SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF1354 FitnessBrowser__WCS417:GFF1354 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3na8A Crystal structure of a putative dihydrodipicolinate synthetase from pseudomonas aeruginosa
72% identity, 98% coverage: 5:289/290 of query aligns to 2:287/291 of 3na8A

query
sites
3na8A
N
 
S
I
 
I
H
 
H
G
 
G
I
 
I
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
I
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
S
 
A
T
 
A
D
 
D
G
 
G
Q
 
G
R
 
-
I
 
L
D
 
D
L
 
L
N
 
P
T
 
A
L
 
L
G
 
G
R
 
R
S
 
S
I
 
I
D
 
E
R
 
R
L
 
L
I
 
I
E
 
D
G
 
G
G
 
G
V
 
V
H
 
H
A
 
A
I
 
I
A
 
A
P
 
P
L
 
L
G
 
G
S
|
S
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
S
 
S
D
 
D
A
 
P
E
 
E
W
 
W
D
 
D
E
 
E
V
 
V
S
 
V
A
 
D
Y
 
F
S
 
T
L
 
L
A
 
K
K
 
T
I
 
V
A
 
A
R
 
H
R
 
R
V
 
V
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
S
 
S
V
 
V
S
 
S
D
 
D
L
 
L
T
 
T
T
 
T
A
 
A
K
 
K
A
 
T
V
 
V
R
 
R
R
 
R
A
 
A
R
 
Q
Y
 
F
A
 
A
E
 
E
A
 
S
N
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
E
V
 
A
V
 
V
M
 
M
V
 
V
L
 
L
P
 
P
T
 
I
S
 
S
Y
|
Y
W
 
W
K
 
K
L
 
L
S
 
N
E
 
E
A
 
A
E
 
E
I
 
V
L
 
F
A
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
A
 
R
A
 
A
I
 
V
G
 
G
D
 
E
S
 
A
I
 
I
G
 
G
V
 
V
P
 
P
I
 
V
M
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
N
P
 
P
A
 
G
T
|
T
S
 
S
G
 
G
T
 
I
D
 
D
M
 
M
S
 
S
V
 
V
D
 
E
L
 
L
I
 
I
L
 
L
R
 
R
I
 
I
I
x
V
K
 
R
Q
 
E
V
|
V
P
x
D
N
 
N
V
|
V
T
 
T
M
 
M
V
 
V
K
|
K
E
 
E
S
 
S
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
I
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
H
 
H
H
 
K
L
 
L
H
 
R
R
 
L
-
 
L
-
 
G
Q
 
E
S
 
G
D
 
R
V
 
V
P
 
P
F
 
F
Y
 
Y
N
 
N
G
 
G
C
 
C
N
 
N
P
 
P
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
V
A
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
K
G
 
G
W
 
W
C
|
C
T
 
S
A
 
A
A
 
A
P
 
P
N
 
N
L
 
L
I
 
I
P
 
P
E
 
T
L
 
L
N
 
N
L
 
G
A
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
E
 
Q
A
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
D
N
 
G
D
 
D
L
 
L
T
 
E
Q
 
K
A
 
A
R
 
R
E
 
A
V
 
L
F
 
F
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
L
 
L
P
 
P
L
 
L
L
 
L
D
 
D
F
 
F
I
 
I
L
 
L
K
 
R
G
 
R
G
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
T
T
 
T
I
 
I
K
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
G
L
 
L
T
 
S
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
V
G
 
G
D
 
A
P
 
P
R
 
R
L
 
L
P
 
P
V
 
V
F
 
Q
P
 
A
L
 
L
G
 
D
E
 
T
V
 
E
G
 
G
I
 
C
E
 
R
Q
 
Y
L
 
L
K
 
Q
T
 
G
L
 
L
L
 
L

Q07607 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; Protein MosA; EC 4.3.3.7 from Rhizobium meliloti (Ensifer meliloti) (Sinorhizobium meliloti) (see paper)
30% identity, 98% coverage: 6:290/290 of query aligns to 2:286/292 of Q07607

query
sites
Q07607
I
 
F
H
 
E
G
 
G
I
 
S
I
 
I
G
 
T
Y
 
A
T
 
L
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
S
 
A
T
 
D
D
 
D
G
 
-
Q
 
-
R
 
R
I
 
I
D
 
D
L
 
E
N
 
V
T
 
A
L
 
L
G
 
H
R
 
D
S
 
L
I
 
V
D
 
E
R
 
W
L
 
Q
I
 
I
E
 
E
G
 
E
G
 
G
V
 
S
H
 
F
A
 
G
I
 
L
A
 
V
P
 
P
L
 
C
G
 
G
S
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
S
A
 
P
Y
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
K
A
 
S
E
 
E
W
 
H
D
 
E
E
 
Q
V
 
V
S
 
V
A
 
E
Y
 
I
S
 
T
L
 
I
A
 
K
K
 
T
I
 
A
A
 
N
R
 
G
R
 
R
V
 
V
P
 
P
T
 
V
I
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
A
S
 
G
D
 
S
L
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
A
K
 
E
A
 
A
V
 
I
R
 
A
R
 
F
A
 
V
R
 
R
Y
 
H
A
 
A
E
 
Q
A
 
N
N
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
G
V
 
V
M
 
L
V
 
I
L
 
V
P
 
S
T
 
P
S
 
Y
Y
 
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
S
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
G
I
 
I
L
 
Y
A
 
Q
H
 
H
Y
 
F
A
 
K
A
 
A
I
 
I
G
 
D
D
 
A
S
 
A
I
 
S
G
 
T
V
 
I
P
 
P
I
 
I
M
 
I
L
 
V
Y
 
Y
N
 
N
N
 
I
P
 
P
A
 
G
T
 
R
S
 
S
G
 
A
T
 
I
D
 
E
M
 
I
S
 
H
V
 
V
D
 
E
L
 
T
I
 
L
L
 
A
R
 
R
I
 
I
I
 
F
K
 
E
Q
 
D
V
 
C
P
 
P
N
 
N
V
 
V
T
 
K
M
 
G
V
 
V
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
T
G
 
G
D
 
N
I
 
L
Q
 
L
R
 
R
-
 
P
-
 
S
M
 
L
H
 
E
H
 
R
L
 
M
H
 
A
R
 
C
Q
 
G
S
 
E
D
 
D
V
 
F
P
 
N
F
 
L
Y
 
L
N
 
T
G
 
G
C
 
E
N
 
D
P
 
G
L
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
G
A
 
Y
F
 
M
A
 
A
A
 
H
G
 
G
A
 
G
K
 
H
G
 
G
W
 
C
C
 
I
T
 
S
A
 
V
A
 
T
P
 
A
N
 
N
L
 
V
I
 
A
P
 
P
E
 
A
L
 
L
N
 
C
L
 
A
A
 
D
L
 
F
Y
 
Q
E
 
Q
A
 
A
V
 
C
L
 
L
A
 
N
N
 
G
D
 
D
L
 
F
T
 
A
Q
 
A
A
 
A
R
 
L
E
 
K
V
 
L
F
 
Q
Y
 
D
R
 
R
Q
 
L
L
 
M
P
 
P
L
 
L
L
 
H
D
 
R
F
 
A
I
 
L
L
 
F
K
 
L
G
 
E
G
 
T
L
 
N
P
 
P
A
 
A
T
 
G
I
 
A
K
 
K
A
 
Y
G
 
A
L
 
L
R
 
Q
L
 
R
T
 
L
G
 
G
L
 
R
E
 
M
A
 
R
G
 
G
D
 
D
P
 
L
R
 
R
L
 
L
P
 
P
V
 
L
F
 
V
P
 
T
L
 
I
G
 
S
E
 
P
V
 
S
G
 
F
I
 
Q
E
 
E
Q
 
E
L
 
I
K
 
D
T
 
D
L
 
A
L
 
M
R
 
R

4dxvA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with mg and cl ions at 1.80 a resolution
29% identity, 98% coverage: 6:290/290 of query aligns to 2:286/291 of 4dxvA

query
sites
4dxvA
I
 
I
H
 
Q
G
 
G
I
 
S
I
 
I
G
 
V
Y
 
A
T
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
S
 
L
T
 
K
D
 
D
G
 
G
Q
 
G
R
 
-
I
 
V
D
 
D
L
 
W
N
 
K
T
 
S
L
 
L
G
 
E
R
 
K
S
 
L
I
 
V
D
 
E
R
 
W
L
 
H
I
 
I
E
 
E
G
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
N
A
 
S
I
 
I
A
 
V
P
 
A
L
 
V
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
A
A
 
S
Y
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
M
A
 
E
E
 
E
W
 
H
D
 
T
E
 
Q
V
 
V
S
 
I
A
 
K
Y
 
E
S
 
I
L
 
I
A
 
R
K
 
V
I
 
A
A
 
N
R
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
T
 
I
I
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
T
S
 
G
D
 
A
L
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
R
K
 
E
A
 
A
V
 
I
R
 
E
R
 
L
A
 
T
R
 
K
Y
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
D
N
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
A
M
 
L
V
 
L
L
 
V
P
x
T
T
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
S
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
G
I
 
L
L
 
Y
A
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
A
 
K
A
 
A
I
 
I
G
 
A
D
 
E
S
 
A
I
 
V
G
 
E
V
 
L
P
 
P
I
 
L
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
|
N
N
x
V
P
|
P
A
 
G
T
x
R
S
x
T
G
 
G
T
 
V
D
 
D
M
 
L
S
 
S
V
 
N
D
 
D
L
 
T
I
 
A
L
 
V
R
 
R
I
 
-
I
 
L
K
 
A
Q
 
E
V
 
I
P
 
P
N
 
N
V
 
I
T
 
V
M
 
G
V
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
V
Q
 
P
R
 
R
M
 
G
H
 
K
H
 
A
L
 
L
-
 
I
-
 
D
H
 
A
R
 
L
Q
 
N
S
 
G
D
 
K
V
 
M
P
 
A
F
 
V
Y
 
Y
N
 
S
G
 
G
C
 
D
N
 
D
P
 
E
L
 
T
A
 
A
L
 
W
E
 
E
A
 
L
F
 
M
A
 
L
A
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
G
W
 
N
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
T
P
 
A
N
 
N
L
 
I
I
 
A
P
 
P
E
 
K
L
 
A
N
 
M
L
 
S
A
 
E
L
 
V
Y
 
C
E
 
A
A
 
V
V
 
A
L
 
I
A
 
A
N
 
K
D
 
D
L
 
E
T
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
R
 
K
E
 
T
V
 
L
F
 
N
Y
 
N
R
 
K
Q
 
I
L
 
A
P
 
N
L
 
L
L
 
H
D
 
N
F
 
I
I
 
L
L
 
F
K
 
C
G
 
E
G
 
S
L
 
N
P
 
P
A
 
I
T
 
P
I
 
V
K
 
K
A
 
W
G
 
A
L
 
L
R
 
H
L
 
E
T
 
M
G
 
G
L
 
L
E
 
I
A
 
D
G
 
T
D
 
G
P
 
I
R
 
R
L
 
L
P
 
P
V
 
L
F
 
T
P
 
P
L
 
L
G
 
A
E
 
E
V
 
Q
G
 
Y
I
 
R
E
 
E
Q
 
P
L
 
L
K
 
R
T
 
N
L
 
A
L
 
L
R
 
K

3u8gA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with oxalic acid at 1.80 a resolution
29% identity, 98% coverage: 6:290/290 of query aligns to 2:286/291 of 3u8gA

query
sites
3u8gA
I
 
I
H
 
Q
G
 
G
I
 
S
I
 
I
G
 
V
Y
x
A
T
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
S
 
L
T
 
K
D
 
D
G
 
G
Q
 
G
R
 
-
I
 
V
D
 
D
L
 
W
N
 
K
T
 
S
L
 
L
G
 
E
R
 
K
S
 
L
I
 
V
D
 
E
R
 
W
L
 
H
I
 
I
E
 
E
G
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
N
A
 
S
I
 
I
A
 
V
P
 
A
L
 
V
G
|
G
S
x
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
G
 
A
A
 
S
Y
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
M
A
 
E
E
 
E
W
 
H
D
 
T
E
 
Q
V
 
V
S
 
I
A
 
K
Y
 
E
S
 
I
L
 
I
A
 
R
K
 
V
I
 
A
A
 
N
R
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
T
 
I
I
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
T
S
 
G
D
 
A
L
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
R
K
 
E
A
 
A
V
 
I
R
 
E
R
 
L
A
 
T
R
 
K
Y
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
D
N
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
A
M
x
L
V
 
L
L
 
V
P
 
T
T
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
S
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
G
I
 
L
L
 
Y
A
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
A
 
K
A
 
A
I
 
I
G
 
A
D
 
E
S
 
A
I
 
V
G
 
E
V
 
L
P
 
P
I
 
L
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
A
 
G
T
x
R
S
 
T
G
 
G
T
 
V
D
 
D
M
 
L
S
 
S
V
 
N
D
 
D
L
 
T
I
 
A
L
 
V
R
 
R
I
 
-
I
 
L
K
 
A
Q
 
E
V
 
I
P
 
P
N
 
N
V
 
I
T
 
V
M
 
G
V
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
V
Q
 
P
R
 
R
M
 
G
H
 
K
H
 
A
L
 
L
-
 
I
-
 
D
H
 
A
R
 
L
Q
 
N
S
 
G
D
 
K
V
 
M
P
 
A
F
 
V
Y
 
Y
N
 
S
G
 
G
C
 
D
N
 
D
P
 
E
L
 
T
A
 
A
L
 
W
E
 
E
A
 
L
F
 
M
A
 
L
A
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
G
W
 
N
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
T
P
 
A
N
 
N
L
 
I
I
 
A
P
 
P
E
 
K
L
 
A
N
 
M
L
 
S
A
 
E
L
 
V
Y
 
C
E
 
A
A
 
V
V
 
A
L
 
I
A
 
A
N
 
K
D
 
D
L
 
E
T
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
R
 
K
E
 
T
V
 
L
F
 
N
Y
 
N
R
 
K
Q
 
I
L
 
A
P
 
N
L
 
L
L
 
H
D
 
N
F
 
I
I
 
L
L
 
F
K
 
C
G
 
E
G
 
S
L
 
N
P
 
P
A
 
I
T
 
P
I
 
V
K
 
K
A
 
W
G
 
A
L
 
L
R
 
H
L
 
E
T
 
M
G
 
G
L
 
L
E
 
I
A
 
D
G
 
T
D
 
G
P
 
I
R
 
R
L
 
L
P
 
P
V
 
L
F
 
T
P
 
P
L
 
L
G
 
A
E
 
E
V
 
Q
G
 
Y
I
 
R
E
 
E
Q
 
P
L
 
L
K
 
R
T
 
N
L
 
A
L
 
L
R
 
K

3tdfA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 2-ketobutanoic acid at 1.99 a resolution
29% identity, 98% coverage: 6:290/290 of query aligns to 2:286/291 of 3tdfA

query
sites
3tdfA
I
 
I
H
 
Q
G
 
G
I
 
S
I
 
I
G
 
V
Y
x
A
T
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
S
 
L
T
 
K
D
 
D
G
 
G
Q
 
G
R
 
-
I
 
V
D
 
D
L
 
W
N
 
K
T
 
S
L
 
L
G
 
E
R
 
K
S
 
L
I
 
V
D
 
E
R
 
W
L
 
H
I
 
I
E
 
E
G
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
N
A
 
S
I
 
I
A
 
V
P
 
A
L
 
V
G
 
G
S
x
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
G
 
A
A
 
S
Y
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
M
A
 
E
E
 
E
W
 
H
D
 
T
E
 
Q
V
 
V
S
 
I
A
 
K
Y
 
E
S
 
I
L
 
I
A
 
R
K
 
V
I
 
A
A
 
N
R
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
T
 
I
I
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
T
S
 
G
D
 
A
L
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
R
K
 
E
A
 
A
V
 
I
R
 
E
R
 
L
A
 
T
R
 
K
Y
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
D
N
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
A
M
 
L
V
 
L
L
 
V
P
 
T
T
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
S
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
G
I
 
L
L
 
Y
A
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
A
 
K
A
 
A
I
 
I
G
 
A
D
 
E
S
 
A
I
 
V
G
 
E
V
 
L
P
 
P
I
 
L
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
A
 
G
T
x
R
S
 
T
G
 
G
T
 
V
D
 
D
M
 
L
S
 
S
V
 
N
D
 
D
L
 
T
I
 
A
L
 
V
R
 
R
I
 
-
I
 
L
K
 
A
Q
 
E
V
 
I
P
 
P
N
 
N
V
 
I
T
 
V
M
 
G
V
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
V
Q
 
P
R
 
R
M
 
G
H
 
K
H
 
A
L
 
L
-
 
I
-
 
D
H
 
A
R
 
L
Q
 
N
S
 
G
D
 
K
V
 
M
P
 
A
F
 
V
Y
 
Y
N
 
S
G
 
G
C
 
D
N
 
D
P
 
E
L
 
T
A
 
A
L
 
W
E
 
E
A
 
L
F
 
M
A
 
L
A
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
G
W
 
N
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
T
P
 
A
N
 
N
L
 
I
I
 
A
P
 
P
E
 
K
L
 
A
N
 
M
L
 
S
A
 
E
L
 
V
Y
 
C
E
 
A
A
 
V
V
 
A
L
 
I
A
 
A
N
 
K
D
 
D
L
 
E
T
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
R
 
K
E
 
T
V
 
L
F
 
N
Y
 
N
R
 
K
Q
 
I
L
 
A
P
 
N
L
 
L
L
 
H
D
 
N
F
 
I
I
 
L
L
 
F
K
 
C
G
 
E
G
 
S
L
 
N
P
 
P
A
 
I
T
 
P
I
 
V
K
 
K
A
 
W
G
 
A
L
 
L
R
 
H
L
 
E
T
 
M
G
 
G
L
 
L
E
 
I
A
 
D
G
 
T
D
 
G
P
 
I
R
 
R
L
 
L
P
 
P
V
 
L
F
 
T
P
 
P
L
 
L
G
 
A
E
 
E
V
 
Q
G
 
Y
I
 
R
E
 
E
Q
 
P
L
 
L
K
 
R
T
 
N
L
 
A
L
 
L
R
 
K

3tceA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 5-hydroxylysine at 2.6 a resolution
29% identity, 98% coverage: 6:290/290 of query aligns to 2:286/291 of 3tceA

query
sites
3tceA
I
 
I
H
 
Q
G
 
G
I
 
S
I
 
I
G
 
V
Y
 
A
T
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
S
 
L
T
 
K
D
 
D
G
 
G
Q
 
G
R
 
-
I
 
V
D
 
D
L
 
W
N
 
K
T
 
S
L
 
L
G
 
E
R
 
K
S
 
L
I
 
V
D
 
E
R
 
W
L
 
H
I
 
I
E
 
E
G
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
N
A
 
S
I
 
I
A
 
V
P
 
A
L
 
V
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
A
A
x
S
Y
 
T
L
|
L
S
 
S
D
 
M
A
 
E
E
 
E
W
x
H
D
 
T
E
 
Q
V
 
V
S
 
I
A
 
K
Y
 
E
S
 
I
L
 
I
A
 
R
K
 
V
I
 
A
A
 
N
R
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
T
 
I
I
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
T
S
 
G
D
 
A
L
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
R
K
 
E
A
 
A
V
 
I
R
 
E
R
 
L
A
 
T
R
 
K
Y
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
D
N
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
A
M
 
L
V
 
L
L
 
V
P
 
T
T
 
P
S
x
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
S
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
G
I
 
L
L
 
Y
A
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
A
 
K
A
 
A
I
 
I
G
 
A
D
 
E
S
 
A
I
 
V
G
 
E
V
 
L
P
 
P
I
 
L
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
A
 
G
T
x
R
S
 
T
G
 
G
T
 
V
D
 
D
M
 
L
S
 
S
V
 
N
D
 
D
L
 
T
I
 
A
L
 
V
R
 
R
I
 
-
I
 
L
K
 
A
Q
 
E
V
 
I
P
 
P
N
 
N
V
 
I
T
 
V
M
 
G
V
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
V
Q
 
P
R
 
R
M
 
G
H
 
K
H
 
A
L
 
L
-
 
I
-
 
D
H
 
A
R
 
L
Q
 
N
S
 
G
D
 
K
V
 
M
P
 
A
F
 
V
Y
 
Y
N
 
S
G
 
G
C
 
D
N
 
D
P
 
E
L
 
T
A
 
A
L
 
W
E
 
E
A
 
L
F
 
M
A
 
L
A
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
G
W
 
N
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
T
P
 
A
N
 
N
L
 
I
I
 
A
P
 
P
E
 
K
L
 
A
N
 
M
L
 
S
A
 
E
L
 
V
Y
 
C
E
 
A
A
 
V
V
 
A
L
 
I
A
 
A
N
 
K
D
 
D
L
 
E
T
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
R
 
K
E
 
T
V
 
L
F
 
N
Y
 
N
R
 
K
Q
 
I
L
 
A
P
 
N
L
 
L
L
 
H
D
 
N
F
 
I
I
 
L
L
 
F
K
 
C
G
 
E
G
 
S
L
 
N
P
 
P
A
 
I
T
 
P
I
 
V
K
 
K
A
 
W
G
 
A
L
 
L
R
 
H
L
 
E
T
 
M
G
 
G
L
 
L
E
 
I
A
 
D
G
 
T
D
 
G
P
 
I
R
 
R
L
 
L
P
 
P
V
 
L
F
 
T
P
 
P
L
 
L
G
 
A
E
 
E
V
 
Q
G
 
Y
I
 
R
E
 
E
Q
 
P
L
 
L
K
 
R
T
 
N
L
 
A
L
 
L
R
 
K

3rk8A Crystal structure of the chloride inhibited dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with pyruvate at 1.8 a resolution
29% identity, 98% coverage: 6:290/290 of query aligns to 2:286/291 of 3rk8A

query
sites
3rk8A
I
 
I
H
 
Q
G
 
G
I
 
S
I
 
I
G
 
V
Y
 
A
T
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
S
 
L
T
 
K
D
 
D
G
 
G
Q
 
G
R
 
-
I
 
V
D
 
D
L
 
W
N
 
K
T
 
S
L
 
L
G
 
E
R
 
K
S
 
L
I
 
V
D
 
E
R
 
W
L
 
H
I
 
I
E
 
E
G
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
N
A
 
S
I
 
I
A
 
V
P
 
A
L
 
V
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
A
A
 
S
Y
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
M
A
 
E
E
 
E
W
 
H
D
 
T
E
 
Q
V
 
V
S
 
I
A
 
K
Y
 
E
S
 
I
L
 
I
A
 
R
K
 
V
I
 
A
A
 
N
R
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
T
 
I
I
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
T
S
 
G
D
 
A
L
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
R
K
 
E
A
 
A
V
 
I
R
 
E
R
 
L
A
 
T
R
 
K
Y
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
D
N
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
A
M
 
L
V
 
L
L
 
V
P
 
T
T
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
S
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
G
I
 
L
L
 
Y
A
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
A
 
K
A
 
A
I
 
I
G
 
A
D
 
E
S
 
A
I
 
V
G
 
E
V
 
L
P
 
P
I
 
L
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
A
 
G
T
x
R
S
 
T
G
 
G
T
 
V
D
 
D
M
 
L
S
 
S
V
 
N
D
 
D
L
 
T
I
 
A
L
 
V
R
 
R
I
 
-
I
 
L
K
 
A
Q
 
E
V
 
I
P
 
P
N
 
N
V
 
I
T
 
V
M
 
G
V
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
V
Q
 
P
R
 
R
M
 
G
H
 
K
H
 
A
L
 
L
-
 
I
-
 
D
H
 
A
R
 
L
Q
 
N
S
 
G
D
 
K
V
 
M
P
 
A
F
 
V
Y
 
Y
N
 
S
G
|
G
C
 
D
N
 
D
P
 
E
L
 
T
A
 
A
L
 
W
E
 
E
A
 
L
F
 
M
A
 
L
A
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
G
W
 
N
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
T
P
 
A
N
 
N
L
 
I
I
 
A
P
 
P
E
 
K
L
 
A
N
 
M
L
 
S
A
 
E
L
 
V
Y
 
C
E
 
A
A
 
V
V
 
A
L
 
I
A
 
A
N
 
K
D
 
D
L
 
E
T
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
R
 
K
E
 
T
V
 
L
F
 
N
Y
 
N
R
 
K
Q
 
I
L
 
A
P
 
N
L
 
L
L
 
H
D
 
N
F
 
I
I
 
L
L
x
F
K
 
C
G
 
E
G
 
S
L
 
N
P
 
P
A
 
I
T
 
P
I
 
V
K
 
K
A
 
W
G
 
A
L
 
L
R
 
H
L
 
E
T
 
M
G
 
G
L
 
L
E
 
I
A
 
D
G
 
T
D
 
G
P
 
I
R
 
R
L
 
L
P
 
P
V
 
L
F
 
T
P
 
P
L
 
L
G
 
A
E
 
E
V
 
Q
G
 
Y
I
 
R
E
 
E
Q
 
P
L
 
L
K
 
R
T
 
N
L
 
A
L
 
L
R
 
K

3pueB Crystal structure of the complex of dhydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with lysine at 2.6a resolution
29% identity, 98% coverage: 6:290/290 of query aligns to 2:286/291 of 3pueB

query
sites
3pueB
I
 
I
H
 
Q
G
 
G
I
 
S
I
 
I
G
 
V
Y
 
A
T
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
S
 
L
T
 
K
D
 
D
G
 
G
Q
 
G
R
 
-
I
 
V
D
 
D
L
 
W
N
 
K
T
 
S
L
 
L
G
 
E
R
 
K
S
 
L
I
 
V
D
 
E
R
 
W
L
 
H
I
 
I
E
 
E
G
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
N
A
 
S
I
 
I
A
 
V
P
 
A
L
 
V
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
A
A
 
S
Y
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
M
A
 
E
E
 
E
W
 
H
D
 
T
E
 
Q
V
 
V
S
 
I
A
 
K
Y
 
E
S
 
I
L
 
I
A
 
R
K
 
V
I
 
A
A
 
N
R
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
T
 
I
I
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
T
S
 
G
D
 
A
L
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
R
K
 
E
A
 
A
V
 
I
R
 
E
R
 
L
A
 
T
R
 
K
Y
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
D
N
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
A
M
 
L
V
 
L
L
 
V
P
 
T
T
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
S
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
G
I
 
L
L
 
Y
A
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
A
 
K
A
 
A
I
 
I
G
 
A
D
 
E
S
 
A
I
 
V
G
 
E
V
 
L
P
 
P
I
 
L
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
A
 
G
T
x
R
S
 
T
G
 
G
T
 
V
D
 
D
M
 
L
S
 
S
V
 
N
D
 
D
L
 
T
I
 
A
L
 
V
R
 
R
I
 
-
I
 
L
K
 
A
Q
 
E
V
 
I
P
 
P
N
 
N
V
 
I
T
 
V
M
 
G
V
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
V
Q
 
P
R
 
R
M
 
G
H
 
K
H
 
A
L
 
L
-
 
I
-
 
D
H
 
A
R
 
L
Q
 
N
S
 
G
D
 
K
V
 
M
P
 
A
F
 
V
Y
 
Y
N
 
S
G
 
G
C
 
D
N
 
D
P
 
E
L
 
T
A
 
A
L
 
W
E
 
E
A
 
L
F
 
M
A
 
L
A
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
G
W
 
N
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
T
P
 
A
N
 
N
L
 
I
I
 
A
P
 
P
E
 
K
L
 
A
N
 
M
L
 
S
A
 
E
L
 
V
Y
 
C
E
 
A
A
 
V
V
 
A
L
 
I
A
 
A
N
 
K
D
 
D
L
 
E
T
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
R
 
K
E
 
T
V
 
L
F
 
N
Y
 
N
R
 
K
Q
 
I
L
 
A
P
 
N
L
 
L
L
 
H
D
 
N
F
 
I
I
 
L
L
x
F
K
 
C
G
 
E
G
 
S
L
x
N
P
 
P
A
 
I
T
 
P
I
 
V
K
 
K
A
 
W
G
 
A
L
 
L
R
 
H
L
 
E
T
 
M
G
 
G
L
 
L
E
 
I
A
 
D
G
 
T
D
 
G
P
 
I
R
 
R
L
 
L
P
 
P
V
 
L
F
 
T
P
 
P
L
 
L
G
 
A
E
 
E
V
 
Q
G
 
Y
I
 
R
E
 
E
Q
 
P
L
 
L
K
 
R
T
 
N
L
 
A
L
 
L
R
 
K

Q9X1K9 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) (see paper)
27% identity, 98% coverage: 6:290/290 of query aligns to 2:289/294 of Q9X1K9

query
sites
Q9X1K9
I
 
F
H
 
R
G
 
G
I
 
V
I
 
G
G
 
T
Y
 
A
T
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
S
 
K
T
 
-
D
 
N
G
 
G
Q
 
E
R
 
-
I
 
L
D
 
D
L
 
L
N
 
E
T
 
S
L
 
Y
G
 
E
R
 
R
S
 
L
I
 
V
D
 
R
R
 
Y
L
 
Q
I
 
L
E
 
E
G
 
N
G
 
G
V
 
V
H
 
N
A
 
A
I
 
L
A
 
I
P
 
V
L
 
L
G
 
G
S
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
S
A
 
P
Y
 
T
L
 
V
S
 
N
D
 
E
A
 
D
E
 
E
W
 
R
D
 
E
E
 
K
V
 
L
S
 
V
A
 
S
Y
 
R
S
 
T
L
 
L
A
 
E
K
 
I
I
 
V
A
 
D
R
 
G
R
 
K
V
 
I
P
 
P
T
 
V
I
 
I
V
 
V
S
 
G
V
 
A
S
 
G
D
 
T
L
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
E
K
 
K
A
 
T
V
 
L
R
 
K
R
 
L
A
 
V
R
 
K
Y
 
Q
A
 
A
E
 
E
A
 
K
N
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
N
V
 
G
V
 
V
M
 
L
V
 
V
L
 
V
P
 
T
T
 
P
S
 
Y
Y
 
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
S
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
G
I
 
L
L
 
Y
A
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
A
 
K
A
 
Y
I
 
I
G
 
S
D
 
E
S
 
R
I
 
T
G
 
D
V
 
L
P
 
G
I
 
I
M
 
V
L
 
V
Y
 
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
A
 
G
T
 
R
S
 
T
G
 
G
T
 
V
D
 
N
M
 
V
S
 
L
V
 
P
D
 
E
L
 
T
I
 
A
L
 
A
R
 
R
I
 
I
I
 
A
K
 
A
Q
 
D
V
 
L
P
 
K
N
 
N
V
 
V
T
 
V
M
 
G
V
 
I
K
 
K
E
 
E
S
 
A
T
 
N
G
 
P
D
|
D
I
|
I
Q
x
D
R
 
Q
M
 
I
H
 
D
H
 
R
-
 
T
-
 
V
-
 
S
L
 
L
H
 
T
R
 
K
Q
 
Q
-
 
A
-
 
R
S
 
S
D
 
D
V
 
F
P
 
M
F
 
V
Y
 
W
N
 
S
G
 
G
C
 
N
N
 
D
P
 
D
L
 
R
A
 
T
L
 
F
E
 
Y
A
 
L
F
 
L
A
 
C
A
 
A
G
 
G
A
 
G
K
 
D
G
 
G
W
 
V
C
 
I
T
 
S
A
 
V
A
 
V
P
 
S
N
 
N
L
 
V
I
 
A
P
 
P
E
 
K
L
 
Q
N
 
M
L
 
V
A
 
E
L
 
L
Y
 
C
E
 
A
A
 
E
V
 
Y
L
 
F
A
 
S
N
 
G
D
 
N
L
 
L
T
 
E
Q
 
K
A
 
S
R
 
R
E
 
E
V
 
V
F
 
H
Y
 
R
R
 
K
Q
 
L
L
 
R
P
 
P
L
 
L
L
 
M
D
 
K
F
 
A
I
 
L
L
 
F
K
 
V
G
 
E
G
 
T
L
 
N
P
 
P
A
 
I
T
 
P
I
 
V
K
 
K
A
 
A
G
 
A
L
 
L
R
 
N
L
 
L
T
 
M
G
 
G
L
 
F
E
 
I
A
 
E
G
 
N
D
 
E
P
 
L
R
 
R
L
 
L
P
 
P
V
 
L
F
 
V
P
 
P
L
 
A
G
 
S
E
 
E
V
 
K
G
 
T
I
 
V
E
 
E
Q
 
L
L
 
L
K
 
R
T
 
N
L
 
V
L
 
L
R
 
K

1o5kA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (tm1521) from thermotoga maritima at 1.80 a resolution
27% identity, 98% coverage: 6:290/290 of query aligns to 3:290/295 of 1o5kA

query
sites
1o5kA
I
 
F
H
 
R
G
 
G
I
 
V
I
 
G
G
 
T
Y
 
A
T
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
S
 
K
T
 
-
D
 
N
G
 
G
Q
 
E
R
 
-
I
 
L
D
 
D
L
 
L
N
 
E
T
 
S
L
 
Y
G
 
E
R
 
R
S
 
L
I
 
V
D
 
R
R
 
Y
L
 
Q
I
 
L
E
 
E
G
 
N
G
 
G
V
 
V
H
 
N
A
 
A
I
 
L
A
 
I
P
 
V
L
 
L
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
S
A
 
P
Y
 
T
L
 
V
S
 
N
D
 
E
A
 
D
E
 
E
W
 
R
D
 
E
E
 
K
V
 
L
S
 
V
A
 
S
Y
 
R
S
 
T
L
 
L
A
x
E
K
 
I
I
 
V
A
x
D
R
 
G
R
 
K
V
 
I
P
 
P
T
 
V
I
 
I
V
 
V
S
 
G
V
 
A
S
 
G
D
 
T
L
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
E
K
 
K
A
 
T
V
 
L
R
 
K
R
 
L
A
 
V
R
 
K
Y
 
Q
A
 
A
E
 
E
A
 
K
N
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
N
V
 
G
V
 
V
M
 
L
V
 
V
L
 
V
P
 
T
T
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
S
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
G
I
 
L
L
 
Y
A
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
A
 
K
A
 
Y
I
 
I
G
 
S
D
 
E
S
 
R
I
 
T
G
 
D
V
 
L
P
 
G
I
 
I
M
 
V
L
 
V
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
A
 
G
T
x
R
S
 
T
G
 
G
T
 
V
D
 
N
M
 
V
S
 
L
V
 
P
D
 
E
L
 
T
I
 
A
L
 
A
R
 
R
I
 
I
I
 
A
K
 
A
Q
 
D
V
 
L
P
 
K
N
 
N
V
 
V
T
 
V
M
 
G
V
 
I
K
|
K
E
 
E
S
 
A
T
 
N
G
 
P
D
 
D
I
 
I
Q
 
D
R
 
Q
M
 
I
H
 
D
H
 
R
-
 
T
-
 
V
-
 
S
L
 
L
H
 
T
R
 
K
Q
 
Q
-
 
A
-
 
R
S
 
S
D
 
D
V
 
F
P
 
M
F
 
V
Y
 
W
N
 
S
G
 
G
C
 
N
N
 
D
P
 
D
L
 
R
A
 
T
L
 
F
E
 
Y
A
 
L
F
 
L
A
 
C
A
 
A
G
 
G
A
 
G
K
 
D
G
 
G
W
 
V
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
V
P
 
S
N
 
N
L
 
V
I
 
A
P
 
P
E
 
K
L
 
Q
N
 
M
L
 
V
A
 
E
L
 
L
Y
 
C
E
 
A
A
 
E
V
 
Y
L
 
F
A
 
S
N
 
G
D
 
N
L
 
L
T
 
E
Q
 
K
A
 
S
R
 
R
E
 
E
V
 
V
F
 
H
Y
 
R
R
 
K
Q
 
L
L
 
R
P
 
P
L
 
L
L
 
M
D
 
K
F
 
A
I
 
L
L
 
F
K
 
V
G
 
E
G
 
T
L
 
N
P
 
P
A
 
I
T
 
P
I
 
V
K
 
K
A
 
A
G
 
A
L
 
L
R
 
N
L
 
L
T
 
M
G
 
G
L
 
F
E
 
I
A
 
E
G
 
N
D
 
E
P
 
L
R
 
R
L
 
L
P
 
P
V
 
L
F
 
V
P
 
P
L
 
A
G
 
S
E
 
E
V
 
K
G
 
T
I
 
V
E
 
E
Q
 
L
L
 
L
K
 
R
T
 
N
L
 
V
L
 
L
R
 
K

5j5dA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from mycobacterium tuberculosis in complex with alpha-ketopimelic acid (see paper)
30% identity, 90% coverage: 14:273/290 of query aligns to 17:274/297 of 5j5dA

query
sites
5j5dA
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
S
 
S
T
 
G
D
 
D
G
 
G
Q
 
S
R
 
-
I
 
L
D
 
D
L
 
T
N
 
A
T
 
T
L
 
A
G
 
A
R
 
R
S
 
L
I
 
A
D
 
N
R
 
H
L
 
L
I
 
V
E
 
D
G
 
Q
G
 
G
V
 
C
H
 
D
A
 
G
I
 
L
A
 
V
P
 
V
L
 
S
G
 
G
S
x
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
G
 
S
A
 
P
Y
 
T
L
 
T
S
 
T
D
 
D
A
 
G
E
 
E
W
 
K
D
 
I
E
 
E
V
 
L
S
 
L
A
 
R
Y
 
A
S
 
V
L
 
L
A
 
E
K
 
A
I
 
V
A
 
G
R
 
D
R
 
R
V
 
A
P
 
R
T
 
V
I
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
A
S
 
G
D
 
T
L
 
Y
T
 
D
T
 
T
A
 
A
K
 
H
A
 
S
V
 
I
R
 
R
R
 
L
A
 
A
R
 
K
Y
 
A
A
 
C
E
 
A
A
 
A
N
 
E
G
 
G
A
 
A
D
 
H
V
 
G
V
 
L
M
 
L
V
 
V
L
 
V
P
 
T
T
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
S
K
 
K
L
 
P
S
 
P
E
 
Q
A
 
R
E
 
G
I
 
L
L
 
Q
A
 
A
H
 
H
Y
 
F
A
 
T
A
 
A
I
 
V
G
 
A
D
 
D
S
 
A
I
 
T
G
 
E
V
 
L
P
 
P
I
 
M
M
 
L
L
 
L
Y
|
Y
N
 
D
N
 
I
P
 
P
A
 
G
T
x
R
S
 
S
G
 
A
T
 
V
D
 
P
M
 
I
S
 
E
V
 
P
D
 
D
L
 
T
I
 
I
L
 
-
R
 
R
I
 
A
I
 
L
K
 
A
Q
 
S
V
 
H
P
 
P
N
 
N
V
 
I
T
 
V
M
 
G
V
 
V
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
K
G
 
A
D
 
D
I
 
L
Q
 
H
R
 
S
M
 
G
H
 
A
H
 
Q
L
 
I
H
 
M
R
 
A
Q
 
D
S
 
T
D
 
G
V
 
L
P
 
A
F
 
Y
Y
 
Y
N
 
S
G
|
G
C
 
D
N
 
D
P
 
A
L
 
L
A
 
N
L
 
L
E
 
P
A
 
W
F
 
L
A
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
T
G
 
G
W
 
F
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
I
P
 
A
N
 
H
L
 
L
I
 
A
P
 
A
E
 
G
L
 
Q
N
 
L
L
 
R
A
 
E
L
 
L
Y
 
L
E
 
S
A
 
A
V
 
F
L
 
G
A
 
S
N
 
G
D
 
D
L
 
I
T
 
A
Q
 
T
A
 
A
R
 
R
E
 
K
V
 
I
F
 
N
Y
 
I
R
 
A
Q
 
V
L
 
A
P
 
P
L
 
L
L
 
C
D
 
N
F
 
A
I
 
M
L
 
S
K
 
R
G
 
L
G
 
G
L
 
G
P
 
V
A
 
T
T
 
L
I
 
S
K
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
R
L
 
L
T
 
Q
G
 
G
L
 
I
E
 
D
A
 
V
G
 
G
D
 
D
P
 
P
R
 
R
L
 
L
P
 
P

Sites not aligning to the query:

P9WP25 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
30% identity, 90% coverage: 14:273/290 of query aligns to 20:277/300 of P9WP25

query
sites
P9WP25
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
S
 
S
T
 
G
D
 
D
G
 
G
Q
 
S
R
 
-
I
 
L
D
 
D
L
 
T
N
 
A
T
 
T
L
 
A
G
 
A
R
 
R
S
 
L
I
 
A
D
 
N
R
 
H
L
 
L
I
 
V
E
 
D
G
 
Q
G
 
G
V
 
C
H
 
D
A
 
G
I
 
L
A
 
V
P
 
V
L
 
S
G
 
G
S
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
S
A
 
P
Y
 
T
L
 
T
S
 
T
D
 
D
A
 
G
E
 
E
W
 
K
D
 
I
E
 
E
V
 
L
S
 
L
A
 
R
Y
 
A
S
 
V
L
 
L
A
 
E
K
 
A
I
 
V
A
 
G
R
 
D
R
 
R
V
 
A
P
 
R
T
 
V
I
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
A
S
 
G
D
 
T
L
 
Y
T
 
D
T
 
T
A
 
A
K
 
H
A
 
S
V
 
I
R
 
R
R
 
L
A
 
A
R
 
K
Y
 
A
A
 
C
E
 
A
A
 
A
N
 
E
G
 
G
A
 
A
D
 
H
V
 
G
V
 
L
M
 
L
V
 
V
L
 
V
P
 
T
T
 
P
S
 
Y
Y
 
Y
W
 
S
K
 
K
L
 
P
S
 
P
E
 
Q
A
 
R
E
 
G
I
 
L
L
 
Q
A
 
A
H
 
H
Y
 
F
A
 
T
A
 
A
I
 
V
G
 
A
D
 
D
S
 
A
I
 
T
G
 
E
V
 
L
P
 
P
I
 
M
M
 
L
L
 
L
Y
 
Y
N
 
D
N
 
I
P
 
P
A
 
G
T
 
R
S
 
S
G
 
A
T
 
V
D
 
P
M
 
I
S
 
E
V
 
P
D
 
D
L
 
T
I
 
I
L
 
-
R
 
R
I
 
A
I
 
L
K
 
A
Q
 
S
V
 
H
P
 
P
N
 
N
V
 
I
T
 
V
M
 
G
V
 
V
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
K
G
 
A
D
 
D
I
 
L
Q
 
H
R
 
S
M
 
G
H
 
A
H
 
Q
L
 
I
H
 
M
R
 
A
Q
 
D
S
 
T
D
 
G
V
 
L
P
 
A
F
 
Y
Y
 
Y
N
 
S
G
 
G
C
 
D
N
 
D
P
 
A
L
 
L
A
 
N
L
 
L
E
 
P
A
 
W
F
 
L
A
|
A
A
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
T
G
 
G
W
 
F
C
 
I
T
 
S
A
 
V
A
 
I
P
 
A
N
 
H
L
 
L
I
 
A
P
 
A
E
 
G
L
 
Q
N
 
L
L
 
R
A
 
E
L
 
L
Y
 
L
E
 
S
A
 
A
V
 
F
L
 
G
A
 
S
N
 
G
D
 
D
L
 
I
T
 
A
Q
 
T
A
 
A
R
 
R
E
 
K
V
 
I
F
 
N
Y
 
I
R
 
A
Q
 
V
L
 
A
P
 
P
L
 
L
L
 
C
D
 
N
F
 
A
I
 
M
L
 
S
K
 
R
G
 
L
G
 
G
L
 
G
P
 
V
A
 
T
T
 
L
I
 
S
K
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
R
L
 
L
T
 
Q
G
 
G
L
 
I
E
 
D
A
 
V
G
 
G
D
 
D
P
 
P
R
 
R
L
 
L
P
 
P

1xxxA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (dapa, rv2753c) from mycobacterium tuberculosis (see paper)
30% identity, 90% coverage: 14:273/290 of query aligns to 16:273/296 of 1xxxA

query
sites
1xxxA
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
S
 
S
T
 
G
D
 
D
G
 
G
Q
 
S
R
 
-
I
 
L
D
 
D
L
 
T
N
 
A
T
 
T
L
 
A
G
 
A
R
 
R
S
 
L
I
 
A
D
 
N
R
 
H
L
 
L
I
 
V
E
 
D
G
 
Q
G
 
G
V
 
C
H
 
D
A
 
G
I
 
L
A
 
V
P
 
V
L
 
S
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
S
A
 
P
Y
 
T
L
 
T
S
 
T
D
 
D
A
 
G
E
 
E
W
 
K
D
 
I
E
 
E
V
 
L
S
 
L
A
 
R
Y
 
A
S
 
V
L
 
L
A
 
E
K
 
A
I
 
V
A
 
G
R
 
D
R
 
R
V
 
A
P
 
R
T
 
V
I
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
A
S
 
G
D
 
T
L
 
Y
T
 
D
T
 
T
A
 
A
K
 
H
A
 
S
V
 
I
R
 
R
R
 
L
A
 
A
R
 
K
Y
 
A
A
 
C
E
 
A
A
 
A
N
 
E
G
 
G
A
 
A
D
 
H
V
 
G
V
 
L
M
 
L
V
 
V
L
 
V
P
 
T
T
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
S
K
 
K
L
 
P
S
 
P
E
 
Q
A
 
R
E
 
G
I
 
L
L
 
Q
A
 
A
H
 
H
Y
 
F
A
 
T
A
 
A
I
 
V
G
 
A
D
 
D
S
 
A
I
 
T
G
 
E
V
 
L
P
 
P
I
 
M
M
 
L
L
 
L
Y
|
Y
N
 
D
N
 
I
P
 
P
A
 
G
T
x
R
S
 
S
G
 
A
T
 
V
D
 
P
M
 
I
S
 
E
V
 
P
D
 
D
L
 
T
I
 
I
L
 
-
R
 
R
I
 
A
I
 
L
K
x
A
Q
 
S
V
x
H
P
 
P
N
 
N
V
x
I
T
 
V
M
 
G
V
 
V
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
K
G
 
A
D
 
D
I
 
L
Q
 
H
R
 
S
M
 
G
H
 
A
H
 
Q
L
 
I
H
 
M
R
 
A
Q
 
D
S
 
T
D
 
G
V
 
L
P
 
A
F
 
Y
Y
 
Y
N
 
S
G
 
G
C
 
D
N
 
D
P
 
A
L
 
L
A
 
N
L
 
L
E
 
P
A
 
W
F
 
L
A
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
T
G
 
G
W
 
F
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
I
P
 
A
N
 
H
L
 
L
I
 
A
P
 
A
E
 
G
L
 
Q
N
 
L
L
 
R
A
 
E
L
 
L
Y
 
L
E
 
S
A
 
A
V
 
F
L
 
G
A
 
S
N
 
G
D
 
D
L
 
I
T
 
A
Q
 
T
A
 
A
R
 
R
E
 
K
V
 
I
F
 
N
Y
 
I
R
 
A
Q
 
V
L
 
A
P
 
P
L
 
L
L
 
C
D
 
N
F
 
A
I
 
M
L
 
S
K
 
R
G
 
L
G
 
G
L
 
G
P
 
V
A
 
T
T
 
L
I
 
S
K
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
R
L
 
L
T
 
Q
G
 
G
L
 
I
E
 
D
A
 
V
G
 
G
D
 
D
P
 
P
R
 
R
L
 
L
P
 
P

7kkdB Dihydrodipicolinate synthase (dhdps) from c.Jejuni, n84a mutant with pyruvate bound in the active site and r,r-bislysine bound at the allosteric site
26% identity, 96% coverage: 14:290/290 of query aligns to 22:299/306 of 7kkdB

query
sites
7kkdB
I
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
S
 
K
T
 
N
D
 
G
G
 
-
Q
 
-
R
 
K
I
 
V
D
 
D
L
 
E
N
 
Q
T
 
S
L
 
Y
G
 
A
R
 
R
S
 
L
I
 
I
D
 
K
R
 
R
L
 
Q
I
 
I
E
 
E
G
 
N
G
 
G
V
 
I
H
 
D
A
 
A
I
 
V
A
 
V
P
 
P
L
 
V
G
 
G
S
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
x
S
A
 
A
Y
 
T
L
|
L
S
 
T
D
 
H
A
 
E
E
 
E
W
x
H
D
 
R
E
 
T
V
 
C
S
 
I
A
 
E
Y
 
I
S
 
A
L
 
V
A
 
E
K
 
T
I
 
C
-
 
K
A
 
G
R
 
T
R
 
K
V
 
V
P
 
K
T
 
V
I
 
L
V
 
A
S
 
G
V
 
A
S
 
G
D
 
S
L
 
A
T
 
A
T
 
T
A
 
H
K
x
E
A
 
A
V
 
V
R
 
G
R
 
L
A
 
A
R
 
K
Y
 
F
A
 
A
E
 
K
A
 
E
N
 
H
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
G
V
 
I
M
 
L
V
 
S
L
 
V
P
 
A
T
 
P
S
x
Y
Y
 
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
S
 
T
E
 
Q
A
 
Q
E
 
G
I
 
L
L
 
Y
A
 
E
H
 
H
Y
 
Y
A
 
K
A
 
A
I
 
I
G
 
A
D
 
Q
S
 
S
I
 
V
G
 
D
V
 
I
P
 
P
I
 
V
M
 
L
L
 
L
Y
 
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
A
 
G
T
 
R
S
 
T
G
 
G
T
 
C
D
 
E
M
 
I
S
 
S
V
 
T
D
 
D
L
 
T
I
 
I
L
 
I
R
 
K
I
 
L
I
 
F
K
 
R
Q
 
D
V
 
C
P
 
E
N
 
N
V
 
I
T
 
Y
M
 
G
V
 
V
K
 
K
E
 
E
S
 
A
T
 
S
G
 
G
D
 
N
I
 
I
Q
 
D
R
 
K
-
 
C
M
 
V
H
 
D
H
 
L
L
 
L
H
 
A
R
 
H
Q
 
E
S
 
P
D
 
R
V
 
M
P
 
M
F
 
L
Y
 
I
N
 
S
G
 
G
C
 
E
N
 
D
P
 
A
L
 
I
A
 
N
L
 
Y
E
 
P
A
 
I
F
 
L
A
 
S
A
 
N
G
 
G
A
 
G
K
 
K
G
 
G
W
 
V
C
 
I
T
 
S
A
 
V
A
 
T
P
 
S
N
 
N
L
 
L
I
 
L
P
 
P
E
 
D
L
 
M
N
 
I
L
 
S
A
 
A
L
 
L
Y
 
T
E
 
H
A
 
F
V
 
A
L
 
L
A
 
D
N
 
E
D
 
N
L
 
Y
T
 
K
Q
 
E
A
 
A
R
 
K
E
 
K
V
 
I
F
 
N
Y
 
D
R
 
E
Q
 
L
L
 
Y
P
 
N
L
 
I
L
 
N
D
 
K
F
 
I
I
 
L
L
 
F
K
 
C
G
 
E
G
 
S
L
 
N
P
 
P
A
 
I
T
 
P
I
 
I
K
 
K
A
 
T
G
 
A
L
 
M
R
 
Y
L
 
L
T
 
A
G
 
G
L
 
L
-
 
I
E
 
E
A
 
S
G
 
L
D
 
E
P
 
F
R
 
R
L
 
L
P
 
P
V
 
L
F
 
C
P
 
S
L
 
P
G
 
S
E
 
K
V
 
E
G
 
N
I
 
F
E
 
A
Q
 
K
L
 
I
K
 
E
T
 
E
L
 
V
L
 
M
R
 
K

4m19A Dihydrodipicolinate synthase from c. Jejuni with pyruvate bound to the active site and lysine bound to allosteric site (see paper)
26% identity, 96% coverage: 14:290/290 of query aligns to 12:289/296 of 4m19A

query
sites
4m19A
I
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
S
 
K
T
 
N
D
 
G
G
 
-
Q
 
-
R
 
K
I
 
V
D
 
D
L
 
E
N
 
Q
T
 
S
L
 
Y
G
 
A
R
 
R
S
 
L
I
 
I
D
 
K
R
 
R
L
 
Q
I
 
I
E
 
E
G
 
N
G
 
G
V
 
I
H
 
D
A
 
A
I
 
V
A
 
V
P
 
P
L
 
V
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
x
S
A
|
A
Y
 
T
L
|
L
S
 
T
D
x
H
A
 
E
E
 
E
W
x
H
D
 
R
E
 
T
V
 
C
S
 
I
A
 
E
Y
 
I
S
 
A
L
 
V
A
 
E
K
 
T
I
 
C
-
 
K
A
 
G
R
 
T
R
 
K
V
 
V
P
 
K
T
 
V
I
 
L
V
 
A
S
 
G
V
 
A
S
 
G
D
 
S
L
x
N
T
 
A
T
 
T
A
 
H
K
x
E
A
 
A
V
 
V
R
 
G
R
 
L
A
 
A
R
 
K
Y
 
F
A
 
A
E
 
K
A
 
E
N
 
H
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
G
V
 
I
M
 
L
V
 
S
L
 
V
P
 
A
T
 
P
S
x
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
S
 
T
E
 
Q
A
 
Q
E
 
G
I
 
L
L
 
Y
A
 
E
H
 
H
Y
 
Y
A
 
K
A
 
A
I
 
I
G
 
A
D
 
Q
S
 
S
I
 
V
G
 
D
V
 
I
P
 
P
I
 
V
M
 
L
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
A
 
G
T
x
R
S
 
T
G
 
G
T
 
C
D
 
E
M
 
I
S
 
S
V
 
T
D
 
D
L
 
T
I
 
I
L
 
I
R
 
K
I
 
L
I
 
F
K
 
R
Q
 
D
V
 
C
P
 
E
N
 
N
V
 
I
T
 
Y
M
 
G
V
 
V
K
|
K
E
 
E
S
 
A
T
 
S
G
 
G
D
 
N
I
 
I
Q
 
D
R
 
K
-
 
C
M
 
V
H
 
D
H
 
L
L
 
L
H
 
A
R
 
H
Q
 
E
S
 
P
D
 
R
V
 
M
P
 
M
F
 
L
Y
 
I
N
 
S
G
 
G
C
 
E
N
 
D
P
 
A
L
 
I
A
 
N
L
 
Y
E
 
P
A
 
I
F
 
L
A
 
S
A
 
N
G
 
G
A
 
G
K
 
K
G
 
G
W
 
V
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
T
P
 
S
N
 
N
L
 
L
I
 
L
P
 
P
E
 
D
L
 
M
N
 
I
L
 
S
A
 
A
L
 
L
Y
 
T
E
 
H
A
 
F
V
 
A
L
 
L
A
 
D
N
 
E
D
 
N
L
 
Y
T
 
K
Q
 
E
A
 
A
R
 
K
E
 
K
V
 
I
F
 
N
Y
 
D
R
 
E
Q
 
L
L
 
Y
P
 
N
L
 
I
L
 
N
D
 
K
F
 
I
I
 
L
L
 
F
K
 
C
G
 
E
G
 
S
L
 
N
P
 
P
A
 
I
T
 
P
I
 
I
K
 
K
A
 
T
G
 
A
L
 
M
R
 
Y
L
 
L
T
 
A
G
 
G
L
 
L
-
 
I
E
 
E
A
 
S
G
 
L
D
 
E
P
 
F
R
 
R
L
 
L
P
 
P
V
 
L
F
 
C
P
 
S
L
 
P
G
 
S
E
 
K
V
 
E
G
 
N
I
 
F
E
 
A
Q
 
K
L
 
I
K
 
E
T
 
E
L
 
V
L
 
M
R
 
K

6u01B Dihydrodipicolinate synthase (dhdps) from c.Jejuni, n84d mutant with pyruvate bound in the active site (see paper)
26% identity, 96% coverage: 14:290/290 of query aligns to 12:289/296 of 6u01B

query
sites
6u01B
I
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
S
 
K
T
 
N
D
 
G
G
 
-
Q
 
-
R
 
K
I
 
V
D
 
D
L
 
E
N
 
Q
T
 
S
L
 
Y
G
 
A
R
 
R
S
 
L
I
 
I
D
 
K
R
 
R
L
 
Q
I
 
I
E
 
E
G
 
N
G
 
G
V
 
I
H
 
D
A
 
A
I
 
V
A
 
V
P
 
P
L
 
V
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
S
A
 
A
Y
 
T
L
 
L
S
 
T
D
 
H
A
 
E
E
 
E
W
 
H
D
 
R
E
 
T
V
 
C
S
 
I
A
 
E
Y
 
I
S
 
A
L
 
V
A
 
E
K
 
T
I
 
C
-
 
K
A
 
G
R
 
T
R
 
K
V
 
V
P
 
K
T
 
V
I
 
L
V
 
A
S
 
G
V
 
A
S
 
G
D
 
S
L
 
D
T
 
A
T
 
T
A
 
H
K
 
E
A
 
A
V
 
V
R
 
G
R
 
L
A
 
A
R
 
K
Y
 
F
A
 
A
E
 
K
A
 
E
N
 
H
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
G
V
 
I
M
 
L
V
 
S
L
 
V
P
 
A
T
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
S
 
T
E
 
Q
A
 
Q
E
 
G
I
 
L
L
 
Y
A
 
E
H
 
H
Y
 
Y
A
 
K
A
 
A
I
 
I
G
 
A
D
 
Q
S
 
S
I
 
V
G
 
D
V
 
I
P
 
P
I
 
V
M
 
L
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
A
 
G
T
x
R
S
 
T
G
 
G
T
 
C
D
 
E
M
 
I
S
 
S
V
 
T
D
 
D
L
 
T
I
 
I
L
 
I
R
 
K
I
 
L
I
 
F
K
 
R
Q
 
D
V
 
C
P
 
E
N
 
N
V
 
I
T
 
Y
M
 
G
V
 
V
K
|
K
E
 
E
S
 
A
T
 
S
G
 
G
D
 
N
I
 
I
Q
 
D
R
 
K
-
 
C
M
 
V
H
 
D
H
 
L
L
 
L
H
 
A
R
 
H
Q
 
E
S
 
P
D
 
R
V
 
M
P
 
M
F
 
L
Y
 
I
N
x
S
G
 
G
C
x
E
N
x
D
P
 
A
L
 
I
A
x
N
L
 
Y
E
 
P
A
 
I
F
 
L
A
 
S
A
 
N
G
 
G
A
 
G
K
 
K
G
 
G
W
 
V
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
T
P
 
S
N
 
N
L
 
L
I
 
L
P
 
P
E
 
D
L
 
M
N
 
I
L
 
S
A
 
A
L
 
L
Y
 
T
E
 
H
A
 
F
V
 
A
L
 
L
A
 
D
N
 
E
D
 
N
L
 
Y
T
 
K
Q
 
E
A
 
A
R
 
K
E
 
K
V
 
I
F
 
N
Y
 
D
R
 
E
Q
 
L
L
 
Y
P
 
N
L
 
I
L
 
N
D
 
K
F
 
I
I
 
L
L
 
F
K
 
C
G
 
E
G
 
S
L
 
N
P
 
P
A
 
I
T
 
P
I
 
I
K
 
K
A
 
T
G
 
A
L
 
M
R
 
Y
L
 
L
T
 
A
G
 
G
L
 
L
-
 
I
E
 
E
A
 
S
G
 
L
D
 
E
P
 
F
R
 
R
L
 
L
P
 
P
V
 
L
F
 
C
P
 
S
L
 
P
G
 
S
E
 
K
V
 
E
G
 
N
I
 
F
E
 
A
Q
 
K
L
 
I
K
 
E
T
 
E
L
 
V
L
 
M
R
 
K

3l21B The crystal structure of a dimeric mutant of dihydrodipicolinate synthase (dapa, rv2753c) from mycobacterium tuberculosis - dhdps- a204r
30% identity, 90% coverage: 14:273/290 of query aligns to 15:272/295 of 3l21B

query
sites
3l21B
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
S
 
S
T
 
G
D
 
D
G
 
G
Q
 
S
R
 
-
I
 
L
D
 
D
L
 
T
N
 
A
T
 
T
L
 
A
G
 
A
R
 
R
S
 
L
I
 
A
D
 
N
R
 
H
L
 
L
I
 
V
E
 
D
G
 
Q
G
 
G
V
 
C
H
 
D
A
 
G
I
 
L
A
 
V
P
 
V
L
 
S
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
S
A
 
P
Y
 
T
L
 
T
S
 
T
D
 
D
A
 
G
E
 
E
W
 
K
D
 
I
E
 
E
V
 
L
S
 
L
A
 
R
Y
 
A
S
 
V
L
 
L
A
 
E
K
 
A
I
 
V
A
 
G
R
 
D
R
 
R
V
 
A
P
 
R
T
 
V
I
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
A
S
 
G
D
 
T
L
 
Y
T
 
D
T
 
T
A
 
A
K
 
H
A
 
S
V
 
I
R
 
R
R
 
L
A
 
A
R
 
K
Y
 
A
A
 
C
E
 
A
A
 
A
N
 
E
G
 
G
A
 
A
D
 
H
V
 
G
V
 
L
M
 
L
V
 
V
L
 
V
P
 
T
T
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
S
K
 
K
L
 
P
S
 
P
E
 
Q
A
 
R
E
 
G
I
 
L
L
 
Q
A
 
A
H
 
H
Y
 
F
A
 
T
A
 
A
I
 
V
G
 
A
D
 
D
S
 
A
I
 
T
G
 
E
V
 
L
P
 
P
I
 
M
M
 
L
L
 
L
Y
|
Y
N
 
D
N
 
I
P
 
P
A
 
G
T
x
R
S
 
S
G
 
A
T
 
V
D
 
P
M
 
I
S
 
E
V
 
P
D
 
D
L
 
T
I
 
I
L
 
-
R
 
R
I
 
A
I
 
L
K
 
A
Q
 
S
V
 
H
P
 
P
N
 
N
V
 
I
T
 
V
M
 
G
V
 
V
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
K
G
 
A
D
 
D
I
 
L
Q
 
H
R
 
S
M
 
G
H
 
A
H
 
Q
L
 
I
H
 
M
R
 
A
Q
 
D
S
 
T
D
 
G
V
 
L
P
 
A
F
 
Y
Y
 
Y
N
 
S
G
 
G
C
 
D
N
 
D
P
 
A
L
 
L
A
 
N
L
 
L
E
 
P
A
 
W
F
 
L
A
 
R
A
 
M
G
 
G
A
 
A
K
x
T
G
 
G
W
 
F
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
I
P
 
A
N
 
H
L
 
L
I
 
A
P
 
A
E
 
G
L
 
Q
N
 
L
L
 
R
A
 
E
L
 
L
Y
x
L
E
 
S
A
 
A
V
 
F
L
 
G
A
 
S
N
 
G
D
 
D
L
 
I
T
 
A
Q
 
T
A
 
A
R
 
R
E
 
K
V
 
I
F
 
N
Y
 
I
R
 
A
Q
 
V
L
 
A
P
 
P
L
 
L
L
 
C
D
 
N
F
 
A
I
 
M
L
 
S
K
 
R
G
 
L
G
 
G
L
 
G
P
 
V
A
 
T
T
 
L
I
 
S
K
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
R
L
 
L
T
 
Q
G
 
G
L
 
I
E
 
D
A
 
V
G
 
G
D
 
D
P
 
P
R
 
R
L
 
L
P
 
P

7kg2A Dihydrodipicolinate synthase (dhdps) from c.Jejuni, h59k mutant with pyruvate bound in the active site and l-histidine bound at the allosteric site
26% identity, 96% coverage: 14:290/290 of query aligns to 12:289/296 of 7kg2A

query
sites
7kg2A
I
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
S
 
K
T
 
N
D
 
G
G
 
-
Q
 
-
R
 
K
I
 
V
D
 
D
L
 
E
N
 
Q
T
 
S
L
 
Y
G
 
A
R
 
R
S
 
L
I
 
I
D
 
K
R
 
R
L
 
Q
I
 
I
E
 
E
G
 
N
G
 
G
V
 
I
H
 
D
A
 
A
I
 
V
A
 
V
P
 
P
L
 
V
G
 
G
S
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
x
S
A
|
A
Y
 
T
L
|
L
S
 
T
D
 
H
A
 
E
E
 
E
W
x
K
D
 
R
E
 
T
V
 
C
S
 
I
A
 
E
Y
 
I
S
 
A
L
 
V
A
 
E
K
 
T
I
 
C
-
 
K
A
 
G
R
 
T
R
 
K
V
 
V
P
 
K
T
 
V
I
 
L
V
 
A
S
 
G
V
 
A
S
 
G
D
 
S
L
x
N
T
 
A
T
 
T
A
 
H
K
x
E
A
 
A
V
 
V
R
 
G
R
 
L
A
 
A
R
 
K
Y
 
F
A
 
A
E
 
K
A
 
E
N
 
H
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
G
V
 
I
M
 
L
V
 
S
L
 
V
P
 
A
T
 
P
S
x
Y
Y
 
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
S
 
T
E
 
Q
A
 
Q
E
 
G
I
 
L
L
 
Y
A
 
E
H
 
H
Y
 
Y
A
 
K
A
 
A
I
 
I
G
 
A
D
 
Q
S
 
S
I
 
V
G
 
D
V
 
I
P
 
P
I
 
V
M
 
L
L
 
L
Y
 
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
A
 
G
T
 
R
S
 
T
G
 
G
T
 
C
D
 
E
M
 
I
S
 
S
V
 
T
D
 
D
L
 
T
I
 
I
L
 
I
R
 
K
I
 
L
I
 
F
K
 
R
Q
 
D
V
 
C
P
 
E
N
 
N
V
 
I
T
 
Y
M
 
G
V
 
V
K
 
K
E
 
E
S
 
A
T
 
S
G
 
G
D
 
N
I
 
I
Q
 
D
R
 
K
-
 
C
M
 
V
H
 
D
H
 
L
L
 
L
H
 
A
R
 
H
Q
 
E
S
 
P
D
 
R
V
 
M
P
 
M
F
 
L
Y
 
I
N
 
S
G
 
G
C
 
E
N
 
D
P
 
A
L
 
I
A
 
N
L
 
Y
E
 
P
A
 
I
F
 
L
A
 
S
A
 
N
G
 
G
A
 
G
K
 
K
G
 
G
W
 
V
C
 
I
T
 
S
A
 
V
A
 
T
P
 
S
N
 
N
L
 
L
I
 
L
P
 
P
E
 
D
L
 
M
N
 
I
L
 
S
A
 
A
L
 
L
Y
 
T
E
 
H
A
 
F
V
 
A
L
 
L
A
 
D
N
 
E
D
 
N
L
 
Y
T
 
K
Q
 
E
A
 
A
R
 
K
E
 
K
V
 
I
F
 
N
Y
 
D
R
 
E
Q
 
L
L
 
Y
P
 
N
L
 
I
L
 
N
D
 
K
F
 
I
I
 
L
L
 
F
K
 
C
G
 
E
G
 
S
L
 
N
P
 
P
A
 
I
T
 
P
I
 
I
K
 
K
A
 
T
G
 
A
L
 
M
R
 
Y
L
 
L
T
 
A
G
 
G
L
 
L
-
 
I
E
 
E
A
 
S
G
 
L
D
 
E
P
 
F
R
 
R
L
 
L
P
 
P
V
 
L
F
 
C
P
 
S
L
 
P
G
 
S
E
 
K
V
 
E
G
 
N
I
 
F
E
 
A
Q
 
K
L
 
I
K
 
E
T
 
E
L
 
V
L
 
M
R
 
K

4i7wA Agrobacterium tumefaciens dhdps with lysine and pyruvate
31% identity, 81% coverage: 8:243/290 of query aligns to 4:240/294 of 4i7wA

query
sites
4i7wA
G
 
G
I
 
S
I
 
I
G
 
P
Y
 
A
T
 
L
I
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
S
 
-
T
 
T
D
 
D
G
 
N
Q
 
G
R
 
A
I
 
V
D
 
D
L
 
E
N
 
Q
T
 
A
L
 
F
G
 
A
R
 
A
S
 
H
I
 
V
D
 
E
R
 
W
L
 
Q
I
 
I
E
 
A
G
 
E
G
 
G
V
 
S
H
 
N
A
 
G
I
 
L
A
 
V
P
 
P
L
 
V
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
x
S
A
x
P
Y
 
T
L
|
L
S
 
S
D
 
H
A
 
D
E
 
E
W
x
H
D
 
K
E
 
R
V
 
V
S
 
V
A
 
E
Y
 
L
S
 
C
L
 
I
A
 
E
K
 
V
I
 
A
A
 
A
R
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
T
 
V
I
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
A
S
 
G
D
 
S
L
x
N
T
 
N
T
 
T
A
 
D
K
x
E
A
 
A
V
 
I
R
 
E
R
 
L
A
 
A
R
 
L
Y
 
H
A
 
A
E
 
Q
A
 
D
N
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
L
M
 
L
V
 
V
L
 
V
P
 
T
T
 
P
S
x
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
S
 
T
E
 
Q
A
 
K
E
 
G
I
 
L
L
 
F
A
 
A
H
 
H
Y
 
F
A
 
S
A
 
A
I
 
V
G
 
A
D
 
E
S
 
A
I
 
V
G
 
K
V
 
L
P
 
P
I
 
I
M
 
V
L
 
I
Y
|
Y
N
 
N
N
 
I
P
 
P
A
 
P
T
x
R
S
 
S
G
 
V
T
 
V
D
 
D
M
 
M
S
 
S
V
 
P
D
 
E
L
 
T
I
 
M
L
 
G
R
 
A
I
 
L
I
 
V
K
 
K
Q
 
A
V
 
H
P
 
K
N
 
N
V
 
I
T
 
V
M
 
G
V
 
V
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
T
G
 
G
D
 
K
I
 
L
Q
 
D
R
 
R
M
 
V
-
 
S
-
 
E
H
 
Q
H
 
R
L
 
I
H
 
S
R
 
C
Q
 
G
S
 
K
D
 
D
V
 
F
P
 
I
F
 
Q
Y
 
L
N
 
S
G
 
G
C
 
E
N
 
D
P
 
S
L
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
G
A
 
F
F
 
N
A
 
A
A
 
H
G
 
G
A
 
G
K
 
V
G
 
G
W
 
C
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
S
P
 
A
N
 
N
L
 
V
I
 
A
P
 
P
E
 
R
L
 
L
N
 
C
L
 
S
A
 
E
L
 
F
Y
 
Q
E
 
A
A
 
A
V
 
M
L
 
L
A
 
A
N
 
G
D
 
D
L
 
Y
T
 
A
Q
 
K
A
 
A
R
 
L
E
 
E
V
 
Y
F
 
Q
Y
 
D
R
 
R
Q
 
L
L
 
M
P
 
P
L
 
L

Q704D1 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate/2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase; KD(P)G aldolase; EC 4.1.2.14; EC 4.1.2.51 from Thermoproteus tenax (see paper)
32% identity, 93% coverage: 9:277/290 of query aligns to 23:285/306 of Q704D1

query
sites
Q704D1
I
 
I
I
 
V
G
 
A
Y
 
P
T
 
V
I
 
I
T
 
T
P
 
T
F
 
F
S
 
R
T
 
-
D
 
-
G
 
G
Q
 
G
R
 
R
I
 
L
D
 
D
L
 
P
N
 
E
T
 
L
L
 
F
G
 
A
R
 
N
S
 
H
I
 
V
D
 
K
R
 
N
L
 
I
I
 
T
E
 
S
G
 
K
G
 
G
V
 
V
H
 
D
A
 
V
I
 
V
A
 
F
P
 
V
L
 
A
G
 
G
S
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
L
G
 
G
A
 
P
Y
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
L
A
 
Q
E
 
E
W
 
K
D
 
M
E
 
E
V
 
L
S
 
T
A
 
D
Y
 
-
S
 
A
L
 
A
A
 
T
K
 
S
I
 
A
A
 
A
R
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
-
T
 
-
I
 
I
V
 
V
S
 
Q
V
 
V
S
 
A
D
 
S
L
 
L
T
 
N
T
 
A
A
 
D
K
 
E
A
 
A
V
 
I
R
 
A
R
 
L
A
 
A
R
 
K
Y
 
Y
A
 
A
E
 
E
A
 
S
N
 
R
G
 
G
A
 
A
D
 
E
V
 
A
V
 
V
M
 
A
V
 
S
L
 
L
P
 
P
T
 
P
S
 
Y
Y
 
Y
W
 
F
-
 
P
K
 
R
L
 
L
S
 
S
E
 
E
A
 
R
E
 
Q
I
 
I
L
 
A
A
 
K
H
 
Y
Y
 
F
A
 
R
A
 
D
I
 
L
G
 
C
D
 
S
S
 
A
I
 
V
G
 
S
V
 
I
P
 
P
I
 
V
M
 
F
L
 
L
Y
 
Y
N
 
N
N
 
Y
P
 
P
A
 
A
T
 
A
S
 
V
G
 
G
T
 
R
D
 
D
M
 
V
S
 
D
V
 
A
D
 
-
L
 
-
I
 
-
L
 
-
R
 
R
I
 
A
I
 
A
K
 
K
Q
 
E
V
 
L
P
 
G
N
 
C
V
 
I
T
 
R
M
 
G
V
 
V
K
|
K
E
 
D
S
 
T
T
 
N
G
 
E
D
 
S
I
 
L
Q
 
-
R
 
-
M
 
A
H
 
H
H
 
T
L
 
L
H
 
A
R
 
Y
Q
 
K
S
 
R
D
 
Y
V
 
L
P
 
P
-
 
Q
-
 
A
-
 
R
F
 
V
Y
 
Y
N
 
N
G
 
G
C
 
S
N
 
D
P
 
S
L
 
L
A
 
V
L
 
F
E
 
A
A
 
S
F
 
F
A
 
A
A
 
V
G
 
R
A
 
L
K
 
D
G
 
G
W
 
V
C
 
V
T
 
A
A
 
S
A
 
S
P
 
A
N
 
N
L
 
Y
I
 
L
P
 
P
E
 
E
L
 
L
N
 
L
L
 
A
A
 
G
L
 
I
Y
 
R
E
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
A
A
 
A
N
 
G
D
 
D
L
 
I
T
 
E
Q
 
R
A
 
A
R
 
R
E
 
S
V
 
L
F
 
Q
Y
 
F
R
 
-
Q
 
-
L
 
-
P
 
-
L
 
L
L
 
L
D
 
D
F
 
E
I
 
I
L
 
V
K
 
E
G
 
S
-
 
A
-
 
R
-
 
H
-
 
I
G
 
G
L
 
Y
P
 
A
A
 
A
T
 
A
I
 
V
K
 
Y
A
 
E
G
 
L
L
 
V
R
 
E
L
 
I
-
 
F
T
 
Q
G
 
G
L
 
Y
E
 
E
A
 
A
G
 
G
D
 
E
P
 
P
R
 
R
L
 
G
P
 
P
V
 
V
F
 
Y
P
 
P
L
 
L

Query Sequence

>GFF1354 FitnessBrowser__WCS417:GFF1354
MSSPNIHGIIGYTITPFSTDGQRIDLNTLGRSIDRLIEGGVHAIAPLGSTGEGAYLSDAE
WDEVSAYSLAKIARRVPTIVSVSDLTTAKAVRRARYAEANGADVVMVLPTSYWKLSEAEI
LAHYAAIGDSIGVPIMLYNNPATSGTDMSVDLILRIIKQVPNVTMVKESTGDIQRMHHLH
RQSDVPFYNGCNPLALEAFAAGAKGWCTAAPNLIPELNLALYEAVLANDLTQAREVFYRQ
LPLLDFILKGGLPATIKAGLRLTGLEAGDPRLPVFPLGEVGIEQLKTLLR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory