SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF1319 FitnessBrowser__Phaeo:GFF1319 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 14 hits to proteins with known functional sites (download)

1y80A Structure of a corrinoid (factor iiim)-binding protein from moorella thermoacetica
54% identity, 53% coverage: 101:224/233 of query aligns to 2:125/125 of 1y80A

query
sites
1y80A
P
 
P
R
 
S
M
 
V
G
 
G
S
 
K
M
 
I
V
 
V
I
 
L
G
 
G
T
 
T
V
 
V
K
 
K
G
 
G
D
|
D
I
x
L
H
|
H
D
|
D
I
|
I
G
|
G
K
 
K
N
 
N
L
 
L
V
|
V
S
 
A
M
 
M
M
 
M
M
 
L
E
 
E
G
 
S
A
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
T
V
 
V
V
 
Y
D
 
N
I
 
L
G
 
G
I
 
V
N
 
D
N
 
I
P
 
E
V
 
P
E
 
G
N
 
K
Y
 
F
L
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
V
E
 
K
E
 
K
H
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
D
 
D
I
 
I
L
 
V
G
|
G
M
|
M
S
|
S
A
 
A
L
|
L
L
|
L
T
|
T
T
 
T
T
|
T
M
 
M
P
 
M
Y
 
N
M
 
M
K
 
K
V
 
S
V
 
T
I
 
I
D
 
D
T
 
A
M
 
L
I
 
I
E
 
A
Q
 
A
G
 
G
K
 
L
R
 
R
D
 
D
D
 
R
Y
 
V
I
 
K
V
 
V
L
x
I
V
 
V
G
|
G
G
|
G
A
|
A
P
 
P
L
 
L
N
 
S
E
 
Q
E
 
D
F
 
F
G
 
A
K
 
D
A
 
E
I
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
C
 
A
R
x
P
D
|
D
A
|
A
A
 
A
V
 
S
A
 
A
V
 
T
E
 
E
M
 
L
A
 
C
K
 
R
D
 
Q
F
 
L
V
 
L

7xcnP Crystal structure of the mttb-mttc complex at 2.7 a resolution (see paper)
36% identity, 89% coverage: 14:221/233 of query aligns to 2:211/215 of 7xcnP

query
sites
7xcnP
N
 
N
D
 
K
E
 
E
D
 
E
L
 
I
V
 
I
Q
 
A
Q
 
K
M
 
A
F
 
K
D
 
E
D
 
A
L
 
I
Y
 
T
D
 
D
G
 
F
L
 
D
K
 
D
E
 
E
E
 
L
I
 
A
E
 
E
E
 
E
S
 
V
V
 
A
N
 
N
I
 
E
L
 
A
L
 
L
E
 
A
R
 
A
G
 
G
W
 
I
A
 
D
P
 
P
Y
 
V
K
 
E
V
 
L
L
 
I
T
 
E
E
 
K
A
 
G
L
 
F
V
 
T
G
 
A
G
 
G
M
 
M
T
 
E
I
 
E
V
 
V
G
 
G
A
 
E
D
 
K
F
 
F
R
 
G
D
 
Q
G
 
G
I
 
E
L
 
L
F
 
F
V
 
L
P
 
P
E
 
H
V
 
V
L
 
L
L
 
A
A
 
A
A
 
A
N
 
E
A
 
A
M
 
M
K
 
N
G
 
S
G
 
G
M
 
I
A
 
K
I
 
V
L
 
I
K
 
T
P
 
P
L
 
E
L
 
M
-
 
E
-
 
K
A
 
R
E
 
K
T
 
S
G
 
Q
A
 
T
P
 
K
R
 
S
M
 
L
G
 
G
S
 
T
M
 
V
V
 
A
I
 
I
G
 
G
T
 
T
V
 
I
K
 
E
G
 
G
D
|
D
I
|
I
H
|
H
D
 
S
I
|
I
G
|
G
K
 
K
N
 
D
L
 
I
V
|
V
S
 
A
M
 
S
M
 
M
M
 
L
E
 
N
G
 
I
A
 
A
G
 
G
F
 
F
E
 
K
V
 
V
V
 
V
D
 
D
I
 
L
G
 
G
I
 
R
N
 
D
N
 
V
P
 
P
V
 
I
E
 
N
N
 
T
Y
 
F
L
 
V
E
 
E
A
 
K
L
 
V
E
 
K
E
 
E
H
 
L
Q
 
K
P
 
P
D
 
Q
I
 
V
L
 
V
G
 
A
M
x
S
S
|
S
A
 
A
L
|
L
L
x
M
T
|
T
T
 
T
T
 
T
M
 
M
P
 
V
Y
 
N
M
 
Q
K
 
I
V
 
Q
V
 
I
I
 
E
D
 
E
T
 
Q
M
 
L
I
 
K
E
 
E
Q
 
A
G
 
G
K
 
V
R
 
R
D
 
D
D
 
Q
Y
 
V
I
 
K
V
 
T
L
x
M
V
 
V
G
|
G
G
|
G
A
 
A
P
 
P
L
 
V
N
 
T
E
 
Q
E
 
D
F
 
W
G
 
A
K
 
D
A
 
K
I
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
I
Y
 
Y
C
x
G
R
 
E
D
x
S
A
|
A
A
 
N
V
 
D
A
 
A
V
 
V
E
 
A
M
 
K
A
 
V
K
 
K

4jgiB 1.5 angstrom crystal structure of a novel cobalamin-binding protein from desulfitobacterium hafniense dcb-2 (see paper)
36% identity, 74% coverage: 52:224/233 of query aligns to 38:205/206 of 4jgiB

query
sites
4jgiB
L
 
L
T
 
I
E
 
K
A
 
A
L
 
F
V
 
Q
G
 
Q
G
 
G
M
 
M
T
 
T
I
 
K
V
 
V
G
 
G
A
 
E
D
 
R
F
 
F
R
 
D
D
 
S
G
 
G
I
 
E
L
 
Y
F
 
F
V
 
I
P
 
G
E
 
D
V
x
L
L
 
I
L
 
F
A
 
A
A
 
G
N
 
E
A
 
I
M
 
L
K
 
Q
G
 
A
G
 
A
M
 
M
A
 
D
I
 
K
L
 
L
K
 
K
P
 
P
L
 
A
L
 
L
A
 
-
E
 
-
T
 
-
G
 
-
A
 
-
P
 
E
R
 
K
M
 
R
G
 
A
S
 
K
M
 
I
V
 
V
I
 
L
G
 
A
T
 
T
V
 
V
K
 
E
G
 
G
D
|
D
I
x
L
H
|
H
D
|
D
I
|
I
G
|
G
K
 
K
N
 
N
L
 
I
V
x
F
S
 
R
M
 
T
M
 
M
M
 
A
E
 
E
G
 
A
A
 
S
G
 
G
F
 
F
E
 
E
V
 
V
V
 
F
D
 
D
I
 
L
G
 
G
I
 
I
N
 
D
N
 
V
P
 
P
V
 
V
E
 
K
N
 
I
Y
 
I
L
 
V
E
 
D
A
 
K
L
 
V
E
 
K
E
 
E
H
 
V
Q
 
N
P
 
P
D
 
E
I
 
I
L
 
V
G
|
G
M
 
L
S
|
S
A
 
G
L
 
V
L
|
L
T
 
T
T
 
L
T
x
A
M
 
L
P
 
D
Y
 
S
M
 
M
K
 
R
V
 
E
V
 
T
I
 
V
D
 
D
T
 
A
M
 
L
I
 
K
E
 
A
Q
 
E
G
 
G
K
 
L
R
 
R
D
 
N
D
 
D
Y
 
L
I
 
K
V
 
V
L
 
I
V
 
I
G
|
G
G
|
G
A
x
V
P
 
P
L
 
V
N
 
N
E
 
E
E
 
N
F
 
V
G
 
C
K
 
Q
A
 
R
I
 
V
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
D
Y
 
F
C
x
S
R
x
T
D
x
N
A
|
A
A
 
A
V
 
D
A
 
G
V
 
V
E
 
K
M
 
I
A
 
C
K
 
Q
D
 
R
F
 
W
V
 
V

8sseA Methionine synthase, c-terminal fragment, cobalamin and reactivation domains from thermus thermophilus hb8
36% identity, 79% coverage: 18:200/233 of query aligns to 2:179/507 of 8sseA

query
sites
8sseA
L
 
L
V
 
L
Q
 
E
Q
 
R
M
 
L
F
 
K
D
 
R
D
 
R
L
 
V
Y
 
V
D
 
E
G
 
G
L
 
R
K
 
K
E
 
Q
E
 
G
I
 
L
E
 
E
E
 
A
S
 
D
V
 
L
N
 
E
I
 
E
L
 
A
L
 
L
E
 
K
R
 
A
G
 
G
W
 
H
A
 
K
P
 
P
Y
 
L
K
 
D
V
 
L
L
 
I
T
 
N
E
 
G
A
 
P
L
 
L
V
 
L
G
 
A
G
 
G
M
 
M
T
 
K
I
 
E
V
 
V
G
 
G
A
 
D
D
 
L
F
 
F
R
 
G
D
 
A
G
 
G
I
 
K
L
 
M
F
 
Q
V
 
L
P
 
P
E
 
F
V
 
V
L
 
L
L
 
Q
A
 
A
A
 
A
N
 
E
A
 
V
M
 
M
K
 
K
G
 
R
G
 
A
M
 
V
A
 
A
I
 
Y
L
 
L
K
 
E
P
 
P
L
 
H
L
 
M
A
 
E
E
 
K
T
 
E
G
 
G
A
 
K
P
 
-
R
 
-
M
 
-
G
 
G
S
 
T
M
 
L
V
 
V
I
 
L
G
 
A
T
 
T
V
 
V
K
 
K
G
 
G
D
 
D
I
 
V
H
|
H
D
 
D
I
 
I
G
|
G
K
 
K
N
 
N
L
 
L
V
|
V
S
 
D
M
 
I
M
 
I
M
 
L
E
 
S
G
 
N
A
 
N
G
 
G
F
 
Y
E
 
R
V
 
V
V
 
V
D
 
N
I
 
L
G
 
G
I
 
I
N
 
K
N
 
V
P
 
P
V
 
I
E
 
E
N
 
E
Y
 
I
L
 
L
E
 
K
A
 
A
L
 
V
E
 
E
E
 
A
H
 
H
Q
 
K
P
 
P
D
 
H
I
 
A
L
 
V
G
 
G
M
 
M
S
|
S
A
 
G
L
 
L
L
|
L
T
x
V
T
 
K
T
 
S
M
 
T
P
 
L
Y
 
V
M
 
M
K
 
K
V
 
E
V
 
N
I
 
L
D
 
E
T
 
Y
M
 
M
I
 
R
E
 
D
Q
 
R
G
 
G
K
 
Y
R
 
-
D
 
-
D
 
T
Y
 
L
I
 
P
V
 
V
L
x
I
V
 
L
G
|
G
G
|
G
A
|
A
P
 
A
L
 
L
N
 
T
E
 
R
E
 
S
F
 
Y

Sites not aligning to the query:

2i2xB Crystal structure of methanol:cobalamin methyltransferase complex mtabc from methanosarcina barkeri (see paper)
30% identity, 90% coverage: 16:225/233 of query aligns to 37:243/258 of 2i2xB

query
sites
2i2xB
E
 
D
D
 
E
L
 
L
V
 
I
Q
 
Y
Q
 
P
M
 
I
F
 
A
D
 
K
D
 
A
L
 
I
Y
 
F
D
 
E
G
 
G
L
 
E
K
 
E
E
 
D
E
 
D
I
 
V
E
 
V
E
 
E
S
 
G
V
 
L
N
 
Q
I
 
A
L
 
A
L
 
I
E
 
E
R
 
A
G
 
G
W
 
K
A
 
D
P
 
P
Y
 
I
K
 
D
V
 
L
L
 
I
T
 
D
E
 
D
A
 
A
L
 
L
V
 
M
G
 
V
G
 
G
M
 
M
T
 
G
I
 
V
V
 
V
G
 
I
A
 
R
D
 
L
F
 
Y
R
 
D
D
 
E
G
 
G
I
 
V
L
 
I
F
 
F
V
 
L
P
 
P
E
 
N
V
 
V
L
 
M
L
 
M
A
 
S
A
 
A
N
 
D
A
 
A
M
 
M
K
 
L
G
 
E
G
 
G
M
 
I
A
 
E
I
 
Y
L
 
C
K
 
K
P
 
E
L
 
N
L
 
S
A
 
G
E
 
A
T
 
T
G
 
P
A
 
K
P
 
T
R
 
K
M
 
-
G
 
G
S
 
T
M
 
V
V
 
V
I
 
C
G
 
H
T
 
V
V
 
A
K
 
E
G
|
G
D
|
D
I
x
V
H
|
H
D
|
D
I
|
I
G
|
G
K
 
K
N
 
N
L
 
I
V
|
V
S
 
T
M
 
A
M
 
L
M
 
L
E
 
R
G
 
A
A
 
N
G
 
G
F
 
Y
E
 
N
V
 
V
V
 
V
D
 
D
I
 
L
G
 
G
I
 
R
N
 
D
N
 
V
P
 
P
V
 
A
E
 
E
N
 
E
Y
 
V
L
 
L
E
 
A
A
 
A
L
 
V
E
 
Q
E
 
K
H
 
E
Q
 
K
P
 
P
D
 
I
I
 
M
L
 
L
G
x
T
M
 
G
S
x
T
A
 
A
L
|
L
L
x
M
T
|
T
T
 
T
T
|
T
M
 
M
P
 
Y
Y
 
A
M
 
F
K
 
K
V
 
E
V
 
V
I
 
N
D
 
D
T
 
M
M
 
L
I
 
L
E
 
E
Q
 
N
G
 
G
K
 
I
R
 
K
D
 
I
D
 
P
Y
 
F
I
x
A
V
 
-
L
 
-
V
 
C
G
|
G
G
|
G
A
x
G
P
 
A
L
 
V
N
 
N
E
 
Q
E
 
D
F
 
F
G
 
V
K
 
S
A
 
Q
I
 
F
G
 
A
A
 
L
D
 
G
G
 
V
Y
 
Y
C
x
G
R
x
E
D
x
E
A
|
A
A
 
A
V
 
D
A
 
A
V
 
P
E
 
K
M
 
I
A
 
A
K
 
D
D
 
A
F
 
I
V
 
I
A
 
A

Q46EH4 Methanol--corrinoid protein; Methanol:corrinoid methyltransferase 1 subunit of 27 kDa; MT1 subunit 27 kDa from Methanosarcina barkeri (strain Fusaro / DSM 804) (see paper)
30% identity, 90% coverage: 16:225/233 of query aligns to 37:243/258 of Q46EH4

query
sites
Q46EH4
E
 
D
D
 
E
L
 
L
V
 
I
Q
 
Y
Q
 
P
M
 
I
F
 
A
D
 
K
D
 
A
L
 
I
Y
 
F
D
 
E
G
 
G
L
 
E
K
 
E
E
 
D
E
 
D
I
 
V
E
 
V
E
 
E
S
 
G
V
 
L
N
 
Q
I
 
A
L
 
A
L
 
I
E
 
E
R
 
A
G
 
G
W
 
K
A
 
D
P
 
P
Y
 
I
K
 
D
V
 
L
L
 
I
T
 
D
E
 
D
A
 
A
L
 
L
V
 
M
G
 
V
G
 
G
M
 
M
T
 
G
I
 
V
V
 
V
G
 
I
A
 
R
D
 
L
F
 
Y
R
 
D
D
 
E
G
 
G
I
 
V
L
 
I
F
 
F
V
 
L
P
 
P
E
 
N
V
 
V
L
 
M
L
 
M
A
 
S
A
 
A
N
 
D
A
 
A
M
 
M
K
 
L
G
 
E
G
 
G
M
 
I
A
 
E
I
 
Y
L
 
C
K
 
K
P
 
E
L
 
N
L
 
S
A
 
G
E
 
A
T
 
T
G
 
P
A
 
K
P
 
T
R
 
K
M
 
-
G
 
G
S
 
T
M
 
V
V
 
V
I
 
C
G
x
H
T
 
V
V
 
A
K
 
E
G
 
G
D
 
D
I
 
V
H
|
H
D
 
D
I
 
I
G
 
G
K
 
K
N
 
N
L
 
I
V
 
V
S
 
T
M
 
A
M
 
L
M
 
L
E
 
R
G
 
A
A
 
N
G
 
G
F
 
Y
E
 
N
V
 
V
V
 
V
D
 
D
I
 
L
G
 
G
I
 
R
N
 
D
N
 
V
P
 
P
V
 
A
E
 
E
N
 
E
Y
 
V
L
 
L
E
 
A
A
 
A
L
 
V
E
 
Q
E
 
K
H
 
E
Q
 
K
P
 
P
D
 
I
I
 
M
L
 
L
G
 
T
M
 
G
S
 
T
A
 
A
L
 
L
L
 
M
T
 
T
T
 
T
T
 
T
M
 
M
P
 
Y
Y
 
A
M
 
F
K
 
K
V
 
E
V
 
V
I
 
N
D
 
D
T
 
M
M
 
L
I
 
L
E
 
E
Q
 
N
G
 
G
K
 
I
R
 
K
D
 
I
D
 
P
Y
 
F
I
 
A
V
 
-
L
 
-
V
 
C
G
 
G
G
 
G
A
 
G
P
 
A
L
 
V
N
 
N
E
 
Q
E
 
D
F
 
F
G
 
V
K
 
S
A
 
Q
I
 
F
G
 
A
A
 
L
D
 
G
G
 
V
Y
 
Y
C
 
G
R
 
E
D
 
E
A
 
A
A
 
A
V
 
D
A
 
A
V
 
P
E
 
K
M
 
I
A
 
A
K
 
D
D
 
A
F
 
I
V
 
I
A
 
A

Sites not aligning to the query:

P13009 Methionine synthase; 5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase; Methionine synthase, vitamin-B12-dependent; MS; EC 2.1.1.13 from Escherichia coli (strain K12) (see 5 papers)
32% identity, 83% coverage: 2:194/233 of query aligns to 643:835/1227 of P13009

query
sites
P13009
S
 
T
E
 
D
D
 
D
A
 
T
D
 
A
D
 
N
I
 
A
I
 
Q
L
 
Q
A
 
A
D
 
E
L
 
W
N
 
R
D
 
S
E
 
W
D
 
E
L
 
V
V
 
N
Q
 
K
Q
 
R
M
 
L
F
 
E
D
 
Y
D
 
S
L
 
L
Y
 
V
D
 
K
G
 
G
L
 
I
K
 
T
E
 
E
E
 
F
I
 
I
E
 
E
E
 
Q
S
 
D
V
 
T
N
 
E
I
 
E
L
 
A
L
 
R
E
 
Q
R
 
Q
G
 
A
W
 
T
A
 
R
P
 
P
Y
 
I
K
 
E
V
 
V
L
 
I
T
x
E
E
 
G
A
 
P
L
 
L
V
 
M
G
 
D
G
 
G
M
 
M
T
 
N
I
 
V
V
 
V
G
 
G
A
 
D
D
 
L
F
 
F
R
 
G
D
 
E
G
 
G
I
 
K
L
 
M
F
 
F
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
V
 
V
L
 
V
L
 
K
A
 
S
A
 
A
N
 
R
A
 
V
M
 
M
K
 
K
G
 
Q
G
 
A
M
 
V
A
 
A
I
 
Y
L
 
L
K
 
E
P
 
P
L
 
F
L
 
I
-
 
E
-
 
A
A
 
S
E
 
K
T
 
E
G
 
Q
A
 
G
P
 
K
R
 
T
M
 
N
G
 
G
S
 
K
M
 
M
V
 
V
I
 
I
G
 
A
T
 
T
V
 
V
K
 
K
G
|
G
D
|
D
I
x
V
H
|
H
D
|
D
I
 
I
G
 
G
K
 
K
N
 
N
L
 
I
V
 
V
S
 
G
M
 
V
M
 
V
M
 
L
E
 
Q
G
 
C
A
 
N
G
 
N
F
 
Y
E
 
E
V
 
I
V
 
V
D
 
D
I
 
L
G
 
G
I
 
V
N
 
M
N
 
V
P
 
P
V
 
A
E
 
E
N
 
K
Y
 
I
L
 
L
E
 
R
A
 
T
L
 
A
E
 
K
E
 
E
H
 
V
Q
 
N
P
 
A
D
 
D
I
 
L
L
 
I
G
 
G
M
 
L
S
|
S
A
 
G
L
 
L
L
 
I
T
|
T
T
 
P
T
x
S
M
 
L
P
 
D
Y
 
E
M
 
M
K
 
V
V
 
N
V
 
V
I
 
A
D
 
K
T
 
E
M
 
M
I
 
E
E
 
R
Q
 
Q
G
 
G
K
 
F
R
 
-
D
 
-
D
 
T
Y
 
I
I
 
P
V
 
L
L
 
L
V
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
A

Sites not aligning to the query:

3ivaA Structure of the b12-dependent methionine synthase (meth) c-teminal half with adohcy bound (see paper)
33% identity, 79% coverage: 11:194/233 of query aligns to 2:185/576 of 3ivaA

query
sites
3ivaA
A
 
A
D
 
E
L
 
W
N
 
R
D
 
S
E
 
W
D
 
E
L
 
V
V
 
N
Q
 
K
Q
 
R
M
 
L
F
 
E
D
 
Y
D
 
S
L
 
L
Y
 
V
D
 
K
G
 
G
L
 
I
K
 
T
E
 
E
E
 
F
I
 
I
E
 
E
E
 
Q
S
 
D
V
 
T
N
 
E
I
 
E
L
 
A
L
 
R
E
 
Q
R
 
Q
G
 
A
W
 
T
A
 
R
P
 
P
Y
 
C
K
 
E
V
 
V
L
 
I
T
 
E
E
 
G
A
 
P
L
 
L
V
 
M
G
 
D
G
 
G
M
 
M
T
 
N
I
 
V
V
 
V
G
 
G
A
 
D
D
 
L
F
 
F
R
 
G
D
 
E
G
 
G
I
 
K
L
 
M
F
 
F
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
V
 
V
L
 
V
L
 
K
A
 
S
A
 
A
N
 
R
A
 
V
M
 
M
K
 
K
G
 
Q
G
 
A
M
 
V
A
 
A
I
 
Y
L
 
L
K
 
E
P
 
P
L
 
F
L
 
I
-
 
E
-
 
A
A
 
S
E
 
K
T
 
E
G
 
Q
A
 
C
P
 
K
R
 
T
M
 
N
G
 
G
S
 
K
M
 
M
V
 
V
I
 
I
G
 
A
T
 
T
V
 
V
K
 
K
G
 
G
D
|
D
I
 
V
H
|
H
D
 
D
I
 
I
G
|
G
K
 
K
N
 
N
L
 
I
V
|
V
S
 
G
M
 
V
M
 
V
M
 
L
E
 
Q
G
 
C
A
 
N
G
 
N
F
 
Y
E
 
E
V
 
I
V
 
V
D
 
D
I
 
L
G
 
G
I
 
V
N
 
M
N
 
V
P
 
P
V
 
A
E
 
E
N
 
K
Y
 
I
L
 
L
E
 
R
A
 
T
L
 
A
E
 
K
E
 
E
H
 
V
Q
 
N
P
 
A
D
 
D
I
 
L
L
 
I
G
|
G
M
x
L
S
|
S
A
 
G
L
|
L
L
x
I
T
|
T
T
 
P
T
x
S
M
 
L
P
 
D
Y
 
E
M
 
M
K
 
V
V
 
N
V
 
V
I
 
A
D
 
K
T
 
E
M
 
M
I
 
E
E
 
R
Q
 
Q
G
 
G
K
 
F
R
 
-
D
 
-
D
 
T
Y
 
I
I
 
P
V
 
L
L
 
L
V
 
I
G
|
G
G
|
G
A
 
A

Sites not aligning to the query:

3bulA E. Coli i690c/g743c meth c-terminal fragment (649-1227) (see paper)
33% identity, 79% coverage: 11:194/233 of query aligns to 2:185/577 of 3bulA

query
sites
3bulA
A
 
A
D
 
E
L
 
W
N
 
R
D
 
S
E
 
W
D
 
E
L
 
V
V
 
N
Q
 
K
Q
 
R
M
 
L
F
 
E
D
 
Y
D
 
S
L
 
L
Y
 
V
D
 
K
G
 
G
L
 
I
K
 
T
E
 
E
E
 
F
I
 
I
E
 
E
E
 
Q
S
 
D
V
 
T
N
 
E
I
 
E
L
 
A
L
 
R
E
 
Q
R
 
Q
G
 
A
W
 
T
A
 
R
P
 
P
Y
 
C
K
 
E
V
 
V
L
 
I
T
 
E
E
 
G
A
 
P
L
 
L
V
 
M
G
 
D
G
 
G
M
 
M
T
 
N
I
 
V
V
 
V
G
 
G
A
 
D
D
 
L
F
 
F
R
 
G
D
 
E
G
 
G
I
 
K
L
 
M
F
 
F
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
V
 
V
L
 
V
L
 
K
A
 
S
A
 
A
N
 
R
A
 
V
M
 
M
K
 
K
G
 
Q
G
 
A
M
 
V
A
 
A
I
 
Y
L
 
L
K
 
E
P
 
P
L
 
F
L
 
I
-
 
E
-
 
A
A
 
S
E
 
K
T
 
E
G
 
Q
A
 
C
P
 
K
R
 
T
M
 
N
G
 
G
S
 
K
M
 
M
V
 
V
I
 
I
G
 
A
T
 
T
V
 
V
K
 
K
G
 
G
D
|
D
I
 
V
H
|
H
D
 
D
I
 
I
G
 
G
K
 
K
N
 
N
L
 
I
V
|
V
S
 
G
M
 
V
M
 
V
M
 
L
E
 
Q
G
 
C
A
 
N
G
 
N
F
 
Y
E
 
E
V
 
I
V
 
V
D
 
D
I
 
L
G
 
G
I
 
V
N
 
M
N
 
V
P
 
P
V
 
A
E
 
E
N
 
K
Y
 
I
L
 
L
E
 
R
A
 
T
L
 
A
E
 
K
E
 
E
H
 
V
Q
 
N
P
 
A
D
 
D
I
 
L
L
 
I
G
|
G
M
x
L
S
|
S
A
 
G
L
|
L
L
x
I
T
|
T
T
 
P
T
x
S
M
 
L
P
 
D
Y
 
E
M
 
M
K
 
V
V
 
N
V
 
V
I
 
A
D
 
K
T
 
E
M
 
M
I
 
E
E
 
R
Q
 
Q
G
 
G
K
 
F
R
 
-
D
 
-
D
 
T
Y
 
I
I
 
P
V
 
L
L
 
L
V
 
I
G
|
G
G
|
G
A
 
A

Sites not aligning to the query:

1bmtA How a protein binds b12: a 3.O angstrom x-ray structure of the b12- binding domains of methionine synthase (see paper)
33% identity, 81% coverage: 11:198/233 of query aligns to 2:189/246 of 1bmtA

query
sites
1bmtA
A
 
A
D
 
E
L
 
W
N
 
R
D
 
S
E
 
W
D
 
E
L
 
V
V
 
N
Q
 
K
Q
 
R
M
 
L
F
 
E
D
 
Y
D
 
S
L
 
L
Y
 
V
D
 
K
G
 
G
L
 
I
K
 
T
E
 
E
E
 
F
I
 
I
E
 
E
E
 
Q
S
 
D
V
 
T
N
 
E
I
 
E
L
 
A
L
 
R
E
 
Q
R
 
Q
G
 
A
W
 
T
A
 
R
P
 
P
Y
 
I
K
 
E
V
 
V
L
 
I
T
x
E
E
 
G
A
 
P
L
 
L
V
x
M
G
 
D
G
 
G
M
|
M
T
 
N
I
 
V
V
 
V
G
|
G
A
 
D
D
 
L
F
 
F
R
 
G
D
 
E
G
 
G
I
 
K
L
 
M
F
 
F
V
x
L
P
 
P
E
 
Q
V
|
V
L
 
V
L
 
K
A
 
S
A
 
A
N
 
R
A
 
V
M
 
M
K
 
K
G
 
Q
G
 
A
M
 
V
A
 
A
I
 
Y
L
 
L
K
 
E
P
 
P
L
 
F
L
 
I
-
 
E
-
 
A
A
 
S
E
 
K
T
 
E
G
 
Q
A
 
G
P
 
K
R
 
T
M
 
N
G
 
G
S
 
K
M
 
M
V
 
V
I
 
I
G
 
A
T
 
T
V
 
V
K
 
K
G
 
G
D
|
D
I
x
V
H
|
H
D
|
D
I
|
I
G
 
G
K
 
K
N
 
N
L
x
I
V
 
V
S
 
G
M
 
V
M
 
V
M
 
L
E
 
Q
G
 
C
A
 
N
G
 
N
F
 
Y
E
 
E
V
 
I
V
 
V
D
 
D
I
 
L
G
 
G
I
 
V
N
 
M
N
 
V
P
 
P
V
 
A
E
 
E
N
 
K
Y
 
I
L
 
L
E
 
R
A
 
T
L
 
A
E
 
K
E
 
E
H
 
V
Q
 
N
P
 
A
D
 
D
I
 
L
L
 
I
G
|
G
M
x
L
S
|
S
A
 
G
L
|
L
L
x
I
T
|
T
T
 
P
T
x
S
M
 
L
P
 
D
Y
 
E
M
 
M
K
 
V
V
 
N
V
 
V
I
 
A
D
 
K
T
 
E
M
 
M
I
 
E
E
 
R
Q
 
Q
G
 
G
K
 
-
R
 
-
D
 
F
D
 
T
Y
 
I
I
 
P
V
 
L
L
 
L
V
 
I
G
|
G
G
|
G
A
|
A
P
 
T
L
 
T
N
 
S
E
 
K

Sites not aligning to the query:

3ezxA Structure of methanosarcina barkeri monomethylamine corrinoid protein
33% identity, 80% coverage: 20:205/233 of query aligns to 3:193/212 of 3ezxA

query
sites
3ezxA
Q
 
Q
Q
 
E
M
 
I
F
 
F
D
 
D
D
 
K
L
 
L
Y
 
R
D
 
D
G
 
A
L
 
I
K
 
V
E
 
N
E
 
Q
-
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
G
I
 
T
E
 
P
E
 
E
S
 
L
V
 
C
N
 
K
I
 
E
L
 
A
L
 
L
E
 
A
R
 
A
G
 
G
W
 
V
A
 
P
P
 
A
Y
 
L
K
 
D
V
 
I
L
 
I
T
 
T
E
 
K
A
 
G
L
 
L
V
 
S
G
 
V
G
 
G
M
|
M
T
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
D
D
 
K
F
|
F
R
 
E
D
 
A
G
 
A
I
 
E
L
 
I
F
 
F
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
V
 
I
L
 
M
L
 
M
A
 
S
A
 
G
N
 
K
A
 
A
M
 
M
K
 
S
G
 
N
G
 
A
M
 
M
A
 
E
I
 
V
L
 
L
K
 
T
P
 
P
L
 
E
L
 
L
A
 
-
E
 
E
T
 
K
G
 
N
A
 
K
P
 
K
R
 
E
M
 
A
G
 
G
S
 
L
M
 
A
V
 
I
I
 
T
G
 
F
T
 
V
V
 
A
K
 
E
G
 
G
D
|
D
I
|
I
H
|
H
D
|
D
I
|
I
G
 
G
K
 
H
N
 
R
L
 
L
V
|
V
S
 
T
M
 
T
M
 
M
M
 
L
E
 
G
G
 
A
A
 
N
G
 
G
F
 
F
E
 
Q
V
 
I
V
 
V
D
 
D
I
 
L
G
 
G
I
 
V
N
 
D
N
 
V
P
 
L
V
 
N
E
 
E
N
 
N
Y
 
V
L
 
V
E
 
E
A
 
E
L
 
A
E
 
A
E
 
K
H
 
H
Q
 
K
P
 
G
D
 
E
-
 
K
-
 
V
I
 
L
L
 
L
G
x
V
M
 
G
S
|
S
A
 
A
L
|
L
L
x
M
T
|
T
T
 
T
T
x
S
M
 
M
P
 
L
Y
 
G
M
 
Q
K
 
K
V
 
D
V
 
L
I
 
M
D
 
D
T
 
R
M
 
L
I
 
N
E
 
E
Q
 
E
G
 
K
K
 
L
R
 
R
D
 
D
D
 
S
Y
 
V
I
 
K
V
 
C
L
x
M
V
 
F
G
|
G
G
|
G
A
 
A
P
 
P
L
 
V
N
 
S
E
 
D
E
 
K
F
 
W
G
 
I
K
 
E
A
 
E
I
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

8g3hA Structure of cobalamin-dependent methionine synthase (meth) in a resting state (see paper)
34% identity, 80% coverage: 15:200/233 of query aligns to 628:805/841 of 8g3hA

query
sites
8g3hA
D
 
E
E
 
E
D
 
R
L
 
L
V
 
R
Q
 
R
Q
 
R
M
 
V
F
 
L
D
 
E
D
 
G
L
 
K
Y
 
R
D
 
V
G
 
G
L
 
L
K
 
E
E
 
E
E
 
D
I
 
L
E
 
A
E
 
E
S
 
A
V
 
L
N
 
G
I
 
R
L
 
M
L
 
-
E
 
-
R
 
-
G
 
-
W
 
-
A
 
R
P
 
P
Y
 
L
K
 
E
V
 
I
L
 
I
T
 
N
E
 
G
A
 
P
L
 
L
V
 
L
G
 
E
G
 
A
M
 
M
T
 
K
I
 
E
V
 
V
G
 
G
A
 
E
D
 
L
F
|
F
R
 
G
D
 
A
G
 
G
I
 
K
L
 
M
F
 
Q
V
 
L
P
 
P
E
 
F
V
|
V
L
 
L
L
 
Q
A
 
A
A
 
A
N
 
E
A
 
V
M
 
M
K
|
K
G
 
Q
G
 
A
M
 
V
A
 
A
I
 
Y
L
 
L
K
 
E
P
 
P
L
 
H
L
 
M
A
 
E
E
 
K
T
 
K
G
 
G
A
 
E
P
 
G
R
 
K
M
 
-
G
 
G
S
 
K
M
 
L
V
 
V
I
 
L
G
 
A
T
 
T
V
 
V
K
 
K
G
|
G
D
 
D
I
x
V
H
|
H
D
|
D
I
|
I
G
|
G
K
 
K
N
 
N
L
 
L
V
|
V
S
 
D
M
 
I
M
 
I
M
 
L
E
 
T
G
 
N
A
 
N
G
 
G
F
 
Y
E
 
T
V
 
V
V
 
Y
D
 
N
I
 
L
G
 
G
I
 
I
N
 
K
N
 
V
P
 
P
V
 
I
E
 
E
N
 
E
Y
 
M
L
 
L
E
 
K
A
 
A
L
 
V
E
 
D
E
 
E
H
 
V
Q
 
K
P
 
P
D
 
H
I
 
A
L
 
L
G
 
G
M
|
M
S
|
S
A
 
G
L
|
L
L
 
L
T
x
V
T
 
K
T
 
S
M
 
T
P
 
Q
Y
 
V
M
 
M
K
 
K
V
 
E
V
 
N
I
 
L
D
 
E
T
 
Y
M
 
M
I
 
R
E
 
A
Q
 
R
G
 
G
K
 
Y
R
 
-
D
 
-
D
 
T
Y
 
L
I
 
P
V
 
V
L
x
I
V
x
L
G
|
G
G
|
G
A
|
A
P
 
A
L
 
L
N
 
T
E
 
R
E
 
A
F
 
Y

Sites not aligning to the query:

Q99707 Methionine synthase; MS; 5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase; Cobalamin-dependent methionine synthase; Vitamin-B12 dependent methionine synthase; EC 2.1.1.13 from Homo sapiens (Human) (see 6 papers)
34% identity, 63% coverage: 48:194/233 of query aligns to 704:861/1265 of Q99707

query
sites
Q99707
P
 
P
Y
 
L
K
 
N
V
 
I
L
 
I
T
 
E
E
 
G
A
 
P
L
 
L
V
 
M
G
 
N
G
 
G
M
 
M
T
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
D
D
 
L
F
 
F
R
 
G
D
 
A
G
 
G
I
 
K
L
 
M
F
 
F
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
V
 
V
L
 
I
L
 
K
A
 
S
A
 
A
N
 
R
A
 
V
M
 
M
K
 
K
G
 
K
G
 
A
M
 
V
A
 
G
I
 
H
L
 
L
K
 
I
P
 
P
L
 
F
L
 
M
-
 
E
-
 
K
-
 
E
-
 
R
-
 
E
-
 
E
-
 
T
-
 
R
-
 
V
-
 
L
-
 
N
-
 
G
-
 
T
A
 
V
E
 
E
T
 
E
G
 
E
A
 
D
P
 
P
R
 
Y
M
 
Q
G
 
G
S
 
T
M
 
I
V
 
V
I
 
L
G
 
A
T
 
T
V
 
V
K
 
K
G
 
G
D
 
D
I
 
V
H
 
H
D
 
D
I
 
I
G
 
G
K
 
K
N
 
N
L
 
I
V
 
V
S
 
G
M
 
V
M
 
V
M
 
L
E
 
G
G
 
C
A
 
N
G
 
N
F
 
F
E
 
R
V
 
V
V
 
I
D
 
D
I
 
L
G
 
G
I
 
V
N
 
M
N
 
T
P
 
P
V
 
C
E
 
D
N
 
K
Y
 
I
L
 
L
E
 
K
A
 
A
L
 
A
E
 
L
E
 
D
H
 
H
Q
 
K
P
 
A
D
 
D
I
 
I
L
 
I
G
 
G
M
 
L
S
 
S
A
 
G
L
 
L
L
 
I
T
 
T
T
 
P
T
 
S
M
 
L
P
 
D
Y
 
E
M
 
M
K
 
I
V
 
F
V
 
V
I
 
A
D
 
K
T
 
E
M
 
M
I
 
E
E
 
R
Q
 
L
G
 
A
K
 
I
R
 
R
D
 
-
D
 
-
Y
 
I
I
 
P
V
 
L
L
 
L
V
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
A

Sites not aligning to the query:

1i9cA Glutamate mutase from clostridium cochlearium: complex with adenosylcobalamin and substrate (see paper)
34% identity, 25% coverage: 105:163/233 of query aligns to 5:63/137 of 1i9cA

query
sites
1i9cA
S
 
T
M
 
I
V
 
V
I
 
L
G
 
G
T
x
V
V
 
I
K
 
G
G
x
S
D
|
D
I
x
C
H
|
H
D
x
A
I
 
V
G
|
G
K
 
N
N
 
K
L
 
I
V
x
L
S
 
D
M
 
H
M
 
A
M
 
F
E
 
T
G
 
N
A
 
A
G
 
G
F
 
F
E
 
N
V
 
V
V
 
V
D
 
N
I
 
I
G
 
G
I
 
V
N
 
L
N
 
S
P
 
P
V
 
Q
E
 
E
N
 
N
Y
 
F
L
 
I
E
 
K
A
 
A
L
 
A
E
 
I
E
 
E
H
 
T
Q
 
K
P
 
A
D
 
D
I
 
A
L
 
I
G
 
L
M
 
V
S
|
S
A
 
S
L
|
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>GFF1319 FitnessBrowser__Phaeo:GFF1319
MSEDADDIILADLNDEDLVQQMFDDLYDGLKEEIEESVNILLERGWAPYKVLTEALVGGM
TIVGADFRDGILFVPEVLLAANAMKGGMAILKPLLAETGAPRMGSMVIGTVKGDIHDIGK
NLVSMMMEGAGFEVVDIGINNPVENYLEALEEHQPDILGMSALLTTTMPYMKVVIDTMIE
QGKRDDYIVLVGGAPLNEEFGKAIGADGYCRDAAVAVEMAKDFVARKHNQMSA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory