SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF1674 FitnessBrowser__Marino:GFF1674 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1dtwB Human branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase (see paper)
61% identity, 99% coverage: 3:325/325 of query aligns to 4:326/326 of 1dtwB

query
sites
1dtwB
K
 
K
M
 
M
N
 
N
M
 
L
L
 
F
Q
 
Q
A
 
S
I
 
V
N
 
T
N
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
T
 
N
A
 
S
M
 
L
A
 
A
E
 
K
D
 
D
E
 
P
R
 
T
V
 
A
L
 
V
C
 
I
F
 
F
G
 
G
E
 
E
D
 
D
V
 
V
G
 
A
V
 
-
F
 
F
G
 
G
G
 
G
V
 
V
F
 
F
R
 
R
A
 
C
T
 
T
S
 
V
N
 
G
L
 
L
Q
 
R
Q
 
D
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
K
 
K
A
 
D
R
 
R
C
 
V
F
 
F
N
 
N
T
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
C
E
|
E
Q
 
Q
G
 
G
I
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
F
A
 
G
N
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
A
 
V
Q
 
T
G
 
G
S
 
A
V
 
T
P
 
A
V
 
I
A
 
A
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
F
 
F
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
I
 
I
F
 
F
P
 
P
A
 
A
F
 
F
D
 
D
Q
 
Q
I
 
I
V
 
V
N
 
N
E
 
E
S
 
A
A
 
A
K
 
K
F
 
Y
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
S
 
S
G
 
G
N
 
D
L
 
L
F
 
F
N
 
N
V
 
C
G
|
G
G
x
S
L
|
L
T
|
T
I
 
I
R
 
R
A
 
S
P
 
P
Y
 
W
G
 
G
G
 
C
G
 
V
I
 
G
A
 
H
G
 
G
G
 
A
L
 
L
Y
 
Y
H
|
H
S
 
S
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
E
 
E
A
 
A
Y
 
F
F
 
F
A
 
A
H
 
H
T
 
C
P
 
P
G
 
G
L
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
I
P
 
P
R
 
R
N
 
S
P
 
P
H
 
F
Q
 
Q
A
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
L
A
 
S
A
x
C
I
|
I
H
 
E
D
|
D
P
 
K
N
|
N
P
|
P
T
x
C
L
 
I
F
 
F
F
 
F
E
 
E
P
 
P
K
 
K
R
 
I
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
S
 
A
V
 
A
G
 
E
E
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
I
E
 
E
D
 
P
Y
 
Y
R
 
N
L
 
I
P
 
P
L
 
L
G
 
S
E
 
Q
A
 
A
E
 
E
V
 
V
T
 
I
K
 
Q
E
 
E
G
 
G
T
 
S
D
 
D
V
 
V
T
 
T
I
 
L
L
 
V
G
 
A
W
 
W
G
 
G
A
 
T
Q
 
Q
M
 
V
E
 
H
V
 
V
I
 
I
D
 
R
Q
 
E
A
 
V
V
 
A
E
 
S
R
 
M
A
 
A
-
 
K
E
 
E
K
 
K
D
 
L
G
 
G
I
 
V
S
 
S
C
 
C
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
T
 
T
I
 
I
L
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
V
 
V
E
 
D
T
 
T
V
 
I
A
 
C
N
 
K
S
 
S
V
 
V
F
 
I
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
L
 
L
V
 
L
V
 
I
T
 
S
H
 
H
E
 
E
A
 
A
P
 
P
L
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
G
F
 
F
A
 
A
G
 
S
E
 
E
I
 
I
A
 
S
A
 
S
T
 
T
I
 
V
Q
 
Q
E
 
E
R
 
E
C
 
C
F
 
F
L
 
L
Y
 
N
L
 
L
E
 
E
S
 
A
P
 
P
I
 
I
A
 
S
R
 
R
V
 
V
T
 
C
G
 
G
M
 
Y
D
 
D
T
 
T
P
 
P
F
 
F
P
 
P
L
 
H
V
 
I
L
 
F
E
 
E
K
 
P
E
 
F
H
 
Y
L
 
I
P
 
P
N
 
D
H
 
K
L
 
W
K
 
K
V
 
C
Y
 
Y
E
 
D
A
 
A
I
 
L
R
 
R
A
 
K
S
 
M
V
 
I
E
 
N
F
 
Y

2j9fD Human branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase-decarboxylase e1b (see paper)
61% identity, 99% coverage: 3:325/325 of query aligns to 7:329/329 of 2j9fD

query
sites
2j9fD
K
 
K
M
 
M
N
 
N
M
 
L
L
 
F
Q
 
Q
A
 
S
I
 
V
N
 
T
N
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
T
 
N
A
 
S
M
 
L
A
 
A
E
 
K
D
 
D
E
 
P
R
 
T
V
 
A
L
 
V
C
 
I
F
 
F
G
 
G
E
|
E
D
 
D
V
 
V
G
 
A
V
 
-
F
 
F
G
 
G
G
 
G
V
 
V
F
 
F
R
 
R
A
 
C
T
 
T
S
 
V
N
 
G
L
 
L
Q
 
R
Q
 
D
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
K
 
K
A
 
D
R
 
R
C
 
V
F
 
F
N
 
N
T
 
T
P
 
P
L
|
L
V
 
C
E
|
E
Q
 
Q
G
 
G
I
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
F
A
 
G
N
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
A
 
V
Q
 
T
G
 
G
S
 
A
V
 
T
P
 
A
V
 
I
A
 
A
E
 
E
I
 
I
Q
|
Q
F
 
F
A
 
A
D
 
D
Y
|
Y
I
 
I
F
 
F
P
 
P
A
 
A
F
 
F
D
 
D
Q
 
Q
I
 
I
V
 
V
N
 
N
E
 
E
S
 
A
A
 
A
K
 
K
F
 
Y
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
S
 
S
G
 
G
N
 
D
L
 
L
F
 
F
N
 
N
V
 
C
G
 
G
G
 
S
L
 
L
T
 
T
I
 
I
R
 
R
A
 
S
P
 
P
Y
 
W
G
 
G
G
 
C
G
 
V
I
 
G
A
 
H
G
 
G
G
 
A
L
 
L
Y
 
Y
H
|
H
S
 
S
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
E
 
E
A
 
A
Y
 
F
F
 
F
A
 
A
H
 
H
T
 
C
P
 
P
G
 
G
L
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
I
P
 
P
R
 
R
N
 
S
P
 
P
H
 
F
Q
 
Q
A
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
L
A
 
S
A
 
C
I
 
I
H
 
E
D
 
D
P
 
K
N
 
N
P
 
P
T
 
C
L
 
I
F
 
F
F
 
F
E
 
E
P
 
P
K
 
K
R
 
I
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
S
 
A
V
 
A
G
 
E
E
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
I
E
 
E
D
 
P
Y
 
Y
R
 
N
L
 
I
P
 
P
L
 
L
G
 
S
E
 
Q
A
 
A
E
 
E
V
 
V
T
 
I
K
 
Q
E
 
E
G
 
G
T
 
S
D
 
D
V
 
V
T
 
T
I
 
L
L
 
V
G
 
A
W
 
W
G
 
G
A
 
T
Q
 
Q
M
 
V
E
 
H
V
 
V
I
 
I
D
 
R
Q
 
E
A
 
V
V
 
A
E
 
S
R
 
M
A
 
A
-
 
K
E
 
E
K
 
K
D
 
L
G
 
G
I
 
V
S
 
S
C
 
C
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
T
 
T
I
 
I
L
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
V
 
V
E
 
D
T
 
T
V
 
I
A
 
C
N
 
K
S
 
S
V
 
V
F
 
I
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
L
 
L
V
 
L
V
 
I
T
 
S
H
 
H
E
 
E
A
 
A
P
 
P
L
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
G
F
 
F
A
 
A
G
 
S
E
 
E
I
 
I
A
 
S
A
 
S
T
 
T
I
 
V
Q
 
Q
E
 
E
R
 
E
C
 
C
F
 
F
L
 
L
Y
 
N
L
 
L
E
 
E
S
 
A
P
 
P
I
 
I
A
 
S
R
 
R
V
 
V
T
 
C
G
 
G
M
 
Y
D
 
D
T
 
T
P
 
P
F
 
F
P
 
P
L
 
H
V
 
I
L
 
F
E
 
E
K
 
P
E
 
F
H
 
Y
L
 
I
P
 
P
N
 
D
H
 
K
L
 
W
K
 
K
V
 
C
Y
 
Y
E
 
D
A
 
A
I
 
L
R
 
R
A
 
K
S
 
M
V
 
I
E
 
N
F
 
Y

P21953 2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit beta, mitochondrial; Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component beta chain; BCKDE1B; BCKDH E1-beta; EC 1.2.4.4 from Homo sapiens (Human) (see 2 papers)
61% identity, 99% coverage: 3:325/325 of query aligns to 70:392/392 of P21953

query
sites
P21953
K
 
K
M
 
M
N
 
N
M
 
L
L
 
F
Q
 
Q
A
 
S
I
 
V
N
 
T
N
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
T
 
N
A
 
S
M
 
L
A
 
A
E
 
K
D
 
D
E
 
P
R
 
T
V
 
A
L
 
V
C
 
I
F
 
F
G
 
G
E
 
E
D
 
D
V
 
V
G
 
A
V
 
-
F
 
F
G
 
G
G
 
G
V
 
V
F
 
F
R
 
R
A
 
C
T
 
T
S
 
V
N
 
G
L
 
L
Q
 
R
Q
 
D
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
K
 
K
A
 
D
R
 
R
C
 
V
F
 
F
N
 
N
T
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
C
E
 
E
Q
 
Q
G
 
G
I
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
F
A
 
G
N
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
A
A
 
V
Q
 
T
G
 
G
S
 
A
V
 
T
P
 
A
V
 
I
A
 
A
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
F
 
F
A
 
A
D
 
D
Y
|
Y
I
 
I
F
 
F
P
 
P
A
 
A
F
 
F
D
 
D
Q
 
Q
I
 
I
V
 
V
N
 
N
E
 
E
S
 
A
A
 
A
K
 
K
F
 
Y
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
S
 
S
G
 
G
N
 
D
L
 
L
F
 
F
N
|
N
V
 
C
G
|
G
G
 
S
L
|
L
T
|
T
I
 
I
R
 
R
A
 
S
P
 
P
Y
 
W
G
 
G
G
 
C
G
 
V
I
 
G
A
 
H
G
 
G
G
 
A
L
 
L
Y
 
Y
H
 
H
S
 
S
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
E
 
E
A
 
A
Y
 
F
F
 
F
A
 
A
H
|
H
T
 
C
P
 
P
G
 
G
L
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
I
P
 
P
R
 
R
N
 
S
P
 
P
H
 
F
Q
 
Q
A
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
L
A
 
S
A
x
C
I
 
I
H
 
E
D
|
D
P
 
K
N
|
N
P
 
P
T
 
C
L
 
I
F
 
F
F
 
F
E
 
E
P
 
P
K
 
K
R
 
I
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
S
 
A
V
 
A
G
 
E
E
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
I
E
 
E
D
 
P
Y
 
Y
R
 
N
L
 
I
P
 
P
L
 
L
G
 
S
E
 
Q
A
 
A
E
 
E
V
 
V
T
 
I
K
 
Q
E
 
E
G
 
G
T
 
S
D
 
D
V
 
V
T
 
T
I
 
L
L
 
V
G
 
A
W
 
W
G
 
G
A
 
T
Q
 
Q
M
 
V
E
 
H
V
 
V
I
 
I
D
 
R
Q
 
E
A
 
V
V
 
A
E
 
S
R
 
M
A
 
A
-
 
K
E
 
E
K
 
K
D
 
L
G
 
G
I
 
V
S
 
S
C
 
C
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
T
 
T
I
 
I
L
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
V
 
V
E
 
D
T
 
T
V
 
I
A
 
C
N
 
K
S
 
S
V
 
V
F
 
I
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
L
 
L
V
 
L
V
 
I
T
 
S
H
 
H
E
 
E
A
 
A
P
 
P
L
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
G
F
 
F
A
 
A
G
 
S
E
 
E
I
 
I
A
 
S
A
 
S
T
 
T
I
 
V
Q
 
Q
E
 
E
R
 
E
C
 
C
F
 
F
L
 
L
Y
 
N
L
 
L
E
 
E
S
 
A
P
 
P
I
 
I
A
 
S
R
 
R
V
 
V
T
 
C
G
 
G
M
 
Y
D
 
D
T
 
T
P
 
P
F
 
F
P
 
P
L
 
H
V
 
I
L
 
F
E
 
E
K
 
P
E
 
F
H
 
Y
L
 
I
P
 
P
N
 
D
H
 
K
L
 
W
K
 
K
V
 
C
Y
 
Y
E
 
D
A
 
A
I
 
L
R
 
R
A
 
K
S
 
M
V
 
I
E
 
N
F
 
Y

Q5SLR3 2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit beta; Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component beta chain; BCKDH E1-beta; EC 1.2.4.4 from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see paper)
53% identity, 100% coverage: 1:325/325 of query aligns to 1:324/324 of Q5SLR3

query
sites
Q5SLR3
M
 
M
S
 
A
K
 
L
M
 
M
N
 
T
M
 
M
L
 
V
Q
 
Q
A
 
A
I
 
L
N
 
N
N
 
R
A
 
A
L
 
L
D
 
D
T
 
E
A
 
E
M
 
M
A
 
A
E
 
K
D
 
D
E
 
P
R
 
R
V
 
V
L
 
V
C
 
V
F
 
L
G
 
G
E
|
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
V
 
K
F
 
R
G
 
G
G
 
G
V
 
V
F
 
F
R
 
L
A
 
V
T
 
T
S
 
E
N
 
G
L
 
L
Q
 
L
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
K
 
P
A
 
D
R
 
R
C
 
V
F
 
M
N
 
D
T
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
S
E
 
E
Q
 
A
G
 
A
I
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
A
A
 
A
N
 
L
G
 
G
L
 
M
A
 
A
A
 
A
Q
 
H
G
 
G
S
 
L
V
 
R
P
 
P
V
 
V
A
 
A
E
 
E
I
 
I
Q
|
Q
F
 
F
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
I
 
I
F
 
F
P
 
P
A
 
G
F
 
F
D
 
D
Q
 
Q
I
 
L
V
 
V
N
 
S
E
 
Q
S
 
V
A
 
A
K
 
K
F
 
L
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
S
 
S
G
 
G
N
 
G
L
 
Q
F
 
F
N
 
T
V
 
-
G
 
A
G
 
P
L
 
L
T
 
V
I
 
V
R
 
R
A
 
M
P
 
P
Y
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
V
A
 
R
G
 
G
G
 
G
L
 
H
Y
 
H
H
 
H
S
 
S
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
E
 
E
A
 
A
Y
 
H
F
 
F
A
 
V
H
 
H
T
 
T
P
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
A
P
 
V
R
 
S
N
 
T
P
 
P
H
 
Y
Q
 
D
A
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
K
A
 
A
A
 
A
I
 
I
H
 
R
D
 
D
P
 
E
N
 
D
P
 
P
T
 
V
L
 
V
F
 
F
F
 
L
E
 
E
P
 
P
K
 
K
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
A
 
S
S
 
V
V
 
K
G
 
E
E
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
E
E
 
E
D
 
D
Y
 
Y
R
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
I
G
 
G
E
 
K
A
 
A
E
 
A
V
 
L
T
 
R
K
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
V
 
L
T
 
T
I
 
L
L
 
I
G
 
G
W
 
Y
G
 
G
A
 
T
Q
 
V
M
 
M
E
 
P
V
 
E
I
 
V
D
 
L
Q
 
Q
A
 
A
V
 
A
E
 
A
R
 
E
A
 
L
E
 
A
K
 
K
D
 
A
G
 
G
I
 
V
S
 
S
C
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
T
 
T
I
 
L
L
 
M
P
 
P
W
 
W
D
 
D
V
 
Y
E
 
E
T
 
A
V
 
V
A
 
M
N
 
N
S
 
S
V
 
V
F
 
A
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
L
 
V
V
 
V
V
 
L
T
 
V
H
 
S
E
 
D
A
 
A
P
 
P
L
 
R
T
 
H
G
 
A
G
 
S
F
 
F
A
 
V
G
 
S
E
 
E
I
 
V
A
 
A
A
 
A
T
 
T
I
 
I
Q
 
A
E
 
E
R
 
D
C
 
L
F
 
L
L
 
D
Y
 
M
L
 
L
E
 
L
S
 
A
P
 
P
I
 
P
A
 
I
R
 
R
V
 
V
T
 
T
G
 
G
M
 
F
D
 
D
T
 
T
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
L
 
Y
V
 
A
L
 
Q
E
 
D
K
 
K
E
 
L
H
 
Y
L
 
L
P
 
P
N
 
T
H
 
V
L
 
T
K
 
R
V
 
I
Y
 
L
E
 
N
A
 
A
I
 
A
R
 
K
A
 
R
S
 
A
V
 
L
E
 
D
F
 
Y

1umdD Branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase (e1) from thermus thermophilus hb8 with 4-methyl-2-oxopentanoate as an intermediate (see paper)
52% identity, 99% coverage: 4:325/325 of query aligns to 3:323/323 of 1umdD

query
sites
1umdD
M
 
M
N
 
T
M
 
M
L
 
V
Q
 
Q
A
 
A
I
 
L
N
 
N
N
 
R
A
 
A
L
 
L
D
 
D
T
 
E
A
 
E
M
 
M
A
 
A
E
 
K
D
 
D
E
 
P
R
 
R
V
 
V
L
 
V
C
 
V
F
 
L
G
 
G
E
|
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
V
 
K
F
 
R
G
 
G
G
 
G
V
 
V
F
 
F
R
 
L
A
 
V
T
 
T
S
 
E
N
 
G
L
 
L
Q
 
L
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
K
 
P
A
 
D
R
 
R
C
 
V
F
 
M
N
 
D
T
 
T
P
 
P
L
|
L
V
 
S
E
|
E
Q
 
A
G
 
A
I
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
A
A
 
A
N
 
L
G
 
G
L
 
M
A
 
A
A
 
A
Q
 
H
G
 
G
S
 
L
V
 
R
P
 
P
V
 
V
A
 
A
E
 
E
I
 
I
Q
|
Q
F
 
F
A
 
A
D
 
D
Y
|
Y
I
 
I
F
 
F
P
|
P
A
 
G
F
 
F
D
 
D
Q
 
Q
I
 
L
V
 
V
N
 
S
E
 
Q
S
 
V
A
 
A
K
 
K
F
 
L
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
S
 
S
G
 
G
N
 
G
L
 
Q
F
 
F
N
 
T
V
 
-
G
 
A
G
 
P
L
 
L
T
 
V
I
 
V
R
 
R
A
 
M
P
 
P
Y
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
V
A
 
R
G
 
G
G
 
G
L
 
H
Y
 
H
H
|
H
S
 
S
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
E
 
E
A
 
A
Y
 
H
F
 
F
A
 
V
H
 
H
T
 
T
P
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
A
P
 
V
R
 
S
N
 
T
P
 
P
H
 
Y
Q
 
D
A
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
K
A
 
A
A
 
A
I
 
I
H
 
R
D
 
D
P
 
E
N
 
D
P
 
P
T
 
V
L
 
V
F
 
F
F
 
L
E
 
E
P
 
P
K
 
K
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
A
 
S
S
 
V
V
 
K
G
 
E
E
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
E
E
 
E
D
 
D
Y
 
Y
R
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
I
G
 
G
E
 
K
A
 
A
E
 
A
V
 
L
T
 
R
K
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
V
 
L
T
 
T
I
 
L
L
 
I
G
 
C
W
 
Y
G
 
G
A
 
T
Q
 
V
M
 
M
E
 
P
V
 
E
I
 
V
D
 
L
Q
 
Q
A
 
A
V
 
A
E
 
A
R
 
E
A
 
L
E
 
A
K
 
K
D
 
A
G
 
G
I
 
V
S
 
S
C
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
T
 
T
I
 
L
L
 
M
P
 
P
W
 
W
D
 
D
V
 
Y
E
 
E
T
 
A
V
 
V
A
 
M
N
 
N
S
 
S
V
 
V
F
 
A
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
L
 
V
V
 
V
V
 
L
T
 
V
H
 
S
E
 
D
A
 
A
P
 
P
L
 
R
T
 
H
G
 
A
G
 
S
F
 
F
A
 
V
G
 
S
E
 
E
I
 
V
A
 
A
A
 
A
T
 
T
I
 
I
Q
 
A
E
 
E
R
 
D
C
 
L
F
 
L
L
 
D
Y
 
M
L
 
L
E
 
L
S
 
A
P
 
P
I
 
P
A
 
I
R
 
R
V
 
V
T
 
T
G
 
G
M
 
F
D
 
D
T
 
T
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
L
 
Y
V
 
A
L
 
Q
E
 
D
K
 
K
E
 
L
H
 
Y
L
 
L
P
 
P
N
 
T
H
 
V
L
 
T
K
 
R
V
 
I
Y
 
L
E
 
N
A
 
A
I
 
A
R
 
K
A
 
R
S
 
A
V
 
L
E
 
D
F
 
Y

1umcD Branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase (e1) from thermus thermophilus hb8 with 4-methylpentanoate (see paper)
52% identity, 99% coverage: 4:325/325 of query aligns to 3:323/323 of 1umcD

query
sites
1umcD
M
 
M
N
 
T
M
 
M
L
 
V
Q
 
Q
A
 
A
I
 
L
N
 
N
N
 
R
A
 
A
L
 
L
D
 
D
T
 
E
A
 
E
M
 
M
A
 
A
E
 
K
D
 
D
E
 
P
R
 
R
V
 
V
L
 
V
C
 
V
F
 
L
G
 
G
E
|
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
V
 
K
F
 
R
G
 
G
G
 
G
V
 
V
F
 
F
R
 
L
A
 
V
T
 
T
S
 
E
N
 
G
L
 
L
Q
 
L
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
K
 
P
A
 
D
R
 
R
C
 
V
F
 
M
N
 
D
T
 
T
P
 
P
L
|
L
V
 
S
E
|
E
Q
 
A
G
 
A
I
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
A
A
 
A
N
 
L
G
 
G
L
 
M
A
 
A
A
 
A
Q
 
H
G
 
G
S
 
L
V
 
R
P
 
P
V
 
V
A
 
A
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
F
 
F
A
 
A
D
 
D
Y
|
Y
I
 
I
F
 
F
P
|
P
A
 
G
F
 
F
D
 
D
Q
 
Q
I
 
L
V
 
V
N
 
S
E
 
Q
S
 
V
A
 
A
K
 
K
F
 
L
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
S
 
S
G
 
G
N
 
G
L
 
Q
F
 
F
N
 
T
V
 
-
G
 
A
G
 
P
L
 
L
T
 
V
I
 
V
R
 
R
A
 
M
P
 
P
Y
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
V
A
 
R
G
 
G
G
 
G
L
 
H
Y
x
H
H
|
H
S
 
S
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
E
 
E
A
 
A
Y
 
H
F
 
F
A
 
V
H
 
H
T
 
T
P
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
A
P
 
V
R
 
S
N
 
T
P
 
P
H
 
Y
Q
 
D
A
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
K
A
 
A
A
 
A
I
 
I
H
 
R
D
 
D
P
 
E
N
 
D
P
 
P
T
 
V
L
 
V
F
 
F
F
 
L
E
 
E
P
 
P
K
 
K
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
A
 
S
S
 
V
V
 
K
G
 
E
E
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
E
E
 
E
D
 
D
Y
 
Y
R
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
I
G
 
G
E
 
K
A
 
A
E
 
A
V
 
L
T
 
R
K
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
V
 
L
T
 
T
I
 
L
L
 
I
G
 
C
W
 
Y
G
 
G
A
 
T
Q
 
V
M
 
M
E
 
P
V
 
E
I
 
V
D
 
L
Q
 
Q
A
 
A
V
 
A
E
 
A
R
 
E
A
 
L
E
 
A
K
 
K
D
 
A
G
 
G
I
 
V
S
 
S
C
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
T
 
T
I
 
L
L
 
M
P
 
P
W
 
W
D
 
D
V
 
Y
E
 
E
T
 
A
V
 
V
A
 
M
N
 
N
S
 
S
V
 
V
F
 
A
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
L
 
V
V
 
V
V
 
L
T
 
V
H
 
S
E
 
D
A
 
A
P
 
P
L
 
R
T
 
H
G
 
A
G
 
S
F
 
F
A
 
V
G
 
S
E
 
E
I
 
V
A
 
A
A
 
A
T
 
T
I
 
I
Q
 
A
E
 
E
R
 
D
C
 
L
F
 
L
L
 
D
Y
 
M
L
 
L
E
 
L
S
 
A
P
 
P
I
 
P
A
 
I
R
 
R
V
 
V
T
 
T
G
 
G
M
 
F
D
 
D
T
 
T
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
L
 
Y
V
 
A
L
 
Q
E
 
D
K
 
K
E
 
L
H
 
Y
L
 
L
P
 
P
N
 
T
H
 
V
L
 
T
K
 
R
V
 
I
Y
 
L
E
 
N
A
 
A
I
 
A
R
 
K
A
 
R
S
 
A
V
 
L
E
 
D
F
 
Y

1umbD Branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase (e1) from thermus thermophilus hb8 in holo-form (see paper)
52% identity, 99% coverage: 4:325/325 of query aligns to 3:323/323 of 1umbD

query
sites
1umbD
M
 
M
N
 
T
M
 
M
L
 
V
Q
 
Q
A
 
A
I
 
L
N
 
N
N
 
R
A
 
A
L
 
L
D
 
D
T
 
E
A
 
E
M
 
M
A
 
A
E
 
K
D
 
D
E
 
P
R
 
R
V
 
V
L
 
V
C
 
V
F
 
L
G
 
G
E
|
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
V
 
K
F
 
R
G
 
G
G
 
G
V
 
V
F
 
F
R
 
L
A
 
V
T
 
T
S
 
E
N
 
G
L
 
L
Q
 
L
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
K
 
P
A
 
D
R
 
R
C
 
V
F
 
M
N
 
D
T
 
T
P
 
P
L
|
L
V
 
S
E
|
E
Q
 
A
G
 
A
I
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
A
A
 
A
N
 
L
G
 
G
L
 
M
A
 
A
A
 
A
Q
 
H
G
 
G
S
 
L
V
 
R
P
 
P
V
 
V
A
 
A
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
F
 
F
A
 
A
D
 
D
Y
|
Y
I
 
I
F
 
F
P
|
P
A
 
G
F
 
F
D
 
D
Q
 
Q
I
 
L
V
 
V
N
 
S
E
 
Q
S
 
V
A
 
A
K
 
K
F
 
L
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
S
 
S
G
 
G
N
 
G
L
 
Q
F
 
F
N
 
T
V
 
-
G
 
A
G
 
P
L
 
L
T
 
V
I
 
V
R
 
R
A
 
M
P
 
P
Y
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
V
A
 
R
G
 
G
G
 
G
L
 
H
Y
 
H
H
|
H
S
 
S
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
E
 
E
A
 
A
Y
 
H
F
 
F
A
 
V
H
 
H
T
 
T
P
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
A
P
 
V
R
 
S
N
 
T
P
 
P
H
 
Y
Q
 
D
A
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
K
A
 
A
A
 
A
I
 
I
H
 
R
D
 
D
P
 
E
N
 
D
P
 
P
T
 
V
L
 
V
F
 
F
F
 
L
E
 
E
P
 
P
K
 
K
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
A
 
S
S
 
V
V
 
K
G
 
E
E
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
E
E
 
E
D
 
D
Y
 
Y
R
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
I
G
 
G
E
 
K
A
 
A
E
 
A
V
 
L
T
 
R
K
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
V
 
L
T
 
T
I
 
L
L
 
I
G
 
C
W
 
Y
G
 
G
A
 
T
Q
 
V
M
 
M
E
 
P
V
 
E
I
 
V
D
 
L
Q
 
Q
A
 
A
V
 
A
E
 
A
R
 
E
A
 
L
E
 
A
K
 
K
D
 
A
G
 
G
I
 
V
S
 
S
C
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
T
 
T
I
 
L
L
 
M
P
 
P
W
 
W
D
 
D
V
 
Y
E
 
E
T
 
A
V
 
V
A
 
M
N
 
N
S
 
S
V
 
V
F
 
A
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
L
 
V
V
 
V
V
 
L
T
 
V
H
 
S
E
 
D
A
 
A
P
 
P
L
 
R
T
 
H
G
 
A
G
 
S
F
 
F
A
 
V
G
 
S
E
 
E
I
 
V
A
 
A
A
 
A
T
 
T
I
 
I
Q
 
A
E
 
E
R
 
D
C
 
L
F
 
L
L
 
D
Y
 
M
L
 
L
E
 
L
S
 
A
P
 
P
I
 
P
A
 
I
R
 
R
V
 
V
T
 
T
G
 
G
M
 
F
D
 
D
T
 
T
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
L
 
Y
V
 
A
L
 
Q
E
 
D
K
 
K
E
 
L
H
 
Y
L
 
L
P
 
P
N
 
T
H
 
V
L
 
T
K
 
R
V
 
I
Y
 
L
E
 
N
A
 
A
I
 
A
R
 
K
A
 
R
S
 
A
V
 
L
E
 
D
F
 
Y

1qs0B Crystal structure of pseudomonas putida 2-oxoisovalerate dehydrogenase (branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase, e1b) (see paper)
47% identity, 99% coverage: 2:324/325 of query aligns to 3:337/338 of 1qs0B

query
sites
1qs0B
S
 
T
K
 
T
M
 
M
N
 
T
M
 
M
L
 
I
Q
 
Q
A
 
A
I
 
L
N
 
R
N
 
S
A
 
A
L
 
M
D
 
D
T
 
V
A
 
M
M
 
L
A
 
E
E
 
R
D
 
D
E
 
D
R
 
N
V
 
V
L
 
V
C
 
V
F
 
Y
G
 
G
E
 
Q
D
 
D
V
 
V
G
 
G
V
 
Y
F
 
F
G
 
G
G
 
G
V
 
V
F
 
F
R
 
R
A
 
C
T
 
T
S
 
E
N
 
G
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
T
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
K
 
K
A
 
S
R
 
R
C
 
V
F
 
F
N
 
D
T
 
A
P
 
P
L
 
I
V
 
S
E
|
E
Q
 
S
G
 
G
I
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
T
A
 
A
N
 
V
G
 
G
L
 
M
A
 
G
A
 
A
Q
 
Y
G
 
G
S
 
L
V
 
R
P
 
P
V
 
V
A
 
V
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
F
 
F
A
 
A
D
 
D
Y
|
Y
I
 
F
F
 
Y
P
 
P
A
 
A
F
 
S
D
 
D
Q
 
Q
I
 
I
V
 
V
N
 
S
E
 
E
S
 
M
A
 
A
K
 
R
F
 
L
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
S
 
S
G
 
A
N
 
G
L
 
E
F
 
F
N
 
-
V
 
I
G
 
A
G
 
P
L
 
L
T
 
T
I
 
L
R
 
R
A
 
M
P
 
P
Y
 
C
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
A
 
Y
G
 
G
G
 
G
L
 
Q
Y
 
T
H
|
H
S
 
S
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
E
 
E
A
 
A
Y
 
M
F
 
F
A
 
T
H
 
Q
T
 
V
P
 
C
G
 
G
L
 
L
K
 
R
I
 
T
V
 
V
V
 
M
P
 
P
R
 
S
N
 
N
P
 
P
H
 
Y
Q
 
D
A
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
I
A
 
A
A
 
S
I
 
I
H
 
E
D
 
C
P
 
D
N
 
D
P
 
P
T
 
V
L
 
I
F
 
F
F
 
L
E
 
E
P
 
P
K
 
K
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
R
 
N
A
 
G
S
 
P
V
 
F
-
 
D
-
 
G
-
 
H
-
 
H
-
 
D
-
 
R
-
 
P
-
 
V
-
 
T
-
 
P
-
 
W
-
 
S
-
 
K
-
 
H
-
 
P
-
 
H
G
 
S
E
 
A
V
 
V
P
 
P
D
 
D
E
 
G
D
 
Y
Y
 
Y
R
 
T
L
 
V
P
 
P
L
 
L
G
 
D
E
 
K
A
 
A
E
 
A
V
 
I
T
 
T
K
 
R
E
 
P
G
 
G
T
 
N
D
 
D
V
 
V
T
 
S
I
 
V
L
 
L
G
 
T
W
 
Y
G
 
G
A
 
T
Q
 
T
M
 
V
E
 
Y
V
 
V
I
 
A
D
 
Q
Q
 
V
A
 
A
V
 
-
E
 
-
R
 
-
A
 
A
E
 
E
K
 
E
D
 
S
G
 
G
I
 
V
S
 
D
C
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
T
 
S
I
 
L
L
 
W
P
 
P
W
 
L
D
 
D
V
 
L
E
 
D
T
 
T
V
 
I
A
 
V
N
 
E
S
 
S
V
 
V
F
 
K
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
L
 
C
V
 
V
V
 
V
T
 
V
H
 
H
E
 
E
A
 
A
P
 
T
L
 
R
T
 
T
G
 
C
G
 
G
F
 
F
A
 
G
G
 
A
E
 
E
I
 
L
A
 
V
A
 
S
T
 
L
I
 
V
Q
 
Q
E
 
E
R
 
H
C
 
C
F
 
F
L
 
H
Y
 
H
L
 
L
E
 
E
S
 
A
P
 
P
I
 
I
A
 
E
R
 
R
V
 
V
T
 
T
G
 
G
M
 
W
D
 
D
T
 
T
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
L
 
H
V
 
A
L
 
Q
E
 
E
K
 
W
E
 
A
H
 
Y
L
 
F
P
 
P
N
 
G
H
 
P
L
 
S
K
 
R
V
 
V
Y
 
G
E
 
A
A
 
A
I
 
L
R
 
K
A
 
K
S
 
V
V
 
M
E
 
E

3dv0D Snapshots of catalysis in the e1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex (see paper)
46% identity, 100% coverage: 2:325/325 of query aligns to 1:324/324 of 3dv0D

query
sites
3dv0D
S
 
A
K
 
Q
M
 
M
N
 
T
M
 
M
L
 
V
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
N
 
T
N
 
D
A
 
A
L
 
L
D
 
R
T
 
I
A
 
E
M
 
L
A
 
K
E
 
N
D
 
D
E
 
P
R
 
N
V
 
V
L
 
L
C
 
I
F
 
F
G
 
G
E
 
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
V
 
V
F
 
N
G
 
G
G
 
G
V
 
V
F
 
F
R
 
R
A
 
A
T
 
T
S
 
E
N
 
G
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
A
K
 
E
Y
 
F
G
 
G
K
 
E
A
 
D
R
 
R
C
 
V
F
 
F
N
 
D
T
 
T
P
 
P
L
|
L
V
 
A
E
|
E
Q
 
S
G
 
G
I
 
I
I
 
G
G
 
G
F
 
L
A
 
A
N
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
L
Q
 
Q
G
 
G
S
 
F
V
 
R
P
 
P
V
 
V
A
 
P
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
F
|
F
A
 
F
D
 
G
Y
x
F
I
 
V
F
 
Y
P
x
E
A
 
V
F
 
M
D
 
D
Q
 
S
I
 
I
V
 
C
N
 
G
E
 
Q
S
 
M
A
 
A
K
 
R
F
 
I
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
S
 
T
G
 
G
N
 
G
L
 
R
F
 
Y
N
 
H
V
 
M
G
 
P
G
 
-
L
 
I
T
 
T
I
 
I
R
 
R
A
 
S
P
 
P
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
V
A
 
H
G
 
T
G
 
P
L
 
E
Y
 
L
H
|
H
S
 
S
Q
 
D
S
 
S
P
 
L
E
 
E
A
 
G
Y
 
L
F
 
V
A
 
A
H
 
Q
T
 
Q
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
I
P
 
P
R
 
S
N
 
T
P
 
P
H
 
Y
Q
 
D
A
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
I
A
 
S
A
 
A
I
 
I
H
 
R
D
 
D
P
 
N
N
 
D
P
 
P
T
 
V
L
 
I
F
 
F
F
 
L
E
 
E
P
 
H
K
 
L
R
 
K
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
A
 
S
S
 
F
V
 
R
G
 
Q
E
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
E
E
 
G
D
 
E
Y
 
Y
R
 
T
L
 
I
P
 
P
L
 
I
G
 
G
E
 
K
A
 
A
E
 
D
V
 
I
T
 
K
K
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
V
 
I
T
 
T
I
 
I
L
 
I
G
 
A
W
 
Y
G
 
G
A
 
A
Q
 
M
M
 
V
E
 
H
V
 
E
I
 
S
D
 
L
Q
 
K
A
 
A
V
 
A
E
 
A
R
 
E
A
 
L
E
 
E
K
 
K
D
 
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
C
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
V
D
 
D
L
 
L
R
 
R
T
 
T
I
 
V
L
 
Q
P
 
P
W
 
L
D
 
D
V
 
I
E
 
E
T
 
T
V
 
I
A
 
I
N
 
G
S
 
S
V
 
V
F
 
E
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
L
 
A
V
 
I
V
 
V
T
 
V
H
 
Q
E
 
E
A
 
A
P
 
Q
L
 
R
T
 
Q
G
 
A
G
 
G
F
 
I
A
 
A
G
 
A
E
 
N
I
 
V
A
 
V
A
 
A
T
 
E
I
 
I
Q
 
N
E
 
E
R
 
R
C
 
A
F
 
I
L
 
L
Y
 
S
L
 
L
E
 
E
S
 
A
P
 
P
I
 
V
A
 
L
R
 
R
V
 
V
T
 
A
G
 
A
M
 
P
D
 
D
T
 
T
P
 
V
F
 
Y
P
 
P
L
 
F
V
 
A
-
 
Q
L
 
A
E
 
E
K
 
S
E
 
V
H
 
W
L
 
L
P
 
P
N
 
N
H
 
F
L
 
K
K
 
D
V
 
V
Y
 
I
E
 
E
A
 
T
I
 
A
R
 
K
A
 
K
S
 
V
V
 
M
E
 
N
F
 
F

3dv0B Snapshots of catalysis in the e1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex (see paper)
46% identity, 100% coverage: 2:325/325 of query aligns to 1:324/324 of 3dv0B

query
sites
3dv0B
S
 
A
K
 
Q
M
 
M
N
 
T
M
 
M
L
 
V
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
N
 
T
N
 
D
A
 
A
L
 
L
D
 
R
T
 
I
A
 
E
M
 
L
A
 
K
E
 
N
D
 
D
E
 
P
R
 
N
V
 
V
L
 
L
C
 
I
F
 
F
G
 
G
E
 
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
V
 
V
F
 
N
G
 
G
G
 
G
V
 
V
F
 
F
R
 
R
A
 
A
T
 
T
S
 
E
N
 
G
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
A
K
 
E
Y
 
F
G
 
G
K
 
E
A
 
D
R
 
R
C
 
V
F
 
F
N
 
D
T
 
T
P
 
P
L
|
L
V
 
A
E
|
E
Q
 
S
G
 
G
I
 
I
I
 
G
G
 
G
F
 
L
A
 
A
N
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
L
Q
 
Q
G
 
G
S
 
F
V
 
R
P
 
P
V
 
V
A
 
P
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
F
 
F
A
 
F
D
 
G
Y
x
F
I
 
V
F
 
Y
P
x
E
A
 
V
F
 
M
D
 
D
Q
 
S
I
 
I
V
 
C
N
 
G
E
 
Q
S
 
M
A
 
A
K
 
R
F
 
I
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
S
 
T
G
 
G
N
 
G
L
 
R
F
 
Y
N
 
H
V
 
M
G
 
P
G
 
-
L
 
I
T
 
T
I
 
I
R
 
R
A
 
S
P
 
P
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
V
A
 
H
G
 
T
G
 
P
L
 
E
Y
 
L
H
|
H
S
 
S
Q
 
D
S
 
S
P
 
L
E
 
E
A
 
G
Y
 
L
F
 
V
A
 
A
H
 
Q
T
 
Q
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
I
P
 
P
R
 
S
N
 
T
P
 
P
H
 
Y
Q
 
D
A
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
I
A
 
S
A
 
A
I
 
I
H
 
R
D
 
D
P
 
N
N
 
D
P
 
P
T
 
V
L
 
I
F
 
F
F
 
L
E
 
E
P
 
H
K
 
L
R
 
K
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
A
 
S
S
 
F
V
 
R
G
 
Q
E
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
E
E
 
G
D
 
E
Y
 
Y
R
 
T
L
 
I
P
 
P
L
 
I
G
 
G
E
 
K
A
 
A
E
 
D
V
 
I
T
 
K
K
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
V
 
I
T
 
T
I
 
I
L
 
I
G
 
A
W
 
Y
G
 
G
A
 
A
Q
 
M
M
 
V
E
 
H
V
 
E
I
 
S
D
 
L
Q
 
K
A
 
A
V
 
A
E
 
A
R
 
E
A
 
L
E
 
E
K
 
K
D
 
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
C
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
V
D
 
D
L
 
L
R
 
R
T
 
T
I
 
V
L
 
Q
P
 
P
W
 
L
D
 
D
V
 
I
E
 
E
T
 
T
V
 
I
A
 
I
N
 
G
S
 
S
V
 
V
F
 
E
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
L
 
A
V
 
I
V
 
V
T
 
V
H
 
Q
E
 
E
A
 
A
P
 
Q
L
 
R
T
 
Q
G
 
A
G
 
G
F
 
I
A
 
A
G
 
A
E
 
N
I
 
V
A
 
V
A
 
A
T
 
E
I
 
I
Q
 
N
E
 
E
R
 
R
C
 
A
F
 
I
L
 
L
Y
 
S
L
 
L
E
 
E
S
 
A
P
 
P
I
 
V
A
 
L
R
 
R
V
 
V
T
 
A
G
 
A
M
 
P
D
 
D
T
 
T
P
 
V
F
 
Y
P
 
P
L
 
F
V
 
A
-
 
Q
L
 
A
E
 
E
K
 
S
E
 
V
H
 
W
L
 
L
P
 
P
N
 
N
H
 
F
L
 
K
K
 
D
V
 
V
Y
 
I
E
 
E
A
 
T
I
 
A
R
 
K
A
 
K
S
 
V
V
 
M
E
 
N
F
 
F

3dufD Snapshots of catalysis in the e1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex (see paper)
46% identity, 100% coverage: 2:325/325 of query aligns to 1:324/324 of 3dufD

query
sites
3dufD
S
 
A
K
 
Q
M
 
M
N
 
T
M
 
M
L
 
V
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
N
 
T
N
 
D
A
 
A
L
 
L
D
 
R
T
 
I
A
 
E
M
 
L
A
 
K
E
 
N
D
 
D
E
 
P
R
 
N
V
 
V
L
 
L
C
 
I
F
 
F
G
 
G
E
 
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
V
 
V
F
 
N
G
 
G
G
 
G
V
 
V
F
 
F
R
 
R
A
 
A
T
 
T
S
 
E
N
 
G
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
A
K
 
E
Y
 
F
G
 
G
K
 
E
A
 
D
R
 
R
C
 
V
F
 
F
N
 
D
T
 
T
P
 
P
L
|
L
V
 
A
E
|
E
Q
 
S
G
 
G
I
 
I
I
 
G
G
 
G
F
 
L
A
 
A
N
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
L
Q
 
Q
G
 
G
S
 
F
V
 
R
P
 
P
V
 
V
A
 
P
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
F
 
F
A
 
F
D
 
G
Y
x
F
I
 
V
F
 
Y
P
x
E
A
 
V
F
 
M
D
 
D
Q
 
S
I
 
I
V
 
C
N
 
G
E
 
Q
S
 
M
A
 
A
K
 
R
F
 
I
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
S
 
T
G
 
G
N
 
G
L
 
R
F
 
Y
N
 
H
V
 
M
G
 
P
G
 
-
L
 
I
T
 
T
I
 
I
R
 
R
A
 
S
P
 
P
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
V
A
 
H
G
 
T
G
 
P
L
 
E
Y
 
L
H
|
H
S
 
S
Q
 
D
S
 
S
P
 
L
E
 
E
A
 
G
Y
 
L
F
 
V
A
 
A
H
 
Q
T
 
Q
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
I
P
 
P
R
 
S
N
 
T
P
 
P
H
 
Y
Q
 
D
A
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
I
A
 
S
A
 
A
I
 
I
H
 
R
D
 
D
P
 
N
N
 
D
P
 
P
T
 
V
L
 
I
F
 
F
F
 
L
E
 
E
P
 
H
K
 
L
R
 
K
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
A
 
S
S
 
F
V
 
R
G
 
Q
E
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
E
E
 
G
D
 
E
Y
 
Y
R
 
T
L
 
I
P
 
P
L
 
I
G
 
G
E
 
K
A
 
A
E
 
D
V
 
I
T
 
K
K
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
V
 
I
T
 
T
I
 
I
L
 
I
G
 
A
W
 
Y
G
 
G
A
 
A
Q
 
M
M
 
V
E
 
H
V
 
E
I
 
S
D
 
L
Q
 
K
A
 
A
V
 
A
E
 
A
R
 
E
A
 
L
E
 
E
K
 
K
D
 
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
C
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
V
D
 
D
L
 
L
R
 
R
T
 
T
I
 
V
L
 
Q
P
 
P
W
 
L
D
 
D
V
 
I
E
 
E
T
 
T
V
 
I
A
 
I
N
 
G
S
 
S
V
 
V
F
 
E
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
L
 
A
V
 
I
V
 
V
T
 
V
H
 
Q
E
 
E
A
 
A
P
 
Q
L
 
R
T
 
Q
G
 
A
G
 
G
F
 
I
A
 
A
G
 
A
E
 
N
I
 
V
A
 
V
A
 
A
T
 
E
I
 
I
Q
 
N
E
 
E
R
 
R
C
 
A
F
 
I
L
 
L
Y
 
S
L
 
L
E
 
E
S
 
A
P
 
P
I
 
V
A
 
L
R
 
R
V
 
V
T
 
A
G
 
A
M
 
P
D
 
D
T
 
T
P
 
V
F
 
Y
P
 
P
L
 
F
V
 
A
-
 
Q
L
 
A
E
 
E
K
 
S
E
 
V
H
 
W
L
 
L
P
 
P
N
 
N
H
 
F
L
 
K
K
 
D
V
 
V
Y
 
I
E
 
E
A
 
T
I
 
A
R
 
K
A
 
K
S
 
V
V
 
M
E
 
N
F
 
F

1w85B The crystal structure of pyruvate dehydrogenase e1 bound to the peripheral subunit binding domain of e2 (see paper)
46% identity, 100% coverage: 2:325/325 of query aligns to 1:324/324 of 1w85B

query
sites
1w85B
S
 
A
K
 
Q
M
 
M
N
 
T
M
 
M
L
 
V
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
N
 
T
N
 
D
A
 
A
L
 
L
D
 
R
T
 
I
A
 
E
M
 
L
A
 
K
E
 
N
D
 
D
E
 
P
R
 
N
V
 
V
L
 
L
C
 
I
F
 
F
G
 
G
E
|
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
V
 
V
F
 
N
G
 
G
G
 
G
V
 
V
F
 
F
R
 
R
A
 
A
T
 
T
S
 
E
N
 
G
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
A
K
 
E
Y
 
F
G
 
G
K
 
E
A
 
D
R
 
R
C
 
V
F
 
F
N
 
D
T
 
T
P
 
P
L
|
L
V
 
A
E
|
E
Q
 
S
G
 
G
I
 
I
I
 
G
G
 
G
F
 
L
A
 
A
N
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
L
Q
 
Q
G
 
G
S
 
F
V
 
R
P
 
P
V
 
V
A
 
P
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
F
 
F
A
 
F
D
 
G
Y
x
F
I
 
V
F
 
Y
P
x
E
A
 
V
F
 
M
D
 
D
Q
 
S
I
 
I
V
 
C
N
 
G
E
 
Q
S
 
M
A
 
A
K
 
R
F
 
I
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
S
 
T
G
 
G
N
 
G
L
 
R
F
 
Y
N
 
H
V
 
M
G
 
P
G
 
-
L
 
I
T
 
T
I
 
I
R
 
R
A
 
S
P
 
P
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
V
A
 
H
G
 
T
G
 
P
L
 
E
Y
 
L
H
|
H
S
 
S
Q
 
D
S
 
S
P
 
L
E
 
E
A
 
G
Y
 
L
F
 
V
A
 
A
H
 
Q
T
 
Q
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
I
P
 
P
R
 
S
N
 
T
P
 
P
H
 
Y
Q
 
D
A
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
I
A
 
S
A
 
A
I
 
I
H
 
R
D
 
D
P
 
N
N
 
D
P
 
P
T
 
V
L
 
I
F
 
F
F
 
L
E
 
E
P
 
H
K
 
L
R
 
K
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
A
 
S
S
 
F
V
 
R
G
 
Q
E
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
E
E
 
G
D
 
E
Y
 
Y
R
 
T
L
 
I
P
 
P
L
 
I
G
 
G
E
 
K
A
 
A
E
 
D
V
 
I
T
 
K
K
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
V
 
I
T
 
T
I
 
I
L
 
I
G
 
A
W
 
Y
G
 
G
A
 
A
Q
 
M
M
 
V
E
 
H
V
 
E
I
 
S
D
 
L
Q
 
K
A
 
A
V
 
A
E
 
A
R
 
E
A
 
L
E
 
E
K
 
K
D
 
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
C
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
V
D
 
D
L
 
L
R
 
R
T
 
T
I
 
V
L
 
Q
P
 
P
W
 
L
D
 
D
V
 
I
E
 
E
T
 
T
V
 
I
A
 
I
N
 
G
S
 
S
V
 
V
F
 
E
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
L
 
A
V
 
I
V
 
V
T
 
V
H
 
Q
E
 
E
A
 
A
P
 
Q
L
 
R
T
 
Q
G
 
A
G
 
G
F
 
I
A
 
A
G
 
A
E
 
N
I
 
V
A
 
V
A
 
A
T
 
E
I
 
I
Q
 
N
E
 
E
R
 
R
C
 
A
F
 
I
L
 
L
Y
 
S
L
 
L
E
 
E
S
 
A
P
 
P
I
 
V
A
 
L
R
 
R
V
 
V
T
 
A
G
 
A
M
 
P
D
 
D
T
 
T
P
 
V
F
 
Y
P
 
P
L
 
F
V
 
A
-
 
Q
L
 
A
E
 
E
K
 
S
E
 
V
H
 
W
L
 
L
P
 
P
N
 
N
H
 
F
L
 
K
K
 
D
V
 
V
Y
 
I
E
 
E
A
 
T
I
 
A
R
 
K
A
 
K
S
 
V
V
 
M
E
 
N
F
 
F

6cfoB Human pyruvate dehydrogenase e1 component complex with covalent tdp adduct acetyl phosphinate (see paper)
35% identity, 99% coverage: 3:323/325 of query aligns to 3:328/330 of 6cfoB

query
sites
6cfoB
K
 
Q
M
 
V
N
 
T
M
 
V
L
 
R
Q
 
D
A
 
A
I
 
I
N
 
N
N
 
Q
A
 
G
L
 
M
D
 
D
T
 
E
A
 
E
M
 
L
A
 
E
E
 
R
D
 
D
E
 
E
R
 
K
V
 
V
L
 
F
C
 
L
F
 
L
G
 
G
E
|
E
D
 
E
V
 
V
G
 
A
V
 
Q
F
 
Y
G
 
D
G
 
G
V
 
A
F
 
Y
R
 
K
A
 
V
T
 
S
S
 
R
N
 
G
L
 
L
Q
 
W
Q
 
K
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
K
 
D
A
 
K
R
 
R
C
 
I
F
 
I
N
 
D
T
 
T
P
 
P
L
x
I
V
 
S
E
|
E
Q
 
M
G
 
G
I
 
F
I
 
A
G
 
G
F
 
I
A
 
A
N
 
V
G
 
G
L
 
A
A
 
A
A
 
M
Q
 
A
G
 
G
S
 
L
V
 
R
P
 
P
V
 
I
A
 
C
E
 
E
I
 
F
Q
 
M
F
 
T
A
 
F
D
 
N
Y
x
F
I
 
S
F
 
M
P
x
Q
A
 
A
F
 
I
D
 
D
Q
 
Q
I
 
V
V
 
I
N
 
N
E
 
S
S
 
A
A
 
A
K
 
K
F
 
T
R
 
Y
Y
 
Y
R
 
M
S
 
S
G
 
G
N
 
G
L
 
L
F
 
Q
N
 
P
V
 
V
G
 
-
G
 
P
L
 
I
T
 
V
I
 
F
R
 
R
A
 
G
P
 
P
Y
 
N
G
 
G
G
 
A
G
 
S
I
 
A
A
 
G
G
 
V
G
 
A
L
 
A
Y
 
Q
H
|
H
S
 
S
Q
 
Q
S
 
C
P
 
F
E
 
A
A
 
A
Y
 
W
F
 
Y
A
 
G
H
 
H
T
 
C
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
S
P
 
P
R
 
W
N
 
N
P
 
S
H
 
E
Q
 
D
A
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
I
L
 
K
A
 
S
A
 
A
I
 
I
H
 
R
D
 
D
P
 
N
N
 
N
P
 
P
T
 
V
L
 
V
F
 
V
F
 
L
E
 
E
P
 
N
K
 
E
R
 
L
L
 
M
Y
 
Y
R
 
G
A
 
V
S
 
P
V
 
F
G
 
E
-
 
F
-
 
P
-
 
P
E
 
E
V
 
A
P
 
Q
D
 
S
E
 
K
D
 
D
Y
 
F
R
 
L
L
 
I
P
 
P
L
 
I
G
 
G
E
 
K
A
 
A
E
 
K
V
 
I
T
 
E
K
 
R
E
 
Q
G
 
G
T
 
T
D
 
H
V
 
I
T
 
T
I
 
V
L
 
V
G
 
S
W
 
H
G
 
S
A
 
R
Q
 
P
M
 
V
E
 
G
V
 
H
I
 
C
D
 
L
Q
 
E
A
 
A
V
 
A
E
 
A
R
 
V
A
 
L
E
 
S
K
 
K
D
 
E
G
 
G
I
 
V
S
 
E
C
 
C
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
N
L
 
M
R
 
R
T
 
T
I
 
I
L
 
R
P
 
P
W
 
M
D
 
D
V
 
M
E
 
E
T
 
T
V
 
I
A
 
E
N
 
A
S
 
S
V
 
V
F
 
M
K
 
K
T
 
T
G
 
N
R
 
H
L
 
L
V
 
V
V
 
T
T
 
V
H
 
E
E
 
G
A
 
G
P
 
W
L
 
P
T
 
Q
G
 
F
G
 
G
F
 
V
A
 
G
G
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
C
A
 
A
T
 
R
I
 
I
Q
 
M
E
 
E
-
 
G
R
 
P
C
 
A
F
 
F
L
 
N
Y
 
F
L
 
L
E
 
D
S
 
A
P
 
P
I
 
A
A
 
V
R
 
R
V
 
V
T
 
T
G
 
G
M
 
A
D
 
D
T
 
V
P
 
P
F
 
M
P
 
P
L
 
Y
-
 
A
-
 
K
V
 
I
L
 
L
E
 
E
K
 
D
E
 
N
H
 
S
L
 
I
P
 
P
N
 
Q
H
 
V
L
 
K
K
 
D
V
 
I
Y
 
I
E
 
F
A
 
A
I
 
I
R
 
K
A
 
K
S
 
T
V
 
L

6cerD Human pyruvate dehydrogenase complex e1 component v138m mutation (see paper)
35% identity, 99% coverage: 3:323/325 of query aligns to 4:329/331 of 6cerD

query
sites
6cerD
K
 
Q
M
 
V
N
 
T
M
 
V
L
 
R
Q
 
D
A
 
A
I
 
I
N
 
N
N
 
Q
A
 
G
L
 
M
D
 
D
T
 
E
A
 
E
M
 
L
A
 
E
E
 
R
D
 
D
E
 
E
R
 
K
V
 
V
L
 
F
C
 
L
F
 
L
G
 
G
E
 
E
D
 
E
V
 
V
G
 
A
V
 
Q
F
 
Y
G
 
D
G
 
G
V
 
A
F
 
Y
R
 
K
A
 
V
T
 
S
S
 
R
N
 
G
L
 
L
Q
 
W
Q
 
K
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
K
 
D
A
 
K
R
 
R
C
 
I
F
 
I
N
 
D
T
 
T
P
 
P
L
x
I
V
 
S
E
|
E
Q
 
M
G
 
G
I
 
F
I
 
A
G
 
G
F
 
I
A
 
A
N
 
V
G
 
G
L
 
A
A
 
A
A
 
M
Q
 
A
G
 
G
S
 
L
V
 
R
P
 
P
V
 
I
A
 
C
E
 
E
I
 
F
Q
x
M
F
 
T
A
 
F
D
 
N
Y
x
F
I
 
S
F
 
M
P
 
Q
A
 
A
F
 
I
D
 
D
Q
 
Q
I
 
V
V
 
I
N
 
N
E
 
S
S
 
A
A
 
A
K
 
K
F
 
T
R
 
Y
Y
 
Y
R
 
M
S
 
S
G
 
G
N
 
G
L
 
L
F
 
Q
N
 
P
V
 
V
G
 
-
G
 
P
L
 
I
T
 
V
I
 
F
R
 
R
A
 
G
P
 
P
Y
 
N
G
 
G
G
 
A
G
 
S
I
 
A
A
 
G
G
 
V
G
 
A
L
 
A
Y
 
Q
H
|
H
S
 
S
Q
 
Q
S
 
C
P
 
F
E
 
A
A
 
A
Y
 
W
F
 
Y
A
 
G
H
 
H
T
 
C
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
S
P
 
P
R
 
W
N
 
N
P
 
S
H
 
E
Q
 
D
A
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
I
L
 
K
A
 
S
A
 
A
I
 
I
H
 
R
D
 
D
P
 
N
N
 
N
P
 
P
T
 
V
L
 
V
F
 
V
F
 
L
E
 
E
P
 
N
K
 
E
R
 
L
L
 
M
Y
 
Y
R
 
G
A
 
V
S
 
P
V
 
F
G
 
E
-
 
F
-
 
P
-
 
P
E
 
E
V
 
A
P
 
Q
D
 
S
E
 
K
D
 
D
Y
 
F
R
 
L
L
 
I
P
 
P
L
 
I
G
 
G
E
 
K
A
 
A
E
 
K
V
 
I
T
 
E
K
 
R
E
 
Q
G
 
G
T
 
T
D
 
H
V
 
I
T
 
T
I
 
V
L
 
V
G
 
S
W
 
H
G
 
S
A
 
R
Q
 
P
M
 
V
E
 
G
V
 
H
I
 
C
D
 
L
Q
 
E
A
 
A
V
 
A
E
 
A
R
 
V
A
 
L
E
 
S
K
 
K
D
 
E
G
 
G
I
 
V
S
 
E
C
 
C
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
N
L
 
M
R
 
R
T
 
T
I
 
I
L
 
R
P
 
P
W
 
M
D
 
D
V
 
M
E
 
E
T
 
T
V
 
I
A
 
E
N
 
A
S
 
S
V
 
V
F
 
M
K
 
K
T
 
T
G
 
N
R
 
H
L
 
L
V
 
V
V
 
T
T
 
V
H
 
E
E
 
G
A
 
G
P
 
W
L
 
P
T
 
Q
G
 
F
G
 
G
F
 
V
A
 
G
G
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
C
A
 
A
T
 
R
I
 
I
Q
 
M
E
 
E
-
 
G
R
 
P
C
 
A
F
 
F
L
 
N
Y
 
F
L
 
L
E
 
D
S
 
A
P
 
P
I
 
A
A
 
V
R
 
R
V
 
V
T
 
T
G
 
G
M
 
A
D
 
D
T
 
V
P
 
P
F
 
M
P
 
P
L
 
Y
-
 
A
-
 
K
V
 
I
L
 
L
E
 
E
K
 
D
E
 
N
H
 
S
L
 
I
P
 
P
N
 
Q
H
 
V
L
 
K
K
 
D
V
 
I
Y
 
I
E
 
F
A
 
A
I
 
I
R
 
K
A
 
K
S
 
T
V
 
L

P11177 Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial; PDHE1-B; EC 1.2.4.1 from Homo sapiens (Human) (see 6 papers)
35% identity, 99% coverage: 3:323/325 of query aligns to 32:357/359 of P11177

query
sites
P11177
K
 
Q
M
 
V
N
 
T
M
 
V
L
 
R
Q
 
D
A
 
A
I
 
I
N
 
N
N
 
Q
A
 
G
L
 
M
D
 
D
T
 
E
A
 
E
M
 
L
A
 
E
E
 
R
D
 
D
E
 
E
R
 
K
V
 
V
L
 
F
C
 
L
F
 
L
G
 
G
E
 
E
D
 
E
V
 
V
G
 
A
V
 
Q
F
 
Y
G