SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Echvi_0200 Echvi_0200 Pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase (E1) component, eukaryotic type, beta subunit to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3dv0D Snapshots of catalysis in the e1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex (see paper)
35% identity, 40% coverage: 476:794/804 of query aligns to 5:323/324 of 3dv0D

query
sites
3dv0D
V
 
M
L
 
V
Q
 
Q
A
 
A
C
 
I
F
 
T
D
 
D
Q
 
A
M
 
L
-
 
R
-
 
I
-
 
E
L
 
L
S
 
K
N
 
N
D
 
D
P
 
P
R
 
N
V
 
V
F
 
L
A
 
I
F
 
F
G
 
G
E
 
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
K
 
V
I
 
N
G
 
G
D
 
G
V
 
V
N
 
F
Q
 
R
A
 
A
F
 
T
A
 
E
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
E
 
A
K
 
E
H
 
F
G
 
G
E
 
E
L
 
D
R
 
R
V
 
V
T
 
F
D
 
D
T
 
T
G
 
P
I
x
L
R
 
A
E
|
E
M
 
S
T
 
G
I
 
I
I
 
G
G
 
G
Q
 
L
G
 
A
I
 
I
G
 
G
T
 
L
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
G
 
G
L
 
F
R
 
R
P
 
P
I
 
V
A
 
P
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
Y
x
F
L
 
F
D
 
G
Y
x
F
I
 
V
Y
 
Y
Y
x
E
A
 
V
L
 
M
M
 
D
T
 
S
L
 
I
T
 
C
D
 
G
D
 
Q
L
 
M
A
 
A
C
 
R
L
 
I
H
 
R
Y
 
Y
R
 
R
T
 
T
K
 
G
G
 
G
G
 
R
Q
 
Y
K
 
H
A
 
M
P
 
P
M
 
I
I
 
T
V
 
I
R
 
R
T
 
S
R
 
P
-
 
F
-
 
G
G
 
G
H
 
G
R
 
V
L
 
H
E
 
T
G
 
P
V
 
E
W
 
L
H
|
H
S
 
S
G
 
D
S
 
S
P
 
-
M
 
L
S
 
E
A
 
G
I
 
L
L
 
V
G
 
A
S
 
Q
L
 
Q
R
 
P
G
 
G
L
 
L
L
 
K
V
 
V
C
 
V
V
 
I
P
 
P
R
 
S
N
 
T
M
 
P
T
 
Y
Q
 
D
A
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
L
Y
 
L
N
 
I
T
 
S
L
 
A
L
 
I
R
 
R
S
 
D
D
 
N
E
 
D
P
 
P
A
 
V
L
 
I
M
 
F
I
 
L
E
 
E
C
 
H
L
 
L
N
 
K
A
 
L
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
S
-
 
F
K
 
R
E
 
Q
L
 
E
M
 
V
P
 
P
T
 
E
N
 
-
V
 
-
G
 
G
E
 
E
F
 
Y
T
 
T
V
 
I
P
 
P
L
 
I
G
 
G
R
 
K
P
 
A
E
 
D
V
 
I
L
 
K
R
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
T
V
 
I
V
 
I
T
 
A
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
M
 
M
C
 
V
R
 
H
I
 
E
V
 
S
L
 
L
D
 
K
A
 
A
A
 
A
E
 
A
Q
 
E
L
 
L
V
 
E
E
 
K
Y
 
E
G
 
G
V
 
I
S
 
S
V
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
V
D
 
D
V
 
L
Q
 
R
T
 
T
L
 
V
L
 
Q
P
 
P
F
 
L
D
 
D
V
 
I
D
 
E
H
 
-
V
 
T
I
 
I
L
 
I
E
 
G
S
 
S
I
 
V
K
 
E
K
 
K
T
 
T
S
 
G
R
 
R
V
 
A
I
 
I
F
 
V
A
 
V
D
 
Q
E
 
E
-
 
A
D
 
Q
V
 
R
P
 
Q
G
 
A
G
 
G
A
 
I
S
 
A
A
 
A
Y
 
N
M
 
V
M
 
V
Q
 
A
Q
 
E
V
 
I
L
 
-
E
 
-
K
 
N
Q
 
E
K
 
R
A
 
A
Y
 
I
Y
 
L
Q
 
S
L
 
L
D
 
E
S
 
A
E
 
-
P
 
P
V
 
V
T
 
L
L
 
R
S
 
V
A
 
A
Q
 
A
P
 
P
H
 
D
R
 
T
P
 
V
A
 
Y
Y
 
P
S
 
F
S
 
A
D
 
Q
G
 
A
D
 
E
Y
 
S
F
 
V
S
 
W
K
 
L
P
 
P
S
 
N
V
 
F
D
 
K
D
 
D
V
 
V
I
 
I
E
 
E
K
 
T
A
 
A
Y
 
K
L
 
K
I
 
V
M
 
M
H
 
N

3dv0B Snapshots of catalysis in the e1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex (see paper)
35% identity, 40% coverage: 476:794/804 of query aligns to 5:323/324 of 3dv0B

query
sites
3dv0B
V
 
M
L
 
V
Q
 
Q
A
 
A
C
 
I
F
 
T
D
 
D
Q
 
A
M
 
L
-
 
R
-
 
I
-
 
E
L
 
L
S
 
K
N
 
N
D
 
D
P
 
P
R
 
N
V
 
V
F
 
L
A
 
I
F
 
F
G
 
G
E
 
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
K
 
V
I
 
N
G
 
G
D
 
G
V
 
V
N
 
F
Q
 
R
A
 
A
F
 
T
A
 
E
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
E
 
A
K
 
E
H
 
F
G
 
G
E
 
E
L
 
D
R
 
R
V
 
V
T
 
F
D
 
D
T
 
T
G
 
P
I
x
L
R
 
A
E
|
E
M
 
S
T
 
G
I
 
I
I
 
G
G
 
G
Q
 
L
G
 
A
I
 
I
G
 
G
T
 
L
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
G
 
G
L
 
F
R
 
R
P
 
P
I
 
V
A
 
P
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
Y
 
F
L
 
F
D
 
G
Y
x
F
I
 
V
Y
 
Y
Y
x
E
A
 
V
L
 
M
M
 
D
T
 
S
L
 
I
T
 
C
D
 
G
D
 
Q
L
 
M
A
 
A
C
 
R
L
 
I
H
 
R
Y
 
Y
R
 
R
T
 
T
K
 
G
G
 
G
G
 
R
Q
 
Y
K
 
H
A
 
M
P
 
P
M
 
I
I
 
T
V
 
I
R
 
R
T
 
S
R
 
P
-
 
F
-
 
G
G
 
G
H
 
G
R
 
V
L
 
H
E
 
T
G
 
P
V
 
E
W
 
L
H
|
H
S
 
S
G
 
D
S
 
S
P
 
-
M
 
L
S
 
E
A
 
G
I
 
L
L
 
V
G
 
A
S
 
Q
L
 
Q
R
 
P
G
 
G
L
 
L
L
 
K
V
 
V
C
 
V
V
 
I
P
 
P
R
 
S
N
 
T
M
 
P
T
 
Y
Q
 
D
A
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
L
Y
 
L
N
 
I
T
 
S
L
 
A
L
 
I
R
 
R
S
 
D
D
 
N
E
 
D
P
 
P
A
 
V
L
 
I
M
 
F
I
 
L
E
 
E
C
 
H
L
 
L
N
 
K
A
 
L
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
S
-
 
F
K
 
R
E
 
Q
L
 
E
M
 
V
P
 
P
T
 
E
N
 
-
V
 
-
G
 
G
E
 
E
F
 
Y
T
 
T
V
 
I
P
 
P
L
 
I
G
 
G
R
 
K
P
 
A
E
 
D
V
 
I
L
 
K
R
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
T
V
 
I
V
 
I
T
 
A
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
M
 
M
C
 
V
R
 
H
I
 
E
V
 
S
L
 
L
D
 
K
A
 
A
A
 
A
E
 
A
Q
 
E
L
 
L
V
 
E
E
 
K
Y
 
E
G
 
G
V
 
I
S
 
S
V
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
V
D
 
D
V
 
L
Q
 
R
T
 
T
L
 
V
L
 
Q
P
 
P
F
 
L
D
 
D
V
 
I
D
 
E
H
 
-
V
 
T
I
 
I
L
 
I
E
 
G
S
 
S
I
 
V
K
 
E
K
 
K
T
 
T
S
 
G
R
 
R
V
 
A
I
 
I
F
 
V
A
 
V
D
 
Q
E
 
E
-
 
A
D
 
Q
V
 
R
P
 
Q
G
 
A
G
 
G
A
 
I
S
 
A
A
 
A
Y
 
N
M
 
V
M
 
V
Q
 
A
Q
 
E
V
 
I
L
 
-
E
 
-
K
 
N
Q
 
E
K
 
R
A
 
A
Y
 
I
Y
 
L
Q
 
S
L
 
L
D
 
E
S
 
A
E
 
-
P
 
P
V
 
V
T
 
L
L
 
R
S
 
V
A
 
A
Q
 
A
P
 
P
H
 
D
R
 
T
P
 
V
A
 
Y
Y
 
P
S
 
F
S
 
A
D
 
Q
G
 
A
D
 
E
Y
 
S
F
 
V
S
 
W
K
 
L
P
 
P
S
 
N
V
 
F
D
 
K
D
 
D
V
 
V
I
 
I
E
 
E
K
 
T
A
 
A
Y
 
K
L
 
K
I
 
V
M
 
M
H
 
N

3dufD Snapshots of catalysis in the e1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex (see paper)
35% identity, 40% coverage: 476:794/804 of query aligns to 5:323/324 of 3dufD

query
sites
3dufD
V
 
M
L
 
V
Q
 
Q
A
 
A
C
 
I
F
 
T
D
 
D
Q
 
A
M
 
L
-
 
R
-
 
I
-
 
E
L
 
L
S
 
K
N
 
N
D
 
D
P
 
P
R
 
N
V
 
V
F
 
L
A
 
I
F
 
F
G
 
G
E
 
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
K
 
V
I
 
N
G
 
G
D
 
G
V
 
V
N
 
F
Q
 
R
A
 
A
F
 
T
A
 
E
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
E
 
A
K
 
E
H
 
F
G
 
G
E
 
E
L
 
D
R
 
R
V
 
V
T
 
F
D
 
D
T
 
T
G
 
P
I
x
L
R
 
A
E
|
E
M
 
S
T
 
G
I
 
I
I
 
G
G
 
G
Q
 
L
G
 
A
I
 
I
G
 
G
T
 
L
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
G
 
G
L
 
F
R
 
R
P
 
P
I
 
V
A
 
P
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
Y
 
F
L
 
F
D
 
G
Y
x
F
I
 
V
Y
 
Y
Y
x
E
A
 
V
L
 
M
M
 
D
T
 
S
L
 
I
T
 
C
D
 
G
D
 
Q
L
 
M
A
 
A
C
 
R
L
 
I
H
 
R
Y
 
Y
R
 
R
T
 
T
K
 
G
G
 
G
G
 
R
Q
 
Y
K
 
H
A
 
M
P
 
P
M
 
I
I
 
T
V
 
I
R
 
R
T
 
S
R
 
P
-
 
F
-
 
G
G
 
G
H
 
G
R
 
V
L
 
H
E
 
T
G
 
P
V
 
E
W
 
L
H
|
H
S
 
S
G
 
D
S
 
S
P
 
-
M
 
L
S
 
E
A
 
G
I
 
L
L
 
V
G
 
A
S
 
Q
L
 
Q
R
 
P
G
 
G
L
 
L
L
 
K
V
 
V
C
 
V
V
 
I
P
 
P
R
 
S
N
 
T
M
 
P
T
 
Y
Q
 
D
A
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
L
Y
 
L
N
 
I
T
 
S
L
 
A
L
 
I
R
 
R
S
 
D
D
 
N
E
 
D
P
 
P
A
 
V
L
 
I
M
 
F
I
 
L
E
 
E
C
 
H
L
 
L
N
 
K
A
 
L
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
S
-
 
F
K
 
R
E
 
Q
L
 
E
M
 
V
P
 
P
T
 
E
N
 
-
V
 
-
G
 
G
E
 
E
F
 
Y
T
 
T
V
 
I
P
 
P
L
 
I
G
 
G
R
 
K
P
 
A
E
 
D
V
 
I
L
 
K
R
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
T
V
 
I
V
 
I
T
 
A
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
M
 
M
C
 
V
R
 
H
I
 
E
V
 
S
L
 
L
D
 
K
A
 
A
A
 
A
E
 
A
Q
 
E
L
 
L
V
 
E
E
 
K
Y
 
E
G
 
G
V
 
I
S
 
S
V
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
V
D
 
D
V
 
L
Q
 
R
T
 
T
L
 
V
L
 
Q
P
 
P
F
 
L
D
 
D
V
 
I
D
 
E
H
 
-
V
 
T
I
 
I
L
 
I
E
 
G
S
 
S
I
 
V
K
 
E
K
 
K
T
 
T
S
 
G
R
 
R
V
 
A
I
 
I
F
 
V
A
 
V
D
 
Q
E
 
E
-
 
A
D
 
Q
V
 
R
P
 
Q
G
 
A
G
 
G
A
 
I
S
 
A
A
 
A
Y
 
N
M
 
V
M
 
V
Q
 
A
Q
 
E
V
 
I
L
 
-
E
 
-
K
 
N
Q
 
E
K
 
R
A
 
A
Y
 
I
Y
 
L
Q
 
S
L
 
L
D
 
E
S
 
A
E
 
-
P
 
P
V
 
V
T
 
L
L
 
R
S
 
V
A
 
A
Q
 
A
P
 
P
H
 
D
R
 
T
P
 
V
A
 
Y
Y
 
P
S
 
F
S
 
A
D
 
Q
G
 
A
D
 
E
Y
 
S
F
 
V
S
 
W
K
 
L
P
 
P
S
 
N
V
 
F
D
 
K
D
 
D
V
 
V
I
 
I
E
 
E
K
 
T
A
 
A
Y
 
K
L
 
K
I
 
V
M
 
M
H
 
N

1w85B The crystal structure of pyruvate dehydrogenase e1 bound to the peripheral subunit binding domain of e2 (see paper)
35% identity, 40% coverage: 476:794/804 of query aligns to 5:323/324 of 1w85B

query
sites
1w85B
V
 
M
L
 
V
Q
 
Q
A
 
A
C
 
I
F
 
T
D
 
D
Q
 
A
M
 
L
-
 
R
-
 
I
-
 
E
L
 
L
S
 
K
N
 
N
D
 
D
P
 
P
R
 
N
V
 
V
F
 
L
A
 
I
F
 
F
G
 
G
E
|
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
K
 
V
I
 
N
G
 
G
D
 
G
V
 
V
N
 
F
Q
 
R
A
 
A
F
 
T
A
 
E
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
E
 
A
K
 
E
H
 
F
G
 
G
E
 
E
L
 
D
R
 
R
V
 
V
T
 
F
D
 
D
T
 
T
G
 
P
I
x
L
R
 
A
E
|
E
M
 
S
T
 
G
I
 
I
I
 
G
G
 
G
Q
 
L
G
 
A
I
 
I
G
 
G
T
 
L
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
G
 
G
L
 
F
R
 
R
P
 
P
I
 
V
A
 
P
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
Y
 
F
L
 
F
D
 
G
Y
x
F
I
 
V
Y
 
Y
Y
x
E
A
 
V
L
 
M
M
 
D
T
 
S
L
 
I
T
 
C
D
 
G
D
 
Q
L
 
M
A
 
A
C
 
R
L
 
I
H
 
R
Y
 
Y
R
 
R
T
 
T
K
 
G
G
 
G
G
 
R
Q
 
Y
K
 
H
A
 
M
P
 
P
M
 
I
I
 
T
V
 
I
R
 
R
T
 
S
R
 
P
-
 
F
-
 
G
G
 
G
H
 
G
R
 
V
L
 
H
E
 
T
G
 
P
V
 
E
W
 
L
H
|
H
S
 
S
G
 
D
S
 
S
P
 
-
M
 
L
S
 
E
A
 
G
I
 
L
L
 
V
G
 
A
S
 
Q
L
 
Q
R
 
P
G
 
G
L
 
L
L
 
K
V
 
V
C
 
V
V
 
I
P
 
P
R
 
S
N
 
T
M
 
P
T
 
Y
Q
 
D
A
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
L
Y
 
L
N
 
I
T
 
S
L
 
A
L
 
I
R
 
R
S
 
D
D
 
N
E
 
D
P
 
P
A
 
V
L
 
I
M
 
F
I
 
L
E
 
E
C
 
H
L
 
L
N
 
K
A
 
L
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
S
-
 
F
K
 
R
E
 
Q
L
 
E
M
 
V
P
 
P
T
 
E
N
 
-
V
 
-
G
 
G
E
 
E
F
 
Y
T
 
T
V
 
I
P
 
P
L
 
I
G
 
G
R
 
K
P
 
A
E
 
D
V
 
I
L
 
K
R
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
T
V
 
I
V
 
I
T
 
A
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
M
 
M
C
 
V
R
 
H
I
 
E
V
 
S
L
 
L
D
 
K
A
 
A
A
 
A
E
 
A
Q
 
E
L
 
L
V
 
E
E
 
K
Y
 
E
G
 
G
V
 
I
S
 
S
V
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
V
D
 
D
V
 
L
Q
 
R
T
 
T
L
 
V
L
 
Q
P
 
P
F
 
L
D
 
D
V
 
I
D
 
E
H
 
-
V
 
T
I
 
I
L
 
I
E
 
G
S
 
S
I
 
V
K
 
E
K
 
K
T
 
T
S
 
G
R
 
R
V
 
A
I
 
I
F
 
V
A
 
V
D
 
Q
E
 
E
-
 
A
D
 
Q
V
 
R
P
 
Q
G
 
A
G
 
G
A
 
I
S
 
A
A
 
A
Y
 
N
M
 
V
M
 
V
Q
 
A
Q
 
E
V
 
I
L
 
-
E
 
-
K
 
N
Q
 
E
K
 
R
A
 
A
Y
 
I
Y
 
L
Q
 
S
L
 
L
D
 
E
S
 
A
E
 
-
P
 
P
V
 
V
T
 
L
L
 
R
S
 
V
A
 
A
Q
 
A
P
 
P
H
 
D
R
 
T
P
 
V
A
 
Y
Y
 
P
S
 
F
S
 
A
D
 
Q
G
 
A
D
 
E
Y
 
S
F
 
V
S
 
W
K
 
L
P
 
P
S
 
N
V
 
F
D
 
K
D
 
D
V
 
V
I
 
I
E
 
E
K
 
T
A
 
A
Y
 
K
L
 
K
I
 
V
M
 
M
H
 
N

1umdD Branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase (e1) from thermus thermophilus hb8 with 4-methyl-2-oxopentanoate as an intermediate (see paper)
38% identity, 33% coverage: 475:737/804 of query aligns to 7:267/323 of 1umdD

query
sites
1umdD
E
 
Q
V
 
A
L
 
L
Q
 
N
A
 
R
C
 
A
F
 
L
D
 
D
Q
 
E
M
 
E
L
 
M
S
 
A
N
 
K
D
 
D
P
 
P
R
 
R
V
 
V
F
 
V
A
 
V
F
 
L
G
 
G
E
|
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
K
 
K
I
 
R
G
 
G
D
 
G
V
 
V
N
 
F
Q
 
L
A
 
V
F
 
T
A
 
E
G
 
G
L
 
L
Q
 
L
E
 
Q
K
 
K
H
 
Y
G
 
G
E
 
P
L
 
D
R
 
R
V
 
V
T
 
M
D
 
D
T
 
T
G
 
P
I
x
L
R
 
S
E
|
E
M
 
A
T
 
A
I
 
I
I
 
V
G
 
G
Q
 
A
G
 
A
I
 
L
G
 
G
T
 
M
A
 
A
L
 
A
R
 
H
G
 
G
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
A
 
A
E
 
E
I
 
I
Q
|
Q
Y
 
F
L
 
A
D
 
D
Y
|
Y
I
 
I
Y
 
F
Y
x
P
A
 
G
L
 
F
M
 
D
T
 
Q
L
 
L
T
 
V
D
 
S
D
 
Q
L
 
V
A
 
A
C
 
K
L
 
L
H
 
R
Y
 
Y
R
 
R
T
 
S
K
 
G
G
 
G
G
 
Q
Q
 
F
K
 
T
A
 
A
P
 
P
M
 
L
I
 
V
V
 
V
R
 
R
-
 
M
-
 
P
T
 
S
R
 
G
G
 
G
H
 
G
R
 
V
L
 
R
E
 
G
G
 
G
V
 
H
W
 
H
H
|
H
S
 
S
G
 
Q
S
 
S
P
 
P
M
 
E
S
 
A
A
 
H
I
 
F
L
 
V
G
 
H
S
 
T
L
 
-
R
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
K
V
 
V
C
 
V
V
 
A
P
 
V
R
 
S
N
 
T
M
 
P
T
 
Y
Q
 
D
A
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
L
Y
 
L
N
 
K
T
 
A
L
 
A
L
 
I
R
 
R
S
 
D
D
 
E
E
 
D
P
 
P
A
 
V
L
 
V
M
 
F
I
 
L
E
 
E
C
 
P
L
 
K
N
 
R
A
 
L
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
S
-
 
V
K
 
K
E
 
E
L
 
E
M
 
V
P
 
P
T
 
E
N
 
E
V
 
-
G
 
-
E
 
D
F
 
Y
T
 
T
V
 
L
P
 
P
L
 
I
G
 
G
R
 
K
P
 
A
E
 
A
V
 
L
L
 
R
R
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
I
 
L
T
 
T
V
 
L
V
 
I
T
 
C
Y
 
Y
G
 
G
A
 
T
M
 
V
C
 
M
R
 
P
I
 
E
V
 
V
L
 
L
D
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
A
Q
 
E
L
 
L
V
 
A
E
 
K
Y
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
S
V
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
L
D
 
D
V
 
L
Q
 
R
T
 
T
L
 
L
L
 
M
P
 
P
F
 
W
D
 
D
V
 
Y
D
 
E
H
 
A
V
 
V
I
 
-
L
 
M
E
 
N
S
 
S
I
 
V
K
 
A
K
 
K
T
 
T
S
 
G
R
 
R
V
 
V
I
 
V
F
 
L
A
 
V
D
 
-
E
 
S
D
 
D
V
 
A
P
 
P
G
 
R
G
 
H
A
 
A
S
 
S

1umcD Branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase (e1) from thermus thermophilus hb8 with 4-methylpentanoate (see paper)
38% identity, 33% coverage: 475:737/804 of query aligns to 7:267/323 of 1umcD

query
sites
1umcD
E
 
Q
V
 
A
L
 
L
Q
 
N
A
 
R
C
 
A
F
 
L
D
 
D
Q
 
E
M
 
E
L
 
M
S
 
A
N
 
K
D
 
D
P
 
P
R
 
R
V
 
V
F
 
V
A
 
V
F
 
L
G
 
G
E
|
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
K
 
K
I
 
R
G
 
G
D
 
G
V
 
V
N
 
F
Q
 
L
A
 
V
F
 
T
A
 
E
G
 
G
L
 
L
Q
 
L
E
 
Q
K
 
K
H
 
Y
G
 
G
E
 
P
L
 
D
R
 
R
V
 
V
T
 
M
D
 
D
T
 
T
G
 
P
I
x
L
R
 
S
E
|
E
M
 
A
T
 
A
I
 
I
I
 
V
G
 
G
Q
 
A
G
 
A
I
 
L
G
 
G
T
 
M
A
 
A
L
 
A
R
 
H
G
 
G
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
A
 
A
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
Y
 
F
L
 
A
D
 
D
Y
|
Y
I
 
I
Y
 
F
Y
x
P
A
 
G
L
 
F
M
 
D
T
 
Q
L
 
L
T
 
V
D
 
S
D
 
Q
L
 
V
A
 
A
C
 
K
L
 
L
H
 
R
Y
 
Y
R
 
R
T
 
S
K
 
G
G
 
G
G
 
Q
Q
 
F
K
 
T
A
 
A
P
 
P
M
 
L
I
 
V
V
 
V
R
 
R
-
 
M
-
 
P
T
 
S
R
 
G
G
 
G
H
 
G
R
 
V
L
 
R
E
 
G
G
 
G
V
 
H
W
x
H
H
|
H
S
 
S
G
 
Q
S
 
S
P
 
P
M
 
E
S
 
A
A
 
H
I
 
F
L
 
V
G
 
H
S
 
T
L
 
-
R
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
K
V
 
V
C
 
V
V
 
A
P
 
V
R
 
S
N
 
T
M
 
P
T
 
Y
Q
 
D
A
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
L
Y
 
L
N
 
K
T
 
A
L
 
A
L
 
I
R
 
R
S
 
D
D
 
E
E
 
D
P
 
P
A
 
V
L
 
V
M
 
F
I
 
L
E
 
E
C
 
P
L
 
K
N
 
R
A
 
L
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
S
-
 
V
K
 
K
E
 
E
L
 
E
M
 
V
P
 
P
T
 
E
N
 
E
V
 
-
G
 
-
E
 
D
F
 
Y
T
 
T
V
 
L
P
 
P
L
 
I
G
 
G
R
 
K
P
 
A
E
 
A
V
 
L
L
 
R
R
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
I
 
L
T
 
T
V
 
L
V
 
I
T
 
C
Y
 
Y
G
 
G
A
 
T
M
 
V
C
 
M
R
 
P
I
 
E
V
 
V
L
 
L
D
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
A
Q
 
E
L
 
L
V
 
A
E
 
K
Y
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
S
V
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
L
D
 
D
V
 
L
Q
 
R
T
 
T
L
 
L
L
 
M
P
 
P
F
 
W
D
 
D
V
 
Y
D
 
E
H
 
A
V
 
V
I
 
-
L
 
M
E
 
N
S
 
S
I
 
V
K
 
A
K
 
K
T
 
T
S
 
G
R
 
R
V
 
V
I
 
V
F
 
L
A
 
V
D
 
-
E
 
S
D
 
D
V
 
A
P
 
P
G
 
R
G
 
H
A
 
A
S
 
S

1umbD Branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase (e1) from thermus thermophilus hb8 in holo-form (see paper)
38% identity, 33% coverage: 475:737/804 of query aligns to 7:267/323 of 1umbD

query
sites
1umbD
E
 
Q
V
 
A
L
 
L
Q
 
N
A
 
R
C
 
A
F
 
L
D
 
D
Q
 
E
M
 
E
L
 
M
S
 
A
N
 
K
D
 
D
P
 
P
R
 
R
V
 
V
F
 
V
A
 
V
F
 
L
G
 
G
E
|
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
K
 
K
I
 
R
G
 
G
D
 
G
V
 
V
N
 
F
Q
 
L
A
 
V
F
 
T
A
 
E
G
 
G
L
 
L
Q
 
L
E
 
Q
K
 
K
H
 
Y
G
 
G
E
 
P
L
 
D
R
 
R
V
 
V
T
 
M
D
 
D
T
 
T
G
 
P
I
x
L
R
 
S
E
|
E
M
 
A
T
 
A
I
 
I
I
 
V
G
 
G
Q
 
A
G
 
A
I
 
L
G
 
G
T
 
M
A
 
A
L
 
A
R
 
H
G
 
G
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
A
 
A
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
Y
 
F
L
 
A
D
 
D
Y
|
Y
I
 
I
Y
 
F
Y
x
P
A
 
G
L
 
F
M
 
D
T
 
Q
L
 
L
T
 
V
D
 
S
D
 
Q
L
 
V
A
 
A
C
 
K
L
 
L
H
 
R
Y
 
Y
R
 
R
T
 
S
K
 
G
G
 
G
G
 
Q
Q
 
F
K
 
T
A
 
A
P
 
P
M
 
L
I
 
V
V
 
V
R
 
R
-
 
M
-
 
P
T
 
S
R
 
G
G
 
G
H
 
G
R
 
V
L
 
R
E
 
G
G
 
G
V
 
H
W
 
H
H
|
H
S
 
S
G
 
Q
S
 
S
P
 
P
M
 
E
S
 
A
A
 
H
I
 
F
L
 
V
G
 
H
S
 
T
L
 
-
R
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
K
V
 
V
C
 
V
V
 
A
P
 
V
R
 
S
N
 
T
M
 
P
T
 
Y
Q
 
D
A
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
L
Y
 
L
N
 
K
T
 
A
L
 
A
L
 
I
R
 
R
S
 
D
D
 
E
E
 
D
P
 
P
A
 
V
L
 
V
M
 
F
I
 
L
E
 
E
C
 
P
L
 
K
N
 
R
A
 
L
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
S
-
 
V
K
 
K
E
 
E
L
 
E
M
 
V
P
 
P
T
 
E
N
 
E
V
 
-
G
 
-
E
 
D
F
 
Y
T
 
T
V
 
L
P
 
P
L
 
I
G
 
G
R
 
K
P
 
A
E
 
A
V
 
L
L
 
R
R
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
I
 
L
T
 
T
V
 
L
V
 
I
T
 
C
Y
 
Y
G
 
G
A
 
T
M
 
V
C
 
M
R
 
P
I
 
E
V
 
V
L
 
L
D
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
A
Q
 
E
L
 
L
V
 
A
E
 
K
Y
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
S
V
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
L
D
 
D
V
 
L
Q
 
R
T
 
T
L
 
L
L
 
M
P
 
P
F
 
W
D
 
D
V
 
Y
D
 
E
H
 
A
V
 
V
I
 
-
L
 
M
E
 
N
S
 
S
I
 
V
K
 
A
K
 
K
T
 
T
S
 
G
R
 
R
V
 
V
I
 
V
F
 
L
A
 
V
D
 
-
E
 
S
D
 
D
V
 
A
P
 
P
G
 
R
G
 
H
A
 
A
S
 
S

Q5SLR3 2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit beta; Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component beta chain; BCKDH E1-beta; EC 1.2.4.4 from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see paper)
38% identity, 33% coverage: 475:737/804 of query aligns to 8:268/324 of Q5SLR3

query
sites
Q5SLR3
E
 
Q
V
 
A
L
 
L
Q
 
N
A
 
R
C
 
A
F
 
L
D
 
D
Q
 
E
M
 
E
L
 
M
S
 
A
N
 
K
D
 
D
P
 
P
R
 
R
V
 
V
F
 
V
A
 
V
F
 
L
G
 
G
E
|
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
K
 
K
I
 
R
G
 
G
D
 
G
V
 
V
N
 
F
Q
 
L
A
 
V
F
 
T
A
 
E
G
 
G
L
 
L
Q
 
L
E
 
Q
K
 
K
H
 
Y
G
 
G
E
 
P
L
 
D
R
 
R
V
 
V
T
 
M
D
 
D
T
 
T
G
 
P
I
 
L
R
 
S
E
 
E
M
 
A
T
 
A
I
 
I
I
 
V
G
 
G
Q
 
A
G
 
A
I
 
L
G
 
G
T
 
M
A
 
A
L
 
A
R
 
H
G
 
G
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
A
 
A
E
 
E
I
 
I
Q
|
Q
Y
 
F
L
 
A
D
 
D
Y
 
Y
I
 
I
Y
 
F
Y
 
P
A
 
G
L
 
F
M
 
D
T
 
Q
L
 
L
T
 
V
D
 
S
D
 
Q
L
 
V
A
 
A
C
 
K
L
 
L
H
 
R
Y
 
Y
R
 
R
T
 
S
K
 
G
G
 
G
G
 
Q
Q
 
F
K
 
T
A
 
A
P
 
P
M
 
L
I
 
V
V
 
V
R
 
R
-
 
M
-
 
P
T
 
S
R
 
G
G
 
G
H
 
G
R
 
V
L
 
R
E
 
G
G
 
G
V
 
H
W
 
H
H
 
H
S
 
S
G
 
Q
S
 
S
P
 
P
M
 
E
S
 
A
A
 
H
I
 
F
L
 
V
G
 
H
S
 
T
L
 
-
R
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
K
V
 
V
C
 
V
V
 
A
P
 
V
R
 
S
N
 
T
M
 
P
T
 
Y
Q
 
D
A
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
L
Y
 
L
N
 
K
T
 
A
L
 
A
L
 
I
R
 
R
S
 
D
D
 
E
E
 
D
P
 
P
A
 
V
L
 
V
M
 
F
I
 
L
E
 
E
C
 
P
L
 
K
N
 
R
A
 
L
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
S
-
 
V
K
 
K
E
 
E
L
 
E
M
 
V
P
 
P
T
 
E
N
 
E
V
 
-
G
 
-
E
 
D
F
 
Y
T
 
T
V
 
L
P
 
P
L
 
I
G
 
G
R
 
K
P
 
A
E
 
A
V
 
L
L
 
R
R
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
I
 
L
T
 
T
V
 
L
V
 
I
T
 
G
Y
 
Y
G
 
G
A
 
T
M
 
V
C
 
M
R
 
P
I
 
E
V
 
V
L
 
L
D
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
A
Q
 
E
L
 
L
V
 
A
E
 
K
Y
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
S
V
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
L
D
 
D
V
 
L
Q
 
R
T
 
T
L
 
L
L
 
M
P
 
P
F
 
W
D
 
D
V
 
Y
D
 
E
H
 
A
V
 
V
I
 
-
L
 
M
E
 
N
S
 
S
I
 
V
K
 
A
K
 
K
T
 
T
S
 
G
R
 
R
V
 
V
I
 
V
F
 
L
A
 
V
D
 
-
E
 
S
D
 
D
V
 
A
P
 
P
G
 
R
G
 
H
A
 
A
S
 
S

1qs0B Crystal structure of pseudomonas putida 2-oxoisovalerate dehydrogenase (branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase, e1b) (see paper)
33% identity, 38% coverage: 475:781/804 of query aligns to 9:326/338 of 1qs0B

query
sites
1qs0B
E
 
Q
V
 
A
L
 
L
Q
 
R
A
 
S
C
 
A
F
 
M
D
 
D
Q
 
V
M
 
M
L
 
L
S
 
E
N
 
R
D
 
D
P
 
D
R
 
N
V
 
V
F
 
V
A
 
V
F
 
Y
G
 
G
E
 
Q
D
 
D
V
 
V
G
 
G
K
 
Y
I
 
F
G
 
G
D
 
G
V
 
V
N
 
F
Q
 
R
A
 
C
F
 
T
A
 
E
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
E
 
T
K
 
K
H
 
Y
G
 
G
E
 
K
L
 
S
R
 
R
V
 
V
T
 
F
D
 
D
T
 
A
G
 
P
I
 
I
R
 
S
E
|
E
M
 
S
T
 
G
I
 
I
I
 
V
G
 
G
Q
 
T
G
 
A
I
 
V
G
 
G
T
 
M
A
 
G
L
 
A
R
 
Y
G
 
G
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
A
 
V
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
Y
 
F
L
 
A
D
 
D
Y
|
Y
I
 
F
Y
 
Y
Y
 
P
A
 
A
L
 
S
M
 
D
T
 
Q
L
 
I
T
 
V
D
 
S
D
 
E
L
 
M
A
 
A
C
 
R
L
 
L
H
 
R
Y
 
Y
R
 
R
T
 
S
K
 
A
G
 
G
G
 
E
Q
 
F
K
 
I
A
 
A
P
 
P
M
 
L
I
 
T
V
 
L
R
 
R
-
 
M
-
 
P
T
 
C
R
 
G
G
 
G
H
 
G
R
 
I
L
 
Y
E
 
G
G
 
G
V
 
Q
W
 
T
H
|
H
S
 
S
G
 
Q
S
 
S
P
 
P
M
 
-
S
 
E
A
 
A
I
 
M
L
 
F
G
 
T
S
 
Q
L
 
V
R
 
C
G
 
G
L
 
L
L
 
R
V
 
T
C
 
V
V
 
M
P
 
P
R
 
S
N
 
N
M
 
P
T
 
Y
Q
 
D
A
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
L
Y
 
L
N
 
I
T
 
A
L
 
S
L
 
I
R
 
E
S
 
C
D
 
D
E
 
D
P
 
P
A
 
V
L
 
I
M
 
F
I
 
L
E
 
E
-
 
P
-
 
K
-
 
R
-
 
L
-
 
Y
-
 
N
-
 
G
C
 
P
L
 
F
N
 
D
A
 
G
Y
 
H
R
 
H
Q
 
D
K
 
R
E
 
P
L
 
V
M
 
T
P
 
P
T
 
W
N
 
S
V
 
K
-
 
H
-
 
P
-
 
H
-
 
S
-
 
A
-
 
V
-
 
P
-
 
D
G
 
G
E
 
Y
F
 
Y
T
 
T
V
 
V
P
 
P
L
 
L
G
 
D
R
 
K
P
 
A
E
 
A
V
 
I
L
 
T
R
 
R
E
 
P
G
 
G
T
 
N
D
 
D
I
 
V
T
 
S
V
 
V
V
 
L
T
 
T
Y
 
Y
G
 
G
A
 
T
M
 
T
C
 
V
R
 
Y
I
 
V
V
 
A
L
 
Q
D
 
V
A
 
A
A
 
A
E
 
E
Q
 
-
L
 
-
V
 
-
E
 
E
Y
 
S
G
 
G
V
 
V
S
 
D
V
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
D
V
 
L
Q
 
R
T
 
S
L
 
L
L
 
W
P
 
P
F
 
L
D
 
D
V
 
L
D
 
D
H
 
-
V
 
T
I
 
I
L
 
V
E
 
E
S
 
S
I
 
V
K
 
K
K
 
K
T
 
T
S
 
G
R
 
R
V
 
C
I
 
V
F
 
V
A
 
V
D
 
H
E
 
E
D
 
A
V
 
T
-
 
R
P
 
T
G
 
C
G
 
G
A
 
F
S
 
G
A
 
A
Y
 
E
M
 
L
M
 
V
Q
 
S
Q
 
L
V
 
V
L
 
Q
E
 
E
K
 
H
Q
 
C
K
 
F
A
 
H
Y
 
H
Y
 
L
Q
 
E
L
 
A
D
 
P
S
 
I
E
 
E
P
 
R
V
 
V
T
 
T
L
 
G
S
 
W
A
 
D
Q
 
T
P
 
P
H
 
Y
R
 
-
P
 
-
A
 
P
Y
 
H
S
 
A
S
 
Q
D
 
E
G
 
W
D
 
A
Y
 
Y
F
 
F
S
 
P
K
 
G
P
 
P
S
 
S

P21953 2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit beta, mitochondrial; Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component beta chain; BCKDE1B; BCKDH E1-beta; EC 1.2.4.4 from Homo sapiens (Human) (see 2 papers)
34% identity, 33% coverage: 481:747/804 of query aligns to 81:348/392 of P21953

query
sites
P21953
F
 
L
D
 
D
Q
 
N
M
 
S
L
 
L
S
 
A
N
 
K
D
 
D
P
 
P
R
 
T
V
 
A
F
 
V
A
 
I
F
 
F
G
 
G
E
 
E
D
 
D
V
 
V
G
 
A
K
 
-
I
 
F
G
 
G
D
 
G
V
 
V
N
 
F
Q
 
R
A
 
C
F
 
T
A
 
V
G
 
G
L
 
L
Q
 
R
E
 
D
K
 
K
H
 
Y
G
 
G
E
 
K
L
 
D
R
 
R
V
 
V
T
 
F
D
 
N
T
 
T
G
 
P
I
 
L
R
 
C
E
 
E
M
 
Q
T
 
G
I
 
I
I
 
V
G
 
G
Q
 
F
G
 
G
I
 
I
G
 
G
T
 
I
A
 
A
L
 
V
R
 
T
G
 
G
L
 
A
R
 
T
P
 
A
I
 
I
A
 
A
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
Y
 
F
L
 
A
D
 
D
Y
|
Y
I
 
I
Y
 
F
Y
 
P
A
 
A
L
 
F
M
 
D
T
 
Q
L
 
I
T
 
V
D
 
N
D
 
E
L
 
A
A
 
A
C
 
-
L
 
-
H
 
K
Y
 
Y
R
 
R
T
 
Y
K
 
R
G
 
S
G
 
G
-
 
D
-
 
L
-
 
F
Q
x
N
K
 
C
A
x
G
P
 
S
M
x
L
I
x
T
V
 
I
R
 
R
T
 
S
R
 
P
-
 
W
-
 
G
-
 
C
-
 
V
G
 
G
H
 
H
R
 
-
L
 
-
E
 
G
G
 
A
V
 
L
W
 
Y
H
 
H
S
 
S
G
 
Q
S
 
S
P
 
P
M
 
-
S
 
E
A
 
A
I
 
F
L
 
F
G
 
A
S
x
H
L
 
C
R
 
P
G
 
G
L
 
I
L
 
K
V
 
V
C
 
V
V
 
I
P
 
P
R
 
R
N
 
S
M
 
P
T
 
F
Q
 
Q
A
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
L
Y
 
L
N
 
L
T
 
S
L
x
C
L
 
I
R
 
E
S
x
D
D
 
K
E
x
N
P
 
P
A
 
C
L
 
I
M
 
F
I
 
F
E
 
E
C
 
P
L
 
K
N
 
I
A
 
L
Y
 
Y
R
 
R
-
 
A
Q
 
A
K
 
A
E
 
E
L
 
E
M
 
V
P
 
P
T
 
-
N
 
-
V
 
I
G
 
E
E
 
P
F
 
Y
T
 
N
V
 
I
P
 
P
L
 
L
G
 
S
R
 
Q
P
 
A
E
 
E
V
 
V
L
 
I
R
 
Q
E
 
E
G
 
G
T
 
S
D
 
D
I
 
V
T
 
T
V
 
L
V
 
V
T
 
A
Y
 
W
G
 
G
A
 
T
M
 
Q
C
 
V
R
 
H
I
 
V
V
 
I
L
 
R
D
 
E
A
 
V
A
 
A
E
 
S
Q
 
M
L
 
A
V
 
K
E
 
E
-
 
K
Y
 
L
G
 
G
V
 
V
S
 
S
V
 
C
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
D
V
 
L
Q
 
R
T
 
T
L
 
I
L
 
I
P
 
P
F
 
W
D
 
D
V
 
V
D
 
D
H
 
-
V
 
T
I
 
I
L
 
C
E
 
K
S
 
S
I
 
V
K
 
I
K
 
K
T
 
T
S
 
G
R
 
R
V
 
L
I
 
L
F
 
I
A
 
S
D
 
H
E
 
E
-
 
A
D
 
P
V
 
L
P
 
T
G
 
G
G
 
G
A
 
F
S
 
A
A
 
S
Y
 
E
M
 
I
M
 
S
Q
 
S
Q
 
T
V
 
V
L
 
Q
E
 
E
K
 
E

2j9fD Human branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase-decarboxylase e1b (see paper)
34% identity, 33% coverage: 481:747/804 of query aligns to 18:285/329 of 2j9fD

query
sites
2j9fD
F
 
L
D
 
D
Q
 
N
M
 
S
L
 
L
S
 
A
N
 
K
D
 
D
P
 
P
R
 
T
V
 
A
F
 
V
A
 
I
F
 
F
G
 
G
E
|
E
D
 
D
V
 
V
G
 
A
K
 
-
I
 
F
G
 
G
D
 
G
V
 
V
N
 
F
Q
 
R
A
 
C
F
 
T
A
 
V
G
 
G
L
 
L
Q
 
R
E
 
D
K
 
K
H
 
Y
G
 
G
E
 
K
L
 
D
R
 
R
V
 
V
T
 
F
D
 
N
T
 
T
G
 
P
I
x
L
R
 
C
E
|
E
M
 
Q
T
 
G
I
 
I
I
 
V
G
 
G
Q
 
F
G
 
G
I
 
I
G
 
G
T
 
I
A
 
A
L
 
V
R
 
T
G
 
G
L
 
A
R
 
T
P
 
A
I
 
I
A
 
A
E
 
E
I
 
I
Q
|
Q
Y
 
F
L
 
A
D
 
D
Y
|
Y
I
 
I
Y
 
F
Y
 
P
A
 
A
L
 
F
M
 
D
T
 
Q
L
 
I
T
 
V
D
 
N
D
 
E
L
 
A
A
 
A
C
 
-
L
 
-
H
 
K
Y
 
Y
R
 
R
T
 
Y
K
 
R
G
 
S
G
 
G
-
 
D
-
 
L
-
 
F
Q
 
N
K
 
C
A
 
G
P
 
S
M
 
L
I
 
T
V
 
I
R
 
R
T
 
S
R
 
P
-
 
W
-
 
G
-
 
C
-
 
V
G
 
G
H
 
H
R
 
G
L
 
-
E
 
-
G
 
A
V
 
L
W
 
Y
H
|
H
S
 
S
G
 
Q
S
 
S
P
 
P
M
 
-
S
 
E
A
 
A
I
 
F
L
 
F
G
 
A
S
 
H
L
 
C
R
 
P
G
 
G
L
 
I
L
 
K
V
 
V
C
 
V
V
 
I
P
 
P
R
 
R
N
 
S
M
 
P
T
 
F
Q
 
Q
A
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
L
Y
 
L
N
 
L
T
 
S
L
 
C
L
 
I
R
 
E
S
 
D
D
 
K
E
 
N
P
 
P
A
 
C
L
 
I
M
 
F
I
 
F
E
 
E
C
 
P
L
 
K
N
 
I
A
 
L
Y
 
Y
R
 
R
-
 
A
Q
 
A
K
 
A
E
 
E
L
 
E
M
 
V
P
 
P
T
 
-
N
 
-
V
 
I
G
 
E
E
 
P
F
 
Y
T
 
N
V
 
I
P
 
P
L
 
L
G
 
S
R
 
Q
P
 
A
E
 
E
V
 
V
L
 
I
R
 
Q
E
 
E
G
 
G
T
 
S
D
 
D
I
 
V
T
 
T
V
 
L
V
 
V
T
 
A
Y
 
W
G
 
G
A
 
T
M
 
Q
C
 
V
R
 
H
I
 
V
V
 
I
L
 
R
D
 
E
A
 
V
A
 
A
E
 
S
Q
 
M
L
 
A
V
 
K
E
 
E
-
 
K
Y
 
L
G
 
G
V
 
V
S
 
S
V
 
C
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
D
V
 
L
Q
 
R
T
 
T
L
 
I
L
 
I
P
 
P
F
 
W
D
 
D
V
 
V
D
 
D
H
 
-
V
 
T
I
 
I
L
 
C
E
 
K
S
 
S
I
 
V
K
 
I
K
 
K
T
 
T
S
 
G
R
 
R
V
 
L
I
 
L
F
 
I
A
 
S
D
 
H
E
 
E
-
 
A
D
 
P
V
 
L
P
 
T
G
 
G
G
 
G
A
 
F
S
 
A
A
 
S
Y
 
E
M
 
I
M
 
S
Q
 
S
Q
 
T
V
 
V
L
 
Q
E
 
E
K
 
E

1dtwB Human branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase (see paper)
34% identity, 33% coverage: 481:747/804 of query aligns to 15:282/326 of 1dtwB

query
sites
1dtwB
F
 
L
D
 
D
Q
 
N
M
 
S
L
 
L
S
 
A
N
 
K
D
 
D
P
 
P
R
 
T
V
 
A
F
 
V
A
 
I
F
 
F
G
 
G
E
 
E
D
 
D
V
 
V
G
 
A
K
 
-
I
 
F
G
 
G
D
 
G
V
 
V
N
 
F
Q
 
R
A
 
C
F
 
T
A
 
V
G
 
G
L
 
L
Q
 
R
E
 
D
K
 
K
H
 
Y
G
 
G
E
 
K
L
 
D
R
 
R
V
 
V
T
 
F
D
 
N
T
 
T
G
 
P
I
 
L
R
 
C
E
|
E
M
 
Q
T
 
G
I
 
I
I
 
V
G
 
G
Q
 
F
G
 
G
I
 
I
G
 
G
T
 
I
A
 
A
L
 
V
R
 
T
G
 
G
L
 
A
R
 
T
P
 
A
I
 
I
A
 
A
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
Y
 
F
L
 
A
D
 
D
Y
 
Y
I
 
I
Y
 
F
Y
 
P
A
 
A
L
 
F
M
 
D
T
 
Q
L
 
I
T
 
V
D
 
N
D
 
E
L
 
A
A
 
A
C
 
-
L
 
-
H
 
K
Y
 
Y
R
 
R
T
 
Y
K
 
R
G
 
S
G
 
G
-
 
D
-
 
L
-
 
F
Q
 
N
K
 
C
A
x
G
P
x
S
M
x
L
I
x
T
V
 
I
R
 
R
T
 
S
R
 
P
-
 
W
-
 
G
-
 
C
-
 
V
G
 
G
H
 
H
R
 
G
L
 
-
E
 
-
G
 
A
V
 
L
W
 
Y
H
|
H
S
 
S
G
 
Q
S
 
S
P
 
P
M
 
-
S
 
E
A
 
A
I
 
F
L
 
F
G
 
A
S
 
H
L
 
C
R
 
P
G
 
G
L
 
I
L
 
K
V
 
V
C
 
V
V
 
I
P
 
P
R
 
R
N
 
S
M
 
P
T
 
F
Q
 
Q
A
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
L
Y
 
L
N
 
L
T
 
S
L
x
C
L
x
I
R
 
E
S
x
D
D
 
K
E
x
N
P
|
P
A
x
C
L
 
I
M
 
F
I
 
F
E
 
E
C
 
P
L
 
K
N
 
I
A
 
L
Y
 
Y
R
 
R
-
 
A
Q
 
A
K
 
A
E
 
E
L
 
E
M
 
V
P
 
P
T
 
-
N
 
-
V
 
I
G
 
E
E
 
P
F
 
Y
T
 
N
V
 
I
P
 
P
L
 
L
G
 
S
R
 
Q
P
 
A
E
 
E
V
 
V
L
 
I
R
 
Q
E
 
E
G
 
G
T
 
S
D
 
D
I
 
V
T
 
T
V
 
L
V
 
V
T
 
A
Y
 
W
G
 
G
A
 
T
M
 
Q
C
 
V
R
 
H
I
 
V
V
 
I
L
 
R
D
 
E
A
 
V
A
 
A
E
 
S
Q
 
M
L
 
A
V
 
K
E
 
E
-
 
K
Y
 
L
G
 
G
V
 
V
S
 
S
V
 
C
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
D
V
 
L
Q
 
R
T
 
T
L
 
I
L
 
I
P
 
P
F
 
W
D
 
D
V
 
V
D
 
D
H
 
-
V
 
T
I
 
I
L
 
C
E
 
K
S
 
S
I
 
V
K
 
I
K
 
K
T
 
T
S
 
G
R
 
R
V
 
L
I
 
L
F
 
I
A
 
S
D
 
H
E
 
E
-
 
A
D
 
P
V
 
L
P
 
T
G
 
G
G
 
G
A
 
F
S
 
A
A
 
S
Y
 
E
M
 
I
M
 
S
Q
 
S
Q
 
T
V
 
V
L
 
Q
E
 
E
K
 
E

6cfoB Human pyruvate dehydrogenase e1 component complex with covalent tdp adduct acetyl phosphinate (see paper)
29% identity, 39% coverage: 474:786/804 of query aligns to 7:321/330 of 6cfoB

query
sites
6cfoB
R
 
R
E
 
D
V
 
A
L
 
I
Q
 
N
A
 
Q
C
 
G
F
 
M
D
 
D
Q
 
E
M
 
E
L
 
L
S
 
E
N
 
R
D
 
D
P
 
E
R
 
K
V
 
V
F
 
F
A
 
L
F
 
L
G
 
G
E
|
E
D
 
E
V
 
V
G
 
A
K
 
Q
I
 
Y
G
 
D
D
 
G
V
 
A
N
 
Y
Q
 
K
A
 
V
F
 
S
A
 
R
G
 
G
L
 
L
Q
 
W
E
 
K
K
 
K
H
 
Y
G
 
G
E
 
D
L
 
K
R
 
R
V
 
I
T
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
P
I
|
I
R
 
S
E
|
E
M
 
M
T
 
G
I
 
F
I
 
A
G
 
G
Q
 
I
G
 
A
I
 
V
G
 
G
T
 
A
A
 
A
L
 
M
R
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
I
A
 
C
E
 
E
I
 
F
Q
 
M
Y
 
T
L
 
F
D
 
N
Y
x
F
I
 
S
Y
 
M
Y
x
Q
A
 
A
L
 
I
M
 
D
T
 
Q
L
 
V
T
 
I
D
 
N
D
 
S
L
 
A
A
 
A
C
 
K
L
 
T
H
 
Y
Y
 
Y
R
 
M
T
 
S
K
 
G
G
 
G
G
 
L
Q
 
Q
K
 
P
A
 
V
P
 
P
M
 
I
I
 
V
V
 
F
R
 
R
T
 
G
R
 
P
G
 
N
H
 
G
R
 
A
L
 
S
E
 
A
G
 
G
V
 
V
-
 
A
-
 
A
W
 
Q
H
|
H
S
 
S
G
 
Q
S
 
C
P
 
-
M
 
F
S
 
A
A
 
A
I
 
W
L
 
Y
G
 
G
S
 
H
L
 
C
R
 
P
G
 
G
L
 
L
L
 
K
V
 
V
C
 
V
V
 
S
P
 
P
R
 
W
N
 
N
M
 
S
T
 
E
Q
 
D
A
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
L
Y
 
I
N
 
K
T
 
S
L
 
A
L
 
I
R
 
R
S
 
D
D
 
N
E
 
N
P
 
P
A
 
V
L
 
V
M
 
V
I
 
L
E
 
E
C
 
N
L
 
E
N
 
L
A
 
M
Y
 
Y
R
 
G
Q
 
V
K
 
P
E
 
F
L
 
E
M
 
F
P
 
P
T
 
P
N
 
E
V
 
A
-
 
Q
-
 
S
G
 
K
E
 
D
F
 
F
T
 
L
V
 
I
P
 
P
L
 
I
G
 
G
R
 
K
P
 
A
E
 
K
V
 
I
L
 
E
R
 
R
E
 
Q
G
 
G
T
 
T
D
 
H
I
 
I
T
 
T
V
 
V
V
 
V
T
 
S
Y
 
H
G
 
S
A
 
R
M
 
P
C
 
V
R
 
G
I
 
H
V
 
C
L
 
L
D
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
A
Q
 
V
L
 
L
V
 
S
E
 
K
Y
 
E
G
 
G
V
 
V
S
 
E
V
 
C
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
N
V
 
M
Q
 
R
T
 
T
L
 
I
L
 
R
P
 
P
F
 
M
D
 
D
V
 
M
D
 
E
H
 
-
V
 
T
I
 
I
L
 
E
E
 
A
S
 
S
I
 
V
K
 
M
K
 
K
T
 
T
S
 
N
R
 
H
V
 
L
I
 
V
F
 
T
A
 
V
D
 
E
E
 
G
D
 
G
V
 
W
P
 
P
G
 
Q
-
 
F
G
 
G
A
 
V
S
 
G
A
 
A
Y
 
E
M
 
I
M
 
C
Q
 
A
Q
 
R
V
 
I
L
 
M
E
 
E
K
 
G
Q
 
-
K
 
P
A
 
A
Y
 
F
Y
 
N
Q
 
F
L
 
L
D
 
D
S
 
A
E
 
P
P
 
A
V
 
V
T
 
R
L
 
V
S
 
T
A
 
G
Q
 
A
P
 
D
H
 
V
R
 
P
P
 
M
A
 
P
Y
 
Y
S
 
A
S
 
K
D
 
I
G
 
L
D
 
E
Y
 
D
F
 
N
S
 
S
K
 
I
P
 
P
S
 
Q
V
 
V
D
 
K
D
 
D
V
 
I
I
 
I

P11177 Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial; PDHE1-B; EC 1.2.4.1 from Homo sapiens (Human) (see 6 papers)
29% identity, 39% coverage: 474:786/804 of query aligns to 36:350/359 of P11177

query
sites
P11177
R
 
R
E
 
D
V
 
A
L
 
I
Q
 
N
A
 
Q
C
 
G
F
 
M
D
 
D
Q
 
E
M
 
E
L
 
L
S
 
E
N
 
R
D
 
D
P
 
E
R
 
K
V
 
V
F
 
F
A
 
L
F
 
L
G
 
G
E
 
E
D
 
E
V
 
V
G
 
A
K
 
Q
I
 
Y
G
 
D
D
 
G
V
 
A
N
 
Y
Q
 
K
A
 
V
F
 
S
A
 
R
G
 
G
L
 
L
Q
 
W
E
 
K
K
 
K
H
 
Y
G
 
G
E
 
D
L
 
K
R
 
R
V
 
I
T
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
P
I
 
I
R
 
S
E
|
E
M
 
M
T
 
G
I
 
F
I
 
A
G
 
G
Q
 
I
G
 
A
I
 
V
G
 
G
T
 
A
A
 
A
L
 
M
R
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
I
A
 
C
E
 
E
I
 
F
Q
 
M
Y
 
T
L
 
F
D
 
N
Y
 
F
I
 
S
Y
 
M
Y
 
Q
A
 
A
L
 
I
M
 
D
T
 
Q
L
 
V
T
 
I
D
 
N
D
 
S
L
 
A
A
 
A
C
 
K
L
 
T
H
 
Y
Y
 
Y
R
 
M
T
 
S
K
 
G
G
 
G
G
 
L
Q
 
Q
K
 
P
A
 
V
P
 
P
M
 
I
I
 
V
V
 
F
R
 
R
T
 
G
R
 
P
G
 
N
H
 
G
R
 
A
L
 
S
E
 
A
G
 
G
V
 
V
-
 
A
-
 
A
W
 
Q
H
 
H
S
 
S
G
 
Q
S
 
C
P
 
-
M
 
F
S
 
A
A
 
A
I
 
W
L
 
Y
G
 
G
S
 
H
L
 
C
R
 
P
G
 
G
L
 
L
L
 
K
V
 
V
C
 
V
V
 
S
P
 
P
R
 
W
N
 
N
M
 
S
T
 
E
Q
 
D
A
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
L
Y
 
I
N
 
K
T
 
S
L
 
A
L
 
I
R
 
R
S
 
D
D
 
N
E
 
N
P
 
P
A
 
V
L
 
V
M
 
V
I
 
L
E
 
E
C
 
N
L
 
E
N
 
L
A
 
M
Y
 
Y
R
 
G
Q
 
V
K
 
P
E
 
F
L
 
E
M
 
F
P
 
P
T
 
P
N
 
E
V
 
A
-
 
Q
-
 
S
G
 
K
E
 
D
F
 
F
T
 
L
V
 
I
P
 
P
L
 
I
G
 
G
R
 
K
P
 
A
E
 
K
V
 
I
L
 
E
R
 
R
E
 
Q
G
 
G
T
 
T
D
 
H
I
 
I
T
 
T
V
 
V
V
 
V
T
 
S
Y
 
H
G
 
S
A
 
R
M
 
P
C
 
V
R
 
G
I
 
H
V
 
C
L
 
L
D
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
A
Q
 
V
L
 
L
V
 
S
E
 
K
Y
x
E
G
 
G
V
 
V
S
x
E
V
 
C
E
|
E
V
 
V
I
 
I
D
 
N
V
 
M
Q
 
R
T
 
T
L
 
I
L
 
R
P
 
P
F
 
M
D
 
D
V
 
M
D
 
E
H
 
-
V
 
T
I
 
I
L
 
E
E
 
A
S
 
S
I
 
V
K
 
M
K
 
K
T
 
T
S
 
N
R
 
H
V
 
L
I
 
V
F
 
T
A
 
V
D
 
E
E
 
G
D
 
G
V
 
W
P
 
P
G
 
Q
-
 
F
G
 
G
A
 
V
S
 
G
A
 
A
Y
 
E
M
 
I
M
 
C
Q
 
A
Q
 
R
V
 
I
L
 
M
E
 
E
K
 
G
Q
 
-
K
 
P
A
 
A
Y
 
F
Y
 
N
Q
 
F
L
 
L
D
|
D
S
 
A
E
 
P
P
 
A
V
 
V
T
 
R
L
 
V
S
 
T
A
 
G
Q
 
A
P
 
D
H
 
V
R
 
P
P
 
M
A
 
P
Y
 
Y
S
 
A
S
 
K
D
 
I
G
 
L
D
 
E
Y
 
D
F
 
N
S
 
S
K
 
I
P
 
P
S
 
Q
V
 
V
D
 
K
D
 
D
V
 
I
I
 
I

Sites not aligning to the query:

6cerD Human pyruvate dehydrogenase complex e1 component v138m mutation (see paper)
29% identity, 39% coverage: 474:786/804 of query aligns to 8:322/331 of 6cerD

query
sites
6cerD
R
 
R
E
 
D
V
 
A
L
 
I
Q
 
N
A
 
Q
C
 
G
F
 
M
D
 
D
Q
 
E
M
 
E
L
 
L
S
 
E
N
 
R
D
 
D
P
 
E
R
 
K
V
 
V
F
 
F
A
 
L
F
 
L
G
 
G
E
 
E
D
 
E
V
 
V
G
 
A
K
 
Q
I
 
Y
G
 
D
D
 
G
V
 
A
N
 
Y
Q
 
K
A
 
V
F
 
S
A
 
R
G
 
G
L
 
L
Q
 
W
E
 
K
K
 
K
H
 
Y
G
 
G
E
 
D
L
 
K
R
 
R
V
 
I
T
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
P
I
|
I
R
 
S
E
|
E
M
 
M
T
 
G
I
 
F
I
 
A
G
 
G
Q
 
I
G
 
A
I
 
V
G
 
G
T
 
A
A
 
A
L
 
M
R
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
I
A
 
C
E
 
E
I
 
F
Q
x
M
Y
 
T
L
 
F
D
 
N
Y
x
F
I
 
S
Y
 
M
Y
 
Q
A
 
A
L
 
I
M
 
D
T
 
Q
L
 
V
T
 
I
D
 
N
D
 
S
L
 
A
A
 
A
C
 
K
L
 
T
H
 
Y
Y
 
Y
R
 
M
T
 
S
K
 
G
G
 
G
G
 
L
Q
 
Q
K
 
P
A
 
V
P
 
P
M
 
I
I
 
V
V
 
F
R
 
R
T
 
G
R
 
P
G
 
N
H
 
G
R
 
A
L
 
S
E
 
A
G
 
G
V
 
V
-
 
A
-
 
A
W
 
Q
H
|
H
S
 
S
G
 
Q
S
 
C
P
 
-
M
 
F
S
 
A
A
 
A
I
 
W
L
 
Y
G
 
G
S
 
H
L
 
C
R
 
P
G
 
G
L
 
L
L
 
K
V
 
V
C
 
V
V
 
S
P
 
P
R
 
W
N
 
N
M
 
S
T
 
E
Q
 
D
A
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
L
Y
 
I
N
 
K
T
 
S
L
 
A
L
 
I
R
 
R
S
 
D
D
 
N
E
 
N
P
 
P
A
 
V
L
 
V
M
 
V
I
 
L
E
 
E
C
 
N
L
 
E
N
 
L
A
 
M
Y
 
Y
R
 
G
Q
 
V
K
 
P
E
 
F
L
 
E
M
 
F
P
 
P
T
 
P
N
 
E
V
 
A
-
 
Q
-
 
S
G
 
K
E
 
D
F
 
F
T
 
L
V
 
I
P
 
P
L
 
I
G
 
G
R
 
K
P
 
A
E
 
K
V
 
I
L
 
E
R
 
R
E
 
Q
G
 
G
T
 
T
D
 
H
I
 
I
T
 
T
V
 
V
V
 
V
T
 
S
Y
 
H
G
 
S
A
 
R
M
 
P
C
 
V
R
 
G
I
 
H
V
 
C
L
 
L
D
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
A
Q
 
V
L
 
L
V
 
S
E
 
K
Y
 
E
G
 
G
V
 
V
S
 
E
V
 
C
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
N
V
 
M
Q
 
R
T
 
T
L
 
I
L
 
R
P
 
P
F
 
M
D
 
D
V
 
M
D
 
E
H
 
-
V
 
T
I
 
I
L
 
E
E
 
A
S
 
S
I
 
V
K
 
M
K
 
K
T
 
T
S
 
N
R
 
H
V
 
L
I
 
V
F
 
T
A
 
V
D
 
E
E
 
G
D
 
G
V
 
W
P
 
P
G
 
Q
-
 
F
G
 
G
A
 
V
S
 
G
A
 
A
Y
 
E
M
 
I
M
 
C
Q
 
A
Q
 
R
V
 
I
L
 
M
E
 
E
K
 
G
Q
 
-
K
 
P
A
 
A
Y
 
F
Y
 
N
Q
 
F
L
 
L
D
 
D
S
 
A
E
 
P
P
 
A
V
 
V
T
 
R
L
 
V
S
 
T
A
 
G
Q
 
A
P
 
D
H
 
V
R
 
P
P
 
M
A
 
P
Y
 
Y
S
 
A
S
 
K
D
 
I
G
 
L
D
 
E
Y
 
D
F
 
N
S
 
S
K
 
I
P
 
P
S
 
Q
V
 
V
D
 
K
D
 
D
V
 
I
I
 
I

Q5SLR4 2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit alpha; Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component alpha chain; BCKDH E1-alpha; EC 1.2.4.4 from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see paper)
26% identity, 40% coverage: 14:331/804 of query aligns to 31:309/367 of Q5SLR4

query
sites
Q5SLR4
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
K
 
G
D
 
E
Q
 
K
I
 
L
L
 
R
F
 
R
D
 
L
Y
 
Y
K
 
R
I
 
D
V
 
M
Q
 
L
Q
 
A
S
 
A
R
 
R
Q
 
M
A
 
L
S
 
D
L
 
E
M
 
R
G
 
Y
R
 
T
K
 
I
E
 
L
V
 
I
F
 
R
M
 
T
G
 
G
K
 
K
A
 
T
K
 
S
F
|
F
G
 
I
I
 
A
F
 
P
G
 
A
D
 
A
G
 
G
K
 
H
E
 
E
L
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
V
 
A
M
 
I
A
 
A
R
 
H
Y
 
A
F
 
I
K
 
R
K
 
P
G
 
G
-
 
F
D
 
D
W
 
W
R
 
V
S
 
F
G
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
R
|
R
D
 
D
Q
 
H
T
 
G
F
 
L
M
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
L
E
 
G
E
 
-
L
 
I
K
 
P
L
 
L
Q
 
K
E
 
E
Y
 
L
F
 
L
A
 
G
Q
 
Q
L
 
M
Y
 
L
A
 
A
H
 
-
T
 
-
V
 
-
V
 
T
E
 
K
E
 
A
E
 
D
P
 
P
A
 
-
S
 
N
G
 
K
G
 
G
R
 
R
L
 
Q
M
|
M
N
x
P
G
x
E
H
|
H
F
 
P
A
 
G
T
 
S
R
 
K
S
 
A
L
 
L
N
 
N
E
 
F
D
 
F
G
 
T
T
 
V
W
 
-
K
 
-
D
 
-
I
 
-
R
 
-
N
 
-
T
 
-
K
 
-
N
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
I
 
A
S
|
S
P
|
P
T
x
I
A
 
A
G
 
S
Q
 
H
V
 
V
P
 
P
R
 
P
L
 
A
I
 
A
G
 
G
L
 
A
G
 
A
Y
 
I
A
 
S
S
 
M
K
 
K
L
 
L
F
 
L
K
 
R
E
 
T
N
 
G
E
 
Q
A
 
-
L
 
-
Q
 
-
R
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
F
 
-
K
 
-
G
 
-
L
 
-
G
 
-
K
 
-
E
 
-
I
 
V
A
 
A
W
 
V
G
 
C
T
 
T
I
 
F
G
|
G
N
x
D
A
x
G
S
x
A
C
x
T
A
x
S
E
|
E
G
 
G
M
 
D
F
 
W
L
 
Y
E
 
A
T
 
G
I
 
I
N
 
N
A
 
F
A
 
A
G
 
A
V
 
V
L
 
Q
Q
 
G
I
 
A
P
 
P
L
 
A
V
 
V
L
 
F
S
 
I
V
 
A
W
 
E
D
 
N
D
x
N
D
x
F
Y
|
Y
G
x
A
I
|
I
S
 
S
V
 
V
P
 
D
N
 
Y
E
 
R
F
 
H
Q
 
Q
T
 
T
T
 
H
K
 
S
G
 
P
S
 
T
I
 
I
S
 
A
E
 
D
A
 
K
L
 
A
A
 
H
G
 
A
Y
 
F
Q
 
-
R
 
-
T
 
-
E
 
-
E
 
-
K
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
I
E
 
P
I
 
G
I
 
Y
V
 
L
A
 
V
K
 
D
G
 
G
W
 
M
D
 
D
Y
 
V
E
 
L
S
 
A
L
 
S
H
 
Y
A
 
Y
A
 
V
Y
 
V
R
 
K
K
 
E
A
 
A
E
 
V
T
 
E
L
 
R
A
 
A
R
 
R
E
 
R
A
 
G
S
 
E
V
 
G
P
 
P
S
 
S
L
 
L
V
 
V
H
 
E
V
 
-
I
 
L
E
 
R
M
 
V
T
 
Y
Q
 
R
P
 
Y
Q
 
G
G
 
P
H
|
H
S
 
S
T
 
S
S
 
A
G
 
D
S
 
D
H
 
D
E
 
S
R
 
R
Y
 
Y
K
 
R
S
 
P
K
 
K
E
 
E
R
 
E
L
 
V
Q
 
A
W
 
F
E
 
W
A
 
R
D
 
K
H
 
K
D
 
D
C
 
P
N
 
I
M
 
P
M
 
R
F
 
F
R
 
R
S
 
R
Y
 
F
I
 
L
L
 
E
E
 
A
N
 
R
G
 
G
L
 
L

1umdA Branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase (e1) from thermus thermophilus hb8 with 4-methyl-2-oxopentanoate as an intermediate (see paper)
26% identity, 40% coverage: 14:331/804 of query aligns to 26:304/362 of 1umdA

query
sites
1umdA
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
K
 
G
D
 
E
Q
 
K
I
 
L
L
 
R
F
 
R
D
 
L
Y
 
Y
K
 
R
I
 
D
V
 
M
Q
 
L
Q
 
A
S
 
A
R
 
R
Q
 
M
A
 
L
S
 
D
L
 
E
M
 
R
G
 
Y
R
 
T
K
x
I
E
 
L
V
 
I
F
 
R
M
 
T
G
 
G
K
 
K
A
 
T
K
 
S
F
|
F
G
 
I
I
 
A
F
 
P
G
 
A
D
 
A
G
 
G
K
 
H
E
 
E
L
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
V
 
A
M
 
I
A
 
A
R
 
H
Y
 
A
F
 
I
K
 
R
K
 
P
G
 
G
-
 
F
D
 
D
W
 
W
R
 
V
S
 
F
G
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
R
|
R
D
 
D
Q
 
H
T
 
G
F
 
L
M
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
L
E
 
G
E
 
-
L
 
I
K
 
P
L
 
L
Q
 
K
E
 
E
Y
 
L
F
 
L
A
 
G
Q
 
Q
L
 
M
Y
 
L
A
 
A
H
 
-
T
 
-
V
 
-
V
 
T
E
 
K
E
 
A
E
 
D
P
 
P
A
 
-
S
 
N
G
 
K
G
 
G
R
 
R
L
 
Q
M
 
M
N
 
P
G
 
E
H
 
H
F
 
P
A
 
G
T
 
S
R
 
K
S
 
A
L
 
L
N
 
N
E
 
F
D
 
F
G
 
T
T
 
V
W
 
-
K
 
-
D
 
-
I
 
-
R
 
-
N
 
-
T
 
-
K
 
-
N
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
I
 
A
S
|
S
P
|
P
T
x
I
A
 
A
G
 
S
Q
 
H
V
 
V
P
 
P
R
 
P
L
 
A
I
 
A
G
 
G
L
 
A
G
 
A
Y
 
I
A
 
S
S
 
M
K
 
K
L
 
L
F
 
L
K
 
R
E
 
T
N
 
G
E
 
Q
A
 
-
L
 
-
Q
 
-
R
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
F
 
-
K
 
-
G
 
-
L
 
-
G
 
-
K
 
-
E
 
-
I
 
V
A
 
A
W
 
V
G
 
C
T
 
T
I
 
F
G
|
G
N
x
D
A
x
G
S
 
A
C
 
T
A
 
S
E
 
E
G
 
G
M
 
D
F
 
W
L
 
Y
E
 
A
T
 
G
I
 
I
N
 
N
A
 
F
A
 
A
G
 
A
V
 
V
L
 
Q
Q
 
G
I
 
A
P
 
P
L
 
A
V
 
V
L
 
F
S
 
I
V
 
A
W
 
E
D
 
N
D
x
N
D
 
F
Y
|
Y
G
x
A
I
|
I
S
 
S
V
 
V
P
 
D
N
 
Y
E
 
R
F
 
H
Q
 
Q
T
 
T
T
 
H
K
 
S
G
 
P
S
 
T
I
 
I
S
 
A
E
 
D
A
 
K
L
 
A
A
 
H
G
 
A
Y
 
F
Q
 
-
R
 
-
T
 
-
E
 
-
E
 
-
K
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
I
E
 
P
I
 
G
I
 
Y
V
 
L
A
 
V
K
 
D
G
 
G
W
 
M
D
 
D
Y
 
V
E
 
L
S
 
A
L
 
S
H
 
Y
A
 
Y
A
 
V
Y
 
V
R
 
K
K
 
E
A
 
A
E
 
V
T
 
E
L
 
R
A
 
A
R
 
R
E
 
R
A
 
G
S
 
E
V
 
G
P
 
P
S
 
S
L
 
L
V
 
V
H
 
E
V
 
-
I
 
L
E
 
R
M
 
V
T
 
Y
Q
x
R
P
 
Y
Q
 
G
G
 
P
H
|
H
S
|
S
T
 
S
S
 
A
G
 
D
S
 
D
H
 
D
E
 
S
R
 
R
Y
|
Y
K
 
R
S
 
P
K
 
K
E
 
E
R
 
E
L
 
V
Q
 
A
W
 
F
E
 
W
A
 
R
D
 
K
H
 
K
D
 
D
C
 
P
N
 
I
M
 
P
M
 
R
F
 
F
R
 
R
S
 
R
Y
 
F
I
 
L
L
 
E
E
 
A
N
 
R
G
 
G
L
 
L

1umcA Branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase (e1) from thermus thermophilus hb8 with 4-methylpentanoate (see paper)
26% identity, 40% coverage: 14:331/804 of query aligns to 26:304/362 of 1umcA

query
sites
1umcA
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
K
 
G
D
 
E
Q
 
K
I
 
L
L
 
R
F
 
R
D
 
L
Y
 
Y
K
 
R
I
 
D
V
 
M
Q
 
L
Q
 
A
S
 
A
R
 
R
Q
 
M
A
 
L
S
 
D
L
 
E
M
 
R
G
 
Y
R
 
T
K
x
I
E
 
L
V
 
I
F
 
R
M
 
T
G
 
G
K
 
K
A
 
T
K
 
S
F
 
F
G
 
I
I
 
A
F
 
P
G
 
A
D
 
A
G
 
G
K
 
H
E
 
E
L
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
V
 
A
M
 
I
A
 
A
R
 
H
Y
 
A
F
 
I
K
 
R
K
 
P
G
 
G
-
 
F
D
 
D
W
 
W
R
 
V
S
 
F
G
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
R
|
R
D
 
D
Q
 
H
T
 
G
F
 
L
M
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
L
E
 
G
E
 
-
L
 
I
K
 
P
L
 
L
Q
 
K
E
 
E
Y
 
L
F
 
L
A
 
G
Q
 
Q
L
 
M
Y
 
L
A
 
A
H
 
-
T
 
-
V
 
-
V
 
T
E
 
K
E
 
A
E
 
D
P
 
P
A
 
-
S
 
N
G
 
K
G
 
G
R
 
R
L
 
Q
M
 
M
N
 
P
G
 
E
H
|
H
F
 
P
A
 
G
T
 
S
R
 
K
S
 
A
L
 
L
N
 
N
E
 
F
D
 
F
G
 
T
T
 
V
W
 
-
K
 
-
D
 
-
I
 
-
R
 
-
N
 
-
T
 
-
K
 
-
N
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
I
 
A
S
|
S
P
 
P
T
x
I
A
 
A
G
 
S
Q
 
H
V
 
V
P
 
P
R
 
P
L
 
A
I
 
A
G
 
G
L
 
A
G
 
A
Y
 
I
A
 
S
S
 
M
K
 
K
L
 
L
F
 
L
K
 
R
E
 
T
N
 
G
E
 
Q
A
 
-
L
 
-
Q
 
-
R
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
F
 
-
K
 
-
G
 
-
L
 
-
G
 
-
K
 
-
E
 
-
I
 
V
A
 
A
W
 
V
G
 
C
T
 
T
I
 
F
G
|
G
N
x
D
A
x
G
S
 
A
C
 
T
A
 
S
E
 
E
G
 
G
M
 
D
F
 
W
L
 
Y
E
 
A
T
 
G
I
 
I
N
 
N
A
 
F
A
 
A
G
 
A
V
 
V
L
 
Q
Q
 
G
I
 
A
P
 
P
L
 
A
V
 
V
L
 
F
S
 
I
V
 
A
W
 
E
D
 
N
D
x
N
D
 
F
Y
|
Y
G
 
A
I
|
I
S
 
S
V
 
V
P
 
D
N
 
Y
E
 
R
F
 
H
Q
 
Q
T
 
T
T
 
H
K
 
S
G
 
P
S
 
T
I
 
I
S
 
A
E
 
D
A
 
K
L
 
A
A
 
H
G
 
A
Y
 
F
Q
 
-
R
 
-
T
 
-
E
 
-
E
 
-
K
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
I
E
 
P
I
 
G
I
 
Y
V
 
L
A
 
V
K
 
D
G
 
G
W
 
M
D
 
D
Y
 
V
E
 
L
S
 
A
L
 
S
H
 
Y
A
 
Y
A
 
V
Y
 
V
R
 
K
K
 
E
A
 
A
E
 
V
T
 
E
L
 
R
A
 
A
R
 
R
E
 
R
A
 
G
S
 
E
V
 
G
P
 
P
S
 
S
L
 
L
V
 
V
H
 
E
V
 
-
I
 
L
E
 
R
M
 
V
T
 
Y
Q
x
R
P
 
Y
Q
 
G
G
 
P
H
|
H
S
|
S
T
 
S
S
 
A
G
 
D
S
 
D
H
 
D
E
 
S
R
 
R
Y
|
Y
K
 
R
S
 
P
K
 
K
E
 
E
R
 
E
L
 
V
Q
 
A
W
 
F
E
 
W
A
 
R
D
 
K
H
 
K
D
 
D
C
 
P
N
 
I
M
 
P
M
 
R
F
 
F
R
 
R
S
 
R
Y
 
F
I
 
L
L
 
E
E
 
A
N
 
R
G
 
G
L
 
L

1umbA Branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase (e1) from thermus thermophilus hb8 in holo-form (see paper)
26% identity, 40% coverage: 14:331/804 of query aligns to 26:304/362 of 1umbA

query
sites
1umbA
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
K
 
G
D
 
E
Q
 
K
I
 
L
L
 
R
F
 
R
D
 
L
Y
 
Y
K
 
R
I
 
D
V
 
M
Q
 
L
Q
 
A
S
 
A
R
 
R
Q
 
M
A
 
L
S
 
D
L
 
E
M
 
R
G
 
Y
R
 
T
K
x
I
E
 
L
V
 
I
F
 
R
M
 
T
G
 
G
K
 
K
A
 
T
K
 
S
F
 
F
G
 
I
I
 
A
F
 
P
G
 
A
D
 
A
G
 
G
K
 
H
E
 
E
L
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
V
 
A
M
 
I
A
 
A
R
 
H
Y
 
A
F
 
I
K
 
R
K
 
P
G
 
G
-
 
F
D
 
D
W
 
W
R
 
V
S
 
F
G
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
R
|
R
D
 
D
Q
 
H
T
 
G
F
 
L
M
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
L
E
 
G
E
 
-
L
 
I
K
 
P
L
 
L
Q
 
K
E
 
E
Y
 
L
F
 
L
A
 
G
Q
 
Q
L
 
M
Y
 
L
A
 
A
H
 
-
T
 
-
V
 
-
V
 
T
E
 
K
E
 
A
E
 
D
P
 
P
A
 
-
S
 
N
G
 
K
G
 
G
R
 
R
L
 
Q
M
 
M
N
 
P
G
 
E
H
 
H
F
 
P
A
 
G
T
 
S
R
 
K
S
 
A
L
 
L
N
 
N
E
 
F
D
 
F
G
 
T
T
 
V
W
 
-
K
 
-
D
 
-
I
 
-
R
 
-
N
 
-
T
 
-
K
 
-
N
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
I
 
A
S
|
S
P
|
P
T
x
I
A
 
A
G
 
S
Q
 
H
V
 
V
P
 
P
R
 
P
L
 
A
I
 
A
G
 
G
L
 
A
G
 
A
Y
 
I
A
 
S
S
 
M
K
 
K
L
 
L
F
 
L
K
 
R
E
 
T
N
 
G
E
 
Q
A
 
-
L
 
-
Q
 
-
R
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
F
 
-
K
 
-
G
 
-
L
 
-
G
 
-
K
 
-
E
 
-
I
 
V
A
 
A
W
 
V
G
 
C
T
 
T
I
 
F
G
|
G
N
x
D
A
x
G
S
 
A
C
 
T
A
 
S
E
 
E
G
 
G
M
 
D
F
 
W
L
 
Y
E
 
A
T
 
G
I
 
I
N
 
N
A
 
F
A
 
A
G
 
A
V
 
V
L
 
Q
Q
 
G
I
 
A
P
 
P
L
 
A
V
 
V
L
 
F
S
 
I
V
 
A
W
 
E
D
 
N
D
x
N
D
 
F
Y
|
Y
G
x
A
I
|
I
S
 
S
V
 
V
P
 
D
N
 
Y
E
 
R
F
 
H
Q
 
Q
T
 
T
T
 
H
K
 
S
G
 
P
S
 
T
I
 
I
S
 
A
E
 
D
A
 
K
L
 
A
A
 
H
G
 
A
Y
 
F
Q
 
-
R
 
-
T
 
-
E
 
-
E
 
-
K
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
I
E
 
P
I
 
G
I
 
Y
V
 
L
A
 
V
K
 
D
G
 
G
W
 
M
D
 
D
Y
 
V
E
 
L
S
 
A
L
 
S
H
 
Y
A
 
Y
A
 
V
Y
 
V
R
 
K
K
 
E
A
 
A
E
 
V
T
 
E
L
 
R
A
 
A
R
 
R
E
 
R
A
 
G
S
 
E
V
 
G
P
 
P
S
 
S
L
 
L
V
 
V
H
 
E
V
 
-
I
 
L
E
 
R
M
 
V
T
 
Y
Q
x
R
P
 
Y
Q
 
G
G
 
P
H
|
H
S
|
S
T
 
S
S
 
A
G
 
D
S
 
D
H
 
D
E
 
S
R
 
R
Y
|
Y
K
 
R
S
 
P
K
 
K
E
 
E
R
 
E
L
 
V
Q
 
A
W
 
F
E
 
W
A
 
R
D
 
K
H
 
K
D
 
D
C
 
P
N
 
I
M
 
P
M
 
R
F
 
F
R
 
R
S
 
R
Y
 
F
I
 
L
L
 
E
E
 
A
N
 
R
G
 
G
L
 
L

3dufA Snapshots of catalysis in the e1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex (see paper)
29% identity, 22% coverage: 180:355/804 of query aligns to 161:329/365 of 3dufA

query
sites
3dufA
K
 
K
E
 
A
I
 
V
A
 
A
W
 
I
G
 
T
T
 
Y
I
 
T
G
|
G
N
x
D
A
x
G
S
 
G
C
 
T
A
 
S
E
 
Q
G
 
G
M
 
D
F
 
F
L
 
Y
E
 
E
T
 
G
I
 
I
N
 
N
A
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
A
L
 
F
Q
 
K
I
 
A
P
 
P
L
 
A
V
 
I
L
 
F
S
 
V
V
 
V
W
 
Q
D
 
N
D
x
N
D
 
R
Y
x
F
G
x
A
I
 
I
S
 
S
V
 
T
P
 
P
N
 
V
E
 
E
F
 
K
Q
 
Q
T
 
T
T
 
-
K
 
-
G
 
-
S
 
-
I
 
V
S
 
A
E
 
K
A
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
Q
Y
 
K
Q
 
A
R
 
V
T
 
A
E
 
A
E
 
G
K
 
I
P
 
P
G
 
G
V
 
I
E
 
Q
I
 
V
I
 
-
V
 
-
A
 
-
K
 
D
G
 
G
W
 
M
D
 
D
Y
 
P
E
 
L
S
 
A
L
 
V
H
 
Y
A
 
A
A
 
A
Y
 
V
R
 
K
K
 
A
A
 
A
E
 
R
T
 
E
L
 
R
A
 
A
R
 
I
E
 
N
A
 
G
S
 
E
V
 
G
P
 
P
S
 
T
L
 
L
V
 
I
H
 
E
V
 
T
I
 
L
E
 
-
M
 
C
T
 
F
Q
x
R
P
 
Y
Q
 
G
G
 
P
H
|
H
S
x
T
T
 
M
S
 
S
G
 
G
S
 
D
H
 
D
E
 
P
-
 
T
R
 
R
Y
|
Y
K
 
R
S
 
S
K
 
K
E
 
E
R
 
L
L
 
E
Q
 
N
W
 
E
E
 
W
A
 
A
D
 
K
H
 
K
D
 
D
C
 
P
N
 
L
M
 
V
M
 
R
F
 
F
R
 
R
S
 
K
Y
 
F
I
 
L
L
 
E
E
 
A
N
 
K
G
 
G
L
 
L
A
 
W
T
 
S
E
 
E
E
 
E
E
 
E
L
 
E
D
 
N
E
 
N
I
 
V
D
 
I
K
 
E
E
 
Q
A
 
A
V
 
K
R
 
E
F
 
E
V
 
I
R
 
K
E
 
E
Q
 
A
K
 
I
D
 
K
K
 
K
A
 
A

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>Echvi_0200 Echvi_0200 Pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase (E1) component, eukaryotic type, beta subunit
MIELETLPTHKVKLDLEKDQILFDYKIVQQSRQASLMGRKEVFMGKAKFGIFGDGKELAQ
VVMARYFKKGDWRSGYYRDQTFMLAIEELKLQEYFAQLYAHTVVEEEPASGGRLMNGHFA
TRSLNEDGTWKDIRNTKNSGGDISPTAGQVPRLIGLGYASKLFKENEALQRLEQFKGLGK
EIAWGTIGNASCAEGMFLETINAAGVLQIPLVLSVWDDDYGISVPNEFQTTKGSISEALA
GYQRTEEKPGVEIIVAKGWDYESLHAAYRKAETLAREASVPSLVHVIEMTQPQGHSTSGS
HERYKSKERLQWEADHDCNMMFRSYILENGLATEEELDEIDKEAVRFVREQKDKAWKSFT
EDIKSDLKTVVGLIKEAAGQSKQQNALNQLADDLAKTLNPIRKDVFGAVRKTLLLMRFDA
EEARGPLKAWYEEQKKRNYDRYNSHLYSESEEGSQHVQVIAPVYTEQSPTVDGREVLQAC
FDQMLSNDPRVFAFGEDVGKIGDVNQAFAGLQEKHGELRVTDTGIREMTIIGQGIGTALR
GLRPIAEIQYLDYIYYALMTLTDDLACLHYRTKGGQKAPMIVRTRGHRLEGVWHSGSPMS
AILGSLRGLLVCVPRNMTQAAGMYNTLLRSDEPALMIECLNAYRQKELMPTNVGEFTVPL
GRPEVLREGTDITVVTYGAMCRIVLDAAEQLVEYGVSVEVIDVQTLLPFDVDHVILESIK
KTSRVIFADEDVPGGASAYMMQQVLEKQKAYYQLDSEPVTLSAQPHRPAYSSDGDYFSKP
SVDDVIEKAYLIMHEVDPISYPMW

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory