SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF1001 FitnessBrowser__WCS417:GFF1001 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

4rqoB Crystal structure of l-serine dehydratase from legionella pneumophila (see paper)
56% identity, 100% coverage: 1:458/458 of query aligns to 1:448/448 of 4rqoB

query
sites
4rqoB
M
 
M
A
 
N
I
 
I
S
 
S
V
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
F
 
F
K
 
S
V
 
I
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
 
S
S
 
S
S
 
S
H
 
H
T
 
T
V
 
V
G
 
G
P
 
P
M
 
M
R
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
N
T
 
A
F
 
F
A
 
L
Q
 
Q
A
 
L
L
 
L
I
 
E
D
 
Q
Q
 
K
Q
 
N
L
 
L
L
 
F
S
 
D
Q
 
K
T
 
T
R
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
K
V
 
V
R
 
E
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
S
 
A
A
 
L
T
 
T
G
 
G
V
 
K
G
 
G
H
 
H
A
 
G
T
 
T
D
 
D
R
 
K
A
 
A
C
 
I
V
 
L
M
 
N
G
 
G
L
 
L
M
 
E
G
 
N
E
 
K
W
 
A
P
 
P
D
 
E
R
 
T
V
 
V
D
 
D
P
 
P
T
 
A
S
 
S
I
 
M
N
 
I
A
 
P
R
 
R
I
 
M
Q
 
H
Q
 
E
L
 
I
R
 
L
E
 
D
S
 
S
G
 
N
R
 
L
L
 
L
L
 
N
L
 
L
A
 
A
G
 
G
L
 
K
Q
 
K
D
 
E
I
 
I
A
 
P
F
 
F
N
 
H
W
 
E
Q
 
A
Q
 
T
D
 
D
L
 
F
R
 
L
L
 
F
L
 
L
D
 
Q
-
 
K
E
 
E
S
 
L
L
 
L
P
 
P
Y
 
K
H
 
H
P
 
S
N
 
N
A
 
G
M
 
M
S
 
R
L
 
F
H
 
S
A
 
A
Y
 
F
-
 
D
G
 
G
E
 
N
N
 
A
G
 
N
L
 
L
L
 
L
S
 
I
E
 
E
Q
 
Q
T
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
S
 
S
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
F
I
 
I
I
 
T
E
 
T
A
 
E
A
 
E
E
 
D
A
 
F
A
 
-
S
 
-
G
 
-
I
 
-
A
 
-
P
 
-
T
 
-
S
 
-
D
 
D
V
 
N
Q
 
P
L
 
P
P
 
P
Y
 
Y
D
 
P
F
 
F
S
 
A
S
 
T
A
 
A
V
 
T
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
K
L
 
L
C
 
C
N
 
K
K
 
K
H
 
H
G
 
H
L
 
L
R
 
T
V
 
I
S
 
A
E
 
E
L
 
L
M
 
M
M
 
L
A
 
V
N
 
N
E
 
E
R
 
K
A
 
T
W
 
W
R
 
R
S
 
S
D
 
T
A
 
A
D
 
E
I
 
I
R
 
H
S
 
K
G
 
G
L
 
I
L
 
L
H
 
D
I
 
I
W
 
A
S
 
K
V
 
V
M
 
M
R
 
D
E
 
D
C
 
C
V
 
I
E
 
N
Q
 
N
G
 
G
L
 
C
R
 
K
D
 
H
E
 
D
G
 
G
I
 
V
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
L
 
L
D
 
N
V
 
L
P
 
K
R
 
R
R
 
R
A
 
A
A
 
P
K
 
D
L
 
L
H
 
Y
R
 
R
S
 
K
L
 
L
L
 
I
E
 
E
I
 
Q
G
 
K
K
 
G
P
 
V
N
 
K
V
 
S
I
 
V
T
 
F
S
 
E
T
 
Q
L
 
S
S
 
D
A
 
I
M
 
M
E
 
N
W
 
H
V
 
L
N
 
N
L
 
L
F
 
Y
A
 
A
L
 
M
A
 
A
V
 
V
N
 
N
E
 
E
E
 
E
N
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
M
 
I
V
 
V
T
 
T
A
 
A
P
 
P
T
 
T
N
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
A
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
V
 
V
L
 
L
H
 
K
Y
 
Y
Y
 
C
M
 
Q
K
 
Q
F
 
A
N
 
H
A
 
D
E
 
R
A
 
M
S
 
S
D
 
N
D
 
E
D
 
D
V
 
I
V
 
Y
N
 
T
F
 
Y
F
 
F
L
 
L
A
 
T
A
 
A
A
 
A
A
 
A
V
 
I
G
 
G
I
 
I
L
 
L
C
 
Y
K
 
K
K
 
K
N
 
-
A
 
-
S
 
-
I
 
-
S
 
S
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
G
 
G
C
|
C
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
V
|
V
G
 
G
S
 
V
A
 
A
C
 
S
A
 
S
M
 
M
A
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
T
D
 
A
V
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
G
T
 
T
P
 
I
E
 
E
Q
 
Q
L
 
V
E
 
E
N
 
N
A
 
A
A
 
A
E
 
E
I
 
I
G
 
A
L
 
M
E
 
E
H
 
H
N
 
H
L
 
L
G
 
G
L
 
M
T
 
T
C
|
C
D
 
D
P
 
P
V
 
V
G
 
L
G
 
G
L
 
L
V
 
V
Q
 
Q
V
 
I
P
 
P
C
|
C
I
 
I
E
 
E
R
 
R
N
 
N
A
 
A
I
 
M
A
 
G
A
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
A
I
 
V
N
 
N
A
 
A
T
 
T
Q
 
R
M
 
M
A
 
A
L
 
L
R
 
I
G
 
G
D
 
D
G
 
G
K
 
Q
H
 
H
F
 
Q
I
 
I
S
 
S
L
 
L
D
 
D
R
 
K
V
 
V
I
 
I
R
 
K
T
 
T
M
 
M
R
 
K
D
 
Q
T
 
T
G
 
G
A
 
M
D
 
D
M
 
M
H
 
Q
D
 
S
K
 
I
Y
 
Y
K
 
K
E
 
E
T
 
T
S
 
S
R
 
M
G
 
G
G
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
V
S
 
N
W
 
L
V
 
P
E
 
E
C
|
C

2iafA Crystal structure of a fragment (residues 11 to 161) of l-serine dehydratase from legionella pneumophila
47% identity, 29% coverage: 17:151/458 of query aligns to 1:132/140 of 2iafA

query
sites
2iafA
S
 
S
S
 
S
H
 
H
T
 
T
V
 
V
G
 
G
P
 
P
M
 
M
R
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
N
T
 
A
F
 
F
A
 
L
Q
 
Q
A
 
L
L
 
L
I
 
E
D
 
Q
Q
 
K
Q
 
N
L
 
L
L
 
F
S
 
D
Q
 
K
T
 
T
R
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
K
V
 
V
R
 
E
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
S
 
A
A
 
L
T
 
T
G
 
G
V
 
K
G
 
G
H
 
H
A
 
G
T
 
T
D
 
D
R
 
K
A
 
A
C
 
I
V
 
L
M
 
N
G
 
G
L
 
L
M
 
E
G
 
N
E
 
K
W
 
A
P
 
P
D
 
E
R
 
S
V
 
M
D
 
I
P
 
P
T
 
-
S
 
-
I
 
-
N
 
-
A
 
-
R
 
R
I
 
M
Q
 
H
Q
 
E
L
 
I
R
x
L
E
x
D
S
 
S
G
x
N
R
 
L
L
 
L
L
 
N
L
 
L
A
 
A
G
 
G
L
 
K
Q
 
K
D
 
E
I
 
I
A
 
P
F
 
F
N
 
H
W
 
E
Q
 
A
Q
 
T
D
 
D
L
 
F
R
 
L
L
 
F
L
 
L
D
 
Q
-
 
K
E
 
E
S
 
L
L
 
L
P
 
P
Y
 
K
H
 
H
P
 
S
N
 
N
A
 
G
M
 
M
S
 
R
L
 
F
H
 
S
A
 
A
Y
 
F
-
 
D
G
 
G
E
 
N
N
 
A
G
 
N
L
 
L
L
 
L
S
 
I
E
 
E
Q
 
Q
T
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
S
 
S
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
F
I
 
I

Query Sequence

>GFF1001 FitnessBrowser__WCS417:GFF1001
MAISVFDLFKVGIGPSSSHTVGPMRAAATFAQALIDQQLLSQTRRVEVRLYGSLSATGVG
HATDRACVMGLMGEWPDRVDPTSINARIQQLRESGRLLLAGLQDIAFNWQQDLRLLDESL
PYHPNAMSLHAYGENGLLSEQTYYSVGGGFIIEAAEAASGIAPTSDVQLPYDFSSAVELL
ALCNKHGLRVSELMMANERAWRSDADIRSGLLHIWSVMRECVEQGLRDEGILPGGLDVPR
RAAKLHRSLLEIGKPNVITSTLSAMEWVNLFALAVNEENAAGGRMVTAPTNGAAGIIPAV
LHYYMKFNAEASDDDVVNFFLAAAAVGILCKKNASISGAEVGCQGEVGSACAMAAAGLAD
VLGATPEQLENAAEIGLEHNLGLTCDPVGGLVQVPCIERNAIAAVKAINATQMALRGDGK
HFISLDRVIRTMRDTGADMHDKYKETSRGGLAVSWVEC

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory