SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Echvi_3547 FitnessBrowser__Cola:Echvi_3547 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
30% identity, 88% coverage: 8:238/262 of query aligns to 1:235/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
P
 
P
V
 
I
V
 
I
E
 
R
V
 
I
H
 
R
D
 
N
L
 
L
M
 
H
V
 
K
S
 
W
Y
x
F
G
 
G
Q
 
P
N
 
L
P
 
H
V
|
V
L
 
L
W
 
K
N
 
G
I
 
I
D
 
H
L
 
L
T
 
E
L
 
V
P
 
A
A
 
P
G
 
G
A
 
E
L
 
K
I
 
L
G
 
V
I
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
K
 
R
A
 
T
I
 
I
M
 
N
G
 
R
L
 
L
V
 
E
E
 
D
A
 
F
N
 
Q
S
 
E
G
 
G
-
 
E
-
 
V
-
 
V
-
 
V
-
 
D
-
 
G
Y
 
L
S
 
S
K
 
V
L
 
K
F
 
D
D
 
D
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
N
 
R
Q
 
E
V
 
I
R
 
R
N
 
R
R
 
E
V
 
V
S
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
R
 
Q
E
 
F
S
 
N
V
 
L
D
 
-
W
 
-
D
 
-
F
 
F
P
 
P
A
 
H
S
 
-
A
 
-
L
 
M
D
 
T
I
 
V
V
 
L
M
 
E
M
 
N
G
 
V
T
 
T
Y
 
L
H
 
A
H
 
P
L
 
M
G
 
R
L
 
V
F
 
R
K
 
R
R
 
W
P
 
P
G
 
R
K
 
E
K
 
K
E
 
A
K
 
E
Q
 
K
L
 
K
A
 
A
M
 
L
D
 
E
C
 
L
L
 
L
E
 
E
K
 
R
V
 
V
N
 
G
M
 
I
K
 
L
A
 
D
F
 
Q
A
 
A
K
 
R
R
 
K
Q
 
Y
I
 
P
S
 
A
E
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
F
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
M
Q
 
E
A
 
P
D
 
K
I
 
I
Y
 
M
F
 
L
M
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
T
A
 
S
G
 
A
V
 
L
D
 
D
M
 
P
S
 
E
T
 
M
E
 
V
K
 
G
A
 
E
L
 
V
V
 
L
E
 
D
L
 
V
F
 
M
R
 
R
E
 
D
M
 
L
T
 
A
A
 
Q
G
 
G
G
 
G
K
 
M
T
 
T
V
 
M
I
 
V
V
 
V
V
 
V
H
 
T
H
 
H
D
 
E
I
 
M
Y
 
G
S
 
F
A
 
A
G
 
R
T
 
E
Y
 
V
F
 
A
D
 
D
W
 
R
L
 
V
I
 
V
M
 
F
L
 
M
N
 
D
-
 
G
M
 
G
H
 
Q
L
 
I
V
 
V
A
 
E
S
 
E
G
 
G
P
 
R
T
 
P
K
 
E
D
 
E
V
 
I
L
 
F
T
 
T
-
 
R
-
 
P
E
 
K
E
 
E
L
 
E
L
 
R
T
 
T
K
 
R
T
 
S
Y
 
F

P07821 Iron(3+)-hydroxamate import ATP-binding protein FhuC; Ferric hydroxamate uptake protein C; Ferrichrome transport ATP-binding protein FhuC; Iron(III)-hydroxamate import ATP-binding protein FhuC; EC 7.2.2.16 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
31% identity, 82% coverage: 24:239/262 of query aligns to 26:246/265 of P07821

query
sites
P07821
V
 
L
L
 
L
W
 
H
N
 
P
I
 
L
D
 
S
L
 
L
T
 
T
L
 
F
P
 
P
A
 
A
G
 
G
A
 
K
L
 
V
I
 
T
G
 
G
I
 
L
L
 
I
G
 
G
P
 
H
N
 
N
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
I
 
L
K
 
K
A
 
M
I
 
L
M
 
G
G
 
R
L
 
H
V
 
Q
E
 
P
A
 
P
N
 
S
S
 
E
G
 
G
Y
 
E
S
 
I
K
 
L
L
 
L
F
 
D
D
 
A
Q
 
Q
A
 
P
L
 
L
N
 
E
Q
 
S
-
 
W
-
 
S
-
 
S
-
 
K
-
 
A
V
 
F
R
 
A
N
 
R
R
 
K
V
 
V
S
 
A
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
R
 
Q
E
 
L
S
 
P
V
 
-
D
 
-
W
 
-
D
 
-
F
 
-
P
 
P
A
 
A
S
 
E
A
 
G
L
 
M
-
 
T
-
 
V
-
 
R
D
 
E
I
 
L
V
 
V
M
 
A
M
 
I
G
 
G
T
 
R
Y
 
Y
H
 
P
H
 
W
L
 
H
G
 
G
L
 
A
F
 
L
K
 
G
R
 
R
P
 
F
G
 
G
K
 
A
K
 
A
E
 
D
K
 
R
Q
 
E
L
 
K
A
 
V
M
 
E
D
 
E
C
 
A
L
 
I
E
 
S
K
 
L
V
 
V
N
 
G
M
 
L
K
 
K
A
 
P
F
 
L
A
 
A
K
 
H
R
 
R
Q
 
L
I
 
V
S
 
D
E
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
A
F
 
W
I
 
I
A
 
A
R
 
M
A
 
L
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
D
A
 
S
D
 
R
I
 
C
Y
 
L
F
 
L
M
 
L
D
|
D
E
|
E
P
 
P
F
 
T
A
 
S
G
 
A
V
 
L
D
 
D
M
 
I
S
 
A
T
 
H
E
 
Q
K
 
V
A
 
D
L
 
V
V
 
L
E
 
S
L
 
L
F
 
V
R
 
H
E
 
R
M
 
L
T
 
S
-
 
Q
A
 
E
G
 
R
G
 
G
K
 
L
T
 
T
V
 
V
I
 
I
V
 
A
V
 
V
H
 
L
H
 
H
D
 
D
I
 
I
Y
 
N
S
 
M
A
 
A
G
 
A
T
 
R
Y
 
Y
F
 
C
D
 
D
W
 
Y
L
 
L
I
 
V
M
 
A
L
 
L
N
 
R
-
 
G
M
 
G
H
 
E
L
 
M
V
 
I
A
 
A
S
 
Q
G
 
G
P
 
T
T
 
P
K
 
A
D
 
E
V
 
I
L
 
M
T
 
R
E
 
G
E
 
E
L
 
T
L
 
L
T
 
E
K
 
M
T
 
I
Y
 
Y
G
 
G

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
28% identity, 89% coverage: 9:241/262 of query aligns to 2:236/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
V
 
I
V
 
L
E
 
K
V
 
A
H
 
Q
D
 
H
L
 
L
M
 
A
V
 
K
S
 
S
Y
 
Y
G
 
K
Q
 
K
N
 
R
P
 
K
V
 
V
L
 
V
W
 
S
N
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
T
 
Q
L
 
V
P
 
E
A
 
S
G
 
G
A
 
Q
L
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
S
I
 
F
K
 
Y
A
 
M
I
 
I
M
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
V
E
 
A
A
 
R
N
 
D
S
 
E
G
 
G
Y
 
T
S
 
I
K
 
T
L
 
I
F
 
D
D
 
D
Q
 
N
A
 
D
L
 
I
N
 
S
-
 
I
-
 
L
-
 
P
-
 
M
Q
 
H
V
 
S
R
 
R
N
 
S
R
 
R
-
 
M
-
 
G
V
 
I
S
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
R
 
E
E
 
A
S
 
S
V
 
I
D
 
F
W
 
R
D
 
K
F
 
L
P
 
S
A
 
V
S
 
E
A
 
D
L
 
N
D
 
I
I
 
M
V
 
A
M
 
V
M
 
L
G
 
Q
T
 
T
Y
 
R
H
 
E
H
 
E
L
 
L
G
 
T
L
 
H
F
x
E
K
 
E
R
 
R
P
 
Q
G
x
D
K
 
K
K
 
L
E
 
E
K
 
-
Q
 
-
L
 
-
A
 
-
M
 
-
D
 
D
C
 
L
L
 
L
E
 
E
K
 
E
V
 
F
N
 
H
M
 
I
K
 
Q
A
 
H
F
 
I
A
 
R
K
 
K
R
 
S
Q
 
A
I
 
G
S
 
M
E
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
F
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
Q
 
N
A
 
P
D
 
Q
I
 
F
Y
 
I
F
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
F
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
M
 
P
S
 
I
T
 
S
E
 
V
K
 
I
A
 
D
L
 
I
V
 
K
E
 
K
L
 
I
F
 
I
R
 
E
E
 
H
M
 
L
T
 
R
A
 
D
G
 
R
G
 
G
K
 
L
T
 
G
V
 
V
I
 
L
V
 
I
V
 
T
H
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
Y
 
R
S
 
E
A
 
T
G
 
L
T
 
D
Y
 
V
F
 
C
D
 
E
W
 
K
L
 
A
I
 
Y
M
 
I
L
 
V
N
 
S
M
 
Q
-
 
G
H
 
R
L
 
L
V
 
I
A
 
A
S
 
E
G
 
G
P
 
T
T
 
P
K
 
Q
D
 
D
V
 
V
L
 
L
T
 
N
E
 
N
E
 
E
L
 
Q
L
 
V
T
 
K
K
 
Q
T
 
V
Y
 
Y
G
 
L
G
 
G
K
 
E

P55339 ABC-type transporter ATP-binding protein EcsA from Bacillus subtilis (strain 168) (see paper)
30% identity, 95% coverage: 9:256/262 of query aligns to 3:243/247 of P55339

query
sites
P55339
V
 
L
V
 
L
E
 
S
V
 
V
H
 
K
D
 
D
L
 
L
M
 
T
V
 
G
S
 
G
Y
 
Y
G
 
T
Q
 
R
N
 
N
P
 
P
V
 
V
L
 
L
W
 
K
N
 
N
I
 
V
D
 
S
L
 
F
T
 
T
L
 
L
P
 
E
A
 
P
G
 
N
A
 
Q
L
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
L
L
 
I
G
 
G
P
 
L
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
T
I
 
I
K
 
R
A
 
H
I
 
I
M
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
M
E
 
D
A
 
P
N
 
H
S
 
K
G
 
G
Y
 
S
-
 
I
-
 
E
-
 
L
-
 
N
S
 
G
K
 
K
L
 
T
F
 
F
D
 
A
Q
 
E
A
 
D
L
 
P
N
 
E
Q
 
G
V
 
Y
R
 
R
N
 
S
R
 
Q
V
 
F
S
 
T
Y
 
Y
V
 
I
P
 
P
Q
 
E
R
 
T
E
 
P
S
 
V
V
 
L
D
 
Y
W
 
E
D
 
E
F
 
L
P
 
T
-
 
L
A
 
M
S
 
E
A
 
H
L
 
L
D
 
E
I
 
L
V
 
T
M
 
A
M
 
M
G
 
A
T
 
-
Y
 
-
H
 
-
H
 
-
L
 
Y
G
 
G
L
 
L
F
 
S
K
 
K
R
 
E
P
 
-
G
 
-
K
 
T
K
 
M
E
 
E
K
 
K
Q
 
R
L
 
L
A
 
P
M
 
-
D
 
P
C
 
L
L
 
L
E
 
K
K
 
E
V
 
F
N
 
R
M
 
M
K
 
E
A
 
K
F
 
R
A
 
L
K
 
K
R
 
W
Q
 
F
I
 
P
S
 
A
E
 
H
L
 
F
S
 
S
G
 
K
G
 
G
Q
 
M
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
K
V
 
V
F
 
M
I
 
I
A
 
M
R
 
C
A
 
A
L
 
F
A
 
L
Q
 
A
Q
 
E
A
 
P
D
 
A
I
 
L
Y
 
Y
F
 
I
M
 
I
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
F
A
 
L
G
|
G
V
 
L
D
 
D
M
 
P
S
 
L
T
 
A
E
 
I
K
 
N
A
 
A
L
 
L
V
 
L
E
 
E
L
 
R
F
 
M
R
 
N
E
 
E
M
 
A
T
 
K
A
 
K
G
 
G
G
 
G
K
 
A
T
 
S
V
 
V
I
 
L
V
 
M
V
 
S
H
 
T
H
 
H
D
 
I
I
 
L
Y
 
A
S
 
T
A
 
A
G
 
E
T
 
R
Y
 
Y
F
 
C
D
 
D
W
 
S
L
 
F
I
 
I
M
 
I
L
 
L
N
 
H
M
 
N
H
 
G
L
 
E
V
 
V
A
 
R
S
 
A
G
 
R
P
 
G
T
 
T
K
 
L
D
 
S
V
 
E
L
 
L
T
 
R
E
 
E
E
 
Q
L
 
-
L
 
-
T
 
-
K
 
-
T
 
-
Y
 
F
G
 
G
G
 
M
K
 
K
L
 
D
S
 
A
T
 
A
L
 
L
T
 
D
D
 
D
I
 
L
G
 
Y
E
 
L
V
 
E
I
 
L
K
 
T
K
 
K
S
 
E
D
 
D

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
29% identity, 88% coverage: 9:238/262 of query aligns to 3:242/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
V
 
M
V
 
I
E
 
D
V
 
V
H
 
H
D
 
Q
L
 
L
M
 
K
V
 
K
S
 
S
Y
x
F
G
 
G
Q
 
S
N
 
L
P
 
E
V
|
V
L
 
L
W
 
K
N
 
G
I
 
I
D
 
N
L
 
V
T
 
H
L
 
I
P
 
R
A
 
E
G
 
G
A
 
E
L
 
V
I
 
V
G
 
V
I
 
V
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
I
 
L
K
 
R
A
 
C
I
 
L
M
 
N
G
 
L
L
 
L
V
 
E
E
 
D
A
 
F
N
 
D
S
 
E
G
 
G
Y
 
E
S
 
I
-
 
I
-
 
I
-
 
D
-
 
G
-
 
I
-
 
N
-
 
L
K
 
K
L
 
A
F
 
K
D
 
D
Q
 
T
A
 
N
L
 
L
N
 
N
Q
 
K
V
 
V
R
 
R
N
 
E
R
 
E
V
 
V
S
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
R
 
R
E
 
F
S
 
N
V
 
L
D
 
-
W
 
-
D
 
-
F
 
F
P
 
P
A
 
H
S
 
-
A
 
-
L
 
M
D
 
T
I
 
V
V
 
L
M
 
N
M
 
N
G
 
I
T
 
T
Y
 
L
H
 
A
H
 
P
L
 
M
G
 
K
L
 
V
F
 
R
K
 
K
R
 
W
P
 
P
G
 
R
K
 
E
K
 
K
E
 
A
K
 
E
Q
 
A
L
 
K
A
 
A
M
 
M
D
 
E
C
 
L
L
 
L
E
 
D
K
 
K
V
 
V
N
 
G
M
 
L
K
 
K
A
 
D
F
 
K
A
 
A
K
 
H
R
 
A
Q
 
Y
I
 
P
S
 
D
E
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
F
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
M
Q
 
E
A
 
P
D
 
K
I
 
I
Y
 
M
F
 
L
M
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
T
A
 
S
G
 
A
V
 
L
D
 
D
M
 
P
S
 
E
T
 
M
E
 
V
K
 
G
A
 
E
L
 
V
V
 
L
E
 
S
L
 
V
F
 
M
R
 
K
E
 
Q
M
 
L
T
 
A
A
 
N
G
 
E
G
 
G
K
 
M
T
 
T
V
 
M
I
 
V
V
 
V
V
 
V
H
 
T
H
 
H
D
 
E
I
 
M
Y
 
G
S
 
F
A
 
A
G
 
R
T
 
E
Y
 
V
F
 
G
D
 
D
W
 
R
L
 
V
I
 
L
M
 
F
L
 
M
N
 
D
-
 
G
M
 
G
H
 
Y
L
 
I
V
 
I
A
 
E
S
 
E
G
 
G
P
 
K
T
 
P
K
 
E
D
 
D
V
 
L
L
 
F
-
 
D
-
 
R
-
 
P
-
 
Q
-
 
H
-
 
E
-
 
R
T
 
T
E
 
K
E
 
A
L
 
F
L
 
L
T
 
S
K
 
K
T
 
V
Y
 
F

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
29% identity, 88% coverage: 9:238/262 of query aligns to 3:242/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
V
 
M
V
 
I
E
 
D
V
 
V
H
 
H
D
 
Q
L
 
L
M
 
K
V
 
K
S
 
S
Y
x
F
G
 
G
Q
 
S
N
 
L
P
 
E
V
|
V
L
 
L
W
 
K
N
 
G
I
 
I
D
 
N
L
 
V
T
 
H
L
 
I
P
 
R
A
 
E
G
 
G
A
 
E
L
 
V
I
 
V
G
 
V
I
 
V
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
I
 
L
K
 
R
A
 
C
I
 
L
M
 
N
G
 
L
L
 
L
V
 
E
E
 
D
A
 
F
N
 
D
S
 
E
G
 
G
Y
 
E
S
 
I
-
 
I
-
 
I
-
 
D
-
 
G
-
 
I
-
 
N
-
 
L
K
 
K
L
 
A
F
 
K
D
 
D
Q
 
T
A
 
N
L
 
L
N
 
N
Q
 
K
V
 
V
R
 
R
N
 
E
R
 
E
V
 
V
S
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
R
 
R
E
 
F
S
 
N
V
 
L
D
 
-
W
 
-
D
 
-
F
 
F
P
 
P
A
 
H
S
 
-
A
 
-
L
 
M
D
 
T
I
 
V
V
 
L
M
 
N
M
 
N
G
 
I
T
 
T
Y
 
L
H
 
A
H
 
P
L
 
M
G
 
K
L
 
V
F
 
R
K
 
K
R
 
W
P
 
P
G
 
R
K
 
E
K
 
K
E
 
A
K
 
E
Q
 
A
L
 
K
A
 
A
M
 
M
D
 
E
C
 
L
L
 
L
E
 
D
K
 
K
V
 
V
N
 
G
M
 
L
K
 
K
A
 
D
F
 
K
A
 
A
K
 
H
R
 
A
Q
 
Y
I
 
P
S
 
D
E
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
F
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
M
Q
 
E
A
 
P
D
 
K
I
 
I
Y
 
M
F
 
L
M
 
F
D
|
D
E
 
E
P
 
P
F
 
T
A
 
S
G
 
A
V
 
L
D
 
D
M
 
P
S
 
E
T
 
M
E
 
V
K
 
G
A
 
E
L
 
V
V
 
L
E
 
S
L
 
V
F
 
M
R
 
K
E
 
Q
M
 
L
T
 
A
A
 
N
G
 
E
G
 
G
K
 
M
T
 
T
V
 
M
I
 
V
V
 
V
V
 
V
H
 
T
H
 
H
D
 
E
I
 
M
Y
 
G
S
 
F
A
 
A
G
 
R
T
 
E
Y
 
V
F
 
G
D
 
D
W
 
R
L
 
V
I
 
L
M
 
F
L
 
M
N
 
D
-
 
G
M
 
G
H
 
Y
L
 
I
V
 
I
A
 
E
S
 
E
G
 
G
P
 
K
T
 
P
K
 
E
D
 
D
V
 
L
L
 
F
-
 
D
-
 
R
-
 
P
-
 
Q
-
 
H
-
 
E
-
 
R
T
 
T
E
 
K
E
 
A
L
 
F
L
 
L
T
 
S
K
 
K
T
 
V
Y
 
F

2olkA Abc protein artp in complex with adp-beta-s
29% identity, 88% coverage: 9:238/262 of query aligns to 3:242/242 of 2olkA

query
sites
2olkA
V
 
M
V
 
I
E
 
D
V
 
V
H
 
H
D
 
Q
L
 
L
M
 
K
V
 
K
S
 
S
Y
x
F
G
 
G
Q
 
S
N
 
L
P
 
E
V
|
V
L
 
L
W
 
K
N
 
G
I
 
I
D
 
N
L
 
V
T
 
H
L
 
I
P
 
R
A
 
E
G
 
G
A
 
E
L
 
V
I
 
V
G
 
V
I
 
V
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
I
 
L
K
 
R
A
 
C
I
 
L
M
 
N
G
 
L
L
 
L
V
 
E
E
 
D
A
 
F
N
 
D
S
 
E
G
 
G
Y
 
E
S
 
I
-
 
I
-
 
I
-
 
D
-
 
G
-
 
I
-
 
N
-
 
L
K
 
K
L
 
A
F
 
K
D
 
D
Q
 
T
A
 
N
L
 
L
N
 
N
Q
 
K
V
 
V
R
 
R
N
 
E
R
 
E
V
 
V
S
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
R
 
R
E
 
F
S
 
N
V
 
L
D
 
-
W
 
-
D
 
-
F
 
F
P
 
P
A
 
H
S
 
-
A
 
-
L
 
M
D
 
T
I
 
V
V
 
L
M
 
N
M
 
N
G
 
I
T
 
T
Y
 
L
H
 
A
H
 
P
L
 
M
G
 
K
L
 
V
F
 
R
K
 
K
R
 
W
P
 
P
G
 
R
K
 
E
K
 
K
E
 
A
K
 
E
Q
 
A
L
 
K
A
 
A
M
 
M
D
 
E
C
 
L
L
 
L
E
 
D
K
 
K
V
 
V
N
 
G
M
 
L
K
 
K
A
 
D
F
 
K
A
 
A
K
 
H
R
 
A
Q
 
Y
I
 
P
S
 
D
E
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
F
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
M
Q
 
E
A
 
P
D
 
K
I
 
I
Y
 
M
F
 
L
M
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
T
A
 
S
G
 
A
V
 
L
D
 
D
M
 
P
S
 
E
T
 
M
E
 
V
K
 
G
A
 
E
L
 
V
V
 
L
E
 
S
L
 
V
F
 
M
R
 
K
E
 
Q
M
 
L
T
 
A
A
 
N
G
 
E
G
 
G
K
 
M
T
 
T
V
 
M
I
 
V
V
 
V
V
 
V
H
 
T
H
 
H
D
 
E
I
 
M
Y
 
G
S
 
F
A
 
A
G
 
R
T
 
E
Y
 
V
F
 
G
D
 
D
W
 
R
L
 
V
I
 
L
M
 
F
L
 
M
N
 
D
-
 
G
M
 
G
H
 
Y
L
 
I
V
 
I
A
 
E
S
 
E
G
 
G
P
 
K
T
 
P
K
 
E
D
 
D
V
 
L
L
 
F
-
 
D
-
 
R
-
 
P
-
 
Q
-
 
H
-
 
E
-
 
R
T
 
T
E
 
K
E
 
A
L
 
F
L
 
L
T
 
S
K
 
K
T
 
V
Y
 
F

2oljA Abc protein artp in complex with adp/mg2+
29% identity, 88% coverage: 9:238/262 of query aligns to 3:242/242 of 2oljA

query
sites
2oljA
V
 
M
V
 
I
E
 
D
V
 
V
H
 
H
D
 
Q
L
 
L
M
 
K
V
 
K
S
 
S
Y
x
F
G
 
G
Q
 
S
N
 
L
P
 
E
V
|
V
L
 
L
W
 
K
N
 
G
I
 
I
D
 
N
L
 
V
T
 
H
L
 
I
P
 
R
A
 
E
G
 
G
A
 
E
L
 
V
I
 
V
G
 
V
I
 
V
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
I
 
L
K
 
R
A
 
C
I
 
L
M
 
N
G
 
L
L
 
L
V
 
E
E
 
D
A
 
F
N
 
D
S
 
E
G
 
G
Y
 
E
S
 
I
-
 
I
-
 
I
-
 
D
-
 
G
-
 
I
-
 
N
-
 
L
K
 
K
L
 
A
F
 
K
D
 
D
Q
 
T
A
 
N
L
 
L
N
 
N
Q
 
K
V
 
V
R
 
R
N
 
E
R
 
E
V
 
V
S
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
R
 
R
E
 
F
S
 
N
V
 
L
D
 
-
W
 
-
D
 
-
F
 
F
P
 
P
A
 
H
S
 
-
A
 
-
L
 
M
D
 
T
I
 
V
V
 
L
M
 
N
M
 
N
G
 
I
T
 
T
Y
 
L
H
 
A
H
 
P
L
 
M
G
 
K
L
 
V
F
 
R
K
 
K
R
 
W
P
 
P
G
 
R
K
 
E
K
 
K
E
 
A
K
 
E
Q
 
A
L
 
K
A
 
A
M
 
M
D
 
E
C
 
L
L
 
L
E
 
D
K
 
K
V
 
V
N
 
G
M
 
L
K
 
K
A
 
D
F
 
K
A
 
A
K
 
H
R
 
A
Q
 
Y
I
 
P
S
 
D
E
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
F
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
M
Q
 
E
A
 
P
D
 
K
I
 
I
Y
 
M
F
 
L
M
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
T
A
 
S
G
 
A
V
 
L
D
 
D
M
 
P
S
 
E
T
 
M
E
 
V
K
 
G
A
 
E
L
 
V
V
 
L
E
 
S
L
 
V
F
 
M
R
 
K
E
 
Q
M
 
L
T
 
A
A
 
N
G
 
E
G
 
G
K
 
M
T
 
T
V
 
M
I
 
V
V
 
V
V
 
V
H
 
T
H
 
H
D
 
E
I
 
M
Y
 
G
S
 
F
A
 
A
G
 
R
T
 
E
Y
 
V
F
 
G
D
 
D
W
 
R
L
 
V
I
 
L
M
 
F
L
 
M
N
 
D
-
 
G
M
 
G
H
 
Y
L
 
I
V
 
I
A
 
E
S
 
E
G
 
G
P
 
K
T
 
P
K
 
E
D
 
D
V
 
L
L
 
F
-
 
D
-
 
R
-
 
P
-
 
Q
-
 
H
-
 
E
-
 
R
T
 
T
E
 
K
E
 
A
L
 
F
L
 
L
T
 
S
K
 
K
T
 
V
Y
 
F

1f3oA Crystal structure of mj0796 atp-binding cassette (see paper)
33% identity, 69% coverage: 25:205/262 of query aligns to 21:209/232 of 1f3oA

query
sites
1f3oA
L
 
L
W
 
K
N
 
N
I
 
V
D
 
N
L
 
L
T
 
N
L
 
I
P
 
K
A
 
E
G
 
G
A
 
E
L
 
F
I
 
V
G
 
S
I
 
I
L
 
M
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
M
I
 
L
K
 
N
A
 
I
I
 
I
M
 
G
G
 
C
L
 
L
V
 
D
E
 
K
A
 
P
N
 
T
S
 
E
G
 
G
-
 
E
-
 
V
-
 
Y
-
 
I
-
 
D
-
 
N
-
 
I
-
 
K
Y
 
T
S
 
N
K
 
D
L
 
L
F
 
D
D
 
D
Q
 
D
A
 
E
L
 
L
N
 
T
Q
 
K
V
 
I
R
 
R
-
 
R
N
 
D
R
 
K
V
 
I
S
 
G
Y
 
F
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
R
 
Q
E
 
F
S
 
N
V
 
L
D
 
-
W
 
-
D
 
-
F
 
I
P
 
P
A
 
L
-
 
L
S
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
E
I
 
N
V
 
V
M
 
E
M
 
L
G
 
P
-
 
L
T
 
I
Y
 
F
H
 
K
H
 
Y
L
 
R
G
 
G
L
 
A
F
 
M
K
 
-
R
 
-
P
 
S
G
 
G
K
 
E
K
 
E
E
 
R
K
 
R
Q
 
K
L
 
R
A
 
A
M
 
L
D
 
E
C
 
C
L
 
L
E
 
K
K
 
M
V
 
A
N
 
E
M
 
L
K
 
E
A
 
E
-
 
R
F
 
F
A
 
A
K
 
N
R
 
H
Q
 
K
I
 
P
S
 
N
E
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
F
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
N
Q
 
N
A
 
P
D
 
P
I
 
I
Y
 
I
F
 
L
M
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
T
A
 
G
G
 
A
V
 
L
D
 
D
M
 
S
S
 
K
T
 
T
E
 
G
K
 
E
A
 
K
L
 
I
V
 
M
E
 
Q
L
 
L
F
 
L
R
 
K
E
 
K
M
 
L
T
 
N
-
 
E
A
 
E
G
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
V
 
V
I
 
V
V
 
V
V
 
V
H
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
I
Y
 
N
S
 
V
A
 
A

Sites not aligning to the query:

5x40A Structure of a cbio dimer bound with amppcp (see paper)
30% identity, 86% coverage: 8:232/262 of query aligns to 3:231/280 of 5x40A

query
sites
5x40A
P
 
P
V
 
I
V
 
L
E
 
A
V
 
A
H
 
E
D
 
A
L
 
L
M
 
T
V
 
Y
S
 
A
Y
x
F
-
 
P
G
 
G
Q
 
G
N
x
V
P
 
K
V
x
A
L
 
L
W
 
D
N
 
D
I
 
L
D
 
S
L
 
L
T
 
A
L
 
V
P
 
P
A
 
K
G
 
G
A
 
E
L
 
S
I
 
L
G
 
A
I
 
I
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
L
K
 
L
A
 
H
I
 
L
M
 
N
G
 
G
L
 
T
V
 
L
E
 
R
A
 
P
N
 
Q
S
 
S
G
 
G
Y
 
R
S
 
V
K
 
L
L
 
L
F
 
G
D
 
G
Q
 
T
A
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
H
-
 
S
-
 
R
-
 
K
-
 
D
L
 
L
N
 
T
Q
 
G
V
 
W
R
 
R
N
 
R
R
 
R
V
 
V
S
 
G
Y
 
L
V
 
V
P
 
L
Q
|
Q
R
 
-
E
 
D
S
 
A
V
 
D
D
 
D
W
 
Q
D
 
L
F
 
F
P
 
A
A
 
T
S
 
T
A
 
V
L
 
F
D
 
E
I
 
D
V
 
V
M
 
S
M
 
F
G
 
G
T
 
P
Y
 
L
H
 
N
H
 
-
L
 
L
G
 
G
L
 
L
F
 
S
K
 
E
R
 
A
P
 
E
G
 
A
K
 
R
K
 
A
E
 
R
K
 
V
Q
 
E
L
 
E
A
 
A
M
 
L
D
 
A
C
 
A
L
 
L
E
 
S
K
 
I
V
 
S
N
 
D
M
 
L
K
 
R
A
 
-
F
 
-
A
 
-
K
 
D
R
 
R
Q
 
P
I
 
T
S
x
H
E
x
M
L
|
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
Q
 
K
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
F
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
G
A
 
A
L
 
V
A
 
A
Q
 
M
Q
 
R
A
 
P
D
 
E
I
 
V
Y
 
L
F
 
L
M
 
L
D
 
D
E
x
Q
P
 
P
F
 
T
A
 
A
G
 
G
V
 
L
D
 
D
M
 
L
S
 
A
T
 
G
E
 
T
K
 
E
A
 
Q
L
 
L
V
 
L
E
 
T
L
 
L
F
 
L
R
 
R
E
 
G
M
 
L
T
 
R
A
 
A
G
 
A
G
 
G
K
 
M
T
 
T
V
 
L
I
 
V
V
 
F
V
 
S
H
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
V
Y
 
E
S
 
L
A
 
A
G
 
A
T
 
A
Y
 
L
F
 
A
D
 
D
W
 
R
L
 
V
I
 
A
M
 
L
L
 
F
N
 
R
M
 
T
-
 
G
H
 
R
L
 
V
V
 
L
A
 
A
S
 
E
G
 
G
P
 
A
T
 
A
K
 
E
D
 
A
V
 
V
L
 
L
T
 
S
E
 
D
E
 
R

7chaI Cryo-em structure of p.Aeruginosa mlafebd with amppnp (see paper)
30% identity, 85% coverage: 10:231/262 of query aligns to 4:229/262 of 7chaI

query
sites
7chaI
V
 
V
E
 
E
V
 
L
H
 
K
D
 
G
L
 
L
M
 
T
V
 
F
S
 
K
Y
x
R
G
 
G
Q
 
S
N
 
R
P
 
A
V
 
I
L
 
F
W
 
D
N
 
N
I
 
I
D
 
D
L
 
V
T
 
R
L
 
I
P
 
P
A
 
R
G
 
G
A
 
K
L
 
V
I
 
T
G
 
G
I
 
I
L
 
M
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
L
I
 
L
K
 
R
A
 
L
I
 
I
M
 
A
G
 
S
L
 
Q
V
 
L
E
 
R
A
 
P
N
 
S
S
 
K
G
 
G
Y
 
E
S
 
V
K
 
W
L
 
V
F
 
N
D
 
G
Q
 
Q
A
 
N
L
 
L
N
 
P
Q
 
Q
V
 
L
R
 
-
N
 
S
R
 
R
V
 
G
S
 
D
Y
 
L
V
 
F
P
 
D
Q
 
M
R
 
R
E
 
K
S
 
Q
V
 
F
D
 
G
W
 
V
D
 
L
F
 
F
P
 
Q
A
 
S
S
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
-
I
 
F
V
 
T
M
 
D
M
 
L
G
 
D
T
 
V
Y
 
F
H
 
E
H
 
N
L
 
V
G
 
A
L
 
F
F
 
P
K
 
L
R
 
R
-
 
V
-
 
H
-
 
T
-
 
Q
-
 
L
P
 
P
G
 
E
K
 
E
K
 
M
E
 
I
K
 
R
Q
 
D
L
 
I
A
 
V
M
 
L
D
 
M
C
 
K
L
 
L
E
 
Q
K
 
A
V
 
V
N
 
G
M
 
L
K
 
R
A
 
G
F
 
A
A
 
V
K
 
E
R
 
L
Q
 
M
I
 
P
S
 
D
E
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
Q
 
K
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
F
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
A
Q
 
L
Q
 
D
A
 
P
D
 
Q
I
 
I
Y
 
L
F
 
L
M
 
Y
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
F
A
 
V
G
 
G
V
 
Q
D
 
D
M
 
P
S
 
I
T
 
A
E
 
M
K
 
G
A
 
V
L
 
L
V
 
V
E
 
R
L
 
L
F
 
I
R
 
R
E
 
L
M
 
L
T
 
N
-
 
D
A
 
A
G
 
L
G
 
G
K
 
I
T
 
T
V
 
S
I
 
I
V
 
V
V
 
V
H
 
S
H
 
H
D
 
D
I
 
L
Y
 
A
S
 
E
A
 
T
G
 
A
T
 
S
Y
 
I
F
 
A
D
 
D
W
 
Y
L
 
I
I
 
Y
M
 
I
L
 
V
N
 
G
M
 
D
H
 
G
L
 
R
V
 
V
A
 
L
S
 
G
G
 
H
P
 
G
T
 
T
K
 
P
D
 
D
V
 
V
L
 
L
T
 
K
E
 
E

1l2tA Dimeric structure of mj0796, a bacterial abc transporter cassette (see paper)
32% identity, 69% coverage: 25:205/262 of query aligns to 21:209/230 of 1l2tA

query
sites
1l2tA
L
 
L
W
 
K
N
 
N
I
 
V
D
 
N
L
 
L
T
 
N
L
 
I
P
 
K
A
 
E
G
 
G
A
 
E
L
 
F
I
 
V
G
 
S
I
 
I
L
 
M
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
M
I
 
L
K
 
N
A
 
I
I
 
I
M
 
G
G
 
C
L
 
L
V
 
D
E
 
K
A
 
P
N
 
T
S
 
E
G
 
G
-
 
E
-
 
V
-
 
Y
-
 
I
-
 
D
-
 
N
-
 
I
-
 
K
Y
 
T
S
 
N
K
 
D
L
 
L
F
 
D
D
 
D
Q
 
D
A
 
E
L
 
L
N
 
T
Q
 
K
V
 
I
R
 
R
-
 
R
N
 
D
R
 
K
V
 
I
S
 
G
Y
 
F
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
R
 
Q
E
 
F
S
 
N
V
 
L
D
 
-
W
 
-
D
 
-
F
 
I
P
 
P
A
 
L
-
 
L
S
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
E
I
 
N
V
 
V
M
 
E
M
 
L
G
 
P
-
 
L
T
 
I
Y
 
F
H
 
K
H
 
Y
L
 
R
G
 
G
L
 
A
F
 
M
K
 
-
R
 
-
P
 
S
G
 
G
K
 
E
K
 
E
E
 
R
K
 
R
Q
 
K
L
 
R
A
 
A
M
 
L
D
 
E
C
 
C
L
 
L
E
 
K
K
 
M
V
 
A
N
 
E
M
 
L
K
 
E
A
 
E
-
 
R
F
|
F
A
 
A
K
 
N
R
 
H
Q
 
K
I
 
P
S
 
N
E
x
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
F
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
N
Q
 
N
A
 
P
D
 
P
I
 
I
Y
 
I
F
 
L
M
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
F
 
T
A
 
G
G
 
A
V
 
L
D
 
D
M
 
S
S
 
K
T
 
T
E
 
G
K
 
E
A
 
K
L
 
I
V
 
M
E
 
Q
L
 
L
F
 
L
R
 
K
E
 
K
M
 
L
T
 
N
-
 
E
A
 
E
G
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
V
 
V
I
 
V
V
 
V
V
 
V
H
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
I
Y
 
N
S
 
V
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
30% identity, 86% coverage: 12:236/262 of query aligns to 4:238/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
V
 
V
H
 
N
D
 
D
L
 
V
M
 
Y
V
 
K
S
 
N
Y
x
F
G
 
G
Q
 
S
N
 
L
P
 
E
V
|
V
L
 
L
W
 
K
N
 
G
I
 
V
D
 
T
L
 
L
T
 
K
L
 
V
P
 
N
A
 
K
G
 
G
A
 
E
L
 
V
I
 
V
G
 
V
I
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
L
K
 
R
A
 
C
I
 
I
M
 
N
G
 
L
L
 
L
V
 
E
E
 
E
A
 
P
N
 
T
S
 
K
G
 
G
Y
 
-
S
 
-
K
 
E
L
 
V
F
 
F
D
 
I
Q
 
D
A
 
G
-
 
V
-
 
K
-
 
I
-
 
N
-
 
N
-
 
G
-
 
K
-
 
V
-
 
N
L
 
I
N
 
N
Q
 
K
V
 
V
R
 
R
N
 
Q
R
 
K
V
 
V
S
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
R
 
H
E
 
F
S
 
N
V
 
L
D
 
-
W
 
-
D
 
-
F
 
F
P
 
P
-
 
H
A
 
L
S
 
T
A
 
A
L
 
I
D
 
E
I
 
N
V
 
I
M
 
T
M
 
L
G
 
A
T
 
P
Y
 
V
H
 
K
H
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
V
K
 
K
R
 
K
P
 
M
G
 
N
K
 
K
K
 
K
E
 
E
-
 
A
K
 
E
Q
 
E
L
 
L
A
 
A
M
 
V
D
 
D
C
 
L
L
 
L
E
 
A
K
 
K
V
 
V
N
 
G
M
 
L
K
 
L
A
 
D
F
 
K
A
 
K
K
 
D
R
 
Q
Q
 
Y
I
 
P
S
 
I
E
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
L
F
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
M
Q
 
Q
A
 
P
D
 
E
I
 
V
Y
 
M
F
 
L
M
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
T
A
 
S
G
 
A
V
 
L
D
 
D
M
 
P
S
 
E
T
 
M
E
 
V
K
 
K
A
 
E
L
 
V
V
 
L
E
 
N
L
 
V
F
 
M
R
 
K
E
 
Q
M
 
L
T
 
A
A
 
N
G
 
E
G
 
G
K
 
M
T
 
T
V
 
M
I
 
V
V
 
V
V
 
V
H
 
T
H
|
H
D
 
E
I
 
M
Y
 
G
S
 
F
A
 
A
G
 
R
T
 
E
Y
 
V
F
 
G
D
 
D
W
 
R
L
 
V
I
 
I
M
 
F
L
 
M
N
 
D
M
 
D
H
 
G
L
 
V
V
 
I
A
 
V
S
 
E
G
 
E
P
 
G
T
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
F
-
 
Y
-
 
R
-
 
A
K
 
K
D
 
N
V
 
E
L
 
R
T
 
T
E
 
R
E
 
E
L
 
F
L
 
L
T
 
S
K
 
K

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
26% identity, 87% coverage: 14:241/262 of query aligns to 7:236/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
D
 
N
L
 
L
M
 
A
V
 
K
S
 
A
Y
 
Y
G
 
K
Q
 
G
N
 
R
P
 
R
V
 
V
L
 
V
W
 
E
N
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
T
 
T
L
 
V
P
 
N
A
 
S
G
 
G
A
 
E
L
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
T
I
 
F
K
 
Y
A
 
M
I
 
V
M
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
E
 
P
A
 
R
N
 
D
S
 
A
G
 
G
Y
 
N
S
 
I
K
 
I
L
 
I
F
 
D
D
 
D
Q
 
D
A
 
D
L
 
I
N
 
S
-
 
L
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
H
-
 
A
Q
 
R
V
 
A
R
 
R
N
 
R
R
 
G
V
 
I
S
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
R
 
E
E
 
A
S
 
S
V
 
I
D
 
F
W
x
R
D
 
R
F
 
L
P
 
S
A
 
V
S
 
Y
A
 
D
L
 
N
D
 
L
I
 
M
V
 
A
M
 
V
M
 
L
G
 
Q
T
 
I
Y
 
R
H
 
D
H
 
D
L
 
L
G
 
S
L
 
A
F
 
E
K
 
Q
R
 
R
P
 
E
G
 
D
K
 
R
K
 
-
E
 
-
K
 
-
Q
 
-
L
 
-
A
 
A
M
 
N
D
 
E
C
 
L
L
 
M
E
 
E
K
 
E
V
 
F
N
 
H
M
 
I
K
 
E
A
 
H
F
 
L
A
 
R
K
 
D
R
 
S
Q
x
M
I
x
G
S
x
Q
E
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
F
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
Q
 
N
A
 
P
D
 
K
I
 
F
Y
 
I
F
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
M
 
P
S
 
I
T
 
S
E
 
V
K
 
I
A
 
D
L
 
I
V
 
K
E
 
R
L
 
I
F
 
I
R
 
E
E
 
H
M
 
L
T
 
R
A
 
D
G
 
S
G
 
G
K
 
L
T
 
G
V
 
V
I
 
L
V
 
I
V
 
T
H
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
Y
 
R
S
 
E
A
 
T
G
 
L
T
 
A
Y
 
V
F
 
C
D
 
E
W
 
R
L
 
A
I
 
Y
M
 
I
L
 
V
N
 
S
M
 
Q
-
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
A
S
 
H
G
 
G
P
 
T
T
 
P
K
 
T
D
 
E
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
E
 
D
E
 
E
L
 
H
L
 
V
T
 
K
K
 
R
T
 
V
Y
 
Y
G
 
L
G
 
G
K
 
E

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
26% identity, 87% coverage: 14:241/262 of query aligns to 7:236/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
D
 
N
L
 
L
M
 
A
V
 
K
S
 
A
Y
|
Y
G
 
K
Q
 
G
N
x
R
P
 
R
V
 
V
L
 
V
W
 
E
N
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
T
 
T
L
 
V
P
 
N
A
 
S
G
 
G
A
 
E
L
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
K
 
Y
A
 
M
I
 
V
M
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
E
 
P
A
 
R
N
 
D
S
 
A
G
 
G
Y
 
N
S
 
I
K
 
I
L
 
I
F
 
D
D
 
D
Q
 
D
A
 
D
L
 
I
N
 
S
-
 
L
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
H
-
 
A
Q
 
R
V
 
A
R
 
R
N
 
R
R
 
G
V
 
I
S
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
R
 
E
E
 
A
S
 
S
V
 
I
D
 
F
W
 
R
D
 
R
F
 
L
P
 
S
A
 
V
S
 
Y
A
 
D
L
 
N
D
 
L
I
 
M
V
 
A
M
 
V
M
 
L
G
 
Q
T
 
I
Y
 
R
H
 
D
H
 
D
L
 
L
G
 
S
L
 
A
F
 
E
K
 
Q
R
 
R
P
 
E
G
 
D
K
 
R
K
 
-
E
 
-
K
 
-
Q
 
-
L
 
-
A
 
A
M
 
N
D
 
E
C
 
L
L
 
M
E
 
E
K
 
E
V
 
F
N
 
H
M
 
I
K
 
E
A
 
H
F
 
L
A
 
R
K
 
D
R
 
S
Q
 
M
I
 
G
S
 
Q
E
x
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
x
E
Q
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
F
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
Q
 
N
A
 
P
D
 
K
I
 
F
Y
 
I
F
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
M
 
P
S
 
I
T
 
S
E
 
V
K
 
I
A
 
D
L
 
I
V
 
K
E
 
R
L
 
I
F
 
I
R
 
E
E
 
H
M
 
L
T
 
R
A
 
D
G
 
S
G
 
G
K
 
L
T
 
G
V
 
V
I
 
L
V
 
I
V
 
T
H
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
Y
 
R
S
 
E
A
 
T
G
 
L
T
 
A
Y
 
V
F
 
C
D
 
E
W
 
R
L
 
A
I
 
Y
M
 
I
L
 
V
N
 
S
M
 
Q
-
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
A
S
 
H
G
 
G
P
 
T
T
 
P
K
 
T
D
 
E
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
E
 
D
E
 
E
L
 
H
L
 
V
T
 
K
K
 
R
T
 
V
Y
 
Y
G
 
L
G
 
G
K
 
E

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
29% identity, 79% coverage: 8:215/262 of query aligns to 16:221/378 of P69874

query
sites
P69874
P
 
P
V
 
L
V
 
V
E
 
Q
V
 
L
H
 
A
D
 
G
L
 
I
M
 
R
V
 
K
S
x
C
Y
x
F
G
 
D
Q
 
G
N
 
K
P
 
E
V
 
V
L
 
I
W
 
P
N
 
Q
I
 
L
D
 
D
L
 
L
T
 
T
L
 
I
P
 
N
A
 
N
G
 
G
A
 
E
L
x
F
I
 
L
G
 
T
I
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
x
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
V
I
x
L
K
 
R
A
 
L
I
 
I
M
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
E
 
T
A
 
V
N
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
R
S
 
I
K
 
M
L
|
L
F
 
D
D
 
N
Q
 
E
A
 
D
L
 
I
N
 
T
Q
 
H
V
 
V
R
 
P
N
 
A
R
 
E
V
 
N
S
 
R
Y
 
Y
V
 
V
P
 
N
Q
 
T
R
 
V
E
 
F
S
 
Q
V
 
S
D
 
Y
W
 
A
D
 
L
F
 
F
P
 
P
-
 
H
A
 
M
S
 
T
A
 
V
L
 
F
D
 
E
I
 
N
V
 
V
M
 
A
M
 
F
G
 
G
T
 
-
Y
 
-
H
 
-
H
 
-
L
 
L
G
 
R
L
 
M
F
 
Q
K
 
K
R
 
T
P
 
P
G
 
A
K
 
A
K
 
E
E
 
I
K
 
T
Q
 
P
L
 
R
A
 
V
M
 
M
D
 
E
C
 
A
L
 
L
E
 
R
K
 
M
V
|
V
N
 
Q
M
 
L
K
 
E
A
 
T
F
 
F
A
 
A
K
 
Q
R
 
R
Q
 
K
I
 
P
S
 
H
E
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
F
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
A
 
V
Q
 
N
Q
 
K
A
 
P
D
 
R
I
 
L
Y
 
L
F
 
L
M
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
F
 
L
A
 
S
G
 
A
V
 
L
D
 
D
M
 
Y
S
 
K
T
 
L
E
 
R
K
 
K
A
 
Q
L
 
M
V
 
Q
E
 
N
L
 
E
F
 
L
R
 
K
E
 
A
M
 
L
T
 
Q
A
 
R
G
 
K
-
 
L
G
 
G
K
 
I
T
 
T
V
 
F
I
 
V
V
 
F
V
 
V
H
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
Y
 
E
S
 
E
A
 
A
G
 
L
T
 
T
Y
 
M
F
 
S
D
 
D
W
 
R
L
 
I
I
 
V
M
 
V
L
 
M

Sites not aligning to the query:

Q5M244 Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2; ECF transporter A component EcfA2; EC 3.6.3.- from Streptococcus thermophilus (strain ATCC BAA-250 / LMG 18311) (see paper)
32% identity, 78% coverage: 25:229/262 of query aligns to 23:233/280 of Q5M244

query
sites
Q5M244
L
 
L
W
 
F
N
 
D
I
 
M
D
 
T
L
 
V
T
 
T
L
 
I
P
 
K
A
 
D
G
 
G
A
 
S
L
 
Y
I
 
T
G
 
A
I
 
F
L
 
I
G
 
G
P
 
H
N
 
T
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
I
I
 
M
K
 
Q
A
 
L
I
 
L
M
 
N
G
 
G
L
 
L
V
 
Y
E
 
L
A
 
P
N
 
T
S
 
S
G
 
G
Y
 
Q
S
 
V
K
 
K
L
 
V
F
 
D
D
 
D
Q
 
T
A
 
I
L
 
I
N
 
N
Q
 
S
V
 
Q
R
 
S
N
 
K
R
 
N
V
 
K
S
 
E
Y
 
I
V
 
K
P
 
P
Q
 
I
R
 
R
E
 
K
S
 
K
V
 
V
D
 
G
-
 
L
-
 
V
W
 
F
D
 
Q
F
 
F
P
 
P
A
 
E
S
 
S
A
x
Q
L
 
L
-
 
F
-
 
A
D
 
E
I
 
T
V
 
V
M
 
L
M
 
E
G
 
D
T
 
I
Y
 
A
H
 
F
H
 
G
L
 
P
G
 
Q
L
 
N
F
 
F
K
 
G
R
 
V
P
 
S
G
 
K
K
 
E
K
 
E
E
 
A
K
 
E
Q
 
Q
L
 
R
A
 
A
M
 
L
D
 
E
C
 
S
L
 
L
E
 
R
K
 
L
V
 
V
N
 
G
M
 
L
K
 
S
A
 
D
F
 
E
A
 
L
K
 
R
R
 
D
Q
 
Q
I
 
N
S
 
P
-
 
F
E
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
M
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
F
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
G
A
 
I
L
 
L
A
 
A
Q
 
M
Q
 
Q
A
 
P
D
 
D
I
 
I
Y
 
L
F
 
V
M
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
T
A
 
A
G
 
G
V
 
L
D
 
D
M
 
P
S
 
Q
T
 
G
E
 
R
K
 
K
A
 
E
L
 
L
V
 
M
E
 
S
L
 
L
F
 
F
R
 
K
E
 
Q
M
 
L
T
 
H
A
 
L
G
 
S
G
 
G
K
 
I
T
 
T
V
 
I
I
 
V
V
 
L
V
 
V
H
 
T
H
 
H
D
 
L
I
 
M
Y
 
D
S
 
D
A
 
V
G
 
A
T
 
D
Y
 
Y
F
 
A
D
 
T
W
 
A
L
 
V
-
 
N
I
 
V
M
 
M
L
 
E
N
 
K
M
 
G
H
 
R
L
 
L
V
 
V
A
 
L
S
 
S
G
 
G
P
 
T
T
 
P
K
 
K
D
 
D
V
 
V
L
 
F

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
26% identity, 87% coverage: 14:240/262 of query aligns to 7:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
D
 
N
L
 
L
M
 
A
V
 
K
S
 
A
Y
|
Y
G
 
K
Q
 
G
N
 
R
P
 
R
V
 
V
L
 
V
W
 
E
N
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
T
 
T
L
 
V
P
 
N
A
 
S
G
 
G
A
 
E
L
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
K
 
Y
A
 
M
I
 
V
M
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
E
 
P
A
 
R
N
 
D
S
 
A
G
 
G
Y
 
N
S
 
I
K
 
I
L
 
I
F
 
D
D
 
D
Q
 
D
A
 
D
L
 
I
N
 
S
-
 
L
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
H
-
 
A
Q
 
R
V
 
A
R
 
R
N
 
R
R
 
G
V
 
I
S
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
R
 
E
E
 
A
S
 
S
V
 
I
D
 
F
W
 
R
D
 
R
F
 
L
P
 
S
A
 
V
S
 
Y
A
 
D
L
 
N
D
 
L
I
 
M
V
 
A
M
 
V
M
 
L
G
 
Q
T
 
I
Y
 
R
H
 
D
H
 
D
L
 
L
G
 
S
L
 
A
F
 
E
K
 
Q
R
 
R
P
 
E
G
 
D
K
 
R
K
 
-
E
 
-
K
 
-
Q
 
-
L
 
-
A
 
A
M
 
N
D
 
E
C
 
L
L
 
M
E
 
E
K
 
E
V
 
F
N
 
H
M
 
I
K
 
E
A
 
H
F
 
L
A
 
R
K
 
D
R
 
S
Q
 
M
I
 
G
S
 
Q
E
x
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
F
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
Q
 
N
A
 
P
D
 
K
I
 
F
Y
 
I
F
 
L
M
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
F
A
 
A
G
|
G
V
 
V
D
 
D
M
 
P
S
 
I
T
 
S
E
 
V
K
 
I
A
 
D
L
 
I
V
 
K
E
 
R
L
 
I
F
 
I
R
 
E
E
 
H
M
 
L
T
 
R
A
 
D
G
 
S
G
 
G
K
 
L
T
 
G
V
 
V
I
 
L
V
 
I
V
 
T
H
 
D
H
|
H
D
 
N
I
 
V
Y
 
R
S
 
E
A
 
T
G
 
L
T
 
A
Y
 
V
F
 
C
D
 
E
W
 
R
L
 
A
I
 
Y
M
 
I
L
 
V
N
 
S
M
 
Q
-
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
A
S
 
H
G
 
G
P
 
T
T
 
P
K
 
T
D
 
E
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
E
 
D
E
 
E
L
 
H
L
 
V
T
 
K
K
 
R
T
 
V
Y
 
Y
G
 
L
G
 
G

5ws4A Crystal structure of tripartite-type abc transporter macb from acinetobacter baumannii (see paper)
32% identity, 69% coverage: 24:205/262 of query aligns to 23:207/650 of 5ws4A

query
sites
5ws4A
V
 
I
L
 
L
W
 
K
N
 
G
I
 
I
D
 
D
L
 
L
T
 
T
L
 
I
P
 
Y
A
 
E
G
 
G
A
 
E
L
 
L
I
 
V
G
 
A
I
 
I
L
 
V
G
 
G
P
 
Q
N
x
S
G
|
G
A
 
S
G
 
G
K
 
K
S
|
S
T
 
T
L
 
L
I
 
M
K
 
N
A
 
I
I
 
L
M
 
G
G
 
C
L
 
L
V
 
D
E
 
R
A
 
P
N
 
T
S
 
S
G
 
G
Y
 
S
S
 
Y
K
 
K
L
 
V
F
 
N
D
 
G
Q
 
Q
A
 
E
L
 
T
N
 
G
Q
 
K
V
 
L
R
 
E
N
 
P
R
 
D
V
 
Q
S
 
L
Y
 
A
V
 
Q
P
 
L
Q
 
R
R
 
R
E
 
E
S
 
Y
V
 
F
D
 
G
W
 
F
D
 
I
F
 
F
P
 
Q
A
 
-
S
 
-
A
 
-
L
 
-
D
 
-
I
 
-
V
 
-
M
 
-
M
 
-
G
 
-
T
 
R
Y
 
Y
H
 
H
H
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
D
F
 
L
K
 
S
R
 
A
P
 
E
G
 
G
K
 
N
K
 
V
E
 
E
-
 
V
-
 
P
-
 
A
-
 
V
-
 
Y
-
 
A
-
 
G
-
 
V
-
 
T
-
 
P
-
 
A
-
 
D
-
 
R
K
 
K
Q
 
Q
L
 
R
A
 
A
M
 
T
D
 
A
C
 
L
L
 
L
E
 
T
K
 
E
V
 
L
N
 
G
M
 
L
K
 
G
A
 
T
F
 
K
A
 
T
K
 
Q
R
 
N
Q
 
R
I
 
P
S
 
S
E
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
F
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
Q
 
N
Q
 
G
A
 
G
D
 
D
I
 
V
Y
 
I
F
 
L
M
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
T
A
 
G
G
 
A
V
 
L
D
 
D
M
 
S
S
 
H
T
 
S
E
 
G
K
 
V
A
 
E
L
 
V
V
 
M
E
 
R
L
 
I
F
 
L
R
 
R
E
 
E
M
 
L
T
 
N
A
 
A
G
 
A
G
 
G
K
 
H
T
 
T
V
 
I
I
 
I
V
 
L
V
 
V
H
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
M
Y
 
Q
S
 
V
A
 
A

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
25% identity, 86% coverage: 14:238/262 of query aligns to 7:233/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
D
 
N
L
 
L
M
 
A
V
 
K
S
 
A
Y
|
Y
G
 
K
Q
 
G
N
x
R
P
 
R
V
|
V
L
 
V
W
 
E
N
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
T
 
T
L
 
V
P
 
N
A
 
S
G
 
G
A
 
E
L
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
K
 
Y
A
 
M
I
 
V
M
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
E
 
P
A
 
R
N
 
D
S
 
A
G
 
G
Y
 
N
S
 
I
K
 
I
L
 
I
F
 
D
D
 
D
Q
 
D
A
 
D
L
 
I
N
 
S
-
 
L
-
 
L
-
 
P
-
x
L
-
x
H
-
 
A
Q
 
R
V
 
A
R
 
R
N
 
R
R
 
G
V
 
I
S
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
|
P
Q
|
Q
R
 
E
E
x
A
S
|
S
V
 
I
D
x
F
W
x
R
D
x
R
F
x
L
P
 
S
A
 
V
S
 
Y
A
 
D
L
 
N
D
 
L
I
 
M
V
 
A
M
x
V
M
 
L
G
 
Q
T
 
I
Y
 
R
H
 
D
H
 
D
L
 
L
G
 
S
L
 
A
F
 
E
K
 
Q
R
 
R
P
 
E
G
 
D
K
 
R
K
 
-
E
 
-
K
 
-
Q
 
-
L
 
-
A
 
A
M
 
N
D
 
E
C
 
L
L
 
M
E
 
E
K
 
E
V
 
F
N
 
H
M
 
I
K
 
E
A
 
H
F
 
L
A
 
R
K
 
D
R
 
S
Q
 
M
I
 
G
S
x
Q
E
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
F
 
E
I
 
I
A
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
Q
 
N
A
 
P
D
 
K
I
 
F
Y
 
I
F
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
M
 
P
S
 
I
T
 
S
E
 
V
K
 
I
A
 
D
L
 
I
V
 
K
E
 
R
L
 
I
F
 
I
R
 
E
E
 
H
M
 
L
T
 
R
A
 
D
G
 
S
G
 
G
K
 
L
T
 
G
V
 
V
I
 
L
V
 
I
V
 
T
H
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
Y
 
R
S
 
E
A
 
T
G
 
L
T
 
A
Y
 
V
F
 
C
D
 
E
W
 
R
L
 
A
I
 
Y
M
 
I
L
 
V
N
 
S
M
 
Q
-
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
A
S
 
H
G
 
G
P
 
T
T
 
P
K
 
T
D
 
E
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
E
 
D
E
 
E
L
 
H
L
 
V
T
 
K
K
 
R
T
 
V
Y
 
Y

Query Sequence

>Echvi_3547 FitnessBrowser__Cola:Echvi_3547
MIQQIEHPVVEVHDLMVSYGQNPVLWNIDLTLPAGALIGILGPNGAGKSTLIKAIMGLVE
ANSGYSKLFDQALNQVRNRVSYVPQRESVDWDFPASALDIVMMGTYHHLGLFKRPGKKEK
QLAMDCLEKVNMKAFAKRQISELSGGQQQRVFIARALAQQADIYFMDEPFAGVDMSTEKA
LVELFREMTAGGKTVIVVHHDIYSAGTYFDWLIMLNMHLVASGPTKDVLTEELLTKTYGG
KLSTLTDIGEVIKKSDFNPLKS

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory