SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Echvi_2357 FitnessBrowser__Cola:Echvi_2357 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3o6xA Crystal structure of the type iii glutamine synthetase from bacteroides fragilis (see paper)
47% identity, 99% coverage: 3:709/711 of query aligns to 10:637/638 of 3o6xA

query
sites
3o6xA
V
 
L
Q
 
S
S
 
N
R
 
R
G
 
K
N
 
P
V
 
L
P
 
E
F
 
I
E
 
T
A
 
T
P
 
P
S
 
S
S
 
N
K
 
K
I
 
L
S
 
S
D
 
D
Y
 
Y
F
 
Y
G
 
A
S
 
S
E
 
H
V
 
V
F
 
F
G
 
D
L
 
R
S
 
K
K
 
K
M
 
M
K
 
Q
D
 
E
A
 
Y
L
 
L
A
 
P
P
 
K
S
 
E
V
 
A
Y
 
Y
K
 
K
K
 
A
V
 
V
S
 
V
E
 
D
A
 
A
I
 
T
E
 
E
K
 
K
G
 
G
S
 
T
K
 
P
I
 
I
D
 
S
T
 
R
S
 
E
S
 
M
A
 
A
E
 
D
E
 
L
V
 
I
A
 
A
T
 
N
A
 
G
A
 
M
K
 
K
A
 
S
W
 
W
A
 
A
L
 
K
S
 
S
K
 
L
G
 
N
V
 
V
T
 
T
H
 
H
Y
 
Y
T
 
T
H
 
H
W
 
W
F
 
F
Q
 
Q
P
 
P
L
 
L
T
 
T
G
 
-
S
 
-
T
 
-
A
 
-
E
 
-
K
 
K
H
 
H
D
 
D
T
 
G
F
 
F
F
 
I
D
 
E
A
 
F
H
 
G
A
 
E
K
 
D
-
 
G
-
 
E
-
 
V
I
 
I
E
 
E
R
 
R
F
 
F
K
 
S
G
 
G
S
 
K
A
 
L
L
 
L
V
 
-
Q
 
-
Q
 
-
E
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
-
S
 
-
S
 
-
F
 
-
P
 
-
N
 
-
G
 
-
G
 
-
I
 
-
R
 
-
T
 
-
T
 
-
F
 
-
E
 
-
A
 
-
R
 
-
G
 
-
Y
 
-
T
 
T
A
 
A
W
 
W
D
 
D
P
 
G
S
 
S
S
 
S
P
 
P
M
 
A
F
 
F
I
 
V
F
 
V
E
 
D
N
 
T
T
 
T
L
 
L
C
 
C
I
 
I
P
 
P
T
 
T
I
 
I
F
 
F
V
 
I
S
 
-
Y
 
-
T
 
-
G
 
-
E
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
D
Y
 
Y
K
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
L
L
 
L
K
 
K
S
 
A
V
 
L
E
 
A
A
 
A
V
 
V
S
 
D
A
 
K
A
 
A
A
 
A
T
 
T
P
 
E
I
 
V
C
 
C
Q
 
Q
L
 
L
F
 
F
D
 
D
R
 
K
S
 
N
V
 
I
K
 
T
K
 
R
V
 
V
N
 
F
P
 
T
S
 
N
L
 
L
G
 
G
V
 
W
E
|
E
Q
 
Q
E
|
E
Y
 
Y
F
 
F
V
 
L
I
 
V
D
 
D
K
 
T
A
 
S
L
 
L
Y
 
Y
A
 
N
S
 
A
R
 
R
P
 
P
D
 
D
L
 
L
V
 
R
M
 
L
A
 
T
G
 
G
R
 
R
T
 
T
V
 
L
F
 
M
G
 
G
H
 
H
N
 
-
P
 
-
A
 
-
R
 
-
G
 
-
Q
 
-
Q
 
-
L
 
-
D
 
-
D
 
-
H
 
-
Y
 
-
F
 
-
G
 
-
S
 
S
I
 
I
P
 
P
G
 
P
R
 
R
V
 
V
K
 
T
A
 
A
F
 
F
M
 
M
K
 
K
H
 
E
F
 
L
E
 
E
I
 
I
E
 
E
A
 
C
L
 
H
K
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
S
 
K
T
 
T
R
 
R
H
 
H
N
 
N
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
N
Q
 
Q
F
 
F
E
|
E
V
 
L
A
 
A
P
 
P
V
 
I
F
|
F
E
 
E
E
 
N
I
 
C
N
 
N
K
 
L
A
 
A
T
 
N
D
 
D
H
 
H
N
 
N
Q
 
Q
L
 
L
L
 
V
M
 
M
D
 
D
L
 
L
M
 
M
D
 
K
K
 
R
V
 
I
A
 
A
D
 
R
Q
 
K
H
 
H
H
 
H
L
 
F
K
 
A
V
 
V
L
 
L
F
 
F
H
 
H
E
 
E
K
 
K
P
 
P
F
 
Y
A
 
N
G
 
G
L
 
V
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
 
K
H
|
H
N
 
N
N
|
N
W
 
W
S
|
S
L
 
L
I
 
C
T
 
T
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
I
N
 
N
L
 
L
F
 
F
Q
 
A
P
 
P
S
 
G
N
 
K
S
 
N
A
 
P
R
 
K
E
 
G
N
 
N
L
 
M
Q
 
L
F
 
F
L
 
L
T
 
T
F
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
N
T
 
V
V
 
L
K
 
M
A
 
M
V
 
V
H
 
H
D
 
K
H
 
N
A
 
Q
D
 
D
I
 
L
L
 
L
R
 
R
A
 
A
S
 
S
I
 
I
A
 
M
S
 
S
A
 
A
G
 
G
N
 
N
D
 
S
F
 
H
R
|
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
E
|
E
A
 
A
P
 
P
P
 
P
A
 
A
I
 
I
I
 
L
S
 
S
V
 
I
F
 
F
L
 
L
G
 
G
S
 
S
T
 
Q
L
 
L
T
 
S
A
 
A
V
 
T
L
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
I
E
 
-
K
 
-
N
 
-
G
 
-
N
 
-
I
 
-
K
 
-
I
 
-
E
 
-
K
 
-
G
 
-
D
 
-
N
 
-
M
 
-
Y
 
-
M
 
-
K
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
-
S
 
-
K
 
-
I
 
-
P
 
-
E
 
-
I
 
-
I
 
-
L
 
-
D
 
-
N
 
-
T
 
-
D
 
-
R
 
R
N
 
N
R
|
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
F
 
F
A
 
A
F
 
F
T
 
T
G
 
G
N
 
N
K
x
R
F
 
F
E
|
E
F
 
F
R
 
R
A
 
A
V
 
A
G
 
G
S
 
S
S
 
S
S
 
A
N
 
N
V
 
C
A
 
A
G
 
A
P
 
A
M
 
M
T
 
I
A
 
A
L
 
I
N
 
N
V
 
A
I
 
A
A
 
M
A
 
A
D
 
N
T
 
Q
L
 
L
K
 
N
L
 
-
M
 
-
Y
 
-
K
 
-
D
 
-
I
 
-
Q
 
-
A
 
-
E
 
E
I
 
F
E
 
K
G
 
A
G
 
S
K
 
V
E
 
D
K
 
K
K
 
D
I
 
E
A
 
A
I
 
I
V
 
F
N
 
R
V
 
I
L
 
L
R
 
K
K
 
E
Y
 
N
I
 
I
K
 
I
E
 
A
S
 
S
K
 
E
K
 
L
V
 
I
R
 
R
F
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
E
 
E
E
 
E
W
 
W
E
 
K
K
 
Q
E
 
E
A
 
A
E
 
A
K
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
T
N
 
N
L
 
I
K
 
C
S
 
H
T
 
V
P
 
P
F
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
M
V
 
H
L
 
Y
V
 
M
A
 
D
K
 
N
A
 
Q
T
 
S
S
 
R
E
 
A
L
 
V
Y
 
L
E
 
I
K
 
G
H
 
E
N
 
R
V
 
I
M
 
F
N
 
N
I
 
E
T
 
T
E
 
E
L
 
L
H
 
A
A
 
C
R
 
R
H
 
L
E
 
E
I
 
V
R
 
E
L
 
L
E
 
E
N
 
K
Y
 
Y
I
 
T
M
 
M
K
 
K
V
 
V
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
R
V
 
V
M
 
L
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
A
L
 
I
N
 
N
H
 
H
V
 
I
I
 
V
P
 
P
T
 
I
A
 
A
I
 
V
Q
 
S
Y
 
Y
Q
 
Q
T
 
N
K
 
R
L
 
L
I
 
L
E
 
E
N
 
N
A
 
L
N
 
C
G
 
R
L
 
M
K
 
K
S
 
E
L
 
I
G
 
F
L
 
S
D
 
E
S
 
E
K
 
E
A
 
Y
A
 
E
I
 
V
-
 
M
-
 
S
-
 
A
-
 
D
-
 
R
-
 
K
D
 
E
T
 
L
I
 
I
N
 
K
E
 
E
I
 
I
S
 
S
K
 
H
H
 
R
I
 
V
E
 
S
A
 
A
I
 
I
K
 
K
E
 
V
N
 
L
V
 
V
S
 
R
A
 
D
M
 
M
I
 
T
D
 
E
A
 
A
R
 
R
R
 
K
R
 
V
L
 
A
N
 
N
K
 
H
E
 
K
E
 
E
D
 
N
I
 
F
A
 
K
K
 
E
R
 
K
A
 
A
K
 
F
G
 
A
Y
 
Y
S
 
E
T
 
E
D
 
T
V
 
V
K
 
R
D
 
-
A
 
P
F
 
Y
F
 
L
E
 
E
K
 
S
I
 
I
R
 
R
Y
 
D
S
 
H
V
 
I
D
 
D
K
 
H
L
 
L
E
 
E
L
 
M
F
 
E
V
 
I
D
 
D
D
 
D
E
 
E
F
 
I
W
 
W
P
 
P
L
 
L
V
 
P
K
 
K
Y
 
Y
R
 
R
E
 
E
M
 
L
L
 
L
F
 
F

7tenA Glutamine synthetase (see paper)
30% identity, 17% coverage: 259:380/711 of query aligns to 172:293/442 of 7tenA

query
sites
7tenA
I
 
L
E
 
E
A
 
L
L
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
E
V
 
I
S
x
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
V
 
I
A
x
D
P
x
F
V
x
K
F
x
Y
E
 
E
E
 
D
I
 
A
N
 
I
K
 
T
A
 
A
T
 
C
D
 
D
H
 
S
N
 
I
Q
 
Q
L
 
T
L
 
F
M
 
K
D
 
L
L
 
V
M
 
V
D
 
K
K
 
T
V
 
I
A
 
A
D
 
R
Q
 
K
H
 
H
H
 
G
L
 
L
K
 
H
V
 
A
L
 
T
F
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
L
 
V
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
N
 
F
N
|
N
W
 
M
S
|
S
L
 
L
I
 
F
T
 
N
D
 
E
T
 
K
G
 
G
V
 
N
N
 
A
L
 
F
F
 
F
Q
 
D
P
 
E
S
 
S
N
 
G
S
 
E
A
 
L
R
 
E
E
 
L
N
 
S
L
 
Q
Q
 
T
F
 
A
L
 
Y
T
 
H
F
 
F
L
 
L
V
 
A
A
 
G
T
 
M
V
 
L
K
 
K
A
 
H
V
 
A
H
 
R
D
 
G
H
 
Y
A
 
T
D
 
A
I
 
V
L
 
T
R
 
N
A
 
P
S
 
T
I
 
I
A
 
N
S
 
S

Sites not aligning to the query:

7tf9S L. Monocytogenes gs(14)-q-glnr peptide (see paper)
30% identity, 17% coverage: 259:380/711 of query aligns to 173:294/443 of 7tf9S

query
sites
7tf9S
I
 
L
E
 
E
A
 
L
L
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
E
V
 
I
S
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
V
 
I
A
 
D
P
 
F
V
 
K
F
 
Y
E
 
E
E
 
D
I
 
A
N
 
I
K
 
T
A
 
A
T
 
C
D
 
D
H
 
S
N
 
I
Q
 
Q
L
 
T
L
 
F
M
 
K
D
 
L
L
 
V
M
 
V
D
 
K
K
 
T
V
 
I
A
 
A
D
 
R
Q
 
K
H
 
H
H
 
G
L
 
L
K
 
H
V
 
A
L
 
T
F
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
L
 
V
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
 
M
H
|
H
N
 
F
N
 
N
W
 
M
S
 
S
L
 
L
I
 
F
T
 
N
D
 
E
T
 
K
G
 
G
V
 
N
N
 
A
L
 
F
F
 
F
Q
 
D
P
 
E
S
 
S
N
 
G
S
 
E
A
 
L
R
 
E
E
 
L
N
 
S
L
 
Q
Q
 
T
F
 
A
L
 
Y
T
 
H
F
 
F
L
 
L
V
 
A
A
 
G
T
 
M
V
 
L
K
 
K
A
 
H
V
 
A
H
 
R
D
 
G
H
 
Y
A
 
T
D
 
A
I
 
V
L
 
T
R
 
N
A
 
P
S
 
T
I
 
I
A
 
N
S
 
S

Sites not aligning to the query:

8oooA Glutamine synthetase from methanothermococcus thermolithotrophicus in complex with 2-oxoglutarate and mgatp at 2.15 a resolution (see paper)
38% identity, 15% coverage: 230:335/711 of query aligns to 147:254/447 of 8oooA

query
sites
8oooA
H
 
H
N
 
N
P
 
P
A
 
H
R
 
K
G
 
Y
Q
 
I
Q
 
P
L
 
A
D
 
D
D
 
D
H
 
G
-
 
G
Y
 
Y
F
 
F
G
 
D
S
 
L
I
 
E
P
 
P
G
 
M
R
 
D
V
 
E
K
 
A
A
x
P
F
 
D
M
 
I
K
x
R
H
x
R
F
 
D
E
 
I
I
 
V
E
 
F
A
 
A
L
 
L
K
 
E
-
 
N
L
 
L
G
 
G
I
 
F
P
 
H
V
 
V
S
x
E
T
 
A
R
x
S
H
 
H
N
 
H
E
 
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
 
E
V
 
V
A
 
D
P
x
F
V
x
K
F
|
F
E
 
D
E
 
D
I
 
A
N
 
L
K
 
K
A
 
T
T
 
A
D
 
D
H
 
S
N
 
V
Q
 
I
L
 
T
L
 
F
M
 
K
D
 
T
L
 
T
M
 
I
D
 
K
K
 
T
V
 
I
A
 
A
D
 
E
Q
 
Q
H
 
H
H
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
A
L
 
T
F
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
F
A
 
F
G
 
G
L
 
M
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
 
H
N
 
C
N
x
H
W
 
Q
S
|
S
L
 
I

Sites not aligning to the query:

8ooqB Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus (see paper)
38% identity, 15% coverage: 230:335/711 of query aligns to 146:253/446 of 8ooqB

query
sites
8ooqB
H
 
H
N
 
N
P
 
P
A
 
H
R
 
K
G
 
Y
Q
 
I
Q
 
P
L
 
A
D
 
D
D
 
D
H
 
G
-
 
G
Y
 
Y
F
 
F
G
 
D
S
 
L
I
 
E
P
 
P
G
 
M
R
 
D
V
 
E
K
 
A
A
x
P
F
 
D
M
 
I
K
x
R
H
x
R
F
 
D
E
 
I
I
 
V
E
 
F
A
 
A
L
 
L
K
 
E
-
 
N
L
 
L
G
 
G
I
 
F
P
 
H
V
 
V
S
 
E
T
 
A
R
x
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
D
P
 
F
V
 
K
F
 
F
E
 
D
E
 
D
I
 
A
N
 
L
K
 
K
A
 
T
T
 
A
D
 
D
H
 
S
N
 
V
Q
 
I
L
 
T
L
 
F
M
 
K
D
 
T
L
 
T
M
 
I
D
 
K
K
 
T
V
 
I
A
 
A
D
 
E
Q
 
Q
H
 
H
H
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
A
L
 
T
F
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
F
A
 
F
G
 
G
L
 
M
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
 
H
N
 
C
N
 
H
W
 
Q
S
 
S
L
 
I

Sites not aligning to the query:

7tdpA Structure of paenibacillus polymyxa gs bound to met-sox-p-adp (transition state complex) to 1.98 angstom (see paper)
39% identity, 11% coverage: 263:338/711 of query aligns to 173:248/439 of 7tdpA

query
sites
7tdpA
K
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
E
V
 
I
S
x
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
V
 
I
A
x
D
P
 
F
V
 
K
F
x
Y
E
 
A
E
 
D
I
 
A
N
 
V
K
 
K
A
 
A
T
 
A
D
 
D
H
 
Q
N
 
I
Q
 
Q
L
 
T
L
 
F
M
 
K
D
 
L
L
 
V
M
 
V
D
 
K
K
 
T
V
 
I
A
 
A
D
 
R
Q
 
Q
H
 
H
H
 
G
L
 
L
K
 
H
V
 
A
L
 
T
F
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
L
 
V
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
N
 
C
N
|
N
W
 
Q
S
|
S
L
 
L
I
 
F
T
 
K
D
 
D

Sites not aligning to the query:

7tfaB Glutamine synthetase (see paper)
39% identity, 11% coverage: 263:338/711 of query aligns to 175:250/441 of 7tfaB

query
sites
7tfaB
K
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
E
V
 
I
S
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
|
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
V
 
I
A
 
D
P
 
F
V
 
K
F
 
Y
E
 
A
E
 
D
I
 
A
N
 
V
K
 
K
A
 
A
T
 
A
D
 
D
H
 
Q
N
 
I
Q
 
Q
L
 
T
L
 
F
M
 
K
D
 
L
L
 
V
M
 
V
D
 
K
K
 
T
V
 
I
A
 
A
D
 
R
Q
 
Q
H
 
H
H
 
G
L
 
L
K
 
H
V
 
A
L
 
T
F
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
L
 
V
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
N
 
C
N
 
N
W
 
Q
S
 
S
L
 
L
I
 
F
T
 
K
D
 
D

Sites not aligning to the query:

P12425 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I alpha; GSI alpha; EC 6.3.1.2 from Bacillus subtilis (strain 168) (see 5 papers)
35% identity, 13% coverage: 259:349/711 of query aligns to 174:263/444 of P12425

query
sites
P12425
I
 
L
E
 
E
A
 
L
L
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
E
V
 
I
S
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
|
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
V
 
I
A
 
D
P
 
F
V
 
K
F
 
Y
E
 
A
E
 
G
I
 
A
N
 
V
K
 
R
A
 
S
T
 
C
D
 
D
H
 
D
N
 
I
Q
 
Q
L
 
T
L
 
F
M
 
K
D
 
L
L
 
V
M
 
V
D
 
K
K
 
T
V
 
I
A
 
A
D
 
R
Q
 
K
H
 
H
H
 
G
L
 
L
K
 
H
V
 
A
L
 
T
F
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
L
 
V
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
N
 
C
N
 
N
W
 
L
S
 
S
L
 
L
I
 
F
T
 
K
D
 
N
T
 
-
G
 
G
V
 
V
N
 
N
L
 
A
F
 
F
Q
 
F
P
 
D
S
 
E
N
 
N
S
 
A

Sites not aligning to the query:

4lnkA B. Subtilis glutamine synthetase structures reveal large active site conformational changes and basis for isoenzyme specific regulation: structure of gs-glutamate-amppcp complex (see paper)
35% identity, 13% coverage: 259:349/711 of query aligns to 173:262/443 of 4lnkA

query
sites
4lnkA
I
 
L
E
 
E
A
 
L
L
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
E
V
 
I
S
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
|
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
V
 
I
A
 
D
P
x
F
V
 
K
F
x
Y
E
 
A
E
 
G
I
 
A
N
 
V
K
 
R
A
 
S
T
 
C
D
 
D
H
 
D
N
 
I
Q
 
Q
L
 
T
L
 
F
M
 
K
D
 
L
L
 
V
M
 
V
D
 
K
K
 
T
V
 
I
A
 
A
D
 
R
Q
 
K
H
 
H
H
 
G
L
 
L
K
 
H
V
 
A
L
 
T
F
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
L
 
V
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
 
M
H
|
H
N
 
C
N
|
N
W
 
L
S
|
S
L
 
L
I
 
F
T
 
K
D
 
N
T
 
-
G
 
G
V
 
V
N
 
N
L
 
A
F
 
F
Q
 
F
P
 
D
S
 
E
N
 
N
S
 
A

Sites not aligning to the query:

4lniA B. Subtilis glutamine synthetase structures reveal large active site conformational changes and basis for isoenzyme specific regulation: structure of the transition state complex (see paper)
35% identity, 13% coverage: 259:349/711 of query aligns to 173:262/443 of 4lniA

query
sites
4lniA
I
 
L
E
 
E
A
 
L
L
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
E
V
 
I
S
x
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
V
 
I
A
x
D
P
 
F
V
 
K
F
x
Y
E
 
A
E
 
G
I
 
A
N
 
V
K
 
R
A
 
S
T
 
C
D
 
D
H
 
D
N
 
I
Q
 
Q
L
 
T
L
 
F
M
 
K
D
 
L
L
 
V
M
 
V
D
 
K
K
 
T
V
 
I
A
 
A
D
 
R
Q
 
K
H
 
H
H
 
G
L
 
L
K
 
H
V
 
A
L
 
T
F
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
L
 
V
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
N
 
C
N
|
N
W
 
L
S
|
S
L
 
L
I
 
F
T
 
K
D
 
N
T
 
-
G
 
G
V
 
V
N
 
N
L
 
A
F
 
F
Q
 
F
P
 
D
S
 
E
N
 
N
S
 
A

Sites not aligning to the query:

4s0rD Structure of gs-tnra complex (see paper)
35% identity, 13% coverage: 259:349/711 of query aligns to 177:266/447 of 4s0rD

query
sites
4s0rD
I
 
L
E
 
E
A
 
L
L
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
E
V
 
I
S
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
V
 
I
A
 
D
P
 
F
V
 
K
F
 
Y
E
 
A
E
 
G
I
 
A
N
 
V
K
 
R
A
 
S
T
 
C
D
 
D
H
 
D
N
 
I
Q
 
Q
L
 
T
L
 
F
M
 
K
D
 
L
L
 
V
M
 
V
D
 
K
K
 
T
V
 
I
A
 
A
D
 
R
Q
 
K
H
 
H
H
 
G
L
 
L
K
 
H
V
 
A
L
 
T
F
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
|
G
L
x
V
N
|
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
N
 
C
N
 
N
W
 
L
S
 
S
L
 
L
I
 
F
T
 
K
D
 
N
T
 
-
G
 
G
V
 
V
N
 
N
L
 
A
F
 
F
Q
 
F
P
 
D
S
 
E
N
 
N
S
 
A

Sites not aligning to the query:

7tdvC Glutamine synthetase (see paper)
34% identity, 13% coverage: 259:347/711 of query aligns to 173:261/443 of 7tdvC

query
sites
7tdvC
I
 
L
E
 
E
A
 
L
L
 
E
K
 
D
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
D
V
 
I
S
x
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
V
 
I
A
x
D
P
x
F
V
x
K
F
x
Y
E
 
A
E
 
D
I
 
A
N
 
V
K
 
T
A
 
A
T
 
C
D
 
D
H
 
N
N
 
I
Q
 
Q
L
 
T
L
 
F
M
 
K
D
 
L
L
 
V
M
 
V
D
 
K
K
 
T
V
 
I
A
 
A
D
 
R
Q
 
K
H
 
H
H
 
N
L
 
L
K
 
H
V
 
A
L
 
T
F
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
L
 
V
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
N
 
F
N
|
N
W
x
V
S
|
S
L
 
L
I
 
F
T
 
K
D
 
G
T
 
K
G
 
E
V
 
N
N
 
A
L
 
F
F
 
F
Q
 
D
P
 
P
S
 
N

Sites not aligning to the query:

7tf6A Glutamine synthetase (see paper)
34% identity, 13% coverage: 259:347/711 of query aligns to 168:256/438 of 7tf6A

query
sites
7tf6A
I
 
L
E
 
E
A
 
L
L
 
E
K
 
D
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
D
V
 
I
S
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
V
 
I
A
 
D
P
 
F
V
 
K
F
 
Y
E
 
A
E
 
D
I
 
A
N
 
V
K
 
T
A
 
A
T
 
C
D
 
D
H
 
N
N
 
I
Q
 
Q
L
 
T
L
 
F
M
 
K
D
 
L
L
 
V
M
 
V
D
 
K
K
 
T
V
 
I
A
 
A
D
 
R
Q
 
K
H
 
H
H
 
N
L
 
L
K
 
H
V
 
A
L
 
T
F
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
|
G
L
 
V
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
N
 
F
N
 
N
W
 
V
S
 
S
L
 
L
I
 
F
T
 
K
D
 
G
T
 
K
G
 
E
V
 
N
N
 
A
L
 
F
F
 
F
Q
 
D
P
 
P
S
 
N

Sites not aligning to the query:

P0A9C5 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
33% identity, 18% coverage: 263:393/711 of query aligns to 202:330/469 of P0A9C5

query
sites
P0A9C5
K
 
Q
L
 
M
G
 
G
I
 
L
P
 
V
V
 
V
S
 
E
T
 
A
R
 
H
H
 
H
N
 
H
E
 
E
V
 
V
A
 
A
-
 
T
P
 
A
G
 
G
Q
 
Q
F
 
N
E
 
E
V
 
V
A
 
A
P
 
T
V
 
R
F
 
F
E
 
N
E
 
T
I
 
M
N
 
T
K
 
K
A
 
K
T
 
A
D
 
D
H
 
E
N
 
I
Q
 
Q
L
 
I
L
 
Y
M
 
K
D
 
Y
L
 
V
M
 
V
D
 
H
K
 
N
V
 
V
A
 
A
D
 
H
Q
 
R
H
 
F
H
 
G
L
 
K
K
 
T
V
 
A
L
 
T
F
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
M
A
 
F
G
 
G
L
 
D
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
 
H
N
 
C
N
 
H
W
 
M
S
 
S
L
 
L
I
 
-
T
 
S
D
 
K
T
 
N
G
 
G
V
 
V
N
 
N
L
 
L
F
 
F
Q
 
A
P
 
G
S
 
D
N
 
K
S
 
Y
A
 
A
R
 
G
E
 
L
N
 
S
L
 
E
Q
 
Q
F
 
A
L
 
L
T
 
Y
F
 
Y
L
 
I
V
 
G
A
 
G
T
 
V
V
 
I
K
 
K
A
 
-
V
 
-
H
 
-
D
 
-
H
 
H
A
 
A
D
 
K
I
 
A
L
 
I
R
 
N
A
 
A
S
 
L
I
 
A
A
 
N
S
 
P
A
 
T
G
 
T
N
 
N
D
 
S
F
 
Y
R
 
K
-
 
R
-
 
L
L
 
V
G
 
P
A
 
G
N
 
Y
E
 
E
A
 
A
P
 
P

Sites not aligning to the query:

2lgsA Feedback inhibition of fully unadenylylated glutamine synthetase from salmonella typhimurium by glycine, alanine, and serine (see paper)
31% identity, 19% coverage: 263:398/711 of query aligns to 195:323/445 of 2lgsA

query
sites
2lgsA
K
 
Q
L
 
M
G
 
G
I
 
L
P
 
V
V
 
V
S
 
E
T
 
A
R
 
H
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
-
 
T
P
 
A
G
 
G
Q
 
Q
F
 
N
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
T
V
 
R
F
 
F
E
 
N
E
 
T
I
 
M
N
 
T
K
 
K
A
 
K
T
 
A
D
 
D
H
 
E
N
 
I
Q
 
Q
L
 
I
L
 
Y
M
 
K
D
 
Y
L
 
V
M
 
V
D
 
H
K
 
N
V
 
V
A
 
A
D
 
H
Q
 
R
H
 
F
H
 
G
L
 
K
K
 
T
V
 
A
L
 
T
F
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
M
A
 
F
G
 
G
L
 
D
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
 
M
H
|
H
N
 
C
N
 
H
W
 
M
S
 
S
L
 
L
I
 
A
T
 
K
D
 
N
T
 
-
G
 
G
V
 
T
N
 
N
L
 
L
F
 
F
Q
 
S
P
 
G
S
 
D
N
 
K
S
 
Y
A
 
A
R
 
G
E
 
L
N
 
S
L
 
E
Q
 
Q
F
 
A
L
 
L
T
 
Y
F
 
Y
L
 
I
V
 
G
A
 
G
T
 
V
V
 
I
K
 
K
A
 
-
V
 
-
H
 
-
D
 
-
H
 
H
A
 
A
D
 
K
I
 
A
L
 
I
R
 
N
A
 
A
S
 
L
I
 
A
A
 
N
S
 
P
A
 
T
G
 
T
N
 
N
D
 
S
F
 
Y
R
 
K
L
 
-
G
 
-
A
 
-
N
x
R
E
 
L
A
 
V
P
 
P
P
 
P
A
 
V
I
 
M
I
 
L
S
 
A

Sites not aligning to the query:

1lgrA Interactions of nucleotides with fully unadenylylated glutamine synthetase from salmonella typhimurium (see paper)
31% identity, 19% coverage: 263:398/711 of query aligns to 195:323/445 of 1lgrA

query
sites
1lgrA
K
 
Q
L
 
M
G
 
G
I
 
L
P
 
V
V
 
V
S
x
E
T
 
A
R
 
H
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
-
 
T
P
 
A
G
 
G
Q
 
Q
F
 
N
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
x
T
V
 
R
F
|
F
E
 
N
E
 
T
I
 
M
N
 
T
K
 
K
A
 
K
T
 
A
D
 
D
H
 
E
N
 
I
Q
 
Q
L
 
I
L
 
Y
M
 
K
D
 
Y
L
 
V
M
 
V
D
 
H
K
 
N
V
 
V
A
 
A
D
 
H
Q
 
R
H
 
F
H
 
G
L
 
K
K
 
T
V
 
A
L
 
T
F
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
M
A
 
F
G
 
G
L
 
D
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
N
 
C
N
x
H
W
 
M
S
|
S
L
 
L
I
 
A
T
 
K
D
 
N
T
 
-
G
 
G
V
 
T
N
 
N
L
 
L
F
 
F
Q
 
S
P
 
G
S
 
D
N
 
K
S
 
Y
A
 
A
R
 
G
E
 
L
N
 
S
L
 
E
Q
 
Q
F
 
A
L
 
L
T
 
Y
F
 
Y
L
 
I
V
 
G
A
 
G
T
 
V
V
 
I
K
 
K
A
 
-
V
 
-
H
 
-
D
 
-
H
 
H
A
 
A
D
 
K
I
 
A
L
 
I
R
 
N
A
 
A
S
 
L
I
 
A
A
 
N
S
 
P
A
 
T
G
 
T
N
 
N
D
 
S
F
 
Y
R
 
K
L
 
-
G
 
-
A
 
-
N
 
R
E
 
L
A
 
V
P
 
P
P
 
P
A
 
V
I
 
M
I
 
L
S
 
A

Sites not aligning to the query:

P0A1P6 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
32% identity, 18% coverage: 263:393/711 of query aligns to 202:330/469 of P0A1P6

query
sites
P0A1P6
K
 
Q
L
 
M
G
 
G
I
 
L
P
 
V
V
 
V
S
x
E
T
 
A
R
 
H
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
-
 
T
P
 
A
G
 
G
Q
 
Q
F
 
N
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
T
V
 
R
F
 
F
E
 
N
E
 
T
I
 
M
N
 
T
K
 
K
A
 
K
T
 
A
D
 
D
H
 
E
N
 
I
Q
 
Q
L
 
I
L
 
Y
M
 
K
D
 
Y
L
 
V
M
 
V
D
 
H
K
 
N
V
 
V
A
 
A
D
 
H
Q
 
R
H
 
F
H
 
G
L
 
K
K
 
T
V
 
A
L
 
T
F
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
M
A
 
F
G
 
G
L
 
D
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
N
 
C
N
x
H
W
x
M
S
|
S
L
 
L
I
 
A
T
 
K
D
 
N
T
 
-
G
 
G
V
 
T
N
 
N
L
 
L
F
 
F
Q
 
S
P
 
G
S
 
D
N
 
K
S
 
Y
A
 
A
R
 
G
E
 
L
N
 
S
L
 
E
Q
 
Q
F
 
A
L
 
L
T
 
Y
F
 
Y
L
 
I
V
 
G
A
 
G
T
 
V
V
 
I
K
 
K
A
 
-
V
 
-
H
 
-
D
 
-
H
 
H
A
 
A
D
 
K
I
 
A
L
 
I
R
 
N
A
 
A
S
 
L
I
 
A
A
 
N
S
 
P
A
 
T
G
 
T
N
 
N
D
 
S
F
 
Y
R
 
K
-
x
R
-
 
L
L
 
V
G
 
P
A
 
G
N
 
Y
E
 
E
A
 
A
P
 
P

Sites not aligning to the query:

1fpyA Crystal structure of glutamine synthetase from salmonella typhimurium with inhibitor phosphinothricin (see paper)
32% identity, 18% coverage: 263:393/711 of query aligns to 201:329/468 of 1fpyA

query
sites
1fpyA
K
 
Q
L
 
M
G
 
G
I
 
L
P
 
V
V
 
V
S
x
E
T
 
A
R
 
H
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
-
 
T
P
 
A
G
 
G
Q
 
Q
F
 
N
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
x
T
V
 
R
F
|
F
E
 
N
E
 
T
I
 
M
N
 
T
K
 
K
A
 
K
T
 
A
D
 
D
H
 
E
N
 
I
Q
 
Q
L
 
I
L
 
Y
M
 
K
D
 
Y
L
 
V
M
 
V
D
 
H
K
 
N
V
 
V
A
 
A
D
 
H
Q
 
R
H
 
F
H
 
G
L
 
K
K
 
T
V
 
A
L
 
T
F
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
M
A
 
F
G
 
G
L
 
D
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
N
 
C
N
x
H
W
 
M
S
|
S
L
 
L
I
 
A
T
 
K
D
 
N
T
 
-
G
 
G
V
 
T
N
 
N
L
 
L
F
 
F
Q
 
S
P
 
G
S
 
D
N
 
K
S
 
Y
A
 
A
R
 
G
E
 
L
N
 
S
L
 
E
Q
 
Q
F
 
A
L
 
L
T
 
Y
F
 
Y
L
 
I
V
 
G
A
 
G
T
 
V
V
 
I
K
 
K
A
 
-
V
 
-
H
 
-
D
 
-
H
 
H
A
 
A
D
 
K
I
 
A
L
 
I
R
 
N
A
 
A
S
 
L
I
 
A
A
 
N
S
 
P
A
 
T
G
 
T
N
 
N
D
 
S
F
 
Y
R
 
K
-
x
R
-
 
L
L
 
V
G
 
P
A
 
G
N
 
Y
E
|
E
A
 
A
P
 
P

Sites not aligning to the query:

1f1hA Crystal structure of glutamine synthetase from salmonella typhimurium with thallium ions (see paper)
32% identity, 18% coverage: 263:393/711 of query aligns to 201:329/468 of 1f1hA

query
sites
1f1hA
K
 
Q
L
 
M
G
 
G
I
 
L
P
 
V
V
 
V
S
x
E
T
 
A
R
 
H
H
|
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
-
 
T
P
 
A
G
 
G
Q
 
Q
F
 
N
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
x
T
V
 
R
F
|
F
E
 
N
E
 
T
I
 
M
N
 
T
K
 
K
A
 
K
T
 
A
D
 
D
H
 
E
N
 
I
Q
 
Q
L
 
I
L
 
Y
M
 
K
D
 
Y
L
 
V
M
 
V
D
 
H
K
 
N
V
 
V
A
 
A
D
 
H
Q
 
R
H
 
F
H
 
G
L
 
K
K
 
T
V
 
A
L
 
T
F
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
M
A
 
F
G
 
G
L
 
D
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
N
 
C
N
x
H
W
 
M
S
|
S
L
 
L
I
 
A
T
 
K
D
 
N
T
 
-
G
 
G
V
 
T
N
 
N
L
 
L
F
 
F
Q
 
S
P
 
G
S
 
D
N
 
K
S
 
Y
A
 
A
R
 
G
E
 
L
N
 
S
L
 
E
Q
 
Q
F
 
A
L
 
L
T
 
Y
F
 
Y
L
 
I
V
 
G
A
 
G
T
 
V
V
 
I
K
 
K
A
 
-
V
 
-
H
 
-
D
 
-
H
 
H
A
 
A
D
 
K
I
 
A
L
 
I
R
 
N
A
 
A
S
 
L
I
 
A
A
 
N
S
 
P
A
 
T
G
 
T
N
 
N
D
 
S
F
 
Y
R
 
K
-
 
R
-
 
L
L
 
V
G
 
P
A
 
G
N
 
Y
E
 
E
A
 
A
P
 
P

Sites not aligning to the query:

7cqwA Gmas/adp complex-conformation 1 (see paper)
32% identity, 13% coverage: 252:345/711 of query aligns to 151:250/430 of 7cqwA

query
sites
7cqwA
A
 
A
F
 
L
M
 
M
K
 
R
H
 
R
F
 
F
E
 
D
I
 
V
E
 
I
A
 
A
-
 
E
-
 
I
-
 
C
-
 
S
-
 
Y
-
 
M
L
 
V
K
 
D
L
 
L
G
 
G
I
 
W
P
 
G
V
 
P
S
x
Y
T
 
Q
R
 
N
H
 
D
N
 
H
E
 
E
V
 
D
A
 
A
P
 
N
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
E
 
E
V
 
M
A
 
N
P
 
W
V
 
D
F
x
Y
E
 
A
E
 
D
I
 
A
N
 
L
K
 
V
A
 
T
T
 
A
D
 
D
H
 
R
N
 
H
Q
 
A
L
 
F
L
 
F
M
 
K
D
 
F
L
 
M
M
 
V
D
 
K
K
 
S
V
 
V
A
 
A
D
 
E
Q
 
R
H
 
H
H
 
G
L
 
L
K
 
R
V
 
A
L
 
T
F
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
F
A
 
A
G
 
H
L
 
L
N
 
T
G
 
G
S
 
N
G
 
G
K
 
C
H
 
H
N
 
T
N
x
H
W
x
L
S
|
S
L
 
M
I
 
W
T
 
T
D
 
A
T
 
A
G
 
G
V
 
D
N
 
N
L
 
L
F
 
F
Q
 
E

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>Echvi_2357 FitnessBrowser__Cola:Echvi_2357
MMVQSRGNVPFEAPSSKISDYFGSEVFGLSKMKDALAPSVYKKVSEAIEKGSKIDTSSAE
EVATAAKAWALSKGVTHYTHWFQPLTGSTAEKHDTFFDAHAKIERFKGSALVQQEPDASS
FPNGGIRTTFEARGYTAWDPSSPMFIFENTLCIPTIFVSYTGEALDYKTPLLKSVEAVSA
AATPICQLFDRSVKKVNPSLGVEQEYFVIDKALYASRPDLVMAGRTVFGHNPARGQQLDD
HYFGSIPGRVKAFMKHFEIEALKLGIPVSTRHNEVAPGQFEVAPVFEEINKATDHNQLLM
DLMDKVADQHHLKVLFHEKPFAGLNGSGKHNNWSLITDTGVNLFQPSNSARENLQFLTFL
VATVKAVHDHADILRASIASAGNDFRLGANEAPPAIISVFLGSTLTAVLDELEKNGNIKI
EKGDNMYMKLGISKIPEIILDNTDRNRTSPFAFTGNKFEFRAVGSSSNVAGPMTALNVIA
ADTLKLMYKDIQAEIEGGKEKKIAIVNVLRKYIKESKKVRFEGDGYSEEWEKEAEKRGLS
NLKSTPFALDVLVAKATSELYEKHNVMNITELHARHEIRLENYIMKVQIESRVMGDLALN
HVIPTAIQYQTKLIENANGLKSLGLDSKAAIDTINEISKHIEAIKENVSAMIDARRRLNK
EEDIAKRAKGYSTDVKDAFFEKIRYSVDKLELFVDDEFWPLVKYREMLFLR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory