SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF1715 FitnessBrowser__Phaeo:GFF1715 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5u8wA Dihydrolipoamide dehydrogenase (lpdg) from pseudomonas aeruginosa bound to nadh (see paper)
42% identity, 100% coverage: 3:464/464 of query aligns to 1:471/473 of 5u8wA

query
sites
5u8wA
A
 
S
E
 
Q
T
 
K
Y
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
V
V
 
V
I
|
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
T
C
 
A
I
 
C
V
 
I
E
|
E
R
x
K
E
 
Y
-
 
I
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
G
-
 
K
-
 
V
H
 
A
M
x
L
G
 
G
G
|
G
I
x
T
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
x
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
D
S
 
S
S
 
S
E
 
Y
V
 
K
F
 
Y
H
 
H
L
 
E
M
 
A
E
 
K
R
 
E
A
 
A
-
 
F
K
 
K
D
 
V
F
 
H
G
 
G
L
 
I
K
 
E
A
 
A
D
 
K
N
x
G
I
x
V
G
 
T
Y
 
I
D
 
D
L
 
V
D
 
P
A
 
A
V
 
M
V
 
V
K
 
A
R
 
R
S
 
K
R
 
A
G
 
N
V
 
I
A
 
V
K
 
K
Q
 
N
L
 
L
S
 
T
S
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
A
H
 
T
L
 
L
M
 
F
K
 
K
K
 
A
N
 
N
K
 
G
I
 
V
A
 
T
V
 
S
V
 
F
M
 
E
G
 
G
E
x
H
A
x
G
T
 
K
L
 
L
P
 
L
A
 
A
K
 
N
G
 
K
K
 
Q
V
 
V
S
 
E
V
 
V
K
 
T
T
 
G
E
 
L
K
 
D
G
 
G
-
 
K
T
 
T
Q
 
Q
E
 
V
L
 
L
A
 
E
A
 
A
K
 
E
N
 
N
I
 
V
V
 
I
L
 
I
A
|
A
T
x
S
G
|
G
A
 
S
R
 
R
A
 
P
R
 
V
E
 
E
L
 
I
P
 
P
G
 
P
L
 
A
E
 
P
A
 
L
D
 
T
G
 
D
D
 
D
L
 
I
V
 
I
W
 
V
T
 
D
Y
x
S
K
 
T
H
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
E
P
 
F
V
 
Q
R
 
A
M
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
K
L
 
L
L
 
G
V
 
V
I
|
I
G
 
G
S
 
A
G
|
G
A
x
V
I
|
I
G
 
G
I
 
L
E
|
E
F
 
L
A
 
G
S
 
S
F
 
V
Y
 
W
N
 
A
T
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
E
T
 
V
T
 
T
V
 
V
V
 
L
E
|
E
V
x
A
M
x
L
D
 
D
R
 
K
V
 
F
L
 
L
P
 
P
V
 
A
E
 
A
D
 
D
A
 
E
E
 
Q
I
 
I
S
 
A
A
 
K
F
 
E
A
 
A
K
 
L
K
 
K
A
 
V
F
 
L
V
 
T
K
 
K
Q
 
Q
G
 
G
M
 
L
K
 
N
I
 
I
M
 
R
E
 
L
K
 
G
A
 
A
M
 
R
V
 
V
K
 
T
Q
 
A
L
 
S
D
 
E
R
 
V
G
 
K
K
 
K
G
 
K
K
 
Q
V
 
V
T
 
T
A
 
V
H
 
T
I
 
F
E
 
T
V
 
D
G
 
A
G
 
N
K
 
G
V
 
E
E
 
Q
K
 
K
Q
 
E
E
 
T
F
 
F
D
 
D
T
 
K
V
 
L
I
 
I
S
 
V
A
|
A
V
|
V
G
|
G
I
x
R
V
 
R
G
 
P
N
 
V
V
 
T
E
 
T
G
 
D
L
 
L
G
 
L
L
 
A
D
 
A
G
 
D
L
 
S
G
 
G
V
 
V
K
 
T
V
 
L
D
 
D
-
 
E
R
 
R
T
 
G
H
 
F
V
 
I
V
 
Y
T
 
V
D
 
D
E
 
D
Y
 
H
C
 
C
R
 
K
T
 
T
G
 
S
V
 
V
D
 
P
G
 
G
L
 
V
Y
 
F
A
 
A
I
 
I
G
|
G
D
|
D
I
 
V
A
 
V
G
 
R
A
 
G
P
 
A
W
x
M
L
|
L
A
|
A
H
|
H
K
 
K
A
 
A
S
|
S
H
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
V
M
 
M
V
 
V
A
 
A
E
 
E
L
 
R
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
-
H
 
H
A
 
K
H
 
A
A
 
Q
V
 
M
K
 
N
P
 
Y
E
 
D
S
 
L
I
 
I
A
 
P
G
 
S
C
x
V
T
 
I
Y
|
Y
C
 
T
Q
 
H
P
 
P
Q
 
E
V
 
I
A
 
A
S
 
W
V
 
V
G
 
G
Y
 
K
T
 
T
E
 
E
A
 
Q
K
 
T
A
 
L
K
 
K
E
 
A
L
 
E
G
 
G
Y
 
V
D
 
E
I
 
V
K
 
N
V
 
V
G
 
G
R
 
T
F
 
F
P
 
P
F
 
F
I
 
A
G
 
A
N
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
A
I
 
M
A
 
A
L
 
A
G
 
N
E
 
D
A
 
T
E
 
T
G
 
G
M
 
L
V
 
V
K
 
K
T
 
V
I
 
I
F
 
A
D
 
D
A
 
A
K
 
K
T
 
T
G
 
D
E
 
R
L
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
V
H
 
H
M
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
P
E
 
S
V
 
A
T
 
A
E
 
E
M
 
L
I
 
V
Q
 
Q
G
 
Q
Y
 
G
V
 
A
V
 
I
G
 
G
R
 
M
Q
 
E
L
 
F
E
 
G
T
 
T
T
 
S
E
 
A
E
 
E
D
 
D
L
 
L
M
 
G
N
 
M
T
 
M
V
 
V
F
|
F
P
 
S
H
|
H
P
|
P
T
 
T
L
 
L
S
 
S
E
|
E
M
 
A
M
 
L
H
 
H
E
 
E
S
 
A
V
 
A
L
 
L
D
 
A
A
 
V
F
 
N
D
 
G
R
 
H
V
 
A
I
 
I
H
 
H
M
 
I

Sites not aligning to the query:

P14218 Dihydrolipoyl dehydrogenase; Dihydrolipoamide dehydrogenase; E3 component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex; EC 1.8.1.4 from Pseudomonas fluorescens (see 2 papers)
42% identity, 100% coverage: 3:464/464 of query aligns to 2:472/478 of P14218

query
sites
P14218
A
 
S
E
 
Q
T
 
K
Y
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
T
C
 
A
I
 
C
V
 
I
E
|
E
R
x
K
E
x
Y
-
x
I
-
x
G
-
x
K
-
x
E
-
x
G
-
x
K
-
x
V
H
x
A
M
x
L
G
|
G
G
|
G
I
x
T
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
 
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
 
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
D
S
 
S
S
 
S
E
 
Y
V
 
K
F
 
Y
H
 
H
L
 
E
M
 
A
E
 
K
R
 
E
A
 
A
-
 
F
K
 
K
D
 
V
F
 
H
G
 
G
L
 
I
K
 
E
A
 
A
D
 
K
N
 
G
I
 
V
G
 
T
Y
 
I
D
 
D
L
 
V
D
 
P
A
 
A
V
 
M
V
 
V
K
 
A
R
 
R
S
 
K
R
 
A
G
 
N
V
 
I
A
 
V
K
 
K
Q
 
N
L
 
L
S
 
T
S
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
A
H
 
T
L
 
L
M
 
F
K
 
K
K
 
A
N
 
N
K
 
G
I
 
V
A
 
T
V
 
S
V
 
F
M
 
E
G
 
G
E
 
H
A
x
G
T
 
K
L
 
L
P
 
L
A
 
A
K
 
N
G
 
K
K
 
Q
V
 
V
S
 
E
V
 
V
K
 
T
T
 
G
E
 
L
K
 
D
G
 
G
-
 
K
T
 
T
Q
 
Q
E
 
V
L
 
L
A
 
E
A
 
A
K
 
E
N
 
N
I
 
V
V
 
I
L
 
I
A
 
A
T
 
S
G
 
G
A
 
S
R
 
R
A
 
P
R
 
V
E
 
E
L
 
I
P
 
P
G
 
P
L
 
A
E
 
P
A
 
L
D
 
S
G
 
D
D
 
D
L
 
I
V
 
I
W
 
V
T
 
D
Y
 
S
K
 
T
H
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
E
P
 
F
V
 
Q
R
 
A
M
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
K
L
 
L
L
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
 
V
I
 
I
G
 
G
I
 
L
E
 
E
F
 
L
A
 
G
S
 
S
F
 
V
Y
 
W
N
 
A
T
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
E
T
 
V
T
 
T
V
 
V
V
 
L
E
 
E
V
 
A
M
 
L
D
 
D
R
 
K
V
 
F
L
 
L
P
 
P
V
 
A
E
 
A
D
 
D
A
 
E
E
 
Q
I
 
I
S
 
A
A
 
K
F
 
E
A
 
A
K
 
L
K
 
K
A
 
V
F
 
L
V
 
T
K
 
K
Q
 
Q
G
 
G
M
 
L
K
 
N
I
 
I
M
 
R
E
 
L
K
 
G
A
 
A
M
 
R
V
 
V
K
 
T
Q
 
A
L
 
S
D
 
E
R
 
V
G
 
K
K
 
K
G
 
K
K
 
Q
V
 
V
T
 
T
A
 
V
H
 
T
I
 
F
E
 
T
V
 
D
G
 
A
G
 
N
K
 
G
V
 
E
E
 
Q
K
 
K
Q
 
E
E
 
T
F
 
F
D
 
D
T
 
K
V
 
L
I
 
I
S
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
R
V
 
R
G
 
P
N
 
V
V
 
T
E
 
T
G
 
D
L
 
L
G
 
L
L
 
A
D
 
A
G
 
D
L
 
S
G
 
G
V
 
V
K
 
T
V
 
L
D
 
D
-
 
E
R
 
R
T
 
G
H
 
F
V
 
I
V
 
Y
T
 
V
D
 
D
E
 
D
Y
 
H
C
 
C
R
 
K
T
 
T
G
 
S
V
 
V
D
 
P
G
 
G
L
 
V
Y
 
F
A
 
A
I
 
I
G
 
G
D
|
D
I
 
V
A
 
V
G
 
R
A
 
G
P
 
A
W
 
M
L
 
L
A
|
A
H
 
H
K
 
K
A
 
A
S
 
S
H
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
V
M
 
M
V
 
V
A
 
A
E
 
E
L
 
R
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
-
H
 
H
A
 
K
H
 
A
A
 
Q
V
 
M
K
 
N
P
 
Y
E
 
D
S
 
L
I
 
I
A
 
P
G
 
S
C
 
V
T
 
I
Y
 
Y
C
 
T
Q
 
H
P
 
P
Q
 
E
V
 
I
A
 
A
S
 
W
V
 
V
G
 
G
Y
 
K
T
 
T
E
 
E
A
 
Q
K
 
T
A
 
L
K
 
K
E
 
A
L
 
E
G
 
G
Y
 
V
D
 
E
I
 
V
K
 
N
V
 
V
G
 
G
R
 
T
F
 
F
P
 
P
F
 
F
I
 
A
G
 
A
N
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
A
I
 
M
A
 
A
L
 
A
G
 
N
E
 
D
A
 
T
E
 
T
G
 
G
M
 
L
V
 
V
K
 
K
T
 
V
I
 
I
F
 
A
D
 
D
A
 
A
K
 
K
T
 
T
G
 
D
E
 
R
L
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
V
H
 
H
M
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
P
E
 
S
V
 
A
T
 
A
E
 
E
M
 
L
I
 
V
Q
 
Q
G
 
Q
Y
 
G
V
 
A
V
 
I
G
 
G
R
 
M
Q
 
E
L
 
F
E
 
G
T
 
T
T
 
S
E
 
A
E
 
E
D
 
D
L
 
L
M
 
G
N
 
M
T
 
M
V
 
V
F
 
F
P
 
S
H
 
H
P
 
P
T
 
T
L
 
L
S
 
S
E
 
E
M
 
A
M
 
L
H
 
H
E
 
E
S
 
A
V
 
A
L
 
L
D
 
A
A
 
V
F
 
N
D
 
G
R
 
H
V
 
A
I
 
I
H
 
H
M
 
I

Sites not aligning to the query:

5u8vA Dihydrolipoamide dehydrogenase (lpdg) from pseudomonas aeruginosa bound to NAD+ (see paper)
42% identity, 99% coverage: 4:464/464 of query aligns to 1:470/472 of 5u8vA

query
sites
5u8vA
E
 
Q
T
 
K
Y
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
V
V
 
V
I
|
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
T
C
 
A
I
 
C
V
 
I
E
|
E
R
 
K
E
 
Y
-
 
I
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
G
-
 
K
-
 
V
H
 
A
M
x
L
G
 
G
G
|
G
I
x
T
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
x
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
D
S
 
S
S
 
S
E
 
Y
V
 
K
F
 
Y
H
 
H
L
 
E
M
 
A
E
 
K
R
 
E
A
 
A
-
 
F
K
 
K
D
 
V
F
 
H
G
 
G
L
 
I
K
 
E
A
 
A
D
 
K
N
x
G
I
x
V
G
 
T
Y
 
I
D
 
D
L
 
V
D
 
P
A
 
A
V
 
M
V
 
V
K
 
A
R
 
R
S
 
K
R
 
A
G
 
N
V
 
I
A
 
V
K
 
K
Q
 
N
L
 
L
S
 
T
S
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
A
H
 
T
L
 
L
M
 
F
K
 
K
K
 
A
N
 
N
K
 
G
I
 
V
A
 
T
V
 
S
V
 
F
M
 
E
G
 
G
E
x
H
A
x
G
T
 
K
L
 
L
P
 
L
A
 
A
K
 
N
G
 
K
K
 
Q
V
 
V
S
 
E
V
 
V
K
 
T
T
 
G
E
 
L
K
 
D
G
 
G
-
 
K
T
 
T
Q
 
Q
E
 
V
L
 
L
A
 
E
A
 
A
K
 
E
N
 
N
I
 
V
V
 
I
L
 
I
A
|
A
T
x
S
G
|
G
A
 
S
R
 
R
A
 
P
R
 
V
E
 
E
L
 
I
P
 
P
G
 
P
L
 
A
E
 
P
A
 
L
D
 
T
G
 
D
D
 
D
L
 
I
V
 
I
W
 
V
T
 
D
Y
x
S
K
 
T
H
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
E
P
 
F
V
 
Q
R
 
A
M
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
K
L
 
L
L
 
G
V
 
V
I
|
I
G
|
G
S
 
A
G
|
G
A
x
V
I
|
I
G
 
G
I
 
L
E
|
E
F
 
L
A
 
G
S
 
S
F
 
V
Y
 
W
N
 
A
T
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
E
T
 
V
T
 
T
V
 
V
V
x
L
E
|
E
V
x
A
M
 
L
D
 
D
R
 
K
V
 
F
L
 
L
P
 
P
V
 
A
E
 
A
D
 
D
A
 
E
E
 
Q
I
 
I
S
 
A
A
 
K
F
 
E
A
 
A
K
 
L
K
 
K
A
 
V
F
 
L
V
 
T
K
 
K
Q
 
Q
G
 
G
M
 
L
K
 
N
I
 
I
M
 
R
E
 
L
K
 
G
A
 
A
M
 
R
V
|
V
K
 
T
Q
 
A
L
 
S
D
 
E
R
 
V
G
 
K
K
 
K
G
 
K
K
 
Q
V
 
V
T
 
T
A
 
V
H
 
T
I
 
F
E
 
T
V
 
D
G
 
A
G
 
N
K
 
G
V
 
E
E
 
Q
K
 
K
Q
 
E
E
 
T
F
 
F
D
 
D
T
 
K
V
 
L
I
 
I
S
 
V
A
 
A
V
|
V
G
|
G
I
x
R
V
 
R
G
 
P
N
 
V
V
 
T
E
 
T
G
 
D
L
 
L
G
 
L
L
 
A
D
 
A
G
 
D
L
 
S
G
 
G
V
 
V
K
 
T
V
 
L
D
 
D
-
 
E
R
 
R
T
 
G
H
 
F
V
 
I
V
 
Y
T
 
V
D
 
D
E
 
D
Y
 
H
C
 
C
R
 
K
T
 
T
G
 
S
V
 
V
D
 
P
G
 
G
L
 
V
Y
 
F
A
 
A
I
 
I
G
|
G
D
|
D
I
 
V
A
 
V
G
 
R
A
 
G
P
 
A
W
x
M
L
|
L
A
|
A
H
|
H
K
 
K
A
 
A
S
|
S
H
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
V
M
 
M
V
 
V
A
 
A
E
 
E
L
 
R
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
-
H
 
H
A
 
K
H
 
A
A
 
Q
V
 
M
K
 
N
P
 
Y
E
 
D
S
 
L
I
 
I
A
 
P
G
 
S
C
 
V
T
 
I
Y
 
Y
C
 
T
Q
 
H
P
 
P
Q
 
E
V
 
I
A
 
A
S
 
W
V
 
V
G
 
G
Y
 
K
T
 
T
E
 
E
A
 
Q
K
 
T
A
 
L
K
 
K
E
 
A
L
 
E
G
 
G
Y
 
V
D
 
E
I
 
V
K
 
N
V
 
V
G
 
G
R
 
T
F
 
F
P
 
P
F
 
F
I
 
A
G
 
A
N
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
A
I
 
M
A
 
A
L
 
A
G
 
N
E
 
D
A
 
T
E
 
T
G
 
G
M
 
L
V
 
V
K
 
K
T
 
V
I
 
I
F
 
A
D
 
D
A
 
A
K
 
K
T
 
T
G
 
D
E
 
R
L
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
V
H
 
H
M
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
P
E
 
S
V
 
A
T
 
A
E
 
E
M
 
L
I
 
V
Q
 
Q
G
 
Q
Y
 
G
V
 
A
V
 
I
G
 
G
R
 
M
Q
 
E
L
 
F
E
 
G
T
 
T
T
 
S
E
 
A
E
 
E
D
 
D
L
 
L
M
 
G
N
 
M
T
 
M
V
 
V
F
|
F
P
 
S
H
|
H
P
|
P
T
 
T
L
 
L
S
 
S
E
|
E
M
 
A
M
 
L
H
 
H
E
 
E
S
 
A
V
 
A
L
 
L
D
 
A
A
 
V
F
 
N
D
 
G
R
 
H
V
 
A
I
 
I
H
 
H
M
 
I

Sites not aligning to the query:

5u8uD Dihydrolipoamide dehydrogenase (lpdg) from pseudomonas aeruginosa (see paper)
42% identity, 100% coverage: 3:464/464 of query aligns to 4:474/477 of 5u8uD

query
sites
5u8uD
A
 
S
E
 
Q
T
 
K
Y
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
V
V
 
V
I
|
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
T
C
 
A
I
 
C
V
 
I
E
|
E
R
x
K
E
 
Y
-
 
I
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
G
-
 
K
-
 
V
H
 
A
M
x
L
G
 
G
G
|
G
I
x
T
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
x
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
D
S
 
S
S
 
S
E
 
Y
V
 
K
F
 
Y
H
 
H
L
 
E
M
 
A
E
 
K
R
 
E
A
 
A
-
 
F
K
 
K
D
 
V
F
 
H
G
 
G
L
 
I
K
 
E
A
 
A
D
 
K
N
x
G
I
x
V
G
 
T
Y
 
I
D
 
D
L
 
V
D
 
P
A
 
A
V
 
M
V
 
V
K
 
A
R
 
R
S
 
K
R
 
A
G
 
N
V
 
I
A
 
V
K
 
K
Q
 
N
L
 
L
S
 
T
S
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
A
H
 
T
L
 
L
M
 
F
K
 
K
K
 
A
N
 
N
K
 
G
I
 
V
A
 
T
V
 
S
V
 
F
M
 
E
G
 
G
E
x
H
A
x
G
T
 
K
L
 
L
P
 
L
A
 
A
K
 
N
G
 
K
K
 
Q
V
 
V
S
 
E
V
 
V
K
 
T
T
 
G
E
 
L
K
 
D
G
 
G
-
 
K
T
 
T
Q
 
Q
E
 
V
L
 
L
A
 
E
A
 
A
K
 
E
N
 
N
I
 
V
V
 
I
L
 
I
A
|
A
T
x
S
G
|
G
A
 
S
R
 
R
A
 
P
R
 
V
E
 
E
L
 
I
P
 
P
G
 
P
L
 
A
E
 
P
A
 
L
D
 
T
G
 
D
D
 
D
L
 
I
V
 
I
W
 
V
T
 
D
Y
 
S
K
 
T
H
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
E
P
 
F
V
 
Q
R
 
A
M
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
K
L
 
L
L
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
x
V
I
|
I
G
 
G
I
 
L
E
|
E
F
 
L
A
 
G
S
 
S
F
 
V
Y
 
W
N
 
A
T
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
E
T
 
V
T
 
T
V
 
V
V
 
L
E
 
E
V
 
A
M
 
L
D
 
D
R
 
K
V
 
F
L
 
L
P
 
P
V
 
A
E
 
A
D
 
D
A
 
E
E
 
Q
I
 
I
S
 
A
A
 
K
F
 
E
A
 
A
K
 
L
K
 
K
A
 
V
F
 
L
V
 
T
K
 
K
Q
 
Q
G
 
G
M
 
L
K
 
N
I
 
I
M
 
R
E
 
L
K
 
G
A
 
A
M
 
R
V
 
V
K
 
T
Q
 
A
L
 
S
D
 
E
R
 
V
G
 
K
K
 
K
G
 
K
K
 
Q
V
 
V
T
 
T
A
 
V
H
 
T
I
 
F
E
 
T
V
 
D
G
 
A
G
 
N
K
 
G
V
 
E
E
 
Q
K
 
K
Q
 
E
E
 
T
F
 
F
D
 
D
T
 
K
V
 
L
I
 
I
S
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
I
x
R
V
 
R
G
 
P
N
 
V
V
 
T
E
 
T
G
 
D
L
 
L
G
 
L
L
 
A
D
 
A
G
 
D
L
 
S
G
 
G
V
 
V
K
 
T
V
 
L
D
 
D
-
 
E
R
 
R
T
 
G
H
 
F
V
 
I
V
 
Y
T
 
V
D
 
D
E
 
D
Y
 
H
C
 
C
R
 
K
T
 
T
G
 
S
V
 
V
D
 
P
G
 
G
L
 
V
Y
 
F
A
 
A
I
 
I
G
|
G
D
|
D
I
 
V
A
 
V
G
 
R
A
 
G
P
 
A
W
x
M
L
|
L
A
|
A
H
|
H
K
 
K
A
 
A
S
|
S
H
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
V
M
 
M
V
 
V
A
 
A
E
 
E
L
 
R
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
-
H
 
H
A
 
K
H
 
A
A
 
Q
V
 
M
K
 
N
P
 
Y
E
 
D
S
 
L
I
 
I
A
 
P
G
 
S
C
 
V
T
 
I
Y
 
Y
C
 
T
Q
 
H
P
 
P
Q
 
E
V
 
I
A
 
A
S
 
W
V
 
V
G
 
G
Y
 
K
T
 
T
E
 
E
A
 
Q
K
 
T
A
 
L
K
 
K
E
 
A
L
 
E
G
 
G
Y
 
V
D
 
E
I
 
V
K
 
N
V
 
V
G
 
G
R
 
T
F
 
F
P
 
P
F
 
F
I
 
A
G
 
A
N
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
A
I
 
M
A
 
A
L
 
A
G
 
N
E
 
D
A
 
T
E
 
T
G
 
G
M
 
L
V
 
V
K
 
K
T
 
V
I
 
I
F
 
A
D
 
D
A
 
A
K
 
K
T
 
T
G
 
D
E
 
R
L
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
V
H
 
H
M
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
P
E
 
S
V
 
A
T
 
A
E
 
E
M
 
L
I
 
V
Q
 
Q
G
 
Q
Y
 
G
V
 
A
V
 
I
G
 
G
R
 
M
Q
 
E
L
 
F
E
 
G
T
 
T
T
 
S
E
 
A
E
 
E
D
 
D
L
 
L
M
 
G
N
 
M
T
 
M
V
 
V
F
|
F
P
 
S
H
|
H
P
|
P
T
 
T
L
 
L
S
 
S
E
|
E
M
 
A
M
 
L
H
 
H
E
 
E
S
 
A
V
 
A
L
 
L
D
 
A
A
 
V
F
 
N
D
 
G
R
 
H
V
 
A
I
 
I
H
 
H
M
 
I

Sites not aligning to the query:

3ii4A Structure of mycobacterial lipoamide dehydrogenase bound to a triazaspirodimethoxybenzoyl inhibitor (see paper)
42% identity, 96% coverage: 6:452/464 of query aligns to 3:451/463 of 3ii4A

query
sites
3ii4A
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
I
 
V
V
 
V
I
x
L
G
|
G
A
 
A
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
S
T
 
T
C
 
A
I
 
I
V
|
V
E
|
E
R
x
P
E
 
K
H
x
Y
M
x
W
G
 
G
G
|
G
I
x
V
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
x
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
R
S
 
N
S
 
A
E
 
E
V
 
L
F
 
V
H
 
H
L
 
I
M
 
F
E
 
T
R
 
K
-
 
D
A
 
A
K
 
K
D
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
I
K
 
S
A
 
G
D
 
E
N
 
-
I
 
V
G
 
T
Y
 
F
D
 
D
L
 
Y
D
 
G
A
 
I
V
 
A
V
 
Y
K
 
D
R
 
R
S
 
S
R
 
R
G
 
K
V
 
V
A
 
A
K
 
E
Q
 
G
L
 
R
S
 
V
S
 
A
G
 
G
I
 
V
G
 
H
H
 
F
L
 
L
M
 
M
K
 
K
K
 
K
N
 
N
K
 
K
I
 
I
A
 
T
V
 
E
V
 
I
M
 
H
G
 
G
E
x
Y
A
x
G
T
 
T
L
 
F
P
 
A
A
 
D
K
 
A
G
 
N
K
 
T
V
 
L
S
 
L
V
 
V
K
 
D
-
 
L
T
 
N
E
 
D
K
 
G
G
 
G
T
 
T
Q
 
E
E
 
S
L
 
V
A
 
T
A
 
F
K
 
D
N
 
N
I
 
A
V
 
I
L
 
I
A
|
A
T
|
T
G
|
G
A
 
S
R
 
S
A
 
T
R
|
R
E
 
L
L
 
V
P
 
P
G
 
G
L
 
T
E
 
S
A
 
L
D
 
S
G
 
A
D
 
N
L
 
V
V
 
V
W
 
-
T
 
T
Y
|
Y
K
 
E
H
 
E
A
 
Q
L
 
I
D
 
L
P
 
S
V
 
R
R
 
E
M
 
L
P
 
P
K
 
K
K
 
S
L
 
I
L
 
I
V
 
I
I
 
A
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
|
A
I
|
I
G
 
G
I
 
M
E
|
E
F
 
F
A
 
G
S
 
Y
F
 
V
Y
 
L
N
 
K
T
 
N
L
 
Y
G
 
G
A
 
V
D
 
D
T
 
V
T
 
T
V
 
I
V
 
V
E
 
E
V
 
F
M
 
L
D
 
P
R
 
R
V
 
A
L
 
L
P
 
P
V
x
N
E
|
E
D
 
D
A
 
A
E
 
D
I
 
V
S
 
S
A
 
K
F
 
E
A
 
I
K
 
E
K
 
K
A
 
Q
F
 
F
V
 
K
K
 
K
Q
 
L
G
 
G
M
 
V
K
 
T
I
 
I
M
 
L
E
 
T
K
 
A
A
 
T
M
 
K
V
 
V
K
 
E
Q
 
S
L
 
I
D
 
A
R
 
D
G
 
G
K
 
G
G
 
S
K
 
Q
V
 
V
T
 
T
A
 
V
H
 
T
I
 
V
E
 
T
V
 
K
G
 
D
G
 
G
K
 
V
V
 
A
E
 
Q
K
 
E
Q
 
L
E
 
K
F
 
A
D
 
E
T
 
K
V
 
V
I
 
L
S
 
Q
A
 
A
V
 
I
G
 
G
I
x
F
V
 
A
G
 
P
N
 
N
V
 
V
E
 
E
G
 
G
L
x
Y
G
 
G
L
 
L
D
 
D
G
 
K
L
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
A
V
 
L
-
 
T
D
 
D
R
|
R
T
 
K
H
 
A
V
 
I
V
 
G
T
 
V
D
 
D
E
 
D
Y
 
Y
C
 
M
R
 
R
T
 
T
G
 
N
V
 
V
D
 
G
G
 
H
L
 
I
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
|
G
D
|
D
I
 
V
A
 
N
G
|
G
A
 
L
P
 
L
W
x
Q
L
|
L
A
|
A
H
 
H
K
 
V
A
 
A
S
 
E
H
 
A
E
 
Q
G
 
G
V
 
V
M
 
V
V
 
A
A
 
A
E
 
E
L
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
A
H
 
E
A
 
T
-
 
L
-
 
T
-
 
L
-
 
G
-
 
D
H
 
H
A
 
R
V
 
M
K
 
L
P
 
P
E
x
R
S
x
A
I
 
-
A
 
-
G
 
-
C
 
-
T
 
T
Y
 
F
C
 
C
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
N
V
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
F
G
 
G
Y
 
L
T
 
T
E
 
E
A
 
Q
K
 
Q
A
 
A
K
 
R
E
 
N
L
 
E
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
I
 
V
K
 
V
V
 
V
G
 
A
R
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
F
I
 
T
G
 
A
N
 
N
G
 
A
K
 
K
A
 
A
I
 
H
A
 
G
L
 
V
G
 
G
E
 
D
A
 
P
E
 
S
G
 
G
M
 
F
V
 
V
K
 
K
T
 
L
I
 
V
F
 
A
D
 
D
A
 
A
K
 
K
T
 
H
G
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
G
H
 
H
M
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
H
E
 
D
V
 
V
T
 
A
E
 
E
M
 
L
I
 
L
Q
 
P
G
 
E
Y
 
L
V
 
T
V
 
L
G
 
A
R
 
Q
Q
 
R
L
 
W
E
 
D
T
 
L
T
 
T
E
 
A
E
 
S
D
 
E
L
 
L
M
 
A
N
 
R
T
 
N
V
 
V
F
x
H
P
 
T
H
|
H
P
 
P
T
 
T
L
 
M
S
 
S
E
|
E
M
 
A
M
 
L
H
 
Q
E
 
E

8u0qA Co-crystal structure of optimized analog tdi-13537 provided new insights into the potency determinants of the sulfonamide inhibitor series (see paper)
42% identity, 96% coverage: 6:452/464 of query aligns to 4:452/464 of 8u0qA

query
sites
8u0qA
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
I
 
V
V
 
V
I
x
L
G
|
G
A
 
A
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
S
T
 
T
C
 
A
I
 
I
V
|
V
E
|
E
R
x
P
E
 
K
H
x
Y
M
 
W
G
 
G
G
|
G
I
x
V
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
 
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
R
S
 
N
S
 
A
E
 
E
V
 
L
F
 
V
H
 
H
L
 
I
M
 
F
E
 
T
R
 
K
-
 
D
A
 
A
K
 
K
D
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
I
K
 
S
A
 
G
D
 
E
N
 
-
I
 
V
G
 
T
Y
 
F
D
 
D
L
 
Y
D
 
G
A
 
I
V
 
A
V
 
Y
K
 
D
R
 
R
S
 
S
R
 
R
G
 
K
V
 
V
A
 
A
K
 
E
Q
 
G
L
x
R
S
 
V
S
 
A
G
|
G
I
 
V
G
 
H
H
x
F
L
 
L
M
 
M
K
 
K
K
 
K
N
 
N
K
 
K
I
 
I
A
 
T
V
 
E
V
 
I
M
 
H
G
 
G
E
x
Y
A
x
G
T
 
T
L
 
F
P
 
A
A
 
D
K
 
A
G
 
N
K
 
T
V
 
L
S
 
L
V
 
V
K
 
D
-
 
L
T
 
N
E
 
D
K
 
G
G
 
G
T
 
T
Q
 
E
E
 
S
L
 
V
A
 
T
A
 
F
K
 
D
N
 
N
I
 
A
V
 
I
L
 
I
A
|
A
T
|
T
G
|
G
A
 
S
R
 
S
A
 
T
R
 
R
E
 
L
L
 
V
P
 
P
G
 
G
L
 
T
E
 
S
A
 
L
D
 
S
G
 
A
D
 
N
L
 
V
V
 
V
W
 
-
T
 
T
Y
|
Y
K
 
E
H
 
E
A
 
Q
L
 
I
D
 
L
P
 
S
V
 
R
R
 
E
M
 
L
P
 
P
K
 
K
K
 
S
L
 
I
L
 
I
V
 
I
I
 
A
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
 
A
I
|
I
G
 
G
I
 
M
E
 
E
F
 
F
A
 
G
S
 
Y
F
 
V
Y
 
L
N
 
K
T
 
N
L
 
Y
G
 
G
A
 
V
D
 
D
T
 
V
T
 
T
V
 
I
V
 
V
E
 
E
V
 
F
M
 
L
D
 
P
R
 
R
V
 
A
L
 
L
P
 
P
V
 
N
E
 
E
D
 
D
A
 
A
E
 
D
I
 
V
S
 
S
A
 
K
F
 
E
A
 
I
K
 
E
K
 
K
A
 
Q
F
 
F
V
 
K
K
 
K
Q
 
L
G
 
G
M
 
V
K
 
T
I
 
I
M
 
L
E
 
T
K
 
A
A
 
T
M
 
K
V
 
V
K
 
E
Q
 
S
L
 
I
D
 
A
R
 
D
G
 
G
K
 
G
G
 
S
K
 
Q
V
 
V
T
 
T
A
 
V
H
 
T
I
 
V
E
 
T
V
 
K
G
 
D
G
 
G
K
 
V
V
 
A
E
 
Q
K
 
E
Q
 
L
E
 
K
F
 
A
D
 
E
T
 
K
V
 
V
I
 
L
S
 
Q
A
 
A
V
 
I
G
 
G
I
 
F
V
 
A
G
 
P
N
 
N
V
 
V
E
 
E
G
 
G
L
x
Y
G
 
G
L
 
L
D
 
D
G
 
K
L
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
A
V
 
L
-
 
T
D
 
D
R
 
R
T
 
K
H
 
A
V
 
I
V
 
G
T
 
V
D
 
D
E
 
D
Y
 
Y
C
 
M
R
 
R
T
 
T
G
 
N
V
 
V
D
 
G
G
 
H
L
 
I
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
|
G
D
|
D
I
 
V
A
 
N
G
 
G
A
 
L
P
 
L
W
x
Q
L
|
L
A
|
A
H
|
H
K
 
V
A
 
A
S
x
E
H
 
A
E
 
Q
G
 
G
V
 
V
M
 
V
V
 
A
A
 
A
E
 
E
L
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
A
H
 
E
A
 
T
-
 
L
-
 
T
-
 
L
-
 
G
-
 
D
H
 
H
A
 
R
V
 
M
K
 
L
P
 
P
E
 
R
S
 
A
I
 
-
A
 
-
G
 
-
C
 
-
T
 
T
Y
 
F
C
 
C
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
N
V
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
F
G
 
G
Y
 
L
T
 
T
E
 
E
A
 
Q
K
 
Q
A
 
A
K
 
R
E
 
N
L
 
E
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
I
 
V
K
 
V
V
 
V
G
 
A
R
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
F
I
 
T
G
x
A
N
 
N
G
x
A
K
 
K
A
 
A
I
 
H
A
 
G
L
 
V
G
 
G
E
 
D
A
 
P
E
 
S
G
 
G
M
 
F
V
 
V
K
 
K
T
 
L
I
 
V
F
 
A
D
 
D
A
 
A
K
 
K
T
 
H
G
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
G
H
 
H
M
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
H
E
 
D
V
 
V
T
 
A
E
 
E
M
 
L
I
 
L
Q
 
P
G
 
E
Y
 
L
V
 
T
V
 
L
G
 
A
R
 
Q
Q
 
R
L
 
W
E
 
D
T
 
L
T
 
T
E
 
A
E
 
S
D
 
E
L
 
L
M
 
A
N
 
R
T
 
N
V
 
V
F
 
H
P
 
T
H
|
H
P
 
P
T
 
T
L
 
M
S
 
S
E
|
E
M
 
A
M
 
L
H
 
Q
E
 
E

Sites not aligning to the query:

8ct4A Cryo-em structure of mtb lpd bound to inhibitor complex with 2-((2- cyano-n,5-dimethyl-1h-indole)-7-sulfonamido)-n-(4-(oxetan-3-yl)-3,4- dihydro-2h-benzo[b] [1,4]oxazin-7-yl)acetamide
42% identity, 96% coverage: 6:452/464 of query aligns to 4:452/464 of 8ct4A

query
sites
8ct4A
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
I
 
V
V
 
V
I
x
L
G
|
G
A
 
A
G
|
G
P
|
P
G
 
G
G
 
G
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
S
T
 
T
C
 
A
I
 
I
V
 
V
E
|
E
R
x
P
E
 
K
H
x
Y
M
 
W
G
 
G
G
|
G
I
x
V
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
 
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
R
S
 
N
S
 
A
E
 
E
V
 
L
F
 
V
H
 
H
L
 
I
M
 
F
E
 
T
R
 
K
-
 
D
A
 
A
K
 
K
D
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
I
K
 
S
A
 
G
D
 
E
N
 
-
I
 
V
G
 
T
Y
 
F
D
 
D
L
 
Y
D
 
G
A
 
I
V
 
A
V
 
Y
K
 
D
R
 
R
S
 
S
R
 
R
G
 
K
V
 
V
A
 
A
K
 
E
Q
 
G
L
x
R
S
 
V
S
 
A
G
 
G
I
 
V
G
 
H
H
x
F
L
 
L
M
 
M
K
 
K
K
 
K
N
 
N
K
 
K
I
 
I
A
 
T
V
 
E
V
 
I
M
 
H
G
 
G
E
x
Y
A
x
G
T
 
T
L
 
F
P
 
A
A
 
D
K
 
A
G
 
N
K
 
T
V
 
L
S
 
L
V
 
V
K
 
D
-
 
L
T
 
N
E
 
D
K
 
G
G
 
G
T
 
T
Q
 
E
E
 
S
L
 
V
A
 
T
A
 
F
K
 
D
N
 
N
I
 
A
V
 
I
L
 
I
A
 
A
T
|
T
G
|
G
A
 
S
R
 
S
A
 
T
R
 
R
E
 
L
L
 
V
P
 
P
G
 
G
L
 
T
E
 
S
A
 
L
D
 
S
G
 
A
D
 
N
L
 
V
V
 
V
W
 
-
T
 
T
Y
|
Y
K
 
E
H
 
E
A
 
Q
L
 
I
D
 
L
P
 
S
V
 
R
R
 
E
M
 
L
P
 
P
K
 
K
K
 
S
L
 
I
L
 
I
V
 
I
I
 
A
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
 
A
I
|
I
G
 
G
I
 
M
E
 
E
F
 
F
A
 
G
S
 
Y
F
 
V
Y
 
L
N
 
K
T
 
N
L
 
Y
G
 
G
A
 
V
D
 
D
T
 
V
T
 
T
V
 
I
V
 
V
E
 
E
V
 
F
M
 
L
D
 
P
R
 
R
V
 
A
L
 
L
P
 
P
V
 
N
E
 
E
D
 
D
A
 
A
E
 
D
I
 
V
S
 
S
A
 
K
F
 
E
A
 
I
K
 
E
K
 
K
A
 
Q
F
 
F
V
 
K
K
 
K
Q
 
L
G
 
G
M
 
V
K
 
T
I
 
I
M
 
L
E
 
T
K
 
A
A
 
T
M
 
K
V
 
V
K
 
E
Q
 
S
L
 
I
D
 
A
R
 
D
G
 
G
K
 
G
G
 
S
K
 
Q
V
 
V
T
 
T
A
 
V
H
 
T
I
 
V
E
 
T
V
 
K
G
 
D
G
 
G
K
 
V
V
 
A
E
 
Q
K
 
E
Q
 
L
E
 
K
F
 
A
D
 
E
T
 
K
V
 
V
I
 
L
S
 
Q
A
 
A
V
 
I
G
 
G
I
 
F
V
 
A
G
 
P
N
 
N
V
 
V
E
 
E
G
 
G
L
x
Y
G
 
G
L
 
L
D
 
D
G
 
K
L
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
A
V
 
L
-
 
T
D
 
D
R
 
R
T
 
K
H
 
A
V
 
I
V
 
G
T
 
V
D
 
D
E
 
D
Y
 
Y
C
 
M
R
 
R
T
 
T
G
 
N
V
 
V
D
 
G
G
 
H
L
 
I
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
 
G
D
|
D
I
 
V
A
 
N
G
 
G
A
 
L
P
 
L
W
x
Q
L
|
L
A
|
A
H
 
H
K
 
V
A
 
A
S
x
E
H
 
A
E
 
Q
G
 
G
V
 
V
M
 
V
V
 
A
A
 
A
E
 
E
L
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
A
H
 
E
A
 
T
-
 
L
-
 
T
-
 
L
-
 
G
-
 
D
H
 
H
A
 
R
V
 
M
K
 
L
P
 
P
E
 
R
S
 
A
I
 
-
A
 
-
G
 
-
C
 
-
T
 
T
Y
 
F
C
 
C
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
N
V
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
F
G
 
G
Y
 
L
T
 
T
E
 
E
A
 
Q
K
 
Q
A
 
A
K
 
R
E
 
N
L
 
E
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
I
 
V
K
 
V
V
 
V
G
 
A
R
 
K
F
|
F
P
 
P
F
 
F
I
 
T
G
x
A
N
 
N
G
x
A
K
 
K
A
 
A
I
 
H
A
 
G
L
 
V
G
 
G
E
 
D
A
 
P
E
 
S
G
 
G
M
 
F
V
 
V
K
 
K
T
 
L
I
 
V
F
 
A
D
 
D
A
 
A
K
 
K
T
 
H
G
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
G
H
 
H
M
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
H
E
 
D
V
 
V
T
 
A
E
 
E
M
 
L
I
 
L
Q
 
P
G
 
E
Y
 
L
V
 
T
V
 
L
G
 
A
R
 
Q
Q
 
R
L
 
W
E
 
D
T
 
L
T
 
T
E
 
A
E
 
S
D
 
E
L
 
L
M
 
A
N
 
R
T
 
N
V
 
V
F
 
H
P
 
T
H
|
H
P
 
P
T
 
T
L
 
M
S
 
S
E
|
E
M
x
A
M
 
L
H
 
Q
E
|
E

Sites not aligning to the query:

P9WHH9 Dihydrolipoyl dehydrogenase; LPD; Component of peroxynitrite reductase/peroxidase complex; Component of PNR/P; Dihydrolipoamide dehydrogenase; E3 component of alpha-ketoacid dehydrogenase complexes; EC 1.8.1.4 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 2 papers)
42% identity, 96% coverage: 6:452/464 of query aligns to 4:452/464 of P9WHH9

query
sites
P9WHH9
Y
 
Y
D
|
D
V
 
V
I
 
V
V
 
V
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
S
T
 
T
C
 
A
I
 
I
V
 
V
E
|
E
R
x
P
E
x
K
H
x
Y
M
x
W
G
|
G
G
|
G
I
x
V
C
|
C
L
 
L
N
|
N
W
 
V
G
 
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
 
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
R
S
 
N
S
 
A
E
 
E
V
 
L
F
 
V
H
 
H
L
 
I
M
 
F
E
 
T
R
 
K
-
 
D
A
 
A
K
 
K
D
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
I
K
 
S
A
 
G
D
 
E
N
 
-
I
 
V
G
 
T
Y
 
F
D
 
D
L
 
Y
D
 
G
A
 
I
V
 
A
V
 
Y
K
 
D
R
 
R
S
 
S
R
 
R
G
 
K
V
 
V
A
 
A
K
 
E
Q
 
G
L
x
R
S
 
V
S
 
A
G
 
G
I
 
V
G
 
H
H
 
F
L
 
L
M
 
M
K
 
K
K
|
K
N
 
N
K
 
K
I
 
I
A
 
T
V
 
E
V
 
I
M
 
H
G
 
G
E
 
Y
A
 
G
T
 
T
L
 
F
P
 
A
A
 
D
K
 
A
G
 
N
K
 
T
V
 
L
S
 
L
V
 
V
K
 
D
-
 
L
T
 
N
E
 
D
K
 
G
G
 
G
T
 
T
Q
 
E
E
 
S
L
 
V
A
 
T
A
 
F
K
 
D
N
 
N
I
 
A
V
 
I
L
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
S
R
 
S
A
 
T
R
 
R
E
 
L
L
 
V
P
 
P
G
 
G
L
 
T
E
 
S
A
 
L
D
 
S
G
 
A
D
 
N
L
 
V
V
 
V
W
 
-
T
 
T
Y
 
Y
K
 
E
H
 
E
A
 
Q
L
 
I
D
 
L
P
 
S
V
 
R
R
 
E
M
 
L
P
 
P
K
 
K
K
 
S
L
 
I
L
 
I
V
 
I
I
 
A
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
 
A
I
 
I
G
 
G
I
 
M
E
 
E
F
 
F
A
 
G
S
 
Y
F
 
V
Y
 
L
N
 
K
T
 
N
L
 
Y
G
 
G
A
 
V
D
 
D
T
 
V
T
 
T
V
 
I
V
 
V
E
 
E
V
 
F
M
 
L
D
 
P
R
 
R
V
 
A
L
 
L
P
 
P
V
 
N
E
 
E
D
 
D
A
 
A
E
 
D
I
 
V
S
 
S
A
 
K
F
 
E
A
 
I
K
 
E
K
 
K
A
 
Q
F
 
F
V
 
K
K
 
K
Q
 
L
G
 
G
M
 
V
K
 
T
I
 
I
M
 
L
E
 
T
K
 
A
A
 
T
M
 
K
V
 
V
K
 
E
Q
 
S
L
 
I
D
 
A
R
 
D
G
 
G
K
 
G
G
 
S
K
 
Q
V
 
V
T
 
T
A
 
V
H
 
T
I
 
V
E
 
T
V
 
K
G
 
D
G
 
G
K
 
V
V
 
A
E
 
Q
K
 
E
Q
 
L
E
 
K
F
 
A
D
 
E
T
 
K
V
 
V
I
 
L
S
 
Q
A
 
A
V
 
I
G
 
G
I
 
F
V
 
A
G
 
P
N
 
N
V
 
V
E
 
E
G
 
G
L
 
Y
G
 
G
L
 
L
D
 
D
G
 
K
L
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
A
V
 
L
-
 
T
D
 
D
R
 
R
T
 
K
H
 
A
V
 
I
V
 
G
T
 
V
D
 
D
E
 
D
Y
 
Y
C
 
M
R
 
R
T
 
T
G
 
N
V
 
V
D
 
G
G
 
H
L
 
I
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
 
G
D
|
D
I
 
V
A
 
N
G
 
G
A
 
L
P
 
L
W
 
Q
L
 
L
A
|
A
H
 
H
K
 
V
A
 
A
S
 
E
H
 
A
E
 
Q
G
 
G
V
 
V
M
 
V
V
 
A
A
 
A
E
 
E
L
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
A
H
 
E
A
 
T
-
 
L
-
 
T
-
 
L
-
 
G
-
 
D
H
 
H
A
 
R
V
 
M
K
 
L
P
 
P
E
 
R
S
 
A
I
 
-
A
 
-
G
 
-
C
 
-
T
 
T
Y
 
F
C
 
C
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
N
V
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
F
G
 
G
Y
 
L
T
 
T
E
 
E
A
 
Q
K
 
Q
A
 
A
K
 
R
E
 
N
L
 
E
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
I
 
V
K
 
V
V
 
V
G
 
A
R
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
F
I
 
T
G
 
A
N
 
N
G
 
A
K
 
K
A
 
A
I
x
H
A
 
G
L
 
V
G
 
G
E
 
D
A
 
P
E
 
S
G
 
G
M
 
F
V
 
V
K
 
K
T
 
L
I
 
V
F
 
A
D
 
D
A
 
A
K
 
K
T
 
H
G
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
G
H
 
H
M
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
H
E
 
D
V
 
V
T
 
A
E
 
E
M
 
L
I
 
L
Q
 
P
G
 
E
Y
 
L
V
 
T
V
 
L
G
 
A
R
 
Q
Q
 
R
L
 
W
E
 
D
T
 
L
T
 
T
E
 
A
E
 
S
D
 
E
L
 
L
M
 
A
N
 
R
T
 
N
V
 
V
F
 
H
P
 
T
H
 
H
P
 
P
T
 
T
L
 
M
S
 
S
E
 
E
M
 
A
M
 
L
H
 
Q
E
 
E

Sites not aligning to the query:

7kmyA Structure of mtb lpd bound to 010705 (see paper)
42% identity, 96% coverage: 6:452/464 of query aligns to 5:453/465 of 7kmyA

query
sites
7kmyA
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
I
 
V
V
 
V
I
x
L
G
|
G
A
 
A
G
|
G
P
|
P
G
 
G
G
 
G
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
S
T
 
T
C
 
A
I
 
I
V
|
V
E
|
E
R
x
P
E
 
K
H
x
Y
M
x
W
G
 
G
G
|
G
I
x
V
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
x
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
R
S
 
N
S
 
A
E
 
E
V
 
L
F
 
V
H
 
H
L
 
I
M
 
F
E
 
T
R
 
K
-
 
D
A
 
A
K
 
K
D
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
I
K
 
S
A
 
G
D
 
E
N
 
-
I
 
V
G
 
T
Y
 
F
D
 
D
L
 
Y
D
 
G
A
 
I
V
 
A
V
 
Y
K
 
D
R
 
R
S
 
S
R
 
R
G
 
K
V
 
V
A
 
A
K
 
E
Q
 
G
L
x
R
S
 
V
S
 
A
G
|
G
I
 
V
G
 
H
H
x
F
L
 
L
M
 
M
K
 
K
K
 
K
N
 
N
K
 
K
I
 
I
A
 
T
V
 
E
V
 
I
M
 
H
G
 
G
E
x
Y
A
x
G
T
 
T
L
 
F
P
 
A
A
 
D
K
 
A
G
 
N
K
 
T
V
 
L
S
 
L
V
 
V
K
 
D
-
 
L
T
 
N
E
 
D
K
 
G
G
 
G
T
 
T
Q
 
E
E
 
S
L
 
V
A
 
T
A
 
F
K
 
D
N
 
N
I
 
A
V
 
I
L
 
I
A
|
A
T
|
T
G
|
G
A
 
S
R
 
S
A
 
T
R
 
R
E
 
L
L
 
V
P
 
P
G
 
G
L
 
T
E
 
S
A
 
L
D
 
S
G
 
A
D
 
N
L
 
V
V
 
V
W
 
-
T
 
T
Y
|
Y
K
 
E
H
 
E
A
 
Q
L
 
I
D
 
L
P
 
S
V
 
R
R
 
E
M
 
L
P
 
P
K
 
K
K
 
S
L
 
I
L
 
I
V
 
I
I
 
A
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
|
A
I
|
I
G
 
G
I
 
M
E
|
E
F
 
F
A
 
G
S
 
Y
F
 
V
Y
 
L
N
 
K
T
 
N
L
 
Y
G
 
G
A
 
V
D
 
D
T
 
V
T
 
T
V
 
I
V
 
V
E
 
E
V
 
F
M
 
L
D
 
P
R
 
R
V
 
A
L
 
L
P
 
P
V
 
N
E
 
E
D
 
D
A
 
A
E
 
D
I
 
V
S
 
S
A
 
K
F
 
E
A
 
I
K
 
E
K
 
K
A
 
Q
F
 
F
V
 
K
K
 
K
Q
 
L
G
 
G
M
 
V
K
 
T
I
 
I
M
 
L
E
 
T
K
 
A
A
 
T
M
 
K
V
 
V
K
 
E
Q
 
S
L
 
I
D
 
A
R
 
D
G
 
G
K
 
G
G
 
S
K
 
Q
V
 
V
T
 
T
A
 
V
H
 
T
I
 
V
E
 
T
V
 
K
G
 
D
G
 
G
K
 
V
V
 
A
E
 
Q
K
 
E
Q
 
L
E
 
K
F
 
A
D
 
E
T
 
K
V
 
V
I
 
L
S
 
Q
A
 
A
V
 
I
G
 
G
I
 
F
V
 
A
G
 
P
N
 
N
V
 
V
E
 
E
G
 
G
L
x
Y
G
 
G
L
 
L
D
 
D
G
 
K
L
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
A
V
 
L
-
 
T
D
 
D
R
 
R
T
 
K
H
 
A
V
 
I
V
 
G
T
 
V
D
 
D
E
 
D
Y
 
Y
C
 
M
R
 
R
T
 
T
G
 
N
V
 
V
D
 
G
G
 
H
L
 
I
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
|
G
D
|
D
I
 
V
A
 
N
G
 
G
A
 
L
P
 
L
W
x
Q
L
|
L
A
|
A
H
 
H
K
 
V
A
 
A
S
x
E
H
 
A
E
 
Q
G
 
G
V
 
V
M
 
V
V
 
A
A
 
A
E
 
E
L
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
A
H
 
E
A
 
T
-
 
L
-
 
T
-
 
L
-
 
G
-
 
D
H
 
H
A
 
R
V
 
M
K
 
L
P
 
P
E
 
R
S
 
A
I
 
-
A
 
-
G
 
-
C
 
-
T
 
T
Y
 
F
C
 
C
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
N
V
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
F
G
 
G
Y
 
L
T
 
T
E
 
E
A
 
Q
K
 
Q
A
 
A
K
 
R
E
 
N
L
 
E
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
I
 
V
K
 
V
V
 
V
G
 
A
R
 
K
F
 
F