SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF1638 FitnessBrowser__Phaeo:GFF1638 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5x2xA Crystal structure of pseudomonas putida methionine gamma-lyase wild type with l-homocysteine intermediates (see paper)
63% identity, 97% coverage: 8:394/401 of query aligns to 4:390/392 of 5x2xA

query
sites
5x2xA
F
 
F
S
 
A
T
 
T
R
 
R
A
 
A
I
 
I
H
 
H
H
 
H
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
T
 
P
Q
 
Q
S
 
D
Q
 
H
Q
 
G
G
 
G
S
 
A
L
 
L
N
 
V
P
 
P
P
 
P
L
 
V
Y
 
Y
L
 
Q
T
 
T
S
 
A
T
 
T
F
 
F
T
 
T
F
 
F
D
 
P
S
 
T
A
 
V
E
 
E
A
 
Y
G
 
G
G
 
A
E
 
A
M
 
C
F
 
F
T
 
A
G
 
G
E
 
E
R
 
Q
E
 
A
G
 
G
H
 
H
F
 
F
Y
|
Y
S
 
S
R
|
R
I
 
I
S
 
S
N
 
N
P
 
P
T
 
T
L
 
L
D
 
N
H
 
L
L
 
L
E
 
E
Q
 
A
R
 
R
I
 
M
A
 
A
N
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
G
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
T
 
L
A
 
A
S
 
S
G
|
G
M
|
M
G
 
G
A
 
A
I
 
I
T
 
T
S
 
S
T
 
T
L
 
L
W
 
W
S
 
T
F
 
L
L
 
L
A
 
R
A
 
P
G
 
G
D
 
D
E
 
E
I
 
V
I
 
L
L
 
L
D
 
G
K
 
N
T
 
T
L
 
L
Y
|
Y
G
 
G
C
 
C
T
 
T
F
 
F
S
 
A
F
 
F
M
 
L
T
 
H
H
 
H
G
 
G
L
 
I
P
 
G
R
 
E
F
 
F
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
L
R
 
R
L
 
H
V
 
V
D
 
D
M
 
M
T
 
A
D
 
D
P
 
L
T
 
Q
N
 
A
L
 
L
A
 
E
E
 
A
A
 
A
I
 
M
S
 
T
P
 
P
K
 
A
T
 
T
K
 
R
L
 
V
V
 
I
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
T
 
S
P
 
P
A
 
A
N
|
N
P
 
P
N
 
N
N
 
M
R
 
H
L
 
M
I
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
A
A
 
G
I
 
V
S
 
A
E
 
K
I
 
I
A
 
A
H
 
R
K
 
K
A
 
H
G
 
G
A
 
A
K
 
T
V
 
V
V
 
V
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
 
T
F
 
Y
A
 
C
T
 
T
P
 
P
V
 
Y
L
 
L
T
 
Q
R
 
R
P
 
P
I
 
L
E
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
H
 
H
S
|
S
A
 
A
T
|
T
K
|
K
F
 
Y
I
 
L
S
 
S
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
V
 
I
I
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
S
K
 
Q
E
 
A
E
 
L
I
 
V
T
 
D
Q
 
R
I
 
I
R
 
R
L
 
L
V
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
M
 
M
T
 
T
G
 
G
A
 
A
V
 
V
M
 
L
S
 
S
P
 
P
F
 
H
S
 
D
A
 
A
M
 
A
L
 
L
L
 
L
M
 
M
R
 
R
G
 
G
L
 
I
K
 
K
T
 
T
L
 
L
E
 
N
L
 
L
R
 
R
M
 
M
E
 
D
R
 
R
H
 
H
C
 
C
K
 
A
S
 
N
A
 
A
L
 
Q
K
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
F
L
 
L
Q
 
A
A
 
R
H
 
Q
P
 
P
A
 
Q
V
 
V
E
 
E
R
 
L
V
 
I
Y
 
H
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
D
 
A
D
 
S
F
 
F
A
 
P
Q
 
Q
G
 
Y
D
 
T
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
S
 
S
G
 
Q
F
 
P
G
 
G
G
 
G
M
 
M
I
 
I
P
 
A
F
 
F
E
 
E
V
 
L
V
 
K
G
 
G
G
 
G
K
 
I
A
 
G
G
 
A
G
 
G
I
 
R
A
 
R
M
 
F
M
 
M
N
 
N
R
 
A
L
 
L
A
 
Q
M
 
L
I
 
F
Q
 
S
R
 
R
A
 
A
V
|
V
S
|
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
A
E
 
E
T
 
S
L
 
L
I
 
A
Q
 
Q
H
 
H
P
 
P
A
 
A
S
 
S
M
 
M
T
 
T
H
 
H
S
 
S
T
 
S
Y
 
Y
T
 
T
P
 
P
E
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
A
E
 
H
H
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
S
E
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
V
R
|
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
G
 
D
V
 
I
D
 
D
D
 
D
I
 
L
I
 
L
D
 
A
D
 
D
L
 
V
M
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
S
 
K
S
 
A

5x2wA Crystal structure of pseudomonas putida methionine gamma-lyase wild type with l-methionine intermediates (see paper)
63% identity, 97% coverage: 8:394/401 of query aligns to 4:390/392 of 5x2wA

query
sites
5x2wA
F
 
F
S
 
A
T
 
T
R
 
R
A
 
A
I
 
I
H
 
H
H
 
H
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
T
 
P
Q
 
Q
S
 
D
Q
 
H
Q
 
G
G
 
G
S
 
A
L
 
L
N
 
V
P
 
P
P
 
P
L
 
V
Y
 
Y
L
 
Q
T
 
T
S
 
A
T
 
T
F
 
F
T
 
T
F
 
F
D
 
P
S
 
T
A
 
V
E
 
E
A
 
Y
G
 
G
G
 
A
E
 
A
M
 
C
F
 
F
T
 
A
G
 
G
E
 
E
R
 
Q
E
 
A
G
 
G
H
 
H
F
 
F
Y
|
Y
S
 
S
R
|
R
I
 
I
S
 
S
N
 
N
P
 
P
T
 
T
L
 
L
D
 
N
H
 
L
L
 
L
E
 
E
Q
 
A
R
 
R
I
 
M
A
 
A
N
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
G
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
T
 
L
A
 
A
S
|
S
G
|
G
M
|
M
G
 
G
A
 
A
I
 
I
T
 
T
S
 
S
T
 
T
L
 
L
W
 
W
S
 
T
F
 
L
L
 
L
A
 
R
A
 
P
G
 
G
D
 
D
E
 
E
I
 
V
I
 
L
L
 
L
D
 
G
K
 
N
T
 
T
L
 
L
Y
|
Y
G
 
G
C
 
C
T
 
T
F
 
F
S
 
A
F
 
F
M
 
L
T
 
H
H
 
H
G
 
G
L
 
I
P
 
G
R
 
E
F
 
F
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
L
R
 
R
L
 
H
V
 
V
D
 
D
M
 
M
T
 
A
D
 
D
P
 
L
T
 
Q
N
 
A
L
 
L
A
 
E
E
 
A
A
 
A
I
 
M
S
 
T
P
 
P
K
 
A
T
 
T
K
 
R
L
 
V
V
 
I
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
T
 
S
P
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
P
N
 
N
N
 
M
R
 
H
L
 
M
I
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
A
A
 
G
I
 
V
S
 
A
E
 
K
I
 
I
A
 
A
H
 
R
K
 
K
A
 
H
G
 
G
A
 
A
K
 
T
V
 
V
V
 
V
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
 
T
F
 
Y
A
 
C
T
 
T
P
 
P
V
 
Y
L
 
L
T
 
Q
R
 
R
P
 
P
I
 
L
E
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
H
 
H
S
|
S
A
 
A
T
 
T
K
|
K
F
 
Y
I
 
L
S
 
S
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
V
 
I
I
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
S
K
 
Q
E
 
A
E
 
L
I
 
V
T
 
D
Q
 
R
I
 
I
R
 
R
L
 
L
V
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
M
 
M
T
 
T
G
 
G
A
 
A
V
 
V
M
 
L
S
 
S
P
 
P
F
 
H
S
 
D
A
 
A
M
 
A
L
 
L
L
 
L
M
 
M
R
 
R
G
 
G
L
 
I
K
 
K
T
 
T
L
 
L
E
 
N
L
 
L
R
 
R
M
 
M
E
 
D
R
 
R
H
 
H
C
 
C
K
 
A
S
 
N
A
 
A
L
 
Q
K
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
F
L
 
L
Q
 
A
A
 
R
H
 
Q
P
 
P
A
 
Q
V
 
V
E
 
E
R
 
L
V
 
I
Y
 
H
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
D
 
A
D
 
S
F
 
F
A
 
P
Q
 
Q
G
 
Y
D
 
T
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
S
 
S
G
 
Q
F
 
P
G
 
G
G
 
G
M
 
M
I
 
I
P
 
A
F
 
F
E
 
E
V
 
L
V
 
K
G
 
G
G
 
G
K
 
I
A
 
G
G
 
A
G
 
G
I
 
R
A
 
R
M
 
F
M
 
M
N
 
N
R
 
A
L
 
L
A
 
Q
M
 
L
I
 
F
Q
 
S
R
 
R
A
 
A
V
|
V
S
|
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
A
E
 
E
T
 
S
L
 
L
I
 
A
Q
 
Q
H
 
H
P
 
P
A
 
A
S
 
S
M
 
M
T
 
T
H
 
H
S
 
S
T
 
S
Y
 
Y
T
 
T
P
 
P
E
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
A
E
 
H
H
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
S
E
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
V
R
|
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
G
 
D
V
 
I
D
 
D
D
 
D
I
 
L
I
 
L
D
 
A
D
 
D
L
 
V
M
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
S
 
K
S
 
A

1pg8A Crystal structure of l-methionine alpha-, gamma-lyase
63% identity, 97% coverage: 8:394/401 of query aligns to 10:396/398 of 1pg8A

query
sites
1pg8A
F
 
F
S
 
A
T
 
T
R
 
R
A
 
A
I
 
I
H
 
H
H
 
H
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
T
 
P
Q
 
Q
S
 
D
Q
 
H
Q
 
G
G
 
G
S
 
A
L
 
L
N
 
V
P
 
P
P
 
P
L
 
V
Y
 
Y
L
 
Q
T
 
T
S
 
A
T
 
T
F
 
F
T
 
T
F
 
F
D
 
P
S
 
T
A
 
V
E
 
E
A
 
Y
G
 
G
G
 
A
E
 
A
M
 
C
F
 
F
T
 
A
G
 
G
E
 
E
R
 
Q
E
 
A
G
 
G
H
 
H
F
 
F
Y
|
Y
S
 
S
R
|
R
I
 
I
S
 
S
N
 
N
P
 
P
T
 
T
L
 
L
D
 
N
H
 
L
L
 
L
E
 
E
Q
 
A
R
 
R
I
 
M
A
 
A
N
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
G
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
T
 
L
A
 
A
S
|
S
G
|
G
M
|
M
G
 
G
A
 
A
I
 
I
T
 
T
S
 
S
T
 
T
L
 
L
W
 
W
S
 
T
F
 
L
L
 
L
A
 
R
A
 
P
G
 
G
D
 
D
E
 
E
I
 
V
I
 
L
L
 
L
D
 
G
K
 
N
T
 
T
L
 
L
Y
|
Y
G
 
G
C
 
C
T
 
T
F
 
F
S
 
A
F
 
F
M
 
L
T
 
H
H
 
H
G
 
G
L
 
I
P
 
G
R
 
E
F
 
F
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
L
R
 
R
L
 
H
V
 
V
D
 
D
M
 
M
T
 
A
D
 
D
P
 
L
T
 
Q
N
 
A
L
 
L
A
 
E
E
 
A
A
 
A
I
 
M
S
 
T
P
 
P
K
 
A
T
 
T
K
 
R
L
 
V
V
 
I
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
T
 
S
P
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
P
N
 
N
N
 
M
R
 
H
L
 
M
I
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
A
A
 
G
I
 
V
S
 
A
E
 
K
I
 
I
A
 
A
H
 
R
K
 
K
A
 
H
G
 
G
A
 
A
K
 
T
V
 
V
V
 
V
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
 
T
F
 
Y
A
 
C
T
 
T
P
 
P
V
 
Y
L
 
L
T
 
Q
R
 
R
P
 
P
I
 
L
E
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
H
 
H
S
|
S
A
 
A
T
|
T
K
|
K
F
 
Y
I
 
L
S
 
S
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
V
 
I
I
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
S
K
 
Q
E
 
A
E
 
L
I
 
V
T
 
D
Q
 
R
I
 
I
R
 
R
L
 
L
V
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
M
 
M
T
 
T
G
 
G
A
 
A
V
 
V
M
 
L
S
 
S
P
 
P
F
 
H
S
 
D
A
 
A
M
 
A
L
 
L
L
 
L
M
 
M
R
 
R
G
 
G
L
 
I
K
 
K
T
 
T
L
 
L
E
 
N
L
 
L
R
 
R
M
 
M
E
 
D
R
 
R
H
 
H
C
 
C
K
 
A
S
 
N
A
 
A
L
 
Q
K
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
F
L
 
L
Q
 
A
A
 
R
H
 
Q
P
 
P
A
 
Q
V
 
V
E
 
E
R
 
L
V
 
I
Y
 
H
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
D
 
A
D
 
S
F
 
F
A
 
P
Q
 
Q
G
 
Y
D
 
T
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
S
 
S
G
 
Q
F
 
P
G
 
G
G
 
G
M
 
M
I
 
I
P
 
A
F
 
F
E
 
E
V
 
L
V
 
K
G
 
G
G
 
G
K
 
I
A
 
G
G
 
A
G
 
G
I
 
R
A
 
R
M
 
F
M
 
M
N
 
N
R
 
A
L
 
L
A
 
Q
M
 
L
I
 
F
Q
 
S
R
 
R
A
 
A
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
A
E
 
E
T
 
S
L
 
L
I
 
A
Q
 
Q
H
 
H
P
 
P
A
 
A
S
 
S
M
 
M
T
 
T
H
 
H
S
 
S
T
 
S
Y
 
Y
T
 
T
P
 
P
E
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
A
E
 
H
H
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
S
E
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
V
R
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
G
 
D
V
 
I
D
 
D
D
 
D
I
 
L
I
 
L
D
 
A
D
 
D
L
 
V
M
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
S
 
K
S
 
A

P13254 L-methionine gamma-lyase; MGL; Homocysteine desulfhydrase; L-methioninase; EC 4.4.1.11; EC 4.4.1.2 from Pseudomonas putida (Arthrobacter siderocapsulatus) (see 3 papers)
63% identity, 97% coverage: 8:394/401 of query aligns to 10:396/398 of P13254

query
sites
P13254
F
 
F
S
 
A
T
 
T
R
 
R
A
 
A
I
 
I
H
 
H
H
 
H
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
T
 
P
Q
 
Q
S
 
D
Q
 
H
Q
 
G
G
 
G
S
 
A
L
 
L
N
 
V
P
 
P
P
 
P
L
 
V
Y
 
Y
L
 
Q
T
 
T
S
 
A
T
 
T
F
 
F
T
 
T
F
 
F
D
 
P
S
 
T
A
 
V
E
 
E
A
 
Y
G
 
G
G
 
A
E
 
A
M
 
C
F
 
F
T
 
A
G
 
G
E
 
E
R
 
Q
E
 
A
G
 
G
H
 
H
F
 
F
Y
|
Y
S
|
S
R
|
R
I
 
I
S
 
S
N
 
N
P
 
P
T
 
T
L
 
L
D
 
N
H
 
L
L
 
L
E
 
E
Q
 
A
R
 
R
I
 
M
A
 
A
N
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
G
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
T
 
L
A
 
A
S
 
S
G
|
G
M
|
M
G
 
G
A
 
A
I
 
I
T
 
T
S
 
S
T
 
T
L
 
L
W
 
W
S
 
T
F
 
L
L
 
L
A
 
R
A
 
P
G
 
G
D
 
D
E
 
E
I
 
V
I
 
L
L
 
L
D
 
G
K
 
N
T
 
T
L
 
L
Y
|
Y
G
 
G
C
|
C
T
 
T
F
 
F
S
 
A
F
 
F
M
 
L
T
 
H
H
 
H
G
 
G
L
 
I
P
 
G
R
 
E
F
 
F
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
L
R
 
R
L
 
H
V
 
V
D
 
D
M
 
M
T
 
A
D
 
D
P
 
L
T
 
Q
N
 
A
L
 
L
A
 
E
E
 
A
A
 
A
I
 
M
S
 
T
P
 
P
K
 
A
T
 
T
K
 
R
L
 
V
V
 
I
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
T
 
S
P
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
P
N
 
N
N
 
M
R
 
H
L
 
M
I
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
A
A
 
G
I
 
V
S
 
A
E
 
K
I
 
I
A
 
A
H
 
R
K
 
K
A
 
H
G
 
G
A
 
A
K
 
T
V
 
V
V
 
V
V
 
V
D
 
D
N
 
N
T
 
T
F
 
Y
A
 
C
T
 
T
P
 
P
V
 
Y
L
 
L
T
 
Q
R
 
R
P
 
P
I
 
L
E
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
H
 
H
S
|
S
A
|
A
T
|
T
K
|
K
F
 
Y
I
 
L
S
 
S
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
V
 
I
I
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
S
K
 
Q
E
 
A
E
 
L
I
 
V
T
 
D
Q
 
R
I
 
I
R
 
R
L
 
L
V
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
|
K
D
|
D
M
 
M
T
 
T
G
 
G
A
 
A
V
 
V
M
 
L
S
 
S
P
 
P
F
 
H
S
 
D
A
 
A
M
 
A
L
 
L
L
 
L
M
 
M
R
 
R
G
 
G
L
 
I
K
 
K
T
 
T
L
 
L
E
 
N
L
 
L
R
 
R
M
 
M
E
 
D
R
 
R
H
 
H
C
 
C
K
 
A
S
 
N
A
 
A
L
 
Q
K
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
F
L
 
L
Q
 
A
A
 
R
H
 
Q
P
 
P
A
 
Q
V
 
V
E
 
E
R
 
L
V
 
I
Y
 
H
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
D
 
A
D
 
S
F
 
F
A
 
P
Q
 
Q
G
 
Y
D
 
T
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
S
 
S
G
 
Q
F
 
P
G
 
G
G
 
G
M
 
M
I
 
I
P
 
A
F
 
F
E
 
E
V
 
L
V
 
K
G
 
G
G
 
G
K
 
I
A
 
G
G
 
A
G
 
G
I
 
R
A
 
R
M
 
F
M
 
M
N
 
N
R
 
A
L
 
L
A
 
Q
M
 
L
I
 
F
Q
 
S
R
 
R
A
 
A
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
A
E
 
E
T
 
S
L
 
L
I
 
A
Q
 
Q
H
 
H
P
 
P
A
 
A
S
 
S
M
 
M
T
 
T
H
 
H
S
 
S
T
 
S
Y
 
Y
T
 
T
P
 
P
E
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
A
E
 
H
H
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
S
E
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
V
R
|
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
G
 
D
V
 
I
D
 
D
D
 
D
I
 
L
I
 
L
D
 
A
D
 
D
L
 
V
M
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
S
 
K
S
 
A

5x30C Crystal structure of pseudomonas putida methionine gamma-lyase c116h mutant with l-homocysteine intermediates. (see paper)
63% identity, 97% coverage: 8:394/401 of query aligns to 5:391/393 of 5x30C

query
sites
5x30C
F
 
F
S
 
A
T
 
T
R
 
R
A
 
A
I
 
I
H
 
H
H
 
H
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
T
 
P
Q
 
Q
S
 
D
Q
 
H
Q
 
G
G
 
G
S
 
A
L
 
L
N
 
V
P
 
P
P
 
P
L
 
V
Y
 
Y
L
 
Q
T
 
T
S
 
A
T
 
T
F
 
F
T
 
T
F
 
F
D
 
P
S
 
T
A
 
V
E
 
E
A
 
Y
G
 
G
G
 
A
E
 
A
M
 
C
F
 
F
T
 
A
G
 
G
E
 
E
R
 
Q
E
 
A
G
 
G
H
 
H
F
 
F
Y
|
Y
S
 
S
R
|
R
I
 
I
S
 
S
N
 
N
P
 
P
T
 
T
L
 
L
D
 
N
H
 
L
L
 
L
E
 
E
Q
 
A
R
 
R
I
 
M
A
 
A
N
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
G
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
T
 
L
A
 
A
S
 
S
G
 
G
M
 
M
G
 
G
A
 
A
I
 
I
T
 
T
S
 
S
T
 
T
L
 
L
W
 
W
S
 
T
F
 
L
L
 
L
A
 
R
A
 
P
G
 
G
D
 
D
E
 
E
I
 
V
I
 
L
L
 
L
D
 
G
K
 
N
T
 
T
L
 
L
Y
|
Y
G
 
G
C
 
H
T
 
T
F
 
F
S
 
A
F
 
F
M
 
L
T
 
H
H
 
H
G
 
G
L
 
I
P
 
G
R
 
E
F
 
F
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
L
R
 
R
L
 
H
V
 
V
D
 
D
M
 
M
T
 
A
D
 
D
P
 
L
T
 
Q
N
 
A
L
 
L
A
 
E
E
 
A
A
 
A
I
 
M
S
 
T
P
 
P
K
 
A
T
 
T
K
 
R
L
 
V
V
 
I
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
T
 
S
P
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
P
N
 
N
N
 
M
R
 
H
L
 
M
I
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
A
A
 
G
I
 
V
S
 
A
E
 
K
I
 
I
A
 
A
H
 
R
K
 
K
A
 
H
G
 
G
A
 
A
K
 
T
V
 
V
V
 
V
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
 
T
F
 
Y
A
 
C
T
 
T
P
 
P
V
 
Y
L
 
L
T
 
Q
R
 
R
P
 
P
I
 
L
E
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
H
 
H
S
 
S
A
 
A
T
 
T
K
|
K
F
 
Y
I
 
L
S
 
S
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
V
 
I
I
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
S
K
 
Q
E
 
A
E
 
L
I
 
V
T
 
D
Q
 
R
I
 
I
R
 
R
L
 
L
V
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
M
 
M
T
 
T
G
 
G
A
 
A
V
 
V
M
 
L
S
 
S
P
 
P
F
 
H
S
 
D
A
 
A
M
 
A
L
 
L
L
 
L
M
 
M
R
 
R
G
 
G
L
 
I
K
 
K
T
 
T
L
 
L
E
 
N
L
 
L
R
 
R
M
 
M
E
 
D
R
 
R
H
 
H
C
 
C
K
 
A
S
 
N
A
 
A
L
 
Q
K
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
F
L
 
L
Q
 
A
A
 
R
H
 
Q
P
 
P
A
 
Q
V
 
V
E
 
E
R
 
L
V
 
I
Y
 
H
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
D
 
A
D
 
S
F
 
F
A
 
P
Q
 
Q
G
 
Y
D
 
T
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
S
 
S
G
 
Q
F
 
P
G
 
G
G
 
G
M
 
M
I
 
I
P
 
A
F
 
F
E
 
E
V
 
L
V
 
K
G
 
G
G
 
G
K
 
I
A
 
G
G
 
A
G
 
G
I
 
R
A
 
R
M
 
F
M
 
M
N
 
N
R
 
A
L
 
L
A
 
Q
M
 
L
I
 
F
Q
 
S
R
 
R
A
 
A
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
A
E
 
E
T
 
S
L
 
L
I
 
A
Q
 
Q
H
 
H
P
 
P
A
 
A
S
 
S
M
 
M
T
 
T
H
 
H
S
 
S
T
 
S
Y
 
Y
T
 
T
P
 
P
E
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
A
E
 
H
H
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
S
E
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
V
R
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
G
 
D
V
 
I
D
 
D
D
 
D
I
 
L
I
 
L
D
 
A
D
 
D
L
 
V
M
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
S
 
K
S
 
A

3vk3A Crystal structure of l-methionine gamma-lyase from pseudomonas putida c116h mutant complexed with l-methionine (see paper)
63% identity, 97% coverage: 8:394/401 of query aligns to 9:395/397 of 3vk3A

query
sites
3vk3A
F
 
F
S
 
A
T
 
T
R
 
R
A
 
A
I
 
I
H
 
H
H
 
H
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
T
 
P
Q
 
Q
S
 
D
Q
 
H
Q
 
G
G
 
G
S
 
A
L
 
L
N
 
V
P
 
P
P
 
P
L
 
V
Y
 
Y
L
 
Q
T
 
T
S
 
A
T
 
T
F
 
F
T
 
T
F
 
F
D
 
P
S
 
T
A
 
V
E
 
E
A
 
Y
G
 
G
G
 
A
E
 
A
M
 
C
F
 
F
T
 
A
G
 
G
E
 
E
R
 
Q
E
 
A
G
 
G
H
 
H
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
R
|
R
I
 
I
S
 
S
N
 
N
P
 
P
T
 
T
L
 
L
D
 
N
H
 
L
L
 
L
E
 
E
Q
 
A
R
 
R
I
 
M
A
 
A
N
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
G
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
T
 
L
A
 
A
S
 
S
G
 
G
M
 
M
G
 
G
A
 
A
I
 
I
T
 
T
S
 
S
T
 
T
L
 
L
W
 
W
S
 
T
F
 
L
L
 
L
A
 
R
A
 
P
G
 
G
D
 
D
E
 
E
I
 
V
I
 
L
L
 
L
D
 
G
K
 
N
T
 
T
L
 
L
Y
|
Y
G
 
G
C
 
H
T
 
T
F
 
F
S
 
A
F
 
F
M
 
L
T
 
H
H
 
H
G
 
G
L
 
I
P
 
G
R
 
E
F
 
F
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
L
R
 
R
L
 
H
V
 
V
D
 
D
M
 
M
T
 
A
D
 
D
P
 
L
T
 
Q
N
 
A
L
 
L
A
 
E
E
 
A
A
 
A
I
 
M
S
 
T
P
 
P
K
 
A
T
 
T
K
 
R
L
 
V
V
 
I
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
T
 
S
P
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
P
N
 
N
N
 
M
R
 
H
L
 
M
I
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
A
A
 
G
I
 
V
S
 
A
E
 
K
I
 
I
A
 
A
H
 
R
K
 
K
A
 
H
G
 
G
A
 
A
K
 
T
V
 
V
V
 
V
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
 
T
F
 
Y
A
 
C
T
 
T
P
 
P
V
 
Y
L
 
L
T
 
Q
R
 
R
P
 
P
I
 
L
E
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
H
 
H
S
 
S
A
 
A
T
 
T
K
|
K
F
 
Y
I
 
L
S
 
S
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
V
 
I
I
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
S
K
 
Q
E
 
A
E
 
L
I
 
V
T
 
D
Q
 
R
I
 
I
R
 
R
L
 
L
V
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
M
 
M
T
 
T
G
 
G
A
 
A
V
 
V
M
 
L
S
 
S
P
 
P
F
 
H
S
 
D
A
 
A
M
 
A
L
 
L
L
 
L
M
 
M
R
 
R
G
 
G
L
 
I
K
 
K
T
 
T
L
 
L
E
 
N
L
 
L
R
 
R
M
 
M
E
 
D
R
 
R
H
 
H
C
 
C
K
 
A
S
 
N
A
 
A
L
 
Q
K
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
F
L
 
L
Q
 
A
A
 
R
H
 
Q
P
 
P
A
 
Q
V
 
V
E
 
E
R
 
L
V
 
I
Y
 
H
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
D
 
A
D
 
S
F
 
F
A
 
P
Q
 
Q
G
 
Y
D
 
T
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
S
 
S
G
 
Q
F
 
P
G
 
G
G
 
G
M
 
M
I
 
I
P
 
A
F
 
F
E
 
E
V
 
L
V
 
K
G
 
G
G
 
G
K
 
I
A
 
G
G
 
A
G
 
G
I
 
R
A
 
R
M
 
F
M
 
M
N
 
N
R
 
A
L
 
L
A
 
Q
M
 
L
I
 
F
Q
 
S
R
 
R
A
 
A
V
|
V
S
|
S
L
|
L
G
 
G
D
 
D
A
 
A
E
 
E
T
 
S
L
 
L
I
 
A
Q
 
Q
H
 
H
P
 
P
A
 
A
S
 
S
M
 
M
T
 
T
H
 
H
S
 
S
T
 
S
Y
 
Y
T
 
T
P
 
P
E
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
A
E
 
H
H
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
S
E
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
V
R
|
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
G
 
D
V
 
I
D
 
D
D
 
D
I
 
L
I
 
L
D
 
A
D
 
D
L
 
V
M
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
S
 
K
S
 
A

5dx5A Crystal structure of methionine gamma-lyase from clostridium sporogenes (see paper)
57% identity, 96% coverage: 8:392/401 of query aligns to 8:394/399 of 5dx5A

query
sites
5dx5A
F
 
F
S
 
A
T
 
T
R
 
K
A
 
A
I
 
I
H
 
H
H
 
G
G
 
G
Y
 
H
D
 
I
T
 
G
Q
 
D
S
 
K
Q
 
Q
Q
 
F
G
 
G
S
 
S
L
 
L
N
 
A
P
 
T
P
 
P
L
 
I
Y
 
Y
L
 
Q
T
 
T
S
 
S
T
 
T
F
 
F
T
 
I
F
 
F
D
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
E
A
 
Q
G
 
G
G
 
G
E
 
R
M
 
R
F
 
F
T
 
A
G
 
G
E
 
E
R
 
E
E
 
S
G
 
G
H
 
Y
F
 
I
Y
|
Y
S
 
S
R
|
R
I
 
L
S
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
L
 
S
D
 
T
H
 
E
L
 
V
E
 
E
Q
 
N
R
 
K
I
 
L
A
 
A
N
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
G
E
 
E
A
 
A
G
 
A
L
 
V
A
 
V
T
 
A
A
 
A
S
|
S
G
|
G
M
|
M
G
 
G
A
 
A
I
 
I
T
 
A
S
 
A
T
 
S
L
 
L
W
 
W
S
 
S
F
 
A
L
 
L
A
 
K
A
 
S
G
 
G
D
 
D
E
 
H
I
 
V
I
 
V
L
 
A
D
 
S
K
 
D
T
 
T
L
 
L
Y
|
Y
G
 
G
C
 
C
T
 
T
F
 
F
S
 
A
F
 
L
M
 
L
T
 
N
H
 
H
G
 
G
L
 
L
P
 
T
R
 
R
F
 
Y
G
 
G
V
 
V
K
 
E
V
 
V
R
 
T
L
 
F
V
 
V
D
 
D
M
 
V
T
 
S
D
 
N
P
 
L
T
 
D
N
 
E
L
 
V
A
 
K
E
 
N
A
 
A
I
 
L
S
 
K
P
 
P
K
 
N
T
 
T
K
 
K
L
 
V
V
 
V
Y
 
Y
F
 
L
E
 
E
T
 
T
P
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
P
N
 
T
N
 
L
R
 
K
L
 
V
I
 
T
D
 
D
I
 
I
A
 
R
A
 
K
I
 
I
S
 
S
E
 
N
I
 
M
A
 
V
H
 
H
K
 
E
A
 
S
G
 
N
A
 
K
K
 
E
-
 
C
-
 
F
V
 
V
V
 
F
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
 
T
F
|
F
A
 
C
T
 
T
P
 
P
V
 
Y
L
 
I
T
 
Q
R
 
R
P
 
P
I
 
L
E
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
V
V
 
V
V
 
V
H
 
H
S
|
S
A
 
A
T
|
T
K
|
K
F
 
Y
I
 
L
S
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
F
V
 
A
V
 
V
G
 
G
S
 
K
K
 
E
E
 
E
E
 
F
I
 
I
T
 
N
Q
 
Q
I
 
V
R
 
K
L
 
L
V
 
F
G
 
G
L
 
I
K
 
K
D
 
D
M
 
M
T
 
T
G
 
G
A
 
S
V
 
V
M
 
T
S
 
G
P
 
P
F
 
F
S
 
E
A
 
S
M
 
F
L
 
L
L
 
I
M
 
I
R
 
R
G
 
G
L
 
M
K
 
K
T
 
T
L
 
L
E
 
Q
L
 
L
R
 
R
M
 
M
E
 
E
R
 
K
H
 
H
C
 
C
K
 
K
S
 
N
A
 
A
L
 
M
K
 
E
V
 
V
A
 
A
E
 
K
A
 
F
L
 
L
Q
 
E
A
 
S
H
 
H
P
 
P
A
 
A
V
 
V
E
 
E
R
 
K
V
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
D
 
E
D
 
S
F
 
F
A
 
K
Q
 
Y
G
 
Y
D
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
E
Q
 
Q
M
 
M
S
 
K
G
 
L
F
 
P
G
 
G
G
 
A
M
 
M
I
 
I
P
 
S
F
 
F
E
 
E
V
 
L
V
 
K
G
 
G
G
 
G
K
 
V
A
 
E
G
 
E
G
 
G
I
 
K
A
 
I
M
 
V
M
 
M
N
 
N
R
 
N
L
 
V
A
 
K
M
 
L
I
 
A
Q
 
T
R
 
L
A
 
A
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
S
E
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
H
 
H
P
 
P
A
 
A
S
 
S
M
 
M
T
 
T
H
 
H
S
 
S
T
 
P
Y
 
Y
T
 
T
P
 
A
E
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
K
E
 
A
H
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
S
E
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
V
R
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
G
 
D
V
 
A
D
 
E
D
 
D
I
 
I
I
 
I
D
 
D
D
 
D
L
 
L
M
 
K
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L

6egrA Crystal structure of citrobacter freundii methionine gamma-lyase with v358y replacement (see paper)
54% identity, 96% coverage: 8:392/401 of query aligns to 8:392/396 of 6egrA

query
sites
6egrA
F
 
F
S
 
N
T
 
T
R
 
Q
A
 
I
I
 
V
H
 
H
H
 
A
G
 
G
Y
 
Q
D
 
Q
T
 
P
Q
 
D
S
 
P
Q
 
S
Q
 
T
G
 
G
S
 
A
L
 
L
N
 
S
P
 
T
P
 
P
L
 
I
Y
 
F
L
 
Q
T
 
T
S
 
S
T
 
T
F
 
F
T
 
V
F
 
F
D
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
E
A
 
Q
G
 
G
G
 
A
E
 
A
M
 
R
F
 
F
T
 
A
G
 
L
E
 
E
R
 
E
E
 
S
G
 
G
H
 
Y
F
 
I
Y
 
Y
S
 
T
R
 
R
I
 
L
S
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
L
 
T
D
 
D
H
 
A
L
 
L
E
 
E
Q
 
K
R
 
K
I
 
L
A
 
A
N
 
V
L
 
L
E
 
E
G
 
R
G
 
G
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
T
 
T
A
 
A
S
 
S
G
|
G
M
x
I
G
 
S
A
 
A
I
 
I
T
 
T
S
 
T
T
 
T
L
 
L
W
 
L
S
 
T
F
 
L
L
 
C
A
 
Q
A
 
Q
G
 
G
D
 
D
E
 
H
I
 
I
I
 
V
L
 
S
D
 
A
K
 
S
T
 
A
L
 
I
Y
|
Y
G
 
G
C
 
C
T
 
T
F
 
H
S
 
A
F
 
F
M
 
L
T
 
S
H
 
H
G
 
S
L
 
M
P
 
P
R
 
K
F
 
F
G
 
G
V
 
I
K
 
N
V
 
V
R
 
S
L
 
F
V
 
V
D
 
D
M
 
A
T
 
A
D
 
K
P
 
P
T
 
E
N
 
E
L
 
I
A
 
R
E
 
A
A
 
A
I
 
M
S
 
R
P
 
P
K
 
E
T
 
T
K
 
K
L
 
V
V
 
V
Y
 
Y
F
 
I
E
|
E
T
 
T
P
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
P
N
 
T
N
 
L
R
 
S
L
 
L
I
 
V
D
 
D
I
 
I
A
 
E
A
 
T
I
 
V
S
 
A
E
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
H
K
 
Q
A
 
Q
G
 
G
A
 
A
K
 
L
V
 
L
V
 
V
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
|
T
F
|
F
A
 
M
T
 
S
P
 
P
V
 
Y
L
 
C
T
 
Q
R
 
Q
P
 
P
I
 
L
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
I
V
 
V
V
 
V
H
 
H
S
|
S
A
 
V
T
|
T
K
|
K
F
 
Y
I
 
I
S
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
G
G
 
G
L
 
I
V
 
I
V
 
V
G
 
G
S
 
K
K
 
Q
E
 
E
E
 
F
I
 
I
T
 
D
Q
 
Q
I
 
A
R
 
R
L
 
F
V
 
V
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
M
 
I
T
 
T
G
 
G
A
 
G
V
 
C
M
 
M
S
 
S
P
 
P
F
 
F
S
 
N
A
 
A
M
 
W
L
 
L
L
 
T
M
 
L
R
 
R
G
 
G
L
 
V
K
 
K
T
 
T
L
 
L
E
 
G
L
 
I
R
 
R
M
 
M
E
 
E
R
 
R
H
 
H
C
 
C
K
 
E
S
 
N
A
 
A
L
 
L
K
 
K
V
 
I
A
 
A
E
 
R
A
 
F
L
 
L
Q
 
E
A
 
G
H
 
H
P
 
P
A
 
S
V
 
I
E
 
T
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
D
 
S
D
 
S
F
 
H
A
 
P
Q
 
Q
G
 
Y
D
 
E
L
 
L
A
 
G
R
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
M
 
M
S
 
S
G
 
L
F
 
P
G
 
G
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
S
F
 
F
E
 
E
V
 
I
V
 
A
G
 
G
G
 
G
K
 
L
A
 
E
G
 
A
G
 
G
I
 
R
A
 
R
M
 
M
M
 
I
N
 
N
R
 
S
L
 
V
A
 
E
M
 
L
I
 
C
Q
 
L
R
 
L
A
 
A
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
T
E
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
H
 
H
P
 
P
A
 
A
S
 
S
M
 
M
T
 
T
H
 
H
S
 
S
T
 
P
Y
 
Y
T
 
A
P
 
P
E
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
L
E
 
K
H
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
T
E
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
I
R
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
G
 
D
V
 
P
D
 
E
D
 
D
I
 
I
I
 
I
D
 
N
D
 
D
L
 
L
M
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
I

4hf8A Crystal structure of l-methionine gamma-lyase from citrobacter freundii with glycine (see paper)
54% identity, 96% coverage: 8:392/401 of query aligns to 8:392/396 of 4hf8A

query
sites
4hf8A
F
 
F
S
 
N
T
 
T
R
 
Q
A
 
I
I
 
V
H
 
H
H
 
A
G
 
G
Y
 
Q
D
 
Q
T
 
P
Q
 
D
S
 
P
Q
 
S
Q
 
T
G
 
G
S
 
A
L
 
L
N
 
S
P
 
T
P
 
P
L
 
I
Y
 
F
L
 
Q
T
 
T
S
 
S
T
 
T
F
 
F
T
 
V
F
 
F
D
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
E
A
 
Q
G
 
G
G
 
A
E
 
A
M
 
R
F
 
F
T
 
A
G
 
L
E
 
E
R
 
E
E
 
S
G
 
G
H
 
Y
F
 
I
Y
 
Y
S
 
T
R
|
R
I
 
L
S
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
L
 
T
D
 
D
H
 
A
L
 
L
E
 
E
Q
 
K
R
 
K
I
 
L
A
 
A
N
 
V
L
 
L
E
 
E
G
 
R
G
 
G
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
T
 
T
A
 
A
S
 
S
G
|
G
M
x
I
G
 
S
A
 
A
I
 
I
T
 
T
S
 
T
T
 
T
L
 
L
W
 
L
S
 
T
F
 
L
L
 
C
A
 
Q
A
 
Q
G
 
G
D
 
D
E
 
H
I
 
I
I
 
V
L
 
S
D
 
A
K
 
S
T
 
A
L
 
I
Y
|
Y
G
 
G
C
 
C
T
 
T
F
 
H
S
 
A
F
 
F
M
 
L
T
 
S
H
 
H
G
 
S
L
 
M
P
 
P
R
 
K
F
 
F
G
 
G
V
 
I
K
 
N
V
 
V
R
 
R
L
 
F
V
 
V
D
 
D
M
 
A
T
 
A
D
 
K
P
 
P
T
 
E
N
 
E
L
 
I
A
 
R
E
 
A
A
 
A
I
 
M
S
 
R
P
 
P
K
 
E
T
 
T
K
 
K
L
 
V
V
 
V
Y
 
Y
F
 
I
E
|
E
T
 
T
P
 
P
A
 
A
N
|
N
P
 
P
N
 
T
N
 
L
R
 
S
L
 
L
I
 
V
D
 
D
I
 
I
A
 
E
A
 
T
I
 
V
S
 
A
E
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
H
K
 
Q
A
 
Q
G
 
G
A
 
A
K
 
L
V
 
L
V
 
V
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
 
T
F
 
F
A
 
M
T
 
S
P
 
P
V
 
Y
L
 
C
T
 
Q
R
 
Q
P
 
P
I
 
L
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
I
V
 
V
V
 
V
H
 
H
S
|
S
A
 
V
T
 
T
K
|
K
F
 
Y
I
 
I
S
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
G
G
 
G
L
 
I
V
 
I
V
 
V
G
 
G
S
 
K
K
 
Q
E
 
E
E
 
F
I
 
I
T
 
D
Q
 
Q
I
 
A
R
 
R
L
 
F
V
 
V
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
M
 
I
T
 
T
G
 
G
A
 
G
V
 
C
M
 
M
S
 
S
P
 
P
F
 
F
S
 
N
A
 
A
M
 
W
L
 
L
L
 
T
M
 
L
R
 
R
G
 
G
L
 
V
K
 
K
T
 
T
L
 
L
E
 
G
L
 
I
R
 
R
M
 
M
E
 
E
R
 
R
H
 
H
C
 
C
K
 
E
S
 
N
A
 
A
L
 
L
K
 
K
V
 
I
A
 
A
E
 
R
A
 
F
L
 
L
Q
 
E
A
 
G
H
 
H
P
 
P
A
 
S
V
 
I
E
 
T
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
D
 
S
D
 
S
F
 
H
A
 
P
Q
 
Q
G
 
Y
D
 
E
L
 
L
A
 
G
R
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
M
 
M
S
 
S
G
 
L
F
 
P
G
 
G
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
S
F
 
F
E
 
E
V
 
I
V
 
A
G
 
G
G
 
G
K
 
L
A
 
E
G
 
A
G
 
G
I
 
R
A
 
R
M
 
M
M
 
I
N
 
N
R
 
S
L
 
V
A
 
E
M
 
L
I
 
C
Q
 
L
R
 
L
A
 
A
V
 
V
S
|
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
T
E
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
H
 
H
P
 
P
A
 
A
S
 
S
M
 
M
T
 
T
H
 
H
S
 
S
T
 
P
Y
 
V
T
 
A
P
 
P
E
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
L
E
 
K
H
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
T
E
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
I
R
|
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
G
 
D
V
 
P
D
 
E
D
 
D
I
 
I
I
 
I
D
 
N
D
 
D
L
 
L
M
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
I

4omaA The crystal structure of methionine gamma-lyase from citrobacter freundii in complex with l-cycloserine pyridoxal-5'-phosphate (see paper)
54% identity, 96% coverage: 8:392/401 of query aligns to 8:392/396 of 4omaA

query
sites
4omaA
F
 
F
S
 
N
T
 
T
R
 
Q
A
 
I
I
 
V
H
 
H
H
 
A
G
 
G
Y
 
Q
D
 
Q
T
 
P
Q
 
D
S
 
P
Q
 
S
Q
 
T
G
 
G
S
 
A
L
 
L
N
 
S
P
 
T
P
 
P
L
 
I
Y
 
F
L
 
Q
T
 
T
S
 
S
T
 
T
F
 
F
T
 
V
F
 
F
D
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
E
A
 
Q
G
 
G
G
 
A
E
 
A
M
 
R
F
 
F
T
 
A
G
 
L
E
 
E
R
 
E
E
 
S
G
 
G
H
 
Y
F
 
I
Y
 
Y
S
 
T
R
|
R
I
 
L
S
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
L
 
T
D
 
D
H
 
A
L
 
L
E
 
E
Q
 
K
R
 
K
I
 
L
A
 
A
N
 
V
L
 
L
E
 
E
G
 
R
G
 
G
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
T
 
T
A
 
A
S
 
S
G
|
G
M
x
I
G
 
S
A
 
A
I
 
I
T
 
T
S
 
T
T
 
T
L
 
L
W
 
L
S
 
T
F
 
L
L
 
C
A
 
Q
A
 
Q
G
 
G
D
 
D
E
 
H
I
 
I
I
 
V
L
 
S
D
 
A
K
 
S
T
 
A
L
 
I
Y
|
Y
G
 
G
C
 
C
T
 
T
F
 
H
S
 
A
F
 
F
M
 
L
T
 
S
H
 
H
G
 
S
L
 
M
P
 
P
R
 
K
F
 
F
G
 
G
V
 
I
K
 
N
V
 
V
R
 
S
L
 
F
V
 
V
D
 
D
M
 
A
T
 
A
D
 
K
P
 
P
T
 
E
N
 
E
L
 
I
A
 
R
E
 
A
A
 
A
I
 
M
S
 
R
P
 
P
K
 
E
T
 
T
K
 
K
L
 
V
V
 
V
Y
 
Y
F
 
I
E
 
E
T
 
T
P
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
P
N
 
T
N
 
L
R
 
S
L
 
L
I
 
V
D
 
D
I
 
I
A
 
E
A
 
T
I
 
V
S
 
A
E
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
H
K
 
Q
A
 
Q
G
 
G
A
 
A
K
 
L
V
 
L
V
 
V
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
 
T
F
 
F
A
 
M
T
 
S
P
 
P
V
 
Y
L
 
C
T
 
Q
R
 
Q
P
 
P
I
 
L
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
I
V
 
V
V
 
V
H
 
H
S
|
S
A
 
V
T
|
T
K
|
K
F
 
Y
I
 
I
S
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
G
G
 
G
L
 
I
V
 
I
V
 
V
G
 
G
S
 
K
K
 
Q
E
 
E
E
 
F
I
 
I
T
 
D
Q
 
Q
I
 
A
R
 
R
L
 
F
V
 
V
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
M
 
I
T
 
T
G
 
G
A
 
G
V
 
C
M
 
M
S
 
S
P
 
P
F
 
F
S
 
N
A
 
A
M
 
W
L
 
L
L
 
T
M
 
L
R
 
R
G
 
G
L
 
V
K
 
K
T
 
T
L
 
L
E
 
G
L
 
I
R
 
R
M
 
M
E
 
E
R
 
R
H
 
H
C
 
C
K
 
E
S
 
N
A
 
A
L
 
L
K
 
K
V
 
I
A
 
A
E
 
R
A
 
F
L
 
L
Q
 
E
A
 
G
H
 
H
P
 
P
A
 
S
V
 
I
E
 
T
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
D
 
S
D
 
S
F
 
H
A
 
P
Q
 
Q
G
 
Y
D
 
E
L
 
L
A
 
G
R
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
M
 
M
S
 
S
G
 
L
F
 
P
G
 
G
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
S
F
 
F
E
 
E
V
 
I
V
 
A
G
 
G
G
 
G
K
 
L
A
 
E
G
 
A
G
 
G
I
 
R
A
 
R
M
 
M
M
 
I
N
 
N
R
 
S
L
 
V
A
 
E
M
 
L
I
 
C
Q
 
L
R
 
L
A
 
A
V
|
V
S
|
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
T
E
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
H
 
H
P
 
P
A
 
A
S
 
S
M
 
M
T
 
T
H
 
H
S
 
S
T
 
P
Y
 
V
T
 
A
P
 
P
E
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
L
E
 
K
H
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
T
E
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
I
R
|
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
G
 
D
V
 
P
D
 
E
D
 
D
I
 
I
I
 
I
D
 
N
D
 
D
L
 
L
M
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
I

3jwbA Crystal structure of l-methionine gamma-lyase from citrobacter freundii with norleucine (see paper)
54% identity, 96% coverage: 8:392/401 of query aligns to 8:392/396 of 3jwbA

query
sites
3jwbA
F
 
F
S
 
N
T
 
T
R
 
Q
A
 
I
I
 
V
H
 
H
H
 
A
G
 
G
Y
 
Q
D
 
Q
T
 
P
Q
 
D
S
 
P
Q
 
S
Q
 
T
G
 
G
S
 
A
L
 
L
N
 
S
P
 
T
P
 
P
L
 
I
Y
 
F
L
 
Q
T
 
T
S
 
S
T
 
T
F
 
F
T
 
V
F
 
F
D
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
E
A
 
Q
G
 
G
G
 
A
E
 
A
M
 
R
F
 
F
T
 
A
G
 
L
E
 
E
R
 
E
E
 
S
G
 
G
H
 
Y
F
 
I
Y
 
Y
S
 
T
R
|
R
I
 
L
S
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
L
 
T
D
 
D
H
 
A
L
 
L
E
 
E
Q
 
K
R
 
K
I
 
L
A
 
A
N
 
V
L
 
L
E
 
E
G
 
R
G
 
G
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
T
 
T
A
 
A
S
 
S
G
 
G
M
 
I
G
 
S
A
 
A
I
 
I
T
 
T
S
 
T
T
 
T
L
 
L
W
 
L
S
 
T
F
 
L
L
 
C
A
 
Q
A
 
Q
G
 
G
D
 
D
E
 
H
I
 
I
I
 
V
L
 
S
D
 
A
K
 
S
T
 
A
L
 
I
Y
|
Y
G
 
G
C
 
C
T
 
T
F
 
H
S
 
A
F
 
F
M
 
L
T
 
S
H
 
H
G
 
S
L
 
M
P
 
P
R
 
K
F
 
F
G
 
G
V
 
I
K
 
N
V
 
V
R
 
S
L
 
F
V
 
V
D
 
D
M
 
A
T
 
A
D
 
K
P
 
P
T
 
E
N
 
E
L
 
I
A
 
R
E
 
A
A
 
A
I
 
M
S
 
R
P
 
P
K
 
E
T
 
T
K
 
K
L
 
V
V
 
V
Y
 
Y
F
 
I
E
 
E
T
 
T
P
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
P
N
 
T
N
 
L
R
 
S
L
 
L
I
 
V
D
 
D
I
 
I
A
 
E
A
 
T
I
 
V
S
 
A
E
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
H
K
 
Q
A
 
Q
G
 
G
A
 
A
K
 
L
V
 
L
V
 
V
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
 
T
F
 
F
A
 
M
T
 
S
P
 
P
V
 
Y
L
 
C
T
 
Q
R
 
Q
P
 
P
I
 
L
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
I
V
 
V
V
 
V
H
 
H
S
 
S
A
 
V
T
 
T
K
|
K
F
 
Y
I
 
I
S
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
G
G
 
G
L
 
I
V
 
I
V
 
V
G
 
G
S
 
K
K
 
Q
E
 
E
E
 
F
I
 
I
T
 
D
Q
 
Q
I
 
A
R
 
R
L
 
F
V
 
V
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
M
 
I
T
 
T
G
 
G
A
 
G
V
 
C
M
 
M
S
 
S
P
 
P
F
 
F
S
 
N
A
 
A
M
 
W
L
 
L
L
 
T
M
 
L
R
 
R
G
 
G
L
 
V
K
 
K
T
 
T
L
 
L
E
 
G
L
 
I
R
 
R
M
 
M
E
 
E
R
 
R
H
 
H
C
 
C
K
 
E
S
 
N
A
 
A
L
 
L
K
 
K
V
 
I
A
 
A
E
 
R
A
 
F
L
 
L
Q
 
E
A
 
G
H
 
H
P
 
P
A
 
S
V
 
I
E
 
T
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
D
 
S
D
 
S
F
 
H
A
 
P
Q
 
Q
G
 
Y
D
 
E
L
 
L
A
 
G
R
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
M
 
M
S
 
S
G
 
L
F
 
P
G
 
G
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
S
F
 
F
E
 
E
V
 
I
V
 
A
G
 
G
G
 
G
K
 
L
A
 
E
G
 
A
G
 
G
I
 
R
A
 
R
M
 
M
M
 
I
N
 
N
R
 
S
L
 
V
A
 
E
M
 
L
I
 
C
Q
 
L
R
 
L
A
 
A
V
 
V
S
|
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
T
E
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
H
 
H
P
 
P
A
 
A
S
 
S
M
 
M
T
 
T
H
 
H
S
 
S
T
 
P
Y
 
V
T
 
A
P
 
P
E
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
L
E
 
K
H
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
T
E
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
I
R
|
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
G
 
D
V
 
P
D
 
E
D
 
D
I
 
I
I
 
I
D
 
N
D
 
D
L
 
L
M
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
I

3jwaA Crystal structure of l-methionine gamma-lyase from citrobacter freundii with methionine phosphinate (see paper)
54% identity, 96% coverage: 8:392/401 of query aligns to 8:392/396 of 3jwaA

query
sites
3jwaA
F
 
F
S
 
N
T
 
T
R
 
Q
A
 
I
I
 
V
H
 
H
H
 
A
G
 
G
Y
 
Q
D
 
Q
T
 
P
Q
 
D
S
 
P
Q
 
S
Q
 
T
G
 
G
S
 
A
L
 
L
N
 
S
P
 
T
P
 
P
L
 
I
Y
 
F
L
 
Q
T
 
T
S
 
S
T
 
T
F
 
F
T
 
V
F
 
F
D
 
D
S
 
S
A
 
A
E
 
E
A
 
Q
G
 
G
G
 
A
E
 
A
M
 
R
F
 
F
T
 
A
G
 
L
E
 
E
R
 
E
E
 
S
G
 
G
H
 
Y
F
 
I
Y
 
Y
S
 
T
R
|
R
I
 
L
S
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
L
 
T
D
 
D
H
 
A
L
 
L
E
 
E
Q
 
K
R
 
K
I
 
L
A
 
A
N
 
V
L
 
L
E
 
E
G
 
R
G
 
G
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
T
 
T
A
 
A
S
 
S
G
 
G
M
 
I
G
 
S
A
 
A
I
 
I
T
 
T
S
 
T
T
 
T
L
 
L
W
 
L
S
 
T
F
 
L
L
 
C
A
 
Q
A
 
Q
G
 
G
D
 
D
E
 
H
I
 
I
I
 
V
L
 
S
D
 
A
K
 
S
T
 
A
L
 
I
Y
|
Y
G
 
G
C
 
C
T
 
T
F
 
H
S
 
A
F
 
F
M
 
L
T
 
S
H
 
H
G
 
S
L
 
M
P
 
P
R
 
K
F
 
F
G
 
G
V
 
I
K
 
N
V
 
V
R
 
S
L
 
F
V
 
V
D
 
D
M
 
A
T
 
A
D
 
K
P
 
P
T
 
E
N
 
E
L
 
I
A
 
R
E
 
A
A
 
A
I
 
M
S
 
R
P
 
P
K
 
E
T
 
T
K
 
K
L
 
V
V
 
V
Y
 
Y
F
 
I
E
 
E
T
 
T
P
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
P
N
 
T
N
 
L
R
 
S
L
 
L
I
 
V
D
 
D
I
 
I
A
 
E
A
 
T
I
 
V
S
 
A
E
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
H
K
 
Q
A
 
Q
G
 
G
A
 
A
K
 
L
V
 
L
V
 
V
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
 
T
F
 
F
A
 
M
T
 
S
P
 
P
V
 
Y
L
 
C
T
 
Q
R
 
Q
P
 
P
I
 
L
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
I
V
 
V
V
 
V
H
 
H
S
 
S
A
 
V
T
 
T
K
|
K
F
 
Y
I
 
I
S
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
G
G
 
G
L
 
I
V
 
I
V
 
V
G
 
G
S
 
K
K
 
Q
E
 
E
E
 
F
I
 
I
T
 
D
Q
 
Q
I
 
A
R
 
R
L
 
F
V
 
V
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
M
 
I
T
 
T
G
 
G
A
 
G