SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF109 PGA1_c01110 acyl-CoA dehydrogenase to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6es9A Methylsuccinyl-coa dehydrogenase of paracoccus denitrificans with bound flavin adenine dinucleotide (see paper)
76% identity, 94% coverage: 36:560/561 of query aligns to 25:544/545 of 6es9A

query
sites
6es9A
A
 
S
R
 
R
A
 
A
T
 
T
-
 
E
-
 
A
V
 
L
R
 
R
E
 
A
Q
 
L
V
 
V
S
 
A
E
 
P
D
 
A
G
 
G
R
 
K
V
 
P
S
 
Q
G
 
P
A
 
A
L
 
L
V
 
L
E
 
E
A
 
Q
H
 
H
Q
|
Q
T
 
H
A
 
A
A
 
A
H
 
H
G
 
A
L
 
L
A
 
S
W
 
W
L
 
L
A
 
T
T
 
T
Y
 
Y
A
 
V
Y
 
E
S
 
S
L
 
I
R
 
R
Q
 
Q
M
 
L
H
 
S
R
 
G
W
 
W
A
 
A
A
 
G
Q
x
R
L
 
L
Q
 
A
A
 
E
D
 
A
G
 
G
K
 
N
F
 
L
G
 
G
E
 
R
M
 
I
E
 
E
Q
 
A
L
 
L
M
 
I
L
 
L
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
F
 
L
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
L
 
L
W
 
G
Q
 
Q
I
 
I
Y
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
I
Q
 
P
M
 
M
N
 
S
Q
 
Q
G
 
T
E
 
E
I
 
F
L
 
A
R
 
R
L
 
L
Q
 
S
D
 
D
L
 
L
G
 
E
L
 
L
S
 
-
Q
 
-
D
 
D
S
 
W
Q
 
Q
R
 
P
M
 
G
L
 
E
M
 
A
A
 
A
P
 
A
A
 
K
V
 
L
M
 
M
T
 
-
L
 
-
C
 
-
D
 
-
S
 
R
G
 
G
N
 
N
T
 
T
Q
 
A
A
 
P
A
 
A
R
 
R
L
 
A
R
 
E
L
 
L
V
 
A
E
 
R
L
 
L
M
 
M
Q
 
Q
D
 
D
Q
 
N
A
 
H
G
 
G
S
 
R
V
 
A
M
 
T
F
 
F
G
 
G
A
 
A
S
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
D
E
 
E
E
 
D
L
 
L
E
 
E
M
 
M
I
 
I
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
F
 
F
R
 
R
R
 
R
Y
 
Y
A
 
A
L
 
E
E
 
E
K
 
R
V
 
V
E
 
I
P
 
P
N
 
N
A
 
A
H
 
H
D
 
E
W
 
W
H
 
H
L
 
L
K
 
K
D
 
D
E
 
Q
L
 
L
I
 
I
P
 
P
M
 
M
E
 
E
I
 
I
I
 
I
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
E
M
 
L
G
 
G
V
 
V
F
 
F
G
 
G
L
 
L
T
 
T
I
 
I
P
 
P
E
 
E
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
F
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
S
K
 
K
A
 
A
S
 
S
M
 
M
C
 
V
V
 
V
V
 
V
S
 
T
E
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
S
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
V
 
V
G
 
G
S
 
S
L
 
L
G
 
G
T
 
T
R
 
R
S
 
S
E
 
E
I
 
I
A
 
A
A
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
I
I
 
L
A
 
C
G
 
G
G
 
G
T
 
T
E
 
E
E
 
A
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
S
 
K
W
 
W
L
 
L
P
 
P
K
 
G
I
 
L
A
 
A
S
 
S
A
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
L
P
 
S
T
 
T
A
|
A
V
|
V
F
|
F
T
|
T
E
 
E
P
 
P
N
 
N
T
 
T
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
L
G
 
G
S
 
S
L
 
L
R
 
R
T
 
T
R
 
R
A
 
A
V
 
V
K
 
R
D
 
D
D
 
G
N
 
E
G
 
-
D
 
D
Y
 
W
Q
 
V
I
 
V
T
 
T
G
 
G
N
 
N
K
 
K
T
 
T
W
|
W
I
|
I
T
|
T
H
 
H
A
 
A
A
 
Q
R
 
R
T
 
T
H
 
H
V
 
V
M
 
M
T
 
T
L
 
L
L
 
L
A
 
A
R
 
R
T
 
T
D
 
D
P
 
P
D
 
E
T
 
T
T
 
T
D
 
D
H
 
W
R
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
S
M
 
M
F
 
F
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
K
T
 
E
P
 
P
G
 
G
T
 
T
D
 
D
E
 
D
N
 
D
P
 
P
F
 
F
P
 
P
T
 
T
E
 
P
G
 
G
M
 
M
T
 
T
G
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
E
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
R
|
R
G
 
G
M
 
M
K
 
K
E
|
E
Y
 
Y
E
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
F
D
 
D
G
 
G
F
 
F
H
 
R
V
 
I
K
 
K
R
 
G
E
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
D
 
E
E
 
P
G
 
G
K
 
R
G
 
G
F
 
F
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
M
 
M
E
 
E
T
 
T
F
 
F
E
 
E
S
 
S
A
|
A
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
V
G
 
G
V
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
S
A
 
A
L
 
A
D
 
E
I
 
I
A
 
G
M
 
M
Q
 
R
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
V
D
 
D
R
|
R
K
 
K
Q
|
Q
F
|
F
G
 
G
K
 
K
P
 
S
L
|
L
I
 
I
A
 
E
F
|
F
P
 
P
R
|
R
V
|
V
A
 
A
S
 
D
K
 
K
L
 
L
A
 
A
M
 
M
M
 
M
A
 
A
V
 
V
E
 
E
I
 
I
M
 
M
I
 
I
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
L
 
L
T
 
T
Y
 
Y
F
|
F
S
 
S
A
 
A
W
|
W
E
 
E
K
 
K
D
 
D
N
 
H
G
 
G
H
 
R
R
 
R
C
 
C
D
 
D
L
 
L
E
 
E
A
 
A
G
 
G
M
 
M
A
 
A
K
 
K
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
A
W
 
W
A
 
A
A
 
A
A
 
A
D
 
D
N
 
N
G
 
A
L
 
L
Q
|
Q
I
|
I
H
 
H
G
|
G
G
|
G
N
 
N
G
 
G
F
|
F
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
K
 
A
I
 
I
S
 
S
R
 
R
V
 
V
L
 
L
C
 
C
D
 
D
A
 
A
R
 
R
I
 
I
L
 
L
N
 
N
I
|
I
F
|
F
E
 
E
G
 
G
A
|
A
A
 
A
E
|
E
I
|
I
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
I
 
I
A
 
A
R
|
R
R
 
R
L
 
L
L
 
L

4iv6B X-ray crystal structure of an isovaleryl-coa dehydrogenase from mycobacterium smegmatis (see paper)
40% identity, 69% coverage: 176:561/561 of query aligns to 2:377/383 of 4iv6B

query
sites
4iv6B
L
 
L
D
 
T
E
 
A
E
 
E
L
 
E
E
 
E
M
 
T
I
 
I
R
 
V
D
 
K
Q
 
T
F
 
V
R
 
H
R
 
D
Y
 
F
A
 
V
L
 
E
E
 
K
K
 
Q
V
 
V
E
 
K
P
 
P
N
 
V
A
 
V
H
 
R
D
 
E
W
 
L
H
 
E
L
 
H
K
 
A
D
 
N
E
 
T
L
 
Y
I
 
-
P
 
P
M
 
E
E
 
E
I
 
L
I
 
I
E
 
E
E
 
T
L
 
M
A
 
K
E
 
E
M
 
I
G
 
G
V
 
I
F
 
F
G
 
G
L
 
L
T
 
A
I
 
I
P
 
P
E
 
E
E
 
P
Y
 
Y
G
 
G
G
 
F
F
 
G
G
 
A
L
 
V
S
 
S
K
 
M
A
 
P
S
 
C
M
 
Y
C
 
V
V
 
Q
V
 
V
S
 
A
E
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
A
R
 
R
G
 
G
Y
 
W
I
 
M
G
 
S
V
 
L
-
 
A
G
 
G
S
 
A
L
 
M
G
 
G
T
 
G
R
 
H
S
 
T
E
 
-
I
 
V
A
 
V
A
 
S
E
 
K
L
 
L
I
 
L
I
 
L
A
 
L
G
 
F
G
 
G
T
 
T
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
K
 
K
A
 
Q
S
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
P
K
 
R
I
 
M
A
 
A
S
 
T
A
 
G
E
 
E
I
 
L
L
 
R
P
 
A
T
 
T
A
x
M
V
x
A
F
x
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
N
 
G
T
x
G
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
L
G
 
Q
S
 
A
L
 
M
R
 
R
T
 
T
R
 
V
A
 
A
V
 
R
K
 
R
D
 
D
D
 
G
N
 
D
G
 
-
D
 
D
Y
 
Y
Q
 
V
I
 
I
T
 
N
G
 
G
N
 
S
K
 
K
T
 
T
W
|
W
I
|
I
T
x
S
H
 
N
A
 
A
A
 
R
R
 
R
T
 
S
H
 
D
V
 
L
M
 
V
T
 
A
L
 
L
L
 
M
A
 
C
R
 
K
T
 
T
D
 
D
P
 
P
D
 
D
T
 
A
T
 
Q
D
 
P
-
 
A
H
 
H
R
 
K
G
 
G
L
 
V
S
 
S
M
 
I
F
 
L
L
 
L
A
 
V
E
 
E
K
 
K
T
 
V
P
 
P
G
 
G
T
 
F
D
 
D
E
 
-
N
 
-
P
 
-
F
 
-
P
 
-
T
 
-
E
 
-
G
 
-
M
 
-
T
 
V
G
 
S
G
 
R
E
 
D
I
 
L
E
 
P
V
 
K
L
 
L
G
 
G
Y
|
Y
R
 
K
G
 
G
M
 
V
K
 
E
E
x
S
Y
 
C
E
 
E
L
 
L
G
 
N
F
 
F
D
 
T
G
 
D
F
 
A
H
 
R
V
 
V
K
 
P
R
 
V
E
 
S
N
 
S
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
D
D
 
D
E
 
E
G
 
G
K
 
R
G
 
G
F
 
F
K
 
A
Q
 
Q
L
 
M
M
 
M
E
 
K
T
 
G
F
 
L
E
 
E
S
 
V
A
x
G
R
 
R
I
 
L
Q
 
Q
T
 
V
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
A
Q
 
R
S
 
A
A
 
A
L
 
F
D
 
E
I
 
D
A
 
A
M
 
L
Q
 
R
Y
 
Y
A
 
S
Q
 
Q
D
 
E
R
|
R
K
 
E
Q
x
S
F
|
F
G
 
G
K
 
K
P
 
P
L
x
I
I
 
W
A
 
Q
F
x
H
P
 
Q
R
x
S
V
|
V
A
 
G
S
 
N
K
 
M
L
 
L
A
 
A
M
 
D
M
 
M
A
 
G
V
 
T
E
 
K
I
 
L
M
 
Y
I
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
S
L
 
L
T
 
L
Y
 
L
F
 
S
S
 
A
A
 
A
W
 
E
E
 
K
K
 
F
D
 
D
N
 
A
G
 
G
H
 
Q
R
 
R
C
 
C
D
 
D
L
 
M
E
 
E
A
 
A
G
 
G
M
 
M
A
 
A
K
 
K
L
 
L
L
 
F
G
 
A
A
 
S
R
 
E
V
 
T
A
 
A
W
 
M
A
 
Q
A
 
I
A
 
A
D
 
L
N
 
D
G
 
A
L
 
V
Q
x
R
I
x
V
H
 
H
G
|
G
G
|
G
N
x
Y
G
 
G
F
x
Y
A
 
S
L
 
T
E
 
E
Y
 
Y
K
 
D
I
 
V
S
 
E
R
 
R
V
 
Y
L
 
F
C
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
P
I
x
L
L
 
M
N
 
I
I
x
V
F
x
G
E
|
E
G
|
G
A
x
T
A
 
N
E
|
E
I
|
I
Q
 
Q
A
 
R
Q
x
N
V
 
V
I
 
I
A
 
A
R
x
K
R
 
Q
L
 
L
L
 
V
A
 
A

1ukwB Crystal structure of medium-chain acyl-coa dehydrogenase from thermus thermophilus hb8
35% identity, 69% coverage: 176:561/561 of query aligns to 5:378/379 of 1ukwB

query
sites
1ukwB
L
 
L
D
 
T
E
 
E
E
 
E
L
 
Q
E
 
R
M
 
Q
I
 
L
R
 
Q
D
 
A
Q
 
L
F
 
A
R
 
R
R
 
R
Y
 
F
A
 
A
L
 
K
E
 
E
K
 
V
V
 
I
E
 
L
P
 
P
N
 
V
A
 
A
H
 
Q
D
 
E
W
 
Y
H
 
D
L
 
E
K
 
K
D
 
E
E
 
E
L
 
-
I
 
V
P
 
P
M
 
W
E
 
P
I
 
V
I
 
I
E
 
E
E
 
K
L
 
L
A
 
H
E
 
E
M
 
V
G
 
G
V
 
L
F
 
L
G
 
N
L
 
A
T
 
I
I
 
I
P
 
P
E
 
E
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
F
 
M
G
 
G
L
 
L
S
 
K
K
 
M
A
 
L
S
 
D
M
 
E
C
 
V
V
 
I
V
 
V
S
 
G
E
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
A
R
 
Y
G
 
A
Y
 
C
I
 
M
G
 
G
V
 
I
G
 
Y
S
 
T
L
 
I
G
 
P
T
 
M
R
 
A
S
 
S
E
 
D
I
 
L
A
 
G
A
 
I
E
 
T
L
 
P
I
 
V
I
 
L
A
 
L
G
 
A
G
 
G
T
 
T
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
K
 
K
A
 
E
S
 
R
W
 
F
L
 
L
P
 
R
K
 
P
I
 
L
A
 
T
S
 
E
A
 
K
E
 
P
I
 
A
L
 
L
P
 
A
T
 
A
A
x
F
V
 
A
F
x
L
T
x
S
E
 
E
P
 
P
N
 
G
T
 
N
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
A
G
 
A
S
 
A
L
 
L
R
 
K
T
 
T
R
 
R
A
 
A
V
 
I
K
 
R
D
 
Q
D
 
G
N
x
D
G
 
-
D
x
H
Y
 
Y
Q
 
V
I
 
L
T
 
N
G
 
G
N
 
T
K
 
K
T
 
M
W
|
W
I
|
I
T
x
S
H
 
N
A
 
G
A
 
G
R
 
E
T
 
A
H
 
E
V
 
W
M
 
V
T
 
V
L
 
V
L
 
F
A
 
A
R
 
T
T
 
V
D
 
N
P
 
P
D
 
E
T
 
L
T
 
R
D
 
-
H
 
H
R
 
K
G
 
G
L
 
V
S
 
V
M
 
A
F
 
L
L
 
V
A
 
V
E
 
E
K
 
R
-
 
G
T
 
T
P
 
P
G
 
G
T
 
-
D
 
-
E
 
-
N
 
-
P
 
-
F
 
F
P
 
K
T
 
A
E
 
I
G
 
K
M
 
I
T
 
H
G
 
G
G
x
K
E
 
-
I
 
-
E
 
-
V
 
-
L
 
M
G
 
G
Y
 
Q
R
 
R
G
 
A
M
 
S
K
 
G
E
x
T
Y
 
Y
E
 
E
L
 
L
G
 
V
F
 
F
D
 
E
G
 
D
F
 
V
H
 
K
V
 
V
K
 
P
R
 
V
E
 
E
N
 
N
L
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
-
D
 
E
E
 
E
G
 
G
K
 
E
G
 
G
F
 
F
K
 
K
Q
 
I
L
 
A
M
 
M
E
 
Q
T
 
T
F
 
L
E
 
N
S
 
K
A
x
T
R
 
R
I
 
I
Q
 
P
T
 
V
A
 
A
A
 
A
R
 
G
A
 
S
I
 
V
G
 
G
V
 
V
A
 
A
Q
 
R
S
 
R
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
E
A
 
A
M
 
R
Q
 
K
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
K
D
 
E
R
 
R
K
 
E
Q
 
A
F
 
F
G
 
G
K
 
E
P
 
P
L
 
I
I
 
A
A
 
N
F
 
F
P
 
Q
R
 
A
V
 
I
A
 
Q
S
 
F
K
 
K
L
 
L
A
 
V
M
 
D
M
 
M
A
 
L
V
 
I
E
 
G
I
 
I
M
 
E
I
 
T
A
 
A
R
 
R
Q
 
M
L
 
Y
T
 
T
Y
 
Y
F
 
Y
S
 
A
A
 
A
W
 
W
E
 
L
K
 
A
D
 
D
N
 
Q
G
 
G
H
 
L
R
 
P
C
 
H
D
 
A
L
 
H
E
 
A
A
 
S
G
 
A
M
 
I
A
 
A
K
 
K
L
 
A
L
 
Y
G
 
A
A
 
S
R
 
E
V
 
I
A
 
A
W
 
F
A
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
N
N
 
Q
G
 
A
L
 
I
Q
 
Q
I
 
I
H
 
H
G
 
G
G
 
G
N
 
Y
G
 
G
F
 
Y
A
 
V
L
 
R
E
 
E
Y
 
F
K
 
P
I
 
V
S
 
E
R
 
K
V
 
L
L
 
L
C
 
R
D
 
D
A
 
V
R
 
K
I
x
L
L
 
N
N
 
Q
I
|
I
F
x
Y
E
|
E
G
 
G
A
x
T
A
 
N
E
|
E
I
 
I
Q
 
Q
A
 
R
Q
x
L
V
 
I
I
 
I
A
 
A
R
|
R
R
 
H
L
 
I
L
 
L
A
 
A

1ukwA Crystal structure of medium-chain acyl-coa dehydrogenase from thermus thermophilus hb8
35% identity, 69% coverage: 176:561/561 of query aligns to 5:378/379 of 1ukwA

query
sites
1ukwA
L
 
L
D
 
T
E
 
E
E
 
E
L
 
Q
E
 
R
M
 
Q
I
 
L
R
 
Q
D
 
A
Q
 
L
F
 
A
R
 
R
R
 
R
Y
 
F
A
 
A
L
 
K
E
 
E
K
 
V
V
 
I
E
 
L
P
 
P
N
 
V
A
 
A
H
 
Q
D
 
E
W
 
Y
H
 
D
L
 
E
K
 
K
D
 
E
E
 
E
L
 
-
I
 
V
P
 
P
M
 
W
E
 
P
I
 
V
I
 
I
E
 
E
E
 
K
L
 
L
A
 
H
E
 
E
M
 
V
G
 
G
V
 
L
F
 
L
G
 
N
L
 
A
T
 
I
I
 
I
P
 
P
E
 
E
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
F
 
M
G
 
G
L
 
L
S
 
K
K
 
M
A
 
L
S
 
D
M
 
E
C
 
V
V
 
I
V
 
V
S
 
G
E
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
A
R
 
Y
G
 
A
Y
 
C
I
 
M
G
 
G
V
 
I
G
 
Y
S
 
T
L
 
I
G
 
P
T
 
M
R
 
A
S
 
S
E
 
D
I
 
L
A
 
G
A
 
I
E
 
T
L
 
P
I
 
V
I
 
L
A
 
L
G
 
A
G
 
G
T
 
T
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
K
 
K
A
 
E
S
 
R
W
 
F
L
 
L
P
 
R
K
 
P
I
 
L
A
 
T
S
 
E
A
 
K
E
 
P
I
 
A
L
 
L
P
 
A
T
 
A
A
x
F
V
 
A
F
x
L
T
x
S
E
 
E
P
 
P
N
 
G
T
 
N
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
A
G
 
A
S
 
A
L
 
L
R
 
K
T
 
T
R
 
R
A
 
A
V
 
I
K
 
R
D
 
Q
D
 
G
N
 
D
G
 
-
D
 
H
Y
 
Y
Q
 
V
I
 
L
T
 
N
G
 
G
N
 
T
K
 
K
T
 
M
W
|
W
I
|
I
T
x
S
H
 
N
A
 
G
A
 
G
R
 
E
T
 
A
H
 
E
V
 
W
M
 
V
T
 
V
L
 
V
L
 
F
A
 
A
R
 
T
T
 
V
D
 
N
P
 
P
D
 
E
T
 
L
T
 
R
D
 
-
H
 
H
R
 
K
G
 
G
L
 
V
S
 
V
M
 
A
F
 
L
L
 
V
A
 
V
E
 
E
K
 
R
-
 
G
T
 
T
P
 
P
G
 
G
T
 
-
D
 
-
E
 
-
N
 
-
P
 
-
F
 
F
P
 
K
T
 
A
E
 
I
G
 
K
M
 
I
T
 
H
G
 
G
G
x
K
E
 
-
I
 
-
E
 
-
V
 
-
L
 
M
G
 
G
Y
 
Q
R
 
R
G
 
A
M
 
S
K
 
G
E
x
T
Y
 
Y
E
 
E
L
 
L
G
 
V
F
 
F
D
 
E
G
 
D
F
 
V
H
 
K
V
 
V
K
 
P
R
 
V
E
 
E
N
 
N
L
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
-
D
 
E
E
 
E
G
 
G
K
 
E
G
 
G
F
 
F
K
 
K
Q
 
I
L
 
A
M
 
M
E
 
Q
T
 
T
F
 
L
E
 
N
S
 
K
A
x
T
R
 
R
I
 
I
Q
 
P
T
 
V
A
 
A
A
 
A
R
 
G
A
 
S
I
 
V
G
 
G
V
 
V
A
 
A
Q
 
R
S
 
R
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
E
A
 
A
M
 
R
Q
 
K
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
K
D
 
E
R
 
R
K
 
E
Q
 
A
F
 
F
G
 
G
K
 
E
P
 
P
L
 
I
I
 
A
A
 
N
F
 
F
P
 
Q
R
 
A
V
 
I
A
 
Q
S
 
F
K
 
K
L
 
L
A
 
V
M
 
D
M
 
M
A
 
L
V
 
I
E
 
G
I
 
I
M
 
E
I
 
T
A
 
A
R
 
R
Q
 
M
L
 
Y
T
 
T
Y
 
Y
F
 
Y
S
 
A
A
 
A
W
 
W
E
 
L
K
 
A
D
 
D
N
 
Q
G
 
G
H
 
L
R
 
P
C
 
H
D
 
A
L
 
H
E
 
A
A
 
S
G
 
A
M
 
I
A
 
A
K
 
K
L
 
A
L
 
Y
G
 
A
A
 
S
R
 
E
V
 
I
A
 
A
W
 
F
A
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
N
N
 
Q
G
 
A
L
 
I
Q
 
Q
I
 
I
H
 
H
G
 
G
G
 
G
N
 
Y
G
 
G
F
 
Y
A
 
V
L
 
R
E
 
E
Y
 
F
K
 
P
I
 
V
S
 
E
R
 
K
V
 
L
L
 
L
C
 
R
D
 
D
A
 
V
R
 
K
I
x
L
L
 
N
N
 
Q
I
|
I
F
x
Y
E
|
E
G
 
G
A
x
T
A
 
N
E
|
E
I
 
I
Q
 
Q
A
 
R
Q
x
L
V
 
I
I
 
I
A
 
A
R
|
R
R
 
H
L
 
I
L
 
L
A
 
A

5lnxD Crystal structure of mmgc, an acyl-coa dehydrogenase from bacillus subtilis.
38% identity, 68% coverage: 178:560/561 of query aligns to 4:373/374 of 5lnxD

query
sites
5lnxD
E
 
Q
E
 
E
L
 
Q
E
 
V
M
 
M
I
 
M
R
 
R
D
 
K
Q
 
M
F
 
V
R
 
R
R
 
D
Y
 
F
A
 
A
L
 
R
E
 
K
K
 
E
V
 
I
E
 
A
P
 
P
N
 
A
A
 
A
H
 
E
D
 
I
W
 
M
H
 
E
L
 
K
K
 
T
D
 
D
E
 
E
L
 
F
I
 
-
P
 
P
M
 
F
E
 
Q
I
 
L
I
 
I
E
 
K
E
 
K
L
 
M
A
 
G
E
 
K
M
 
H
G
 
G
V
 
L
F
 
M
G
 
G
L
 
I
T
 
P
I
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
F
 
A
G
 
G
L
 
A
S
 
D
K
 
V
A
 
V
S
 
S
M
 
Y
C
 
I
V
 
L
V
 
A
S
 
I
E
 
H
E
 
E
L
 
I
S
 
S
R
 
R
G
 
I
Y
 
S
I
 
A
G
 
A
V
 
V
G
 
G
S
 
V
-
 
I
L
 
L
G
 
S
T
 
V
R
 
H
S
 
T
E
 
S
I
 
V
A
 
G
A
 
T
E
 
N
L
 
P
I
 
I
I
 
L
A
 
Y
G
 
F
G
 
G
T
 
N
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
K
 
K
A
 
M
S
 
K
W
 
Y
L
 
I
P
 
P
K
 
N
I
 
L
A
 
A
S
 
S
A
 
G
E
 
D
I
 
H
L
 
L
P
 
G
T
 
A
A
x
F
V
 
A
F
x
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
N
 
H
T
 
S
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
A
G
 
G
S
 
S
L
 
L
R
 
R
T
 
T
R
 
T
A
 
A
V
 
I
K
 
K
D
 
K
D
 
-
N
 
N
G
 
G
D
 
K
Y
 
Y
Q
 
L
I
 
L
T
 
N
G
 
G
N
 
S
K
 
K
T
 
I
W
x
F
I
|
I
T
|
T
H
 
N
A
 
G
A
 
G
R
 
A
T
 
A
H
 
D
V
 
I
M
 
Y
T
 
I
L
 
T
L
 
F
A
 
A
R
 
L
T
 
T
D
 
A
P
 
P
D
 
D
T
 
Q
T
 
G
D
 
R
H
 
H
R
 
-
G
 
G
L
 
I
S
 
S
M
 
A
F
 
F
L
 
I
A
 
V
E
 
E
K
 
K
T
 
N
P
 
-
G
 
-
T
 
-
D
 
-
E
 
-
N
 
-
P
 
-
F
 
-
P
 
-
T
 
T
E
 
P
G
 
G
M
 
F
T
 
T
G
 
V
G
 
G
E
 
K
I
 
K
E
 
E
-
 
R
V
 
K
L
 
L
G
 
G
Y
 
L
R
 
Y
G
 
G
M
 
S
K
 
N
E
 
T
Y
 
T
E
 
E
L
 
L
G
 
I
F
 
F
D
 
D
G
 
N
F
 
A
H
 
E
V
 
V
K
 
P
R
 
E
E
 
A
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
-
D
 
K
E
 
E
G
 
G
K
 
D
G
 
G
F
 
F
K
 
H
Q
 
I
L
 
A
M
 
M
E
 
A
T
 
N
F
 
L
E
 
N
S
 
V
A
x
G
R
 
R
I
 
I
Q
 
G
T
 
I
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
A
I
 
L
G
 
G
V
 
I
A
 
A
Q
 
E
S
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
E
I
 
H
A
 
A
M
 
V
Q
 
D
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
K
D
 
Q
R
|
R
K
 
V
Q
|
Q
F
|
F
G
 
G
K
 
R
P
 
P
L
x
I
I
 
A
A
 
A
F
x
N
P
 
Q
R
 
G
V
x
I
A
 
S
S
 
F
K
 
K
L
 
L
A
 
A
M
 
D
M
 
M
A
 
A
V
 
T
E
 
R
I
 
A
M
 
E
I
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
H
L
 
L
T
 
V
Y
 
Y
F
 
H
S
 
A
A
 
A
W
 
-
E
 
D
K
 
L
D
 
H
N
 
N
G
 
R
H
 
L
R
 
N
C
 
C
D
 
G
L
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
S
M
 
M
A
 
A
K
 
K
L
 
Q
L
 
F
G
 
A
A
 
S
R
 
D
V
 
A
A
 
A
W
 
V
A
 
K
A
 
A
A
 
L
D
 
D
N
 
-
G
 
A
L
 
V
Q
|
Q
I
|
I
H
 
Y
G
|
G
G
|
G
N
x
Y
G
 
G
F
 
Y
A
 
M
L
 
K
E
 
D
Y
 
Y
K
 
P
I
 
V
S
 
E
R
 
R
V
 
L
L
 
L
C
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
K
I
 
V
L
 
T
N
 
Q
I
 
I
F
x
Y
E
|
E
G
 
G
A
x
T
A
 
N
E
|
E
I
 
I
Q
 
Q
A
 
R
Q
 
L
V
 
I
I
 
I
A
 
S
R
x
K
R
 
Y
L
 
L
L
 
L

5ol2C The electron transferring flavoprotein/butyryl-coa dehydrogenase complex from clostridium difficile (see paper)
37% identity, 68% coverage: 178:560/561 of query aligns to 6:377/378 of 5ol2C

query
sites
5ol2C
E
 
K
E
 
K
L
 
Y
E
 
Q
M
 
M
I
 
L
R
 
K
D
 
E
Q
 
L
F
 
Y
R
 
V
R
 
S
Y
 
F
A
 
A
L
 
E
E
 
N
K
 
E
V
 
V
E
 
K
P
 
P
N
 
L
A
 
A
H
 
T
D
x
E
W
 
L
H
 
D
L
 
-
K
 
E
D
x
E
E
 
E
L
 
R
I
 
F
P
 
P
M
 
Y
E
 
E
I
 
T
I
 
V
E
 
E
E
 
K
L
 
M
A
 
A
E
 
K
M
 
A
G
 
G
V
 
M
F
 
M
G
 
G
L
 
I
T
 
P
I
 
Y
P
 
P
E
 
K
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
F
 
E
G
 
G
L
 
G
S
 
D
K
 
T
A
 
V
S
 
G
M
 
Y
C
 
I
V
 
M
V
 
A
S
 
V
E
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
S
R
 
R
-
 
V
-
 
C
G
 
G
Y
 
T
I
 
T
G
 
G
V
 
V
G
 
-
S
 
I
L
 
L
G
 
S
T
 
A
R
 
H
S
 
T
E
 
S
I
 
L
A
 
G
A
 
S
E
 
W
L
 
P
I
 
I
I
 
Y
A
 
Q
G
 
Y
G
 
G
T
 
N
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
K
 
K
A
 
Q
S
 
K
W
 
F
L
 
L
P
 
R
K
 
P
I
 
L
A
 
A
S
 
S
A
 
G
E
 
E
I
 
K
L
 
L
P
 
G
T
 
A
A
x
F
V
 
G
F
x
L
T
|
T
E
 
E
P
|
P
N
 
N
T
 
A
G
|
G
S
x
T
D
 
D
L
 
A
G
x
S
S
 
G
L
 
Q
R
 
Q
T
 
T
R
 
T
A
 
A
V
 
V
K
 
L
D
 
D
D
 
G
N
 
D
G
 
-
D
 
E
Y
 
Y
Q
 
I
I
 
L
T
 
N
G
 
G
N
 
S
K
 
K
T
 
I
W
x
F
I
|
I
T
|
T
H
 
N
A
 
A
A
 
I
R
 
A
T
 
G
H
 
D
V
 
I
M
 
Y
T
 
V
L
 
V
L
 
M
A
 
A
R
 
M
T
 
T
D
 
D
P
 
-
D
 
K
T
 
S
T
 
K
D
 
G
H
 
N
R
 
K
G
 
G
L
 
I
S
 
S
M
 
A
F
 
F
L
 
I
A
 
V
E
 
E
K
 
K
-
 
G
T
 
T
P
 
P
G
 
G
T
 
F
D
 
S
E
 
-
N
 
-
P
 
-
F
 
-
P
 
-
T
 
-
E
 
-
G
 
-
M
 
-
T
 
F
G
 
G
G
 
V
E
 
K
I
 
E
E
 
K
V
 
K
L
 
M
G
 
G
Y
 
I
R
 
R
G
 
G
M
 
S
K
 
A
E
x
T
Y
 
S
E
 
E
L
 
L
G
 
I
F
 
F
D
 
E
G
 
D
F
 
C
H
 
R
V
 
I
K
 
P
R
 
K
E
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
-
D
 
K
E
 
E
G
 
G
K
 
Q
G
 
G
F
|
F
K
 
K
Q
 
I
L
 
A
M
|
M
E
 
S
T
 
T
F
x
L
E
 
D
S
 
G
A
x
G
R
|
R
I
 
I
Q
 
G
T
 
I
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
A
I
 
L
G
 
G
V
 
L
A
 
A
Q
 
Q
S
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
E
A
 
T
M
 
V
Q
 
K
Y
 
Y
A
 
V
Q
 
K
D
 
E
R
|
R
K
 
V
Q
|
Q
F
|
F
G
 
G
K
 
R
P
 
P
L
|
L
I
 
S
A
 
K
F
|
F
P
 
Q
R
 
N
V
x
T
A
 
Q
S
 
F
K
 
Q
L
 
L
A
 
A
M
 
D
M
 
M
A
 
E
V
 
V
E
 
K
I
 
V
M
 
Q
I
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
H
L
 
L
T
 
V
Y
 
Y
F
 
Q
S
 
A
A
 
A
W
 
I
E
 
N
K
 
K
D
 
D
N
 
L
G
 
G
H
 
K
R
 
P
C
 
Y
D
 
G
L
 
V
E
 
E
A
 
A
G
 
A
M
 
M
A
 
A
K
 
K
L
 
L
L
 
F
G
 
A
A
 
A
R
 
E
V
 
T
A
 
A
W
 
M
A
 
E
A
 
V
A
 
T
D
 
T
N
 
K
G
 
A
L
 
V
Q
|
Q
I
x
L
H
|
H
G
|
G
G
|
G
N
x
Y
G
 
G
F
 
Y
A
x
T
L
 
R
E
x
D
Y
|
Y
K
 
P
I
 
V
S
 
E
R
 
R
V
 
M
L
 
M
C
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
K
I
|
I
L
 
T
N
 
E
I
|
I
F
x
Y
E
|
E
G
|
G
A
x
T
A
 
S
E
|
E
I
x
V
Q
 
Q
A
 
R
Q
 
M
V
 
V
I
 
I
A
 
S
R
x
G
R
 
K
L
 
L
L
 
L

4n5fA Crystal structure of a putative acyl-coa dehydrogenase with bound fadh2 from burkholderia cenocepacia j2315
35% identity, 68% coverage: 178:559/561 of query aligns to 8:378/378 of 4n5fA

query
sites
4n5fA
E
 
E
E
 
D
L
 
Q
E
 
R
M
 
M
I
 
I
R
 
R
D
 
D
Q
 
A
F
 
A
R
 
R
R
 
A
Y
 
F
A
 
A
L
 
T
E
 
E
K
 
M
V
 
L
E
 
A
P
 
P
N
 
N
A
 
A
H
 
A
D
 
Q
W
 
W
H
 
D
L
 
-
K
 
H
D
 
D
E
 
A
L
 
H
I
 
L
P
 
P
M
 
D
E
 
A
I
 
I
I
 
V
E
 
A
E
 
Q
L
 
L
A
 
G
E
 
E
M
 
L
G
 
G
V
 
L
F
 
L
G
 
G
L
 
M
T
 
I
I
 
V
P
 
P
E
 
Q
E
 
E
Y
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
S
G
 
Y
L
 
T
S
 
D
K
 
Y
A
 
V
S
 
A
M
 
Y
C
 
A
V
 
L
V
 
A
S
 
M
E
 
E
E
 
E
L
 
V
S
 
A
R
 
A
G
 
G
Y
 
D
I
 
A
G
 
A
V
 
C
G
 
A
S
 
T
L
 
M
-
 
M
G
 
S
T
 
V
R
 
H
S
 
N
E
 
S
I
 
V
A
 
G
A
 
C
E
 
G
L
 
P
I
 
I
I
 
L
A
 
G
G
 
F
G
 
G
T
 
T
E
 
P
E
 
A
Q
 
Q
K
 
K
A
 
D
S
 
R
W
 
W
L
 
L
P
 
A
K
 
D
I
 
M
A
 
A
S
 
A
A
 
G
E
 
R
I
 
V
L
 
I
P
 
G
T
 
A
A
x
F
V
 
C
F
x
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
N
 
H
T
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
E
L
 
A
G
 
N
S
 
N
L
 
L
R
 
R
T
 
T
R
 
R
A
 
A
V
 
E
K
 
L
D
 
R
D
 
D
N
 
-
G
 
G
D
 
Q
Y
 
W
Q
 
V
I
 
L
T
 
N
G
 
G
N
 
A
K
 
K
T
 
Q
W
x
F
I
x
V
T
|
T
H
 
N
A
 
G
A
 
Q
R
 
R
T
 
A
H
 
G
V
 
V
M
 
A
T
 
I
L
 
V
L
 
F
A
 
A
R
 
M
T
 
T
D
 
D
P
 
P
D
 
E
T
 
A
T
 
-
D
 
G
H
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
I
S
 
S
M
 
A
F
 
F
L
 
L
A
 
V
E
 
-
K
 
-
T
 
-
P
 
-
G
 
-
T
 
-
D
 
-
E
 
-
N
 
-
P
 
P
F
 
T
P
 
D
T
 
T
E
 
P
G
 
G
M
 
F
T
 
I
G
 
V
G
 
G
E
 
K
I
 
P
E
 
E
V
 
K
-
 
K
L
 
M
G
 
G
Y
 
I
R
 
R
G
 
A
M
 
S
K
 
D
E
x
T
Y
 
C
E
 
P
L
 
I
G
 
T
F
 
F
D
 
E
G
 
N
F
 
C
H
 
A
V
 
I
K
 
P
R
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
-
D
 
N
E
 
R
G
 
G
K
 
E
G
 
G
F
 
L
K
 
K
Q
 
I
L
 
A
M
 
L
E
 
S
T
 
N
F
 
L
E
 
E
S
 
G
A
x
G
R
 
R
I
 
I
Q
 
G
T
 
I
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
A
I
 
L
G
 
G
V
 
I
A
 
A
Q
 
R
S
 
A
A
 
A
L
 
F
D
 
D
I
 
K
A
 
A
M
 
R
Q
 
R
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
G
D
 
E
R
 
R
K
 
V
Q
 
Q
F
 
F
G
 
G
K
 
K
P
 
P
L
 
I
I
 
A
A
 
E
F
 
H
P
 
Q
R
 
A
V
 
I
A
 
Q
S
 
Q
K
 
K
L
 
L
A
 
A
M
 
D
M
 
M
A
 
A
V
 
V
E
 
Q
I
 
I
M
 
N
I
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
L
L
 
L
T
 
V
Y
 
H
F
 
H
S
 
A
A
 
A
W
 
K
E
 
L
K
 
R
D
 
T
N
 
A
G
 
G
H
 
L
R
 
P
C
 
C
D
 
L
L
 
S
E
 
E
A
 
A
G
 
S
M
 
Q
A
 
A
K
 
K
L
 
L
L
 
F
G
 
A
A
 
S
R
 
E
V
 
M
A
 
A
W
 
E
A
 
R
A
 
V
A
 
C
D
 
S
N
 
D
G
 
A
L
 
I
Q
 
Q
I
 
I
H
 
H
G
 
G
G
 
G
N
 
Y
G
 
G
F
 
Y
A
 
L
L
 
V
E
 
D
Y
 
Y
K
 
E
I
 
V
S
 
E
R
 
R
V
 
H
L
 
Y
C
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
R
I
|
I
L
 
T
N
 
Q
I
 
I
F
x
Y
E
|
E
G
 
G
A
x
T
A
 
S
E
|
E
I
 
V
Q
 
Q
A
 
R
Q
x
M
V
 
V
I
 
I
A
 
A
R
|
R
R
 
Q
L
 
L

P41367 Medium-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial; MCAD; EC 1.3.8.7 from Sus scrofa (Pig) (see 2 papers)
35% identity, 68% coverage: 174:557/561 of query aligns to 35:413/421 of P41367

query
sites
P41367
S
 
S
G
 
G
L
 
F
D
 
S
E
 
F
E
 
E
L
 
L
E
 
T
M
 
E
I
 
Q
R
 
Q
D
 
K
Q
 
E
F
 
F
-
 
Q
-
 
A
-
 
T
-
 
A
R
 
R
R
 
K
Y
 
F
A
 
A
L
 
R
E
 
E
K
 
E
V
 
I
E
 
I
P
 
P
N
 
V
A
 
A
H
 
A
D
 
E
W
 
Y
H
 
D
L
 
R
K
 
T
D
 
G
E
 
E
L
 
Y
I
 
-
P
 
P
M
 
V
E
 
P
I
 
L
I
 
L
E
 
K
E
 
R
L
 
A
A
 
W
E
 
E
M
 
L
G
 
G
V
 
L
F
 
M
G
 
N
L
 
T
T
 
H
I
 
I
P
 
P
E
 
E
E
 
S
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
F
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
G
K
 
I
A
 
I
S
 
D
M
 
S
C
 
C
V
 
L
V
 
I
S
 
T
E
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
A
R
 
Y
G
 
G
Y
 
C
I
 
T
G
 
G
V
 
V
G
 
Q
S
 
T
L
 
A
G
 
I
T
 
E
R
 
A
S
 
N
E
 
T
I
 
L
A
 
G
A
 
Q
E
 
V
L
 
P
I
 
L
I
 
I
A
 
I
G
 
G
G
 
G
T
 
N
E
 
Y
E
 
Q
Q
 
Q
K
 
Q
A
 
K
S
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
G
K
 
R
I
 
M
A
 
T
S
 
E
A
 
E
E
 
P
I
 
L
L
 
M
P
 
C
T
 
A
A
x
Y
V
x
C
F
x
V
T
|
T
E
|
E
P
|
P
N
x
G
T
x
A
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
V
G
 
A
S
 
G
L
 
I
R
 
K
T
 
T
R
 
K
A
 
A
V
 
E
K
 
K
D
 
K
D
 
G
N
 
D
G
 
-
D
 
E
Y
 
Y
Q
 
I
I
 
I
T
 
N
G
 
G
N
 
Q
K
 
K
T
 
M
W
|
W
I
|
I
T
|
T
H
 
N
A
 
G
A
 
G
R
 
K
T
 
A
H
 
N
V
 
W
M
 
Y
T
 
F
L
 
L
L
 
L
A
 
A
R
 
R
T
 
S
D
 
D
P
 
P
D
 
D
-
 
P
-
 
K
T
 
A
T
 
P
D
 
A
H
x
S
R
 
K
G
 
A
L
 
F
S
 
T
M
 
G
F
 
F
L
 
I
A
 
V
E
 
E
K
 
A
T
 
D
P
 
-
G
 
-
T
 
-
D
 
-
E
 
-
N
 
-
P
 
-
F
 
-
P
 
-
T
 
T
E
 
P
G
 
G
M
 
V
T
 
Q
G
 
I
G
 
G
E
 
R
I
 
K
E
 
E
V
 
I
-
 
N
L
 
M
G
 
G
Y
 
Q
R
 
R
G
 
C
M
 
S
K
 
D
E
 
T
Y
 
R
E
 
G
L
 
I
G
 
V
F
 
F
D
 
E
G
 
D
F
 
V
H
 
R
V
 
V
K
 
P
R
 
K
E
 
E
N
 
N
L
 
V
L
 
L
G
 
T
G
 
G
D
 
-
E
 
E
G
 
G
K
 
A
G
 
G
F
 
F
K
 
K
Q
 
I
L
 
A
M
 
M
E
 
G
T
 
T
F
 
F
E
x
D
S
 
K
A
 
T
R
|
R
I
 
P
Q
 
P
T
 
V
A
 
A
A
 
A
R
 
G
A
 
A
I
 
V
G
 
G
V
 
L
A
 
A
Q
 
Q
S
 
R
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
E
A
 
A
M
 
T
Q
 
K
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
L
D
 
E
R
|
R
K
|
K
Q
x
T
F
 
F
G
 
G
K
 
K
P
 
L
L
 
L
I
 
A
A
 
E
F
x
H
P
x
Q
R
 
G
V
 
I
A
 
S
S
 
F
K
 
L
L
 
L
A
 
A
M
 
D
M
 
M
A
 
A
V
 
M
E
 
K
I
 
V
M
 
E
I
 
L
A
 
A
R
 
R
Q
 
L
L
 
S
T
 
Y
Y
 
Q
F
 
R
S
 
A
A
 
A
W
 
W
E
 
E
K
 
I
D
 
D
N
 
S
G
 
G
H
 
R
R
|
R
C
 
N
D
x
T
L
 
Y
E
 
Y
A
 
A
G
 
S
M
 
I
A
 
A
K
 
K
L
 
A
L
 
Y
G
 
A
A
 
A
R
 
D
V
 
I
A
 
A
W
 
N
A
 
Q
A
 
L
A
 
A
D
 
T
N
 
D
G
 
A
L
 
V
Q
|
Q
I
x
V
H
x
F
G
|
G
G
|
G
N
 
N
G
 
G
F
 
F
A
 
N
L
 
T
E
 
E
Y
 
Y
K
 
P
I
 
V
S
 
E
R
 
K
V
 
L
L
 
M
C
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
K
I
 
I
L
 
Y
N
 
Q
I
 
I
F
 
Y
E
|
E
G
|
G
A
x
T
A
|
A
E
x
Q
I
 
I
Q
 
Q
A
 
R
Q
 
I
V
 
I
I
 
I
A
 
A
R
 
R

2a1tC Structure of the human mcad:etf e165betaa complex (see paper)
35% identity, 66% coverage: 188:557/561 of query aligns to 20:380/388 of 2a1tC

query
sites
2a1tC
R
 
R
R
 
K
Y
 
F
A
 
A
L
 
R
E
 
E
K
 
E
V
 
I
E
 
I
P
 
P
N
 
V
A
 
A
H
 
A
D
 
E
W
 
Y
H
 
D
L
 
K
K
 
T
D
 
G
E
 
E
L
 
Y
I
 
-
P
 
P
M
 
V
E
 
P
I
 
L
I
 
I
E
 
R
E
 
R
L
 
A
A
 
W
E
 
E
M
 
L
G
 
G
V
 
L
F
 
M
G
 
N
L
 
T
T
 
H
I
 
I
P
 
P
E
 
E
E
 
N
Y
 
C
G
 
G
G
 
G
F
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
G
K
 
T
A
 
F
S
 
D
M
 
A
C
 
C
V
 
L
V
 
I
S
 
S
E
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
A
R
 
Y
G
 
G
Y
 
C
I
 
T
G
 
G
V
 
V
G
 
Q
S
 
T
L
 
A
G
 
I
T
 
E
R
 
G
S
 
N
E
 
S
I
 
L
A
 
G
A
 
Q
E
 
M
L
 
P
I
 
I
I
 
I
A
 
I
G
 
A
G
 
G
T
 
N
E
 
D
E
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
A
 
K
S
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
G
K
 
R
I
 
M
A
 
T
S
 
E
A
 
E
E
 
P
I
 
L
L
 
M
P
 
C
T
 
A
A
x
Y
V
 
C
F
x
V
T
|
T
E
 
E
P
|
P
N
 
G
T
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
V
G
 
A
S
 
G
L
 
I
R
 
K
T
 
T
R
 
K
A
 
A
V
 
E
K
 
K
D
 
K
D
 
G
N
 
D
G
 
-
D
 
E
Y
 
Y
Q
 
I
I
 
I
T
 
N
G
 
G
N
x
Q
K
 
K
T
x
M
W
|
W
I
|
I
T
|
T
H
 
N
A
 
G
A
 
G
R
 
K
T
 
A
H
 
N
V
 
W
M
 
Y
T
 
F
L
 
L
L
 
L
A
 
A
R
 
R
T
 
S
D
 
D
P
 
P
D
 
D
-
 
P
-
 
K
T
 
A
T
 
P
D
 
A
H
 
N
R
 
K
G
 
A
L
 
F
S
 
T
M
 
G
F
 
F
L
 
I
A
 
V
E
 
E
K
 
A
T
 
D
P
 
-
G
 
-
T
 
-
D
 
-
E
 
-
N
 
-
P
 
-
F
 
-
P
 
-
T
 
T
E
 
P
G
 
G
M
 
I
T
 
Q
G
 
I
G
 
G
E
 
R
I
 
K
E
|
E
V
 
L
-
 
N
L
 
M
G
 
G
Y
 
Q
R
 
R
G
 
C
M
 
S
K
 
D
E
 
T
Y
 
R
E
 
G
L
 
I
G
 
V
F
 
F
D
 
E
G
 
D
F
 
V
H
 
K
V
 
V
K
 
P
R
 
K
E
 
E
N
 
N
L
 
V
L
 
L
G
 
I
G
 
G
D
 
D
E
 
-
G
 
G
K
 
A
G
 
G
F
 
F
K
 
K
Q
 
V
L
 
A
M
 
M
E
 
G
T
 
A
F
 
F
E
 
D
S
 
K
A
x
T
R
 
R
I
 
P
Q
 
V
T
 
V
A
 
A
A
 
A
R
 
G
A
 
A
I
 
V
G
 
G
V
 
L
A
 
A
Q
 
Q
S
 
R
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
E
A
 
A
M
 
T
Q
 
K
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
L
D
 
E
R
|
R
K
 
K
Q
x
T
F
|
F
G
 
G
K
 
K
P
 
L
L
|
L
I
 
V
A
 
E
F
x
H
P
 
Q
R
 
A
V
x
I
A
 
S
S
 
F
K
 
M
L
 
L
A
 
A
M
 
E
M
 
M
A
 
A
V
 
M
E
 
K
I
 
V
M
 
E
I
 
L
A
 
A
R
 
R
Q
 
M
L
 
S
T
 
Y
Y
 
Q
F
 
R
S
 
A
A
 
A
W
 
W
E
 
E
K
 
V
D
 
D
N
 
S
G
 
G
H
 
R
R
 
R
C
 
N
D
 
T
L
 
Y
E
 
Y
A
 
A
G
 
S
M
 
I
A
 
A
K
 
K
L
 
A
L
 
F
G
 
A
A
 
G
R
 
D
V
 
I
A
 
A
W
 
N
A
 
Q
A
 
L
A
 
A
D
 
T
N
 
D
G
 
A
L
 
V
Q
|
Q
I
|
I
H
 
L
G
|
G
G
|
G
N
 
N
G
 
G
F
 
F
A
 
N
L
 
T
E
 
E
Y
 
Y
K
 
P
I
 
V
S
 
E
R
 
K
V
 
L
L
 
M
C
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
K
I
|
I
L
 
Y
N
 
Q
I
|
I
F
x
Y
E
|
E
G
 
G
A
x
T
A
 
S
E
x
Q
I
 
I
Q
 
Q
A
 
R
Q
x
L
V
 
I
I
 
V
A
 
A
R
|
R

3mdeA Crystal structures of medium chain acyl-coa dehydrogenase from pig liver mitochondria with and without substrate (see paper)
34% identity, 68% coverage: 176:557/561 of query aligns to 6:378/385 of 3mdeA

query
sites
3mdeA
L
 
L
D
 
T
E
 
E
E
 
Q
L
 
Q
E
 
K
M
 
E
I
 
F
R
 
Q
D
 
A
Q
 
T
F
 
A
R
 
R
R
 
K
Y
 
F
A
 
A
L
 
R
E
 
E
K
 
E
V
 
I
E
 
I
P
 
P
N
 
V
A
 
A
H
 
A
D
 
E
W
 
Y
H
 
D
L
 
R
K
 
T
D
 
G
E
 
E
L
 
Y
I
 
-
P
 
P
M
 
V
E
 
P
I
 
L
I
 
L
E
 
K
E
 
R
L
 
A
A
 
W
E
 
E
M
 
L
G
 
G
V
 
L
F
 
M
G
 
N
L
 
T
T
 
H
I
 
I
P
 
P
E
 
E
E
 
S
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
F
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
G
K
 
I
A
 
I
S
 
D
M
 
S
C
 
C
V
 
L
V
 
I
S
 
T
E
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
A
R
 
Y
G
 
G
Y
 
C
I
 
T
G
 
G
V
 
V
G
 
Q
S
x
T
L
 
A
G
 
I
T
x
E
R
x
A
S
 
N
E
 
T
I
x
L
A
 
G
A
 
Q
E
 
V
L
 
P
I
 
L
I
 
I
A
 
I
G
 
G
G
 
G
T
 
N
E
 
Y
E
 
Q
Q
 
Q
K
 
Q
A
 
K
S
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
G
K
 
R
I
 
M
A
 
T
S
 
E
A
 
E
E
 
P
I
 
L
L
 
M
P
 
C
T
 
A
A
x
Y
V
 
C
F
x
V
T
|
T
E
 
E
P
 
P
N
 
G
T
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
x
V
G
 
A
S
 
G
L
 
I
R
 
K
T
 
T
R
 
K
A
 
A
V
 
E
K
 
K
D
 
K
D
 
G
N
 
D
G
 
-
D
 
E
Y
 
Y
Q
 
I
I
 
I
T
 
N
G
 
G
N
 
Q
K
 
K
T
 
M
W
|
W
I
|
I
T
|
T
H
 
N
A
 
G
A
 
G
R
 
K
T
 
A
H
 
N
V
 
W
M
 
Y
T
 
F
L
 
L
L
 
L
A
 
A
R
 
R
T
 
S
D
 
D
P
 
P
D
 
D
-
 
P
-
 
K
T
 
A
T
 
P
D
 
A
H
x
S
R
 
K
G
 
A
L
 
F
S
 
T
M
 
G
F
 
F
L
 
I
A
 
V
E
 
E
K
 
A
T
 
D
P
 
-
G
 
-
T
 
-
D
 
-
E
 
-
N
 
-
P
 
-
F
 
-
P
 
-
T
 
T
E
 
P
G
 
G
M
 
V
T
 
Q
G
 
I
G
 
G
E
 
R
I
 
K
E
 
E
V
 
I
-
 
N
L
 
M
G
 
G
Y
 
Q
R
 
R
G
 
C
M
 
S
K
 
D
E
 
T
Y
 
R
E
 
G
L
 
I
G
 
V
F
 
F
D
 
E
G
 
D
F
 
V
H
 
R
V
 
V
K
 
P
R
 
K
E
 
E
N
 
N
L
 
V
L
 
L
G
 
T
G
 
G
D
 
-
E
 
E
G
 
G
K
 
A
G
 
G
F
|
F
K
 
K
Q
 
I
L
 
A
M
|
M
E
 
G
T
 
T
F
|
F
E
x
D
S
 
K
A
x
T
R
 
R
I
 
P
Q
 
P
T
 
V
A
 
A
A
 
A
R
 
G
A
 
A
I
 
V
G
 
G
V
 
L
A
 
A
Q
 
Q
S
 
R
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
E
A
 
A
M
 
T
Q
 
K
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
L
D
 
E
R
|
R
K
 
K
Q
x
T
F
|
F
G
 
G
K
 
K
P
 
L
L
|
L
I
 
A
A
 
E
F
x
H
P
 
Q
R
 
G
V
x
I
A
 
S
S
 
F
K
 
L
L
 
L
A
 
A
M
 
D
M
 
M
A
 
A
V
 
M
E
 
K
I
 
V
M
 
E
I
 
L
A
 
A
R
 
R
Q
 
L
L
 
S
T
 
Y
Y
 
Q
F
 
R
S
 
A
A
 
A
W
 
W
E
 
E
K
 
I
D
 
D
N
 
S
G
 
G
H
 
R
R
|
R
C
 
N
D
x
T
L
 
Y
E
 
Y
A
 
A
G
 
S
M
 
I
A
 
A
K
 
K
L
 
A
L
 
Y
G
 
A
A
 
A
R
 
D
V
 
I
A
 
A
W
 
N
A
 
Q
A
 
L
A
 
A
D
 
T
N
 
D
G
 
A
L
 
V
Q
|
Q
I
x
V
H
 
F
G
|
G
G
|
G
N
 
N
G
 
G
F
 
F
A
 
N
L
 
T
E
 
E
Y
 
Y
K
 
P
I
 
V
S
 
E
R
 
K
V
 
L
L
 
M
C
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
K
I
|
I
L
 
Y
N
 
Q
I
|
I
F
x
Y
E
|
E
G
|
G
A
x
T
A
 
A
E
x
Q
I
|
I
Q
 
Q
A
 
R
Q
x
I
V
x
I
I
 
I
A
 
A
R
|
R

3mddA Crystal structures of medium chain acyl-coa dehydrogenase from pig liver mitochondria with and without substrate (see paper)
34% identity, 68% coverage: 176:557/561 of query aligns to 6:378/385 of 3mddA

query
sites
3mddA
L
 
L
D
 
T
E
 
E
E
 
Q
L
 
Q
E
 
K
M
 
E
I
 
F
R
 
Q
D
 
A
Q
 
T
F
 
A
R
 
R
R
 
K
Y
 
F
A
 
A
L
 
R
E
 
E
K
 
E
V
 
I
E
 
I
P
 
P
N
 
V
A
 
A
H
 
A
D
 
E
W
 
Y
H
 
D
L
 
R
K
 
T
D
 
G
E
 
E
L
 
Y
I
 
-
P
 
P
M
 
V
E
 
P
I
 
L
I
 
L
E
 
K
E
 
R
L
 
A
A
 
W
E
 
E
M
 
L
G
 
G
V
 
L
F
 
M
G
 
N
L
 
T
T
 
H
I
 
I
P
 
P
E
 
E
E
 
S
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
F
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
G
K
 
I
A
 
I
S
 
D
M
 
S
C
 
C
V
 
L
V
 
I
S
 
T
E
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
A
R
 
Y
G
 
G
Y
 
C
I
 
T
G
 
G
V
 
V
G
 
Q
S
 
T
L
 
A
G
 
I
T
 
E
R
 
A
S
 
N
E
 
T
I
 
L
A
 
G
A
 
Q
E
 
V
L
 
P
I
 
L
I
 
I
A
 
I
G
 
G
G
 
G
T
 
N
E
 
Y
E
 
Q
Q
 
Q