SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Echvi_0600 FitnessBrowser__Cola:Echvi_0600 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

4rqoB Crystal structure of l-serine dehydratase from legionella pneumophila (see paper)
34% identity, 91% coverage: 3:278/302 of query aligns to 165:445/448 of 4rqoB

query
sites
4rqoB
Y
 
Y
L
 
P
F
 
F
E
 
A
T
 
T
F
 
A
Q
 
T
G
 
E
W
 
L
K
 
L
E
 
K
Y
 
L
C
 
C
E
 
K
A
 
K
K
 
H
N
 
H
V
 
L
P
 
T
L
 
I
Y
 
A
A
 
E
P
 
L
V
 
M
M
 
L
E
 
V
Y
 
N
E
 
E
K
 
K
D
 
T
Q
 
W
R
 
R
G
 
S
K
 
T
S
 
A
E
 
E
E
 
-
Q
 
-
I
 
I
W
 
H
E
 
K
G
 
G
L
 
I
R
 
L
S
 
D
A
 
I
Y
 
A
K
 
K
V
 
V
M
 
M
K
 
D
D
 
D
A
 
C
V
 
I
E
 
N
T
 
N
G
 
G
L
 
C
K
 
K
E
 
H
E
 
D
M
 
G
V
 
V
S
 
L
R
 
P
S
 
G
G
 
G
M
 
L
-
 
N
I
 
L
N
 
K
N
 
R
G
 
R
A
 
A
K
 
P
K
 
D
V
 
L
Y
 
Y
H
 
R
H
 
K
P
 
L
L
 
I
-
 
E
-
 
Q
-
 
K
-
 
G
-
 
V
-
 
K
S
 
S
V
 
V
L
 
F
-
 
E
-
 
Q
S
 
S
P
 
D
E
 
I
F
 
M
Q
 
N
R
 
H
L
 
L
I
 
N
S
 
L
R
 
Y
A
 
A
L
 
M
A
 
A
A
 
V
K
 
N
E
 
E
V
 
E
N
 
N
S
 
A
C
 
A
M
 
G
G
 
G
R
 
R
V
 
I
V
 
V
A
 
T
A
 
A
P
 
P
T
 
T
A
 
N
G
 
G
A
 
A
S
 
A
G
 
G
I
 
I
L
 
I
P
 
P
G
 
A
T
 
V
L
 
L
Y
 
K
T
 
Y
L
 
C
Q
 
Q
E
 
Q
I
 
A
H
 
H
G
 
D
-
 
R
L
 
M
S
 
S
D
 
N
D
 
E
K
 
D
V
 
I
L
 
Y
E
 
T
G
 
Y
L
 
F
L
 
L
I
 
T
G
 
A
A
 
A
G
 
A
V
 
I
A
 
G
L
 
I
I
 
L
I
 
Y
E
 
K
Q
 
K
N
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
A
 
S
G
 
G
A
 
A
V
 
E
G
 
V
G
 
G
C
|
C
Q
 
Q
A
 
G
E
 
E
T
x
V
G
 
G
S
 
V
A
 
A
A
 
S
A
 
S
M
 
M
A
 
A
S
 
A
G
 
A
A
 
G
M
 
L
V
 
T
Y
 
A
C
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
N
 
T
T
 
I
D
 
E
Q
 
Q
V
 
V
F
 
E
N
 
N
A
 
A
V
 
A
A
 
E
I
 
I
T
 
A
I
 
M
Q
 
E
C
 
H
M
 
H
L
 
L
G
 
G
L
 
M
V
 
T
C
|
C
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
L
G
 
G
L
 
L
V
 
V
E
 
Q
I
 
I
P
 
P
C
|
C
V
 
I
V
 
E
R
 
R
N
 
N
A
 
A
S
 
M
A
 
G
A
 
A
A
 
V
I
 
K
A
 
A
N
 
V
S
 
N
S
 
A
A
 
T
Q
 
R
I
 
M
A
 
A
L
 
L
-
 
I
A
 
G
D
 
D
V
 
G
S
 
Q
G
 
H
V
 
Q
I
 
I
P
 
S
V
 
L
D
 
D
E
 
K
C
 
V
V
 
I
E
 
K
A
 
T
M
 
M
G
 
K
E
 
Q
I
 
T
G
 
G
A
 
M
S
 
D
M
 
M
E
 
Q
N
 
S
K
 
I
Y
 
Y
K
 
K
E
 
E
T
 
T
A
 
S
L
 
M
G
 
G
G
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
V
T
 
N
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Q58431 L-cysteine desulfidase; L-cysteine desulfhydrase; EC 4.4.1.28 from Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (Methanococcus jannaschii) (see paper)
23% identity, 78% coverage: 29:263/302 of query aligns to 131:374/388 of Q58431

query
sites
Q58431
Y
 
Y
E
 
E
K
 
A
D
 
E
Q
 
T
R
 
K
G
 
G
-
 
S
K
x
H
S
 
S
E
 
G
E
 
K
Q
 
S
I
 
L
W
 
S
E
 
D
G
 
D
L
 
L
R
 
K
S
 
N
A
 
A
Y
 
Y
K
 
K
-
 
S
-
 
L
V
 
T
M
 
L
K
 
K
D
 
D
A
 
F
V
 
I
E
 
D
-
 
Y
-
 
I
T
 
E
G
 
D
L
 
I
K
 
P
E
 
E
E
 
E
M
 
V
V
 
I
S
 
K
-
 
I
-
 
I
R
 
K
S
 
E
G
 
T
M
 
I
I
 
E
N
 
T
N
 
N
G
 
K
A
 
N
K
 
L
K
 
S
V
 
T
Y
 
P
H
 
E
H
 
V
P
 
P
L
 
E
S
 
D
V
 
F
L
 
I
S
 
S
P
 
L
E
 
D
F
 
L
Q
 
K
R
 
D
L
 
E
I
 
I
S
 
L
R
 
N
A
 
H
L
 
M
A
 
L
A
 
K
K
 
K
E
 
T
V
 
V
N
 
S
S
 
A
C
 
V
M
 
Y
G
 
N
R
 
R
V
 
M
V
 
I
A
 
G
-
 
I
-
 
N
-
 
K
-
 
P
-
 
A
-
 
M
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
G
A
 
S
P
 
G
T
 
N
A
 
M
G
 
G
A
 
L
S
 
T
G
 
A
I
 
T
L
 
L
P
 
P
G
 
I
T
 
I
L
 
A
Y
 
Y
T
 
-
L
 
-
Q
 
D
E
 
E
I
 
I
H
 
K
G
 
G
L
 
H
S
 
D
D
 
E
D
 
E
K
 
K
V
 
L
L
 
T
E
 
K
G
 
S
L
 
I
L
 
T
I
 
L
G
 
S
A
 
A
G
 
L
V
 
T
A
 
T
L
 
I
I
 
Y
I
 
S
E
 
A
Q
 
Y
N
 
H
A
 
S
S
 
S
L
 
Y
A
 
I
G
 
S
A
 
A
V
 
M
G
x
C
G
 
G
C
 
C
Q
 
V
A
 
N
E
 
R
T
 
G
G
 
G
S
 
I
A
 
G
A
 
A
A
 
V
M
 
-
A
 
-
S
 
S
G
 
G
A
 
L
M
 
S
V
 
Y
Y
 
Y
C
 
I
L
 
F
G
 
G
G
 
-
N
 
-
T
 
F
D
 
D
Q
 
R
V
 
I
F
 
E
N
 
E
A
 
S
V
 
I
A
 
K
I
 
S
T
 
F
I
 
T
Q
 
A
C
 
N
M
 
L
L
 
P
G
 
G
L
 
I
V
 
V
C
|
C
D
|
D
P
 
-
V
 
-
A
 
G
G
 
G
L
 
-
V
 
-
E
 
K
I
 
I
P
 
G
C
|
C
V
 
A
V
 
L
R
 
K
N
 
I
A
 
A
S
 
S
A
 
G
A
 
V
A
 
F
I
 
A
A
 
I
N
 
Y
S
 
L
S
 
S
A
 
L
Q
 
F
I
 
S
A
 
K
L
 
V
A
 
P
D
 
Y
V
 
T
S
 
N
G
 
G
V
 
I
I
 
V
P
 
G
V
 
K
D
 
D
-
 
F
-
 
K
E
 
E
C
 
C
V
 
I
E
 
E
A
 
N
M
 
I
G
 
G
E
 
K
I
 
I
G
 
G
A
 
K
S
 
A
M
 
M
E
 
K

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>Echvi_0600 FitnessBrowser__Cola:Echvi_0600
MSYLFETFQGWKEYCEAKNVPLYAPVMEYEKDQRGKSEEQIWEGLRSAYKVMKDAVETGL
KEEMVSRSGMINNGAKKVYHHPLSVLSPEFQRLISRALAAKEVNSCMGRVVAAPTAGASG
ILPGTLYTLQEIHGLSDDKVLEGLLIGAGVALIIEQNASLAGAVGGCQAETGSAAAMASG
AMVYCLGGNTDQVFNAVAITIQCMLGLVCDPVAGLVEIPCVVRNASAAAIANSSAQIALA
DVSGVIPVDECVEAMGEIGASMENKYKETALGGLAATLTGKGIAKKVLIQDIEILPDEES
TD

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory