SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF1587 FitnessBrowser__WCS417:GFF1587 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P0AAH4 Putrescine export system ATP-binding protein SapD from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
39% identity, 100% coverage: 1:317/318 of query aligns to 1:328/330 of P0AAH4

query
sites
P0AAH4
M
 
M
S
 
P
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
V
 
I
R
 
R
D
 
N
L
 
L
S
 
T
V
 
I
I
 
E
A
 
F
N
 
K
N
 
T
A
 
G
G
 
D
R
 
E
D
 
W
V
 
V
T
 
K
L
 
A
V
 
V
D
 
D
R
 
R
V
 
V
S
 
S
F
 
M
D
 
T
L
 
L
A
 
T
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
R
G
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
G
E
 
E
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
|
K
T
 
S
M
 
L
A
 
I
C
 
A
R
 
K
G
 
A
L
 
I
M
 
C
R
 
G
L
 
V
L
 
-
P
 
N
S
 
K
P
 
D
N
 
N
L
 
W
R
 
R
V
 
V
Q
 
T
G
 
A
G
 
D
A
 
R
V
 
M
R
 
R
L
 
F
G
 
D
G
 
D
Q
 
I
D
 
D
L
 
L
L
 
L
S
 
R
L
 
L
D
 
S
D
 
A
A
 
R
G
 
E
M
 
R
R
 
R
A
 
K
V
 
L
R
 
V
G
 
G
G
 
H
Q
 
N
L
 
V
G
 
S
M
 
M
I
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
E
P
 
P
S
 
Q
S
 
S
H
 
C
L
 
L
D
 
D
P
 
P
L
 
S
M
 
E
R
 
R
I
 
V
G
 
G
E
 
R
Q
 
Q
I
 
L
A
 
M
E
 
Q
G
 
N
I
 
I
-
 
P
-
 
A
-
 
W
-
 
T
-
 
Y
-
 
K
-
 
G
R
 
R
L
 
W
H
 
W
Q
 
Q
G
 
R
A
 
F
S
 
G
K
 
W
K
 
R
D
 
K
A
 
R
R
 
R
L
 
-
Q
 
-
A
 
A
I
 
I
E
 
E
V
 
L
L
 
L
R
 
H
Q
 
R
V
 
V
G
 
G
I
 
I
P
 
K
D
 
D
P
 
H
Q
 
K
A
 
D
R
 
A
V
 
M
D
 
R
N
 
S
Y
 
F
P
 
P
Q
 
Y
E
 
E
F
 
L
S
 
T
G
 
E
G
|
G
M
 
E
R
 
C
Q
|
Q
R
 
K
A
 
V
M
 
M
I
 
I
A
 
A
V
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
A
C
 
N
N
 
Q
P
 
P
K
 
R
V
 
L
L
 
L
I
 
I
A
 
A
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
N
A
 
S
L
 
M
D
 
E
V
 
P
T
 
T
V
 
T
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
F
R
 
R
L
 
L
L
 
L
L
 
T
E
 
R
L
 
L
R
 
N
D
 
Q
Q
 
N
R
 
S
G
 
N
L
 
T
S
 
T
I
 
I
I
 
L
M
 
L
I
 
I
T
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
G
 
Q
V
 
M
V
 
L
A
 
S
Q
 
Q
T
 
W
C
 
A
D
 
D
A
 
K
I
 
I
A
 
N
V
 
V
M
 
L
Y
 
Y
A
 
C
G
 
G
C
 
Q
L
 
T
C
 
V
E
 
E
H
 
T
G
 
A
S
 
P
K
 
S
Y
 
K
D
 
E
V
 
L
L
 
V
A
 
T
Q
 
M
P
 
P
Q
 
H
H
 
H
P
 
P
Y
 
Y
T
 
T
A
 
Q
G
 
A
L
 
L
I
 
I
D
 
R
C
 
A
Q
 
I
P
 
P
A
 
D
H
 
F
S
 
G
S
 
S
G
 
A
-
 
M
-
 
P
-
 
H
H
 
K
A
 
S
L
 
R
L
 
L
R
 
N
T
 
T
I
 
L
P
 
P
G
 
G
Q
 
A
P
 
I
P
 
P
L
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
Q
L
 
L
P
 
P
A
 
I
G
 
G
C
 
C
R
 
R
F
 
L
N
 
G
P
 
P
R
 
R
C
 
C
P
 
P
Q
 
Y
V
 
A
G
 
Q
A
 
R
L
 
E
C
 
C
T
 
I
E
 
-
V
 
V
L
 
T
P
 
P
-
 
R
-
 
L
-
 
T
-
 
G
-
 
A
E
 
K
G
 
N
Q
 
H
R
 
L
V
 
Y
A
 
A
C
 
C
H
 
H
Y
 
F
P
 
P
L
 
L
G
 
N
A
 
M
Q
 
E

Q8RDH4 Dipeptide transport ATP-binding protein DppD; EC 7.4.2.9 from Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (strain DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4) (Thermoanaerobacter tengcongensis) (see paper)
37% identity, 97% coverage: 3:311/318 of query aligns to 4:317/326 of Q8RDH4

query
sites
Q8RDH4
L
 
I
L
 
I
Q
 
R
V
 
V
R
 
E
D
 
D
L
 
L
S
 
R
V
 
A
I
 
V
A
 
Y
N
 
L
N
 
V
A
 
R
G
 
E
R
 
G
D
 
T
V
 
I
T
 
K
L
 
A
V
 
A
D
 
D
R
 
G
V
 
I
S
 
S
F
 
L
D
 
D
L
 
I
A
 
L
E
 
E
G
 
N
E
 
S
I
 
V
L
 
T
G
 
A
L
 
I
V
 
V
G
 
G
E
 
E
S
 
S
G
x
A
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
M
x
T
A
 
I
C
 
I
R
 
E
G
 
A
L
 
M
M
 
T
R
 
K
L
 
T
L
 
L
P
 
P
S
 
-
P
 
P
N
|
N
L
 
G
R
 
R
V
 
I
Q
 
L
G
 
S
G
 
G
A
 
R
V
 
V
R
 
L
L
 
Y
G
 
K
G
 
G
Q
 
K
D
 
D
L
 
L
L
 
L
S
 
T
L
 
M
D
 
R
D
 
E
A
 
E
G
 
E
M
 
L
R
 
R
A
 
K
V
 
I
R
 
R
G
 
W
G
 
K
Q
 
E
L
 
I
G
 
A
M
 
L
I
 
V
F
 
P
Q
|
Q
N
 
A
P
 
A
S
 
Q
S
 
Q
H
 
S
L
 
L
D
 
N
P
 
P
L
 
T
M
 
M
R
 
K
I
 
V
G
 
I
E
 
E
Q
 
H
I
 
F
A
 
K
E
 
D
G
 
T
I
 
V
R
 
E
L
 
A
H
 
H
Q
 
-
G
 
G
A
 
V
S
 
R
K
 
W
K
 
S
D
 
H
A
 
S
R
 
E
L
 
L
-
 
I
-
 
E
Q
 
K
A
 
A
I
 
S
E
 
E
V
 
K
L
 
L
R
 
R
Q
 
M
V
 
V
G
 
R
I
 
L
P
 
-
D
 
N
P
 
P
Q
 
E
A
 
A
R
 
V
V
 
L
D
 
N
N
 
S
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
L
E
 
Q
F
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
M
 
L
I
 
I
A
 
A
V
 
L
A
 
A
L
 
L
G
 
L
C
 
L
N
 
D
P
 
P
K
 
V
V
 
V
L
 
L
I
 
I
A
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
V
T
 
L
V
 
T
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
H
I
 
I
L
 
I
R
 
Q
L
 
L
L
 
L
L
 
K
E
 
E
L
 
L
R
 
K
D
 
K
Q
 
M
R
 
L
G
 
K
L
 
I
S
 
T
I
 
L
I
 
I
M
 
F
I
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
I
G
 
A
V
 
V
V
 
A
A
 
A
Q
 
E
T
 
L
C
 
A
D
 
D
A
 
K
I
 
V
A
 
A
V
 
V
M
 
I
Y
 
Y
A
 
G
G
 
G
C
 
N
L
 
L
C
 
V
E
 
E
H
 
Y
G
 
N
S
 
S
K
 
T
Y
 
F
D
 
Q
V
 
I
L
 
F
A
 
K
Q
 
N
P
 
P
Q
 
L
H
 
H
P
 
P
Y
 
Y
T
 
T
A
 
R
G
 
G
L
 
L
I
 
I
D
 
N
C
 
S
Q
 
I
P
 
M
A
 
A
H
 
V
S
 
N
S
 
A
G
 
D
H
 
M
A
 
S
L
 
K
L
 
V
R
 
K
T
 
P
I
 
I
P
 
P
G
 
G
Q
 
D
P
 
P
P
 
P
L
 
S
L
 
L
D
 
L
A
 
N
L
 
P
P
 
P
A
 
S
G
 
G
C
|
C
R
 
R
F
 
F
N
 
H
P
 
P
R
 
R
C
|
C
P
 
E
Q
 
Y
V
 
A
G
 
M
A
 
E
L
 
I
C
|
C
T
 
K
E
 
K
V
 
E
L
 
K
P
 
P
E
 
K
G
 
W
Q
 
I
R
 
R
-
 
L
-
 
D
-
 
G
-
 
E
-
 
A
-
 
H
V
 
V
A
 
A
C
|
C
H
 
H

4fwiB Crystal structure of the nucleotide-binding domain of a dipeptide abc transporter (see paper)
37% identity, 97% coverage: 3:311/318 of query aligns to 3:306/310 of 4fwiB

query
sites
4fwiB
L
 
I
L
 
I
Q
 
R
V
 
V
R
 
E
D
 
D
L
 
L
S
 
R
V
 
A
I
 
V
A
x
Y
N
 
L
N
 
V
A
 
R
G
 
E
R
 
G
D
 
T
V
x
I
T
 
K
L
 
A
V
 
A
D
 
D
R
 
G
V
 
I
S
 
S
F
 
L
D
 
D
L
 
I
A
 
L
E
 
E
G
 
N
E
 
S
I
 
V
L
 
T
G
 
A
L
 
I
V
 
V
G
 
G
E
 
E
S
|
S
G
x
A
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
M
x
T
A
 
I
C
 
I
R
 
E
G
 
A
L
 
M
M
 
T
R
 
K
L
 
T
L
 
L
P
 
P
S
 
-
P
 
P
N
|
N
L
 
G
R
 
R
V
 
I
Q
 
L
G
 
S
G
 
G
A
 
R
V
 
V
R
 
L
L
 
Y
G
 
K
G
 
G
Q
 
K
D
 
D
L
 
L
L
 
L
S
 
T
L
 
M
D
 
R
D
 
E
A
 
E
G
 
E
M
 
L
R
 
R
A
 
K
V
 
I
R
 
R
G
 
W
G
 
K
Q
 
E
L
 
I
G
 
A
M
 
L
I
 
V
F
 
P
Q
|
Q
N
 
A
P
 
A
S
 
Q
S
 
Q
H
 
S
L
 
L
D
 
N
P
 
P
L
 
T
M
 
M
R
 
K
I
 
V
G
 
I
E
 
E
Q
 
H
I
 
F
A
 
K
E
 
D
G
 
T
I
 
V
R
 
E
L
 
A
H
 
H
Q
 
-
G
 
G
A
 
V
S
 
R
K
 
W
K
 
S
D
 
H
A
 
S
R
 
E
L
 
L
-
 
I
-
 
E
Q
 
K
A
 
A
I
 
S
E
 
E
V
 
K
L
 
L
R
 
R
Q
 
M
V
 
V
G
 
R
I
 
L
P
 
-
D
 
N
P
 
P
Q
 
E
A
 
A
R
 
V
V
 
L
D
 
N
N
 
S
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
L
E
 
Q
F
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
M
 
L
I
 
I
A
 
A
V
 
L
A
 
A
L
 
L
G
 
L
C
 
L
N
 
D
P
 
P
K
 
V
V
 
V
L
 
L
I
 
I
A
 
L
D
|
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
T
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
V
T
 
L
V
 
T
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
H
I
 
I
L
 
I
R
 
Q
L
 
L
L
 
L
L
 
K
E
 
E
L
 
L
R
 
K
D
 
K
Q
 
M
R
 
L
G
 
K
L
 
I
S
 
T
I
 
L
I
 
I
M
 
F
I
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
I
G
 
A
V
 
V
V
 
A
A
 
A
Q
 
E
T
 
L
C
 
A
D
 
D
A
 
K
I
 
V
A
 
A
V
 
V
M
 
I
Y
 
Y
A
 
G
G
 
G
C
 
N
L
 
L
C
 
V
E
 
E
H
 
Y
G
 
N
S
 
S
K
 
T
Y
 
F
D
 
Q
V
 
I
L
 
F
A
 
K
Q
 
N
P
 
P
Q
 
L
H
|
H
P
|
P
Y
 
Y
T
 
T
A
 
R
G
 
G
L
 
L
I
 
I
D
 
N
C
 
S
Q
 
-
P
 
-
A
 
-
H
 
-
S
 
-
S
 
-
G
 
-
H
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
I
R
 
M
T
 
P
I
 
I
P
 
P
G
 
G
Q
 
D
P
 
P
P
 
P
L
 
S
L
|
L
D
 
L
A
 
N
L
 
P
P
 
P
A
 
S
G
 
G
C
|
C
R
 
R
F
 
F
N
x
H
P
 
P
R
 
R
C
|
C
P
 
E
Q
x
Y
V
x
A
G
 
M
A
 
E
L
 
I
C
|
C
T
 
K
E
 
K
V
 
E
L
 
K
P
|
P
E
 
K
G
 
W
Q
 
I
R
 
R
-
 
L
-
 
D
-
 
G
-
 
E
-
 
A
-
 
H
V
 
V
A
 
A
C
|
C
H
|
H

7z15I E. Coli c-p lyase bound to a phnk/phnl dual abc dimer and adp + pi (see paper)
40% identity, 73% coverage: 26:257/318 of query aligns to 22:246/253 of 7z15I

query
sites
7z15I
V
 
V
S
 
S
F
 
F
D
 
D
L
 
L
A
 
W
E
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
I
V
 
V
G
 
G
E
|
E
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
|
T
M
x
T
A
 
L
C
 
L
R
 
K
G
 
S
L
 
I
M
 
-
R
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
-
S
 
S
P
 
A
N
 
R
L
 
L
R
 
T
V
 
P
Q
 
Q
G
 
Q
G
 
G
A
 
E
V
 
I
R
 
H
L
 
Y
G
 
E
G
 
N
Q
 
R
D
 
S
L
 
L
L
 
Y
S
 
A
L
 
M
D
 
S
D
 
E
A
 
A
G
 
D
M
 
R
R
 
R
A
 
R
V
 
L
R
 
L
G
 
R
G
 
T
Q
 
E
L
 
W
G
 
G
M
 
V
I
 
V
F
 
H
Q
|
Q
N
 
H
P
 
P
S
 
-
S
 
-
H
 
-
L
 
L
D
 
D
P
 
G
L
 
L
M
 
R
R
 
R
-
 
Q
-
 
V
-
 
S
-
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
I
 
I
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
I
 
L
-
 
M
A
 
A
E
 
T
G
 
G
I
 
A
R
 
R
L
 
-
H
 
H
Q
 
Y
G
 
G
A
 
-
S
 
-
K
 
-
K
 
-
D
 
D
A
 
I
R
 
R
L
 
A
Q
 
T
A
 
A
I
 
Q
E
 
K
V
 
W
L
 
L
R
 
E
Q
 
E
V
 
V
G
 
E
I
 
I
P
 
P
D
 
-
P
 
-
Q
 
A
A
 
N
R
|
R
V
 
I
D
 
D
N
 
D
Y
 
L
P
 
P
Q
 
T
E
x
T
F
 
F
S
|
S
G
 
G
G
 
G
M
|
M
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
A
 
L
M
 
Q
I
 
I
A
 
A
V
 
R
A
 
N
L
 
L
G
 
V
C
 
T
N
 
H
P
 
P
K
 
K
V
 
L
L
 
V
I
 
F
A
 
M
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
G
A
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
V
T
 
S
V
 
V
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
R
I
 
L
L
 
L
R
 
D
L
 
L
L
 
L
L
 
R
E
 
G
L
 
L
R
 
V
D
 
V
Q
 
E
R
 
L
G
 
N
L
 
L
S
 
A
I
 
V
I
 
V
M
 
I
I
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
L
G
 
G
V
 
V
V
 
A
A
 
R
Q
 
L
T
 
L
C
 
A
D
 
D
A
 
R
I
 
L
A
 
L
V
 
V
M
 
M
Y
 
K
A
 
Q
G
 
G
C
 
Q
L
 
V
C
 
V
E
 
E
H
 
S
G
 
G
S
 
L
K
 
T
Y
 
D
D
 
R
V
 
V
L
 
L
A
 
D
Q
 
D
P
 
P
Q
 
H
H
 
H
P
 
P
Y
 
Y
T
 
T
A
 
Q
G
 
L
L
 
L
I
 
V
D
 
S
C
 
S

Sites not aligning to the query:

7z18I E. Coli c-p lyase bound to a phnk abc dimer and atp (see paper)
40% identity, 73% coverage: 26:257/318 of query aligns to 22:246/250 of 7z18I

query
sites
7z18I
V
 
V
S
 
S
F
 
F
D
 
D
L
 
L
A
 
W
E
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
I
V
 
V
G
 
G
E
 
E
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
|
T
M
x
T
A
 
L
C
 
L
R
 
K
G
 
S
L
 
I
M
 
-
R
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
-
S
 
S
P
 
A
N
 
R
L
 
L
R
 
T
V
 
P
Q
 
Q
G
 
Q
G
 
G
A
 
E
V
 
I
R
 
H
L
 
Y
G
 
E
G
 
N
Q
 
R
D
 
S
L
 
L
L
 
Y
S
 
A
L
 
M
D
 
S
D
 
E
A
 
A
G
 
D
M
 
R
R
 
R
A
 
R
V
 
L
R
 
L
G
 
R
G
 
T
Q
 
E
L
 
W
G
 
G
M
 
V
I
 
V
F
 
H
Q
|
Q
N
 
H
P
 
P
S
 
-
S
 
-
H
 
-
L
 
L
D
 
D
P
 
G
L
 
L
M
 
R
R
 
R
-
 
Q
-
 
V
-
 
S
-
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
I
 
I
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
I
 
L
-
 
M
A
 
A
E
 
T
G
 
G
I
 
A
R
 
R
L
 
-
H
 
H
Q
 
Y
G
 
G
A
 
-
S
 
-
K
 
-
K
 
-
D
 
D
A
 
I
R
 
R
L
 
A
Q
 
T
A
 
A
I
 
Q
E
 
K
V
 
W
L
 
L
R
 
E
Q
 
E
V
 
V
G
 
E
I
 
I
P
 
P
D
 
-
P
 
-
Q
 
A
A
 
N
R
|
R
V
 
I
D
 
D
N
 
D
Y
 
L
P
 
P
Q
 
T
E
x
T
F
|
F
S
|
S
G
|
G
G
|
G
M
|
M
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
A
 
L
M
 
Q
I
 
I
A
 
A
V
 
R
A
 
N
L
 
L
G
 
V
C
 
T
N
 
H
P
 
P
K
 
K
V
 
L
L
 
V
I
 
F
A
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
G
A
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
V
T
 
S
V
 
V
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
R
I
 
L
L
 
L
R
 
D
L
 
L
L
 
L
L
 
R
E
 
G
L
 
L
R
 
V
D
 
V
Q
 
E
R
 
L
G
 
N
L
 
L
S
 
A
I
 
V
I
 
V
M
 
I
I
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
L
G
 
G
V
 
V
V
 
A
A
 
R
Q
 
L
T
 
L
C
 
A
D
 
D
A
 
R
I
 
L
A
 
L
V
 
V
M
 
M
Y
 
K
A
 
Q
G
 
G
C
 
Q
L
 
V
C
 
V
E
 
E
H
 
S
G
 
G
S
 
L
K
 
T
Y
 
D
D
 
R
V
 
V
L
 
L
A
 
D
Q
 
D
P
 
P
Q
 
H
H
 
H
P
 
P
Y
 
Y
T
 
T
A
 
Q
G
 
L
L
 
L
I
 
V
D
 
S
C
 
S

Sites not aligning to the query:

7z16I E. Coli c-p lyase bound to phnk/phnl dual abc dimer with amppnp and phnk e171q mutation (see paper)
40% identity, 73% coverage: 26:257/318 of query aligns to 22:246/250 of 7z16I

query
sites
7z16I
V
 
V
S
 
S
F
 
F
D
 
D
L
 
L
A
 
W
E
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
I
V
 
V
G
 
G
E
 
E
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
|
T
M
x
T
A
 
L
C
 
L
R
 
K
G
 
S
L
 
I
M
 
-
R
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
-
S
 
S
P
 
A
N
 
R
L
 
L
R
 
T
V
 
P
Q
 
Q
G
 
Q
G
 
G
A
 
E
V
 
I
R
 
H
L
 
Y
G
 
E
G
 
N
Q
 
R
D
 
S
L
 
L
L
 
Y
S
 
A
L
 
M
D
 
S
D
 
E
A
 
A
G
 
D
M
 
R
R
 
R
A
 
R
V
 
L
R
 
L
G
 
R
G
 
T
Q
 
E
L
 
W
G
 
G
M
 
V
I
 
V
F
 
H
Q
 
Q
N
 
H
P
 
P
S
 
-
S
 
-
H
 
-
L
 
L
D
 
D
P
 
G
L
 
L
M
 
R
R
 
R
-
 
Q
-
 
V
-
 
S
-
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
I
 
I
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
I
 
L
-
 
M
A
 
A
E
 
T
G
 
G
I
 
A
R
 
R
L
 
-
H
 
H
Q
 
Y
G
 
G
A
 
-
S
 
-
K
 
-
K
 
-
D
 
D
A
 
I
R
 
R
L
 
A
Q
 
T
A
 
A
I
 
Q
E
 
K
V
 
W
L
 
L
R
 
E
Q
 
E
V
 
V
G
 
E
I
 
I
P
 
P
D
 
-
P
 
-
Q
 
A
A
 
N
R
|
R
V
 
I
D
 
D
N
 
D
Y
 
L
P
 
P
Q
 
T
E
x
T
F
 
F
S
|
S
G
|
G
G
|
G
M
|
M
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
A
 
L
M
 
Q
I
 
I
A
 
A
V
 
R
A
 
N
L
 
L
G
 
V
C
 
T
N
 
H
P
 
P
K
 
K
V
 
L
L
 
V
I
 
F
A
 
M
D
 
D
E
x
Q
P
 
P
T
 
T
T
 
G
A
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
V
T
 
S
V
 
V
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
R
I
 
L
L
 
L
R
 
D
L
 
L
L
 
L
L
 
R
E
 
G
L
 
L
R
 
V
D
 
V
Q
 
E
R
 
L
G
 
N
L
 
L
S
 
A
I
 
V
I
 
V
M
 
I
I
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
L
G
 
G
V
 
V
V
 
A
A
 
R
Q
 
L
T
 
L
C
 
A
D
 
D
A
 
R
I
 
L
A
 
L
V
 
V
M
 
M
Y
 
K
A
 
Q
G
 
G
C
 
Q
L
 
V
C
 
V
E
 
E
H
 
S
G
 
G
S
 
L
K
 
T
Y
 
D
D
 
R
V
 
V
L
 
L
A
 
D
Q
 
D
P
 
P
Q
 
H
H
 
H
P
 
P
Y
 
Y
T
 
T
A
 
Q
G
 
L
L
 
L
I
 
V
D
 
S
C
 
S

Sites not aligning to the query:

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
33% identity, 80% coverage: 3:255/318 of query aligns to 1:241/343 of P30750

query
sites
P30750
L
 
M
L
 
I
Q
 
K
V
 
L
R
 
S
D
 
N
L
 
I
S
 
T
V
 
K
I
 
V
A
 
F
N
 
H
N
 
Q
A
 
G
G
 
T
R
 
R
D
 
T
V
 
I
T
 
Q
L
 
A
V
 
L
D
 
N
R
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
D
 
H
L
 
V
A
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
L
 
Y
G
 
G
L
 
V
V
 
I
G
 
G
E
 
A
S
|
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
M
x
T
A
 
L
C
 
I
R
 
R
G
 
-
L
 
C
M
 
V
R
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
E
S
 
R
P
 
P
N
 
T
L
 
-
R
 
-
V
 
-
Q
 
-
G
 
E
G
 
G
A
 
S
V
 
V
R
 
L
L
 
V
G
 
D
G
 
G
Q
 
Q
D
 
E
L
 
L
L
 
T
S
 
T
L
 
L
D
 
S
D
 
E
A
 
S
G
 
E
M
 
L
R
 
T
A
 
K
V
 
A
R
 
R
G
 
R
G
 
-
Q
 
Q
L
 
I
G
 
G
M
 
M
I
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
-
P
 
-
S
 
-
S
 
-
H
 
H
L
 
F
D
 
N
P
 
L
L
 
L
M
 
S
R
 
S
-
 
R
-
 
T
I
 
V
G
 
F
E
 
G
Q
 
N
I
 
V
A
 
A
E
 
L
G
 
P
I
 
L
R
 
E
L
 
L
H
 
-
Q
 
D
G
 
N
A
 
T
S
 
P
K
 
K
K
 
D
D
 
E
A
 
V
R
 
K
L
 
R
Q
 
R
A
 
V
I
 
T
E
 
E
V
 
L
L
 
L
R
 
S
Q
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
L
P
 
G
D
 
D
P
 
K
Q
 
H
A
 
-
R
 
-
V
 
-
D
 
D
N
 
S
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
S
E
 
N
F
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
M
 
A
I
 
I
A
 
A
V
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
A
C
 
S
N
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
L
A
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
T
 
T
T
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
T
 
A
V
 
T
Q
 
T
A
 
R
Q
 
S
I
 
I
L
 
L
R
 
E
L
 
L
L
 
L
L
 
K
E
 
D
L
 
I
R
 
N
D
 
R
Q
 
R
R
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
T
I
 
I
I
 
L
M
 
L
I
 
I
T
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
G
 
D
V
 
V
V
 
V
A
 
K
Q
 
R
T
 
I
C
 
C
D
 
D
A
 
C
I
 
V
A
 
A
V
 
V
M
 
I
Y
 
S
A
 
N
G
 
G
C
 
E
L
 
L
C
 
I
E
 
E
H
 
Q
G
 
D
S
 
T
K
 
V
Y
 
S
D
 
E
V
 
V
L
 
F
A
 
S
Q
 
H
P
 
P
Q
 
K
H
 
T
P
 
P
Y
 
L
T
 
A
A
 
Q
G
 
K
L
 
F
I
 
I

Sites not aligning to the query:

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
33% identity, 80% coverage: 3:255/318 of query aligns to 2:242/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
L
 
M
L
 
I
Q
 
K
V
 
L
R
 
S
D
 
N
L
 
I
S
 
T
V
 
K
I
 
V
A
x
F
N
 
H
N
x
Q
A
 
G
G
 
T
R
 
R
D
 
T
V
x
I
T
 
Q
L
 
A
V
 
L
D
 
N
R
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
D
 
H
L
 
V
A
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
L
 
Y
G
 
G
L
 
V
V
 
I
G
 
G
E
 
A
S
|
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
M
x
T
A
 
L
C
 
I
R
 
R
G
 
-
L
 
C
M
 
V
R
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
E
S
 
R
P
 
P
N
 
T
L
 
-
R
 
-
V
 
-
Q
 
-
G
 
E
G
 
G
A
 
S
V
 
V
R
 
L
L
 
V
G
 
D
G
 
G
Q
 
Q
D
 
E
L
 
L
L
 
T
S
 
T
L
 
L
D
 
S
D
 
E
A
 
S
G
 
E
M
 
L
R
 
T
A
 
K
V
 
A
R
 
R
G
 
R
G
 
-
Q
 
Q
L
 
I
G
 
G
M
 
M
I
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
-
P
 
-
S
 
-
S
 
-
H
 
H
L
 
F
D
 
N
P
 
L
L
 
L
M
 
S
R
 
S
-
 
R
-
 
T
I
 
V
G
 
F
E
 
G
Q
 
N
I
 
V
A
 
A
E
 
L
G
 
P
I
 
L
R
 
E
L
 
L
H
 
-
Q
 
D
G
 
N
A
 
T
S
 
P
K
 
K
K
 
D
D
 
E
A
 
V
R
 
K
L
 
R
Q
 
R
A
 
V
I
 
T
E
 
E
V
 
L
L
 
L
R
 
S
Q
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
L
P
 
G
D
 
D
P
 
K
Q
 
H
A
 
-
R
 
-
V
 
-
D
 
D
N
 
S
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
S
E
x
N
F
x
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
M
x
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
M
 
A
I
 
I
A
 
A
V
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
A
C
 
S
N
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
L
A
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
T
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
T
 
A
V
 
T
Q
 
T
A
 
R
Q
 
S
I
 
I
L
 
L
R
 
E
L
 
L
L
 
L
L
 
K
E
 
D
L
 
I
R
 
N
D
 
R
Q
 
R
R
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
T
I
 
I
I
 
L
M
 
L
I
 
I
T
 
T
H
|
H
D
 
E
L
 
M
G
 
D
V
 
V
V
 
V
A
 
K
Q
 
R
T
 
I
C
 
C
D
 
D
A
 
C
I
 
V
A
 
A
V
 
V
M
 
I
Y
 
S
A
 
N
G
 
G
C
 
E
L
 
L
C
 
I
E
 
E
H
 
Q
G
 
D
S
 
T
K
 
V
Y
 
S
D
 
E
V
 
V
L
 
F
A
 
S
Q
 
H
P
 
P
Q
 
K
H
 
T
P
 
P
Y
 
L
T
 
A
A
 
Q
G
 
K
L
 
F
I
 
I

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
33% identity, 80% coverage: 3:255/318 of query aligns to 2:242/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
L
 
M
L
 
I
Q
 
K
V
 
L
R
 
S
D
 
N
L
 
I
S
 
T
V
 
K
I
 
V
A
x
F
N
 
H
N
x
Q
A
 
G
G
 
T
R
 
R
D
 
T
V
 
I
T
 
Q
L
x
A
V
 
L
D
 
N
R
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
D
 
H
L
 
V
A
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
L
 
Y
G
 
G
L
 
V
V
 
I
G
 
G
E
 
A
S
 
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
M
x
T
A
 
L
C
 
I
R
 
R
G
 
-
L
 
C
M
 
V
R
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
E
S
 
R
P
 
P
N
 
T
L
 
-
R
 
-
V
 
-
Q
 
-
G
 
E
G
 
G
A
 
S
V
 
V
R
 
L
L
 
V
G
 
D
G
 
G
Q
 
Q
D
 
E
L
 
L
L
 
T
S
 
T
L
 
L
D
 
S
D
 
E
A
 
S
G
 
E
M
 
L
R
 
T
A
 
K
V
 
A
R
 
R
G
 
R
G
 
-
Q
 
Q
L
 
I
G
 
G
M
 
M
I
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
-
P
 
-
S
 
-
S
 
-
H
 
H
L
 
F
D
 
N
P
 
L
L
 
L
M
 
S
R
 
S
-
 
R
-
 
T
I
 
V
G
 
F
E
 
G
Q
 
N
I
 
V
A
 
A
E
 
L
G
 
P
I
 
L
R
 
E
L
 
L
H
 
-
Q
 
D
G
 
N
A
 
T
S
 
P
K
 
K
K
 
D
D
 
E
A
 
V
R
 
K
L
 
R
Q
 
R
A
 
V
I
 
T
E
 
E
V
 
L
L
 
L
R
 
S
Q
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
L
P
 
G
D
 
D
P
 
K
Q
 
H
A
 
-
R
 
-
V
 
-
D
 
D
N
 
S
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
S
E
 
N
F
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
M
 
A
I
 
I
A
 
A
V
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
A
C
 
S
N
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
L
A
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
T
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
T
 
A
V
 
T
Q
 
T
A
 
R
Q
 
S
I
 
I
L
 
L
R
 
E
L
 
L
L
 
L
L
 
K
E
 
D
L
 
I
R
 
N
D
 
R
Q
 
R
R
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
T
I
 
I
I
 
L
M
 
L
I
 
I
T
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
G
 
D
V
 
V
V
 
V
A
 
K
Q
 
R
T
 
I
C
 
C
D
 
D
A
 
C
I
 
V
A
 
A
V
 
V
M
 
I
Y
 
S
A
 
N
G
 
G
C
 
E
L
 
L
C
 
I
E
 
E
H
 
Q
G
 
D
S
 
T
K
 
V
Y
 
S
D
 
E
V
 
V
L
 
F
A
 
S
Q
 
H
P
 
P
Q
 
K
H
 
T
P
 
P
Y
 
L
T
 
A
A
 
Q
G
 
K
L
 
F
I
 
I

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
33% identity, 80% coverage: 3:255/318 of query aligns to 2:242/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
L
 
M
L
 
I
Q
 
K
V
 
L
R
 
S
D
 
N
L
 
I
S
 
T
V
 
K
I
 
V
A
x
F
N
 
H
N
x
Q
A
 
G
G
 
T
R
 
R
D
 
T
V
 
I
T
 
Q
L
 
A
V
 
L
D
 
N
R
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
D
 
H
L
 
V
A
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
L
 
Y
G
 
G
L
 
V
V
 
I
G
 
G
E
 
A
S
|
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
M
x
T
A
 
L
C
 
I
R
 
R
G
 
-
L
 
C
M
 
V
R
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
E
S
 
R
P
 
P
N
 
T
L
 
-
R
 
-
V
 
-
Q
 
-
G
 
E
G
 
G
A
 
S
V
 
V
R
 
L
L
 
V
G
 
D
G
 
G
Q
 
Q
D
 
E
L
 
L
L
 
T
S
 
T
L
 
L
D
 
S
D
 
E
A
 
S
G
 
E
M
 
L
R
 
T
A
 
K
V
 
A
R
 
R
G
 
R
G
 
-
Q
 
Q
L
 
I
G
 
G
M
 
M
I
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
-
P
 
-
S
 
-
S
 
-
H
 
H
L
 
F
D
 
N
P
 
L
L
 
L
M
 
S
R
 
S
-
 
R
-
 
T
I
 
V
G
 
F
E
 
G
Q
 
N
I
 
V
A
 
A
E
 
L
G
 
P
I
 
L
R
 
E
L
 
L
H
 
-
Q
 
D
G
 
N
A
 
T
S
 
P
K
 
K
K
 
D
D
 
E
A
 
V
R
 
K
L
 
R
Q
 
R
A
 
V
I
 
T
E
 
E
V
 
L
L
 
L
R
 
S
Q
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
L
P
 
G
D
 
D
P
 
K
Q
 
H
A
 
-
R
 
-
V
 
-
D
 
D
N
 
S
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
S
E
 
N
F
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
M
 
A
I
 
I
A
 
A
V
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
A
C
 
S
N
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
L
A
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
T
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
T
 
A
V
 
T
Q
 
T
A
 
R
Q
 
S
I
 
I
L
 
L
R
 
E
L
 
L
L
 
L
L
 
K
E
 
D
L
 
I
R
 
N
D
 
R
Q
 
R
R
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
T
I
 
I
I
 
L
M
 
L
I
 
I
T
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
G
 
D
V
 
V
V
 
V
A
 
K
Q
 
R
T
 
I
C
 
C
D
 
D
A
 
C
I
 
V
A
 
A
V
 
V
M
 
I
Y
 
S
A
 
N
G
 
G
C
 
E
L
 
L
C
 
I
E
 
E
H
 
Q
G
 
D
S
 
T
K
 
V
Y
 
S
D
 
E
V
 
V
L
 
F
A
 
S
Q
 
H
P
 
P
Q
 
K
H
 
T
P
 
P
Y
 
L
T
 
A
A
 
Q
G
 
K
L
 
F
I
 
I

7ahhC Opua inhibited inward-facing, sbd docked (see paper)
32% identity, 73% coverage: 26:256/318 of query aligns to 45:264/382 of 7ahhC

query
sites
7ahhC
V
 
T
S
 
N
F
 
F
D
 
E
L
 
I
A
 
N
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
F
G
 
V
L
 
I
V
 
M
G
 
G
E
 
L
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
M
x
T
A
 
L
C
 
L
R
 
R
G
 
L
L
 
L
M
 
N
R
 
R
L
 
L
L
 
I
P
 
E
S
 
P
P
 
T
N
 
S
L
 
-
R
 
-
V
 
-
Q
 
-
G
 
-
G
 
G
A
 
K
V
 
I
R
 
F
L
 
I
G
 
D
G
 
N
Q
 
Q
D
 
D
L
 
V
L
 
A
S
 
T
L
 
L
D
 
N
D
 
K
A
 
E
G
 
D
M
 
L
R
 
L
A
 
Q
V
 
V
R
 
R
G
 
R
G
 
K
Q
 
T
L
 
M
G
 
S
M
 
M
I
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
N
P
 
F
S
 
G
S
 
-
H
 
-
L
 
L
D
 
F
P
 
P
L
 
H
M
 
R
R
 
T
I
 
I
G
 
L
E
 
E
Q
 
N
I
 
T
A
 
E
E
 
Y
G
 
G
I
 
L
R
 
E
L
 
V
H
 
-
Q
 
Q
G
 
N
A
 
V
S
 
P
K
 
K
K
 
E
D
 
E
A
 
R
R
 
R
L
 
K
Q
 
R
A
 
A
I
 
E
E
 
K
V
 
A
L
 
L
R
 
D
Q
 
N
V
 
A
G
 
N
I
 
L
P
 
L
D
 
D
P
 
F
Q
 
K
A
 
-
R
 
-
V
 
-
D
 
D
N
 
Q
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
K
E
 
Q
F
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
M
 
G
I
 
L
A
 
A
V
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
A
C
 
N
N
 
D
P
 
P
K
 
E
V
 
I
L
 
L
I
 
L
A
 
M
D
|
D
E
|
E
P
 
A
T
 
F
T
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
T
 
L
V
 
I
Q
 
R
A
 
R
Q
 
E
I
 
M
L
 
Q
R
 
D
L
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
L
 
L
R
 
Q
D
 
A
Q
 
K
R
 
F
G
 
Q
L
 
K
S
 
T
I
 
I
I
 
I
M
 
F
I
 
V
T
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
G
 
N
V
 
E
V
 
A
A
 
L
Q
 
R
T
 
I
C
 
G
D
 
D
A
 
R
I
 
I
A
 
A
V
 
I
M
 
M
Y
 
K
A
 
D
G
 
G
C
 
K
L
 
I
C
 
M
E
 
Q
H
 
I
G
 
G
S
 
T
K
 
G
Y
 
E
D
 
E
V
 
I
L
 
L
A
 
T
Q
 
N
P
 
P
Q
 
A
H
 
N
P
 
D
Y
 
Y
T
 
V
A
 
K
G
 
T
L
 
F
I
 
V
D
 
E

Sites not aligning to the query:

7aheC Opua inhibited inward facing (see paper)
32% identity, 73% coverage: 26:256/318 of query aligns to 45:264/382 of 7aheC

query
sites
7aheC
V
 
T
S
 
N
F
 
F
D
 
E
L
 
I
A
 
N
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
F
G
 
V
L
 
I
V
 
M
G
 
G
E
 
L
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
K
T
 
S
M
 
T
A
 
L
C
 
L
R
 
R
G
 
L
L
 
L
M
 
N
R
 
R
L
 
L
L
 
I
P
 
E
S
 
P
P
 
T
N
 
S
L
 
-
R
 
-
V
 
-
Q
 
-
G
 
-
G
 
G
A
 
K
V
 
I
R
 
F
L
 
I
G
 
D
G
 
N
Q
 
Q
D
 
D
L
 
V
L
 
A
S
 
T
L
 
L
D
 
N
D
 
K
A
 
E
G
 
D
M
 
L
R
 
L
A
 
Q
V
 
V
R
 
R
G
 
R
G
 
K
Q
 
T
L
 
M
G
 
S
M
 
M
I
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
N
P
 
F
S
 
G
S
 
-
H
 
-
L
 
L
D
 
F
P
 
P
L
 
H
M
 
R
R
 
T
I
 
I
G
 
L
E
 
E
Q
 
N
I
 
T
A
 
E
E
 
Y
G
 
G
I
 
L
R
 
E
L
 
V
H
 
-
Q
 
Q
G
 
N
A
 
V
S
 
P
K
 
K
K
 
E
D
 
E
A
 
R
R
 
R
L
 
K
Q
 
R
A
 
A
I
 
E
E
 
K
V
 
A
L
 
L
R
 
D
Q
 
N
V
 
A
G
 
N
I
 
L
P
 
L
D
 
D
P
 
F
Q
 
K
A
 
-
R
 
-
V
 
-
D
 
D
N
 
Q
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
K
E
 
Q
F
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
M
 
G
I
 
L
A
 
A
V
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
A
C
 
N
N
 
D
P
 
P
K
 
E
V
 
I
L
 
L
I
 
L
A
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
A
T
 
F
T
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
T
 
L
V
 
I
Q
 
R
A
 
R
Q
 
E
I
 
M
L
 
Q
R
 
D
L
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
L
 
L
R
 
Q
D
 
A
Q
 
K
R
 
F
G
 
Q
L
 
K
S
 
T
I
 
I
I
 
I
M
 
F
I
 
V
T
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
G
 
N
V
 
E
V
 
A
A
 
L
Q
 
R
T
 
I
C
 
G
D
 
D
A
 
R
I
 
I
A
 
A
V
 
I
M
 
M
Y
 
K
A
 
D
G
 
G
C
 
K
L
 
I
C
 
M
E
 
Q
H
 
I
G
 
G
S
 
T
K
 
G
Y
 
E
D
 
E
V
 
I
L
 
L
A
 
T
Q
 
N
P
 
P
Q
 
A
H
 
N
P
 
D
Y
 
Y
T
 
V
A
 
K
G
 
T
L
 
F
I
 
V
D
 
E

Sites not aligning to the query:

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
33% identity, 72% coverage: 26:255/318 of query aligns to 21:236/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
V
 
I
S
 
H
F
 
L
D
 
E
L
 
V
A
 
A
E
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
K
L
 
L
G
 
V
L
 
I
V
 
I
G
 
G
E
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
M
x
T
A
 
L
C
 
I
R
 
R
G
 
T
L
 
I
M
 
N
R
 
R
L
 
L
L
 
E
P
 
D
S
 
-
P
 
-
N
 
-
L
 
-
R
 
-
V
 
F
Q
 
Q
G
 
E
G
 
G
A
 
E
V
 
V
R
 
V
L
 
V
G
 
D
G
 
G
Q
 
-
D
 
-
L
 
L
L
 
S
S
 
V
L
 
K
D
 
D
D
 
D
A
 
R
G
 
A
M
 
L
R
 
R
A
 
E
V
 
I
R
 
R
G
 
R
G
 
-
Q
 
E
L
 
V
G
 
G
M
 
M
I
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
Q
P
 
-
S
 
-
S
 
F
H
 
N
L
 
L
D
 
F
P
 
P
L
 
H
M
 
M
R
 
T
I
 
V
G
 
L
E
 
E
Q
 
N
I
 
V
A
 
T
E
 
L
G
 
A
I
 
P
R
 
M
L
 
R
H
 
V
Q
 
R
G
 
R
A
 
W
S
 
P
K
 
R
K
 
E
D
 
K
A
 
A
R
 
E
L
 
K
Q
 
K
A
 
A
I
 
L
E
 
E
V
 
L
L
 
L
R
 
E
Q
 
R
V
 
V
G
 
G
I
 
I
P
 
L
D
 
D
P
 
-
Q
 
Q
A
 
A
R
 
R
V
 
-
D
 
-
N
 
K
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
A
E
 
Q
F
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
M
 
A
I
 
I
A
 
A
V
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
A
C
 
M
N
 
E
P
 
P
K
 
K
V
 
I
L
 
M
I
 
L
A
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
T
 
E
V
 
M
Q
 
V
A
 
G
Q
 
E
I
 
V
L
 
L
R
 
D
L
 
V
L
 
M
L
 
R
E
 
D
L
 
L
R
 
-
D
 
A
Q
 
Q
R
 
G
G
 
G
L
 
M
S
 
T
I
 
M
I
 
V
M
 
V
I
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
G
 
G
V
 
F
V
 
A
A
 
R
Q
 
E
T
 
V
C
 
A
D
 
D
A
 
R
I
 
V
A
 
V
V
 
F
M
 
M
Y
 
D
A
 
G
G
 
G
C
 
Q
L
 
I
C
 
V
E
 
E
H
 
E
G
 
G
S
 
R
K
 
P
Y
 
E
D
 
E
V
 
I
L
 
F
A
 
T
Q
 
R
P
 
P
Q
 
K
H
 
E
P
 
E
Y
 
R
T
 
T
A
 
R
G
 
S
L
 
F
I
 
L

Sites not aligning to the query:

7ahdC Opua (e190q) occluded (see paper)
32% identity, 75% coverage: 12:250/318 of query aligns to 32:258/260 of 7ahdC

query
sites
7ahdC
I
 
I
A
 
L
N
 
K
N
 
K
A
 
T
G
 
G
R
 
A
D
x
T
V
 
V
T
 
G
L
 
V
V
 
Y
D
 
D
R
 
-
V
 
T
S
 
N
F
 
F
D
 
E
L
 
I
A
 
N
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
F
G
 
V
L
 
I
V
 
M
G
 
G
E
 
L
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
M
x
T
A
 
L
C
 
L
R
 
R
G
 
L
L
 
L
M
 
N
R
 
R
L
 
L
L
 
I
P
 
E
S
 
P
P
 
T
N
 
S
L
 
-
R
 
-
V
 
-
Q
 
-
G
 
-
G
 
G
A
 
K
V
 
I
R
 
F
L
 
I
G
 
D
G
 
N
Q
 
Q
D
 
D
L
 
V
L
 
A
S
 
T
L
 
L
D
 
N
D
 
K
A
 
E
G
 
D
M
 
L
R
 
L
A
 
Q
V
 
V
R
 
R
G
 
R
G
 
K
Q
 
T
L
 
M
G
 
S
M
 
M
I
 
V
F
 
F
Q
|
Q
N
 
N
P
 
F
S
 
G
S
 
-
H
 
-
L
 
L
D
 
F
P
 
P
L
 
H
M
 
R
R
 
T
I
 
I
G
 
L
E
 
E
Q
 
N
I
 
T
A
 
E
E
 
Y
G
 
G
I
 
L
R
 
E
L
 
V
H
 
-
Q
 
Q
G
 
N
A
 
V
S
 
P
K
 
K
K
 
E
D
 
E
A
 
R
R
 
R
L
 
K
Q
 
R
A
 
A
I
 
E
E
 
K
V
 
A
L
 
L
R
 
D
Q
 
N
V
 
A
G
 
N
I
 
L
P
 
L
D
 
D
P
 
F
Q
 
K
A
 
-
R
 
-
V
 
-
D
 
D
N
 
Q
Y
 
Y
P
 
P
Q
x
K
E
x
Q
F
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
|
M
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
M
 
G
I
 
L
A
 
A
V
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
A
C
 
N
N
 
D
P
 
P
K
 
E
V
 
I
L
 
L
I
 
L
A
 
M
D
 
D
E
x
Q
P
 
A
T
 
F
T
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
T
 
L
V
 
I
Q
 
R
A
 
R
Q
 
E
I
 
M
L
 
Q
R
 
D
L
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
L
 
L
R
 
Q
D
 
A
Q
 
K
R
 
F
G
 
Q
L
 
K
S
 
T
I
 
I
I
 
I
M
 
F
I
 
V
T
 
S
H
|
H
D
 
D
L
 
L
G
 
N
V
 
E
V
 
A
A
 
L
Q
 
R
T
 
I
C
 
G
D
 
D
A
 
R
I
 
I
A
 
A
V
 
I
M
 
M
Y
 
K
A
 
D
G
 
G
C
 
K
L
 
I
C
 
M
E
 
Q
H
 
I
G
 
G
S
 
T
K
 
G
Y
 
E
D
 
E
V
 
I
L
 
L
A
 
T
Q
 
N
P
 
P
Q
 
A
H
 
N
P
 
D
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

P75831 Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB; EC 7.6.2.- from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
35% identity, 71% coverage: 3:227/318 of query aligns to 4:216/648 of P75831

query
sites
P75831
L
 
L
L
 
L
Q
 
E
V
 
L
R
 
K
D
 
D
L
 
I
S
 
R
V
 
R
I
 
S
A
 
Y
N
 
P
N
 
A
A
 
G
G
 
D
R
 
E
D
 
Q
V
 
V
T
 
E
L
 
V
V
 
L
D
 
K
R
 
G
V
 
I
S
 
S
F
 
L
D
 
D
L
 
I
A
 
Y
E
 
A
G
 
G
E
 
E
I
 
M
L
 
V
G
 
A
L
 
I
V
 
V
G
 
G
E
 
A
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
|
K
T
 
S
M
 
T
A
 
-
C
 
-
R
 
-
G
 
-
L
 
L
M
 
M
R
 
N
L
 
I
L
 
L
P
 
G
S
 
C
P
 
L
N
 
D
L
 
-
R
 
K
V
 
A
Q
 
T
G
 
S
G
 
G
A
 
T
V
 
Y
R
 
R
L
 
V
G
 
A
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
L
 
V
L
 
A
S
 
T
L
 
L
D
 
D
D
 
A
A
 
D
G
 
A
M
 
L
R
 
A
A
 
Q
V
 
L
R
 
R
G
 
R
G
 
E
Q
 
H
L
 
F
G
 
G
M
 
F
I
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
R
P
 
Y
S
 
H
-
 
L
-
 
L
S
 
S
H
 
H
L
 
L
D
 
-
P
 
-
L
 
-
M
 
-
R
 
-
I
 
T
G
 
A
E
 
E
Q
 
Q
I
 
N
A
 
V
E
 
E
G
 
V
I
 
P
R
 
A
L
 
V
H
 
Y
Q
 
A
G
 
G
A
 
L
S
 
E
K
 
R
K
 
K
D
 
Q
A
 
R
R
 
L
L
 
L
Q
 
R
A
 
A
I
 
Q
E
 
E
V
 
L
L
 
L
R
 
Q
Q
 
R
V
 
L
G
 
G
I
 
L
P
 
E
D
 
D
P
 
-
Q
 
-
A
 
-
R
 
R
V
 
T
D
 
E
N
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
A
E
 
Q
F
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
M
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
M
C
 
N
N
 
G
P
 
G
K
 
Q
V
 
V
L
 
I
I
 
L
A
 
A
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
S
T
 
H
V
 
S
Q
 
G
A
 
E
Q
 
E
I
 
V
L
 
M
R
 
A
L
 
I
L
 
L
L
 
H
E
 
Q
L
 
L
R
 
R
D
 
D
Q
 
-
R
 
R
G
 
G
L
 
H
S
 
T
I
 
V
I
 
I
M
 
I
I
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
P
G
 
Q
V
 
V
V
 
A
A
 
A
Q
 
Q
T
 
A
C
 
E
D
 
R
A
 
V
I
 
I
A
 
E
V
 
I

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
29% identity, 79% coverage: 4:255/318 of query aligns to 1:238/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
L
 
L
Q
 
Q
V
 
M
R
 
I
D
 
D
L
 
V
S
 
H
V
 
Q
I
 
L
A
 
K
N
 
K
N
 
S
A
x
F
G
 
G
R
 
-
D
 
S
V
 
L
T
 
E
L
x
V
V
 
L
D
 
K
R
 
G
V
 
I
S
 
N
F
 
V
D
 
H
L
 
I
A
 
R
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
V
L
 
V
G
 
V
L
 
V
V
 
I
G
 
G
E
x
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
M
x
T
A
 
F
C
 
L
R
 
R
G
 
C
L
 
L
M
 
-
R
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
E
S
 
D
P
 
-
N
 
-
L
 
-
R
 
-
V
 
F
Q
 
D
G
 
E
G
 
G
A
 
E
V
 
I
R
 
I
L
 
I
G
 
D
G
 
G
Q
 
I
D
 
N
L
 
L
L
 
K
S
 
A
L
 
-
D
 
K
D
 
D
A
 
T
G
 
N
M
 
L
R
 
N
A
 
K
V
 
V
R
 
R
G
 
E
G
 
-
Q
 
E
L
 
V
G
 
G
M
 
M
I
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
R
P
 
-
S
 
-
S
 
F
H
 
N
L
 
L
D
 
F
P
 
P
L
 
H
M
 
M
R
 
T
I
 
V
G
 
L
E
 
N
Q
 
N
I
 
I
A
 
T
E
 
L
G
 
A
I
 
P
R
 
M
L
 
K
H
 
V
Q
 
R
G
 
K
A
 
W
S
 
P
K
 
R
K
 
E
D
 
K
A
 
A
R
 
E
L
 
A
Q
 
K
A
 
A
I
 
M
E
 
E
V
 
L
L
 
L
R
 
D
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
I
 
L
P
 
K
D
 
D
P
 
-
Q
 
-
A
 
-
R
 
K
V
 
A
D
x
H
N
 
A
Y
|
Y
P
 
P
Q
 
D
E
 
S
F
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
M
 
A
I
 
I
A
 
A
V
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
A
C
 
M
N
 
E
P
 
P
K
 
K
V
 
I
L
 
M
I
 
L
A
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
T
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
T
 
E
V
 
M
Q
 
V
A
 
G
Q
 
E
I
 
V
L
 
L
R
 
S
L
 
V
L
 
M
L
 
K
E
 
Q
L
 
L
R
 
A
D
 
N
Q
 
E
R
 
-
G
 
G
L
 
M
S
 
T
I
 
M
I
 
V
M
 
V
I
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
G
 
G
V
 
F
V
 
A
A
 
R
Q
 
E
T
 
V
C
 
G
D
 
D
A
 
R
I
 
V
A
 
L
V
 
F
M
 
M
Y
 
D
A
 
G
G
 
G
C
 
Y
L
 
I
C
 
I
E
 
E
H
 
E
G
 
G
S
 
K
K
 
P
Y
 
E
D
 
D
V
 
L
L
 
F
A
 
D
Q
 
R
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
P
 
E
Y
 
R
T
 
T
A
 
K
G
 
A
L
 
F
I
 
L

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
29% identity, 79% coverage: 4:255/318 of query aligns to 1:238/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
L
 
L
Q
 
Q
V
 
M
R
 
I
D
 
D
L
 
V
S
 
H
V
 
Q
I
 
L
A
 
K
N
 
K
N
 
S
A
x
F
G
 
G
R
 
-
D
 
S
V
 
L
T
 
E
L
x
V
V
 
L
D
 
K
R
 
G
V
 
I
S
 
N
F
 
V
D
 
H
L
 
I
A
 
R
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
V
L
 
V
G
 
V
L
 
V
V
 
I
G
 
G
E
x
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
M
x
T
A
 
F
C
 
L
R
|
R
G
 
C
L
 
L
M
 
-
R
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
E
S
 
D
P
 
-
N
 
-
L
 
-
R
 
-
V
 
F
Q
 
D
G
 
E
G
 
G
A
 
E
V
 
I
R
 
I
L
 
I
G
 
D
G
 
G
Q
 
I
D
 
N
L
 
L
L
 
K
S
 
A
L
 
-
D
 
K
D
 
D
A
 
T
G
 
N
M
 
L
R
 
N
A
 
K
V
 
V
R
 
R
G
 
E
G
 
-
Q
 
E
L
 
V
G
 
G
M
 
M
I
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
R
P
 
-
S
 
-
S
 
F
H
 
N
L
 
L
D
 
F
P
 
P
L
 
H
M
 
M
R
 
T
I
 
V
G
 
L
E
 
N
Q
 
N
I
 
I
A
 
T
E
 
L
G
 
A
I
 
P
R
 
M
L
 
K
H
 
V
Q
 
R
G
 
K
A
 
W
S
 
P
K
 
R
K
 
E
D
 
K
A
 
A
R
 
E
L
 
A
Q
 
K
A
 
A
I
 
M
E
 
E
V
 
L
L
 
L
R
 
D
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
I
 
L
P
 
K
D
 
D
P
 
-
Q
 
-
A
 
-
R
 
K
V
 
A
D
x
H
N
 
A
Y
|
Y
P
 
P
Q
 
D
E
 
S
F
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
M
 
A
I
 
I
A
 
A
V
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
A
C
 
M
N
 
E
P
 
P
K
 
K
V
 
I
L
 
M
I
 
L
A
 
F
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
T
 
E
V
 
M
Q
 
V
A
 
G
Q
 
E
I
 
V
L
 
L
R
 
S
L
 
V
L
 
M
L
 
K
E
 
Q
L
 
L
R
 
A
D
 
N
Q
 
E
R
 
-
G
 
G
L
 
M
S
 
T
I
 
M
I
 
V
M
 
V
I
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
G
 
G
V
 
F
V
 
A
A
 
R
Q
 
E
T
 
V
C
 
G
D
 
D
A
 
R
I
 
V
A
 
L
V
 
F
M
 
M
Y
 
D
A
 
G
G
 
G
C
 
Y
L
 
I
C
 
I
E
 
E
H
 
E
G
 
G
S
 
K
K
 
P
Y
 
E
D
 
D
V
 
L
L
 
F
A
 
D
Q
 
R
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
P
 
E
Y
 
R
T
 
T
A
 
K
G
 
A
L
 
F
I
 
L

2olkA Abc protein artp in complex with adp-beta-s
29% identity, 79% coverage: 4:255/318 of query aligns to 1:238/242 of 2olkA

query
sites
2olkA
L
 
L
Q
 
Q
V
 
M
R
 
I
D
 
D
L
 
V
S
 
H
V
 
Q
I
 
L
A
 
K
N
 
K
N
 
S
A
x
F
G
 
G
R
 
-
D
 
S
V
x
L
T
 
E
L
x
V
V
 
L
D
 
K
R
 
G
V
 
I
S
 
N
F
 
V
D
 
H
L