SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF1570 PGA1_c15920 putative branched-chain amino acid transport ATP-binding protein to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
42% identity, 76% coverage: 66:275/276 of query aligns to 27:238/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
I
 
L
A
 
K
V
 
V
D
 
P
K
 
R
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
A
 
V
V
 
T
I
 
L
V
 
I
G
 
G
P
 
A
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
A
 
T
M
 
L
K
 
S
A
 
A
V
 
I
F
 
A
G
 
G
M
 
L
L
 
V
D
 
R
V
 
A
R
 
Q
S
 
K
G
 
G
A
 
K
V
 
I
R
 
I
L
 
F
D
 
N
G
 
G
E
 
Q
D
 
D
I
 
I
T
 
T
Q
 
N
L
 
K
T
 
P
P
 
A
Q
 
H
D
 
V
R
 
I
V
 
N
V
 
R
K
 
M
G
 
G
M
 
I
G
 
A
F
 
L
V
 
V
P
 
P
Q
x
E
T
 
G
S
 
R
N
 
R
I
 
I
F
 
F
T
 
P
S
 
E
M
 
L
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
M
M
 
M
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
I
 
N
R
 
R
T
 
K
D
 
D
D
 
K
-
 
E
-
 
G
F
 
I
S
 
K
D
 
R
T
 
D
M
 
L
E
 
E
Q
 
W
V
 
I
Y
 
F
E
 
S
L
 
L
F
 
F
P
 
P
I
 
R
L
 
L
R
 
K
E
 
E
K
 
R
R
 
L
N
 
K
Q
 
Q
P
 
L
A
 
G
G
 
G
E
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
Q
Q
 
Q
Q
 
M
V
 
L
A
 
A
V
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
T
 
S
K
 
R
P
 
P
K
 
K
V
 
L
L
 
L
M
 
M
L
 
M
D
|
D
E
|
E
P
 
P
T
 
S
A
 
L
G
 
G
V
 
L
S
 
A
P
 
P
I
 
I
V
 
L
M
 
V
D
 
S
E
 
E
L
 
V
F
 
F
D
 
E
R
 
V
I
 
I
I
 
Q
E
 
K
V
 
I
A
 
N
R
 
Q
T
 
E
G
 
G
L
 
T
P
 
T
I
 
I
L
 
L
M
 
L
V
 
V
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
K
 
L
Q
 
G
A
 
A
L
 
L
E
 
K
I
 
V
A
 
A
D
 
H
K
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
V
 
E
Q
 
T
G
 
G
R
 
Q
N
 
I
A
 
V
Y
 
L
T
 
E
G
 
G
T
 
K
G
 
A
Q
 
S
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
D
D
 
N
P
 
E
E
 
M
V
 
V
R
 
R
K
 
K
S
 
A
F
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6mjpB Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
34% identity, 80% coverage: 56:275/276 of query aligns to 13:235/240 of 6mjpB

query
sites
6mjpB
K
 
K
G
 
K
P
 
R
D
 
K
I
 
V
L
 
V
H
 
S
D
 
D
C
 
V
T
 
S
I
 
L
A
 
Q
V
 
V
D
 
E
K
 
S
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
A
 
V
V
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
A
 
S
M
 
F
K
 
Y
A
 
M
V
 
I
F
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
V
D
 
A
V
 
R
R
 
D
S
 
E
G
 
G
A
 
T
V
 
I
R
 
T
L
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
N
D
 
D
I
 
I
T
 
S
Q
 
I
L
 
L
T
 
P
P
 
M
Q
 
H
D
 
S
R
 
R
V
 
S
V
 
R
K
 
M
G
 
G
M
 
I
G
 
G
F
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
T
 
E
S
 
A
N
 
S
I
 
I
F
 
F
T
x
R
S
x
K
M
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
D
N
 
N
-
 
I
-
 
M
-
 
A
-
 
V
L
 
L
E
 
Q
M
 
T
G
 
R
A
 
E
F
 
E
I
 
L
R
 
T
T
 
H
D
 
E
D
 
E
F
 
R
S
 
Q
D
 
D
T
 
K
M
 
L
E
 
E
Q
 
D
V
 
L
Y
 
L
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
R
 
Q
E
 
H
K
 
I
R
 
R
N
 
K
Q
 
S
P
 
A
A
 
G
G
 
M
E
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
Q
 
R
V
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
K
 
N
P
 
P
K
 
Q
V
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
D
P
 
P
I
 
I
-
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
E
 
-
L
 
-
F
 
I
D
 
K
R
 
K
I
 
I
I
 
I
E
 
E
V
 
H
A
 
L
R
 
R
-
 
D
T
 
R
G
 
G
L
 
L
P
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
K
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
E
 
D
I
 
V
A
 
C
D
 
E
K
 
K
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
V
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
N
 
L
A
 
I
Y
 
A
T
 
E
G
 
G
T
 
T
G
 
P
Q
 
Q
E
 
D
L
 
V
L
 
L
A
 
N
D
 
N
P
 
E
E
 
Q
V
 
V
R
 
K
K
 
Q
S
 
V
F
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
34% identity, 80% coverage: 56:275/276 of query aligns to 13:235/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
K
 
K
G
 
K
P
 
R
D
 
K
I
 
V
L
 
V
H
 
S
D
 
D
C
 
V
T
 
S
I
 
L
A
 
Q
V
 
V
D
 
E
K
 
S
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
A
 
V
V
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
A
 
S
M
 
F
K
 
Y
A
 
M
V
 
I
F
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
V
D
 
A
V
 
R
R
 
D
S
 
E
G
 
G
A
 
T
V
 
I
R
 
T
L
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
N
D
 
D
I
 
I
T
 
S
Q
 
I
L
 
L
T
 
P
P
 
M
Q
 
H
D
 
S
R
 
R
V
 
S
V
 
R
K
 
M
G
 
G
M
 
I
G
 
G
F
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
T
 
E
S
 
A
N
 
S
I
 
I
F
 
F
T
 
R
S
 
K
M
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
D
N
 
N
-
 
I
-
 
M
-
 
A
-
 
V
L
 
L
E
 
Q
M
 
T
G
 
R
A
 
E
F
 
E
I
 
L
R
 
T
T
 
H
D
x
E
D
 
E
F
 
R
S
 
Q
D
|
D
T
 
K
M
 
L
E
 
E
Q
 
D
V
 
L
Y
 
L
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
R
 
Q
E
 
H
K
 
I
R
 
R
N
 
K
Q
 
S
P
 
A
A
 
G
G
 
M
E
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
Q
 
R
V
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
K
 
N
P
 
P
K
 
Q
V
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
D
P
 
P
I
 
I
-
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
E
 
-
L
 
-
F
 
I
D
 
K
R
 
K
I
 
I
I
 
I
E
 
E
V
 
H
A
 
L
R
 
R
-
 
D
T
 
R
G
 
G
L
 
L
P
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
K
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
E
 
D
I
 
V
A
 
C
D
 
E
K
 
K
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
V
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
N
 
L
A
 
I
Y
 
A
T
 
E
G
 
G
T
 
T
G
 
P
Q
 
Q
E
 
D
L
 
V
L
 
L
A
 
N
D
 
N
P
 
E
E
 
Q
V
 
V
R
 
K
K
 
Q
S
 
V
F
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
36% identity, 84% coverage: 45:275/276 of query aligns to 3:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
L
I
 
T
G
 
A
D
 
K
T
 
N
M
 
L
T
 
A
G
 
K
G
 
A
Y
|
Y
G
 
-
K
 
K
G
 
G
P
 
R
D
 
R
I
 
V
L
 
V
H
 
E
D
 
D
C
 
V
T
 
S
I
 
L
A
 
T
V
 
V
D
 
N
K
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
A
 
V
V
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
|
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
A
 
T
M
 
F
K
 
Y
A
 
M
V
 
V
F
 
V
G
 
G
M
 
I
L
 
V
D
 
P
V
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
R
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
Q
 
L
L
 
L
T
 
P
P
 
L
Q
 
H
D
 
A
R
 
R
V
 
A
V
 
R
K
 
R
G
 
G
M
 
I
G
 
G
F
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
T
 
E
S
 
A
N
 
S
I
 
I
F
 
F
T
 
R
S
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
-
M
 
M
G
 
A
A
 
V
F
 
L
I
 
Q
R
 
I
T
 
R
D
 
D
D
 
D
F
 
L
S
 
S
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
-
 
R
-
 
E
D
 
D
T
 
R
M
 
A
E
 
N
Q
 
E
V
 
L
Y
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
R
 
E
E
 
H
K
 
L
R
 
R
N
 
D
Q
 
S
P
 
M
A
 
G
G
 
Q
E
x
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
Q
x
E
R
 
R
Q
 
R
Q
 
R
V
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
K
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
A
 
A
G
|
G
V
 
V
S
 
D
P
 
P
I
 
I
-
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
E
 
-
L
 
-
F
 
I
D
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
E
V
 
H
A
 
L
R
 
R
-
 
D
T
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
A
 
V
K
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
E
 
A
I
 
V
A
 
C
D
 
E
K
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
V
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
N
 
L
A
 
I
Y
 
A
T
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
Q
D
 
D
P
 
E
E
 
H
V
 
V
R
 
K
K
 
R
S
 
V
F
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
36% identity, 84% coverage: 45:275/276 of query aligns to 3:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
L
I
 
T
G
 
A
D
 
K
T
 
N
M
 
L
T
 
A
G
 
K
G
 
A
Y
 
Y
G
 
-
K
 
K
G
 
G
P
 
R
D
 
R
I
 
V
L
 
V
H
 
E
D
 
D
C
 
V
T
 
S
I
 
L
A
 
T
V
 
V
D
 
N
K
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
A
 
V
V
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
A
 
T
M
 
F
K
 
Y
A
 
M
V
 
V
F
 
V
G
 
G
M
 
I
L
 
V
D
 
P
V
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
R
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
Q
 
L
L
 
L
T
 
P
P
 
L
Q
 
H
D
 
A
R
 
R
V
 
A
V
 
R
K
 
R
G
 
G
M
 
I
G
 
G
F
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
T
 
E
S
 
A
N
 
S
I
 
I
F
 
F
T
x
R
S
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
-
M
 
M
G
 
A
A
 
V
F
 
L
I
 
Q
R
 
I
T
 
R
D
 
D
D
 
D
F
 
L
S
 
S
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
-
 
R
-
 
E
D
 
D
T
 
R
M
 
A
E
 
N
Q
 
E
V
 
L
Y
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
R
 
E
E
 
H
K
 
L
R
 
R
N
 
D
Q
 
S
P
x
M
A
x
G
G
x
Q
E
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
Q
 
R
V
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
K
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
D
P
 
P
I
 
I
-
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
E
 
-
L
 
-
F
 
I
D
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
E
V
 
H
A
 
L
R
 
R
-
 
D
T
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
K
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
E
 
A
I
 
V
A
 
C
D
 
E
K
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
V
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
N
 
L
A
 
I
Y
 
A
T
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
Q
D
 
D
P
 
E
E
 
H
V
 
V
R
 
K
K
 
R
S
 
V
F
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
36% identity, 84% coverage: 45:275/276 of query aligns to 3:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
L
I
 
T
G
 
A
D
 
K
T
 
N
M
 
L
T
 
A
G
 
K
G
 
A
Y
|
Y
G
 
-
K
 
K
G
 
G
P
x
R
D
 
R
I
x
V
L
 
V
H
 
E
D
 
D
C
 
V
T
 
S
I
 
L
A
 
T
V
 
V
D
 
N
K
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
A
 
V
V
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
A
 
T
M
 
F
K
 
Y
A
 
M
V
 
V
F
 
V
G
 
G
M
 
I
L
 
V
D
 
P
V
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
R
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
Q
 
L
L
 
L
T
 
P
P
 
L
Q
 
H
D
 
A
R
 
R
V
 
A
V
 
R
K
 
R
G
 
G
M
 
I
G
 
G
F
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
T
 
E
S
 
A
N
 
S
I
 
I
F
 
F
T
 
R
S
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
-
M
 
M
G
 
A
A
 
V
F
 
L
I
 
Q
R
 
I
T
 
R
D
 
D
D
 
D
F
 
L
S
 
S
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
-
 
R
-
 
E
D
 
D
T
 
R
M
 
A
E
 
N
Q
 
E
V
 
L
Y
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
R
 
E
E
 
H
K
 
L
R
 
R
N
 
D
Q
 
S
P
 
M
A
 
G
G
 
Q
E
x
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
x
E
R
 
R
Q
 
R
Q
 
R
V
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
K
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
D
P
 
P
I
 
I
-
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
E
 
-
L
 
-
F
 
I
D
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
E
V
 
H
A
 
L
R
 
R
-
 
D
T
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
A
 
V
K
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
E
 
A
I
 
V
A
 
C
D
 
E
K
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
V
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
N
 
L
A
 
I
Y
 
A
T
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
Q
D
 
D
P
 
E
E
 
H
V
 
V
R
 
K
K
 
R
S
 
V
F
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
36% identity, 84% coverage: 45:275/276 of query aligns to 4:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
L
 
L
I
 
T
G
 
A
D
 
K
T
 
N
M
 
L
T
 
A
G
 
K
G
 
A
Y
|
Y
G
 
-
K
 
K
G
 
G
P
x
R
D
 
R
I
x
V
L
 
V
H
 
E
D
 
D
C
 
V
T
 
S
I
 
L
A
 
T
V
 
V
D
 
N
K
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
A
 
V
V
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
|
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
A
 
T
M
 
F
K
 
Y
A
 
M
V
 
V
F
 
V
G
 
G
M
 
I
L
 
V
D
 
P
V
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
R
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
Q
 
L
L
 
L
T
 
P
P
 
L
Q
 
H
D
 
A
R
 
R
V
 
A
V
 
R
K
 
R
G
 
G
M
 
I
G
 
G
F
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
T
 
E
S
 
A
N
 
S
I
 
I
F
 
F
T
 
R
S
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
-
M
 
M
G
 
A
A
 
V
F
 
L
I
 
Q
R
 
I
T
 
R
D
 
D
D
 
D
F
 
L
S
 
S
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
-
 
R
-
 
E
D
 
D
T
 
R
M
 
A
E
 
N
Q
 
E
V
 
L
Y
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
R
 
E
E
 
H
K
 
L
R
 
R
N
 
D
Q
 
S
P
 
M
A
 
G
G
 
Q
E
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
Q
 
R
V
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
K
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
D
P
 
P
I
 
I
-
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
E
 
-
L
 
-
F
 
I
D
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
E
V
 
H
A
 
L
R
 
R
-
 
D
T
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
A
 
V
K
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
E
 
A
I
 
V
A
 
C
D
 
E
K
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
V
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
N
 
L
A
 
I
Y
 
A
T
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
Q
D
 
D
P
 
E
E
 
H
V
 
V
R
 
K
K
 
R
S
 
V
F
 
Y
L
 
L
G
 
G

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
36% identity, 83% coverage: 45:274/276 of query aligns to 3:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
L
I
 
T
G
 
A
D
 
K
T
 
N
M
 
L
T
 
A
G
 
K
G
 
A
Y
|
Y
G
 
-
K
 
K
G
 
G
P
x
R
D
 
R
I
x
V
L
 
V
H
 
E
D
 
D
C
 
V
T
 
S
I
 
L
A
 
T
V
 
V
D
 
N
K
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
A
 
V
V
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
A
 
T
M
 
F
K
 
Y
A
 
M
V
 
V
F
 
V
G
 
G
M
 
I
L
 
V
D
 
P
V
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
R
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
Q
 
L
L
 
L
T
 
P
P
x
L
Q
x
H
D
 
A
R
 
R
V
 
A
V
 
R
K
 
R
G
 
G
M
 
I
G
 
G
F
x
Y
V
 
L
P
|
P
Q
|
Q
T
x
E
S
x
A
N
x
S
I
 
I
F
|
F
T
x
R
S
x
R
M
x
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
-
M
 
M
G
 
A
A
x
V
F
 
L
I
 
Q
R
 
I
T
 
R
D
 
D
D
 
D
F
 
L
S
 
S
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
-
 
R
-
 
E
D
 
D
T
 
R
M
 
A
E
 
N
Q
 
E
V
 
L
Y
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
R
 
E
E
 
H
K
 
L
R
 
R
N
 
D
Q
 
S
P
 
M
A
 
G
G
x
Q
E
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
Q
 
R
V
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
K
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
D
P
 
P
I
 
I
-
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
E
 
-
L
 
-
F
 
I
D
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
E
V
 
H
A
 
L
R
 
R
-
 
D
T
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
K
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
E
 
A
I
 
V
A
 
C
D
 
E
K
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
V
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
N
 
L
A
 
I
Y
 
A
T
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
Q
D
 
D
P
 
E
E
 
H
V
 
V
R
 
K
K
 
R
S
 
V
F
 
Y
L
 
L

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
36% identity, 83% coverage: 45:274/276 of query aligns to 3:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
L
I
 
T
G
 
A
D
 
K
T
 
N
M
 
L
T
 
A
G
 
K
G
 
A
Y
|
Y
G
 
-
K
 
K
G
 
G
P
x
R
D
 
R
I
x
V
L
 
V
H
 
E
D
 
D
C
 
V
T
 
S
I
 
L
A
 
T
V
 
V
D
 
N
K
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
A
 
V
V
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
A
 
T
M
 
F
K
 
Y
A
 
M
V
 
V
F
 
V
G
 
G
M
 
I
L
 
V
D
 
P
V
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
R
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
Q
 
L
L
 
L
T
 
P
P
 
L
Q
 
H
D
 
A
R
 
R
V
 
A
V
 
R
K
 
R
G
 
G
M
 
I
G
 
G
F
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
T
 
E
S
 
A
N
 
S
I
 
I
F
 
F
T
 
R
S
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
-
M
 
M
G
 
A
A
 
V
F
 
L
I
 
Q
R
 
I
T
 
R
D
 
D
D
 
D
F
 
L
S
 
S
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
-
 
R
-
 
E
D
 
D
T
 
R
M
 
A
E
 
N
Q
 
E
V
 
L
Y
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
R
 
E
E
 
H
K
 
L
R
 
R
N
 
D
Q
 
S
P
 
M
A
 
G
G
 
Q
E
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
Q
 
R
V
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
K
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
D
P
 
P
I
 
I
-
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
E
 
-
L
 
-
F
 
I
D
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
E
V
 
H
A
 
L
R
 
R
-
 
D
T
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
K
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
E
 
A
I
 
V
A
 
C
D
 
E
K
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
V
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
N
 
L
A
 
I
Y
 
A
T
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
Q
D
 
D
P
 
E
E
 
H
V
 
V
R
 
K
K
 
R
S
 
V
F
 
Y
L
 
L

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
36% identity, 83% coverage: 45:273/276 of query aligns to 3:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
L
I
 
T
G
 
A
D
 
K
T
 
N
M
 
L
T
 
A
G
 
K
G
 
A
Y
|
Y
G
 
-
K
 
K
G
 
G
P
x
R
D
 
R
I
x
V
L
 
V
H
 
E
D
 
D
C
 
V
T
 
S
I
 
L
A
 
T
V
 
V
D
 
N
K
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
A
 
V
V
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
A
 
T
M
 
F
K
 
Y
A
 
M
V
 
V
F
 
V
G
 
G
M
 
I
L
 
V
D
 
P
V
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
R
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
Q
 
L
L
 
L
T
 
P
P
 
L
Q
 
H
D
 
A
R
 
R
V
 
A
V
 
R
K
 
R
G
 
G
M
 
I
G
 
G
F
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
T
 
E
S
 
A
N
 
S
I
 
I
F
|
F
T
x
R
S
x
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
-
M
 
M
G
 
A
A
 
V
F
 
L
I
 
Q
R
 
I
T
 
R
D
 
D
D
 
D
F
 
L
S
 
S
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
-
 
R
-
 
E
D
 
D
T
 
R
M
 
A
E
 
N
Q
 
E
V
 
L
Y
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
R
 
E
E
 
H
K
 
L
R
 
R
N
 
D
Q
 
S
P
 
M
A
 
G
G
 
Q
E
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
Q
 
R
V
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
K
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
D
P
 
P
I
 
I
-
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
E
 
-
L
 
-
F
 
I
D
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
E
V
 
H
A
 
L
R
 
R
-
 
D
T
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
K
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
E
 
A
I
 
V
A
 
C
D
 
E
K
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
V
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
N
 
L
A
 
I
Y
 
A
T
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
Q
D
 
D
P
 
E
E
 
H
V
 
V
R
 
K
K
 
R
S
 
V
F
 
Y

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp- binding cassette of an abc transporter (see paper)
34% identity, 78% coverage: 61:275/276 of query aligns to 20:253/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
L
 
L
H
 
D
D
 
G
C
 
V
T
 
S
I
 
I
A
 
S
V
 
V
D
 
N
K
 
K
G
 
G
E
 
D
I
 
V
A
 
T
V
 
L
I
 
I
V
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
A
 
L
M
 
I
K
 
N
A
 
V
V
 
I
F
 
T
G
 
G
M
 
F
L
 
L
D
 
K
V
 
A
R
 
D
S
 
E
G
 
G
A
 
R
V
 
V
R
 
Y
L
 
F
D
 
E
G
 
N
E
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
T
Q
 
N
L
 
K
T
 
E
P
 
P
Q
 
A
D
 
E
R
 
L
V
 
Y
V
 
H
K
 
Y
G
 
G
M
 
I
G
 
V
F
 
R
V
 
T
P
 
F
Q
 
Q
T
 
T
S
 
P
N
 
Q
I
 
P
F
 
L
T
 
K
S
 
E
M
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
L
M
 
I
G
 
G
A
 
E
F
 
I
I
 
C
R
 
P
T
 
G
D
 
E
D
 
S
F
 
P
S
 
L
D
 
N
T
 
S
M
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
-
 
K
-
 
W
-
 
I
-
 
P
-
 
K
-
 
E
-
 
E
E
 
E
Q
 
M
V
 
V
Y
 
E
E
 
K
L
 
A
F
 
F
P
 
K
I
 
I
L
 
L
R
 
E
E
 
F
K
 
L
R
 
K
-
 
L
-
 
S
-
 
H
-
 
L
-
 
Y
N
 
D
Q
 
R
P
 
K
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
M
Q
 
K
Q
 
L
V
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
T
 
T
K
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
M
L
 
I
M
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
A
P
 
P
I
 
G
V
 
L
M
 
A
D
 
H
E
 
D
L
 
I
F
 
F
D
 
N
R
 
H
I
 
V
I
 
L
E
 
E
V
 
L
A
 
K
R
 
A
T
 
K
G
 
G
L
 
I
P
 
T
I
 
F
L
 
L
M
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
A
 
L
K
 
D
Q
 
I
A
 
V
L
 
L
E
 
N
I
 
Y
A
 
I
D
 
D
K
 
H
G
 
L
Y
 
Y
V
 
V
L
 
M
V
 
F
Q
 
N
G
 
G
R
 
Q
N
 
I
A
 
I
Y
 
A
T
 
E
G
 
G
T
 
R
G
 
G
Q
 
E
E
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
L
 
V
L
 
L
A
 
S
D
 
D
P
 
P
E
 
K
V
 
V
R
 
V
K
 
E
S
 
I
F
 
Y
L
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
34% identity, 78% coverage: 61:275/276 of query aligns to 20:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
L
 
L
H
 
D
D
 
G
C
 
V
T
 
S
I
 
I
A
 
S
V
 
V
D
 
C
K
 
K
G
 
G
E
 
D
I
 
V
A
 
T
V
 
L
I
 
I
V
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
A
 
L
M
 
I
K
 
N
A
 
V
V
 
I
F
 
T
G
 
G
M
 
F
L
 
L
D
 
K
V
 
A
R
 
D
S
 
E
G
 
G
A
 
R
V
 
V
R
 
Y
L
 
F
D
 
E
G
 
N
E
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
T
Q
 
N
L
 
K
T
 
E
P
 
P
Q
 
A
D
 
E
R
 
L
V
 
Y
V
 
H
K
 
Y
G
 
G
M
 
I
G
 
V
F
 
R
V
 
T
P
 
F
Q
 
Q
T
 
T
S
 
P
N
 
Q
I
 
P
F
 
L
T
 
K
S
 
E
M
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
L
M
 
I
G
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
A
 
S
F
 
L
I
 
F
R
 
Y
T
 
K
D
 
K
D
 
W
F
 
I
S
 
P
D
 
K
T
 
E
M
 
E
E
 
E
Q
 
M
V
 
V
Y
 
E
E
 
K
L
 
A
F
 
F
P
 
K
I
 
I
L
 
L
R
 
E
E
 
F
K
 
L
R
 
K
-
 
L
-
 
S
-
 
H
-
 
L
-
 
Y
N
 
D
Q
 
R
P
 
K
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
M
Q
 
K
Q
 
L
V
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
T
 
T
K
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
M
L
 
I
M
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
A
P
 
P
I
 
G
V
 
L
M
 
A
D
 
H
E
 
D
L
 
I
F
 
F
D
 
N
R
 
H
I
 
V
I
 
L
E
 
E
V
 
L
A
 
K
R
 
A
T
 
K
G
 
G
L
 
I
P
 
T
I
 
F
L
 
L
M
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
A
 
L
K
 
D
Q
 
I
A
 
V
L
 
L
E
 
N
I
 
Y
A
 
I
D
 
D
K
 
H
G
 
L
Y
 
Y
V
 
V
L
 
M
V
 
F
Q
 
N
G
 
G
R
 
Q
N
 
I
A
 
I
Y
 
A
T
 
E
G
 
G
T
 
R
G
 
G
Q
 
E
E
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
L
 
V
L
 
L
A
 
S
D
 
D
P
 
P
E
 
K
V
 
V
R
 
V
K
 
E
S
 
I
F
 
Y
L
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

P04983 Ribose import ATP-binding protein RbsA; EC 7.5.2.7 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
32% identity, 71% coverage: 57:252/276 of query aligns to 265:471/501 of P04983

query
sites
P04983
G
 
G
P
 
P
D
 
G
I
 
V
L
 
-
H
 
N
D
 
D
C
 
V
T
 
S
I
 
F
A
 
T
V
 
L
D
 
R
K
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
I
A
 
L
V
 
G
I
 
V
V
 
S
G
 
G
P
 
L
N
 
M
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
R
S
 
T
T
 
E
A
 
L
M
 
M
K
 
K
A
 
V
V
 
L
F
 
Y
G
 
G
M
 
A
L
 
L
D
 
P
V
 
R
R
 
T
S
 
S
G
 
G
A
 
Y
V
 
V
R
 
T
L
 
L
D
 
D
G
 
G
E
 
H
D
 
E
I
 
V
T
 
V
Q
 
T
L
 
R
T
 
S
P
 
P
Q
 
Q
D
 
D
R
 
G
V
 
L
V
 
A
K
 
N
G
 
G
M
 
I
G
 
V
F
 
Y
V
 
I
P
 
S
Q
 
E
T
 
D
S
 
R
N
 
K
-
 
R
-
 
D
-
 
G
I
 
L
F
 
V
T
 
L
S
 
G
M
 
M
T
 
S
V
 
V
E
 
K
E
 
E
N
 
N
L
 
M
E
 
S
M
 
L
G
 
T
A
 
A
F
 
L
-
 
R
-
 
Y
-
 
F
-
 
S
-
 
R
-
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
S
I
 
L
R
 
K
T
 
H
D
 
A
D
 
D
F
 
E
S
 
Q
D
 
Q
T
 
A
M
 
V
E
 
S
Q
 
D
V
 
F
Y
 
I
E
 
R
L
 
L
F
 
F
P
 
N
I
 
V
L
 
K
R
 
T
E
 
P
K
 
S
R
 
M
N
 
E
Q
 
Q
P
 
A
A
 
I
G
 
G
E
 
L
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
N
R
 
Q
Q
 
Q
Q
 
K
V
 
V
A
 
A
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
G
L
 
L
M
 
M
T
 
T
K
 
R
P
 
P
K
 
K
V
 
V
L
 
L
M
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
D
P
 
V
I
 
G
V
 
A
M
 
K
D
 
K
E
 
E
L
 
I
F
 
Y
D
 
Q
R
 
L
I
 
I
I
 
N
E
 
Q
V
 
F
A
 
K
R
 
A
T
 
D
G
 
G
L
 
L
P
 
S
I
 
I
L
 
I
M
 
L
V
 
V
E
 
S
Q
 
S
N
 
E
A
 
M
K
 
P
Q
 
E
A
 
V
L
 
L
E
 
G
I
 
M
A
 
S
D
 
D
K
 
R
G
 
I
Y
 
I
V
 
V
L
 
M
V
 
H
Q
 
E
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
32% identity, 79% coverage: 57:274/276 of query aligns to 13:236/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
G
 
G
P
 
P
-
x
L
D
 
H
I
x
V
L
 
L
H
 
K
D
 
G
C
 
I
T
 
H
I
 
L
A
 
E
V
 
V
D
 
A
K
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
K
A
 
L
V
 
V
I
 
I
V
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
A
 
L
M
 
I
K
 
R
A
 
T
V
 
I
F
 
N
G
 
R
M
 
L
L
 
E
D
 
D
V
 
F
R
 
Q
S
 
E
G
 
G
A
 
E
V
 
V
R
 
V
L
 
V
D
 
D
G
 
G
E
 
L
D
 
S
I
 
V
T
 
K
Q
 
D
L
 
D
T
 
R
P
 
A
Q
 
L
D
 
R
R
 
E
V
 
I
V
 
R
K
 
R
G
 
E
M
 
V
G
 
G
F
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
T
 
Q
S
 
F
N
 
N
I
 
L
F
 
F
T
 
P
S
 
H
M
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
E
 
T
M
 
L
G
 
A
A
 
P
F
 
M
-
 
R
I
 
V
R
 
R
T
 
R
D
 
W
D
 
P
F
 
R
S
 
E
D
 
K
T
 
A
M
 
E
E
 
K
Q
 
K
V
 
A
Y
 
L
E
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
E
-
 
R
-
 
V
-
 
G
I
 
I
L
 
L
R
 
D
E
 
Q
K
 
A
R
 
R
N
 
K
Q
 
Y
P
 
P
A
 
A
G
 
-
E
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
Q
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
M
K
 
E
P
 
P
K
 
K
V
 
I
L
 
M
M
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
G
 
A
V
 
L
S
 
D
P
 
P
I
 
E
V
 
M
M
 
V
D
 
G
E
 
E
L
 
V
F
 
L
D
 
D
R
 
V
I
 
M
I
 
R
E
 
D
V
 
L
A
 
A
R
 
Q
T
 
G
G
 
G
L
 
M
P
 
T
I
 
M
L
 
V
M
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
A
 
M
K
 
G
Q
 
F
A
 
A
L
 
R
E
 
E
I
 
V
A
 
A
D
 
D
K
 
R
G
 
V
Y
 
V
V
 
F
L
 
M
V
 
D
Q
 
G
G
 
G
R
 
Q
N
 
I
A
 
V
Y
 
E
T
 
E
G
 
G
T
 
R
G
 
P
Q
 
E
E
 
E
L
 
I
L
 
F
A
 
T
D
 
R
P
 
P
-
 
K
-
 
E
E
 
E
V
 
R
R
 
T
K
 
R
S
 
S
F
 
F
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P9WQI3 Trehalose import ATP-binding protein SugC; MtbSugC; Nucleotide-binding domain of SugABC transporter; NBD of SugABC transporter; SugABC transporter ATPase SugC; EC 7.5.2.- from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
28% identity, 81% coverage: 45:267/276 of query aligns to 4:226/393 of P9WQI3

query
sites
P9WQI3
L
 
I
I
 
V
G
 
L
D
 
D
T
 
H
M
 
V
T
 
N
G
 
K
G
 
S
Y
 
Y
G
 
P
K
 
D
G
 
G
P
 
H
D
 
T
I
 
A
L
 
V
H
 
R
D
 
D
C
 
L
T
 
N
I
 
L
A
 
T
V
 
I
D
 
A
K
 
D
G
 
G
E
 
E
I
 
F
A
 
L
V
 
I
I
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
A
 
T
M
 
L
K
 
N
A
 
M
V
 
I
F
 
A
G
 
G
M
 
L
L
 
E
D
 
D
V
 
I
R
 
S
S
 
S
G
 
G
A
 
E
V
 
L
R
 
R
L
 
I
D
 
A
G
 
G
E
 
E
D
 
R
I
 
V
T
 
N
Q
 
E
L
 
K
T
 
A
P
 
P
Q
 
K
D
 
D
R
 
R
V
 
-
V
 
-
K
 
-
G
 
D
M
 
I
G
 
A
F
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
T
 
S
S
 
Y
N
 
A
I
 
L
F
 
Y
T
 
P
S
 
H
M
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
R
E
 
Q
N
 
N
L
 
I
E
 
A
M
 
F
G
 
P
-
 
L
-
 
T
-
 
L
A
 
A
F
 
K
I
 
M
R
 
R
T
 
K
D
 
A
D
 
D
F
 
I
S
 
A
D
 
Q
T
 
K
M
 
V
E
 
S
Q
 
E
V
 
T
Y
 
A
E
 
K
L
 
I
F
 
L
P
 
D
I
 
L
L
 
T
R
 
N
E
 
L
K
 
L
R
 
D
N
 
R
Q
 
K
P
 
P
A
 
S
G
 
-
E
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
Q
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
M
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
M
 
V
T
 
R
K
 
H
P
 
P
K
 
K
V
 
A
L
 
F
M
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
A
 
S
G
 
N
V
 
L
S
 
D
P
 
A
I
 
K
V
 
L
M
 
R
D
 
V
E
 
Q
L
 
M
F
 
R
D
 
G
R
 
E
I
 
I
I
 
A
E
 
Q
V
 
L
A
 
Q
-
 
R
R
 
R
T
 
L
G
 
G
L
 
T
P
 
T
I
 
T
L
 
V
M
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
D
A
 
Q
K
 
T
Q
 
E
A
 
A
L
 
M
E
 
T
I
 
L
A
 
G
D
 
D
K
 
R
G
 
V
Y
 
V
V
 
V
L
 
M
V
 
Y
Q
 
G
G
 
G
R
 
I
N
 
A
A
 
Q
Y
 
Q
T
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
P
Q
 
E
E
 
E
L
 
L
L
 
Y
A
 
E
D
 
R
P
 
P

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
29% identity, 80% coverage: 57:276/276 of query aligns to 29:246/378 of P69874

query
sites
P69874
G
 
G
P
 
K
D
 
E
I
 
V
L
 
I
H
 
P
D
 
Q
C
 
L
T
 
D
I
 
L
A
 
T
V
 
I
D
 
N
K
 
N
G
 
G
E
 
E
I
x
F
A
 
L
V
 
T
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
x
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
A
 
V
M
x
L
K
 
R
A
 
L
V
 
I
F
 
A
G
 
G
M
 
L
L
 
E
D
 
T
V
 
V
R
 
D
S
 
S
G
 
G
A
 
R
V
 
I
R
 
M
L
|
L
D
 
D
G
 
N
E
 
E
D
 
D
I
 
I
T
 
T
Q
 
H
L
 
V
T
 
P
P
 
A
Q
 
E
D
 
N
R
 
R
V
 
Y
V
 
V
K
 
N
G
 
T
M
 
-
G
 
-
F
 
-
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
T
 
S
S
 
Y
N
 
A
I
 
L
F
 
F
T
 
P
S
 
H
M
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
V
E
 
A
M
 
F
G
 
G
A
 
L
F
 
R
I
 
M
R
 
Q
T
 
K
D
 
T
D
 
P
F
 
A
S
 
A
D
 
E
T
 
I
M
 
T
E
 
P
Q
 
R
V
 
V
Y
 
M
E
 
E
L
 
A
F
 
L
P
 
R
I
 
M
-
x
V
-
 
Q
L
 
L
R
 
E
E
 
T
K
 
F
R
 
A
N
 
Q
Q
 
R
P
 
K
A
 
P
G
 
H
E
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
Q
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
M
 
V
T
 
N
K
 
K
P
 
P
K
 
R
V
 
L
L
 
L
M
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
T
 
L
A
 
S
G
 
A
V
 
L
S
 
D
P
 
Y
I
 
K
V
 
L
M
 
R
D
 
K
E
 
Q
L
 
M
F
 
Q
D
 
N
R
 
E
I
 
L
I
 
K
E
 
A
V
 
L
A
 
Q
R
 
R
T
 
K
-
 
L
G
 
G
L
 
I
P
 
T
I
 
F
L
 
V
M
 
F
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
A
 
Q
K
 
E
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
T
I
 
M
A
 
S
D
 
D
K
 
R
G
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
M
V
 
R
Q
 
D
G
 
G
R
 
R
N
 
I
A
 
E
Y
 
Q
T
 
D
G
 
G
T
 
T
G
 
P
Q
 
R
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
E
D
 
E
P
 
P
E
 
-
V
 
-
R
 
K
K
 
N
S
 
L
F
 
F
L
 
V
G
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

7d0aB Acinetobacter mlafedb complex in adp-vanadate trapped vclose conformation (see paper)
34% identity, 81% coverage: 54:276/276 of query aligns to 12:242/263 of 7d0aB

query
sites
7d0aB
Y
 
F
G
 
N
K
x
R
G
|
G
P
 
E
D
x
R
I
 
V
L
 
I
H
 
Y
D
 
D
-
 
N
C
 
I
T
 
S
I
 
L
A
 
N
V
 
I
D
 
R
K
 
R
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
A
 
T
V
 
A
I
 
I
V
 
M
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
T
G
|
G
K
|
K
S
 
T
T
 
T
A
 
L
M
 
L
K
 
R
A
 
L
V
 
I
F
 
G
G
 
G
M
 
Q
L
|
L
D
 
V
V
 
P
R
 
D
S
 
Q
G
 
G
A
 
E
V
 
V
R
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
G
E
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
A
Q
 
Q
L
 
M
T
 
S
P
 
R
Q
 
Q
D
 
E
R
 
L
V
 
F
V
 
A
-
 
A
-
 
R
K
 
A
G
 
R
M
 
M
G
 
G
F
 
M
V
 
L
P
 
F
Q
 
Q
T
 
S
S
 
G
N
 
A
I
 
L
F
 
F
T
 
T
S
 
D
M
 
M
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
V
E
 
A
M
 
F
G
 
P
A
 
I
F
 
R
I
 
A
R
 
H
T
 
T
D
 
-
D
 
K
F
 
L
S
 
S
D
 
E
T
 
N
M
 
L
E
 
-
Q
 
-
V
 
I
Y
 
A
E
 
E
L
 
L
F
 
V
P
 
A
I
 
L
-
 
K
-
 
L
-
 
E
-
 
S
-
 
V
-
 
G
L
 
L
R
 
R
E
 
G
K
 
T
R
 
E
N
 
Q
Q
 
L
P
 
M
A
 
P
G
 
T
E
|
E
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
x
M
R
 
N
Q
 
R
Q
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
L
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
M
 
A
T
 
L
K
 
D
P
 
P
K
 
D
V
 
L
L
 
I
M
 
M
L
 
Y
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
Q
S
 
D
P
 
P
I
 
I
V
 
V
M
 
K
D
 
G
E
 
V
L
 
L
F
 
-
D
 
T
R
 
R
I
 
L
I
 
I
E
 
R
V
 
S
A
 
L
R
 
R
T
 
E
G
 
A
L
 
L
P
 
D
I
 
L
-
 
T
-
 
T
L
 
I
M
 
I
V
 
V
E
 
S
Q
 
H
N
 
D
A
 
V
K
 
P
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
E
 
S
I
 
I
A
 
A
D
 
D
K
 
Y
G
 
I
Y
 
Y
V
 
V
L
 
V
V
 
A
Q
 
E
G
 
G
R
 
K
N
 
I
A
 
Q
Y
 
G
T
 
E
G
 
G
T
 
T
G
 
P
Q
 
E
E
 
E
L
 
L
-
 
Q
-
 
A
L
 
Y
A
 
A
D
 
S
P
 
P
E
 
F
V
 
V
R
 
-
K
 
K
S
 
Q
F
 
F
L
 
L
G
 
T
G
 
G

7d08B Acinetobacter mlafedb complex in atp-bound vtrans1 conformation (see paper)
34% identity, 81% coverage: 54:276/276 of query aligns to 12:242/263 of 7d08B

query
sites
7d08B
Y
 
F
G
 
N
K
x
R
G
 
G
P
 
E
D
x
R
I
 
V
L
 
I
H
 
Y
D
 
D
-
 
N
C
 
I
T
 
S
I
 
L
A
 
N
V
 
I
D
 
R
K
 
R
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
A
 
T
V
 
A
I
 
I
V
 
M
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
A
x
T
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
A
 
L
M
 
L
K
 
R
A
 
L
V
 
I
F
 
G
G
 
G
M
 
Q
L
 
L
D
 
V
V
 
P
R
 
D
S
 
Q
G
 
G
A
 
E
V
 
V
R
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
G
E
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
A
Q
 
Q
L
 
M
T
 
S
P
 
R
Q
 
Q
D
 
E
R
 
L
V
 
F
V
 
A
-
 
A
-
 
R
K
 
A
G
 
R
M
 
M
G
 
G
F
 
M
V
 
L
P
 
F
Q
|
Q
T
 
S
S
 
G
N
 
A
I
 
L
F
 
F
T
 
T
S
 
D
M
 
M
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
V
E
 
A
M
 
F
G
 
P
A
 
I
F
 
R
I
 
A
R
 
H
T
 
T
D
 
-
D
 
K
F
 
L
S
 
S
D
 
E
T
 
N
M
 
L
E
 
-
Q
 
-
V
 
I
Y
 
A
E
 
E
L
 
L
F
 
V
P
 
A
I
 
L
-
 
K
-
 
L
-
 
E
-
 
S
-
 
V
-
 
G
L
 
L
R
 
R
E
 
G
K
 
T
R
 
E
N
 
Q
Q
 
L
P
 
M
A
 
P
G
 
T
E
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
N
Q
 
R
Q
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
L
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
M
 
A
T
 
L
K
 
D
P
 
P
K
 
D
V
 
L
L
 
I
M
 
M
L
 
Y
D
|
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
Q
S
 
D
P
 
P
I
 
I
V
 
V
M
 
K
D
 
G
E
 
V
L
 
L
F
 
-
D
 
T
R
 
R
I
 
L
I
 
I
E
 
R
V
 
S
A
 
L
R
 
R
T
 
E
G
 
A
L
 
L
P
 
D
I
 
L
-
 
T
-
 
T
L
 
I
M
 
I
V
 
V
E
 
S
Q
 
H
N
 
D
A
 
V
K
 
P
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
E
 
S
I
 
I
A
 
A
D
 
D
K
 
Y
G
 
I
Y
 
Y
V
 
V
L
 
V
V
 
A
Q
 
E
G
 
G
R
 
K
N
 
I
A
 
Q
Y
 
G
T
 
E
G
 
G
T
 
T
G
 
P
Q
 
E
E
 
E
L
 
L
-
 
Q
-
 
A
L
 
Y
A
 
A
D
 
S
P
 
P
E
 
F
V
 
V
R
 
-
K
 
K
S
 
Q
F
 
F
L
 
L
G
 
T
G
 
G

6z5uK Cryo-em structure of the a. Baumannii mlabdef complex bound to appnhp (see paper)
34% identity, 81% coverage: 54:276/276 of query aligns to 10:240/253 of 6z5uK

query
sites
6z5uK
Y
 
F
G
 
N
K
x
R
G
 
G
P
 
E
D
 
R
I
 
V
L
 
I
H
 
Y
D
 
D
-
 
N
C
 
I
T
 
S
I
 
L
A
 
N
V
 
I
D
 
R
K
 
R
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
A
 
T
V
 
A
I
 
I
V
 
M
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
T
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
A
 
L
M
 
L
K
 
R
A
 
L
V
 
I
F
 
G
G
 
G
M
 
Q
L
 
L
D
 
V
V
 
P
R
 
D
S
 
Q
G
 
G
A
 
E
V
 
V
R
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
G
E
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
A
Q
 
Q
L
 
M
T
 
S
P
 
R
Q
 
Q
D
 
E
R
 
L
V
 
F
V
 
A
-
 
A
-
 
R
K
 
A
G
 
R
M
 
M
G
 
G
F
 
M
V
 
L
P
 
F
Q
|
Q
T
 
S
S
 
G
N
 
A
I
 
L
F
 
F
T
 
T
S
 
D
M
 
M
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
V
E
 
A
M
 
F
G
 
P
A
 
I
F
 
R
I
 
A
R
 
H
T
 
T
D
 
-
D
 
K
F
 
L
S
 
S
D
 
E
T
 
N
M
 
L
E
 
-
Q
 
-
V
 
I
Y
 
A
E
 
E
L
 
L
F
 
V
P
 
A
I
 
L
-
 
K
-
 
L
-
 
E
-
 
S
-
 
V
-
 
G
L
 
L
R
 
R
E
 
G
K
 
T
R
 
E
N
 
Q
Q
 
L
P
 
M
A
 
P
G
 
T
E
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
N
Q
 
R
Q
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
L
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
M
 
A
T
 
L
K
 
D
P
 
P
K
 
D
V
 
L
L
 
I
M
 
M
L
 
Y
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
Q
S
 
D
P
 
P
I
 
I
V
 
V
M
 
K
D
 
G
E
 
V
L
 
L
F
 
-
D
 
T
R
 
R
I
 
L
I
 
I
E
 
R
V
 
S
A
 
L
R
 
R
T
 
E
G
 
A
L
 
L
P
 
D
I
 
L
-
 
T
-
 
T
L
 
I
M
 
I
V
 
V
E
 
S
Q
x
H
N
 
D
A
 
V
K
 
P
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
E
 
S
I
 
I
A
 
A
D
 
D
K
 
Y
G
 
I
Y
 
Y
V
 
V
L
 
V
V
 
A
Q
 
E
G
 
G
R
 
K
N
 
I
A
 
Q
Y
 
G
T
 
E
G
 
G
T
 
T
G
 
P
Q
 
E
E
 
E
L
 
L
-
 
Q
-
 
A
L
 
Y
A
 
A
D
 
S
P
 
P
E
 
F
V
 
V
R
 
-
K
 
K
S
 
Q
F
 
F
L
 
L
G
 
T
G
 
G

7cagC Mycobacterium smegmatis lpqy-sugabc complex in the catalytic intermediate state (see paper)
28% identity, 81% coverage: 45:267/276 of query aligns to 3:222/362 of 7cagC

query
sites
7cagC
L
 
I
I
 
V
G
 
L
D
 
D
T
 
R
M
 
V
T
 
T
G
 
K
G
 
S
Y
 
Y
G
 
-
K
 
-
G
 
-
P
 
P
D
x
A
I
 
A
L
 
V
H
 
K
D
 
E
C
 
F
T
 
S
I
 
M
A