
F
E
 
G
M
 
S
L
 
D
S
 
R
A
 
G
H
 
R
F
 
F
N
 
T
H
 
E
F
 
M
Y
 
K
P
 
R
N
 
S
R
 
V
P
 
V
V
 
D
D
 
K
A
 
N
S
 
L
H
 
G
P
 
P
D
 
L
V
 
V
L
 
K
L
 
T
D
 
V
F
 
M
N
 
T
R
 
R
C
|
C
I
|
I
F
x
Q
C
|
C
E
x
T
L
x
R
C
|
C
V
 
V
R
 
R
A
 
F
S
 
A
R
 
S
D
 
E
I
 
V
D
 
A
G
 
G
K
 
V
N
 
Q
I
 
D
F
 
L
A
 
G
L
 
I
T
 
L
D
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
S
H
 
G
K
 
E
H
 
E
L
x
I
V
 
G
V
 
T
N
 
Y
A
 
V
E
 
E
S
 
-
G
 
-
R
 
K
L
 
L
A
 
M
D
 
T
T
 
S
D
 
E
F
 
L
A
 
-
A
 
-
S
 
S
D
 
G
R
 
N
A
 
V
A
 
I
N
 
D
I
 
I
C
|
C
P
|
P
V
|
V
G
|
G
V
 
A
I
 
L
L
 
T
H
 
S
K
 
K
R
 
P
Q
 
F
G
 
A
F
 
F

7v2cM Active state complex i from q10 dataset (see paper)
28% identity, 94% coverage: 2:224/237 of query aligns to 1:222/690 of 7v2cM

query
sites
7v2cM
S
 
S
D
 
N
T
 
L
K
 
I
K
 
E
F
 
V
L
 
F
L
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
Q
P
 
S
V
 
V
V
 
M
F
 
V
Q
 
E
D
 
P
G
 
G
Q
 
T
T
 
T
I
 
V
L
 
L
E
 
Q
A
 
A
A
 
C
R
 
E
Q
 
K
A
 
V
G
 
G
H
 
M
Y
 
Q
I
 
I
P
 
P
H
 
R
L
 
F
C
|
C
W
x
Y
H
 
H
P
 
E
D
 
R
F
 
L
P
 
S
A
 
V
H
 
A
G
|
G
S
 
N
C
|
C
K
x
R
L
 
M
C
|
C
I
 
L
V
 
V
K
 
E
V
 
I
-
 
E
-
 
K
G
 
A
G
 
P
R
 
K
H
 
V
V
 
V
S
 
A
S
 
A
C
|
C
A
 
A
M
 
M
P
 
P
A
 
V
K
 
M
E
 
K
G
 
G
M
 
W
E
 
N
V
 
I
E
 
L
S
 
T
N
 
N
T
 
S
P
 
E
E
 
K
M
 
S
N
 
K
G
 
K
E
 
A
R
 
R
R
 
E
A
 
G
L
 
V
L
 
M
Q
 
E
M
 
F
L
 
L
F
 
L
V
 
A
E
 
N
G
x
H
N
 
P
H
 
L
F
x
D
C
|
C
P
 
P
S
 
I
C
|
C
E
 
D
K
x
Q
S
 
G
G
 
G
N
 
E
C
|
C
Q
 
D
L
 
L
Q
|
Q
A
 
D
L
 
Q
A
 
S
Y
 
M
D
 
-
L
 
-
E
 
-
M
 
M
L
 
F
S
 
G
A
 
S
H
 
D
F
 
R
N
 
S
H
 
R
F
 
F
Y
 
L
P
 
E
-
 
G
N
 
K
R
 
R
P
 
A
V
 
V
D
 
E
A
 
D
S
 
K
H
 
N
-
 
I
-
 
G
P
 
P
D
 
L
V
 
V
L
 
K
L
 
T
D
 
I
F
 
M
N
 
T
R
 
R
C
|
C
I
 
I
F
 
Q
C
|
C
E
x
T
L
x
R
C
|
C
V
 
I
R
 
R
A
 
F
S
 
A
R
 
S
D
 
E
I
 
I
D
 
A
G
 
G
K
 
V
N
 
D
I
 
D
F
 
L
A
 
G
L
 
T
T
 
T
D
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
N
H
 
D
K
 
M
H
 
Q
L
 
V
V
 
G
V
 
T
N
 
Y
A
 
I
E
 
E
S
 
K
G
 
M
R
 
F
L
 
M
A
 
S
D
 
E
T
 
L
D
 
-
F
 
-
A
 
-
A
 
-
S
 
S
D
 
G
R
 
N
A
 
I
A
 
I
N
 
D
I
 
I
C
|
C
P
 
P
V
|
V
G
 
G
V
x
A
I
x
L
L
 
T
H
 
S
K
 
K
R
 
P
Q
 
Y
G
 
A
F
 
F
-
 
T
A
 
A
R
 
R
P
 
P
I
 
W
G
 
E
E
 
T
R
 
R
D
 
K
Y
 
T
D
 
E
A
 
S

5gupG structure of mammalian respiratory supercomplex I1III2IV1 (see paper)
28% identity, 92% coverage: 6:224/237 of query aligns to 4:221/673 of 5gupG

query
sites
5gupG
K
 
E
F
 
V
L
 
F
L
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
Q
P
 
S
V
 
V
V
 
M
F
 
V
Q
 
E
D
 
P
G
 
G
Q
 
T
T
 
T
I
 
V
L
 
L
E
 
Q
A
 
A
A
 
C
R
 
E
Q
 
K
A
 
V
G
 
G
H
 
M
Y
 
Q
I
 
I
P
 
P
H
 
R
L
 
F
C
|
C
W
x
Y
H
 
H
P
 
E
D
 
R
F
 
L
P
 
S
A
 
V
H
 
A
G
 
G
S
x
N
C
|
C
K
 
R
L
 
M
C
|
C
I
 
L
V
 
V
K
 
E
V
 
I
-
 
E
-
 
K
G
 
A
G
 
P
R
 
K
H
 
V
V
 
V
S
 
A
S
 
A
C
|
C
A
 
A
M
 
M
P
 
P
A
 
V
K
 
M
E
 
K
G
 
G
M
 
W
E
 
N
V
 
I
E
 
L
S
 
T
N
 
N
T
 
S
P
 
E
E
 
K
M
 
S
N
 
K
G
 
K
E
 
A
R
 
R
R
 
E
A
 
G
L
 
V
L
 
M
Q
 
E
M
 
F
L
 
L
F
 
L
V
 
A
E
 
N
G
x
H
N
 
P
H
 
L
F
 
D
C
|
C
P
 
P
S
 
I
C
|
C
E
 
D
K
x
Q
S
 
G
G
 
G
N
 
E
C
|
C
Q
 
D
L
 
L
Q
|
Q
A
 
D
L
 
Q
A
 
S
Y
 
M
D
 
-
L
 
-
E
 
-
M
 
M
L
 
F
S
 
G
A
 
S
H
 
D
F
 
R
N
 
S
H
 
R
F
 
F
Y
 
L
P
 
E
-
 
G
N
 
K
R
 
R
P
 
A
V
 
V
D
 
E
A
 
D
S
 
K
H
 
N
-
 
I
-
 
G
P
 
P
D
 
L
V
 
V
L
 
K
L
 
T
D
 
I
F
 
M
N
 
T
R
|
R
C
|
C
I
|
I
F
 
Q
C
|
C
E
x
T
L
 
R
C
|
C
V
 
I
R
 
R
A
 
F
S
 
A
R
 
S
D
 
E
I
 
I
D
 
A
G
 
G
K
 
V
N
 
D
I
 
D
F
 
L
A
 
G
L
 
T
T
 
T
D
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
N
H
 
D
K
 
M
H
 
Q
L
x
V
V
 
G
V
 
T
N
 
Y
A
 
I
E
 
E
S
 
K
G
 
M
R
 
F
L
 
M
A
 
S
D
 
E
T
 
L
D
 
-
F
 
-
A
 
-
A
 
-
S
 
S
D
 
G
R
 
N
A
 
I
A
 
I
N
 
D
I
 
I
C
|
C
P
|
P
V
 
V
G
 
G
V
x
A
I
x
L
L
 
T
H
 
S
K
 
K
R
 
P
Q
 
Y
G
 
A
F
 
F
-
 
T
A
 
A
R
 
R
P
 
P
I
 
W
G
 
E
E
 
T
R
 
R
D
 
K
Y
 
T
D
 
E
A
 
S

Sites not aligning to the query:

7q5yA Structure of nadh:ubichinon oxidoreductase (complex i) of the hyperthermophilic eubacterium aquifex aeolicus
32% identity, 86% coverage: 6:209/237 of query aligns to 3:211/626 of 7q5yA

query
sites
7q5yA
K
 
K
F
 
I
L
 
Y
L
 
I
D
 
D
G
 
D
K
 
V
P
 
E
V
 
I
V
 
E
F
 
A
Q
 
E
D
 
K
G
 
G
Q
 
K
T
 
T
I
 
V
L
 
L
E
 
Q
A
 
V
A
 
A
R
 
L
Q
 
E
A
 
N
G
 
G
H
 
I
Y
 
D
I
 
I
P
 
P
H
 
Y
L
 
F
C
|
C
W
x
Y
H
 
H
P
 
P
D
 
R
F
 
L
P
 
S
A
 
I
H
 
A
G
|
G
S
 
A
C
|
C
K
x
R
L
 
M
C
|
C
I
 
V
V
 
V
K
 
Y
V
 
W
G
 
E
-
 
D
-
 
I
G
 
N
R
 
R
H
 
L
V
 
V
S
 
I
S
 
S
C
|
C
A
 
N
M
 
L
P
 
P
A
 
V
K
 
Q
E
 
E
G
 
G
M
 
M
E
 
R
V
 
V
E
 
R
S
 
T
N
 
H
-
 
R
T
 
T
P
 
S
E
 
E
M
 
M
N
 
V
G
 
R
E
 
E
-
 
Q
R
 
Q
R
 
K
A
 
Y
L
 
L
L
 
L
Q
 
Q
M
 
A
L
 
L
F
 
M
V
 
T
E
 
R
G
x
H
N
 
P
H
 
L
F
x
D
C
|
C
P
 
P
S
 
I
C
|
C
E
 
D
K
 
K
S
x
A
G
 
G
N
 
E
C
|
C
Q
 
D
L
 
L
Q
|
Q
A
 
N
L
 
L
A
 
G
-
 
A
-
 
I
Y
 
Y
D
 
G
L
 
P
E
 
Q
M
 
K
L
 
Q
S
 
I
A
 
V
H
 
P
F
 
I
N
 
S
H
 
A
F
 
L
Y
 
E
P
 
K
N
 
E
R
 
R
P
 
E
V
 
E
D
 
H
A
 
D
S
 
W
H
 
E
P
 
S
D
 
D
V
 
F
L
 
L
L
 
E
D
 
Y
F
 
Y
-
 
S
N
 
N
R
 
R
C
|
C
I
x
V
F
x
V
C
|
C
E
x
Y
L
 
R
C
|
C
V
 
T
R
 
R
A
 
A
S
x
C
R
 
D
D
 
E
I
 
V
D
 
V
G
 
G
K
x
T
N
 
R
I
 
A
F
 
L
A
 
Y
L
 
V
T
 
E
D
 
D
R
 
R
G
 
G
I
 
F
H
 
H
K
 
S
H
 
N
L
 
I
V
 
V
V
 
-
N
 
-
A
 
-
E
 
P
S
 
A
G
 
V
R
 
R
L
 
P
A
 
M
D
 
D
T
 
T
D
 
S
F
 
T
-
x
C
A
 
E
A
x
M
S
x
C
D
x
G
R
 
I
A
x
C
A
 
V
N
 
H
I
 
V
C
|
C
P
|
P
V
 
V
G
 
G
V
x
A
I
|
I
L
 
I
H
 
S
K
 
K

Sites not aligning to the query:

7awtG E. Coli nadh quinone oxidoreductase hydrophilic arm (see paper)
31% identity, 85% coverage: 9:209/237 of query aligns to 5:208/907 of 7awtG

query
sites
7awtG
L
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
E
V
 
Y
V
 
E
F
 
V
Q
 
N
D
 
G
G
 
A
Q
 
D
T
 
N
I
 
L
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
C
R
 
L
Q
 
S
A
 
L
G
 
G
H
 
L
Y
 
D
I
 
I
P
 
P
H
x
Y
L
 
F
C
|
C
W
|
W
H
 
H
P
 
P
D
 
A
F
 
L
P
 
G
A
 
S
H
 
V
G
|
G
S
 
A
C
|
C
K
x
R
L
 
Q
C
|
C
I
 
A
V
 
V
K
 
K
-
 
Q
-
 
Y
-
 
Q
-
 
N
-
 
A
-
 
E
-
 
D
V
 
T
G
 
R
G
 
G
R
 
R
H
 
L
V
 
V
S
 
M
S
 
S
C
|
C
A
 
M
M
 
T
P
 
P
A
 
A
K
 
S
E
 
D
G
 
G
M
 
T
E
 
F
V
 
I
E
 
S
S
 
I
N
 
D
T
 
D
P
 
E
E
 
E
M
 
A
N
 
K
G
 
Q
E
 
F
R
 
R
R
 
E
A
 
S
L
 
V
L
 
V
Q
 
E
M
 
W
L
 
L
F
 
M
V
 
T
E
 
N
G
x
H
N
 
P
H
 
H
F
x
D
C
|
C
P
 
P
S
 
V
C
|
C
E
 
E
K
 
E
S
 
G
G
 
G
N
 
N
C
|
C
Q
 
H
L
 
L
Q
|
Q
A
 
-
L
 
-
A
 
-
Y
 
-
D
 
D
L
 
M
E
 
T
M
 
V
L
 
M
S
 
T
A
 
G
H
 
H
F
 
-
N
 
-
H
 
S
F
 
F
Y
 
R
P
 
R
N
 
Y
R
 
R
P
 
F
V
 
T
D
 
K
A
 
R
S
 
T
H
 
H
-
 
R
-
 
N
-
 
Q
-
 
D
-
 
L
-
 
G
P
 
P
D
 
F
V
 
I
L
 
S
L
 
H
D
 
E
F
 
M
N
 
N
R
 
R
C
|
C
I
|
I
F
x
A
C
|
C
E
x
Y
L
 
R
C
|
C
V
 
V
R
 
R
A
 
Y
S
 
Y
R
 
K
D
 
D
I
 
Y
-
 
A
D
 
D
G
 
G
K
 
T
N
 
D
I
 
L
F
 
G
A
 
V
L
 
Y
T
 
-
D
 
-
R
 
-
G
 
G
I
 
A
H
 
H
K
 
D
H
 
N
L
 
V
V
 
Y
V
x
F
N
 
G
A
 
R
E
 
P
S
 
E
G
 
D
R
 
G
L
 
T
A
 
L
D
 
E
T
 
S
D
 
E
F
 
F
A
 
-
A
 
-
S
 
S
D
 
G
R
 
N
A
 
L
A
x
V
N
 
E
I
 
I
C
|
C
P
|
P
V
x
T
G
|
G
V
|
V
I
 
F
L
 
T
H
 
D
K
 
K

Sites not aligning to the query:

7nyrG Respiratory complex i from escherichia coli - conformation 1 (see paper)
31% identity, 85% coverage: 9:209/237 of query aligns to 6:209/907 of 7nyrG

query
sites
7nyrG
L
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
E
V
 
Y
V
 
E
F
 
V
Q
 
N
D
 
G
G
 
A
Q
 
D
T
 
N
I
 
L
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
C
R
 
L
Q
 
S
A
 
L
G
 
G
H
 
L
Y
 
D
I
 
I
P
 
P
H
 
Y
L
 
F
C
|
C
W
|
W
H
 
H
P
 
P
D
 
A
F
 
L
P
 
G
A
 
S
H
 
V
G
 
G
S
 
A
C
|
C
K
x
R
L
 
Q
C
|
C
I
 
A
V
 
V
K
 
K
-
 
Q
-
 
Y
-
 
Q
-
 
N
-
 
A
-
 
E
-
 
D
V
 
T
G
 
R
G
 
G
R
 
R
H
 
L
V
 
V
S
x
M
S
 
S
C
|
C
A
 
M
M
 
T
P
 
P
A
 
A
K
 
S
E
 
D
G
 
G
M
 
T
E
 
F
V
 
I
E
 
S
S
 
I
N
 
D
T
 
D
P
 
E
E
 
E
M
 
A
N
 
K
G
 
Q
E
 
F
R
 
R
R
 
E
A
 
S
L
 
V
L
 
V
Q
 
E
M
 
W
L
 
L
F
 
M
V
 
T
E
 
N
G
x
H
N
 
P
H
 
H
F
x
D
C
|
C
P
 
P
S
 
V
C
|
C
E
 
E
K
 
E
S
x
G
G
 
G
N
 
N
C
|
C
Q
 
H
L
 
L
Q
|
Q
A
 
-
L
 
-
A
 
-
Y
 
-
D
 
D
L
 
M
E
 
T
M
 
V
L
 
M
S
 
T
A
 
G
H
 
H
F
 
-
N
 
-
H
 
S
F
 
F
Y
 
R
P
 
R
N
 
Y
R
 
R
P
 
F
V
 
T
D
 
K
A
 
R
S
 
T
H
 
H
-
 
R
-
 
N
-
 
Q
-
 
D
-
 
L
-
 
G
P
 
P
D
 
F
V
 
I
L
 
S
L
 
H
D
 
E
F
 
M
N
 
N
R
 
R
C
|
C
I
|
I
F
x
A
C
|
C
E
x
Y
L
 
R
C
|
C
V
 
V
R
 
R
A
 
Y
S
 
Y
R
 
K
D
 
D
I
 
Y
-
 
A
D
 
D
G
 
G
K
 
T
N
 
D
I
 
L
F
 
G
A
 
V
L
 
Y
T
 
-
D
 
-
R
 
-
G
 
G
I
 
A
H
 
H
K
 
D
H
 
N
L
 
V
V
 
Y
V
x
F
N
 
G
A
 
R
E
 
P
S
 
E
G
 
D
R
 
G
L
 
T
A
 
L
D
 
E
T
 
S
D
 
E
F
 
F
A
 
-
A
 
-
S
 
S
D
 
G
R
 
N
A
 
L
A
 
V
N
 
E
I
 
I
C
|
C
P
 
P
V
 
T
G
|
G
V
|
V
I
x
F
L
 
T
H
 
D
K
 
K

Sites not aligning to the query:

8gyms1 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial (see paper)
28% identity, 89% coverage: 6:216/237 of query aligns to 5:214/689 of 8gyms1

query
sites
8gyms1
K
 
E
F
 
I
L
 
F
L
 
I
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
P
V
 
A
V
 
K
F
 
V
Q
 
D
D
 
D
G
 
S
Q
 
Y
T
 
T
I
 
I
L
 
F
E
 
Q
A
 
A
A
 
C
R
 
Y
Q
 
E
A
 
N
G
 
G
H
 
V
Y
 
I
I
 
V
P
 
P
H
x
R
L
 
F
C
|
C
W
x
Y
H
 
H
P
 
E
D
 
R
F
 
L
P
 
S
A
 
V
H
 
A
G
 
G
S
 
N
C
|
C
K
 
R
L
 
M
C
|
C
I
 
L
V
 
V
K
 
E
V
 
V
G
 
E
G
 
N
-
 
V
-
 
P
R
 
K
H
 
P
V
 
V
S
 
A
S
 
A
C
|
C
A
 
A
M
 
S
P
 
Q
A
 
V
K
 
V
E
 
P
G
 
G
M
 
M
E
 
K
V
 
I
E
 
K
S
 
T
N
 
K
T
 
S
P
 
E
E
 
K
M
 
T
N
 
R
G
 
I
E
 
H
R
 
R
R
 
G
A
 
N
L
 
V
L
 
M
Q
 
E
M
 
F
L
 
L
F
 
L
V
 
A
E
 
N
G
x
H
N
 
P
H
 
L
F
 
D
C
|
C
P
 
P
S
 
I
C
|
C
E
 
D
K
x
Q
S
x
G
G
 
G
N
 
E
C
|
C
Q
 
D
L
 
L
Q
|
Q
A
 
D
L
 
I
A
 
S
Y
 
S
D
 
V
L
 
Y
E
 
G
M
 
Y
L
 
G
S
 
I
A
 
S
H
 
R
F
 
Y
N
 
N
H
 
E
F
 
Y
Y
 
-
P
 
-
N
 
K
R
 
R
P
 
A
V
 
V
D
 
E
A
 
D
S
 
K
H
 
N
-
 
Y
-
 
G
P
 
P
D
 
L
V
 
V
L
 
A
L
 
T
D
 
S
F
 
M
N
 
N
R
|
R
C
|
C
I
|
I
F
x
H
C
|
C
E
x
T
L
x
R
C
|
C
V
 
V
R
 
R
A
 
F
S
 
A
R
 
T
D
 
Q
I
 
I
D
 
A
G
 
G
K
 
V
N
 
E
I
 
D
F
 
L
A
 
G
L
 
K
T
 
T
D
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
K
H
 
A
K
 
-
H
 
-
L
 
-
V
 
-
V
 
-
N
 
-
A
 
A
E
 
E
S
 
I
G
 
G
R
 
T
L
 
Y
A
 
V
D
 
E
T
 
K
D
 
T
F
 
F
A
 
N
A
 
T
-
 
E
-
 
L
S
 
S
D
 
G
R
 
N
A
 
V
A
 
V
N
 
D
I
 
V
C
|
C
P
|
P
V
|
V
G
|
G
V
x
A
I
 
L
L
 
T
H
 
N
K
 
A
R
 
P
Q
 
Y
G
 
A
F
 
F
-
 
T
A
 
S
R
 
R
P
 
P

Query Sequence

>Dsui_3029 FitnessBrowser__PS:Dsui_3029
MSDTKKFLLDGKPVVFQDGQTILEAARQAGHYIPHLCWHPDFPAHGSCKLCIVKVGGRHV
SSCAMPAKEGMEVESNTPEMNGERRALLQMLFVEGNHFCPSCEKSGNCQLQALAYDLEML
SAHFNHFYPNRPVDASHPDVLLDFNRCIFCELCVRASRDIDGKNIFALTDRGIHKHLVVN
AESGRLADTDFAASDRAANICPVGVILHKRQGFARPIGERDYDAKPISVVAMEEVEK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory