SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Echvi_1267 Echvi_1267 probable sodium:solute symporter, VC_2705 subfamily to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 6 hits to proteins with known functional sites (download)

P07117 Sodium/proline symporter; Proline carrier; Proline permease; Propionate transporter from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
23% identity, 94% coverage: 17:550/567 of query aligns to 19:482/502 of P07117

query
sites
P07117
L
 
I
Y
 
L
I
 
I
G
 
G
I
 
F
A
 
I
I
 
A
W
 
W
S
 
R
R
 
S
A
 
T
G
 
K
S
 
N
T
 
F
K
 
D
E
 
D
F
 
Y
Y
 
I
V
 
L
A
 
G
G
 
G
G
 
R
G
 
S
V
 
L
S
 
G
P
 
P
L
 
F
A
 
V
N
 
T
G
 
A
M
 
L
A
 
S
T
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
S
W
 
D
M
 
M
S
 
S
A
 
G
A
 
W
S
 
L
F
 
L
I
 
M
S
 
G
M
 
L
A
 
P
G
 
G
L
 
A
I
 
V
S
 
F
F
 
L
M
 
S
G
 
G
Y
 
I
D
 
S
G
 
E
S
 
S
V
 
W
Y
 
I
L
 
A
M
 
I
G
 
G
W
 
L
T
 
T
G
 
L
G
 
G
Y
 
A
V
 
W
L
 
I
L
 
N
A
 
W
L
 
K
L
 
L
L
 
V
A
 
A
P
 
G
Y
 
R
L
 
L
R
 
R
K
 
V
F
 
H
G
 
T
K
 
E
F
 
Y
-
 
N
-
 
N
-
 
N
-
 
A
-
 
L
T
 
T
V
 
L
P
 
P
D
 
D
F
 
Y
V
 
F
G
 
T
D
 
G
R
 
R
Y
 
F
Y
 
-
S
 
E
N
 
D
K
 
K
A
 
S
R
 
R
V
 
I
V
 
L
A
 
R
V
 
I
F
 
I
C
 
S
A
 
A
-
 
L
-
 
V
I
 
I
F
 
L
I
 
L
S
 
F
F
 
F
T
 
T
-
 
I
Y
 
Y
V
 
C
A
 
A
G
 
S
Q
 
G
M
 
I
R
 
V
G
 
A
V
 
G
G
 
A
I
 
R
V
 
L
F
 
F
S
 
E
R
 
S
Y
 
T
L
 
F
E
 
G
V
 
M
D
 
S
I
 
Y
N
 
E
T
 
T
G
 
A
V
 
L
I
 
W
I
 
A
G
 
G
M
 
A
C
 
A
I
 
A
V
 
T
F
 
I
F
 
L
Y
 
Y
A
 
T
V
 
F
L
 
I
G
 
G
G
 
G
M
 
F
K
 
L
G
 
A
I
 
V
T
 
S
Y
 
W
T
 
T
Q
 
D
V
 
T
A
 
V
Q
 
Q
Y
 
A
C
 
S
V
 
L
L
 
M
I
 
I
F
 
F
A
 
A
F
 
L
M
 
I
V
 
L
P
 
T
A
 
P
I
 
V
F
 
I
I
 
V
S
 
I
M
 
I
Q
 
S
L
 
V
T
 
-
S
 
-
N
 
-
P
 
-
I
 
-
P
 
-
Q
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
G
T
 
G
V
 
F
A
 
G
D
 
D
G
 
S
T
 
L
Y
 
E
L
 
V
L
 
I
D
 
K
K
 
Q
L
 
K
D
 
S
G
 
I
V
 
E
L
 
N
T
 
V
D
 
D
L
 
M
G
 
-
F
 
-
H
 
-
A
 
-
Y
 
-
T
 
-
S
 
-
G
 
-
K
 
-
K
 
-
S
 
L
M
 
K
G
 
G
D
 
L
M
 
N
F
 
F
A
 
V
I
 
A
T
 
I
L
 
I
A
 
S
L
 
L
M
 
M
-
 
G
-
 
W
-
 
G
V
 
L
G
 
G
T
 
Y
A
 
F
G
 
G
L
 
Q
P
 
P
H
 
H
V
 
I
I
 
L
V
 
A
R
|
R
F
 
F
F
 
M
T
 
A
V
 
A
P
 
D
R
 
S
V
 
H
K
 
H
D
 
S
A
 
I
R
 
V
L
 
H
S
 
A
A
 
R
G
 
R
Y
 
I
A
 
S
L
 
M
V
 
T
F
 
W
I
 
M
A
 
I
I
 
L
L
x
C
Y
 
L
T
 
A
T
 
G
A
 
A
P
 
V
A
 
A
V
 
V
S
 
G
A
 
F
F
 
F
G
 
G
I
 
I
Y
 
-
N
 
-
A
 
-
I
 
-
D
 
-
S
 
-
V
 
-
S
 
-
E
 
-
K
 
A
P
 
Y
I
 
F
D
 
N
D
 
D
L
 
H
P
 
P
E
 
A
W
 
-
V
 
-
T
 
-
N
 
-
W
 
-
Q
 
-
Q
 
-
T
 
-
Q
 
-
L
 
L
I
 
A
K
 
G
I
 
A
N
 
V
D
 
N
K
 
Q
N
 
N
Q
 
A
D
 
E
G
 
R
V
 
V
V
 
F
Q
 
I
Y
 
E
V
 
L
A
 
A
D
 
Q
P
 
-
E
 
-
R
 
-
N
 
-
E
 
-
F
 
-
T
 
-
I
 
-
D
 
-
K
 
-
D
 
-
I
 
-
M
 
-
V
 
I
L
 
L
A
 
F
N
 
N
P
 
P
E
 
-
I
 
-
A
 
-
Q
 
-
L
 
-
P
 
-
N
 
-
W
 
W
V
 
I
V
 
A
G
 
G
L
 
I
V
 
L
A
 
L
A
 
S
G
 
A
G
 
I
M
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
V
L
 
M
S
 
S
T
 
T
A
 
L
A
 
S
G
x
C
L
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
I
x
C
S
 
S
T
 
S
S
 
A
V
 
I
S
 
T
R
 
E
D
 
D
L
 
L
A
 
Y
K
 
K
N
 
A
F
 
F
N
 
L
P
 
R
G
 
K
I
 
H
S
 
A
D
 
S
K
 
Q
K
 
K
E
 
E
L
 
L
L
 
V
-
 
W
I
 
V
A
 
G
R
|
R
V
 
V
A
 
M
A
 
V
A
 
L
V
 
V
A
 
V
V
 
A
I
 
L
V
 
V
A
 
A
G
 
I
Y
 
A
F
 
L
G
 
A
V
 
A
N
 
N
P
 
P
P
 
E
G
 
N
F
 
R
V
 
V
A
 
L
E
 
G
V
 
L
V
 
V
A
 
S
F
 
Y
A
 
A
F
 
W
G
 
A
L
 
G
A
 
F
A
 
G
A
 
A
S
 
A
F
 
F
F
 
G
P
 
P
V
 
V
I
 
V
I
 
L
M
 
F
G
 
S
I
 
V
F
 
M
S
 
W
K
 
S
R
 
R
M
 
M
N
 
T
K
 
R
E
 
N
G
 
G
A
 
A
I
 
L
W
 
A
G
 
G
M
 
M
L
 
I
V
 
I
G
 
G
L
 
-
V
 
-
F
 
-
T
 
A
L
 
L
S
 
T
Y
 
V
I
 
I
I
 
V
Y
 
W
F
 
K
K
 
Q
F
 
F
G
 
G
T
 
-
D
 
-
L
 
-
F
 
-
G
 
-
I
 
-
P
 
-
A
 
-
E
 
-
S
 
-
L
 
-
T
 
-
A
 
-
E
 
-
H
 
-
W
 
-
W
 
W
F
 
L
G
 
G
-
 
L
-
 
Y
-
 
E
I
 
I
S
 
I
P
 
P
E
 
G
G
 
F
I
 
I
-
 
F
G
 
G
S
 
S
I
 
I
G
 
G
M
 
I
V
 
V
L
 
-
N
 
-
F
 
-
L
 
-
V
 
-
S
 
-
F
 
-
V
 
V
V
 
F
S
 
S
R
 
L
V
 
L
T
 
G
P
 
K
A
 
A
P
 
P
P
 
S
E
 
A
A
 
A
V
 
M
Q
 
Q
E
 
K

Q92911 Sodium/iodide cotransporter; Na(+)/I(-) cotransporter; Natrium iodide transporter; Sodium-iodide symporter; Na(+)/I(-) symporter; Solute carrier family 5 member 5 from Homo sapiens (Human) (see 3 papers)
24% identity, 33% coverage: 6:191/567 of query aligns to 15:204/643 of Q92911

query
sites
Q92911
W
 
W
T
 
D
Y
 
Y
I
 
G
L
 
V
V
 
F
G
 
A
L
 
L
S
 
M
F
 
L
A
 
L
L
 
V
Y
 
S
I
 
T
G
 
G
I
 
I
A
 
G
I
 
L
W
 
W
-
 
V
-
 
G
-
 
L
S
 
A
R
 
R
A
 
G
G
 
G
-
 
Q
-
 
R
S
 
S
T
 
A
K
 
E
E
 
D
F
 
F
Y
 
F
V
 
T
A
 
G
G
 
G
G
 
R
G
 
R
V
 
L
S
 
A
P
 
A
L
 
L
A
 
P
N
 
V
G
 
G
M
 
L
A
 
S
T
 
L
G
 
S
A
 
A
D
 
S
W
 
F
M
 
M
S
 
S
A
 
A
A
 
V
S
 
Q
F
 
V
I
 
L
S
 
G
M
 
V
A
 
P
G
 
S
L
 
E
I
 
A
S
 
Y
F
 
R
M
 
Y
G
 
G
Y
 
L
D
 
K
G
 
F
S
 
L
V
 
W
Y
 
M
L
 
C
M
 
L
G
 
G
W
 
Q
T
 
L
G
 
L
G
 
N
Y
 
S
V
 
V
L
 
L
L
 
T
A
|
A
L
 
L
L
 
L
L
 
F
A
 
M
P
 
P
Y
 
V
L
 
F
R
 
Y
K
 
R
F
 
L
G
 
G
K
 
L
F
 
T
T
 
S
V
 
T
P
 
Y
D
 
E
F
 
Y
V
 
L
G
 
E
D
 
M
R
 
R
Y
 
F
Y
 
-
S
 
S
N
 
R
K
 
A
A
 
V
R
 
R
V
 
L
V
 
C
A
 
G
V
 
T
F
 
L
C
 
Q
A
 
Y
I
 
I
F
 
V
I
 
A
S
 
T
F
 
M
T
 
L
Y
 
Y
V
 
T
A
 
G
G
 
I
Q
 
V
M
 
I
R
 
Y
G
 
A
V
 
P
G
 
A
I
 
L
V
 
I
F
 
L
S
 
N
R
 
Q
Y
 
V
L
 
T
E
 
G
V
 
L
D
 
D
I
 
I
N
 
W
T
 
A
G
 
S
V
 
L
I
 
L
I
 
S
G
 
T
M
 
G
C
 
I
I
 
I
V
 
C
F
 
T
F
 
F
Y
 
Y
A
 
T
V
 
A
L
 
V
G
 
G
G
 
G
M
 
M
K
 
K
G
 
A
I
 
V
T
 
V
Y
 
W
T
 
T
Q
 
D
V
 
V
A
 
F
Q
 
Q
Y
 
V
C
 
V
V
 
V
L
 
M
I
 
L
F
 
S
A
 
G
F
 
F
M
 
W
V
 
V

Sites not aligning to the query:

3dh4A Crystal structure of sodium/sugar symporter with bound galactose from vibrio parahaemolyticus (see paper)
29% identity, 24% coverage: 362:496/567 of query aligns to 303:437/512 of 3dh4A

query
sites
3dh4A
A
 
A
N
 
Y
P
 
P
E
 
W
I
 
L
A
 
T
Q
 
Q
-
 
F
L
 
L
P
 
P
N
 
V
W
 
G
V
 
V
V
 
K
G
 
G
L
 
V
V
 
V
A
 
F
A
 
A
G
 
A
G
 
L
M
 
A
A
 
A
A
|
A
A
 
I
L
 
V
S
|
S
T
 
S
A
 
L
A
 
A
G
 
S
L
 
M
L
 
L
L
 
N
V
 
S
I
 
T
S
 
A
T
 
T
S
 
I
V
 
F
S
 
T
R
 
M
D
 
D
L
 
I
A
 
Y
K
 
K
N
 
E
F
 
Y
-
 
I
N
 
S
P
 
P
G
 
D
I
 
S
S
 
G
D
 
D
K
 
H
K
 
K
E
 
L
L
 
V
L
 
N
I
 
V
A
 
G
R
 
R
V
 
T
A
 
A
A
 
A
A
 
V
V
 
V
A
 
A
V
 
L
I
 
I
V
 
I
A
 
A
G
 
C
Y
 
L
F
 
I
G
 
A
-
 
P
-
 
M
V
 
L
N
 
G
P
 
G
P
 
I
G
 
G
F
 
Q
V
 
A
A
 
F
E
 
Q
V
 
Y
V
 
I
A
x
Q
F
 
E
A
 
Y
F
 
T
G
 
G
L
 
L
A
 
V
A
 
S
A
 
P
S
 
G
F
 
I
F
 
L
P
 
A
V
 
V
I
 
F
I
 
L
M
 
L
G
 
G
I
 
L
F
 
F
S
 
W
K
 
K
R
 
K
M
 
T
N
 
T
K
 
S
E
 
K
G
 
G
A
 
A
I
 
I
W
 
-
G
 
-
M
 
-
L
 
-
V
 
I
G
 
G
L
 
V
V
 
V
F
 
A
T
 
S
L
 
I
S
 
P
Y
 
F
I
 
A
I
 
L
Y
 
F
F
 
L
K
 
K
F
 
F

Sites not aligning to the query:

Q9NY91 Probable glucose sensor protein SLC5A4; Solute carrier family 5 member 4 from Homo sapiens (Human) (see paper)
27% identity, 23% coverage: 369:498/567 of query aligns to 374:508/659 of Q9NY91

query
sites
Q9NY91
L
 
M
P
 
P
N
 
Q
W
 
G
V
 
L
V
 
R
G
 
G
L
 
L
V
 
M
A
 
L
A
 
S
G
 
V
G
 
M
M
 
L
A
 
A
A
 
S
A
 
L
L
 
M
S
 
S
T
 
S
A
 
L
A
 
T
G
 
S
L
 
I
L
 
F
L
 
N
V
 
S
I
 
A
S
 
S
T
 
T
S
 
L
V
 
F
S
 
T
R
 
I
D
 
D
L
 
L
A
 
Y
K
 
T
N
 
K
F
 
M
N
 
R
P
 
K
G
 
Q
I
 
A
S
 
S
D
 
E
K
 
K
K
 
E
E
 
L
L
 
L
L
 
I
I
 
A
A
 
G
R
 
R
V
 
I
-
 
F
-
 
V
-
 
L
-
 
L
A
 
L
A
 
T
A
 
V
V
 
V
A
 
S
V
 
I
I
 
V
V
 
W
A
 
V
G
 
P
Y
 
L
F
 
V
G
 
Q
V
 
V
N
 
S
P
 
Q
P
 
N
G
 
G
-
 
Q
-
 
L
-
 
I
F
 
H
V
 
Y
A
 
T
E
|
E
V
 
S
V
 
I
A
 
S
F
 
S
A
 
Y
F
 
L
G
 
G
L
 
P
A
 
P
A
 
I
A
 
A
S
 
A
F
 
V
F
 
F
P
 
-
V
 
-
I
 
-
I
 
V
M
 
L
G
 
A
I
 
I
F
 
F
S
 
C
K
 
K
R
 
R
M
 
V
N
 
N
K
 
E
E
 
Q
G
 
G
A
 
A
I
 
F
W
 
W
G
 
G
M
 
L
L
 
M
V
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
A
F
 
M
T
 
G
L
 
L
-
 
I
S
 
R
Y
 
M
I
 
I
I
 
T
Y
 
E
F
 
F
K
 
A
F
 
Y
G
 
G
T
 
T

8hinA Structure of human sglt2-map17 complex with phlorizin (see paper)
26% identity, 30% coverage: 15:186/567 of query aligns to 20:185/588 of 8hinA

query
sites
8hinA
F
 
F
A
 
L
L
 
L
Y
 
V
I
 
I
G
 
G
I
 
V
A
 
G
I
 
L
W
 
W
S
 
S
-
 
M
-
 
C
R
 
R
A
 
T
G
 
G
S
 
R
T
 
S
K
 
M
E
 
V
F
 
W
Y
 
W
V
 
P
A
 
V
G
 
G
G
 
A
G
x
S
V
 
L
-
 
F
-
x
A
S
|
S
P
 
N
L
 
I
A
x
G
N
 
S
G
 
G
M
 
H
A
 
F
T
 
V
G
 
G
A
 
L
D
 
A
W
 
G
M
 
T
S
 
G
A
 
A
A
 
A
S
 
S
F
 
G
I
 
L
S
 
A
M
 
V
A
 
A
G
 
G
L
 
F
I
 
-
S
 
-
F
 
-
M
 
-
G
 
-
Y
 
-
D
 
-
G
 
-
S
 
-
V
 
-
Y
 
-
L
 
-
M
 
-
G
 
E
W
 
W
T
 
N
G
 
A
G
 
L
Y
 
F
V
 
V
L
 
V
L
 
L
A
 
L
L
 
L
-
 
G
-
 
W
L
 
L
L
 
F
A
 
A
P
 
P
Y
 
V
L
 
Y
R
 
L
K
 
T
F
 
A
G
 
G
K
 
V
F
 
I
T
 
T
V
 
M
P
 
P
D
 
Q
F
 
Y
V
 
L
G
 
R
D
 
K
R
 
R
Y
 
F
Y
 
G
S
 
G
N
 
R
K
 
R
A
 
I
R
 
R
V
 
L
V
 
Y
A
 
L
V
 
S
F
 
V
C
 
L
A
 
S
I
 
L
F
 
F
I
 
L
S
 
Y
-
 
I
F
 
F
T
 
T
Y
 
K
V
 
I
A
 
S
G
 
V
Q
 
D
M
 
M
R
 
F
G
 
S
V
 
G
G
 
A
I
 
V
V
 
F
F
 
I
S
 
Q
R
 
Q
Y
 
A
L
 
L
E
 
G
V
 
W
D
 
N
I
 
I
N
 
Y
T
 
A
G
 
S
V
 
V
I
 
I
I
 
A
G
 
L
M
 
L
C
 
G
I
 
I
V
 
T
F
 
M
F
 
I
Y
 
Y
A
 
T
V
 
V
L
 
T
G
 
G
G
 
G
M
 
L
K
 
A
G
 
A
I
 
L
T
 
M
Y
 
Y
T
 
T
Q
x
D
V
 
T
A
 
V
Q
 
Q
Y
x
T
C
 
F
V
 
V
L
 
I
I
 
L

Sites not aligning to the query:

P31639 Sodium/glucose cotransporter 2; Na(+)/glucose cotransporter 2; Low affinity sodium-glucose cotransporter; Solute carrier family 5 member 2 from Homo sapiens (Human) (see paper)
25% identity, 30% coverage: 15:186/567 of query aligns to 33:209/672 of P31639

query
sites
P31639
F
 
F
A
 
L
L
 
L
Y
 
V
I
 
I
G
 
G
I
 
V
A
 
G
I
 
L
W
 
W
S
 
S
R
 
M
A
 
C
-
 
R
-
 
T
-
 
N
-
 
R
G
 
G
S
 
T
T
 
V
K
 
G
E
 
G
F
 
Y
Y
 
F
V
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
R
G
 
S
V
 
M
S
 
V
P
 
W
L
 
W
A
 
P
N
 
V
G
 
G
M
 
A
A
 
S
T
 
L
G
 
F
A
 
A
D
 
S
W
 
N
M
 
I
S
 
G
A
 
S
A
 
G
S
 
H
F
 
F
I
 
V
S
 
G
M
 
L
A
 
A
G
 
G
L
 
T
I
 
G
S
 
A
F
 
A
M
 
S
G
 
G
Y
 
L
D
 
-
G
 
-
S
 
A
V
|
V
Y
 
A
L
 
G
M
x
F
G
 
E
W
 
W
T
 
N
G
 
A
G
 
L
Y
 
F
V
 
V
L
 
V
L
 
L
A
 
L
L
 
L
-
 
G
-
 
W
L
 
L
L
 
F
A
 
A
P
 
P
Y
 
V
L
 
Y
R
 
L
K
 
T
F
 
A
G
 
G
K
 
V
F
 
I
T
 
T
V
 
M
P
 
P
D
 
Q
F
 
Y
V
 
L
G
 
R
D
 
K
R
 
R
Y
 
F
Y
 
G
S
 
G
N
 
R
K
 
R
A
 
I
R
 
R
V
 
L
V
 
Y
A
 
L
V
 
S
F
 
V
C
 
L
A
 
S
I
 
L
F
 
F
I
 
L
S
 
Y
-
 
I
F
 
F
T
 
T
Y
 
K
V
 
I
A
 
S
G
x
V
Q
 
D
M
 
M
R
 
F
G
 
S
V
 
G
G
 
A
I
 
V
V
 
F
F
 
I
S
 
Q
R
 
Q
Y
 
A
L
 
L
E
 
G
V
 
W
D
 
N
I
 
I
N
 
Y
T
 
A
G
 
S
V
 
V
I
 
I
I
 
A
G
 
L
M
 
L
C
 
G
I
 
I
V
 
T
F
 
M
F
 
I
Y
 
Y
A
 
T
V
 
V
L
 
T
G
 
G
G
 
G
M
 
L
K
 
A
G
 
A
I
 
L
T
 
M
Y
 
Y
T
 
T
Q
 
D
V
 
T
A
 
V
Q
 
Q
Y
 
T
C
 
F
V
 
V
L
 
I
I
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>Echvi_1267 Echvi_1267 probable sodium:solute symporter, VC_2705 subfamily
MDILTWTYILVGLSFALYIGIAIWSRAGSTKEFYVAGGGVSPLANGMATGADWMSAASFI
SMAGLISFMGYDGSVYLMGWTGGYVLLALLLAPYLRKFGKFTVPDFVGDRYYSNKARVVA
VFCAIFISFTYVAGQMRGVGIVFSRYLEVDINTGVIIGMCIVFFYAVLGGMKGITYTQVA
QYCVLIFAFMVPAIFISMQLTSNPIPQLGLGGTVADGTYLLDKLDGVLTDLGFHAYTSGK
KSMGDMFAITLALMVGTAGLPHVIVRFFTVPRVKDARLSAGYALVFIAILYTTAPAVSAF
GIYNAIDSVSEKPIDDLPEWVTNWQQTQLIKINDKNQDGVVQYVADPERNEFTIDKDIMV
LANPEIAQLPNWVVGLVAAGGMAAALSTAAGLLLVISTSVSRDLAKNFNPGISDKKELLI
ARVAAAVAVIVAGYFGVNPPGFVAEVVAFAFGLAAASFFPVIIMGIFSKRMNKEGAIWGM
LVGLVFTLSYIIYFKFGTDLFGIPAESLTAEHWWFGISPEGIGSIGMVLNFLVSFVVSRV
TPAPPEAVQEMVEDIRIPRGAGQAQGH

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory